Doğrudan klinik örnekte hızlı tanı Prof. Dr. Cengiz ÇAVUŞOĞLU Ege Üniversitesi Tıp Fakültesi Tıbbi Mikrobiyoloji AD, Bornova, İZMİR
TİCARİ KONVANSİYONEL PCR SİTEMLERİ TİCARİ REAL-TIME PCR SİTEMLERİ IN-HOUSE PCR PATHOFINDER NANOGEN QIAGEN SEEGENE CEPHEID GENEXPERT ROCHE COBAS TAQMAN GENOTYPE MTBDR PLUS SDA LCR LAMP NASBA ABBOTT LCx PCR BD PROBE-TEC HAIN GENOTYPE MYCOBACTERIA DIRECT DİREKT TANI YÖNTEMLERİ TMA GEN-PROBE MTD RAS LIFESCIENCES
Hızlı tanıda kullanılan yöntemler PCR (Polymerase chain reaction) SDA (Strand displacement amp.) Konvansiyonel PCR BD ProbeTec ET System Ticari Seegene Seeplex MTB Genotype MTBDR plus In-house Real-time PCR Ticari Cepheid GeneXpert MTB/RIF Roche COBAS TaqMan MTB Seegene Anyplex MTB/NTM Detection LAMP (Loop-mediated isothermal amp.) RAS lifesciences LAMP LCR (Ligase chain reaction) LCx TMA (Transcription mediated amp.) Gen-Probe Amplified MTD NASBA (Nucleic-acid sequence based amp.) In-house GenoType Mycobacteria Direct
En iyi hızlı tanı testi Ucuz Kullanımı kolay Hızlı Duyarlı M.tuberculosis (-) Özgül Direnci saptasın M.tuberculosis (+)
Cepheid GeneXpert MTB/RIF (Non-laboratory based molecular assay) Ağustos 2012 16.86 US$ dan 9.98 US$ a indi (WHO; Global Tuberculosis Report 2012), (WHO; Global Tuberculosis Report 2012)
%87 %65
GeneXpert MTB/RIF Negatif M.tuberculosis saptanmadı
GeneXpert MTB/RIF Pozitif M.tuberculosis saptandı Rifampisin direnci saptanmadı MTB result Ct range High <16 Medium 16-22 Low 22-28 Very Low >28
GeneXpert MTB/RIF Pozitif M.tuberculosis saptandı Rifampisin direnci saptandı
GeneXpert MTB/RIF Error İnvalid Prop M.tuberculosis in kontrolü geçmemiş, varlığı veya reaksiyon yokluğu tüpü kanıtlanamamıştır yanlış doldurulmuş, Solüsyon SPC gerekli probunda kriterlere hata ulaşamamıştır tespit edilmiş, maksimum basınç limitleri aşılmış, GeneXpert Örnek düzgün modülünde işlenmemiş bir hata veya oluşmuştur PCR inhibe olmuştur Testi başka bir kartuşla tekrarlayın
GeneXpert MTB/RIF Rif Resistance INDETERMINATE M.tuberculosis konsantrasyonu çok azdır ve direnç tespit edilememiştir
GeneXpert MTB/RIF (Performans)
GeneXpert MTB/RIF J Clin Microbiol 2011; 49(12): 4138-41 253 solunum örneği DB (+) n=27 Duyarlılık (%) Özgüllük (%) DB (-) n=35 Xpert MTB/RIF (Cepheid) 100 74.2 100 Diğer çalışmalar 98-100 57-76.9 99-100 J Clin Microbiol 2011; 49(12): 4138-41 253 176 ekstrapulmoner örnek DB (+) n=4 Duyarlılık (%) Özgüllük (%) DB (-) n=44 Xpert MTB/RIF (Cepheid) 100 63 100 Diğer çalışmalar 100 37
Ege Üniversitesi Tıp Fakültesi 2010-2013 GeneXpert MTB/RIF Sonuçları Toplam > 3000 hasta 229 Kültür pozitif hasta Pulmoner ve ekstrapulmoner örnekler Duyarlılık (%) Özgüllük (%) DB (+) n= 95 DB (-) n=134 Xpert MTB/RIF 100 62 >99
(PLOS Medicine 2011; 8 (7); e1001061) Duyarlılık (%) Özgüllük (%) Tüm örnekler DB (+) DB (-) LightCyler Mycobacterium Det. (Roche) 76 96 22 98 MTBDRplus (Hain Lifescience) 76 94 28 97 Xpert MTB/RIF (Cepheid) 86 96 61 97 Dondurulmuş örneklerle çalışılmış (BMC Infectious Diseases 2013, 13: 280) 100 Duyarlılık (%) Özgüllük (%) Tüm örnekler DB (+) DB (-) Cobas TaqMan MTB (Roche) 73.8 93.3 68 98.1 ProbeTec ET DTB (BD) 79.1 100 72 100 Xpert MTB/RIF (Cepheid) 74.6 94.1 68 96.2 * Dekontamine konsantre edilmemiş örnekle çalışılmış (JCM 2013, 51 (10): 3225-3227) Duyarlılık (%) Özgüllük (%) Tüm örnekler DB (+) BD (-) Cobas TaqMan MTB (Roche) 71.4 86.7 53.9 100 Xpert MTB/RIF (Cepheid)* 67.9 66.7 69.2 98
Lancet 2011; 377: 1495 1505 RIF dirençli olgularda Duyarlılık 236/250 (%94 4) RIF duyarlı olgularda Özgüllük 796/810 (%98 3) Int J Tuber Lung Dis 2012; 16:206-8 Xpert RIF dirençli Fenotipik test RIF duyarlı Dizi analizi RIF duyarlı Yanlış pozitif Heterorezistans Multipil suşla enfeksiyon
Ege Üniversitesi Tıp Fakültesi 2010-2013 GeneXpert MTB/RIF RIF Direnci Sonuçları Kültür(+) ve RIF dirençli hasta n=8 DB (-) ve kültür (-) hasta n=6 Xpert RIF dirençli Xpert (-) n=2 DB (-) Xpert RIF dirençli n=6 5 DB (+) ve 1DB (-)
GeneXpert MTB/RIF (Yanlış pozitif) 1. 3. 5. 2. 4. 6. hasta 6 hasta kültür negatif ve RIF dirençli
Ege Üniversitesi Tıp Fakültesi 2010-2013 GeneXpert MTB/RIF RIF Direnci Sonuçları RIF dirençli kültür(+) hasta n=8 DB (-) ve Kültür (-) hasta n=6 Xpert RIF dirençli DB (-), RIF duyarlı kültür (+) hasta n=2 Xpert RIF dirençli Xpert (-) n=2 DB (-) Xpert RIF dirençli n=6 5 DB (+) ve 1DB (-)
GeneXpert MTB/RIF (Yanlış RIF dirençli) 1. 2. hasta 2 hasta kültür pozitif ve RIF duyarlı
PCR-Ters Hibridizasyon Testleri MTBDRplus (Hain LifeScience) RİF direnci rpob INH direnci katg ve inha S R R WT MUT MUT Direkt bakı pozitif ve negatif solunum örneklerinden Kültürden RIF ve INH direncini saptamaktadır
MTBDRplus (Hain LifeScience) Turk J Med Sci 2011; 41 (3): 419-25 MTBDRplus (V1) DB (+) 82 örnek Duyarlılık (%90) RIF uyumu (%97.5), INH uyumu (%98.8) J Clin Microbiol 2012; 50 (11): 3712-16 MTBDRplus (V2) toplam 282 örnek Özgüllük %100 Duyarlılık 21 DB (+) örnekte %100 Duyarlılık 31 DB (-) örnekte %56.6 RIF ve INH duyarlılık sonucu uyumu (%100) PLOS Medicine 2011; 8 (7); e1001061 MTBDRplus (V2) toplam 283 örnek Özgüllük %97 Duyarlılık 49 DB (+) örnekte %94 Duyarlılık 18 DB (-) örnekte %28
Ne zaman kullanalım? Hayır Yayma negatif ve klinik/radyolojik olarak t überküloz olma olas ılığı çok düşük olan hastalar Evet Yayma negatif ve klinik/radyolojik olarak t überküloz olma olas ılığı olan hastalar Yayma pozitif ve klinik/radyolojik olarak ilaca diren çli t überküloz düşünülen hastalar Yayma pozitif ve klinik/radyolojik olarak t überküloz d ışı mikobakteri enfeksiyonu düşünülen hastalar Yayma pozitif ve klinik/radyolojik olarak ilaca duyarlı tüberküloz düşünülen hastalar