Transkript

1 Türkiye de hepatit virüslerinin moleküler epidemiyolojisi Dr Hakan Abacıoğlu XXXIV Türk Mikrobiyoloji Kongresi Kıbrıs

2 Moleküler epidemiyoloji nedir?

3 Hepatit virüslerinin moleküler epidemiyolojisi neden gerekli? Epidemiyolojik virus (tiplendirme) Kaynak ve bulaş yolları Tanısal Korunma ve Sağaltım Aşılama (kaçış mutantları) Antiviral direnç

4 Hepatit A virus

5 HAV genotipleri Genotip I, II, III and VII insan olguları ile ilişkili

6 Türkiye de HAV epidemiyolojisi Genotip I (çoğu IB) infeksiyonları baskın

7 İstanbul ve Anadolu dan Anti-HAV IgM (+) örnekler (n=50) VP1-P2A P2A bileşkesi ve 5 -NCR bölgesi çoğaltıldı ve dizilendi.

8 5 -NCR dizileri Genotip IA (n=2) IS 25 (Karadeniz) IS 34 (Istanbul) IB IS18 Erzurum (HAV HM175) IS3 Düzce (HAV MBB)

9 Bir hastada Genotype IB

10 Sonuçlar 5 -NCR dizilerine yönelik RT-PCR ın VP1-2A dizilerine göre: klinik duyarlılık (%72 ye %32) ve analitik duyarlılığı (100 IU ye 500 IU) daha iyi Tüm izolatlar genotip I (çoğu IB) 10 yaşın altındaki çocuklarda infeksiyon daha şiddetli

11 Hepatit B virus

12 HBV genotip ve subtipleri

13 Türkiye de HBV epidemiyolojisi Orta endemisite HBsAg (+): %2-8 Anti-HBs (+): %30 Aile içi bulaş var. Genotip D baskın Kronik HBV infeksiyonları %70 i HBeAg negatif HDV ko/super infeksiyon 5%-46%

14 HBV genotipleri [1] Yayın Olgu sayısı Çalışma grubu Genotipleme yöntemi Sonuç Bozdayı AM, et al. J Clin Virol 2001; 21: Chronic HBV Pre-S amp & direct seq All genotype D (ayw) Bozdayi AM, et al. J Viral Hepat 2003; 10: Chronic HBV Pre-S amp & direct seq All genotype D (ayw) Bozdayi AM, et al. Arch Virol 2004; 149: Patients from previous clinical studies (n=41) + Azerbaijan pts (n=6)+ Uzbek pts (n=12) Pre-s and s gene amp & direct seq All genotype D except 2 Uzbek pts who were infected w genotype A Şentürker-Güldaş N, et al. Infection 2004; 32: Chronic HBV S gene amp & direct seq & REA All genotype D (ayw2)- Leblebicioglu H, et al. Clin Microbiol Infect 2004; 10: Acute HBV Pre-S amplification and REA D2 (n=122), D1 (n=5) and D2 + del (n=2) Yalcin K, et al. Infection 2004; 32: Chronic HBV (n=32) & inactive HBsAg carriers (n=12) S gene ampl & direct sequencing All genotype D Eroglu C et al J Virol Meth 2004; 119: Acute (n=40) and Chronic HBV (n=20) Detection of 33 bp deleton in pre-s region All genotype D

15 HBV genotipleri [2] Yayın Bozdayı G, et al. J Med Virol 2005; 76: 476 Sunbul M, et al. World J Gastroenterol 2005; 11: 1976 Olgu sayısı Çalışma grubu 11 Treatment-naive naive chronic HBV pts 78 Chronic HBV Serin MS, et al. Diagn 50 Chronic HBV Microbiol Infect Dis; 2005; 53: Özdemir FT, et al. Turk J Gastroenterol 2005; 16: 183 Aksoy A et al. Mikrobiyol Bul 2006; 40: 215 Akarsu M et al J Gastro Hepatol 2006; 21: Pediatric & adult Chronic HBV 127 HBV DNA positive samples 21 Inactive HBsAg carriers Genotipleme yöntemi Full genome sequencing Pre-s amplif & REA S gene amplified & sequenced Pre-s amplification + REA S gene amp and REA S gene amplified and sequenced Sonuç D1 (ayw2) (n=10) D2 (ayw3) (n=1) D2 (n=67), D2+del (n=7), D1 (n=3), D3 (n=1) All genotype D D2 (n=44), D1 (n=7) and D6 (n=3) All genotype D Allt type D

16 HBV genotipleri [3] Yayın Olgu sayısı Çalışma grubu Genotipleme yöntemi Sonuç Özaslan M et al. J Genet 2007; 86: Chronic HBV S gene amplified and sequenced Allt type D and ayw3 Ozgenc O. Hepato- gastroeneterology 2007; 54: Naive chronic HBV S gene amplified and sequenced Allt type D Sertoz RY, et al. New Microbiol 2008; 31: Chronic HBV S gene amplified and sequenced OR REA Allt type D Sayan M et al J Viral Hepat 2009; Jun Chronic HBV S gene amp &direct seq Allgenotype D Pinarbasi B, et al. Liver Int 2009; 29: Occult HBV in female sex workers S gene amp &direct seq Allgenotype D

17 22 merkezden HBsAg ve Anti HBc IgM (+) örnekler (n=158) Pre-S bölgesi çoğaltılıp REA ile tiplendirildi D2 (n=122), D1 (n=5) ve D2 + del (n=2)

18 11 tedavi-naif hasta [yaşları (ort 35)] Tüm genom TA vektörüne klonlandı. Doğrudan dizileme

19

20 Türkiye deki ilk genotip A infeksiyonu Midilli K, et al. The first report of genotype A of hepatitis B in Turkish population. 12th Annual ESCV Meeting, İstanbul-Turkey, September 2009, PVI-19 Aynı hastanede hematolojik malignansileri nedeniyle tedavi alan 3 hasta (nozokomiyal infeksiyon?) 1 tam dizi Tümü A1

21

22

23 ayw baskın HBsAg subtipleri (serolojik) Yalcinkaya KT, et al. Jpn J Infect Dis 2005; 58:

24 Geno/serotiplerin HBsAg testleri üzerine etkisi

25

26 MHR: Major Hydrophilic Region a MHR: aa HBs I: 120 öncesi HBs II: HBs III: HBs IV: HBs V: a Carman WF, J Viral Hepatit 1997 Roosmalen MH et al, Intervirology 2006

27 Aşılama ve tedaviye bağlı kaçış mutantları Pol ve s genleri binişiktir

28 Pol ve s gen mutasyonları karşılıklı etkileşir HBsAg T128N V142I Değişiklik yok W153Q Bağışık yanıtlarla seçilen mutasyonlar P120T M133I D144E G145R İlaçlarla seçilen mutasyonlar V173L L180M A181T V191I A194T M204V M204I V207I N236T E146D Değişiklik yok W172stop W182stop Değişiklik yok I195M W196S/L/stop W199stop Değişiklik yok

29

30 mutasyonlar HBsAg NUC direnç 142 NUC tedavisi alan 12/142 (%8.5) 11/142 (%7.7) 185 tedavi naif 15/185 (%8.1) 7/185 (%3.3)

31 Okült Hepatit B (OHB) Yalancı OHB: HBsAg mutantlarına bağlı yalancı negatiflik Gerçek OHB OHB li olgularda ortanca HBV DNA değeri ~5-10 IU/mL (~ kopya/ml). Olguların %95 de 200 kopya/ml (~30-40 IU/mL) altında. %20 Tüm belirleyiciler negatif OHB %50 Anti-HBc pozitif (± anti-hbs) %35 Anti-HBs pozitif (± anti-hbc)

32 12/33= %36.4

33 Aşı kaçış mutantları Yenidoğan döneminde 3 kez aşılanmış 3,5 yaşında ALL li hasta 122 d/y s-s- -s-s- -s-s- -s-s- 147 K/R T C C P 121 -s-s-124 T/M G T/I/A T/V 1.ilmik P/C S (a determinantı) A/V T K/R T Q A F/L A/G 160 r/w G W F/Y S/T S N/T L 99 S/T S D G S W M P Y P E F/Y I Q I/L W P P G L A M P S I S L C C P V C V C T R C C F S/T N S K G 2.ilmik P W S/T D L (a determinantı) A/V S/L W M I M/I

34 Aşı kaçış mutantları S143L ( a determinant)

35 HBV: sonuçlar Genotype D baskın(d1 ağırlıklı) ancak diğer genotipler de (A1 ve B) var. HBsAg subtip ayw baskın ayw2 baskın ancak ayw3 ve çok ender olarak ayw4

36 HBV: sonuçlar [2] Precore ve core promoter mutasyonları sık Tedavi-naif hastalarda MHR varyantları var. Gerçek OHB: immunosüpresif hastalarda akla gelmeli. Aşı kaçış mutantları var.

37 Hepatit C virus

38 HCV genotipler

39 Türkiye: HCV infeksiyonlarının temel Prevalans ~ % 1,8 Yaşlı populasyonda daha yüksek Sağlık hizmetleri ile ilişikili özellikleri

40 Tükiye de HCV genotipleri ( ) 1a 1b M UT Dusheiko et al 1 Viazov et al 17 1 Abacıoğlu et al Akkız et al 1 63 Sönmez et al Bozdayı et al Okamoto et al Bozdayı et al 2 18 Türkoğlu et al Özacar et al Erensoy et al Gökahmetoğlu et al 2 93 TOTAL (n=909) (%) 8,7 79,5 2,2 1,8 1,2 2,5 4,1

41 Türkiye de HCV genotipleri (2001 sonrası)

42 Türkiye de HCV genotipleri (2001 sonrası)

43 Türkiye de HCV genotipleri (2001 sonrası)

44 HCV epidemiyolojisi: sonuçlar Genotip 1 baskın, ancak tip 2, 3 ve 4 infeksiyonlarına da rastlanıyor öncesi ve sonrasında genotip dağılımında belirgin bir değişim yok. Risk gruplarında yerni çalışmalar gereksinim var. Suriye de olduğu gibi Ülkemizde de tip 5 infeksiyonu var mı?

45 Hepatit D virus

46 HDV genotipleri

47 Türkiye: HDV infeksiyonlarının temel özellikleri

48 HDV-RNA + hastalar (Güneydoğu dan delta superinfeksiyonu olan HBsAg + hastalar) n= yaş (18-67) Genotipleme REA (n=59) HDAg dizileri ( ) (n:13) Tümü genotip I Grup içi ortalama nükleotid değişkenliği 2.5% (0%-3.9%)

49 HDV-RNA + hastalar (İzmir & İstanbul dan HBsAg + hastalar) n= yaş (17-70) 70) Genotipleme REA (n=60) HDAg dizileri ( ) (n:26) Tümü genotip I Grup içi ortalama nükleotid değişkenliği 5.4% 95 AF008351Turkish DEU-168 AF008348Turkish 76 AF008350Turkish AF008347Turkish M AF AF AJ AJ DEU-110 AF AJ U81988-IC U C AF008349Turkish M DEU DEU-112 DEU-99 DEU-104 DEU-120 DEU-98 DEU-97 D DEU-105 DEU-111 DEU-188 DEU-124 DEU-109 DEU-118 M DEU DEU-122 DEU-79 DEU-20 DEU DEU-16 DEU-93 DEU-31 DEU-85 AF AJ X AF a 100 U X a AF b 100 AF b 83 AF b AB AB AB L AF AF L AF AF AF

50 HDV-RNA + KDH li hastalar n= yaş (23-70) Genotipleme HDAg dizileri ( ) Tümü genotip I Grup içi ortalama nükleotid değişkenliği 10.2% (3%-16%)

51 10 hasta Genotipleme HDAg dizileri ( ) Tüm genom dizisi (n=4) Tümü genotip I Grup içi ortalama nükleotid değişkenliği 3.7%-12.7% 0.1 DFR644 DFR48 489MR DFR47 DFR910 DFR69 DFR73 478MR 467MR 369MR JAPAN TAIWLEE TAIWWU SAK621 OKINAWA MIYAKO AFGHANISTA ITALYP 8TK NAURU 9TK 6TK 1TK ITALYI35 7TK 2TK DFR46 US1 TW2667A1 3TK 5TK TAIWAN CHINA ETHIOPIA DFR ME COLOMBIA VNZD8624 PERU1 PERU2 HDV-5,6,7 HDV-2 HDV-4 SOMALIA 508MR 2MR 4TK DFR56 LEBANON DFR59 EGYPTIAN DFR71 10TK DFR60 RUSSIAN TURKISH01 ROMANIA AY ALBANIA AY AY AY AY AY AY AY AY AY AY AY AY HDV-3 HDV-1

52 HDV-3 HDV-5,6,7 HDV-2 HDV-4 HDV-1 Asya, Orta Doğu ve Avrupa kökenleri ile kümelenme

53 HDV: sonuç Genotip I şu ana kadar saptanan tek tip İzolatlar arasındaki değişkenlik %16 ya kadar çıkabiliyor. HDV kökenleri Asya, Orta Doğu ve Avrupa kökenleri ile kümeleniyor.