T.C. ANKARA ÜNİVERSİTESİ BİLİMSEL ARAŞTIRMA PROJESİ KESİN RAPORU İvesi Koyunlarında Mikrosatellite Lokuslarında Polimorfizmin Tespiti Proje Yürütücüsü: Profesör Doktor Ayhan ELİÇİN Proje Numarası: 20050711087 Başlama Tarihi: 01/11/2005 Bitiş Tarihi: 01/05/2007 Rapor Tarihi: 01/05/2007 Ankara Üniversitesi Bilimsel Araştırma Projeleri Ankara - 2007
I. Projenin Türkçe ve İngilizce Adı ve Özetleri İvesi Koyunlarında mikrosatellite lokuslarında polimorfizmin tespiti Güneydoğu Anadolu Tarımsal Araştırma Enstitüsü (Diyarbakır) Çiftliği kayıtlarından yararlanılarak elde edilen 81 adet İvesi ırkı koyunda OarFCB20, OarFCB128 ve OarFCB304 mikrosatelit lokuslarında gözlenen polimorfik yapı araştırılmıştır. Lokuslarda gözüken allel sayıları sırasıyla 16, 11 ve 22 dir. Allellerin genişlikleri ise OarFCB20 (86-116), OarFCB128 (92-122) ve OarFCB304 (138-190) olarak belirlenmiştir. Lokuslarda görülen düzeltilmiş heterozigosite değerleri (%) ise sırasıyla 90,2; 83,15 ve 86,03 tür. Detection of polymorphisms with microsatellite loci in Awassi sheep According to Southern East Anatolian Research Institute (Diyarbakir) farm records in 81 heads Awassi sheep polymorphic structure were researched on OarFCB20, OarFCB128 and OarFCM304 microsatellite loci. Microsatellite allele numbers are 16, 11 and 22; respectively. Allele range are determined as OarFCB20 (86-116), OarFCB128 (92-122) and OarFCB304 (138-190). Observed heterozygosis (H n.b :H Nie Bias ) measures were 90.2, 83.15 and 86.03; respectively. II. Amaç ve Kapsam Türkiye şartlarında üstün verim özelliklerine sahip olan İvesi koyun ırkımızdaki OarFCB128, OarFCB304 ve OarFCB20 mikrosatellite lokuslarında görülen polimorfik yapılar incelenmiştir. Tablo 1. Lokuslara ait çeşitli özellikler Lokus OarFCB20 OarFCB128 OarFCB304 Erişim Numarası L20004 L01532 L01535 Kromozom 2p 2q 19 Allel Sayısı 16 11 22 Allel Genişliği 86-116 92-122 138-190 Primer A AAATGTGTTTAA CAGCTGAGCAACTA CCCTAGGAGCTTT GATTCCATACAGTG AGACATACATGCG CAATAAAGAATCGG Primer B GGAAAACCCCC ATTAAAGCATCTTC CGCTGCTGTCAA ATATATACCTATAC TCTTTATTTCCTCGC CTGGGTCAGGG Tekrar bölgesi (TG)15 (GT)15 (CT)11(CA)15 Buchanan and Crawford 1993, Buchanan et al 1994
İvesi koyun ırkı, Türkiye yerli koyun ırkları içerisinde süt verimi özelliği yüksek olan ırklarımızdandır. Yapılan araştırmalar göstermiştir ki süt verimi bakımından aynı işletme içerisinde dahi büyük bir varyasyon söz konusudur (Tekel 2003). Varyasyonun nedeni sağlanan çevre faktörlerinin farklılığından kaynaklanabileceği gibi, genetik farklılıkların daha çok etkili olduğunu söylemek mümkündür. Araştırma sonucunda elde edilecek veriler, Kantitatif Özellik Lokusu (QTL-Quantitative Trait Loci) ve Marker Destekli Seleksiyon (MAS-Marker Assisted Selection) uygulamalarına alt yapı oluşturmaktadır. Genetik çeşitliliğin belirlenmesi, ebeveyn testi ve genlerin tespitinde mikrosatelit lokuslarından yararlanılmaktadır. III. Materyal ve Yöntem Materyal: Güneydoğu Tarımsal Araştırma Enstitüsü İşletmesinde yetiştirilen 81 baş İvesi ırkı koyundan alınan kan örnekleri materyal olarak kullanılmıştır. Yöntem: Alınan kan örneklerinden fenol-kloroform yöntemi ile saflaştırılan DNA lar, seçilen mikrosatelit primerleri kullanılarak PCR yöntemi ile mikrosatelit lokusların yükseltgenmesi sağlanmıştır. Elde edilen PCR ürünleri kapilar elektroforez (ABI 310 Genetic Analyzer) cihazında analiz edilmiştir. Elde edilen veriler literatürdeki lokus bilgileri ile karşılaştırılarak düzeltildikten sonra Genetix Programında (Belkhir et al. 2007) değerlendirilmiştir. IV. Analiz ve Bulgular OarFCB20, OarFCB128 ve OarFCB304 mikrosatelit lokuslarında tespit edilen allellerin frekansları Tablo 2 de gösterilmiştir. Tablo 2 de de görüldüğü gibi OarFCB128 lokusunda allel genişliği 92-122 dir. Lokuslar arasında 106 baz çiftlik lokus en yüksek yüzde değerine sahip olup, sırasıyla 114, 112 ve 104 baz çiftlik lokuslar populasyonda en yüksek oranda bulunmaktadır. OarFCB20 lokusunda allel genişliği 86-116 dir. Lokuslar arasında 94 baz çiftlik lokus en yüksek yüzde değerine sahip olup, sırasıyla 94 ve 92 baz çiftlik lokuslar populasyonda en
yüksek oranda bulunmaktadır. OarFCB304 allel genişliği 138-190 dir. Lokuslar arasında 164 baz çiftlik lokus en yüksek yüzde değerine sahip olup, 162 baz çiftlik lokuslar populasyonda ikinci yüksek oranda bulunmaktadır. Tablo 2. Mikrosatelit lokuslarda allel frekansları OARFCB 128 OARFCB 20 OARFCB 304 Allel Frekans Allel Frekans Allel Frekans Allel Frekans Allel Frekans (%) (%) (%) (%) (%) 92 0,1111 86 0,0370 108 0,0556 138 0,0123 168 0,0062 98 0,0062 88 0,0185 110 0,0185 140 0,0309 170 0,0864 102 0,0123 90 0,0679 112 0,0123 146 0,0123 172 0,0679 104 0,1543 92 0,1420 114 0,0123 150 0,0123 174 0,0185 106 0,2654 94 0,1667 116 0,0185 152 0,0062 176 0,0123 108 0,0185 96 0,0679 156 0,0247 178 0,0432 110 0,0247 98 0,0309 158 0,0432 180 0,0617 112 0,1667 100 0,1605 160 0,0123 182 0,0185 114 0,1914 102 0,0864 162 0,1605 184 0,0123 116 0,0370 104 0,0309 164 0,3086 188 0,0123 122 0,0123 106 0,0741 166 0,0309 190 0,0062 Tablo 3 den de görülebileceği gibi lokuslarda heterozigosite oranı yüksek bulunmuştur. Tablo 3. Mikrosatelit lokuslarda Heterozigosite değerleri OARFCB 128 OARFCB 20 OARFCB 304 H-beklenen 0,8263 0,8964 0,8550 H-n.b. 0,8315 0,902 0,8603 H-gözlenen 0,6543 0,9012 0,6667 V. Sonuç ve Öneriler Türkiye şartlarında üstün verim özelliklerine sahip olan İvesi koyun ırkımızdaki OarFCB128, OarFCB304 ve OarFCB20 mikrosatellite lokuslarında görülen polimorfik yapıları incelediğimiz araştırmamızda elde edilen bulgulara göre yüksek polimorfik yapı gözlemlenmiştir. Yapılan bu çalışma yapılacak diğer çalışmalara öncü teşkil edecektir. Moleküler genetik teknikler kullanılarak yapılan polimorfizm çalışmaları Hayvan Islahı çalışmalarından daha hızlı sonuç elde edilmesine yardımcı olacaktır. Lokus sayıları artırılarak uygun lokus seçimi ile çeşitli verim özellikleri ile alleller arası ilişkinin araştırılarak elde edilen verilerin literatüre kazandırılması gerekmektedir.
VI. Kaynaklar Belkhir K., Borsa P., Chikhi L., Goudet J., Bonhomme, F. 2007. GENETIX 4.00 WindowsTM software for population genetics. Laboratoire Génome, Populations, Interactions, University of Montpellier, France, 1996-2000 (http://www.univmontp2.fr/~genetix/genetix/genetix.htm). Buchanan, F.C. and Crawford, A.M. 1993. Ovine microsatellites at the OarFCB11, OarFCB128, OarFCB193,OarFCB266 and OarFCB304 loci. Anim. Genet. 24 (2), 145. Buchanan, F.C., Galloway, S.M. and Crawford, A.M. 1994. Ovine microsatellites at the OarFCB5, OarFCB19, OarFCB20, OarFCB48, OarFCB129 and OarFCB226 loci. Anim. Genet. 25 (1), 60. Tekel, N. 2003. İvesi Kuzularında Çeşitli Dönem Canlı Ağırlıklarına ait Fenotipik ve Genotipik Parametrelerin Tespiti Üzerinde Araştırmalar. Ankara Ü. Fen Bilimleri Enstitüsü, Doktora Tezi (Yayımlanmamış). VII. Ekler a) Mali Bilanço ve Açıklamaları Bütçe Kodu Ödenek Adı Hareket Tarihi Gider Miktarı 6-03-2 Tüketime Yönelik Mal ve Malzeme Alımları 23/12/2005 4.578,40 6-03-3 Yolluklar 10/05/2006 412,00 6-06-2 Menkul Sermaye Üretim Giderleri 28/08/2006 10.325,00 Toplam Gider: 15.315,40 Toplam Ödenek: 15.676,00 Kalan: 360,60 b) Makine ve Teçhizatın Konumu ve İlerideki Kullanımına Dair Açıklamalar Proje kapsamında Demirbaş kaydı yapılan cihaz alımı yapılmamıştır.