F. Aylin (Sungur) KONUKLAR Istanbul Teknik Üniversitesi Bilişim Enstitüsü, Hesaplamalı Bilim ve Mühendislik Programı Ayazağa Kampüsü 34469, Maslak / İstanbul Telefon: 0 (212) 2856810 0 (532) 236 48 97 e-posta: akonuklar@be.itu.edu.tr Eğitim 1997 2002 Boğaziçi Üniversitesi, Fen Bilimleri Enstitüsü, Kimya Bölümü, Kimya Doktorası (GNO : 3.93/4.00) Tez Konusu: Relationship Between the Catalytic Mechanism and Deamidation Process of Triosephosphate Isomerase (TIM): A QM/MM Theoretical Study 1995 1997 Boğaziçi Üniversitesi, Fen Bilimleri Enstitüsü, Kimya Bölümü,, Kimya Yüksek Lisansı (GNO : 3.55/4.00) Tez Konusu: Kan Grubu Oligosakkaritlerinin Konformasyonel Analizi. 1990 1995 Boğaziçi Üniversitesi, Fen Edebiyat Fakültesi, Kimya Bölümü (GNO: 2.57/4.00) 1989 1990 Boğaziçi Üniversitesi, Yabancı Diller Yüksek Okulu İleri İngilizce Akademik Deneyim 2004- İTU Bilişim Enstitüsü, HBM Programı Yrd. Doç. 1995-2004 Boğaziçi Üniversitesi, Fen Edebiyat Fakültesi, Kimya Bölümü, Organik Kimya Kalitatif Analiz Laboratuvarı 1995-2004 Boğaziçi Üniversitesi, Fen Edebiyat Fakültesi, Kimya Bölümü, Organik Kimya Laboratuvarı 1995 Boğaziçi Üniversitesi, Fen Edebiyat Fakültesi, Kimya Bölümü, Fizikokimya Laboratuvarı (Öğrenci Asistan) Verilen Dersler Bil 108E Intro. Scientific and Eng. Computing. (Matlab) HBM 502E Introduction to Mathematical Methods in CSE KIM502E Computational Chemistry HBM 597E Special Topics in CSE :Advanced Molecular Modelling
Ödüller ve Burslar 1996 IV International Satellite Meeting Conformational Studies of Carbohydrates, La Thuile 1996 (Konferans ücreti organizasyon komitesi tarafından karşılanmıştır.) 1999 WATOC 1999 Londra, İngiltere (BUVAK-Yol giderleri) 2000 Tübitak-CNRS Project No. 297 Universite Henri Poincare, Nancy, Fransa Teorik Kimya Laboratuvarı Araştırma Bursu (7 hafta) 2001 Universite Henri Poincare, Nancy, Fransa Teorik Kimya Laboratuvarı Araştırma Bursu (6 hafta) 2001 XIV. Ulusal Kimya Kongresi En İyi Sunum- 6. Fizikokimya Seksiyonu- 2002 Universite Henri Poincare, Nancy, Fransa Teorik Kimya Laboratuvarı Araştırma Bursu (2 hafta) 2002 WATOC 02 Lugano, İsviçre (ÖSHS-Yol giderleri+watoc 02 Organizasyon Komitesi) Konferanslar-Çalışma Grupları 1996, 17-20 Temmuz IV International Satellite Meeting Conformational Studies of Carbohydrates La Thuile, İtalya 1998, 14-17 Nisan Gaussian 98 Çalışma Grubu Roma, İtalya 2002, 3 Ağustos Gaussian Kullanıcıları Toplantısı, Lugano, İsviçre 2002, 4-9 Ağustos WATOC 02, Lugano, İsviçre 2002,31 Ekim-1 Kasım Kimyasal Fizik V, Istanbul,Türkiye 2004, 5-10 Eylül Euro-QSAR Istanbul, Türkiye 2004, 14-16 Ekim Kimyasal Fizik VI, Istanbul, Türkiye 2006, 18-20 Mayıs Kimyasal Fizik VII, Isparta, Türkiye Bildiriler 1997 Calgan, D.; Varnalı, T. Sungur, F. A:; Conformational Analysis of Blood Group Oligosaccharides
9th International Congress of Quantum Chemistry Haziran 9-14 Atlanta,ABD 1999 F. A. Sungur, V. Aviyente, H.Reşat Conformational Properties of Amide Substituted Amphotericin B WATOC 1999 Londra, İngiltere 2001 Aviyente, V.; Konuklar, F. A.; Monard, G.; M. F. Ruiz- Lopez Modeling the Deamidation of Asparagine Residues via Succinimide Intermediates in Solution ACS National Meeting in San Diego,ABD (Nisanl 1-5) Sözlü Sunum 2001 Konuklar, F. A.; Aviyente, V.; Monard, G.; M. F. Ruiz- Lopez Suksinimidin hidroliz mekanizmasının teorik olarak incelenmesi XIV. Ulusal Kimya Kongresi Istanbul-Türkiye Sözlü Sunum 2002 Konuklar, F. A.; Aviyente, V.; Monard, G.; M. F. Ruiz- Lopez Modelling the Hydrolysis and Deamidation Reactions of Triosephosphate Isomerase WATOC 02 Lugano, İsviçre 2002 Konuklar, F. Aylin Deamidation Reaction in Triosephosphate Isomerase:A QM/MM Study Kimyasal Fizik V, Istanbul,Türkiye Sözlü Sunum 2004 F.A.S Konuklar,V. Aviyente, T. Haliloğlu The structural fluctuations in relationship between catalytic activity and deamidation reaction in Triosephosphate isomerase by GNM
Euro-QSAR,Istanbul,Türkiye 2006 F.A.S Konuklar,N.Ş.Tüzün Theoretical Studies Of The Stevens Rearrangement Of Substituted 1,3 Dioxepins Kimyasal Fizik VII,Isparta,Türkiye 1. Özen, C., Bayat, S., F. A. Konuklar ve N. Tüzün, Mechanism of a Copper (I) Catalyzed Cycloaddition Reaction,ICTAC-12,Varna-Bulgaria,2008 2. Özen, C., N. Tüzün ve F. A. Konuklar, A DFT Study on the Mechanism of Cyclopropanation via Cu(acac)2 Catalyzed Diazo Decomposition Reaction, Chemical Physics 8, Istanbul, 2008 3. Bayat, S, Konuklar, F.A, Selçuki, C The Interactions of Transition Metal Ions with Tymine Tautomers: A Computational Study Chemical Physics 8, Istanbul, 2008 1. A Computational Study on the Kinetics and the Mechanism of Urethane Formation M.Çoban, F.A.S. Konuklar* 2. A Mechanistic Study Of [3+2] Cycloaddition And Cyclopropanation Reactions Of 1,3-Dioxepine Derivatives In The Presence Of Copper(I) Catalyst C. Özen, F.A.S. Konuklar*, N.S.Tüzün 3. A DFT Study on the reaction mechanisms of some TTF derivatives obtained by coupling reactions S. Güryel, F.A. Konuklar2, M. Yurtsever1,*, T. Öztürk1 4. Inactivation Mechanism of GABA-AT by 5-amino-2 fluorocyclohex-3- enecarboxylic acid: A Computational Study H. Gökcan, F.A.S. Konuklar*
5. A Computational Study on the Inactivation Mechanism of GABA-AT with γ- vinyl-gaba A.T. Durak, F.A.S. Konuklar 6. Computatıonal Insıght Into The Inactıvatıon Mechanısm Of Gaba-At H. Gokcan, A.T. Tuncer, F.A.S. Konuklar* Gordon Research Conferences, Frontiers in Computational Chemistry 2010 Les Diablerets, İsviçre 7. Investigation of Coupling Reaction Mechanisms of Some TTF Derivatives by DFT Method Songül Güryel MineYurtsever, Aylin Konuklar Chemical Physics IX, Çeşme İzmir 8. Computational Study on Two Competing Mechanisms of Inactivation of GABA- AT H. Gökcan, F.A.S. Konuklar* Yayınlar 2000 H. Reşat, F. A. Sungur, M. Baginski, V. Aviyente Conformational Properties of Amphotericin B amide derivative impact on selective toxicity Journal of Computer Aided Molecular Design 14, 689-703. 2001 Konuklar, F. A; Aviyente, V.; Sen, T.Z; Bahar, I. Modeling the Deamidation Reaction of Asparagine Residues via Succinimide Intermediates Journal of Molecular Modeling, 7,147-160. 2002 A Theoretical Study on Modeling the Neutral and Alkaline Hydrolysis of Isoaspartate Konuklar, F. A; Aviyente, V.; M. F. Ruiz-Lopez J. Phys. Chem. A, Vol. 106, No. 46, pp. 11205-11214. 2003 Theoretical Analysis of Hydrolysis Reaction in Succinimide: Formation of Aspartate Konuklar, F. A; Aviyente, V.; Org. Biomol. Chem., 2003, Vol.1, No.13, pp2290-2297.
2004 Relationship Between the Catalytic Mechanism and Deamidation Process of Triosephosphate Isomerase (TIM): A QM/MM Theoretical Study Konuklar, F. A.; Aviyente, V.; Monard, G.; M. F. Ruiz-Lopez J. Phys. Chem. B; 2004; 108(12) pp 3925 3934. 2004 Modeling the Hindered Rotation in Rhodanine Derivatives Aydeniz, Y., Konuklar, F. A., Aviyente, V. A, Oğuz, F. S., Doğan, I., Klein R Org. Biomol. Chem., 2004, Vol.1, No.17 pp2426-2437 2006 Identification Of The Relationship Between The Catalytic Activity And The Deamidation Reaction By An Analytıcal Approach: A GNM Study Konuklar, F. A., Aviyente, V. A., Haliloğlu, T. Proteins: Structure, Function, and Bioinformatics, Vol.62(3), 715-727. 1. Mechanistic Study on [3+2] Cycloaddition and Cyclopropanation Reactions of 1,3-Dioxepine Derivatives in the Presence of Copper(I) Catalyst Cihan Özen, F. Aylin S. Konuklar and Nurcan S. Tuzun Organometallics, 2009, 28 (17), pp 4964 4973 2. A Computational Study On The Mechanism And The Kinetics Of Urethane Formation Mustafa Çoban, F. Aylin S. Konuklar Computational and Theoretical Chemistry,2011,963,Iss1,pp.168-175. Projeler 1997 Boğaziçi University Research Fund-95B0513(Araştırmacı) Modelling Triosephosphate Isomerase 2000 Tübitak-CNRS 297(Araştırmacı) Relationship Between the Catalytic Mechanism and Deamidation Process Of TPI : A QM/MM Theoretical Study (I) 2003 Tübitak-CNRS (Araştırmacı) Relationship Between the Catalytic Mechanism and Deamidation Process Of TPI : A QM/MM Theoretical Study (II)
2004 Tübitak PROJE NO: 104T403(Araştırmacı) Doymamış Siklik Asetal Ve Ketallerin Karbenlerle Tepkimesindeki Ürünlerin Dağılımını Ve Oksonyum/Karbonyum Ylidlerin Oluşumunu Etkileyen Faktörler Üzerine Hesapsal Bir Çalışma 2005 Tübitak PROJE NO: 105E067(Araştırmacı) - Hesaplamalı Bilim ve Mühendislik Programı Endüstriyel Yenilik İçin Bir Mükemmelliyet Merkezi 2005 İTÜ-BAP Genç Araştırıcıları Destekleme Programı(Yönetici) Doymamiş Siklik Asetal Ve Ketallerin Karbenlerle Tepkimesindeki Ürünlerin Dağilimini Ve Oksonyum/ Karbonyum Ylidlerin Oluşumunu Etkileyen Faktörler Üzerine Hesapsal Bir Çalişma TÜBİTAK-FP6 SSA Bilimsel ve Teknolojik Araştırma Projelerini Destekleme Programı (Proje Yürütücü Yardımcısı)-105E067 Computational Science and Engineering Program A Centre of Excellence for Industrial Innovation Proje Miktarı :418.000 YTL Proje Süresi: 24 ay Proje sonuç raporu Haziran 2008 tarihinde Tübitak a gönderilmiştir. 1. TÜBİTAK- Bilimsel ve Teknolojik Araştırma Projelerini Destekleme Programı (Proje Yürütücüsü) 108T344 Gamma Aminobütirikasit Aminotransferaz (Gaba-At) Enziminin Vigabatrin ile Etkisizleştirilme Mekanizması: Hesapsal Bir Çalışma Proje Miktarı:30.000 YTL Proje Süresi : 20 ay Akademik İlgi Alanları 1) Biyomoleküllerin reaksiyon mekanizmalarının teorik olarak incelenmesi 2) Biyomoleküllerin moleküler dinamik simulasyonları ve potansiyel enerji yüzeylerinin incelenmesi 3) İlaçların çalışma prensiblerinin teorik olarak incelenmesi Bilgisayar Bilgisi
Windows 2000, Kimya da Excel Kullanımı, MS Office Applications (Word, Excel, PowerPoint), Unix, Linux, Amber9, Gaussian 03, Spartan, Matlab,, Rasmol, Gnuplot.