KEMİLÜMİNESANS JEL DOKÜMANTASYON SİSTEMİ TEKNİK ŞARTNAMESİ

Transkript

1 1 KEMİLÜMİNESANS JEL DOKÜMANTASYON SİSTEMİ TEKNİK ŞARTNAMESİ (1) Sistemin Genel Teknik Özellikleri: 1. Cihaz western blotlama, nükleik asit tayini, 2-D jel elektroforezi, DIGE ve dot-blot uygulamalarında kullanılabilmelidir. Ayrıca cihaz dansitometre olarak da kullanılabilmelidir. 2. Cihaz, kompakt karanlık oda, UV transillüminatör çalışma istasyonu ve soğutmalı CCD kameradan oluşmalıdır. 3. Cihaz, Trans-UV, Trans-Beyaz, Epi-Beyaz, Trans-mavi, 3 Renk LED (Mavi, Kırmızı, Yeşil) ve Boyasız (Stain-Free) olmak üzere 8 farklı illüminasyon moduna sahip 4. Cihaz, otomatik zoom ve fokus yapabilmelidir. 5. Cihaz kemilüminesans, floresan ve kolorimetrik (dansitometri) çalışmalara uygun 6. Cihaz aşağıdaki boyalara ve uygulamalara uygun olmalıdır; - Nükleik Asit Elektroforezi: Etidyum Bromür, SYBR Green, SYBR Safe, SYBR Gold, Gel Green, Gel Red, Fast Blast. - Protein Jel Elektroforezi: Coomassie Blue, Copper Stain, Zinc Stain, Flamingo fluorescent gel stain, Oriole Stain, Silver Stain, Coomassie Fluor Orange, SYPRO Ruby, Krypton. - Blotlama Çalışmaları: Kemilüminesan HRP (Horse Radish Peroksidaz) ve AP (Alkalin Fosfataz), Kolorimetrik Q-Dot lar , CY2, Alexa Flour 488, Dylight 488, Fluorescein. 7. Cihaz, Kırmızı, Yeşil ve Mavi renklerden oluşan LED kombinasyonuna sahip Bu sayede, bir jel/membrandan 3 farklı boyanın aynı anda tesbitini yapmalıdır. Kırmızı LED: Yeşil LED: Mavi LED: Cy5, Cy5.5, Alexa Fluor 647, Alexa Fluor 680, DyLight 649, DyLight 680, IRDye 680. Cy3, Flamingo, Krypton, Pro-Q Diamond, Alexa Fluor 546, DyLight 549, Rhodamine. Cy2, Coomassie Fluor, Orange, Alexa Fluor 488, DyLight 488, Pro-Q Emerald 488, Qdot 523, Qdot 605, Qdot 625, Qdot 705.

2 2 8. Cihaz görüntülerin analiz edilmesi amaçlı yukarıdaki tüm boya ve uygulamaların kayıtlı ve kullanılabilir olduğu bir yazılım programı (software) ile gelmelidir. 9. Ayrıca ileri analiz seçeneklerine göre aşağıdaki özelliklerde program veya programlar da isteğe bağlı olarak sunulmalıdır; - 2 Boyutlu jellerde protein jellerin eşleştirilmesi, spot kantitasyonu ve spot kesici (Spot Cutter) cihazını da kontrol edebilen bir program. - Mikrobiyolojik çalışmalar için petride koloni sayımı yapabilen bir program. - Filogenetik çalışmalar için soy ağacı (dendogram) çizilebilen bir program. (2) Kameranın Teknik Özellikleri: 1. Peltier soğutmalı CCD kamera 2. Soğutma sistemi (supercooling) sayesinde -30 o C soğutma sağlanmalıdır. 3. CCD kamera 16 bit 4. Elde edilen görüntüler 4 Megapiksel veya daha iyi Her bir piksel 6.45 x 6.45 mikron olmalı ve gri seviye yoğunluğunda 5. Sistemin dinamik aralığı en az 10 4 (>4 orders of magnitude) (3) Karanlık Odanın Teknik Özellikleri: 1. Cihaz en az 28x36cm boyunda jel alabilmeli ve en az 25x26 cm boyunda görüntü alabilmelidir. 2. Cihazın kontrolleri kompakt karanlık odasının üzerindeki tuşlarla kolaylıkla sağlanmalıdır. Ayrıca program yardımıyla cihaz kalibrasyonu sayesinde tuşlara hiç gereksinim duymadan otomatik olarak da yakınlaştırma (zoom) ve netlik (focus) gibi fotoğraf kalitesini yükselten ayarları yapabilmelidir. 3. Cihaz eksitasyon kaynağı olarak Trans-UV, Trans-White, Epi-White, Blue Led, Green Led ve Red Led standardında bulunmalıdır. Cihazla, standart olarak 302nm UV lambası gelmeli ve ayrıca 254nm ve 365nm UV lambaları da opsiyonel olarak sunulabilmelidir.

3 3 4. Altı pozisyonlu emisyon filtre tutucuya sahip Bunlar, standart filtre ( nm amber filtre; EtBr), Yeşil filtre, Mavi filtre, Kırmızı filtre ve Flat Fielding (Alan düzeltme) ile gelmelidir. 5. UV transillüminatör güvenli bir çekmecede bulunmalı ve bu sayede jeller kolaylıkla cihazın dışında yerleştirilebilmelidir. Güvenlik açısından eğer UV lambaları açık ise, UV transilluminatör çekmecesi veya cihazın kapağı açıldığında UV lambaları sönmelidir. 6. Cihaz beş farklı moda illüminasyon yapabilmelidir: Trans UV, Epi White, No illümination (kemilüminesan çalışmalar için), Trans-White, UV /Blue conversion (opsiyonel). 7. Cihaz ile beraber beyaz ışık dönüşüm tablası White Light Conversion Screen verilmelidir. (4) Yazılım Programının Teknik Özellikleri: 1. Yazılım; kemilüminesans, radyoaktif, floresan, kolorimetrik örneklerin, başka phosphoimager sistemlerin ve jel dökümantasyon sistemlerinin görüntülediği, sakladığı fotoğrafları değerlendirebilmelidir. 2. Yazılım; Point to point, semilog, logistic, cubic spline ve linear semilog olmak üzere hızlı molekül ağırlığı değerlendirmeleri yapabilmelidir. 3. Yazılım; protein jellerde çekilen fotoğrafların bantlarının yoğunluğunu hesaplayarak, istendiğinde üç boyutlu alınabilecek kantitatif veriler sağlamalıdır. 4. Yazılım; sistemi kalibre eden bir algoritmaya sahip Bu algoritma sayesinde kamera herhangi bir zoom seviyesinde iken otomatik fokuslama kontrolü yapabilmeli ve artifaktlar otomatik olarak giderilebilmelidir. 5. Yazılım, fotoğrafları birisi tiff olmak üzere en az iki farklı formatta kaydedebilmeli ve analiz raporlarını Excel formatında kopyalamaya izin vermelidir. 6. Yazılım, her uygulama için flat fielding düzeltme işlemini yapmalıdır. Flat fielding sayesinde ışık kaynağından jelin uzaklığı sebebiyle oluşabilecek göreceli jel parlaklığı farklarını otomatik olarak gidermelidir. 7. Yazılım, tüm çalışma dosyasını (görüntüleme, sonuçlar, raporlar) bir protokol dosyası içerisinde saklayabilmelidir. Protokoller değiştirilebilir, tekrar kaydedilebilir, tekrar kullanılabilir ve çoklu kullanıcılar arasında paylaşılabilir

4 4 8. Yazılım, saklanan protokolleri tekrar kullanıma olanak sağlayarak, sonraki bir çalışmada boyayı, boya için gerekli ışık kaynağını, jelin yakınlaştırmasını, jelin görüntüsünün netleştirilmesini ve kullanılan standardın (Protein veya DNA Ladder) seçimi ile diğer kuyulardaki bantların boylarını (kd veya bp) otomatik olarak hesaplamalıdır ve tüm bantların yoğunluğu (intensity), yüzdesi ve bant büyüklüğünü bir rapor olarak vermelidir. Raporlar isteğe göre Excel veya PDF olarak alınabilmelidir. 9. Yazılım, makalelere konulması için kabul gören 300dpi çözünürlükte fotoğrafı standardında alabilmeli, ayrıca bu çözünürlüğü 600 dpi ye kadar istenen oranda arttırabilmelidir. 10. Yazılım, jellerde elektroforez esnasında olabilecek eğik yürüme gibi sorunları otomatik olarak algılamalı ve istendiğinde analize alırken hata olmaması için düzeltebilmelidir. 11. Yazılım, jel görüntüleri üzerine örnekleri tanımlayacak kodlar yazılmasını ve işaretler konulmasını sağlayabilmelidir. 12. Yazılım, Bant yoğunluğu hesaplarında kullanılması için standart eğri grafiği (standart curve) çıkartabilmelidir. (5) Sistemle birlikte boyasız çalışmalar için aşağıdaki ekipmanlar verilmelidir: 1. Dört adet minijeli aynı anda yürütebilen, aracıların camın üzerine yapışık olduğu Minidikey Elektroforez Cihazı (Dört adet); 2. Dört çıkışlı 300 V, 75 watt, 400 ma gücünde Güç Kaynağı Cihazı (Dört adet); 3. Dört adet Minijelin membrana transferini aynı anda yapabilecek hızlı transfer cihazı (sistem açık bir cihaz olmalı ve piyasadaki tüm sarflarla çalışabilmelidir) (İki adet) verilmelidir.

5 5 Diğer Şartlar 1. Tüm cihazlar, fabrikasyon ve montaj hatalarına karşı 2 yıl ücretsiz, müteakip 10 yıl ücretli yedek parça, bakım ve onarım garantili olmalı, bu durum teklif veren firma tarafından taahhüt edilmelidir. 2. Teklif veren firma teklif ettiği her üründe yetkili temsilcisi olmalıdır veya yetkili temsilcisi tarafından yetkilendirilmelidir. 3. Cihazların eğitimi üretici firmanın personeli tarafından verilmedir. Bu husus ile ilgili Üretici firmadan cihazın eğitimini laboratuarımızda vereceğine dair taahhütname teklif ile ihale komisyonuna sunulmalıdır. 4. Cihazın üretici firmasının ISO belgesi olmalı; cihaz CE standartlarına uygun 5. Cihaz demo amacıyla bile olsa hiçbir şekilde kullanılmamış olmalı ve orijinal fabrika ambalajında teslim edilmelidir. 6. Kabul ve muayenede oluşabilecek kaza ve hasardan satıcı firma sorumludur. 7. Firmalar teklif ettikleri cihazın özellikleri hususunda orijinal katalogları üzerinde Teknik şartnameye Madde Madde cevap vermelidirler.