Sebze Islahında Moleküler Markırların Kullanımı

Ebat: px

Şu sayfadan göstermeyi başlat:

Download "Sebze Islahında Moleküler Markırların Kullanımı"

Aylin Güçer
7 yıl önce
İzleme sayısı:

1 Sebze Islahında Moleküler Markırların Kullanımı Esra CEBECİ Ziraat Yüksek Mühendisi Atatürk Bahçe Kültürleri Merkez Araştırma Enstitüsü YALOVA

2 Sunu Planı Çalışmanın tanıtımı, Yapılan çalışmalar ve Sonuç 2

3 Tanıtım 28 Aralık 2012 de başlayıp 6 ay süren bu eğitim faaliyeti ABD de bulunan Wisconsin Üniversitesi, Ziraat Fakültesi nde, Prof. Dr. Michael HAVEY yönetiminde gerçekleşmiştir. 3

4 Tanıtım Dr. Havey in seçilme sebebi, Türkiye de Sebze Hibrit Islahı çalışıyor olmam ve hocanın da bu alanda sayılı başarılı kişilerden biri olmasıdır. 4

5 Günümüzde bitki ıslah çalışmalarında MOLEKÜLER MARKIRLAR dan yoğun olarak yararlanılmaktadır. 5

6 Yaptığım çalışmalarda bitkisel materyal olarak SOĞAN (Allium cepa L.) tercih edilmiştir. Bu nedenle Amerikan Tarım Bakanlığı gen bankasından seçilen 10 çeşide ait 50 şer adet tohumun tarafımıza iletilmesi istenmiştir. 6

7 Elimize ulaşan tohumların her biri ayrı bir saksıya gelecek şekilde ekilmiş ve üniversiteye ait ısıtmalı seraya bırakılmıştır. Daha sonraki günlerde sürekli kontrol edilerek sulama ve bakım işlemleri yerine getirilmiştir. 7

8 8

9 Ekilen tohumlardan elde edilecek 4-5 haftalık bitkilerden DNA izole edilecek sonrasında, Farklılığı tek baz düzeyinde ortaya koyan SNP markırları ile bitkilerin kısırlık durumları belirlenecektir. 9

10 Ekim işlemi tamamladıktan sonra bitkilerin büyümesi için gereken zamanda, Laboratuvarda yürüyen çalışmalara katılım sağlanmıştır. Buna göre; Yapılan Çalışmalar 10

11 Daha önce DNA izolasyonu yapılmış 20 adet genotipte SSR (Basit Dizi Tekrarları) markırları ile yine erkek kısırlığın tespit durumu saptanmaya çalışılmıştır. 11

12 Bu amaçla; PCR yapılmış, elde edilen ürünler önce %1,5 luk agaroz jelde ardından da %10 luk poliakrilamid jelde yürütülmüş ama istenen bant büyüklüğü elde edilememiştir. Agaroz jel Poliakrilamid jel 12

13 Sonraki günlerde, seradaki bitkilerden DNA izolasyonunda kullanılmak üzere bitki örneği alınmaya başlanmıştır. 13

14 Laboratuvara getirilen bitki örnekleri bünyelerindeki suyun uçurulması için lyophilizer da 2 gün süre ile bekletilmiştir. 14

15 Daha sonrasında ise Qiagen DNAeasy bitki mini kiti kullanılarak 500 bitkinin tek tek genomik DNA izolasyonu yapılmıştır. 15

16 16

17 İzolasyon işlemi tamamlandıktan sonra örnekler %1.5 luk agaroz jelde yürütülmüş, DNA miktarları belirlenmeye çalışılmıştır. 17

18 Sonrasında, KASPAR genotyping sistem ve 6 adet SNP markırı ile 10 populasyona ait 500 bitkinin çekirdek ve sitoplazmalarının kısır olup olmadığı belirlenmiştir. 18

19 19

20 Çalışma Sonuçları Çalışma sonucu oluşturulan tablo ve Popülasyonlardan birine ait bazı sonuçlar Plate 1 CMS Ms-610 Ms-1830 Ms-1351 ID Plate/Cell# SNP41A AtpA Matk2 SNP42 SNP43 SNP44 N Y:Y X:X X:X S X:X Y:Y Y:Y MS X:X Y:Y Y:Y ms Y:Y X:X X:X A N N N rec Dom Het B N N N Het Dom Het C S? S rec Dom Het D N N N rec Dom Het E N N N rec Dom Het F S S S Het Dom Het G S S S Dom Dom rec H N N N Het Dom Dom A N N N Het Dom Het B N N N rec Dom rec 20

21 Buna göre; 500 genotip arasından 7 tanesinin kısır 92 tanesinin ise idameci özellikte olduğu tespit edilmiş ve geriye kalan 400 bitki imha edilmiştir. Soğan hibrit ıslahında genetik sitoplazmik erkek kısırlığın kullanımı (Talıoğlu, 2008) 21

22 Bu çalışmanın tamamlanmasından sonra Dr. Havey ve ekibinin arazi çalışmalarına katılım sağlanmıştır. 22

23 23

24 24

25 25

26 Kalan sürede ise soğanda moleküler karakterizasyon yapmak amacıyla geliştirilen CAPS markırları ile bir çalışma yapılmıştır. 26

27 Buna göre, yine 10 populasyondan 30 ar bitki 44 CAPS markırı ile taranmıştır. 27

28 Laboratuar çalışmaları tamamlandıktan sonra Dr. Havey ile birlikte yakında bulunan çiftlikler gezilmiş ve özel bir firmaya ziyaret yapılmıştır. 28

29 29

30 Sonuç Bu eğitim programı ile sebze ıslahında yaygın olarak kullanılan SSR, CAPS ve SNP markırları ile çalışmalar yapılmıştır. Bu konuda dünya çapında çalışan insanlarla tanışma fırsatı sağlanmıştır. Arazi ve laboratuvarda kullanılabilecek pratik bilgiler elde edilmiştir. 30

31 31

32 32

33 Teşekkürler Atatürk Bahçe Kültürleri Merkez Araştırma Enstitüsü-YALOVA 33

Benzer belgeler

Proje Yürütücüsü Prof. Dr. Erdoğan Eşref Hakkı Selçuk Üniversitesi Toprak Bilimi ve Bitki Besleme Bölümü

Proje Yürütücüsü Prof. Dr. Erdoğan Eşref Hakkı Selçuk Üniversitesi Toprak Bilimi ve Bitki Besleme Bölümü TÜBİTAK-1003 Projesi Serin İklim Tahıllarında Çeşit Islah Programlarının Oluşturulması Çağrısı 214O072 no lu Klasik ve Moleküler Islah Yöntemleri Kullanılarak Bazı Buğday Çeşitlerine Tuza Toleranslılık