KARAR AĞAÇLARI VE FRAKTAL ANALİZ KULLANARAK HİSTOPATOLOJİK İMGELERİN SINIFLANDIRILMASI

Benzer belgeler
VERİ MADENCİLİĞİ (Sınıflandırma Yöntemleri) Yrd.Doç.Dr. Kadriye ERGÜN

Bulanık Mantık Tabanlı Uçak Modeli Tespiti

Web Madenciliği (Web Mining)

Uzaktan Algılama Uygulamaları

Elena Battini SÖNMEZ Önder ÖZBEK N. Özge ÖZBEK. 2 Şubat 2007

BİLECİK ŞEYH EDEBALİ ÜNİVERSİTESİ AKADEMİK ÖZGEÇMİŞ FORMU

SAYISAL GÖRÜNTÜ İŞLEME (Digital Image Processing)

SAYISAL GÖRÜNTÜİŞLEME (Digital Image Processing)

Ders Adı Kodu Yarıyılı T+U Saati Ulusal Kredisi AKTS

VERİ MADENCİLİĞİ (Karar Ağaçları ile Sınıflandırma) Yrd.Doç.Dr. Kadriye ERGÜN

Eğiticili (supervised) öğrenme: Sınıflandırma (classification) Sınıf sayısı ve bir grup örneğin hangi sınıfa ait olduğu bilinir

GÖRÜNTÜSÜ ALINAN BİR NESNENİN REFERANS BİR NESNE YARDIMIYLA BOYUTLARININ, ALANININ VE AÇISININ HESAPLANMASI ÖZET ABSTRACT

SAYISAL MODÜLASYON TANIMA SİSTEMLERİ İÇİN BAYES KARAR KURALLARI SINIFLANDIRICISININ KULLANIMI

GÖRÜNTÜLERİN RENK UZAYI YARDIMIYLA AYRIŞTIRILMASI SEGMENTATION OF IMAGES WITH COLOR SPACE

T.C. ERCİYES ÜNİVERSİTESİ MÜHENDİSLİK FAKÜLTESİ BİLGİSAYAR MÜHENDİSLİĞİ BÖLÜMÜ EĞİTİM ÖĞRETİM YILI DERS KATALOĞU

PROJEM İSTANBUL ARAŞTIRMA PROJESİ BİLGİSAYARLI GÖRÜ VE SINIFLANDIRMA TEKNİKLERİYLE ARAZİ KULLANIMININ OTOMATİK OLARAK BULUNMASI

DOKU TİPİ İMGELERİN SINIFLANDIRILMASI İÇİN BİR UYARLAMALI ENTROPİ TABANLI DALGACIK-YAPAY SİNİR AĞI SİSTEMİ

Dijital Görüntü İşleme Teknikleri

MÜFREDAT DERS LİSTESİ

TMMOB Harita ve Kadastro Mühendisleri Odası Ulusal Coğrafi Bilgi Sistemleri Kongresi 30 Ekim 02 Kasım 2007, KTÜ, Trabzon

ÖZGEÇMİŞ. 2. Doğum Yeri ve Tarihi : Washington DC - 22 Temmuz Derece Alan Üniversite Yılı Bilgisayar-Kontrol Marmara Üniversitesi

ÖZGEÇMİŞ. 1. Adı Soyadı : Olcay Taner Yıldız. 2. Doğum Tarihi : Unvanı : Doç. Dr. 4. Öğrenim Durumu :

Dijital Görüntü İşleme (COMPE 464) Ders Detayları

İleri Örüntü Tanıma Teknikleri Ve Uygulamaları İçerik

Kelebek Görüntülerin Sınıflandırılmasında Yeni Yerel İkili Örüntüler

DOKUZ EYLÜL ÜNİVERSİTESİ MÜHENDİSLİK FAKÜLTESİ DEKANLIĞI DERS/MODÜL/BLOK TANITIM FORMU. Dersin Kodu: CME 4410

Görüntü İşlemeye Giriş Introduction to Image Processing. Doç. Dr. Aybars UĞUR

MÜHENDİSLİK FAKÜLTESİ / ENSTİTÜSÜ / YÜKSEKOKULU BİLİŞİM SİSTEMLERİ MÜHENDİSLİĞİ BÖLÜMÜ /ABD LİSANS PROGRAMI - 2 ( yılı öncesinde birinci

A. SCI ve SCIE Kapsamındaki Yayınlar

Karaciğerde Oluşan Hastalıkların Tespitinde Makine Öğrenmesi Yöntemlerinin Kullanılması

ANKARA ÜNİVERSİTESİ MÜHENDİSLİK FAKÜLTESİ

MOD419 Görüntü İşleme

Web Madenciliği (Web Mining)

FIRAT ÜNİVERSİTESİ FEN BİLİMLERİ ENSTİTÜSÜ/YAZILIM MÜHENDİSLİĞİ (DR)

Sahne Geçişlerinin Geometrik Tabanlı olarak Saptanması

DEÜ MÜHENDİSLİK FAKÜLTESİ FEN ve MÜHENDİSLİK DERGİSİ Cilt: 7 Sayı: 3 s Ekim 2005

EGE ÜNİVERSİTESİ Bilgisayar Mühendisliği. Dr. Kemal YILMAZ, Prof. Dr. Aylin KANTARCI, Prof. Dr. Cezmi AKKIN

YZM 3217 YAPAY ZEKA DERS#10: KÜMELEME

Doküman dili tanıma için ikili örüntüler tabanlı yeni bir yaklaşım

COĞRAFİ BİLGİ SİSTEMLERİ YARDIMIYLA TRAFİK KAZALARININ TESPİTİNDE YENİ BİR VERİ ÖLÇEKLEME YÖNTEMİ: KOMŞU TABANLI ÖZELLİK ÖLÇEKLEME (KTÖÖ)

Electronic Letters on Science & Engineering 3 (2) (2007) Available online at

Eğitim seti (training set) sınıflandırma modelinin elde edileceği kayıtları içerir

İRİSTEN KİMLİK TANIMA SİSTEMİ

Yrd. Doç. Dr. Saygın ABDİKAN Öğretim Yılı Bahar Dönemi

KİNETİK MODEL PARAMETRELERİNİN BELİRLENMESİNDE KULLANILAN OPTİMİZASYON TEKNİKLERİNİN KIYASLANMASI

SİMÜLASYON-YAPAY SİNİR AĞI İLE ESNEK ÜRETİM SİSTEMİ TASARIMI

K-En Yakın Komşu Algoritması Parametrelerinin Sınıflandırma Performansı Üzerine Etkisinin İncelenmesi

AMAÇ Araçlardaki Kamera Sistemleri

ÖZGEÇMİŞ. 1. Adı Soyadı : Kamile ŞANLI KULA İletişim Bilgileri : Ahi Evran Üniversitesi, Fen Edebiyat Fakültesi, Adres Matematik Bölümü, KIRŞEHİR

Görev Unvanı Alan Üniversite Yıl Prof. Dr. Elek.-Eln Müh. Çukurova Üniversitesi Eylül 2014

Örüntü Tanıma (EE 448) Ders Detayları

ELEKTRİK-ELEKTRONİK MÜHENDİSLİĞİ DOKTORA YETERLİK SINAVI YÖNETMELİĞİ

Otomatik Diyet Gözetimi için Gıda İmgelerinin Anlamsal Bölütlemesi

TÜRKİYE NİN BİTKİ ÖRTÜSÜ DEĞİŞİMİNİN NOAA UYDU VERİLERİ İLE BELİRLENMESİ*

KABA KÜME TEORİSİ (Rough Set Theory) Dr. Sedat TELÇEKEN

Sayısal Yöntemler (COMPE 350) Ders Detayları

Araştırma Görevlisi İSMAİL ÇÖLKESEN

Ayrık Hesaplamalı Yapılar (COMPE 251) Ders Detayları

Bir Tek Nöron Kullanılarak Resimler Đçerisinde Göz Kısmının Bulunması

Bilgisayarla Görme (EE 430) Ders Detayları

2.1 Gri Düzey Eş Oluşum Matrisi ( GLCM) Gri düzey eş oluşum matrisi Haralick tarafından öne sürülmüştür [1]. Đstatistiksel doku analizi yöntemidir.

Mamogram Görüntülerinden Bilgisayar Destekli Kitle Teşhisi Sistemi. Computer-aided Mass Detection System Using Mamogram Images

BLM 4811 MESLEKİ TERMİNOLOJİ II Salı , D-109 Dr. Göksel Biricik

İstanbul Şehir Üniversitesi Bahar

GAZİOSMANPAŞA ÜNİVERSİTESİ FEN-EDEBİYAT FAKÜLTESİ/MATEMATİK BÖLÜMÜ/MATEMATİK PR.

ÖZGEÇMİŞ. Derece Alan Üniversite Yıl. Teknik Eğitim Fakültesi, Makina Eğitimi. Fen Bilimleri Enstitüsü, Makina Eğitimi A.B.

Dalgacık Dönüşümü ve Nötrozofi Yaklaşımı ile Gri Seviye Doku Görüntülerinin Bölütlenmesi

QUANTILE REGRESYON * Quantile Regression

POSITION DETERMINATION BY USING IMAGE PROCESSING METHOD IN INVERTED PENDULUM

Trafik Yoğunluk Harita Görüntülerinin Görüntü İşleme Yöntemleriyle İşlenmesi

İki Boyutlu Dalgacık Dönüşümü Kullanarak Ön Cepheden Çekilmiş İnsan Yüzü Resimlerini Tanıma Üzerine Yaklaşımlar

Uzaktan Algılama Teknolojileri

Dijital Sinyal İşleme (COMPE 463) Ders Detayları

ELİF DEMİRCİ HAMAMCIOĞLU

BULANIK C-ORTALAMA (FCM) ALGORİTMASINA DAYALI YENİ GÖRÜNTÜ BÖLÜTLEME SİSTEMİNİN GELİŞTİRİLMESİ

Plazma İletiminin Optimal Kontrolü Üzerine

İşaret ve Sistemler. Ders 1: Giriş

ÖZGEÇMİŞ. Derece Alan Üniversite Yıl

Bölüm 7 Renkli Görüntü İşleme

GÜR EMRE GÜRAKSIN AFYON KOCATEPE ÜNİVERSİTESİ MÜHENDİSLİK FAKÜLTESİ / BİLGİSAYAR MÜHENDİSLİĞİ BÖLÜMÜ / AFYONKARAHİSAR

Bölüm 4 Yoğunluk Dönüşümleri ve Histogram İşleme

MAK 210 SAYISAL ANALİZ

Yard. Doç. Dr. İrfan DELİ. Matematik

Geliştirilmiş Fisher Ayraç Kriteri Kullanarak Hiperspektral Görüntülerde Sınıflandırma

PARÇACIK SÜRÜ OPTİMİZASYONU (PSO) YÖNTEMİ İLE KIYI ÇİZGİSİ ÇIKARTILMASI: ERÇEK GÖLÜ ÖRNEĞİ

VERİ MADENCİLİĞİ VE SOSYAL AĞ ANALİZİ ARAŞTIRMA LABORATUVARI

Bilişim Sistemleri. Modelleme, Analiz ve Tasarım. Yrd. Doç. Dr. Alper GÖKSU

COURSES OFFERED FOR ERASMUS INCOMING STUDENTS

K En Yakın Komşu Methodu (KNearest Neighborhood)

SİNYAL TEMELLERİ İÇİN BİR YAZILIMSAL EĞİTİM ARACI TASARIMI A SOFTWARE EDUCATIONAL MATERIAL ON SIGNAL FUNDAMENTALS

Yrd. Doç. Dr. Saygın ABDİKAN Öğretim Yılı Bahar Dönemi

Kişilik, enerjiyi yönetebilme ve verimli kullanabilme kabiliyetinin bir göstergesidir. (A. Midilli)

NDEN BELİRLENEBİLME LME POTANSİYELİ UYDU GÖRÜNTÜLERİNDEN

Dr.Öğr.Üyesi UĞUR ŞEVİK

ÜÇ BOYUTLU M-BANTLI DALGACIK DÖNÜŞÜMÜ İLE TRAFİK TIKANIKLIĞININ BELİRLENMESİ

ANKARA ÜNİVERSİTESİ A ÖĞRENCİ İŞLERİ DAİRE BAŞKANLIĞI

BCA605 Bilgisayar Oyunlarında Yapay Zeka

Hafta 1 Sayısal Görüntü İşlemeye Giriş ve Temel Adımlar

İkili (Binary) Görüntü Analizi

CBS ve Coğrafi Hesaplama

Transkript:

Gazi Üniv. Müh. Mim. Fak. Der. J. Fac. Eng. Arch. Gazi Univ. Cilt 22, No 4, 753-758, 2007 Vol 22, No 4, 753-758, 2007 KARAR AĞAÇLARI VE FRAKTAL ANALİZ KULLANARAK HİSTOPATOLOJİK İMGELERİN SINIFLANDIRILMASI İbrahim TÜRKOĞLU ve Suat TORAMAN Elektronik ve Bilgisayar Eğitimi Bölümü, Teknik Eğitim Fakültesi, Fırat Üniversitesi, 23119, Elazığ iturkoglu@firat.edu.tr, sxtoraman@hotmail.com (Geliş/Received: 11.10.2006; Kabul/Accepted: 24.08.2007) ÖZET Bu çalışmada, histopatolojik imgelerden çeşitli hastalıkların tanınması işleminde, hekime yardımcı olacak ve kolaylık sağlayacak bir karar destek sistemi tasarlanmıştır. Geliştirilen karar destek sistemi, örüntü tanıma temellidir. Örüntü tanıma sürecinin, özellik çıkarım aşaması Fraktal analiz ve sınıflandırma aşaması içinse karar ağaçları kullanılmıştır. Hepatitli hastaların histopatolojik imgeleri ile geliştirilen sistemin başarısı değerlendirilmiştir. 50 hasta verisi üzerinde geliştirilen sistemin doğruluk yüzdesi %92 olarak bulunmuştur. Anahtar Kelimeler: Örüntü tanıma, histopatoloji, fraktal analiz, karar ağaçları, uzman sistem. HISTOPATHOLOGICAL IMAGES CLASSIFICATION BY USING DECISION TREES AND FRACTAL ANALYSIS ABSTRACT In this study, a decision support system is designed which helps the physicians and facilitates their works for detection of various diseases from histopathological images. The developed decision support system is based on pattern recognition. The feature extraction stage of the pattern recognition system is realized by using fractal analysis and a decision tree classifier is used for classification stage. The performance of the proposed pattern recognition system is evaluated with the histopathological images which are taken from hepatic patients. The correct classification rate is 92 % for 50 patient s data. Keywords: Pattern recognition, histopathology, fractal analysis, decision trees, expert system. 1.GİRİŞ (INTRODUCTION) İmge(görüntü, resim), bir nesnenin sunumudur. İmge işleme ise bir imgeden başka bir imgenin elde edilmesi için kullanılan tekniklerin bütünüdür. İmge işleme teknikleri, imgenin insan veya bilgisayar tarafından anlaşılabilmesi yada yorumlanabilmesini sağlamak için kullanılır. İmge işleme, imge ile ilgili üç temel problemin çözümü için geliştirilmiştir [1]. Bunlar; Veri transferinin kolaylaştırılması için imge sayısallaştırma, kodlama ve depolama İmge zenginleştirme ve iyileştirme, Makine görmesinin ilk basamağını oluşturan imge bölütlemedir. Bölütleme işlemi, imgedeki herhangi bir nesneyi veya imgenin herhangi bir parçasının arka plandan ayrılmasıdır [2]. Bölütleme işleminin önemi, daha sonra yapılacak birçok imge işleme algoritmalarında kullanılmasından kaynaklanmaktadır. İmge bölütleme işlemi birçok alanda başarıyla uygulanmıştır ve literatürde kullanılan birçok yönteme rastlanmaktadır [3-8]. Bölütleme işlemi sonrasında gerçekleştirilecek sınıflandırma işlemi için, özellik çıkarımı yapılmaktadır. Fraktal Analiz yöntemi özellik çıkarma süreçlerinde kullanılmaktadır. Fraktal Analiz, Euclidean geometrisi kullanarak tanımlamanın imkânsız olduğu çoğu doğal yapıların biçimlerini karakterize etmek için kullanılan düzensiz geometrik yapılardır [9]. Fraktal analiz değişik alanlarda başarı ile uygulanmıştır. Tıp alanında dokularda oluşan kütleyi belirlemede [10], göğüs ultrason imgelerinin sınıflandırılmasında [11], yaşlı insanların kalp atış değişkenliğinin ve ölüm oranının belirlenmesinde [12] ve IP ağ trafiğinin analizinde [13] uygulamaları mevcuttur.

İ.Türkoğlu ve S. Toraman Karar Ağaçları ve Fraktal Analiz Kullanarak Histopatolojik İmgelerin Sınıflandırılması Örüntü tanıma tekniğinin diğer bir basamağı ise sınıflandırma işlemidir. Sınıflandırma işlemi, imgenin hangi gruba ait olduğunun belirlenmesi sürecidir. Kaliteli bir sınıflandırma işleminin yapılabilmesi, önceki adımların doğruluğuna bağlıdır. Bu nedenle, imge işlemenin ilk aşamalarında yapılacak bir hata, imge sınıflandırma basamağının yanlış sonuç üretmesine neden olacaktır. İmge sınıflandırma işlemi birçok alanda başarı ile uygulanmıştır. Tıp alanında hücrelerin sınıflandırılmasında [6-14], kalp sinyallerinin sınıflandırılmasında [15], uydudan çekilen kent resimlerinin tanınmasında [16,17] kullanılmıştır. Sınıflandırma işlemini için literatürde birçok yönteme rastlanmaktadır. Bu yöntemlerden birisi de karar ağaçları sınıflandırıcısı dır. Karar ağaçları, öğrenme sürecinin ayrık değerli hedef fonksiyonunu tahmin etmek için kullanılan bir metottur [18]. Bu çalışmada, fraktal analiz ile özellik çıkarma ve karar ağaçları ile imge sınıflandırma uygulaması yapılmıştır. Uygulama için hepatitli histopatolojik imgeler kullanılmıştır. Bilgisayar ortamına aktarılan herhangi bir doku imgesinin hepatitli bir dokuya ait olup olmadığı imgenin fraktal boyutuna bakılarak tespit edilmektedir. 2. TEORİK BAKIŞ (THEORETICAL VIEW) Bu bölümde, sunulan histopatolojik imgeleri sınıflandırma sistemi için teorik esaslar alt bölümler halinde verilmektedir. 2.1.Örüntü Tanıma (Pattern Recognition) Örüntü tanıma, insanların çeşitli ses, görüntü ve benzeri tüm örüntülerin biçimsel şekillerinden çıkardıkları dilsel şekillendirmedir. Aslında, örüntü tanıma bilimin, mühendisliğin ve günlük hayatın geniş bir alanındaki etkinlikleri kapsamaktadır. Örüntü tanıma uygulamalarını insanların yaşantısında da görebiliriz: hava değişimin algılanması, binlerce çiçek, bitki, hayvan türünü tanımlama, kitap okuma, yüz ve ses tanıma gibi bulanık sınırlara sahip birçok etkinlikte örüntü tanıma kullanılır. İnsan örüntü tanıması, geçmiş tecrübelere dayalı öğrenme esaslıdır. Böylece, insanlar pratikte karşılaştığı örüntü tanıma olaylarını tecrübeleri ışığında değerlendirebilme yeteneğine sahiptirler. Belirli bir sesi tanımak için kullanılan kuralları tanımlamak mümkün değildir. İnsanlar bu işlemlerin birçoğunu oldukça iyi yapmalarına rağmen, bu işlemleri daha ucuz, iyi, hızlı ve otomatik olarak makinelerin yapmasını arzularlar. Örüntü tanıma, böyle akıllı ve öğrenebilen makineleri gerçekleştirmek için, çok boyutlu bir mühendislik disiplinidir [19]. Örüntü tanıma kavramı, Şekil 1. de gösterildiği gibi iki önemli birimden oluşmaktadır: Özellik Çıkarma/Seçme: İşaret ve görüntünün veri boyutunun indirgendiği, tanımlayıcı anahtar özelliklerinin tespit edildiği ve aynı zamanda normalizasyona tabii tutulduğu aşamadır. Sistemin başarımında en etkili rolü oynar. Sınıflandırma: Çıkarılan özellik kümesinin indirgendiği ve formüle edildiği tanımlayıcı karar aşamasıdır. örüntü özellik çıkarma/seçme 2.2. Histopatolojik İmgeler (Histopathological Images) Histopatoloji, doku ve organların doğal yapısında oluşan lezyonların mikroskobisini inceleyen bir bilim dalıdır [20]. Hızla gelişen teknolojiden tıp bilimi de faydalanmaktadır. Bilgisayar teknolojisinin, özellikle bazı işlemleri hızlı yapması ve zamandan tasarruf sağlaması önemini arttırmıştır. Tıbbi imgelerin sayısal ortama aktarılmasında, mikroskoplara bağlanan sayısal kameralar kullanılmaktadır. Mikroskop altında çekilen resimlere, histopatolojik imge denilmektedir. Histopatolojik imgelere literatürde, mide tahrişlerini tespit edilmesi [20], gözdeki damar çatlaklarını belirlenmesi [3] gibi çalışmalarda karşılaşılmaktadır. 2.3. Fraktal Analiz (Fractal Analysis) sınıflandırma sınıflar Şekil 1. Örüntü tanıma sistemi (Pattern recognition system) Fraktallar, öklid geometrisi kullanarak tanımlamanın imkânsız olduğu çoğu doğal yapıların biçimlerini karakterize etmek için kullanılan düzensiz geometrik yapılardır. Fraktal geometrinin bir başka önemli özelliği de, fraktal boyut olarak adlandırılan bir matematiksel parametredir. Bu nesne kadar büyütülürse büyütülsün ya da bakış açısı ne kadar değiştirilirse değiştirilsin, hep aynı kalan fraktaların bir özelliğidir. Fraktal boyut, biçim, doku, sayı, renk, tekrarlanma, benzerlik, rassallık, düzenlilik ve heterojenlik gibi bir imgenin veya olayın özelliklerini tanımlamakta kullanılan tanımlayıcı özellikleri nicelleştirir [21]. Bu nedenle, fraktal boyut birçok medikal doku özelliklerini yorumlamakta kullanılan bir özellik aracı olmuştur [7]. En yaygın fraktal boyut hesaplama yöntemi olarak kutu sayma yöntemi kullanılmaktadır. Bu yöntemde şekil veya görüntü belirli bir büyüklükteki kutularla kaplanır. Kutuların farklı ölçekleri için her defasında şeklin bir parçasının bulunduğu kutu sayıları sayılır ve kutu ölçekleri ile dolu kutu sayılarına log-log en küçük kareler uygulanır. Bulunan denklemin eğimi fraktal boyut olarak tanımlanır. Kutu sayma yöntemi, öz-benzeşim boyutları ile ilgilidir ve birçok durumda aynı sayıyı verir. Benzer yapılarda ölçeklendirme faktörü r ve kutu sayısı N(r) arasında Denklem 1 deki gibi bir ilişki vardır. 754 Gazi Üniv. Müh. Mim. Fak. Der. Cilt 22, No 4, 2007

Karar Ağaçları ve Fraktal Analiz Kullanarak Histopatolojik İmgelerin Sınıflandırılması İ. Türkoğlu ve S. Toraman log( N( r)) D f = (1) log(1/ r) Kural 1 İmge, r ölçeklendirme faktörüne bölünür ve aynı özellikte olan kutu sayıları sayılır. Ölçeklendirme faktörü r küçültülerek işlem devam ettirilir. Bu süreçte her r değeri için, kutu sayıları belirlenir. r ölçeklendirme faktörünün kutu sayılarına göre grafiği çizdirilir. Grafikten elde edilen eğim, imgenin fraktal boyutunu (Df )verir [22]. Evet Karar 1 Hayır Kural 2 Fraktal boyutun kullanımı, benzer veya farklı özelliğe sahip örüntülerin belirlenmesi açısından önemli kolaylıklar sağlamaktadır [23]. Bunlar; Evet Hayır Fraktal boyut aşırı derecede duyarlı bir ölçüdür. Fraktal boyut eğer grafiğin şekli değişirse, aritmetik ortalama ve standart sapmanın sabit kaldığı durumlarda da değişir. Fraktal boyut yöntemi, diğer yöntemlere göre daha yüksek korelasyon katsayısına sahiptir. 2.4. Karar Ağaçları (Decision Trees) Tahmin edici ve tanımlayıcı özelliklere sahip olan karar ağaçları, veri madenciliğinde kuruluşlarının ucuz olması, yorumlanmalarının kolay olması, veri tabanı sistemleri ile kolayca entegre edilebilmeleri ve güvenilirliklerinin daha iyi olması nedenleri ile sınıflama modelleri içerisinde en yaygın kullanıma sahiptir [24]. Karar ağacı temelli analizlerin yaygın olarak kullanıldığı sahalar: belirli bir sınıfın muhtemel üyesi olacak elemanların belirlenmesi, çeşitli vakaların yüksek, orta, düşük risk grupları gibi kategorilere ayrılması, gelecekteki olayların tahmin edilebilmesi için kurallar oluşturulması ve parametrik modellerin kurulmasında kullanılmak üzere çok miktardaki değişken ve veri kümesinden faydalı olacakların seçilmesi. Karar ağaçlarını oluşturacak kuralların yapısal biçimi Tablo 1 de verilmiştir. Karar 2 Kural N Şekil 2. Karar ağacı yapısı (Structure of decision tree) 3. Geliştirilen Yöntem (Developed Method) Şekil 3 de geliştirilen histopatolojik imge örüntüsü tanıma sisteminin yapısı sunulmuştur. Geliştirilen yöntemin üç aşaması bulunmaktadır. Birinci aşamada, histopatolojik imgelerin alınması ve Shannon Entropi yöntemi ile bölütlemeye [25] tabi tutulduğu ön-işlem süreci bulunmaktadır. İkinci aşamada, histopatolojik imgelerin fraktal analiz ile karakterize edilmekte, özelliklerinin çıkarımı ve seçimi gerçekleştirilmektedir. Son aşamada ise, özellik çıkarma sürecinde elde edilen bilgiler ile birlikte uzman hekimin imge üzerindeki teşhis değerlendirmesi esas alınarak oluşturulan karar ağacı ile sınıflama yapılmaktadır. Burada her bir karar sınıfı Ω ile gösterilirken, Ψ ise her bir sınıfa ulaşan sonucu göstermektedir. Şekil 2 de karar ağacı yapısı görülmektedir. Karar ağaçlarının, diğer sınıflama tekniklerine (yapay sinir ağı, bulanık mantık, Bayes tekniği, v.b.) göre en önemli üstün tarafı, bilgiden çıkarılan kuralın anlaşılır bir şekilde yazılabilmesidir. Ayrıca, karar ağaçlarının kuralları kesinlik belirtirken, diğerleri yaklaşımsal sonuçlar üretmektedirler [18]. Tablo 1. Kural üretme (Rule extraction) Eğer (kural1) ise (karar1) Değilse (kural2) ise (karar2) kural = <a1> ve ve <an> karar = Ψ, ΨЄ [ Ω 1.Ω m ] Şekil 3. Histopatolojik imgeleri değerlendirme sistemi (The evaluation system of histopathological images) Gazi Üniv. Müh. Mim. Fak. Der. Cilt 22, No 4, 2007 755

İ.Türkoğlu ve S. Toraman Karar Ağaçları ve Fraktal Analiz Kullanarak Histopatolojik İmgelerin Sınıflandırılması Şekil 3 deki yapı esas alınarak önerilen sistemin her bir süreci için MATLAB bilgisayar ortamında (Ver. 5.3, The MathWorks Inc.) yazılımlar geliştirilmiştir. 3.1. İmgelerin Alınması (Image Acquisition) Uygulamada kullanılan histopatolojik imgeler, Fırat Üniversitesi, Fırat Tıp Merkezi, Patoloji bölümünden alınmıştır. Bu histopatolojik imge örüntüleri, hepatitli hastalardan alınan karaciğer dokularının mikroskop altında çekilen resimleridir. İmgelerin alınmasında Olympus BX-50 ışık mikroskobuna bağlı, Olympus C-4000Z sayısal fotoğraf makinesi kullanılmıştır. Alınan sayısal imgelerin çözünürlük değerleri 2288x1712 piksel ve 72 dpi dir. Çözünürlük değerinin yüksek olması bölütleme işleminin daha iyi olmasını sağlamaktadır. 3.2. Özellik Çıkarma (Feature Extraction) Özellik çıkarma örüntü tanıma sistemlerinin en önemli basamaklarından biridir. İmgenin tanımlayıcı anahtar özelliklerinin tespit edildiği ve aynı zamanda normalizasyona tabii tutulduğu aşamadır. Örüntü sınıfları arasında ayrımı gerçekleştirmek için örüntü özelliklerinin çıkarılması gerekir. Histopatolojik imgeler için geliştirilen ön-işlem sürecini (1, 2 ve 3 adım) takiben özellik çıkarma yapısı aşağıdaki adımlardan oluşmaktadır. Adım-1: İmge gri seviyeye dönüştürülür (Şekil 4). (a) (b) Şekil 4. (a) Hepatitli İmge (Hepatitis image) (b)hepatitsiz İmge (Non-hepatitis image) Adım-2:Gri seviyedeki her pikselin olasılık değeri p( belirlendikten sonra imgeyi bölütleyecek en iyi eşikleme değeri Shannon Entropi yöntemi Denklem 2 ile elde edilir [23] (Şekil 5). s l 1 1 p( p( p( p( H ( s) = log log = = + (2) g 0 Ps Ps g s 1 1 Ps 1 Ps Adım-3:Elde edilen eşikleme değeri kullanılarak imge bölütlenir (Şekil 6). 1 0 f ( x, y) H ( s) p ( x) = (3) 1 1 f ( x, y) H ( s) Eşik Değeri: 110 Eşik Değeri: 138 Şekil 6. Bölütlenmiş imgeler (Image segmentation) Adım-4:Bölütleme işleminden geçirilen imgenin Fraktal boyutunu bulmak için, imge r ölçeklendirme faktörüne bölünür ve aynı özellikte olan kutu sayıları (N(r)) sayılır. Ölçeklendirme faktörü r küçültülerek işlem devam ettirilir [8,22]. Her ölçeklendirme faktörü r değeri için kutu sayıları belirlenir (Tablo 2). Ölçeklendirme faktörü r ve N(r) kutu sayısı değerleri belirlenen imgelerin Fraktal boyutlarını bulmak için Şekil 7 deki gibi grafiği çizdirilip Denklem (1) de değerler yerine konularak fraktal boyut bulunur. Bu işlemler her imge için tekrarlanarak, imgelerin özellik çıkarımı gerçekleştirilir. Tablo 2. Ölçeklendirme faktörü: r - Kutu sayısı:n(r) (Scaling factor: r Box number: N(r)) r 2 4 8 16 32 64 128 Df N(r) Hepatitli Şekil 7.a N(r) Hepatitsiz Şekil 7.b 2912 1157 447 153 42 9 1-0,8688 1928 797 346 132 42 9 1-0,0915 3.3. Sınıflandırma (Classification) Sınıflandırma işleminin amacı fraktal analiz kullanılarak elde edilen özellik çıkarım metodunun etkinliğini göstermektir. Bu amaçla özellik vektörü yardımı ile Şekil 4. deki imgelerin hepatitli veya normal olarak Tablo 3 de verilen kural yapısına göre çalışan karar ağacı sınıflayıcısı ile sınıflandırılması gerçekleştirilmiştir. Sınıflandırma işlemi için 25 adet hepatitli ve 25 adet hepatitsiz imge kullanılmıştır. Sınıflandırma işleminin sonuçları, Tablo 4 de görülmektedir. Eşik Değeri: 110 Eşik Değeri: 138 Şekil 5. İmgelerin eşik değerleri (Threshold values of images) 756 Gazi Üniv. Müh. Mim. Fak. Der. Cilt 22, No 4, 2007

Karar Ağaçları ve Fraktal Analiz Kullanarak Histopatolojik İmgelerin Sınıflandırılması İ. Türkoğlu ve S. Toraman (a) Hepatitli imge (Hepatitis image) Tıbbi alanlarda örüntü tanıma temelli olarak geliştirilen imge değerlendirme sistemi ile histopatolojik imgelerin yorumlanmasında büyük kolaylıklar sağlanacaktır. Şöyle ki; böyle bir bilgisayarlı imge örüntüsü değerlendirme sisteminin yardımı ile imgelerin analiz ve sınıflandırılması sayesinde çeşitli hastalıkların tanı bulma süreçlerinde hekimlere daha güvenilir ve sağlıklı veriler sunulması sağlanarak, tanı koymada önemli bir yardımcı unsur olarak karar destek sistemleri gerçekleştirilebilir. Geliştirilen bu sistem ile histopatolojik imgelerin değerlendirilmesinin yanı sıra, tıbbi alanda (mikrobiyoloji, biyokimya, v.s.) benzer imgelerin analizine de uygulanabilecektir. TEŞEKKÜR (ACKNOWLEDGEMENT) Histopatolojik imgeleri bize sağlayarak değerlendirmesine yardımcı olduğu için Prof. Dr. İbrahim ÖZERCAN a (Fırat Üniversitesi, Fırat Tıp Merkezi, Patoloji Bölümü) teşekkür ederiz. Bu çalışma Fırat Üniversitesi tarafından desteklenmiştir (Proje No: FÜBAP-985). KAYNAKLAR (REFERENCES) (b) Hepatitsiz imge (Non-hepatitis image) Şekil 7. Ölçeklendirme faktörü - Kutu sayısı grafiği (Graphics of Scaling factor: Box number) Karar kuralı çıkarmada fraktal boyutu karşılaştırmak için kullanılan -0.0900 değeri, uzman hekimin tanı bulguları sonucunda ortaya çıkan bir referans değeridir. Tablo 3. Kural yapısı (Structure of Rule) Eğer (Df > -0.0900) ise (Ψ = Hepatitli) Değilse (Ψ = Hepatitsiz) Tablo 4. Karar ağacı ile sınıflandırma (Classification with decision tree) Hepatitsiz Hepatitli Toplam Örnek Sayısı 25 25 Doğru Sınıflandırma 22 24 Yanlış Sınıflandırma 3 1 Ortalama tanıma yüzdesi % 88 96 4. SONUÇ VE DEĞERLENDİRME (RESULT AND EVALUATION) Geliştirilen bu sınıflama yapısı ile insanların karaciğer dokularından alınan parçaların imgelerinin fraktal analizi ile bulunan fraktal boyutlarının, uzman hekimin tanı süreci içerisinde anlamlı bir bulgu olduğu ortaya çıkarılmıştır. Bu amaçla, fraktal analiz sonuçları ile hekim tanı bulgusu ışığında teşhise yön verecek kurallar bulunarak, karar ağacının yapısı içerisine yerleştirilmiştir. 1. Pitas I., Digital image processing algorithms and applications, John Wiley&Sons Inc., 2000. 2. Gonzalez R.C., Woods R.E., Digital image processing, Prentice Hall, 2002. 3. Giansanti R., Fumelli P., Passerini G.,et al., Imaging system for retinal change evaluation, IPA97 Conference, Pub.No. 443, 1997. 4. Kara S., Şener F., Okandan M., et al., Patolojik doku örneklerinin bilgisayar tabanlı analizi, 246-249, SIU, 2003. 5. Petersen M.E., Arts T., Recognition of radiopaque markers in X-ray images using a neural network as nonlinear fitler, Pattern Recognition Letters, 20(5), 521-533, May, 1999. 6. Esgiar A.N., Sharif B.S., Naguib R.N.G., et al., Texture descriptions and classification for pathological analysis of cancerous colonic mucosa, 7th International Conference on Image Processing And Its Applications, 1(13-15), 335-338, 1999. 7. Bauer W., Mackezie C.D., Cancer detection via determination of fraktal cell dimension, Pattern Formation and Solitons, 9506003, 07/1995. 8. Esgiar A.N., Naguib R.N.G., Sharif S., et al., Fraktal Analysis in the Detection of Colonic Cancer Images, IEEE Transactıons on Informatıon Technology in Bıomedıcıne, 6(1), March 2002. 9. Tzanakou E.M., Supervised and unsupervised pattern recognition, CRC Press LLC, 2000. 10. Rangayyan R. M., Nguyen T. M., Pattern classification of breast masses via fraktal analysis of their contours, International Congress Series, 1281, 1041-1046, 2005. Gazi Üniv. Müh. Mim. Fak. Der. Cilt 22, No 4, 2007 757

İ.Türkoğlu ve S. Toraman Karar Ağaçları ve Fraktal Analiz Kullanarak Histopatolojik İmgelerin Sınıflandırılması 11. Chen D., Chang R., Chen C., et al., Classification of breast ultrason images using fraktal feature, Journal of Clinical Imaging, 29, 235-245, 2005. 12. Hotta N., Otsuka K., Murakami S., et al., Fraktal analysis of heart rate variability and mortality in elderly community-dwelling people Logitudinal Investigation fort he Longevity and Aging in Hokkaido County (LILAC) study, Biomedicine & Pharmacothcrapy, 59, 45-48, 2005. 13. Masugi M., Multi-fraktal analysis of IP-network traffic based on a hierarchical clustering approach, Communications in Nonlinear Science and Numerical Simulation, 12(7), 1316-1325, 2006. 14. Huang K., Murphy R.F., Automated classification of subcellular patterns in multicell images without segmentation inti single cells, IEEE Transactions on Medical Imaging, 12(3), 478 485, 1993. 15. Türkoğlu İ., Arslan A., İlkay E., Kalp kapak hastalıklarının teşhisi için bir karar destek sistemi, Sakarya Üniversitesi, Fen Bilimleri Enstitüsü Dergisi, 6(2), 57-64, Temmuz, 2002. 16. Dell Acqua F., Gamba P., Trianni G., Semiautomatic choice of scale-dependent features for satellite SAR image classification, Pattern Recognition Letters, 27, 244-251, 2006. 17. Gamanya R., De Maeyer P., De Dapper M., An automated satellite image classification desing using object-oriented segmentation algorithms:a move towards standardization, Expert Systems with Applicatons, 32(2), 616-624, 2007. 18. Mitchell T.M., Machine learning, MIT press and the McGraw-Hill Companies Inc., Singapore, 1997. 19. Türkoğlu İ., Arslan A., ve İlkay E., A pattern recognition system for diagnose of the heart mitral valve diseases based on wavelet packet and neural network, Fırat Üniversitesi Fen ve Mühendislik Bilimleri Dergisi,14(1),1-10, 2002. 20. Yenerman M., Genel Patoloji, Nobel Tıp Kitabevleri, İstanbul, 1994. 21. Herbert J.F., Cameron J.L., Matthew W.D., Is There Meaning in Fractal Analysis?, Complexity International, 6, 1999. 22. Foroutan-pour K., Dutilleul P., Smith D.L., Advances in the implementation of the boxcounting method of fraktal dimension estimation, Applied mathematics and computation, 105, 195-210, 1999. 23. Gürsakal N., Oğuzlar A., Şentürk A., Döviz Kuru Grafiklerinin Fraktal Boyutlarının Belirlenmesi, III. Ulusal Ekonometri ve İstatistik Sempozyumu Bildirileri, Bursa, 1997 24. Sugumaran V., Muralidharan V., Ramachandran K.I., Feature selection using Decision Tree and classification through Proximal Support Vector Machine for fault diagnostics of roller bearing, Mechanical Systems and Signal Processing, 21(2), 930-942, 2007. 25. Karmeshu, Entropy Measures, Maximum Entropy Principle and Emerging Applications, SpringerVerlag, Berlin Heidelberg, NewYork, 2003. 758 Gazi Üniv. Müh. Mim. Fak. Der. Cilt 22, No 4, 2007