Mikoloji: Tanıda Yeni Makaleler. Doç. Dr. Dolunay Gülmez

Benzer belgeler
Kjell Kleppe H. Gobind Khorana Karry Mullis

Ruti Ru n ti d n e Man tar Man Enfeksi yon feksi yon ar l ı ar n ı a Laboratu atu ar ar Y akl aşı akl aşı Serolojik ve ve ol M eküler Yönt

Ruti Ru n ti d n e Man tar Man Enfeksi yon feksi yon ar l ı ar n ı a Laboratu atu ar ar Y akl aşı akl aşı Serolojik ve ve ol M eküler Yönt

Invazif Fungal Enfeksiyonlarda Serodiagnoz Prof Dr Zekaver Odabaşı

Fungal Etkenler. Toplantı sunumları Dr.AyşeKalkancı. Santral Sinir Sistemi Enfeksiyonlarında Tanı. Ege Mikrobiyoloji Günleri-3

HİPERVİRÜLAN ESCHERİCHİA COLİ ST131 KLONU ÜLKEMİZDE YENİ Mİ?

Solid Organ Nakli Sonrası Gelişen İnvazif Fungal Enfeksiyonlar Toplantısı

Mikrobiyoloji ve Klinik Mikrobiyoloji AD ETKENLERİNİ TANIYALIM...

ANTİFUNGAL DİRENÇ ve ANTİFUNGAL DUYARLILIK TESTLERİ

Invaziv Fungal Enfeksiyonlarda Tanı Prof Dr Zekaver Odabaşı

Mine Doluca Dereli Dokuz Eylül Üniversitesi Tıp Fakültesi Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim

ANTİFUNGAL DİRENÇ MEKANİZMALARI ve DUYARLILIK TESTLERİ. Nilgün ÇERİKÇİOĞLU 2014 MARMARA ÜNİVERSİTESİ TIP FAKÜLTESİ TIBBİ MİKROBİYOLOJİ AD

ANTİFUNGAL DUYARLILIK TESTİ NE ZAMAN VE NASIL YAPILMALI? Prof. Dr. Nilgün Çerikçioğlu MARMARA ÜNİVERSİTESİ TIP FAKÜLTESİ TIBBİ MİKROBİYOLOJİ A.

İnvaziv Kandidiyazis. Dr. Özlem Kurt Azap Başkent Üniversitesi Tıp Fakültesi Enfeksiyon Hastalıkları ve Klinik Mikrobiyoloji AD

Nilgün Çerikçioğlu Marmara Üniversitesi Tıp Fakültesi Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı

Antifungallerin Doğru Kullanımı

İnvaziv Fungal İnfeksiyonların Serolojik Tanısı. Dr. Alpay AZAP Ankara Üniversitesi Tıp Fakültesi İnfeksiyon Hastalıkları ve Klinik Mikrobiyoloji AD

Prof. Dr. Neşe Saltoğlu Cerrahpaşa Tıp Fakültesi Enfeksiyon Hastalıkları ve Klinik Mikrobiyoloji Antimikrobiyal Yönetim Simpozyumu, İstanbul 7 Ekim

Dilara YILDIRAN. Candida İzolatlarının Tür Düzeyinde. ve MALDI-TOF MS Sistemlerinin Karşılaştırılması. Mikr. Uzm.

Hematolog Gözüyle Fungal İnfeksiyonlara Yaklaşım. Dr Mehmet Ali Özcan Dokuz Eylül Üniversitesi Tıp Fakültesi Hematoloji Bilim Dalı İzmir-2012

Candida Epidemiyolojisi. Dr. Nur Yapar Aralık 2009 Çeşme İzmir

Kök Hücre Naklinde İnvaziv Fungal İnfeksiyonlar. Dr.M.Sinan DAL 05/11/2016

Dr Beyza Ener Uludağ Üniversitesi Tıp Fakültesi 2016 İstanbul

Solid Organ Nakli Hastalarında Antifungal Yönetim (AFY) Programı Dr. Özlem Kurt Azap Başkent Üniversitesi Tıp Fakültesi Enfeksiyon hastalıkları ve

Dünden Bugüne Kandida

P z o itif Nega g ti a f

Febril Nötropenik Hastada Antimikrobiyal Direnç Sorunu: Klinik yansımalar. Dr Beyza Ener Uludağ Üniversitesi Tıp Fakültesi

ERCİYES ÜNİVERSİTESİ DENEYİMİ

Yöntem ve Test Seçimine Yaklaşım. Dr. Alpay Özbek Mikrobiyoloji ve Klinik Mikrobiyoloji AD. Dokuz Eylül Üni. Tıp Fak. İZMİR

DR ALPAY AZAP ANKARA ÜNİVERSİTESİ TIP FAKÜLTESİ İNFEKSİYON HASTALIKLARI ve KLİNİK MİKROBİYOLOJİ AD

MANTAR ENFEKSİYONLARININ MOLEKÜLER YÖNTEMLERLE TANISI

FUNGAL SALGINLARIN ARAŞTIRILMASI;

IV. KLİMUD Kongresi, Kasım 2017, Antalya

Febril Nötropenide Fungal Enfeksiyonların Tanısı. Dr Beyza Ener

Yoğun Bakım Ünitelerinde Mikroorganizma Profilindeki Değişim. Yoğun Bakım Ünitelerinde Mantar Etkenleri Profilindeki Değişim

Örnekten Rapora KONVANSİYONEL TANI

Aspergilloziste Erken Tanı ve Serodiagnoz. Dr Zekaver Odabaşı Marmara Üniversitesi Tıp Fakültesi

Emine Zuhal Kalaycı Çekin 1, Gülşah Malkoçoğlu 3, Nicolas Fortineau 2, Banu Bayraktar 1, Thierry Naas 2, Elif Aktaş 1

Fungal Enfeksiyonlar: Biyobelirteçler ve Tanıdaki Rolü. Beyza ENER Uludağ Üniversitesi Tıp Fakültesi

AKILCI ANTİFUNGAL KULLANIMI. Dr Alpay AZAP Ankara Üniversitesi Tıp Fakültesi İnfeksiyon Hst ve Klinik Mikr AD

Biyofilm ile ilişkili enfeksiyonlara yaklaşım TANI. Prof Dr Ayşe Kalkancı Gazi Üniversitesi Tıp Fakültesi Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı

ETKEN BELİRLEMEDE KLASİK YÖNTEMLER, MOLEKÜLER YÖNTEMLER. Doç. Dr. Gönül ŞENGÖZ 9 Mayıs 2014

Candida Dışı Mantarlar (Filamantöz) Biyofilm Oluşturur mu?

İNVAZİF KÜF ENFEKSİYONLARINDA TEDAVİ. Prof Dr Zekaver Odabaşı Marmara Üniversitesi Tıp Fakültesi

Transplantasyon ve Hematoloji Hastalarında Mantar Enfeksiyonları. Dr Zayre Erturan İ.Ü. İstanbul Tıp Fak. Tıbbi Mikrobiyoloji AD

İzolatların Klinik Önemi Aspergillus Enfeksiyonları

Alınan örnekten hangi tetkikler istenmeli?

Cerrahpaşa Tıp Fakültesi Hastanesinde Febril Nötropenik Hasta Antifungal Tedavi Uygulama Prosedürü

MANTARLARIN EPİDEMİYOLOJİK TİPLENDİRİLMESİ. Dr. Ayşe Kalkancı Gazi Üniversitesi Tıp Fakültesi Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı, Ankara

ANTİFUNGAL TEDAVİ: PRE-EMPTİF Mİ EMPİRİK Mİ? Prof. Dr. Ayper SOMER İstanbul Tıp Fakültesi Pediatrik İnfeksiyon Hastalıkları

Febril Nötropenik Hastada Antifungal Profilaksi

GALAKTOMANNAN VE BETA-D-GLUKAN TESTLERİ İÇİN KLİNİK ÖRNEK SEÇİMİ SERUM MU, BAŞKA ÖRNEK(LER) Mİ?

NİLGÜN ÇERİKÇİOĞLU MARMARA ÜNİVERSİTESİ TIP FAKÜLTESİ TIBBİ MİKROBİYOLOJİ ANABİLİM DALI

Klinik Mikrobiyoloji Testlerinde Doğrulama (verifikasyon) ve Geçerli Kılma (validasyon)

Akıl ı Antifungal Kulla ı ı da Mikoloji La oratuvarı ı Rolü. Dr Beyza Ener Uludağ Ü iversitesi Tıp Fakültesi

İnvazif Kandida İnfeksiyonları Tedavi. Prof. Dr. Nur YAPAR DEÜTF İnfeksiyon Hastalıkları ve Klinik Mikrobiyoloji A.D.

Metschnikowia pulcherrima Türü Mayaların İzolasyonu ve Pulcherrimin in Antimikrobiyal Aktivitelerinin Araştırılması. Prof. Dr.

MALDI TOF-MS Performans ve Yenilikler. Dr. Görkem Yaman Düzen Laboratuvarlar Grubu İstanbul

İnvazif Fungal Enfeksiyonlar Epidemiyolojide neler değiş:?

FEBRİL NÖTROPENİDE BAKTERİYEL VE FUNGAL İNFEKSİYONLARIN LABORATUVAR TANISI

Enzimlerinin Saptanmasında

VERİFİKASYON (SEROLOJİ, MOLEKÜLER TESTLER)

VİRUS HASTALIKLARINDA TANI YÖNTEMLERİ

İnvazif Mantar İnfeksiyonları. Prof. Dr. Fatma Ulutan Gazi Üniversitesi Tıp Fakültesi İnfeksiyon Hastalıkları ve Klinik Mikrobiyoloji AD

FUNGAL İNFEKSİYONLARDA MİKROBİYOLOJİK TANI- SORUNLAR. Dr. Betil ÖZHAK BAYSAN Akdeniz Üniversitesi Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı

Fırsatçı mantar enfeksiyonları: KONAK

OLGU SUNUMLARI. Dr. A. Nedret KOÇ. Erciyes Üniversitesi Tıp Fakültesi Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı Kayseri

Antifungal Direnç, Yeni Çoklu Dirençli Fungal Etkenler ve Klinik Yansımaları

Küf Türlerinin Epidemiyolojisi. Yrd. Doç. Dr. Özge Turhan Akdeniz Üniversitesi Tıp Fakültesi İnfeksiyon Hastalıkları ve Klinik Mikrobiyoloji A.D.

Emrah Salman, Zeynep Ceren Karahan Ankara Üniversitesi Tıp Fakültesi. Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı

Candida Türlerinin İdentifikasyonunda Fermentasyon-Asimilasyon Testleri ve Otomatize Sistemler. Dr Beyza Ener Uludağ Üniversitesi Tıp Fakültesi

Dr Beyza Ener Uludağ Üniversitesi Tıp Fakültesi 2015-Bursa

VERİFİKASYON. Dr. Tijen ÖZACAR. Ege Üniversitesi Tıp Fakültesi Tıbbi Mikrobiyoloji AD - İZMİR

Pediyatrik Hastada İnvazif Fungal Enfeksiyonların Tedavisi ve Erken Tanı Yaklaşımları

EMPİRİK ANTİFUNGAL TEDAVİ ALTERNATİF YAKLAŞIMLAR

GİRİŞ. Kan dolaşımı enfeksiyonları (KDE) önemli morbidite ve mortalite sebebi. ABD de yılda KDE, mortalite % 35-60

HPV Moleküler Tanısında Güncel Durum. DNA bazlı Testler KORAY ERGÜNAY 1.ULUSAL KLİNİK MİKROBİYOLOJİ KONGRESİ

Doç. Dr. Bilgin ARDA Ege Üniversitesi Tıp Fakültesi Enfeksiyon Hastalıkları ve Klinik Mikrobiyoloji AD

Prof.Dr. Meltem Yalınay Çırak Gazi Üniversitesi Tıp Fakültesi Mikrobiyoloji ve Klinik Mikrobiyoloji A.D. SALGINLARIN İZLENMESİ VE MOLEKÜLER

Kandida Enfeksiyonlarında Direnç Sorunu. Dr.Buket Ertürk Şengel Marmara Üniversitesi Tıp Fakültesi Pendik Eğitim vearaştırma Hastanesi

2- MİKOLOJİ LABORATUVARI İŞLEYİŞ SÜREÇLERİ


Mantarlar ve Epidemiyoloji. Dr Beyza Ener Uludağ Üniversitesi Tıp Fakültesi

CLSI Yöntemi ve Yeni Öneriler. Prof. Dr. Sevtap Arıkan Akdağlı Hacettepe Üniversitesi Tıp Fakültesi Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı

Kandida Enfeksiyonlarında Serolojik Tanı

Zamanında verilen doğru sonuç hayat kurtarır. İNÖNÜ ÜNİVERSİTESİ TIP FAKÜLTESİ Tıbbi Mikrobiyoloji AD

Dirençli Bakteri Yayılımının Önlenmesinde Laboratuvarın Rolü

Galaktomannan Testinin Doğru Uygulanması ve İnvazif Aspergilloz Tanısındaki Önemi. Beyza Ener Uludağ Üniversitesi Tıp Fakültesi

YOĞUN BAKIMDA FUNGAL ENFEKSİYONLAR. Dr. Murat Sungur Erciyes Üniversitesi Tıp Fakültesi Yoğun Bakım Bilim Dalı

Antifungal Duyarlılık Testleri:

Dr. Özlem Doğan Koç Üniversitesi Tıp Fakültesi. Yoğun Bakımda İnvazif Fungal İnfeksiyonlar-Fungall Akademi 29 Eylül İstanbul

Febril Nötropenide Fungal İnfeksiyonlara Klinik Yaklaşım

Sistemik Mantar Enfeksiyonlarında Kan Kültürleri ve Erken Tanıda Yenilikler

Manisa Bölgesinde Otomikoz Etkenleri,

NAT Yöntem onayı. Dr. A. Arzu Sayıner Dokuz Eylül Üniversitesi Tıp Fakültesi Tıbbi Mikrobiyoloji AD

'nosocomial' Yunanca iki kelimeden oluşur

İnvazif Mantar İnfeksiyonlarında Preemptif Tedavi

TÜBERKÜLOZUN MOLEKÜLER TANISINDA GÜNCEL DURUM

Antifungallerin Akılcı Kullanımı ve Yönetimi

Antifungal Duyarlılık Testleri

Transkript:

Mikoloji: Tanıda Yeni Makaleler Doç. Dr. Dolunay Gülmez

3 Seçim Haziran 2016 dan bugüne kadar çıkmış makaleler Tanıda karşılaştığımız sorunların çözümünü sağlayabilecek/kolaylaştırabilecek yeni çalışmalar Bilimsel birikime katkıda bulunmaya çalışan tüm bilim insanlarına teşekkürler Sunulan çalışmalar için bir sıralama yok Öznel bir seçim

4 Sunum akışı Fungal sınıflandırma/isimlendirme Mantarların tanımlanması Mikoz tanısı Biyobelirteçler PCR Diğer

5 Filogenetik sınıflandırma Alem (Kingdom): Fungi Şube (Phylum): Ascomycota Sınıf (Class): Saccharomycetes Takım (Order): Saccharomycetales Aile (Family): Saccharomycetaceae Cins (Genus): Candida Tür (Species): albicans

6 Adı değişmeli mi? Candida albicans Aspergillus fumigatus

7 The Melbourne Incident, 2011 Mantarların sınıflandırması için kurallar, uluslararası ve botanikçilerin çoğunlukta olduğu kongrelerde tartışma ve oylama ile belirlenmekte. Botanik sınıflandırma kurallarından ayrılan bir fungus sınıflandırması hep sorun olmuş. Temmuz 2011 de Melbourne deki Uluslararası Botanik Kongresi nde mikologların 1 e 20 oranında kaldığı bir kongrede savaş yorgunu mikologlar kanlı bir mücadele beklentisi ile yeni bir deneme yaptı. En radikal öneri olan çift isimlendirmenin (Article 59) kaldırılması oylanmış ve onaylanmış! We just sat there looking like fish with our mouths open.

8 Kurtuldu!!! Candida albicans Aspergillus fumigatus Önümüzdeki onyıllar geçiş dönemi olacak. Yaklaşık 10000 yeniden isimlendirme bekleniyor!

9 Dermatofit sınıflandırmasında beklenen düzenleme Yeni genus Antropofilik ayrımı

de Hoog et al. Mycopathologia 2017, 182:5 31 10 Filogenetik sınıflandırma

11 ITS ve diğer bölge dizilerinin analizine göre oluşturulan filogenetik ağaç ITS locus (rdna ve protein sentezi operonu) LSU locus (rdna ve protein sentezi operonu) TUB (parsiyel β-tübülin) L10 (60S ribozomal protein) Rutin için ITS en uygunu. Bazı türlerin ayrımı için ek genler gerekli. Ör: TUB Morfolojik özellikler hala önemli.

12 ITS ve diğer bölge dizilerinin analizine göre oluşturulan filogenetik ağaç Clade A: Trichophyton 16 tür Clade B: Epidermophyton 1 tür Clade C: Nannizzia 9 tür Clade D: Paraphyton 3 tür (yeni cins) Clade E: Lophophyton 1 tür Clade F: Microsporum 3 tür Clade G: Arthroderma 21 tür Ctenomyces 1 tür Guarromyces (Yeni cins): Eski jeofilik Trichophyton türleri

de Hoog et al. Mycopathologia 2017, 182:5 31 13 Sonuç Toplam cins sayısı artmış ama rutin tanıda önemli türler daha küçük gruplarda. Trichophyton un antropofilik olmayan türleri farklı cins içinde Çok çalışılan bazı türlerdeki aşırı sınıflandırma yok. Bu çalışmada önerilen sınıflandırmanın yakın zamanda çok değişmeyeceği söylenebilir, ayrımlar net. Ama: Bazı iyi tanımlanmış, klinik olarak farklı türlerin ayrımı yapılamamış. T.rubrum /T.violaceum, T.equinum /T.tonsurans,... Jeofilik türler ile ilgili veri daha az olduğundan, bilgi arttıkça farklı türler saptanması daha mümkün.

14

15 Hagen et al. msphere 2017, 2:e00238-17 Cryptococcos taksonomisinin gelişimi Cryptococcus genusu içindeki farklılıklar uzun süredir biliniyor. İlk olarak serotipler (A,B,C,D) ile ortaya konmuş. Bu farklılık tür ayrımına yansımış: Serotip A ve D: C. neoformans var. neoformans Serotip B ve C: C. neoformans var. gattii 1999 da Serotip A için C. neoformans var. grubii C.neoformans ve C.gattii ayrı tür olarak kabul edilmiş. Bu iki tür, kendi içindeki farklılıklar nedeniyle tür kompleksi olarak tanımlanmışlar.

16 2015: Yeni sınıflandırma önerisi Moleküler ve fenotipik olarak iyi ayrılmış türler

Hagen et al. msphere 2017, 2:e00238-17 17 İtirazlar X Savunma İtirazlar Yeni sınıflandırma için erken Tür isimleri karmaşık Fenotipik ayrım mümkün değil Savunma İlgili toplantılarda yıllardır tartışılmakta ve yeni sınıflandırma gereksinimi biliniyor. Fenotipik ayrım mümkün ve MALDI-TOF oldukça başarılı. Epidemiyolojik dağılımın, klinik özelliklerin ve antifungal duyarlılığın farklı olması nedeniyle tür düzeyinde ayrım gerekli.

Moleküler ayrım 18 Hagen et al. msphere 2017, 2:e00238-17 Sonraki çalışmalar da farklı türlerin varlığını desteklemekte.

Hagen et al. msphere 2017, 2:e00238-17 19 Fenotipik farklılıklar Farklı klinik tablo

20 Önerilen sınıflandırma Hagen et al. msphere 2017, 2:e00238-17 Cryptococcus neoformans tür kompleksi: 2 tür C.neoformans: Genotip A C.deneoformans: Genotip D Cryptococcus gattii tür kompleksi: 5 tür C.gattii C.bacillisporus C.deuterogattii C.tetragattii C.decagattii Türler arası hibridler Moleküler ve MALDI-TOF ile ayrım!

21

22 Mantarların tanımlanması Morfoloji Makroskopik Mikroskopik Biyokimyasal özellikler Genetik profil Protein profili

23 J Clin Microbiol 55:1011 1024 DNA dizisi veritabanları

Prakash et al. J Clin Microbiol 2017, 55:1011 1024 24 Amaç Mikoloji alanında tanımlama ve araştırma amaçlı kullanılan online veritabanları önem kazandı. Geleneksel fungal tanı morfoloji ve biyokimyasal testlere dayanmakta. Tek bir tür için farklı isim >1 tür için aynı isim MALDI-TOF MS yöntemi veritabanı geliştikçe daha başarılı olmakta ancak şu andaki uygulamalar kültür sonrasında tanımlama şeklinde. Son 20 yılda taksonominin ve buna bağlı olarak isimlendirmenin değişimi kontrol edilip kesinleşmiş DNA dizisi verilerine erişim gerektirmekte.

Prakash et al. J Clin Microbiol 2017, 55:1011 1024 25 Fungal tanımlama veritabanları Aspergillus Genome Database (AspGD) Aspergillus & Aspergillosis Website Broad Institute databases CBS-KNAW Candida Genome Database (CGD) Doctor Fungus FungiDB Fusarium Database Fusarium MLST (MLST, multilocus sequence typing) Index Fungorum Institut Pasteur-FungiBank International Society for Human and Animal Mycology- Internal Transcribed Spacer (ISHAM-ITS) ISHAM-MLST Mycology Online MycoBank NCBI GenBank NCBI RefSeq UNITE

Prakash et al. J Clin Microbiol 2017, 55:1011 1024 26 Doğru veritabanı Moleküler tür ayrımı: DNA barkodu: türe özgü farklılık gösteren ve korunmuş 500-800 bp lik bölgeler MLST: >3 gen bölgesi Sorun: Depolanan dizilerin tanımlaması hatalı olabilir. Depolanan dizi eksik olabilir. Tek bir bölge yeterli olmayabilir. Çözüm Kalite kontrolü yapılmış dizilerden oluşan açık erişimli veritabanları Ör: NCBI RefSeq, BOLD, UNITE, ISHAM-ITS database ITS bölgesine ek olarak: TEF1α, βtub, IGS1

Prakash et al. J Clin Microbiol 2017, 55:1011 1024 27 Öneri Dinamik bir veritabanı ağı Farklı veri tabanlarının son kullanıcı dostu olacak bir arayüz ile bulut benzeri bir bilgisayar platformu ile birleştirilmesi Belirli bir etkene özel (Fusarium, dermatofit, klinikxçevreye ait türler vb) veritabanlarının genel veritabanları ile birleşimi Gereklilikler: Kontrol edilmiş, kesinleşmiş dizi verisi girişi Sürekli güncelleme ve kontrol için kaynak ve işgücü sağlanması Moleküler verilerin yanı sıra morfolojik, biyokimyasal vb veriler ile ilişkilendirme Avantaj Doğru tanımlama Yeni nesil dizileme ile kültür negatif olgularda etken saptanması

28 MALDI-TOF MS veritabanları J Clin Microbiol 55:2661 2670

Normand et al. J Clin Microbiol 2017, 55:2661 2670 29 MALDI-TOF MS ile fungal tanımlama Yöntemin başarısı büyük ölçüde veritabanına bağlı. Tanımlanan tür sayısı ve klinik önemi olan tür sayısı hızla Atlas of Clinical Fungi 1995 320 tür, 2013 560 tür 2017 versiyonu elektronik sürekli güncellenmeye uygun Bu çalışma çok sayıda mantar izolatı ile test edilerek oluşturulmuş ve basit bir kayıt işlemi sonrasında internet üzerinden erişime açık bir veritabanını tanıtmakta. MSI (Mass Spectrometry Identification platform https://biological-mass-spectrometryidentification.com/msi/) Klinik laboratuvarlarda karşılaşılan patojen ve nonpatojenler 11851 spektrum 938 tür 246 cins

Normand et al. J Clin Microbiol 2017, 55:2661 2670 30 Veritabanı için: Bu çalışmada Veritabanının oluşturulması (Panel 1): Dizileme ile tanımlanmış 422 küf suşuna ait 1688 spektrum 422 suş 126 sı dermatofit Cins ve tür düzeyinde tanımlama için eşik değerler Veritabanının validasyonu (Panel 2): Dizileme ile tanımlanmış 501 klinik izolata ait 2004 spektrum 5 farklı merkez Bruker - IHEM/Marseille veritabanları ile karşılaştırma Sonra: 246 cins 938 tür 11,851 spektrum

31 Sık rastlanan değil, çeşitli cins/tür

Normand et al. J Clin Microbiol 2017, 55:2661 2670 32 Sık rastlanan değil, çeşitli cins/tür

Normand et al. J Clin Microbiol 2017, 55:2661 2670 33 Sonuçlar MSI veritabanı: Tür düzeyinde tanımlama: 435 (%87,35) Cins doğru, tür hatalı: 26 (%5,22) Tanımlanamayan: 37 (%7,43) belirlenen eşik değerin (20) altında Bruker Daltonics veritabanı ile tanımlanamayan: Eşik değer 1, 7 ile %39,76 Eşik değer 2 ile %74,30 Hızlı sonuç (her spektrum için 0,15 sn)

34 Normand et al. J Clin Microbiol 2017, 55:2661 2670 MALDI-TOF X dizileme uyumsuz

35 Yorum Başarılı bir tanımlama sistemi. İki ülke (Fransa, Belçika) 5 farklı laboratuvar, 20 farklı teknisyen Nadir cins ve türler Yalnızca Bruker spektrumları ile test edildi. BioMerieux ve Andromass sistemlerinden elde edilen spektrumlar da eklenmeli. Yalnızca Avrupa daki laboratuvarlar dahil edildi. Bazı cinslerde veritabanına ek yapılmalı: Ör: Fusarium, Aspergillus aureolus Bazı tür düzeyinde ayrımlar sorunlu. (Dizileme ile bile) Ör: Trichophyton rubrum/violaceum Normand et al. J Clin Microbiol 2017, 55:2661 2670 Çok sayıda online kullanıcı sistemi yavaşlatabilir, altyapı güçlendirilmeli.

36 VITEK2 Phoenix MALDI-TOF VITEK-MS Bruker Biotyper Dizileme: internal transcribed spacer (ITS) veya 26S rrna geni D1/D2 domain bölgeleri 55 Candida izolatı, ilk tanımlama (VITEK2): Candida famata (n=38) Candida lusitaniae (n=12) Candida guilliermondii (n=5)

Kim, J Microbiol Biotechnol 2016, 26(12):2206 2213 37

38 Candida auris Nozokomiyal salgınlar Çoklu direnç: FLU R, diğer azoller, AMB ve ekinokandinlere duyarlılık değişken Doğru tanımlanması önemli Ticari sistemler ile yanlış tanımlama: Candida haemulonii, Candida famata, Candida sake, Saccharomyces cerevisiae, and Rhodotorula glutinis

39 90 C.auris MALDI-TOF MS ile doğru tanımlanabilmiş (2015) Daha önceki tarihlerden Candida auris in doğru tanımlanabildiğine ilişkin raporlar var.

40 Candida auris Biyokimyasal tanımlama sistemleri sorunlu. Literatürde MALDI-TOF MS ile çok iyi sonuçlar rapor edilmesine karşın sorun tam çözülmedi! Kullanılan sistemin veritabanında var mı? Duyarlılık profili

41 Mikoz tanısında biyolojik belirteçler

42 Bakteriyel X Fungal Yoğun bakım ünitesi hastaları Kültürle kanıtlanmış kandidemi ve bakteriyemi olanlar Kültür pozitifliği öncesinde BDG ve prokalsitonin ölçümü olanlar

Giacobbe et al. Critical Care 2017, 21:176 43 BDG PCT

Giacobbe et al. Critical Care 2017, 21:176 44 Sonuçlar Toplam 166 hasta Kandidemi 73 (%44) Bakteriyemi 93 (%56) Çoğu hastada pozitif kan kültüründen 12 st önce ve 24 st sonra BDG (139/166, %84) ve PCT (143/166, %86) sonucu var. Kandidemi lehine: BDG 80 pg/ml ve PCT <2 ng/ml ise PPV %96 Tek başına BDG PPV %79 Tek başına PCT %66 Kandidemi aleyhine, bakteriyemi lehine: BDG <80 pg/ml ve PCT 2 ng/ml, Kandidemi için NPV %95 Tek başına BDG PPV %93 Uyumsuz sonuçlar da var.

45 Fungal enf. var X yok Clinical Microbiology and Infection 22 (2016) 862e868

Boch Clin Microbiol Infect 2016, 22: 862e868 46 Amaç ve Yöntem İnvazif fungal enfeksiyonlarda erken ve doğru tanı hayat kurtarıcı Elimizdeki tanı testleri hala istenen düzeyde değil Birden fazla testin aynı anda kullanımı daha iyi sonuç verebilir mi? 99 immün kompromize hastadan BAL ve serum örnekleri Galaktomannan Β-D-glukan Aspergillus PCR Multifungal DNA çipi: 15 farklı mantar Candida albicans, C. dubliniensis, C. lusitaniae, C. glabrata, C. tropicalis, Rhizopus microsporus, Rhiozopus oryzae, Fusarium oxysporum, F. solani, Mucor racemosus, Scedosporium prolificans, Trichosporon asahii, Aspergillus flavus, A. terreus and A. fumigatus

Boch Clin Microbiol Infect 2016, 22: 862e868 47 Farklı test kombinasyonlarının tanıya katkıları İnvazif fungal enfeksiyon tanısı 2008 EORTC/MSG kriterlerine göre (GM ve BDG dahil). Toplam 37 hasta proven/probable invazif fungal enf. Diğerleri negatif kontrol

Boch Clin Microbiol Infect 2016, 22: 862e868 48 Farklı test kombinasyonlarının tanıya katkıları İnvazif fungal enfeksiyon tanısı 2008 EORTC/MSG kriterlerine göre ama GM ve BDG çıkarılmış olarak (direkt mikroskopi, kültür, histoloji). 9 hasta proven/probable invazif fungal enf.

Boch Clin Microbiol Infect 2016, 22: 862e868 49 Farklı test kombinasyonlarının tanıya katkıları İnvazif aspergillozda (2008 EORTC/MSG kriterlerine göre) GM, Aspergillus PCR ve DNA microarray 20 hasta proven/probable invazif aspergilloz 29 hasta kontrol Aspergillus DNA pozitif 15 hastadan 1 inde azol Direnç mutasyonu pozitif

Boch Clin Microbiol Infect 2016, 22: 862e868 50 Sonuç GM (BAL) ve BDG (serum) en iyi ikili kombinasyon BDG için serum BAL dan daha iyi. BAL BDG ile duyarlılık artıyor ama %50 ye düşen özgüllük ve panfungal olması nedeniyle etkenin ayırt edilememesi tanısal değerini düşürmekte. Aspergillus PCR eklenmesinin tanıya katkısı az. Ama etkene özgü bilgi vermesi yararlı olabilir. Aspergillus PCR sonuçlarının protokole göre değiştiği hatırlanmalı. DNA microarray diğer belirteçler ile saptanamayan Mucorales enfeksiyonları için yararlı rutin tarama için değil şüphe durumunda kullanılması uygun olabilir.

J Clin Microbiol 54:2786 2797 51 Gerçek panfungal belirteç Panfungal belirteç: Kütle spektrofotometrisi ile serum disakkaridinin tanımlanması (MS-DS) Mucormycetes dahil pan-fungal tanı için ortak ag saptama Retrospektif 48 hasta (proven/probable): İnvazif kandidoz 23 hastadan 74 serum İnvazif aspergilloz 15 hastadan 40 serum Mukormikoz 10 hastadan 15 serum Kontrol grubu 49 hastadan 102 serum MS-DS, mannan, galaktomannan (GM), ve (1,3)--D-glukan (BDG)

Mery et al. J Clin Microbiol 54:2786 2797 52 İnvazif kandidoz Duyarlılık ve özgüllük: Serum örneğine göre: MS-DS: %62 ve %84 ΒDG: % 82 ve %60 Mannan: %33 and %94 Hastaya göre: MS-DS: %83 ve %69 ΒDG: %96 ve %31 Mannan: %39 ve %86 Kontroller içinde mannan ve BDG düzeylerine göre invazif kandidoz olabileceği düşünülenler var. Çıkarılırsa MS-DS için özgüllük serum örneğine göre %89, hastaya göre %78. Kolonizasyonda MS-DS pozitifliği yok. Israrcı MS-DS düzeyleri kötü prognoz ile ilişkili Erken tanı: kan kültürü öncesinde MS-DS pozitifliği %73

Mery et al. J Clin Microbiol 54:2786 2797 53 İnvazif aspergilloz Duyarlılık ve özgüllük: Serum örneğine göre: MS-DS: %83 ve %81 Β-D-glukan: % 62 ve %95 Galaktomannan: %62 and %100 Hastaya göre: MS-DS: %93 ve %76 Β-D-glukan: %87 ve %90 Galaktomannan: %93 ve %100 MS-DS, GM ile monitorizasyon uygulanıyorsa, BDG den daha iyi tamamlayıcı Erken tanı: 6 hastada GM dan önce pozitif Kontrollerde possible IA olan bir hastada MS-DS çok yüksek (diğer belirteçlerden daha erken tanı?)

Mery et al. J Clin Microbiol 54:2786 2797 54 Mukormikoz MS-DS 10 hastadan 9 unda pozitif Pozitiflik yüksek düzeyde Erken tanı: Elde tanı öncesi serumu olan 5 hastadan 4 ü pozitif

Mery et al. J Clin Microbiol 54:2786 2797 55 Sonuç Farklı belirteçlerin nadiren eşzamanlı olarak saptanması salınım ve kandan temizlenme kinetiklerinin farklı olduğuna işaret MS-DS gerçek bir panfungal test olabilir. Mucorales! Şu anda riskli hastaların taranması için kullanılan diğer belirteçler ile karşılaştırılabilir performans Çok merkezli çalışmalar önerilmekte.

56 PCR

J Clin Microbiol 54:2910 2918 57 Klinik örnekten, kültür gerekmeden farklı fungal patojenlerin saptanması Dizileme gerekmeden RT-PCR erime eğrisi analizi ve prob ile tanı Aspergillus Rhizopus Mucor Histoplasma Blastomyces Coccidioides Paracoccidioides Candida yok Kültür gerektirmeden Çok sayıda patojen

Valero et al. J Clin Microbiol 54:2910 2918 58 Sonuç Standardizasyon: 11 mantar türü ile erime eğrisi veritabanı Validasyon: 60 klinik örnek Tekrarlanabilirlik iyi Duyarlılık %83,3 Özgüllük %100 İnvazif fungal enfeksiyonu olan hastalardan %77,8 inde problar ile etken saptanabilmiş. %67,8 inde ek dizileme gerekmeden 24 st içinde tanı verilebilmiş. Gerçekten bu kadar iyi mi?

59

Morton et al. Medical Mycology, 2017, 55, 402 413 60 Amaç ve Yöntem Aspergillus PCR en çok araştırılan fungal PCR Çok farklı PCR protokolleri var. Standardizasyon ve validasyon hala sorun. Kan için öneriler var. BAL, doku, BOS? Bu çalışma: 28 merkez, kendi kullandıkları Aspergillus PCR ile test etmiş. Farklı türlerden ekstrakte edilen standart DNA gönderilmiş. Aspergillus türleri C. albicans, Lichtheimia corymbifera, Cunninghamella, Fusarium oxysporum, Scedosporium apiospermum, Penicillium Kör çalışma Hangi türler saptanabiliyor? Türler arasında çapraz reaktivite var mı?

Morton et al. Medical Mycology, 2017, 55, 402 413 61 Sonuçlar Bir Aspergillus türüne özgül PCR için kesinlik %47,2 Aspergillus cinsine özgül PCR için kesinlik %71,8 En sık kaçırılan türler A. lentulus %25, A. versicolor %24, A. terreus %16, A. flavus %15, A.niger %13 A. fumigatus %6 rrna genini hedefleyen PCR protokollerinde kesinlik daha iyi. rrna gen hedefleri yanlış pozitiflik ile de ilişkili. Yanlış negatiflik hala sorun, tarama için uygun değil. A.fumigatus için daha iyi, diğer türlerde? rrna genini hedefleyen protokoller daha uygun.

62 Kültürde üreme olmadan tanımlama ve direnç saptama J Clin Microbiol 55:3210 3218

Dannaoui J Clin Microbiol 55:3210 3218 63 Yöntem MycoGENIE A.fumigatus real-time PCR kit Aspergillus fumigatus varlığı (çok kopyalı 28S rrna geni) Sık rastlanan azol direnç mutastonları (cyp51a genindeki TR34 and L98H mutasyonları) cyp51a geni için validasyon: 10 dirençli ve 15 duyarlı izolat Klinik validasyon: Proven/probable aspergilloz olan 62 hastadan 88 solunum yolu örneği Proven/probable aspergilloz olan 16 hastadan 69 serum Aspergilloz olmayan 13 hastadan solunum yolu ve serum örnekleri

Dannaoui J Clin Microbiol 55:3210 3218 64 Sonuçlar Çeşitli mantar ve bakterilerle çapraz reaksiyon yok. Aspergillus flavus, Aspergillus niger, Aspergillus nidulans, Aspergillus versicolor, Aspergillus terreus, Candida albicans, Candida glabrata, Candida parapsilosis, Candida lusitaniae, Penicillium spp., Fusarium spp. Staphylococcus epidermidis, Staphylococcus aureus, Pseudomonas aeruginosa Saptama sınırı (Aspergillus DNA Calibrator): Aspergillus 28S rrna geni için <1 kopya TR34 ve L98H mutasyonu olan cyp51a geni için 6 kopya Test edilen 25 suşun 10 unda cyp51a mutasyonu var, hepsi saptanabilmiş. Tekrarlanabilirlik iyi

Dannaoui J Clin Microbiol 55:3210 3218 65 Kültürden bağımsız A.fumigatus tanısı ve azol R mutasyonu saptanması Sonuçlar Duyarlılık ve özgüllük Solunum yolu örnekleri %92,9 ve %90,1 Serum örnekleri: %100 ve %84.6 Referans yöntem (Valide edilmiş In house PCR) ile karşılaştırma: 11 solunum yolu, 19 serum örneği Daha az miktarda örnekten çalışılmasına karşın %100 uyum DNA kinetiği: Seri serum örnekleri olan 4 hastadan 2 sinde GM dan 5 gün önce, 1 inde aynı örnekte PCR pozitif

66

67 Non-invazif GM antijeni Yoğunlaştırılmış nefes X BAL Nefes 10 dk boyunca soğutuculu bir yoğunlaştırıcı ile toplanmış. Sonrasında hemen BAL alınmış. Platelia Aspergillus enzyme-linked immunosorbent assay (ELISA)

Bhimji et al. Clin Microbiol Infect 2017 doi: 10.1016/j.cmi.2017.09.018 68 Sonuçlar Hastalar Akciğer nakli yapılmış 197 hasta Hematolojik malignitesi olan 133 hasta Sağlıklı gönüllü (n=43): BAL yok Örnekler: 476 yoğunlaştırılmış nefes 444 BAL Tüm hastalarda yoğunlaştırılmış nefeste GM sağlıklı kontrollerden daha yüksek. Ama yalnızca 44 hastada invazif aspergilloz tanısı var. BAL GM ile de uyumsuz. Yoğunlaştırılmış nefeste GM saptanabilmesine karşın IA ile anlamlı ilişki gösterilemedi.

69 Tanıda son durum

70 Teşekkürler