GENDEN PROTEİNE
Genler ve proteinler arasındaki temel ilişki İngiliz hekim Archibald Garrod (1909), genlerin, enzimler aracılığı ile fenotipi belirlediğini ilk öne süren kişidir. Garrod, doğuştan metabolizma bozuklukları şeklinde adlandırdığı hastalıkların, belirli bir enzimdeki fonksiyon kaybından ileri geldiğini varsaymıştır. 2
Alkaptonuria Garrod, bu düşüncelerine örnek olarak, alkapton maddesi içeren idrarın havaya maruz kaldığında siyahlaşması şeklinde belirti veren alkaptonuria hastalığını vermiştir. Garrodʼ a göre normal kişiler alkapton maddesini parçalayan bir enzime sahiptir. Alkaptonurik bireylerde ise alkaptonu mertabolize eden enzim kalıtsal olarak sentezlenememektedir. 3
Bir gen-bir enzim hipotezi Genler ve enzimler arasındaki ilişkiyi gösteren en çarpıcı deneme Beadle ve Edward Tatumʼ un, bir ekmek küfü olan Neurospora crassa ile yaptıkları çalışmadan elde edilmiştir. Araştırmacılar, Neurosporaʼ yı X ışınlarına maruz bırakmış ve daha sonra canlılığını devam ettirenler arasında besin gereksinimleri yönünden normalden farklılık gösteren mutantları incelemişlerdir. 4
Bir gen-bir enzim hipotezi Normal tip küfler, sadece organik tuzlar, glukoz ve biotin (vitamin) içeren agar üzerinde canlılığını sürdürebilir. Küf, bu minimal besiyerini kullanarak, gereksinim duyduğu diğer molekülleri sentezlemek üzere metabolik yolları işletebilir. Minimal besiyerinde yaşamını sürdüremeyen mutantlar, kendileri için elzem olan belirli molekülleri sentezleyemez. Ancak bu moleküllerin ortama ilavesi ile hazırlanan tam üreme ortamında yaşamını sürdürebilir. 5
Bir gen-bir enzim hipotezi Beadle ve Tatum, mutant bireylerdeki metabolik bozukluğu belirlemek üzere, tam besiyerinde gelişmekte olan mutantlardan örnekler almış ve bunları küçük şişelere dağıtmıştır. Minimal besiyeri içeren her bir şişeye ekstra tek bir besin eklemiştir. 6
Bir gen-bir enzim hipotezi Belirli besinin eklenmesi ile küf gelişiminin başlaması, metabolik bozukluğa işaret etmektedir. Eğer mutant sadece arjinin eklenen ortamda gelişiyorsa, bu hücreler arjinin sentezi için kullandıkları biyokimyasal yolda bozukluğa sahiptirler. 7
8
Bir gen-bir enzim hipotezi Her mutant tek bir gende bozukluk taşıdığı için Beadle ve Tatumʼ un sonuçları, bir genin özgül bir enzim üretimini yönettiğine ilişkin bir gen-bir enzim hipotezi için güçlü bir kanıt olmuştur. 9
Bir gen-bir polipeptit Proteinler hakkında bilinen gerçekler arttıkça, bir gen-bir enzim hipotezinde de küçük bir değişiklik yapılmıştır. Enzim olmayan proteinler de (örn; insülin, keratin vb.) gen ürünüdürler. Pek çok protein iki veya daha fazla sayıda polipeptit zincirinden oluşur ve her polipeptit kendi geni tarafından belirlenir. 10
Bir gen-bir polipeptit Örneğin; hemoglobin iki farklı polipeptitten oluşur. Dolayısı ile bu protein iki gen tarafından kodlanır. Bu nedenle Beadle ve Tatumʼ un fikrini, bir gen-bir polipeptit şeklinde ifade etmek daha doğru olacaktır. 11
Genin protein ile bağlantısını sağlayan temel olaylar Genler özgül proteinlerin yapımı için gerekli bilgileri sağlar. Ancak bir gen doğrudan bir proteini yapmaz. DNA ve protein sentezi arasındaki köprü RNAʼ dır. 12
Genin protein ile bağlantısını sağlayan temel olaylar RNA, kimyasal olarak DNAʼ ya benzemektedir. Ancak bu iki molekül arasında bazı farklılıklar mevcuttur. RNA şeker olarak deoksiriboz yerine riboz içerir. Buna ilave olarak DNAʼ daki timin (T) nükleotidinin yerine RNAʼ da urasil (U) nükleotidi bulunur. RNA zinciri her zaman tek bir zincirden oluşur. 13
Transkripsiyon: genel bakış DNA yönetimi altında gerçekleşen RNA sentezidir. Hatırlanacağı üzere DNA replikasyonu sırasında, DNA zincirlerinden biri yeni zincir sentezine kalıp olarak iş görmektedir. Transkripsiyon olayında ise DNA zincirlerinden biri, bir RNA nükleotid dizisinin oluşumunda kalıp olarak iş görür. 14
Transkripsiyon: genel bakış Üretilen RNA, genlerdeki protein yapısı ile ilgili bilgilerin güvenilir bir kopyasıdır. Bu tip RNA molekülü, genetik bilgiyi DNA dan ribozomlara taşıdığı için messenger RNA (mrna) olarak adlandırılır. 15
Translasyon: genel bakış mrna yönetimi altında gerçekleşen polipeptid sentezidir. Bu evrede, mrna molekülündeki baz dizisi, polipeptidin aminoasit dizisine tercüme edilir. 16
Translasyon: genel bakış Bu tercümenin yapıldığı yerler ribozomlardır. Ribozomlar, aminoasitlerin sırası ile birbirlerine bağlanarak polipeptid zinciri haline gelmesini kolaylaştıran kompleks partiküllerdir. 17
Translasyon: genel bakış Transkripsiyon ve translasyonun temel mekaniği prokaryot ve ökaryotlarda benzerdir. Ancak hücredeki genetik bilginin akışında önemli bir farklılık vardır. Bakterilerin çekirdeği olmadığından, DNAʼ ları ribozomlardan ve protein sentezine katılan diğer donanımdan ayrılmamıştır. 18
Translasyon: genel bakış Ökaryotik bir hücrede, çekirdek zarı bölge ve zemin olarak transkripsiyonu translasyondan ayırır. Transkripsiyon çekirdekte gerçekleşir ve mrna, translasyonun olduğu sitoplazmaya aktarılır. 19
Translasyon: genel bakış Ökaryotik RNA kopyaları çekirdeği terk etmeden önce, işlevsel mrna ları üretmek üzere çeşitli yollarla değişime uğratılır. İki aşamalı bu işlemle önce premrna meydana getirilir. 20
Translasyon: genel bakış Daha sonra RNA işlenmesi ile son mrna üretilir. Başlangıçtaki RNA kopyası için daha genel bir terim olan primer transkript kullanılır. 21
Üç nükleotid bir aminoasiti tayin eder Biyologlar protein sentezi için gerekli bilginin DNAʼ da kodlandığından şüphelenmeye başladıklarında bir problemin farkına vardılar. 20 farklı aminoasiti tanımlamak için sadece dört çeşit nükleotit bulunuyordu. Eğer her bir nükleotit bir aminoasiti tercüme ediyor olsaydı 20 aminoasitten sadece 4ʼ ü kodlanabilecekti. 22
Üç nükleotid bir aminoasiti tayin eder Peki iki nükleotit bir aminoasiti kodlamaya yeterli olabilecek miydi? Örneğin; AG ya da GT nükleotit dizilimleri birer aminoasiti kodlasalar durum ne olurdu? Dört farklı baz bulunduğu için bu durum bize 16 olası düzenleme (4 2 ) şansı verecektir. 20 aminoasitin hepsini kodlamak için halen yeterli bir sayıya ulaşılmış sayılmayız. 23
Üç nükleotid bir aminoasiti tayin eder Nükleotit baz üçlüleri ise, eşit uzunlukta en küçük birimler olup tüm aminoasitleri kodlayabilmektedir. Eğer ardışık üç baz düzenlenmesi bir aminoasiti tanımlarsa 64 olası kod (4 3 ) elde edilir. Bu, tüm aminoasitleri tanımlamak için gerekli olandan daha fazla sayı anlamına gelmektedir. 24
Üç nükleotid bir aminoasiti tayin eder Hücre, bir geni aminoasite doğrudan tercüme edemez. Ana evre transkripsiyondur. Bu evrede her bir gen için iki DNA zincirinden sadece birisi kopyalanır. Bu zincir, RNA transkriptindeki nükleotit dizisinin sırasını belirlemede kalıp olarak kullanıldığı için kalıp zincir olarak adlandırılır. 25
Kodon Bir RNA molekülü, kendi DNA kalıbına özdeş olmaktan ziyade tamamlayıcısıdır (komplementer). Baz eşleşmeleri, RNAʼ da A karşısına T yerine U gelmesi dışında, DNA replikasyonu sırasında görülen baz eşleşmelerine benzerdir. 26
Kodon Böylece bir DNA dizisi kopyalandığında kalıp DNAʼ daki ACC baz üçlüsü, mrna molekülünde UGG baz üçlüsü için kalıp olacaktır. mrnaʼ daki bu baz üçlülerine kodon adı verilir. 27
Kodon Translasyon sırasında, mrna molekülü boyunca yer alan kodon dizisi, polipeptit zincirini yapan aminoasit dizisine tercüme edilir. Kodonlar mrna boyunca 5ʼ à 3ʼ yönünde okunur. Her bir kodon, polipeptit zincirine katılacak 20 aminoasitten birisini tanımlar. 28
Kodon Kodonlar baz üçlüleri olduğundan, bir genetik mesajı oluşturan nükleotit sayısı, proteini oluşturan aminoasit sayısının üç katı olmak zorundadır. Örnek olarak, 300 nükleotit uzunluğundaki bir RNA zinciri 100 aminoasit uzunluğunda bir polipeptiti kodlar. 29
Genetik kodun çözülmesi 1961 yılında Nirenberg ve grubu, yalnızca urasil (U) nükleotitlerinden oluşmuş yapay bir mrna molekülünü, protein sentezi için gerekli tüm elemanların bulunduğu bir test tüpüne ilave etmiştir. Reaksiyon sonucunda deney tüpünde yalnızca fenilalanin içeren uzun bir protein zinciri meydana gelmiştir. 30
Genetik kodun çözülmesi Bu şekilde UUU kodonunun fenilalanini kodladığı tespit edilmiştir. Kısa bir süre sonra AAA, GGG ve CCC kodonlarının tanımladığı aminoasitler de aynı yöntemle bulunmuştur. 31
Genetik kodun çözülmesi AUA ce CGA gibi heterojen üçlülerin çözülebilmesi daha ayrıntılı tekniklere ihtiyaç duymasına rağmen 64 kodonun tümü 1960ʼ lı yılların ortalarında çözülmüştür. 32
Genetik kodun çözülmesi Burada AUG kodonunun methionin aminoasiti sentezi dışında başka bir işleve daha sahip olduğu görülmektedir. Bu kodon aynı zamanda başlama kodonu olarak da işlev görmektedir. UAA, UAG ve UGA ise dur sinyali ya da sonlandırma kodonları olarak iş görür. 33
Genetik koddaki fazlalık (redundancy) Yandaki şekle göre GAA ve GAG kodonlarının her ikisi de glutamik asidi kodlamaktadır. Ancak bu kodonlar hiçbir zaman diğer aminoasitlerden herhangi birini kodlamaz. Dikkat edilecek olursa, kodonun ilk iki nükleotidi sabit kalmak kaydıyla, üçüncü nükleotidin değişmesi, kodlanan aminoasiti değiştirmez. 34
Genetik kod evrenseldir! Genetik kod, en basit yapılı bakterilerden en kompleks yapılı bitki ve hayvanlara kadar tüm canlılar tarafından paylaşılır. Örneğin; RNAʼ daki CCG kodonu, tüm canlılarda prolin aminoasitini kodlar. 35
Genetik kod evrenseldir! Genler, bir canlı türünden diğerine aktarıldıklarında o canlı türünde de transkripsiyon ve translasyon geçirebilir. Önemli tıbbi kullanımı olan bazı insan proteinlerinin sentezinden sorumlu insan genlerinin bakterilerde ifadesi de mümkündür. 36
Genetik kodun evrenselliği evrimsel açıdan önemlidir! Genetik kodun evrensel oluşu, tüm canlılar tarafından paylaşılan bu dilin, yaşamın çok erken evrelerinde ortaya çıkmış olduğu sonucunu doğurur. Bu dil, en azından, günümüzdeki tüm canlıların ortak atalarında bulunacak kadar yeterince önce ortaya çıkmış olmalıdır. Paylaşılan genetik sözlük, dünya üzerindeki tüm yaşamı birbirine bağlayan akrabalığı hatırlatmaktadır. 37
Transkripsiyon: Yakından bakış Bilgiyi DNAʼ dan ribozomlara taşıyan mrna, bir genin kalıp zincirinden kopyalanır. RNA polimeraz adlı enzim, iki DNA zincirini açar ve kalıp DNA zinciri boyunca baz eşleşmesi yapan RNA nükleotitlerini ekleyebilir. RNA polimeraz, uzayan RNAʼ nın sadece 3ʼ - ucuna nükleotit ekleyebilir. Böylece bir mrna molekülü 5ʼ à 3ʼ yönünde uzar. 38
Başlama ve bitiş bölgeleri DNA boyunca yer alan özgül nükleotit dizileri, transkripsiyonun başlama ve sonlanma noktalarını belirler. RNA polimerazın bağlandığı ve transkripsiyonun başlatıldığı DNA dizisine ise terminatör adı verilir. RNA sentezi sırasında, transkripsiyon geçiren DNA dizisine transkripsiyon birimi adı verilir. 39
40
RNA polimeraz çeşitleri Bakteriler tek tip RNA polimeraza sahiptir. Bu enzim mrna sentezinin yanı sıra diğer RNA tiplerinin de sentezinde görevlidir. Ökaryotlar ise RNA polimerazın; I, II ve III olarak numaralandırılmış üç tipine sahiptir. mrna sentezinde bunlardan RNA polimeraz II kullanılır. 41
RNA polimerazın bağlanması ve transkripsiyonun başlaması Bir genin promotor bölgesi, transkripsiyon başlama noktasını içerir. Promotorlar, RNA polimerazın bağlanacağı bölgeyi ve transkripsiyonun nerede başlayacağını belirler. Aynı zamanda promotor, DNA sarmalındaki iki zincirden hangisinin kalıp olarak kullanılacağını belirler. 42
RNA polimerazın bağlanması ve transkripsiyonun başlaması Promotorun bazı bölgeleri, RNA polimerazın bağlanması bakımından önemlidir. Prokaryotlarda RNA polimeraz, promotoru özel olarak tanır ve bağlanır. 43
RNA polimerazın bağlanması ve transkripsiyonun başlaması Ancak ökaryotlarda, RNA polimerazın promotora bağlanmasına ve transkripsiyonun başlatılmasına transkripsiyon faktörleri adı verilen bir grup protein aracılık eder. RNA polimerazın bağlanması ancak promotora bazı transkripsiyon faktörleri bağlandıktan sonra gerçekleşebilir. 44
RNA polimerazın bağlanması ve transkripsiyonun başlaması RNA polimeraz ve transkripsiyon faktörlerinin oluşturduğu topluluğa transkripsiyon kompleksi adı verilir. Yandaki şekilde transkripsiyon faktörlerinin rolü ve başlama kompleksinin oluşumunda yer alan TATA kutusunun DNA dizisi görülmektedir. 45
RNA zincirinin uzaması RNA polimeraz DNA üzerinde ilerlerken ikili sarmalı gevşeterek devam eder. Enzim, bağlı bulunduğu anda yaklaşık 10-20 baz uzunluğundaki DNAʼ nın RNA nükleotitleri ile eş yapmasına neden olur. Enzim, ikili sarmal boyunca ilerleyerek yapılmakta olan RNA molekülünün 3ʼ - ucuna nükleotitleri ekler. 46
RNA zincirinin uzaması Kalıp görevi sona eren DNA zincirleri tekrar bir araya gelerek sarmal oluşturur. Yeni sentezlenen RNA molekülleri ise kalıp DNAʼ dan ayrılarak çıkarılır. Ökaryotlarda transkripsiyon, saniyede yaklaşık 60 nükleotit hızında ilerler. 47
RNA zincirinin uzaması Aynı anda tek bir geni transkribe eden çok sayıdaki polimeraz topluluğu, genden kopyalanan mrna miktarının artmasına neden olur. Bu da hücrenin, kodlanan proteini bol miktarda yapmasına yardım eder. 48
Transkripsiyonun sonlandırılması Transkripsiyon, RNA polimerazın DNA üzerindeki sonlanma dizisini kopyalayana kadar ilerler. Transkribe edilen terminatör, sonlanma sinyali olarak görev yapar. 49
Prokaryotlarda sonlanma Prokaryotlarda transkripsiyon, genellikle, tam sonlandırma sinyalinin sonuna ulaşıldığında durur. Polimeraz bu noktaya ulaştığında DNA ve RNAʼ yı birbirinden ayırır. 50
Ökaryotlarda sonlanma Ökaryotlarda ise polimeraz enzimi öncül mrnaʼ daki bir AAUAAA dizisi olan sonlanma sinyalinden sonra da devam ederek yüzlerce nükleotit boyunca ilerler. 51
Ökaryotlarda sonlanma Bu bölgeyi 10-35 nükleotit geçtikten sonraki bir noktada, öncül mrna, enzimden kesilerek serbest kalır. Bu kesim noktası aynı zamanda, poli (A) kuyruğunun ilave edildiği yerdir (poli A kuyruğuna birazdan değinilecektir). 52
RNAʼ nın değişikliğe uğratılması Transkripsiyon sonrasında sentezlenen öncül mrna, çekirdekte bulunan bazı genler yoluyla değişikliğe uğratılır. Bu olay sırasında öncül mrnaʼ nın her iki ucu genellikle değiştirilir. Pek çok durumda molekülün bazı iç bölgeleri de kesilip çıkarılarak kalan parçalar birbiriyle birleştirilir. 53
mrna uçlarının değiştirilmesi Transkripsiyonda ilk sentezlenen uç olan 5ʼ - ucuna, derhal guanin (G) nükleotidinin değişik bir formu olan bir başlık eklenir. Bu 5ʼ - başlık iki önemli işleve sahiptir. 54
mrna uçlarının değiştirilmesi Birincisi mrnaʼ yı hidrolitik enzimlerin etkisinden korur. İkincisi mrna sitoplazmaya ulaştıktan sonra, 5ʼ - başlığı, ribozomlar için buraya bağlan sinyali olarak iş görür. 55
mrna uçlarının değiştirilmesi mrnaʼ nın 3ʼ - ucu da çekirdekte değişikliğe uğratılır. Bir enzim, 3ʼ - ucuna 50-250 arasında adenin nükleotidinden oluşan bir poli A kuyruğu takar. 56
mrna uçlarının değiştirilmesi Poli A kuyruğu, RNAʼ nın parçalanmasını engeller ve muhtemelen ribozomların bağlanmasına yardımcı olur. Bu yapının aynı zamanda mrnaʼ nın çekirdekten taşınmasını kolaylaştırdığı düşünülür. 57
Kesintili genler ve RNA splicing! Başlangıçta sentezlenen RNA molekülünün büyük bir bölümü uzaklaştırılır. Bir çeşit kes-yapıştır işlemi olan bu olay RNA splicing olarak adlandırılır. 58
Kesintili genler ve RNA splicing! Transkripsiyona kalıp olan DNA biriminin ortalama uzunluğu yaklaşık 8.000 nükleotittir. 59
Kesintili genler ve RNA splicing! Dolayısıyla bundan sentezlenen primer RNAʼ nın da uzunluğu aynı olacaktır. 60
Kesintili genler ve RNA splicing! Ancak bu dizinin yalnızca 1.200 nükleotidlik bir kısmı, ortalama 400 aminoasit uzunluğunda bir proteini kodlamada kullanılır. 61
İntron-Ekzon Buradan da anlaşılacağı üzere, çoğu ökaryotik gen ve RNA transkriptleri kodlama yapmayan uzun nükleotit zincirlerine sahiptir. 62
İntron-Ekzon Kodlama yapan bölgeler arasına sıkışmış kodlama yapmayan nükleik asit parçalarına intron adı verilir. Diğer bölgeler ise aminoasitlere tercüme edilmekte olup ekzon olarak bilinir. 63
Kes-Yapıştır (Splicing) işleminin mekanizması Kes-yapıştır işlemi ile ilgili sinyaller, intronların sonlarında bulunan kısa nükleotit dizileridir. Küçük nüklear ribonükleoproteinler (snrnp), bu kısa nükleotit dizilerini tanırlar. snrnpʼ ler, hücre çekirdeğinde yerleşmiş olup, RNA ve protein moleküllerinden oluşmuş yapılardır. 64
Kes-Yapıştır (Splicing) işleminin mekanizması Bir snrnp partikülündeki RNA, küçük nüklear RNA (snrna) olarak adlandırılır ve yaklaşık 150 nükleotit uzunluğundadır. Farklı snrnpʼ ler, ilave proteinlerle birleşerek neredeyse ribozom büyüklüğünde olan splaysozom (spliceosome) denen birliği oluşturur. 65
Kes-Yapıştır (Splicing) işleminin mekanizması Splaysozom, intronun uçlarında bulunan kes-yapıştır bölgelerine bağlanır. Özel noktalardan keserek intronun serbest hale geçmesini sağlar. Kesim işleminin ardından intronun iki tarafında bulunan ekzonlar birleştirilir. 66
Riboz(i)mler Bazı durumlarda kes-yapıştır işlemi, protein ve ekstra RNA molekülü bulunmadan gerçekleşir. İntron RNA, kendisini kesip çıkarma işlemini katalizler. Bir hücreli bir canlı olan Tetrahymenaʼ da rrnaʼ nın üretilmesinde, kendi kendine kes-yapıştır işleminin gerçekleştiği görülür. Ribozimler, enzimler gibi katalizleyici olarak işlev görür. 67
Alternatif RNA splicing! Kesintili (split) genler, tek bir genden birden fazla tipte polipeptit kodlayabilmektedir. Alternatif RNA splicing olarak bilinen bu olayda, RNAʼ nın işlenmesi sırasında ekzonlar, farklı şekillerde bir araya getirilirler. 68
Alternatif RNA splicing! İnsan Genom Projesiʼ nin ilk sonuçları, insanların nispeten az sayıda genle yaşamını sürdürebilmesinin nedeni olarak bu mekanizmayı ileri sürmektedir. 69
Domain!!! Proteinlerin çoğu, domain adı verilen farklı yapısal ve işlevsel bölgelerden oluşurlar. Örneğin, enzimatik proteinlerin bir proteini aktif bölgeyi içerirken, diğer domaini proteinin hücre zarına tutunmasını sağlar. Pek çok durumda farklı ekzonlar, proteinin farklı domainlerini kodlar. 70
İntronların evrimsel önemi İntronlar, genler arasında potansiyel yarar sahip olan krossing-overʼ in gerçekleşme olasılığını artırır. Basit olarak, krossing-over gerçekleşebilecek daha fazla bölge sağlayarak bir genin iki alleli arasındaki rekombinasyon için fırsatı artırır. Aynı zamanda, homolog olmayan genler arasında da ekzonların değişimi gerçekleşebilir. Ekzonların karıştırılmasının her türü, yeni işlev kombinasyonlarına sahip yeni proteinlerin oluşmasına yol açabilir. 71
Translasyon: yakından bakış Hücre, translasyon işleminde, genetik mesajı tercüme eder ve buna uygun bir protein sentezler. Genetik mesaj, mrna üzerinde bulunan kodonlardan oluşur. Bu kodonların tercümanı ise transfer RNA (trna) olarak adlandırılır. 72
Translasyon: yakından bakış trna, sitoplazmanın aminoasit havuzundan aminoasitleri ribozoma taşır. Hücre, diğer bileşiklerden sentezlediği ya da hücreler arası sıvıdan alarak sitoplazmasında depoladığı 20 değişik aminoasite sahiptir. Ribozomlar, trna tarafından getirilen aminoasitleri, uzayan polipeptit zincirinin ucuna ekler. 73
Translasyon: yakından bakış trna molekülleri, tamı tamına birbirinin aynı değillerdir. Belirli bir aminoasiti taşıyan her bir tip trna, belirli bir mrna kodonuna bağlanır. trna ribozoma ulaştığında bir ucunda özgül bir aminoasit taşımaktadır. Diğer ucundaki nükleotit üçlüsü ise antikodon olarak adlandırılır ve bu bölge, mrna üzerindeki komplementer kodonla baz eşleşmesi yapar. 74
Translasyon: yakından bakış Örneğin, mrna kodonunun UUU olduğunu varsayalım. Bu durumda AAA antikodonuna sahip bir trna, bir ucunda hidrojen bağları ile kodona bağlanırken, diğer ucundan da UUU kodonunun karşılığı olan fenilalanin aminoasitini taşıyacaktır. 75
Translasyon: yakından bakış Bildirilen sıradaki aminoasitlerin trnaʼ lar tarafından taşınması ve ribozomların, bu aminoasitleri peptid zincirine eklemesi ile genetik mesaj kodon kodon tercüme edilir. 76
trnaʼ nın yapısı Bir trna molekülü yaklaşık 80 nükleotit uzunluğunda tek bir RNA zincirinden oluşmuştur. Bu RNA zinciri, kendi üstünde geriye doğru katlanarak nükleotit zincirinin farklı kısımları arasındaki etkileşimlerle güçlendirilmiş üç boyutlu bir molekül yapısı oluşturur. 77
trnaʼ nın yapısı trnaʼ nın belirli bölgelerinde bulunan nükleotit bazları, diğer bölgelerin tamamlayıcı bazları ile hidrojen bağları yapar. Molekül, iki boyutlu yapıda yonca yaprağı şeklinde görünür. 78
trnaʼ nın yapısı trnaʼ nın bir ucunda özgül mrna kodonuna bağlanan özelleşmiş baz üçlüsü olan antikodon adlı bir çıkıntı vardır. Molekül diğer ucunda ise aminoasiti bağlayan bölge bulunmaktadır. 79
trnaʼ nın yapısı Eğer bir aminoasiti tanımlayan her bir mrna kodonuna karşılık bir tip trna olsaydı 61 adet trna tipi olacaktı. Ancak gerçekte sayı daha azdır (yaklaşık 45). Bazı trnaʼ lar, iki veya daha fazla sayıda farklı kodonu tanıyabilen antikodonlara sahip olduğu için bu sayı yeterli olacaktır. 80
Wooble esnekliği!!! Bir kodonun üçüncü bazı ve trna antikodonunda buna karşılık gelen baz arasındaki eşleşme kuralları çok katı değildir. Örneğin, bir trna antikodonundaki U bazı, mrna kodonunun üçüncü pozisyonundaki A veya Gʼ den herhangi birisi ile eş oluşturabilir. Baz eşleşme kurallarındaki bu esnekliğe Wooble adı verilir. 81
Modifiye baz inozin (I)!!! En değişken trnaʼ lar, antikodonun değişken pozisyonunda modifiye bir baz olan inozin (I) bulunduranlardır. İnozin, adeninin değişken bir formudur. I bazı, antikodonlar kodonlara bağlandığında üç bazdan herhangi birisi ile hidrojen bağı yağabilir (U, C veya A). Böylece CCI antikodonuna sahip bir trna, hepsi de glisin aminoasitini kodlayan GGU, GGC ve GGA kodonlarına bağlanabilir. 82
Aminoasitlerin trnaʼ ya bağlanması Her aminoasit, özgül bir enzim olan aminoaçil-trna sentetaz sayesinde doğru trnaʼ ya bağlanır. Her aminoasit için bir enzim olmak üzere hücrede bu enzimlerin 20 çeşidi mevcuttur. 83
Aminoasitlerin trnaʼ ya bağlanması Bu enzimlerin her bir tipinin aktif bölgesi, aminoasit ve trnaʼ nın özel bir kombinasyonuna uyar. Bu enzim, ATP hidrolizi ile gerçekleşen bir olay ile aminoasit ve trnaʼ nın kovalent olarak bağlanmasını katalizler. 84
Aminoasitlerin trnaʼ ya bağlanması Sonuçta oluşan aminoaçiltrna ya da aktifleştirilmiş aminoasit, enzimden ayrılır ve aminoasiti ribozom üzerinde uzanmakta olan polipeptit zincirine verir. 85
Ribozomlar Ribozomlar, protein sentezi sırasında trna antikodonlarının mrna kodonları ile özgül çift oluşturmasını kolaylaştırırlar. 86
Ribozomlar Büyük ve küçük alt birim olarak adlandırılan iki alt birimden oluşmuştur. Her bir alt birim, proteinlerden ve ribozomal RNA (rrna) adı verilen moleküllerden yapılmıştır. 87
Alt birimlerin yapımı Ökaryotlarda alt birimler çekirdekte yapılır. Kromozomal DNA üzerindeki rrna genleri transkribe edilir, oluşan RNA işlenir ve sitoplazmadan taşınan proteinlerle birleştirilir. Yapımı tamamlanan alt birimler çekirdek porlarından sitoplazmaya aktarılır. 88
Alt birimlerin yapımı Alt birimler, yalnızca bir mrnaʼ ya bağlandıklarında işlevsel bir ribozomu oluşturmak üzere bir araya gelirler. Bir ribozom kütlesinin yaklaşık 2/3ʼ ü rrnaʼ dır. Pek çok hücre binlerce ribozoma sahip olduğundan rrna, RNA tipleri arasında en fazla bulunandır. 89
Alt birimlerin yapımı Ökaryotik organizmaların ribozomları, prokaryotlara göre biraz daha büyüktür ve moleküler kompozisyon açısından da farklılıklara sahiptir. Bu farklılıklar tıbbi açıdan önemlidir. Bazı antibiyotikler, ökaryotik ribozomların protein yapma yeteneğine etki etmeden prokaryotik ribozomu etkisiz hale getirir. Tetrasiklin ve streptomisinʼ in de aralarında bulunduğu ilaçlar bunlara örnek verilebilir. 90
Ribozomun ince yapısı Her ribozom, mrnaʼ nın bağlandığı bölgeye ilave olarak trna için üç adet bağlanma bölgesi içerir. A bölgesi (aminoaçil-trna bölgesi): Zincire eklenecek bir sonraki aminoasiti taşıyan trnaʼ yı bağlar. 91
Ribozomun ince yapısı P bölgesi (peptidil-trna bölgesi): Uzamakta olan peptit zincirini taşıyan trnaʼ yı bağlar. E bölgesi (çıkış): Taşıdığı aminoasiti bırakan trnaʼ lar ribozomu bu bölgeden terk eder. 92
Ribozomun ince yapısı Ribozomun yapısı, ribozomun fonksiyonundan, proteinin değil RNAʼ nın sorumlu olduğu hipotezini güçlü şekilde destekler. RNA, iki alt birim ve A ve P bölgeleri ara yüzünde bulunan temel bileşendir ve RNA, peptit bağı oluşumunun katalizörüdür. 93
Ribozomun ince yapısı Bu nedenle ribozom, bir riboz(i)m olarak kabul edilebilir. Ribozom proteinleri büyük oranda dış tarafta bulunur ve genellikle yapısal rol alırlar. 94
Bir polipeptidin yapımı Translasyonu, transkripsiyona benzer şekilde üç evreye ayırabiliriz (başlama, uzama ve sonlanma). Bu üç evre; mrna, trna ve ribozomlara yardımcı protein faktörlere gereksinim duyar. Zincirin başlaması ve uzaması aynı zamanda enerjiye gereksinim duyar. Bu enerji, ATPʼ ye benzer bir molekül olan GTPʼ nin hidrolizinden sağlanır. 95
Başlama Bu evre, polipeptit zincirinin ilk aminoasitini taşıyan trna ile mrnaʼ yı, ribozomun iki alt biriminde bir araya getirir. Önce ribozomun küçük alt birimi mrna ve trnaʼ ya bağlanır. 96
Başlama Küçük alt birim, mrnaʼ nın 5ʼ - ucundaki lider segmente bağlanır. Bakterilerde küçük alt birimdeki rrna, mrnaʼ nın lider bölgesinde buluna özel bir nükleotit dizisi ile eşleşir. 97
Başlama Başlama kodonu olan AUG başlama sinyalini verir. Böylece methionin aminoasitini taşıyan başlatıcı trna, başlama kodonuna bağlanır. 98
Başlama mrna, başlatıcı trna ve küçük alt birim birleşmesinden sonra büyük alt birim de bu komplekse bağlanır. Başlama faktörleri adı verilen proteinler, bu birimlerin tümünü bir araya getirir. 99
Başlama Başlama kompleksinin oluşumunda enerji GTP molekülünden sağlanır. Kompleks oluşumu tamamlandığında başlatıcı trna ribozomun P bölgesine yerleşir. 100
Başlama Boş olan A bölgesi bir sonraki aminoaçil-trnaʼ nın bağlanması için hazırdır. Bir polipeptitin sentezi, onun amino ucundan başlatılır. 101
Uzama Bu evrede, aminoasitler önceki aminoasite tek tek eklenir. Her ekleme uzama faktörleri denilen birçok proteinin iştirakini gerektirir. Uzama, üç aşamalı bir döngü şeklinde gerçekleşir: Kodon tanıma Peptit bağı oluşumu Translokasyon (yer değiştirme) 102
Kodon tanıma Ribozomun A bölgesindeki mrna kodonu, uygun aminoasiti taşıyan trna antikodonu ile hidrojen bağı yapar. Bir uzama faktörü, trnaʼ yı A bölgesine yönlendirir. Bu evre iki molekül GTPʼ nin hidrolizine ihtiyaç duyar. 103
Peptit bağı oluşumu Ribozomun büyük alt birimindeki rrna molekülü, uzamakta olan polipeptitin P bölgesinden ayrılmasını sağlar. Bu sayede A bölgesine yeni getirilmiş aminoasitin peptit bağı ile eklenmesini katalizler. Bu evrede, polipeptit, bağlı olduğu trnaʼ dan ayrılır ve bölgesindeki trnaʼ nın taşıdığı aminoasite karboksil ucundan eklenir. 104
Translokasyon (yer değiştirme) Bu evrede A bölgesindeki trna, taşıdığı polipeptit ile birlikte P bölgesine aktarılır. trna ilerlediğinde, antikodonu, mrna kodonuna hidrojen bağları ile bağlı kalır. mrna ilerler ve A bölgesine okunacak bir sonraki kodon getirilmiş olur. 105
Translokasyon (yer değiştirme) Aynı zamanda P bölgesinde olan trna, E bölgesine hareket eder ve buradan ribozomu terk eder. Bu evre bir adet GTPʼ nin hidrolizinden sağlanan enerjiye ihtiyaç duyar. 106
Translokasyon (yer değiştirme) Uzama döngüsü saniyenin onda birinden daha az sürede tamamlanır ve polipeptit zinciri tamamlanana dek her bir aminoasitin eklenmesinde tekrarlanır. 107
108
Sonlanma Translasyonun son evresidir. Uzama evresi, mrna üzerindeki dur kodonunun ribozom üzerinde A bölgesine ulaşmasına kadar devam eder. 109
Sonlanma Özel baz üçlüleri olan UAA, UAG ve UGA kodonları, aminoasitleri kodlamaz. Fakat bu üçlüler translasyonu durduran sinyallerdir. 110
Sonlanma Salma faktörü adı verilen bir protein doğrudan A bölgesindeki durma kodonuna bağlanır. 111
Sonlanma Bu faktör, polipeptit zincirine aminoasit yerine bir su molekülünün katılmasına neden olur. 112
Sonlanma Bunun sonucunda tamamlanmış polipeptit, P bölgesinde bulunan trnaʼ dan hidroliz olarak ribozomdan ayrılır. Translasyon kompleksinin kalan kısmı daha sonra birbirinden ayrılır. 113
Poliribozomlar Tek bir ribozom, bir dakikadan daha az bir süre içerisinde ortalama büyüklükte bir polipeptit yapabilir. Ayrıca bir mrna, aynı polipeptidin çok sayıda kopyasının aynı anda yapmak üzere kullanılabilir. Çünkü mesajın translasyonunda çok sayıda ribozom aynı anda çalışır. 114
Poliribozomlar Bir ribozom başlama kodonunu geçtiğinde ikinci bir ribozom mrna üzerine tutunur ve bu şekilde aynı mrna boyunca çok sayıda ribozom dizilir. 115
Poliribozomlar Poliribozom adı verilen bu ribozom dizisi, hem prokaryot hem de ökaryotlarda bulunur. Bu yapılar, hücrenin, bir polipeptidin çok sayıda kopyasını kısa süre içinde yapmasına yardımcı olur. 116
İşlevsel proteinin oluşumu Sentez sırasında ve sonrasında polipeptit zinciri kendiliğinden katlanmaya ve halka oluşturmaya başlar. Böylece proteinin kendine özgü işlevsel konformasyonu oluşur. Gen primer yapıyı ve primer yapı da fonksiyonu belirler. Pek çok durumda şaperonlar, polipeptidin doğru şekilde katlanmasına yardımcı olur. 117
Translasyon sonrası modifikasyonlar Bazı aminoasitler; şeker, lipit, fosfat grupları ya da diğer moleküllerin bağlanması ile kimyasal olarak değişime uğrayabilir. Enzimler, polipeptit zincirinin lider ucundan bir veya daha fazla aminoasiti uzaklaştırabilir. Bazı durumlarda polipeptit zinciri iki ya da daha fazla parçaya ayrılabilir. 118
İnsülin örneği İnsülin proteini, tek bir polipeptit zinciri şeklinde sentezlenir. Ancak sonradan zincirin ortada bulunan bir bölümü kesilip çıkarılır. İnsülin, disülfit köprüleri ile birbirine bağlanmış iki polipeptit zinciri haline gelince aktif duruma geçer. Diğer bazı durumlarda ise ayrı ayrı sentezlenmiş iki ya da daha fazla sayıda polipeptit, dördüncül yapıya sahip bir proteinin alt birimlerini oluşturmak üzere birleşebilir. 119
Serbest-Bağlı ribozomlar Daha önceki derslerde de belirtildiği üzere, ökaryotik hücrelerde belirgin olarak iki ribozom grubu vardır. Serbest ribozomlar, sitoplazmada dağılmış haldedir ve sitoplazmada çözünmüş durumda bulunan ve burada iş gören proteinleri sentezlerler. Bağlı ribozomlar ise ERʼ nin sitoplazmik yüzeyine bağlanmıştır. Bu ribozomlar iç zar sistemi proteinlerinin (çekirdek kılıfı, ER, Golgi, lizozomlar, kofullar ve plazma zarı) yanı sıra hücre dışına salgılanan proteinleri de yaparlar (örn; insülin). 120