Eurasian Journal of Veterinary Sciences www.eurasianjvetsci.org http://ejvs.selcuk.edu.tr RESEARCH ARTICLE Mikrosatellit lokuslarının tavuk ve güvercinlerde karşılaştırmalı analizi Gülseren Yıldız Öz, Sema Çakır, İsmail Kurhan, Müge Doğan, Elif Şahin, Mehmet Nizamlıoğlu, Ercan Kurar, * Selçuk Üniversitesi, Veteriner Fakültesi, Selçuk Üniversitesi, Veteriner Fakültesi, Biyokimya Anabilim Dalı, Genetik Anabilim Dalı, 0, Necmettin Erbakan Üniversitesi, Meram Tıp Fakültesi, Tıbbi Biyoloji Anabilim Dalı, 080, Konya, Türkiye Geliş:.09.0, Kabul: 0..0 *ekurar@konya.edu.tr Comparative analysis of microsatellite loci in chicken and pigeon Eurasian J Vet Sci, 0,,, -0 DOI: 0./EurasianJVetSci.086 Öz Amaç: Bu çalışmanın amacı, tavuk mikrosatellit markörlerinin güvercin (Columba livia) genetik çalışmaları için kullanılabilirliğinin araştırılmasıdır. Gereç ve Yöntem: Toplam 00 adet tavuk mikrosatellit markörü tavuk bağlantı haritalarından seçildi. Güvercin ve pozitif kontrol olarak tavuk DNA sı kullanılarak polimeraz zincir reaksiyonu (PR) ile spesifik genom bölgeleri çoğaltıldı. PR ürünleri kapiller elektroforez ile ayrıştırıldı ve allel genotipleri tespit edildi. Pilot bir çalışma ile adet pozitif mikrosatellitin genel populasyon parametrelerinden allel sayısı (Na), gözlenen (Ho) ve beklenen (He) heterezigotluk ile Hardy- Weinberg Dengesi nden (HWE) sapma değerleri güvercin populasyonunda değerlendirildi. Bulgular: Toplam 8 mikrosatellit lokusu güvercin DNA sında (%8) PR ile yükseltgenmiştir. Pilot çalışma kapsamında lokusun ortalama allel sayısı. olup allel sayısı - arasında değişmektedir. Toplam 60 farklı allel tespit edilmiştir. Ho ve He değerleri sırasıyla -.000 ve -0.698 arasında değişmektedir. Öneri: Genel olarak gözlenen allel sayısı ve polimorfizm değerleri düşük olmasına rağmen, tavuk mikrosatellit lokuslarının güvercin genetik çalışmalarında kullanılabileceği kanaatine varılmıştır. Anahtar kelimeler: Güvercin, tavuk, mikrosatellit markör, polimorfizm Abstract Aim: The aim of this study is to investigate utilization of chicken microsatellite loci in genetic studies of pigeon (Columba livia) populatio. Materials and Methods: A total of chicken 00 microsatellite markers were selected from chicken linkage maps. DNAs of pigeo and a chicken as a positive control were used to amplify specific genomic regio by polymerase chain reaction (PCR). The resulting PCR products were separated by capillary electrophoresis and allele genotypes were determined. In a pilot study, general population parameters including number of allele (Na), observed (Ho) and expected (He) heterozygosities and deviation from Hardy-Weinberg Equilibrium (HWE) were calculated for positive loci in a pigeon population. Results: A total of 8 microsatellite loci were amplified (8%) in pigeon DNA and expected PCR products were observed. In the pilot study, alleles numbers varied - and mean Na was. for loci. A total of 60 different alleles were determined. Ho and He values were observed as -.000 and -0.698, respectively. Conclusion: Although Na and polymorphism levels were lower in general, results of this study suggested that chicken microsatellite loci can be used in genetic studies of pigeo. Keywords: Pigeon, chicken, microsatellite marker, polymorphism Eura sian J Vet Sci, 0,,, -0
Giriş Tavuk gen haritalama çalışmalarının başlangıcı (Hutt 96) eski olmasına rağmen, ilk bağlantı (linkage) haritası (Bidgood ve Somes 99) yalnızca morfolojik, immünolojik ve biyokimyasal markörü kapsamaktadır. Compton (C), East Laing (EL) ve Wageningen/Euribrid (WAU) refera populasyonları ve tavuk bağlantı haritaları oluşturulmuştur (Bumstead ve Palya 99, Levin ve ark 99, Groenen ve ark 998). Ekonomik önemi olan diğer türler ile karşılaştırıldığı zaman, tavuk genom çalışmalarında daha yavaş bir ilerleme gözlenmiştir. Bunun nedeni olarak, kullanılabilir markör sayısının azlığı ve mikrokromozomlar nedeniyle çok sayıda bağlantı grubunun bulunması gösterilmektedir (Reed ve ark 000, Kayang ve ark 00). Uluslararası bir projede C, EL ve WAU bağlantı gen haritalarının verileri birleştirilerek çözünürlük ve kapsamını artırmak için oluşturulan koeüs gen haritası 889 markörü kapsamaktadır. Bu markörlerin 0 tanesi genler ile ilintilidir (Groenen ve ark 000). Amerika Birleşik Devletleri Ulusal İan Genomunu Araştırma Etitüsü (NHGRI) tarafından tavuk genom projesinin ilk taslağı Mart 00 tarihinde araştırmacıların kullanımına açılmıştır (Anonim 00). Tavuk genomununda benzer sayıda gen bulunmasına rağmen memeli hayvanların genomunun yalnızca %0 büyüklüğündedir. Tavuk genomunda tekrar dizilimlerinin oranı az, intronlar nispeten daha kısa bulunmuştur (Burt ve ark 999, Schmutz ve Grimwood 00). Tavuk ekonomik önemi yanında, genomunun daha az kompleks yapıda olması, yeterli markör yoğunluğu ve genom bilgisinin mevcudiyeti gibi özelliklerinden dolayı kanatlıların genetik ve biyolojik çalışmaları için iyi bir model organizma olarak kabul edilmektedir. Mikrosatellitler (Weber ve May 989), -6 baz çifti (bç) tekrar motifleri (yaygın olarak GT/CA) olup prokaryot ve ökaryot genomlarda bulunmaktadır. Motiflerin sayısı bir popülasyonun bireyleri hatta homolog kromozomlar arasında dahi farklı olabilir. Mikrosatellitler yüksek oranda polimorfik olup, ko-dominant özelliğine sahiptir. Tüm genoma 0-0000 bç sıklığında yayılmışlardır. Polimeraz zincir reaksiyonu (PR) ve kapiller elektroforez teknolojisine uygunluğu kolay ve hesaplı genotipleme işlemlerine olanak sağlamaktadır. Mikrosatellit markörler kanatlı ve diğer organizmaların gen haritalama, hastalık ve verimleri kontrol eden kromozom ve genom bölgelerinin tanımlanması, DNA düzeyinde ebeveyn tayini, adli tıp ve filogenetik çalışmalarında yaygın olarak kullanılmaktadır (Özşeoy ve Kurar 0). Barış, huzur ve bereketin sembolü olarak kabul edilen güvercin (Columbia livia), gıda, haberleşme ve sportif amaçlı kullanılmaktadır. Dünyada yaygın olarak bulunan güvercinin ian kültürüne tam olarak ne zaman kazandırıldığı bilinmemektedir (Yılmaz ve Ertuğrul 0). Ancak farklı fenotipik özelliklere göre çok sayıda (>00) tanımlanmış güvercin ırkı bulunmaktadır. Farklı renk, iskelet yapısı, fizyolojik ve davranış özelliklerinin genetik düzeyde araştırılmasına gereksinim bulunmaktadır (Anonim 0). Güvercin genetik çalışmaları oldukça sınırlı olup bu amaç için yeterli mikrosatellit lokusu (Traxler ve ark 000, Ando ve ark 0, Mukesh ve Sathyakumar 0) henüz güvercin genomunda tanımlanmamıştır. Mikrosatellit markörler tercih edilen markör sistemi olmasına rağmen bazı genetik çalışmaların gerçekleştirilebilmesi için tüm genomu temsil eden yüzlerce lokusa ihtiyaç bulunmaktadır. Markörlerin geliştirilmesinde mikrosatellit bölgesinin DNA dizilim bilgisine gereksinim vardır. Bu durum, bazı türler için çoğu zaman mümkün değildir. Bu problemin çözümünde filogenetik olarak yakın türlerin markör sistemleri kullanılabilir (Primmer ve ark 996, Fields ve Scribner 99, Hanotte ve ark 99, Petren 998, Kayang ve ark 00, Horbanczuk ve ark 00). Bu çalışmada, tavuk mikrosatellit DNA markörlerinin güvercin genetik çalışmalarında kullanılabilirliğinin araştırılması amaçlanmıştır. Gereç ve Yöntem Toplam adet güvercin ve pozitif kontrol olarak adet tavuktan K-EDTA lı kan örnekleri alındı. Tam kan örneklerinden µl,. ml eppondorf tüpüne aktarılarak üzerine 9 µl ddho eklendi ve standart fenol/kloroform yöntemi (Sambrook ve ark 989) kullanılarak DNA izolasyonu gerçekleştirildi. DNA örneklerinin miktarı ve kalitesi %0.8 agaroz jel elektroforez ve 60/80 nm UV de kontrol edildi. Mikrosatellit markörleri (Tablo ) tavuk bağlantı gen haritası ve literatürden (Groenen ve ark 000, Bulut ve ark 0) alındı. Her lokus kapiller elektroforeze uygun olarak WELL- RED (, ve ) ile işaretlendi. Polimeraz zincir reaksiyonunda xmg free PCR buffer (Fermentas), 00 mmol dntp (Fermentas),. mmol MgCl, 0. U Taq polimeraz (Fermentas), pmol her bir primer çifti (Tablo ) ve 0 ng template DNA kullanıldı. Her bir PR reaksiyonu toplam µl hacimde hazırlandı. MJ Research PTC-00 Thermal Cycler ve touchdown PR (Don ve ark 99) profili kullanılarak 9 C de dakika denatürasyon sağlandıktan sonra I. aşamada 6 döngü için 9 C de 0 saniye denatürasyon, primerlerin ideal bağlanma noktasının sağlanması için 60 C den başlayarak her bir döngüde 0. C düşürülen ve 0 saniye süren annealing ve C de 0 saniye elongasyon sağlandı. II. aşamada 9 C de 0 saniye denatürasyon, C de 0 saniye annealing ve C de 0 saniye elongasyon olacak şekilde toplam döngü kullanıldı. Tam adenilizasyon için örnekler C de 0 dakika tutuldu. Farklı işaretli PR ürünleri birleştirilerek havuz sistemi oluş- Eura sian J Vet Sci, 0,,, -0
Tablo. Çalışmada kullanılan tavuk mikrosatellit lokusları. Primer Dizisi Lokus Kromozom Forward Reverse İşaretleme Güvercin HUJ000 ctttgttaacacctactgca tccggcttatacagagcaca GCT0006 atttcctattcccctctc ccagaaaacatcaccaac MCW006 ggcaactaagttgtggactg gcagcattcagtgggataat ADL009 tgctgcctagaccagttcaa tctgctgggattatgtgtca ADL0 ctggacgcgtgaaaaagttc ccctggggctccctcagcac UMA. ccagcatgtgattcccaagt agtgtttccaggggcaagga ADL00 atgccaagcattacagaagc cctgcagcacctttatctct MCW00 gtttgtttgcatctgtagtctg ccatattctgttagaaagtagag ADL0 tttggcttagggtgatgctg cgtgctccacacaggaatgt LEI0 gatgactgagagaaataacttg aaattactgaggcacaggag UMA. ttagaatgcactggacacag Tgttcttttgagggatgatt UMA.09 acactggcaggcgtgcttag gcttgaggacaggggtcagg LAMP gcgttgagtgagaggagcga caacccgcggagagcgctat MCW0 actttattctccaaatttggct aaacacaatggcaacggaaac ADL00 ccccaaggagaactgattac gaaaagtgaaaacgcaaaca ADL08 aaacccaaacaaaagcagac gctcctcataagcaaaatgc MCW008 gatctttaaggggaaagatat cttttgatgcctctccatttc ADL0 agattagtgcagatcatcca tgttttgccatttcagaagc ADL08 catggcagctgactccagat agcgttacctgttcgtttgc MCW006 tcagcaacagaagtgaagggcaat caggcattacttcaataacgaggc LEI0089 gatccaggtggctctaacacg ttagctcctgcttgtcactgc MCW009 cattggactgagatgtcactgcag acatttgtctaatggtactgttac BCL tcgcaccgttaagttacacc agcatcaaagcgtcgcgttc ADL06 aaacctcgatcaggaagcat gttattcaaagccccaccac LEI0 tcaggcctcttgaactcagg gctattaagatacctcagctc ADL0 ggctcataactacctttttt gctctacattccttcagtca LEI000 tgcggagagcaattagtctgc ggaaaacaatcactgcctcg ADL06 tgcttcctacccattctcct gacctgcattgtcagtgacc MCW0 gtgtgatgtaggccagatgtc gtgctgcattctgccaatagg MCW069 gatcccacttgttaagaagtg cctgaccttactgagcttgga MCW008 gcctttcacccatcttactgt tacatttcagaaggaatgttgc ADL00 acagatatcaaacttccaag aatatctatgctgaaatgtg ADL0 ggtccgactgaaagcattat ttaagactgaagccaaccag ADL0 gaaccagcaattatattaaata ttaacacaaaagaaccaggcag ADL0 ggatgagaagaagaaaggca caatggtggttcaggtaatc ADL006 gttactgtatcttggctcat Tcagtttgactttccttcat GCT00 catcagcatcagcgttgttt atgtgcaccctctcatcaca ROS00 aatagatcccttggctacac tgtgcagcaacctcagatgt ADL00 acccctccccatctcactgc gctccaccactgctcgtgtg MCW000 acctcctgctggcaaataaattgc tcactttagctccatcaggattca ADL066 aatgcattgcaggatgtatg gtggcattcaggcagagcag LEI009 gatctcaccagtatgagctgc tctcacactgtaacacagtgc LEI008 acttaccttttcttagctactg gatcctttcaatgctcatgct *: Siyah, : Yeşil, : Mavi Eura sian J Vet Sci, 0,,, -0
Tablo. Çalışmada kullanılan tavuk mikrosatellit lokusları. Primer Dizisi Lokus Kromozom Forward Reverse İşaretleme Güvercin UMA.0 ggtgatttggggagaatgag agggaggaggggctttactc ADL0 ctcttgttgtctgtcttgtg Tgcatgttgtcagttttcag MCW0090 gatccttcttcctctctcctg ccttcaacttaaaacattatagag ADL09 gaaaaagcagagcagtgtct gtgatgggaaaatcttcagg ADL0 gccctttaaacccaagactc gggggaaaaggatgcttagc ADL098 caaggctgggattgatgaaa tggcgtgtgggtttacaaaa ADL000 6 tttccccagatttacaactt gccagtgatactccagcagc ADL0 6 atattctggggacatctgtg gtagggatccgtagtttttg ADL0 6 cagccaatagggataaaagc ctgtagatgccaaggagtgc ABR06 gctcacaagaaggggtcaca ccacctctggtttcctcacc ADL00 attatccatccacttgagaa Tattttttgaacattaccag ADL09 catggctgttgctttacata gtgaaccccaatgctctctg ADL009 atctccataacttctgctgc aaaaataaaatatctcccag ADL0 tccttgggcagtagtttcaa Ctcccatgttgcttctttag ADL069 ccacaccaaactgcttcata attccgcctccccattagtg MCW009 8 gatcaaaacatgagagacgaag ttcatagcttgaattgcatagc ADL00 8 tcctccctgaagtccttaca ggatgcgtttgtgaagtttg ADL09 9 aaaggaaagcctatgtgaat aaagcaccaagcgagataca MCW090 9 gtgatcatttctacatgcag acaacagaactaaacaaata ADL06 9 tgtcaagcccatcgtatcac ccacctccttctcctgttca MCW0 9 ggagacttcattgtgtagcac accaaaagactggaggtcaac ADL009 0 ggttagctccctccttccag tcactccagcttgagacagg ADL0 0 aaggaaacaaagagaaatcc actattagcctggggagagc ADL00 0 ttccacctttcttttttatt gctccactcccttctaaccc ADL0 0 atctcaaatgtaatgcgtgc ggcttaagctgacccattat ADL00 acaggaggatagtcacacat gccaaaaagatgaatgagta MCW00 tgcacagagccaagctgcttc gatcctctgatggctgccg ADL0 cgcccccgtttactgatttg ggcgccgttcaaggaagcac ADL00 aagtggtttattgaagtaga ctgtggtgttgcgttagttg MCW0 tgggtttgcaacgggacatag gaacaatggtgagagcactgc ADL0 ctggtgaatgagaagcgatg gctgcggcaataaactccct LEI0 gggttactcttatgtttaatgatgtc gatctagaaatggctgactgac MCW00 tagcacaactcaagctgtgag agacttgcacagctgtgacc LEI0098 cagttagcagagattttcctac tgccactgatgctgtcactg ADL06 agagtcagaaagtgggaagg ctgttcggttggttgttgg MCW0080 gaaatggtacagtgcagttgg ccgtgcattcttaattgacag LEI08 6 caggcagcagaacttggtaagg agctgtgctcagtcctcagtcg HUJ000 gaatcctggatgtcaaagcc atctcacagagccagcagtg ADL00 ctgcttgttcttccccttca ctctgctctctgtgcctcaa MCW0 8 gatctttctggaacagatttc ctgcacttggttcaggttctg MCW009 9 ggagctggtatttgtcctaag gcacagccttttgacatgtac LEI0090 tagtgcagccctatggagcg ggtgagtgtgcgttacacgc ROS00 cacagacacccccgtacag acacagcgttggttatgcc *: Siyah, : Yeşil, : Mavi Eura sian J Vet Sci, 0,,, -0 6
Tablo. Çalışmada kullanılan tavuk mikrosatellit lokusları. Primer Dizisi Lokus Kromozom Forward Reverse İşaretleme Güvercin ROS0 6 cagctcacattttagcagtc tttattgatttctccaacaa LEI00 6 aaacgtctgccttcatgcgag catcaattagagcgaagcctc COLA cggaccatgaatttggcatt ttactctctcctgtcacgcg ADL06 gccccacggagatggaacac cctgccctgctgctggaact MCW088 E gtgacagcggcagagatgga cgcacagccccactcgcaca GCT00 E6 agccacacagcacacagttc attggttttctgatggcctg GCT00 E8 gggtttgtcacctcctggt tagaggcacgggaaggtatg ADL00 E aacctaaaaactcctgctgc gggaacctgtgggctgaaag GCT000 E0 gtgatgcacacacaactg cttcttcatctacgctgtc ROS009 gtgccaccaattaacagagg gatcaggaaaggctgtgaag ADL0 gccatacatgacaatagagg tggtagatgctgagaggtgt MCW06 tcataaggcagagaattcatc tttccattcagacaacaaggc LEI0 ttgacgtcctggatagattac attatccagaactaacatcaac LEI00 ctatgctatcattgaaacacagc atccagtgcgtgtctggtcag *: Siyah, : Yeşil, : Mavi turuldu ve Beckman Coulter CEQ-8000 Genetik Analiz Sisteminde FRAG- metodu kullanılarak kapiller elektroforez ve fragman analizi uygulandı. Fragtest programı kullanılarak markör genotipleri (alleller) belirlendi. Genel populasyon parametrelerinden toplam allel sayısı (Na), gözlenen (Ho) ve beklenen heterozigotluk (He) değerleri ile Hardy-Weinberg Dengesine (HWE) uygunluğun hesaplanmasında GenAlEx6 (Peakall ve Smouse 006) paket programı kullanıldı. Bulgular Tüm mikrosatellit lokusları (00) pozitif kontrol olarak kullanılan tavuk DNA sında beklenen PR ürünlerini vermiştir. Güvercin DNA sı kullanılarak yapılan PR analizlerinde toplam 8 mikrosatellit lokusunda (%8) beklenen alleller gözlendi (Tablo ). Pilot çalışma kapsamında pozitif mikrosatellit lokuslarından tanesi seçilerek güvercin populasyonunda genotipler belirlendi ve temel populasyon parametreleri hesaplandı (Tablo ). İncelenen lokustan tanesi monomorfiktir. En yüksek allel sayısı () ROS0 ve GCT00 lokuslarında gözlendi. Ortalama allel sayısı. olup toplam 60 farklı allel tespit edildi (Tablo ). Gözlenen heterozigotluk (Ho) değerleri (ADL0, ADL06, GCT000 ve LAMP) ve.000 (ADL09) arasında değişmektedir. Ortama beklenen (He) heterozigotluk değeri 0.88 olup ve 0.698 (GCT00) arasında değişmektedir. Hardy-Weinberg Dengesi nden olası sapmaların test edilmesinde ki-kare istatistiği kullanıldı. İncelenen polimorfik lokusların genel olarak HWE de oldukları, ancak özellikle MCW0 ve ADL09 lokuslarının önemli oranda (P<0.00) HWE den saptıkları gözlendi. Tartışma Harita zengini olarak kabul edilen ian ve ekonomik önemi olan hayvan türlerinin genom çalışmaları iyi düzeydedir ve genom projeleri tamamlanmıştır. Ancak güvercin gibi harita fakiri türlerin genom çalışmaları henüz yeterli düzeyde değildir (Womack ve Kata 99). Karşılaştırmalı teknikler biyolojik çalışmalarda yaygın olarak tercih edilen bir yöntemdir. Türlerin genomları arasındaki benzerlik ve farklılıkları inceleyen karşılaştırmalı genom analizleri, genom organizasyonu hakkında bilgi vermekte ve genetik bilginin değişimine olanak sağlamaktadır (O Brien ve ark 99, Womack ve Kata 99). Filogenetik olarak yakın türler arasında genetik bilginin paylaşımı genetik çalışmaların hızını olumlu yönde etkilemektedir. Mikrosatellitler genellikle fonksiyonel olmayan genom bölgelerinde bulunmasına rağmen filogenetik olarak yakın türlerde DNA dizileri korunmuştur. Örneğin, sığır PR primerleri kullanılarak koyun mikrosatellit bölgeleri yüksek oranda (~%0) başarıyla yükseltgenmiştir. Yaklaşık olarak %60 kadarı enformatif olup koyun genetik çalışmalarında kullanılabilmektedir (de Gortari ve ark 996, Kappes ve ark 99, Maddox ve ark 00). Mikrosatellit markörlerin kanatlı türleri arasında kullanımı ve karşılaştırmalı analizi farklı çalışmalarda araştırılmıştır (Primmer ve ark 996, Fields ve Scribner 99, Hanotte ve ark 99, Petren 998, Reed ve ark 000, Kayang ve ark 00, Horbanczuk ve ark 00, Mukesh ve Sathyakumar 0). Bu yaklaşımın güvercinlerde test edilmesinde, esnek annealing özelliği nedeniyle kullanılan touchdown PR (Don ve ark 99) protokolü farklı kondisyonların (Tm, MgCl Eura sian J Vet Sci, 0,,, -0
Lokus ADL0 ADL0 HUJ000 ADL0 MCW0 ADL06 LAMP LEI0 ADL09 ADL0 ROS0 ADL09 ADL0 ADL06 GCT000 ADL08 MCW006 ADL00 ADL06 ADL8 Tablo. Gözlenen allel sayıları (Na), gözlenen (Ho) ve beklenen (He) heterozigotluk değerleri ile Hardy-Weinberg Dengesinden (HWE) sapma dereceleri. GCT00 ADL009 ADL00 MCW088 Ortalama Na. oranı vs) test edilmesi gereksinimini karşılaşmıştır. Kapiller elektroforez ve multipleks fragman analizi kullanılarak allel genotipleri tespit edilmiştir. Tavuk mikrosatellit markörleri %8 oranında güvercin DNA sında yükseltgenmiş olup bu sonuçlar diğer çalışmalar ile uyum içerisindedir (Reed ve ark 000). Pilot bir çalışma kapsamında mikrosatellit lokusu sınırlı sayıda güvercin populasyonunda test edilmiştir. Ortalama allel sayısı. olarak gözlenmiştir. Toplam 0 tavuk mikrosatellit markörüne ait primerler kullanılarak 80 tanesi (%) hindi DNA sında başarıyla yükseltgenmiştir. DNA dizi analizleri sonucunda mikrosatellit tekrar dizileri hindilerde daha uzun ve kuşatan bölgelerde yüksek oranda varyasyon gözlenmiştir. Pozitif lokuslardan tanesi hindi populasyonunda (n=) test edilmiş ve % i polimorfik bulunmuştur. Ortalama allel sayısı./lokus olarak tespit edilmiştir. Genel olarak tavuk mikrosatellitlerinin Ho 0. 0.0 0. 0.00 0.00 0.8.000 0.900 0.00 0.66 0. 0.9 0.6 0. 0.8 0. 0.66 0. 0. 0.88 0.6 : Önemli değil,* P<0.0, ** P<0.0, *** P<0.00 He 0.6 0.00 0.8 0.6 0. 0.6 0.00 0.9 0.0 0.00 0. 0.6 0. 0. 0.9 0.6 0. 0.698 0.0 0.6 0.69 0.88 HWE - *** - *** ** ** ** - * * - %0 sinin hindi genetik çalışmalarında kullanılabileceğini belirtilmiştir (Reed ve ark 000). Kayang ve ark (00) tarafından, bıldırcın genomundan geliştirdikleri toplam 00 mikrosatellit markörünün tavuk ve beçtavuğunda kullanılabilirliği araştırılmıştır. Mikrosatellitler % oranında tavuk DNA sında PR ile yükseltgenmiş olup bunların %. i polimorfik bulunmuştur. Allel sayısı - arasında değişmektedir ve ortalama allel sayısı.9 tespit edilmiştir. Ho ve He değerleri 0000-.000 ve -0.0 arasında değişmektedir. Beçtavuğunda amplifikasyon gözlenen 0 lokusun % i polimorfiktir. Ortalama allel sayısı.9, Ho ve He değerleri sırasıyla 0000-0.0 ve -0.0 arasında değişmektedir. Huang ve ark (00) kaz genomundan yeni mikrosatellit markörü geliştirmiş ve bunların farklı kanatlı türlerinde kullanılabilirliğini araştırmışlardır. Kaz mikrosatellitleri tavuk (%.) ve sülünde (%0) kullanılabilir bulunmuş, ancak tavus kuşu DNA sında yükseltgenmemiştir. Horbanczuk ve ark (00) 9 tavuk mikrosatellit lokusunun devekuşu DNA sında yükseltgenmediğini ve kullanılamayacağını bildirmişlerdir. Tavuk filogenetik çalışmalarında FAO MoDAD tarafından tavsiye edilen 0 mikrosatellit lokusundan 8 tanesinin güvercinlerde kullanılabileceği belirtilmiştir. Toplam 9 allelin tespit edildiği bu çalışmada ortalama allel sayısı., Ho ve He değerleri sırasıyla -0.909 ve -0.9 arasında değişmektedir (Mukesh ve Sathyakumar 0). Bu çalışma ile lokus (ADL0, MCW00 ve LEI009) ortak kullanılmıştır. Her iki çalışmada da LEI009 negatif, MCW00 ise pozitif bulunmuştur. Ancak, ADL0 lokusunda bu çalışmada amplifikasyon gözlenmemiş olmasına rağmen, Mukesh ve Sathyakumar (0) tarafından oldukça polimorfik olarak tespit edilmiştir. Bu çalışmada gözlenen değerler diğer kanatlı türlerinde gerçekleştirilen karşılaştırmalı mikrosatellit analizlerinin sonuçları ile genel olarak uyum içerisindedir. Bu ve benzer çalışmalarda gözlenen monomorfik lokuslar ve nispeten düşük polimorfizm değerleri sınırlı sayıda örneğin kullanılmasından, kullanılan populasyonların özelliğinden veya primerlerin bağlanma bölgesindeki varyasyonlar nedeniyle olası null allellerden kaynaklanmış (Reed ve ark 000, Kayang ve ark 00, Mukesh ve Sathyakumar 0) olabileceği düşünülmektedir. Farklı kanatlı türler arasında yapılan mikrosatellit lokuslarının karşılaştırmalı analizi farklı sonuçlar vermektedir. Ancak, filogenetik olarak yakın kanatlı türleri arasında daha yüksek oranda kullanılabilirlik gözlenmiştir (Reed ve ark 000, Huang ve ark 00). Öneriler Bu çalışmanın sonuçları araştırmaya konu olan bazı tavuk Eura sian J Vet Sci, 0,,, -0 8
mikrosatellit lokuslarının güvercin genetik çalışmalarında kullanılabileceğini göstermektedir. DNA dizi analizi ile lokusların mikrosatellit yapılarının (T, CA, TG, CATG vs) incelenmesine ihtiyaç bulunmaktadır. Ancak, tüm genom tarama çalışmalarının gerçekleştirilebilmesi için bağlantı gruplarının oluşturulması ve enformatif lokus sayısının artırılması gerekmektedir. Teşekkür Bu çalışma, TÜBİTAK TOVAG 0O6 projesi tarafından desteklenmiş ve XII. Uluslararası Veteriner Hekimliği Öğrencileri Bilimsel Araştırma Kongresi nde (6-8 Mayıs 00, İstanbul) sunulmuştur. Kaynaklar Ando H, Kaneko S, Suzuki H, et al., 0. Genetic diversity of the Japanese Wood Pigeon, Columba janthina, endemic to islands of east Asia, estimated by newly developed microsatellite markers. ool Sci, 8, 89-896. Anonim 00. http://www.nhgri.nih.gov/00. Chicken genome assembled. Erişim tarihi;.09.0. Anonim 0. Pigeon genetics at the University of Utah. http://biologylabs.utah.edu/shapiro/shapiro_lab/pigeo.html. Erişim tarihi;.09.0. Bidgood JJ, Somes RGJ, 99. Genemap of the chicken (Gallus gallus), in: Genetic maps, Ed; O Brien S, 6th edition, Cold Springs Harbor Laboratory Press, Cold Springs Harbor, USA, pp:.-.. Bumstead N, Palya J, 99. A preliminary linkage map of the chicken genome. Genomics,, 690-69. Bulut, Kurar E, Ozseoy Y, et al., 0. Determination of chromosomal regio affecting body weight and egg production in Denizli X White Leghorn F populatio. Eurasian J Vet Sci, 9, 0-8. Burt DW, Bruley C, Dunn IC, 999. The dynamics of chromosome evolution in birds. Nature, 0, -. de Gortari MJ, Freking BA, Kappes SM, et al., 996. Exteive genomic coervation of cattle microsatellite heterozygosity in sheep. Anim Genet, 8, -90. Don RH, Cox PT, Wainwright BJ, et al., 99. Touchdown PCR to circumvent spurious priming during gene amplification. Nucl Acid Res, 9, 008. Fields RL, Scribner KT, 99. Isolation and characterization of novel waterfowl microsatellite loci: Cross-species compariso and research applicatio. Mol Ecol, 6, 99-0. Groenen MA, Crooijma RP, Veenendaal A, et al., 998. A compreheive microsatellite linkage map of the chicken genome. Genomics, 9, 6-. Groenen MA, Cheng HH, Bumstead N, et al., 000. A coeus linkage map of the chicken genome. Genome Res, 0, -. Hanotte O, Puch A, Maucher C, et al., 99. Nine novel chicken microsatellite loci and their utility in other Galliformes. Anim Genet, 8, 08-. Horbanczuk JO, Kawka M, Sacharczuk M, et al., 00. A search for sequence similarity between chicken (Gallus domesticus) and ostrich (Struthio camellus) microsatellite markers. Anim Sci Pap Rep,, 8-88. Huang Y, Tu J, Cheng X, et al., 00. Characterization of novel microsatellite DNA markers from the duck (Anas platyrhynchos) genome and cross-amplification in other birds. Genet Sel Evol,, -. Hutt FB, 96. Genetics of fowl. VI. A tentative chromosome map. Neue Forsch Tierzucht Abstam (Duerst Festschrift) pp: 0-. Kappes SM, Keele JW, Stone RT, et al., 99. A second generation map of the bovine genome. Genome Res,, -9. Kayang BB, Inoue-Murayama M, Hoshi T, et al., 00. Microsatellite loci in Japanese quail and cross-species amplification in chicken and quinea fowl. Genet Sel Evol,, -. Levin I, Santangelo L, Cheng H, 99. An autosomal genetic linkage map of the chicken. J Hered, 8, 9-8. Maddox JF, Davies KP, Crawford AM, et al., 00. An enhanced linkage map of the sheep genome comprising more than 000 loci. Genom Res,, -89. Mukesh, Sathyakumar S, 0. Eighteen polymorphic microsatellites for domestic pigeon Columba livia var. domestica developed by cross species amplification of chicken markers. J Genet, 90, 86-89. O'Brien SJ, Womack JE, Lyo LA, et al., 99. Anchored reference loci for comparative genome mapping in mammals. Nat Genet,, 0-. Özşeoy Y, Kurar E, 0. Markör sistemleri ve genetik karakterizasyon çalışmalarında kullanımları. J Cell Mol Biol, 0, -9. Peakall R, Smouse PE, 006. GenAlEx6: Genetic analysis in Excel, Population genetic software for teaching and research. Mol Ecol Notes, 6, 88-9. Petren K, 998. Microsatellite primers from Geospiza fortis and cross-species amplification in Darwin s finches. Mol Ecol,, 8-8. Primmer CR, Moller AP, Ellegren H, 996. A wide-range survey of cross-species microsatellite amplification in birds. Mol Ecol,, 6-8. Reed KM, Mendoza KM, Beattie CW, 000. Comparative analysis of microsatellite loci in chicken and turkey. Genome,, 96-80. Sambrook J, Fritsch EF, Maniatis T, 989. Molecular Clonning: A Laboratory Manual. Second Edition, Volume, Cold- Spring Harbor, New York, USA, pp: 9.6-9.9. Schmutz J, Grimwood J, 00. Fowl sequence. Nature,, 69-680. 9 Eura sian J Vet Sci, 0,,, -0
Traxler B, Brem G, Muller M, et al., 000. Polymorphic DNA microsatellites in the domestic pigeon, Columba livia var. domestica. Mol Ecol, 9, 6 8. Weber JL, May PE, 989. Abundant class of human DNA polymorphisms which can be typed using the polymerase chain reaction. Am J Hum Genet,, 88-96. Womack JE, Kata SR, 99. Bovine genome mapping: evolutionary inference and the power of comparative genomics. Curr Op Gen Develop,, -. Yılmaz O, Ertuğrul M, 0. Tarihte güvercin yetiştiriciliğinin önemi. J Agric Fac HRU, 6, -. Eura sian J Vet Sci, 0,,, -0 0