Kullanım Talimatları IVD Bacterial Test Standard Tipik Escherichia coli DH5 alfa peptit ve protein profilini ve ek proteinleri gösteren kütle kalibrasyonu standardı. Matriks destekli lazer desorpsiyon/iyonizasyon uçuş zamanlı kütle spektrometresi (MALDI-TOF-MS) ile kullanım için. CARE ürünleri, dünya çapındaki müşterilerimize yüksek kalitede sarf malzeme, aksesuar ve özel kitlerle destek vermek üzere tasarlanmaktadır. CARE ürün yelpazesi, tüm Bruker Daltonics sistemleriyle kullanım için özellikle optimize edilmiş ve belgelendirilmiştir. www.bruker.com/care Dil: tr Düzeltme 2 (Ocak 2014)
1 Kullanım Amacı 2 2 Ürün Açıklaması 2 3 Kontrol, Depolama ve Stabilite 3 3.1 Varışta Kontrol 3 3.2 Varışta Depolama 3 3.3 Alikuot sonrası Depolama 3 4 Risk ve Güvenlik Bilgileri 3 5 Yazılım Gereksinimleri 4 6 IVD BTS Örnek Hazırlama Prosedürü 4 6.1 IVD BTS Standardının Çözünmesi İşlemi ve Alikuotların Hazırlanması 5 6.2 Bir MALDI Hedefi üzerinde IVD BTS Örneği Hazırlanması 5 7 Bruker MALDI-TOF Kütle Spektrometre Sisteminin IVD BTS Kullanılarak Kalibrasyonu 6 7.1 Kullanılan Kalibrasyon Noktaları 6 7.2 Kalibrasyon Prosedürleri 6 7.2.1 Manuel Kalibrasyon Prosedürü 6 7.2.2 Otomatik Kalibrasyon Prosedürü 9 8 Üretici 12 1 Kullanım Amacı IVD Bacterial Test Standardı, Bruker MALDI- TOF kütle spektrometrelerinin kalibrasyonu ve optimizasyonu için in-vitro bir tanımlama ürünüdür ve aynı zamanda insan numunelerinden yetiştirilen mikro organizmaların tanımlanmasında da performans kontrolü için kullanılır. 2 Ürün Açıklaması IVD Bacterial Test Standardı ('IVD BTS' olarak adlandırılır), MALDI- TOF kütle spektrumlarında karakteristik bir peptit ve protein profili gösteren, dikkatle üretilmiş Escherichia coli DH5 alfa ekstratı içermektedir. Ekstrat, IVD BTS tarafından kapsanan kütle aralığının üst sınırını genişleten iki ilave proteinle yüklenir. IVD BTS tarafından kapsanan toplam kütle aralığı 3,6 ila 17 kda'dır. Her tüp MALDI plakası üzerindeki 40 noktaya yeterli olacak miktarda malzemeyi içerir. Bu kit, bir in-vitro tanısal cihazdır. Sipariş Bilgileri Ürün Parça Numarası IVD Bacterial Test Standardı, 5 tüp # 8290190 veya # 290190 Sayfa 2 / 12 IVD Bacterial Test Standard Kullanım Talimatları Düzeltme 2
3 Kontrol, Depolama ve Stabilite 3.1 Varışta Kontrol IVD BTS paketi elinize ulaştığında kontrol edin. Hasar görmüşse, tüpleri kontrol edin. Eğer tüpler hasar görmüşse, IVD BTS kullanılmamalıdır. IVD BTS (tüpler ve paketi), Ürün Malzeme Güvenlik Veri Sayfasında özetlenen talimatları izleyerek atın ve değişim için Bruker Daltonik GmbH Hizmet Bölümü (biotyper.support@bdal.de) ile irtibat kurun. 3.2 Varışta Depolama 18 C IVD BTS ortam sıcaklığında sevk edilmiştir, ancak varış sonrası derhal 18 C veya altında depolanmalıdır. Kapalı IVD BTS için paket üzerindeki son kullanma tarihi, varıştan sonra 18 C veya altında depolandığında geçerlidir. 3.3 Alikuot sonrası Depolama IVD BTS kullanım öncesi çözünürleştirilmelidir. Çözünmüş IVD BTS nin alikuot edilmesini ve vidalı kapağı (Sarstedt, # 65.716.002) olan 0,5 ml vidalı kapaklı mikro tüplerde (örneğin, Sarstedt, # 72.730.003) dondurulmasını tavsiye ederiz.. 18 C Donmuş, çözülmüş IVD BTS 18 C veya altında 5 aya kadar depolanabilir. Zamanla, oksitlenme ürünleri tespit edilebilir. Bu oksitlenme ürünleri, spektrum kalitesini önemli ölçüde etkilemez. 4 Risk ve Güvenlik Bilgileri Bu ürün, Düzenleme (EC) No. 1272/2008'e göre sınıflandırılmamıştır ve dolayısıyla Kimyasalların Sınıflandırılması ve Etiketlenmesi Konusunda Küresel Uyumluluk Sistemi'ne (GHS) göre de sınıflandırılmamıştır. Üretici deneyimlerine göre, şartnamelere uygun olarak kullanıldığında ve çalışıldığında, ürünün zararlı bir etkisi yoktur. Ancak, tüm malzemeler bilinmeyen tehlikeler ihtiva edebilir ve dikkatle kullanılmalıdır. Daha fazla bilgi için, www.bruker.com/msds adresinden indirilebilen Malzeme Emniyet Veri Sayfasını okuyun. Bu kullanım kılavuzunda tanımlanan prosedürleri uygulayabilmek için ek kimyasallar gerekebilir. Tedarikçi firma tarafından sağlanan Malzeme Emniyet Veri Sayfasını dikkatlice okuyun ve kimyasal veya biyo- tehlikeli malzemeleri elinize alırken genel emniyet kurallarına uyun. Düzeltme 2 IVD Bacterial Test Standard Kullanım Talimatları Sayfa 3 / 12
5 Yazılım Gereksinimleri Belirli yazılım sürümlerinin/kombinasyonlarının IVD BTS yi desteklemesi için ücretsiz bir yazılım yaması gereklidir (bkz. Tablo 1). Kurulum desteği için lütfen yerel Bruker Daltonics Servis Ekibi ile iletişime geçin. Tablo 1 Yazılım yaması gereksinimleri Yazılım sürümü Compass Sürüm 1.4 1.3 1.2 1.1 1.0 Yazılım yaması gerekli mi? flexcontrol Sürümü 3.4 3.3 3.0 2.4 2.2 2.0 1.2 1.1 Hayır Hayır Evet Evet Evet Evet Evet Evet 6 IVD BTS Örnek Hazırlama Prosedürü Not İş akışınız kurallarla belirlenmiş IVD BTS örneği hazırlama yöntemleri içeriyorsa, aşağıdaki prosedür kullanılmamalıdır (örneğin: IVD MALDI Biotyper SOP). Başlangıç Notları Örneğin gereken şekilde hazırlanmaması, hassasiyet derecesini azaltacaktır ve düşük çözünürlük ve zayıf tekrarlanabilirliğe neden olacaktır. MALDI aracılığıyla iyonların üretilmesi, matriks maddesinin analitle ideal oranına bağlı olarak değişen bir durumdur. En iyi sonuçlar için, yeni hazırlanmış çözeltilerin ve mümkün olan en yüksek saflıktaki kimyasalların kullanılması önerilir (örn. CHROMASOLV LC-MS çözeltileri). Gerekli Kimyasallar ve Malzemeler IVD Matrix HCCA-portioned (# 8290200 veya # 290200) (IVD HCCA matriks olarak adlandırılır) veya Bruker Matrix HCCA, portioned (# 8255344 veya # 255344) (HCCA matriks olarak adlandırılır, HCCA = α-siyano-4-hidroksisinnamik asit), HCCA matriks Kullanım Talimatlarında açıklandığı şekilde hazırlanmalıdır. Bruker Daltonik GmbH tarafından test edilmiş ve IVD BTS'in çözünürleştirilmesi için tavsiye edilen Sigma-Aldrich (# 19182) standart solvent (asetonitril %50, su %47,5 ve trifloroasetik asit %2,5). Vidalı kapaklı (Sarstedt, # 65.716.002) vidalı kapaklı mikro tüpler (Sarstedt, # 72.730.003). Prosedür için seçilmiş olan tipte MALDI plakası. Gerekli Ekipman ve Araçlar Santrifüj, pipet, pipet uçları Sayfa 4 / 12 IVD Bacterial Test Standard Kullanım Talimatları Düzeltme 2
6.1 IVD BTS Standardının Çözünmesi İşlemi ve Alikuotların Hazırlanması 1. IVD BTS pelete 50 µl standart çözücü ekleyin ve oda sıcaklığında en az 20 defa yukarı ve aşağı pipetleyerek çözün. Çözeltinin köpüklenmesinden sakının! 2. Çözeltiyi 5 dakika inkübe edin ve ardından en az 20 defa yukarı ve aşağı pipetleyerek karıştırın. 3. Oda sıcaklığında, 2 dakika, 13.000 dev/dak'da santrifüjleyin. 4. Üst fazın alikuatından 5 µl yi vidalı kapaklı mikro tüplere pipet le ekleyin ve tüpleri sıkıca kapatın. 5. Alikuotları 18 C veya altında depolayın. 6.2 Bir MALDI Hedefi üzerinde IVD BTS Örneği Hazırlanması Not Donmuş IVD BTS alikuotları oda sıcaklığında çözdürülmelidir ve vidalı kapaklı mikro tüp parmakla hafifçe vurarak karıştırılmalıdır. Her bir 5 µl alikot, en az dört örnek noktası için yeterli malzemeyi içerir. Vidalı kapaklı mikro tüpler, IVD BTS örnekleri hazırlandıktan hemen sonra tüpün ağzı kapatılmalı ve 18 C veya altında depolanmalıdır. 1. MALDI hedefinin herhangi bir konumu üzerine 1 µl IVD BTS çözeltisi ekleyin. 2. IVD BTS örneğini oda sıcaklığında kurutun. 3. IVD BTS örnek noktasını kuruttuktan hemen sonra üzerine 1 µl IVD HCCA matriks çözeltisi ekleyin. IVD BTS örnek noktasının üzerinin IVD HCCA matriks çözeltisi ile kaplandığından emin olunuz. 4. Örneği oda sıcaklığında kurutun. Homojen bir preperasyon gözlenmelidir. Düzeltme 2 IVD Bacterial Test Standard Kullanım Talimatları Sayfa 5 / 12
7 Bruker MALDI-TOF Kütle Spektrometre Sisteminin IVD BTS Kullanılarak Kalibrasyonu 7.1 Kullanılan Kalibrasyon Noktaları Tablo 2 ±300 ppm kütle tolerans limiti ile kalibrasyon noktaları Protein Referans kütle (ortalama kütle) ± 300 ppm RL29 [M+2H] 2+ 3637,8 Da 3636,7 Da 3638,8 Da RS32 [M+H] + 5096,8 Da 5095,3 Da 5098,3 Da RS34 [M+H] + 5381,4 Da 5379,8 Da 5383,0 Da RS33meth [M+H] + 6255,4 Da 6253,5 Da 6257,3 Da RL29 [M+H] + 7274,5 Da 7272,3 Da 7276,7 Da RS19 [M+H] + 10.300,1 Da 10.297,0 Da 10.303,2 Da RNAse A [M+H] + 13.683,2 Da 13.679,1 Da 13.687,3 Da Miyoglobin [M+H] + 16.952,3 Da 16.947,2 Da 16.957,4 Da 7.2 Kalibrasyon Prosedürleri Hem manuel, hem de otomatik kalibrasyon prosedürleri mevcuttur. Manuel prosedür tüm flexcontrol sürümleri ile kullanılabilirken, otomatik prosedür için flexcontrol 3.3 veya üzeri gereklidir. 7.2.1 Manuel Kalibrasyon Prosedürü 1. IVD BTS örneği ile hazırlanan MALDI hedefini MALDI- TOF kütle spektrometresi içerisine yerleştirin. 2. flexcontrol'ün çalıştığından emin olun. 3. Ölçüm ve kalibrasyon için standart flexcontrol yöntemini MBT_FC.par (Doğrusal ve Pozitif mod) kullanın. 4. Toplam spektrumu, IVD BTS noktası üzerindeki farklı tarama konumlarından 6 x 40 lazer atımını toplayarak manuel olarak ölçün. İstenen her tarama konumu için, Start düğmesine tıklayın ve ardından Add düğmesine tıklayarak toplam 240 lazer atımını şeklinde gösterildiği gibi kaydedin. Lazer enerji seviyesi optimize edilmelidir. Sayfa 6 / 12 IVD Bacterial Test Standard Kullanım Talimatları Düzeltme 2
Opsiyonel: Alternatif olarak, bir toplam spektrum şu şekilde otomatik olarak ölçülebilir: AutoXecute sekmesine tıklayın Aşağı açılan Method listesinden MBT_AutoX autox yöntemini seçin (Şekil 1) Run method on current spot düğmesine tıklayın. Şekil 1 AutoXecute sekmesinin, otomatik toplam spektrum ölçümü için MBT_ AutoX yöntemi ile seçimi Bu, toplam spektrumunu otomatik olarak ölçer. 5. Mevcut olarak görüntülenen tekli spektrumu gizlemek için Single Buffer araç çubuğu düğmesine tıklayın. Bu, Sum Buffer araç çubuğu düğmesini etkinleştirir ve ölçülen toplam spektrumu görüntüler. 6. Smooth Spectrum araç çubuğu düğmesine tıklayarak toplam spektrumu düzgünleştirin (Şekil 2). Şekil 2 Düzgünleştirilmiş IVD BTS toplam spektrumu 7. Calibration sekmesine tıklayın ve aşağı açılır Mass Control List listesinden MBT_Standard kalibrasyon dosyasını seçin (Şekil 3). Şekil 3 Mass Control List i gösteren Calibration sekmesi 8. Doğru kalibrasyon piklerini otomatik olarak seçmek için Automatic Assign düğmesine tıklayın. Düzeltme 2 IVD Bacterial Test Standard Kullanım Talimatları Sayfa 7 / 12
9. Kalibrasyon piklerinin otomatik belirlenmesinin doğru çalışıp çalışmadığını kontrol edin. Kalibrasyon pik listesi, tüm piklerin belirlenmiş olduğunu ve herhangi bir pik için maksimum Err/ppm sapmasının ±300 ppm değerinden çok olmadığını göstermelidir (Şekil 4). Şekil 4 Tüm pikler belirlenmişken ve maksimum Err/ppm sapması tüm pikler için ±300 ppm değerinden azken kalibrasyon piklerinin otomatik belirleme sonucu Sonuca bağlı olarak, aşağıdaki gibi devam edin: Tüm pikler belirlenmişse ve tüm pikler için maksimum Err/ppm sapması ±300 ppm değerinden azsa, kalibrasyon piklerinin otomatik belirlenmesi başarılıdır. Adım (12) ile devam edin. Tüm pikler belirlenmişse, ancak piklerden herhangi biri için maksimum Err/ppm sapması ±300 ppm değerinin üzerindeyse, adım (4) ila (9)'u tekrarlayın. Piklerden bazıları belirlenmişse ve tüm pikler için maksimum Err/ppm sapması ±300 ppm değerinden azsa, adım (10) ile devam edin. Piklerden bazıları belirlenmişse, ancak piklerden herhangi biri için maksimum Err/ppm sapması ±300 ppm değerinin üzerindeyse, adım (4) ila (9)'u tekrarlayın. Piklerden hiçbiri belirlenmemişse, adım (11) ile devam edin. 10. Apply düğmesine tıklayın ve otomatik pik belirlenmesi işlemini Automatic Assign düğmesine tıklayarak tekrarlayın. Tüm piklerin belirlendiğini ve tüm pikler için maksimum Err/ppm sapmasının ±300 ppm değerinden az olduğunu kontrol edin. Tüm pikler belirlenmişse ve tüm pikler için maksimum Err/ppm sapması ±300 ppm değerinden azsa, kalibrasyon piklerinin otomatik belirlenmesi başarılıdır. Adım (12) ile devam edin. Tüm pikler belirlenmemişse veya piklerden herhangi biri için maksimum Err/ppm sapması ±300 ppm değerinin üzerindeyse, adım (4) ila (9)'u tekrarlayın. Sayfa 8 / 12 IVD Bacterial Test Standard Kullanım Talimatları Düzeltme 2
11. Spektrumda pikin sol tarafına tıklayarak m/z 6255,4 Da pikini manuel olarak seçin. Başarılı bir pik belirlemesi için, pikin yanındaki dikey çizgi kırmızıdan yeşile dönmelidir (ilişkili veri kalibrasyon pik listesine girilir). Apply düğmesine Automatic Assign düğmesine tıklayın ve otomatik pik belirlemesi işlemini tıklayarak tekrarlayın. Tüm piklerin belirlendiğini ve tüm pikler için maksimum Err/ppm sapmasının ±300 ppm değerinden az olduğunu kontrol edin. Tüm pikler belirlenmişse ve tüm pikler için maksimum Err/ppm sapması ±300 ppm değerinden azsa, kalibrasyon piklerinin otomatik belirlenmesi başarılıdır. Adım (12) ile devam edin. Tüm pikler belirlenmemişse veya piklerden herhangi biri için maksimum Err/ppm sapması ±300 ppm değerinin üzerindeyse, adım (4) ila (9)'u tekrarlayın. 12. Maksimum Err/ppm sapması ±300 ppm değerine sahip tüm pikler otomatik olarak belirlendikten sonra, Apply düğmesine tıklayın. 13. Yeni kalibrasyon değerlerini flexcontrol yönteminde (MBT_FC.par) kaydedin. Save method as araç çubuğu düğmesine tıklandığında, Save flexcontrol Method As diyaloğu açılır. Save düğmesine tıklayın. Doğrulama diyaloğunda Yes düğmesine basarak dosya ( MBT_FC.par ) değişimini doğrulayın (Şekil 5). Şekil 5 Belirtilen yöntem dosyasının değiştirilmesi hakkındaki doğrulama diyaloğu 7.2.2 Otomatik Kalibrasyon Prosedürü Not Otomatik kalibrasyon prosedürü için flexcontrol 3,3 veya üzeri gereklidir. 1. IVD BTS örneği ile hazırlanan MALDI hedefini MALDI- TOF kütle spektrometresine yerleştirin. 2. flexcontrol'ün çalıştığından emin olun. 3. Ölçüm ve kalibrasyon için MBT_ FC.par (Doğrusal ve Pozitif mod) standart flexcontrol yöntemini kullanın. Düzeltme 2 IVD Bacterial Test Standard Kullanım Talimatları Sayfa 9 / 12
4. flexcontrol yönteminin kalibrasyon ayarlarını ayarlamak veya kontrol etmek için Tools > Method Calibration Parameters (Şekil 6) sekmesini seçin. Not Kalibrasyon parametrelerinin ayarlanması sadece ilk (başlangıç) kalibrasyonunda gereklidir. Daha sonraki kalibrasyonlarda, sadece doğru autox yönteminin (MBT_AutoX) seçildiği kontrol edilmelidir. Şekil 6 Tools menüsünden Method Calibration Parameters komutu 5. Şekil 7'de gösterilen oto kalibrasyon parametre ayarlarını girin veya kontrol edin. Ardından, OK düğmesine tıklayın. Şekil 7 Edit Auto Calibration Parameters diyalog Sayfa 10 / 12 IVD Bacterial Test Standard Kullanım Talimatları Düzeltme 2
6. Calibration sekmesinde ( Şekil 3 ), Peak Assignment Tolerance parametresinin 1000 ppm maksimum değerine ayarlandığını kontrol edin (Şekil 8). Şekil 8 Peak Assignment Tolerance parametresi 7. Kalibrasyon prosedürüne başlamak için, Calibrate düğmesine tıklayın. Bir toplam spektrumu, IVD BTS noktası üzerinde farklı konumlardan 6 x 40 lazer atımının toplanmasıyla elde edilir ve kalibrasyon otomatik olarak tamamlanır. Başarılı bir kalibrasyondan sonra bir kalibrasyon bilgi diyaloğu açılır (Şekil 9). Kalibrasyonu tamamlamak için OK düğmesine tıklayın. Şekil 9 Kalibrasyon Bilgi diyaloğu 8. Kalibrasyon başarısız olursa, otomatik kalibrasyon prosedürü (4) ila (7) adımlarını tekrarlayın veya bölüm 7.2.1'de açıklanan manuel kalibrasyon prosedürünü takip edin. Düzeltme 2 IVD Bacterial Test Standard Kullanım Talimatları Sayfa 11 / 12
8 Üretici Bruker Daltonik GmbH Fahrenheitstraße 4 28359 Bremen Almanya Destek E-posta: biotyper.support@bdal.de Telefon: +49 (421) 2205-1401 Faks: +49 (421) 2205-106 Satış Bilgileri E-posta: care@bdal.de Telefon: +49 (421) 2205-0 Web: www.bruker.com/care # 8290190 veya # 290190 Açıklamalar ve teknik şartnameler, önceki tüm bilgilerin yerine geçer ve bildirim olmaksızın değişime tabidir. Telif hakkı 2014 Bruker Daltonik GmbH Sayfa 12 / 12 IVD Bacterial Test Standard Kullanım Talimatları Düzeltme 2