Enfeksiyon etkenlerinin Asellüler Prionlar Viroidler Viruslar Çok hücreliler Mantarlar Helmintler Artropotlar sınıflandırılması Tek hücreliler Prokaryotikler Bakteriler Klamidyalar Mikoplazmalar Riketsiyalar Ökaryotikler Mantarlar Protozoonlar
Mikroorganizmalar protista (tek hücreli hayvan veya bitki) aleminin üyesidirler. Bakteriler, mantarlar, protozoonlar ve helmintleri içerirler. Protistalar prokaryot ve ökaryot olarak iki gruba ayrılırlar. Bakteriler prokaryotik hücre yapısına sahipken, mantar ve protozoonlar (tek hücreli en küçük hayvan organizmaları) ökaryotik yapıdadır. Helmintler hayvanlar alemine dahildir. Virüsler tamamen farklı bir gruptur. Bunlar hücre değilse de sadece hücrelerin içinde çoğalırlar. Işık mikroskobunda görülmezler. En küçük enfeksiyöz partiküllerdir.
Tıbbi açıdan önemli mikroorganizmaların karşılaştırılması Özellikler Virüsler Bakteriler Mantarlar Protozo onlar Hücre --- Var Var Var Ortalama ölçüler (nm) Nükleik asit 0.02-0.2 1-5 3-10 15-20 protozoon DNA veya RNA DNA+RNA DNA+RNA RNA+RNA Çekirdek tipi Yok Prokaryotik Ökaryotik Ökaryotik Ribozom Yok Var Var Var Mitokondri Yok Yok Var Var Hareket Yok Bazılarında var Yok Pekçoğunda var
Bakteri (Gram-pozitifler) Koklar Staphylococcus Streptococcus Peptostreptococcus Enterococcus Lactococcus Peptostreptococcus Basiller Bacillus Clostridium Lactobacillus Actinomyces Nocardia Rhodococcus Mycobacterium Corynebacterium
Bakteri (Gram-negatifler) Koklar Neisseria Moraxella Basiller Escherichia, Citrobacter Salmonella, Shigella Klebsiella, Enterobacter Proteus, Providencia Aeromonas, Pseudomonas Acinetobacter (Değişken) Stenotrophomonas Brucella Legionella Vibrio
Viruslar DNA ya da RNA içerirler. Nükleik asit protein bir kılıf ile çevrilidir. Bazı viruslar zarfa da sahiptir. Zarf lipid tabakası ve virusa özgü proteinlerden oluşur. Canlı hücrelerde çoğalabilirler. Replikasyon yoluyla çoğalırlar. Antibiyotiklere duyarlı değildirler. Interferona duyarlıdırlar.
MİKROORGANİZMALARIN SINIFLANDIRILMASI Bakterileri sınıflandırmada birçok kriter temel olarak kabul edilmiştir. Bunlar arasında en çok kullanılanları; Morfoloji, Fizyoloji, Antijenik yapı, Numerik taksonomi ve DNA kompozisyonu'dur.
A- Morfolojik özelliklerine göre : Bu sınıflandırmada bakterilerin boyanma özellikleri ile mikroskopik morfolojileri esas alınmaktadır. Gram boyama yöntemi (Christian Gram - 1884) ile bakteriler iki kısma ayrılmaktadır: 1- Gram pozitifler : Gram yöntemi ile boyandıktan sonra mikroskop altında mor renkte görülen mikroorganizmalara Gram pozitif mikroplar denir (B. anthracis, S. aureus v.s.).
2- Gram negatifler : Aynı boyama yöntemi sonunda mikroskop altında pembe renkte görülen mikroorganizmalara Gram negatif mikroplar denir (E. coli, B. abortus v.s.). Bakteriler mikroskopta görülen şekillerine göre de başlıca 4 kısma ayrılırlar: 1- Yuvarlak şekilli bakteriler 2- Çomak şekilli bakteriler 3- Sarmal şekilli bakteriler 4- Değişik şekilli bakteriler
B- Fizyolojik özelliklerine göre : Fizyolojik karakterlerine göre ayırım birbirlerine çok yakın olan cinslerde kullanılır. Örneğin; Bacillaceae familyası oksijen ihtiyaçlarına göre aerobik (Bacillus) ve anaerobik (Clostridium) olmak üzere iki cinse ayrılmaktadır. C- Antijenik yapıya göre : Aynı cins içerisine giren mikrop türleri arasında antijenik farklılık vardır. Buna göre mikroorganizmalar sınıflandırılabilir. Buna en iyi örnek olarak; Salmonellaların ayırımında kullanılan Kauffmann-White ve Streptokokların ayırımında kullanılan Lancefield sınıflandırmaları verilebilir.
D- Numerik taksonomi : Bu sitemde mikropların morfolojik, kültürel, biyokimyasal ve patolojik karakterleri esas alınmakta ve karakter benzerliği halinde (+1) ve ayrıcalığı halinde de (-1) gibi puanlamaya tabi tutulmaktadırlar. Neticede benzer puanlar toplanarak bir benzerlik indeksi saptanır ve bu indekse göre mik-roplar bir sıralamaya tabi tutulur. E- DNA kompozisyonuna göre : Bu tarz sınıflama, bakteri DNA sının yapısındaki Guanin (G) + Sitozin (C) miktarına göre yapılmaktadır. Aynı cins içindeki mikroplarda G+C miktarı sabit veya çok dar sınırlar içinde değişmesine karşın farklı cinsler arasında bu yönden fazlaca ayrılıklar bulunmaktadır.
BAKTERİLERİN İSİMLENDİRİLMESİ Bakteriler, Carl von Linne tarafından bildirilen Binominal sisteme göre isimlendirilmektedirler. Buna göre bakterilerin ilmi adı iki kelimeden oluşmaktadır. Ilk kelime cins ismi olup baş harfi büyük harfle yazılır, ikinci kelime tür ismi olup küçük harfle yazılır. Örneğin; Bacillus subtilis, Staphylococcus aureus.
Bakterilerin adı, cins isminin bir veya birkaç harfi yazılmak suretiyle kısaltılabilir. B. subtilis, Staph. aureus (S. aureus), Br.melitensis (B. meliten-sis), Str. equi (S. equi) gibi. Ancak, son yıllarda cins isminin tek harf olarak kısaltılması yaygın bir duruma gelmiştir. Cins ismi, bazen o mikrobu bulan kişinin adını taşıyabilir. Salmonella pullorum, Pasteurella multocida gibi.
Tür isimleri orijinlerini genellikle mikroorganizmaların çeşitli özelliklerinden alırlar. Örnek; coli, orijinini colon kelimesinden alır, aureus, altın sarısı demektir, albus, beyaz demektir, aerogenes, gaz oluşturan anlamına gelir. Bazen de tür ismine ikinci ve daha belirleyici bir ilave daha eklenebilir. Örnek; Salmonella abortus ovis, Campylobacter fetus var. fetus.
Herhangi bir ortamda bulunan bütün canlı organizmaların öldürülmesi veya uzaklaştırılması olarak tanımlanır. Mikrobiyoloji için çok önemlidir. Çünkü mikrobiyolojideki deneyler saf kültürle gerçekleştirilir. Steril şartlar yerine getirilmemişse, istenmeyen mikroorganizmalar (kontaminantlar) gelişecek ve elde edilen sonucun hangisine ait olduğu anlaşılamayacaktır. Sterilizasyon tüpleri: sıcaklık kullanılarak (direk alevle, kuru sıcaklıkta, nemli sıcaklıkta) kimyasal radyasyonla filtrasyonla
Sıcaklıkla sterilizasyon Direk alevle sterilizasyon: Alevle direkt olarak yakma ile yapılan en basit sterilizasyon tipidir. Öze ve cam malzemelerin açık ağızları gibi sıcaklıktan etkilenmeyen malzemeler bu yöntemle sterilize edilirler. Kuru sıcaklıkla sterilizasyon: Sıcak hava fırınlarında yapılan sterilizasyondur. Genelde 175 C de 1 saat şeklinde yapılır. Petri kutusu, erlen, beher, mezür gibi boş cam malzemeler için kullanılır. Nemli sıcaklıkla sterilizasyon: En çok kullanılan yöntemdir. Sıcaklığı 100 C nin üzerine çıkarılmayan sıvıların basınç yardımıyla 121 C de 15 dk şeklinde, otoklavlar yardımıyla sağlanır. Besiyerleri için kullanılır.
Kimyasal sterilizasyon Isıya duyarlı katı malzemelerin sterilizasyonu kimyasal maddelerle yapılır. En yaygın olanı etilenoksittir, bu madde protein ve nükleik asitleri inaktive eder ve mikroorganizmaları öldürür. Plastik petri, şırınga gibi malzemeler için kullanılır.
Radyasyonla sterilizasyon Isıya duyarlı katı malzemelerin sterilizasyonu için Bazen kimyasal str. yerine bu yöntem kullanılır. Genelde radyoaktif kobalt-60 veya sezyum- 139 dan elde edilen gama radyasyonu uygulanır. Gama radyasyonu hücredeki su moleküllerine etki ederek serbest radikal oluşuma neden olur. Oluşan bu serbest radikaller, oldukça reaktiftirler ve başta enzim ve nükleik asitler olmak üzere hücredeki birçok molekülün bozulmasına neden olur. Plastik maddeler bu yolla sterilize edilebilirler.
Filtrasyonla sterilizasyon Vitamin ve antibiyotik gibi ısıya duyarlı maddelerin ve gazların sterilizasyonu için kullanılır. Günümüzde çoğunlukla membran filtreler kullanılır. Bu filtreler değişik delik çaplarına sahiplerdir. Bakteriler için genelde 0,45 μm delik çapına sahip olan filtreler kullanılır. Sterilize edilecek sıvı, enjektör yardımıyla filtreden geçirilir. Bu esnada sıvıda bulunan mikroorganizmalar filtreden geçemezler ve yüzeyde kalırlar, sıvı steril elde edilmiş olur.