SAĞLIK BİLİMLERİ ENSTİTÜSÜ MİKROBİYOLOJİ VE KLİNİK MİKROBİYOLOJİ ANABİLİM DALI ÖĞRETİM ÜYELERİ PROGRAMLAR VE DERS İÇERİKLERİ Mikrobiyoloji Yüksek Lisans Mikrobiyoloji Doktora
MİKROBİYOLOJİ VE KLİNİK MİKROBİYOLOJİ ANABİLİM DALI ÖĞRETİM ÜYELERİ Prof. Dr. İ.Hakkı BAHAR Prof. Dr. Y.Hakan ABACIOĞLU Prof. Dr. Zeynep GÜLAY Prof. Dr. Mine DOLUCA DERELİ Prof. Dr. Özlem YILMAZ Prof. Dr. Ayça Arzu SAYINER Prof. Dr. Nuran ESEN Prof. Dr. A. Hüseyin BASKIN Prof. Dr. Ayşe Aydan ÖZKÜTÜK Doç. Dr. İ.Mehmet Ali ÖKTEM Doç. Dr. Özgen Alpay ÖZBEK Doç. Dr. Mahmut Cem ERGON hakki.bahar@deu.edu.tr abacih@deu.edu.tr zeynep.gulay@deu.edu.tr mine.doluca@deu.edu.tr ozlem.yilmaz@deu.edu.tr arzu.sayiner@deu.edu.tr nuran.esen@deu.edu.tr huseyin.baskin@deu.edu.tr aydan.ozkutuk@deu.edu.tr Ali.oktem@deu.edu.tr alpay.ozbek@deu.edu.tr cem.ergon@deu.edu.tr
MİKROBİYOLOJİ VE KLİNİK MİKROBİYOLOJİ ANABİLİM DALI MİKROBİYOLOJİ YÜKSEK LİSANS PROGRAMI (MİK-YL) I.YARIYILI ZORUNLU DERSLER KUR UYG KREDİ AKTS MİK 5013 Temel Bakteriyoloji 2 2 3 4 MİK 5011 Klinik Mikrobiyoloji Laboratuvar Uygulamaları I 2 2 3 6 TBG 5033 Hücreye Giriş 3 0 3 6 MİK 5098 Uzmanlık Alanı 2 0-2 I. YARIYILI SEÇMELİ DERSLER KUR UYG KREDİ AKTS MİK 5009 Mikrobiyolojide Biyogüvenlik İlkeleri ve Uygulamaları 1 2 2 2 BİO 5019 Temel Laboratuvar İlkeleri ve Yöntemleri I 3 2 4 10 SBE 5005 Deney Hayvanları ve Uygulama Yöntemleri 1 4 3 6 SBE 5035 Sağlık Bilimlerinde Etik I 2 2 3 6 SBE 5040 Laboratuvar Uygulamalarında Güvenlik İlkeleri 1 0 1 2 TBG 5027 Bakteri Moleküler Yapısı ve Genetiği 2 2 3 6 TBG 5035 Hücre Kültürü 2 2 3 6 II. YARIYILI ZORUNLU DERSLER KUR UYG KREDİ AKTS MİK 5004 Temel Mikoloji 2 2 3 3 MİK 5010 Temel İmmunoloji 3 0 3 3 MİK 5018 Temel Viroloji 2 2 3 4 MİK 5020 Klinik Mikrobiyoloji Laboratuvar Uygulamaları II 2 2 3 5 MİK 5096 Seminer 0 2-2 MİK 5098 Uzmanlık Alanı 2 0-2 II. YARIYILI SEÇMELİ DERSLER KUR UYG KREDİ AKTS MİK 5022 Temel Parazitoloji 2 2 3 3 BİO 5024 Temel Laboratuvar İlkeleri ve Yöntemleri II 2 2 3 9 BİO 5026 Enzimoloji 2 2 3 9 SBE 5006 Sağlıkta Araştırma Tekn. ve Analiz Yöntem 3 2 4 8 SBE 5038 Deneysel Araştır.Plan.,Yürüt.ve Değerlen. 3 0 3 3 III. YARIYILI ZORUNLU DERSLER KUR UYG KREDİ AKTS MİK 5099 Tez Çalışması - - - 30 IV. YARIYILI ZORUNLU DERSLER KUR UYG KREDİ AKTS MİK 5099 Tez Çalışması - - - 30 NOT 1 NOT 2 NOT 3 Öğrenciler her yarıyıl 30 AKTS almalıdır. Tezin Toplam AKTS si 60, Toplam AKTS 120 dir. Öğrenciler, seçmeli derslere ek olarak danışman onayı ile Enstitünün ya da başka akademik kurumların programlarından ders seçebilirler. Uzmanlık Alanı dersi yarıyıl ve yaz tatillerinde de verilecektir.
MİKROBİYOLOJİ VE KLİNİK MİKROBİYOLOJİ ANABİLİM DALI MİKROBİYOLOJİ DOKTORA PROGRAMI (MİK-DR) 1. GRUP DERSLERİ TKS TUS HKS HUS TK HAFTA AKTS SBE 6027 Bilim Tarihi ve Felsefe 15 0 1 0 1 1 3 SBE 6033 Sağlık Bilimlerinde Etik II 15 0 1 0 1 1 3 SBE 6043 Bilgisayar Uygulamalı İstatistik 15 30 1 2 2 1 Yarıyıl 3 SBE 6044 Bilimde Yaratıcılık, Buluşçuluk ve Girişimcilik 15 0 1 0 1 2 2 SBE 6045 Sağlık Alanında Bilgiye Ulaşma ve Kan. Dayalı Tıp 15 0 1 0 1 1 1 SBE 6046 Sağlıkta Araştırma Tek. ve İleri Analiz Yöntemleri 45 0 3 0 3 3 4 SBE 6047 Deneysel Araştırma Verilerinin Kaydı ve Sunumu 15 0 1 0 1 1 2 SBE 6048 Bir Araştırmayı Yayına Dönüştürme Süreci 15 0 1 0 1 1 1 SBE 6051 Deneysel Araşt. Projelerinin Hazırlanması Değer. 30 0 2 0 2 2 5 SBE 6052 Biyomedikal İşletmeciliği 30 0 2 0 2 2 3 SBE 6053 Toplumsal Cinsiyet Eşitsizliği ve Kadına Yön.Aile İçi Şiddet 15 30 1 2 2 2 3 2. ve 3. GRUP DERSLERİ TKS TUS HKS HUS TK HAFTA AKTS MİK 6036 İnfeksiyon ve Patogenez 60 0 4 0 4 4 20 MİK 6037 Hücresel ve Moleküler İmmunoloji 45 30 3 2 4 4 20 MİK 6038 Antimikrobiyaller ve Direnç Mekanizmaları 30 0 2 0 2 2 10 MİK 6098 Uzmanlık Alanı 45 0 3 0 - - 3 MİK 6099 Tez Çalışması - - - - - - 120 4. GRUP DERSLERİ TKS TUS HKS HUS TK HAFTA AKTS SBE 6049 Deney Hayvanları ve İleri Uygulama Yöntemleri 15 30 1 2 2 2 4 BİO 6052 Temel Laboratuar İlkeleri ve Yöntemleri II 15 30 1 2 2 2 10 BİO 6053 Temel Laboratuar İlkeleri ve Yöntemleri I 15 30 1 2 2 2 10 BİO 6056 Hastalıkların Moleküler Mekanizmaları 30 30 2 2 3 3 15 MOT 6018 Moleküler Patoloji 30 30 2 2 3 3 9 TBG 6061 Hücre Kültürü 30 60 2 4 4 1 Yarıyıl 15 TBG 6063 Hücresel Haberleşme ve Hücre Dışı Matris 30 0 2 0 2 2 10 TBG 6066 Moleküler Hücre Biyolojisi 60 0 4 0 4 4 12 TBG 6067 Prokaryot ve Ökaryotlarda Gen Ekspresyonu Regül. 15 0 1 0 1 1 5 TBG 6069 Nükleik Asit İnceleme Yöntemleri 15 30 1 2 2 3 10 NOT 1 NOT 2 NOT 3 NOT 4 NOT 5 NOT 6 Öğrenci her yarıyıl 30 AKTS almalıdır. Tez Toplam AKTS 120, Toplam AKTS 240 tır. Ders alma süresi içinde 1.grup derslerden en az 4 kredi alınması gerekmektedir. Öğrencinin, doktora eğitimi süresince bilimsel etkinliklerden aldığı 15 puan, 1 kredi olarak seçmeli ders kredisine sayılır. Öğrenci Yoğunlaştırılmış Ortak Seçimlik Dersler den kredili veya seçmeli olarak alabilir. Öğrenci, derslerine ek olarak danışmanının onayı ile Enstitünün ya da başka akademik kurumların programlarından ders seçebilir. Uzmanlık Alanı dersi yarıyıl ve yaz tatillerinde de verilecektir. TKS: Toplam Kuramsal Saat, TUS: Toplam Uygulama Saati, HKS: Haftalık Kuramsal Saat, HUS: Haftalık Uygulama Saati, TK: Toplam Kredi
MİKROBİYOLOJİ VE KLİNİK MİKROBİYOLOJİ ANABİLİM DALI MİKROBİYOLOJİ YÜKSEK LİSANS PROGRAMI DERS İÇERİKLERİ MİK 5004 TEMEL MİKOLOJİ (2 2 3 ) 3 AKTS Mikolojiye giriş, fungusların sınıflandırılması, fungus hücresinin ince yapısı, klinik örneklerin alımı, transportu ve işlemlenmesi, örneklerin direkt mikroskobik incelenmesi, fungusların üretilmesi ve kullanılan besiyerleri, fungusların kültürden identifikasyonu, funguslarda kültür dışı tanı yöntemleri, fungusların vücuttaki tutulum bölgelerine göre gruplandırılması, antifungal duyarlık yöntemleri, antifungal etkenler ve etki mekanizması, mikotoksinler ve yaptıkları infeksiyonlar, fungusların virülans faktörleri, fungal immunite (konak yanıtı). MİK 5009 MİKROBİYOLOJİDE BİYOGÜVENLİK İLKELERİ VE UYGULAMALARI (1-2-2) 2 AKTS Laboratuvar kaynaklı enfeksiyonlar tanım ve önemi, Biyogüvenlik tanımı prensipleri ( Biyolojik ajanların risk ölçütleri, Biyogüvenlik düzeyleri), Güvenli laboratuvar çalışma yöntemleri ve uygulamaları, İkincil mekanik koruyucu sistemler (Biyolojik güvenlik kabin seçimi, kullanma), Kişisel korunma araçları (ne nerede, ne zaman), Kan kaynaklı patojenlere karşı kontrol ( riskler, evrensel korunma ilkeleri, güvenli çalışma kuralları, kaza sonrası tedavi ve takip), Dekontaminasyon ve dezenfeksiyon prensipleri ve uygulamaları, Tıbbi atıkların işlenmesi ve yok edilmesi, Kimyasallarla çalışma ilkeleri ( sınıflandırma, atılma ve MSDS kullanımı), Kimyasalların depolanması ve uzaklaştırılması, Çevresel düzenin sağlanması 5S uygulaması, Acil durum uygulamaları, Laboratuvar ortamının risk değerlendirilmesi, Laboratuvar güvenlik denetimi, Olgu sunumları ve değerlendirme MİK 5010 TEMEL İMMÜNOLOJİ (3 0 3) 3 AKTS İmmünolojiye giriş, tarihsel gelişim, vücudun savunma mekanizmaları, immun yanıtta rol alan hücre ve sistemler, antijenler, doku uygunluk antijenleri, antikorlar, hücreler arası ilişki mediyatörleri, kompleman sistemi, antijen reseptör molekülleri, antijenin tanınması, aşırı duyarlılıklar, otoimmunite, immun tölerans ve immun yanıtsızlık, tümör ve transplantasyon immunolojisinin temelleri, immünizasyon, aşı ve serumlar. MİK 5011 KLİNİK MİKROBİYOLOJİ LABORATUAR UYGULAMALARI I (2-2-3) 6 AKTS Bakteriyoloji laboratuar Uygulamalarına Giriş, Klinik Bakteriyoloji Laboratuvarında uyulması gereken Biyogüvenlik kuralları ve uygulanması (biyolojik, kimyasal, diğer etmenlerden korunma prensipleri), Bakteriyoloji Laboratuvarında kullanılan temel uygulamalar I, Gram Boyama ve bakteri morfolojisi, besiyerleri ve kullanım amaçları, ekim teknikleri ve yorumlanması, inkübasyon koşulları, hemoliz ve değerlendirilmesi, Bakteriyoloji Laboratuvarında kullanılan temel uygulamalar II, oksidaz ve katalaz testleri, yarı otomatik bakteri tanımlama testleri (ör. API tanımlama kiti), temel agglütinasyon testleri ve moleküler testler, bakterilerin stoklanması, LIS genel tanıtımı, Enfeksiyon kontrolü ve kritik değerler (bakteriyoloji), Kalite kontrolü ve bakteriyoloji laboratuvarındaki uygulamaları, (stok kültürler, besiyerleri, su, ayraçlar, boyalar, antiserumlar, cihazlar, personel, uygulama rehberleri, kayıtların tutulması ve raporlama, yetkinlik değerlendirilmesi), Laboratuvar testlerinin değerlendirilmesi ( duyarlılık ve özgüllük, PPV, NPV), Kalite güvencesi, Özel bakteriyoloji Uygulamaları: Gram pozitif bakteriler, (Staphylococcus ve ilişkili bakteriler ile ilgili tanımlayıcı testler (katalaz, koagülaz, novobiyosin duyarlılığı, 16S rrna/mec/nuc multipleks PZR); Streptococcus ve ilişkili mikroorganizmalar (Enterococcus, NVS (Abiotrophia, Granulicatella)) (hemoliz, B-SXT duyarlılığı, CAMP testi, hipürat hidrolizi, safra-eskülin testi, %6.5 NaCl ortamda üreme, pnömokokların identifikasyonu (optokin duyarlılığı, safrada erime testi), API 20 Strep ve kullanımı, satellitizm, Gram pozitif basiller (Bacillus (boyanma, spor yerleşimi, spor boyası, B.anthracis tanımlaması için kullanılan testler), Corynebacterium türleri (API Coryne); Listeria monocytogenes (kültür, tanımlama, ayırıcı tanı (grup B streptokok ve Corynebacterium spp)); Aerop Actinomycetales (Nocardia spp ve Streptomyces: modifiye ARB boyama yöntemi ve değerlendirmesi, Gram negatif koklar (Neisseria ve Moraxella), Gram negatif basiller II : Enterobacteriaceae (laboratuarda en sık karşılaşılan enterik basiller E.coli, Klebsiella pneumoniae spp, Proteeae, Enterobacter, hastane enfeksiyonlarında önemli diğer türler (Serratia, Citrobacter); Shigella, Salmonellae; üretilmeleri, kullanılan besiyerleri ve özellikleri (kanlı, EMB, MacConkey, SS, diğer enterik besiyerleri, zenginleştirme kültürleri); tanımlama testleri (TSI ve reaksiyonları, H2S ve gaz oluşumu, sitrat kullanımı, Metil kırmızısı testi, üreaz testi, hareket değerlendirmesi); dışkıda Salmonella ve Shigella tanımlanması; ticari sistemler, diğer testler, Gram negatif basiller III: nonfermentatif bakteriler Nonfermentatif bakterilerin genel özellikleri (oksidaz testi, TSI reaksiyonları), Pseudomonas aeruginosa ve diğer Pseudomonas spp; Acinetobacter baumannii, Stenotrophomonas maltophilia ve tanımlanmaları, ticari sistemler (ör. API 20NE), Vibrio spp, Campylobacter (gram boyanma ve morfoloji, katalaz, oksidaz testleri, üreme özellikleri, TCBS ve CCDA besiyerleri, Campylobacter için kullanılan diğer seçici besiyerleri, hippürat hidrolizi ) ve Helicobacter Diğer Gram negatif basiller (Brucella, HACEK,Legionella, Haemophilus) -Antibiyotik Duyarlılık testleri (disk difüzyon, dilüsyon testleri, E Test, özel testler (beta-laktamaz testleri (nitrosefin testi, ESBL testleri), mikroorganizmalara spesifik duyarlılık testleri (stafilokoklar, b-hemolitik streptokoklar, enterokoklar, pnömokok, Listeria, Enterobacteriaceae, Pseudomonas ve Acinetobacter, S.maltophilia, Burkholderia), Anaerop bakteriler ve üretilmeleri, temel tanımlama testleri (4 saat), Klinik Bakteriyoloji Uygulamaları I: Örneklerin kültürlerinin yapılması (genel bilgiler, örnek alınması ve transportu,
örnek kabulü ve reddi, ilk işlemleme, örneklerin saklanması, besiyerleri, ekimi, inkübasyon ve inceleme, koloni morfolojisi, gram ile boyalı preparatların hazırlanması ve incelenmesi), Klinik Bakteriyoloji Uygulamaları II: Kan kültürleri (kan kültür sistemleri, üreme, pasaj ve boyalı bakı, doğrudan antibiyogram, özel kültürler) ve BOS kültürü (sitosantrifügasyon ile preparat hazırlama değerlendirme, şant kültürleri, önemli bakteriler ve tanımlanmaları), Klinik Bakteriyoloji uygulamaları III: Gastrointesitinal sistem ve idrar yolu enfeksiyonları: dışkı ve idrar kültürleri (direkt bakı, sık üreyen etkenler, ilişkili testler, Salmonella, Shigella, Campylobacter tanımlaması), Klinik Bakteriyoloji Uygulamaları IV: Solunum Sistemi ile ilişkili örnekler (Balgam kültürü, solunum sekresyonlarının kantitatif kültürü, değerlendirme, sık üreyen etkenler), Klinik Bakteriyoloji Laboratuvar Uygulamaları V: Deri ve yumuşak doku kültürleri (apse ve yara kültürleri dahil); Diğer kültürler: genital sürüntüler, göz örnekleri, iv kateterler; steril vücut sıvıları (eklem sıvısı, periton, plevra) ile ilişkili kültürler ve değerlendirilmeleri, Klinik Bakteriyoloji Laboratuvar Uygulamaları VI: Antibiyotik duyarlılık testleri ve değerlendirilmeleri MİK 5013 TEMEL BAKTERİYOLOJİ (2 2 3) 4 AKTS Bakterilerin sınıflandırılması, bakterilerin büyüklükleri ve görünümlerinin incelenmesi, bakterilerin yapısı, özel bakteriler, bakterilerin beslenmesi, bakterileri etkileyen çevre etmenleri, bakterilerin üretilmeleri, bakteri metabolizması ve enzimleri, mikroorganizma genetiği, mikroorganizmalarda görülen değişiklikler, sterilizasyon, dezenfeksiyon ve antisepsi, antibakteriyel maddeler, konak-bakteri ilişkileri, floralar, mikroplara karşı organizma direnci. MİK 5018 TEMEL VİROLOJİ (2 2 3) 4 AKTS Virusların yapısal özellikleri, virus tanımı ve tarihçe, kapsid moleküler yapısı ve organizasyonu, zarf proteinlerinin özellikleri, viral nükleik asit tipleri, virus yapılarını inceleme teknikleri (elektron mikroskopi, x- ray crystallography), viroid, virusoid ve prionlar. virusların sınıflandırılması ve replikasyon stratejileri, terminoloji (aile, cins, tür kavramları, virusların kökenine ilişkin kuramlar, viral replikasyon döngüsünün basamakları, baltimore sınıflandırmasına göre viral replikasyon stratejileri, bir model olarak litik ve lizojenik faj infeksiyonları, üreme eğrisi ve virus titrasyonu. Virus genetiği, viruslarda genomik evrim ve virus süperaileleri, viral mutasyon tipleri (HIV modeli üzerinden), viruslar arasında genetik ve non-genetik etkileşimler. Viral patogenez, virusların bulaş yolları ve yayılım mekanizmaları, primer-sekonder replikasyon ve doku tropizmi, viruslara karşı immun yanıt, viral infeksiyonlarda hücresel zedelenme mekanizmaları, viral perzistans mekanizmaları, viral transformasyon (DNA ve RNA tümör viruları). Viral infeksiyonlarda tanı yöntemleri, hücre kültürleri, serolojik tanı, viral nükleik asitlerin ve antijenlerin belirlenmesi. Virus infeksiyonlarından korunma ve tedavi, viral aşılar, antiviraller (HIV modeli üzerinden), antivirallere direnç (HIV modeli üzerinden), viral vektörler ve gen tedavisi, retroviral vektörler, adenoviral vektörler ve diğerleri. MİK 5020 KLİNİK MİKROBİYOLOJİ LABORATUVAR UYGULAMALARI II (2-2-3) 5 AKTS Mikolojik örneklerde direkt bakı amacıyla kullanılan malzemelerin/boyaların hazırlanması, prensipleriyle uygulanması; Örneklerden primer izolasyon için kullanılan mikolojik besiyerlerinin hazırlanması, Örneklerden direkt bakı hazırlanması ve besiyerlerine ekilmesi; Kültür plaklarının değerlendirilmesi; Üreyen fungusların ileri identifikasyon işlemlerinin yapılması I (Laktafonel pamuk mavisi boyasının ve preparatının hazırlanması, maya ve küfler için lam kültürü yapılması), Üreyen fungusların ileri identifikasyon işlemlerinin yapılması II (Lam kültürü sonuçlarının değerlendirilmesi, Candida (özellikle C. albicans, C. tropicalis, C. glabrata, C. parapsilosis, C. lusitaniae, C. krusei, C. kefyr) türü mantarların lam kültürü sonuçlarına göre tanımlanması, Candida dışı maya türlerinin ( Trichospsoron spp, Geotrichum candidum, Blastoschyzomyces capitatus, Cryptococcus neoformans, Rhodotorula spp) lam kültürü sonuçlarına göre tanımlanması, Cyrptococcus neoformans ın tanımlanması Mayaların kromojenik besiyerlerindeki görünümlerinin değerlendirilmesi (Candida (özellikle C. albicans, C. tropicalis, C. glabrata, C. parapsilosis, C. lusitaniae, C. krusei, C. kefyr) türü mantarların ve Candida dışı maya mantar türlerinin ( Trichospsoron spp, Geotrichum candidum, Blastoschyzomyces capitatus, Cryptococcus neoformans, Rhodotorula spp) kromojenik besiyerlerindeki görünümlerine göre tanımlanması, Zygomycetes (Absidia app, Mucor spp, Rhizopus spp) grubu küf mantarlarının lam kültürü sonuçlarına göre tanımlanması; Aspergillus türlerinin lam kültürü sonuçlarına göre tanımlanması; Dermatofitlerin (Trichophyton spp, Microsporum spp, Epidermophyton floccosum) lam kültürü sonuçlarına göre tanımlanması, Üreaz testi, ısı testi, kıl delme deneyi, Örneklerde polimeraz zincir tepkimesi ile etken mantar nükleik asidinin aranması; Üretilen küf ve maya mantarlarının stoklanması ve stoktan üretilmesi uygulaması; Antifungal duyarlılık testi uygulaması ve sonuçlarının değerlendirilmesi, Serolojik test yöntemlerinin prensipleri, uygulanması ve sonuçların değerlendirilmesi:viral enfeksiyonların tanısında kullanılan yöntemler *Hücre kültürü, Mikroorganizma saplanmasında kullanılan immuno kimyasal yöntemlerin prensipleri: Brucella spp.ve Salmonella spp.tanısında kullanılan aglütinasyon testlerinin uygulanması ve sonuçlarının değerlendirilmesi. Treponema pallidum tanısında kullanılan hemaglütinasyon testinin uygulanması ve sonuçlarının değerlendirilmesi. * ELISA testleri; Viral Hepatit, Rubella ve CMV viruslarının tanısında kullanılan ELISA yöntemlerinin uygulanması ve değerlendirilmesi
*İndirekt immunfloresan antikor testleri; EBV, Chlamydia infeksiyonlarının tanısında kullanılan immunfloresan testlerinin prensipleri ve değerlendirilmesi Mikroorganizma saplanmasında kullanılan immuno kimyasal yöntemlerin prensipleri: *Moleküler tanı testleri; Hanta viruslarının tanısında kullanılan nükleik asit tabanlı testlerin prensipleri, SLE, RA, otoimmun karaciğer hastalıkları, Çölyak gibi otoimmun hastalıkların tanısında otoantikorların rolü ve önemi, Romatik hastalıkların tanısında otoantikorların rolü ve önemi, Anti-CCP, anti-kardiolipin, anti Gliadin, ANA, AMA, ASMA LKM; ANCA, dsdna gibi otoantikorların saptanmasında kullanılan test yöntemlerinden ELISA ve İmmunfloresan test yöntemlerinin prensipleri, uygulanması ve sonuçların değerlendirilmesi I, Anti- CCP, anti-kardiolipin, anti Gliadin, ANA, AMA, ASMA LKM; ANCA, dsdna gibi otoantikorların saptanmasında kullanılan test yöntemlerinden ELISA ve İmmunfloresan test yöntemlerinin prensipleri, uygulanması ve sonuçların değerlendirilmesi II, Spesifik bazı otoantikorların (Sm, SS-A,SS-B, Scl-70, Jo-1, vb.) saptanması amaçlı kullanılan immunblot yöntemlerin prensipleri ve değerlendirilmesi. MİK 5022 TEMEL PARAZİTOLOJİ (2 2 3) 3 AKTS Parazitolojiye giriş, parazitozların medikal önemi, parazit konak ilişkileri, evrim konak, parazitlik çeşitleri, parazitlerin canlılar dizgesindeki yeri, protozoonların yapısı ve genel özellikleri, helmintlerin yapısı ve genel özellikleri, artropodlarda yapı ve genel özellikler, parazitozların epidemiyolojisi, parazitlerin patolojisi, immunopatoloji yolu ile zarar, konakların parazitlere karşı tepkileri, immuno-parazitoloji, parazitozların tanısı, parazitozların iyiletimi. MİKROBİYOLOJİ VE KLİNİK MİKROBİYOLOJİ ANABİLİM DALI MİKROBİYOLOJİ DOKTORA PROGRAMI DERS İÇERİKLERİ MİK 6036 İNFEKSİYON VE PATOGENEZ (4-0-4) 20 AKTS Bakteriyel infeksiyonlar ile ilgili temel kavramlar.bakteriyel infeksiyonların ülkemiz ve dünyada toplum sağlığı açısından önemi.kolonizasyon-infeksiyon-hastalık kavramları.koch kuralları ve moleküler düzeydeki yorumu.virulans kavramı.virulans faktörlerinin saptanması(klonlama,transpozon mutagenez deneyleri,in vivo eksprese edilen genlerin saptanması); virulans ve infektivitenin ölçümü(hayvan modelleri,hücre kültürleri,vb).moleküler tanımlama yöntemleri ve bakteriyel infeksiyon saptanmasındaki yeri.infeksiyonlara karşı savunma mekanizmaları.doğal bariyerler ve doğal bağışık yanıtlar.antikorlar ve sitotoksik T lenfositler.bkateriyel virulans faktörleri I.Bağışıklık sisteminden kaçışı sağlayan virulans faktörleri.toksinler(ekzotoksinler yapıları,endotoksin);ekzotoksin hastalıkları.bakteriyel sekresyon sistemleri ve önemi.değişik modellerde bakteriyel hastalıkların patogenezi ve bunlara karşı bağışık yanıt.minimal zede ile giden ekzotoksin hastalıkları(model:kolera ve vibrio cholerae).yangı ve yangıya bağlı zedenin uyarımı( Modeller:Pnömokoksik pnömoni ve Streptococcus pneumoniae); kadın ve erkek hastalarda gonorenin farklı seyir özellikleri ve Neisseria gonorrhoeae).bağışık yanıt ölümcül olabilir(modeller:süperantijen /toksik şok ve Staphylococcus aureus; Septik şok ve patogenezi).bağışıklık sisteminin hücrelerini ele geçirip kötüye kullanan etkenler( Model:Listeria monocytogenes).hücresel bağışık yanıt İki ucu keskin bir kılıç mı? (Model: Tüberküloz ve Mycobacterium tuberculosis).çok yönlü bir patojen:helicobacter pylori.önemli bir patojen:clostridium difficile.fungal virulans faktörleri.fungal infeksiyonlarda immunite.fırsatçı mantar infeksiyonlarında(candida,aspergillus ve Cryptococcus inf) patogenez.klasik sistemik mantar infeksiyonlarında patogenez.virus-hücre etkileşimi:replikasyon döngüsü.viral infeksiyonlara konakçı yanıtı.virularda perzistans ve latensi mekanizmaları.viral onkogenez. MİK 6037 HÜCRESEL VE MOLEKÜLER İMMUNOLOJİ (3-2-4) 20 AKTS Bağışıklık sisteminin temel elemanları.bağışıklığın hücresel temelleri ve düzenlenmesi.antijen tanıma yapıları ve sinyal ileti yolarında yer alan moleküllerin biyokimyasal ve moleküler biyolojik özellikleri.antikorların yapı/işlev ilişkisi ve genetik düzenlemeler.lenfosit farklılaşması ve aktivasyonu.bağışık yanıtların düzenlenmesi.sinyal iletisi ve apopitoz.doğal bağışık yanıtlar ve inflamasyon.mikroorganizmalara karşı bağışık yanıt(bakteriyel ve viral hastalıkların immünolojisi; mikroorganizmalara karşı bağışık yanıtların immünopatolojik etkileri).aşılar ve aşılara karşı bağışık yanıtın genetik temelleri.tolerans kavramı ve Otoimmünite.Transplantasyon immünolojisi;bağışıklık sisteminin baskılanması ve tolerans geliştirilmesi için halen kullanılan ve deneysel yöntemler.tümör immünolojisi ve immünoterapi kavramı.temel immünolojik teknikler.immünolojide özel konular:inflamasyon-ateroskleroz-kollesterol metabolizması ilişkisi.yaşamın uç noktalarında bağışıklık sistemi(yenidoğanlar ve ileri yaşlarda bağışıklık sistemi;yaşlanmanın bağışıklık sistemine etkisi).bağışıklığın genetik özellikleri ve hastalıklara eğilim.elektif:lenfosit farklılaşması/aktivasyonu. MİK 6038 ANTİMİKROBİYALLER VE DİRENÇ MEKANİZMALARI (2-0-2) 10 AKTS Antibakteriyellerin gruplandırılması ve etki mekanizmaları I.Antibakteriyellerin etki mekanizmaları II: yeni antibakteriyel ajanlar.antiiyotiklerin etkilerinin değerlendirilmesi in vitro ve in vivo parametreler:farmakodinamik ve farmakokinetik prensipler.beta-laktam antibiyotikler ve beta-laktam
antibiyotiklere moleküler direnç mekanizmaları.gram pozitif bakterilerde beta-laktam direncinin moleküler mekanizmaları:penisiline duyarlı olmayan pnömokoklar. Gram pozitif bakterilerde beta-laktam direncinin moleküler mekanizmaları:metisiline dirençli Staphylococcus aureus.gram negatif bakterilerdeki direnç mekanizmaları ve beta-laktamazlar (moleküler özelikleri,tanımlanmaları,ülkemizdeki durum).glikopeptidlere moleküler direnç mekanizmaları( VRE, VISA ve VRSA ).Protein sentez inhibitörleri.aminoglikozidlere karşı moleküler direnç mekanizmaları( aminoglikozid modifiye eden enzimler).makrolid,linkozamid ve streptogramin B direnci.tetrasiklin ve kloramfenikol direncinin moleküler mekanizmaları.kinolon grubu antibiyotikler ve direncin moleküler temelleri.folat sentez inhibitörleri ve moleküler direnç mekanizmaları.direnç saptanmasında ve dirençli bakterilerin izleminde kullanılan moleküler yöntemler.antibiyotik kullanımı ve direnç ilişkisi.antifungal ilaçların etki mekanizmaları.polyen antibiyotiklere direnç mekanizmaları.azollere direnç mekanizmaları.diğer antifungallere direnç.antifungal duyarlılık testleri yorumu ve klinik korelasyonu.antitüberküloz ajanlar ve etki mekanizmaları.antitüberküloz ilaç direnci ve mekanizmaları.tüberkülozda ilaç duyarlılık testleri.antivirallerin etki mekanizmaları.antivirallere direnç mekanizmaları.