AKADEMİK ÖZGEÇMİŞ 1. Adı Soyadı : Emre Deniz 2. İletişim Bilgileri : 3. Unvanı : Doktor Öğretim Üyesi 4. Öğrenim Durumu : Acıbadem Mehmet Ali Aydınlar Üniversitesi, Kerem Aydınlar Kampüsü, Kayışdağı Cad. No:32, Ataşehir/İSTANBUL, emre.deniz@acibadem.edu.tr Derece Alan Üniversite Yıl Doktora Biyoloji Bilimleri ve Biyomühendislik Sabancı Üniversitesi, Mühendislik ve Doğa Bilimleri Fakültesi 2014 Lisans Moleküler Biyoloji ve Genetik Bilkent Üniversitesi, Fen Fakültesi 2009 5. Akademik Unvanlar : -Doktor Öğretim Üyesi (Kasım 2015 - Devam etmekte): Moleküler Biyoloji ve Genetik Bölümü, Fen-Edebiyat Fakültesi, Acıbadem Mehmet Ali Aydınlar Üniversitesi -Doktora Sonrası Araştırmacı (Mart 2015 - Ekim 2015): Nanoteknoloji Araştırma ve Uygulama Merkezi, Sabancı Üniversitesi -Doktora Sonrası Araştırmacı (Mart 2014 - Şubat 2015): Mühendislik ve Doğa Bilimleri Fakültesi, Biyoloji Bilimleri ve Biyomühendislik Programı, Sabancı Üniversitesi 6. Yönetilen Yüksek Lisans ve Doktora Tezleri : 6.1. Yüksek Lisans Tezleri 6.2. Doktora Tezleri 7. Yayınlar : 7.1. Uluslararası hakemli dergilerde yayınlanan makaleler (SCI) 1. Deniz E, Erman B. Long Noncoding RNA (lincrna), A New Paradigm In Gene Expression Control. Funct. Integr. Genomics. 2017. doi:10.1007/s10142-016-0524-x 2. Atasever-Arslan B, Yilancioglu K, Kalkan Z, Timucin AC, Gür H, Isik FB, Deniz E, Erman B, Cetiner S. Screening of new antileukemic agents from essential oils of algae extracts and computational modeling of their interactions with intracellular signaling nodes. Eur J Pharm Sci. 2016 Feb 15;83:120-31. doi: 10.1016/j.ejps.2015.12.001 3. Deniz E, Keskin N, Un M, Eryilmaz J, Batur T, Ersahin T, Cetin Atalay R, Sakaguchi S, Ellmeier W, Erman B. PATZ1 is a DNA damage responsive transcription factor that inhibits p53 function. Mol Cell Biol. 2015 May 15;35(10):1741-53. doi: 10.1128/MCB.01475-14 (Deniz E and Keskin N eş-ilk yazarlardır) 4. Cevik SI, Keskin N, Belkaya S, Ozlu MI, Deniz E, Tazebay UH, Erman B. CD81 interacts with the T cell receptor to suppress signaling. PLoS One. 2012;7(11):e50396. doi: 10.1371/journal.pone.0050396 5. Ligons DL, Tuncer C, Linowes BA, Akcay IM, Kurtulus S, Deniz E, Atasever Arslan B, Cevik SI, Keller HR, Luckey MA, Feigenbaum L, Möröy T, Ersahin T, Atalay R, Erman B, Park JH. CD8 lineage-specific regulation of interleukin-7 receptor
expression by the transcriptional repressor Gfi1. J Biol Chem. 2012 Oct 5;287(41):34386-99. doi: 10.1074/jbc.M112.378687 7.2. Uluslararası diğer hakemli dergilerde yayınlanan makaleler 7.3. Uluslararası bilimsel toplantılarda sunulan ve bildiri kitabında (Proceeding) basılan bildiriler 1. Baran G, Talug B, Keskin N, Tokcaer Keskin Z, Erman B, Deniz E. 2017. The Role of Long Noncoding RNA DANCR in the DNA Damage Response. Fifth International Congress of the Molecular Biology Association of Turkey, Istanbul, 2. Talug B, Deniz E, Tokcaer Keskin Z. 2017. Investigating the Effects of 5,10- Methylenetetrahydrofolate Reductase C677T Polymophism on Mesenchymal Stem Cells by Using CRISPR/Cas9 System as a Gene Editing Tool. Fifth International Congress of the Molecular Biology Association of Turkey, Istanbul, 3. Sahoglu Goktas S, Ors G, Torun T, Durdu ZB, Gorgulu GI, Kazci YE, Deniz E, Erman B, Tuzcu V, Cagevi E. 2017. Correction of KCNQ1 Gene Mutation in Long QT Syndrome Patient-Derived Induced Pluripotent Stem Cells by CRISPR/Cas9 System. Fifth International Congress of the Molecular Biology Association of Turkey, Istanbul, 4. Deniz E, Keskin N, Cetin Atalay R, Ersahin T, Erman B. 2015. The Role of PATZ1 Transcription Factor in the DNA Damage Response. Fourth International Congress of the Molecular Biology Association of Turkey, Ankara, 5. Pamukcu C, Keskin N, Aydin D, Gulser IE, Deniz E, Erman MB, Erman B, Uren A, Yakicier C, Muftuoglu M. 2015. Identification and characterization of small molecule inhibitors targeting DNA polymerase gamma for the treatment of cancers deficient in mismatch repair. 40th Congress of the FEBS - The Biochemical Basis of Life, Berlin, GERMANY 6. Shamloo B, Atasever B, Behmoiras L, Deniz E, Eryilmaz J, Erman B. 2015. GABPβ2 inhibitory effect on IL7R expression. 4th European Congress of Immunology, Vienna, AUSTRIA 7. Deniz E, Keskin N, Cetin Atalay R, Ersahin T, Sakaguchi S, Ellmeier W, Erman B. 2014. The Role of PATZ1 Transcription Factor in the DNA Damage Response. Third International Congress of the Molecular Biology Association of Turkey, Izmir, 8. Keskin N, Deniz E, Un Manolya, Eryilmaz J, Erman B. 2014. Identification of PATZ1 Transcription Factor as a Novel Interacting Partner and Regulator of the p53 Tumor Suppressor Protein. Third International Congress of the Molecular Biology Association of Turkey, Izmir, 9. Deniz E, Keskin N, Sakaguchi S, Ellmeier W, Erman B. 2014. The BTB-ZF Transcription Factor PATZ1 Functionally Interacts with p53. 16th International p53 Workshop, Stockholm, SWEDEN 10. Keskin N, Deniz E, Un M, Eryilmaz J, Erman B. 2014. The BTB-ZF Transcription Factor PATZ1 Functionally Interacts with p53. 16th International p53 Workshop, Stockholm, SWEDEN 11. Keskin N, Deniz E, Ersahin T, Sakaguchi S, Ellmeier W, Cetin Atalay R, Erman B. 2014. Patz1 is a DNA Damage Responsive Alternatively Spliced Heterodimeric Transcription Factor that Inhibits p53 Function. 16th International p53 Workshop, Stockholm, SWEDEN 12. Deniz E, Keskin N, Un M, Eryilmaz J, Sakaguchi S, Ellmeier W, Erman B. 2014. CD4 versus CD8 T Cell Lineage Fate Determinant PATZ1 Functionally Interacts with p53. 2nd International Molecular Immunology & Immunogenetics Congress (MIMIC- II), Antalya,, Sözlü Sunum
13. Deniz E, Keskin N, Un M, Eryilmaz J, Sakaguchi S, Ellmeier W, Erman B. 2013. CD4 vs CD8 T Cell Lineage Fate Determinant PATZ1 Functionally Interacts with p53. Second International Congress of the Molecular Biology Association of Turkey, Istanbul, 14. Deniz E, Un M, Eryilmaz J, Erman B. 2012. Role of PATZ1/MAZR in the Regulation of p53-mediated DNA Damage Response during T-Cell Development. First International Congress of the Molecular Biology Association of Turkey, Istanbul, 15. Deniz E, Un M, Eryilmaz J, Belkaya S, Erman B. 2012. Role of PATZ1/MAZR in the Regulation of p53-mediated DNA Damage Response during T-Cell Development. FASEB Science Research Conference Genome Engineering - Research & Applications, Lucca, ITALY 16. Deniz E, Un M, Eryilmaz J, Erman B. 2012. The BTB-ZF Transcription Factor MAZR Functionally Interacts with p53. EMBO Young Scientists Forum, Istanbul,, Sözlü Sunum 17. Deniz E, Erman B. 2010. Regulation of IL-7Rα Gene Expression in T Lymphocytes. FEBS-EFIS Infection and Inflammation, Vienna, AUSTRIA 7.4. Yazılan Uluslararası kitaplar veya kitaplarda bölümler 7.5. Ulusal hakemli dergilerde yayınlanan makaleler 7.6. Ulusal bilimsel toplantılarda sunulan bildiri kitabında basılan bildiriler 1. Deniz E. 2017. Kök Hücrede Genom Düzenleme. 6. Kök Hücre Sempozyumu, İstanbul, Türkiye, Davetli Konuşmacı 2. Deniz E, Keskin N, Un M, Eryilmaz J, Sakaguchi S, Ellmeier W, Erman B. 2013. CD4/CD8 T Lenfositlerinin Gelişiminde Önemli PATZ1 ile Tümör Baskılayıcı p53 Proteinlerinin Etkileşimi. Türk İmmünoloji Dernegi - 22. Ulusal Immunoloji Kongresi, İzmir, Türkiye, Sözlü Sunum 7.7. Diğer Yayınlar (Bildiri Dışı Davetli Konuşmalar Burada Belirtilmiştir) 1. 2018. Genome Editing with CRISPR/Cas9. Sigma/Merck - Bioscience Academy, İstanbul, Turkey 2. 2018. Genetik Elementler. Hastalıklarla İlişkili Genlerin Keşif Stratejileri - Genomik Perspektif, Marmara Üniversitesi Nöroloji Bilimleri Enstitüsü, İstanbul, Turkey. 3. IX. Aziz Sancar Detae Günleri, Deneysel Tıpta Yenilikler. İstanbul, 4. 2017. Deneysel ve Moleküler Tıp Araştırmalarında CRISPR/Cas9 ile Genom Düzenleme. IX. Aziz Sancar Detae Günleri, Deneysel Tıpta Yenilikler. İstanbul, 5. 2017. Deneysel ve Moleküler Tıp Araştırmalarında CRISPR/Cas9 ile Genom Düzenleme. IX. Aziz Sancar Detae Günleri - Deneysel Tıpta Yenilikler, İstanbul, 6. 2015. Engineering Genetically Modified Organism Using Genome Editing Techniques. X. Molecular Biology and Genetics Weekend Symposium, Bogazici University, Istanbul, 7.8. Uluslararası Atıflar (7 Mayıs 2018 tarihinde) 56 (Google Scholar), 40 (Web of Science) 8. Ulusal & Uluslararası Projeler : Emre Deniz'in Yürütücü Olduğu; 1. 2018-2020 (TÜBİTAK 1003, 216S404), Kanser Tedavilerinde Sitotoksik İlaçlara Karşı Gelişen Direnç Mekanizmalarının CRISPR/Cas9 Teknolojisi Kullanılarak Genom Düzeyinde Taranması ve Modellenmesi.
2. 2017-2018 (ACU - BAP, Karar No: 2017/01/10), Uzun kodlanmayan RNA ların (LnRNA) DNA Hasarı Yanıtlarındaki Rollerinin Araştırılması 3. 2016-2017 (ACU - BAP, Karar No: 2016/03/02), CRISPR/Cas9 Genom Düzenleme Teknolojisi Kullanarak Gen Delesyonu Gerçekleştirme. 4. 2013 (EMBO Shortterm Fellowship, ASTF: 364-2012), Regulation of p53 function by the transcription factor PATZ1/MAZR. Emre Deniz'in Araştırmacı, Doktora Sonrası ya da Doktora Bursiyeri Olduğu; 1. 2016-2019 (TÜBİTAK 1003, 215S011), Özgün 2-indolinon türevi bileşiklerin antiinterlökin 1 ve kemoterapötik etkinlik gösteren ilaçlar olarak geliştirilmesi. Yürütücü: Prof. Dr. Nilgün Lütfiye Karalı. 2. 2014-2016 (TÜBİTAK 1001, 113S811), Glukokortikoidlere bagimli hücre ölümü ve glukokortikoid direnç (rezistans) mekanizmasının araştırılması. Yürütücü: Prof. Dr. Batu Erman. 3. 2012-2015 (TÜBİTAK 1001, 111T401) T Lenfositlerde p53 Fonksiyonu ve DNA Hasar Yanıtlarında Rol Oynayan Yeni Faktörlerin Tanımlanması. Yürütücü: Prof. Dr. Batu Erman. 4. 2009-2011 (TÜBİTAK 1001, 109T315), Bağışıklık Sisteminde Önemli IL7R Sitokin Almaç Geninin Kontrol Mekanizmasının Araştırılması. Yürütücü: Prof. Dr. Batu Erman. 9. İdari Görevler : 1. Acıbadem Mehmet Ali Aydınlar Üniversitesi, Fen-Edebiyat Fakültesi, Fakülte Kurulu Üyesi (2015 - Devam Etmekte) 2. Acıbadem Mehmet Ali Aydınlar Üniversitesi, Fen-Edebiyat Fakültesi, Fakülte Yönetim Kurulu Üyesi (2015 - Devam Etmekte) 3. Acıbadem Mehmet Ali Aydınlar Üniversitesi, Fen-Edebiyat Fakültesi, Moleküler Biyoloji ve Genetik Erasmus Koordinatörü (2017 - Devam Etmekte) 4. Acıbadem Mehmet Ali Aydınlar Üniversitesi, Fen-Edebiyat Fakültesi, Moleküler Biyoloji ve Genetik Erasmus Koordinatörü Yardımcısı (2015-2017) 10. Bilimsel Kuruluşlara Üyelikleri : 1. Turk Immunoloji Dernegi, Istanbul, Turkey 2. Molekuler Biyoloji Dernegi, Istanbul, Turkey 11. Ödüller ve Burslar: 1. Sertifika. Eylül 2016 (30 gün). An International Summit in Human Genetics and Genomics, NIH/NHGRI, ABD 2. EMBO Kısa Dönem Araştırmacı Bursu Ödülü (90 Gün). 2013. Proje: Regulation of p53 functions by the transcription factor PATZ1/MAZR. Danışman: Prof. Dr. Wilfried Ellmeier. Viyana Tıp Üniversitesi, AVUSTURYA 3. En iyi Poster Ödülü. 2013. CD4/CD8 T Lenfositlerinin Gelişiminde Önemli PATZ1 ile Tümör Baskılayıcı p53 Proteinlerinin Etkileşimi. Türk İmmünoloji Dernegi - 22. Ulusal Immunoloji Kongresi, İzmir, TÜRKİYE 4. Üniversite Ders (NS101-102 Science of Nature) Asistanı Olağanüstü Performans Teşvik Ödülü. 2012. Sabancı Üniversitesi. TÜRKİYE 5. TUBITAK-BIDEB Yurtiçi Doktora Bursu (2009-2014), TÜRKİYE 6. Sabancı Üniversitesi Doktora Eğitimi Bursu (2009-2014), TÜRKİYE 7. EMBL Yaz Stajyeri Bursu (90 Gün). 2008. Proje: Finding the Right Conditions to Purify Xenopus protein Z-XKIF18A from BL21-Rill Cell Line and Constructing Different Clones of Fission Yeast Protein TIP1. Danışman: Prof. Dr. Thomas Surrey, EMBL-Heidelberg, ALMANYA
8. North Carolina Chapel Hill Üniversitesi Yaz Stajyeri (60 Gün). 2007. Proje: to identify the requirements for DNA-nucleotide excision repair process carried out by XPF.ERCC1 protein. Danışman: Prof. Dr. Aziz Sancar, North Carolina Chapel Hill Üniversitesi, ABD 9. TUBITAK-BIDEB Yurtiçi Lisans Bursu (2005-2009), TÜRKİYE 10. Bilkent Üniversitesi Lisans Eğitimi Bursu (2005-2009), TÜRKİYE 12. Son iki yılda verdiği lisans ve lisansüstü düzeyindeki dersler : Akademik Yıl Dönem Dersin Adı Haftalık Saati Öğrenci Teorik Uygulama Sayısı 2017-2018 (SU, MDBF, Lisans) Güz Doğa Bilimleri II 2+2-84+70 2017-2018 (ACU, MBG, Lisans) Bahar Moleküler Genetik 3 4 23 2017-2018 (ACU, MBG, Lisans) Bahar Biyolojisi II 3-23 2017-2018 (SU, MDBF, Lisans) Güz Doğa Bilimleri II 2+2-88+88 2017-2018 (ACU, MBG, Lisans) Güz Biyolojisi I 3 4 25 2017-2018 (ACU, MTB, Yüksek Güz Lisans) Biyolojisi 3-1 2017-2018 (ACU, MBG, Lisans) Güz Biyolojisi (Türkçe) 3-13 2017-2018 (ACU, MBG, Lisans) Güz Bitirme Projesi I 1 6 13 Gelişim Biyolojisi (Türkçe) 2-13 Moleküler Genetik 3 4 5 Biyolojisi II 3-6 Bitirme Projesi II 1 6 4 2016-2017 (ACU, MBG, Lisans) Güz Biyolojisi (Türkçe) 3-4 2016-2017 (ACU, MBG, Lisans) Güz Biyolojisi I 3 4 4 2016-2017 (ACU, MBG, Lisans) Güz Bitirme Projesi I 1 6 4 2015-2016 (ACU, MBG, Lisans) Bahar Biyolojisi II (Türkçe) 3-14 2015-2016 (ACU, MBG, Lisans) Bahar Gelişim Biyolojisi (Türkçe) 2-3 2015-2016 (ACU, MBG, Lisans) Güz Biyolojisi I (Türkçe) 3 4 14 *ACU: Acıbadem Mehmet Ali Aydınlar Üniversitesi *MBG: Moleküler Biyoloji ve Genetik Bölümü *MTB: Moleküler ve Translasyonel Biyotıp Tezli Yüksek Lisans Programı *SU, MDBF: Sabancı Üniversitesi, Mühendislik ve Doğa Bilimleri Fakültesi