1. Adı Soyadı :BARIŞ BİNAY İletişim Bilgileri Telefon Mail :02626052433 :binay@gtu.edu.tr 2. Öğrenim Durumu :Doktora Mezun Derece Alan Üniversite Yıl Lisans Kimya Ankara Üniversitesi 2002 Yüksek Lisans Mol. Biyo-Genetik ve Biyoteknoloji İstanbul Teknik Üniversitesi 2005 Doktora Mol. Biyo-Genetik ve Biyoteknoloji İstanbul Teknik Üniversitesi 2013 3. Akademik Unvanlar: Yardımcı Doçent Doktor/İstanbul AREL Üniversitesi-02 Eylül 2013 4. Yönetilen Yüksek Lisans ve Doktora Tezleri 4.1. Yüksek Lisans Tezleri 2015-Devam B. Burak Duraksoy, Yüksek Lisans, Eş Danışman, Yıldız Teknik Üniversitesi 2015-Devam M. Mervan Çakar, Yüksek Lisans, Eş Danışman, Yıldız Teknik Üniversitesi 2014-Devam Sevinç Aşkın Aslan Yüksek Lisans, Eş Danışman, İstanbul Teknik Üniversitesi 4.2. Doktora Tezleri 2015- Devam Ece Özdemir, Doktora, Eş Danışman, Yıldız Teknik Üniversitesi 5. Yayınlar 5.1. Uluslar arası hakemli dergilerde yayınlanan makaleler Ian Rowles, Bas Groenendaal, Baris Binay, Kirk J. Malone, Simon C. Willies and Nicholas J. Turner Engineering of Phenylalanine Ammonia Lyase from Rhodotorula graminis for the Synthesis of Unnatural L- Amino Acids, Tetrahedron dergisine gönderildi. Düzeltme aşamasında. Dilek Alagöz, Barış Binay, Deniz Yildirim, Ayhan Çelik and S.Seyhan Tükel, Improving stability of formate dehydrogenase from Candida methylica by immobilization onto Eupergit C 250 L, Applied Biochem and Microb. Baskıda. Tiago L. de Albuquerquea, Nazzoly Ruedaa, Cleiton S. dos Santosa, Oveimar Barbosa, Claudia Ortiz, Baris Binay, Roberto Fernandez-Lafuente, Ece Özdemir,, Luciana R.B. Gonçalves, Easy stabilization of interfacially activated lipases using heterofunctıonal divinylsulfone activated-octyl agarose beads. Modulation of the immobilized enzymes by altering their nanoenvironment Process Biochemistry kabul edildi.
Barış Binay, Dilek Alagöz, Deniz Yildirim, Ayhan Çelik and S.Seyhan Tükel. Highly stable and reusable immobilized formate dehydrogenases: Promising biocatalysts in situ regeneration of NADH Beilstein Journal of Organic Chemistry, 2015, 12, 271-7. Aşkın Sevinç Aslan, William R. Birmingham, Nevin Gül Karagüler, Nicholas J. Turner and Barış Binay Semirational design of Geobacillus stearothermophilus lactate dehydrogenase to access various chiral α-hydroxy acids, Applied Biochem and Biotech, 2015., DOI 10.1007/s12010-016-2007-x Gülsah Özgün, Nevin Gül Karagüler, Ossi Turunen, Nicholas J. Turner, Barış Binay Characterization of a new acidic NAD+-dependent formate dehydrogenase from thermophilic fungus Chaetomium thermophilum, Journal of Molecular Catalysis B: Enzymatic, 2015, 122, 212 217 Binay B., Sessions R. B., Gül-Karagüler N., A double mutant of highly prufied Geobacillus stearothermophilus LDH recognizes mandelic acid as a subsbstrate. Enzyme and Microbial Technology, 2013, 52, 393-399 Binay B., Shoemark D.K., Sessions R.B., Clarke A.R. and Karaguler N.G., Increasing the substrate specificity of the lactate dehydrogenase from Bacillus stearothermophilus by DNA shuffling. Biochemical Engineering Journal, 2009, 48, 118 123 Karagüler N.G., Binay B., Ordu E.B., Clarke A.R., Protein engineering applications of industrially exploitable enzymes: Geobacillus stearothermophilus LDH and Candida methylica FDH. Biochem Soc Trans, 2007 Dec;35(Pt 6):1610-5 Binay B., Karagüler N.G., Attempting to remove the substrate inhibition of L-lactate dehydrogenase from Bacillus stearothermophilus by site-directed mutagenesis. Appl. Biochem. Biotechnol, 2007 May-Jun;141(2-3):265-72 5.2. Uluslar arası bilimsel toplantılarda sunulan ve bildiri kitabında (Proceeding) basılan bildiriler. Barış Binay, Nevin Gül Karagüler. Removing the substrate inhibition of L-lactate dehydrogenase from Bacillus stearothermophilus by site-directed mutagenesis. 6 th International conference on Protein Stabilization ProtStab2004, 26-29 Eylül 2004. Bratislava, Slovakya (Poster) Meray Akkor, Barış Binay, Nevin Gül Karagüler, Arzu Karabay. Relations of microtubules with LDH: clue for neurodegenerative diseases. 31 st FEBS Congress, 24-29 Haziran 2006, FEBS JOURNAL, 2006, Volume: 273 Supplement: 1 Pages: 241-241. İstanbul, Türkiye (Poster) Barış Binay, Nevin Gül Karagüler. Increasing the substrate specificity of bacillus stearothermophillus lactate dehydrogenase by DNA shuffling. 31 st FEBS Congress, 24-29 Haziran 2006, FEBS JOURNAL, 2006, Volume: 273 Supplement: 1 Pages: 336-336. İstanbul, Türkiye (Poster)
Binay B., Session R. B., Clarke A. R., Gül-Karagüler N. Changing the substrate specificity of the bsldh. ProtStab2007, Exeter, İngiltere (Poster) Doluca O., Bıçakçı E., Binay B., Session R. B., Clarke A. R., Tamerler Behar C., Gül-Karagüler N. Enhancing thermal stability of the cmfdh by cysteine-cysteine bridge. ProtStab2007, Exeter, İngiltere (Poster) Yelboga E., Binay B., Bıçakçı E., Session R. B., Clarke A. R., Gül-Karagüler N. Alteration the coenzyme specificity of cm FDH. ProtStab2007, Exeter, İngiltere (Poster) Binay B., Sezerman O.U., Predict Permissive Sites of Protein for Insertion Domains. International Symposium on Health Informatics and bioinformatics, HIBIT 08, 18-20 Mayıs 2008, İstanbul, Türkiye (Poster) Yelboga E., Candan Z., Binay B., Bıçakçı E., Session R. B., Clarke A. R., and Gül-Karagüler N. Crucial residues in NAD + /NADP+ specificity of Candida methylica FDH. 33 rd FEBS Congress and 11 th IUBMB Conference, 28 Haziran-3 Temmuz 2008, FEBS JOURNAL, 2008, Volume: 275 Supplement: 1 Pages: 234-234, Atina, Yunanistan (Poster) Doluca O., Bıçakçı E., Binay B.,Kısakesen H.I., Session R.B., Clarke A.R., Tamerler C., Gül-Karagüler N. Effects of cysteine/cysteine engineering on thermal stability of candida methylica FDH. 33 rd FEBS Congress and 11 th IUBMB Conference, 28 Haziran-3 Temmuz 2008, Atina, Yunanistan (Poster) Barış Binay, Kemal Şanlı, Emel Ordu, Nevin Gül Karagüler. Application of computational methods to design thermostable Candida methylica FDH. International Enzyme Engineering Symposium-IEES 08-,01-05 Ekim 2008, Kuşadası, Türkiye (Poster) Binay B., Özboyacı M., Sessions R. B., Gül-Karagüler N. Construction of 246Gly and 240Ala mutant for changing the substrate specificity of the bacillus sterothermophillus Lactate dehydrogenase. ESF Research Conference on Protein Design and Evolution for Biocatalysis, 25-30 Ekim 2008, Saint Feliu de Guixols, İspanya (Poster) Barış Binay, Nevin Gül Karagüler, Richard Sessions. Introducing malate dehydrogenase based on rational design to the lactate dehydrogenase from bacillus stearothermophilus by DNA shuffling.23th Annual Symposium of The Protein Society & 20th Anniversary Celebratio, 5-9 Ağustos 2006, Boston, ABD (Poster) I.Rowles, B. Binay, K. Malone, I. Fotheringham, G. Jenkins and N.J. Turner, Ammonia Lyase Biocatalysts: Cloning, Mutagenesis and Screening. 5th International Congress on Biocatalysis 2010 (Biocat2010), Ağustos 29 - Eylül 2, 2010 Hamburg, Almanya (Poster) Binay, B., Rowles, I., Turner, N. J., and Karaguler, N.G. Protein Engineering Applications for Increasing Substrate Specificity of PAL and LDH Enzymes. 9th International Conference on Protein Stabilization
ProtStab2012, 2-5 Mayıs 2012, Lizbon, Portekiz (Poster) Demirata A, Aslan AS, Karaguler NG, Binay B, Isolation, overexpression and enzyme characterization of the gene encoding NAD(P)+ dependent formate dehydrogenase from Chaetomium thermophilum for the thermostable NAD(P)+ dependent formate dehydrogenase, 4th International Conference on Novel Enzymes, 14-17 Ekim 2014, Ghent, Belgium(Poster). Aşkın Sevinç Aslan, William R. Birmingham, Nevin Gül Karagüler, Nicholas J. Turner and Barış Binay "Engineering Of Lactate Dehydrogenase From Bacillus Stearothermophilus For The Synthesis Of Chiral Alpha- Hydroxy Acids", 12. International BIOTRANS Kongresi, 26-30 Temmuz 2015, Viyana, Avusturya(Poster). Yawei Wang, Kübra Telli, Tianyi Yu, Ying Zhou, Sasikala Anbarasan, Baris Binay, Michael Hummel, Herbert Sixta, Ossi Turunen, Expression of a hyperthermostable Thermotoga maritima Xylanase XYN10B in Pichia pastoris and its stability and tolerance to ionic liquids, 11. Carbohydrate Bioengineering Meeting Kongresi, 10-13 Mayıs 2015, Espoo, Finlandiya. 5.5. Ulusal bilimsel toplantılarda sunulan bildiri kitabında basılan bildiriler Nevin Gül Karagüler, Emel Ordu, Baris Binay, Emrah Yelboğa, Gülşah Par, R.B. Session, A.R Clarke. Nanobiyokatalizör geliştirilmesinde Protein Mühendisliği Uygulamaları. İTÜ Nano-Bilim ve Nano-Teknoloji Çalıştayı, 12-13 Şubat 2009, İstanbul, Türkiye (Poster) E. Bıçakçı, B. Binay, R. B. Sessions, A. R. Clarke, N. Gül Karagüler, Protein Engineering Applications on Pharmaceutically Important Enzymes: LDH&FDH, PROTEOMICS, Protein Structure and Function Workshop, With International Participation, 20-23 Eylül 2006, Antalya, Türkiye. Barış Binay, Emrah Yelboğa, Nevin Gül Karagüler. Characterisation and inhibition studies of D38R mutant L- lactate dehydrogenase from bacillus stearothermophilus, 1.Ulusal Moleküler Tıp Kongresi, 16-19 Nisan 2005, İstanbul, Türkiye (Poster) 6.Projeler Proje No TBAG-2249-102T178 DPT-90188 Projedeki Görevi Proje Adı Bacillus Stearothermophillus tan İzole Edilen L-Laktat Dehidrogenaz Enziminin Substrat Spesifikliğinin DNA Shuffling Yöntemi Kullanılarak Genişletilmesi. İlaç Endüstrisine Yönelik Enzim Bazlı Hammadde Üretimi Başlama- Bitiş Tarihi 01.01.2003 01.01.2007 01.01.2006 01.01.2008 Destek Miktarı (TL) 25750 547000
TUBİTAK-2214 Yurtdışı Doktora Araştırma Programı SAN-TEZ- 1302.STZ.2012-1 Bursiyer, Yardımcı Biyokatalizör olarak fenil amonya liyazın klonlanması ve endüstriyel uygulamalar için yeniden tasarlanması_bbsrc_manchester Üniversitesi-İngiltere Tekstil Sanayiine Yönelik Katma Değerli Selülaz Enzimi Üretimi 23.09.2009 23.09.2010 TÜBİTAK katkısı- 24000/BBSRC Katkısı 10000 İngiliz Poundu 01.02.2013 01.02.2015 289500 TUBİTAK-3001/ 213S099 TÜBİTAK-1002 114Z798 TÜBİTAK-3501 214Z064 Bacillus Stearothermophillus Laktat Dehidrogenazın (Bs LDH), Endüstriyel Öneme Sahip Kiral α- Hidroksi Asitlerin Asimetrik Sentezi için, Tekrarlamalı Doygunluk Mutagenez (Ism) Metoduna Dayalı Tasarlanması Aktif Bölge Mimarisinin Anlaşılması Temelinde, NAD+ Bağımlı Mutant Candida methylica Format Dehidrogenaz Enziminin Spesifik Aktivitesinin Arttırılması Endüstriyel biyokatalitik proseslerde asimetrik sentezlerde NAD(P)H'nin sürekli yenilenmesini sağlamak için ısıya dayanıklı NAD(P)+ bağımlı format dehidrogenazın Chaetomium thermophilum'dan izole edilmesi ve karakterizasyonu 01.04.2014 01.04.2016 15.01.2015 15.01.2016 01.05.2015 01.05.2018 75560 30000 312.448 TUBİTAK EU-COST 214Z292 Format Dehidrogenaz Enzimlere Ait Aktif Bölgenin Çok Boyutlu Mutasyonel Analizi ile Karbondioksitten (CO2) Yenilenebilir Enerjinin Üretimi 01.06.2015 01.06.2018 454.020 Bilim ve Teknolojide Avrupa İşbirliği (European Cooperation in Science and Technology COST Üye CMST COST Action CM1303 Systems Biocatalysis Work Group4 2014-2018 1.7 Million Euro -, 15. Biotransformation- BIOTRANS2021 Kongresi, İstanbul (Teklif kabul edildi). -, 11. Avrupa Birliği Biyoteknoloji Federasyonu Protein Stabilizasyon Kongresi- PROTSTAB2016, 09-11 2016, Mayıs, Harbiye Askeri Müze, İstanbul. -, International Enzymes for Biocatalysis Workshop, 03-05 Haziran 2014, AREL Üniversitesi, Web adresi: biocat.arel.edu.tr, İstanbul. - Danışman, 2 nd The International Gen-AREL Molecular Biology and Genetics Student Congress, 02-04 Mayıs 2014, AREL Üniversitesi, İstanbul. - Organizasyon Komitesi Üyesi, 3 rd The International Symposium on Health Informatics and Bioinformatics, (HIBIT), 18-20 Mayıs 2008, Sabancı Üniversitesi, İstanbul.
8.Bilimsel Kuruluşlara Üyelikleri Türk Biyokimya Derneği Protein Society FEBS ESAB 9.Son iki yılda verdiği lisans ve lisansüstü düzeyindeki dersler Akademik Yıl Dönem Dersin Adı Haftalık Saati Öğrenci Teorik Uygulama Sayısı 2014-2015 BAHAR Genetic Engineering 3 11 2015-2016 GÜZ Biostatistics 3 17 2015-2016 GÜZ Enzymology 3 6 2014-2015 BAHAR Biochemistry2 3 14 2014-2015 BAHAR Biochemistry Lab2 3 14 2014-2015 BAHAR Genetic Engineering 3 6 2014-2015 GÜZ Biochemistry1 3 12 2014-2015 GÜZ Biostatistics 3 18 2014-2015 GÜZ Biochemistry Lab1 3 12 2014-2015 GÜZ Bioinformatic 3 6 2013-2014 BAHAR Biochemistry2 3 12 2013-2014 BAHAR Biochemistry Lab2 3 12 2013-2014 Introduction to Computational BAHAR Modeling of Biomolecules 3 5 2013-2014 BAHAR Seminer 3 20 2013-2014 GÜZ Biochemistry1 3 12 2013-2014 GÜZ Biostatistics 3 18 2013-2014 GÜZ Biochemistry Lab1 3 12 2013-2014 GÜZ Biochemistry1 3 12 2013-2014 GÜZ Bioinformatic 3 8 * İşaretli dersler, yüksek lisans dersleridir.