MOLEKÜLER BİYOLOJİ VE GENETİK BÖLÜMÜ LİSANS PROGRAMI DERSLERİNİN İÇERİĞİ VE YARARLANILACAK KİTAPLAR BİRİNCİ YIL 1. YARIYIL ( T = Haftalık teorik ders saati; U = Haftalık uygulama ders saati; K = Dersin kredisi; AKTS = Avrupa Kredi Transfer Sistemi ) (T- U - K ) (AKTS) MBG 101 Genel Biyoloji I (General Biology I) (4 2 5) (8 AKTS) Yaşamın Kimyası, makromoleküllerin yapı ve görevleri, hücrenin yapısı ve kısımları, hücresel zarlar, enerji, enzimler ve metabolizma, solunum ve fotosontez, DNA nın yapısı, gen, kromozom, genom, replikasyon, gen ifadesi ve translasyon, hücre döngüsü, mitoz ve mayoz, kalıtım, evrim ve filogeni. Chemistry of life, structure and function of macromolecules, structure and parts of the cell, membranes of the cells, energy, enzymes and metabolism, cellular respiration and photosynthesis, structure of the DNA, gene, chromosome, genome, replication, transcription and translation, cell cycle, mitosis and meiosis, inheritance, evolution and phylogeny. Biology. Campbell & Reece 6. baskıdan çeviri. Çeviri editörleri Ertunç Gündüz, Ali Demirsoy, İsmail Türkkan, Palme Yayıncılık, Ankara, 2006. Yardımcı Ders Kitapları: Biology with Mastering Biology, Neil A Campbell, Jane B. Reece, Pearson Education. 2008. Genel Biyoloji Cilt 1. Keeton & Gould 5. Baskıdan çeviri, Çeviri editörleri Ali Demirsoy, İsmail Türkkan, Palme Yayıncılık, Ankara, 1999. Yaşamın Temel Kuralları. Genel Zooloji Cilt I, Kısım I, Ali Demirsoy, Meteksan Matbaası. Ankara. 1998. Yaşamın Temel Kuralları. Genel Zooloji Cilt I, Kısım II. Ali Demirsoy, Meteksan Matbaası. Ankara. 1998. CHEM 101 Genel Kimya I (General Chemistry I) (4-2-5) (8 AKTS) Ölçme, stokiyometri, maddenin halleri, atomik ve moleküler yapılar, kimyasal bağlanma, periyodik tablo, enerji ilişkileri, gazların moleküler teorisi, çözünürlük gibi temel kimya kavramlarını içerir. Principles of chemistry including stoichiometry, states of matter, atomic and molecular structure, chemical bonding, periodicity, energy relationships, molecular theory of gases solutions. Temel Üniversite Kimyası, Prof. Ender Erdik ve Prof. Yüksel Sarıkaya, Gazi Yayınevi. 1997 Yardımcı Ders Kitapları: Genel Kimya, Raymond C. Türkçe çeviri: T.Uyar,S.Aksoy,R.İnan, Palme, 2009 Chemistry, R. Chang, McGraw-Hill. Inc.6th. edition. 2000 1
MATH 101 Matematik I (Mathematics I) (4-0-4) (4 AKTS) Kümeler, sayılar, denklemler ve eşitsizlikler, fonksiyonlar, limit, süreklilik, türev ve türevin uygulamaları gibi konuları içerir. Sets, numbers, equations and inequalities, functions, limits, continuity, derivatives and their applications. Genel Matematik, 5. Baskı, E. Kadıoğlu, M. Kamalı, 2009. Yardımcı Ders Kitapları: Kavram ve Kapsam, Diferansiyel ve İntegral Hesap, J. Stewart, Kalkülüs, TÜBA Yayınları, 2010. Genel Matematik, Cilt 1, M. Balcı, Balcı Yayınları, 2008. ENG 101 İngilizce ve Kompozisyon I (Foreign Language I) (3-0-3) (5 AKTS) Temel İngilizce becerileri: Okuma, konuşma, yazma, dinleme The course involves the acquisition of four basic skills: reading, speaking, writing, listening and practicing these skills in relevant reading comprehensions. English for Life (Elementary) Coursebook, HUTCHINSON T, Oxford University Press. 2007 Yardımcı Ders Kitapları: Basic English Grammar, Betty SCRAMPHER AZAR. 2005 Essential Grammar in Use, Raymond MURPHY. 2002 TURK 101 Türk Dili I (Turkish Language I) (2-0-2) (3 AKTS) Dilin tanımı, özellikleri, dil-ulus, dil-düşünce ve dil-kültür ilişkisi, Yeryüzündeki diller, Türk dilinin bu diller arasındaki yeri ve tarihsel gelişimi, Atatürk'ün dil devrimi, anlayışı, çalışmaları, Türk dilinin ses özellikleri, olayları, Yazım kuramları ve uygulaması, Noktalama işaretleri ve uygulaması, Sözcük bilgisi, kök-ek ve gövde, yapım ekleri, çekim ekleri, sözcük türetme yolları. Definition and characteristics of language; the relationships between language and nation, thought and culture; the world languages; the place of the Turkish language among other languages; the historical development of the Turkish language; Ataturk's language revolution, his perception of language and his efforts in terms of language; acoustic characteristics of the Turkish language; grammar and syntax; punctutation marks; the concept of vocabulary and vocabulary applications. 2
Üniversiteler İçin Türk Dili, Ergin, Muharrem, Bayrak Yayınları, İstanbul 2002 Yardımcı Ders Kitapları: TDK, Yazım Kılavuzu, TDK Yayınları, Ankara, 2005. TDK, Türkçe Sözlük, TDK Yayınları, Ankara, 2006. 2. YARIYIL MBG 102 Genel Biyoloji II (General Biology II) (4-2-5) (8 AKTS) Biyolojik çeşitlilik, bitkilerde beslenme, bitkilerin yapısı, gelişimi ve çoğalmaları, hayvanlarda beslenme, dolaşım ve gaz değişimi, bağışıklık, homeostasis, hormonlar, hayvanlarda üreme ve gelişme, sinir sistemi, algı ve motor mekanizmaları, ekoloji, ekosistemler ve biyocoğrafya. Biological diversity, plant nutrition, structure, growth and reproduction in plants, animal nutrition, circulation and gas exchange, immunity, homeostasis, hormones, animal reproduciton and growth, nervous system, sensory and motor mechanisms, ecology and ecosystems. Biology. Campbell & Reece 6. baskıdan çeviri. Çeviri editörleri Ertunç Gündüz, Ali Demirsoy, İsmail Türkkan, Palme Yayıncılık, Ankara, 2006. Yardımcı Ders Kitapları: Biology with Mastering Biology, Neil A Campbell, Jane B. Reece, Pearson Education. 2008. Yaşamın Temel Kuralları. Genel Zooloji Cilt I, Kısım I, Ali Demirsoy, Meteksan Matbaası. Ankara. 1998. Yaşamın Temel Kuralları. Genel Zooloji Cilt I, Kısım II. Ali Demirsoy, Meteksan Matbaası. Ankara. 1998. CHEM 102 Organik Kimya (Organic Chemistry) (4-2-5) (7 AKTS) Alkanes, alkenes, alkynes, alkil halojenürler, alkoller ve aromatik bileşikler sınıfına dahil olan organik moleküllerin kimyasal yapıları ve kimyasal ve fiziksel özellikleri, tepkimeleri, sentezlerine organik bileşiklerin isimlendirilmesi konularını içerir. Topics include structure and reactions of alkanes, alkenes, alkynes, alcohols, alkyl halides, and aromatic molecules; nomenclature of organic compounds; stereochemistry; reaction mechanisms and dynamics Organik Kimya. Robert C. Atkins, Francis A. Carey; çeviri: Gürol Okay, Yılmaz Yıldırır. 2. bs. Ankara : Bilim Kitabevi. 2002 3
Yardımcı Organik kimya T.W. Graham Solomons, Craig B. Fryhle, çeviri: Gürol Okay, Yılmaz Yıldırır. İstanbul : Literatür Yayıncılık. 1999 PHYS 101 Fizik I (Physics I) (4-2-5) (8 AKTS) Biyolojik sistemlerin çalışma mekanizmalarını anlamaya yönelik, hareket, akışkanların mekaniği, ısı ve termodinamik gibi konuları içerir. Includes the concepts of basic physics to understand the working principles of biological systems. In this context, motion, fluid mechanics, heat and thermodynamics are included, such as physical issues. Biyoloji ve Tıpta Fizik (Physics in Biyology and Medicine) (3.Baskı), Paul Davidovits, Çeviri: Prof. Dr. Fevzi KÖKSAL, Nobel Yayıncılık, 2011 Yardımcı Serway Fen ve Mühendislik için Fizik 3 - Modern Fizik Raymond A. Serway - Robert J. Beichner Çev, Prof.Dr.Kemal Çolakoğlu, 2011 ENG 102 İngilizce ve Kompozisyon II (Foreign Language II) (3-0-3) (4 AKTS) Ders, ENG 101 in devamı niteliğinde olup, okuma, konuşma, yazma, dinleme ve zamanların uygun kullanımı gibi edinilen temel yetilerin geliştirilmesini amaçlamaktadır. The course, as the second phase and continuation of ENG 101, involves the advancement of acquired four basic skills: reading, speaking, writing, listening and of correct usage of tenses in English. English for Life (Elementary) Coursebook, HUTCHINSON T, Oxford_University Press. 2007 Yardımcı Ders Kitapları: Basic English Grammar, Betty SCRAMPHER AZAR. 2005 Essential Grammar in Use, Raymond MURPHY. 2002 4
TURK 102 Türk Dili II (Turkish Language II) (2-0-2) (3 AKTS) Sözcük ve anlamı, anlamları yönünden sözcükler, sözcüklerin gerçek, yan ve mecaz anlamları, deyimler, ikilemeler, terimler. Dil yanlışları (sözcüğün yapısı ve anlamıyla ilgili yanlışlar). Türk dilinin cümle yapısı, cümle öğeleri, cümle çözümlemeleri. Dil yanlışları (özne, tümleç ve yüklem eksikliğinden kaynaklanan yanlışlar). Olay ve düşünce yazıları. Tebliğ, tutanak, rapor örnekleri. Dilekçe, iş mektubu ve özgeçmiş örnekleri. Tartışma ve çeşitleri, anlatım türleri. The meaning of vocabulary; exemination of words, concepts and phrases; incorrect usages in the Turkish language; written expression methods such as novels, articles and essays, and poems; examples of presentations, reports and minutes and records; petitions, business letters and CV writing; and discussins and debates. Üniversiteler İçin Türk Dili, Ergin, Muharrem, Bayrak Yayınları, İstanbul, 2002. Yardımcı Ders Kitapları: TDK, Yazım Kılavuzu, TDK Yayınları, Ankara, 2005. TDK, Türkçe Sözlük, TDK Yayınları, Ankara, 2006. 5
İKİNCİ YIL 3. YARIYIL MBG 201 Moleküler Hücre Biyolojisi I (Molecular Cell Biology I) (4-2-5) (8 AKTS) Hücre moleküler biyolojisinin temelleri inşa edilerek hücre teorisi, kimyası, transkripsiyon, translasyon, hücre mimarisi, metabolizma, signal transdüksiyon yolakları incelenecektir. Basic consepts: Cell theory, chemistry, transcription, translation, organelles, cellular metabolism and signal transduction will be studied. Ders Kitabı : Molecular Biology of the Cell, Alberts, B., Johnson, A., Lewis, J., Raff, M., Roberts, K., Walter, P. Garland Science, New York, 2008. Yardımcı Ders Kitabı : The Cell a Molecular Approach. GM Cooper, Sinauer Associates, Inc., Sunderland, Massachusetts., 2000 MBG 203 Genetik (Genetics) (4-2-5) (8 AKTS) Genetik materyel olarak DNA, kromozomlar, kromozom organizasyonu, mitoz, mayoz, Mendel in genetik prensipleri, kalıtım teorisi, ökaryot ve prokaryot genetiği, mutasyonlar, popülasyon genetiği gibi temel genetik kavramlar tartışılacaktır. DNA as a genetic material, chromosomes and their structures, mitosis and meiosis, Mendelian genetics, basic principles of inheritance, chromosome theory of heredity, basic genetics of eukaryotes and prokaryotes, mutations, population genetics. Principles of Genetics, D. Peter Snustad, Michael J. Simmons, Wiley, Oxford, 2011 Yardımcı Genetik Kavramlar, William S. Klug, Michael R. Cummings, 8.Baskıdan Çeviri, Çeviren: Prof. Dr. Cihan Öner, Palme Yayınevi, 2009. 6
PHYS 201 Biyofizik (Biophysics) (3-0-3) (4 AKTS) Biyofiziğe giriş, biyolojik sistemlerin çalışma prensiplerini anlamaya yönelik temel fizik konularını kapsar. Radyasyon biyofiziği, görüntüleme teknikleri, biyolojik yapı ve fonksiyon ilişkisinde kullanılan metodlar, moleküler organizasyonun ve membran dinamiğinin fiziksel temeli, yaşam döngüsünde ve membran transportunda termodinamik kurallar, nükleer fizik gibi konular özellikle işlenecektir. Introduction to biophysics, includes the concepts of basic physics to understand the working principles of various devices used to study in biological systems. In this context, subjects such as radiation biophysics, imaging techniques, methods studying structure and function, biophysics of biological membranes, thermodynamic principals, electricity, waves and sound, optics, atomic and nuclear physics are included. Biophysics: An Introduction, R. Cotteril. Wiley, Oxford. 2002 Yardımcı Biophysics. R. Glasser. Springer, New York. 2001 MBG 205 Biyoinformatiğe Giriş (Introduction to Bioinformatics) (2-2-3) (4 AKTS) İnsan genomu projesi ve genetik haritalama metodları, databazlarının tanıtım ve kullanımı (NCBI, PubMed, Sanger, Ensemble ve USCS). Filogenetik, sistem biyolojisi, DNA çip ve yeni nesil dizileme teknolojileri data analizi. Human Genome Project and genetic mapping methods. Usage of databases (NCBI, Pubmed, Sanger, Ensembl, UCSC) related to molecular biology and genetics. Phylogenetics, systems biology, principles of microarray and next generation sequencing data analysis. Bioinformatics and Functional Genomics, 2nd edition, Jonathan Pevsner, Wiley-Blackwell, 2009 Yardımcı Introduction to Bioinformatics, 3rd edition, Arthur Lesk, Oxford University Press, 2008 7
MATH 207 Biyoistatistik (Biostatistics) (2-0-2) (3 AKTS) Biyolojik verilerin toplanması ve analizinde istatistiksel metodlar. Populasyon, örnek ve örnek alma, tablo ve grafik yapım yöntemleri, merkezi eğilim ve varyasyon ölçüleri, çeşitlilik indeksleri, ortalamaların dağılımı ve standart hata, teorik dağılımlar, uyum testleri, hipotez testleri, populasyon ortalamasının güven sınırları, parametrik olmayan testler, varyans analizine giriş, basit lineer regresyon ve korelasyon. Basic statistical methods on collecting and analysing of biological datas. Population, sample and taking of sample, table and graphic making procedures, central affinity and variation measures, variety indexes, distribution of average and standard error, theoretical distributions, adaptation tests, hypothesis tests, safety limits of population average, non-parametric tests, entering to variances analyses, simple linear regression and correlation. Biyoistatistik, 11. Baskı, Kadir Sümbüloğlu, Vildan Sümbüloğlu, Hatiboğlu Yayıncılık, 2005 Yardımcı Introductory biological statistics, R. E. Hampton, J. E. Havel, Waveland Press, 2006 ATA 201 Atatürk İlkeleri ve İnkılap Tarihi I (2-0-2) (3 AKTS) İnkılap tarihinin anlamı; Türk inkılabının önemi; Türk inkılabına yol açan nedenlere toplu bakış; I. Dünya Savaşı, Osmanlı Devleti nin parçalanma süreci; İşgaller karşısında memleketin durumu; Mustafa Kemal Paşa nın tutumu; Kurtuluş için ilk adım-kongreler yolu ile örgütlenme; Cemiyetler; Kuva-yı Milliye; Misak-i Milli; TBMM nin açılışı; Ulusal ordunun kurulması; İki önemli olay- Sevres Antlaşması ve Gümrü barışı; Sakarya savaşına kadar kurtuluş mücadelesi; Sakarya Savaşı; Büyük Taarruz, Mudanya Ateşkes Antlaşması, Lozan Barış Antlaşması dersin bu dönemki konularını içermektedir. The meaning of the history of revolution the importance of Turkish revolution, a general view of the reasons leading to the Turkish revolution, World War I, the beginning of the disintegration of the Ottoman Empire, the condition of the country under siege attitude of Mustafa Kemal Pasha, the first step of independence- the process of getting organized by establishing the congresses the political parties, the national forces, the national pact, opening of the grand national assembly, the formation of the national army, two important events: servés and Gümrü peace agreement, the struggle for independence until the war of Sakarya, the Sakarya war the grand attack, from Mudanya to lausanne, two important revolutions in the political arena, transition to the Memorandum of Peace period. Atatürk Devrimleri ve Yorumları, Akarsu,B.(1981), yayınlayan:tdk. Yardımcı Ders Kitapları: Nutuk.I.ve II.Ciltler. Atatürk, M.K.(1962) Yay:Milli Eğitim Basımevi. Nutuk,Vesikalar.Cilt III.Atatürk,M.K.(1962) Yay:Milli Eğitim Basımevi. Atatürk'ün Söylev ve Demeçleri,Türk İnkılap Tarihi Enst.Yay; Turan, Ş. (1991-2002). 8
4. YARIYIL MBG 202 Moleküler Hücre Biyolojisi II (4-2-5) (Molecular Cell Biology II) (8 AKTS) Hücre moleküler biyolojisinde, DNA onarım mekanizmaları, hücre döngüsü, farklılaşma, programlı hücre ölümü, yaşlanma, büyüme kontrolü ve immünite gibi özel konular detaylı olarak incelenecektir. Specific subjects such as DNA repair, cell cycle, differentiation, apoptosis, senescence, growth control, and immunity to be studied. Molecular Biology of the Cell, Alberts, B., Johnson, A., Lewis, J., Raff, M., Roberts, K., Walter, P. Garland Science, New York, 2008. Yardımcı Molecular Cell Biology, H. Lodish, W. H. Freeman, New York, 2008 MBG 204 Moleküler Genetik (Molecular Genetics) (4-2-5) (7 AKTS) Genetik materyelin moleküler yapısı, genetik kod, replikasyon, transkripsiyon, translasyon, mutasyon ve prokaryot ve ökaryotlarda rekombinasyon. Prokaryot ve ökaryotlarda gen ekspresyonu ve düzenlenmesi. Molecular structure of genetic material, replication, genetic code, transcription, translation, mutation, recombination in prokaryotes and eukaryotes. Basic principles of regulation of gene expression in prokaryotes and eukaryotes. Principles of Genetics, D. Peter Snustad, Michael J. Simmons, Wiley, 2011 Yardımcı Hücrenin Moleküler Biyolojisi, TÜBA yayınları, Alberts B. et al. Molecular Biology of the Cell 4th edition, 2008 9
CHEM 201 Biyokimya I (Biochemistry I) (4-2-5) (7 AKTS) Biyokimyanın amacı ve tanımı, uzay, zaman, enerji, kimyasal etkileşimler, işlev grupları, canlı yaşamı ve hücrenin yapısı, biyomoleküllerin yapısal özellikleri, enzim, yapısı ve etki mekanizması, vitaminler. Biochemistry, purpose and definition, space, time, energy, chemical interactions, functional groups, cell structure, structural properties of biomolecules, enzymes, structure and their mechanism, vitamins. Lehninger Principles of Biochemistry, Albert Lehninger, David L. Nelson, Michael M. Cox, W. H. Freeman; 2008 Yardımcı Ders Kitapları: Biochemistry, 4th Eds., Stryer L., W.H. Freeman, Hampshire,U.K. (1995). Biochemistry, Mathews C.K., Van Holde K.E. The Benjamin/Cummings Publishing Co. Inc. California, (1990). MBG 206 Biyoinformatik (Bioinformatics) (2-2-3) (3 AKTS) DNA, RNA ve protein dizilerinin karşılaştırılması, primer tasarlama, bilgisayar yardımıyla mutasyon araştırma, ikincil yapı öngörümü, 3D modelleme, proteinlerin 3D yapısının bilgisayar ile öngörüsü. Sequence alignments, primer design principles, mutation analysis with computer aid, secondary structure predictions, 3-D structure modeling, protein folding and structure prediction with molecular visualization programs. Bioinformatics and Functional Genomics, 2nd edition, Jonathan Pevsner, Wiley-Blackwell, 2009 Yardımcı Introduction to Bioinformatics, 3 edition, Arthur Lesk, Oxford University Press, 2008 10
MBG 210 Bilim ve Etik (Science & Ethics) (2-0-2) (3 AKTS) Bilim tarihi, modern bilimin öncüleri ve bilim etiği. History of science, pioneers of modern science, ethics in science. Science and Ethics, Bernard E. Rolli, Cambridge University Press, 2006 Yardımcı European Textbook on Ethics in Research, EUR 24452, 2010 ATA 202 Atatürk İlkeleri ve İnkilap Tarihi II (2-0-2) (3 AKTS) Türk inkılabının yürütülmesindeki özellikler; Hukuk sisteminin kurulması; Eğitim sisteminin kurulması; Ekonomi ve Maliye alanında harcanan çabalar; Toplumsal yaşayışı düzenleyen diğer yenilikler; Atatürk döneminde T.C.'nin iç siyaseti; Atatürk döneminde T.C. nin dış siyaseti; Atatürk ün vefatı; Atatürk döneminden sonra T.C.. nin iç ve dış siyaseti (1939-1983 özet); Atatürk ilkelerinin tek tek ele alınarak tanıtımı ve son olarak da genel değerlendirme, dersin içeriğini oluşturmaktadır. Steps of the implementation of the Turkish revolution, establishment of the educational system, efforts made in the fields of economy and finance, the other changes regulating the social life, domestic policy of the Turkish Republic during the period of Atatürk, appendix to the unit: death of Atatürk, domestic and foreign policy of Turkish Republic after the period of Atatürk, (1938-1983 Summary), a general view of the principles of Atatürk, the principles of Atatürkrepublicanism, the principles of Atatürk (2) Nationalism, the principles of Atatürk-(3)- (4) (Populism and Etatismé), the Principles of Atatürk- (5) Secularism, the principles of Atatürk- (6) Revolutionarism, general evaluation. Atatürk Devrimleri ve Yorumları, Akarsu,B. TDK 1981. Yardımcı Türk Devrim Tarihi 5 cilt, Bilgi Yayınevi; Gönlübol,M-Sar,C.1973 Modern Türkiye'nin Doğuşu. Lewis,B. TTK 1970 11
ÜÇÜNCÜ YIL 5. YARIYIL MBG 301 Fizyoloji I (Physiology I) (4-0-4) (7 AKTS) İnsan fizyolojisinin hücresel temeli, sinir ve kas fizyolojisi, sinir sisteminin fonksiyonları, enerji dengesi, metabolizma ve beslenme. İnsandaki başlıca sistemler; dolaşım, iskelet, kas, solunum, sindirim, boşaltım, sinir, üreme, bağışılık sistemleri. Cellular basis of human physiology, physiology of nerve and muscle, functions of nervous system, energy balance, metabolism and nutrition, major body systems; circulatory, skeletal, muscle, respiratory, digestion, excretory, nervous, reproductive and immune system. Fizyoloji, Berne Levy, Türk Fizyolojik Bilimler Derneği, Güneş Tıp Kitapevi, 2008 Yardımcı Ders Kitabı : Human Physiology, Pocock G. Richards C.D. The Basis of Medicine, Oxford Medical, 1999 CHEM 301 Biyokimya II (Biochemistry II) (4-0-4) (7 AKTS) Metabolizma, katabolik ve anabolik reaksiyonlar, karbohidrat metabolizması ve enerji üretimi, fotosentez, lipidler, amino asitler ve nükleik asit metabolizması, genetik bilginin saklanması ve protein sentezi. Metabolism, catabolic and anabolic reactions, carbohydrate metabolism and energy production, photosynthesis, lipids, amino acids and nucleic acid metabolisms, storage of genetic information and protein synthesis. Lehninger Principles of Biochemistry, Albert Lehninger, David L. Nelson, Michael M. Cox, W. H. Freeman, 2008. Yardımcı Biochemistry, 4th Eds., Stryer L., W.H. Freeman, Hampshire,U.K. 1995. 12
MBG 305 Moleküler Biyoloji ve Genetikte Araştırma Teknikleri I (Research Techniques in Molecular Biology and Genetics I) (2-4-4) (6 AKTS) Moleküler Biyoloji ve Genetik alanında kullanılan biyoteknoloji ile ilgili teknikler detaylı olarak öğrenilecektir. Bu ders DNA, RNA ve protein izolasyonu mrna sentezi ve blotlama, gen klonlama, mutasyon oluşturma, real-time kantitatif PCR, biyoinformatik, rekombinant protein ifadesi, fermantasyon teknolojisi ile büyük çapta protein üretme gibi teknikleri kapsayacaktır. A comprehensive study of molecular biology applications and techniques as they relate to biotechnology. The topics covered in this course include DNA, RNA and protein isolation mrna synthesis and blotting, gene cloning, mutation of DNA, real-time quantitative PCR, bioinformatics, expression of recombinant proteins, large-scale production of proteins through fermentation. Principles and Techniques of Biochemistry and Molecular Biology, K M. Wilson, J. M. Walker Cambridge University Press, 2010 Yardımcı Molecular Cloning: A Laboratory Manual (1,2,3). J. Sambrook, D. W Russell, CSHL Press, 2001 MBG 308 Mikrobiyoloji ve İmmunoloji I (Microbiology and Immunology I) (4-0-4) (7 AKTS) Mikroorganizmaların yapıları ve sınıflandırılması, metabolizması, genetiği ve tanımlanması, mikroorganizma ve çevre ilişkileri konuları, immünolojinin temel prensipleri ve mikroorganizmakonak ilişkileri gibi konular kapsanacaktır. Structure of microorganisms, classification and various activities of bacteria, physiology, metabolism and genetics, identification and control of microorganisms, microorganism-environment interactions. Basic principals of immunology, host-microorganism interactions. Textbook of microbiology and immunology S. C. Parija, Elsevier, 2009 Yardımcı Rapid Review Microbiology and Immunology, K. S. Rosenthal, J. S. Tan. Mosby, 2002 13
6. YARIYIL MBG 302 Fizyoloji II (Physiology II) (4-0-4) (7 AKTS) Sinir fizyolojisi ve sinir sistemi ile ilgili hastalıklar hakkında temel ve pratik bilgiler verilecektir. İnsan dahil hayvansal organizmalarda karşılaştırmalı olarak sinir fizyolojisinin işleyişi ve mekanizması verilecek, bunlar ile ilgili proteinlerin yapı ve işlev bozukluğu sonucu ortaya çıkan Alzheimer, Parkinson gibi rahatsızlıklar ile epilepsi gibi nörolojik bozukluklar incelenecektir. Informations about nerve physiology and diseases will be given. Mechanism and functioning of nerve physiology in all animals including humans will be given with comparative manner, disorders such as Alzheimer, Parkinson, results from structural and functional disorders of related proteins and neurologic disorders such as epilepsy will be investigated. Neurophysiology, R. H. S. Carpenter, B. Reddi. Taylor & Francis Group, 2012 Yardımcı Human Physiology, Pocock G. Richards C.D. The Basis of Medicine, Oxford Medical, 2006 MBG 310 Genomiks (Genomics) (4-0-4) (7 AKTS) Kurs, insan ve model organizmaların genomik yapı ve işlevlerini örenmeye yönelik olarak planlanmış olup, moleküler belirtçler, bağlantı analizleri, FISH, tüm genom karşılaştırması, genomik benzerlikler ve genomun evrimi, yeni nesil dizi analizi ve mikroçip teknolojileri ile ifade analizi ve proteomiks konularını kapsamaktadır. The course discusses the structure and function of genomes of human and model organisms. The topics that are treated cover: molecular markers, linkage maps, fluorescent in situ hybridization, whole genome comparison, genome synteny and evolution, expression analysis by micro-array and next gene sequencing techniques, proteomics. Principles of Gene Manipulation and Genomics. S. B. Primrose,R. Twyman, John Wiley & Sons, 2009 Yardımcı Encyclopedic reference of genomics and proteomics in molecular medicine. D. Ganten, K. Ruckpaul, Springer, 2006 14
MBG 306 Moleküler Biyoloji ve Genetikte Araştırma Teknikleri II (Research Techniques in Molecular Biology and Genetics II) (2-4-4) (7 AKTS) Moleküler Biyoloji ve Genetik alanında kullanılan ileri teknikler detaylı olarak öğrenilecektir. Bu ders moleküler görüntüleme tekniklerini, yeni nesil dizi analizi, mikroçip teknolojileri ile ifade analizi ve proteomiks, biyoinformatik, sistem biyolojisi ve transgenik hayvan üretimi ile ilgili teknikleri kapsamaktadır. A comprehensive study of advenced molecular biology and genetics applications and techniques. The topics covered in this course include whole genome and proteom analysis, expression analysis by micro-array and next gene sequencing techniques, proteomics, bioinformatics systems biology and production of transgenic animals. Omics: Biomedical Perspectives and Applications. D. Barh, K. Blum, M. A. Madigan, CRC Press, 2012 Yardımcı Molecular Cloning: A Laboratory Manual (1,2,3). J. Sambrook, D. W Russell, CSHL Press, 2001 MBG 309 Mikrobiyoloji ve İmmunoloji II (Microbiology and Immunology) (4-0-4) (7 AKTS) Mikroorganizmaların yol açtığı hastalıkların, immün sistemin bu mikroorganizmalara yanıtı ve immünolojik patolojilerin moleküler mekanizmaları gibi özel mikrobiyoloji ve immünoloji konuları kapsanacaktır. Molecular mecnhanisms of infectious diseases and immun systems disorders will be covered. Mechanisms of Disease. S. Tomlinson, A. M. Heagerty, A. P. Weetman. Cambridge University Press, 2008 Yardımcı Ders Kitapları: Textbook of microbiology and immunology S. C. Parija, Elsevier, 2009 Rapid Review Microbiology and Immunology, K. S. Rosenthal, J. S. Tan. Mosby, 2002 15
DÖRDÜNCÜ YIL 7. YARIYIL MBG 406 Bitirme Projesi I (Senior Project I) (1-6-4) (7 AKTS) Son sınıf öğrencisinin, bir bölüm öğretim üyesinin danışmanlığında, Moleküler Biyoloji ve Genetik alanıyla ilglili bir konuda proje hazırlayıp, dönem sonunda ara raporunu yazılı olarak ilgili öğretim üyesine sunması beklenmektedir. Senior student is expected to prepare a project under the guidance of a department member related to the Molecular Biology and Genetics field, and give a written report to the related department member at the end of the semester. MBG 401 Kanserin Moleküler Biyolojisi (Molecular Biology of Cancer) (4-0-4) (7 AKTS) Kanserin doğası, onkogenler ve tümor baskılayıcı genler, sinyal yolakları, hücre döngüsü, apoptoz, hücre yaşlanması, kanser gelişimi, angiojeneziz, metastaz, tümör immünolojisi, kanser tedavisi. Nature of cancer, oncogenes, tumor suppressor genes, signaling pathways, cell cycle, apoptosis, senescence, development of cancer, biology of angiogenesis, metastasis, tumor immunology, treatment of cancer. The Biology of Cancer, Robert A. Weinberg, Garland Science; 2007 Yardımcı Hücrenin Moleküler Biyolojisi, TÜBA yayınları (Alberts B. et al. Molecular Biology of the Cell 4th edition ), 2008. MBG 403 Gen Mühendisliği ve Biyoteknoloji (Genetic engineering and Biotechnology) (4-0-4) (4 AKTS) Gen mühendisliği, nükleik asitler ile çalışma prensipleri, moleküler biyolojide kullanılan enzimler, genetik yapı değişikliklerinin ve rekombinant DNA moleküllerinin oluşturulması. Genetiği değiştirilmiş organizmalar, biyoteknolojinin adli tıp ve güncel tıp alanında kullanılması. Principles of genetic engineering, working with nucleic acids, enzymes used in genetic studies, gene manipulations. Genetic engineering in biotechnology, medical and forensic, transgenic plants and animals. An Introduction to Genetic Engineering, Desmond S. T. Nicholl, Cambridge University Press, 2008. Yardımcı Principles of Gene Manipulation and Genomics, Sandy B. Primrose, Richard Twyman, Wiley- Blackwell, 2006. 16
8. YARIYIL MBG 407 Bitirme Projesi II (Senior Project II) (1-6-4) (7 AKTS) MBG 406 nın devamı niteliğinde olup, son sınıf öğrencisinin, bir bölüm öğretim üyesinin danışmanlığında, Moleküler Biyoloji ve Genetik alanıyla ilglili bir konuda proje hazırlayıp, dönem sonunda final raporunu yazılı olarak ilgili öğretim üyesine vermesi ve tüm bölüme seminer şeklinde sunması beklenmektedir. This course is a continuation of MBG 406 where senior student is expected to prepare a project under the guidance of a department member related to the Molecular Biology and Genetics field, give a written final report to the related department member and present his/her final report as a departmental seminer at the end of the semester. MBG 404 Kök Hücre ve Hücre Tedavileri (Stem cell and Cellular Therapies) (4-0-4) (7 AKTS) Kök hücrenin tarifi, kök hücrelerin türleri, klinik kök hücre uygulamaları. Kök hücre dışı hücresel tedavi yöntemleri. Kök hücre araştırmaları konusunda Türkiye de ve dünyadaki yasal ve etik düzenlemeler. Definition of stem cell, types of stem cells, clinical stem cell applications. Cell therapy apllications other than stem cell. Ethical and regulations of stem cell researches. Cell Therapy; CGMP Facilities and Manufacturing A. P. Gee, Springer, 2009 Yardımcı Ders Kitapları : Essentials of Stem Cell Biology, Second Edition, Robert Lanza, John Gearhart, Brigid Hogan, Douglas Melton, Roger Pederson, E. Donnall Thomas, James Thomson, Sir Ian Wilmut, Academic Press; 2nd edition (2009). Kök Hücre Biyolojisi Ve Klinik Uygulamalar, Türkiye Bilimler Akademisi (TÜBA) (2009) 17
ACIBADEM ÜNİVERSİTESİ Fen-Edebiyat Fakültesi Moleküler Biyoloji ve Genetik Bölümü Seçmeli Dersleri MBG 410 Hücre Döngüsü ve Apoptoz (Cell Cycle And Apoptosis) (2-0-2) (4 AKTS) Prokaryot ve ökaryot hücreler ve hücre döngüleri, hücre döngüsünün moleküler kontrol mekanizmaları ele alınacaktır. Ayrıca hücre çoğalma sinyalleri, reseptörleri ve sinyal aktarım yolları, farklılaşmanın sinyalleri, düzenlenmesi, programlı hücre ölümü (apoptoz), hücre döngüsünün kanserle ilişkisi, apoptozun ana prensipleri, apoptoz inhibitör sistemler ve kaspazlar, apoptoz indeksi ölçüm metotları incelenecektir. Prokaryotic and eukaryotic cells, cell cycle, molecular control mechanisms of cell cycle will be covered. Also, signals of cell proliferation, receptors and signaling pathways, differantiation signals and regulation, programmed cell death (apoptosis), relation of cell cycle with cancer, main principles of apoptosis, apoptosis inhibitory systems and caspases, methods of apoptosis index measurement will be investigated. Moleculer Cell Biology. H. Lodish W.H. Freeman. New York, 2008. Yardımcı Hücrenin Moleküler Biyolojisi, TÜBA yayınları, Alberts B. et al. Molecular Biology of the Cell 4th edition, 2008 MBG 411 Epigenetik (Epigenetics) (2-0-2) (4 AKTS) Epigenetiğin moleküler mekanizmaları, epigenetiğin fonksiyonları, kanser epigenetiği, epigenetik ve hastalıklar. Molecular mechanisms of epigenetics, functions of epigenetics, cancer epigenetics, epigenetics and diseases. Epigenetics, C. D. Allis, T. Jenuwein, D. Reinberg, M-L Caparros, Cold Spring Harbor Laboratory Press, 2007. Yardımcı Handbook of Epigenetics: The New Molecular and Medical Genetics, T. Tollefsbol, Academic Press, 2010. 18
MBG 412 Gelişim Biyolojisi (Developmental Biology) (2-0-2) (4 AKTS) Farklı model organizmalarda gelişimin moleküler mekanizmaları ve gelişim bozuklukları. Molecular mechanisms that guides to development in different model organisms and diseases of development. Molecular Principles of Animal Development. A.M. Arias, and A. Stewart, Oxford University Press 2002. Yardımcı Developmental Biology. S.F. Gilbert, Sinauer Associates, Inc. 2006 MBG 412 Biyopolimerler (Biopolimers) (2-0-2) (4 AKTS) Biyopolimerlerin tanımı, polimer yapı ve özellikleri, polimerleşme mekanizmaları, biyobozunur polimerler, implantlar, immünite, biyopolimerlerin ve biyomateryallerin uygulamaları. Biopolimers, description, structure, synthesis, properties, mechanisms of polymerisation, biodegradable materials, implants, immunity and apllications of biopolymers. Biomaterials Science, B. D. Ratner, A. S. Hoffman, F. J. Schoen, J. E. Lemons, Elsevier Academic Press,2004. Yardımcı Biomedical Polymers and Polymer Therapeutics E. Chiellini, J. Sunomoto, C. Migliaresi, R. M. Ottenbrite, D. Cohn, Kluwer Academic Publishers, 2002 MBG 413 Proteomiks (Proteomics) (2-0-2) (4 AKTS) Proteinlerin yapıları ve görevleri, protein yapı tayini yöntemleri, protein yapı tahmini, proteinprotein etkileşimleri, protein bilimi ile ilgili veri tabanları ve biyoinformatik uygulamalar, proteomiks uygulamaları. Structures and functions of proteins, methods of protein structure determination, protein structure prediction, protein- protein interactions, proteomics databases and bioinformatic applications related to protein science, proteomics applications. Principles of Proteomics, R. Tywman. Taylor & Francis, 2004 Yardımcı Introduction to Protein Science: Architecture, Function, and Genomics, A. M. Lesk, Oxford University Press, USA, 2010. 19
MBG454 RNA Dünyası (RNA World) (2-0-2) (4 AKTS) Protein kodlamayan RNA lar ve düzenleyici RNA lar (mirna, lincrna, pirna, rasirna, sirnas vb.) Protein kodlamayan RNA ların insan hastalıklarındaki rolü. RNA interferans ve mirna çalışmalarında güncel uygulamalar. Non-coding RNAs (ncrnas) and regulatory RNAs (micrornas (mirnas), long intervening non-coding RNAs (lincrnas), piwi-interacting RNAs (pirnas), Repeat associated small interfering RNA (rasirna), small interfering RNAs (sirnas) ). Roles of non-coding RNAs in human diseases. Recent applications in RNA interference and mirna studies. Ders Kitabı : Regulatory RNAs: Basics, Methods and Applications, B. Mallick, Z. Ghosh, Springer, 2012. Yardımcı RNA: Life's Indispensable Molecule, J. E. Darnell, Cold Spring Harbor, 2011. 20