Mitokondrial DNA Analiz Paneli

Transkript

1 FAST-mtDNA Sequencing Kit Mitokondrial DNA Analiz Paneli Dizi Analizi Amaçlı Kullanım İçin KULLANIM KILAVUZU

2 İÇİNDEKİLER 1 GİRİŞ KİT İÇERİĞİ SAKLAMA GEREKLİ MATERYAL VE CİHAZLAR ÖNEMLİ NOTLAR VE GÜVENLİKLE İLGİLİ UYARILAR YÖNTEM REAKSİYON MİX HAZIRLANMASI PCR AŞAMASI KULLANIM KISITLAMALARI OLUMSUZ ETKILI MADDELER... 5 SEMBOLLER... 5

3 1 GİRİŞ Mitokondrial hastalıklar, yaşamın herhangi bir evresinde ortaya çıkabilen heterojen, kalıtsal hastalıklardır. Mitokondrial hastalıklar ile ilişkili mutasyonlar incelenmesi nedeniyle fenotipik değişkenlik ve bireyler arasındaki genetik heterojenite bir sorun olmaya devam etmektedir. Yeni nesil dizileme (NGS) teknolojisiyle mitokondrial dizileme, bu zorlukların bazılarına değinerek mitokondrial mutasyonların kapsamlı algılanması ve analiz edilmesini sağlamaktadır. FAST-mtDNA Sequencing Kit, mitokondrial DNA üzerindeki mutasyon ve varyasyonları izlemek için özel olarak geliştirilen NGS uyumlu multipleks PCR uygulamalarına uygun bir paneldir. 2 KİT İÇERİĞİ FAST-mtDNA Sequencing Kit Multipleks PCR Paneli (50 Reaksiyon) FAST-mtDNA PCR Mix 1.7 ml (3 adet) FAST-mtDNA Primer Mix I FAST-mtDNA Primer Mix II FAST-mtDNA Primer Mix III FAST-mtDNA Primer Mix IV FAST-mtDNA Primer Mix V 3 SAKLAMA Tüm bileşenler -20 C de saklanmalıdır. Bileşenler PCR hazırlanırken oda sıcaklığında dakikadan fazla bırakılmamalıdır. Bileşenler uygun koşullarda saklanmaları halinde, etiketlerin üzerindeki son kullanma tarihlerine dek stabilizelerini korurlar. 4 GEREKLİ MATERYAL VE CİHAZLAR Agarose jel görüntüleme sistemi DNA izolasyon Kiti Yeni Nesil Dizi Analiz Cihazı ve aksesuarları Sequencing Buffer Spektrofotometre 0.2 ml ince çeperli PCR tüpleri ya da stripler Derin dondurucu (-20 C) Vortex karıştırıcı PCR Cihazı 2 ml. Mikrosantrifüj tüpleri için rotoru bulunan tezgâh üstü santrifüj Ayarlanabilir mikropipetler Steril, filtreli mikropipet uçları Steril 1.5 veya 2 ml. Mikrosantrifüj tüpleri Atılabilir eldiven 5 ÖNEMLİ NOTLAR VE GÜVENLİKLE İLGİLİ UYARILAR Dikkat!

4 Ürün soğuk zincir altında teslim edilmelidir. Teslim alırken ambalajın soğuk zincir kurallarına uygun olup olmadığını kontrol ediniz ve size bu şekilde ulaştırılmayan ürünleri kullanmayınız. Ürünü teslim alırken kutu etiketlerinin üzerindeki son kullanma tarihlerini kontrol ediniz. Son kullanma tarihi geçmiş ürün veya bileşenleri kullanmayınız. Ürünün kullanımı esnasında aşağıda belirtilen noktalara dikkat edilmelidir: Steril, filtreli mikropipet uçları ve steril mikrosantrifüj tüpleri kullanılmalıdır. Çalışmaya başlanmadan önce tüm bileşenler oda sıcaklığına getirilmelidir. Kullanılmadan önce içeriklerinin homojen hale gelmesini sağlamak için, tüm bileşenler çözdürüldükten sonra karıştırılmalı ve kısaca santrifüjlenmelidir. Kit bileşenleri reaksiyon hazırlanana dek buz ya da soğutucu blok üzerinde tutulmalı ve kullanımın ardından hemen -20ºC ye kaldırılmalıdır. PCR ve nükleik asit izolasyonu farklı kompartımanlarda/yerlerde/bölümlerde yapılmalıdır. Örnekler, kit bileşenleriyle temas etmemeleri için ayrı bir yerde muhafaza edilmelidir. Herhangi bir risk durumu oluşturmaması için aşağıda belirtilen güvenlik talimatlarına uyulmalıdır: Klinik örneklerle çalışılırken çok dikkatli olunmalıdır: Örneklerle fiziksel temastan kaçınılmalıdır; laboratuvar önlüğü ve eldiven giyilmeli, çalışma alanında yeme ve içmeye izin verilmemeli, görevli olmayan kimselerin çalışma alanına girişi engellenmelidir. Nükleik asit izolasyonu aşamasında oluşan atıklar, tıbbi atığa atılmalı ve güvenli bir biçimde uzaklaştırılmalıdır. Daha detaylı bilgi için adresindeki güvenlik bilgi formuna bakabilirsiniz. 6 YÖNTEM 6.1 REAKSİYON MİX HAZIRLANMASI Aşağıdaki tabloda verilen hacimlerde PCR bileşenleri her 23 µl PCR reaksiyonunda 5µl DNA örneği olacak şekilde hesaplanmıştır. Pipetleme hatalarına karşı hazırlanan PCR mix bir ya da iki reaksiyon fazladan hazırlanabilir. Bütün bileşenler kullanılmadan önce vortekslenmelidir. Tablo 6.1 Reaksiyon Mix İçeriği Bileşen Miktar mtdna PCR Mix 20 µl mtdna Primer Mix 3 µl DNA Örneği ( ng) 5 µl Reaksiyon Mix Toplamı 28 µl

5 6.2 PCR AŞAMASI Tablo 6.2 PCR Termal Profili. Sıcaklık Süre 98 C 1 dk. Başlangıç denatürasyonu 98 C 10sn 56 C 30 sn. 10 döngü 72 C 150 sn. 98 C 10 san 56 C 30 sn. 20 döngü 72 C 150 sn.* 72 C 10 sn. 4 C *+15 sn./döngü 7 KULLANIM KISITLAMALARI Tüm bileşenler vücut dışında tanı amaçlı olarak kullanılabilir. Bu ürün, bu kullanım kılavuzu uyarınca kullanılmalıdır. Bu ürün özel olarak vücut dışında tanı amaçlı prosedürleri uygulama konusunda eğitim almış personel tarafından kullanılmalıdır. 8 OLUMSUZ ETKILI MADDELER Heparin ya da EDTA gibi antikoagülanlar içeren tüplere toplanmış örnekler, Hemolitik örnekler, Heparinize olmuş hasta örnekleri, Yüksek düzeyde safra tuzları, bilirubin ya da kan yağları içeren hastaların örnekleri kullanılmamalıdır. SEMBOLLER

6 SEMBOL AÇIKLAMA Son Kullanma Tarihi Lot Numarası Katalog Numarası Sıcaklık Sınırlaması Üretici Üretim Yılı Vücut Dışında Kullanılan Tıbbi Tanı Cihazı Avrupa ya Uygunluk Test Sayısı

7 MULTİGEN Sağlık Hizmetleri Ltd. Şti. ideege Teknoloji Geliştirme Bölgesi TGB-2 Alanı, Mercan Konteyner Park, No:172/70 D (Ofis No: 7) Erzene Mahallesi, Ankara Caddesi, Ege Üniversitesi Kampüsü, 35100, Bornova / İZMİR Tel: Web: