halilatabay@iyte.edu.tr 0232 750 6282 PROF. DR. HALİL İBRAHİM ATABAY 1. Adı Soyadı: Halil İbrahim Atabay 2. Doğum Tarihi: 05.11.1969 3. Unvanı: Prof. Dr. 4. Öğrenim Durumu: Derece Alan Üniversite Yıl Lisans/Y.Lisans Veteriner Fakültesi İstanbul Üniversitesi 1992 Doktora Mikrobiyoloji Bristol Üniversitesi/İngiltere 1998 5. Akademik Unvanlar: Yardımcı Doçentlik Tarihi : 1999 Doçentlik Tarihi : 2003 Profesörlük Tarihi : 2009 6. Yönetilen Yüksek Lisans ve Doktora Tezleri 6.1. Yüksek Lisans Tezleri 1. Çelebi, Ö. Kars Yöresinde koyun atıkların brusellozis yönünden seroepidemiyolojik olarak araştırılması, Kafkas Üniversitesi, 2004. 2. Uğur, M. Evcil kazlarda (Anser Anser) Arcobacter spp. prevalansının araştırlıması, Kafkas Üniversitesi, 2005. 3. Sürmeli, P. Koyunlardan alınan dışkı örneklerinde Arcobacter türlerinin prevalansının araştırılması, Kafkas Üniversitesi, 2006. 4. Akıncıoğlu, F., İzmir Yüksek Teknoloji Enstitüsü, 2011. 6.2. Doktora Tezleri 7. Yayınlar 7.1. Uluslararası hakemli dergilerde yayınlanan makaleler (SCI & SSCI & Arts and Humanities) 1. Sarioglu O.F., Y.T. Tamer, H.I. Atabay, C. Molva, T. Tekinay (2013) Biodegradation of surfactantas by Arcobacter butzleri and Fourier Transform Infrared Spectroscopy as a Novel Approach for Screening the Biochemical Effects of Surfactant Biodegradation on Bacteria. Applied Spectroscopy, DOI: 10.1366/12-06609 2. Kayman T., Abay S., Hizlisoy H., Atabay H.I., Diker K.S., Aydin F. (2012) Emerging pathogen Arcobacter spp. in human acute gastroenteritis: molecular identification, antibiotic susceptibilities and genotyping of the isolated arcobacters. J Med Microbiol, 14. 3. Akkaya, L., Atabay, H.I., Gok, V. and Yaman, H. (2012) Prevalence of Salmonella in edible offal in Afyonkarahisar province, Turkey. Kafkas Üniversitesi Veteriner Fakültesi Dergisi, 18 (4): 613-616. 4. Alkan, D., Aydemir, L.Y., Arcan, I, Yavuzdurmaz, H., Atabay, H.I., Ceylan, C. and Yemenicioglu, A. (2011) Development of flexible antimicrobial packaging materials against Campylobacter jejuni by incorporation of gallic acid into zein-based films. Journal of Agricultural and Food Chemistry, 59 (20), 11003-11010. 5. Akkaya, L., Atabay, H.I., Gok, V. and Kara, R. (2011) Detection of Listeria species in fresh fish and fish environment by IMS technique in Turkey. Journal of Food Safety and Food Quality (Archiv für Lebensmittelhygiene), 62 (1), 16-19.
6. Celebi, O. and Atabay, H.I. (2009) Seroepidemiological investigation of brucellosis in sheep abortions in Kars, Turkey. Tropical Animal Health and Production, 41: 115-119. 7. Atabay, H.I., Unver, A., Otlu, S. and Kalaycıoglu, A. (2008) Genotyping of various Arcobacter species isolated from domestic geese by randomly amplified polymorhic DNA (RAPD) analysis. Archiv Für Lebensmittelhygiene,59: 142-146. 8. Atabay, H.I., Unver, A., Sahin, M., Otlu, S., Elmali, M. and Yaman, H. (2008) Isolation of various Arcobacter species from domestic geese (Anser anser).veterinary Microbiology, 128: 400-405 (Short Communication). 9. Ünver, A., H.İ. Atabay,, V. Güneş, M. Çitil ve H.M. Erdoğan. (2007). Kars yöresinde sığır tüberkülozunun yaygınlığının PCR ile belirlenmesi. Kafkas Üniversitesi Veteriner Fakültesi Dergisi, 13: 27-31. 10. Aydin, F., Gumussoy, K.S., Atabay, H.I., Ica, T. and Sen, S. (2007) Prevalence and distribution of Arcobacter species in various sources in Turkey and molecular analysis of isolated strains by ERIC-PCR. Journal of Applied Microbiology, 103: 27-35. 11. Otlu, S., Sahin, M., Atabay H.I. and Unver, A. (2007) Serological investigations of brucellosis in cattle, farmers and veterinarians in the Kars district of Turkey.Acta Veterinaria Brno, 76: 00-00; doi:10.2754/avb200776040000. 12. Atabay, H.I., Waino, M. and Madsen, M. (2006) Detection and diversity of various Arcobacter species in Danish poultry. International Journal of Food Microbiology 109: 139-145. 13. Akkaya, L., Kenar, B., Atabay, H.I. and Alisarli, M. (2006) The prevalence of verocytotoxigenic E. coli O157:H7 in minced and ground beef sold in Afyon Province, Turkey. Archiv Für Lebensmittelhygiene 57: 10-12. 14. Akkaya, L., Atabay, H.I., Kenar, B. and Alisarli, M. (2006) The prevalence of verocytotoxigenic Escherichia coli O157:H7 on chicken carcasses sold Turkey.Bulletin of the Veterinary Institute in Pulawy. 50, 513-516. 15. Ünver, A., Erdoğan H.M., Atabay, H.I., Sahin, M. and Celebi, O. (2006) Isolation, identificaion, and molecular characterization of Brucella melitensis from aborted sheep fetuses in Kars, Turkey. Revue Méd. Vét. 157, 42-46. 16. Yaman, H., Elmali, M., Ulukanli, Z., Atabay, H.I. and Tekinsen K.K. (2005). Presence of Campylobacter (C.jejuni) in recreational, lake and stream water and fresh fish in Turkey. Archiv Für Lebensmittelhyiene 56, 83-86. 17. On, S.L.W., Atabay, H.I., Amisu, K.O., Coker, A.O. and Harrington, C.S. (2004). Genotyping and genetic diversity of Arcobacter butzleri by amplified fragment length polymorphism (AFLP) analysis. Letters in Applied Microbiology 39(4):347-352. 18. Öngör, H., Çetinkaya, B., Acik, M.N., Atabay, H.I. (2004). Investigation of Arcobacters in meat and faecal samples of clinically healthy cattle in Turkey.Letters in Applied Microbiology 38:339-344. 19. On, S.L.W., Harrington, C.S. and Atabay, H.I. (2003) Differentiation of Arcobacter species by numerical analysis of AFLP profiles and description of a novelarcobacter from pig abortions and turkey faeces. Journal of Applied Microbiology 95(5):1096-105. 20. Atabay, H.I., Aydin, F., Houf, K., Sahin, M. And Vandamme, P. (2002) The prevalence of Arcobacter spp. on chicken carcasses sold in retail markets in Turkey, and identification of the isolates using SDS-PAGE. International Journal of Food Microbiology, 81: 21-28 (Short Communication). 21. Atabay, H.I., D.D. Bang, F. Aydin, H.M. Erdogan and M. Madsen (2002) Discrimination of Arcobacter butzleri isolates from Turkish poultry by polymerase chain reaction-mediated DNA fingerprinring. Letters in Applied Microbiology, 35: 141-145. 22. Atabay, H.I. and F. Aydin (2001) Susceptibility of Arcobacter butzleri isolates to 23 antimicrobial agents. Letters in Applied Microbiology, 33: 430-433 (2001). 23. Corry, J.E.L. and H.I. Atabay (2001) Poultry as a source of Campylobacter and related oranisms, Journal of Applied Microbiology, 90: 96S-114S (REVIEW). 24. Aydin, F., H.I. Atabay and M. Akan (2001) The isolation and characterization of Campylobacter jejuni subsp. jejuni from domestic geese (Anser anser), Journal of Applied Microbiology, 90: 637-642. 25. On, S.L.W., H.I. Atabay and J.E.L. Corry, (1999) Clonality of Campylobacter sputorum bv. paraureolyticus determined by macrorestriction profiling and biotyping, and evidence for long-term persistent infection in cattle, Epidemiology and Infection, 122: 175-182. 26. Atabay, H.I. and J.E.L. Corry, (1998) The isolation and prevalence of campylobacters from dairy cattle using a variety of methods, Journal of Applied Microbiology, 84: 733-740. 27. On, S.L.W., H.I. Atabay, J.E.L. Corry, C.S. Harrington, and P. Vandamme, (1998) Emended description of Campylobacter sputorum and revision of its infrasubspecific (biovar) divisions, including C. sputorum biovar paraureolyticus, a ureaseproducing variant from cattle and humans, International Journal of Systematic Bacteriology, 48: 195-206. 28. Atabay, H.I. and J.E.L. Corry, (1998) Evaluation of a new arcobacter enrichment medium and comparison with two media developed for enrichment ofcampylobacter spp. International Journal of Food Microbiology, 41: 53-58. 29. Atabay, H.I., J.E.L. Corry and S.L.W. On, (1998) Diversity and prevalence of Arcobacter spp. in broiler chickens, Journal of Applied Microbiology, 84: 1007-1016. 30. Atabay, H.I., J.E.L. Corry and S.L.W. On, (1998) Identification of unusual Campylobacter-like isolates from poultry products as Helicobacter pullorum, Journal of Applied Microbiology, 84: 1017-1024.
31. Ridsdale, J.A., H.I. Atabay and J.E.L. Corry, (1998) Prevalence of campylobacters and arcobacters in ducks at the abattoir, Journal of Applied Microbiology,85: 567-573. 32. Atabay, H.I., J.E.L. Corry and S.L.W. On, (1997) Isolation and characterization of a novel catalase-negative, ureasepositive Campylobacter from cattle faeces, Letters in Applied Microbiology, 24: 59-64. 33. Atabay, H.I. and J.E.L. Corry, (1997) The prevalence of campylobacters and arcobacters in broiler chickens, Journal of Applied Microbiology 83: 619-626. 34. Corry, J.E.L. and H.I. Atabay, (1997) Comparison of the productivity of cefoperazone amphotericin teicoplanin (CAT) agar and modified charcoal cefoperazone deoxycholate (mccd) agar for various strains of Campylobacter, Arcobacter and Helicobacter pullorum, International Journal of Food Microbiology, 38: 201-209. 7.2. Uluslararası diğer hakemli dergilerde yayınlanan makaleler 7.3. Uluslararası bilimsel toplantılarda sunulan ve bildiri kitabında (Proceedings) basılan bildiriler 1. Canal, C., Atabay, H.I. and Ceylan, C. (2011) Direct detection of Campylobacter jejuni from chicken rinses using locked nucleic acid (LNA) probe-based real time PCR. International Food Congress, Novel Approaches in Food Industry (NAFI 2011), May 26-29, vol. 2, p. 31, Izmir, Turkey (Poster). 2. Akincioglu, F., Molva, C. and Atabay, H.I. (2011) Distribution of Arcobacter species in environmental samples in Izmir, Turkey. International Food Congress, Novel Approaches in Food Industry (NAFI 2011), May 26-29, vol. 2, p. 47, Izmir, Turkey (Poster). 3. Atabay, H.I., Unver, A., Sahin, M., Otlu, S., Yaman, H. and Celebi, O. (2007) Prevalence of Arcobacter species in domestic geese (Anser anser) in Turkey.Abstracts of 14 th Int. Workshop on Campylobacter, Helicobacter and Related Organisms (CHRO 2007), Rotterdam, The Netherlands, Zoonosis and Public Health, 54 (supplement 1), 73, 2007. 4. Unver, A., Atabay, H.I., Otlu, S., Kalaycıoglu, A.T., Genotyping of various Arcobacter species isolated from domestic geese by RAP-PCR analysis. Abstracts of 14 th Int. Workshop on Campylobacter, Helicobacter and Related Organisms(CHRO 2007), Rotterdam, The Netherlands, Zoonosis and Public Health, 54 (supplement 1), 73, P-197, 2007. 5. Akkaya, L., Kenar, B., Atabay, H.I. and Alisarli, M. (2005) The prevalence of verocytotoxigenic E. coli O157:H7 in minced and ground beef sold in Afyon Province, Turkey. 1st International Food and Nutrition Congress, 15-18 Haziran 2005, İstanbul. pp. 52. 6. Akkaya, L., Alisarli, M., Atabay, H.I., and Kenar, B. (2005) The prevalence of verocytotoxigenic Escherichia coli O157:H7 on chicken carcasses sold Turkey. 1st International Food and Nutrition Congress, 15-18 Haziran 2005, İstanbul. pp. 123, P.16. 7. On, S.L.W., K. Amisu, R.D. Isopekhi, A.O. Coker, E. Oolsson-Engvall, F. Aydin, H.I. Atabay and C.S. Harrington, Genetic diversity of Arcobacter butzleriinvestigated by AFLP profiling: identification of Nigeria, Turkish and Swedish clonal types, Abstracts of the 11 th Int. Workshop on Campylobacter, Helicobacter and Related Organisms, Germany, Int. J. Medical Microbiol., 291, (supl. 31), P-03, 2001. 8. Atabay, H.I. and F. Aydin, Susceptibility of Arcobacter butzleri isolates to various microbial agents, Abstracts of the 11 th Int. Workshop on Campylobacter, Helicobacter and Related Organisms, Freiburg, Germany, Int. J. Medical Microbiol., 291, (supl. 31), P-07, 2001. 9. Corry, J.E.L., V.M. Allen, F. Aydin, H.I. Atabay, S.A., Bull, G. Domingue and T. Humphrey, Colonisation of broiler chickens with thermophilic campylobacters in three different integrated poultry companies during rearing and slaughter, Abstracts
of the 11 th Int. Workshop on Campylobacter, Helicobacter and Related Organisms, Freiburg, Germany, Int. J. Medical Microbiol., 291, (supl. 31), E-27, 2001. 10. Atabay, H.I., M. Wainø and M. Madsen, Comparison of PCR and conventional isolation methods for detection of arcobacters in Danish poultry. Identification of isolates using multiplex-pcr and phenotypic tests, Abstracts of the 11 th Int. Workshop on Campylobacter, Helicobacter and Related Organisms, Freiburg, Germany, Int. J. Medical Microbiol., 291, (supl. 31), P-05, 2001. 11. Atabay, H.I., F. Aydın, P. Vandamme and K. Houf, The prevalence of arcobacters on chicken carcasses sold in retail markets in Turkey and identification of the isolates using SDS-PAGE of whole-cell proteins and a multiplex-pcr assay, Abstracts of the 11 th Int. Workshop on Campylobacter, Helicobacter and Related Organisms, Freiburg, Germany, Int. J. Medical Microbiol., 291, (supl. 31), P-02, 2001. 12. Atabay, H.I. and J.E.L. Corry, Resistotyping of Helicobacter pullorum strains isolated from broiler chickens, Abstracts of the 11 th Int. Workshop on Campylobacter, Helicobacter and Related Organisms, Freiburg, Germany, Int. J. Medical Microbiol., 291, (supl. 31), P-28, 2001. 13. Corry, J.E.L. and H.I. Atabay, Poultry as a source of Campylobacter and related oranisms. Campylobacter, Helicobacter and Arcobacter, Society for Applied Microbiology, Summer 2000 Conference, S15, University of Strathclyde, Glasgow, UK, 2000 (ÇAĞRILI TEBLİĞ). 14. Atabay, H.I., J.E.L. Corry, C. Helps, W.K. Kwenin and J.A. Ridsdale, Isolation of Arcobacter spp. from naturally contaminated samples using Oxoid Arcobacter Enrichment Medium and identification using SDS-PAGE and 16SrDNA restriction analysis Abstracts of the 10 th Int. Workshop on Campylobacter, Helicobacter and Related Organisms, RE1, 12-16 September, Baltimore, USA 1999. 7.4. Yazılan uluslararası kitaplar veya kitaplarda bölümler 1. Corry, J.E.L. and Atabay, H.I. (2012) Culture media for the isolation of camplyobacters, helicobacters and arcobacters (Chapter 19). : Handbook of Culture Media for Food and Water Microbiology ed. Corry J.E.L., Curtis, G.D.W. and Baird, R.M. sayfa: 403-450. RSC Publishing: UK. (Kitap içinde bölüm yazarlığı). 7.5. Ulusal hakemli dergilerde yayınlanan makaleler 1. Atabay, H.I., F. Aydin, C. Helps and M. Sahin, (2001). Identification of Arcobacter isolates using 16S rdna restriction endonuclease analysis of PCR products (ARDRA), Veteriner Hekimleri Mikrobiyoloji Dergisi, 1, 56-61. 2. Atabay, H.İ. ve F. Aydın, (2001). Mast â antimikrobik rezistotiplendirme metodunun broylerlerden izole edilen Arcobacter butzleri suşlarına uygulanması Veteriner Bilimleri Dergisi, 17, 149-152. 7.6. Ulusal bilimsel toplantılarda sunulan ve bildiri kitabında basılan bildiriler 1. Akkaya L., H.I. Atabay,H. Yaman,V. Gok. (2009) Prevalence of Salmonella spp. in Edible Offal in Afyonkarahisar Province, Turkey. 3. Ulusal Veteriner Gıda Hijyeni Kongresi. Bursa 14-16 Mayıs (Poster) 2. Sürmeli, P., H.İ. Atabay. (2006) Koyunlardan alınan dışkı örneklerinde Arcobacter pevalansının araştırılması. VII. Ulusal Veteriner Mikrobiyoloji Kongresi (Uluslararası Katılımlı), Side, Antalya, s. 194 3. Doğan, M.U., H.İ. Atabay. (2006) Evcil kazlarda (Anser anser) Arcobacter spp. prevalansının araştırılması. VII. Ulusal Veteriner Mikrobiyoloji Kongresi (Uluslararası Katılımlı), Side, Antalya, s. 196
4. Aydın, F., K. Gümüşsoy, H.İ. Atabay, T. Iça, S. Abay. (2006) Kayseri öresinde değişik kaynaklardan izole edilen Arcobacter türlerinin moleküler analizi. VII. Ulusal Veteriner Mikrobiyoloji Kongresi (Uluslararası Katılımlı), Side, Antalya, s. 120 5. Ünver, A., H.M. Erdoğan, H.İ. Atabay, M. Şahin, V. Güneş, M. Çitil ve Halil İ. Gökçe. (2005) Sığır atıklarından izole edilen Brucella türlerinin RAPD-PCR ile genotiplendirilmesi. VI. Ulusal Veteriner İç Hastalıkları Kongresi, 4-7 Temmuz 2005, Kars, s. 17. 6. Atabay, H.İ., F. Aydın. (2000) Mast Resistotyping metodunun broilerlerden izole edilen Arcobacter butzleri suşlarına uygulanması. IV. Ulusal Veteriner Mikrobiyoloji Kongresi (Uluslararası Katılımlı), 26-28 Eylül 2000, Ankara, s. 82. 8. Projeler 1. The importance of poultry campylobacteria for human disease: The prevalence and diversity of Arcobacter spp. in Danish Poultry DANISH RESEARCH COUNCIL, Danimarka (53-01-0004, Araştırmacı, 2001). 2. Kars ili ve yöresinde bulunan marketlerde satışa sunulan tavuk karkaslarında Arcobacter türlerinin prevalansının saptanması ve elde edilen suşların PCR-RAPD tekniği kullanılarak tiplendirilmesi üzerine araştırma, TÜBİTAK/TOGTAG, TARP- 2376, Proje Yürütücüsü, 1999. 3. Kars yöresinde sığır Brusellozisi nin moleküler epidemiyolojisi, KAFKAS ÜNİVERSİTESİ ARAŞTIRMA FONU, 2001-VF002, Araştırmacı. 4. Kars yöresinde yetiştirilen koyunlarda Arcobacter türlerinin prevalansının araştırılması, KAFKAS ÜNİVERSİTESİ ARAŞTIRMA FONU, 2005, Proje Yürütücüsü. 5. Kayseri yöresinde değişik kaynaklardan izole edilen Arcobacter türlerinin moleküler analizi, ERCİYES ÜNİVERSİTESİ BİLİMSEL ARAŞTIRMA PROJESİ, Proje no: EÜBAP 02-50-03, Araştırmacı. 6. İzmir ilinde tüketime sunulan taze tavuk karkas yıkantılarında Campylobacter jejuni nin prevalansının araştırılması, İZMİR YÜKSEK TEKNOLOJİ ENSTİTÜSÜ BAP, Proje no: 2008 İYTE13, Proje Yürütücüsü (2008-2010). 7. Biyoaktif maddelerin kontrollu salımı için kompozit veya karışımlardan oluşan aktif yenilebilir gıda ambalaj malzemeleri geliştirilmesi, TÜBİTAK/MAG, Proje no: 108M353, 01.11. 2008 01.11.2011, Araştırmacı. 8. İzmir ilinde tüketime sunulan taze tavuk örneklerinde Arcobacter türlerinin prevalansının araştırılması İZMİR YÜKSEK TEKNOLOJİ ENSTİTÜSÜ BAP, Proje no: 2010 İYTE06, Proje Yürütücüsü (2010-2011). 9. Akuakültür Kapalı Devre Sistemlerinin Biyolojik Filtrasyonunda Yeni NitrifikasyonBakterileri Kullanarak Üretimde Verimin Arttırılması, TÜBİTAK, 15.04.2010 15.10.2011, Danışman. 9. İdari Görevler Sağlık Bilimleri Enstitüsü Müdürü Şifa Üniversitesi, İzmir 2011- TÜBİTAK-TOVAG Danışma Kurulu Üyeliği 05.11.2012- Şifa Ün/Tıp Fakültesi/temel Tıp Bilimleri Bölüm Başkanı 2011- Şifa Ün./Tıp Fakültesi/Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı Başkanı 2011- Kafkas Ün./Veteriner Fak./ Hastalıklar ve Klinik Bilimleri Bölüm Başkan Yrd. 2003/2004
10. Bilimsel ve Mesleki Kuruluşlara Üyelikler Türk Mikrobiyoloji Cemiyeti (2009-) 11. Ödüller 1. Yurtdışı lisansüstü eğitim bursu, YÖK, 1994-1998. 2. 1996-FEMS Fellowship, Federation of European Microbiological Societies 12. Son iki yılda verdiğiniz lisans ve lisansüstü düzeydeki dersler için aşağıdaki tabloyu doldurunuz. Akademik Verildiği Bölüm/Anabilim Dalı Dersin Adı (Kredisi) Dönem 2011-2012 LİSANS Şifa Üniversitesi/Tıp Fakültesi/Tıbbi Tıbbi Mikrobiyoloji Mikrobiyoloji Anabilim Dalı 2011-2012 LİSANS Şifa Üniversitesi/Sağlık Bilimleri Mikrobiyoloji- (GÜZ DÖNEMİ) Fakültesi/Hemşirelik Bölümü Parazitoloji (2+2) 2012-2013 LİSANS Şifa Üniversitesi/Sağlık Bilimleri Mikrobiyoloji- (GÜZ DÖNEMİ) Fakültesi/Hemşirelik Bölümü Parazitoloji (3) 2012-2013 LİSANS Şifa Üniversitesi/Tıp Fakültesi/Tıbbi Tıbbi Mikrobiyoloji Mikrobiyoloji Anabilim Dalı 2012-2013 LİSANS Şifa Üniversitesi/Tıp Fakültesi/Tıbbi Tıbbi Mikrobiyoloji Mikrobiyoloji Anabilim Dalı 2012-2013 LİSANS Şifa Üniversitesi/Diş Hekimliği Mikrobiyoloji (3) Fakültesi 2012-2013 LİSANS Şifa Üniversitesi/ Sağlık Bilimleri Fakültesi/Hemşirelik Bölümü Bulaşıcı Hastalıklar Hemşireliği (2) 2012-2013 LİSANS Şifa Üniversitesi/Sağlık Bilimleri Genel Mikrobiyoloji (GÜZ DÖNEMİ) Fakültesi/Beslenme ve Diyetetik (3) Bölümü 2012-2013 LİSANS (GÜZ DÖNEMİ) Şifa Üniversitesi/Sağlık Bilimleri Fakültesi (Seçmeli Ders) Proje Teknikleri Dersi (2)