yöntemleri Kristalizasyon Veri toplama Difraksiyon şiddetlerinden moleküler yapıya Kristal yapıların sınırları ve içerdiği bilgiler

Ebat: px
Şu sayfadan göstermeyi başlat:

Download "yöntemleri Kristalizasyon Veri toplama Difraksiyon şiddetlerinden moleküler yapıya Kristal yapıların sınırları ve içerdiği bilgiler"

Transkript

1 Proteinlerin Üç Boyutlu Yapılarının Tayini X-IŞINLARI KRİSTALOGRAFİSİ Süheyla ÖZBEY Hacettepe Üniversitesi i i Fizik Mühendisliği Bölümü 1

2 ÖZET Girişi Tarihsel gelişim Atomları nasıl görürüz? Protein kristalografisinin temel ilkeleri ve yöntemleri Kristalizasyon Veri toplama Difraksiyon şiddetlerinden moleküler yapıya Kristal yapıların sınırları ve içerdiği bilgiler Örnekler: İki bitkisel lektin proteini 2

3 Giriş Aminoasitler, peptitler, steroidler, lifli ve hücresel proteinler, yağlar gibi biyolojik makromoleküller organizmaların temel yapıtaşıdır ve moleküllerinde atom bulunur Bir molekülün fiziksel, kimyasal ve biyolojik özellikleri onun üç-boyutlu yapısı ile ilişkilidir. Makromoleküllerin yapısı ve fonksiyonu hakkında, çeşitli teknikler farklı ve birbirlerini tamamlayıcı bilgiler verir Moleküllerin üç-boyutlu yapılarının elde edilmesinde kullanılan deneysel teknikler: -X-ışınları difraksiyonu - elektron ve nötron difraksiyonu - NMR spektroskopisi 3

4 X-ışınları difraksiyon yöntemleri ile küçük moleküllerin yanında proteinler gibi, biyolojik makromoleküllerin de 3- boyutlu yapısını büyük bir doğrulukla hesaplamak olanaklıdır Protein moleküllerinin primer yapısı biyokimyasal yöntemlerle, dördüncü yapısı (toplam biçimi) ise küçük açı x-ışını saçılması" yöntemi (SAXS) ve elektron mikroskobu kullanılarak l k elde edilebilir İkincil ve üçüncül yapı hakkında ayrıntılı bilgi, g,protein içindeki atomların düzenlenimlerinin bilinmesini gerektirir. Bu amaçla kullanılan temel yöntem protein kristalografisidir ve bu sayede atomik çözünürlüğe (1.0Å) kadar bilginin kaydedilmesi sağlanır 4

5 Tarihsel gelişim Kristal yapı analizinin dönüm noktaları X-Işınlarının bulunuşu 1895 Wilhelm Conrad Röntgen Nobel ödülü (fizik) 1901 Nature 53, 274 (1896) X-Işınlarının difraksiyonu (kırınımı) 1912 Max Theodor Felix von Laue Nobel ödülü (fizik) 1914 Sitzungsber. Bayer. Akad. Wiss. Munchen p. 303 (1912) Yapı belirlenmesi 1913 William Henry Bragg & William Lawrence Bragg Nobel ödülü (fizik) 1915 Proc. Roy. Soc. A89, 248 (1913) 5

6 1913 Sodyum ve potasyum klorür ün difraksiyon desenleri KCl NaCl KCl, NaCl a a göre daha büyük birim hücreye sahiptir ve bu nedenle difraksiyon çizgileri daha yakındır 6

7 X-ışını kristalografisi biyolojik prosesleri anlayışımızı değiştirdi 1950 yılında DNA nın çift sarmal yapısının X-ışınlarıyla Crick ve Watson tarafından aydınlatılması, DNA replikasyonunun anlaşılması lmas ile ilgili çalışmalara büyük ük katkı sağladı 1960 yılında Kendrew ve Perutz miyoglobin ve hemoglobinin yapılarını çözerek, ilk kez proteinlerin mimari yapılarındaki karmaşıklığı ortaya koydular, orak hücreli anemianın moleküler temeline de ışık tutarak büyük bir başarı elde ettiler Proteinler, enzimler, DNA kompleksleri ve virüsler gibi çok büyük biyolojik moleküllerin yapısı XRD yöntemi kullanılarak çözüldü 7

8 DNA difraksiyon deseni 1950 Fiber form Kristal form 8

9 1959 myoglobin in 3D yapısı(alfa helisler) myoglobin in difraksiyon deseni Myoglobinin üç boyutlu yapısı J. C. Kendrew tarafından çözüldü 9

10 Teknoloji ile birlikte gelişen ş süreçte, sinkrotron radyasyon kaynaklarının gelişimi alan detektörlü veri toplama cihazları krayokristalografinin gelişimi ( K de veri toplama) kristal yükleme ve veri toplamada robotik sistemlerin kullanılması faz belirlemede yeni yaklaşımlar veri işleme, yapı çözümü ve arıtımında kullanılan bilgisayar yazılımlarının geliştirilmesi kristalografik yapı hesabının etkinliğini dramatik olarak arttırdı. Son yıllarda, çeşitli enzim-inhibitör komplekslerini de içeren farklı yapılar atomaltı rezolusyonda (0.85Å) çözülmüştür. Bu çalışmalar, ş ko-faktör tanımlama ve inhibitör bağlama ğ gibi enzimatik mekanizmalardaki yapısal özelliklerin içyüzünün anlaşılmasında yeni katkılar sağlamıştır. 10

11 11

12 Bugün gelinen noktada: Protein Veri Bankasında (PDB) kullanılabilir durumda yaklaşık kristal yapı depolanmıştır. Protein Veri Bankasındaki üç boyutlu makromoleküler yapılara ait verilerin çoğunluğu üç yöntemle elde edilmiştir: X-ışınları kristalografisi ( %86), nükleer manyetik rezonans ( %13), ve elektron mikroskobu ( %0.4) Protein Nukleik Asid Protein/DNA Kompleksleri Diğer Toplam X-ışınları NMR Deneysel Yöntem Elektron Mikroskobu Hibrid Diğer Toplam Tablo 1 RCSB Protein Veri Bankasında (PDB) depolanan makromoleküllerin analizi (http://www.rcsb.org/pdb/statistics Son güncelleme : Haziran 23, 2009) 12

13 Atom ve molekülleri nasıl görürüz? Atom ve molekülleri çok küçük oldukları için bilinen yöntemlerle görmek mümkün değildir. İdeal bir süpermikroskop molekülleri görmemizi sağlayabilir, ancak böyle bir mikroskop yapılsa bile çözünürlük (rezolusyon) atomları görmemiz için yeterli değildir. Bir nesnenin detaylarını, eğer bu detaylar kullanılan radyasyonun dalgaboyunun yarısından daha küçük aralıklarda ayrılmamışsa mikroskopla göremeyiz. ( e.g. Mavi ışık için 200 nm) Moleküldeki atomlar birbirlerinden 10-8 cm (0.1nm) mertebesindeki uzaklıkta olduğu için dalgaboyu 4-8x10-5 cm olan görünür ışık kullanılamaz. Atomları görmek için uygun radyasyon nanometre boyutunda dalgaboyuna sahip X ışınlarıdır. ş Bu nedenle atomları görebilmeyi sağlayacak süpermikroskop yapılırsa görünür ışık ş değil ğ x-ışınları ş kullanılmalıdır. Böylece moleküllerin biçimlerini ve birbirleriyle etkileşimlerini görme olanağı doğacaktır. 13

14 Işık mikroskobu ve X-ışını kristalografisi aynı temel ilkeye dayanır Optik mikroskopi X-ışınları kırınımı Glusker & Trueblood Crystal Structure Analysis (2nd ed.) Oxford Univ. Press,

15 Protein kristalografisinin temel adımları Kristalleştirme Veri toplama Faz belirleme Elektron yoğunluğu haritasının yorumlanması Moleküler modelin arıtımı

16 kristal Difraksiyon deseni Elektron yoğunluğu haritası Atomik model + X-ışını Faz problemi Model kurulması arıtım Son harita ve model 16

17 Kristalizasyon Proteinin 3-boyutlu yapısını çözebilmek için ilk koşul, x-ışınlarını difrakte edebilecek iyi kalitede kristaller üretmektir Protein kristalizasyonu, temelde protein çözeltisinden kristallerin yavaşça çöktürülmesine dayanan bir denemeyanılma işlemidir ve karmaşıktır. Kristallerin oluşumu protein konsantrasyonuna ( 5-10 mg/ml ), saflığına (s %95) ve proteine eklenen ligand ve iyonların varlığına ğ da bağlıdır. ğ Protein kristalini büyütme, makromolekülün süper- doymuş bir çözeltisinden i başlar. Süper- doyum koşulları ise çöktürme ajanlarının eklenmesi ve çözeltinin ph ve sıcaklık gibi, bazı iç parametrelerinin değiştirilmesi ile elde edilebilir. 17

18 Protein kristalizasyon deneyleri, genellikle bu parametrelerin birkaçının kombinasyonun denenmesini i gerektirir. i Kristalizasyon robotları ve ticari olarak bulunan kristalizasyon kitleri sayesinde çok sayıda kristalizasyon deneyi otomatik ve hızlı bir şekilde yapılabilmektedir. Kristalizasyon deneylerinde kullanılan protein miktarı genelde çok azdır. En iyi kristalizasyon koşullarını belirlemek için çok sayıda deney yapmak gerekir. Bir protein tek kristalinin uygun boyutu 0.3x0.3x0.3 mm dir ve yaklaşık olarak 15μg dır. Bu nedenle 1mg saf protein yaklaşık 65 kristalizasyon deneyi yapmaya yeterlidir. 18

19 Protein kristalleştirme dört önemli adımda gerçekleşir: Kristal oluşturmak için proteinin saflığı belirlenir Kristal formuna uygun olan bir çözeltide protein çözülür Çözelti aşırı doyurulmuş hale getirilir Çekirdek oluştuğunda gerçek kristal büyümesi başlar

20 EN BASİT KRİSTALLEŞTİRME YÖNTEMLERİ Buhar Difüzyon Yöntemleri Hanging Drop Buhar Difüzyon Yöntemi Sitting Drop Buhar Difüzyon Yöntemi Batch Kristalleştirme Yöntemleri Tohumlamayla Kristalleştirme Yöntemleri Diyaliz Yöntemleri Sıvı / Sıvı Difüzyon Yöntemi

21 Asılı damla buhar difüzyon yönteminin prensibi: Protein çözeltisi (0.1 1 μl lik) ile kristalizasyon bufferinin karışımıyla (genelde 1:1 oranında) oluşan damla, aynı kristalizasyon bufferini ( ml) bulunduran bir rezervuarın üzerine asılır Rezerv çözelti ile damlacık arasında reaksiyon dengesine buhar difüzyonu yolu ile ulaşılır. Damlacıkdaki protein ve çözelti konsantrasyonu, su molekülünün uzaklaştırılmasıyla ş artar Süper saturasyon noktasına gelindiğinde d, ph ve sıcaklık k gibi diğer parametrelerde doğru ise, damlacık içinde protein kristalleri oluşmaya başlar. 21

22 Damlacık ve haznenin buhar dengesi, protein çözeltisinin çekirdeklenme ve ilk büyümenin gerçekleştiği bir aşırı doyma seviyesine ulaşmasına neden olur.

23 Sitting Drop Buhar Difüzyon Yöntemi Bütün kimyasal reaksiyonlar ayni olmasına rağmen Sitting Drop yönteminin Hanging Drop yöntemine göre tek farkı, mikro-köprülerin kullanılmasıdır. Mikro-köprüler maksimum 40μl hacminde damlacıkların konulabileceği kuyulara sahiptirler. Bu damlacıklar çöktürücü ü ü ile tampon içindeki i protein çözeltisinin belirli oranda karıştırılmasıyla elde edilir Protein damlası H 2O (5μl protein+5μl precipitant) it t) H 2O Mikro-köprü Precipitant Son zamanlarda, buhar difüzyon deneyleri 96-kuyulu mikrotiter plate lerde ve otomatik sistemlerde yapılmaktadır

24 High throughput screening (HTS) kristalizasyon [Farklı ph, iyonik ik özellikler v.b. sahip çözücülerde ül çözülen protein 96- kuyuya sahip plate lerde soğutma, buharlaştırma ve antiçözücü eklenmesi gibi endüstriyel işlemlerle kristalleştirilir]. 24

25 X-Işınları ş Kristalografisi: Sanat ve bilimin bileşimi 25

26 Veri toplama Protein kristalleri %50 solvent içerdikleri için havada kururlar ve parçalanırlar. l Oda sıcaklığında ğ yüksek k şiddette x-ışınları ile ışınlanırsa radyasyon hasarı nedeniyle difraksiyon güçlerini kaybederler. Kristal ömrünü uzatmak ve veri kalitesini arttırmak için x-ışını ölçümleri K de yapılır. Kristal önce μm çapında ince naylon ilmeklere (loop) monte edilir ve sıvı azota gömerek hızlıca dondurulur. Buz kristali oluşumunu önlemek için kristalin çevresindaki ana sıvıya gliserol, l düşük ük molekül ağırlıklı ğ polietilen glikol l veya yüksek tuz, krayo-protektan olarak eklenir. Kristal, gonyometre başlığına yerleştirilir. Laboratuvarda döner anot x-ışını kaynağı ile, veya Sinkrotron radyasyon kaynağında ölçümler yapılır. 26

27 Demet durdurucu Gelen x ışını Kristal Alan detektörü Difrakte x ışınları demeti Kollimatör X ışını ş jeneratörü Monokromatör Gonyometre başlığı Gonyometre X-ışını deney düzeneği 27

28 Veri toplama sırasında, kristal yavaşca döndürülür, Bragg koşulu sağlandığında difraksiyon gerçekleşir. Difraksiyon deseni genellikle, CCD detektörlerine veya görüntü plakalarına (image plate) kaydedilir. Yüksek kalitede x-ışını veri setinin toplanma süresi iyi kristaller ve yüksek şiddette SR ışını ş için birkaç saat, zayıf kristaller ve konvansiyonel x-ışını jeneratörleri için birkaç gündür. Bu detektörlerden alınan difraksiyon desenleri bilgisayar aracılığıyla yansıma şiddetlerine dönüştürülür. Kristalin kalitesine ve birim hücrenin büyüklüğüne bağlı olarak, kristal başına binlerce, yüzbinlerce yansıma kaydedilir. 28

29 Difraksiyon çalışmaları Laboratuvar tipi CAD4 Tek kristal difraktometresi H.Ü., Fizik Müh. Böl. Kristalografi Lab. 29

30 Benzimidazole id türevleri 30

31 İndol türevleri 31

32 1a 1 a İndol-thiosemicarbazone türevleri 1b 1c 2a 2b 1b 1b 1c 2a 2b Moleküllerin kristal içindeki düzenlenimleri N H O/F ve N H S hidrojen bağları ile C H S etkileşmeleri tarafından yönetilmektedir. 2a hariç, tüm moleküllerde C H π kontaklarının da stabilizasyonda etkin bir rolü vardır. Ayrıca, N H O ve N H N molekül içi hidrojen bağları, indolethiosemicarbazone sistemini düzlemsel tutmaktadır. 2c 2c 32

33 Sinkrotron Radyasyonu (SR) Sinkrotron kaynağı, parçacık hızlandırıcıları teknolojisine dayanan çok güçlü bir ışık kaynağıdır. Bir sinkrotronda, elektronlar vakum altında uzun-halka biçimli tüplerde (storage ring), ışık hızına yakın hızlarda dönerler. Bu dönü sırasında elektronlar, özel magnet sistemlerinin etkisine bağlı olarak, dalga boyları infrared radyasyonundan X-ışınlarına kadar değişen skalada, sinkrotron ışınımı yayınlarlar. Yayınlanan ışın, halkaya bağlı farklı beamline lar (optiksel sistemler) tarafından toplanır ve deney odalarına taşınır. Böylece, bir çok deney aynı anda yapılabilir larda gözlendiğinden beri SR, bilimsel ve teknolojik ilerlemenin vazgeçilmez bir aracı haline gelmiştir. ş

34 Bir SR demet hattı Deney alanı Focus SAXS Camera(~64m) Mirror (32m) Phase plate Mono sets Mirror (27m) Çıkış Undulator Diffractometers Optiksel bölüm Storage Ring

35 SR kaynağının spektrumu

36 Difraksiyon çalışmaları SR de İstasyon donatımı: detektor, kamera, yan gereçler.. 36

37 Difraksiyon şiddetlerinden moleküler yapıya X-ışınlarının kristallerden difraksiyonu X-ışınları kristal ki lüzerine geldiğinde d elektronlar l tarafından soğurulur, ve elektronlar salınım (osilasyon) yapmaya başlar. Salınan bu elektronlar bir x-ışını kaynağı gibi davranarak her yöne x-ışını fotonları yayar. Kristalin farklı bölümlerinden saçılan bu fotonlar, toplanarak ölçülebilir bir x-ışını ş şiddeti oluştururlar. Kristalde paralel düzlem takımları olduğunu varsayan Bragg koşulunun sağlandığı bu durumda, saçılan x-ışınları yapıcı girişim yaparak birbirlerini güçlendirmiştir 37

38 Gelen demet Dalga cephesi Yansıyan demet 2dsinθ=nλ Bragg Yasası Her difraksiyon i noktası (spot), x-ışınlarının ki kristaldeki kiözel bir düzlem setinden (hkl) yansımasıyla oluşur. Kristal aynı daralığına ve yönelime sahip düzlemler üzerinde çok sayıda atom bulundurursa, Bragg koşulu sağlandığında karşı gelen difraksiyon noktası çok şiddetli olacaktır, sadece birkaç atom varsa bu düzlemden oluşanş yansıma zayıf olacaktır. 38

39 Faz problemi Kristalde var olan karmaşık yapı, difraksiyon olayı ile düzlem setlerine karşı gelen difraksiyon noktaları setine (daha açık olarak, sinüzoidal yoğunluk dalgalarına) dönüştürülür. Bu durum müzik dinlediğimizde kulağımızın, karmaşık ses sinyallerini bir seri sinüzoidal tonlara dönüştürmesi olayına benzer. Karmaşık kbir fonksiyonun basit sinüs ve kosinüs fonksiyonlarına çevrilmesi Fourier dönüşümü olarak bilinmektedir. Orijinal fonksiyon, aslında kristaldeki elektron-yoğunluğu dağılımı, ters Fourier dönüşümü yapılarak yeniden oluşturulabilir; bu ise, tüm yansımalar için karşı gelen yoğunluk dalgalarının (Yapı faktörü) toplanmasıyla yapılır 39

40 Bu toplamayı yapabilmek için sadece yoğunluk dalgasının genliğini bilmek yetmez, onun tüm diğer yoğunluk dalgalarına göre bağıl konumunu da (faz) bilmek gerekir Birim hücre içinde herhangi bir x,y,z noktasındaki elektron yoğunluğu, yoğunluk dalgalarının (yapı faktörünün) genliği IF(hkl)I yi ve bağıl faz açısı α(hkl) yi bulundurur, ve atom merkezleri yakınında en yüksek değeri alır. 1 V hk l ρ (xyz) = F ( hkl ) cos 2π [ hx + ky + lz α ( hkl ) ] Genlik ölçülebilir, çünkü karşı ş gelen difraksiyon noktasının şiddetinden hesaplanır; fakat fazları doğrudan ölçmek mümkün değildir. Faz problemi olarak adlandırılan bu durum, farklı tekniklerle çözülebilir. 40

41 Çoklu izomorf yerdeğiştirme (Multiple Isomorphous Replacement, MIR) : Kristal, ağır atom tuzlarının (Hg, Pt, Au v.b) bulunduğu çözelti içinde bırakılır; böylece, birkaç ağır atom protein molekülünde iyi tanımlanmış konumlara bağlanabilir. Bu ağır atomların konumları, orijinal kristal ile ağır atom katkılanmış kristallerin difraksiyon desenleri arasındaki fark analiz edilerek bulunur. İki ya da daha fazla uygun ağır atom türevi bulunduğu zaman, öncelikle fazlar tahmin edilir, sonra elektron yoğunluğu haritası hesaplanır. 41

42 Anormal saçılma (Anomalous Scattering, AS): Ağır elementlerin iç elektronlarının, belirli x-ışını dalgaboyu aralığında soğurma kenarlarına sahip olduğu bilinmektedir. Bu yöntem, bir tek ağır atom türevinin faz bilgisini elde etmek için kullanıldığı gibi, selenomethionine (selenium içeren aminoasit) ile etiketlenmiş tl i proteinlerden tam faz bilgilerini i i elde etmek için i de kullanılır. Çoklu-dalgaboyu anormal dağınım ğ (MAD) denilen bu yöntem, yeni proteinlerin yapılarının hızlı çözümünde çok popüler olmuştur. İyi difraksiyon veren kristallerde, doğal proteinde var olan cysteine ve methionine den gelen anormal kükürt sinyallerini kullanmak da mümkündür. MAD yönteminde tek kristal kullanılır, ama sinkrotron radyasyonu gereklidir. Ayrıca, selenomethionine-etiketli proteinler üretilmeli, saflaştırılmalı ş ve kristalleştirilmelidir. ş 42

43 Moleküler yerdeğiştirme (Molecular replacement) Bilinmeyen kristal yapının uygun bir modeli kullanılırsa, faz problemi çözülebilir. - İnsan trombin yapısının, bovine thrombin yapısının bulunmasında -bir enzimin yapısının, aynı enzimin farklı bir kristal forma sahip inhibitor kompleksinin yapısının bulunmasında kullanılması örnek olarak verilebilir. Genellikle PDB dan alınan uygun Model, dönme ve ötelenme fonksiyonlari ile, bilinmeyen kristalin birim hücresinde yönlendirilir ve konumlandırılır. Oriente edilen bu model, ardışık olarak fazların ve elektron yoğunluğu haritasının bulunmasında kullanılır. 43

44 Model oluşturmavearıtım arıtım İlk elektron yoğunluğu haritası elde edildiğinde kristalograf tarafından yorumlanır: Bir MIR(AS) haritası durumunda, proteinin tam bir modeli elektron yoğunluğuna fit edilir. Önce C α atomları yerleştirilir, sonra ardışık olarak ana zincir ve yan zincirler inşa edilir. Son yıllarda, özellikle yüksek çözünürlüklü veri olduğu durumda, bu işlem gittikçe otomatik hale gelmiştir. Moleküler yer değiştirme durumunda ise, kullanılan modelin kristalde var olan molekülü aksettirecek şekilde geliştirilmesi gerekir. Model çoğunlukla benzer bir proteindir, ama bazı amino asitler yer değiştirmiş olabilir, eklentiler ve kaybolan gruplar vardır, bazı looplarda küçük değişiklikler gerekebilir. 44

45 Yeniden model oluşturma işleminden sonra, model arıtılır. Arıtım, gözlenen difraksiyon genlikleri (Fo) ile model yapıdan hesaplanan difraksiyon genlikleri (Fc) arasındaki fark en küçük olacak şekilde iteratif olarak yapılan bir süreçtir, böylece yapının geometrisi aynı anda optimize edilmiş olur. 45

46 Her arıtım aşamasının sonunda arıtılan modelden hesaplanan fazlar yeniden, iyileştirilmiş elektron-yoğunluğu haritasının hesabında kullanılır, ve bu haritalar kristalograf tarafından modeli daha iyiye götürmek üzere analiz edilir. Arıtım adımları ve modelin yeniden inşası, yapısal parametrelerin ve atomik koordinatların en iyi değerlerine ulaşılıncaya kadar sürdürülür. Yapı çözümü sonucunda kristalin birim hücresindeki her bir atomun konumunu belirleyen koordinatlar ile atomik yerdeğiştirme parametreleri elde edilir. Atomik koordinatlardan bağ uzunluk ve açıları hesaplanabilir, molekülün konformasyonu saptanabilir, molekül içi ve moleküller arası etkileşmeler belirlenebilir (e.g. Disülfit ve H-bağları, Van der Waals,...) En son aşamada koordinatların son seti PDB depolama için hazırlanır. 46

47 Kristal yapıların sınırları ve içerdiği bilgiler Küçük moleküllerin atomaltı çözünürlükteki (<1 Å) x-ışını analizi oldukça doğru geometrik parametreler (bağ uzunlukları, valans ve dihedral açılar) ile anizotropik yer değiştirme parametreleri (sıcaklık elipsoidleri) verir. Protein kristalleri, genelde atomik veya atomaltı çözünürlükte difraksiyon vermezler. X-ışını çalışmalarının büyük bir kısmı orta ve yüksek çözünürlükte (3.0 Å and 1.50 Å aralığında) yapılır, ve yapısal ayrıntılarda üstte tanımlanan düzeye ulaşılamaz. ş Bazı amino asitlerin (His, Asn, Gln gibi) yan zincirlerinin doğru yönelimleri l i ve protonlanma durumları, her zaman mümkün olan potansiyel hidrojen bağı etkileşmelerinin varlığından çıkarılabilir. 47

48 Kalite göstergeleri Deneysel verinin kalitesi Kristal yapının kalitesi, dayandığı deneysel verinin kalitesinden daha iyi olamaz. Difraksiyon verilerinin kalitesini göstermek üzere yaygın olarak kullanılan istatistiksel göstergeler şunlardır: Çözünürlük. Düzlemler arasındaki en kısa uzaklığa (d), en büyük saçılma açısına karşı gelir. Bu değerde yansımalar hala ölçülebilir ve harita hesabında ve arıtımda kullanılabilir. Yüksek çözünürlükte (< 2.0 Å ) protein ve bağlı su molekülleri gayet iyi tanımlanır ve yapı ciddi hatalar içermez. Düşük çözünürlükte ( Å) su moleküllerinin güvenilir bir doğrulukla ğ tayini mümkün olamaz, önemli hatalar modelin doğruluğunu etkiler. 48

49 Çözünürlük (Rezolusyon) : d = 0.5 / (sinθ / λ) 4Å 3Å 2Å 1Å Tryptophan (W) 49

50 Verinin tamlığı. Belirli bir çözünürlüğe kadar ölçülebilen toplam yansıma sayısı, bazı nedenlerden dolayı tam yansıma sayısına ulaşamaz. Yansımaların küçük bir kesri (%10) kaybolur, ve zayıf olan bu yansımalar elektronyoğunluğu ğ ğ haritasını etkiler. R-sym. Aynı yansımanın çoklu ölçümlerindeki uyumsuzluğu yansıtır, bu nedenle düşük R-sym değeri daha iyidir; genelde %10 dan daha düşük olmalıdır. l 50

51 Modelin kalitesi R-faktörü. Bu değer, gözlenen genlikler (F o ) ile modelden hesaplanan genlikler (F c )arasındaki uyumun bir ölçüsüdür. Çözünürlüğe ve verinin kalitesine bağlı olarak, iyi artılmış yapılar için R-faktör %20-25 in altındadır. Serbest R-faktörü. Arıtım programları gözlenen ve hesaplanan genlikler arasındaki farkı minimize etmeyi amaçladığından, arıtımın ilerleyişini izlemek için bir başka objektif kriter daha gereklidir. Bu nedenle bir grup yansıma arıtım dışı bırakılır ve bunlar sadece Serbest R-faktörü nün hesabında kullanılır. Eğer arıtım doğru ilerliyorsa, Serbest R-faktörü düşer, eğer model ciddi hatalar içeriyorsa %35 in üzerinde kalır. Doğru yapılar için bu değer genelde %30 un altındadır. 51

52 Bağ uzunluk ve açılarının ideal değerlerinden sapmalar. Bağ uzunluk ve açılarının ideal değerlerinden önemli sapmalar yapıdaki problem işaret eder. İdeal değerlerden sapmanın kare-ortalaması karekökü [Root-mean-square (r.m.s.)], bağ uzunlukları için Å den, bağ açıları için 3º den büyük olmamalıdır. Ramachandran diyagramı. Sterik engel nedeniyle, protein molekülünün ana-zincirinin φ ve ψ dihedral açılarının ancak belli kombinasyonları izinlidir ve bu bazı aktif konumdaki rezidüler için fonksiyonel öneme sahiptir. Tüm rezidülerin belli bir yüzdesinden fazlasının φ ve ψ değerleri izinli bölgenin tamamen dışında kalıyorsa modeldeki hatalardan kuşku duyulmalıdır. 52

53 53

54 Protein Yapısı Space filling Ball-and-stick and Stick

55 Yapılan Çalışmalar: Lektinler Lektinler, yaşayan bütün organizmalarda bulunan ve karbohidrat bağlayan proteinlerdir. Lektin= haemagglutinin = agglutinin Legere seçmek Hücreleri kümeleştirme, glikoproteinleri çökeltme yetenekleri e e vardır. ad Hücrelerde e olağan oağa dışı ş mitoz bölünmeye neden olabilirler. Moleküler tanıma prosesleri ile ilgili çalışmalarda ş model sistemler olarak kullanılır Bazı bitkisel lektinler antiviral özellik gösterirler Soğanlı çiçekler, böceklere ve otoburlara karşı kendisini savunmak için lektinleri kullanırlar. 55

56 I. Lentil Lektin-Sukroz kompleksi Lentil lektin (LCA) Lens Culinaris tohumlarından affinity kromatografi kullanılarak saflaştırılmıştır. Lentil lektin-sucrose kompleksinin kristalleri sitting drop buhar difüzyon yöntemiyle büyütüldü. Saf lektin (7 mg/ml konsantrasyonda) eşit hacimdeki precipitant ile karıştırıldı. Plaka-biçimli kristaller 293 K de, iki hafta içinde elde edildi. (precipitant : 40% MPD su içinde, 100 mm Cacodylate ve 50 mm sukrose, ph 6.5) 56

57 LCA 57

58 İlmek (loop) içinde kristaller Loop (0.1 mm) X-ışını difraksiyon verisi, SRS Daresbury (İngiltere) Laboratuvarında, rotasyon yöntemiyle ve ADSC Q4 CCD detektör sistemiyle, 100º K de toplandı. 58

59 LCA Uzay grubu C222 1 (no. 20) Birim ii hücre üce( (Å) a=55.06, b=81.3, c= Å Asimetrik birim 1 lektin monomer (228 a.a.) + 1 sukrose M r (Protein / Protein+ligand) / Da Rezolusyon (Å) R-merge 48% 4.8% Ölçülen yansıma Arıtımda kul. yansıma Protein atomu 1758 Metal atomu 2 Şeker atomu 23 Su molekülü

60 LCA in yapısı Lentil lektin molekülü monomer şeklindedir. Her monomer iki ayrı polipeptit zincirinden oluşur: alfa ve beta. Alfa zinciri 181 aminoasit, beta zinciri 47 aminoasit içerir. Molekülde toplam 12 β-tabakası vardır. Her monomere, bir Ca+, ve Mn+ iyonu ile sukroz molekülü bağlıdır. Metal konumları ile su ligandlarının (4 tane) geometrisi gayet iyi tanımlanmıştır. Ca+ ve Mn+ iyonları, alışılmamış Ala-Asp cis-peptit bağının stabilizasyonunda etkin rol oynarlar. Bu bağ LCA in karbonhidrat tanıma bölgesi için belirleyicidir. Sukroz molekülünün glukoz kısmı bağlanma noktasında doğrudan lektine bağlanır. 60

61 LCA Sukroz çevresinde elektron yoğunluğu Monomer 61

62 LCA Asp 129 His 136 Asn 125 Ca Asp 121 Mn Glu 119 Ala B31 Asp 81 Gly 99 Ser 39 Bağlanma konumları

63 LCA Dimerizasyon ile β-tabakalarının β yayılması 63

64 II. Daffodil Lektin- Mannobiose Kompleksi (1.7 Å) Daffodil lektin (Narcissus pseudonarcissus lektin - NPL), monokot manoz bağlayan lektinler sınıfındandır. (Amaryllidaceae, Lilliacae, and Alliacae ailesi- kardelen, zambak, çan çiçeği...). Bu lektinler, kompleks glikanlara doğru büyük bir eğilim gösteren manozlar için çok özel proteinlerdir. NPL in de benzer özelliği nedeniyle HIV nin hücrelere bağlanmasını engellediği gösterilmiştir. NPL bir Fetuin-agarose kolonu kullanılarak, ionexchange kromatografisi ile elde edildi. Kristaller, saf NPL proteininden alınan 10-20μl (20 mm α 1-3 Mannobiose içeren) damlacıklar içinde, sitting drop- buhar difüzyon yöntemiyle büyütüldü. 64

65 NPL NPL kristalleri Daffodil çiçekleri NPL Fraksiyonlarının jel elektroforezi (SDS PAGE) Daffodil soğanları 13K 65

66 NPL Uzay Grubu C222 1 (no. 20) Hücre boyutları a=72.00, b=102.01, c=74.37 Å Asimetrik birim 2lektin monomer (218 a.a.) a + 6 α 1-3 mannobiose Hacim Å 3 Mr (Protein + Ligand) 2 x x 342 Da Rezolusyon Å R-merge 7.7% Ölçülen yansıma sayısı Arıtımda kull. yansıma Protein atomu 1716 Hetero atom 10 Şeker atomu 138 Su molekülü 202 PDB kod 3DZW 66

67 NPL in yapısı Daffodil lektin molekülü normal olarak dimer şeklindedir, yani asimetrik ik birimdei iki monomer bulunur. Her monomer (A ve B zinciri) 109 aminoasit ve 3 manoz molekülünden oluşur. Her bir monomer bir üçgen prizmanın yüzeyleri çevresinde yerleşmiş (merkezindeki 3-katlı yalancı bir eksene göre), üç tane 4-telli β-tabakasından (four-stranded β-sheets) ve α- helislerden oluşmuştur. Bütün tabakalar, non-polar yan zincirler prizmanın içinedoğru hidrofobik bir kor oluşturacak şekilde antiparalel l düzenlenmiştir. Prizmanın dış yüzeyleri iç bükeydir ve ligand bağlamak için uygun bir polarite ve yan zincir oryantasyonuna sahiptir. Her yüzey bir Karbohidrat Tanıma Bölgesi (Carbohydrate Recognition Domain, CRD) oluşturmaktadır, burada bağlanmayı sağlayan temel rezidü korunmuştur. 67

68 NPL in üçüncül yapısı CRD II CRD II CRD III CRD I CRD III CRD I α Mannobiose bağlı NPL dimerin i ribbon modeli 68

69 Kristalde tetramerik kümelenme gözlenmiştir. Interface 1 dönülerin değiş-tokuşu ile oluşmuştur Interface 2 amaryllidaceae lektinlerde var olan bir hidrofobik patch ile oluşmuştur. Her ikisi de çok kuvvetlidir ve bu özel etkileşmeler çözeltide de vardır. Böylece bu tür lektin familyasında tetramerik yapı korunur. Interface 3 iyoniktir ve yan tetramer kontakları arasındaki ilişkide rol oynar. NPL in asimetrik birimindeki ötelenme, komşu moleküllerin CRD1 ve CRD3 de bağlı şeker moleküllerini bir araya getirir. NPL in dördüncül yapısı 69

70 NPL NPL in birim hücrede paketlenme diyagramı (x-ekseni boyunca projeksiyon-ribbon model) 70

71 TEŞEKKÜRLER 71

X-IŞINLARI KIRINIM CİHAZI (XRD) ve KIRINIM YASASI SİNEM ÖZMEN HAKTAN TİMOÇİN

X-IŞINLARI KIRINIM CİHAZI (XRD) ve KIRINIM YASASI SİNEM ÖZMEN HAKTAN TİMOÇİN X-IŞINLARI KIRINIM CİHAZI (XRD) ve KIRINIM YASASI SİNEM ÖZMEN HAKTAN TİMOÇİN 2012 İÇERİK X-IŞINI KIRINIM CİHAZI (XRD) X-RAY DİFFRACTİON XRD CİHAZI NEDİR? XRD CİHAZININ OPTİK MEKANİZMASI XRD CİHAZINDA ÖRNEK

Detaylı

Biochemistry Chapter 4: Biomolecules. Hikmet Geçkil, Professor Department of Molecular Biology and Genetics Inonu University

Biochemistry Chapter 4: Biomolecules. Hikmet Geçkil, Professor Department of Molecular Biology and Genetics Inonu University Biochemistry Chapter 4: Biomolecules, Professor Department of Molecular Biology and Genetics Inonu University Biochemistry/Hikmet Geckil Chapter 4: Biomolecules 2 BİYOMOLEKÜLLER Bilim adamları hücreyi

Detaylı

ALETLİ ANALİZ YÖNTEMLERİ

ALETLİ ANALİZ YÖNTEMLERİ ALETLİ ANALİZ YÖNTEMLERİ Spektroskopiye Giriş Yrd. Doç. Dr. Gökçe MEREY SPEKTROSKOPİ Işın-madde etkileşmesini inceleyen bilim dalına spektroskopi denir. Spektroskopi, Bir örnekteki atom, molekül veya iyonların

Detaylı

Atomlar ve Moleküller

Atomlar ve Moleküller Atomlar ve Moleküller Madde, uzayda yer işgal eden ve kütlesi olan herşeydir. Element, kimyasal tepkimelerle başka bileşiklere parçalanamayan maddedir. -Doğada 92 tane element bulunmaktadır. Bileşik, belli

Detaylı

X-IŞINLARI FLORESAN ve OPTİK EMİSYON SPEKTROSKOPİSİ

X-IŞINLARI FLORESAN ve OPTİK EMİSYON SPEKTROSKOPİSİ X-IŞINLARI FLORESAN ve OPTİK EMİSYON SPEKTROSKOPİSİ 1. EMİSYON (YAYINMA) SPEKTRUMU ve SPEKTROMETRELER Onyedinci yüzyılda Newton un güneş ışığının değişik renkteki bileşenlerden oluştuğunu ve bunların bir

Detaylı

20.03.2012. İlk elektronik mikroskobu Almanya da 1931 yılında Max Knoll ve Ernst Ruska tarafından icat edilmiştir.

20.03.2012. İlk elektronik mikroskobu Almanya da 1931 yılında Max Knoll ve Ernst Ruska tarafından icat edilmiştir. SERKAN TURHAN 06102040 ABDURRAHMAN ÖZCAN 06102038 1878 Abbe Işık şiddetinin sınırını buldu. 1923 De Broglie elektronların dalga davranışına sahip olduğunu gösterdi. 1926 Busch elektronların magnetik alanda

Detaylı

III-Hayatın Oluşturan Kimyasal Birimler

III-Hayatın Oluşturan Kimyasal Birimler III-Hayatın Oluşturan Kimyasal Birimler MBG 111 BİYOLOJİ I 3.1.Karbon:Biyolojik Moleküllerin İskeleti *Karbon bütün biyolojik moleküllerin omurgasıdır, çünkü dört kovalent bağ yapabilir ve uzun zincirler

Detaylı

KİMYASAL DENGE. AMAÇ Bu deneyin amacı öğrencilerin reaksiyon denge sabitini,k, deneysel olarak bulmalarıdır.

KİMYASAL DENGE. AMAÇ Bu deneyin amacı öğrencilerin reaksiyon denge sabitini,k, deneysel olarak bulmalarıdır. KİMYASAL DENGE AMAÇ Bu deneyin amacı öğrencilerin reaksiyon denge sabitini,k, deneysel olarak bulmalarıdır. TEORİ Bir kimyasal tepkimenin yönü bazı reaksiyonlar için tek bazıları için ise çift yönlüdür.

Detaylı

FİZYOLOJİ LABORATUVAR BİLGİSİ VEYSEL TAHİROĞLU

FİZYOLOJİ LABORATUVAR BİLGİSİ VEYSEL TAHİROĞLU FİZYOLOJİ LABORATUVAR BİLGİSİ VEYSEL TAHİROĞLU Fizyolojiye Giriş Temel Kavramlar Fizyolojiye Giriş Canlıda meydana gelen fiziksel ve kimyasal değişikliklerin tümüne birden yaşam denir. İşte canlı organizmadaki

Detaylı

Ahenk (Koherans, uyum)

Ahenk (Koherans, uyum) Girişim Girişim Ahenk (Koherans, uyum Ahenk (Koherans, uyum Ahenk (Koherans, uyum http://en.wikipedia.org/wiki/coherence_(physics#ntroduction Ahenk (Koherans, uyum Girişim İki ve/veya daha fazla dalganın

Detaylı

5.111 Ders Özeti #12. Konular: I. Oktet kuralından sapmalar

5.111 Ders Özeti #12. Konular: I. Oktet kuralından sapmalar 5.111 Ders Özeti #12 Bugün için okuma: Bölüm 2.9 (3. Baskıda 2.10), Bölüm 2.10 (3. Baskıda 2.11), Bölüm 2.11 (3. Baskıda 2.12), Bölüm 2.3 (3. Baskıda 2.1), Bölüm 2.12 (3. Baskıda 2.13). Ders #13 için okuma:

Detaylı

Proteinlerin Primer & Sekonder Yapıları. Dr. Suat Erdoğan

Proteinlerin Primer & Sekonder Yapıları. Dr. Suat Erdoğan Proteinlerin Primer & Sekonder Yapıları Dr. Suat Erdoğan Sunum planı Proteinlerin moleküler yapılarını hangi kimyasal güçler belirler? Proteinlerin moleküler yapıları Primer yapı Sekonder yapı α-heliks

Detaylı

ATOMİK YAPI. Elektron Yükü=-1,60x10-19 C Proton Yükü=+1,60x10-19 C Nötron Yükü=0

ATOMİK YAPI. Elektron Yükü=-1,60x10-19 C Proton Yükü=+1,60x10-19 C Nötron Yükü=0 ATOMİK YAPI Elektron Yükü=-1,60x10-19 C Proton Yükü=+1,60x10-19 C Nötron Yükü=0 Elektron Kütlesi 9,11x10-31 kg Proton Kütlesi Nötron Kütlesi 1,67x10-27 kg Bir kimyasal elementin atom numarası (Z) çekirdeğindeki

Detaylı

X-Işınları. Çalışma Soruları. Doç. Dr. Numan Akdoğan Gebze Yüksek Teknoloji Enstitüsü Fizik Bölümü. X1 (X-ışınları hakkında genel bilgiler)

X-Işınları. Çalışma Soruları. Doç. Dr. Numan Akdoğan Gebze Yüksek Teknoloji Enstitüsü Fizik Bölümü. X1 (X-ışınları hakkında genel bilgiler) X-Işınları Çalışma Soruları Doç. Dr. Numan Akdoğan Gebze Yüksek Teknoloji Enstitüsü Fizik Bölümü X1 (X-ışınları hakkında genel bilgiler) 1. a) Elektromanyetik spektrumu çizip, açıklayınız. b) X-ışınlarını

Detaylı

ATOMLAR ARASI BAĞLAR Doç. Dr. Ramazan YILMAZ

ATOMLAR ARASI BAĞLAR Doç. Dr. Ramazan YILMAZ ATOMLAR ARASI BAĞLAR Doç. Dr. Ramazan YILMAZ Sakarya Üniversitesi, Teknoloji Fakültesi, Metalurji ve Malzeme Mühendisliği Bölümü Esentepe Kampüsü, 54187, SAKARYA Atomlar Arası Bağlar 1 İyonik Bağ 2 Kovalent

Detaylı

PROTEİNLERİN 3 BOYUTLU YAPISI

PROTEİNLERİN 3 BOYUTLU YAPISI PROTEİNLERİN 3 BOYUTLU YAPISI PROTEİNLERİN 3 BOYUTLU YAPISI PROTEİNLERİN 3 BOYUTLU YAPISI 1-Primer Yapı (1 o ) 2-Sekonder Yapı (2 o ) -Alfa heliks -Beta kırmalı tabaka -Beta bendler (kıvrım, dirsek) -Tesadüfi

Detaylı

Aşağıda verilen özet bilginin ayrıntısını, ders kitabı. olarak önerilen, Erdik ve Sarıkaya nın Temel. Üniversitesi Kimyası" Kitabı ndan okuyunuz.

Aşağıda verilen özet bilginin ayrıntısını, ders kitabı. olarak önerilen, Erdik ve Sarıkaya nın Temel. Üniversitesi Kimyası Kitabı ndan okuyunuz. KİMYASAL BAĞLAR Aşağıda verilen özet bilginin ayrıntısını, ders kitabı olarak önerilen, Erdik ve Sarıkaya nın Temel Üniversitesi Kimyası" Kitabı ndan okuyunuz. KİMYASAL BAĞLAR İki atom veya atom grubu

Detaylı

Biyokimya. Biyokimyanın tanımı ve önemi Organizmanın elementer yapısı Canlılık Su Kovalent olmayan bağlar (intermoleküler etkileşimler)

Biyokimya. Biyokimyanın tanımı ve önemi Organizmanın elementer yapısı Canlılık Su Kovalent olmayan bağlar (intermoleküler etkileşimler) Biyokimya Biyokimyanın tanımı ve önemi Organizmanın elementer yapısı Canlılık Su Kovalent olmayan bağlar (intermoleküler etkileşimler) Bölüm 1: Biyokimya ve önemi: 1. Biyokimya tanımı, önemi ve boyutsal

Detaylı

Genetik Bilgi: DNA Yapısı, Fonksiyonu ve Replikasyonu. Dr. Mahmut Çerkez Ergören

Genetik Bilgi: DNA Yapısı, Fonksiyonu ve Replikasyonu. Dr. Mahmut Çerkez Ergören Genetik Bilgi: DNA Yapısı, Fonksiyonu ve Replikasyonu Dr. Mahmut Çerkez Ergören Genetik materyal; Kendini çoğaltır. Bilgi depolar. Bilgiyi ifade eder. Mutasyonla varyasyonlara izin verir. Genetik Tarihçe

Detaylı

X-IŞINI FLORESANS SPEKTROSKOPİSİ. X-ışınları spektrometresi ile numunelerin yarı kantitatif olarak içeriğinin belirlenmesi.

X-IŞINI FLORESANS SPEKTROSKOPİSİ. X-ışınları spektrometresi ile numunelerin yarı kantitatif olarak içeriğinin belirlenmesi. X-IŞINI FLORESANS SPEKTROSKOPİSİ 1. DENEYİN AMACI X-ışınları spektrometresi ile numunelerin yarı kantitatif olarak içeriğinin belirlenmesi. 2. TEORİK BİLGİ X-ışınları, yüksek enerjiye sahip elektronların

Detaylı

ELEMENTLER VE BİLEŞİKLER

ELEMENTLER VE BİLEŞİKLER ELEMENTLER VE BİLEŞİKLER 1- Elementler ve Elementlerin Özellikleri a) ELEMENTLER Aynı cins atomlardan oluşan, fiziksel ya da kimyasal yollarla kendinden daha basit ve farklı maddelere ayrılamayan saf maddelere

Detaylı

ELEMETLER VE BİLEŞİKLER ELEMENTLER VE SEMBOLLERİ

ELEMETLER VE BİLEŞİKLER ELEMENTLER VE SEMBOLLERİ ELEMENTLER VE SEMBOLLERİ Elementler Aynı cins atomlardan oluşan, fiziksel ya da kimyasal yollarla kendinden daha basit ve farklı maddelere ayrılamayan saf maddelere element denir. Elementler çok sayıda

Detaylı

MAKRO-MEZO-MİKRO. Deney Yöntemleri. MİKRO Deneyler Zeta Potansiyel Partikül Boyutu. MEZO Deneyler Reolojik Ölçümler Reometre (dinamik) Roww Hücresi

MAKRO-MEZO-MİKRO. Deney Yöntemleri. MİKRO Deneyler Zeta Potansiyel Partikül Boyutu. MEZO Deneyler Reolojik Ölçümler Reometre (dinamik) Roww Hücresi Kolloidler Bir maddenin kendisi için çözücü olmayan bir ortamda 10-5 -10-7 cm boyutlarında dağılmasıyla oluşan çözeltiye kolloidal çözelti denir. Çimento, su, agrega ve bu sistemin dispersiyonuna etki

Detaylı

Paslanmaz Çelik Gövde. Yalıtım Sargısı. Katalizör Yüzey Tabakası. Egzoz Emisyonları: Su Karbondioksit Azot

Paslanmaz Çelik Gövde. Yalıtım Sargısı. Katalizör Yüzey Tabakası. Egzoz Emisyonları: Su Karbondioksit Azot Paslanmaz Çelik Gövde Yalıtım Sargısı Egzoz Emisyonları: Su Karbondioksit Azot Katalizör Yüzey Tabakası Egzoz Gazları: Hidrokarbonlar Karbon Monoksit Azot Oksitleri Bu bölüme kadar, açıkça ifade edilmese

Detaylı

ELEMENT VE BİLEŞİKLER

ELEMENT VE BİLEŞİKLER ELEMENT VE BİLEŞİKLER 1- Elementler ve Elementlerin Özellikleri: a) Elementler: Aynı cins atomlardan oluşan, fiziksel ya da kimyasal yollarla kendinden daha basit ve farklı maddelere ayrılamayan saf maddelere

Detaylı

ayxmaz/biyoloji Adı: 1.Aşağıda verilen atomların bağ yapma sayılarını (H) ekleyerek gösterin. C N O H

ayxmaz/biyoloji Adı: 1.Aşağıda verilen atomların bağ yapma sayılarını (H) ekleyerek gösterin. C N O H Adı: 1.Aşağıda verilen atomların bağ yapma sayılarını (H) ekleyerek gösterin. C N O H 2.Radyoaktif izotoplar biyologları için önemlidir? Aşağıda radyoakif maddelerin kullanıldığı alanlar sıralanmıştır.bunlarla

Detaylı

GENEL KİMYA. 4. Konu: Kimyasal türler, Kimyasal türler arasındaki etkileşimler, Kimyasal Bağlar

GENEL KİMYA. 4. Konu: Kimyasal türler, Kimyasal türler arasındaki etkileşimler, Kimyasal Bağlar GENEL KİMYA 4. Konu: Kimyasal türler, Kimyasal türler arasındaki etkileşimler, Kimyasal Bağlar Kimyasal Türler Doğada bulunan bütün maddeler tanecikli yapıdadır. Maddenin özelliğini gösteren küçük yapı

Detaylı

PROTEİN. Mısırdan. İzolasyon Kiti. Öğretmen Kılavuzu. Öğrenci Kılavuzu

PROTEİN. Mısırdan. İzolasyon Kiti. Öğretmen Kılavuzu. Öğrenci Kılavuzu Mısırdan PROTEİN İzolasyon Kiti Öğretmen Kılavuzu a. Konu b. Kullanıcı Kitlesi c. Deney Süresi d. Materyaller e. Güvenlik f. Genel Bilgi g. Deney Öncesi Hazırlık h. Ön Bilgi i. Deneyin Yapılışı j. Deney

Detaylı

Atomlar birleştiği zaman elektron dağılımındaki değişmelerin bir sonucu olarak kimyasal bağlar meydana gelir. Üç çeşit temel bağ vardır:

Atomlar birleştiği zaman elektron dağılımındaki değişmelerin bir sonucu olarak kimyasal bağlar meydana gelir. Üç çeşit temel bağ vardır: Atomlar birleştiği zaman elektron dağılımındaki değişmelerin bir sonucu olarak kimyasal bağlar meydana gelir. Üç çeşit temel bağ vardır: İyonik bağlar, elektronlar bir atomdan diğerine aktarıldığı zaman

Detaylı

Katılar. MÜHENDİSLİK KİMYASI DERS NOTLARI Yrd. Doç. Dr. Atilla EVCİN. Yrd. Doç. Dr. Atilla EVCİN Afyonkarahisar Kocatepe Üniversitesi 2006

Katılar. MÜHENDİSLİK KİMYASI DERS NOTLARI Yrd. Doç. Dr. Atilla EVCİN. Yrd. Doç. Dr. Atilla EVCİN Afyonkarahisar Kocatepe Üniversitesi 2006 Katılar Tüm maddeler, yeteri kadar soğutulduğunda katıları oluştururlar. MÜHENDİSLİK KİMYASI DERS NOTLARI Yrd. Doç. Dr. Atilla EVCİN Oluşan katıların doğası atom, iyon veya molekülleri birarada tutan kuvvetlere

Detaylı

RÖNTGEN FİZİĞİ X-Işını oluşumu. Doç. Dr. Zafer KOÇ Başkent Üniversitesi Tıp Fak

RÖNTGEN FİZİĞİ X-Işını oluşumu. Doç. Dr. Zafer KOÇ Başkent Üniversitesi Tıp Fak RÖNTGEN FİZİĞİ X-Işını oluşumu Doç. Dr. Zafer KOÇ Başkent Üniversitesi Tıp Fak X-IŞINI TÜPÜ X-IŞINI TÜPÜ PARÇALARI 1. Metal korunak (hausing) 2. Havası alınmış cam veya metal tüp 3. Katot 4. Anot X-ışın

Detaylı

Malzeme muayene metodları

Malzeme muayene metodları MALZEME MUAYENESİ Neden gereklidir? Malzemenin mikroyapısını tespit etmek için. Malzemelerin kimyasal kompozisyonlarını tesbit etmek için. Malzemelerdeki hataları tesbit etmek için Malzeme muayene metodları

Detaylı

KARBON ve CANLILARDAKİ MOLEKÜL ÇEŞİTLİLİĞİ

KARBON ve CANLILARDAKİ MOLEKÜL ÇEŞİTLİLİĞİ KARBON ve CANLILARDAKİ MOLEKÜL ÇEŞİTLİLİĞİ Karbonun önemi Hücrenin % 70-95ʼ i sudan ibaret olup, geri kalan kısmın çoğu karbon içeren bileşiklerdir. Canlılığı oluşturan organik bileşiklerde karbon atomuna

Detaylı

İÇİNDEKİLER TEMEL KAVRAMLAR - 2. 1. Atomlar, Moleküller, İyonlar...36. 1.2. Atomlar...36. 1.2. Moleküller...37. 1.3. İyonlar...37

İÇİNDEKİLER TEMEL KAVRAMLAR - 2. 1. Atomlar, Moleküller, İyonlar...36. 1.2. Atomlar...36. 1.2. Moleküller...37. 1.3. İyonlar...37 vi TEMEL KAVRAMLAR - 2 1. Atomlar, Moleküller, İyonlar...36 1.2. Atomlar...36 1.2. Moleküller...37 1.3. İyonlar...37 2. Kimyasal Türlerin Adlandırılması...38 2.1. İyonların Adlandırılması...38 2.2. İyonik

Detaylı

GÜNEŞİN ELEKTROMANYETİK SPEKTRUMU

GÜNEŞİN ELEKTROMANYETİK SPEKTRUMU GÜNEŞİN ELEKTROMANYETİK SPEKTRUMU Güneş ışınımı değişik dalga boylarında yayılır. Yayılan bu dalga boylarının sıralı görünümü de güneş spektrumu olarak isimlendirilir. Tam olarak ifade edilecek olursa;

Detaylı

CANLILARIN KİMYASAL İÇERİĞİ

CANLILARIN KİMYASAL İÇERİĞİ CANLILARIN KİMYASAL İÇERİĞİ Prof. Dr. Bektaş TEPE Canlıların Savunma Amaçlı Kimyasal Üretimi 2 Bu ünite ile; Canlılık öğretisinde kullanılan kimyasal kavramlar Hiyerarşi düzeyi Hiyerarşiden sorumlu atom

Detaylı

I. POLAR KOVALENT BAĞLAR/POLAR MOLEKÜLLER

I. POLAR KOVALENT BAĞLAR/POLAR MOLEKÜLLER 5.111 Ders Özeti #13 Bugün için okuma: Bölüm 3.1 (3. veya 4. Baskıda) Temel VSEPR Modeli, Bölüm 3.2 (3. ve 4. Baskıda) Merkez Atomu üzerinde Yalın Çiftli Moleküller. Ders #14 için okuma: Bölüm 3.8 (3.

Detaylı

Ankara Üniversitesi Eczacılık Fakültesi Farmasötik Kimya Anabilim Dalı. Prof. Dr. Esin AKI

Ankara Üniversitesi Eczacılık Fakültesi Farmasötik Kimya Anabilim Dalı. Prof. Dr. Esin AKI -YALÇIN Ankara Üniversitesi Eczacılık Fakültesi Farmasötik Kimya Anabilim Dalı 5000 in üzerinde ilaç etken maddesi var. 20000 in üzerinde farmasötik ürün var. ABD de Yaşam süresinin uzaması 2010 Kadınlarda

Detaylı

Bölüm 5. Tıbbi Görüntüleme Yöntemlerinin Temel İlkeleri. Prof. Dr. Bahadır BOYACIOĞLU

Bölüm 5. Tıbbi Görüntüleme Yöntemlerinin Temel İlkeleri. Prof. Dr. Bahadır BOYACIOĞLU Bölüm 5 Tıbbi Görüntüleme Yöntemlerinin Temel İlkeleri Prof. Dr. Bahadır BOYACIOĞLU İÇİNDEKİLER X-ışınları Görüntüleme Teknikleri Bilgisayarlı Tomografi (BT) Manyetik Rezonans Görüntüleme (MRI) Nükleer

Detaylı

2- Bileşim 3- Güneş İç Yapısı a) Çekirdek

2- Bileşim 3- Güneş İç Yapısı a) Çekirdek GÜNEŞ 1- Büyüklük Güneş, güneş sisteminin en uzak ve en büyük yıldızıdır. Dünya ya uzaklığı yaklaşık 150 milyon kilometre, çapı ise 1.392.000 kilometredir. Bu çap, Yeryüzünün 109 katı, Jüpiter in de 10

Detaylı

Boya eklenmesi Kısmen karışma Homojenleşme

Boya eklenmesi Kısmen karışma Homojenleşme DİFÜZYON 1 Katı içerisindeki atomların hareketi yüksek konsantrasyon bölgelerinden düşük konsantrasyon bölgelerine doğrudur. Kayma olayından farklıdır. Kaymada hareketli atom düzlemlerindeki bütün atomlar

Detaylı

2. Işık Dalgalarında Kutuplanma:

2. Işık Dalgalarında Kutuplanma: KUTUPLANMA (POLARİZASYON). Giriş ve Temel ilgiler Işık, bir elektromanyetik dalgadır. Elektromanyetik dalgalar maddesel ortamlarda olduğu gibi boşlukta da yayılabilirler. Elektromanyetik dalgaların özellikleri

Detaylı

FİZ209A OPTİK LABORATUVARI DENEY KILAVUZU

FİZ209A OPTİK LABORATUVARI DENEY KILAVUZU T.C. GAZİ ÜNİVERSİTESİ GAZİ EĞİTİM FAKÜLTESİ ORTAÖĞRETİM FEN VE MATEMATİK ALANLARI EĞİTİMİ BÖLÜMÜ FİZİK EĞİTİMİ ANABİLİM DALI FİZ209A OPTİK LABORATUVARI DENEY KILAVUZU TÇ 2007 & ҰǓ 2012 Öğrencinin Adı

Detaylı

MALZEME BİLGİSİ. Katı Eriyikler

MALZEME BİLGİSİ. Katı Eriyikler MALZEME BİLGİSİ Dr.- Ing. Rahmi ÜNAL Konu: Katı Eriyikler 1 Giriş Endüstriyel metaller çoğunlukla birden fazla tür eleman içerirler, çok azı arı halde kullanılır. Arı metallerin yüksek iletkenlik, korozyona

Detaylı

BİY 315 BİYOKİMYA GİRİŞ. Yrd. Doç. Dr. Ebru SAATÇİ Güz Yarı Dönemi

BİY 315 BİYOKİMYA GİRİŞ. Yrd. Doç. Dr. Ebru SAATÇİ Güz Yarı Dönemi BİY 315 BİYOKİMYA GİRİŞ Yrd. Doç. Dr. Ebru SAATÇİ 2008-2009 Güz Yarı Dönemi 1 Anlatım Planı 1. Makromoleküller ve Su 2. Amino asitler ve Peptidler 3. Proteinler 4. Enzimler 5. Karbohidratlar 6. Nükleik

Detaylı

Kasetin arka yüzeyi filmin yerleştirildiği kapaktır. Bu kapakların farklı farklı kapanma mekanizmaları vardır. Bu taraf ön yüzeyin tersine atom

Kasetin arka yüzeyi filmin yerleştirildiği kapaktır. Bu kapakların farklı farklı kapanma mekanizmaları vardır. Bu taraf ön yüzeyin tersine atom KASET Röntgen filmi kasetleri; radyografi işlemi sırasında filmin ışık almasını önleyen ve ranforsatör-film temasını sağlayan metal kutulardır. Özel kilitli kapakları vardır. Kasetin röntgen tüpüne bakan

Detaylı

OKSİJENLİ SOLUNUM

OKSİJENLİ SOLUNUM 1 ----------------------- OKSİJENLİ SOLUNUM ----------------------- **Oksijenli solunum (aerobik): Besinlerin, oksijen yardımıyla parçalanarak, ATP sentezlenmesine oksijenli solunum denir. Enzim C 6 H

Detaylı

H a t ı r l a t m a : Şimdiye dek bilmeniz gerekenler: 1. Maxwell denklemleri, elektromanyetik dalgalar ve ışık

H a t ı r l a t m a : Şimdiye dek bilmeniz gerekenler: 1. Maxwell denklemleri, elektromanyetik dalgalar ve ışık H a t ı r l a t m a : Şimdiye dek bilmeniz gerekenler: 1. Maxwell denklemleri, elektromanyetik dalgalar ve ışık 2. Ahenk ve ahenk fonksiyonu, kontrast, görünebilirlik 3. Girişim 4. Kırınım 5. Lazer, çalışma

Detaylı

BİLECİK ŞEYH EDEBALİ ÜNİVERSİTESİ MÜHENDİSLİK FAKÜLTESİ MAKİNE VE İMALAT MÜHENDİSLİĞİ BÖLÜMÜ

BİLECİK ŞEYH EDEBALİ ÜNİVERSİTESİ MÜHENDİSLİK FAKÜLTESİ MAKİNE VE İMALAT MÜHENDİSLİĞİ BÖLÜMÜ BİLECİK ŞEYH EDEBALİ ÜNİVERSİTESİ MÜHENDİSLİK FAKÜLTESİ MAKİNE VE İMALAT MÜHENDİSLİĞİ BÖLÜMÜ MÜHENDİSLİKTE DENEYSEL METOTLAR II DOĞRUSAL ISI İLETİMİ DENEYİ 1.Deneyin Adı: Doğrusal ısı iletimi deneyi..

Detaylı

HISTOLOJIDE BOYAMA YÖNTEMLERI. Dr. Yasemin Sezgin. yasemin sezgin

HISTOLOJIDE BOYAMA YÖNTEMLERI. Dr. Yasemin Sezgin. yasemin sezgin HISTOLOJIDE BOYAMA YÖNTEMLERI Dr. Yasemin Sezgin yasemin sezgin HÜRESEL BOYAMANIN TEMEL PRENSİPLERİ Hem fiziksel hem kimyasal faktörler hücresel boyamayı etkilemektedir BOYAMA MEKANIZMASı Temelde boyanın

Detaylı

MALZEME BİLGİSİ DERS 4 DR. FATİH AY.

MALZEME BİLGİSİ DERS 4 DR. FATİH AY. MALZEME BİLGİSİ DERS 4 DR. FATİH AY www.fatihay.net fatihay@fatihay.net GEÇEN HAFTA TEMEL KAVRAMLAR ATOMLARDA ELEKTRONLAR PERİYODİK TABLO BÖLÜM II ATOM YAPISI VE ATOMLARARASı BAĞLAR BAĞ KUVVETLERİ VE ENERJİLERİ

Detaylı

Proteini kristallere büyütme

Proteini kristallere büyütme Proteini kristallere büyütme Türkçe çeviri: Aslı Giray Kurt, Hikmet Geçkil İnönü Üniversitesi, Fen Edebiyat Fakültesi, Biyoloji Bölümü İsviçre Zürih Üniversitesi nden Beat Blattmann ve Patrick Sticher,

Detaylı

MALZEME BİLGİSİ DERS 5 DR. FATİH AY. www.fatihay.net fatihay@fatihay.net

MALZEME BİLGİSİ DERS 5 DR. FATİH AY. www.fatihay.net fatihay@fatihay.net MALZEME BİLGİSİ DERS 5 DR. FATİH AY www.fatihay.net fatihay@fatihay.net GEÇEN HAFTA BAĞ KUVVETLERİ VE ENERJİLERİ ATOMLARARASI BİRİNCİL BAĞLAR İKİNCİL VEYA VAN DER WAALS BAĞLARI MOLEKÜLLER BÖLÜM III KATILARDA

Detaylı

Hücre Üzerine Mikrocerrahi Uygulamaları Hücrenin altbirimlerine ayrılması Moleküllerin analizi. Prof. Dr. Müjgan Cengiz

Hücre Üzerine Mikrocerrahi Uygulamaları Hücrenin altbirimlerine ayrılması Moleküllerin analizi. Prof. Dr. Müjgan Cengiz Hücre Üzerine Mikrocerrahi Uygulamaları Hücrenin altbirimlerine ayrılması Moleküllerin analizi Prof. Dr. Müjgan Cengiz Canlı Hücrelerdeki Moleküllerin İzlenmesi Mikroskopla inceleme hücrede belli düzeyde

Detaylı

İÇİNDEKİLER ÖN SÖZ... III

İÇİNDEKİLER ÖN SÖZ... III İÇİNDEKİLER ÖN SÖZ... III İÇİNDEKİLER... V 1. LABORATUVARDA KULLANILAN MALZEME VE ALETLER... 1 1.1. Tüpler... 1 1.2. Beher... 1 1.3. Erlenmeyer... 2 1.4. Balonlar... 2 1.5. Mezur... 3 1.6. Pipetler...

Detaylı

KİMYA-IV. Yrd. Doç. Dr. Yakup Güneş

KİMYA-IV. Yrd. Doç. Dr. Yakup Güneş KİMYA-IV Yrd. Doç. Dr. Yakup Güneş Organik Kimyaya Giriş Kimyasal bileşikler, eski zamanlarda, elde edildikleri kaynaklara bağlı olarak Anorganik ve Organik olmak üzere, iki sınıf altında toplanmışlardır.

Detaylı

İki ve üç kovalent bağa sahip moleküller doymamış olarak isimlendirilirler.

İki ve üç kovalent bağa sahip moleküller doymamış olarak isimlendirilirler. İki ve üç kovalent bağa sahip moleküller doymamış olarak isimlendirilirler. Her biri tek kovalent bağa sahip hidrokarbona, doymuş hidrokarbon denir ve mevcut bağlarından biri kopmadan yeni bir atom bağlanamaz.

Detaylı

Laboratuvar Tekniği. Adnan Menderes Üniversitesi Tarımsal Biyoteknoloji Bölümü TBY 118 Muavviz Ayvaz (Yrd. Doç. Dr.) 5. Hafta (14.03.

Laboratuvar Tekniği. Adnan Menderes Üniversitesi Tarımsal Biyoteknoloji Bölümü TBY 118 Muavviz Ayvaz (Yrd. Doç. Dr.) 5. Hafta (14.03. Laboratuvar Tekniği Adnan Menderes Üniversitesi Tarımsal Biyoteknoloji TBY 118 Muavviz Ayvaz (Yrd. Doç. Dr.) 5. Hafta (14.03.2014) 1 5. Haftanın Ders İçeriği DNA ekstraksiyonu DNA ekstraksiyonunun amacı

Detaylı

I. FOTOELEKTRON SPEKTROSKOPĠSĠ (PES) PES orbital enerjilerini doğrudan tayin edebilir. (Fotoelektrik etkisine benzer!)

I. FOTOELEKTRON SPEKTROSKOPĠSĠ (PES) PES orbital enerjilerini doğrudan tayin edebilir. (Fotoelektrik etkisine benzer!) 5.111 Ders Özeti #9 Bugün için okuma: Bölüm 1.14 (3.Baskıda, 1.13) Elektronik Yapı ve Periyodik Çizelge, Bölüm 1.15, 1.16, 1.17, 1.18, ve 1.20 (3.Baskıda, 1.14, 1.15, 1.16, 1.17, ve 1.19) Atom Özelliklerinde

Detaylı

MMM291 MALZEME BİLİMİ

MMM291 MALZEME BİLİMİ MMM291 MALZEME BİLİMİ Ofis Saatleri: Perşembe 14:00 16:00 ayse.kalemtas@btu.edu.tr, akalemtas@gmail.com Bursa Teknik Üniversitesi, Doğa Bilimleri, Mimarlık ve Mühendislik Fakültesi, Metalurji ve Malzeme

Detaylı

SANTRİFÜJ TEKNİKLERİ VE SANTRİFÜJLER

SANTRİFÜJ TEKNİKLERİ VE SANTRİFÜJLER SANTRİFÜJ TEKNİKLERİ VE SANTRİFÜJLER Doç. Dr. Gülsen YILMAZ 2009 BAŞLIKLAR 1 Tanım ve Prensip 22 Santrifüj teknikleri 33 Santrifüj tipleri 44 Santrifüj kullanım alanları Laboratuvarı ilgilendiren Süreç

Detaylı

TOZ METALURJİSİ Prof.Dr. Muzaffer ZEREN

TOZ METALURJİSİ Prof.Dr. Muzaffer ZEREN . TEKNİK SEÇİMLİ DERS I TOZ METALURJİSİ Prof.Dr. Muzaffer ZEREN SİNTERLEME Sinterleme, partiküllerarası birleşmeyi oluşturan ısıl prosestir; aynı zamanda ham konumda gözlenen özellikler artırılır. . Sinterlemenin

Detaylı

1. Öğretmen Kılavuzu. 2. Öğrenci Kılavuzu

1. Öğretmen Kılavuzu. 2. Öğrenci Kılavuzu 1. Öğretmen Kılavuzu a. Konu b. Kullanıcı Kitlesi c. Deney Süresi d. Materyaller e. Güvenlik f. Genel Bilgi g. Deney Öncesi Hazırlık h. Ön Bilgi i. Deneyin Yapılışı (Prosedür) j. Deney Sonuçları k. Öğrenci

Detaylı

X-Işınları. 1. Ders: X-ışınları hakkında genel bilgiler. Numan Akdoğan. akdogan@gyte.edu.tr

X-Işınları. 1. Ders: X-ışınları hakkında genel bilgiler. Numan Akdoğan. akdogan@gyte.edu.tr X-Işınları 1. Ders: X-ışınları hakkında genel bilgiler Numan Akdoğan akdogan@gyte.edu.tr Gebze Yüksek Teknoloji Enstitüsü Fizik Bölümü Nanomanyetizma ve Spintronik Araştırma Merkezi (NASAM) X-Işınları

Detaylı

Total protein miktarının bilinmesi şarttır:

Total protein miktarının bilinmesi şarttır: Total protein miktarının bilinmesi şarttır: protein veriminin belirlenmesi saflık kontrolu deneylerin optimizasyonu spesifik aktivite tayini ve saflaştırma derecesinin belirlenmesi (enzimler için) KULLANILAN

Detaylı

Hücrelerde gerçekleşen yapım, yıkım ve dönüşüm olaylarının bütününe metabolizma denir.

Hücrelerde gerçekleşen yapım, yıkım ve dönüşüm olaylarının bütününe metabolizma denir. METABOLİZMA ve ENZİMLER METABOLİZMA Hücrelerde gerçekleşen yapım, yıkım ve dönüşüm olaylarının bütününe metabolizma denir. A. ÖZÜMLEME (ANABOLİZMA) Metabolizmanın yapım reaksiyonlarıdır. Bu tür olaylara

Detaylı

GEÇĐRĐMLĐ ELEKTRON MĐKROSKOBU

GEÇĐRĐMLĐ ELEKTRON MĐKROSKOBU GEÇĐRĐMLĐ ELEKTRON MĐKROSKOBU GĐRĐŞ TEM (Transmission Electron Microscope) Büyütme oranı 1Mx Çözünürlük ~1Å Fiyat ~1000 000 $ Kullanım alanları Malzeme Bilimi Biyoloji ÇALIŞMA PRENSĐBĐ Elektron tabancasından

Detaylı

Harici Fotoelektrik etki ve Planck sabiti deney seti

Harici Fotoelektrik etki ve Planck sabiti deney seti Deneyin Temeli Harici Fotoelektrik etki ve Planck sabiti deney seti Fotoelektrik etki modern fiziğin gelişimindeki anahtar deneylerden birisidir. Filaman lambadan çıkan beyaz ışık ızgaralı spektrometre

Detaylı

Soygazların bileşik oluşturamamasının sebebi bütün orbitallerinin dolu olmasındandır.

Soygazların bileşik oluşturamamasının sebebi bütün orbitallerinin dolu olmasındandır. KİMYASAL BAĞLAR Kimyasal bağ, moleküllerde atomları birarada tutan kuvvettir. Bir bağın oluşabilmesi için atomlar tek başına bulundukları zamankinden daha kararlı (az enerjiye sahip) olmalıdırlar. Genelleme

Detaylı

MADDENİN YAPISI VE ÖZELLİKLERİ ATOM

MADDENİN YAPISI VE ÖZELLİKLERİ ATOM MADDENİN YAPISI VE ÖZELLİKLERİ ATOM ATOMUN YAPISI Elementlerin tüm özelliğini gösteren en küçük parçasına atom denir. Atomu oluşturan parçacıklar farklı yüklere sa-hiptir. Atomda bulunan yükler; negatif

Detaylı

Vakum Teknolojisi * Prof. Dr. Ergun GÜLTEKİN. İstanbul Üniversitesi Fen Fakültesi

Vakum Teknolojisi * Prof. Dr. Ergun GÜLTEKİN. İstanbul Üniversitesi Fen Fakültesi Vakum Teknolojisi * Prof. Dr. Ergun GÜLTEKİN İstanbul Üniversitesi Fen Fakültesi Giriş Bilimsel amaçla veya teknolojide gerekli alanlarda kullanılmak üzere, kapalı bir hacim içindeki gaz moleküllerinin

Detaylı

BÖLÜM 3 DİFÜZYON (YAYINIM)

BÖLÜM 3 DİFÜZYON (YAYINIM) BÖLÜM 3 DİFÜZYON (YAYINIM) 1 Mürekkebin suda yayılması veya kolonyanın havada yayılması difüzyona örnektir. En hızlı difüzyon gazlarda görülür. Katılarda atom hareketleri daha yavaş olduğu için katılarda

Detaylı

Protein Ekstraksiyonu

Protein Ekstraksiyonu Protein Ekstraksiyonu Dr.Gaye Güler Tezel Hacettepe Üniversitesi Tıp Fakültesi Patoloji Anabilim Dalı Proteinler tüm canlı organizmalar için en önemli makromoleküllerden biridir. Bazıları yapısal komponentleri

Detaylı

Hücre Biyoloji Laboratuarı Güz dönemi Alıştırma Soruları (Dr.Selcen Çelik)

Hücre Biyoloji Laboratuarı Güz dönemi Alıştırma Soruları (Dr.Selcen Çelik) Hücre Biyoloji Laboratuarı 2014-2015 Güz dönemi Alıştırma Soruları (Dr.Selcen Çelik Konular: ph ve tamponlar, hücre kültür tekniği, mikrometrik ölçüm ph ve Tamponlar 1. ph sı 8.2 olan 500 ml. 20mM Tris/HCl

Detaylı

DENEY 8 POLİPROTİK ASİTLER: ph TİTRASYON EĞRİLERİ KULLANILARAK pka DEĞERLERİNİN BELİRLENMESİ

DENEY 8 POLİPROTİK ASİTLER: ph TİTRASYON EĞRİLERİ KULLANILARAK pka DEĞERLERİNİN BELİRLENMESİ DENEY 8 POLİPROTİK ASİTLER: ph TİTRASYON EĞRİLERİ KULLANILARAK pka DEĞERLERİNİN BELİRLENMESİ 8.1. AMAÇ Bir asidin titrasyonunu yapmak. Poliprotik bir asidin gücünü belirlemek. Bir asidin pka değerlerini

Detaylı

Faz ( denge) diyagramları

Faz ( denge) diyagramları Faz ( denge) diyagramları İki elementin birbirleriyle karıştırılması sonucunda, toplam iç enerji mimimum olacak şekilde yeni atom düzenleri meydana gelir. Fazlar, İç enerjinin minimum olmasını sağlayacak

Detaylı

Theory Tajik (Tajikistan)

Theory Tajik (Tajikistan) Q3-1 Büyük Hadron Çarpıştırıcısı Bu probleme başlamadan önce ayrı bir zarfta verilen genel talimatları lütfen okuyunuz. Bu görevde, CERN de bulunan parçacık hızlandırıcısının LHC ( Büyük Hadron Çarpıştırıcısı)

Detaylı

Laboratuvar Tekniği. Adnan Menderes Üniversitesi Tarımsal Biyoteknoloji Bölümü TBY 118 Muavviz Ayvaz (Yrd. Doç. Dr.) 9. Hafta (11.04.

Laboratuvar Tekniği. Adnan Menderes Üniversitesi Tarımsal Biyoteknoloji Bölümü TBY 118 Muavviz Ayvaz (Yrd. Doç. Dr.) 9. Hafta (11.04. Laboratuvar Tekniği Adnan Menderes Üniversitesi Tarımsal Biyoteknoloji TBY 118 Muavviz Ayvaz (Yrd. Doç. Dr.) 9. Hafta (11.04.2014) 1 9. Haftanın Ders İçeriği Beer-Lambert Kanunu Spektrofotometre 2 Beer-Lambert

Detaylı

2. HAFTA MİKROSKOPLAR

2. HAFTA MİKROSKOPLAR 2. HAFTA MİKROSKOPLAR MİKROSKOPLAR Hücreler çok küçük olduğundan (3-200 µm) mikroskop kullanılması zorunludur. Soğan zarı, parmak arası zarlar gibi çok ince yapılar, kesit almadan ve mikroskopsuz incelenebilir.

Detaylı

ONDOKUZ MAYIS ÜNİVERSİTESİ MÜHENDİSLİK FAKÜLTESİ KİMYA MÜHENDİSLİĞİ BÖLÜMÜ ORGANİK KİMYA LABORATUVARI DENEY 8 : YÜZEY GERİLİMİNİN BELİRLENMESİ

ONDOKUZ MAYIS ÜNİVERSİTESİ MÜHENDİSLİK FAKÜLTESİ KİMYA MÜHENDİSLİĞİ BÖLÜMÜ ORGANİK KİMYA LABORATUVARI DENEY 8 : YÜZEY GERİLİMİNİN BELİRLENMESİ ONDOKUZ MAYIS ÜNİVERSİTESİ MÜHENDİSLİK FAKÜLTESİ KİMYA MÜHENDİSLİĞİ BÖLÜMÜ ORGANİK KİMYA LABORATUVARI DENEY 8 : YÜZEY GERİLİMİNİN BELİRLENMESİ DENEYİN AMACI Gazlarda söz konusu olmayan yüzey gerilimi sıvı

Detaylı

MADDE NEDİR? Çevremize baktığımızda gördüğümüz her şey örneğin, dağlar, denizler, ağaçlar, bitkiler, hayvanlar ve hava birer maddedir.

MADDE NEDİR? Çevremize baktığımızda gördüğümüz her şey örneğin, dağlar, denizler, ağaçlar, bitkiler, hayvanlar ve hava birer maddedir. MADDE NEDİR? Çevremize baktığımızda gördüğümüz her şey örneğin, dağlar, denizler, ağaçlar, bitkiler, hayvanlar ve hava birer maddedir. Her maddenin bir kütlesi vardır ve bu tartılarak bulunur. Ayrıca her

Detaylı

6.4. Çözünürlük üzerine kompleks oluşumunun etkisi ------------ 6.5. Çözünürlük üzerine hidrolizin etkisi ---------------------------- 6.6.

6.4. Çözünürlük üzerine kompleks oluşumunun etkisi ------------ 6.5. Çözünürlük üzerine hidrolizin etkisi ---------------------------- 6.6. iii İÇİNDEKİLER 1. GİRİŞ ------------------------------------------------------------------- 2. TANIMLAR ------------------------------------------------------------ 2.1. Atom-gram -------------------------------------------------------

Detaylı

CALLİSTER - SERAMİKLER

CALLİSTER - SERAMİKLER CALLİSTER - SERAMİKLER Atomik bağı ağırlıklı olarak iyonik olan seramik malzemeler için, kristal yapılarının atomların yerine elektrikle yüklü iyonlardan oluştuğu düşünülebilir. Metal iyonları veya katyonlar

Detaylı

Fotovoltaik Teknoloji

Fotovoltaik Teknoloji Fotovoltaik Teknoloji Bölüm 3: Güneş Enerjisi Güneşin Yapısı Güneş Işınımı Güneş Spektrumu Toplam Güneş Işınımı Güneş Işınımının Ölçülmesi Dr. Osman Turan Makine ve İmalat Mühendisliği Bilecik Şeyh Edebali

Detaylı

POLİMERAZ ZİNCİR REAKSİYONU (PZR-PCR) VE RESTRİKSİYON PARÇA UZUNLUĞU POLİMORFİZMİ (RFLP)

POLİMERAZ ZİNCİR REAKSİYONU (PZR-PCR) VE RESTRİKSİYON PARÇA UZUNLUĞU POLİMORFİZMİ (RFLP) Deney: M 1 POLİMERAZ ZİNCİR REAKSİYONU (PZR-PCR) VE RESTRİKSİYON PARÇA UZUNLUĞU POLİMORFİZMİ (RFLP) a) PCR yöntemi uygulaması b) RPLF sonuçları değerlendirilmesi I. Araç ve Gereç dntp (deoksi Nükleotid

Detaylı

YAZILI SINAV CEVAP ANAHTARI BİYOLOJİ

YAZILI SINAV CEVAP ANAHTARI BİYOLOJİ YAZILI SINAV CEVAP ANAHTARI BİYOLOJİ CEVAP 1: (TOPLAM 9 PUAN) 1.1: Eğer terleme ve su emilimi arasındaki ilişkide ortam sıcaklığının etkisini öğrenmek istiyorsa; deneyi aynı sayıda yaprağa sahip aynı tür

Detaylı

MIT 8.02, Bahar 2002 Ödev # 11 Çözümler

MIT 8.02, Bahar 2002 Ödev # 11 Çözümler Adam S. Bolton bolton@mit.edu MIT 8.02, Bahar 2002 Ödev # 11 Çözümler 15 Mayıs 2002 Problem 11.1 Tek yarıkta kırınım. (Giancoli 36-9.) (a) Bir tek yarığın genişliğini iki katına çıkarırsanız, elektrik

Detaylı

Ders #15 için okuma: Bölümler 3.4, 3.5, 3.6 ve 3.7 (3.baskıda, Bölümler 3.4, 3.5, 3.6, 3.7 ve 3.8) Değerlik Bağı Teorisi.

Ders #15 için okuma: Bölümler 3.4, 3.5, 3.6 ve 3.7 (3.baskıda, Bölümler 3.4, 3.5, 3.6, 3.7 ve 3.8) Değerlik Bağı Teorisi. 5.111 Ders Özeti #14 Bugün için okuma: Bölüm 3.8 (3. Baskıda 3.9) Lewis Teorisinin Sınırları, Bölüm 3.9 (3. Baskıda 3.10) Molekül Orbitalleri, Bölüm 3.10 (3. Baskıda 3.11) Ġki Atomlu Moleküllerin Elektron

Detaylı

RTA JEL / PZR Saflaştırma Kiti

RTA JEL / PZR Saflaştırma Kiti RTA JEL / PZR Saflaştırma Kiti Kullanma Kılavuzu Yayın Tarihi - 2011-12 DNA parçalarının agaroz jelden geri kazanımı ve PZR ürünlerinin saflaştırılması için Yalnızca profesyonel kullanım için REF 09009050

Detaylı

BELKİDE BİYOLOJİNİN EN TEMEL KONUSU EN ZEVKLİ KONUSUNA BAŞLAYALIM ARKADAŞLAR!!!

BELKİDE BİYOLOJİNİN EN TEMEL KONUSU EN ZEVKLİ KONUSUNA BAŞLAYALIM ARKADAŞLAR!!! DERS : BİYOLOJİ KONU: HÜCRE BELKİDE BİYOLOJİNİN EN TEMEL KONUSU EN ZEVKLİ KONUSUNA BAŞLAYALIM ARKADAŞLAR!!! Canlıların canlılık özelliği gösteren en küçük yapı birimidir.( Virüsler hariç) Şekil: Bir hayvan

Detaylı

ERCİYES ÜNİVERSİTESİ Çevre Mühendisliği Bölümü Fiziksel ve Kimyasal Temel İşlemler Laboratuvarı Dersi Güncelleme: Eylül 2016

ERCİYES ÜNİVERSİTESİ Çevre Mühendisliği Bölümü Fiziksel ve Kimyasal Temel İşlemler Laboratuvarı Dersi Güncelleme: Eylül 2016 İYON DEĞİŞİMİ DENEYİN AMACI: Sert bir suyun katyon değiştirici reçine kullanılarak yumuşatılması ve reçinenin iyon değiştirme kapasitesinin incelenmesi TEORİK BİLGİLER İyon değiştirme benzer elektrik yüklü

Detaylı

MEMM4043 metallerin yeniden kazanımı

MEMM4043 metallerin yeniden kazanımı metallerin yeniden kazanımı Endüstriyel Atık Sulardan Metal Geri Kazanım Yöntemleri 2016-2017 güz yy. Prof. Dr. Gökhan Orhan MF212 Atıksularda Ağır Metal Konsantrasyonu Mekanik Temizleme Kimyasal Temizleme

Detaylı

Proteinler. Fonksiyonlarına göre proteinler. Fonksiyonlarına göre proteinler

Proteinler. Fonksiyonlarına göre proteinler. Fonksiyonlarına göre proteinler Proteinler Canlılarda miktar olarak en çok bulunan biyomoleküllerdir. Amino asit birimlerinden oluşurlar Yapısal ve işlevsel olabilirler Genlerle aktarılan kalıtsal bilginin ortaya çıktığı moleküllerdir.

Detaylı

Bazı atomlarda proton sayısı aynı olduğu halde nötron sayısı değişiktir. Bunlara izotop denir. Şekil II.1. Bir atomun parçaları

Bazı atomlarda proton sayısı aynı olduğu halde nötron sayısı değişiktir. Bunlara izotop denir. Şekil II.1. Bir atomun parçaları 8 II. MİNERALLER II.1. Element ve Atom Elementlerin en ufak parçasına atom denir. Atomlar, proton, nötron ve elektron gibi taneciklerden oluşur (Şekil II.1). Elektron negatif, proton pozitif elektrik yüküne

Detaylı

1.ÜNİTE MODERN ATOM TEORİSİ -2.BÖLÜM- ATOMUN KUANTUM MODELİ

1.ÜNİTE MODERN ATOM TEORİSİ -2.BÖLÜM- ATOMUN KUANTUM MODELİ 1.ÜNİTE MODERN ATOM TEORİSİ -2.BÖLÜM- ATOMUN KUANTUM MODELİ Bohr Modelinin Yetersizlikleri Dalga-Tanecik İkiliği Dalga Mekaniği Kuantum Mekaniği -Orbital Kavramı Kuantum Sayıları Yörünge - Orbital Kavramları

Detaylı

BASİT ANLATIMLA KİMYASAL REAKSİYON Derleyen Selim Yenisey

BASİT ANLATIMLA KİMYASAL REAKSİYON Derleyen Selim Yenisey BASİT ANLATIMLA KİMYASAL REAKSİYON Derleyen Selim Yenisey Suyu oluşturan hidrojen ve oksijen kolaylıkla alev alan maddeler olduğuna göre su neden yanmaz? veya Neden hidrojen ve oksijen birleşebiliyor?

Detaylı

KATILARIN ATOMİK DÜZENİ KRİSTAL YAPILAR

KATILARIN ATOMİK DÜZENİ KRİSTAL YAPILAR KATILARIN ATOMİK DÜZENİ KRİSTAL YAPILAR KRİSTAL YAPILAR Mühendislik açısından önemli olan katı malzemelerin fiziksel özelikleri; katı malzemeleri meydana getiren atom, iyon veya moleküllerin dizilişine

Detaylı

MMM291 MALZEME BİLİMİ

MMM291 MALZEME BİLİMİ MMM291 MALZEME BİLİMİ Yrd. Doç. Dr. Ayşe KALEMTAŞ Ofis Saatleri: Perşembe 14:00 16:00 ayse.kalemtas@btu.edu.tr, akalemtas@gmail.com Bursa Teknik Üniversitesi, Doğa Bilimleri, Mimarlık ve Mühendislik Fakültesi,

Detaylı

Proteinlerin Tersiyer & Kuaterner Yapıları. Dr. Suat Erdoğan

Proteinlerin Tersiyer & Kuaterner Yapıları. Dr. Suat Erdoğan Proteinlerin Tersiyer & Kuaterner Yapıları Dr. Suat Erdoğan Sunum planı Proteinlerin Tersiyer (üçüncül) ve Kuaterner (dördüncül) yapıları Globüler ve fibröz proteinler Denatürasyon Proteinlerin biyolojik

Detaylı

NORMAL ÖĞRETİM DERS PROGRAMI

NORMAL ÖĞRETİM DERS PROGRAMI NORMAL ÖĞRETİM DERS PROGRAMI 1. Yarıyıl 1. Hafta ( 19.09.2011-23.09.2011 ) Nükleer reaktör türleri ve çalışma prensipleri Atomik boyuttaki parçacıkların yapısı Temel kavramlar Elektrostatiğin Temelleri,

Detaylı