ÇUKUROVA ÜNİVERSİTESİ FEN BİLİMLERİ ENSTİTÜSÜ

Transkript

1 ÇUKUROVA ÜNİVERSİTESİ FEN BİLİMLERİ ENSTİTÜSÜ DOKTORA TEZİ Yüşa TÜRKELİ Pistacia vera L. X Pistacia atlantica Desf. MELEZ POPULASYONUNDA GENETİK HARİTALAMA BAHÇE BİTKİLERİ ANABİLİM DALI ADANA, 2010

2 ÇUKUROVA ÜNİVERSİTESİ FEN BİLİMLERİ ENSTİTÜSÜ Pistacia vera L. x Pistacia atlantica Desf. MELEZ POPULASYONUNDA GENETİK HARİTALAMA Yüşa TÜRKELİ DOKTORA TEZİ BAHÇE BİTKİLERİ ANABİLİM DALI Bu tez 19/01/2010 Tarihinde Aşağıdaki Jüri Üyeleri Tarafından Oybirliği İle Kabul Edilmiştir. İmza Prof. Dr. Salih KAFKAS DANIŞMAN İmza. Prof. Dr. Saadet BÜYÜKALACA ÜYE İmza Prof. Dr. Hakan ÖZKAN ÜYE İmza. Doç. Dr. Osman GÜLŞEN ÜYE İmza Yrd. Doç. Dr. Nedim MUTLU ÜYE Bu Tez Enstitümüz Bahçe Bitkileri Anabilim Dalında Hazırlanmıştır. Kod No: Prof. Dr. İlhami YEĞİNGİL Enstitü Müdürü Bu Çalışma Çukurova Üniversitesi Bilimsel Araştırma Projeleri Birimi (Proje No: ZF2007D5) ve Devlet Planlama Teşkilatı (Proje No: DPT2006K A06) Tarafından Desteklenmiştir. NOT: Bu tezde kullanılan özgün ve başka kaynaktan yapılan bildirilerin, şekil ve fotoğrafların kaynak gösterilmeden kullanımı, 5846 sayılı Fikir ve Sanat Eserleri Kanunundaki hükümlere tabidir.

3 ÖZ DOKTORA TEZİ Pistacia vera L. X Pistacia atlantica Desf. MELEZ POPULASYONUNDA GENETİK HARİTALAMA Yüşa TÜRKELİ ÇUKUROVA ÜNİVERSİTESİ FEN BİLİMLERİ ENSTİTÜSÜ BAHÇE BİTKİLERİ ANABİLİM DALI Danışman: Prof. Dr. Salih KAFKAS Yıl: 2010, Sayfa: 188 Jüri: Prof. Dr. Salih KAFKAS Prof. Dr. Saadet BÜYÜKALACA Prof. Dr. Hakan ÖZKAN Doç. Dr. Osman GÜLŞEN Yrd. Doç. Dr. Nedim MUTLU Bu çalışma ISSR, SRAP ve AFLP teknikleri kullanılarak antepfıstığının ilk genetik bağlantı haritasını oluşturmak amacıyla yapılmıştır. Siirt (Pistacia vera L.) çeşidi ile monoik PA-18 genotipi (Pistacia atlantica Desf.) arasındaki melezlemeye ait 92 F1 bitkisi ile double pseudo-testcross haritalama metodu uygulanarak iki ayrı genetik bağlantı haritası oluşturulmuştur. Çalışmada uygulanan 16 ISSR primerinden açılım gösteren 19 markörün 9 u Siirt çeşidinde, 10 u ise PA-18 genotipinde tespit edilmiştir. Ayrıca uygulanan 27 SRAP primer kombinasyonundan 96 markör açılım göstermiş olup bunların 49 adedi Siirt çeşidinde, 47 adedi PA-18 genotipinde belirlenmiştir. Bununla birlikte, 27 AFLP primer kombinasyonuna ait açılım gösteren 206 markörden Siirt çeşidinde ve PA-18 genotipinde sırasıyla 107 ve 99 markör olarak tespit edilmiştir. Bu çalışmada, Siirt çeşidinin haritasına ait toplam 165 markörün (9 ISSR, 49 SRAP, 107 AFLP) %87 si 1:1 ve %13 ü ise 3:1 açılım oranlarına sahip olmuş ve ortalama markör yoğunluğu ise 9.70 olarak belirlenmiştir. Diğer taraftan PA-18 genotipinin haritasını oluşturan toplam 156 markörden (10 ISSR, 47 SRAP, 99 AFLP) %86 sı ve %14 ü sırasıyla 1:1 ve 3:1 açılım göstermiş olup bunlara ait markör yoğunluğu 8.21 olarak tespit edilmiştir. Bunlarla birlikte, 17 bağlantı grubuna sahip Siirt haritası toplam cm uzunluğunda olup iki markör arasındaki ortalama uzaklık ise 7.50 cm olarak hesaplanmıştır. PA-18 genotipinin haritasını oluşturan 19 bağlantı grubunun toplam uzunluğu ise cm ve markörler arası ortalama uzaklık ise 8.57 cm olarak saptanmıştır. Sonuç olarak bu çalışmada antepfıstığının moleküler ıslaha geçiş için temel oluşturacak ilk genetik bağlantı haritası oluşturulmuştur. Gelecekte antepfıstığında yapılacak haritalama çalışmalarında daha fazla genom içeriğine sahip olmak ve daha yüksek yoğunluklu doymuş genetik haritalar elde etmek için daha fazla sayıda bitki analiz edilmeli ve daha fazla sayıda açılım gösteren dominant markörler ile birlikte SSR gibi kodominant markörler kullanılmalıdır. Anahtar Kelimeler: Antepfıstığı, AFLP, SRAP, ISSR, Genetik haritalama, I

4 ABSTRACT PhD THESIS A GENETIC LINKAGE MAP IN Pistacia vera L. X Pistacia atlantica Desf. POPULATION Yüşa TÜRKELİ DEPARTMENT OF HORTICULTURE INSTITUTE OF BASIC AND APPLIED SCIENCES UNIVERSITY OF CUKUROVA Supervisor: Prof. Dr. Salih KAFKAS Year : 2010, Page: 188 Jury : Prof. Dr. Salih KAFKAS : Prof. Dr. Saadet BÜYÜKALACA : Prof. Dr. Hakan ÖZKAN : Assoc. Prof. Dr. Osman GÜLŞEN : Asst. Prof. Dr. Nedim MUTLU This study was carried out to construct the first genetic linkage map of pistachio using ISSR, SRAP and AFLP molecular marker techniques. Two separate genetic linkage maps have been constructed by applying the strategy of double pseudo-testcross mapping with 92 F1 hybrid individuals of a cross progeny which were derived from crossing between Siirt (Pistacia vera L.) cultivar and monoecious PA-18 (Pistacia atlantica Desf.) genotype. In this research, 19 markers segregated by analysing 16 ISSR primers, 9 of which were identified in Siirt cultivar and 10 in PA-18 genotype. Besides, from 27 SRAP primer combinations, 96 markers segregated, 49 of which were identified in Siirt cultivar, and 47 belonged to PA-18 genotype. In addition to these, 206 markers segregated from 27 AFLP primer combinations, of which were identified in the Siirt cultivar and in the PA-18 genotype as 107 and 99 markers, respectively. In accordance with this study, a total of 165 markers (9 ISSRs, 49 SRAPs, 107 AFLPs) belonged to the map of Siirt cultivar, of which 87% 1:1 and 13% 3:1 segregated with an average marker number of Besides this, in the map of PA-18 genotype, of 156 markers (10 ISSRs, 47 SRAPs, 99 AFLPs) with a mean marker number of 8.21, 86% and 14% found to have 1:1 and 3:1 segregation, respectively. In this study, Siirt genetic map had 17 linkage groups spannig cm length with a mean marker density of 7.50 cm and PA-18 genetic map comprised 19 linkage groups covering cm with a mean marker density of 8.57 cm. This study has the first basis of genetic linkage maps of pistachio for molecular breeding. In the future mapping studies, more hybrid progenies should be analyzed and more dominant markers should be used together with co-dominant markers like SSR to obtain better genome coverage for a better saturated high density maps. Key Words: Pistachio, AFLP, SRAP, ISSR, Genetic mapping II

5 TEŞEKKÜR Öncelikle antepfıstığında genetik haritalama konusundaki bilimsel çalışmalar için alt yapı oluşturan ve bu konudaki ilk tez çalışmasını bana veren, yapmış olduğum çalışmalarda yardımlarını hiçbir zaman esirgemeyen, bilgi ve birikimleri ile çalışmalarıma önder olan, yön veren çok değerli danışman hocam Sayın Prof. Dr. Salih KAFKAS a en içten teşekkürü bir borç bilirim. Tez İzleme Komitesi nde bulunan, çalışmalarıma fikirleri ve önerileriyle yön verici katkı sağlayan, bilgilerini ve desteklerini esirgemeyen, Sayın Prof. Dr. Saadet BÜYÜKALACA ve Sayın Prof. Dr. Hakan ÖZKAN a en samimi teşekkürlerimi sunarım. Tez verilerinin, Joinmap 4.0 bilgisayar programındaki istatistik analizleri esnasında yardımlarını esirgemeyen Erciyes Üniversitesi Bahçe Bitkileri Bölümü öğretim üyesi Sayın Doç. Dr. Osman GÜLŞEN ile tezi özenle okuyup bilgi ve tecrübeleriyle katkı sağlayan Akdeniz Üniversitesi Biyoteknoloji Merkezi öğretim üyesi Sayın Yrd. Doç Dr. Nedim MUTLU ya en samimi şükranlarımı sunarım. Çalışmalarım süresince yardımlarını esirgemeyen kıymetli arkadaşım doktora öğrencisi Yıldız DOĞAN a ayrıca içten teşekkür ederim. Ayrıca tez çalışmalarımın yürütülmesinde maddi destek sağlayan Çukurova Üniversitesi Bilimsel Araştırma Projeleri Birimine ve Devlet Planlama Teşkilatı Proje Birimine içten teşekkürlerimi sunarım. Her daim maddi ve manevi desteklerini hiçbir zaman esirgemeyen, sevgi ve anlayış ile her zaman yanımda olan ağabeyim Yunus ile eşi Ketayün e, yeğenlerim Aliyavuz ve Oğuzhan a, özellikle de çalışmalarım boyunca sabır ve hoş görü gösteren, yüksek anlayış ve içten sevgisiyle her zaman destek ve moral olan, sevgili eşim Fatma TÜRKELİ ye ve annesine, ayrıca tüm aile fertlerimin her birine (Annem FatmaZehra ve Kayınbabam HacıahmetKaya ruhları şad olsun) en içten sonsuz sevgilerimi, minnetlerimi ve şükranlarımı sunmaktan büyük bir mutluluk duyarım. III

6 İÇİNDEKİLER SAYFA ÖZ.. I ABSTRACT. II TEŞEKKÜR. III İÇİNDEKİLER IV ÇİZELGELER DİZİNİ... VIII ŞEKİLLER DİZİNİ.... XVI SİMGELER ve KISALTMALAR.. XX 1. GİRİŞ ÖNCEKİ ÇALIŞMALAR Moleküler Markörlerle İlgili Genel Literatür Özeti Antepfıstığında Yapılan Moleküler Çalışmalar Pistacia Türlerinde Yapılan Kromozom Sayımı Çalışmaları Meyve Ağaçlarında Yapılan Genetik Haritalama Çalışmaları Orman Ağaçlarında Yapılan Genetik Haritalama Çalışmaları Diğer Türlerde Yapılan Genetik Haritalama Çalışmaları MATERYAL VE METOD Materyal Metod Yaprak Örneklerinin Toplanması DNA İzolasyonu DNA Konsantrasyonunun Belirlenmesi Stok DNA Konsantrasyonunun belirlenmesi PCR için 5 ng/µl ve 50 ng/µl DNA Konsantrasyonlarının Belirlenmesi ISSR Analizleri SRAP Analizleri AFLP Analizleri Restriksiyon-Ligasyon Aşaması Ön Selektif PCR (Preamplifikasyon) Aşaması IV

7 Selektif PCR Aşaması SRAP ve ISSR Yöntemlerine ait PCR Ürünlerinin Agaroz Jelde Elektroforezi AFLP ve SRAP Yöntemlerine ait PCR Ürünlerinin Kapiler Elektroforezi Moleküler Markörlerin Değerlendirilmesi ve Genetik Bağlantı Gruplarının Oluşturulması BULGULAR ve TARTIŞMA ISSR Analizleri SRAP Analizleri AFLP Analizleri ISSR, SRAP ve AFLP Analizlerinin Birlikte Değerlendirilmesi Mendel Açılım Oranlarından Sapma Gösteren Markörler Antepfıstığında Genetik Bağlantı Gruplarının Oluşturulması Siirt Çeşidi Genetik Bağlantı Grupları Siirt Çeşidi Haritasının 1. Bağlantı Grubu (S1) Siirt Çeşidi Haritasının 2. Bağlantı Grubu (S2) Siirt Çeşidi Haritasının 3. Bağlantı Grubu (S3) Siirt Çeşidi Haritasının 4. Bağlantı Grubu (S4) Siirt Çeşidi Haritasının 5. Bağlantı Grubu (S5) Siirt Çeşidi Haritasının 6. Bağlantı Grubu (S6) Siirt Çeşidi Haritasının 7. Bağlantı Grubu (S7) Siirt Çeşidi Haritasının 8. Bağlantı Grubu (S8) Siirt Çeşidi Haritasının 9. Bağlantı Grubu (S9) Siirt Çeşidi Haritasının 10.Bağlantı Grubu (S10) Siirt Çeşidi Haritasının 11.Bağlantı Grubu (S11) Siirt Çeşidi Haritasının 12.Bağlantı Grubu (S12) Siirt Çeşidi Haritasının 13.Bağlantı Grubu (S13) Siirt Çeşidi Haritasının 14.Bağlantı Grubu (S14) Siirt Çeşidi Haritasının 15.Bağlantı Grubu (S15) Siirt Çeşidi Haritasının 16.Bağlantı Grubu (S16) 111 V

8 Siirt Çeşidi Haritasının 17.Bağlantı Grubu (S17) Siirt Çeşidi Genetik Haritasının Genel Değerlendirilmesi PA-18 Genotipi Genetik Bağlantı Grupları PA-18 Genotipi Haritasının 1. Bağlantı Grubu (Pa1) PA-18 Genotipi Haritasının 2. Bağlantı Grubu (Pa2) PA-18 Genotipi Haritasının 3. Bağlantı Grubu (Pa3) PA-18 Genotipi Haritasının 4. Bağlantı Grubu (Pa4) PA-18 Genotipi Haritasının 5. Bağlantı Grubu (Pa5) PA-18 Genotipi Haritasının 6. Bağlantı Grubu (Pa6) PA-18 Genotipi Haritasının 7. Bağlantı Grubu (Pa7) PA-18 Genotipi Haritasının 8. Bağlantı Grubu (Pa8) PA-18 Genotipi Haritasının 9. Bağlantı Grubu (Pa9) PA-18 Genotipi Haritasının 10. Bağlantı Grubu (Pa10) PA-18 Genotipi Haritasının 11. Bağlantı Grubu (Pa11) PA-18 Genotipi Haritasının 12. Bağlantı Grubu (Pa12) PA-18 Genotipi Haritasının 13. Bağlantı Grubu (Pa13) PA-18 Genotipi Haritasının 14. Bağlantı Grubu VI

9 (Pa14) PA-18 Genotipi Haritasının 15. Bağlantı Grubu (Pa15) PA-18 Genotipi Haritasının 16. Bağlantı Grubu (Pa16) PA-18 Genotipi Haritasının 17. Bağlantı Grubu (Pa17) PA-18 Genotipi Haritasının 18. Bağlantı Grubu (Pa18) PA-18 Genotipi Haritasının 19. Bağlantı Grubu (Pa19) PA-18 Atlantik Sakızı Genotipinin Genetik Haritasının Genel Değerlendirilmesi Siirt Antepfıstığı Çeşidi ve PA-18 Atlantik Sakızı Genotipi Genetik Bağlantı Haritalarının Birlikte Değerlendirilmesi SONUÇ ve ÖNERİLER KAYNAKLAR ÖZGEÇMİŞ VII

10 ÇİZELGELER DİZİNİ SAYFA Çizelge 1.1. Dünya da önemli antepfıstığı üreticisi ülkelerin üretim değerleri 1 Çizelge 3.1. Antepfıstığında ISSR-PCR reaksiyonunda kullanılan kimyasallar ve konsantrasyonları. 47 Çizelge 3.2. Antepfıstığında ISSR-PCR reaksiyonunda uygulanan sıcaklıkları ve döngü koşulları. 48 Çizelge 3.3. Antepfıstığında genetik haritalama çalışmasında kullanılan ISSR primerleri ile baz dizilimleri ve DNA ya yapışma sıcaklıkları.. 49 Çizelge 3.4. ABI 3130x1 kapiler elektroforez cihazında ve agaroz jel ortamında F1 melez bitkilerinin taraması için kullanılan SRAP ileri primerleri ve baz dizilimleri Çizelge 3.5. ABI 3130x1 kapiler elektroforez ve agaroz jel ortamında F1 melez bitkilerinin taraması için kullanılan SRAP geri primerleri ve baz dizilimleri.. 51 Çizelge 3.6. F1 melez bitkilerin DNA larının tarama analizlerinde uygulanan SRAP primer kombinasyonları ve her bir primer kombinasyonunda yer alan SRAP ileri ve geri primerleri Çizelge 3.7. F1 melez bitkilerin analizinde kullanılan SRAP ileri ve geri primerler ile uygulanan primer kombinasyonları.. 53 Çizelge 3.8. Antepfıstığında SRAP PCR reaksiyonunda kullanılan kimyasallar ve konsantrasyonları.. 54 Çizelge 3.9. Antepfıstığında SRAP analiz yönteminde uygulanan PCR sıcaklık ve döngü koşulları Çizelge AFLP analizlerinde kullanılan adaptörler, ön selektif primerler ile baz dizilimleri.. 56 VIII

11 Çizelge Çizelge Çizelge Çizelge Çizelge F1 melez bitkilerinin tarama analizi için kullanılan AFLP selektif primerler ve baz dizilimleri. 57 F1 melez bitkilerin analizlerinde kullanılan AFLP ileri ve geri primerler ile uygulanan primer kombinasyonları AFLP yönteminde restriksiyon ve ligasyon aşamalarında PCR reaksiyonlarında kullanılan kimyasal bileşenleri ve konsantrasyonları AFLP yönteminde ön selektif (preamplifikasyon) PCR bileşenlerini oluşturan kimyasallar ve konsantrasyonları AFLP yönteminde ön selektif (preamplifikasyon) PCR döngü koşulları Çizelge AFLP yönteminde selektif PCR reaksiyonunda kullanılan kimyasal bileşenleri ve konsantrasyonları Çizelge AFLP yönteminde selektif PCR döngü koşulları Çizelge 4.1. Siirt çeşidinde ve PA-18 genotipinde ISSR, SRAP ve Çizelge 4.2. Çizelge 4.3. Çizelge 4.4. Çizelge 4.5. AFLP analizlerinde taranan primer sayıları, polimorfizm gösteren primer sayıları, polimorfik markör sayıları ile ortalama polimorfik markör sayıları ve markörlerin açılım oranları ve yüzdeleri. 70 Siirt x PA-18 melezi F1 bitkilerinin ISSR, SRAP ve AFLP analizlerinde kullanılan primerler, toplam markör sayıları, ortalama polimorfik markör sayıları, açılım oranlarına göre markörlerin dağılımı ve yüzdeleri 77 Siirt çeşidinin genetik haritasında açılım gösteren markör sayıları ve açılım yüzdeleri, sapma gösteren markör sayıları ve yüzdeleri PA-18 genotipinin genetik haritasında açılım gösteren markör sayıları ve açılım yüzdeleri, sapma gösteren markör sayıları ve yüzdeleri Siirt çeşidi genetik haritasının 1. bağlantı grubuna (S1) ait markörler ve markör uzaklıkları (cm), açılım oranları, IX

12 Çizelge 4.6. Çizelge 4.7. Çizelge 4.8. Çizelge 4.9. Çizelge Çizelge Çizelge ortalama ki-kare katkısı, ki-kare değerleri ve önem seviyeleri Siirt çeşidi genetik haritasının 2. bağlantı grubuna (S2) ait markörler ve markör uzaklıkları (cm), açılım oranları, ortalama ki-kare katkısı, ki-kare değerleri ve önem seviyeleri Siirt çeşidi genetik haritasının 3. bağlantı grubuna (S2) ait markörler ve markör uzaklıkları (cm), açılım oranları, ortalama ki-kare katkısı, ki-kare değerleri ve önem seviyeleri.. 93 Siirt çeşidi genetik haritasının 4. bağlantı grubuna (S4) ait markörler ve markör uzaklıkları (cm), açılım oranları, ortalama ki-kare katkısı, ki-kare değerleri ve önem seviyeleri Siirt çeşidi genetik haritasının 5. bağlantı grubuna (S5) ait markörler ve markör uzaklıkları (cm), açılım oranları, ortalama ki-kare katkısı, ki-kare değerleri ve önem seviyeleri.. 96 Siirt çeşidi genetik haritasının 6. bağlantı (S6) grubuna ait markörler ve markör uzaklıkları (cm), açılım oranları, ortalama ki-kare katkısı, ki-kare değerleri ve önem seviyeleri Siirt çeşidi genetik haritasının 7. bağlantı (S7) grubuna ait markörler ve markör uzaklıkları (cm), açılım oranları, ortalama ki-kare katkısı, ki-kare değerleri ve önem seviyeleri Siirt çeşidi genetik haritasının 8. bağlantı (S8) grubuna ait markörler ve markör uzaklıkları (cm), açılım oranları, ortalama ki-kare katkısı, ki-kare değerleri ve önem seviyeleri X

13 Çizelge Çizelge Çizelge Çizelge Çizelge Çizelge Çizelge Siirt çeşidi genetik haritasının 9. bağlantı (S9) grubuna ait markörler ve markör uzaklıkları (cm), açılım oranları, ortalama ki-kare katkısı, ki-kare değerleri ve önem seviyeleri Siirt çeşidi genetik haritasının 10. bağlantı (S10) grubuna ait markörler ve markör uzaklıkları (cm), açılım oranları, ortalama ki-kare katkısı, ki-kare değerleri ve önem seviyeleri Siirt çeşidi genetik haritasının 11. bağlantı (S11) grubuna ait markörler ve markör uzaklıkları (cm), açılım oranları, ortalama ki-kare katkısı, ki-kare değerleri ve önem seviyeleri Siirt çeşidi genetik haritasının 12. bağlantı (S12) grubuna ait markörler ve markör uzaklıkları (cm), açılım oranları, ortalama ki-kare katkısı, ki-kare değerleri ve önem seviyeleri Siirt çeşidi genetik haritasının 13. bağlantı (S13) grubuna ait markörler ve markör uzaklıkları (cm), açılım oranları, ortalama ki-kare katkısı, ki-kare değerleri ve önem seviyeleri Siirt çeşidi genetik haritasının 14. bağlantı (S14) grubuna ait markörler ve markör uzaklıkları (cm), açılım oranları, ortalama ki-kare katkısı, ki-kare değerleri ve önem seviyeleri Siirt çeşidi genetik haritasının 15. bağlantı (S15) grubuna ait markörler ve markör uzaklıkları (cm), açılım oranları, ortalama ki-kare katkısı, ki-kare değerleri ve önem seviyeleri XI

14 Çizelge Çizelge Çizelge Çizelge Çizelge Çizelge Çizelge Siirt çeşidi genetik haritasının 16. bağlantı (S16) grubuna ait markörler ve markör uzaklıkları (cm), açılım oranları, ortalama ki-kare katkısı, ki-kare değerleri ve önem seviyeleri Siirt çeşidi genetik haritasının 17. bağlantı (S17) grubuna ait markörler ve markör uzaklıkları (cm), açılım oranları, ortalama ki-kare katkısı, ki-kare değerleri ve önem seviyeleri Siirt çeşidi genetik haritasının bağlantı gruplarına ait uzunluklar (cm), AFLP, SRAP, ISSR markör sayıları, toplam markör sayıları, ortalama uzaklıklar ve 20 cm den daha geniş boşluk sayıları ile markörlerin açılım ve sapma oranları PA-18 genotipi genetik haritasının 1. bağlantı grubuna (Pa1) ait markörler ve markör uzaklıkları (cm), açılım oranları, ortalama ki-kare katkısı, ki-kare değerleri ve önem seviyeleri PA-18 genotipi genetik haritasının 2. bağlantı grubuna (Pa2) ait markörler ve markör uzaklıkları (cm), açılım oranları, ortalama ki-kare katkısı, ki-kare değerleri ve önem seviyeleri PA-18 genotipi genetik haritasının 3. bağlantı grubuna (Pa3) ait markörler ve markör uzaklıkları (cm), açılım oranları, ortalama ki-kare katkısı, ki-kare değerleri ve önem seviyeleri PA-18 genotipi genetik haritasının 4. bağlantı grubuna (Pa4) ait markörler ve markör uzaklıkları (cm), açılım oranları, ortalama ki-kare katkısı, ki-kare değerleri ve önem seviyeleri XII

15 Çizelge Çizelge Çizelge Çizelge Çizelge Çizelge Çizelge PA-18 genotipi genetik haritasının 5. bağlantı grubuna (Pa5) ait markörler ve markör uzaklıkları (cm), açılım oranları, ortalama ki-kare katkısı, ki-kare değerleri ve önem seviyeleri PA-18 genotipi genetik haritasının 6. bağlantı grubuna (Pa6) ait markörler ve markör uzaklıkları (cm), açılım oranları, ortalama ki-kare katkısı, ki-kare değerleri ve önem seviyeleri PA-18 genotipi genetik haritasının 7. bağlantı grubuna (Pa7) ait markörler ve markör uzaklıkları (cm), açılım oranları, ortalama ki-kare katkısı, ki-kare değerleri ve önem seviyeleri PA-18 genotipi genetik haritasının 8. bağlantı grubuna (Pa8) ait markörler ve markör uzaklıkları (cm), açılım oranları, ortalama ki-kare katkısı, ki-kare değerleri ve önem seviyeleri PA-18 genotipi genetik haritasının 9. bağlantı grubuna (Pa9) ait markörler ve markör uzaklıkları (cm), açılım oranları, ortalama ki-kare katkısı, ki-kare değerleri ve önem seviyeleri PA-18 genotipi genetik haritasının 10. bağlantı grubuna (Pa10) ait markörler ve markör uzaklıkları (cm), açılım oranları, ortalama ki-kare katkısı, ki-kare değerleri ve önem seviyeleri PA-18 genotipi genetik haritasının 11. bağlantı grubuna (Pa11) ait markörler ve markör uzaklıkları (cm), açılım oranları, ortalama ki-kare katkısı, ki-kare değerleri ve önem seviyeleri XIII

16 Çizelge Çizelge Çizelge Çizelge Çizelge Çizelge Çizelge PA-18 genotipi genetik haritasının 12. bağlantı grubuna (Pa12) ait markörler ve markör uzaklıkları (cm), açılım oranları, ortalama ki-kare katkısı, ki-kare değerleri ve önem seviyeleri PA-18 genotipi genetik haritasının 13. bağlantı grubuna (Pa13) ait markörler ve markör uzaklıkları (cm), açılım oranları, ortalama ki-kare katkısı, ki-kare değerleri ve önem seviyeleri PA-18 genotipi genetik haritasının 14. bağlantı grubuna (Pa14) ait markörler ve markör uzaklıkları (cm), açılım oranları, ortalama ki-kare katkısı, ki-kare değerleri ve önem seviyeleri PA-18 genotipi genetik haritasının 15. bağlantı grubuna (Pa15) ait markörler ve markör uzaklıkları (cm), açılım oranları, ortalama ki-kare katkısı, ki-kare değerleri ve önem seviyeleri PA-18 genotipi genetik haritasının 16. bağlantı grubuna (Pa16) ait markörler ve markör uzaklıkları (cm), açılım oranları, ortalama ki-kare katkısı, ki-kare değerleri ve önem seviyeleri PA-18 genotipi genetik haritasının 17. bağlantı grubuna (Pa17) ait markörler ve markör uzaklıkları (cm), açılım oranları, ortalama ki-kare katkısı, ki-kare değerleri ve önem seviyeleri PA-18 genotipi genetik haritasının 18. bağlantı grubuna (Pa18) ait markörler ve markör uzaklıkları (cm), açılım oranları, ortalama ki-kare katkısı, ki-kare değerleri ve önem seviyeleri XIV

17 Çizelge PA-18 genotipi genetik haritasının 19. bağlantı grubuna (Pa19) ait markörler ve markör uzaklıkları (cm), açılım oranları, ortalama ki-kare katkısı, ki-kare değerleri ve önem seviyeleri Çizelge PA-18 Atlantik sakızı genotipinin genetik haritasının bağlantı gruplarına ait uzunluklar (cm), AFLP, SRAP, ISSR markör sayıları, toplam markör sayıları, ortalama uzaklıklar ve 20 cm den daha geniş boşluk sayıları ile markörlerin açılım ve sapma oranları Çizelge Siirt ve PA-18 genetik haritalarına ait toplam grup sayıları, toplam grup uzunlukları (cm), ortalama uzunluklar (cm), AFLP, SRAP, ISSR markör sayıları ile toplam markör sayıları, ortalama markör yoğunluğu, markörler arası ortalama uzaklık (cm), 20 cm den daha geniş boşluk sayıları, markörlerdeki toplam açılım ve sapma oranları 150 XV

18 ŞEKİLLER DİZİNİ SAYFA Şekil 3.1. EcoRI ve MseI kesim enzimleri ile DNA zincirinin kesimi ve adaptörlerin yapışmasına ait şematik görüntü Şekil 4.1. Siirt çeşidi genetik haritasının, 1. bağlantı grubu (S1). Şekilde soldaki rakamlar cm olarak markörler arasındaki mesafeyi göstermektedir Şekil 4.2. Siirt çeşidi genetik haritasının, 2. bağlantı grubu (S2). Şekilde soldaki rakamlar cm olarak markörler arasındaki mesafeyi göstermektedir Şekil 4.3. Siirt çeşidi genetik haritasının, 3. bağlantı grubu (S3). Şekilde soldaki rakamlar cm olarak markörler arasındaki mesafeyi göstermektedir 94 Şekil 4.4. Siirt çeşidi genetik haritasının, 4. bağlantı grubu (S4). Şekilde soldaki rakamlar cm olarak markörler arasındaki mesafeyi göstermektedir Şekil 4.5. Siirt çeşidi genetik haritasının, 5. bağlantı grubu (S5). Şekilde soldaki rakamlar cm olarak markörler arasındaki mesafeyi göstermektedir Şekil 4.6. Siirt çeşidi genetik haritasının, 6. bağlantı grubu (S6). Şekilde soldaki rakamlar cm olarak markörler arasındaki mesafeyi göstermektedir Şekil 4.7. Siirt çeşidi genetik haritasının, 7. bağlantı grubu (S7). Şekilde soldaki rakamlar cm olarak markörler arasındaki mesafeyi göstermektedir Şekil 4.8. Siirt çeşidi genetik haritasının, 8. bağlantı grubu (S8). Şekilde soldaki rakamlar cm olarak markörler arasındaki mesafeyi göstermektedir XVI

19 Şekil 4.9. Şekil Şekil Şekil Şekil Şekil Şekil Şekil Şekil Siirt çeşidi genetik haritasının, 9. bağlantı grubu (S9). Şekilde soldaki rakamlar cm olarak markörler arasındaki mesafeyi göstermektedir Siirt çeşidi genetik haritasının, 10. bağlantı grubu (S10). Şekilde soldaki rakamlar cm olarak markörler arasındaki mesafeyi göstermektedir 104 Siirt çeşidi genetik haritasının, 11. bağlantı grubu (S11). Şekilde soldaki rakamlar cm olarak markörler arasındaki mesafeyi göstermektedir Siirt çeşidi genetik haritasının, 12. bağlantı grubu (S12). Şekilde soldaki rakamlar cm olarak markörler arasındaki mesafeyi göstermektedir 107 Siirt çeşidi genetik haritasının, 13. bağlantı grubu (S13). Şekilde soldaki rakamlar cm olarak markörler arasındaki mesafeyi göstermektedir 109 Siirt çeşidi genetik haritasının, 14. bağlantı grubu (S14). Şekilde soldaki rakamlar cm olarak markörler arasındaki mesafeyi göstermektedir 110 Siirt çeşidi genetik haritasının, 15. bağlantı grubu (S15). Şekilde soldaki rakamlar cm olarak markörler arasındaki mesafeyi göstermektedir 111 Siirt çeşidi genetik haritasının, 16. bağlantı grubu (S16). Şekilde soldaki rakamlar cm olarak markörler arasındaki mesafeyi göstermektedir Siirt çeşidi genetik haritasının, 17. bağlantı grubu (S17). Şekilde soldaki rakamlar cm olarak markörler arasındaki mesafeyi göstermektedir XVII

20 Şekil Şekil Şekil Şekil Şekil Şekil Şekil Şekil Şekil PA-18 genotipi genetik haritasının, 1. bağlantı grubu (Pa1). Şekilde soldaki rakamlar cm olarak markörler arasındaki mesafeyi göstermektedir PA-18 genotipi genetik haritasının, 2. bağlantı grubu (Pa2). Şekilde soldaki rakamlar cm olarak markörler arasındaki mesafeyi göstermektedir PA-18 genotipi genetik haritasının, 3. bağlantı grubu (Pa3). Şekilde soldaki rakamlar cm olarak markörler arasındaki mesafeyi göstermektedir PA-18 genotipi genetik haritasının, 4. bağlantı grubu (Pa4). Şekilde soldaki rakamlar cm olarak markörler arasındaki mesafeyi göstermektedir PA-18 genotipi genetik haritasının, 5. bağlantı grubu (Pa5). Şekilde soldaki rakamlar cm olarak markörler arasındaki mesafeyi göstermektedir PA-18 genotipi genetik haritasının, 6. bağlantı grubu (Pa6). Şekilde soldaki rakamlar cm olarak markörler arasındaki mesafeyi göstermektedir PA-18 genotipi genetik haritasının, 7. bağlantı grubu (Pa7). Şekilde soldaki rakamlar cm olarak markörler arasındaki mesafeyi göstermektedir PA-18 genotipi genetik haritasının, 8. bağlantı grubu (Pa8). Şekilde soldaki rakamlar cm olarak markörler arasındaki mesafeyi göstermektedir PA-18 genotipi genetik haritasının, 9. bağlantı grubu (Pa9). Şekilde soldaki rakamlar cm olarak markörler arasındaki mesafeyi göstermektedir XVIII

21 Şekil Şekil Şekil Şekil Şekil Şekil Şekil Şekil Şekil Şekil PA-18 genotipi genetik haritasının, 10. bağlantı grubu (Pa10). Şekilde soldaki rakamlar cm olarak markörler arasındaki mesafeyi göstermektedir PA-18 genotipi genetik haritasının, 11. bağlantı grubu (Pa11). Şekilde soldaki rakamlar cm olarak markörler arasındaki mesafeyi göstermektedir PA-18 genotipi genetik haritasının, 12. bağlantı grubu (Pa12). Şekilde soldaki rakamlar cm olarak markörler arasındaki mesafeyi göstermektedir PA-18 genotipi genetik haritasının, 13. bağlantı grubu (Pa13). Şekilde soldaki rakamlar cm olarak markörler arasındaki mesafeyi göstermektedir PA-18 genotipi genetik haritasının, 14. bağlantı grubu (Pa14). Şekilde soldaki rakamlar cm olarak markörler arasındaki mesafeyi göstermektedir PA-18 genotipi genetik haritasının, 15. bağlantı grubu (Pa15). Şekilde soldaki rakamlar cm olarak markörler arasındaki mesafeyi göstermektedir PA-18 genotipi genetik haritasının, 16. bağlantı grubu (Pa16). Şekilde soldaki rakamlar cm olarak markörler arasındaki mesafeyi göstermektedir PA-18 genotipi genetik haritasının, 17. bağlantı grubu (Pa17). Şekilde soldaki rakamlar cm olarak markörler arasındaki mesafeyi göstermektedir PA-18 genotipi genetik haritasının, 18. bağlantı grubu (Pa18). Şekilde soldaki rakamlar cm olarak markörler arasındaki mesafeyi göstermektedir PA-18 genotipi genetik haritasının, 19. bağlantı grubu (Pa19). Şekilde soldaki rakamlar cm olarak markörler arasındaki mesafeyi göstermektedir XIX

22 SİMGELER ve KISALTMALAR AFLP : Amplified Fragment Length Polymorphism BC : Backcross bç : Baz çifti BSA : Bulked Segregant Analysis CAPS : Cleaved Amplified Polymorphic Sequence cdna : complementary DNA cm : centimorgan CTAB : Cetyl Trimethyl Amonyum Bromide DH : Doubled Haploid dk : Dakika dntp : Deoksi- Nükleozid Trifosfat datp : Deoksi Adenozin Trifosfat dctp : Deoksi Sitidin Trifosfat dgtp : Deoksi Guanozin Trifosfat dttp : Deoksi Timidin Trifosfat DNA : Deoksiribonükleik Asit EDTA : Etilen Diamin Tetra Asetikasit EST : Esteraz g : Gram HCl : Hidroklorik Asit ISSR : Inter Simple Sequence Repeat LOD : Logaritmik Odd Density M : Molar MAS : Marker Assisted Selection MA : Moleküler Ağırlık MDH : Malat Dehidrogenaz MgCl 2 : Magnezyum Klorür ml : Mililitre mm : Milimolar NaCl : Sodyum klorür XX

23 Na 2 S 2 O 5 : Sodyum Metabisülfit ng : Nanogram PCR : Polimeraz Zincir Reaksiyonu ph : Hidrojen İyonlarının (-) Logaritması PGM : Fosfoglukomutaz PVP : Polivinilpirolidon QTL : Quantitative Trait Locus (Kantitatif özellik lokusu) RAPD : Randomly Amplified Polymorphic DNA RFLP : Restriction Fragment Length Polymorphism RIL : Recombinant Inbred Line sn : Saniye SAMPL : Selective Amplification of Microsatellite Polymorphic Loci SCAR : Sequence Characterized Amplified Region SRAP : Sequence Releated Amplified Polymorphism SSCP : Simple Sequence Charecterized Polymorphism SSR : Simple Sequence Repeat STR : Short Tandem Repeat STS : Sequence Tagged Site Taq : Thermus aquaticus TRAP : Target Region Amplification Polymorphism TBE : Tris/Borik asit/edta Tampon çözeltisi TE : Tris/EDTA çözeltisi TTC : Triphenyl Tetrazolium Chloride UBC : University of British Columbia UV : Ultraviolet VNTR : Variable Number of Tandem Repeat μm : Mikromolar μl : Mikrolitre λ DNA : Lambda Deoksiribonükleik Asit XXI

24 1.GİRİŞ Yüşa TÜRKELİ 1. GİRİŞ Pistacia cinsi Anacardiaceae familyasının bir üyesi olup aynı zamanda mahun cevizi, mango, biber ağacı ve sumak gibi türler de bu familyanın içerisinde yer alır. Pistacia cinsi içerisinde on birden fazla tür bulunmaktadır (Kafkas, 2006a). Pistacia cinsine giren türler iki evcikli (dioik) olup dişi ve erkek çiçekler farklı ağaçlar üzerinde bulunmaktadır. Tozlanma rüzgarlarla gerçekleşir (Crane ve Iwakiri, 1981). Pistacia türleri normalde iki evcikli olmalarına karşın, bugüne kadar tek evcikli (monoik) Pistacia genotiplerine de rastlanmıştır (Özbek ve Ayfer, 1958; Crane, 1974; Kafkas ve ark., 2000). Dünyada antepfıstığı yetiştiriciliği yoğun olarak sırasıyla İran, ABD, Türkiye, Çin ve Suriye de yapılmaktadır (Faostat, 2008). Türkiye Pistacia türlerinin anavatanı olan ülkelerden biri olup, sahip olduğu potansiyel ile dünya üretiminde 2007 yılında İran ve ABD den sonra 3. sırada yer almış, ancak 2008 yılında olduğu gibi bazı yıllar üretim artışı nedeniyle 2. sıraya yerleşmiştir (Çizelge 1.1). Türkiye, dünya antepfıstığı üretiminde 2007 yılında ton üretim ile %15.6 lık paya sahip olmuş, 2008 yılında ise ton üretim değeri ile %21.1 lik paya yükselmiştir (Faostat, 2008). Çizelge 1.1. Dünya da önemli antepfıstığı üreticisi ülkelerin üretim değerleri (Faostat, 2007; 2008) Sıra Ülkeler Üretim (ton) % Üretim (ton) % 1 İran Türkiye ABD Suriye Çin Yunanistan Diğer Toplam Türkiye antepfıstığı üretiminde 1980 li yıllara kadar dünya üretiminde ikinci sırada iken, ABD de antepfıstığı yetiştiriciliğinin teşviki ve geliştirilmesiyle Türkiye ile ABD arasında yıllara bağlı olarak dünya üretiminde 2. veya 3. sırada yer değiştirmişlerdir (Çizelge 1.1). Bunun ötesinde, Kırmızı, Uzun ve Halebi gibi ulusal 1

25 1.GİRİŞ Yüşa TÜRKELİ çeşitlerimizin meyve özelliklerinin dış pazara uygun olmaması, yani küçük meyveli ve çıtlama oranlarının düşük olması dış pazar şansımızı sınırlamaktadır. Üretimimizin çok olduğu yıllarda da meyve kalitesi biraz daha düşmektedir. Oysaki dünya antepfıstığı ihracatında söz sahibi olan İran ve ABD ülkelerinde yetiştiricilik sulu koşullarda yapılmakta, iri ve çıtlama oranı yüksek çeşitler pazara sunulmakta ve bu nedenle bu ülkeler ile rekabet şansımız düşük olmaktadır. Türkiye de sadece P. vera türünün kültürü ve ticareti yapılmaktadır. Bu tür içerisinde de çeşit sayısı çok fazla değildir ve bugüne kadar elde edilen çeşitler daha çok doğal seleksiyonla ortaya çıkmıştır. Melezleme yoluyla antepfıstığı çeşit ıslahı çalışmaları oldukça sınırlıdır. Bu konuda ABD, Türkiye ile İspanya da çalışmalar devam etmektedir (Kafkas, 2006b). Antepfıstığının dioik çiçek yapısına sahip olması ve gençlik kısırlığı döneminin uzun olması nedeniyle ıslah çalışmaları oldukça uzun yıllar almaktadır. Ülkemizde ise melezleme yoluyla çeşit ıslahı çalışmaları 1995 yılında Antepfıstığı Araştırma Enstitüsünde ve 2001 yılında ise Çukurova Üniversitesinde başlatılmış ve halen devam etmektedir (Kafkas ve ark., 2003; Uzun ve ark., 2005). Dioik bitki türlerinde özellikle meyve ile ilgili karakterler çalışıldığında önemli zorluklar ile karşı karşıya kalınmaktadır. Çünkü tozlayıcı bitki meyve üretmediği için meyve özellikleri bakımından tozlayıcıyı seçme şansı bulunmamaktadır. Bu zorlukların ancak günümüz teknolojisini kullanarak üstesinden gelebilmek mümkündür. Bu da moleküler markör tekniklerinden, moleküler ıslahtan yararlanmakla mümkün olabilir. Antepfıstığında değişik meyve özellikleri ile ilgili (meyve iriliği, çıtlama, iç randımanı gibi) markörlerin belirlenmesi durumunda antepfıstığında ıslah süresini kısaltmak ve ıslah programında daha fazla bitki ile çalışabilmek mümkün olacaktır. Böylece verim ve meyve özellikleri mevcut çeşitlerden daha iyi olan çeşitleri ıslah etme şansı artmış olacaktır. Moleküler bitki ıslahında, populasyon bireylerinde karakterler arasındaki ilişkilerin tanımlanması, genetik bağlantı gruplarının oluşturulması ve genetik haritalama için değişik markör sistemleri kullanılmaktadır. Bunlar morfolojik, biyokimyasal ve DNA düzeyindeki farklılıklara göre tanımlanmaktadır. Bu genetik farklılıklara göre belirlenen markörlerin en önemli kullanım alanı genetik bağlantı 2

26 1.GİRİŞ Yüşa TÜRKELİ analizleri ile genetik haritaların oluşturulmasıdır. Genetik markörler ayrıca genom analizlerinde, evrimsel gelişmelerde ve kromozomların DNA dizinlerindeki yapısal değişmelerin (eklemeler, eksilmeler, mutasyonlar) belirlenmesinde, genetik kaynakların ve çeşitlerin korunması çalışmalarında da kullanılmaktadır. Markörler, ilgilenilen esas özelliklerin kalıtımı hakkında dolaylı olarak bilgi sağlarlar. Bu amaçla yapılan çalışmalarda kullanılmak üzere farklı markör teknikleri geliştirilmiştir (Gülşen ve Mutlu, 2005). Yaprak şekli, çiçek rengi, ağaç yapısı gibi fenotipik özellikleri içeren morfolojik markörler, çok uzun zamandır bilinmelerine rağmen sayılarının az oluşu, çevresel ve diğer genetik faktörlerden etkilenmeleri nedeniyle fazla kullanılmamaktadır. Morfolojik markörler bir bireyi diğerlerinden ayıran seçici özellikler içerirler. Fiziksel görüntüde meydana gelen farklılıkları esas almaktadır. Bu markörler, dominant fenotipi (AA ve Aa), resesif fenotipten (aa) ayırabilen dominant özelliklere sahip olup, ayrıca dominant markör resesif karaktere de bağlı olabilir. Heterozigotları (Aa) homozigotlardan (AA) ayırt edemezler (Staub ve Sequen, 1996). Ancak analizlerinin kolay olması ve populasyonlarda yapılacak bir gözlem ile kolayca belirlenebildiğinden avantajlara sahiptir. Bunun yanısıra yeterli seviyede morfolojik markörlerin olmaması nedeniyle biyokimyasal markör teknikleri geliştirilmiştir. En çok kullanılanları izoenzimlerdir. İzoenzimler, elektrik ortamında farklı hız ve yönlerde hareket ederek birbirinden ayırt edilebilen farklı yüklere sahip protein molekülleridir. Elektroforetik ortamda ayrıştırılan bantların sayısı, bitkinin homozigot veya heterozigot olmasına ve enzimin lokus sayısına bağlıdır. Elde edilen her bant bir gen (protein) ürününü gösterir ve belirli bir lokus için homozigot ve heterozigot bireylerin ayırt edildiği kodominant markör olarak genetik bilgi sağlayabilir. Maliyetinin düşük olması ve kolay uygulanabilirliği nedeniyle taksonomik analizlerde, genotiplerin tanımlanmasında, genom haritalama çalışmaları gibi bir çok alanda kullanılmış (Staub ve ark., 1982; Bernatzky ve Tanksley, 1989) ve moleküler konuda çalışmalar yapan birçok araştırmacı da P. vera çeşitlerinin tanımlanmasında farklı izoenzim sistemlerini test etmişler ve polimorfizm seviyelerini belirlemişlerdir (Vezvaei, 1995; Dollo, 1996; Barone ve ark., 1996). 3

27 1.GİRİŞ Yüşa TÜRKELİ Polimorfizm, kromozomlara ait DNA düzeyindeki baz değişikliklerinden kaynaklanmaktadır. Polimorfizmin çok az ve enzim sisteminin yetersiz olması izoenzim analiz tekniğinin kullanımını sınırlandıran en önemli faktörler olmuş (Gepts, 1990; Tanksley, 1983) ve daha sonra geliştirilen moleküler DNA markörleri bu olumsuz özelliklerin ortadan kaldırılmasına yardımcı olmuştur. Moleküler markörler DNA seviyesindeki değişiklikleri içerir ve genelde iki birey arasında DNA seviyesindeki farklılığın ortaya çıkarılmasına yardımcı olur. Moleküler markör yöntemlerinin her biri avantaj ve dezavantajlar içerir. Bu nedenle markör analizlerinin seçimi; polimorfizm seviyesi, populasyon tipi, lokus sayısı, kullanım kolaylığı, maliyeti ve laboratuvar alt yapısı gibi kriterler göz önünde bulundurulup amaca uygun olarak yapılmalıdır. Moleküler markörler ile genomda herhangi bir gen bölgesi yada gen bölgesi ile ilişkili veya ilişkili olmayan DNA parçası temsil edilmektedir (Gülşen ve Mutlu, 2005). Moleküler markörler farklı genotiplere ait DNA farklılığını genel olarak iki değişik yöntemle ortaya koyarlar. Bunlar; hibridizasyonuna dayalı RFLP (restriction fragment length polymorphism), diğeri ise PCR a (polymerase chain reaction) dayalı ISSR (inter simple sequence repeat), SSR (simple sequence repeat), SRAP (sequence releated amplified polymorphism), AFLP (amplified fragment length polimorphism), RAPD (randomly amplified polymorphic DNA) gibi moleküler tekniklerdir. Hibridizasyona dayalı moleküler markörlerden ilk olarak RFLP tekniği geliştirilerek çeşitlerin tanımlanmasında ve genetik haritaların oluşturulmasında kullanılmıştır. Çeşitli şekillerde etiketlenmiş bir DNA parçasının (prob DNA) araştırılan bir DNA dizinindekine benzer veya aynı dizilişteki DNA ya melezlenmesini esas alan (Staub ve Sequen, 1996) RFLP markörleri genetik haritaların oluşturulmasında, monogenik ve poligenik lokusların tanımlanmasında, markör aracılığıyla seleksiyonda (MAS) ve taksonomi çalışmalarında kullanılmaktadır (Altınkut, 2001). RFLP kodominant moleküler markör tekniği olmasına karşın, uzmanlık ve bilgi gerektirmesi, laboratuvar alt yapısına ihtiyaç göstermesi, yüksek işgücü istemesi, uzun zamana ihtiyaç göstermesi ve radyoaktif madde kullanımı gibi dezavantajları da bulunmaktadır (Tanksley ve ark., 1989; Malyshev ve Kartel, 1997). Bunların yanı sıra RFLP yönteminde markör 4

28 1.GİRİŞ Yüşa TÜRKELİ geliştirmenin çok pahalı olması, yüksek miktarda DNA'ya ihtiyaç duyulması ve yöntemin yavaş olması seleksiyon etkinliğini sınırlandırdığından PCR-tabanlı sistemlerden birini kullanma zorunluluğu ortaya çıkmıştır. PCR (Polymerase Chain Reaction) esaslı markör tekniklerinde bç uzunluğunda primer olarak adlandırılan oligonükleotitler kullanılır. Bu primerler genomda bağlandıkları yerlerin arasını çoğaltmaktadırlar. Genomdaki farklılığı belirleyebilmek için primerler değişik şekilde dizayn edilebilirler ve farklı primerler ve primer kombinasyonları kullanılarak değişik markörler üretilebilmektedir. PCR reaksiyonları sırasında farklı uygulamalar (DNA konsantrasyonu, primerin kalıp DNA ya yapışma sıcaklığı ile primerlerin uzunluğu gibi) bantların sayısını ve tekrarlanabilirliğini etkilemektedir (Altınkut, 2001). PCR tekniğine dayalı moleküler markörlerden ilk olarak RAPD yöntemi geliştirilmiştir. Bu tekniğin az miktarda DNA istemesine ve uygulamasının kolay ve ucuz olmasına karşın dominant özellik göstermesi ve tekrarlanabilirlik özelliğinin az olması bu yöntemin kullanılmasında sınırlayıcı faktör olmuştur (Williams ve ark., 1990; 1993). Tekniğin pratik kullanılması nedeniyle Pistacia türlerinde Hormaza ve ark. (1994a) ile Kafkas ve ark. (2001) tarafından yapılan moleküler çalışmalarda cinsiyeti erken dönemde belirleyebilmek için RAPD markörler taranmış ve P. vera, P. eurycarpa ile P. atlantica türlerinde cinsiyetle ilişkili RAPD markörler bulunmuştur. Diğer bir çalışmada da Kafkas ve Perl-Treves (2001; 2002) morfolojik verilerini ve RAPD analizlerini kullanılarak Türkiye deki yabani Pistacia genotiplerinin genetik çeşitliliği ve taksonomik ilişkileri araştırmışlardır. PCR a dayalı diğer bir yöntem olan ISSR tekniği Zietkiewicz ve ark. (1994) tarafından geliştirilmiş olup 5 ve 3 sonda güçlendirilen, kısa, tekrarlanan DNA zincirleri PCR reaksiyonunda kullanılır. Bu yöntemde PCR ürünleri elektroforez ile büyüklüklerine göre ayrıldıktan sonra çoğunlukla etidyum bromid boyaması ile jel üzerindeki DNA bantlarının görüntüsü tespit edilir. ISSR tekniğinde kullanılan primerler 5 veya 3 ucunda rastgele tekrarlanan genellikle 1 4 bazdan oluşan seçici baz dizilimlerine sahiptirler (Zietkiewicz ve ark., 1994; Fang ve ark., 1997). Genellikle dominant markörler üretirler. Bu yöntemde her bir primer için primerin kalıp DNA ya yapışma sıcaklığının belirlenmesi zorunluluğu vardır. ISSR dominant 5

29 1.GİRİŞ Yüşa TÜRKELİ bir markör olması nedeniyle heterozigotları homozigotlardan ayırt etmek güçtür. Bu olumlu ve olumsuz özellikleri dikkate alındığında, ISSR tekniği genetik kaynakların karakterizasyonu, genetik varyasyonun belirlenmesi, genotipler arasında genetik ilişkilerin saptanması, çeşit tanımlanmaları ve genetik haritalama çalışmalarında kullanılabilir (Kafkas, 2006c). Antepfıstığında da Kafkas ve ark. (2006a) tarafından genetik kaynakların karakterizasyonunda kullanılmıştır. PCR esaslı AFLP ve SSR teknikleri de en fazla kullanılan gelişmiş moleküler markör tekniklerindendir. AFLP yönteminde polimorfizm seviyesi yüksektir. Yüksek orandaki tekrarlanabilir özelliği ve polimorfik bant sayısının çokluğu AFLP tekniğini ön plana çıkarmasına karşın, bu tekniğin uygulanmasının pahalı olması ve amplifike olmuş bantların görüntülenmesinde radyoaktif madde veya florasans boyama istemesi bu yöntemin uygulanmasını sınırlamaktadır. AFLP tekniği, kesim enzimleriyle kesilmiş DNA parçalarının seçici primerler ile çoğaltımı olup ardışık üç aşamadan oluşmaktadır: genomik DNA nın restriksiyon endonükleazları ile kesilmesi, kesilen uçlara uygun adaptörlerin bağlanması, kesilip adaptör bağlanan parçaların rastgele kısa nükleotitler içeren primerlerle çoğaltılması esasına dayanmaktadır (Zabeau ve Vos, 1993). Bu yöntem pahalı olmasına rağmen otomasyona uygun olması, çok sayıda markör üretmesi ve yüksek çözünürlüğü nedeniyle büyük avantajlar sağlar. Bu da özellikle genetik haritalama çalışmalarında kısa sürede çok miktarda markör oluşturulabilmesini ve genetik haritanın markörlerle iyi bir şekilde doyurulmasını sağlar (Vos ve ark., 1995). Mikrosatellitlerle ile ilgili bir yöntemi olan SSR tekniğinde polimorfizm seviyesi ve güvenirliliği yüksek olmakla birlikte analiz edilen genomdaki tekrarlanan baz dizilerinin belirlenmesi ve bunların primer olarak kullanılması gibi ön bir çalışmayı gerektirmektedir. Bu nedenle maliyeti yüksektir ancak öteki PCR a dayalı tekniklere göre daha fazla bilgi içermektedir (Powell ve ark., 1996a). SSR tekniğinde genomda tekrarlanan baz dizilerinin bulunduğu bölgeler çoğaltılır. SSR lar basit tekrar dizileri olup 1-6 ardışık tekrarlı nükleotidleri ifade etmektedir. Bunların en yaygını dinükleotid (ATATAT ) tekrarlar olup SSR sayısı bitki türlerine göre değişiklik göstermektedir. Sayıları (n) 10 ile 80 arasında değişen (A)n, (AT)n, (AAT)n, (GA)n ve (AAG)n dizileri bitkilerde en yaygın şekilde 6

30 1.GİRİŞ Yüşa TÜRKELİ bulunmaktadır (Tautz, 1989; Akkaya ve ark., 1992) Tekrarlanan DNA ların sağındaki ve solundaki dizinler, SSR primerlerini oluşturmak için kullanılır. Tekrar sayılarına göre polimorfizm oluşur ve farklı sayıdaki tekrarları temsil eden her bant, farklı bir alleli gösterir. Tekrar sayısındaki farklılıkların kaynağını ise DNA replikasyonu sırasındaki kaymalar oluşturmaktadır (Gülşen ve Mutlu, 2005). İki primerin yapıştığı noktalar arasındaki uzaklıkların farklı olmasından dolayı da polimorfizm oluşmaktadır. SSR markörleri, heterozigot ve homozigot genotipleri birbirinden ayırabilecek kodominant markörler olup yüksek oranda polimorfizm gösterirler (Schlotterer ve Tautz, 1993; Altınkut, 2001). Bu markörler genetik bağlantı gruplarının oluşturulmasında, genetik çeşitliliğin belirlenmesinde ve bir populasyondaki bireylerin ayrımında etkin şekilde kullanılır. Bu konu ile ilgili olarak Zaloğlu ve ark. (2009), Siirt çeşidi DNA sını kullanarak 4 farklı motif ile zenginleştirilmiş genomik kütüphaneler oluşturmuşlar ve P. vera ile öteki Pistacia türleri için de kullanılabilecek SSR primerleri geliştirmişlerdir. Yine diğer bir çalışmada da Ahmad ve ark. (2003), antepfıstığında SSR primeri geliştirmek için Kerman çeşidinin DNA sını kullanarak genomik kütüphane oluşturmuşlar ve geliştirilen 14 primeri antepfıstığı çeşitlerinde test etmişler. Gerek AFLP ve gerekse SSR tekniklerinin açıklanan olumlu özelliklerinin yanında tekrarlanabilirliğinin ve otomasyona uygunluklarının yüksek olması nedeniyle genotiplerin güvenli bir şekilde tanımlanması ve kısa zamanda doymuş bir genetik haritanın yapılandırılmasına imkan vermektedir. Bahsedilen yöntemlerin yanı sıra son yıllarda kullanılmaya başlanan SRAP tekniği de oldukça polimorfik bir yöntem olup dominant bir markör sistemidir. SRAP tekniği doğrudan gen bölgelerini çoğaltır. Elde edilen bantların büyüklüğü bç arasında değişebilmektedir. Bu yöntem de radyoaktif madde kullanımını gerektirebilmekte veya analiz Li-Cor veya ABI gibi otomatik sekanslama sistemlerinde en iyi sonucu vermektedir. Bu yöntem aynı şekilde agaroz jelde de yapılabilmekte ancak birbirine çok yakın büyüklükteki bantların değerlendirilmesinde güçlükler olabilmekte ve değerlendirilen bant sayısı az olabilmektedir. SRAP tekniğinde bantlar 17 veya 18 bç uzunluğunda sırasıyla ileri ve geri primerlerin kullanılmasıyla elde edilir. İleri primerler bç uzunluğundaki 7

31 1.GİRİŞ Yüşa TÜRKELİ çekirdek dizini ile buna 5 ucuna eklenmiş CCGG dizininden oluşur. Geri primerler ise yine aynı uzunluktaki çekirdek dizini ve bu dizine eklenmiş AATT dizini içerir. İleri ve geri primerler 3 ucunda üç adet seçici bazlar içerirler (Li ve Quiros, 2001). Moleküler bitki ıslahında DNA markör yönteminin seçimi; araştırmanın amacına, populasyonun yapısına, çalışılan türün genomik çeşitliliğine, polimorfizm ve tekrarlanabilirlik durumuna, analiz için gerekli zamana ve maliyete bağlı olarak değişir. Buna göre markörlerin kullanım potansiyelini değerlendirmek çok önemlidir. Bununla birlikte genetik markörler, yüksek polimorfizm göstermesi, kodominant olması, kolayca analiz edilmesi, birçok bilgi içermesi, güvenirlilik, ekonomik olması, transfer edilebilme ve otomasyona uygun olma gibi ideal özelliklere sahip olmalıdır. Bir markör bir karakteri kontrol eden gene ne kadar yakın ise rekombinasyon ile markör ve genin birbirinden ayrılma ihtimali o kadar düşük olmaktadır. Bu nedenle genetik haritalardaki markör sayısının yüksek olması değerlendirmede avantaj sağlamaktadır (Gülşen ve Mutlu, 2005). Bu gibi genetik çalışmalara başlamadan önce populasyonların oluşturulmasında ebeveyn olarak kullanılan çeşit ve genotiplerin moleküler seviyede tanımlanması ve aralarındaki genetik ilişkilerin ortaya çıkarılması iyi bir genetik bağlantı gruplarının oluşturulması bakımından arzu edilir. Çünkü genetik haritalama çalışmalarında genetik olarak birbirlerine uzak mesafede olan genotiplerin melezlenmesi sonucu oluşan populasyonların kullanılması hem yüksek polimorfizm seviyesi hem de daha fazla markör elde edilmesi için tercih edilir (Altınkut, 2001). Genetik haritalama araştırmalarının yapılabilmesi için öncelikle açılım gösteren populasyona gereksinim vardır. Bugüne kadar Pistacia cinsinde yapılan moleküler çalışmalar oldukça sınırlı olup bunlar daha çok tür içi ve türler arası genetik ilişkileri belirleyen çalışmalardır. Antepfıstığında bugüne kadar genetik haritalama ile ilgili yapılan bir çalışma bulunmamaktadır. Bu nedenle bir an önce antepfıstığında moleküler ıslah çalışmalarının başlatılması antepfıstığında moleküler ıslaha geçiş açısından oldukça önemlidir (Kafkas, 2006b). Genetik bağlantı haritası, DNA markörlerinin kromozomlar üzerinde bulunduğu yerlerin (lokus) işaretlenerek kromozomların gruplandırılmasıdır. Gen ve markörlerin birbirlerine göre bir kromozom boyunca diziliş sırasının belirlenmesiyle 8

32 1.GİRİŞ Yüşa TÜRKELİ tüm genom haritasını çıkarmak mümkündür. Böylece bitki genomunun yapısı ortaya çıkarılır. Bu bağlantı grupları, bitki karakterlerine ait fonksiyonların bilinmesi için gereklidir. Böylece önemli karakterlerin ayrım analizleri bu bilgiler ışığında yapılabilir ve ıslah çalışmalarına yön verilebilir. Moleküler ıslahın temelini oluşturan genetik bağlantı haritalarının yapılandırılması ile geliştirilen primerler ve elde edilen markörler başka populasyonlarda da test edilebilir ve bu da bundan sonraki çalışmaların maliyetini düşürür ve zaman kazandırır (Altınkut, 2001; Gülşen ve Mutlu, 2005). Genetik bağlantı analizi, genel anlamı ile bir karakterin tanımlanabilmesi için kromozomlar üzerinde aranan bir gen ile kromozomlar üzerinde yerleri bilinen bir genetik belirleyiciler (markör) arasındaki uzaklığın ve bağlantı derecesinin test edilmesi esasına dayanmaktadır. Mayoz bölünme aşamasında kromozomlar karşı karşıya gelerek parça değişimine uğrarlar (crossing-over) ve bu parça değişimleri sırasında birbirine yakın genler çoğunlukla birbiriyle bağlantılı olup birlikte ayrılırlar. Ancak birbirine uzak genler ise rastgele olarak bir arada ayrım gösterirler. Böylece yavru bireylerde ebeveynlerde olmayan yeni yapılanmalar ortaya çıkar. Bu olaya rekombinasyon olayı, ortaya çıkan ürünlere de rekombinant ürünler denilmektedir. Rekombinasyon, genetik bağlantı haritasının esasını oluşturur. Bunun temel hipotezi eğer aranılan gen kromozom bölgesi bilinen marköre çok yakınsa mayozda birbirlerinden ayrılamayacak ve bireyler arasında daima markör gen alleli ile birlikte kalıtılacaktır şeklinde özetlenebilir. Moleküler analiz tekniklerinde genlerin kromozomlar üzerindeki yerleri istatistiksel olarak genomum matematiksel analizi ile tanımlanır. Bu şekilde markörün yeri bilindiğinde ilgilenilen genin ya da karakterin yeri de bulunur (Mutlu, 2006). Genlerin kromozomlar üzerindeki diziliminde ya iki dominant allel bir kromozom üzerinde, resesif alleller diğer kromozom üzerinde (AB//ab) bulunur yada bir dominant ve bir resesif allel aynı kromozom üzerinde (Ab//aB) yer alırlar. Bu durumda, bağlantı haritası oluştururken kullanılan dominant allel (AA) markörleri heterozigot grup homozigot gruptan ayırt edilemediği için sadece birinci durumunda tespit edilebilir. Ancak kodominant markörler, homozigot ve heterozigot 9

33 1.GİRİŞ Yüşa TÜRKELİ her iki allelin (AA, Aa, aa) tanımlanmasına yardımcı olur (Haley ve ark., 1994; Mutlu, 2006). Genetik haritaları oluşturan bağlantı grupları çok çeşitli uygulamalara sahip olup verim, kalite, hastalık ve zararlılara dayanım gibi önemli bitkisel karakterleri kontrol eden genleri belirlemek için markörler yardımıyla moleküler ıslah programlarında karakterlerin seçiminde kullanılabilmektedirler. Böylece önemli karakterler çok kısa sürede farklı genotiplere transfer edilebilmişlerdir (Oliveira ve ark., 2004). Genetik bağlantı gruplarının oluşturulması ıslahçılar için süreyi kısaltırken, üreticiler için de genetik olarak iyileştirilmiş kalitede üretim yapabilme imkanı sunar. Böylece hastalıklara ve zararlılara dayanım, yüksek verim ve kalite sağlayan genlerin kromozomlar üzerinde belirlenmesi ve bir markör ile olan bağlantısına dayanarak bu genlerin diğer bireylere aktarılması, böylece olumsuz koşullara dayanıklı ve iyileştirilmiş bitkilerin üretilmesi sağlanabilir. Markörler genetik farklılığın derecesini belirlemede etkili olmakla birlikte moleküler ıslahta beklenen sonuçlara ulaşabilmek için fenotipik karakterlerle ilişkilendirilen çalışmalara devam edilmelidir. Bu kapsamda herhangi bir özellik ile ilgili bulunabilecek markörler özellikle gençlik kısırlığı dönemi çok uzun olan bitki türlerinde ıslah sürecinde erken dönemde amaç dışı bitkileri seçme imkanı sağlayacağı için çok büyük avantaj sağlayacaktır (Beedanagari ve ark., 2005; Cavalcanti ve Wilkinson, 2007). Genetik bağlantıların oluşturulmasında ideal olarak, bir türün haploid kromozom sayısı kadar bağlantı grubu oluşturulması gerekmektedir. Bu nedenle farklı moleküler markör teknikleri kullanılarak elde edilecek markörlerin sayısı o türün haploid kromozom sayısı kadar bağlantı grubu oluşturmalıdır. Ayrıca her bir bağlantı grubunda markörler arasında 20 cm dan fazla boşluğun olmaması istenir (Vienne, 2003). Antepfıstığı ve atlantik sakızı türlerinin haploid kromozom sayısı n=15 dir (Ila ve ark., 2003) ve bu nedenle ideal olarak oluşturulacak genetik haritada 15 bağlantı grubunun olması beklenir. Dünyada antepfıstığında yürütülen çeşit ıslahı programları çoğunlukla mevcut çeşitlerden daha iyi verim ve kaliteyi hedeflemektedir. Ancak Kafkas ve ark. (2003) tarafından 2001 yılında başlatılan ıslah programında verim ve kalitenin yanında tek 10

34 1.GİRİŞ Yüşa TÜRKELİ evcikli antepfıstığı çeşidi geliştirmek de amaçlanmaktadır. Bu amaçla başlatılan ıslah programının esas materyalini monoik P. atlantica genotipleri oluşturmuştur. Araştırıcılar ıslah programında 20 farklı melez kombinasyon oluşturmuş olup Siirt ve Ohadi kültür antepfıstığı çeşitlerinin monoik atlantik sakızı genotipleri ile yapay tozlanması sonucunda oluşturdukları melez bireyler antepfıstığında genetik bağlantı haritalarının oluşturulması için de önemli bir materyal olarak yararlanma imkanı sağlayacaktır. Son yıllarda moleküler markör tekniklerini kullanarak hem kalitatif hem de kantitatif özellik lokusları da belirlenebilmektedir. Bu durum özellikle çok yıllık bitkilerde gençlik kısırlığı döneminin çok uzun olması nedeniyle oldukça önemlidir. Genetik haritalama çalışmaları birçok tek yıllık bitkide yapılmış olmasına karşın, çok yıllık bitkilerin ancak bir bölümünde yapılabilmiştir. Antepfıstığında ise henüz genetik haritalama çalışması bulunmamaktadır. Yapılacak moleküler çalışmalarla hem erkek hem de dişi çiçekleri taşıyan monoik antepfıstığı bitkilerinin seçilmesi, verim, meyve iriliği, çıtlama oranı gibi önemli karakter genleri ile bunları belirleyen markörlerin kromozomlar üzerindeki yerlerinin işaretlenmesi ile antepfıstığı moleküler ıslahında çok önemli bir yenilik olacaktır. İşte bu çalışmanın amacı Siirt antepfıstığı çeşidi ile PA-18 monoik atlantik sakızı genotipi arasında yapılan yapay melezlemeden ortaya çıkan F1 bitkileri ile ISSR, SRAP ve AFLP yöntemlerini kullanarak antepfıstığında ilk genetik haritayı oluşturmaktır. 11

35 2. ÖNCEKİ ÇALIŞMALAR Yüşa TÜRKELİ 2. ÖNCEKİ ÇALIŞMALAR 2.1. Moleküler Markörlerle İlgili Genel Literatür Özeti Günümüzde bitkilerde genetik ilişkileri ortaya çıkarmak ve genetik haritalama çalışmalarında değişik markör teknikleri kullanılmaktadır. Polimorfizmin ve izoenzim sisteminin yetersiz olması izoenzim yönteminin kullanımını sınırlayan en önemli faktörler olmuş (Tanksley, 1983) ve daha sonra bulunan DNA markörleri bu olumsuz özellikleri ortadan kaldırmıştır. İlk olarak RFLP tekniği geliştirilerek çeşitlerin tanımlanmasında ve genetik haritaların çıkartılmasında kullanılmıştır. RFLP kodominant moleküler markör tekniği olmasına karşın, tekniğin uygulanması pahalı, uzun ve çok işçilik istemesinin yanında radyoaktif madde kullanımını da gerektirmektedir (Tanksley ve ark., 1989). Geliştirilen PCR (Polymerase Chain Reaction) esaslı tekniklerin başında RAPD moleküler markör tekniği gelmiştir. Bu tekniğin az miktarda DNA istemesine ve uygulamasının kolay ve ucuz olmasına karşın, dominant özelliği ve tekrarlanabilirlik özelliğinin az olması bu yöntemin kullanılmasında sınırlayıcı faktörler olmuştur (Williams ve ark., 1990; 1993). Zietkiewicz ve ark. (1994) tarafından geliştirilen ISSR tekniğinde hazır üretilmiş olan 2 li, 3 lü, 4 lü ve 5 li tekrarlanan primerler kullanılmakta ve elde edilen PCR ürünü agaroz jelde koşularak ethidium bromit ile boyanmasından sonra belirlenebilmektedir. Bu yöntemde herbir primer için annealing sıcaklığının ayarlanması gerekmektedir. AFLP ve SSR teknikleri en fazla kullanılan moleküler markör tekniklerindendir. AFLP tekniği PCR esaslı olup bu teknikte polimorfizm oranı oldukça yüksektir. Yüksek orandaki tekrarlanabilir özelliği ve polimorfik bant sayısı AFLP tekniğini ön plana çıkarmasına karşın bu tekniğin uygulanmasının pahalı olması ve amplifike olmuş bantların ortaya çıkarılmasında radyoaktif madde veya fluoresan boyama istemesi bu yöntemin uygulanmasını sınırlamaktadır. AFLP tekniğinde orijini tesadüfi olan bir çok bant oluşur. Bu da özellikle genetik haritalama çalışmalarında çok kısa sürede bol miktarda markör oluşturulabilmesini 12

36 2. ÖNCEKİ ÇALIŞMALAR Yüşa TÜRKELİ ve genetik haritanın markörlerle iyi bir şekilde doyurulmasını sağlar (Vos ve ark., 1995). SSR mikrosatellit tekniği olup bu teknikte polimorfizm oranı oldukça yüksektir. SSR tekniğinde genomda tekrarlanan baz dizilerinin bulunduğu bölgeler amplifiye edilir. Ancak çalışılan genomdaki tekrarlanan baz dizilerinin sağında ve soluna primer dizisi olarak kullanılacak DNA dizilerinin belirlenmesi ve bunların primer olarak kullanılması gibi ön bir çalışmayı gerektirmektedir. Bu nedenle maliyeti yüksektir ancak öteki PCR a dayalı tekniklere göre daha fazla bilgi içermektedir ve kodominant markör sistemidir (Powell ve ark., 1996b). Son yıllarda geliştirilen ve kullanılmaya başlanan SRAP tekniği oldukça polimorfik bir yöntem olup dominant bir markör sistemidir. SRAP tekniği doğrudan gen bölgelerini amplifiye etmektedir. Elde edilen bantların büyüklüğü bç arasında değişebilmektedir. Bu yöntem de radyoaktif madde kullanımı gerektirebilmekte veya analiz Li-Cor veya ABI gibi otomatik sekanslama sistemlerinde en iyi sonucu vermektedir. Bu yöntem aynı şekilde agaroz jelde de yapılabilmekte ancak birbirine çok yakın büyüklükteki bantların değerlendirilmesinde güçlükler olabilmekte ve değerlendirilen bant sayısı az sayıda olmaktadır. SRAP tekniğinde bantlar 17 veya 18 bç uzunluğundaki sırasıyla ileri ve geri primerlerin kullanılmasıyla elde edilir. İleri ve geri primerler 3 ucunda üç adet seçici bazlar içerirler (Li ve Quiros, 2001). Bitkilerde çeşitler arasındaki genetik varyasyonu ortaya çıkarmak ve en uygun moleküler markör tekniğini belirlemek amacıyla birçok bitki türünde bu yöntemler karşılaştırılmışlardır. Araştırma sonuçlarına göre, polimorfizm bakımından SSR, SRAP ve AFLP markörleri, maliyet bakımından RAPD ve ISSR teknikleri, tekrarlanabilirlik bakımından RFLP, SSR, ISSR, SRAP ve AFLP markörlerinin avantajlı oldukları bildirilmiştir. Ayrıca çalışılan laboratuvar koşullarına göre, RAPD, ISSR ve SRAP yöntemlerinin radyoaktif madde kullanımının olmadığı ve imkanların sınırlı olduğu laboratuvarlarda rahatlıkla uygulanabilecek yöntemler olduğu belirtilmiştir (Bradshaw ve ark., 1994; Lin ve ark., 1996; Powell ve ark., 1996a; Russell ve ark., 1997; Milbourne ve ark., 1997; Jones ve ark., 1997; Pejic ve ark., 1998; Crouch ve ark., 1999; Arcade ve 13

37 2. ÖNCEKİ ÇALIŞMALAR Yüşa TÜRKELİ ark., 2000; Patzak, 2001; Goulao ve ark., 2001a; 2001b; Palombi ve Damiano, 2002; Belaj ve ark., 2003; Mignouna ve ark., 2003; Kwon ve ark., 2004; Rana ve Bhat, 2004; Lin ve ark., 2005; Kafkas ve ark., 2006a). Bunlarla birlikte, yüksek çözünürlükte agaroz kullanarak veya akrilamid jelin gümüş nitratla boyanması ile SSR ve AFLP analizlerinin de radyoaktif madde kullanmadan uygulanabileceği test edilmiştir (Hormaza, 2002; Martinez-Gomez ve ark., 2003). Mikrosatellitler (SSR simple sequence repeats, STR short tandem repeats, SSLP simple sequence length polymorphism, VNTR variable number of tandem repeats) bütün yaşayan organizmalar içinde var olan tekrarlı DNA dizinlerinin sınıflarıdır. Mikrosatellitlerin özel karakterleri, örneğin tüm yaşayan organizmaların genomları içindeki varlığı, yüksek seviyedeki allelik varyasyonu, kodominant kalıtımı, analizlerinin otomasyona uygunluğu, genlerin klonlanması, genotiplerin karakterizasyonu ve gen haritalama gibi çalışmalarda mükemmel bir yöntem olma imkanı sunar. Son yıllarda mikrosatellit esaslı olarak SSR, ISSR ve SAMPL yöntemleri kullanılmaktadır (Rakoczy-Trojanowska ve Bolibok, 2004). Birçok bitki türünde yapılan çok sayıdaki genetik haritalama çalışmaları göstermiştir ki genetik haritalama çalışmalarında SSR tekniği en yararlı tekniklerden biri olarak ortaya çıkmıştır. Polimorfizm oranının çok yüksek olması, tekrarlanabilir olması ve bu markör sisteminin kodominant olması nedeniyle daha fazla bilgi içermesi bu yöntemin birinci tercih olmasında etkili olmuştur. AFLP tekniğinde ise polimorfizm oranının yüksek olması ve tek bir primer kombinasyonunda çok sayıda bant elde edilebilmesi genetik haritalama çalışmalarında bu yöntemin tercih edilmesine neden olmuştur. SRAP tekniğinin kullanıldığı genetik haritalama çalışmalarında ise bu yöntemin genetik haritalama çalışmalarına çok uygun olduğu belirlenmiştir (Li ve Quiros, 2001; Li ve ark., 2003; Lin ve ark., 2005). Kafkas ve ark. (2006a) antepfıstığı gen kaynağının değişik DNA markör teknikleri kullanılarak DNA polimorfizminin ve genetik uzaklığının belirlenmesi çalışmalarında 20 ISSR primeri kullanmışlardır. ISSR tekniği; birbirine ters yönlü ve yakın olan mikrosatellit bölgelerin ( bç) amplifikasyonu esasına dayanan bir tekniktir. Mikrosatellitler genomda bol miktarda ve orantılı olarak dağılmış olarak bulunurlar. Bu şekilde primerler ile elde edilen PCR ürünleri SSR 14

38 2. ÖNCEKİ ÇALIŞMALAR Yüşa TÜRKELİ lokuslarıdır. Bu tekniğin en önemli avantajı ön bilgi gerektirmemesidir. ISSR tekniğinde kullanılan primerler 5 veya 3 ucunda rastgele genellikle 1 4 bazdan oluşan seçici baz dizilimlerine sahiptirler. Bu teknikte basit tekrar dizileri içeren (15 24 bç) primerler SSR lar arasında kalan bölgeleri amplifiye ederler. Dolayısıyla bu özelikler ISSR tekniğine bazı olumlu yönler kazandırmaktadır. Bunlardan en önemlisi az miktarda DNA ile bu tekniğin yapılabilmesidir. Kullanılacak primerler için ön dizilim bilgisine gerek yoktur. Tekniğin uygulanmasının çok kolay olduğu ve kuruluş maliyetinin çok düşük olduğu belirtilmektedir. ISSR tekniğinde, bir reaksiyonda çoklu bantlar elde edilebileceği gibi, otomasyona uygun olduğu ve tekniğin sonuçlarını görüntülemek için radyoaktif madde kullanımına gereksinim olmadığı bildirilmektedir (Kafkas, 2006c). ISSR tekniğinin olumlu yönleri dışında olumsuz yönlere de sahip olduğu bilinmektedir. Bunlar; dominant bir markör tekniği olması ve bu teknikte kullanılacak primerlerin ayrı ayrı yapışma sıcaklıklarının belirlenmesi zorunluluğu gibi olumsuzluklardır. Bu olumlu ve olumsuz özellikler dikkate alındığında; ISSR tekniği filogenetik çalışmalar, genetik kaynakların karakterizasyonu, genetik varyasyonun belirlenmesi, genotipler arasında genetik ilişkilerin saptanması ve çeşit tanımlanmaları gibi alanlarda kullanılabilir (Kafkas ve ark., 2006a). Vienne (2003) çok yıllık bitkilerde F1 bireylerinin genetik haritalama çalışmalarında double pseudo-testcross stratejisinin en uygun olduğunu ve bu yöntemde ana ve baba bitki için ayrı ayrı genetik harita oluşturulduğunu belirtmiştir. Birinci durumda ana bitkide mayoza bağlı olarak açılımlar gözleneceğini ve böylece elde edilen genetik haritada sadece bu bireyin rekombinasyon oranlarının esas alındığını bildirmişlerdir. Araştırıcıya göre bu metod kullanıldığında cinsiyetler arasındaki rekombinasyon oranları da karşılaştırılabilir. Bu yöntem şimdiye kadar okaliptüs (Grattapaglia ve Sederoff, 1994), çam (Kubisiak ve ark., 1995; Kumulainen ve ark., 2003) ve meyve ağaçlarında (Weeden ve ark., 1994; Yamamoto ve ark., 2002) başarıyla uygulanmıştır. Genetik haritalarda, markörlerin birbirlerine ve genlere olan uzaklığı rekombinasyon sıklığına bağlı olarak, bu uzaklıklar fiziksel anlamda eşdeğerli olmayacağı için, bitkilerde rekombinasyon sıklığı, farklı kromozomlar ve farklı 15

39 2. ÖNCEKİ ÇALIŞMALAR Yüşa TÜRKELİ kromozom bölgelerinde aynı olmayabilir. Bu durum, rekombinasyonun yüksek olduğu yerlerde cm başına düşen fiziki mesafenin olduğundan fazla, düşük olduğu yerlerde ise mesafenin olduğunda daha az gösterilmesine sebep olabilmektedir (Gülşen ve Mutlu, 2005). Maliepaard ve ark. (1997), moleküler haritalama çalışmaları ile ilgili genel olarak yaptıkları değerlendirmelerinde, kontrollü melezleme ile oluşturulan bir populasyon içinde ayrım gösteren markör çiftlerinin mümkün olan bütün oluşumlarının sonuçlarını rapor etmişlerdir. Homozigot ebeveynlerden elde edilen melez bitkiler içindekine göre yabancı tozlanan bitki türlerinden oluşan populasyon içinde moleküler markörler kullanarak yapılan bağlantı analizlerinin ve haritalamanın çok karmaşık bir yapı olduğunu bildirmişlerdir. Araştırmacılar, yaptıkları değerlendirmelerinde markörlerin, ayrım gösteren allellerin sayısını değiştirebileceğini, dominant veya kodominantlık gösterebileceklerini, bir veya her iki ebeveynin homozigot olabileceği ve genellikle markör çiftlerinin bağlantı aşamalarının bilinemediğini belirtmişlerdir. Bu farklılıklar nedeniyle markör çiftlerinin, rekombinasyon frekanslarının ve iki ebeveyn içindeki markörlerin bağlantı aşamalarının genellikle eşzamanlı olarak tahmin edilmek zorunda olduğunu açıklamışlardır Antepfıstığında Yapılan Moleküler Çalışmalar Vezvaei (1995) İran antepfıstığı çeşitlerinde beş farklı izoenzim sistemini test etmiş ve en yüksek polimorfizmin AAT (aspartate amino transferase) ile GPI (glucose-6-phosphate isomerase) izoenzim sistemlerinden elde edildiğini bildirmiştir. Dollo (1996) İtalya da yetişen P. vera çeşitleri ve diğer Pistacia türlerinin tanımlanmasında izoenzim analizlerini kullanmış ve GPI ile AAT izoenzim sistemlerinin en polimorfik sistemler olduğunu belirlemiştir. Barone ve ark. (1996) İtalya kökenli dişi ve erkek P. vera çeşitlerinin tanımlanmasında izoenzim yöntemini kullanmışlar ve erkeklerin dişilere oranla daha fazla polimorfik olduklarını belirlemişlerdir. Araştırıcılar üç farklı izoenzim 16

40 2. ÖNCEKİ ÇALIŞMALAR Yüşa TÜRKELİ sisteminin kullanılması ile tüm erkek çeşitleri birbirinden ayırt edilebilirken, dişi çeşitlerin ancak %50 sini ayırt edebilmişlerdir. Hormaza ve ark. (1994a) ile Kafkas ve ark. (2001) tarafından yapılan moleküler düzeydeki çalışmalarda Pistacia türlerinde cinsiyeti erken dönemde belirleyebilmek için RAPD (randomly amplified polymorphic DNA) markörler aranmış ve P. vera, P. eurycarpa ile P. atlantica türlerinde RAPD markörler bulunmuştur. Ancak bulunan markörlerin çok az sayıda olması ve bunların çok sayıdaki primer ( adet) arasından bulunması nedeniyle araştırıcılar antepfıstığında cinsiyeti bir veya bir birkaç genin belirlediği hipotezini ileri sürmüşlerdir. Hormaza ve ark. (1994a) P. vera da buldukları RAPD markörü cinsiyeti belli ve ebeveynleri aynı olan populasyonlarda test ettiklerinde 1:1 (dişi: erkek) oranında bir açılımın olduğunu belirlemişlerdir. Buna ek olarak Yakubov ve ark. (2005), P. vera da cinsiyeti belirleyen markör geliştirmek için SCAR (squence characterized amplified regions) primer kombinasyonları ile Toucdown-PCR metodunu kullanmışlar ve cinsiyeti erken dönemde belirleyebilmek için uyguladıkları metodun basit ve güvenilir olduğunu belirtmişlerdir. Dollo ve ark. (1995) 15 farklı P. vera çeşidini RAPD tekniği ile 33 primer kullanarak DNA parmak izlerini çıkartmışlardır. Test edilen 33 primerden 14 tanesi tekrarlanabilir 37 adet polimorfik bant üretmiştir. Hormaza ve ark. (1994b) bu 37 markörü kullanarak 15 P. vera çeşidine ait dendrogramları çıkartmışlardır. Elde edilen bulgulara göre iki adet grup oluşmuştur. Bunlardan birincisi Akdeniz, Kuzey Afrika ve Ortadoğu ülkeleri orijinli çeşitleri (Ask, Red Aleppo, Aegina, Bronte, Trobenalla, Nazareth, Sfax) içerirken, ikinci grup ise İran-Hazar Denizi orijinli çeşitleri (Peters, Gazvin, 02-16, 02-18, İran large, Damghan, Rashti, Kerman) içermiştir. Hormaza ve ark. (1998) yapılan bu çalışmaya Türk Cumhuriyetleri ülkeleri orijinli 16 adet daha genotip ekleyerek yukarıda sözü edilen hipotezin doğruluğunu test etmişler ve yine öncekiler ile benzer sonuçları elde etmişlerdir. Parfitt ve Badenes (1997), Pistacia cinsi içindeki sınıflandırmanın yaprak morfolojisi ve jeografik dağılıma dayalı olarak yapılması yanında moleküler genetik tekniklerinin 10 Pistacia türünün filogenetik ilişkilerini çalışmak için yeni bir temel 17

41 2. ÖNCEKİ ÇALIŞMALAR Yüşa TÜRKELİ oluşturduğunu belirtmişlerdir. Yapılan analizlere göre Pistacia cinsi iki ana gruba ayrılmıştır. Araştırıcılar, P. vera nın en az yayılan tür olduğunu ve Asya türlerinden biri olan P. weinmannifolia nın P. texana ve P. mexicana türleriyle en yakın olarak ilişkili olduğunu bildirmişlerdir. P. integerrima ve P. chinensis in farklı olduğu görülmüş, ancak türlerin iki çifti, iki önemli grubun (P vera : P. khinjuk ve P. mexicana : P. texana) her biri içinde monofiletik olduğu belirlenmiştir. Hormaza ve ark. (1998), RAPD markörlerini kullanarak 29 antepfıstığı (P. vera L.) çeşidi ve tipleri arasındaki genetik çeşitliliği analiz etmişlerdir. Elde ettikleri sonuçlara göre korunmasının önemli olduğu yabani P. vera türleri içinde yüksek derecede polimorfizm olduğu belirtilmiştir. Araştırıcılar, daha önce tanımlanmamış ve yeni analiz edilen çeşitlerin daha yüksek genetik çeşitliliğe sahip olduğunu belirlemişlerdir. Aynı zamanda araştırıcılar, koleksiyon parselinde farklı olarak tanımlanan materyalin aynı klon olduğunu ve aynı orijin bölgesinden geldiğini tespit etmişlerdir. Böylece araştırıcılar, klonal çoğaltılan türler için genetik kaynakları koleksiyonunun korunması ve tanımlanmasında moleküler markör tekniklerinin önemini vurgulamışlardır. Kafkas ve ark. (2000), yaptıkları çalışmalarda Pistacia türlerinin iki evcikli (dioik) bitkiler olduklarını ancak, Pistacia atlantica Desf. türünün yabani populasyonu içinde monoik özellik gösteren bitkilerin bulunduğunu rapor etmişlerdir. Araştırıcılar, Manisa da Yunt dağında buldukları birkaç monoik atlantik sakızı ağacının erkek ve dişi çiçek olgunluk zamanlarını 2 yıl boyunca gözlemlemişler ve ağaçlar arasında farklılık olduğunu tespit etmişlerdir. Ağacın birinde (PA-18 genotipi) tüm dallardaki çiçekler tamamen monoik özellikte olmuş iken üç ağacın (PA-6, PA-13, PA-14) birkaç dalında sadece erkek çiçek salkımları bulunmuş, diğer dallarında ise sadece dişi çiçekler açmıştır. Diğer beş ağacın (PA-2, PA-8, PA-9, PA-17, PA-19) birkaç dalı üzerinde erkek çiçek salkımları dişi çiçek salkımları ile birlikte görülmüştür. Araştırıcılar, TTC (triphenyl tetrazolium chloride) testi ile monoik bitkilerde çiçeklerin polen canlılığını ve in vitro da çimlenme yeteneğini test etmişler, polen canlılığının %64-93 ve polen çimlenme oranının %34-64 arasında değişiklik gösterdiğini ortaya koymuşlardır. Analiz edilen bu değerler, P. atlantica nın normal erkek ağaçlarındakine benzer bulunmuştur. 18

42 2. ÖNCEKİ ÇALIŞMALAR Yüşa TÜRKELİ Araştırıcılar yaptıkları çalışma sonucunda, monoik özellik gösteren ağaçlardan elde ettikleri polenleri, P. vera nın Ohadi ve Vahidi çeşitlerini tozlamak için kullanmışlar ve çimlenebilen tohumlar elde etmişlerdir. Morfolojik özellik verileri ve RAPD analizleri kullanılarak Türkiye florasındaki yabani Pistacia genotiplerinin genetik çeşitliliği ve taksonomik ilişkilerin araştırıldığı bir çalışmada P. vera, P. atlantica, P. terebinthus ve P. eurycarpa türleri kullanılmıştır. Türkiye nin farklı bölgelerinden toplam 40 yabani Pistacia genotipi karakterize edilmiştir. Siirt ve Gaziantep illerinden 10 P. eurycarpa genotipi, Adana, Aydın ve Manisa illerinden 20 P. atlantica ve 10 P. terebinthus genotiplerini içermiş ve P. vera nın Kırmızı ve Siirt çeşitleri de karşılaştırma için denemede yer almıştır. Yapılan çalışma sonucunda, P. vera ya en yakın türün P. eurycarpa, P. atlantica ve P. terebinthus olduğu tespit edilmiş, toplam 138 band veren 10 polimorfik RAPD primer, bu genotiplerin DNA parmak izlerini belirlemek için kullanılmıştır. Analiz sonucunda, 4 Pistacia türü birbirinden açıkça ayrılmıştır. P. terebinthus un P. vera ya en uzak tür olduğu ve P. atlantica ve P. eurycarpa nın en yakın iki tür olduğu tespit edilmiştir. Çalışmada birkaç yabani genotipin türler arası melezler olduğu bulunmuş ve bu dört türün her biri için türe-özel markörler belirlenmiş olup gelecekte yeni genetik kaynak materyallerinin sınıflandırılmasında bunların yararlı olabileceği vurgulanmıştır (Kafkas ve Perl-Treves, 2001). Kafkas ve Perl-Treves (2002), RAPD analizi ile Pistacia cinsinin 9 türü arasındaki genetik ilişkileri araştırmışlardır. P. atlantica, P. terebinthus, P. eurycarpa, P. vera, P. integerrima, P. mexicana, P. palaestina, P. lentiscus ve P. khinjuk türlerini içermiştir. Araştırıcılar 20 RAPD primeri kullanmışlar, elde ettikleri toplam 242 bandın 228 inin türlerarası seviyede polimorfik olduğunu kaydetmişlerdir. Araştırıcılar, primer başına düşen toplam bant sayısını 12.1 ve primer başına düşen polimorfik bant sayısını ise 11.4 olarak tespit etmişlerdir. Analiz sonucunda iki ana grup oluşturmuşlardır. Birinci grup, tek gövdeli, büyük ağaçlara sahip olan P. vera, P. khinjuk, P. eurycarpa, P. atlantica ve P. integerrima türlerini içermiş olup çalı formunda, küçük ağaçlara sahip diğer grup ise P. terebinthus, P. palaestina, P. mexicana ve P. lentiscus türlerini içermiştir. Araştırıcılar çalışmalarında, P. palaestina ve P. terebinthus, P. eurycarpa ve P. atlantica, P. vera 19

43 2. ÖNCEKİ ÇALIŞMALAR Yüşa TÜRKELİ ve P. khinjuk, P. mexicana ve P. lentiscus un en yakın tür çiftleri olduğunu belirlemişlerdir. P. terebinthus ile P. palaestina türlerinin ise birbirlerine çok yakın akraba olduklarını bildirmişler ve P. integerrima yı ise bu iki gruba dahil etmemişlerdir. Aynı zamanda, araştırıcılar P. eurycarpa nın (syn. P. atlantica var. kurdica) P. atlantica dan farklı bir tür olduğunu belirtmişlerdir. Türkiye deki yabani Pistacia türlerine (P. terebinthus L., P. atlantica Desf. ve P. eurycarpa Yalt.) ait farklı bölgelerden toplam 65 Pistacia genotipi fenotipik ve morfolojik olarak karakterize edilmiştir. Siirt ve Gaziantep illerinden 10 P. eurycarpa genotipi, Adana, Aydın ve Manisa illerinden 45 P. atlantica ve 10 P. terebinthus genotipleri karakterize edilmiştir. Çalışmada 10 kantitatif karakter ve 20 kalitatif karakter içeren toplam 30 karakter (4 ağaç, 19 yaprak ve 7 meyve) incelenmiş, hem tür içi hem de türler arası seviyede 65 genotip yüksek derecede çeşitlilik göstermiştir. Birkaç karakterin, tür seviyesinde tanımlayıcı karakter olduğu belirlenmiş olup meyve ağırlığının, meyve çapı ve yaprak uzunluğu ile pozitif ilişkili olduğu tespit edilmiştir (Kafkas ve ark., 2002). Kafkas (2003), Pistacia cinsine ait türlerin dioik özelliklere sahip olduğunu, bu durumun antepfıstığında verim ve kaliteyi olumsuz etkilediğini belirtmiştir. Araştırıcı, Manisa ili Yunt dağında buldukları monoik çiçek yapısına sahip P. atlantica genotiplerini kullanarak melezleme ıslahı programı başlatmıştır. Araştırıcı bu çalışmasında, melezleme ile Pistacia içindeki kalıtımı ve cinsiyeti belirleyen mekanizmayı ortaya çıkarmak ve monoik P. vera çeşitleri geliştirmeyi hedeflemiştir. Araştırıcı, melezleme programında monoik P. atlantica genotiplerini, P. vera nın iki çeşidini ( Siirt ve Uzun ) ve Yunt dağındaki dioik P. atlantica ağaçlarını dişi ebeveyn bitkiler olarak, bunlarla birlikte monoik P. atlantica genotiplerini, dioik erkek P. vera ve P. atlantica ağaçlarını tozlayıcı ebeveyn bitkiler olarak kullanmıştır. Toplamda 20 farklı tür içi ve türler arası melezleme gerçekleştirilmiş, bunlardan 4 ünü monoik P. vera populasyonlarını geliştirmek için kullanırken, diğer kombinasyonlar Pistacia içindeki cinsiyet kalıtımını ve mekanizmasını belirlemek için yapılmıştır. Katsiotis ve ark. (2003), Pistacia cinsinin (Anacardiaceae) yaprak karakterlerine ve meyve morfolojisine göre 4 grup olarak 11 tür içerdiğini, cpdna 20

44 2. ÖNCEKİ ÇALIŞMALAR Yüşa TÜRKELİ (kloroplast DNA) kullanılarak 2 monofiletik grubun daha tespit edildiğini (Lentiscus: herdemyeşil türler, Terebinthus: yaprağını döken türler) bildirmektedirler. Yaptıkları çalışmada araştırıcılar, RAPD ve AFLP moleküler markör tekniklerini kullanarak, Yunanistan daki Pistacia türlerinin doğal gelişimlerine dayalı olarak iki ana grup belirlemişlerdir. Araştırıcılar, bir gruba, herdemyeşil türler olan P. lentiscus ve reçine üreten P. lentiscus cv. Chia çeşidini ve diğer gruba, yaprağını döken P. terebinthus, P. palaestine ve P. vera türlerini dahil etmişlerdir. P. chinensis i, ya RAPD verileri içeren herdemyeşil türlerle veya AFLP verileri içeren yaprağını döken türlerle gruplandırmışlardır. Çalışma sonucunda P. palaestina türünün P. terebinthus un bir alt türü olduğu kanısına varmışlardır. Ahmad ve ark. (2003), yaptıkları bir çalışmada antepfıstığında SSR primeri geliştirmek için Kerman çeşidinin DNA sını kullanarak genomik kütüphane oluşturmuşlar ve CA, CT ve CTT motiflerini kullanarak sekanslamaya hazır klonlar elde etmişlerdir. CT motifi ile zenginleştirilmiş kütüphaneden 89 klonun sekansı yapılmış ve %64 ü tekrarlanan motif içermiştir. CA motifi ile zenginleştirilmiş kütüphaneden ise 62 klonun sekansı yapılmış ve %59 u tekrarlanan dizilim içermiştir. Toplam 151 dinükleotit klondan %44 ünde primer dizaynı yapılabilmiştir. CTT ile zenginleştirilmiş kütüphaneden 33 klonun sekansı yapılmış ve %24 ünde primer dizaynı gerçekleştirilmiştir. Ortaya çıkan primer çiftlerinden 25 tanesinin sentezi yaptırılmış ve primerler marketlerde bulunan değişik orijinli antepfıstığı çeşitlerinde Li-Cor sekanslama ünitesi kullanılarak test edilmiştir. 25 primer çiftinden 14 tanesi (%56) PCR sonucunda değerlendirebilir bant üretmiştir. 14 primer çifti toplam 46 allel üretmiş ve primer çifti başına düşen allel sayısı 2 ile 5 arasında değişmiştir. Bant büyüklükleri ise 120 ile 342 bç arasında yer almıştır. Barazani ve ark. (2003), Türkmenistan da Kepele ve Agachli yörelerine ait iki ayrı populasyon tohumlarından Pistacia vera L. çöğürleri elde etmişler ve bunların büyüme güçleri ve genetik çeşitliliğini değerlendirmişlerdir. Araştırıcılar, iki populasyon arasındaki farklılığı, hem bitki büyüme oranı hem de RAPD analizleri ile belirlemişlerdir. Bununla birlikte, araştırmacılar bitkiler içinde uzunluğuna büyüme oranının, Agachlı nın 17 genotipinin, Kepele nin 10 genotipine ait ortalamadan 1.3 kat ve gövde çapı büyüme oranının ise 1.2 kat daha fazla olduğunu belitmişlerdir. 21

45 2. ÖNCEKİ ÇALIŞMALAR Yüşa TÜRKELİ Araştırıcılar, dallanma analizinin, genotipleri cografik orijinlere göre iki ana genetik gruba ayırdığını ve Agachlı grubunun, iki alt gruba bölündüğünü ifade etmişlerdir. Ayrıca, bir Kepele genotipi ( K4 ), genetik olarak diğerlerinden farklı bulunmuş ve ayrı bir grupta yer almıştır. İki Agachlı genotipinin ( A12 ve A17 ) ise iki ana grubun dışında dallanma gösterdiğini belirlemişlerdir. Bununla birlikte, Kepele nin K9 ve K10 genotipleri, hariçten Agachli nin iki alt grubunun içinde dallanma göstermiştir. Araştırmacılar, bu durumu iki populasyon arasında yakın genetik ilişkiyi belirlediğini açıklamışlardır. Bununla birlikte, yüksek benzerlik değerlerinin ( ) ve küçük genetik uzaklıkların, iki bölge arasında 100 Km uzaklığın bulunduğu Kepele ve Agachli arasında gen akışı sonucu olabileceğini bildirmişlerdir. Araştırıcılar yaptıkları Mantel test sonucu RAPD ve morfolojik özellikler arasında önemli ilişkiler açığa çıkarmışlardır. Ayrıca araştırıcılar, moleküler markörler ve morfolojik özellikler arasındaki ilişkilerin, P. vera L. genotiplerinin ve genetik çeşitliliğinin korunmasında daha fazla destekleyi olacağını belirtmişlerdir. Avanzato ve Quarta (2004), Bulgaristan ın Plovdiv bölgesine ait Rodopi dağlarında monoik çiçek yapısına sahip P. terebinthus ağaçları bulduklarını bildirmişlerdir. P. terebinthus un monoik formlarının, yaşlarında, kuru ve taşlı alanlarda büyüyen 2-3 m boyunda, koyu yeşil yapraklara sahip ağaçlar olduğunu belirtmişlerdir. Monoik ağaçlardan aldıkları vejetatif materyali, P. integerrima ve P. terebinthus anaçları üzerine aşılayarak dioik P. terebinthus ile karşılaştırmışlardır. Araştırıcılar, hem fenolojik gözlemler hem de moleküler analizler (RAPD) yaptıklarını ve monoik P. vera ıslah programı başlattıklarını bildirmişlerdir. Golan-Goldhirsh ve ark. (2004), Akdeniz bölgesinin Pistacia türleri ve türler içindeki farklı tipler arasındaki polimorfizmi RAPD ve AFLP analizleri ile değerlendirmişlerdir. Araştırıcılar, Akdeniz bölgesindeki farklı lokasyonlardan 6 türe ait 28 Pistacia tiplerini analiz etmişler. 27 RAPD primeri kullanarak elde ettikleri toplam 259 DNA bandının 254 ünün polimorfik olduğunu belirlemişlerdir. Ayrıca araştırıcılar, 15 AFLP primer çiftini analiz ederek kaydettikleri toplam 1026 bandın 954 (%93) ünün polimorfik bant olduğunu tespit etmişlerdir. Araştırıcılar çalışmalarında, benzerlik matriksi ile oluşturdukları dendogramların Pistacia türlerini iki gruba ayırdığını belirlemişlerdir. Birinci grup, bütün P. lentiscus ları 22

46 2. ÖNCEKİ ÇALIŞMALAR Yüşa TÜRKELİ içermiş ve ikinci grup ise diğer bütün tipleri içermiş olup iki alt gruba ayrılmıştır. Bu alt gruplardan biri P. palaestina ve P. terebinthus türlerini ve diğer alt grup ise P. atlantica, P. khinjuk ve P. vera türlerinin içermiştir. Ayrıca araştırıcılar, P. palaestina ve P. terebinthus gibi, P. vera ve P. khinjuk türlerinin çok yüksek benzer olduğunu bildirmişlerdir. Ahmad ve ark. (2005), P. atlantica, P. integerrima ve bu türlerin melezi olan farklı UCB1 bitkilerinde SSR ve SRAP tekniklerini Li-Cor sistemini kullanarak uygulamışlardır. SSR tekniğinde 12 primer çifti uygulanmış ve lokus başına 2.9 bant düşmüştür. Primer başına düşen allel sayısı 2 ile 5 arasında değişmiştir. SRAP tekniğinde ise sekiz primer kombinasyonu uygulanmış ve primer çifti başına düşen bant sayısı 11 ile 38 arasında değişiklik göstermiş ve ortalama 25.2 olmuştur. Toplam 202 banttan %51 inin polimorfik olduğu belirlenmiştir. Bant büyüklükleri ise 80 bç ile 720 bç arasında değişmiştir. Kafkas (2006a), 10 Pistacia türüne ait 31 yabani ve 4 kültür çeşidi olmak üzere toplam 35 genotip üzerinde AFLP tekniğini kullanarak filogenetik analiz yapmıştır. 6 AFLP primer kombinasyonu ile 254 ü polimorfik olan (%92.4) toplam 275 bant elde etmiş, primer başına düşen toplam bant sayısını 45.8 ve primer başına düşen polimorfik bant sayısını 41.5 olarak bulmuştur. Polimorfizm oranını %90.5 olarak hesaplanmıştır. Ayırma gücü değerlerinin 30.7 (E AGG /M ATC ) ile 54.0 (E AGC /M ATC ) aralığında değişmiş, ortalama ayırma gücü ve toplam ayırma gücü (AG) olarak hesaplanmıştır. Polimorfizm bilgi içeriği ortalamasının olduğu bildirilmiştir. Kafkas ve ark. (2006a), Türkiye nin gen kaynaklarında bulunan 69 antepfıstığı çeşidini RAPD, ISSR ve AFLP yöntemlerini kullanarak tanımlamışlar ve aralarındaki genetik ilişkileri belirlemişlerdir. Çalışmada toplam 572 markör elde edilmiş ve bunların 307 tanesi polimorfizm göstermiştir. Antepfıstığı çeşitleri esas olarak iki gruba ayrılmıştır. Birinci grupta İran orijinli çeşitler yer alırken, ikinci grupta Siirt grubu, Türk çeşitleri ve Suriye orijinli çeşitler ile Kuzey Afrika ve öteki Akdeniz Ülkeleri orijinli çeşitler yer almıştır. İkinci grup esas olarak üç alt gruba ayrılmıştır: birinci alt grup Siirt çeşidi ve bu çeşit içerisinden selekte edilen genotipleri kapsamıştır. İkinci alt grup ise standart Gaziantep ile Şanlıurfa yöresi 23

47 2. ÖNCEKİ ÇALIŞMALAR Yüşa TÜRKELİ çeşitlerini (Kırmızı ve Uzun gibi) ve bu çeşitler içerisinden selekte edilmiş genotipleri içine almıştır. Üçüncü alt grupta ise Yunanistan, Tunus, İtalya ve Kıbrıs da yetiştirilen çeşitler yer almıştır. Ülkemizde yetiştirilen Halebi çeşidi de bu alt gruba girmiştir. Genetik mesafelere bakıldığında Siirt çeşidinin İran grubu ile Akdeniz ülkeleri orijinli çeşitler arasında yer aldığı belirlenmiştir. Ayrıca araştırıcılar üç moleküler markör sistemini de polimorfizm vb. özellikler bakımından karşılaştırmışlar ve sonuçta en iyi yöntemin AFLP olduğu sonucuna varmışlardır. RAPD ile ISSR arasında polimorfizm ve bant sayısı bakımından farklılık gözlenmemesine karşın tekrarlanabilirlik bakımından ISSR tekniğinin daha üstün olduğu belirlenmiştir. Kafkas ve ark. (2006b), AFLP tekniğini kullanarak Afganistan ın Kunduz ve Takhar bölgelerinden alınan 17 yabani antepfıstığı (P. vera) ve 3 kültür çeşidinin moleküler karakterizasyonunu yapmışlardır. 8 AFLP primer kombinasyonu kullanılarak 136 sı polimorfik olan toplam 288 AFLP fragmenti elde etmişlerdir. Primer kombinasyonlarının arasında değişen sayıda polimorfik bant ürettiğini ve primer başına düşen polimorfik bant sayısının ortalama 17 olduğunu bildirmişlerdir. En yüksek polimorfizmi E ACC /M GAG primer kombinasyonunun verdiğini, en düşük polimorfizmi ise E AAG /M CTA primer kombinasyonun verdiğini bulmuşlardır. Polimorfizm oranını %46.7 olarak hesaplamışlardır. Elde edilen sonuçlara göre 17 yabani Afgan antepfıstığı çeşidini bölgelerine göre gruplandırmışlar ve 3 kültür formundan ayırmışlardır. AFLP tekniğinin yabani P. vera da karakterizasyon için uygun bir teknik olduğunu bildirmişlerdir. Basha ve ark (2007), Suriye de bulunan 37 üretici bahçesinden topladıkları 114 antepfıstıgında morfolojik ve moleküler düzeyde analiz yapmışlardır. Moleküler analiz için 7 primer kombinasyonu kullanarak AFLP yöntemini uygulamışlardır. Primer başına düşen ortalama polimorfik bant sayısının 24 oldugunu bildirmişlerdir. Çalışma sonucunda, 25 dişi antepfıstığı çeşidi tespit etmişler ve bunlardan bazılarının ilk kez tespit edilen çeşitler olduğunu bildirmişlerdir. AFLP yönteminin genetik çeşitliliği belirlemede başarılı bir yöntem olduğunu ve morfolojik karakterlerle moleküler analiz sonuçlarının birbirleri ile tutarlı olduğunu açıklamışlardır. 24

48 2. ÖNCEKİ ÇALIŞMALAR Yüşa TÜRKELİ Afzadi ve ark. (2007), İranda yetişen bazı yabani Pistacia türleri ile bazı antepfıstığı çeşitlerinin genetik çeşitliliğini AFLP ile analiz etmişlerdir. Araştırıcılar, 45 antepfıstığı genotipini analiz etmek için AFLP primeri kullanmışlar ve ortalama polimorfizmi %95.2 olan toplam 506 polimorfik bant belirlemişlerdir. Dallanma analizi antepfıstığı genotiplerini 4 gruba ayırmıştır. Ticari olarak yetiştirilen bütün antepfıstığı genotipleri grup I ve II içinde yer almıştır. Araştırıcılar çalışma sonucunda yabani antepfıstığı genotiplerinin kültürü yapılan çeşitlerden ayrıldığını ve AFLP tekniğinin antepfıstığının genetik çeşitliliğini analiz etmek için güvenilir bir metod olduğunu bildirmişlerdir. Albaladejo ve ark. (2008), Akdeniz ikliminde yetişen Pistacia lentiscus için 8 polimorfik mikrosatellit markör geliştirmişlerdir. Çalışmada İspanya nın güneyinde bulunan iki populasyondan 42 birey üzerinde 8 lokusun karakterizasyonu yapılmıştır. Araştırıcılar, her bir lokus için 3-13 arasında değişen tüm allel sayısını 59 olarak belirlemişlerdir. Her bir lokus ve populasyon için beklenen heterozigotluğun ile arasında değişiklik gösterdiğini tespit etmişlerdir. Karimi ve ark. (2009), AFLP markörlerini kullanarak farklı Pistacia türleri arasındaki genetik ilişkileri belirlemişlerdir. Çalışmalarında P. vera, P. eurycarpa, P. khinjuk türlerine ait toplam 44 genotip, P. atlantica nın alt türleri (atlantica, mutica, kurdica, cabulica) ile üç melez bitkiye (P. eurycarpa x P. atlantica, subsp. mutica ve cabulica) ait materyalleri kullanmışlardır. Araştırıcılar, 6 adet AFLP primer kombinasyonundan elde ettikleri toplam 475 bandın 340 ının polimorfik ve primer çifti başına düşen ortalama bant sayısını ise olarak bulmuşlardır. Araştırıcılar yapılan istatistik analiz sonucunda P. vera ya en yakın türün P. eurycarpa ve bunu P. atlantica ve P. mutica türlerinin izlediğini belirtmişlerdir. Ayrıca P. atlantica nın iki alt türü olan P. atlantica subsp. mutica ve cabulica nın birbirlerine en yakın genotipler olmasına rağmen, bunların P. atlantica dan ayrı olduğunu bildirmişlerdir. Bununla birlikte, araştırıcılar çalışmalarında P. atlantica subsp. mutica nın, P. mutica dan ayrı bir tür olduğunu, P. mutica subsp. cabulica nın ise P. mutica nın bir alt türü olduğunu ortaya çıkarmışlardır. Araştıcılar, elde ettikleri sonuçlara göre P. eurycarpa nın, P. atlantica dan farklı olarak, P. atlantica subsp. kurdica nın sinonimi olduğu kanısına varmışlardır. 25

49 2. ÖNCEKİ ÇALIŞMALAR Yüşa TÜRKELİ Pazouki ve ark. (2009), 22 yabancı P. vera çeşidi ile birlikte 282 yerel Pistacia genotiplerini 10 SSR markörü kullanarak Pistacia türleri ve çeşitleri arasındaki genetik ilişkileri belirlemişlerdir. Araştırıcılar elde ettikleri sonuçlara göre P. atlantica subsp. kurdica içindeki genetik çeşitliliğin P. vera ve P. khinjuk dan daha düşük olduğunu belirtmişlerdir. Ayrıca araştırıcılar yaptıkları istatistik analizine (ANOVA) göre türler arasında, farklı populasyonlar arasında ve populasyonlar içindeki varyasyonun, toplam varyasyonun sırasıyla %41 i, %9 u ve %50 si olduğunu belirtmişlerdir. Araştırıcılar çalışma sonuçlarının, SSR markörlerinin kullanılarak Pistacia türleri ve çeşitleri arasındaki genetik ilişkilerin ve çeşitliliğin belirlenmesinin antepfıstığı genetik kaynaklarının korunması ve toplanması için önemli bilgiler sağladığını bildirmişlerdir. Noroozi ve ark. (2009), İran da zengin bir antepfıstığı kaynaklarının bulunduğunu, bu yüzden dünyada yerel antepfıstığı çeşitlerinin sayısı ve çeşitliliğinin çok fazla olduğunu bildirmişlerdir. Araştırıcılar, 6 ISSR primerleri ile 31 çeşit arasındaki genetik ilişkileri belirlemişlerdir. Çalışmalarında GA, CA, GAA tekrarlara dayalı ISSR primerlerinden iyi bir amplifikasyon ürünü elde edilmiş, ancak CT, GT ve CAA tekrarlara dayalı primerler ise daha az verimli olmuştur. Araştırıcılar, üç primerden elde ettikleri toplam 28 bandın 13 ünün polimorfik olduğunu, ortalama bant sayısını ise 9.3 olarak bulmuşlardır. Toplam bant sayısı 7-12 arasında ve polimorfik bant sayısı ise 3-5 arasında değişiklik göstermiştir. Ayrıca, araştırıcılar, analiz ettikleri çeşitler arasında düşük genetik çeşitlilik görüldüğünü ve ISSR-PCR analizinin etkili bir polimorfizme sahip olduğunu belirtmişlerdir. Shanjani ve ark. (2009), antepfıstığının genetik çeşitliliğinin bilinmesinin, bu türün korunması için uygun yönetim stratejilerinin oluşturulması için gerekli olduğunu ifade etmişlerdir. Araştırıcılar, birkaç yabancı çeşitlerle birlikte, en önemli İran çeşitleri ve 3 yabani türden (P. vera, P. khinjuk ve P. atlantica subsp. kurdica) yedi populasyona ait toplam 216 antepfıstığı genotipleri içindeki AFLP polimorfizmini belirlemek için analiz etmişlerdir. İran çeşitleri içinde yüksek derecede genetik çeşitlilik belirlenmiş ve bunlar yabancı çeşitlerden belirgin şekilde ayrılmıştır. Araştırıcılar, sonuçları diğer türlerle karşılaştırıldığında, en düşük toplam bant sayısına sahip P. atlantica subsp. kurdica içinde en düşük polimorfizm 26

50 2. ÖNCEKİ ÇALIŞMALAR Yüşa TÜRKELİ gözlendiğini belirtmişlerdir. Bu duruma göre, doğal ortamda hızlı bir düşüş gösteren P. atlantica subsp. kurdica nın güçlü bir genetik çeşitlilik kaybını açığa çıkardığı bildirilmiştir Pistacia Türlerinde Yapılan Kromozom Sayımı Çalışmaları Harandi ve Ghaffari (2001), P. vera için iki genetik çeşitlilik merkezi tanımlanmış olduğunu, bunlardan birinin İran dan Türkiye nin doğusuna kadar uzandığını, diğer bölgenin ise kuzey Afganistan ve güney Türkmenistan arasında yer aldığını belirtmişlerdir. Araştırmacılar, kromozom çalışmalarında P. vera nın İran türlerini kullanmışlardır. Araştırıcılar, bu türlerde düzenli mayoz bölünme görüldüğünü ve ilk metafaz safhasında 15 çift kromozom (bivalent) gözlediklerini belirtmişlerdir. Çift kromozomların çoğunda, iki uç kiyazma belirlenmiş ve birinci metafaz safhasında her bir çift kromozom (bivalent) için kiyazmanın ortalama sayısı 1.35 olarak tespit edilmiştir. Araştırıcılar, 1-5 kromozom çiftini diyakinez (profaz safhası) içindeki çekirdekçik ile ilişkili olduğunu belirlemişlerdir. Ayrıca bu türe ait zigoten kromozom sarmalının çok hızlı olduğu, çekirdekçik çevresinde toplandığı, kısa ve kalın olduğu saptanmış ve bazı hücrelerde yavaş hareket eden, tekli ve çoklu kromozomlar gözlemlemişlerdir. Araştırıcılar, mitotik çalışmadan elde ettikleri sonuçların mayotik çalışmaları ve diploid kromozom sayısını (2n=30) doğruladığını belirtmişlerdir. Bununla birlikte, profaz ve metafaz safhasında da görülebilen, interfaz safhasında iki sentromerin açık şekilde görüldüğünü tespit etmişlerdir. Araştırıcılar, bu cins içindeki mayotik davranışların ilk kez bu çalışmada saptandığını bildirmişlerdir. Ghaffari ve ark. (2002), Anacardiaceae familyasına ait Pistacia cinsinin sadece dioik türleri içerdiğini bildirmişlerdir. Bu cinse ait bütün türlerin diploid kromozom sayısının 2n=24, 28 ve 30 olduğunu ve haploid kromozom sayısının ise x=12, 14 ve 15 olarak belirtmişlerdir. Çalışmalarında diploid kromozom sayılarını Pistacia atlantica Desf. türü için 2n=28, Pistacia khinjuk Stock. için 2n=24 ve Pistacia vera L. için 2n=30 olarak bildirmişlerdir. Araştırıcılar, diploid kromozom sayısı 2n=24 olan Pistacia khinjuk un orta ve ortaya yakın sentromeri olan simetrik 27

51 2. ÖNCEKİ ÇALIŞMALAR Yüşa TÜRKELİ kromozom yapısına sahip olduğunu tespit etmişlerdir. Ayrıca araştırmacılar, atasal türlerin simetrik kromozom yapısına sahip olduğu için, bu cins içindeki başlangıç temel kromozom sayısının x=12 olduğunu ve diğer temel kromozom sayısı olan x=14 ve x=15 in ise x=12 den türediğini bildirmişlerdir. Çalışmalarının sonucunda araştırıcılar, Pistacia cinsi içinde bu güne kadar hiçbir poliploidi durumunun tespit edilmediğini ve bu durumda diploidinin, türleşme ve evrimde önemli rol aldığının görüldüğünü vurgulamışlardır. Ila ve ark. (2003), yaptıkları çalışmada dört Pistacia türüne ait kök ucu hücrelerinde kromozom sayılarını belirlemek ve Pistacia türleri için kromozom sayım yöntemleri oluşturmayı hedeflemişlerdir. Araştırmacılar, kromozom sayımı için moleküler seviyede tanımlanmış olan P. vera L, P. terebinthus L., P. atlantica Desf. ve P. eurycarpa Yalt. türlerini kullanmışlardır. Pistacia meyvelerine 500 ppm GA 3 uygulanmış ve pleyt üzerinde çimlendirilmiştir. Araştırıcılar, büyüyen kök ucunu, mitoz hücrenin c-metafaz bölünme safhasında kromozom sayımı için kullanmışlardır. Bununla birlikte araştırmacılar, Pistacia türleri için iyi bir kromozom sayım yöntemi geliştirdiklerini, ayrıca mitozun metafaz safhasında kromozomların iyi bir ayrım ve iyi boyama gösterdiğini belirtmişlerdir. Araştırmacılar çalışmalarının sonucunda, dört Pistacia türünün diploid kromozom sayısını 2n=30 olarak bulmuşlardır. Ayrıca P. atlantica ve P. eurycarpa (syn. P. atlantica subsp. kurdica) türlerinin kromozom sayılarını ilk kez bu çalışmada 2n=30 olarak tespit ettiklerini bildirmişlerdir. Araştırıcılar, bu çalışmanın anaç ıslahı ve sitolojik çalışmalar için antepfıstığı çeşitleri ile ilgili önemli bilgi sağladığını belirtmişlerdir. Ayaz ve Namlı (2009), Türkiye de yetişen Pistacia vera L. türünün kromozom sayısı ve karyotip analizleri çalışması yapmışlardır. Araştırıcılar bitki materyali olarak, tohumdan elde ettikleri in vitro ortamındaki kök uçlarını kullanmışlardır. Analiz sonucunda P. vera nın kromozom sayısını, mitoz hücre bölünmesinin c-metafaz safhasında 2n=30 olduğunu belirlemişlerdir. Bununla birlikte araştırmacılar, tüm kromozomların sentromer tipini, orta, ortaya yakın, uç kısma yakın ve uç kısımda olarak tespit etmişler ve kromozom çiftlerinin toplam uzunluğunu 5.97 ve 35.4 µm olarak belirlemişlerdir. Araştırıcılar, çalışma sonucunda 28

52 2. ÖNCEKİ ÇALIŞMALAR Yüşa TÜRKELİ her bir kromozom çifti için, ortalama kromozom uzunluğu, kromozom kol oranı ve sentromer tipine bağlı olarak kromozom yapısını ve şeklini tanımlamışlardır Meyve Ağaçlarında Yapılan Genetik Haritalama Çalışmaları Hemmat ve ark. (1994), Rome Beauty x White Angel elma çeşitlerinin melezlemesinden elde edilen bir populasyon içinde F1 bireyleri arasındaki DNA polimorfizmi kullanılarak bağlantı haritasını gerçekleştirmişlerdir. Deneme sonucundaki analizlere göre White Angel haritası 24 bağlantı grubu halinde 253 markör içeren 950 cm genom uzunluğuna sahip olurken, Rome Beauty haritası 21 bağlantı grubu üzerinde 156 markör içeren bir genom haritası oluşturmuştur. Araştırıcılar, Rome Beauty x White Angel melez populasyonu içinde ayrım göstermeyen birkaç gen bölgesini, ayrım gösteren markörlerle, belirlenen bağlantılara dayalı olarak tespit edebilmişlerdir. Sonuçlara göre araştırmacılar, elma için analiz ettikleri standart haritanın, markörler arası ortalama cm uzaklığa sahip doymuş bağlantı grupları ile birlikte yaklaşık 360 Markör içerdiğini ortaya koymuşlardır. Haritalama populasyonunda uygun olan markörleri değerlendirmek için rekombinasyon frekansının karşılaştırılmasında double pseudo-testcross analizinin en uygun yöntem olduğunu bildirmişlerdir. Lara 480 ve Chandler 1036 ceviz çeşitleri arasında yapılan tür içi melezleme çalışmasından elde edilen 82 bitki ile yapılan genetik haritalamada İzoenzim ve RAPD teknikleri uygulanmıştır. RAPD analizlerinde 400 primerin taranması sonucu 100 tanesi tekrarlanabilir ve güçlü bantlar vermiş olup, bu primerlerden 1:1 Mendel açılımı gösteren toplam 193 bant elde edilmiştir. İzoenzim analizlerinde ise 12 enzim sistemi kullanılmış ve bunlardan sadece 4 adet açılım gösteren markör elde edilmiştir. Böylece genetik haritanın oluşturulmasında 193 RAPD ve 4 izoenzim markörü birlikte kullanılmıştır (Malvolti ve ark., 2001). Doligez ve ark. (2002), üzümün iki genotipi arasındaki melezlemeden elde ettikleri 139 F1 melez bitkileri kullanarak Vitis vinifera L. nın (2n=38) ebeveyn ve birleşik genetik haritalarını oluşturmuşlardır. Araştırıcılar, birleşik harita üzerinde 301 markör (250 AFLP, 44 SSR, 3 isozim, 2 RAPD, 1 SCAR ve 1 fenotipik 29

53 2. ÖNCEKİ ÇALIŞMALAR Yüşa TÜRKELİ markör-tane rengi) yer aldığını ve 1002 cm uzunluğu kapsayan 20 bağlantı grubunun oluştuğunu belirlemişlerdir. Anneye ait harita 767 cm uzunlukta, 22 bağlantı grubunu kapsamış olup 157 markör içermiş, babaya ait harita ise 816 cm uzunlukta ve 23 bağlantı grubundan oluşmuş olup 144 markör tespit edilmiştir. Araştırıcılar, haritalar arasında rekombinasyon oranları içindeki farklılıkları ortaya koymuşlardır. Araştırıcılar, ayrıca tane rengini belirleyen major genin, baba ve birleşik haritaların üzerinde bulunduğunu tespit etmişlerdir. Hurdato ve ark. (2002), Goldrich x Valenciano kaysı (n=8) çeşitlerinin melezlemesinden elde ettikleri 81 F1 bitkisi içeren populasyonu AFLP, RAPD, RFLP ve SSR markörlerini kullanarak kaysının genetik bağlantı haritasını oluşturmuşlardır. Bu melez bitkileri, kaysı türlerini olumsuz etkileyen bir hastalık olan şarka virüsüne dayanıklılık lokuslarını belirlemek için açılıma tabi tutmuşlardır. Araştırıcılar, taradıkları 160 RAPD primerinden 44 ünü seçmişler ve 61 polimorfik RAPD markörü belirlemişlerdir. Bunlardan, 1:1 oranında açılım gösteren Goldrich çeşidinde 30 heterozigot, Valenciano çeşidinde 19 heterozigot lokus tespit etmişler, her iki ebeveyn içinde 3:1 oranında açılım gösteren 12 markör belirlemişlerdir. Goldrich ve Valenciano ebeveyn haritalarında sırasıyla toplam 33 RAPD ve 19 RAPD markörleri yer almıştır. Araştırıcıların denemelerinde kullandıkları 14 AFLP primer kombinasyonundan tümü polimorfizm göstermiştir. Araştırıcılar, 1:1 açılım gösteren 95 markör tanımlamışlar, bunların 62 sini dişi ebeveyn Goldrich haritası içinde, 33 ünü erkek ebeveyn Valenciano haritası içinde heterozigot olduğunu bulmuşlardır. Her iki ebeveyn içinde 3:1 oranında açılım gösteren 45 markör belirlemişlerdir. Araştırıcılar, Goldrich ve Valenciano haritalarında sırasıyla toplam 82 ve 48 AFLP markörlerinin dağılım göstermiş olduğunu kaydetmişlerdir. Ayrıca, denemelerinde kullandıkları populasyon içinde 12 RFLP probunu taramışlar ve açılım gösteren 5 lokus tespit etmişlerdir. 1:2:1 açılım gösteren Valenciano haritası içinde 1 lokusun heterozigot, her iki ebeveyn içinde de 4 lokusun heterozigot özellikte olduğunu belirtmişlerdir. Araştırıcılar, 45 SSR primeri taramışlar, 17 sinin haritalama populasyonunda açılım verdiğini, dişi ebeveyn içinde 7 lokusun, her iki ebeveyn içinde de 10 lokusun heterozigot olarak 1:2:1 veya 1:1:1:1 oranında açılım gösterdiğini bildirmişlerdir. Dişi haritada 16 ve erkek ebeveyn haritasında da 13 30

54 2. ÖNCEKİ ÇALIŞMALAR Yüşa TÜRKELİ kodominant markör haritalamışlardır. Çalışmaların sonucunda Goldrich haritasında toplam 132 markörün toplam 511 cm uzunluğunda 8 bağlantı grubu oluşturduğunu, markörler arasındaki ortalama uzaklığın ise 3.9 cm olduğunu belirtmişlerdir. Buna karşılık, Valenciano haritasında toplam 80 markörün, markörler arası ortalama uzaklığını 5.8 cm olarak kaydetmişler ve haritanın cm uzunluğunda 7 bağlantı grubundan oluştuğunu tespit etmişlerdir. Yaptıkları uygulamaların sonuçlarına göre, araştırıcılar, her iki ebeveyn içindeki 36 heterozigot markör lokusunun, 5 bağlantı grubu içindeki homolog grupları açığa çıkardığını, şarka virüsüne dayanıklılık lokusunun 2. bağlantı grubu üzerinde iki kodominant markörün yakınında yer aldığını belirlemişlerdir. Şaraplık üzüm çeşidi Moscato bianco (Vitis vinifera L.) ve Vitis riparia Mchx. arasındaki melezleden oluşturulan 81 F1 bitkilerine dayalı olarak üzümün (n=19) (Vitis spp.) iki bağlantı haritası geliştirilmiştir. Çalışmada, double pseudutestcross stratejisi moleküler markörün üç tipi kullanılarak uygulanmıştır. Uygulamada SSR ve AFLP markörlerin doymuş harita oluşturmak için etkinliği değerlendirilmiştir. Anneye ait genetik harita içinde toplam 338 markörün, 1639 cm uzunluğu kapsayan 20 bağlantı grubunu oluşturduğu belirlenmiştir. Buna karşın, babaya ait haritada 1518 cm uzunluğu kapsayan 19 bağlantı grubunda 429 lokus tespit edilmiştir (Grando ve ark., 2003). La Rosa ve ark. (2003), zeytin genomuna ait ilk bağlantı haritasını oluşturmak için kodominant markör olarak RFLP ve SSR, ayrıca dominant markörler olarak RAPD ve AFLP markörler kullanmışlardır. Araştırıcılar, yüksek oranda heterozigot olan Leccino ve Dolce Agogia zeytin çeşitlerinin melezlenmesinden elde ettikleri 95 adet F1 melez bitkilerini, double pseudo test-cross stratejisi uygulayarak genetik haritalamada kullanmışlardır. 61 RAPD primerinden toplam 279 markör elde etmişler, Leccino ebeveyninde 158 markör, Dolce Agogia ebeveyninde ise 121 markör belirlemişlerdir. 21 AFLP primer kombinasyonunun analizleri sonucunda elde ettikleri toplam 304 markörden Leccino ebeveyninde 160 heterozigot, Dolce Agogia ebeveyninde ise 144 heterozigot markör tespit etmişlerdir. Leccino ebeveyn haritasında, 249 markör bağlantı yapmış olup (110 RAPD, 127 AFLP, 8 RFLP, 3 SSR markör) 22 büyük bağlantı grubu ve 4 markörden 31

55 2. ÖNCEKİ ÇALIŞMALAR Yüşa TÜRKELİ daha az sayı içeren 17 küçük bağlantı grubu yapılandırılmıştır. Dolce Agogia ebeveyn haritasında ise 236 markör bağlantı oluşturmuş olup (93 RAPD, 133 AFLP, 6 RFLP, 4 SSR markör) 27 büyük bağlantı grubu oluşturulmuştur. Genomu içeren toplam uzaklık, Leccino da 2765 cm ve Dolce Agogia da 2445 cm olarak ölçülmüş ve belirlenen markörler arasında ortalama harita uzaklığı, Leccino da 13,2 cm, ve Dolce Agogia da 11,9 cm olarak tespit edilmiştir. Ayrıca araştırıcılar, çalışmalarının sonucunda AFLP ve RAPD markörlerinin, oluşturulan bağlantı grublarının içinde homojen olarak dağılım gösterdiğini belirlemişlerdir. Oliveira ve ark. (2004), genetik bağlantı haritalarının, genlerin izolasyonu, tanımlanması, kalıtımın daha iyi anlaşılmasını sağlayan ileri genetik çalışmalar için temel oluşturduğunu bildirmişledir. İyi tanımlanmış genetik haritalarla, genetik taşınma yoluyla gen ekleme ve klonlamanın türler içinde yaygın şekilde kullanıldığını, bunlarla birlikte genetik bağlantı haritalarını elde etmek için farklı moleküler markör tekniklerinin yüksek derecede polimorfik olarak ve çevre şartlarından etkilenmeden bitkisel özellikler için QTL veya genlerin haritalama çalışmalarında uygulandığını rapor etmişlerdir. Buna göre araştırıcılar, turunçgillerde yaptıkları çalışmanın amacını, genetik bağlantı haritasının değişime uğramış açılım gösteren RAPD markörlerinin etkisini analiz etmek olarak açıklamışlardır. Erkek ebeveyn olarak Citrus sinensis cv. Pera (tatlı portakal çeşidi) ve dişi ebeveyn olarak Citrus reticulata cv. Cravo (mandarin çeşidi) çeşitlerinin melezlemesinden elde ettikleri 94 F1 melez populasyonunu kullanmışlardır. Dişi ebeveyn olarak Cravo mandarinine ait 53 markörün ve erkek ebeveyn olarak Pera tatlı portakalına ait 123 markörün açılıma sahip verilerini değerlendirmişlerdir. Kullanılan markörleri, RAPD bantlarına dayalı olarak, ebeveynlerin biri için heterozigot (Aa) ve diğer ebeveyn için resesif homozigot (aa) olarak tespit etmişlerdir. Araştırmacılar elde ettikleri analizleri Cravo mandarin çeşidi ile karşılaştırıldığında Pera tatlı portakal çeşidinin daha yüksek markör sayısına sahip olduğunu tespit etmişlerdir. Bu durumun, Oliveira ve ark. (2002) nın bildirdiği gibi yüksek heterozigot indekse sahip olmasından kaynaklandığını belirtmişlerdir. Araştırıcılar, F1 melez bireyler içindeki düşük rekombinasyon frekansı nedeniyle bağlantı grupları içinde açılım gösteren markörlerin birbirlerine çok yakın dizilmiş olduğunu, komşu markörler 32

56 2. ÖNCEKİ ÇALIŞMALAR Yüşa TÜRKELİ arasındaki ortalama uzaklığın, Pera tatlı portakalı için cm arasında ve Cravo mandarin için cm arasında değişim gösterdiğini tespit etmişlerdir. Araştırmacılar genoma ait kromozomlar içindeki yüksek miktardaki heterokromatinin varlığının, bağlantı grupları içinde belli bölgelerde yoğunlaşan markörlerin eğilimi ile açıklanabileceğini bildirmişlerdir. Riaz ve ark. (2004), Vitis vinifera L. üzüm türü için mikrosatellit (SSR) markörlere dayalı bağlantı haritası oluşturmuşlardır. Riesling x Cabernet sauvignon çeşitleri arasındaki melezlemeden ürettikleri 153 melez F1 bitkileri içeren populasyonu analiz ederek kaydettikleri 152 mikrosatellit markör ile 20 bağlantı grubu (2n=38) ortaya koymuşlardır. Araştırıcılar, haritadaki markörler arasındaki ortalama uzaklığı 11 cm ve toplam genom uzunluğunu ise 1728 cm olarak belirlediklerini rapor etmişlerdir. Adam-Blondon ve ark. (2004), üzüm genomunun (Vitis vinifera L. n=19) genetik haritasını geliştirmek için kodominant yeni SSR markörleri kullanmışlardır. Araştırıcılar, toplam 346 SSR primer kombinasyonunu, 96 adet F1 bitkileri ( Syrah x Grenache melezi) ile iki ebeveynde analiz etmişler ve sonuçta 310 markör elde etmişlerdir. Bunun %88.4 ünün 1:1 açılım gösterdiğini tespit etmişlerdir. Ayrıca, araştırıcılar çalışmalarındaki toplam 292 SSR primer çiftini, Riesling çeşidinin kendilenmesi sonucu elde ettikleri 96 F1 bitkisine sahip RS1 (Riesling x Riesling kendilemesi) populasyonu üzerinde de analiz etmişler, sonuçta belirledikleri 299 markörün 207 sinin (%62.9) heterozigot olduğunu kaydetmişlerdir. Her üç genotipte de belirledikleri markörlerin sadece %6.7 sini homozigot olarak tespit etmişlerdir. Araştırıcılar çalışmalarında elde ettikleri verilere göre 4 harita oluşturmuşlardır; Syrah-(S) haritasında 177 markörün yer aldığı 19 bağlantı grubuna ait toplam harita uzunluğunu cm olarak belirlemişledir. Grenache-(G) haritası için toplam genom uzunluğu cm olan ve 178 markör içeren 18 bağlantı grubu elde etmişler. Syrah x Grenache birleşik haritasında ise 220 Markör içeren 19 bağlantı grubuna ait toplam cm genom uzunluğu tespit etmişlerdir. Ayrıca RS1 ( Riesling x Riesling kendilemesi) populasyonunda 111 markör elde etmişler ve bunların 110 adedi ile toplam cm uzunluğunda bir harita oluşturmuşlardır. Araştırıcılar çalışmalarının Vitis vinifera genom haritası içinde bulunmayan 123 yeni 33

57 2. ÖNCEKİ ÇALIŞMALAR Yüşa TÜRKELİ SSR markörünün haritalanmasına imkan verdiğini ve daha doymuş bir harita elde ettiklerini bildirmişlerdir. Doucleff ve ark. (2004), double pseudo-testcross stratejisini uygulayarak, V. rupestris x V. arizonica türleri arasındaki melezlemeden elde ettikleri 116 F1 melez bitki populasyonu ile üzümün genetik bağlantı haritasını oluşturmuşlardır. Toplam 475 DNA markörleri (410 AFLP, 24 ISSR, 32 RAPD ve 9 SSR) ebeveyn haritalarını oluşturmak için kullanılmıştır. Araştırıcılar, 1:1 oranında açılım gösteren markörleri kullanarak anneye ait haritanın (D ) 60 markör ile 756 cm uzunluğunda 17 bağlantı grubunu oluşturduğunu ve babaya ait haritanın (F ) ise 44 markör ile 1082 cm genom uzunluğunda 19 bağlantı grubuna sahip olduğunu belirtmişlerdir. Graham ve ark. (2004), ahududunun gençlik kısırlığı süresinin uzun olması ve yüksek heterozigot yapısı nedeniyle ahududu ıslahında karmaşık çoklu genleri kontrol eden lokusların tanımlanmasının ve bu poligenetik özellikleri kontrol eden tanımlayıcı markörlerin geliştirilerek genetik bağlantı haritalarının oluşturulmasının önemli olduğunu vurgulamışlardır. Kırmızı ahududunun (Rubus idaeus subsp. ideaus) (789 cm) Glen Moy çeşidi ile Latham çeşidini melezleyerek elde ettikleri toplam 300 bireyden 94 ünü haritalama populasyonu olarak kullanmışlardır. Araştırıcılar, ahududunun genetik bağlantı haritası için Glen Moy x Latham birleşik haritasını oluşturmuşlar ve toplam 417 markör içeren (SSR, AFLP) 7 bağlantı grubuna ait cm genom uzunluğunda harita oluşturduklarını belirtmişlerdir. Beedanagari ve ark. (2005), RAPD ve AFLP markörlerini kullanarak pikanın (Carya illinoinensis Wangenh., K. Koch) (2n=32) ilk genetik haritasını oluşturduklarını belirtmişlerdir. Araştırıcılar, 120 F1 bitkisini ile double-pseudo testcross haritalama stratejisi uygulayarak Pawnee ve Elliot ebeveyn çeşitleri için iki ayrı harita oluşturmuşlardır. Araştırıcılar, yaptıkları çalışmada Pawnee haritası için, 16 büyük ve 13 küçük bağlantı grubu içeren toplam 218 markör (176 adet 1:1, 42 adet 3:1) ile toplam 2227 cm genom uzunluğu elde etmişler, iki markör arasındaki ortalama uzaklığı ise 12.7 cm olarak bulmuşlardır. Bununla birlikte Elliot haritasında toplam 174 markörün (150 adet 1:1, 24 adet 3:1) yer aldığı 17 büyük ve 9 küçük bağlantı grubuna sahip 1698 cm uzunluğunda harita oluşturmuşlar 34

58 2. ÖNCEKİ ÇALIŞMALAR Yüşa TÜRKELİ ve bu haritaya ait markörler arası ortalama uzaklığı ise 11.2 cm olarak tespit ettiklerini bildirmişlerdir. Kennis ve Keulemans (2005), Braeburn ve Telamon elma çeşitlerinin melezlenmesinden elde edilen 257 bireyli F1 haritalama populasyonu ile AFLP, SSR markörlerini ve double pseudo-testcoss haritalama stratejisini uygulayarak genetik bağlantı haritası oluşturmuşlardır. Araştırıcılar, taradıkları 182 AFLP primer kombinasyonundan 48 kombinasyon seçmişler ve bunları kullanarak, F1 yavru bireylerde 1:1 oranında açılım gösteren 463 AFLP markörü tanımlamışlardır. Bunların, 231 inin Telamon çeşidinde ve 232 sinin Braeburn çeşidinde heterozigot olduğunu tespit etmişlerdir. Araştırıcılar, tüm haritalama populasyonu içinde, her iki çeşitte de 3:1 oranında açılım gösteren 85 AFLP markörü belirlemişlerdir. Araştırıcılar çalışmalarında, ek olarak 21 SSR primer çiftini test ederek, 23 lokus tanımlamışlardır. Çalışma sonucunda elde edilen verilere göre araştırıcılar, her iki ebeveyn için iki ayrı bağlantı haritası oluşturmuşlardır. 259 markör (242 AFLP, 17 SSR) içeren Telamon haritası, 17 bağlantı grubu halinde toplam 1039 cm harita uzunluğuna sahip olmuş ve ortalama markör yoğunluğu 4 cm olarak belirlenmişdir. Braeburn haritası, 17 bağlantı grubu üzerinde 264 markör içeren 1245 cm genom uzunluğuna sahip olmuş ve iki markör arasındaki ortalama uzaklık 4.7 cm olarak tespit edilmiştir. Lowe ve Walker (2006), Ramsey x Riparia Gloria asma çeşitlerinin melezlemesinden elde edilen 188 F1 bitkisi ile asmanın (2n=38) genetik bağlantı haritasını double pseudo-testcoss stratejisini ile Joinmap programı kullanılarak oluşturmuşlardır. Test edilen 354 SSR markörlerinden 205 inin polimorfik ve %57.6 sının genomu bilgilendirici olduğunu belirlemişlerdir. Polimorfik 205 SSR markörleri, 19 Vitis bağlantı grubunun tanımlanmasına imkan vermiştir. Araştırıcılar birleştirilmiş toplam harita uzunluğunu cm ve markörler arasındaki ortalama uzaklığı 6.8 cm olarak tespit etmişlerdir. 18 bağlantı grubunu kapsayan ( cm) babaya ait harita üzerinde 126 markör yer almış iken 19 bağlantı grubunu oluşturan ( cm) anne haritanın 172 markör içerdiğini belirtmişlerdir. Çalışmalarında beklenen genom içeriğinin %92 olduğu hesaplamışlardır. 35

59 2. ÖNCEKİ ÇALIŞMALAR Yüşa TÜRKELİ Venkateswarlu ve ark. (2006), dut bitkisinde (Morus spp.) 50 F1 bitkisi kullanılarak RAPD, ISSR ve SSR markörleri ile ilk genetik bağlantı haritasını oluşturmuşlardır. Araştırıcılar, double pseudo-testcross metodunu uygulayarak her bir ebeveyn için iki ayrı harita oluşturmuşlar ve her birinde 94 markörün yer aldığı anne ve baba ebeveyn haritalarında sırasıyla 12 ve 14 bağlantı grubu belirlemişlerdir. Bunlara ek olarak araştırıcılar, anne haritanın uzunluğunu cm ve baba haritasının içerdiği uzunluğu ise cm olarak tespit etmişler, bağlantı grupları üzerinde markörler arası ortalama uzaklığı ise anne ve baba haritaları için sırasıyla cm ve cm olarak bildirmişlerdir. Dondini ve ark. (2007), Lito ve BO kayısı çeşitlerini melezleyerek 125 F1 bireyi elde etmişlerdir. Araştırıcılar, bu haritalama populasyonuna ait ebeveynlerin bağlantı (linkage) haritalarını, şeftali, badem, kayısı ve kirazdan izole ederek test ettikleri toplam 185 SSR (Simple Sequence Repeat) markörlerini kullanarak oluşturmuşlardır. Bu primerlerin, 98 inin daha önce Prunus ların haritalanmasında hiç kullanılmadığını, 74 ünün ise AG/CT microsatellit tekrarlarca (UDAp serisi) zenginleştirilmiş olan yeni kayısı genomik kütüphanelerinden elde edildiğini belirtmişlerdir. Araştırıcılar çalışmalarında, her bir ebeveyn için, kayısının haploid kromozom sayılarıyla (n=8) ilişkili 8 bağlantı (linkage) grubu tanımlamışlardır. Her iki ebeveyn haritasının genom uzunluğunu, sırasıyla 504 cm ve 620 cm olarak belirlemişler ve iki genom arasında tam bir doğrusallık gösteren 96 markörün yer aldığını bildirmişlerdir. Lito anne haritasında 15 cm den daha büyük 3, baba haritasında ise 6 genom boşluğu tespit etmişlerdir. Araştırıcılar, oluşturdukları bu haritaların, SSR a dayalı bütün Prunus haritalarıyla uyum içinde sıralandığını belirtmişlerdir. Cavalcanti ve Wilkinson (2007), kaju fıstığında (Anacardium occidentale) zıt karakterlere sahip iki ebeveyn genotip (CP 1001 bodur x CP 96 güçlü genotip) arasındaki tür içi melezlemeden elde ettikleri 85 F1 bireyi ile ilk genetik haritalama çalışması yapmışlardır. Araştırıcılar, double pseudo-testcross stratejisini uygulayarak iki ayrı genetik bağlantı haritası oluşturmuşlardır. Bunlardan anne haritasında 205 markörün 19 grup üzerinde yer aldığını ve bu haritanın toplam uzunluğunun cm olduğunu belirtmişlerdir. Bununla birlikte baba haritasının 36

60 2. ÖNCEKİ ÇALIŞMALAR Yüşa TÜRKELİ ise 120 markör içeren 23 bağlantı grubuna sahip olduğunu ve toplam haritanın cm uzunluğu kapsadığını bildirmişlerdir. Araştırıcılar, anne ve baba haritalarına ait markör yoğunluğunu belirleyen markörler arası ortalama uzaklığı sırasıyla 8.6 cm ve 7.9 cm olarak tespit etmişlerdir Orman Ağaçlarında Yapılan Genetik Haritalama Çalışmaları Grattapaglia ve Sederoff (1994), Eucalyptus (n=11) türleri için orta yoğunluklu iki genetik bağlantı haritası oluşturmak için RAPD markörleri kullanarak double pseudo-testcross haritalama stratejisini ilk defa uygulamışlardır. İki heterozigot bireyler arasındaki melezlemede bir ebeveyn içinde heterozigot (var), diğer ebeveyn içinde ise yok (null) şeklinde gerçekleşen tek-dose RAPD markörlerle F1 melezi bireyler içinde 1:1 oranında açılım gösteren her bir bireydeki mayotik ve gametik açılımı, RAPD markörleri kullanarak etkili bir şekilde analiz etmişlerdir. Rastgele dizine sahip 305 primer taramışlar, toplam 558 markör veren 151 primeri haritalama için seçmişlerdir. Buna göre babaya ait Eucalyptus urophylla haritasının, toplam 251 markör ile 11 bağlantı grubuna ayrıldığını (genom uzunluğu 1101 cm) ve anneye ait Eucalyptus grandis haritasının ise toplam 240 marköre sahip 14 bağlantı grubu (genom uzunluğu 1552 cm) oluşturduğunu ve fiziki haritaların, her iki ebeveyn içinde tahmini genom büyüklüğünün %95 ini kapsamış olduğunu rapor etmişler ve çalışma sonucunda, yabancı tozlanan ve heterozigot yapıya sahip orman ağaçları için genel bir strateji olarak double pseudo-testcross stratejisinin kullanılmasını önermişlerdir. Marques ve ark. (1998), iki farklı ökaliptus türünün (Eucalyptus tereticornis ve Eucalyptus globulus) AFLP markörleri ile double pseudo-testcross stratejisi uygulayarak genetik haritalarını oluşturmuşlardır. Araştırıcılar, 606 polimorfik bant skorlamış ve bunun 487 sinin 1:1 oranında açılım gösterdiğini belirlemişlerdir. Anneye ait E. tereticornis haritası içinde 268 markörün 919 cm uzunluğunda 14 bağlantı grubu oluşturduğunu, babaya ait E. globulus haritasının ise 200 marköre sahip 967 cm uzunlukta 16 bağlantı grubu meydana getirdiğini tespit etmişler ve ortalama markör yoğunluğunu, yaklaşık her 3.9 cm da 1 markör olarak 37

61 2. ÖNCEKİ ÇALIŞMALAR Yüşa TÜRKELİ kaydetmişlerdir. Markörlerin tahmin edilen ökaliptus genom büyüklüğünün % ünü kapsadığını belirtmişlerdir. Araştırıcılar, ayrıca E. tereticornis ve E. globulus türlerinin genetik bağlantı haritaları arasındaki homologları araştırmak için, analizlerde 3:1 oranında açılım gösteren 19 markör dahil etmişler ve bazı homolog bağlantı gruplarını tanımlamışlardır. Sonuçta, bu haritalarda elde edilen bağlantı verilerinin, ticari önemi olan özellikleri kontrol eden, kromozomlar üzerindeki lokusları belirlemek için uygulanabileceğini rapor etmişlerdir. Travis ve ark. (1998), haploid kromozom sayısı n=12 olan çam fıstığının (Pinus edulis) bağlantı haritasını oluşturmak için AFLP markörü kullanmışlardır. 40 F1 birey içeren bir populasyon haritasında toplam 78 primer kombinasyonu uygulamışlar ve 542 polimorfik markör belirlemişlerdir. Bunların 33 ü, 1:1 Mendel açılım oranından önemli sapma göstermiş ve 164 ü diğer markörlerle tam bağlantı oluşturmuştur. Oluşturulan 25 bağlantı grubu üzerinde 338 markör dağılım göstermiş olup her bir bağlantı grubu 2 ile 22 arasında markör sayısı içermiştir. Araştırıcılar oluşturdukları haritanın, ortalama 80 cm ve toplam ise 2012 cm genom uzunluğunu kapsadığını bildirmişlerdir. Remington ve ark. (1999), Pinus taeda L. çam türünde, iki çeşit arasında yapılan melezleme ile elde ettikleri F1 bireylerinin genetik haritasını AFLP markörini kullanarak oluşturmuşlardır. 21 AFLP primer çiftinden 521 polimorfik bant elde etmişler ve toplam 508 markör ile çamın haploid kromozom sayısına eşit 12 bağlantı grubunu elde ettiklerini belirtmişlerdir. Araştırıcılar, oluşturdukları haritanın, 1700 cm genom uzunluğu kapsadığını tespit etmişlerdir. Buldukları sonuçlara göre bu haritanın, var olan çam haritalarını ve eklenen multiallelik markörleri birleştirmek için iyi bir temel oluşturacağını bildirmişlerdir. Arcade ve ark. (2000), Avrupa çamı (Larix decidua Mill.) ile Japon çamının (Larix kaempferi Carr.) genetik bağlantı haritasını elde etmek için yapmış oldukları çalışmada 112 melez birey içeren F1 populasyonu kullanmışlardır. 1:1 açılım gösteren toplam 266 markör (114 AFLP, 149 RAPD, ve 3 ISSR lokusları) belirlemişlerdir. Analiz sonuçlarına göre araştırıcılar, 17 bağlantı grubu halinde 117 markör içeren anne ebeveyne ait haritanın (L. decidua), genom uzunluğunu 1152 cm olarak hasaplamışlardır. Ayrıca, 21 bağlantı grubu olarak 125 markör içeren, babaya 38

62 2. ÖNCEKİ ÇALIŞMALAR Yüşa TÜRKELİ ait haritanın (L. kaempferi) genom uzunluğunu 1206 cm olarak belirlemişlerdir. Böylece, tüm markörleri kapsayan harita uzunluğunu, Avrupa çamı için 2537 cm ve Japon çamı için 2997 cm olarak sırasıyla %79.6 ve %80.8 oranında genom içeriğine sahip olduğunu bildirmişlerdir. Lerceteau ve ark. (2000), Pinus sylvestris in iki çeşidi arasındaki melezlemeden ürettikleri 94 F1 bitkileri ile double pseudo-testcross stratejisini uygulayarak genetik bağlantı haritasını oluşturmuşlardır. Bunun için AFLP markörlerini kullanarak iki ayrı ebeveyn haritası oluşturmuşlardır. Araştırıcılar anne ebeveyn haritasının 796 cm uzunluğunda 94 markör ihtiva eden 15 bağlantı grubundan ve baba ebeveyn haritasının da, toplam 1335 cm uzunluğa sahip 155 markör içeren 15 bağlantı grubundan meydana geldiğini bildirmişlerdir. Nikaido ve ark. (2000), AFLP ve CAPS markör tekniklerini kullanarak, double pseudo-testcross stratejisi içinde, Japon kadife çamının (Cryptomeria japonica) Haara 4 ve Kumotooshi çeşitleri arasındaki melezlemeden elde ettikleri 87 F1 bireylerini analiz ederek bağlantı haritalarını oluşturmuşlardır. Araştırıcılar çalışmada 38 AFLP primer kombinasyonu kullanarak, Haara 4 ve Kumotooshi çeşitlerinde 612 markör tespit etmişler, bunların 305 adedinin 1:1 oranında açılım gösterdiğini belirlemişlerdir. Haara 4 çeşidinde 91 markörün (83 AFLP ve 8 CAPS) 19 bağlantı grubu ve Kumotooshi çeşidinde 132 markörün (123 AFLP ve 9 CAPS) 23 bağlantı grubu üzerinde yer aldığını belirtmişlerdir. Araştırıcılar, analiz sonucunda, Haara 4 haritasının cm genom uzunluğu oluşturduğunu, Kumotooshi haritasının da cm uzunluğa ship olduğunu bildirmişlerdir. Yin ve ark. (2003), Pinus sylvestris L. çam türünden oluşturdukları F1 populasyonu, double pseudo-testcross stratejisine dayalı olarak AFLP markörleri ile bağlantı haritasını oluşturmuşlardır. Araştırıcılar, 39 primer kombinasyonu uygulamış, toplam 737 markörün (320 anadan ve 417 babadan) 1:1 oranında açılım gösterdiğini belirtmişlerdir. Anne ebeveyn haritası içinde 188 markör, çamın haploid kromozom sayısına eşdeğer olarak 12 bağlantı grubu oluşturmuş ve toplam cm genom uzunluğunu kapsamıştır. Baba ebeveyn haritası için ise cm genom uzunluğunda, 245 markör ile 15 bağlantı grubu oluşturmuşlardır. Araştırıcılar tahmin edilen toplam harita uzunluğunu, anne için 1681 cm ve baba için 39

63 2. ÖNCEKİ ÇALIŞMALAR Yüşa TÜRKELİ 1645 cm uzunlukta tespit etmişlerdir. Her iki ebeveyn içinde gözlenen harita uzunluğu ile bu değerler birleştirilerek, çam genom uzunluğunun 1600 cm ile 2100 cm arasında olduğunu tahmin etmişler ve genomun %98 ini kapsadığını belirtmişlerdir. Shepherd ve ark. (2003), Pinus elliottii var. elliottii ve P. caribaea var. hondurensis türlerinin çam ağaçlarının genetik haritalarını, double pseudo-testcross haritalama stratejisini kullanarak oluşturmuşlardır. Türler arası melez populasyon olan 93 F1 bireylerinin analizi için, toplam 329 AFLP ve 12 mikrosatellit markör belirlemişler ve %19 daha fazla marköre sahip erkek ebeveynin (P.carbaea var. hondurensis), dişi ebeveyne göre (P. elliottii var. elliottii ) daha fazla heterozigot olduğunu tespit etmişlerdir. Araştırıcılar, analiz sonucunda 1170 cm harita uzunluğundaki P. elliottii var. Elliottii nin 23 bağlantı grubu oluşturduğunu, buna karşın P.caribaea var. hondurensis ebeveyn haritasının 1658 cm uzunlukta ve 27 bağlantı grubuna sahip olduğunu bulmuşlardır. Harita uzunlukları içindeki farklılığın, öncelikli olarak çamlar için rapor edilmiş olan cinsiyetle ilgili rekombinasyon farklılığı nedeniyle olduğunu belirtmişlerdir. Ayrıca 78 markör içeren P.elliottii var. elliottii haritası genomun %82 sini, 109 markör içeren P.caribaea var. hondurensis ebeveyn haritası ise genomun % 88 ini kapsadığını bildirmişlerdir Diğer Türlerde Yapılan Genetik Haritalama Çalışmaları Spada ve ark. (1998), iki evcikli (dioik) özellik gösteren türlerden kuşkonmazın (Asparagus officinalis L.) genetik haritasını, RFLP, RAPD, AFLP ve izoenzim markörlerine dayalı olarak F1 bitkileri kullanarak oluşturmuşlardır. Elde edilen sonuçlara göre araştırıcılar, toplam 274 markörün, cm uzunlukta 10 bağlantı grubu üzerinde dağılım gösterdiğini ve kuşkonmazın haploid kromozom sayısının 10 olmasından dolayı oluşturulan bağlantı gruplarının muhtemelen farklı kromozomları temsil ettiğini belirtmişlerdir. Ancak özel bir kromozom olarak cinsiyetle ilişkili genlerin, 5. kromozom üzerinde yerleşmiş bulunduğunu tespit etmişlerdir. Toplam 33 moleküler markörün (13 RFLP, 18 AFLP, 2 RAPD ve 1 40

64 2. ÖNCEKİ ÇALIŞMALAR Yüşa TÜRKELİ isoenzyme) bu kromozomlar üzerinde yer aldığını ve cinsiyet genini belirleyen en yakın markörün, 3.2 cm uzaklıkta AFLP SV markörü olduğunu araştırıcılar çalışmaları sonucunda ortaya koymuşlardır. Dugo ve ark. (2005), Rosa wichurana ( E15 ) ile orijinal Champneys Pink Cluster adlı gül türüne ait ilk çöğür bitkilerden biri olan Blush Noisette (D10) arasındaki melezlemeden elde ettikleri 96 F1 (2n=2x=14) melez bitkilerini kullanarak gülün genetik bağlantı haritasını oluşturmuşlardır. Çalışmada araştırıcılar, double pseudo-testcross haritalama stratejisini uygulayarak toplam 133 markörün (130 RAPD, 1 morfolojik ve 2 mikrosatellit) D10 ve E15 ebeveyn haritalarının 14 bağlantı grubu (LG) üzerinde yer aldığını belirlemişlerdir. Bu ebeveynlere ait toplam harita uzunluğunu sırasıyla, 388 cm ve 260 cm olarak ölçmüşlerdir. Yuvarlak enginarın (Cynara cardunculus var. scolymus L., 2n=2x=34) ilk genetik haritası double pseudo-testcross stratejisi ile oluşturulmuştur. Haritalama analizi için, geç olgunlaşan dikensiz enginar tipi ile erken olgunlaşan dikenli enginar tipi arasındaki melezleme ile 94 bireyli F1 melez populasyonu elde edilmiştir. Çalışmada, seçilen 30 AFLP, 13 M-AFLP ve 9 S-SAP primer kombinasyonlarından, sırasıyla 352, 38 ve 41 adet polimorfik bant belirlenmiş ve test edilen 32 mikrosatellit primer çiftinden anne veya baba ya ait 12 adet heterozigot lokus tespit edilmiş olup 7 si her iki ebeveynde de açılım göstermiştir. Çalışma sonucunda, anne ebeveyn haritası, 204 lokus içeren 18 bağlantı grubundan oluşmuş, genom uzunluğu cm ve ortalama markör yoğunluğu 6.5 cm olarak belirlenmiştir. Baba ebeveyn haritası da, benzer şekilde, toplam cm genom uzunluğuna sahip 180 lokus içeren 17 bağlantı grubu oluşturmuş ve ortalama markör yoğunluğu 6.9 cm olarak tespit edilmiştir (Lanteri ve ark., 2006). Alwala ve ark. (2008), şekerkamışı bitkisinin iki farklı türü olan Saccharum officinarum La striped (2n=80) ile Saccharum spontaneum SES 147B (2n=64) melezlenmesi sonucu elde ettikleri 100 F1 bitkisini kullanarak genetik bağlantı haritası oluşturmuşlardır. Araştırıcılar çalışmalarında AFLP, SRAP ve TRAP (Target Region Amplification Polymorphism) analiz teknikleri ile açılım gösteren 344 markör belirlemişler, bunların 247 si 1:1 ve 33 ü 3:1 açılıma sahip olduğunu belirtmişlerdir. Saccharum officinarum haritası içinde 146 markör, 49 bağlantı grubu 41

65 2. ÖNCEKİ ÇALIŞMALAR Yüşa TÜRKELİ üzerinde 1732 cm uzunluğa sahip olmuş iken, S. spontaneum haritasının, 121 markör ile 45 bağlantı grubuna ait 1491 cm uzunluğunda oluştuğunu bildirmişledir. Gao ve ark. (2008), çin gülü (Chinese Hedychium, n=17) bitkisinin Hedychium coronarium (anne ebeveyn) ile Hedychium forrestii (baba ebeveyn) türlerine ait olan iki genotipi arasındaki melezlemeden elde edilen 87 F1 bitkisi kullanılarak genetik haritalama yapmışlardır. SRAP markörleri ile iki ayrı ebeveyn için bağlantı haritası oluşturmuşlardır. Araştırıcılar, anne ebeveyn haritası için 139 markörün 18 bağlantı grubu içinde yer aldığını ve cm uzunluğu kapsadığını belirlemişlerdir. Baba ebeveyn haritası için ise 203 markörün 23 bağlantı grubunda cm uzunluğa sahip olduğunu bildirmişlerdir. Wei ve ark. (2009), huş ağacı bitkisinde (Betula Platyphylla Suk.) 80 F1 melez bireyleri ile double pseudo-testcross stratejisini uygulayarak iki ayrı genetik bağlantı haritası oluşturmuşlardır. Analiz ettikleri F1 bitkilerinde 102 ISSR ve 355 AFLP markörleri belirlemişlerdir. Araştırıcılar, baba ebeveyn haritasında toplam 137 markör içeren 13 bağlantı grubu elde etmişler ve markörler arası ortalama uzaklığı 5.1 cm olan cm harita uzunluğu tespit etmişlerdir. Bununla birlikte anne ebeveyn haritası için 147 markörün dağılım gösterdiği 14 grup ve markör yoğunluğu 6.5 cm olan cm harita uzunluğu tespit ettiklerini bildirmişlerdir. 42

66 3. MATERYAL ve METOD Yüşa TÜRKELİ 3. MATERYAL ve METOD 3.1. Materyal Bu çalışmada Siirt antepfıstığı çeşidi ile daha önce Kafkas ve ark. (2000) tarafından Manisa ili Yunt dağında bulunan monoik Pistacia atlantica ( PA-18 ) genotipinin melezlenmesi sonucunda elde edilen 92 melez F1 bitkisi materyal olarak kullanılmıştır. Bu araştırmada toplam 92 adet F1 melez bitki ile Siirt çeşidine ait yaprak örnekleri Gaziantep Antepfıstığı Araştırma Enstitüsünün Araştırma ve Uygulama parselinden, monoik Pistacia atlantica ( PA-18 ) genotipine ait yaprak örneği ise Manisa ili Yunt dağındaki orijinal ağaçtan alınmıştır. Siirt antepfıstığı çeşidinin bitkisel özellikleri: Ağaçları tek gövdeli, orta kuvvetli gelişme gösteren, yarı dik görünüşe sahiptir. Bir yaşlı sürgünler açık kahverengidir. Ağaçlar orta kokulu reçine ihtiva eder. Oval şekilli, açık yeşil renkli bileşik yapraklar, 1-2 yaprakçık çiftine sahip olup kalın yapılıdır. Meyve tomurcuğu oval ve açık kahverengidir. Çiçek açma zamanı nisan ayı içinde orta erken dönemdedir. Çiçekleri krem renginde olup salkım halinde açar. Ağaçların periyodisiteye eğilimi orta seviyededir. Meyveleri tek tohumlu, kırmızımtrak renkli, uzunca yapıda ve sarı renkli içi bulunan bir meyveye sahiptir. İç randımanı %42.64 dür. İç meyveleri oval, dış kabuk ateş renginde ve %92 çıtlama oranına sahiptir. 100 dane ağırlıkları bakımından kuru kırmızı kabuklu meyvenin g, sert kabuklu meyvenin g ve iç meyvenin g olarak belirlenmiştir (Anonim, 1993). PA-18 atlantik sakızı genotipinin bitkisel özellikleri: Ağaçları tek gövdeli, dik büyüme eğiliminde, orta kuvvette veya kuvvetli gelişme gösteren bir yapıya sahiptir. Bununla birlikte, PA-18 atlantik sakızının ağaçları orta yapılı dallanma yapar, zayıf kokulu reçine verir. Yaprak sapı yassılaşmış, katlı yapıdadır. Yapraklar koyu yeşil renkli olup orta büyüklükte dar yapılı, mızrak şekilli, ince uzun yapıda ve tüylüdür. Simetrik yapılı 3-4 yaprakçık çiftine sahip olup uç yaprakçıkla benzer büyüklüktedir. Çiçek açma zamanı nisan ayı içindedir. Çiçekleri monoik özellik gösterir, erkek ve dişi çiçekler aynı ağaçta farklı dallarda veya aynı dallar 43

67 3. MATERYAL ve METOD Yüşa TÜRKELİ üzerinde farklı yerlerde bulunmaktadır. Meyveleri yuvarlak, küçük ve koyu yeşil renkli olup dış kabuklu meyvenin 100 dane ağırlığı g dır (Anonim, 1993; Kafkas ve ark., 2002) Metod Yaprak Örneklerinin Toplanması Gaziantep Antepfıstığı Araştırma Enstitüsü nün ıslah parselinde bulunan Siirt x PA-18 melezleme populasyonuna ait 92 F1 bitkisi ile Siirt çeşidine ait yaprak örnekleri ve Manisa ili Yunt dağından alınan monoik PA-18 genotipine ait yaprak örnekleri, ilkbahar döneminde alınmıştır. Örnekler laboratuvara buz kutusu içinde getirilmiş, yıkandıktan ve kurutulduktan sonra alüminyum folyelere sarılıp sıvı azot (-196 o C) ile muamele edilmiş ve DNA izolasyonuna kadar -80 o C de muhafaza edilmiştir DNA İzolasyonu DNA ekstraksiyonu Doyle ve Doyle nin (1987) geliştirdiği ve Kafkas ve ark. nın (2001) modifiye ettiği CTAB yöntemine göre yapılmıştır. Bu yöntemde, herbir melez F1 bitkisi için 1-2 g genç yaprak örneği, içerisinde sıvı azot bulunan havanda iyice ezildikten sonra 15 ml lik tüplere konmuş ve tüpler içerisine 6 ml CTAB tampon çözeltisi (100 mm Tris-HCl, 1.4 M NaCl, 20 mm EDTA, %2 CTAB, %2 PVP, β-merkaptoetanol, %0.1 Na 2 S 2 O 5 ) ilave edilerek, sıcaklığı 65 0 C de olan su banyosuna konmuştur. İçerisinde ezilmiş yaprak örnekleri bulunan tüpler her 5 10 dakikada bir karıştırılmak suretiyle 60 dakika boyunca su banyosunda tutulmuştur. Su banyosundan çıkarılan örnekler oda sıcaklığında 5 10 dk bekletilmiştir. Daha sonra tüpler içerisine, ekstraksiyon tampon çözeltisi ile eşit oranda, 6 ml kloroform: isoamil alkol (24: 1) ilave edilmiştir. Tüpler her 3 dakikada bir karıştırılarak oda koşullarında 15 dk tutulmuş, bunu takiben içerisinde kloroform: isoamil alkol bulunan tüpler 5000 devirde 15 dk süre ile santrifüj edilmiştir. Santrifüj işleminden sonra tüp içerisinde oluşan üst faz yeni bir 15 ml lik tüpe aktarılmıştır. Temiz tüp içerisine alınan üst fazın üstüne 2/3 veya eşit oranda soğuk (-20 0 C de 44

68 3. MATERYAL ve METOD Yüşa TÜRKELİ bekletilmiş) isopropanol ilave edilmiş ve nazikçe yavaşça bir şekilde tüp çevrilerek DNA nın çökelmesi sağlanmıştır. Daha iyi bir çökelme sağlamak için örnekler 1 saat ( 70 0 C) de veya 1 gece ( 20 0 C) de bekletilmiştir. Daha sonra tüpler 1500 devir/dk da 2 dk süre ile santrifüj edilerek DNA tüpün dibine çöktürülmüş ve sonra tüp içerisindeki isopropanol boşaltılmıştır. Sonra, DNA ların üzerine, içerisinde 10 mm amonyum asetat bulunan, 3 ml %76 lık etanol yani yıkama tampon çözeltisi ilave edilmiş ve 1 2 saat çalkalanmıştır. Yıkanan DNA 1500 devir/dk da 2 dakika santrifüj yapılarak dibe çöktürülmüş ve yıkama solüsyonu boşaltılarak tüpün dibindeki DNA nın kuruması için gece boyunca kurumaya bırakılmıştır. Son olarak ise kurutulan DNA uygun miktardaki ( µl) TE tampon çözelti veya ddh 2 O da çözdürülmüş ve 1.5 veya 2 ml lik küçük tüplere aktarılmıştır. Bu şekilde elde edilen stok DNA örnekleri konsantrasyon belirlenmesine (stok DNA miktarı ve 5 ng/µl DNA konsantrasyonu) kadar -20 o C de muhafaza edilmiştir DNA Konsantrasyonunun Belirlenmesi Stok DNA Konsantrasyonlarının Belirlenmesi PCR esaslı DNA moleküler markör teknikleri ile çalışırken kullanılan DNA konsantrasyonları oldukça önemlidir. Bu nedenle her bir F1 bitkisinin PCR reaksiyonunda kullanılacak DNA miktarının çok iyi ayarlanması gerekir. Bu araştırmada antepfıstığı melez bitkilerinin stok DNA miktarları, %0.8 lik agaroz jelde konsantrasyonu belli λ DNA ile karşılaştırılarak tahmini olarak belirlenmiştir. DNA izolasyonu tamamlandıktan sonra elde edilen stok DNA konsantrasyonunun belirlenmesinde, her bir örnek için toplam hacmi 20 μl olan karışımlar hazırlanmıştır. Bunun için her bir bitkiye ait stok DNA miktarının belirlenmesi şu şekilde yapılmıştır: µl saf su içinde çözdürülen stok DNA lar 2000 devir/dk da 2 dakika santrifüj edilmiştir. Her bir F1 bitkisinin DNA sı için 0,5 ml lik PCR tüpleri hazırlanarak kapaklarına örnek numaraları yazılmıştır. Her bir bitkiye ait stok DNA larından 2 µl tüplere dağıtılmıştır. Sonra her bir örnek için 4 µl mavi boya (blue dye) ve 14 µl saf su hesap edilerek bu tüpler içinde karışım hazırlanıp homojenize edilmiştir. Ayrıca konsantrasyonu belli her bir Lamda DNA (25ng-50ng-100ng-200ng) için de 2 µl lamda DNA, 4 µl mavi boya 45

69 3. MATERYAL ve METOD Yüşa TÜRKELİ (blue dye) ve 14 µl saf su karışımı hazırlanmıştır. Toplam hacmi 20 µl olan bu karışım 2000 devir/dk da 2 dk homojenize edildikten sonra 10 µl si %0,8 lik konsantrasyonda hazırlanmış olan agaroz jel üzerindeki kuyucuklara yüklenmiştir. Jel üzerindeki ilk kuyucuklara 10 µl lamda DNA karışımı ve diğer kuyucuklara da 10 µl bitkilere ait örnek DNA karışımları yüklenmiştir. Sonra yüklü jeller elektroforez tankındaki 0.5 x TBE buffer içine yerleştirilmiş ve 90 voltta 45 dakika süreyle elektriksel ortamda DNA bantlarının ayrışması sağlanmıştır. Elektroforez süresi tamamlandıktan sonra, jeller buradan alınarak içinde saf su bulunan çalkalayıcıya yerleştirilmiş, bir damla etidyum bromid damlatılarak 15 dakika çalkalayıcıda bekletilmiştir. Böylece DNA bantlarının boyanması sağlanmıştır. Sonra suyu süzülerek çalkalayıcı tabağındaki temiz saf su içinde 15 dakika çalkalanarak boyanın yıkanması sağlanmıştır. Daha sonra, yıkanan jeller UV transilluminatör cihazında fotoğrafı çekilerek DNA bant görüntüleri bilgisayara kaydedilmiştir. UV transilluminatör yardımıyla elde edilen görüntülerdeki DNA bant büyüklükleri, konsantrasyonu belli lambda DNA lar (25ng-50ng-100ng-200ng) ile karşılaştırılarak DNA miktarları belirlenmiştir. Böylece her bir F1 bitkisinden elde edilen stok DNA miktarları tahmin edilerek uygulamalarda kullanılmıştır PCR için 5 ng /µl ve 50 ng /µl DNA Konsantrasyonlarının Belirlenmesi Stok DNA konsantrasyonları esas alınarak, ISSR, SRAP ve AFLP yöntemlerine ait PCR analizleri için her bir DNA örneğinin konsantrasyonları 5 ng/μl ve 50 ng/μl olacak şekilde ayarlanmıştır. PCR reaksiyonlarında standardı sağlamak amacıyla ISSR ve SRAP analizleri için 5 ng/μl, AFLP analizlerinde 50 ng/μl konsantrasyonları hazırlanmış ve %0.8 lik agaroz jel kullanılmıştır. DNA nın 5 ng/μl ayarlamasını kontrol etmek için, toplam hacmi 20 μl olacak şekilde 10 μl seyreltik DNA, 4 μl jel yükleme boyası (blue dye) ve 6 μl saf su konularak her bir bitki DNA sı için karışımlar hazırlanmıştır. Daha sonra bu hazırlanan karışımlar homojenize edildikten sonra bunun 10 μl si agaroz jeldeki yuvalara yüklenmiştir. Daha sonra yüklü jeller elektroforez tankındaki 0.5 x TBE tampon çözelti içine yerleştirilmiş ve 90 voltta 45 dakika süre ile elektroforez 46

70 3. MATERYAL ve METOD Yüşa TÜRKELİ işlemine tabi tutulmuştur. Elektroforez süresi tamamlandıktan sonra, yukarıda açıklandığı gibi boyanmış ve jel resmi alınmıştır ISSR Analizleri ISSR analizleri Zietkiewicz ve ark. nın (1994) geliştirdiği ve Kafkas ve ark. nın (2006a) daha önce antepfıstığında uyguladığı modifiye edilmiş yönteme göre yapılmıştır. Bu yönteme göre ISSR reaksiyonunda kullanılan kimyasallar ve konsantrasyonları Çizelge 3.1 de verilmiştir. PCR reaksiyonları toplam 25 µl hacimde yapılmıştır. ISSR analizlerinde kullanılan PCR döngü koşulları ise Çizelge 3.2 de verilmiştir. Çizelge 3.1. Antepfıstığında ISSR PCR reaksiyonunda kullanılan kimyasallar ve konsantrasyonları PCR bileşenleri Tris-HCl ph=8.8 (NH 4 ) 2 SO 4 Konsantrasyon 75 mm 20 mm Tween % MgCl 2 2 mm datp 100 µm dctp 100 µm dgtp 100 µm dttp 100 µm Primer 0.2 µm Taq DNA Polimeraz DNA 1.0 unite ng 47

71 3. MATERYAL ve METOD Yüşa TÜRKELİ Çizelge 3.2. Antepfıstığında ISSR -PCR reaksiyonunda uygulanan sıcaklıkları ve döngü koşulları Program No PCR aşamaları Sıcaklık ( o C) Süre (dk) Döngü sayısı 1. Ön denatürasyon Denatürasyon Primerin DNA ya (primere göre yapışma safhası değişmekte) Uzama safhası Son uzama safhası Antepfıstığı F1 melez genotiplerinin DNA analizlerinde kullanmak amacı ile ISSR primeri olarak University of British Columbia (UBC) tarafından üretilen ISSR primerleri (set #9) kullanılmıştır (Çizelge 3.3). Bu primerlerin baz dizilimleri farklı olduğu için kalıp DNA ya yapışma (annealing) sıcaklıkları da farklıdır. Bu sıcaklıklar Kafkas ve ark. (2006a) tarafından yapılan bir çalışmada belirlenmiştir. Bu çalışma göz önünde bulundurularak Siirt ve PA-18 bitkileri ile toplam 92 melez F1 bitkilerinin analizlerinde açılım gösteren bantlar üreten ISSR primerlerini belirlemek için 50 adet primer (Çizelge 3.3) taranmıştır. Ön tarama reaksiyonları ebeveyn bitkiler ( Siirt ve PA-18 ) ile 6 adet F1 bitkinin (F1_2, 4, 6, 8, 9, 10 numaralı) DNA ları kullanılarak yapılmıştır. Çizelge 3.3 de verilen 50 adet ISSR primerleri Siirt ve PA-18 bitkileri ile 6 adet F1 bitkisinde tarama analizleri yapılmıştır. Açılım gösteren bantlar veren primerler belirlenmiştir. Seçilen bu primerler (Çizelge 3.3) haritalama populasyonuna ait 92 F1 bitkisinin analizinde uygulanmışlardır. 48

72 3. MATERYAL ve METOD Yüşa TÜRKELİ Çizelge 3.3. Antepfıstığında genetik haritalama çalışmasında kullanılan ISSR primerleri ile baz dizilimleri ve DNA ya yapışma sıcaklıkları DNA ya yapışma Sıra Primerler Baz dizilimi (5 3 ) Sıcaklıkları ( C) No 1 UBC 807* AGA GAG AGA GAG AGA GT 50 2 UBC 808* AGA GAG AGA GAG AGA GC 52 3 UBC 809 AGA GAG AGA GAG AGA GG 52 4 UBC 811* GAG AGA GAG AGA GAG AC 52 5 UBC 812 GAG AGA GAG AGA GAG AC 50 6 UBC 813* CTC TCT CTC TCT CTC TT 50 7 UBC 814 CTC TCT CTC TCT CTC TA 50 8 UBC 815* CTC TCT CTC TCT CTC TG 52 9 UBC 816* CAC ACA CAC ACA CAC AT UBC 817* CAC ACA CAC ACA CAC AA UBC 818* CAC ACA CAC ACA CAC AG UBC 819 GTG TGT GTG TGT GTG TA UBC 820 GTG TGT GTG TGT GTG TC UBC 821* GTG TGT GTG TGT GTG TT UBC 822 TCT CTC TCT CTC TCT CA UBC 823 TCT CTC TCT CTC TCT CC UBC 824 TCT CTC TCT CTC TCT CG UBC 825* ACA CAC ACA CAC ACA CT UBC 826* ACA CAC ACA CAC ACA CC UBC 827* ACA CAC ACA CAC ACA CG UBC 828 TGT GTG TGT GTG TGT GA UBC 829 TGT GTG TGT GTG TGT GC UBC 830 TGT GTG TGT GTG TGT GG UBC 834* AGA GAG AGA GAG AGA GYT UBC 835 AGA GAG AGA GAG AGA GYC UBC 836 AGA GAG AGA GAG AGA GYA UBC 840* GAG AGA GAG AGA GAG AYT UBC 841 GAG AGA GAG AGA GAG AYC UBC 842 GAG AGA GAG AGA GAG AT UBC 843 CTC TCT CTC TCT CTC TRA UBC 844 CTC TCT CTC TCT CTC TRC UBC 845 CTC TCT CTC TCT CTC TRG UBC 846* CAC ACA CAC ACA CAC ART UBC 847 CAC ACA CAC ACA CAC ARC UBC 848 CAC ACA CAC ACA CAC ARG UBC 849 GTG TGT GTG TGT GTG TYA 52 49

73 3. MATERYAL ve METOD Yüşa TÜRKELİ Çizelge 3.3 ün devamı DNA ya yapışma Sıra Primerler Baz dizilimi (5 3 ) Sıcaklıkları ( C) No 37 UBC 850 GTG TGT GTG TGT GTG TYC UBC 851 GTG TGT GTG TGT GTG TYG UBC 852 TCT CTC TCT CTC TCT CRA UBC 853 TCT CTC TCT CTC TCT CRT UBC 854 TCT CTC TCT CTC TCT CRG UBC 855 ACA CAC ACA CAC ACA CYT UBC 856* ACA CAC ACA CAC ACA CYA UBC 857 ACA CAC ACA CAC ACA CYG UBC 858 TGT GTG TGT GTG TGT GRT UBC 859 TGT GTG TGT GTG TGT GRC UBC 860 TGT GTG TGT GTG TGT GRA UBC 861 ACC ACC ACC ACC ACC ACC UBC 862 AGC AGC AGC AGC AGC AGC UBC 864 ATG ATG ATG ATG ATG ATG 44 (*) Haritalamada kullanılan primerler F1 bitkilerinin analizleri aşamasında elde edilen PCR ürünleri 1 X TBE tampon çözeltisinde (89 mm Tris-Cl, 89 mm borik asit, 20 mm EDTA) %1.8 lik agaroz jelde elektroforez edilerek bantların ayrışması sağlanmış, daha sonra jeller etidyum bromid ile boyanmış ve UV altında DNA bant görüntüleri bilgisayara kaydedilmiştir. Seçilen DNA bant büyüklüklerinin belirlenmesinde lambda DNA nın EcoRI ve HindIII kesim enzimleri ile kesilerek hazırlanmış olan ve ticari olarak satılan markörü kullanılmıştır. DNA nın büyüklüğünü belirleyen markörün jel elektroforez sonucunda oluşan bant büyüklükleri sırası ile 564, 831, 947, 1375, 1584, 1904, 2027, 3520 bç dir SRAP Analizleri SRAP analizleri Li ve Quiros un (2001) geliştirmiş olduğu yönteme göre yapılmıştır. Çalışma kapsamında 10 ileri (Çizelge 3.4) ve 12 geri (Çizelge 3.5) (Li ve Quiros, 2001; Lin ve ark., 2005) olmak üzere toplam 120 adet primer kombinasyonu Siirt ve PA18 bitkileri ile 6 adet F1 melez bitkisinin (F1_ 2, 4, 6, 8, 9, 10 numaralı) DNA ları kullanılarak taranmıştır. Açılım gösteren bantları belirleme açısından tarama analizlerde elde edilen PCR ürünleri hem agaroz jelde 50

74 3. MATERYAL ve METOD Yüşa TÜRKELİ hem de ABI 3130x1 cihazında elektroforez yapılarak bantların ayrıştırılması sağlanmıştır. SRAP analizlerinde 6-FAM ve VIC floresan boyalarla etiketlenmiş olan Çizelge 3.4 de verilen her bir ileri primer, Çizelge 3.5 de verilen her bir geri primer ile kombinasyon oluşturulmuştur (Çizelge 3.6). Tarama işlemleri sonucunda en iyi açılım gösteren ve skorlanması kolay 27 adet SRAP primer kombinasyonu (Çizelge 3.7) seçilerek 92 adet F1 bitkisinde test edilmişlerdir. Çizelge 3.4. ABI 3130x1 kapiler elektroforez cihazında ve agaroz jel ortamında F1 melez bitkilerinin taraması için kullanılan SRAP ileri primerleri ve baz dizilimleri Sıra No Kod Adı İleri Primerler ve baz dizinleri (5 3 ) 1 Me1 VIC-TGA GTC CAA ACC GGA TA 2 Me2 6-FAM-TGA GTC CAA ACC GGA GC 3 Me3 VIC-TGA GTC CAA ACC GGA AT 4 Me4 6-FAM-TGA GTC CAA ACC GGA CC 5 Me5 VIC-TGA GTC CAA ACC GGA AG 6 Me6 6-FAM-TGA GTC CAA ACC GGA CA 7 Me7 VIC-TGA GTC CAA ACC GGA CG 8 Me8 6-FAM- TGA GTC CAA ACC GGA CT 9 Me9 VIC-TGA GTC CAA ACC GGA GG 10 Me10 6-FAM-TGA GTC CAA ACC GGA AA Çizelge 3.5. ABI 3130x1 kapiler elektroforez ve agaroz jel ortamında F1 melez bitkilerinin taraması için kullanılan SRAP geri primerleri ve baz dizilimleri Sıra No Kod Adı Geri Primerler ve baz dizinleri (3 5 ) 1 Em1 GAC TGC GTA CGA ATT AAT 2 Em2 GAC TGC GTA CGA ATT TGC 3 Em3 GAC TGC GTA CGA ATT GAC 4 Em4 GAC TGC GTA CGA ATT TGA 5 Em5 GAC TGC GTA CGA ATT AAC 6 Em6 GAC TGC GTA CGA ATT GCA 7 Em7 GAC TGC GTA CGA ATT CAA 8 Em8 GAC TGC GTA CGA ATT CAC 9 Em9 GAC TGC GTA CGA ATT CAG 10 Em10 GAC TGC GTA CGA ATT CAT 11 Em11 GAC TGC GTA CGA ATT CTA 12 Em12 GAC TGC GTA CGA ATT CTC 51

75 3. MATERYAL ve METOD Yüşa TÜRKELİ Çizelge 3.6 F1 melez bitkilerin DNA larının tarama analizlerinde uygulanan SRAP primer kombinasyonları ve her bir primer kombinasyonunda yer alan SRAP ileri ve geri primerleri İleri Primer Geri primer İleri Primer Geri Primer 6-FAM etiketli VIC etiketli Me2 Em1 Em2 Me1 Em1 Em2 Em3 Em3 Me4 Em4 Em5 Me3 Em4 Em5 Me6 Em6 Em7 Me5 Em6 Em7 Em8 Em8 Me8 Em9 Me7 Em9 Em10 Em10 Me10 Em11 Em12 Me9 Em11 Em12 SRAP analizlerindeki PCR işlemlerinde kullanılan ileri ve geri primer kombinasyonları Çizelge 3.6 ve 3.7 deki gibi gerçekleştirilmiştir. PCR reaksiyonlarında ileri primer olarak 6-FAM ve VIC florosan boyalarla etiketli olan iki grup primer kullanılmıştır. FAM ve VIC florosan boyalar ile etiketli 10 adet her bir ileri primer, 12 adet her bir geri primer ile ayrı ayrı kombinasyon oluşturularak toplam 120 SRAP primer kombinasyonu PCR reaksiyonlarında tarama analizlerinde uygulanmıştır. 52

76 3. MATERYAL ve METOD Yüşa TÜRKELİ Çizelge 3.7. F1 melez bitkilerin analizinde kullanılan SRAP ileri ve geri primerler ile uygulanan primer kombinasyonları Sıra No İleri Primerler Geri Primerler Sıra No İleri Primerler Geri primerler 1 Me1 Em1 15 Me6 Em1 2 Me1 Em4 16 Me6 Em4 3 Me1 Em5 17 Me9 Em3 4 Me1 Em8 18 Me9 Em2 5 Me1 Em10 19 Me10 Em1 6 Me1 Em12 20 Me10 Em2 7 Me4 Em2 21 Me10 Em4 8 Me4 Em3 22 Me10 Em6 9 Me4 Em5 23 Me10 Em 7 10 Me4 Em7 24 Me10 Em8 11 Me5 Em5 25 Me10 Em9 12 Me5 Em7 26 Me10 Em10 13 Me5 Em8 27 Me10 Em11 14 Me5 Em10 PCR işlemleri sonrasında elde edilen PCR ürünleri iki kısma ayrılmış olup birinci kısımda, PCR ürünlerinin 10 µl si agaroz jel ortamına yüklenmiş ve 500 bç üzerindeki açılım gösteren DNA bantlarını belirlemek için kullanılmıştır. İkinci kısımda ise seyreltilmiş PCR ürünlerinden 0.5 µl ABI kapiler elektroforez analizlerinde kullanılmıştır. SRAP PCR reaksiyonlarında kullanılan kimyasallar ve konsantrasyonları Çizelge 3.8 de ve PCR döngü koşulları ise Çizelge 3.9 da verilmiştir. SRAP PCR reaksiyon koşulları toplam 25 µl hacimde hazırlanmıştır. Amplifikasyon reaksiyonu ise 75 mm Tris-HCl, ph=8.8, 20 mm (NH 4 ) 2 SO 4, 2 mm MgCl 2, %0.1 Tween 20, 100 µm datp, 100 µm dttp, 100 µm dgtp, 100 µm 53

77 3. MATERYAL ve METOD Yüşa TÜRKELİ dctp, 0.2 µm ileri primer, 0.2 µm geri primer, 1.0 unite Taq DNA polimeraz ve ng DNA içermiştir (Çizelge 3.8). Çizelge 3.8. Antepfıstığında SRAP PCR reaksiyonunda kullanılan kimyasallar ve konsantrasyonları PCR bileşenleri Konsantrasyon Tris-HCl ph= mm (NH 4 ) 2 SO 4 20 mm MgCl 2 2 mm Tween 20 % 0.1 datp 100 µm dttp 100 µm dgtp 100 µm dctp 100 µm İleri primer 0.2 µm Geri primer 0.2 µm Taq DNA polimeraz 1.0 unite DNA ng SRAP PCR döngü koşulları olarak ise ilk 1 döngü 94 C de 2 dk ön denatürasyon uygulanmış, 5 döngü halinde 94 C de 1 dk denatürasyon, 35 C de 1 dk primerlerin DNA ya yapışması (annealing) ve 72 C de 2 dk uzama safhası şeklinde gerçekleşmiştir. Geri kalan 35 döngüde ise 94 C de 1 dk denatürasyon, 50 C de 1 dk primerlerin DNA ya yapışması safhası ile 72 C de 2 dk uzama ve 72 C de 7 dk ise son uzama safhası olarak uygulanmıştır (Çizelge 3.9). Agaroz jeldeki elektroforez işlemi için toplam PCR ürününden 10 µl alınıp 3 µl mavi boya (blue dye) eklenerek homojenize edilmiş, daha sonra bu karışımdan 12 µl hazırlanan %2 lik agaroz jel ortamındaki yuvacıklara yüklenmiştir. Sonra jeller, 0.5 x TBE tampon çözeltisi (89 mm Tris-CI, 89 mm borik asit, 20 mm EDTA) bulunan elektroforez tankı içine yerleştirilmiş ve elektrik akımı (120 voltta 4 saat) bulunan ortamda koşularak DNA bantlarının ayrıştırılması sağlanmıştır. Daha sonra etidyum bromid ile boyama işleminden sonra jellerin UV ışığı altında fotoğrafları çekilerek DNA bant görüntüleri bilgisayara aktarılmıştır. Elde edilen görüntülere göre açılım gösteren bantlar belirlenerek değerlendirmede kullanılmıştır. 54

78 3. MATERYAL ve METOD Yüşa TÜRKELİ Çizelge 3.9. Antepfıstığında SRAP analiz yönteminde uygulanan PCR sıcaklık ve döngü koşulları PCR PCR Aşamaları Sıcaklık ( C) Süre (dk) Döngü Sayısı Ön denatürasyon Denatürasyon 94 1 Primerin DNA ya yapışma safhası Uzama safhası 72 2 Denatürasyon 94 1 Primerin DNA ya yapışma safhası Uzama safhası 72 2 Son uzama safhası PCR ürünün ikinci kısmı için, her bir bitkiye ait PCR ürünü için 9.8 µl Hi-di Formamide, 0.2 µl LIZ500 size standart hesap edilerek toplam karışımdan 10 µl ABI cihazının yükleme pleyt yuvalarına dağıtılmış ve ayrıca her bir örneğin PCR ürününe ait µl ultra saf su ile seyreltilmiş 0.5 µl PCR ürünleri de yükleme pleyt yuvalarına yüklenmiştir. Sonra PCR programında 95 o C de 5 dk denatüre edilmiş ve sonrasında 5 dk buz üzerinde bekletilerek DNA zincirinin tek iplikçikli hale dönüştürülmesi sağlanmıştır. Daha sonra bu ABI yükleme pleyti ABI cihazına yerleştirilerek kapiler elektroforez gerçekleştirilmiştir. Böylece hem agaroz jelde hem de ABI genetik analizör cihazında elektroforez işlemleri tamamlandıktan sonra açılım gösteren bantlar belirlenerek değerlendirilmiştir. 55

79 3. MATERYAL ve METOD Yüşa TÜRKELİ AFLP Analizleri AFLP analizleri Vos ve ark. (1995) nın geliştirdiği, Kafkas ve ark. (2008; 2009a; 2009b) ın değişiklik yaptığı yönteme göre yapılmıştır. AFLP reaksiyonlarında ön selektif PCR aşamasında kullanılan 1 seçici nükleotit içeren EcoRI primer olarak EcoRI+A ve MseI primerler olarak MseI+A, MseI+C ve MseI+G kullanılmıştır (Çizelge 3.10). Seçici PCR aşamasında 6-FAM ve VIC flourosan boyalarla etiketli, 3 seçici nükleotid içeren 2 adet EcoRI (E39 ve E42) primer, 3 seçici nükleotit içeren 36 adet etiketsiz MseI primerler ile 72 adet AFLP primer kombinasyonu yapılarak uygulanmıştır (Çizelge 3.11). AFLP analizlerinde NED ve PET etiketli primerler iyi sonuç vermemesi nedeniyle kullanılmamıştır. AFLP analizlerinde kullanılan adaptör ve ön selektif primerler ve baz dizilimleri Çizelge 3.10 da, selektif primerler ile baz dizilimleri ise Çizelge 3.11 de verilmiştir. PCR reaksiyonlarında ileri primerler olarak 6-FAM florosan boya ile etiketli E39 kodlu ve VIC florosan boya ile etiketli E42 kodlu primerler, geri primerler olarak M seri kodlu primerler ile kombinasyonlar yapılarak (Çizelge 3.12) kullanılmıştır. Çizelge AFLP analizlerinde kullanılan adaptörler, ön selektif primerler ile baz dizilimleri Kod Adı Primer / Adaptör Adı Baz Dizilimi (5-3 ) Adaptörler EcoRI adaptör-1 F EcoRI adaptör-1 F MseI adaptör-1 R MseI adaptör-1 R CTCGTAGACTGCGTACC AATTGGTACGCAGTCTAC GACGATGAGTCCTGAG TACTCAGGAACTCAT Ön Selektif primerler İleri primer E01 EcoRI+A GACTGCGTACCAATTCA Geri primerler M01 MseI+A GATGAGTCCTGAGTAAA M02 MseI+C GATGAGTCCTGAGTAAC M03 MseI+G GATGAGTCCTGAGTAAG 56

80 3. MATERYAL ve METOD Yüşa TÜRKELİ Çizelge F1 melez bitkilerinin tarama analizi için kullanılan AFLP selektif primerler ve baz dizilimleri Sıra Kod Adı Primer Adı Baz dizilimleri (5-3 ) İleri Primerler 1 E39 (FAM) EcoRI+AAG 6-FAM GACTGCGTACCAATTCAGA 2 E42 (VIC) EcoRI+AGG VIC GACTGCGTACCAATTCAGG Geri Primerler 1 M31 MseI+AAA GATGAGTCCTGAGTAAA 2 M32 MseI+AAC GATGAGTCCTGAGTAAC 3 M33 MseI+AAG GATGAGTCCTGAGTAAG 4 M34 MseI+AAT GATGAGTCCTGAGTAAT 5 M35 MseI+ACA GATGAGTCCTGAGTACA 6 M36 MseI+ACC GATGAGTCCTGAGTACC 7 M37 MseI+ACG GATGAGTCCTGAGTACG 8 M38 MseI+ACT GATGAGTCCTGAGTACT 9 M39 MseI+AGA GATGAGTCCTGAGTAGA 10 M40 MseI+AGC GATGAGTCCTGAGTAGC 11 M41 MseI+AGG GATGAGTCCTGAGTAGG 12 M42 MseI+AGT GATGAGTCCTGAGTAGT 13 M47 MseI+CAA GATGAGTCCTGAGTCAA 14 M48 MseI+CAC GATGAGTCCTGAGTCAC 15 M49 MseI+CAG GATGAGTCCTGAGTCAG 16 M50 MseI+CAT GATGAGTCCTGAGTCAT 17 M51 MseI+CCA GATGAGTCCTGAGTCCA 18 M52 MseI+CCC GATGAGTCCTGAGTCCC 19 M53 MseI+CCG GATGAGTCCTGAGTCCG 20 M54 MseI+CCT GATGAGTCCTGAGTCCT 21 M55 MseI+CGA GATGAGTCCTGAGTCGA 22 M56 MseI+CGC GATGAGTCCTGAGTCGC 23 M57 MseI+CGG GATGAGTCCTGAGTCGG 57

81 3. MATERYAL ve METOD Yüşa TÜRKELİ Çizelge 3.11 in devamı 24 M58 MseI+CGT GATGAGTCCTGAGTCGT 25 M63 MseI+GAA GATGAGTCCTGAGTGAA 26 M64 MseI+GAC GATGAGTCCTGAGTGAC 27 M65 MseI+GAG GATGAGTCCTGAGTGAG 28 M66 MseI+GAT GATGAGTCCTGAGTGAT 29 M67 MseI+GCA GATGAGTCCTGAGTGCA 30 M68 MseI+GCC GATGAGTCCTGAGTGCC 31 M69 MseI+GCG GATGAGTCCTGAGTGCG 32 M70 MseI+GCT GATGAGTCCTGAGTGCT 33 M71 MseI+GGA GATGAGTCCTGAGTGGA 34 M72 MseI+GGC GATGAGTCCTGAGTGGC 35 M73 MseI+GGG GATGAGTCCTGAGTGGG 36 M74 MseI+GGT GATGAGTCCTGAGTGGT Çizelge F1 melez bitkilerin analizinde kullanılan AFLP ileri ve geri primerleri ile uygulanan primer kombinasyonları Sıra no İleri primerler (EcoRI) Geri primerler (MseI) Sıra no İleri primerler (EcoRI) Geri primerler (MseI) 1 E39 M32 15 E42 M34 2 E39 M36 16 E42 M36 3 E39 M41 17 E42 M39 4 E39 M42 18 E42 M41 5 E39 M47 19 E42 M42 6 E39 M51 20 E42 M47 7 E39 M54 21 E42 M48 8 E39 M56 22 E42 M56 9 E39 M58 23 E42 M68 10 E39 M63 24 E42 M69 11 E39 M65 25 E42 M70 12 E39 M67 26 E42 M72 13 E39 M68 27 E42 M73 14 E39 M70 58

82 3. MATERYAL ve METOD Yüşa TÜRKELİ AFLP ileri ve geri primerleri ile oluşturulan 72 primer kombinasyonu, Siirt ve PA-18 bitkileri ile 6 F1 melez bitkinin (F1_2, 4, 6, 8, 9, 10 numaralı) DNA larında tarama analizlerinde kullanılmış, açılım gösteren ve kolay skorlanan 27 adet primer kombinasyonu seçilerek (Çizelge 3.12) 92 adet F1 melez bitkinin analizlerinde kullanılmışlardır Restriksiyon-Ligasyon Aşaması AFLP analizlerinin birinci aşamasında restriksiyon enzimleriyle DNA ların kesilmesi ve adaptörlerin yapışması olan ligasyon aşamaları gerçekleştirilmiştir. AFLP analizleri, ABI 3130x1 genetik analizör cihazına uygun olacak şekilde yapılmıştır. Bu aşamada reaksiyonda kullanılan kimyasal bileşenleri ve konsantrasyonları Çizelge 3.13 de verilmiştir. Restriksiyon-ligasyon işleminin birlikte yapıldığı birinci aşamada, toplam hacim 11 µl olacak şekilde reaksiyon hazırlanmıştır. Buna göre reaksiyon 10 x T 4 DNA ligaz tampon çözeltisi (40 mm Tris HCI, 10 mm MgCl 2, 10 mm DTT, 0.5 mm ATP, ph:7.8, 25 o C), 50 mm NaCI, 0.05 mg BSA, 0.5 μm EcoRI adaptör, 5 μm MseI adaptör, 5 ünite EcoRI kesim enzimi, 1 ünite MseI kesim enzimi, 1 ünite T4 DNA ligaz ve ng DNA içermiştir (Çizelge 3.13). Bu reaksiyon karışımı 37 o C de 8 saat inkübasyona bırakılmıştır. Bu aşamadaki oluşumlar Şekil 3.1 de şematik olarak gösterilmiştir. İnkübasyon sonrasında kesim ve bağlanma reaksiyonlarının gerçekleşip gerçekleşmediğin kontrol etmek için, ürünün yarısı %1.5 lik agaroz jel ortamında (130 voltta 1.5 saat) koşularak bantlar ayrıştırılmış ve UV ışığı altında jel görüntüsü bilgisayara aktarılarak bant büyüklükleri değerlendirilmiştir. DNA bantlarının uzunluğunu görmek için lambda DNA nın EcoRI ve HindIII kesim enzimleriyle hazırlanmış ve ticari olarak satılan markör kullanılmıştır. Bu bant büyüklükleri ise sırasıyla 564, 831, 947, 1375, 1584, 1904, 2027, 3520 bç şeklindedir. EcoRI, nadir kesen enzim özelliğine sahip olup tanıma bölgeleri (5 - G^AATT C-3 ve 3 -C TTAA^G-5 ) dizileridir. MseI, sıklıkla kesen enzim özelliği gösterir ve tanıma bölgeleri (5 -T^TAA-3 ve 3 -AAT^T-5 ) dizileridir. 59

83 3. MATERYAL ve METOD Yüşa TÜRKELİ Kesim (restriksiyon) ve bağlanma (ligasyon) reaksiyonunun gerçekleşmesi tamamlandıktan sonra elde edilen ürünün diğer yarısı olan 5.5 µl yeni bir tüpe alınmış ve 1:10 oranında seyreltmek amacıyla ve 94.5 µl de TE tampon çözeltisi (ph:8, 120 mm Tris HCI, 0.1 mm EDTA) ilave edilmiştir. Bu şekilde seyreltilen ürünlerin 4 µl si ön selektif PCR reaksiyonu için kullanılmıştır. Şekil 3.1. EcoRI ve MseI kesim enzimleri ile DNA zincirinin kesimi ve adaptörlerin yapışmasına ait şematik görüntü 60

84 3. MATERYAL ve METOD Yüşa TÜRKELİ Çizelge AFLP yönteminde restriksiyon ve ligasyon aşamalarında PCR reaksiyonlarında kullanılan kimyasal bileşenleri ve konsantrasyonları PCR reaksiyon kimyasalları Konsantrasyon Tris-HCI, ph: mm MgCI mm DTT 10.0 mm ATP, ph:7.8, 25 o C 0.50 mm NaCl 50.0 mm BSA 0.05 mg EcoRI adaptör 0.50 µm MseI adaptör 5.0 µm EcoRI enzim 5.0 ünite MseI enzim 1.0 ünite T 4 DNA ligaz 1.0 ünite DNA ng Toplam hacim 11.0 µl Ön Selektif PCR (Preamplifikasyon) Aşaması Ön selektif preamplifikasyon aşamasını oluşturan reaksiyon, 4 µl seyreltilmiş restriksiyon-ligasyon karışımı ve 16 µl AFLP ön selektif PCR reaksiyon karışımından içerecek şekilde toplam 20 µl hacimde gerçekleştirilmiştir. Reaksiyon karışımı 10 mm Tris-HCl, ph:8.8, 50 mm KCI, %0.08 Nonident P40, 2 mm MgCl 2, 150 µm dntp, bir seçici nükleotit içeren 0.25 µm EcoRI primer ve 0.25 µm MseI primer, 1 ünite Taq DNA polimeraz ile hazırlanmıştır (Çizelge 3.14). Çizelge AFLP yönteminde ön selektif (preamplifikasyon) PCR bileşenlerini oluşturan kimyasallar ve konsantrasyonları PCR reaksiyon kimyasalları Konsantrasyon Tris-HCI, ph: mm KCI 50.0 mm Nonident P40 %0.08 MgCl mm dntp 150 µm EcoRI primer 0.25 µm MseI primer 0.25 µm Taq DNA polimeraz 1.0 ünite Restriksiyon-ligasyon karışımı 4.0 µl ddh 2 O 10.0 µl Toplam hacim 20.0 µl 61

85 3. MATERYAL ve METOD Yüşa TÜRKELİ Ön selektif PCR döngü koşulları, 1 döngü halinde 94 C de 120 sn ön denatürasyon işleminden sonra, toplam 20 döngü halinde 94 C de 30 sn denatürasyon, 56 C de 30 sn primerlerin DNA zincirlerine yapışması ve 72 C de 30 sn uzama safhalarından sonra, 1 döngü halinde son uzama safhası 60 C 1800 sn olarak gerçekleştirilmiştir (Çizelge 3.15). Çizelge AFLP yönteminde ön selektif (preamplifikasyon) PCR döngü koşulları PCR Aşamaları Sıcaklık ( o C) Süre (sn) PCR Döngü Sayısı Ön denatürasyon Denatürasyon Primerlerin yapışması (Annealing) Uzama safhası Son uzama safhası Ön selektif PCR sonrasında elde edilen ürünün yarısı preamplifikasyonun gerçekleşip gerçekleşmediğini kontrol etmek için kullanılmıştır. Ön PCR ürünün yarısı %1.5 lik agaroz jelde (130 voltta 1.5 saat) koşularak UV ışığı altında jel görüntüsü bilgisayara aktarılmış ve bant büyüklükleri değerlendirilmiştir. DNA bantlarının büyüklüğünü belirlemek için lambda DNA nın EcoRI ve HindIII kesim enzimleriyle hazırlanmış ve ticari olarak satılan markörü kullanılmıştır. Preamplifikasyon kontrolü tamamlandıktan sonra ön PCR ürününün diğer yarısı olan 10 µl PCR ürünü üzerine 190 µl TE tampon çözeltisi (ph:8, 120 mm Tris-HCI, 0.1 mm EDTA) eklenerek 1:20 oranında seyreltilmiş ve bunun 4 µl si selektif PCR amplifikasyonu için kullanılmıştır. Böylece, DNA örnekleri selektif PCR aşaması için hazır hale getirilmiştir. 62

86 3. MATERYAL ve METOD Yüşa TÜRKELİ Selektif PCR Aşaması Selektif PCR aşamasında ise toplam hacim 20 µl olacak şekilde reaksiyon hazırlanmıştır. Bunun için, 4 µl ön selektif PCR örneği toplam hacim 20 µl olacak şekilde PCR reaksiyon karışımına eklenmiştir. Reaksiyon karışımını 10 mm Tris- HCl ph:8.8, 50 mm KCI, %0.08 Nonident P40, 2 mm MgCl 2, 200 µm dntp, 0.25 µm EcoRI primer ve 0.25 µm MseI primer, 1.0 ünite Taq DNA polimeraz oluşturmuştur (Çizelge 3.16). Çizelge AFLP yönteminde selektif PCR reaksiyonunda kullanılan kimyasal bileşenleri ve konsantrasyonları PCR reaksiyon Kimyasalları Konsantrasyon Tris-HCI, ph: mm KCI 50 mm Nonident P40 %0.08 MgCl mm dntp 200 µm EcoRI primer 0.25 µm MseI primer 0.25 µm Taq DNA polimeraz 1.0 ünite Ön selektif PCR karışımı 4.0 µl ddh 2 O 9.0 µl Toplam hacim 20 µl AFLP selektif PCR döngü koşullarındaki aşamalar, uygulanan sıcaklıklar ile gerçekleşme süreleri Çizelge 3.17 de verilmiştir. Selektif PCR döngü koşulları ise 1 döngü boyunca 94 C de 120 sn ön denatürasyon, sonra 10 döngü boyunca 94 C de 45 sn denatürasyon, 66 C de 45 sn primer yapışması (primer yapışma sıcaklığı her döngüde 1 C azalmıştır) ve 72 C de 120 sn uzama safhası olarak gerçekleşmiştir. Daha sonra PCR örnekleri 20 döngü boyunca 94 C de 45 sn denatürasyon, 56 C de 45 sn primerin yapışması ve 72 C de 120 sn uzama safhasında tutulmuşlardır. Son uzama safhası ise 1 döngü halinde 60 C de 1800 sn olarak gerçekleşmiştir (Çizelge 3.17). 63

87 3. MATERYAL ve METOD Yüşa TÜRKELİ Çizelge AFLP yönteminde selektif PCR döngü koşulları Döngüdeki PCR Aşamaları Sıcaklık ( o C) Süre (sn) sıcaklık azalması PCR döngü sayısı Ön denatürasyon Denatürasyon Primer yapışması (Annealing) Uzama safhası Denatürasyon Primer yapışması (Annealing) Uzama safhası Son uzama safhası her döngüde 1 C azalma Kapiler elektroforez işlemi ABI 3130xl [Applied Biosystems Inc., Foster City, Calif, (ABI)] genetik analizör cihazı kullanılarak yapılmıştır. PCR işlemi sonrası, her bir örnek için 1 μl PCR ürünü alınmış, 9.8 µl Hi-Di Formamid ve 0.2 µl LIZ 500 size standart ile birlikte bir kuyucuğa yüklenmiştir. Daha sonra 95 o C de 5 dk bekletilerek denatüre olması sağlanmış ve denatürasyon sonrası 5 dk buzda bekletilerek DNA nın tek iplikçik halinde ABI 3130xl cihazına yüklenmesi gerçekleşmiştir. Böylece F1 bitkilerinin DNA örnekleri, ABI 3130x1 genetik analizör cihazında kapiler elektroforezi sonucunda açılım gösteren bantlara ait elektroferogram analiz görüntüleri elde edilmiştir SRAP ve ISSR Yöntemlerine ait PCR Ürünlerinin Agaroz Jelde Elektroforezi ISSR yönteminde PCR aşaması yaklaşık 3-4 saat süre içinde tamamlandıktan sonra kullanılan primerlerin farklı yapışma (annealing) sıcaklıkları nedeniyle elde edilen PCR ürünlerinin elektroforezi agaroz jel ortamında yapılmıştır. 64

88 3. MATERYAL ve METOD Yüşa TÜRKELİ Toplam 25 µl hacimde hazırlanan PCR ürünlerinden; ISSR için 10 µl, SRAP için 12 µl si agaroz jel ortamında elektroforez edilerek bantların ayrıştırılmasında kullanılmıştır. ISSR analizlerinde %1.8 oranında ve SRAP da %2 oranında agaroz jel kullanılmıştır. Elektroforez analizleri için, ISSR yönteminde PCR tüplerindeki her bir örnek için 5 µl mavi boya (blue dye) eklenip, spin yapılarak homojenize edildikten sonra her bir örnek karışımından pipetle 10 µl alınarak agaroz jel üzerindeki kuyucuklara yüklenmiştir. Ayrıca jel üzerinde ayrıştırılan bant büyüklüklerini belirlemek için konsantrasyonu belli olan 50 ng lık size markör DNA dan da 10 µl alınıp 5 µl mavi boya ile homojenize edildikten sonra 10 µl si jelin ilk kuyucuklarına yüklenmiştir. SRAP yönteminde ise elde edilen PCR ürünleri iki kısma ayrılmış olup 500 bç üzerindeki bantları ayrıştırmak için etiketli primerlerin (6-FAM, VIC) içerdiği PCR ürünlerinin 10 µl si agaroz jel analizinde kullanılmıştır. Bunun için toplam PCR ürününden 10 µl alınıp 3 µl mavi boya (blue dye) ile homojenize edildikten sonra 12 µl lik karışım %2 lik agaroz jel yuvacıklarına pipet yardımıyla yüklenmiştir. Yükleme tamamlandıktan sonra elektroforez tankı içindeki 0,5 x TBE tampon çözeltisi (buffer) içine bu yüklü jel tabakları yerleştirilmiştir. Daha sonra elektrik akımı ve süresi (100 voltta 4 saat veya 150 voltta 3 saat) ayarlanarak elektrik akımında DNA bantlarının ayrıştırılması sağlanmıştır. Elektroforez işlemi tamamlandıktan sonra tanktan çıkarılan jeller, içinde saf su bulunan tepsiye yerleştirilerek, içerisine 1 damla etidyum bromid damlatılmıştır. Sonra 15 dakika çalkalayıcıda bekletilerek jelin boyanması sağlanmıştır. Daha sonra boyalı suyu süzülüp, tekrar temiz saf su içinde 15 dakika daha çalkalayıcıda bekletilerek jelin yıkanması sağlanmıştır. Bu şekilde boyama işlemi tamamlandıktan sonra jeller fotoğraf çekme kabinine (UV transilluminatör) yerleştirilerek UV ışığı altında görüntüsü bilgisayara aktarılmıştır AFLP ve SRAP Yöntemlerine ait PCR Ürünlerinin Kapiler Elektroforezi SRAP ve AFLP yöntemlerinde PCR örneklerinin kapiler elektroforez işlemi ABI 3130xl [Applied Biosystems Inc., Foster City, CA, ABD, (ABI)] genetik 65

89 3. MATERYAL ve METOD Yüşa TÜRKELİ analizör cihazı kullanılarak yapılmıştır. SRAP yönteminde kullanılan primerler ise hem agaroz jelde hem de ABI kapiler elektroforez cihazında analiz edilmişlerdir. PCR işlemi sonrası her bir örnek için 9.8 µl Hi-Di Formamide ve 0.2 µl LIZ 500 size standart karışımdan 10 µl ABI yükleme pleytinin gözlerine dağıtılmıştır. SRAP PCR ürünleri µl ultra saf su ile seyreltildikten sonra 0.5 µl si kullanılmıştır. Böylece kapiler elektroforez analizinde daha iyi bant görüntülerinin oluşumu sağlanmıştır. SRAP analizinde 6-FAM ve VIC içeren PCR ürünlerinden 0.5 µl miktarında, AFLP analizinde ise 6-FAM içeren PCR ürünlerinden 1 µl, VIC içeren PCR ürünlerinden ise 1.5 µl alınıp ABI analizör cihazının yükleme pleytinin her bir yuvasında ayrı örnekler olacak şekilde yüklenmiştir. SRAP ve AFLP analizleri için, 6-FAM ve VIC florosan etiketlerini içeren PCR ürünleri, ABI yükleme pleytinin aynı yuvası içinde birleştirilmiş, böylece aynı anda çok sayıda örneğe ait PCR ürününün analizi sağlanmıştır. PCR ürün karışımları ABI pleytine yüklendikten sonra, PCR programında 95 o C de 5 dakika tutulmuş ve sonrasında 5 dakika buzda bekletilmiştir. Böylece çift iplikçikli DNA zincirinin denatürasyonu sonucunda tek iplikçikli zincir haline gelmesi sağlanmıştır. Daha sonra ABI yükleme pleyti ABI cihazına yerleştirilerek analizi gerçekleştirilmiştir. Analiz sonunda oluşan elektroferogram görüntüleri Genmap 4.0 (Applied Biosystems Inc.) paket programında değerlendirilmiştir Moleküler Markörlerin Değerlendirilmesi ve Genetik Bağlantı Gruplarının Oluşturulması Genetik haritanın elde edilmesi Grattapaglia ve Sederoff un (1994) çok yıllık bitkilerde önerdiği double pseudo-testcross metoduna göre yapılmıştır. Buna göre her bir ebeveyn için ayrı bir harita yani iki genetik harita oluşturulmuştur. Genetik haritanın oluşturulması ve analizleri F1 bitkilerinin kullanıldığı çalışmalarda en uygun paket program olan Joinmap 4.0 (Van Ooijen, 2004) bilgisayar paket program kullanılarak yapılmıştır. Çalışma sonucunda elde edilen amplifikasyon ürünleri var (1) ya da yok (0) şeklinde değerlendirilmiş olup elde edilen veriler Joinmap 4.0 paket programına göre 66

90 3. MATERYAL ve METOD Yüşa TÜRKELİ kodlanmıştır. Bağlantı gruplarının uzunlukları ve rekombinasyon birimi centimorgan (cm) olarak Kosambi (1944) ye göre hesaplanmıştır. Çalışmada her bir ebeveyn için ayrı genetik bağlantı gruplarının oluşturulmasında yer alan markörler 3 tipe ayrılmıştır: 1) sadece anne ebeveyn ( Siirt ) için açılım (1:0) gösteren markörler [<lmxll>], 2) sadece baba ebeveyn ( PA18 ) için açılım (0:1) gösteren markörler [<nnxnp>], 3) her iki ebeveyn için (her iki ebeveynde var olan) açılım (3:1) gösteren markörler [<abxab>]. Gruplandırması yapılan 1. ve 3. tip markörler, Siirt çeşidinin genetik bağlantı gruplarının oluşturulmasında, 2. ve 3. tip markörler ise PA-18 genotipinin genetik bağlantı gruplarının oluşturulmasında kullanılmıştır. Anne ebeveyne ait bağlantı grupları Siirt çeşidinin baş harfi olan S harfi ile kodlanmış ve elde edilen bağlantı gruplarına ait şekiller ise S1 den S17 ye kadar numaralandırılmıştır. Baba ebeveynin bağlantı gruplarına ait şekiller ise PA-18 genotipinin baş harfi olan Pa harfi ile kodlanmış ve sırasıyla Pa1 ile Pa19 arasında numara verilmiştir. Bağlantı gruplarının oluşturulması için F1 melez bitkilerine ait markörlerde, beklenen 1:1 ve 3:1 açılım oranlarına uygunluğunu test etmek için, Joinmap 4.0 programında Lokus genotip frekans fonksiyon komutu ile önce, her bir markör için ki-kare (X 2 ) değerleri hesaplanmıştır. Ki-kare (X 2 ) analizi ile beklenen Mendel oranlarından sapma gösteren markörler belirlenmiştir. Ortalama ki-kare katkısı fonksiyon komutu ile her bir bağlantı grubuna ait değerlerin ortalaması 1 den küçük olacak şekilde hesaplaması yapılmıştır. Böylece en az sapma gösteren markörler gruplar üzerine yerleştirilmiş ve markörlerin optimum düzeyde gruplar üzerindeki dağılımı gerçekleştirilmiştir. Kosambi haritalama fonksiyonu (Kosambi, 1944) yardımıyla LOD gruplaması yapılarak bağlantı gruplarının (linkage) oluşturulması sağlanmıştır. Her iki ebeveyn haritası için, bağlantı grupları en düşük LOD 5.0 değeri kullanılarak oluşturulmuştur. Her bir bağlantı grubu içindeki markör sırasını belirleyebilmek için hesaplamalarda standart Joinmap parametre ayarları kullanılmıştır. En iyi markör sıralamasını bulmak için paket programa 3 döngü halinde hesaplama yaptırılmıştır. İstatistik hesaplamaları tamamlanarak bağlantı grupları oluşturulduktan sonra, MapChart 2.2 (Voorrips, 2002) bilgisayar programı 67

91 3. MATERYAL ve METOD Yüşa TÜRKELİ kullanılarak bağlantı gruplarına ait grafik verilerinin ve şekillerinin düzenlemesi ve sayfa üzerinde yerleştirmesi yapılmıştır. 68

92 4. BULGULAR ve TARTIŞMA Yüşa TÜRKELİ 4. BULGULAR ve TARTIŞMA Siirt çeşidi ve monoik PA-18 atlantik sakızı genotipinin genetik bağlantı haritalarının oluşturulmasında kullanılmak üzere ISSR, SRAP ve AFLP olmak üzere 3 farklı markör sistemi kullanılmıştır. Melezleme sonucu elde edilen 92 F1 bitkisinde markör sistemlerine ait primerler analiz edilerek polimorfik bulunan bantlar skorlanmış ve her bir ebeveyn için ayrı ayrı veri dosyası oluşturulmuştur. ISSR, SRAP ve AFLP analizlerinde taranan primer sayısı, kullanılan primer sayısı, elde edilen toplam markör sayıları, ortalama markör sayısı ve açılım oranlarına göre markörlerin dağılımı ve yüzdeleri Çizelge 4.1 de verilmistir. Toplam 242 primer veya primer kombinasyonunun taraması yapılmış olup açılım gösteren 56 primer Siirt çeşidinde, 59 primer ise PA-18 genotipinde polimorfizm göstermiştir. Siirt çeşidinde kaydedilen toplam 165 markörün 144 adedi 1:1 açılım ve 21 adedi 3:1 açılım göstermiş, primer başına düşen ortalama polimorfik markör sayısı ise 2.95 olarak bulunmuştur. Bununla birlikte, PA-18 genotipinde toplam 156 markörün 134 ü 1:1 açılım ve 22 si 3:1 açılım göstermiş olup ortalama polimorfik markör sayısı 2.64 olarak belirlenmiştir. Aşağıda her bir markör tekniğinden elde edilen bulgular ayrı ayrı açıklanmıştır ISSR Analizleri Daha önce Kafkas ve ark. (2006a) tarafından antepfıstığında test edilmiş olan 50 adet ISSR primerleri ebeveynler (Siirt ve PA-18) ile 6 adet F1 bitkisinde (F1_2, 4, 6, 8, 9, 10 numaralı) analiz edilmiştir. Bu tarama analizleri sonucunda polimorfizm gösteren ISSR primerleri seçilip 92 F1 bitkisinin DNA larında uygulanmıştır. 69

93 4. BULGULAR ve TARTIŞMA Yüşa TÜRKELİ Çizelge 4.1. Siirt çeşidinde ve PA-18 genotipinde ISSR, SRAP ve AFLP analizlerinde taranan primer sayıları, polimorfizm gösteren primer sayıları, polimorfik markör sayıları ile ortalama polimorfik markör sayıları, markörlerin açılım oranları ve yüzdeleri Markör sistemi SİİRT ÇEŞİDİ Taranan primer sayısı Polimorfizm gösteren primer sayısı ve yüzdeleri Polimorfik markör sayısı ve yüzdeleri Ortalama polimorfik markör sayısı 3:1 açılım ve yüzdeleri 1:1 açılım ve yüzdeleri ISSR 50 8 (%14) 9 (%5) (%9) 7 (%5) SRAP (%40) 49 (%30) (%24) 44 (%30) AFLP %46) 107 (%65) (%67) 93 (%65) TOPLAM PA-18 GENOTİPİ ISSR (%17) 10 (%6) (%10) 8 (%6) SRAP (%37) 47 (%30) (%45) 37 (%28) AFLP (%46) 99 (%64) (%45) 89 (%66) TOPLAM Siirt çeşidinin analizlerinde yer alan 8 ISSR primerinden toplam 9 polimorfik markör tespit edilmiş ve bunlardan ISSR 834 nolu primer 2 polimorfik bant, diğer primerler ise birer bant vermiş olup primer başına düşen ortalama polimorfik markör sayısı ise 1.13 olarak belirlenmiştir. ISSR primerlerinin bant büyüklüğü yaklaşık 830 ile 1900 bç arasında değişiklik göstermiştir. Siirt çeşidinde toplam 9 ISSR markörün 7 adedi (%78) 1:1 Mendel açılımı ve 2 adedi (%22) ise 3:1 açılımı göstermiştir. Bununla birlikte, monoik PA-18 genotipinde 10 ISSR primerinden 10 polimorfik markör elde edilmiş, bunların bant büyüklüğü yaklaşık 70

94 4. BULGULAR ve TARTIŞMA Yüşa TÜRKELİ 940 ile 2800 bç arasında değişmiştir. Elde edilen markörlerin 8 adedi (%80) 1:1 Mendel açılımı göstermiş, 2 adedi (%20) ise 3:1 açılıma sahip olmuş, primer başına düşen ortalama polimorfik markör sayısı ise 1.0 olarak tespit edilmiştir. Genel olarak ISSR markörlerinin çoğu 1:1 açılım oranına sahip olmuştur (Çizelge 4.1). Diğer türlerin F1 bitkilerinde yapılan benzer çalışmalarda, Arcade ve ark. (2000) çamda türler arası (Larix decidua Mill. x Larix kaempferi Lamb.) melez F1 bitkilerinde ISSR yöntemiyle yaptıkları çalışmada 1:1 açılıma sahip 3 markör (%60) ve 3:1 açılım veren 2 markör (%40) olmak üzere toplam 5 markör belirlemişler, ortalama markör sayısını ise 1.25 olarak bulmuşlardır. Diğer araştırmacı Doucleff ve ark. (2004) asmada haritalama çalışmasında yine türler arası melez F1 bitkilerini analiz etmek için kullandıkları 6 ISSR primerinden 24 markör elde etmişler, ortalama markör sayısını ise 4 olarak belirlemişlerdir. Araştırıcılar, 1:1 ve 3:1 açılım gösteren markörlerin yüzdesini sırasıyla %96 (23 markör) ve %4 (1 markör) olarak tespit etmişlerdir. Ayrıca huş ağacı (Betula platyphylla Suk.) bitkisine ait F1 bireylerinde Wei ve ark. (2009) yaptığı haritalama çalışmasında analiz edilen toplam 102 ISSR markörün %93 ünün 1:1 ve %7 sinin ise 3:1 açılım gösterdiğini ve primer başına düşen ortalama markör sayısını ise 2.2 olduğunu bildirmişlerdir. Bu çalışmada ISSR yöntemiyle yapılan analizde primer başına düşen ortalama polimorfik markör sayısı, Arcade ve ark. ın (2000) elde ettiği sonuca benzer bulunmuş olup ancak Doucleff ve ark. ın (2004) bulduğu değerlerden yaklaşık 4 kat daha düşük, Wei ve ark. ın (2009) bulduğu değerin ise ancak yarısı kadar olmuştur. Bu durumun, kullanılan bitkisel materyalin farklı olmasından kaynaklandığı düşünülmektedir. Ayrıca kullanılan farklı primerler de farklı sonuçların alınmasında etkili olmuştur. Kullanılan agaroz jel ortamında polimorfik bantların ayrıştırılması, belirgin ve güvenilir bantların elde edilmesi daha zor olmakta, dolayısıyla daha az sayıda markör elde edilebilmektedir. Buna göre Doucleff ve ark. (2004) yüksek çözünürlüğe sahip kullandığı akrilamid jel ortamında bantların daha iyi ayrıştırılmasını sağlayarak, bu çalışmada elde edilenden daha fazla sayıda markör saptamıştır. Bu çalışmada elde edilen 1:1 açılım gösteren ISSR markörlerinin yüzde oranı, Arcade ve ark. ın (2000) sonucundan daha yüksek, Doucleff ve ark. (2004) ile Wei 71

95 4. BULGULAR ve TARTIŞMA Yüşa TÜRKELİ ve ark. (2009) ın buldukları değerden ise daha düşük olduğu belirlenmiştir. Bu farklılık bu çalışmada kullanılan populasyonun türlerarası melez bitkilerden oluşmasından kaynaklanmaktadır. Arcade ve ark. (2000) ile Doucleff ve ark. ın (2004) çalışmalarında populasyonu oluşturan bireyler türler arası, Wei ve ark. (2009) ise tür içi melezlemelerden elde ettikleri bireyleri kullanmışlardır SRAP Analizleri SRAP analizleri hem agaroz jelde hem de ABI 3130x1 kapiler elektroforez cihazında yapılmış olup 500 bç üzerindeki bantların elektroforezi agaroz jelde, 500 bç nin altındaki bant büyüklüklerinin elektroforezi ise ABI 3130x1 genetik analizör cihazında yapılmıştır. Tarama sonucunda polimorfizm gösteren SRAP primer kombinasyonları seçilerek 92 adet F1 bitkisinin analizinde kullanılmışlardır. Analiz edilen SRAP primer kombinasyonlarından 22 adedi Siirt çeşidinde 49 adet ve yine 22 adedi de PA-18 genotipinde 47 adet açılım gösteren markör üretmiştir. Siirt çeşidinde primerlere ait markör sayıları 1 ile 6 arasında ve bant büyüklüğü ise 52 ile 1200 bç arasında değişmiştir. PA-18 genotipinde ise markör sayıları 1 ile 5 arasında, bant büyüklüğü ise 53 ile 1375 bç arasında yer almıştır. Primer başına düşen ortalama polimorfik markör sayısı ise Siirt ve PA-18 de sırasıyla 2.23 ve 2.14 olarak hesaplanmıştır. Siirt çeşidinde tespit edilen toplam 49 SRAP markörün %90 ve %10 u, PA-18 genotipinde ise toplam 47 markörden %79 ve %21 i sırasıyla 1:1 ve 3:1 açılım oranına sahip olmuşlardır (Çizelge 4.1). Diğer türlerde F1 populasyonunda SRAP yöntemi kullanılarak yapılan haritalama çalışmalarında, Alwala ve ark. (2008) şekerkamışında (Saccharum) primer kombinasyonu başına düşen ortalama markör sayısını 5 olarak, toplam 160 markörün %57 sinin 1:1 ve %13 ünün 3:1 açılım oranlarına sahip olduğunu ve sapma gösteren markörleri ise %30 olarak belirtmişlerdir. Gao ve ark. (2008) Çin de yetiştirilen bir süs bitkisi olan Hedychium un türler arası melez F1 bireylerinde yaptıkları haritalama çalışmasında SRAP analizi sonucu elde ettikleri toplam 411 markörden 1:1 ve 3:1 açılım gösteren markör sayılarını sırasıyla 398 (%97) ve 13 72

96 4. BULGULAR ve TARTIŞMA Yüşa TÜRKELİ (%3) olarak belirlemişler, primer kombinasyonu başına düşen ortalama markör sayısını ise 4.5 olarak tespit etmişlerdir. Bu çalışmada primer başına düşen ortalama markör sayısı bahsedilen araştırıcıların çalışmalarındaki F1 bitkilerinin analizinde elde ettikleri değerlerden yaklaşık iki kat daha düşük olarak belirlenmiştir. Ancak haritalama çalışmasında daha fazla bilgi içeriğine sahip 1:1 açılım gösteren markörlerin yüzde oranları ise Alwala ve ark. ın (2008) bulduğu değerlerden daha yüksek, Gao ve ark. ın (2008) sonuçlarından ise daha düşük olarak saptanmıştır. Bu durum kullanılan bitkilerin genetik yapısına ait heterozigotluk seviyesinin farklılığından kaynaklanmış olabilir. Heterozigotluk seviyesi yüksek olan bitkilerde daha fazla açılım gösteren markörler tespit edilebilmektedir. Ayrıca uygulanan farklı primerler de bitkilerin genetik yapısına göre farklı sonuçlar verebilmektedir AFLP Analizleri AFLP analizlerinde tarama sonucunda polimorfizm gösteren AFLP primer kombinasyonları seçilmiş ve F1 populasyonuna ait bireylerin DNA analizinde kullanılmıştır. Analizler sonucunda Siirt çeşidinde 107 markör ve PA-18 genotipinde ise 99 markör açılım göstermiştir. Çalışmada primer kombinasyonlarına ait açılım gösteren markör sayıları Siirt çeşidinde 1 ile 10, PA-18 genotipinde ise 1 ile 9 arasında değişmiş ve ortalama polimorfik markör sayısı ise sırasıyla 4.12 ve 3.67 olarak belirlenmiştir. Bunlara ek olarak, elde edilen bant büyüklükleri Siirt çeşidinde 57 ile 490 bç arasında ve PA-18 genotipinde ise 57 ile 491 bç arasında yer almıştır. Ayrıca, 1:1 ve 3:1 oranlarında açılım gösteren markör sayısı Siirt çeşidinde sırasıyla %87 ve %13, PA-18 genotipinde ise sırasıyla %90 ve %10 olarak tespit edilmiştir (Çizelge 4.1). Diğer F1 bitkilerinde yapılan haritalama çalışmalarında, Doucleff ve ark. (2004) asma bitkisinin türler arası melez (Vitis rupestris x Vitis arizonica) F1 bireylerinin analizinde kullandıkları AFLP primer kombinasyonlarına ait toplam 410 markör elde etmişler, primer çifti başına düşen ortalama markör sayısını ise 7.60 olarak belirtmişlerdir. Bu markörlerden 249 adedinin (%61) 1:1 ve 161 adedinin 73

97 4. BULGULAR ve TARTIŞMA Yüşa TÜRKELİ (%39) ise 3:1 açılıma sahip olduğunu belirlemişlerdir. Cavalcanti ve Wilkinson (2007) kaju fıstığının (Anacardium occidentale L.) F1 bireylerinde AFLP analiziyle yaptıkları haritalama çalışmasında toplam 224 markör belirlenmiş ve primer başına düşen ortalama markör sayısını 4.5 olarak hesaplamışlar, bunlardan %62 sinin 1:1 ve %38 inin ise 3:1 açılım oranına sahip olduğunu bildirmişlerdir. Ayrıca kayısı bitkisinin F1 bireylerinde Hurtado ve ark. nın (2002) yaptıkları haritalama çalışmasında, AFLP yöntemiyle analiz ettikleri toplam 140 markörden %68 inin 1:1 ve %32 sinin ise 3:1 açılım gösterdiğini belirtmişler ve primer başına düşen ortalama markör sayısını ise 10 olarak kaydetmişlerdir. Beedanagari ve ark. (2005) ise pikan cevizi (Carya illinoinensis L.) F1 bitkileriyle yapmış oldukları çalışmada, primer başına düşen ortalama AFLP markör sayısını 12.9 olarak tespit etmişler, toplam 258 markörün %82 sinin 1:1 ve %18 inin 3:1 açılım gösterdiğini belirtmişlerdir. Elmada yapılan diğer bir çalışmada benzer sonuçlar bildiren Kenis ve Keulemans (2005) ise F1 bireylerinin haritalanmasında analiz ettikleri toplam 548 AFLP markörüne ait 1:1 ve 3:1 açılım oranına sahip değerleri sırasıyla %84 ve %16 olarak tespit etmişler, ortalama markör sayısını ise olarak bulmuşlardır. Ayrıca Lanteri ve ark. (2006) yuvarlak enginar bitkisinin (Cynara cardunculus var. scolymus L.) F1 bireylerinde yaptıkları haritalamada AFLP yöntemiyle tespit ettikleri toplam 352 markörün %66 sının 1:1 açılımı ve %34 ünün ise 3:1 açılımı gösterdiğini belirtmişler, primer kombinasyonu başına ortalama markör sayısını ise 11.7 olarak hesaplamışlardır. Alwala ve ark. (2008) şekerkamışı bitkisinde (Saccharum) F1 bireylerinin AFLP analizinde elde ettikleri toplam 409 markörün %78 inin 1:1 ve %12 sinin 3:1 açılım verdiğini belirlemişlerdir. AFLP primer kombinasyonu başına ortalama markör sayısını ise olarak tespit etmişlerdir. Wei ve ark. (2009), AFLP analizi ile huş ağacı (Betula platyphylla Suk.) bitkisinin F1 bireylerine ait haritalama çalışmasında toplam 355 markörün %88 inin 1:1 açılım ve %12 sinin 3:1 açılım gösterdiğini kaydetmişler, ortalama markör sayısını ise 11.5 olarak bildirmişlerdir. Bu çalışmada AFLP yöntemiyle elde edilen ortalama markör sayısı Cavalcanti ve Wilkinson (2007) un bildirdiği ortalama değere benzer bulunmuştur. Ancak diğer türlerin F1 bitkisinin haritalama çalışmasına ait asmada (Doucleff ve 74

98 4. BULGULAR ve TARTIŞMA Yüşa TÜRKELİ ark., 2004), kaysıda (Hurtado ve ark., 2002), pikan cevizinde (Beedanagari ve ark., 2005), elmada (Kenis ve Keulemans, 2005), enginarda (Lanteri ve ark., 2006), şekerkamışı bitkisi (Alwala ve ark., 2008) ile huş ağacı bitkisinin (Wei ve ark., 2009) analizlerinde bildirilen sonuçlardan daha düşük olarak tespit edilmiştir. La Rosa ve ark. (2003), heterozigotluk seviyesi yüksek iki zeytin çeşidi arasındaki tür içi melez F1 bireylerini AFLP yöntemiyle analiz etmişler ve toplam 542 markörün %74 ünün 1:1 ve %26 sının 3:1 açılıma sahip olduğunu tespit etmişler ve primer başına ortalama markör sayısını ise 25.8 olarak belirlemişlerdir. Ayrıca, okaliptus bitkisine ait haritalama çalışmasında ise Margues ve ark. (1998), toplam 606 markörden %80 inin 1:1 açılım, %5 inin 3:1 açılım verdiğini, bunların %15 inin de sapma gösterdiğini belirtmişler, primer başına düşen markör sayısını 25.2 olarak bulmuşlardır. Bu çalışmada tespit edilen değerler La Rosa ve ark. (2003) ile Marques ve ark. (1998) ın çalışmalarında belirttikleri ortalama AFLP markör sayılarından yaklaşık 6 kat daha düşük olduğu saptanmıştır. Bu sonuçlardaki farklılık, AFLP analizinde uygulanan farklı primerler ile kullanılan bitki materyallerinin genetik yapısına bağlı olarak elde edilen markör sayılarından kaynaklanmış olduğu düşünülmektedir. Bu çalışmada beklenen Mendel oranlarına uygun 1:1 açılım gösteren markörlerin yüzdesi, bahsedilen diğer araştırmacılardan La Rosa ve ark. (2003) ın zeytinde, Marques ve ark. (1998) ın okaliptusda, Beedanagari ve ark. (2005) ın pikanda, Kenis ve Keulemans (2005) ın elmada, Alwala ve ark. (2008) ın şekerkamışı bitkisinde, Wei ve ark. (2009) ın ise huş ağacı bitkisinde bildirdikleri sonuçlardan daha düşük, 3:1 açılıma sahip markör yüzdelerinden ise daha yüksek olduğu tespit edilmiştir. Ancak, Doucleff ve ark. (2004) ın asmada, Hurtado ve ark. (2002) ın kaysıda, Lanteri ve ark. (2006) ın enginarda, Cavalcanti ve Wilkinson (2007) un ise kaju fıstığında belirttikleri açılım oranlarına ait yüzde değerleri bu çalışmada bulunan sonuçlarla yaklaşık benzer olduğu saptanmıştır. Araştırıcılar çalışmalarında 1:1 ve 3:1 açılım oranlarına uyan en düşük yüzde değerlerini sırasıyla asmada %61 (Doucleff ve ark., 2004) ve huş ağacında %12 (Wei ve ark., 2009), en yüksek yüzde değerlerini ise yine aynı sırayla huş ağacında 75

99 4. BULGULAR ve TARTIŞMA Yüşa TÜRKELİ %88 (Wei ve ark., 2009) ve asmada %39 (Doucleff ve ark., 2004) olarak belirtmişlerdir. Farklı çalışmalara ait bu durum, kullanılan bitki materyallerinin genetik yapısından kaynaklandığı düşünülmektedir ISSR, SRAP ve AFLP Analizlerinin Birlikte Değerlendirilmesi Siirt x PA-18 melezi F1 bitkisinin ISSR, SRAP ve AFLP analizlerinde kullanılan primerler, toplam markör sayıları ile ortalama markör sayıları, açılım oranlarına göre markörlerin dağılımı ve yüzdeleri Çizelge 4.2 de verilmiştir. Bu çalışmada tarama sonucunda açılım gösteren 16 ISSR primeri, 27 şer adet SRAP ve AFLP primer kombinasyonu olmak üzere toplam 70 adet primer veya primer kombinasyonu kullanılmıştır. Elektroforez yapılan tüm primerlerden toplam 321 markör açılım göstermiş, bunların %6 sını ISSR, %30 unu SRAP ve %64 ünü AFLP oluşturmuştur. En yüksek markör sayısı (206 markör) AFLP yönteminden, en düşük markör sayısı ise (19 markör) ISSR yönteminden elde edilmiştir. SRAP tekniğinden elde edilen markörlerin toplam (96 markör) sayısı, AFLP markörlerinin yaklaşık yarısı, ISSR markörlerinin ise yaklaşık beş katıdır. Her bir primer veya primer kombinasyonu başına düşen ortalama polimorfik markör sayısı bakımından yine en yüksek AFLP (7.6 markör), en düşük ISSR (1.2 markör) primerlerinden elde edilmiş, SRAP primer kombinsyonuna ait ortalama markör sayısı (3.6 markör) ise bu iki yöntemden elde edilen değerlerin arasında olduğu belirlenmiştir. Primer verimliliği açısından polimorfizm gösteren uygulanan tüm primer veya primer kombinasyonlarına (70 primer) ait ortalama markör sayısı ise 4.59 olarak hesaplanmıştır (Çizelge 4.2). 76

100 4. BULGULAR ve TARTIŞMA Yüşa TÜRKELİ Çizelge 4.2. Siirt x PA-18 melezi F1 bitkilerinin ISSR, SRAP ve AFLP analizlerinde uygulanan primerler, toplam markör sayıları, ortalama polimorfik markör sayıları, açılım oranlarına göre markörlerin dağılımı ve yüzdeleri Markör Sistemi ISSR SRAP AFLP Toplam/Ortalama Taramada kullanılan primer sayısı Polimorfik bulunan primer sayısı ve yüzdesi Siirt çeşidinde 1:1 açılım gösteren markör sayısı ve yüzdesi PA-18 genotipinde 1:1 açılım gösteren markör sayısı ve yüzdesi 3:1 açılım gösteren markör sayısı ve yüzdesi Toplam açılım gösteren markör sayısı ve yüzdesi Markör verimliliğini belirleyen primer başına düşen ortalama polimorfik markör sayısı (%22) (%39) (%39) (%100) (%5) (%30) (%65) (%45) (%6) (%28) (%66) (%42) (%9) (%35) (%56) (%13) (%6) (%30) (%64) (%100) Analiz sonucunda elde edilen toplam 321 markörün %45 i Siirt çeşidinde ve %42 si PA-18 genotipinde açılım göstermiştir. 1:1 açılım gösteren markörlerin 144 adedi Siirt çeşidinde belirlenmiş olup, bunların 7 sini ISSR, 44 ünü SRAP ve 93 ünü AFLP markörleri oluşturmuştur. PA-18 genotipinde ise 1:1 açılım veren 8 ISSR, 37 SRAP ve 89 AFLP olmak üzere toplam 134 markör yer almıştır. Ayrıca, 4 ISSR, 15 SRAP ve 24 AFLP içeren toplam 43 markör ise 3:1 açılım oranına sahip olmuştur (Çizelge 4.2). 77

101 4. BULGULAR ve TARTIŞMA Yüşa TÜRKELİ Bu çalışmada yer alan F1 bitkilerinin analizi için ISSR, SRAP ve AFLP yöntemlerinin kullanılması birçok markörün elde edilmesine imkan sağlamıştır. ISSR yöntemi, AFLP yöntemine göre daha hızlı ve kolay uygulanabilen maliyeti düşük bir teknik olup, Doucleff ve ark. (2004) tarafından ISSR markörlerinin SSR lar gibi bitki genomu boyunca düzenli olarak dağılım gösteren, polimorfik markörler olduğu bildirilmiştir. Ancak bu çalışmada uygulanan ISSR primerleri birer bant üreterek diğer yöntemlere göre daha düşük sayıda markör elde edilmiştir. Bu durum uygulama esnasındaki analiz koşullarına ve kullanılan primerlerin polimorfizm güçlerine de bağlanabilir. Nitekim Arcade ve ark. (2000) ISSR primerlerinin, genom üzerinde SSR lar arasında kalan bölgeleri çoğalttığı için açık ve belirgin olmayan karışık bantlar verebileceğini bildirmişlerdir. Bu nedenle analizlerde daha fazla açılım belirleyebilmek için, daha önce test edilmiş olan daha farklı primerler kullanılmalı, ayrıca agaroz jel yerine bantların daha iyi ayrıştırılmasını sağlayan çözünürlüğü yüksek poliakrilamid jellerin kullanılması da daha çok sayıda markörün elde edilmesini sağlayabilir. Diğer taraftan, bu çalışmada uygulanan AFLP tekniği, diğer çalışmalarda elde edilen sonuçlarla karşılaştırıldığında (Cavalcanti ve Wilkinson, 2007; Doucleff ve ark., 2004) ISSR ve SRAP tekniğinden çok daha yüksek sayıda markör elde etme imkanı sağlamıştır. AFLP analizi sonucunda primer kombinasyonu başına açılım gösteren ortalama markör sayısı bakımından SRAP dan 2 kat, ISSR dan ise yaklaşık 4 kat daha fazla sayıda markör tespit edilmiştir. AFLP markörleri genom boyunca rastgele bölgelere dağılarak çoğalma sağladığı için farklı uzunluklarda çok sayıda bant verebilmektedir (Yin ve ark., 2003). Ayrıca kapiler elektroforez yapılan AFLP tekniğinde bir baz farklılığa kadar olan lokuslar ayrılabildiğinden elde edilen markör verimliliği de yüksek olmaktadır. Bununla birlikte, SRAP tekniğinde ise bireylerin genomlarında kromozomlar üzerinde yer alan intron ve ekzon uzunlukları değişken olduğundan temel olarak bu uzunluk farkları polimorfizmin kaynağını oluşturmaktadır (Li ve Quiros, 2001). Bu farklı özelliklerinden dolayı AFLP ve SRAP teknikleri, açılım gösteren toplam ve ortalama markör sayıları bakımından ISSR tekniğine göre çok daha yüksek değerlere sahip olmuştur. Lin ve ark. (2005; 2009), yaptıkları QTL haritalamasında SRAP primerleri uygulayarak genle ilgili 78

102 4. BULGULAR ve TARTIŞMA Yüşa TÜRKELİ DNA bölgelerinin çoğaltılması sonucu daha fazla kantitatif özellik lokusları belirlemişlerdir. SRAP primer kombinasyonları genomun kodlanmış gen bölgelerini hedef alarak çoğalttığından farklı özellik lokuslarının belirlenmesinde daha etkili olduğu araştırıcılar tarafından bildirilmiştir. Ayrıca Gao ve ark. (2008) SRAP markörlerinin, SSR ve ISSR markörleri gibi genellikle tüm genom boyunca dağılım göstermemesine rağmen, SRAP markörlerinden elde edilen bilgilerin morfolojik markörlerle daha uyumlu olduğunu belirtmişler, özellikle de verim, kalite gibi önemli bitkisel karakterlerin QTL lerini belirlemek için etkili olduğunu bildirmişlerdir. Buna karşın AFLP tekniği ise tek bir analizde genom üzerinde rastgele çok sayıda lokus ürettiği için büyük ve kompleks genom analizlerinde ve genetik bağlantı haritalarında markör içeriğinin SRAP dan çok daha üstün olduğu belirtilmektedir (Alwala ve ark., 2008). Bu çalışmada primer kombinasyonu başına düşen polimorfizm gösteren markör sayısı SRAP tekniğinde AFLP den daha az bulunmuş olmasına karşın SRAP tekniği, AFLP tekniğinden iş gücü ve maliyet açısından, daha kolay uygulanabilmesi bakımından avantajlara sahiptir. Bu çalışmada elde edilen sonuçlara göre, AFLP ve SRAP yöntemleri antepfıstığı genomunda çok sayıda sağlıklı ve güvenilir bantlar elde etmek için uygun yöntemlerdir. F1 bitkileri ile yapılan haritalama çalışmasında l:1 açılım gösteren markörler cinsiyetlere göre genom hakkında rekombinasyon farklılıkları ile ilgili daha fazla bilgi içerdiği için haritaların bağlantı gruplarının oluşturulmasında temel markör olarak kullanılmakta ve tercih edilmektedir (Debener ve Mattiesch, 1999). Bazı araştırıcılar (Echt ve ark., 1994; Conner ve ark., 1997; Peace ve ark., 2003) 3:1 açılım gösteren markörlerin iki ayrı ebeveyne ait bağlantı haritası içindeki benzer grupları sıralamak ve haritaları birleştirmek için lokus köprüleri olarak da kullanıldığını ve eğer 3:1 açılım gösteren ortak markörler yeterli sayıda ise bağlantı gruplarının tek bir harita halinde birleştirilmesinin mümkün olabileceğini belirtmişlerdir. Ancak, genel olarak haritalama çalışmalarında 3:1 açılım gösteren ortak markörler, 1:1 açılım gösteren markörlere göre daha düşük oranlarda gerçekleşmesi nedeniyle bunların haritalanmasında zorluklarla karşılaşıldığı bilinmektedir. 79

103 4. BULGULAR ve TARTIŞMA Yüşa TÜRKELİ Bu çalışmada 1:1 açılım gösteren markörler ile her iki ebeveyn için ayrı bağlantı haritası oluşturulmuş ve bu haritalara ait bağlantı grupları içine 3:1 açılım gösteren ortak markörler dahil edilmiştir. Ancak bunların sayısı her iki haritayı birleştirmek için yeterli olmamıştır. Bu çalışma sonuçlarına göre, 1:1 açılım oranına sahip markörler ile oluşturulan iki ayrı bağlantı haritasına ait benzer bağlantı gruplarını sıralamak ve bunları doğru bir şekilde birleştirmek için daha fazla sayıda 3:1 açılım gösteren markörler elde edilmesi gerektiği sonucuna varılmıştır. Buna ek olarak, antepfıstığında bu bağlantı grubu için SSR gibi kodominant markörler geliştirerek genetik bağlantı gruplarının oluşturulması öncelikle yapılması gereken çalışmalar olmalıdır Mendel Açılım Oranlarından Sapma Gösteren Markörler Siirt çeşidi ve PA-18 genotipinin genetik haritalarında Mendel açılımına uygun dağılım gösteren markör sayıları ile bu oranlardan sapma gösteren markör sayıları ve yüzdeleri Çizelge 4.3 ve Çizelge 4.4 de verilmiştir. Beklenen ve gözlenen açılım oranları arasındaki uyum ve bu oranlardan sapma gösteren markörler ki-kare (X 2 ) testi uygulanarak belirlenmiştir. İki ayrı ebeveyn haritalarını oluşturan bağlantı grupları üzerinde dağılım gösteren markörler arasında, 3 tip açılım gözlenmiş ve bunlara bağlı olarak da beklenen oranlardaki sapma gösteren markörler tespit edilmiştir. İstatistiksel analiz sonuçlarına göre, Siirt çeşidinin haritasında açılım gösteren toplam 165 markörün %38 i Mendel açılım oranlarından sapma göstermiştir. Çizelge 4.3. Siirt çeşidinin genetik haritasında açılım gösteren markör sayıları ve açılım yüzdeleri ile sapma gösteren markör sayıları ve yüzdeleri Açılım gösteren markör sayısı Sapma gösteren markör sayısı Açılım oranları ve yüzdesi (%) ve yüzdesi (%) 3:1 21 %13 7 %33 1:1 144 %87 56 %39 TOPLAM %38 80

104 4. BULGULAR ve TARTIŞMA Yüşa TÜRKELİ Bu çalışmada Siirt çeşidinin genetik haritasında 1:1 ve 3:1 açılım gösteren markörlerin yüzde değerleri sırasıyla %87 ve %13 olarak tespit edilmiştir. Bunlardan 1:1 açılıma sahip 144 markörden %39 unun ve 3:1 açılım veren 21 markörden %33 ünün bu oranlardan sapma gösterdiği belirlenmiştir. Siirt çeşidinin haritasına ait ortalama sapma değeri ise %38 olarak bulunmuştur. Buna karşın, açılım gösteren markörlerin %62 sinin ise sapma göstermediği tespit edilmiştir (Çizelge 4.3). F1 populasyonu kullanılarak yapılan haritalama çalışmalarından, Myburg ve ark. (2003), okaliptus türüne ait F1 bitkisinin genetik bağlantı haritalarında Eucalyptus globulus haritasında 1:1 açılım gösteren 365 markörün %30.6 sının ve 3:1 açılım gösteren 153 markörden %32 sinin sapma gösterdiğini bildirmişlerdir. Bununla birlikte Doucleff ve ark. (2004) ise asmada Vitis rupestris haritasında 1:1 açılım gösteren markörden 154 markörün %12 sinde, 3:1 açılım gösteren markörün ise %9 unda sapma tespit etmişlerdir. Ayrıca bir başka araştırmada Kuang ve ark. (1999), Pinus radiata D. Don. çam türünün genetik bağlantı haritasında 1:1 açılım gösteren 172 markörün %34 ünün sapma gösterdiğini, ayrıca Shepherd ve ark. (2003) ise yine çamdaki haritalama çalışmasında 1:1 açılım gösteren markörlerdeki sapma oranını Pinus elliottii haritası için %35 olarak bildirmişlerdir. Foolad ve ark. (1995) ise şeftali x badem melezi F1 populasyonunun analizinde %37 oranında sapma tespit etmişlerdir. Diğer araştırmacılardan Joobeur ve ark. (1998) ile Bliss ve ark. (2002) şeftali x badem melezi haritalama populasyonundaki sapma değerlerini sırasıyla %46 ve %45 olarak belirlemişlerdir. Buna ek olarak Nikaido ve ark. (1999; 2000) ise Japon kadife çamının (Cryptomeria japonica D. Don.) 87 F1 bitkisi ile oluşturdukları Haara çeşidi haritasında 1:1 açılım gösteren 309 marköründen %50.1 inin sapma gösterdiğini belirtmişler, turunçgillerdeki haritalama çalışmasında ise Oliveira ve ark. (2004) 1:1 sapma gösteren markörleri, Pera portakal çeşidinde %61 olarak tespit etmişlerdir. Diğer farklı türlerde yapılan haritalama çalışmalarına göre 1:1 açılım oranında sapma tespit eden araştırıcılardan Alwala ve ark. (2008) şekerkamışı bitkisinin Saccharum officinarum türüne ait haritasında sapma gösteren markörleri %19 olarak belirtmişlerdir. Okaliptus bitkisinde Margues ve ark. (1998), toplam 81

105 4. BULGULAR ve TARTIŞMA Yüşa TÜRKELİ 606 markörden %15 inin sapma gösterdiğini, Yin ve ark. (2003) ise Pinus sylvestris L. çam türünün anne (AC3065) genotipine ait haritasında 1:1 sapma gösteren markörleri %10.6 olarak tespit etmişlerdir. Bu çalışmada Siirt çeşidinin haritasında 3:1 açılım oranından sapma gösteren markörlerin yüzdesi, Myburg ve ark. (2003) ın çalışmasında belirttiği değere yaklaşık benzer bulunmuş, ancak Doucleff ve ark. (2004) ın bulduğu değerden ise daha yüksek olarak belirlenmiştir. Bununla birlikte, bu çalışmada Siirt çeşidinin haritasında 1:1 açılım oranından sapma gösteren markörlerin yüzdesi, bahsedilen araştırmacılardan Kuang ve ark. (1999), Shepherd ve ark. (2003) ile Foolad ve ark. (1995) ın sonuçlarına yaklaşık olarak benzer bulunmuştur. Bu çalışmada elde edilen sapma değerleri Alwala ve ark. (2008) ın şekerkamışında, Margues ve ark. (1998) ın okaliptusda ve Yin ve ark. (2003) ın çamda buldukları değerlerden ve ayrıca diğer bir okaliptus türü olan Eucalyptus urophylla haritasında %9 (Verhaegen ve Plomion, 1996), çam bitkisine ait bir tür olan Pinus palustris haritasında %13 (Kubisiak ve ark., 1995), meşe bitkisinin bir türü olan Quercus robur haritasında %18 (Barreneche ve ark., 1998), kavak bitkisine ait türlerden Populus alba da %18 (Yin ve ark., 2001) ve pikanın Pawnee haritasında ise %8.5 (Beedanagari ve ark., 2005) olarak bildirdikleri sonuçlardan daha yüksek olarak tespit edilmiştir. Buna karşın, diğer araştırmacılardan Joobeur ve ark. (1998) ve Bliss ve ark. (2002) ın buldukları değerler ile, Nikaido ve ark. (2000) ve Oliveira ve ark. (2004) ın belirttikleri yüksek sapma değerlerinden ise daha düşük olarak tespit edilmiştir. Bu sonuçlarda görülen farklılıklar muhtemelen kullanılan türlere ve çeşitlere ait bitki materyallerinin genetik yapısındaki farklılıklardan kaynaklamış olduğu düşünülmektedir. Ayrıca bu farklılıklar, farklı populasyonlarda gerçekleşen değişik seviyedeki seleksiyon baskısından da kaynaklanabilir. Bazı melez bireylere ait DNA izolasyon kalitesi de buna sebep olabilir. 82

106 4. BULGULAR ve TARTIŞMA Yüşa TÜRKELİ Çizelge 4.4. PA-18 genotipinin genetik haritasında açılım gösteren markör sayıları ve açılım yüzdeleri ile sapma gösteren markör sayıları ve yüzdeleri Açılım gösteren markör sayısı Sapma gösteren markör Açılım oranları ve yüzdesi (%) sayısı ve yüzdesi (%) 3:1 1:1 TOPLAM %14 13 % %86 81 %60-94 %60 Bu çalışmada PA-18 genotipinin haritasında 1:1 ve 3:1 oranında açılım gösteren markörler sırasıyla %86 ve %14 olarak tespit edilmiştir. PA-18 genotipinde 1:1 açılım oranına sahip 134 markörün %60 ının ve 3:1 açılım gösteren 22 markörün %59 unun bu oranlardan sapma gösterdiği kaydedilmiş olup ortalama sapma değeri ise %60 olarak tespit edilmiştir. Açılım gösteren markörlerin %40 ında ise herhangi bir sapma belirlenmemiştir (Çizelge 4.4). Diğer türlerin F1 populasyonu ile yapılan haritalama çalışmalarında, Myburg ve ark. (2003), okaliptusda yaptıkları çalışmada tozlayıcı olarak yer alan Eucalytus grandis haritasında 1:1 oranına sahip 457 markörün %28.5 inin ve 3:1 açılım gösteren 120 markörün %25.8 inin sapma gösterdiğini bildirmişlerdir. Ayrıca Doucleff ve ark. (2004) ise asmada Vitis arizonica haritasında 1:1 açılım oranına sahip 144 markörden %6 sının ve 3:1 açılım gösteren markörün %10 unun sapma gösterdiğini belirtmişlerdir. Bunlarla birlikte 1:1 açılım oranından sapma tespit eden araştırıcılardan Nikaido ve ark. (2000) Japon kadife çamında (Cryptomeria japonica D. Don.) tozlayıcı olarak kullanılan Kumotooshi çeşidi haritasında 1:1 açılım gösteren 303 markörün %49.5 inin, Shepherd ve ark. (2003), yine çamda F1 bireylerine ait haritalama çalışmasında Pinus caribaea haritasındaki markörlerin %30 unun, ayrıca Oliveira ve ark. (2004) ise turunçgillerde Cravo mandarin çeşidi haritasında markörlerin %26.4 ünün sapma gösterdiğini belirtmişlerdir. Diğer araştırıcılar tarafından farklı türlerde yapılan çalışmalarda Yin ve ark. (2003), Pinus sylvestris 83

107 4. BULGULAR ve TARTIŞMA Yüşa TÜRKELİ çam türünün F1 bitkisini oluşturan baba (Y3088) ebeveyn çeşidi haritasında 1:1 sapma gösteren markörleri %8.1 olarak tespit etmişlerdir. Şekerkamışı bitkisinin Saccharum spontaneum türüne ait haritasında %14 (Alwala ve ark., 2008), okaliptusun Eucalyptus grandis haritasında %8 (Verhaegen ve Plomion, 1996), çamın pinus elliottii haritasında %14 (Kubisiak ve ark., 1995), meşede Quercus robur türüne ait tozlayıcı çeşidin haritası için %18 (Barreneche ve ark., 1998), kavakda Populus alba haritasında %18 ve Populus adenopoda haritasında %13 (Yin ve ark., 2001), pikanda tozlayıcı olarak yer alan Elliot haritasında ise %7 (Beedanagari ve ark., 2005) değerlerinde sapma tespit edildiği bildirilmiştir. Bu çalışmada PA-18 genotipinin genetik haritasında 3:1 açılım gösteren markörlerde belirlenen sapma değerleri, Myburg ve ark. (2003) ile Doucleff ve ark. (2004) ın belirttikleri değerlerden daha yüksek olarak elde edilmiştir. Bununla birlikte 1:1 açılım oranından sapma gösteren yüzde değerleri ise Nikaido ve ark. (2000) ın bildirdiklerine yaklaşık olarak benzer bulunmuş, ancak Myburg ve ark. (2003), Shepherd ve ark. (2003) ile Oliveira ve ark. (2004) ın değerlerinden yaklaşık 2 kat, Barreneche ve ark. (1998) ve Yin ve ark. (2001) ın değerlerinden yaklaşık 3 kat, Alwala ve ark. (2008) ve Kubisiak ve ark. (1995) ın buldukları sonuçlardan 4 kat, Yin ve ark. (2003), Verhaegen ve Plomion (1996) ile Beedanagari ve ark. (2005) ın sonuçlarından yaklaşık 7 kat, Doucleff ve ark. (2004) ın sonuçlarından ise 10 kat daha yüksek olarak tespit edilmiştir. Bu çalışmaya ait PA-18 genotipinin haritasını oluşturan markörlerin sapma değerlerinin yüksek olduğu belirlenmiştir. Bu durum, PA-18 genotipinde genetik yapıdaki yüksek heterozigotluk seviyesine bağlı olabilir. Çünkü homolog kromozomlar üzerindeki heterozigot lokus sayısı kromatitler arasında farklı olduğunda yüksek polimorfizm ve açılım seviyesine bağlı olarak daha yüksek sapma görülmesine neden olabilir. Ayrıca bazı gametik kombinasyonlar ölümcül etki yapabilir yada embriyo aşamasında ölüme sebep olabilir. Buna göre gamet seleksiyonu sonucu PA-18 genotipinden gelen bazı kromozom segmentlerini taşıyan bireylerin oransal olarak daha yüksek olmasına bağlı olarak yüksek sapma olabileceği düşünülebilir. Ayrıca, bazı bireylerden elde edilen DNA kalitesi de sonuçları etkileyebilir. 84

108 4. BULGULAR ve TARTIŞMA Yüşa TÜRKELİ Bu konuda çalışan araştırıcıların çoğu tarafından F1 populasyonuna ait haritalama çalışmalarında açılım gösteren markörlerde genel olarak sapma değerlerinin görüldüğü belirtilmesine rağmen, Grattapaglia ve Sederoff (1994) E. grandis ve E. urophylla okaliptus türlerine ait haritalama çalışmasında hiçbir önemli sapmanın görülmediğini açıklamışlardır. Diğer taraftan, genetik bağlantı haritaları oluşturulurken bazı araştırıcılar tarafından, örneğin okaliptusda (Grattapaglia ve Sederoff, 1994; Marques ve ark., 1998), kestanede (Casasoli ve ark., 2001) ve turunçgilde (Weber ve ark., 2003) yapılan çalışmalarda sapma gösteren bütün markörler uzaklaştırılmış ve genetik haritaya dahil edilmemiştir. Buna karşın birçok araştırıcı ise (Cai ve ark., 1994; Luro ve ark., 1994; Crouzillat ve ark., 1996; Kijas ve ark., 1997; Cristofani ve ark., 1999; Oliveira ve ark., 2004) çalışmalarında genetik bağlantı haritalarını oluştururken, beklenen Mendel açılımı gösteren markörler ile bu oranlardan sapma gösteren markörleri birlikte kullandıklarını bildirmişlerdir. Ayrıca, birçok araştırıcı da sapma gösteren markörlerin, haritaların bağlantı grupları üzerinde doğru bir şekilde yerleşerek önemli bilgi sağladığını belirtmişlerdir. Araştırıcılar bu markörleri zeytinde (La Rosa ve ark., 2003), elmada (Liebhard ve ark., 2003a) ve okaliptusda (Myburg ve ark., 2003) yaptıkları haritalamada başarıyla uygulamışlardır. Bazı araştırıcılar (Jarrel ve ark., 1992; Cervera ve ark., 2001; Doucleff ve ark., 2004) ise sapma gösteren markörlerin dahil edilmemesi durumunda bazı bağlantı gruplarının kaybolacağını ve ayrıca bunların bağlantı grupları içine yerleştirildiklerinde ise diğer markörlerin sırasını ve uzunluklarını değiştirebileceğini belirtmişlerdir. Bununla birlikte markör kalitesi ile markörlerdeki sapma arasında bir ilişkinin olmadığı belirtilmiş, ancak markör kalitesinin diğer markörler ile bağlantıyı belirleyen bir faktör olduğu bildirilmiştir (Shepherd ve ark., 2003). Açılım gösteren markörlerdeki sapmanın sebebini açıklamak üzere birçok çalışmada farklı görüşler bildirilmiştir; Bazı araştırıcılar (Bradshaw ve Stettler, 1994; Liebhard ve ark., 2003a,b) genoma ait bir kromozom parçasının veya kromozom üzerinde bazı allellerin kaybolması sonucu hem melez bireylerin hem de gametlerin canlı kalmasına veya ölmesine etki eden veya melez bireylerde bazı özelliklerin açığa çıkmasına sebep olan yeni allel kazanımlarının da biyolojik 85

109 4. BULGULAR ve TARTIŞMA Yüşa TÜRKELİ faktörlere bağlı olarak markörlerde sapma görülmesine neden olabileceği belirtilmiştir. Bu açıklamalara ek olarak, melezlemede kullanılan ebeveynler arasındaki kromozomların yeniden düzenlenmesinin bazen çoklu kromozom oluşumlarına ve dolayısıyla sapmaya sebep olduğu, ayrıca bir markörün iki ayrı lokusda temsil edilmesi sonucu oluşan lokus duplikasyonları ile de açılımda sapmanın görülebileceği bildirilmiştir (Cavalcanti ve Wilkinson, 2007). Bunlara ek olarak, yapılan analizler ve skorlamalar esnasında oluşan teknik sorunlar da markörlerdeki sapmanın nedeni olabilmektedir. Yapılan bir çalışmada Nikaido ve ark. (1999), Japon kadife çamı (Cryptomeria japonica) haritası içinde sapma gösteren markörlerin yaklaşık %30 unun belirgin olmayan karmaşık DNA bantları ile ilgili olduğunu belirtmiştir. Bu durum, Hansen ve ark. (1999) tarafından yapılan çalışmada belirlenen markörlerde de benzer bulunmuştur. Ayrıca Shepherd ve ark. (2003), bazı markörlerde sapma görülmesinin, biyolojik sebepleri olmasına rağmen, yüksek oranda sapma görülmesini ise melez uyuşmazlığı ile açıklanabileceğini belirtmiştir. Bunun kanıtını ise arazi denemelerindeki düşük çimlenme oranları ile çok sayıdaki anormal büyüme ve gelişme gösteren bireylere dayandırmışlardır. Ayrıca araştırıcılar, melez uyuşmazlığının, zigot öncesi ve sonrasında türler arası gen akışındaki engeller nedeniyle F1 bireyleri içinde de gerçekleşebileceğini bildirmişler ve bunun sapmaya neden olabileceğini belirtmişlerdir. Bu görüşleri destekleyen bazı araştırıcılar (Kuang ve ark., 1999; Cervera ve ark., 2001; Oliveira ve ark., 2004) ise sapma gösteren markörlerin genetik yapısının, embriyo oluşumu esnasında gerçekleşen gametik ve zigotik seleksiyon sonucu anormalliklerin gözlenmesi ile de belirlenebileceğini açıklamışlardır. Ayrıca Guerra (1993) ise kromozomlar içinde yüksek miktarda heterokromatin bölgelerin bulunmasının, bağlantı grupları içinde belli bölgelerde yoğunlaşan markörlere eğilimin olması ile de sapma gösteren markörlerin sebebinin kısmen açıklanabileceğini bildirmişdir. Bazı araştırmacılar ise (Marques ve ark., 1998; Nikaido ve ark., 2000), biyolojik faktörlerden kaynaklanan sapmanın, bazı çam türlerinde tespit edildiği gibi öldürücü (lethal) genlerin etkisi ile de olabileceğini belirtmişlerdir. Bunların yanında diğer bazı araştırıcılar (Sorensen, 1969; Ohba, 1979; Ohba ve ark., 1981) çalışmalarında sapma üzerinde etkili olan öldürücü (lethal) genlerin varlığından 86

110 4. BULGULAR ve TARTIŞMA Yüşa TÜRKELİ bahsetmişlerdir. Ayrıca, Populus trichocarpa kavak türünde bir öldürücü (lethal) allelin bazı markörlerin sapmasında etkili olduğu (Bradshaw ve Stettler, 1994) ve Japon kadife çamında (Cryptomeria japonica D. Don.) ise en az 12 öldürücü (lethal) genin tespit edildiği (Kuramoto, 1997) bildirilmiştir. Ancak Zamir ve Tadmor (1986) ise bu konuyu farklı bir şekilde açıklamış olup bir genetik haritaya ait markörlerde sapma görülmesinin, ebeveynlerdeki genetik yapının farklılığı ve heterozigotluğun seviyesiyle bağlantılı olduğuna işaret etmişlerdir. Araştırıcılar tür içi melezlerde görülen düşük sapma seviyesinin ise ebeveynler arasında genetik olarak yakın kalıtım derecesi ile ilişkili olabileceğini açıklamışlardır. Bir çok araştırıcı tarafından farklı türlere ait haritalama çalışmalarında bildirilen sonuçlarla değerlendirildiğinde, bu çalışmada Siirt ve PA-18 haritalarında tespit edilen yüksek sapma oranlarının sebebi konusunda tam bir açıklama yapmak zordur. Ancak, açıktan tozlanan heterozigot seviyesi yüksek bir çok bitki türünde yapılmış çalışmalarda da belirtildiği gibi bu çalışmada tespit edilen sapmanın, muhtemelen gametik ve zigotik seleksiyonlar ile melez uyuşmazlığına bağlı biyolojik faktörlerin etkisine, ayrıca genomda bilinmeyen öldürücü (lethal) genlerin varlığına veya bunun yanısıra, analiz ve skorlama hatası gibi teknik sorunlara da bağlı olabileceği düşünülmektedir. Ayrıca markörlerde görülen yüksek sapma oranının daha yüksek heterozigotluk seviyesiyle ilişkili olabileceği de söylenebilir. Bu çalışmada antepfıstığının genetik bağlantı haritalarında tespit edilen sapmanın sebebinin biyolojik veya genetik yapıdaki değişik mekanizmalardan veya öldürücü (lethal) genlerden mi, yoksa diğer teknik faktörlerden mi olduğunu anlayabilmek için gelecekte bu konuda daha fazla çalışma yapılması genetik yapının daha iyi anlaşılması ve tanımlanması bakımından büyük katkı sağlayacaktır Antepfıstığında Genetik Bağlantı Gruplarının Oluşturulması Bu çalışmada AFLP, SRAP ve ISSR markörleri ile double pseudo-testcross haritalama metodu (Grattapaglia ve Sederoff, 1994; Weeden ve ark., 1994) kullanılarak Siirt çeşidi ve PA18 genotipine ait iki ayrı genetik bağlantı haritası 87

111 4. BULGULAR ve TARTIŞMA Yüşa TÜRKELİ oluşturulmuştur. Elde edilen markör verileri, Joinmap 4.0 (Van Ooijen, 2004) bilgisayar programı kullanılarak analiz edilmiştir Siirt Çeşidi Genetik Haritasının Bağlantı Grupları Siirt çeşidinin genetik haritası için kaydedilen 165 markör ile 17 bağlantı grubu oluşturulmuştur. Çizelge 4.5 den Çizelge 4.21 e kadar olan çizelgeler Siirt çeşidinin genetik haritasını oluşturan 17 bağlantı grubuna (S1-S17) ait bilgileri içermektedir. Siirt çeşidinin genetik haritasını oluşturan 17 bağlantı grubu Şekil 4.1 den Şekil 4.17 e kadar olan şekillerde gösterilmiştir Siirt Çeşidi Haritasının 1. Bağlantı Grubu (S1) Siirt çeşidi haritasının 1. bağlantı grubu üzerinde yer alan markörler ile markör uzaklıkları, açılım oranları, ortalama ki-kare katkısı, ki-kare değerleri ve önem seviyeleri Çizelge 4.5 de verilmiştir. Siirt çeşidi genetik haritasının birinci bağlantı grubu üzerinde 8 AFLP, 10 SRAP ve 2 ISSR olmak üzere toplam 20 markör yer almıştır. Bu gruba ait markörlerden sadece ISSR markörü 3:1, diğer markörler ise 1:1 Mendel oranlarına uyan açılım göstermişlerdir. Bunlardan 1:1 açılım oranına sahip toplam 12 markör ise farklı önem seviyelerinde sapma göstermiştir. Markörlere ait ki-kare değerleri 0.05 ile arasında değişmiş ve ortalama ki-kare katkısı en düşük 0.013, en yüksek değerleri arasında belirlenmiş olup ortalaması ise olarak kaydedilmiştir (Çizelge 4.5). 88

112 4. BULGULAR ve TARTIŞMA Yüşa TÜRKELİ Çizelge 4.5. Siirt çeşidi genetik haritasının 1. bağlantı grubuna (S1) ait markörler ve markör uzaklıkları (cm), açılım oranları, ortalama ki-kare katkısı, ki-kare değerleri ve önem seviyeleri No Markörler Markör uzaklıkları (cm) Açılım oranları Ortalama ki-kare katkısı Ki-kare değerleri Önem seviyesi (p) 1 AFLPE42M42 435b : AFLPE42M : AFLPE39M70 418b : **** 4 ISSR : *** 5 AFLPE39M54 120b : ** 6 SRAPMe4Em2 089a : SRAPMe1Em8 307a : ** 8 AFLPE39M : ISSR : SRAPMe4Em : ** 11 AFLPE42M : **** 12 SRAPMe6Em : **** 13 AFLPE42M : * 14 AFLPE39M : * 15 SRAPMe9Em : SRAPMe9Em : SRAPMe9Em : * 18 SRAPMe10Em : * 19 SRAPMe9Em : SRAPMe4Em : *** Ortalama (*) p<0.05, (**) p<0.01, (***) p<0.005, (****) p<0.001 Şekil 4.1 de verilen Siirt çeşidi genetik haritasının 1. bağlantı grubunun toplam uzunluğu cm olarak hesaplanmış olup dağılım gösteren markörler arası ortalama uzaklık 8.02 cm olmuştur. Markörler arasında 20 cm den daha büyük iki boşluk belirlenmiş, bunlardan en geniş boşluk SRAPMe9Em2 070 ile SRAPMe4Em3 307 markörleri arasında 29.7 cm ve diğeri AFLPE39M ile SRAPMe9Em2 075 markörleri arasında 24.8 cm olarak kaydedilmiştir. Ayrıca, birinci bağlantı grubu üzerinde belirlenen diğer boşluklar ise 17.2 cm ve 16.8 cm olarak sırasıyla SRAPMe6Em4 800 ile AFLPE42M ve AFLPE42M ile AFLPE39M70 418b markörleri arasında belirlenmiştir. Aynı grup üzerinde yer alan SRAPMe9Em2 075 ile SRAPMe9Em2 052 ve SRAPMe9Em2 055 ile SRAPMe10Em2 291 markörleri ise aynı lokusta bağlantı yapmışlardır (Şekil 4.1). 89

113 4. BULGULAR ve TARTIŞMA Yüşa TÜRKELİ S1 0,0 6,0 AFLPE42M42435b AFLPE42M ,8 30,4 32,1 33,5 33,6 44,4 45,8 55,8 60,7 72,3 AFLPE39M70418b ISSR AFLPE39M54120b SRAPMe4Em2089a SRAPMe1Em8307a AFLPE39M65317 ISSR SRAPMe4Em2173 AFLPE42M36425 SRAPMe6Em ,5 93,3 AFLPE42M41165 AFLPE39M ,1 120,2 130,7 SRAPMe9Em2075 SRAPMe9Em2052 SRAPMe9Em2055 SRAPMe10Em2291 SRAPMe9Em ,4 SRAPMe4Em3307 Şekil 4.1. Siirt çeşidi genetik haritasının, 1. bağlantı grubu (S1). Şekilde soldaki rakamlar cm olarak markörler arasındaki mesafeyi göstermektedir. 90

114 4. BULGULAR ve TARTIŞMA Yüşa TÜRKELİ Siirt Çeşidi Haritasının 2. Bağlantı Grubu (S2) Çizelge 4.6 da Siirt çeşidi genetik haritasının ikinci bağlantı grubu üzerinde dağılım gösteren markörler ile ilgili bulgular verilmiştir. Çizelge 4.6. Siirt çeşidi genetik haritasının 2. bağlantı grubuna (S2) ait markörler ve markör uzaklıkları (cm), açılım oranları, ortalama ki-kare katkısı, ki-kare değerleri ve önem seviyeleri No Markörler Markör uzaklıkları (cm) Açılım oranları Ortalama ki-kare katkısı Ki-kare değerleri Önem seviyesi (p) 1 SRAPMe05Em : SRAPMe10Em : AFLPE42M : AFLPE42M : * 5 AFLPE42M : AFLPE42M : AFLPE39M : ** 8 SRAPMe4Em : AFLPE39M : AFLPE42M : SRAPMe1Em : AFLPE39M : AFLPE42M : AFLPE39M : AFLPE39M : AFLPE39M : **** 17 AFLPE39M : **** 18 AFLPE42M : **** 19 AFLPE42M : ** 20 AFLPE42M : ** 21 AFLPE42M : **** 22 AFLPE39M : Ortalama (*) p<0.05, (**) p<0.01, (****) p<0.001 Siirt çeşidi haritasının 2. bağlantı grubu üzerinde 18 AFLP, 4 SRAP markörü olmak üzere toplam 22 markör belirlenmiştir. Bunlardan sadece 1 markör (AFLPE39M ) 3:1 açılım oranına sahip olmuş, diğer 21 markör ise 1:1 Mendel oranına uyan açılım göstermiştir. Bunlara ait farklı önem seviyelerinde sapma gösteren markör sayısı ise 8 olarak belirlenmiştir. Bu markörlerin ki-kare değerleri 91

115 4. BULGULAR ve TARTIŞMA Yüşa TÜRKELİ 0.01 ile arasında değişim göstermiş, ortalama ki-kare katkısı ise ile değerleri arasında yer almıştır (Çizelge 4.6). S2 0,0 19,7 21,0 24,5 25,2 26,9 27,9 30,3 40,9 41,3 42,6 57,3 58,9 60,4 67,1 SRAPMe5Em10480 SRAPMe10Em41035 AFLPE42M36144 AFLPE42M42324 AFLPE42M48401 AFLPE42M48063 AFLPE39M41109 SRAPMe4Em7217 AFLPE39M67168 AFLPE42M72207 SRAPMe1Em8230 AFLPE39M54490 AFLPE42M48203 AFLPE39M56211 AFLPE39M63243 AFLPE39M56479 AFLPE39M63244 AFLPE42M48414 AFLPE42M72192 AFLPE42M69224 AFLPE42M ,4 AFLPE39M32247 Şekil 4.2. Siirt çeşidi genetik haritasının, 2. bağlantı grubu (S2). Şekilde soldaki rakamlar cm olarak markörler arasındaki mesafeyi göstermektedir. Siirt çeşidi haritasının 2. bağlantı grubunun toplam uzunluğu 96.4 cm ve markörler arası ortalama uzaklık ise 4.38 cm olarak belirlenmiştir. Bu grup üzerinde markörler arası en geniş boşluk AFLPE42M ile AFLPE39M markörleri arasında 29.3 cm olarak tespit edilmiştir. Buna ilaveten belirlenen diğer boşluklar ise SRAPMe5Em ile AFLPE42M36 144, AFLPE39M ile AFLPE39M ve AFLPE42M ile SRAPMe1Em8 230 markörleri arasında sırasıyla 19.7 cm, 14.7 cm ve 10.6 cm olarak kaydedilmiştir. Belirlenen markörlerden SRAPMe5Em ile SRAPMe10Em4 1035, AFLPE42M ile AFLPE42M48 063, AFLPE39M ile AFLPE42M ve AFLPE42M ile AFLPE42M markörleri 2. bağlantı grubu üzerinde aynı lokuslarda bağlantı yapmışlardır (Şekil 4.2). 92

116 4. BULGULAR ve TARTIŞMA Yüşa TÜRKELİ Siirt Çeşidi Haritasının 3. Bağlantı Grubu (S3) Çizelge 4.7 de Siirt genetik bağlantı haritasının 3. bağlantı grubu üzerinde dağılım gösteren markörler ile uzaklıkları, ortalama ki-kare katkısı, ki-kare değerleri ve önem seviyeleri verilmiştir. Çizelge 4.7. Siirt çeşidi genetik haritasının 3. bağlantı grubuna (S2) ait markörler ve markör uzaklıkları (cm), açılım oranları, ortalama ki-kare katkısı, ki-kare değerleri ve önem seviyeleri No Markörle Markör uzaklıkları (cm) Açılım oranları Ortalama ki-kare katkısı Ki-kare değerleri Önem seviyesi (p) 1 AFLPE39M : SRAPMe5Em : AFLPE39M : AFLPE39M : SRAPMe1Em : SRAPMe4Em : SRAPMe10Em : AFLPE39M : * 9 AFLPE42M : Ortalama (*) p<0.05 Siirt haritasının 3. bağlantı grubu toplam 87.9 cm uzunluğunda 5 AFLP ve 4 SRAP olmak üzere toplam 9 markör içermiştir. Bu bağlantı grubu üzerindeki markörlerin tamamı 1:1 Mendel oranına uyan açılım göstermişlerdir. Ancak bunlardan sadece AFLPE39M markörü %5 önem seviyesinde sapma göstermiştir. Markörlerin ortalama ki-kare katkısı ile ve ki-kare değerleri ise 1.11 ile 3.60 değerleri arasında değişiklik göstermişlerdir (Çizelge 4.7). Toplam 87.9 cm uzunluğa sahip 3. bağlantı grubu üzerindeki markörlerin dağılımı Şekil 4.3 de gösterilmiş olup markör yoğunluğunu belirleyen markörler arası ortalama uzaklık 9.8 cm olarak kaydedilmiştir. Bu grup üzerinde 20 cm den daha büyük SRAPMe10Em ile AFLPE39M markörleri arasında 22.8 cm genişliğinde 1 boşluk belirlenmiştir. İki markör arasında belirlenen diğer boşluklar ise AFLPE39M ile SRAPMe1Em4 369, SRAPMe5Em5 281 ile AFLPE39M markörleri arasında sırasıyla 18 cm ve 15.4 cm olarak tespit edilmiştir. Bu gruba ait AFLPE39M ile AFLPE39M ve SRAPMe1Eme4 369 ile SRAPMe4Em7 124 markörleri aynı lokusda bağlanmışlardır (Şekil 4.3). 93

117 4. BULGULAR ve TARTIŞMA Yüşa TÜRKELİ S3 0,0 5,7 21,1 AFLPE39M36321 SRAPMe5Em5281 AFLPE39M58165 AFLPE39M ,1 52,9 SRAPMe1Em4369 SRAPMe4Em7124 SRAPMe10Em ,7 87,9 AFLPE39M56348 AFLPE42M48261 Şekil 4.3. Siirt çeşidi genetik haritasının, 3. bağlantı grubu (S3). Şekilde soldaki rakamlar cm olarak markörler arasındaki mesafeyi göstermektedir Siirt Çeşidi Haritasının 4. Bağlantı Grubu (S4) Dördüncü bağlantı grubu 6 AFLP, 4 SRAP ve 1 ISSR markörleri olmak üzere toplam 11 markör içermiştir. Bu grup üzerinde AFLPE39M ve AFLPE42M73 260a markörleri 3:1 oranına, diğer 9 markör ise 1:1 oranına uyan açılıma sahip olmuştur. Bu bağlantı grubuna ait 8 adet markör ise farklı önem seviyelerinde beklenen açılım oranlarından sapma göstermiştir. Ki-kare değerleri 0.18 ile 9.58 arasında değişmiş ve ortalama ki-kare katkısı ise 0 ile değerleri arasında kaydedilmiştir (Çizelge 4.8). Dördüncü bağlantı grubu üzerinde yer alan markörlerin dağılımı Şekil 4.4 de gösterilmiştir. Toplam 75.0 cm uzunluğa sahip bu grup üzerinde 11 markör belirlenmiş, markörler arası ortalama uzaklık ise 6.82 cm olarak bulunmuştur. 20 cm den daha geniş 1 boşluk belirlenmiş olup AFLPE39M ile AFLPE42M markörleri arasında 20.8 cm olarak tespit edilmiştir. Diğer boşluklar ise 16.4 cm ve 15.7 cm genişliğinde sırasıyla SRAPMe5Em7 169 ile AFLPE39M ve ISSR ile SRAPMe10Em4 160 markörleri arasında kaydedilmiştir. 94

118 4. BULGULAR ve TARTIŞMA Yüşa TÜRKELİ Çizelge 4.8. Siirt çeşidi genetik haritasının 4. bağlantı grubuna (S4) ait markörler ve markör uzaklıkları (cm), açılım oranları, ortalama ki-kare katkısı, ki-kare değerleri ve önem seviyeleri No Markörler Markör uzaklıkları (cm) Açılım oranları Ortalama ki-kare katkısı Ki-kare değerleri Önem seviyesi (p) 1 ISSR : ** 2 SRAPMe10Em : **** 3 SRAPMe1Em : ** 4 AFLPE39M : SRAPMe5Em : SRAPMe6Em : AFLPE39M : ** 8 AFLPE39M : ** 9 AFLPE42M73 260a : ** 10 AFLPE39M : ** 11 AFLPE42M : **** Ortalama (**) p<0.01, (****) p<0.001 Dördüncü bağlantı grubunda bulunan markörlerden SRAPMe5Em7 169 ile SRAPMe6Em4 241 ve AFLPE39M ile AFLPE42M73 260a markörleri aynı lokusta bağlantı yapmışlardır (Şekil 4.4). S4 0,0 15,7 17,1 28,6 29,5 45,9 49,8 54,2 ISSR SRAPMe10Em4160 SRAPMe1Em4378 AFLPE39M36454 SRAPMe5Em7169 SRAPMe6Em4241 AFLPE39M58314 AFLPE39M42213 AFLPE42M73260a AFLPE39M ,0 AFLPE42M73257 Şekil 4.4. Siirt çeşidi genetik haritasının, 4. bağlantı grubu (S4). Şekilde soldaki rakamlar cm olarak markörler arasındaki mesafeyi göstermektedir. 95

119 4. BULGULAR ve TARTIŞMA Yüşa TÜRKELİ Siirt Çeşidi Haritasının 5. Bağlantı Grubu (S5) Siirt çeşidi genetik haritasının 5. bağlantı grubu üzerinde dağılım gösteren markörler ile markör uzaklıkları, ortalama ki-kare katkısı, ki-kare değerleri ve önem seviyelerine ait bulgular Çizelge 4.9 da verilmiştir. Buna göre tamamını AFLP markörlerinin oluşturduğu toplam 7 markör içeren 5. bağlantı grubunda SRAP ve ISSR markörleri yer almamıştır. Markörlerin tümü 1:1 oranlarına uyan açılım göstermiş olup 4 markör ise farklı önem seviyelerinde sapma göstermiştir. Markörlerin ki-kare değerleri 0.01 ile 9.38 değerleri arasında değişmiş ve ortalama ki-kare katkısı ile değerleri arasında değişmiş ve ortalaması ise olarak hesaplanmıştır (Çizelge 4.9). Çizelge 4.9. Siirt çeşidi genetik haritasının 5. bağlantı grubuna (S5) ait markörler ve markör uzaklıkları (cm), açılım oranları, ortalama ki-kare katkısı, kikare değerleri ve önem seviyeleri No Markörler Markör uzaklıkları (cm) Açılım oranları Ortalama ki-kare katkısı Ki-kare değerleri Önem seviyesi (p) 1 AFLPE39M : **** 2 AFLPE39M : ** 3 AFLPE39M : **** 4 AFLPE42M : **** 5 AFLPE42M : AFLPE42M : AFLPE42M : Ortalama (**) p<0.01, (****) p<0.001 Şekil 4.5 de verilen Siirt haritasının 5. bağlantı grubu toplam 82.8 cm uzunluğunda tespit edilmiş ve markörler arası ortalama uzaklık ise cm olarak hesap edilmiştir. 5. bağlantı grubu üzerinde 20 cm den büyük AFLPE39M ile AFLPE39M markörleri arasında 41.4 cm genişliğinde 1 adet boşluk bulunmuştur. Bu grup üzerindeki diğer boşluk ise 16.4 cm genişliğinde AFLPE42M ile AFLPE42M markörleri arasında tespit edilmiş olup AFLPE42M ile AFLPE42M markörleri aynı lokusta bağlantı yapmışlardır (Şekil 4.5). 96

120 4. BULGULAR ve TARTIŞMA Yüşa TÜRKELİ S5 0,0 AFLPE39M ,4 48,7 55,2 71,6 82,8 AFLPE39M65118 AFLPE39M65095 AFLPE42M69061 AFLPE42M70474 AFLPE42M69102 AFLPE42M69116 Şekil 4.5. Siirt çeşidi genetik haritasının, 5. bağlantı grubu (S5). Şekilde soldaki rakamlar cm olarak markörler arasındaki mesafeyi göstermektedir Siirt Çeşidi Haritasının 6. Bağlantı Grubu (S6) Siirt çeşidi genetik haritasının 6. bağlantı grubu üzerinde yer alan markörler ile markörler arası uzaklıklar, ortalama ki-kare katkısı, ki-kare değerleri ve önem seviyeleri Çizelge 4.10 da verilmiştir. Siirt çeşidi genetik haritasına ait 6. bağlantı grubu üzerinde 4 AFLP ve 3 SRAP markörleri olmak üzere 7 markör belirlenmiştir. Bunlardan 2 AFLP ve 1 SRAP markörü 3:1 açılımı, diğer 4 markör ise 1:1 açılımı göstermiş olup, bu gruba ait 1 AFLP (AFLPE42M ) ve 1 SRAP (SRAPME1EM8 379 ) olmak üzere toplam 2 markör ise beklenen oranlardan sapma göstermiştir. Ortalama ki-kare katkısı olup, ile değerleri arasında belirlenmş ve ki-kare değerleri ise 0.01 ile 6.70 arasında değişiklik göstermiştir (Çizelge 4.10). Altıncı bağlantı grubu Şekil 4.6 da gösterilmiş olup bu grubun toplam uzunluğu 62.8 cm olarak tespit edilmiştir. Grup üzerinde markörler düzenli olarak sıralanmış ve markörler arasındaki ortalama uzaklık 8.9 cm olarak hesaplanmıştır. İki markör arasındaki en geniş boşluklar 15.7, 15.5 ve 13.3 cm olarak sırasıyla 97

121 4. BULGULAR ve TARTIŞMA Yüşa TÜRKELİ SRAPMe4Em2 377 ile SRAPMe4Em3 364, AFLPE42M ile AFLPE39M ve SRAPMe4Em3 364 ile AFLPE42M markörleri arasında belirlenmiştir (Şekil 4.6). Çizelge Siirt çeşidi genetik haritasının 6. Bağlantı grubuna (S6) ait markörler ve markör uzaklıkları (cm), açılım oranları, ortalama ki-kare katkısı, ki-kare değerleri ve önem seviyeleri No Markörler Markör uzaklıkları (cm) Açılım oranları Ortalama ki-kare katkısı Ki-kare değerleri Önem seviyesi (p) 1 AFLPE39M : AFLPE42M : *** 3 AFLPE39M : SRAPMe1Em : ** 5 SRAPMe4Em : SRAPMe4Em : AFLPE42M : Ortalama (**) p<0.01, (***) p<0.005 S6 0,0 7,1 22,6 31,6 33,8 49,5 62,8 AFLPE39M47251 AFLPE42M56426 AFLPE39M47127 SRAPMe1Em8379 SRAPMe4Em2377 SRAPMe4Em3364 AFLPE42M41485 Şekil 4.6. Siirt çeşidi genetik haritasının, 6. bağlantı grubu (S6). Şekilde soldaki rakamlar cm olarak markörler arasındaki mesafeyi göstermektedir. 98

122 4. BULGULAR ve TARTIŞMA Yüşa TÜRKELİ Siirt Çeşidi Haritasının 7. Bağlantı Grubu (S7) Siirt çeşidi haritasının 7. bağlantı grubuna ait Çizelge 4.11 incelendiğinde 12 AFLP, 3 SRAP, 1 ISSR olmak üzere toplam 16 markör içerdiği tespit edilmiştir. Bunlardan 2 AFLP markörü 3:1 açılım oranına sahip olduğu belirlenmiş, diğer 15 markör ise 1:1 açılım göstermişlerdir. Beklenen açılım oranlarından sapma gösteren markör ise bu grupta kaydedilmemiştir. Markörlere ait ortalama ki-kare katkısı ile değerleri arasında yer almış, ki-kare değerleri ise en yüksek 5.51 ve en düşük 0.01 olarak belirlenmiştir (Çizelge 4.11). Çizelge Siirt çeşidi genetik haritasının 7. bağlantı grubuna (S7) ait markörler ve markör uzaklıkları (cm), açılım oranları, ortalama ki-kare katkısı, ki-kare değerleri ve önem seviyeleri No Markörler Markör uzaklıkları (cm) Açılım oranları Ortalama ki-kare katkısı Ki-kare değerleri Önem seviyesi (p) 1 SRAPMe10Em : AFLPE39M : ISSR : SRAPMe10Em : AFLPE39M : AFLPE42M : AFLPE39M : AFLPE42M : AFLPE39M : AFLPE39M : AFLPE39M : AFLPE42M : SRAPMe9Em : AFLPE39M : AFLPE39M : AFLPE39M : Ortalama Yedinci bağlantı grubunun uzunluğu 66.9 cm olarak tespit edilmiş olup markör yoğunluğunu belirleyen markörler arası ortalama uzaklık 4.18 olarak hesap edilmiştir. Markörler arasında en geniş boşluklar 15.7 cm ve 15 cm olarak kaydedilmiştir. Aynı lokuslarda bağlantı yapan 5 lokusta 10 markör belirlenmiştir. Bunlardan ISSR ile SRAPMe10Em11 376, AFLPE42M ile AFLPE39M65 388, AFLPE42M ile AFLPE39M63 390, AFLPE39M ile 99

123 4. BULGULAR ve TARTIŞMA Yüşa TÜRKELİ AFLPE42M ve AFLPE39M ile AFLPE39M aynı lokuslarda bağlanmışlardır (Şekil 4.7). S7 0,0 15,7 25,6 31,2 37,1 40,4 43,7 43,9 46,5 51,9 66,9 SRAPMe10Em91200 AFLPE39M70351 ISSR SRAPMe10Em11376 AFLPE39M63124 AFLPE42M70106 AFLPE39M65388 AFLPE42M56471 AFLPE39M63390 AFLPE39M54227 AFLPE39M67440 AFLPE42M73065 SRAPMe9Em3366 AFLPE39M32132 AFLPE39M56102 AFLPE39M32242 Şekil 4.7. Siirt çeşidi genetik haritasının, 7. bağlantı grubu (S7). Şekilde soldaki rakamlar cm olarak markörler arasındaki mesafeyi göstermektedir Siirt Çeşidi Haritasının 8. Bağlantı Grubu (S8) Çizelge 4.12 de verilen Siirt çeşidi haritasının 8. bağlantı grubu 6 adet AFLP ve 6 adet SRAP markörlerini içeren toplam 12 marköre sahip olmuştur. ISSR markörlerinin yer almadığı bu grup üzerinde AFLPE39M markörü 3:1 açılım, diğer markörlerin ise 1:1 açılım gösterdiği tespit edilmiştir. SRAPMe10Em2 192 ve SRAPMe4Em2 429b markörleri ise %0.5 önem seviyesinde beklenen oranlardan sapma göstermiştir. Markörlerin ki-kare değerleri 0.04 ile 7.86 arasında yer almış, ortalama ki-kare katkısı ise en yüksek ve en düşük arasında değişiklik göstermiştir (Çizelge 4.12). Markörlerin düzenli dağılım gösterdiği 8. bağlantı grubunun uzunluğu 81.1 cm olarak hesaplanmıştır. Bağlantı grubu üzerindeki en büyük iki boşluk 16.4 cm ve 14.8 cm olarak belirlenmiştir. Markörler arası ortalama uzaklık 6.75 cm olarak hesaplanmıştır. AFLPE39M ile AFLPE42M36 080, AFLPE39M ile 100

124 4. BULGULAR ve TARTIŞMA Yüşa TÜRKELİ AFLPE39M ve SRAPMe10Em2 192 ile SRAPMe4Em2 429b markörleri aynı lokuslarda bağlantı yapmışlardır (Şekil 4.8). Çizelge Siirt çeşidi genetik haritasının 8. bağlantı grubuna (S8) ait markörler ve markör uzaklıkları (cm), açılım oranları, ortalama ki-kare katkısı, ki-kare değerleri ve önem seviyeleri No Markörler Markör uzaklıkları (cm) Açılım oranları Ortalama ki-kare katkısı Ki-kare değerleri Önem seviyesi (p) 1 SRAPMe6Em : AFLPE42M : AFLPE39M : AFLPE42M : AFLPE39M : AFLPE39M : AFLPE39M : SRAPMe5Em : SRAPMe5Em : SRAPMe6Em : SRAPMe10Em : *** 12 SRAPMe4Em2 429b : *** Ortalama (***) p<0.005 S8 0,0 SRAPMe6Em ,8 24,5 31,7 42,1 47,1 61,0 64,7 AFLPE42M68233 AFLPE39M51473 AFLPE39M54434 AFLPE42M36080 AFLPE39M65212 AFLPE39M65209 SRAPMe5Em7436 SRAPMe5Em8155 SRAPMe6Em ,1 SRAPMe10Em2192 SRAPMe4Em2429b Şekil 4.8. Siirt çeşidi genetik haritasının, 8. bağlantı grubu (S8). Şekilde soldaki rakamlar cm olarak markörler arasındaki mesafeyi göstermektedir. 101

125 4. BULGULAR ve TARTIŞMA Yüşa TÜRKELİ Siirt Çeşidi Haritasının 9. Bağlantı Grubu (S9) Siirt çeşidi genetik haritasının 9. bağlantı grubu üzerinde yer alan markörler ile markörler arası uzaklıklar, ortalama ki-kare katkısı, ki-kare değerleri ve önem seviyeleri Çizelge 4.13 verilmiştir. Siirt çeşidi genetik haritasının 9. bağlantı grubu üzerinde toplam 11 markör (6 AFLP, 3 SRAP ve 2 ISSR) yer almıştır. AFLPE39M ve AFLPE42M markörlerinin 3:1 ve diğer 4 AFLP, 3 SRAP ve 2 ISSR markörlerinin de 1:1 Mendel açılım oranlarına sahip olduğu belirlenmiştir. Önem seviyeleri farklı olan 3 markör (AFLPE42M36 224, AFLPE39M65 408, ISSR ) ise beklenen açılım oranlarından sapma göstermiştir. En yüksek ki-kare değeri 10.0 ve en küçük ise 0.30 olarak bulunmuş, ortalama ki-kare katkısı ise ile değerleri arasında değişmiştir (Çizelge 4.13). Çizelge Siirt çeşidi genetik haritasının 9. bağlantı grubuna (S9) ait markörler ve markör uzaklıkları (cm), açılım oranları, ortalama ki-kare katkısı, ki-kare değerleri ve önem seviyeleri No Markörler Markör uzaklıkları (cm) Açılım oranları Ortalama ki-kare katkısı Ki-kare değerleri Önem seviyesi (p) 1 SRAPMe9Em : SRAPMe4Em : SRAPMe4Em : AFLPE39M : ISSR : AFLPE39M : AFLPE39M : AFLPE42M : ** 9 AFLPE39M : * 10 AFLPE42M : ISSR : **** Ortalama (*) p<0.05, (**) p<0.01, (***) p<0.005 Şekil 4.9 da gösterilen 9. bağlantı grubunun (S9) uzunluğu 104 cm, ortalama markör yoğunluğu ise 9.5 cm olarak hesaplanmıştır. 20 cm üzerinde iki markör arasındaki (SRAPMe9Em3 231 ile SRAPMe4Em7 350 ) en büyük boşluk 21 cm olarak belirlenmiştir. Markörler arasındaki diğer iki boşluk ise 15.7 ve 14.3 cm 102

126 4. BULGULAR ve TARTIŞMA Yüşa TÜRKELİ bulunmuştur. Bağlantı grubu üzerinde aynı lokusda görülen SRAPMe9Em3 231 ile SRAPMe4Em7 185 markörleri arasında cm lik mesafe belirlenmiştir (Şekil 4.9). S9 0,0 SRAPMe9Em3231 SRAPMe4Em ,0 33,3 46,8 61,1 76,8 81,7 84,8 97,1 104,0 SRAPMe4Em7350 AFLPE39M56190 ISSR AFLPE39M63277 AFLPE39M36391 AFLPE42M36224 AFLPE39M65408 AFLPE42M41410 ISSR Şekil 4.9. Siirt çeşidi genetik haritasının, 9. bağlantı grubu (S9). Şekilde soldaki rakamlar cm olarak markörler arasındaki mesafeyi göstermektedir Siirt Çeşidi Haritasının 10. Bağlantı Grubu (S10) Onuncu bağlantı grubu (S10) üzerinde 1 ISSR ve 7 AFLP içeren 8 markör dağılım göstermiştir. ISSR markörü 3:1 açılım, diğer markörler ise 1:1 açılım oranına sahip olmuşlardır. AFLPE39M ve AFLPE39M markörleri farklı önem seviyelerinde beklenen oranlardan sapma göstermiştir. Markörlerin ki-kare değerleri 0.05 ile 10.0 arasında değişmiş, ortalama ki-kare katkısı ise en düşük ve en yüksek olarak tespit edilmiştir (Çizelge 4.14). Onuncu bağlantı grubunun toplam uzunluğu 77.4 cm ve markörler arası ortalama uzaklığı ise 9.7 cm olarak belirlenmiştir. Markörler arasında 20 cm üzerinde boşluk belirlenmemiş olup en geniş boşluk ISSR ile AFLPE39M markörleri arasında 19.5 cm olarak kaydedilmiştir. Bu grup 103

127 4. BULGULAR ve TARTIŞMA Yüşa TÜRKELİ üzerinde AFLPE39M ile AFLPE42M markörleri aynı lokusta bağlanmışlardır (Şekil 4.10). Çizelge Siirt çeşidi genetik haritasının 10. bağlantı grubuna (S10) ait markörler ve markör uzaklıkları (cm), açılım oranları, ortalama kikare katkısı, ki-kare değerleri ve önem seviyeleri No Markörler Markör uzaklıkları (cm) Açılım oranları Ortalama ki-kare katkısı Ki-kare değerleri Önem seviyesi (p) 1 AFLPE39M : AFLPE39M : ** 3 ISSR : AFLPE39M : AFLPE42M : AFLPE42M : AFLPE39M : AFLPE39M : **** Ortalama (**) p<0.01, (****) p<0.001 S10 0,0 6,7 17,5 AFLPE39M42335 AFLPE39M56453 ISSR ,0 52,5 59,9 AFLPE39M54190 AFLPE42M34079 AFLPE42M41242 AFLPE39M ,4 AFLPE39M65150 Şekil Siirt çeşidi genetik haritasının, 10. bağlantı grubu (S10). Şekilde soldaki rakamlar cm olarak markörler arasındaki mesafeyi göstermektedir. 104

128 4. BULGULAR ve TARTIŞMA Yüşa TÜRKELİ Siirt Çeşidi Haritasının 11. Bağlantı Grubu (S11) Siirt çeşidi genetik haritasının 11. bağlantı grubu üzerinde yer alan markörler ile markörler arası uzaklıklar, ortalama ki-kare katkısı, ki-kare değerleri ve önem seviyeleri Çizelge 4.15 de verilmiştir. Onbirinci bağlantı grubu (S11) üzerinde 4 AFLP, 3 SRAP ve 1 ISSR olmak üzere toplam 8 markör yer almıştır. 1 SRAP markörü (SRAP Me1Em8 118 ) 3:1 ve diğer markörler ise 1:1 açılım oranlarını göstermişlerdir. 2 AFLP ve 1 SRAP markörü ise %1 önem seviyesinde beklenen Mendel açılım oranlarından sapma göstermiştir. Ki-kare değerleri 0.18 ve 5.58 arasında değişmiş ve ortalam ki-kare katkısı ile değerleri arasında ve ortalama ise olarak tespit edilmiştir (Çizelge 4.15). Çizelge Siirt çeşidi genetik haritasının 11. bağlantı grubuna (S11) ait markörler ve markör uzaklıkları (cm), açılım oranları, ortalama kikare katkısı, ki-kare değerleri ve önem seviyeleri No Markörler Markör uzaklıkları (cm) Açılım oranları Ortalama ki-kare katkısı Ki-kare değerleri Önem seviyesi (p) 1 SRAPMe1Em : ** 2 ISSR : AFLPE42M : SRAPMe1Em : AFLPE39M : AFLPE42M : ** 7 AFLPE39M : ** 8 SRAPMe1Em : Ortalama (**) p<0.01 Şekil 4.11 de gösterilen 11. bağlantı grubu 63.4 cm uzunluğa sahip olmuştur. Markör yoğunluğunu belirleyen markörler arası ortalama uzaklık 7.93 cm olarak hesaplanmıştır. Grup üzerinde markörler arasında 20 cm üzerinde 1 adet boşluk belirlenmiş olup SRAPMe1Em8 118 ile AFLPE39M markörleri arasında 22.7cM genişliğinde bulunmuştur. Diğer boşluk ise AFLPE42M ile SRAPMe1Em arasında 15.3 cm olarak belirlenmiştir. AFLPE42M ile AFLPE39M aynı lokusta bağlanan iki markör olmuşlardır (Şekil 4.11). 105

129 4. BULGULAR ve TARTIŞMA Yüşa TÜRKELİ S11 0,0 10,6 14,5 16,3 SRAPMe1Em10900 ISSR AFLPE42M72070 SRAPMe1Em ,0 48,1 63,4 AFLPE39M41246 AFLPE42M70265 AFLPE39M65471 SRAPMe1Em81031 Şekil Siirt çeşidi genetik haritasının, 11. bağlantı grubu (S11). Şekilde soldaki rakamlar cm olarak markörler arasındaki mesafeyi göstermektedir Siirt Çeşidi Haritasının 12. Bağlantı Grubu (S12) Siirt çeşidi genetik haritasının 12. bağlantı grubu üzerinde 5 AFLP, 2 SRAP olmak üzere toplam 7 markör yer almıştır. ISSR markörleri bu grupta bulunmamıştır. AFLPE42M42 444a, AFLPE42M ve SRAPMe4Em markörleri 3:1 ve diğer markörlerin ise 1:1 Mendel açılım oranlarına sahip olduğu tespit edilmiştir. SRAPMe1Em1 377 ve AFLPE42M42 444a markörleri ise beklenen açılım oranlarından %1 önem seviyesinde sapma göstermiştir. Bu grubta ki-kare değerleri 0.01 ile 5.13 arasında değişiklik göstermiştir. Ortalama ki-kare katkısı en yüksek 0.509, en düşük değerleri arasında belirlenmiş olup ortalama ise olarak kaydedilmiştir (Çizelge 4.16). Onikinci bağlantı grubunun uzunluğu 68.9 cm, ortalama markör yoğunluğu ise 9.8 cm olarak hesap edilmiştir. Bu grup üzerindeki en geniş boşluklar AFLPE39M ile SRAPMe4Em arasında 19.7 cm ve SRAPMe1Em1 377 ile AFLPE42M42 444a arasında 17.3 cm olarak belirlenmiştir (Şekil 4.12). 106

130 4. BULGULAR ve TARTIŞMA Yüşa TÜRKELİ Çizelge Siirt çeşidi genetik haritasının 12. bağlantı grubuna (S12) ait markörler ve markör uzaklıkları (cm), açılım oranları, ortalama kikare katkısı, ki-kare değerleri ve önem seviyeleri No Markörler Markör uzaklıkları (cm) Açılım oranları Ortalama ki-kare katkısı Ki-kare değerleri Önem seviyesi (p) 1 SRAPMe1Em : ** 2 AFLPE42M42 444a : ** 3 AFLPE42M42 438b : AFLPE42M : AFLPE39M : SRAPMe4Em : AFLPE42M70 387b : Ortalama (**) p<0.01 S12 0,0 SRAPMe1Em ,3 27,0 29,1 39,6 AFLPE42M42444a AFLPE42M42438b AFLPE42M36188 AFLPE39M ,3 68,9 SRAPMe4Em31200 AFLPE42M70387b Şekil Siirt çeşidi genetik haritasının, 12. bağlantı grubu (S12). Şekilde soldaki rakamlar cm olarak markörler arasındaki mesafeyi göstermektedir Siirt Çeşidi Haritasının 13. Bağlantı Grubu (S13) Siirt çeşidi genetik haritasının 13. bağlantı grubu üzerinde bulunan markörler ile markör uzaklıkları, açılım oranları, ortalama ki-kare katkısı, ki-kare değerleri ve önem seviyeleri Çizelge 4.17 de verilmiştir. 107

131 4. BULGULAR ve TARTIŞMA Yüşa TÜRKELİ Siirt çeşidi haritasının 13. bağlantı grubu üzerinde bulunan toplam 6 markörden 4 adedini AFLP, 2 adedini SRAP markörleri oluşturmuştur. ISSR markörü ise bu grupta yer almamıştır. SRAPMe10Em2 304a markörünün 3:1 ve diğer markörlerin ise 1:1 Mendel açılımı gösterdiği tespit edilmiştir. 6 markör ise farklı önem seviyelerinde sapma göstermiştir. AFLPE39M ile AFLPE39M ve SRAPMe4Em2 850 ile SRAPMe10Em2 304a markörleri aynı lokuslarda bağlanmışlardır. Ki-kare değerleri 3.12 ile 8.19 arasında değişmiş, en büyük ortalama ki-kare katkısı 0.697, en küçük ortalama ki-kare katkısı ise olmuştur (Çizelge 4.17). Çizelge Siirt çeşidi genetik haritasının 13. bağlantı grubuna (S13) ait markörler ve markör uzaklıkları (cm), açılım oranları, ortalama kikare katkısı, ki-kare değerleri ve önem seviyeleri No Markörler Markör uzaklıkları (cm) Açılım oranları Ortalama ki-kare katkısı Ki-kare değerleri Önem seviyesi (p) 1 AFLPE39M : ** 2 AFLPE39M : * 3 AFLPE39M : * 4 SRAPMe4Em : **** 5 SRAPMe10Em2 304a : **** 6 AFLPE39M : *** Ortalama (*) p<0.05, (**) p<0.01, (***) p<0.005, (****) p<0.001 Markörler arası ortalama uzaklığın 10.2 cm olarak hesaplanan 13. bağlantı grubu 61.0 cm uzunluğunda tespit edilmiştir. Bu grup üzerinde 20 cm üzerinde 2 boşluk belirlenmiş olup bunlar AFLPE39M ile AFLPE39M ve SRAPMe4Em2 850 ile AFLPE39M markörleri arasında sırasıyla 27.9 cm ve 22.1 cm olarak hesaplanmıştır (Şekil 4.13). 108

132 4. BULGULAR ve TARTIŞMA Yüşa TÜRKELİ S13 0,0 AFLPE39M ,9 38,9 AFLPE39M65381 AFLPE39M41312 SRAPMe4Em2850 SRAPMe10Em2304a 61,0 AFLPE39M47124 Şekil Siirt çeşidi genetik haritasının, 13. bağlantı grubu (S13). Şekilde soldaki rakamlar cm olarak markörler arasındaki mesafeyi göstermektedir Siirt Çeşidi Haritasının 14. Bağlantı Grubu (S14) Çizelge 4.18 de verilen 14. bağlantı grubu (S14) üzerinde 6 markör (5 AFLP ve 1 SRAP) yer almıştır. Grup üzerinde yer alan markörlerden 1 markör (AFLPE39M ) 3:1 ve diğer markörler 1:1 oranlarına uyan açılım göstermişler, bunlardan 3 markörde ise farklı önem seviyelerinde sapma tespit edilmiştir. Markörlerin ki-kare değerleri 0.01 ile 9.75 arasında yer almış, ortalama ki-kare katkısı değerleri ise ile arasında değişmiştir (Çizelge 4.18). Çizelge Siirt çeşidi genetik haritasının 14. bağlantı grubuna (S14) ait markörler ve markör uzaklıkları (cm), açılım oranları, ortalama kikare katkısı, ki-kare değerleri ve önem seviyeleri No Markörler Markör uzaklıkları (cm) Açılım oranları Ortalama ki-kare katkısı Ki-kare değerleri Önem seviyesi (p) 1 AFLPE39M : AFLPE42M : AFLPE42M : AFLPE39M : ** 5 AFLPE42M : ** 6 SRAPMe1Em : **** Ortalama (**) p<0.01, (****) p<

133 4. BULGULAR ve TARTIŞMA Yüşa TÜRKELİ Toplam 31.6 cm uzunluğa sahip 14. bağlantı grubu Siirt çeşidi haritasının en kısa bağlantı grubunu oluşturmuştur. Markörler arasındaki ortalama uzaklık 5.3 cm olarak kaydedilmiş, grup üzerindeki en geniş boşluk 13.0 cm olarak AFLPE42M ile AFLPE39M markörleri arasında tespit edilmiştir (Şekil 4.14). S14 0,0 3,8 6,6 19,6 26,5 31,6 AFLPE39M67092 AFLPE42M48149 AFLPE42M56179 AFLPE39M54367 AFLPE42M41131 SRAPMe1Em10263 Şekil Siirt çeşidi genetik haritasının, 14. bağlantı grubu (S14). Şekilde soldaki rakamlar cm olarak markörler arasındaki mesafeyi göstermektedir Siirt Çeşidi Haritasının 15. Bağlantı Grubu (S15) Çizelge 4.19 de Siirt genetik haritasının 15. bağlantı grubu üzerindeki markörler, markör uzaklıkları, açılım oranları, ortalama ki-kare katkısı, ki-kare değerleri ve önem seviyeleri verilmiştir. Onbeşinci bağlantı grubu (S15) 3 AFLP ve 3 SRAP olmak üzere toplam 6 markörden oluşmuştur. Bunlardan 2 markör 3:1 ve 4 markör de 1:1 açılım göstermiş, 4 markör ise bu oranlardan sapma gösterdiği tespit edilmiştir. Ki-kare değerleri 0 ile 3.60 arasında yer almış, ortalama ki-kare katkısı ise ile arasında değişiklik göstermiştir (Çizelge 4.19). Şekil 4.15 de gösterilen 15. bağlantı grubu 35.9 cm uzunluğa sahip olmuştur. Grup üzerinde 20 cm üzerinde 1 boşluk belirlenmiş, en geniş boşluk 29.4 cm olarak SRAPMe1Em ile AFLPE39M markörleri arasında kaydedilmiştir. SRAPMe1Em5 177 ile SRAPMe1Em8 126 markörleri de aynı lokuslarda bağlantı yapmışlardır (Şekil 4.15). 110

134 4. BULGULAR ve TARTIŞMA Yüşa TÜRKELİ Çizelge Siirt çeşidi genetik haritasının 15. bağlantı grubuna (S15) ait markörler ve markör uzaklıkları (cm), açılım oranları, ortalama kikare katkısı, ki-kare değerleri ve önem seviyeleri No Markörler Markör uzaklıkları (cm) Açılım oranları Ortalama ki-kare katkısı Ki-kare değerleri Önem seviyesi (p) 1 AFLPE39M : * 2 AFLPE42M : * 3 SRAPMe1Em : AFLPE39M : SRAPMe1Em : * 6 SRAPMe1Em : * Ortalama (*) p<0.05 S15 0,0 3,2 5,6 AFLPE39M58374 AFLPE42M34060 SRAPMe1Em ,0 35,9 AFLPE39M58194 SRAPMe1Em5177 SRAPMe1Em8126 Şekil Siirt çeşidi genetik haritasının, 15. bağlantı grubu (S15). Şekilde soldaki rakamlar cm olarak markörler arasındaki mesafeyi göstermektedir Siirt Çeşidi Haritasının 16. Bağlantı Grubu (S16) Çizelge 4.20 de Siirt genetik haritasının 16. bağlantı grubu (S16) üzerinde dağılım gösteren markörler ile ilgili bulgular verilmiştir. Onaltıncı bağlantı grubu (S16) üzerinde 1 ISSR ve 3 AFLP olmak üzere toplam 4 markör yer almıştır. Bu gruba ait markörlerin tümü 1:1 Mendel açılım oranına sahip olmuş, 2 markör ise bu orandan sapma göstermiştir. Siirt haritasının en az markör (4 markör) içeren en küçük bağlantı grubunu oluşturmuştur. En yüksek ki-kare değeri 9.0 ve en düşük ise 0.40 olarak belirlenmiş, ortalama ki-kare katkısı ile değerleri arasında değişmiştir (Çizelge 4.20). 111

135 4. BULGULAR ve TARTIŞMA Yüşa TÜRKELİ Çizelge Siirt çeşidi genetik haritasının 16. bağlantı grubuna (S16) ait markörler ve markör uzaklıkları (cm), açılım oranları, ortalama kikare katkısı, ki-kare değerleri ve önem seviyeleri No Markörler Markör uzaklıkları (cm) Açılım oranları Ortalama ki-kare katkısı Ki-kare değerleri Önem seviyesi (p) 1 AFLPE42M : AFLPE39M : **** 3 AFLPE42M : **** 4 ISSR : Ortalama (****) p<0.001 Onaltıncı bağlantı grubunun uzunluğu 40.5 cm olarak belirlenmiş, ortalama markör yoğunluğu ise cm olarak hesaplanmıştır. Grup üzerinde 20 cm den daha geniş 1 boşluk yer almış, iki markör arasındaki en geniş boşluklar AFLPE42M ile AFLPE39M markörleri arasında 21 cm ve AFLPE42M ile ISSR markörleri arasında da 19.5 cm olarak tespit edilmiştir. AFLPE39M ve AFLPE42M markörleri ise aynı lokusda bağlanmışlardır (Şekil 4.16). S16 0,0 AFLPE42M ,0 AFLPE39M68357 AFLPE42M ,5 ISSR Şekil Siirt çeşidi genetik haritasının, 16. bağlantı grubu (S16). Şekilde soldaki rakamlar cm olarak markörler arasındaki mesafeyi göstermektedir Siirt Çeşidi Haritasının 17. Bağlantı Grubu (S17) Siirt çeşidi genetik haritasının 17. bağlantı grubuna ait markörler ile markörler arası uzaklıklar, ortalama ki-kare katkısı, ki-kare değerleri, açılım oranları ve önem seviyeleri Çizelge 4.21 de verilmiştir. 112

136 4. BULGULAR ve TARTIŞMA Yüşa TÜRKELİ Onyedinci bağlantı grubu 4 AFLP ve 1 SRAP olmak üzere toplam 5 markör içermiştir. Bir markör (AFLPE39M ) 3:1 açılım ve 4 markör de 1:1 açılım göstermiştir. SRAPMe10Em markörü ise %1 önem seviyesinde beklenen oranlardan sapma göstermiştir. En yüksek ki-kare değeri 6.37, en düşük ise 0.01 bulunmuş, ortalama ki-kare katkısı ise ile değerleri arasında değişiklik göstermiştir (Çizelge 4.21). Çizelge Siirt çeşidi genetik haritasının 17. bağlantı grubuna (S17) ait markörler ve markör uzaklıkları (cm), açılım oranları, ortalama kikare katkısı, ki-kare değerleri ve önem seviyeleri No Markörler Markör uzaklıkları (cm) Açılım oranları Ortalama ki-kare katkısı Ki-kare değerleri Önem seviyesi (p) 1 AFLPE42M : AFLPE42M : SRAPMe10Em : ** 4 AFLPE39M : AFLPE39M : Ortalama (**) p<0.01 S17 0,0 3,3 20,0 30,6 41,3 AFLPE42M73313 AFLPE42M72346 SRAPMe10Em11189 AFLPE39M68143 AFLPE39M54193 Şekil Siirt çeşidi genetik haritasının, 17. bağlantı grubu (S17). Şekilde soldaki rakamlar cm olarak markörler arasındaki mesafeyi göstermektedir. Siirt çeşidi haritasında küçük bağlantı gruplarından biri olan 17. bağlantı grubu 41.3 cm uzunluğa sahip olmuş ve markörler arasındaki ortalama uzaklık ise 8.3 cm olarak belirlenmiştir. Grup üzerindeki en geniş boşluk AFLPE42M ile 113

137 4. BULGULAR ve TARTIŞMA Yüşa TÜRKELİ SRAPMe10Em markörleri arasında 16.7 cm olarak tespit edilmiştir (Şekil 4.17) Siirt Çeşidi Genetik Haritasının Genel Değerlendirilmesi Siirt çeşidinin genetik haritasını oluşturan bağlantı gruplarının birlikte değerlendirilmesi sonucunda elde edilen bulgular Çizelge 4.22 de verilmiştir. Siirt çeşidinin genetik bağlantı haritasında yer alan 165 markör 17 bağlantı grubunda (S1-S17) dağılım göstermiştir. Toplam 17 bağlantı grubu üzerinde, 107 AFLP, 49 SRAP ve 9 ISSR markörü yer almıştır. Bağlantı gruplarının markör sayıları 4 (S16) ile 22 (S2) arasında değişiklik göstermiş, en fazla markör (22 markör ve 96.4 cm uzunluk) S2 grubunda ve en az markör ise S16 grubunda (4 markör ve 40.5 cm uzunluk) belirlenmiştir. Bağlantı gruplarının ortalama markör sayısı ise 9.70 olarak kaydedilmiştir. Siirt çeşidi haritasında yer alan toplam 165 markörden 1:1 açılım oranına sahip sapma göstermeyen markör sayısı 88, sapma gösteren markör sayısı 56 ve 3:1 açılım oranına sahip sapma göstermeyen markör sayısı 14, sapma gösteren markör sayısı ise 7 olarak belirlenmiştir. 1:1 açılım gösteren toplam 144 markörden %39 u ve 3:1 açılıma sahip 21 markörden ise %33 ü beklenen açılım oranlarından sapma göstermiştir (Çizelge 4.22). Siirt çeşidi genetik haritasında uzunluğu 50 cm den daha küçük olan 4 küçük (minör) bağlantı grubu (S14, S15, S16, S17) belirlenmiş olup bunların uzunlukları 31.6 cm ile 41.3 cm arasında değişmiştir. Bu küçük grupların markör sayıları 4 (S16) ile 6 (S15 ve S16) arasında yer almıştır. Küçük (minör) grupların toplam markör sayısı 21 olmuş, ortalama markör yoğunluğu ise 5.3 olarak tespit edilmiştir (Çizelge 4.22). Siirt çeşidi haritasında büyük gruplar (major) olarak 50 cm den daha uzun 13 bağlantı grubu (S1-S13) belirlenmiş, bunlardan en kısa grup (S13) 61 cm uzunluğa sahip 6 markör ve en uzun grup (S1) ise cm uzunluğunda 20 markör içermiştir. Büyük (major) grupların toplam markör sayısı 144 olmuş, ortalama markör yoğunluğu ise 11 olarak belirlenmiştir. 114

138 4. BULGULAR ve TARTIŞMA Yüşa TÜRKELİ Çizelge Siirt çeşidi genetik haritasının bağlantı gruplarına ait uzunluklar (cm), AFLP, SRAP, ISSR markör sayıları, toplam markör sayıları, ortalama uzaklıklar ve 20 cm den daha geniş boşluk sayıları ile markörlerin açılım ve sapma oranları Bağlantı grup no Grupların uzunlukları (cm) AFLP markörü SRAP markörü ISSR markörü Toplam markör Ortalama uzaklık (cm) Boşluk sayısı (>20cM) Toplam Ortalama Açılım Oranları Sapma Oranları 1: : : :

139 4. BULGULAR ve TARTIŞMA Yüşa TÜRKELİ Siirt çeşidi genetik haritasının toplam harita uzunluğu cm olarak hesaplanmıştır. Bağlantı gruplarının uzunluğu 31.6 cm (S14) ile cm (S1) arasında yer almıştır. En uzun grup (S1) cm uzunluğunda 20 markör, en kısa grup (S14) ise 31.6 cm uzunluğunda 6 markör içermiştir. 2. bağlantı grubu (S2) 96.4 cm uzunluğa sahip en fazla markör içeren (22 markör) grup olmuş, 16. bağlantı grubu (S16) ise 40.5 cm uzunluğunda en az marköre sahip (4 markör) grup olarak yer almıştır (Çizelge 4.22). Siirt çeşidi haritasında ortalama uzunluk 72.8 cm olarak bulunmuştur. Her bir bağlantı grubuna ait ortalama markör yoğunluğu en yüksek S5 bağlantı grubunda 11.8 cm olarak, en düşük ise S2 ve S7 bağlantı grubunda sırasıyla 4.4 cm ve 4.2 cm olarak tespit edilmiştir. Bağlantı gruplarında yer alan markörler arasındaki ortalama uzaklık ise 7.5 cm olarak hesap edilmiştir (Çizelge 4.22). Siirt çeşidi haritasının genetik bağlantı grupları üzerinde 20 cm üzerindeki boşluk sayısının 12 adet olduğu belirlenmiş olup bunlar S1 (24.8 ve 29.7 cm), S2 (29.3 cm), S3 (22.8 cm), S4 (20.8 cm), S5 (41.4 cm), S9 (21 cm), S11 (22.7 cm), S13 (27.9 ve 22.1 cm), S15 (29.4 cm) ve S16 (21 cm) bağlantı grupları üzerinde yer almışlardır. Bağlantı grupları üzerindeki en büyük boşluk 41.4 cm olarak 5. bağlantı grubunda (S5), en küçük boşluk (20.8 cm) ise 4. bağlantı grubunda (S4) tespit edilmiştir (Çizelge 4.22) PA-18 Genotipi Genetik Bağlantı Grupları PA-18 genotipinin genetik haritasında yer alan 156 markör ile 19 bağlantı grubu oluşturulmuştur. Çizelge 4.23 den Çizelge 4.41 e kadar olan çizelgeler PA- 18 genotipinin genetik haritasını oluşturan 19 bağlantı grubuna ait bilgileri içermektedir. Bununla birlikte PA-18 genotipinin genetik haritasını oluşturan 19 bağlantı grubu Şekil 4.18 den Şekil 4.36 ya kadar olan şekillerde gösterilmiştir. 116

140 4. BULGULAR ve TARTIŞMA Yüşa TÜRKELİ PA-18 Genotipi Haritasının 1. Bağlantı Grubu (Pa1) PA-18 genotipi haritasının 1. bağlantı grubu (Pa1) üzerinde yer alan markörler ile markör uzaklıkları, açılım oranları, ortalama ki-kare katkısı, ki-kare değerleri ve sapma oranlarını belirleyen önem seviyeleri Çizelge 4.23 de verilmiştir. PA-18 genotipi genetik haritasının 1. bağlantı grubu 13 AFLP, 7 SRAP olmak üzere toplam 20 markör içermiştir. Bunlardan 1 markör (AFLPE42M ) 3:1 açılımı ve diğer 19 markörler ise 1:1 oranına uyan açılım göstermişlerdir. Toplam 10 markör ise farklı önem seviyelerinde Mendel açılım oranlarından sapma göstermiştir. Bu grup üzerindeki markörlerin ortalama ki-kare katkısı ile arasında değişmiş, ortalaması ise olarak kaydedilmiştir. En büyük ve en küçük ki-kare değerleri sırasıyla 9.89 ve 0.01 olarak belirlenmiştir (Çizelge 4.23). Çizelge PA-18 genotipi genetik haritasının 1. bağlantı grubuna (Pa1) ait markörler ve markör uzaklıkları (cm), açılım oranları, ortalama kikare katkısı, ki-kare değerleri ve önem seviyeleri No Markörler Markör uzaklıkları (cm) Açılım oranları Ortalama ki-kare katkısı Ki-kare değerleri Önem seviyeleri (p) 1 SRAPMe1Em : SRAPMe10Em : AFLPE42M : AFLPE39M : SRAPMe5Em : * 6 AFLPE42M : ** 7 AFLPE42M : *** 8 AFLPE42M : ** 9 AFLPE39M : *** 10 AFLPE42M : AFLPE42M : ** 12 SRAPMe10Em : AFLPE39M : AFLPE42M : AFLPE42M56 266a : *** 16 SRAPMe1Em : SRAPMe10Em4 190b : ** 18 AFLPE39M42 351a : **** 19 AFLPE39M : SRAPMe6Em : **** ortalama: (*) p<0.05, (**) p<0.01, (***) p<0.005, (****) p<

141 4. BULGULAR ve TARTIŞMA Yüşa TÜRKELİ PA-18 genotipi haritasının en büyük grubunu oluşturan 1. bağlantı grubunun toplam uzunluğu cm olarak tespit edilmiş, markörler arası ortalama uzaklık ise 5.77 cm olarak hesap edilmiştir. Grup üzerinde 20 cm üzerinde 1 adet boşluk SRAPMe1Em4 244 ile SRAPMe10Em6 360 markörleri arasında 25.9 cm olarak saptanmıştır. Diğer büyük boşluklar ise 18.6 cm ve 14.6 cm uzunluklarında sırasıyla AFLPE39M ile SRAPMe6Em1 153 ve AFLPE39M42 351a ile AFLPE39M markörleri arasında belirlenmiştir (Şekil 4.18). Pa1 0,0 SRAPMe1Em ,9 29,7 34,4 36,2 39,7 41,5 43,4 47,3 54,2 55,7 61,0 64,4 77,0 78,3 79,2 80,1 82,3 96,9 SRAPMe10Em6360 AFLPE42M48479 AFLPE39M42361 SRAPMe5Em8700 AFLPE42M73173 AFLPE42M56256 AFLPE42M69201 AFLPE39M41124 AFLPE42M36319 AFLPE42M56471 SRAPMe10Em7550 AFLPE39M42312 AFLPE42M70355 AFLPE42M56266a SRAPMe1Em81200 SRAPMe10Em4190b AFLPE39M42351a AFLPE39M ,5 SRAPMe6Em1153 Şekil PA-18 genotipi genetik haritasının, 1. bağlantı grubu (Pa1). Şekilde soldaki rakamlar cm olarak markörler arasındaki mesafeyi göstermektedir. 118

142 4. BULGULAR ve TARTIŞMA Yüşa TÜRKELİ PA-18 Genotipi Haritasının 2. Bağlantı Grubu (Pa2) PA-18 genotipi haritasının 2. bağlantı grubu üzerinde 10 AFLP ve 6 SRAP olmak üzere toplam 16 markör yer almıştır. Bunlardan AFLPE42M ve AFLPE42M markörleri 3:1, diğer markörler ise 1:1 açılım oranı göstermişledir. 1:1 ve 3:1 açılım oranı açılım oranına sahip sırasıyla 13 ve 1 markör farklı önem seviyelerinde sapma göstermiştir. En küçük ki-kare değeri 0.07 ve en büyük ki-kare değeri ise olarak hesaplanmıştır. Ortalama ki-kare katkısı ile değerleri arasında değişiklik göstermiş, ortalama ise olarak belirlenmiştir (Çizelge 4.24). Çizelge PA-18 genotipi genetik haritasının 2. bağlantı grubuna (Pa2) ait markörler ve markör uzaklıkları (cm), açılım oranları, ortalama kikare katkısı, ki-kare değerleri ve önem seviyeleri No Markörler Markör uzaklıkları (cm) Açılım oranları Ortalama ki-kare katkısı Ki-kare değerleri Önem seviyeleri (p) 1 SRAPMe1Em : **** 2 SRAPMe5Em : **** 3 AFLPE42M : AFLPE39M : *** 5 SRAPMe10Em : **** 6 SRAPMe10Em : *** 7 AFLPE39M : **** 8 SRAPMe10Em : **** 9 AFLPE42M : **** 10 AFLPE39M : **** 11 AFLPE42M : AFLPE42M : * 13 AFLPE39M : ** 14 AFLPE39M : ** 15 AFLPE39M54 175a : * 16 SRAPMe6Em1 1000b : **** Ortalama (*) p<0.05, (**) p<0.01, (***) p<0.005, (****) p<0.001 İkinci bağlantı grubu (Pa2) üzerindeki markörler arası ortalama uzaklık 5.72 cm ve toplam uzunluk ise 91.6 cm olarak belirlenmiştir. Grup üzerinde 2 adet 20 cm nın üzerinde boşluk tespit edilmiştir. Bunlardan birincisi SRAPMe5Em8 118 ile AFLPE42M markörleri arasında 23.1 cm, ikincisi ise AFLPE42M ile 119

143 4. BULGULAR ve TARTIŞMA Yüşa TÜRKELİ AFLPE39M markörleri arasında 20.1 cm uzunluğunda bulunmuştur (Şekil 4.19). Pa2 0,0 5,0 SRAPMe1Em10109 SRAPMe5Em ,1 37,0 40,7 43,7 44,9 46,7 49,9 51,9 57,5 61,8 AFLPE42M41410 AFLPE39M47358 SRAPMe10Em6054 SRAPMe10Em11257 AFLPE39M56179 SRAPMe10Em11375 AFLPE42M42072 AFLPE39M42170 AFLPE42M39061 AFLPE42M ,9 83,3 86,1 91,6 AFLPE39M58224 AFLPE39M65070 AFLPE39M54175a SRAPMe6Em11000b Şekil PA-18 genotipi genetik haritasının, 2. bağlantı grubu (Pa2). Şekilde soldaki rakamlar cm olarak markörler arasındaki mesafeyi göstermektedir PA-18 Genotipi Haritasının 3. Bağlantı Grubu (Pa3) PA-18 genotipi haritasının 3. bağlantı grubunun (Pa3) sahip olduğu 20 markörün 15 ini AFLP, 4 ünü SRAP ve 1 ini ISSR markörleri oluşturmuştur. Bu markörlerden AFLPE39M :1 oranı, diğer 19 adet markör ise 1:1 oranına uyan açılım göstermişlerdir. Bunlardan 4 SRAP ve 11 AFLP markörü farklı önem seviyelerinde sapma göstermişlerdir. Grubu oluşturan markörlere ait ki-kare değerleri 120

144 4. BULGULAR ve TARTIŞMA Yüşa TÜRKELİ 0.25 ile 9.89, ortalama ki-kare katkısı ise ile arasında değişmiştir (Çizelge 4.25). Çizelge PA-18 genotipi genetik haritasının 3. bağlantı grubuna (Pa3) ait markörler ve markör uzaklıkları (cm), açılım oranları, ortalama kikare katkısı, ki-kare değerleri ve önem seviyeleri No Markörler Markör uzaklıkları (cm) Açılım oranları Ortalama ki-kare katkısı Ki-kare değerleri Önem seviyeleri (p) 1 AFLPE39M : ** 2 SRAPMe4Em : ** 3 AFLPE42M : AFLPE42M : ** 5 AFLPE42M : ** 6 AFLPE39M : ** 7 SRAPMe4Em : **** 8 AFLPE39M : **** 9 AFLPE39M : ** 10 AFLPE39M : ** 11 AFLPE39M : ** 12 SRAPMe1Em : * 13 AFLPE39M : * 14 AFLPE42M : * 15 ISSR : AFLPE39M : AFLPE39M : AFLPE39M : AFLPE42M : **** 20 SRAPMe1Em : *** Ortalama (*) p<0.05, (**) p<0.01, (***) p<0.005, (****) p<0.001 PA-18 Atlantik sakızı genotipi haritasındaki en uzun ikinci grubu oluşturan 3. bağlantı grubunun toplam uzunluğu cm ve markörler arası ortalama uzaklık ise 5.6 cm olarak hesaplanmıştır. Grup üzerinde tespit edilen 20 cm dan büyük boşluk sayısı 1 adet olup AFLPE42M ile AFLPE42M markörleri arasında 21.9 cm olarak belirlenmiştir. Diğer en geniş boşluklar ise AFLPE39M ile SRAPMe4Em3 498 ve AFLPE39M ile AFLPE39M markörleri arasında sırasıyla 14.9 cm ve 12.7 cm olarak belirlenmiştir (Şekil 4.20). 121

145 4. BULGULAR ve TARTIŞMA Yüşa TÜRKELİ Pa3 0,0 AFLPE39M ,9 15,6 SRAPMe4Em3498 AFLPE42M ,5 40,8 45,6 48,1 52,0 64,7 67,3 68,2 68,8 71,3 74,9 82,2 92,4 98,4 107,4 112,8 AFLPE42M56193 AFLPE42M73432 AFLPE39M51206 SRAPMe4Em7394 AFLPE39M36374 AFLPE39M68057 AFLPE39M58145 AFLPE39M58232 SRAPMe1Em4305 AFLPE39M51398 AFLPE42M48397 ISSR AFLPE39M54193 AFLPE39M58334 AFLPE42M48140 SRAPMe1Em5226 Şekil PA-18 genotipi genetik haritasının, 3. bağlantı grubu (Pa3). Şekilde soldaki rakamlar cm olarak markörler arasındaki mesafeyi göstermektedir PA-18 Genotipi Haritasının 4. Bağlantı Grubu (Pa4) PA-18 genotipi haritasının 4. bağlantı grubunda markörler ile markör uzaklıkları (cm), açılım oranları, ortalama ki-kare katkısı, ki-kare değerleri ve önem seviyeleri Çizelge 4.26 da verilmiştir. Toplam 8 markörün yer aldığı 4. bağlantı grubu 6 AFLP ve 2 SRAP marköründen oluşmuştur. Bu gruptaki markörlerin tümü 1:1 açılım oranı göstermiş olup bunlardan 7 markörde ise farklı önem seviyelerinde sapma belirlenmiştir. Ki- 122

146 4. BULGULAR ve TARTIŞMA Yüşa TÜRKELİ kare değerleri 0.56 ile 8.91 arasında değişmiştir. Ortalama ki-kare katkısı en düşük ve en yüksek sırasıyla ve değerlerinde, ortalaması ise olarak tespit edilmiştir (Çizelge 4.26). Çizelge PA-18 genotipi genetik haritasının 4. bağlantı grubuna (Pa4) ait markörler ve markör uzaklıkları (cm), açılım oranları, ortalama kikare katkısı, ki-kare değerleri ve önem seviyeleri No Markörler Markör uzaklıkları (cm) Açılım oranları Ortalama ki-kare katkısı Ki-kare değerleri Önem seviyeleri (p) 1 SRAPMe9Em : * 2 AFLPE39M : ** 3 AFLPE42M : AFLPE42M : *** 5 AFLPE42M : *** 6 AFLPE39M : **** 7 AFLPE39M : ** 8 SRAPMe1Em : ** Ortalama (*) p<0.05, (**) p<0.01, (***) p<0.005, (****) p<0.001 Dördüncü bağlantı grubunun uzunluğu 92.1 cm ve markörler arası ortalama uzaklık ise 11.5 cm olarak belirlenmiştir. Bu gruba ait 20 cm den büyük iki boşluk tespit edilmiş olup 33.6 cm ve 21.1 cm uzunluklarındaki en geniş boşluklar sırasıyla AFLPE39M ile SRAPMe1Em ve AFLPE39M ile AFLPE42M markörleri arasında saptanmıştır (Şekil 4.21). 123

147 4. BULGULAR ve TARTIŞMA Yüşa TÜRKELİ Pa4 0,0 9,1 SRAPMe9Em3441 AFLPE39M ,2 AFLPE42M ,2 49,1 50,1 58,5 AFLPE42M36169 AFLPE42M48186 AFLPE39M63415 AFLPE39M ,1 SRAPMe1Em51200 Şekil PA-18 genotipi genetik haritasının, 4. bağlantı grubu (Pa4). Şekilde soldaki rakamlar cm olarak markörler arasındaki mesafeyi göstermektedir PA-18 Genotipi Haritasının 5. Bağlantı Grubu (Pa5) PA-18 atlantik sakızı genotipi haritasının 5. bağlantı grubu üzerinde 7 markör (3 AFLP ve 4 SRAP) yer almış olup SRAPMe4Em2 173 ile SRAPMe1Em8 379 markörleri 3:1, diğer 5 AFLP markörü ise 1:1 açılım oranı göstermişlerdir. Bunlardan 3 SRAP ve 2 AFLP markörü ise farklı önem seviyelerinde beklenen oranlardan sapma göstermiştir. Ki-kare değerleri 0.19 ile arasında yer almış, ortalama ki-kare katkısı ise ile arasında değişmiştir (Çizelge 4.27). 124

148 4. BULGULAR ve TARTIŞMA Yüşa TÜRKELİ Çizelge PA-18 genotipi genetik haritasının 5. bağlantı grubuna (Pa5) ait markörler ve markör uzaklıkları (cm), açılım oranları, ortalama kikare katkısı, ki-kare değerleri ve önem seviyeleri No Markörler Markör uzaklıkları (cm) Açılım oranları Ortalama ki-kare katkısı Ki-kare değerleri Önem seviyeleri (p) 1 AFLPE42M : AFLPE42M : *** 3 SRAPMe4Em : SRAPMe4Em : ** 5 SRAPMe1Em : * 6 SRAPMe6Em : **** 7 AFLPE42M47 266a : * Ortalama (*) p<0.05, (**) p<0.01, (***) p<0.005, (****) p<0.001 Pa5 0,0 AFLPE42M ,9 AFLPE42M ,1 SRAPMe4Em ,4 60,6 64,6 SRAPMe4Em2173 SRAPMe1Em8379 SRAPMe6Em ,9 AFLPE42M47266a Şekil PA-18 genotipi genetik haritasının, 5. bağlantı grubu (Pa5). Şekilde soldaki rakamlar cm olarak markörler arasındaki mesafeyi göstermektedir. 125

149 4. BULGULAR ve TARTIŞMA Yüşa TÜRKELİ Pa5 bağlantı grubunun toplam uzunluğu 80.9 cm olup markörler arası ortalama uzaklık 11.6 cm olarak belirlenmiştir. Markörler arasında belirlenen 20 cm dan daha geniş 2 boşluk 23.9 cm ve 21.3 cm olarak sırasıyla AFLPE42M ile AFLPE42M ve SRAPMe4Em2 263 ile SRAPMe4Em2 173 markörleri arasında tespit edilmiştir. Markörler arasındaki diğer boşluklar ise 16.3 cm ve 15.2 cm uzunluklarında sırasıyla SRAPMe6Em1 800 ile AFLPE42M47 266a ve AFLPE42M ile SRAPMe4Em2 263 markörleri arasında belirlenmiştir (Şekil 4.22) PA-18 Genotipi Haritasının 6. Bağlantı Grubu (Pa6) PA-18 genotipi genetik haritasının 6. bağlantı grubunda 5 AFLP ve 1 SRAP markörü olmak üzere toplam 6 markör yer almıştır. Bu markörlerin tamamı 1:1 Mendel açılım oranına sahip olmuş, 3 markör ise farklı önem seviyelerinde sapma göstermiştir. En yüksek ki-kare değeri 10.23, en düşük ise 0.11 olarak belirlenmiştir. Ortalama ki-kare katkısı en yüksek ve en düşük sırasıyla ve değerlerinde tespit edilmiş, ortalama ise bulunmuştur (Çizelge 4.28). Çizelge PA-18 genotipi genetik haritasının 6. bağlantı grubuna (Pa6) ait markörler ve markör uzaklıkları (cm), açılım oranları, ortalama kikare katkısı, ki-kare değerleri ve önem seviyeleri No Markörler Markör uzaklıkları (cm) Açılım oranları Ortalama ki-kare katkısı Ki-kare değerleri Önem seviyeleri (p) 1 SRAPMe4Em : * 2 AFLPE39M : AFLPE42M : AFLPE39M : **** 5 AFLPE42M : ** 6 AFLPE42M : Ortalama (*) p<0.05, (**) p<0.01, (****) p<0.001 Altıncı bağlantı grubunun (Pa6) toplam uzunluğu 64.8 cm, ortalama markör yoğunluğu ise 10.8 cm olarak belirlenmiştir. 20 cm den daha büyük en geniş boşluk ise AFLPE39M ile AFLPE42M markörleri arasında 25.8 cm olarak 126

150 4. BULGULAR ve TARTIŞMA Yüşa TÜRKELİ saptanmıştır. Diğer boşluk ise AFLPE42M ile AFLPE39M markörleri arasında 14.2 cm olarak bulunmuştur (Şekil 4.23). Pa6 0,0 6,2 SRAPMe4Em5112 AFLPE39M ,0 AFLPE42M ,2 55,3 64,8 AFLPE39M36169 AFLPE42M70412 AFLPE42M69169 Şekil PA-18 genotipi genetik haritasının, 6. bağlantı grubu (Pa6). Şekilde soldaki rakamlar cm olarak markörler arasındaki mesafeyi göstermektedir PA-18 Genotipi Haritasının 7. Bağlantı Grubu (Pa7) PA-18 atlantik sakızı genotipi genetik haritasının 7. bağlantı grubunu (Pa7) oluşturan markörler, markörlerin uzaklıkları, açılım oranları, ki-kare değerleri ve önem seviyeleri ile ilgili bulgular Çizelge 4.29 da verilmiştir. PA-18 genotipi haritasının 7. bağlantı grubu tamamı 1:1 açılım oranına sahip 3 AFLP, 4 SRAP olmak üzere toplam 7 markör içermiştir. 1:1 açılım oranına sahip 3 markör sapma göstermezken 4 markör farklı önem seviyelerinde beklenen orandan sapma göstermiştir. En büyük ki-kare değeri 10.2, en küçük ise 0.05 olarak hesaplanmıştır. Ortalama ki-kare katkı değerleri en yüksek ve en düşük 0.005, ortalama ise 0.99 olarak belirlenmiştir (Çizelge 4.29). 127

151 4. BULGULAR ve TARTIŞMA Yüşa TÜRKELİ Çizelge PA-18 genotipi genetik haritasının 7. bağlantı grubuna (Pa7) ait markörler ve markör uzaklıkları (cm), açılım oranları, ortalama kikare katkısı, ki-kare değerleri ve önem seviyeleri No Markörler Markör uzaklıkları (cm) Açılım oranları Ortalama ki-kare katkısı Ki-kare değerleri Önem seviyeleri (p) 1 SRAPMe10Em4 121a : * 2 SRAPMe10Em : *** 3 SRAPMe10Em : ** 4 AFLPE42M : SRAPMe10Em4 200b : **** 6 AFLPE39M68 451a : AFLPE39M : Ortalama (*) p<0.05, (**) p<0.01, (***) p<0.005, (****) p<0.001 Pa7 0,0 SRAPMe10Em4121a 20,8 27,4 34,4 SRAPMe10Em6300 SRAPMe10Em6152 AFLPE42M ,5 SRAPMe10Em4200b 64,7 72,5 AFLPE39M68451a AFLPE39M32200 Şekil PA-18 genotipi genetik haritasının, 7. bağlantı grubu (Pa7). Şekilde soldaki rakamlar cm olarak markörler arasındaki mesafeyi göstermektedir. 128

152 4. BULGULAR ve TARTIŞMA Yüşa TÜRKELİ Toplam 72.5 cm uzunluğundaki Pa7 bağlantı grubu üzerinde yer alan markörler arası ortalama uzaklık 10.4 cm olarak hesap edilmiştir. İki markör arasında en geniş boşluk 20.8 cm uzunluğunda SRAPMe10Em4 121a ile SRAPMe10Em6 300 markörleri arasında tespit edilmiştir. Bununla birlikte, diğer boşluklar ise SRAPMe10Em4 200b ile AFLPE39M68 451a ve AFLPE42M ile SRAPMe10Em4 200b markörleri arasında sırasıyla 15.2 cm ve 15.1 cm olarak belirlenmiştir (Şekil 4.24) PA-18 Genotipi Haritasının 8. Bağlantı Grubu (Pa8) PA-18 genotipi haritasının 8. bağlantı grubu (Pa8) 2 AFLP, 2 SRAP ve 1 ISSR olmak üzere toplam 5 markör içermiştir. Grup üzerindeki tüm markörler 3:1 açılım oranı göstermiş olup bunlardan ISSR ve SRAPME10EM markörlerinin ise beklenen oranlardan sapma gösterdiği belirlenmiştir. Markörlerin ortalama ki-kare katkısı ile 0.307, ki-kare değerleri ise 0.24 ile arasında değişmiştir (Çizelge 4.30). Çizelge PA-18 genotipi genetik haritasının 8. bağlantı grubuna (Pa8) ait markörler ve markör uzaklıkları (cm), açılım oranları, ortalama kikare katkısı, ki-kare değerleri ve önem seviyeleri No Markörler Markör uzaklıkları (cm) Açılım oranları Ortalama ki-kare katkısı Ki-kare değerleri Önem seviyeleri (p) 1 AFLPE39M : SRAPMe4Em : ISSR : **** 4 SRAPMe10Em : *** 5 AFLPE39M : Ortalama (***) p<0.005, (****) p<0.001 Pa8 bağlantı grubunun toplam uzunluğu 48.3 cm ve markörler arası ortalama uzaklık ise 9.7 cm olarak belirlenmiştir. Markörler arasında 20 cm üzerinde belirlenen en geniş boşluk 23.7 cm uzunluğunda SRAPMe10Em AFLPE39M markörleri arasında tespit edilmiştir. Diğer en büyük boşluk ise SRAPMe4Em2 259 ile ISSR markörleri arasında 10.6 cm olarak belirlenmiştir (Şekil 4.25). ile 129

153 4. BULGULAR ve TARTIŞMA Yüşa TÜRKELİ Pa8 0,0 9,8 AFLPE39M56221 SRAPMe4Em ,4 24,6 ISSR SRAPMe10Em ,3 AFLPE39M67212 Şekil PA-18 genotipi genetik haritasının, 8. bağlantı grubu (Pa8). Şekilde soldaki rakamlar cm olarak markörler arasındaki mesafeyi göstermektedir PA-18 Genotipi Haritasının 9. Bağlantı Grubu (Pa9) Pa9 bağlantı grubu üzerinde 1 AFLP, 3 SRAP ve 2 ISSR olmak üzere toplam 6 markör bağlantı yapmıştır. Bu grup üzerinde yer alan tüm markörler 1:1 açılım göstermiş olup, bunlardan 3 markörün ise farklı önem seviyelerinde sapma gösterdiği belirlenmiştir. Markörlerin ki-kare değerleri 0 ile arasında değişmiş, ortalama ki-kare katkısı ise en yüksek ve en düşük arasında olduğu kaydedilmiştir (Çizelge 4.31). PA-18 atlantik sakızı genotipi haritasının 9. bağlantı grubunun uzunluğu 74.8 cm ve markör yoğunluğu ise cm olarak hesaplanmıştır. Grup üzerinde 20 cm den daha büyük iki boşluk belirlenmiş olup bunlar 24.8 cm ile 29.1 cm genişliğinde sırasıyla SRAPMe10Em4 380 ile AFLPE42M ve SRAPMe6Em1 700ba ile ISSR markörleri arasında olduğu tespit edilmiştir. Bu grup üzerindeki diğer büyük boşluk ise ISSR ile SRAPMe6Em1 700ba markörleri arasında 13.8 cm olarak belirlenmiştir (Şekil 4.26). 130

154 4. BULGULAR ve TARTIŞMA Yüşa TÜRKELİ Çizelge PA-18 genotipi genetik haritasının 9. bağlantı grubuna (Pa9) ait markörler ve markör uzaklıkları (cm), açılım oranları, ortalama kikare katkısı, ki-kare değerleri ve önem seviyeleri No Markörler Markör uzaklıkları (cm) Açılım oranları Ortalama ki-kare dağılımı Ki-kare değerleri Önem seviyeleri (p) 1 SRAPMe10Em : AFLPE42M : **** 3 ISSR : **** 4 SRAPMe6Em1 700ba : ISSR : ** 6 SRAPMe1Em : Ortalama (**) p<0.01, (****) p<0.001 Pa9 0,0 SRAPMe10Em ,4 25,4 AFLPE42M70175 ISSR ,2 SRAPMe6Em1700ba 68,3 74,8 ISSR SRAPMe1Em1116 Şekil PA-18 genotipi genetik haritasının, 9. bağlantı grubu (Pa9). Şekilde soldaki rakamlar cm olarak markörler arasındaki mesafeyi göstermektedir. 131

155 4. BULGULAR ve TARTIŞMA Yüşa TÜRKELİ PA-18 Genotipi Haritasının 10. Bağlantı Grubu (Pa10) PA-18 genotipi haritasında 4 AFLP, 1 SRAP ve 2 ISSR markörlerini içeren 10. bağlantı grubunda yer alan toplam 7 markörden 1 adedi (SRAPMe10Em6 040 ) 3:1 ve 6 adedi ise 1:1 oranında açılım göstermişlerdir. Üç markör ise beklenen açılım oranından sapma göstermiştir. Ki-kare değerleri 0.06 ile arasında, ortalama kikare katkısı ise ile arasında değişim göstermiştir (Çizelge 4.32). Çizelge PA-18 genotipi genetik haritasının 10. bağlantı grubuna (Pa10) ait markörler ve markör uzaklıkları (cm), açılım oranları, ortalama kikare katkısı, ki-kare değerleri ve önem seviyeleri No Markörler Markör uzaklıkları (cm) Açılım oranları Ortalama ki-kare dağılımı Ki-kare değerleri Önem seviyeleri (p) 1 AFLPE39M : AFLPE39M : SRAPMe10Em : ISSR : **** 5 ISSR : ** 6 AFLPE39M : *** 7 AFLPE39M : Ortalama (**) p<0.01, (***) p<0.005, (****) p<0.001 Pa10 bağlantı grubu 63.6 cm uzunluğunda olup 20 cm dan daha geniş 1 adet boşluk içermiştir. Markörler arası ortalama uzaklık 9.1 cm olarak belirlenmiştir. Markörler arasındaki en geniş boşluk AFLPE39M ile AFLPE39M markörleri arasında 21.2 cm olarak saptanmıştır. Bu gruba ait diğer boşluklar ise 15.7 cm ve 13.7 cm genişliğinde sırasıyla AFLPE39M ile AFLPE39M ve AFLPE39M ile SRAPMe10Em6 040 markörleri arasında tespit edilmiştir (Şekil 4.27). 132

156 4. BULGULAR ve TARTIŞMA Yüşa TÜRKELİ Pa10 0,0 AFLPE39M ,7 AFLPE39M ,4 38,2 41,2 42,4 SRAPMe10Em6040 ISSR ISSR AFLPE39M ,6 AFLPE39M41401 Şekil PA-18 genotipi genetik haritasının, 10. bağlantı grubu (Pa10). Şekilde soldaki rakamlar cm olarak markörler arasındaki mesafeyi göstermektedir PA-18 Genotipi Haritasının 11. Bağlantı Grubu (Pa11) Çizelge 4.33 de 11. bağlantı grubuna ait markörler ile uzaklıkları (cm), açılım oranları, ortalama ki-kare katkısı, ki-kare değerleri ve önem seviyeleri verilmiştir. PA-18 atlantik sakızı genotipi genetik haritasının en az markör içeren en kısa grubu olarak yer alan 11. bağlantı grubunda 1 SRAP ve 2 AFLP olmak üzere toplam 3 markör belirlenmiştir. SRAPMe10Em8 117 markörü 3:1, AFLPE42M ve AFLPE42M markörleri ise 1:1 açılım oranına sahip olmuş, bunlardan 2 markör ise farklı önem seviyelerinde sapma göstermiştir. Markörlere ait ortalama ki-kare katkısı ile değerleri arasında değişmiş, en büyük ki-kare değeri 7.68 ve en küçük ki-kare değeri ise 0.22 olarak tespit edilmiştir (Çizelge 4.33). 133

157 4. BULGULAR ve TARTIŞMA Yüşa TÜRKELİ Çizelge PA-18 genotipi genetik haritasının 11. bağlantı grubuna (Pa11) ait markörler ve markör uzaklıkları (cm), açılım oranları, ortalama kikare katkısı, ki-kare değerleri ve önem seviyeleri No Markörler Markör uzaklıkları (cm) Açılım oranları Ortalama ki-kare katkısı Ki-kare değerleri Önem seviyeleri (p) 1 AFLPE42M : SRAPMe10Em : ** 3 AFLPE42M : *** Ortalama (**) p<0.01, (***) p<0.005 Pa11 0,0 AFLPE42M ,4 40,6 SRAPMe10Em8117 AFLPE42M47100 Şekil PA-18 genetik haritasında, 11. bağlantı grubu (Pa11). Şekilde soldaki rakamlar cm olarak markörler arasındaki mesafeyi göstermektedir. Pa11 bağlantı grubu üzerinde bulunan markörler arası ortalama uzaklık 13.5 cm ve toplam uzunluk 40.6 cm olarak hesaplanmıştır. İki markör arasındaki en geniş boşluk AFLPE42M ile SRAPMe10Em8 117 markörleri arasında 40.4 cm olarak tespit edilmiş olup PA-18 genotipi genetik haritasındaki en büyük boşluk olmuştur (Şekil 4.28). 134

158 4. BULGULAR ve TARTIŞMA Yüşa TÜRKELİ PA-18 Genotipi Haritasının 12. Bağlantı Grubu (Pa12) PA-18 genotipi genetik haritasının 12. bağlantı grubu (Pa12) üzerinde 4 AFLP ve 1 ISSR olmak üzere toplam 5 markör yer almıştır. Bunlardan 3:1 açılım gösteren markör sayısı 1 (AFLPE39M ) ve 1:1 açılım gösteren markör sayısı ise 4 olarak belirlenmiştir. Açılım gösteren 1 ISSR ve 3 AFLP olmak üzere toplam 4 markör ise beklenen oranlardan sapma göstermiştir. Markörlerin en büyük ki-kare değeri 8.91, en küçük ki-kare değeri ise 0.41 bulunmuş, ortalama ki-kare katkısı ise ile değerleri arasında yer almıştır (Çizelge 4.34). Çizelge PA-18 genotipi genetik haritasının 12. bağlantı grubuna (Pa12) ait markörler ve markör uzaklıkları (cm), açılım oranları, ortalama kikare katkısı, ki-kare değerleri ve önem seviyeleri No Markörler Markör uzaklıkları (cm) Açılım oranları Ortalama ki-kare katkısı Ki-kare değerleri Önem seviyeleri (p) 1 ISSR : ** 2 AFLPE42M : **** 3 AFLPE39M : **** 4 AFLPE39M : AFLPE39M : * Ortalama (*) p<0.05, (**) p<0.01, (****) p<0.001 Pa12 bağlantı grubuna ait toplam uzunluk 67.5 cm ve markör yoğunluğu ise 13.5 cm olarak tespit edilmiştir. Grup üzerinde 20 cm den büyük bir adet boşluk belirlenmiş olup en geniş boşluk ISSR ile AFLPE42M markörleri arasında 34.2 cm olarak kaydedilmiş, diğer boşluklar ise AFLPE39M ile AFLPE39M ve AFLPE39M ile AFLPE39M markörleri arasında sırasıyla 19.7 cm ve 11.8 cm olarak belirlenmiştir (Şekil 4.29). 135

159 4. BULGULAR ve TARTIŞMA Yüşa TÜRKELİ Pa12 0,0 ISSR ,2 36,0 AFLPE42M47114 AFLPE39M ,8 AFLPE39M ,5 AFLPE39M65408 Şekil PA-18 genotipi genetik haritasının, 12. bağlantı grubu (Pa12). Şekilde soldaki rakamlar cm olarak markörler arasındaki mesafeyi göstermektedir PA-18 Genotipi Haritasının 13. Bağlantı Grubu (Pa13) Pa13 bağlantı grubunda yer alan toplam 9 markörden 1 AFLP markörü 3:1 oranına, 6 AFLP ve 2 SRAP markörü ise 1:1 açılım oranına sahip olmuşlardır. Bunlardan 3 AFLP markörü ise farklı önem seviyelerinde sapma göstermiştir. Ortalama ki-kare katkısı en büyük ve en küçük ve ortalaması ise 0.90 olarak belirlenmiştir. Ki-kare değerleri ise 8.73 ile 0.19 arasında değişmiştir (Çizelge 4.35). 136

160 4. BULGULAR ve TARTIŞMA Yüşa TÜRKELİ Çizelge PA-18 genotipi genetik haritasının 13. bağlantı grubuna (Pa13) ait markörler ve markör uzaklıkları (cm), açılım oranları, ortalama kikare katkısı, ki-kare değerleri ve önem seviyeleri No Markörler Markör uzaklıkları (cm) Açılım oranları Ortalama ki-kare katkısı Ki-kare değerleri Önem seviyeleri (p) 1 SRAPMe1Em : AFLPE42M : AFLPE39M : * 4 SRAPMe10Em : AFLPE39M : **** 6 AFLPE39M : AFLPE42M : AFLPE42M : ** 9 AFLPE39M : Ortalama (*) p<0.05, (**) p<0.01, (****) p<0.001 Pa13 bağlantı grubunun uzuznluğu 98.1 cm ve markörler arasında ortalama uzaklık ise 10.9 cm olarak hesaplanmıştır. Markörler arasında 20 cm dan daha geniş 3 boşluk belirlenmiş olup SRAPMe1Em8 212 ile AFLPE42M markörleri arasında 23.3 cm, AFLPE42M ile AFLPE42M markörleri arasında 20.2 cm ve AFLPE42M ile AFLPE39M markörleri arasında 29.2 cm olarak tespit edilmiştir. Bu gruba ait diğer boşluk ise 17.2 cm genişliğinde AFLPE42M ile AFLPE39M markörleri arasında belirlenmiştir (Şekil 4.30). 137

161 4. BULGULAR ve TARTIŞMA Yüşa TÜRKELİ Pa13 0,0 SRAPMe1Em ,3 AFLPE42M ,5 44,2 46,7 48,1 48,7 AFLPE39M56103 SRAPMe10Em2485 AFLPE39M36270 AFLPE39M58313 AFLPE42M ,9 AFLPE42M ,1 AFLPE39M58236 Şekil PA-18 genotipi genetik haritasının, 13. bağlantı grubu (Pa13). Şekilde soldaki rakamlar cm olarak markörler arasındaki mesafeyi göstermektedir PA-18 Genotipi Haritasının 14. Bağlantı Grubu (Pa14) PA-18 genotipi haritasının 14. bağlantı grubuna ait bulgular Çizelge 4.36 da verilmiştir. Bu grup 6 AFLP ve 2 SRAP olmak üzere toplam 8 markör içermiştir. Bu grupta yer alan SRAPMe10Em2 304b markörü 3:1 açılım, diğer 7 markör ise 1:1 açılım oranı göstermiş olup bu oranlardan sapma gösteren markör sayısı ise 7 olarak belirlenmiştir. Bununla birlikte grubu oluşturan markörlerinn en büyük ki-kare değeri 10.23, en küçük ki-kare değeri ise 2.65 olarak belirlenmiştir. Ortalama ki-kare katkı değerleri arasında değişmiş, ortalaması ise olarak hesaplanmıştır (Çizelge 4.36). 138

162 4. BULGULAR ve TARTIŞMA Yüşa TÜRKELİ Çizelge PA-18 genotipi genetik haritasının 14. bağlantı grubuna (Pa14) ait markörler ve markör uzaklıkları (cm), açılım oranları, ortalama kikare katkısı, ki-kare değerleri ve önem seviyeleri No Markörler Markör uzaklıkları (cm) Açılım oranları Ortalama ki-kare katkısı Ki-kare değerleri Önem seviyeleri (p) 1 AFLPE39M : **** 2 SRAPMe10Em2 304b : ** 3 AFLPE42M : AFLPE39M : **** 5 SRAPMe1Em : *** 6 AFLPE42M : * 7 AFLPE42M : **** 8 AFLPE39M : * Ortalama (*) p<0.05, (**) p<0.01, (***) p<0.005, (****) p<0.001 Pa14 0,0 AFLPE39M ,7 SRAPMe10Em2304b 31,0 36,5 40,8 43,4 46,6 52,0 AFLPE42M68197 AFLPE39M63355 SRAPMe1Em5171 AFLPE42M70122 AFLPE42M36218 AFLPE39M54108 Şekil PA-18 genotipi genetik haritasının, 14. bağlantı grubu (Pa14). Şekilde soldaki rakamlar cm olarak markörler arasındaki mesafeyi göstermektedir. Toplam uzunluğu 52 cm olarak belirlenen 14. bağlantı grubundaki markörler arası ortalama uzaklık 6.5 cm olarak hesaplanmıştır. Bu grup üzerinde 20 cm dan daha büyük olan 1 boşluk belirlenmiş olup en geniş boşluk 20.3 cm uzunluğunda SRAPMe10Em2 304 ile AFLPE42M markörleri arasında tespit edilmiştir. Diğer 139

163 4. BULGULAR ve TARTIŞMA Yüşa TÜRKELİ boşluk ise 10.7 cm genişliğinde AFLPE39M ile SRAPMe10Em2 304b markörleri arasında tespit edilmiştir (Şekil 4.31) PA-18 Genotipi Haritasının 15. Bağlantı Grubu (Pa15) Pa15 bağlantı grubu toplam 8 markör olmak üzere 7 AFLP ve 1 SRAP markörü içermiştir. Bu grup üzerinde bulunan tüm markörler 1:1 Mendel açılımı oranı göstermiş olup AFLPE42M markörü ise beklenen açılım oranından %1 önem seviyesinde sapma göstermiştir. Ki-kare değerleri 0.29 ile 5.50 arasında yer almış, ortalama ki-kare katkısı ise ile değerleri arasında değişmiştir (Çizelge 4.37). Çizelge PA-18 genotipi genetik haritasının 15. bağlantı grubuna (Pa15) ait markörler ve markör uzaklıkları (cm), açılım oranları, ortalama kikare katkısı, ki-kare değerleri ve önem seviyeleri No Markörler Markör uzaklıkları (cm) Açılım oranları Ortalama ki-kare katkısı Ki-kare değerleri Önem seviyeleri (p) 1 AFLPE42M : AFLPE39M : AFLPE42M : AFLPE42M : ** 5 AFLPE39M : SRAPMe10Em : AFLPE39M : AFLPE39M : Ortalama (**) p<0.01 Şekil 4.32 de gösterilen 15. bağlantı grubu toplam 64.2 cm uzunluğunda belirlenmiş olup hesaplanan ortalama markör yoğunluğu 8.02 cm olarak bulunmuştur. İki markör arasında en geniş boşluk 18.1 cm uzunluğunda SRAPMe10Em2 850 ile AFLPE39M markörleri arasında tespit edilmiştir. Diğer boşluk ise AFLPE42M ile AFLPE39M markörleri arasında 11.2 cm olarak hesaplanmıştır (Şekil 4.32). 140

164 4. BULGULAR ve TARTIŞMA Yüşa TÜRKELİ Pa15 0,0 AFLPE42M ,2 20,2 25,3 34,6 42,7 AFLPE39M51168 AFLPE42M56456 AFLPE42M69260 AFLPE39M54286 SRAPMe10Em ,8 64,2 AFLPE39M58108 AFLPE39M58177 Şekil PA-18 genotipi genetik haritasının, 15. bağlantı grubu (Pa15). Şekilde soldaki rakamlar cm olarak markörler arasındaki mesafeyi göstermektedir PA-18 Genotipi Haritasının 16. Bağlantı Grubu (Pa16) PA-18 genotipi genetik haritasının 16. bağlantı grubu (Pa16) üzerinde 3 AFLP, 3 SRAP ve 1 ISSR olmak üzere toplam 7 markör belirlenmiş, bunlardan 1 markör (AFLPE39M ) 3:1 ve diğer 6 markör ise 1:1 açılım göstermiştir. Üç adet SRAP markörü ise farklı önem seviyelerinde beklenen orandan sapma göstermiştir. Markörlerin ki-kare değerleri en yüksek 9.98 ile en küçük 0.05 arasında değişmiş, ortalama ki-kare katkısı ise ile değerleri arasında yer almıştır (Çizelge 4.38). 141

165 4. BULGULAR ve TARTIŞMA Yüşa TÜRKELİ Çizelge PA-18 genotipi genetik haritasının 16. bağlantı grubuna (Pa16) ait markörler ve markör uzaklıkları (cm), açılım oranları, ortalama kikare katkısı, ki-kare değerleri ve önem seviyeleri No Markörler Markör uzaklıkları (cm) Açılım oranları Ortalama ki-kare katkısı Ki-kare değerleri Önem seviyeleri (p) 1 AFLPE39M : AFLPE42M : SRAPMe10Em : **** 4 SRAPMe10Em : **** 5 AFLPE42M : SRAPMe10Em : * 7 ISSR : Ortalama (*) p<0.05, (****) p<0.001 Pa16 0,0 AFLPE39M ,3 AFLPE42M ,5 29,4 SRAPMe10Em10280 SRAPMe10Em ,5 AFLPE42M ,3 SRAPMe10Em ,7 ISSR Şekil PA-18 genotipi genetik haritasının, 16. bağlantı grubu (Pa16). Şekilde soldaki rakamlar cm olarak markörler arasındaki mesafeyi göstermektedir. 142

166 4. BULGULAR ve TARTIŞMA Yüşa TÜRKELİ Onaltıncı bağlantı grubu (Pa16) toplam 76.7 cm uzunluğa sahip olmuş, markörler arasında ortalama uzaklık ise yaklaşık 11 cm olarak saptanmıştır. Bu gruba ait markörler arasında hesaplanan en geniş boşluklar AFLPE42M ile SRAPMe10Em4 091, SRAPMe10Em4 091 ile ISSR , AFLPE39M ile AFLPE42M ve SRAPMe10Em9 202 ile AFLPE42M markörleri arasında sırasıyla 17.8 cm, 16.4 cm, 14.3 cm ve 13.1 cm olarak belirlenmiştir (Şekil 4.33) PA-18 Genotipi Haritasının 17. Bağlantı Grubu (Pa17) PA-18 atlantik sakızı genotipi genetik haritasının 17. bağlantı grubuna (Pa17) ait markörler ile markör uzaklıkları, açılım oranları, ortalama ki-kare katkısı, ki-kare değerleri ve markörlerdeki sapmayı gösteren önem seviyelerine ait bulgular Çizelge 4.39 da verilmiştir. Pa17 bağlantı grubu üzerinde 2 AFLP, 3 SRAP ve 1 ISSR markörleri olmak üzere toplam 6 markör yer almıştır. Bunlardan 3:1 açılımı veren markör sayısı 2 (SRAPMe1Em ve SRAPMe1Em1 283 ) ve 1:1 açılım oranı gösteren markör sayısı ise 4 olarak belirlenmiştir. ISSR markörü %0.1 önem seviyesinde sapma göstermiştir. Markörlerin ki-kare değerleri 0.02 ile 8.91 arasında değişim göstermiş, ortalama ki-kare katkısı ise olarak belirlenmiştir (Çizelge 4.39). Çizelge PA-18 genotipi genetik haritasının 17. bağlantı grubuna (Pa17) ait markörler ve markör uzaklıkları (cm), açılım oranları, ortalama kikare katkısı, ki-kare değerleri ve önem seviyeleri No Markörler Markör uzaklıkları (cm) Açılım oranları Ortalama ki-kare katkısı Ki-kare değerleri Önem seviyeleri (p) 1 SRAPMe4Em : ISSR : **** 3 AFLPE39M : SRAPMe1Em : SRAPMe1Em : AFLPE39M : Ortalama (****) p<

167 4. BULGULAR ve TARTIŞMA Yüşa TÜRKELİ Pa17 0,0 SRAPMe4Em ,4 ISSR ,8 36,7 40,1 46,5 AFLPE39M68236 SRAPMe1Em12200 SRAPMe1Em1283 AFLPE39M Şekil PA-18 genotipi genetik haritasının, 17. bağlantı grubu (Pa17). Şekilde soldaki rakamlar cm olarak markörler arasındaki mesafeyi göstermektedir. Pa17 bağlantı grubunun toplam uzunluğu 46.5 cm, ortalama markör yoğunluğu ise 7.7 cm olarak belirlenmiştir. Markörler arasında bulunan en büyük boşluklar 19.4 cm ve 12.4 cm genişliklerinde olup sırasıyla ISSR ile AFLPE39M ve SRAPMe4Em7 370 ile ISSR markörleri arasında tespit edilmiştir (Şekil 4.34) PA-18 Genotipi Haritasının 18. Bağlantı Grubu (Pa18) Pa18 bağlantı grubu üzerinde 2 AFLP ve 1 SRAP ve 1 ISSR markörü olmak üzere toplam 4 markör tespit edilmiş, bunlardan 2 markör 3:1 açılım, 2 markör de 1:1 açılım göstermiştir. Toplam 3 markörden AFLPE42M ile ISSR markörleri %5 ve SRAPMe1Em1 185 markörü ise %1 önem seviyesinde sapma göstermiştir. En büyük ki-kare değeri 4.27, en küçük ise 1.64 olarak saptanmış, ortalama ki-kare katkısı ile değerleri arasında değişmiş, ortalaması ise olarak hesaplanmıştır (Çizelge 4.40). 144

168 4. BULGULAR ve TARTIŞMA Yüşa TÜRKELİ Çizelge PA-18 genotipi genetik haritasının 18. bağlantı grubuna (Pa18) ait markörler ve markör uzaklıkları (cm), açılım oranları, ortalama kikare katkısı, ki-kare değerleri ve önem seviyeleri No Markörler Markör uzaklıkları (cm) Açılım oranları Ortalama ki-kare katkısı Ki-kare değerleri Önem seviyeleri (p) 1 AFLPE42M : SRAPMe1Em : ** 3 AFLPE42M : * 4 ISSR : * Ortalama (*) p<0.05, (**) p<0.01 Pa18 bağlantı grubu 47.9 cm uzunluğa sahip olup markör yoğunluğunu belirleyen markörler arası ortalama uzaklık yaklaşık 12 cm olarak hesaplanmıştır. Bu grup üzerinde en geniş boşluk AFLPE42M ile SRAPMe1Em1 185 markörleri arasında 38.1 cm olarak tespit edilmiştir (Şekil 4.35). Pa18 0,0 AFLPE42M ,1 39,8 47,9 SRAPMe1Em1185 AFLPE42M73085 ISSR Şekil PA-18 genotipi genetik haritasının, 18. bağlantı grubu (Pa18). Şekilde soldaki rakamlar cm olarak markörler arasındaki mesafeyi göstermektedir. 145

169 4. BULGULAR ve TARTIŞMA Yüşa TÜRKELİ PA-18 Genotipi Haritasının 19. Bağlantı Grubu (Pa19) Ondokuzuncu bağlantı grubuna (Pa19) ait markörler ile markör uzaklıkları, açılım oranları, ki-kare değerleri ve önem seviyeleri Çizelge 4.41 de verilmiştir. Pa19 bağlantı grubunda 1 markör 3:1 ve 3 markör ise 1:1 açılım göstermiş olup grupta toplam 4 AFLP markörü yer almıştır. Bu bağlantı grubunda bulunan 4 AFLP markörü de farklı önem seviyelerinde sapma göstermiştir. Markörlerin ortalama ki-kare katkısı ile değerleri arasında değişiklik göstermiş, kikare değerleri ise en düşük 4.65 ile en yüksek 7.68 arasında belirlenmiştir (Çizelge 4.41). Çizelge PA-18 genotipi genetik haritasının 19. bağlantı grubuna (Pa19) ait markörler ve markör uzaklıkları (cm), açılım oranları, ortalama kikare katkısı, ki-kare değerleri ve önem seviyeleri No Markörler Markör uzaklıkları (cm) Açılım oranları Ortalama ki-kare dağılımı Ki-kare değerleri Önem seviyeleri (p) 1 AFLPE42M : ** 2 AFLPE39M : *** 3 AFLPE42M : *** 4 AFLPE42M : ** Ortalama (**) p<0.01, (***) p<0.005 Pa19 0,0 8,6 18,4 27,1 AFLPE42M69226 AFLPE39M65117 AFLPE42M69062 AFLPE42M69100 Şekil PA-18 genotipi genetik haritasının, 19. bağlantı grubu (Pa19). Şekilde soldaki rakamlar cm olarak markörler arasındaki mesafeyi göstermektedir. 146

170 4. BULGULAR ve TARTIŞMA Yüşa TÜRKELİ PA-18 atlantik sakızı genotipi haritasının en küçük grubu olarak yer alan 19. bağlantı grubu toplam 27.1 cm uzunluğa sahip olup, markörler arası ortalama uzaklık 6.7 cm olarak belirlenmiştir. Bu gruba ait en geniş boşluk 9.8 cm olarak AFLPE39M ile AFLPE42M markörleri arasında tespit edilmiştir (Şekil 4.36) PA-18 Atlantik Sakızı Genotipinin Genetik Haritasının Genel Değerlendirilmesi PA-18 genotipinin genetik haritasını oluşturan bağlantı gruplarına ait bulgular Çizelge 4.42 de verilmiştir. PA-18 genotipi genetik bağlantı haritasında yer alan 156 markör 19 bağlantı grubu üzerinde (Pa1-Pa19) dağılım göstermiştir. Haritayı oluşturan bağlantı grupları üzerinde 99 AFLP, 47 SRAP ve 10 ISSR markörü yer almıştır. Grupların markör sayıları 4 ile 20 arasında değişiklik göstermiş, en fazla markör Pa1 bağlantı grubu (20 markör ve cm uzunluk) ile Pa3 bağlantı grubunda (20 markör ve cm uzunluk), en az markör ise Pa19 (4 markör ve 27.1 cm uzunluk), Pa11 (3 markör ve 40.6 cm) ve Pa18 (4 markör, 47.9 cm) bağlantı grupları üzerinde tespit edilmiştir. Bağlantı gruplarında bulunan ortalama markör sayısı ise 8.2 olarak belirlenmiştir (Çizelge 4.42). PA-18 genotipi haritasının içerdiği toplam 156 markörden 1:1 açılım oranına sahip 134 markörün %60 ı (81 markör) ve 3:1 açılım gösteren 22 markörün %59 u (13 markör) beklenen açılım oranlarından sapma göstermiştir. Bununla birlikte, 1:1 açılım gösteren sapma göstermeyen markör sayısı 53 olarak belirlenirken, 3:1 açılım oranına sahip sapma göstermeyen markör sayısı ise 9 olarak hesaplanmıştır. PA-18 genotipi genetik haritasında 50 cm nın altında 5 küçük bağlantı grubu (Pa8, Pa11, Pa17, Pa18, Pa19) belirlenmiş, bunların uzunlukları 27.1 cm (Pa19) ile 48.3 cm (Pa8) arasında yer almıştır. Bu küçük (minör) grupların sahip olduğu markör sayıları 3 (Pa11) ile 6 (Pa17) arasında değişim göstermiştir. PA-18 genotipi haritasının küçük (minör) gruplarının toplam markör sayısı 22 olarak bulunmuş, markör yoğunluğu ise ortalama 4.4 cm olarak hesaplanmıştır. 147

171 4. BULGULAR ve TARTIŞMA Yüşa TÜRKELİ PA-18 genotipi genetik haritasında büyük (major) gruplar olarak 50 cm ın üzerinde 14 bağlantı grubu (Pa1-Pa7, Pa9, Pa10, Pa12-Pa16) belirlenmiş, bunlardan en kısa grup (Pa14) 52 cm uzunluğunda 8 markör içermiş, en uzun grup (Pa1) ise cm uzunluğunda 20 marköre sahip olmuştur. Büyük (major) grupların toplam markör sayısı 134, markör yoğunluğu ise 9.6 olarak belirlenmiştir (Çizelge 4.42). PA-18 genotipi haritasını oluşturan 19 bağlantı grubunun toplam uzunluğu cm olarak hesaplanmıştır. Bağlantı gruplarının uzunluğu 27.1 cm (Pa19) ile cm (Pa1) arasında değişmiş olup en büyük grup olarak Pa1 bağlantı grubu cm olup 20 markör içermiş ve Pa3 bağlantı grubu ise cm uzunluğunda 20 marköre sahip olmuştur. En küçük bağlantı grubu (Pa19) 27.1 cm uzunluğunda 4 marköre sahip iken, en az markör (3 markör) Pa11 bağlantı grubunda (40.6 cm) tespit edilmiştir (Çizelge 4.42). PA-18 genotipi haritasının sahip olduğu toplam 19 bağlantı grubunun ortalama uzunluğu 70.4 cm olarak hesaplanmıştır. Ortalama markör yoğunluğu en yüksek olan bağlantı grupları Pa11 (13.5 cm) ve Pa12 (13.5 cm), en düşük ortalama markör yoğunluğuna sahip gruplar ise Pa1 (5.8 cm), Pa2 (5.7 cm) ve Pa3 (5.6 cm) olduğu tespit edilmiştir. Harita markörler arasındaki ortalama uzaklık ise 8.6 cm olarak hesaplanmıştır (Çizelge 4.42). PA-18 genotipi haritasının bağlantı grupları üzerinde 20 cm dan büyük boşluk sayısı 21 olarak belirlenmiş olup en geniş boşluklar Pa1 (25.9 cm), Pa2 (23.1, 20.1 cm), Pa3 (21.9 cm), Pa4 (33.6, 21.1 cm), Pa5 (23.9, 21.3 cm), Pa6 (25.8 cm), Pa7 (20.8 cm), Pa8 (23.7 cm), Pa9 (29.1, 24.8 cm), Pa10 (21.2 cm), Pa11 (40.4 cm), Pa12 (34.2 cm), Pa13 (29.2, 23.3, 20.2 cm), Pa14 (20.3 cm), Pa18 (38.1 cm) bağlantı grupları üzerinde yer almışlardır. Bu bağlantı grupları üzerindeki en büyük boşluk 40.4 cm olarak Pa11 bağlantı grubunda, en küçük boşluk ise 20.1 cm olarak Pa2 bağlantı grubu üzerinde tespit edilmiştir (Çizelge 4.42). 148

172 4. BULGULAR ve TARTIŞMA Yüşa TÜRKELİ Çizelge PA-18 atlantik sakızı genotipi genetik haritasının bağlantı gruplarına ait uzunluklar (cm), AFLP, SRAP, ISSR markör sayıları, toplam markör sayıları, ortalama uzaklıklar ve 20 cm den daha geniş boşluk sayıları ile markörlerin açılım ve sapma oranları Bağlantı grup no Grupların Uzunlukları (cm) AFLP markörü SRAP markörü ISSR markörü Toplam Markörü Ortalama Uzaklık (cm) Boşluk sayısı (>20cM) Toplam Ortalama Açılım Oranları Sapma Oranları 1: : : :

173 4. BULGULAR ve TARTIŞMA Yüşa TÜRKELİ 4.7. Siirt Antepfıstığı Çeşidi ve PA-18 Atlantik Sakızı Genotipi Genetik Bağlantı Haritalarının Birlikte Değerlendirilmesi Bu çalışmada elde edilen Siirt çeşidi ve PA-18 genotipi genetik haritalarına ait bağlantı grubunun sayısı, bağlantı gruplarının toplam uzunluğu ile ortalama grup uzunluğu, markörler arası ortalama uzaklık, ortalama markör sayısı, bağlantı grupları üzerinde belirlenen 20 cm dan daha geniş boşluk sayıları Çizelge 4.43 de verilmiş olup farklı türlerde yapılan diğer haritalama çalışmaları ile karşılaştırılarak değerlendirilmiştir. Çizelge Siirt ve PA-18 genetik haritalarına ait toplam grup sayıları, toplam grup uzunlukları (cm), ortalama uzunluklar (cm), AFLP, SRAP, ISSR markör sayıları ile toplam markör sayıları, ortalama markör yoğunluğu, markörler arası ortalama uzaklık (cm), 20 cm den daha geniş boşluk sayıları, markörlerdeki toplam açılım ve sapma oranları Ebeveynler Siirt PA-18 Toplam grup sayısı Toplam grup uzunluğu (cm) Ortalama grup uzunluğu (cm) AFLP markör sayısı SRAP markör sayısı ISSR markör sayısı 9 10 Toplam markör sayısı Ortalama markör sayısı Markörler arası ortalama uzaklık (cm) Markörler arasındaki en geniş uzaklık (cm) 41.4 cm (S5) 40.4 cm (Pa11) Boşluk sayısı (>20 cm) Toplam açılım oranı (1:1) 144 (%87) 134 (%86) Toplam açılım oranı (3:1) 21 (%13) 22 (%14) Sapma oranı (1:1) 56 (%39) 81 (%60) Sapma oranı (3:1) 7 (%33) 13 (%59) 150

174 4. BULGULAR ve TARTIŞMA Yüşa TÜRKELİ Bu çalışmada Siirt atepfıstığı çeşidinin genetik haritası 17 ve PA-18 atlantik sakızı genotipinin genetik haritası ise 19 bağlantı grubundan oluşmuştur. Diğer araştırmacılar tarafından farklı meyve türlere ait F1 bitkilerinde yapılan haritalama çalışmalarında Hemmat ve ark. (1994), haploid kromozom sayısı n=17 olan elmada oluşturdukları iki ayrı bağlantı haritasından White Angel haritasında 253 markör içeren 24 bağlantı grubu ve Rome Beauty haritasında ise 156 markörün yer aldığı 21 bağlantı grubu belirlemişlerdir. Bununla birlikte La Rosa ve ark. (2003), zeytinin (n=23) F1 bireylerine ait Leccino çeşidi haritasının toplam 249 markör içeren 39 bağlantı grubuna ve Dolce Agogia çeşidi haritasının ise 236 markör ile 30 bağlantı grubuna sahip olduğunu kaydetmişlerdir. Ayrıca açıkta tozlanan diğer bir tür olan (n=16) pikanda Beedanagari ve ark. (2005) yapmış oldukları haritalama çalışmasında Pawnee çeşidinin haritasında toplam 218 markörün 29 bağlantı grubu oluşturduğunu belirtmişler, diğer bir harita olan Elliot çeşidinde ise toplam 174 markörün 26 bağlantı grubu üzerinde yer aldığını bildirmişlerdir. Bunlara ek olarak, kayısının (n=8) F1 bitkilerinde yapılan haritalamada ise Hurdato ve ark. (2002), Goldric çeşidi haritasında 8 bağlantı grubunda 132 markörün içerdiğini, Valenciano çeşidi haritasında ise 80 markörün 7 bağlantı grubunu oluşturduğunu belirtmiştir. Bu konuda çalışan diğer bir araştırmacı Lowe ve Walker (2006) ise asmada (n=19) F1 bireyleri ile oluşturduğu Ramsey çeşidi haritası için 172 markörün 19 bağlantı grubu ve Riparia Gloire çeşidi haritası için 126 markörün 18 bağlantı grubu üzerinde dağılım gösterdiğini belirtmişlerdir. Ayrıca Venkateswarlu ve ark. (2006) ise dut bitkisinde (n=14) tür içi melez F1 bireylerindeki haritalama çalışmasında her biri 94 markör içeren S36 anne ebeveyn çeşidi haritası için 12 ve V1 baba ebeveyn çeşidi haritasında ise 14 bağlantı grubu oluşturmuşlardır. Orman ağaçlarına ait türlerin F1 bitkilerinde yapılan haritalama çalışmalarında ise Grattapaglia ve Sederoff (1994), okaliptusun (n=11) ebeveyn haritalarından Eucalyptus grandis haritası için 240 markörün 14 bağlantı grubu, Eucalyptus urophylla haritasında ise 251 markörün 11 bağlantı grubu oluşturduğu bildirmişlerdir. Diğer bir araştırma olan çamın (n=12) F1 bitkisine ait haritalama çalışmasında Arcade ve ark. (2000), anne ebeveyn bitkisi olan European larch 151

175 4. BULGULAR ve TARTIŞMA Yüşa TÜRKELİ haritasında toplam 117 markörün 17 bağlantı grubuna, baba ebeveyn bitkisi Japanese larch haritasında ise 125 markörün 21 bağlantı grubuna sahip olduğunu belirtmişlerdir. Bunlarla birlikte Lanteri ve ark. (2006), yuvarlak enginarın (n=17) F1 bireylerine ait RomanescoC3 haritasında 204 markör ile 18 bağlantı grubunun ve Spinoso di palermo haritasında ise 180 markör ile 17 bağlantı grubunun elde edildiğini belirtmişlerdir. Diğer araştırmacılar tarafından pikanda (Beedanagari ve ark., 2005) zeytinde (La Rosa ve ark., 2003), elmada (Hemmat ve ark., 1994), çamda (Arcade ve ark., 2000) yapılan haritalama çalışmalarında her iki ebeveyn haritası için bildirilen bağlantı gruplarının sayısı ve ayrıca okaliptusa ait türlerden anne ebeveyn haritasını oluşturan Eucalyptus grandis haritasında (Grattapaglia ve Sederoff, 1994) ve yuvarlak enginarın RomanescoC3 haritasında (Lanteri ve ark., 2006) oluşturulan bağlantı gruplarının sayısı bahsedilen bitki türlerinin haploid kromozom sayısından daha fazla olduğu tespit edilmiştir. Bu çalışmada Siirt çeşidi ve PA-18 genotipi haritalarının bağlantı gruplarının sayısı, antepfıstığı ve atlantik sakızı genomlarının haploid kromozom (n=15) sayısından (Ila ve ark., 2003) daha fazla olduğu saptanmış olup bahsedilen araştırmacıların çalışmalarında bildirdikleri haritalara ait bağlantı gruplarının sayılarının oluşumuyla benzerlik göstermiştir. Buna göre, ideal şartlarda türün sahip olduğu haploid kromozom sayısı kadar bağlantı grubunun oluşması gerekirken elde edilen sonuçlara göre oluşturulan ebeveyn haritalarının bağlantı grupları sayısının daha fazla olduğu belirlenmiştir. Bu durum bağlantı yapan markörlerin yeterli sayıda olmamasından ve rekombinasyonun düşük olması nedeniyle bazı bağlantı gruplarını birleştirecek yeterli sayıda markörün oluşmamasından kaynaklanmış olabilir. Ayrıca bağlantı grupları üzerinde tanımlanamamış çok büyük boşlukların bulunması da bağlantı gruplarında parçalı yapıya neden olduğu düşünülmektedir. Bununla birlikte, türün haploid kromozom sayısından daha fazla sayıda olan ve küçük uzunluklara sahip bazı bağlantı grupları büyük grupların alt veya üst kısmının bir parçası olabileceği gibi bir bağlantı grubunun farklı kısımlarına da ait olmuş olabilir. Diğer bir açıklama olarak, iki küçük bağlantı grubu gerçekte tek bir bağlantı grubunun parçaları olabilir. Bu durum bir bağlantı grubundaki son markör ile diğer bağlantı 152

176 4. BULGULAR ve TARTIŞMA Yüşa TÜRKELİ grubundaki ilk markör arasındaki cm olarak mesafenin haritalama için belirlenen sınır değerinden daha büyük olması durumunda ortaya çıkabilmektedir. Bu nedenle küçük bağlantı gruplarını birleştirmek için rekombinasyonun düşük olarak gerçekleştiği genomlarda doymuş bir genetik haritalama için daha fazla sayıda markör kullanılmalıdır. Siirt çeşidi ve PA-18 genotipinin haploid kromozom sayılarının 15 olduğu düşünüldüğünde markör sayısının arttırılmasıyla bu küçük bağlantı gruplarının birbirleriyle yada diğer büyük gruplarla birleşebileceği söylenebilir. Bu çalışmada yer alan bağlantı gruplarına ait Siirt çeşidi haritasında toplam 165 markör ve PA-18 genotipi haritasında ise 156 markör dağılım göstermiş iken ortalama markör sayısı Siirt çeşidi haritası için 9.70 ve PA-18 genotipi haritasında ise 8.21 olarak belirlenmiştir (Çizelge 4.43). Buna göre Siirt haritasına ait ortalama markör yoğunluğunun daha fazla olması nedeniyle PA-18 haritasına göre daha doygun bir harita olduğu ifade edilebilir. Diğer türlerin F1 bitkileri ile yapılan haritalama çalışmalarında bağlantı gruplarının içerdiği ortalama markör sayıları bakımından, Hemmat ve ark. (1994), elmada White Angel haritasında ortalama markör sayısını olarak belirlemiş, bununla birlikte Grattapaglia ve Sederoff (1994), okaliptusda ortalama markör sayısını Eucalyptus grandis ve Eucalyptus urophylla haritalarında sırasıyla ve olarak, Hurdato ve ark. (2002) ise kaysıda ortalama markör sayısını Goldric haritasında 16.5 ve Valenciano haritasında 11.4 olarak belirtmişlerdir. Ayrıca Lanteri ve ark. (2006), yuvarlak enginarda ortalama markör sayısını RomanescoC3 ve Spinoso di palermo haritalarında sırasıyla ve ve diğer bir araştırmacı Lowe ve Walker (2006) ise asmanın Ramsey çeşidi haritasında 9.9 olarak bildirmişlerdir. Bu çalışmada Siirt çeşidi ve PA-18 genotipi haritalarının ortalama markör sayıları, bahsedilen diğer çalışmalara ait ortalama değerlerden daha düşük olarak tespit edilmiştir. Bu durum değişik türlere ait genetik materyalin farklı olması nedeniyle bağlantı yapan markör sayılarından kaynaklanmaktadır. Bu sonuçlara karşın, bazı araştırıcılar çalışmalarında ortalama markör sayılarını daha düşük olarak belirtmişlerdir. Bunlardan Hemmat ve ark. (1994) 153

177 4. BULGULAR ve TARTIŞMA Yüşa TÜRKELİ elmada ortalama markör sayısını Rome Beauty haritasında 7.42, ayrıca Arcade ve ark. (2000) çam bitkisinin European larch haritasında 6.88 ve Japanese larch haritasında 5.95 olarak belirlemişlerdir. Bunlara ilaveten La Rose ve ark. (2003) zeytinin Leccino ve Dolce Agogia haritalarında sırasıyla 7.32 ve 7.86 olarak belirtmişlerdir. Başka bir araştırmacı Beedanagari ve ark. (2005) ise pikanda Pawnee ve Elliot çeşidi haritalarında ortalama markör sayısını sırasıyla 7.51 ve 6.69 olarak tespit etmişlerdir. Lowe ve Walker (2006) ise ortalama markör sayısını asmanın Riparia Gloire haritasında 6.9 olarak bildirmişlerdir. Bu çalışmada elde edilen ortalama markör sayıları, bahsedilen araştırıcıların bildirdikleri değerlerden daha yüksek olarak tespit edilmiştir. Bu değerlerdeki farklılıklar, toplam markör sayılarına bağlı olabileceği gibi bunların dağılım gösterdiği bağlantı gruplarının sayıları ile uzunluklarından da kaynaklanmaktadır. Çünkü farklı türlerde yapılan haritalama çalışmalarında bağlantı gruplarının sayıları ile uzunlukları da farklı olmuştur. Ayrıca bağlantı grupları üzerinde ortalama markör yoğunluğunun fazla olması daha doymuş bir harita olduğunu ve markörlerin bağlantı grubu üzerinde daha yoğun bir dağılıma sahip olduğunu göstermiştir. Bu çalışmada yer alan haritaların bağlantı gruplarının toplam uzunluğu incelendiğinde, Siirt çeşidi haritasının toplam harita uzunluğu cm olup, PA-18 genotipi haritasının bağlantı gruplarının toplam uzunluğu cm olarak saptanmıştır. Diğer türlerin haritalama çalışmalarında toplam harita uzunlukları bakımından incelendiğinde, Grattapaglia ve Sederoff (1994) Eucalyptus grandis haritasında 1552 cm ve La Rosa ve ark. (2003) ise zeytinin Leccino ve Dolce Agogia haritalarında sırasıyla cm ve 2445 cm harita uzunluğu tespit etmişlerdir. Beedanagari ve ark. (2005) ise pikanın Pawnee haritasının 2227 cm ve Elliot haritasının ise 1698 cm uzunluğa sahip olduğunu bildirmişlerdir. Bu çalışmada elde edilen toplam harita uzunlukları diğer araştırıcıların bildirdikleri değerlerden daha düşük olarak tespit edilmiştir. Bu durum, haritalamada kullanılan bitkilerin genom içeriğinden ve elde edilen markör sayılarıyla bağlantılı olabilir. Büyük genoma sahip olan türlerde genomun daha fazla kopyalanması ile genomu tanımlayabilen daha fazla sayıda markör ve harita uzunluğu elde edilebilmektedir. 154

178 4. BULGULAR ve TARTIŞMA Yüşa TÜRKELİ Diğer bazı çalışmalarda Grattapaglia ve Sederoff (1994) Eucalyptus urophylla haritasını 1101 cm, Hemmat ve ark. (1994) ise elmada White Angel haritasını 950 cm olarak tespit etmişlerdir. Çam türlerini içeren diğer bir çalışmada Arcade ve ark. (2000) European larch ebeveyn haritasını 1152 cm ve Japanese larch haritasını ise 1206 cm olduğunu belirtmişlerdir. Bununla birlikte, Hurdato ve ark. (2002) kaysıda Goldric ve Valenciano haritalarının uzunluklarını sırasıyla 467 cm ve 522 cm olarak, Lowe ve Walker (2006) ise asmada Riparia Gloire haritasını cm uzunluğunda tespit etmişlerdir. Bu çalışmada bulunan sonuçlar ise bahsedilen araştırıcıların bildirdikleri değerlerden daha yüksek bulunmuş ve böylece diğer çalışmalara göre daha büyük bir genom içeriği elde edilmiştir. Ayrıca, bu çalışmada belirlenen Siirt çeşidi ve PA-18 genotipi haritalarının uzunlukları, Lowe ve Walker (2006) ın asmanın Ramsey haritasında ( cm), Lanteri ve ark. (2006) ın yuvarlak enginara ait RomanescoC3 haritası ( cm) ile Spinoso di palermo haritasında ( cm) belirttikleri değerlerle yaklaşık olarak benzer bulunmuştur. Genetik haritalama çalışmasında daha küçük harita uzunluğunun elde edilmesi, kullanılan F1 bitki sayısından ve bitki materyalinin genetik yapısındaki farklılığa bağlı olarak elde edilen markör içeriğinden kaynaklanabilmektedir. Nitekim, F1 populasyonundaki melez bireylere ait heterozigotluk seviyesiyle ilgili olarak homolog kromozomlar üzerindeki heterozigot lokus sayısı arttıkça açılım gösteren markör sayısı ve buna bağlı olarak da genetik harita uzunluğu artacaktır. Ancak buna rağmen ebeveynlerden birinin kültür çeşidi, diğerinin yabani olması kromozom eşleşmesi ile rekombinasyon oranlarının azalmasına ve dolayısıyla bağlantı gruplarının uzunluğunun da beklenenden daha küçük olmasıyla sonuçlanmış olabilir. Bu açıklamalara göre, çalışmada farklı yöntemler ve daha fazla primer kullanılarak genetik materyalden elde edilecek markör sayısının arttırılması harita uzunluğunu da artırabilir. Teorik olarak her haploid kromozomu temsil eden her bir bağlantı grubunun uzunluğu 100 cm olarak kabul edilir (Vienne, 2003). Türün sahip olduğu 15 haploid kromozom için toplam genom uzunluğunun hem anne ( Siirt ) hem de baba ( PA- 18 ) için 1500 cm (15 x100 cm) olması beklenebilir. Ancak rekombinasyon oranı 155

179 4. BULGULAR ve TARTIŞMA Yüşa TÜRKELİ beklenenden az veya fazla olması durumunda, bu harita uzunlukları da beklenenden daha az veya fazla gerçekleşebileceği söylenebilir. Bu çalışmada Siirt çeşidi için %82.5 ( cm) ve PA-18 genotipi için %89.2 ( cm) oranında genomu kapsayan harita uzunluğu belirlenmiştir. Bu harita içeriğine göre, genomda daha yeknesak dağılım gösterecek şekilde markör sayısının arttırılması beklenen harita uzunluğuna ulaşmayı sağlayabilir. Bu çalışmaya ait haritaların bağlantı gruplarının ortalama uzunluğu Siirt çeşidi haritasında 72.8 cm ve PA-18 genotipi haritasında ise 70.4 cm olarak belirlenmiştir (Çizelge 4.43). Bağlantı gruplarının ortalama uzunlukları diğer haritalama çalışmaları ile karşılaştırıldığında; Grattapaglia ve Sederoff (1994) Eucalyptus grandis ve Eucalyptus urophylla haritalarında bağlantı gruplarının ortalama uzunluklarını sırasıyla 110 cm ve 99 cm olarak belirtmişlerdir. Diğer araştırmacılardan Hurdato ve ark. (2002) ise kaysıda Goldric haritasında 80 cm ve La Rosa ve ark. (2003) ise zeytinin Dolce Agogia haritasında 81.5 cm olarak hesaplamışlardır. Bunlarla birlikte Beedanagari ve ark. (2005) bağlantı gruplarının uzunluklarının pikanın Pawnee haritasında cm ve Elliot haritasında ise cm arasında değiştiğini bildirmişlerdir. Bu çalışmada kaydedilen bağlantı gruplarının ortalama uzunlukları bahsedilen diğer çalışmalardaki değerlerden daha düşük olarak tespit edilmiştir. Buna karşın, diğer araştırmalardan Arcade ve ark. (2000) çam türlerine ait European larch haritasında 68 cm ve Japanese larch haritasında 57.4 cm uzunluğunda ve diğer araştırmacı Lowe ve Walker (2006) ise asmanın Ramsey ve Riparia Gloire haritalarında sırasıyla 65.5 cm ve 60.9 cm olarak bildirmişlerdir. Bahsedilen araştırmacılara ait sonuçlar ise bu çalışmadaki bağlantı gruplarının ortalama uzunluklarından daha küçük değerlere sahip olduğu tespit edilmiştir. Ayrıca belirtilen sonuçlardan farklı olarak, zeytinin Leccino haritasında 70.9 cm (La Rosa ve ark., 2003) ve yuvarlak enginarın RomanescoC3 ve Spinoso di palermo haritalarında sırasıyla 73.9 cm ve 72.9 cm olarak (Lanteri ve ark., 2006) bildirilen ortalama bağlantı grubu uzunlukları bu çalışmada bulunan değerlerle benzerlik göstermiştir. 156

180 4. BULGULAR ve TARTIŞMA Yüşa TÜRKELİ Bağlantı gruplarının ortalama uzunluğunun farklı olması, haritalama analizlerinde belirlenen markörlerin dağılımı ve yoğunluğu ile ilgili olduğu söylenebilir. Ayrıca bağlantı gruplarının büyüklüğündeki farklılıklar, haritaları oluşturmak için kullanılan markör sayılarıyla bağlantılı olabileceği gibi, her bir grup üzerinde yer alan markörler arasındaki boşlukların genişliğinden de kaynaklanmış olabilir. Farklı türlerde genom analizi sonucu daha fazla sayıda tanımlanmış ve bağlantı yapan markörlerin elde edilmesi bağlantı gruplarının ortalama uzunluklarının artmasını sağlayacaktır. Bu çalışmada bazı bağlantı gruplarının küçük olmasının sebebi, bazı kromozomlar açısından her iki ebeveynin de heterozigotluk seviyesinin düşük olmasına bağlı olabilir. Diğer bir deyişle, her birey kendi içinde aynı homolog kromozomlar için heterozigotluk seviyeleri düşük olursa açılım gösteren fazla markör içermeyebilir. Bu çalışmaya ait bağlantı grupları üzerinde markörler arasındaki ortalama uzaklık Siirt çeşidi haritasında 7.5 cm ve PA-18 genotipi haritasında ise 8.21 cm olarak tespit edilmiştir. Diğer araştırmalara ait bağlantı grupları üzerinde dağılım gösteren markörler arası ortalama uzaklıklar bakımından, Arcade ve ark. (2000) çamın European larch haritasında 13.8 cm ve Japanese larch haritasında ise 14 cm olarak belirtmişlerdir. Zeytindeki çalışmasında La Rosa ve ark. (2003) Leccino haritasında 13.2 cm ve Dolce Agogia haritasında 11.9 cm ve bununla birlikte pikandaki çalışmasında Beedanagari ve ark. (2005) ise Pawnee ve Elliot haritalarında sırasıyla 12.7 cm ve 11.2 cm olarak daha yüksek değerler bildirmişlerdir. Bu çalışmada markörler arasındaki ortalama uzaklıklar, bahsedilen araştırıcıların sonuçlarından daha düşük olarak tespit edilmiştir. Buna göre, bu çalışmada markörlerin bağlantı grupları üzerinde daha yoğun olarak bağlandığı ve oluşturulan haritaların bahsedilen diğer çalışmalardaki haritalardan daha doymuş olduğu söylenebilir. Ancak, bunlara karşın daha düşük değerler bildirilen, Grattapaglia ve Sederoff (1994) okaliptusun Eucalyptus grandis ve Eucalyptus urophylla haritalarında sırasıyla 6.46 cm ve 4.38 cm, kaysıda yaptığı çalışmasında Hurdato ve ark. (2002) Goldric ve Valenciano haritalarında 3.9 cm ve 5.8 cm, ayrıca diğer 157

181 4. BULGULAR ve TARTIŞMA Yüşa TÜRKELİ araştırmacı Lanteri ve ark. (2006) ise yuvarlak enginarın RomanescoC3 ve Spinoso di palermo haritalarında sırasıyla 6.5 cm ve 6.9 cm olarak markörler arası ortalama uzaklıkları tespit etmişlerdir. Bu çalışmada ise haritalara ait ortalama değerler, araştırıcıların belirttikleri değerlerinden daha yüksek olarak kaydedilmiş olup bahsedilen araştırıcıların haritalarına göre daha az doymuş olduğu belirlenmiştir. Ayrıca, Lowe ve Walker (2006) asmanın Ramsey ve Riparia Gloire haritalarında sırasıyla 7.2 ve 8.7 cm olarak belirttikleri markörler arası ortalama uzaklıklar bu çalışmada bulunan değerler ile yaklaşık olarak benzer olduğu saptanmıştır. Yapılan çalışmalarda markörler arasındaki ortalama mesafelerin farklı olması, bağlantı gruplarının uzunluğu ve dağılım gösteren markör sayısıyla bağlantılı olabilmektedir. Bağlantı grupları üzerinde daha fazla sayıda markörün yer alması ortalama mesafeyi azaltacak ve daha doymuş harita oluşumunu sağlayacaktır. Buna göre iki birey arasındaki farklı markör yoğunluğu görülmesinin temel sebebi, eğer anne ebeveyn, babaya göre aynı homolog kromozom için daha fazla heterozigot lokusa sahip ise farklı markör yoğunluğuna sahip olabilir. Genetik haritaların bağlantı grupları üzerinde belirlenen markörler arasında 20 cm den daha geniş boşluk uzunluğu bakımından incelendiğinde, bu çalışmada bağlantı grupları üzerinde 20 cm den daha büyük en geniş boşluk Siirt çeşidi haritasında 41.4 cm olarak 5. bağlantı grubu üzerinde, PA-18 genotipi haritasında ise 40.4 cm olarak 11. bağlantı grubu üzerinde kaydedilmiştir. En küçük boşluk ise yine her iki ebeveynde sırayla 20.8 cm ve 20.2 cm olarak tespit edilmiştir Bu çalışma bağlantı gruplarında 20 cm den daha geniş olarak belirlenen genom boşlukları bakımından değerlendirildiğinde; bu konuda çalışma yapan araştırıcılardan Hurdato ve ark. (2002) kayısının bağlantı grupları üzerinde en geniş boşlukları Goldric ve Valenciano haritalarında sırasıyla 24 cm ve 28 cm belirlemişlerdir. Bununla birlikte Kenis ve Keulemans (2005) ise elmada yapmış oldukları haritalama çalışmasında en geniş boşlukları Telamon haritasının bağlantı grupları üzerinde 30 cm ve Braeburn haritasında ise cm olarak belirtmişlerdir. Ayrıca kaysıda yaptığı çalışmada Lambert ve ark. (2004) bağlantı grubu üzerindeki en geniş boşlukları Polonais ve Stark Early Orange haritalarında 158

182 4. BULGULAR ve TARTIŞMA Yüşa TÜRKELİ sırasıyla 33 cm ve 31 cm olarak belirlemişlerdir. Bu araştırmalara ilaveten, asmada yapılan çalışmada Ramsey ve Riparia Gloire haritalarına ait en geniş boşluklar sırasıyla 31.6 cm ve 38.2 cm olarak tespit edilmiştir (Lowe ve Walker, 2006). Diğer bir araştırmada ise yuvarlak enginarın RomanescoC3 ve Spinoso di palermo haritalarında sırasıyla 26.6 cm ve 27.1 cm genişliğe sahip boşluklar bildirilmiştir (Lanteri ve ark., 2006). Bu çalışmada belirlenen en büyük boşluklar bahsedilen diğer çalışmalarda bildirilenlerden daha geniş olarak tespit edilmiştir. Ancak, Riaz ve ark. (2004) asmada yapmış olduğu haritalama çalışmasında bağlantı grupları üzerindeki en geniş boşlukları anne haritasında 49 cm ve baba haritasında 44.7 cm olarak, Grando ve ark. (2003) ise yine asmaya ait bağlantı grupları üzerinde tespit ettikleri en geniş boşluğu baba (Vitis riperia) haritası içinde 61.3 cm olarak bildirmiş olup, bu çalışmada bulunan değerlerden daha büyük olduğu saptanmıştır. Belirtilen sonuçlara ait bu durum, bitkilerin genetik yapısındaki farklılıklara bağlı olarak haritaların temsil ettiği genoma ait kopyalanamayan ve genomun tanımlanamamış farklı kromozomal bölgelerini içermiş olabileceği düşünülmektedir. Bu çalışmaya ait bağlantı grupları üzerinde 20 cm den daha büyük toplam boşluk sayısı Siirt çeşidi haritasında 12, PA-18 genotipi haritasında ise toplam 21 olarak belirlenmiştir. Diğer araştırmalardan farklı türlere ait haritalama çalışmalarında Grando ve ark. (2003), boşluk sayısını asmada anne çeşidin (Vitis vinifera cv. Moscato bianco) haritasında 9, baba çeşidin (Vitis riperia) haritasında ise 7 olarak belirtmişlerdir. Bununla birlikte yine asmaya ait diğer bir haritalama çalışmasında Adam-Blondon ve ark. (2004), 20 cm den daha geniş boşluk sayısını Syrah haritasında 10 ve 30 cm den daha büyük boşluk sayısını ise 3 olarak tespit etmişler, Grenache haritasında ise yine aynı sırayla 15 ve 2 boşluk olarak kaydetmişlerdir. Diğer bir araştırmacı olan Lowe ve Walker (2006) ise asmada bağlantı grupları üzerindeki boşluk sayısını Ramsey ve Riparia Gloire haritaları için sırasıyla 9 ve 10 adet olarak tespit etmişlerdir. Bu çalışmada bağlantı grupları üzerinde belirlenen 20 cm den geniş boşluk sayıları bahsedilen araştırmacıların bildirdiklerinden daha fazla olduğu kaydedilmiştir. Bu durum, kullanılan materyallerin genetik yapılarındaki 159

183 4. BULGULAR ve TARTIŞMA Yüşa TÜRKELİ farklılıktan kaynaklanmş olabilir. Genom boşlukları kromozomlar üzerinde kopyalanamamış kısımları içermiş olabileceği gibi, gen içermeyen veya tanımlanamayan bölgeleri de kapsamış olabilir. Ayrıca harita üzerinde çok geniş boşlukların yer alması bağlantı grubunun bölünmüş halde parçalı yapıda oluşmasına sebep olabileceği gibi haploid kromozom sayısına eşdeğer olan ideal bir bağlantı grubu sayısının oluşmasını da engelleyebilir. Ayrıca her bir harita üzerinde markörler arasındaki boşlukların genişliği, bağlantı gruplarının uzunluğunu etkileyerek küçük grupların oluşmasına da neden olabilir. Buna ilaveten, Lowe ve Walker (2006) boşluk uzunluğunun büyük olmasının tahmini genom uzunluğunun da daha büyük hesaplanmasına neden olabileceğini belirtmiştir. Bundan dolayı bu bağlantı grupları üzerindeki boşlukların tanımlanarak daha doymuş hale getirilmesi ve bağlantı gruplarındaki bütünlüğün sağlanması için yeterli sayıda markörlerin eklenmesi beklenen harita uzunluğuna ulaşmayı sağlayabilir. Bu çalışmada Siirt çeşidi haritasında PA-18 genotipi haritasına göre daha az sayıda boşluğun yer almasının sebebi, Siirt çeşidinin genetik yapısındaki heterozigotluk seviyesinin daha yüksek olmasından kaynaklanmış olabilir. Diğer bir deyişle, Siirt çeşidinin hibrit özelliğinin daha yüksek, PA-18 genotipinin ise içerdiği homozigot yapıdaki lokus sayısının daha fazla olduğu söylenebilir. Bu çalışmada Siirt ve PA-18 haritalarını oluşturan bağlantı grupları üzerinde dallanma ve kümelenme gösteren markörler incelendiğinde, Siirt genetik haritasına ait 12 adet bağlantı grubu (S1, S2, S3, S4, S5, S7, S8, S9, S10, S11, S13, S15, S16) üzerinde aynı lokusta bağlantı yapan bazı markörlerin kümelenme şeklinde markör dallanması göstermiştir. Bağlantı grubu üzerindeki dallanma durumu, diğer çalışmalarda araştırmacıların belirttiği gibi muhtemelen AFLP EcoRI ve MseI enzimlerinin etkisiyle de meydana gelmiş olabileceği düşünülmektedir. Diğer haritalama çalışmalarında bu konuda araştırma yapan birçok araştırıcı tarafından (Tanksley ve ark., 1992; Vallejos ve ark., 1992; Reiter ve ark., 1992; Weissenbach ve ark., 1992; Giese ve ark., 1994; Grattapaglia ve Sederoff, 1994; Nilson ve ark., 1997; Travis ve ark., 1998; Castiglioni ve ark., 1999; Remington ve ark., 1999; Young ve ark., 1999; Ky ve ark., 2000; Lespinase ve ark., 2000; Crespel ve ark., 2002; 160

184 4. BULGULAR ve TARTIŞMA Yüşa TÜRKELİ Bednarek ve ark., 2003) genel bir görüş olarak bağlantı grupları üzerinde, özellikle de AFLP markörlerinde dallanmanın (clustering) meydana geldiği bildirilmiş olup bunun sebebinin muhtemelen EcoRI ve MseI enzimlerinin etkisiyle olabileceği belirtilmiştir. Ayrıca AFLP markörlerinin dallanması, tek yıllık bitki türlerinden patates (Van Eck ve ark., 1995), arpa (Becker ve ark., 1995; Powell ve ark., 1996a,b), soya (Keim ve ark., 1997), mısır (Vuylsteke ve ark., 1999) ve marulda (Jeuken ve ark., 2001) yapılan çalışmalara ait genetik bağlantı haritalarında tespit edilmiş olmakla birlikte, çok yıllık bitkilerden asma, çam, okaliptus, kaysı, elma türlerine ait (Tanksley ve ark., 1992; Grattapaglia ve Sederoff, 1994; Lodhi ve ark., 1995; Marques ve ark., 1998; Travis ve ark., 1998; Dalbo ve ark., 2000; Peng ve ark., 2000; Doligez ve ark., 2002; Doucleff ve ark., 2004; Riaz ve ark., 2004; Kenis ve Keulemans, 2005) F1 melez bireylerin haritalama çalışmalarında da markör dallanmasının görüldüğü bildirilmiştir. Buna göre, bu konuda çalışan araştırıcılar tarafından, AFLP markörlerinin F1 bitkilerinin genetik bağlantı haritalarını oluşturmak için etkili ve hızlı bir yöntem olduğu, ancak EcoRI ve MseI kesim enzimlerinin kullanıldığı durumda bazı AFLP markörlerinde dallanma eğilimi olabileceği belirtilmiştir. Araştırıcılar bu durumu kromozomlar üzerinde yüksek derecede metillenmiş sentromer bölgeleriyle ilişkili rekombinasyonun beklenenin altında gerçekleşmesi sonucu indirgenmiş rekombinasyon alanlarının veya kromozomlar üzerinde fazla sayıda tekrarlı dizin bölgelerinin oluşması ile açıklanabileceğini belirtmişlerdir. Ayrıca bu tekrarlı bölgelerin, AFLP markörleri tarafından belirlenen tek baz mutasyonlarına da sahip olabileceği bildirilmiştir (Vuylsteke ve ark., 1999; Jeuken ve ark., 2001). Bununla birlikte, bazı araştırıcılar (Rieseberg, 1995; Williams ve ark., 1995) ise kromozomal düzenlemeler ve kromozomlar üzerinde lokus dağılımı olmayan alanların da indirgenmiş rekombinasyon bölgeleri olabileceğini açıklamışlardır. Bu açıklamalara ek olarak, bu konuda çalışan araştırmacılardan Tanksley ve ark. (1992) ise dallanmanın sebebini, mayoz bölünme aşamasında kromozomlar üzerinde telomer, sentromer ve heterokromatinli bölgelere ait rekombinasyonun baskılanması veya gamet seleksiyonunun etkisiyle olabileceğini belirtmişlerdir. Bu çalışmada bazı bağlantı grubu üzerinde belirlenen markör dallanması, bahsedilen 161

185 4. BULGULAR ve TARTIŞMA Yüşa TÜRKELİ araştırmacıların çalışmalarında bildirdikleri sonuçlarla benzerlik göstermiş olup bu durum, diğer araştırmacıların belirttikleri görüş ve açıklamalar kapsamında değerlendirilebilir. Birçok araştırıcı tarafından diğer haritalama çalışmalarında belirtilen markör dallanmasına karşın, Arcade ve ark. (2000) ın çamda ve Venkateswarlu ve ark. (2006) ın dutta F1 bitkileri ile yaptıkları haritalama çalışmasında hiçbir önemli dallanmanın oluşmadığını bildirmişlerdir. Bu çalışmada ise PA-18 genetik haritasının bağlantı grupları üzerinde aynı lokusta bağlantı yapan kümelenme şeklinde markör dallanması tespit edilmemiş olmasına rağmen, Siirt çeşidi genetik haritasının bazı bağlantı grubu üzerinde bulunan markörlerde dallanma görüldüğü belirlenmiştir. Bu durum, Siirt çeşidine ait kromozom segmentlerinin bu bölgelerde büyük parçalar halinde bulunmuş olabileceğini ifade edebilir. Diğer bir açıklamayla, bazı markörler birbirinin alleli olabilir veya büyük bir kromozom segmenti içinde rekombinasyon olmamış markörler birlikte yan yana aynı yere bağlanması sonucu yada gametik veya zigotik seleksiyonla da gerçekleşmiş olabileceği söylenebilir. Ayrıca bu dallanma durumu, rekombinasyon baskılanması ile rekombinasyonun çok düşük veya hiç gerçekleşmediği bölgeleri içermiş olabileceği gibi populasyonda Siirt çeşidi genomuna ait kromozom segmenti taşıyan bireylerin daha çok temsil edildiği gametik seleksiyonu da gösterebilir. Başka bir ifadeyle, Siirt çeşidi ve PA- 18 genotipi ebeveynlerine ait kromozom veya kromozom parçası taşıyan bireylerin F1 populasyonu içinde eşit oranda temsil edilmediği şeklinde de açıklanabilir. 162

186 5. SONUÇ ve ÖNERİLER Yüşa TÜRKELİ 5. SONUÇ ve ÖNERİLER Bu çalışmada Siirt antepfıstığı çeşidi ve PA-18 monoik atlantik sakızı genotipinin ilk genetik bağlantı haritaları oluşturulmuştur. Haritalamada ISSR, SRAP ve AFLP markörleri kullanılmıştır. Bu çalışmada elde edilen sonuçlar aşağıda özetlenmiştir: 1. Siirt çeşidi genetik bağlantı haritasında yer alan markörler bakımından haritanın oluşturulmasında 8 ISSR (%14), 22 SRAP (%40) ve 26 AFLP (%46) primerleri olmak üzere toplam 56 primerden 165 adet açılım gösteren markör elde edilmiş, bunlar 9 ISSR (%5), 49 SRAP (%30) ve 107 AFLP (%65) markörleri olarak yer almıştır. Her bir primer için belirlen ortalama markör sayısı ISSR da 1.13, SRAP da 2.23 ve AFLP de 4.12 olmuştur. Siirt haritasındaki markörler, her iki haritadaki toplam markörlerin %51 ini (165 markör) oluşturmuştur. Siirt haritasında toplam primer başına düşen markör sayısı ise ortalama 2.95 olarak bulunmuştur. En az markör sayısı (9 markör) ISSR, en fazla markör sayısı ise AFLP (107 markör) analizlerinden elde edilmiştir. Toplam elde edilen 165 markörün %13 ü 3:1 ve %87 si 1:1 Mendel açılım oranı göstermiştir. Siirt haritasında 1:1 açılım gösteren markörlerin sapma oranı %39 ve 3:1 açılım gösteren markörlerin sapma oranı ise %33 olarak tespit edilmiştir. 2. PA-18 genotipi genetik bağlantı haritasının oluşturulmasında 10 ISSR (%17), 22 SRAP (%37) ve 27 AFLP (46) olmak üzere toplam 59 primer yer almış ve bunlardan açılım gösteren toplam 156 markör kaydedilmiştir. PA-18 haritası, her iki ebeveyn haritasındaki toplam markörlerin %49 una (156 markör) sahip olmuştur. Bunların %6 sını (10 markör) ISSR, %30 unu SRAP (47 markör) ve %64 ünü (99 markör) AFLP markörleri oluşturmuştur. Primer başına elde edilen ortalama markör sayısı ISSR da 1.0, SRAP da 2.14 ve AFLP de 3.67 olarak belirlenmiştir. PA-18 haritasında toplam primer başına düşen ortalama markör sayısı ise 2.64 olarak belirlenmiştir. En az markör ISSR da (10 markör), en fazla markör ise AFLP de (99 markör) tespit edilmiştir. PA-18 haritasına ait 156 markörün %14 ü 3:1, %86 sı ise 1:1 açılım oranlarına sahip olmuştur. Bunlardan 1:1 açılım oranından sapma gösteren 163

187 5. SONUÇ ve ÖNERİLER Yüşa TÜRKELİ markörler %60 ve 3:1 açılım oranından sapma gösterenler ise %59 olarak belirlenmiştir. 3. Siirt çeşidi genetik bağlantı haritasında 165 markör 17 bağlantı grubu içinde dağılım göstermiştir. Toplam harita uzunluğu cm olarak kaydedilmiş olup bağlantı gruplarının uzunluğu cm ile cm arasında yer almıştır. Haritaya ait markör sayısı 4-6 arasında değişen 4 küçük bağlantı grubu ( cm) ve markör sayısı 4 ile 22 arasında değişen 13 büyük bağlantı grubu (61 cm cm) tespit edilmiştir. Bağlantı gruplarının ortalama markör sayısı ise 9.70, iki markör arasındaki ortalama uzaklık ise 7.50 cm olarak kaydedilmiştir. Siirt haritasının bağlantı gruplarının uzunluğu 31.6 cm ile cm arasında yer almış, bağlantı gruplarının ortalama uzunluğu ise cm olarak bulunmuştur. Siirt haritasında bağlantı grupları üzerinde yer alan 20 cm den daha geniş boşluk sayısı 12 adet olarak kaydedilmiştir. Bağlantı gruplarına ait en büyük boşluk (41.41 cm) beşinci bağlantı grubu (S5) üzerinde ve en küçük boşluk (20.8 cm) ise dördüncü bağlantı grubunda (S4) tespit edilmiştir. 4. PA-18 genotipi genetik bağlantı haritasında açılım gösteren 156 markör 19 bağlantı grubu üzerinde yer almıştır. Markör sayısı 3-6 arasında değişen 5 küçük bağlantı grubu ( cm) ve markör sayısı 5-20 arasında değişen 14 büyük bağlantı grubu tespit edilmiştir. Bağlantı gruplarının uzunluğu 27.1 cm ile cm arasında yer almış, bağlantı gruplarının ortalama uzunluğu ise cm olarak hesaplanmıştır. PA-18 haritası toplam cm uzunluğunda bulunmuştur. Ortalama markör sayısı 8.21 ve markörler arasındaki ortalama uzaklık ise 8.57 cm olarak belirlenmiştir. PA-18 haritasında 20 cm den daha geniş boşluk sayısı 21 adet olarak kaydedilmiş olup markörler arasındaki en büyük boşluk (40.4 cm) onbirinci bağlantı grubu (Pa11) üzerinde, en küçük boşluk ise 20.3 cm uzunluğunda on dördüncü bağlantı grubunda (Pa14) tespit edilmiştir. Bu çalışmada, antepfıstığında moleküler ıslaha geçiş için temel oluşturacak ilk genetik bağlantı haritası oluşturulmuştur. Genetik haritalar ile bitkilerde önemli özelliklerin kontrolünü sağlayan gen lokuslarının belirlenmesine ve tanımlanmasına imkan sağlanacak, özellikle de monoik P. atlantica genotipinin genetik yapısının anlaşılabilmesini kolaylaştıracaktır. Bunlara ilaveten, ekonomik öneme sahip 164

188 5. SONUÇ ve ÖNERİLER Yüşa TÜRKELİ özelliklerin (verim, meyve iriliği, çıtlama oranı, çiçek yapısı gibi) tanımlanmasını sağlayan moleküler markörler, kısa dönem içinde ıslah çalışmalarında, bu önemli bitkisel özelliklerin markörler yardımıyla seçimini kolaylaştıracaktır. Özellikle çok yıllık bitkilerde çok uzun ıslah süresi nedeniyle ıslah programlarının etkisinin artırılması ve istenmeyen amaç dışı bitkilerin erken dönemde seçilmesi ve uzaklaştırılması mümkün olacaktır. Böylece maliyeti yüksek arazi çalışmalarına ve arazi denemeleri için süre azalacak, deneme alanı ve iş gücünden kazanç sağlanacaktır. Ayrıca ıslahta daha fazla bitki kullanılarak başarı oranı da artırılmış olacaktır. Moleküler markörlerin uzun dönem içindeki faydası ise bu genetik haritaların bağlantı grupları üzerinde yer alan markörler ile genler arasındaki kurulan bağlantı, bu genlerin klonlanarak diğer genomlara aktarılabilmesi için gerekli olan ilk aşama olacaktır. Özellikle karmaşık kalıtıma sahip ve birden çok gen tarafından kontrol edilen kantitatif karakterlerin ıslahı (çiçek yapısı, verim, kalite, bazı hastalık ve zararlılara dayanıklılık gibi) en etkili kullanım alanı olup bitki ıslahı çalışmaları açısından ileride oldukça büyük öneme sahip olacaktır. Bu çalışmada antepfıstığının haritalama analizinde AFLP, SRAP ve ISSR tekniklerinin uygulanması ile açılım gösteren birçok dominant markörün elde edilmesi sağlanmıştır. Bu sonuçlara göre hem ana hem de baba ebeveyn için arzu edilen haploid kromozom sayısı (n=15) kadar bağlantı grubu yerine sadece her iki ebeveyne ait sırasıyla 17 ve 19 bağlantı grubunun elde edilmesi tüm genomu kapsayan doymuş bir haritaya sahip olmayı geciktirmiştir. Gelecekte yapılacak haritalama çalışmalarında daha fazla genom içeriğine sahip olmak ve daha yüksek yoğunluklu genetik haritalar elde etmek için daha fazla sayıda bitki analiz edilmeli ve daha fazla açılım gösteren markörler kullanılmalıdır. Ayrıca bu haritalama sonuçları, yeni haritaların genom içeriğini artırmak ve doymuş harita elde etmek için antepfıstığında referans harita olarak da kullanılabilecektir. Böylece monoik antepfıstığı ıslah çalışmalarında ve önemli bitkisel özellikleri (cinsiyet mekanizması gibi) belirlemeye yönelik temel genetik araştırmalar için de değerlendirilebilecektir. Bundan sonra yapılacak haritalama çalışmalarında, AFLP ve SRAP markör tekniklerine ek olarak, SSR gibi kodominant markörler kullanılarak referans harita oluşturulmalıdır. 165

189 5. SONUÇ ve ÖNERİLER Yüşa TÜRKELİ Daha fazla sayıda markör kullanılarak bu çalışmada elde edilen veriler zenginleştirilmeli, daha doymuş bir harita oluşturulmalı ve ayrıca bu çalışma, QTL (Quantitative Trait Loci) analizleri ile desteklenmelidir. Tarımsal öneme sahip bitkilerde QTL lerin haritalanması ve bu lokuslarda bulunan genlerin işlevlerinin tanımlanması, ürün verimini ve kalitesini artırmak, önemli bitkisel özellikleri açığa çıkarmak için tasarlanan ıslah programlarını geliştirecektir. Bu çalışmada kullanılan F1 bitkileri meyveye yattıktan sonra fenotipik veriler alınarak kantitatif özellik lokusları ile bağlantılı markörler geliştirilmelidir. Bunların ötesinde antepfıstığında tür içi populasyonlarda da genetik haritalama çalışmalarına devam edilmelidir. 166

190 KAYNAKLAR ADAM-BLONDON, A.F., ROUX, C., CLAUX, D., BUTTERLIN, G., MERDINOGLU, D. and THIS, P., Mapping 245 SSR Markers on the Vitis vinifera Genome : A Tool for Grape Genetics. Theor. Appl. Genet. 109: AFZADI, M.A., TABATABAEI, B.E.S., MOHAMMADI, S.A. and TAJABADIPUR, A., Comparison of Genetic Diversity in Species and Cultivars of Pistachio (Pistacia sp. L.) Based on Amplified Fragment Length Polymorphism (AFLP) Markers. Iranian Journal of Biotechnology, 5(3): AHMAD, R., FERGUSON, L. and SOUTHWICK, S.M., Identification of Pistachio (Pistacia vera L.) Nuts with Microsatellite Markers. J. Amer. Soc. Hort. Sci., 128(6): AHMAD, R., FERGUSON, L. and SOUTHWICK, S.M., Analyses of Pistachio Rootstocks by SSR and SRAP Molecular Markers. Journal of Horticultural Science and Biotechnology, 80(3): AKKAYA, M. S., BHAGWAT, A.A. and CREAGAN, P.B., Length Polymorphism of Simple Sequence Repeat DNA in Soybean. Genetics, 132: ALBALADEJO, R.G., SEBASTIANI, F., APARICIO, A., BUONAMICI, A., GONZALEZ-MARTINEZ, S.C., and VENDRAMINS, G.G., Development and Characterization of Eight Polymorphic Microsatellite Loci from Pistacia lentiscus L. (Anacardiaceae). Molecular Ecology Resources, 8: ALTINKUT, A., Bitki Biyogüvenlik Araştırmaları Eğitim Programı. Moleküler Biyolojiye Giriş, Cilt 1. Gen Mühendisliği ve Biyoteknoloji Araş. Ens., 100 s. ALWALA, S., KIMBENG, C. A., VEREMIS, J. C. and GRAVOIS, K. A., Linkage Mapping and Genome Analysis in a Saccharum Interspecific Cross Using AFLP, SRAP and TRAP Markers. Euphytica. 164:

191 ANONIM, Antepfıstığı Çeşit Kataloğu. T.C. Tarım ve Köyişleri Bakanlığı, Ankara, Mesleki Yayınlar, Seri:20, No:361, 64 s. ARCADE, A., ANSELIN, F., FAIVRE RAMPANT, P., LESAGE, M.C., PAQUES, L.E. and PRAT, D., Application of AFLP, RAPD ve ISSR Markers to Genetic Mapping of European and Japanese Larch. Theoretical and Applied Genetics, 100: AVANZATO, D. and QUARTA, R., Monoecious Pistacia Terebinthus found in Bulgaria. Crop Wild Relative. European Crop Wild Relative Diversity Assesment and Conservation Forum. Issue 2 July, AYAZ, E. and NAMLI, S., The Karyotype Analysis of Pistacia vera L. from Turkey. Natural Product Research, 23(9): BARAZANI, O., ATAYEV, A., YAKUBOV, B., KOSTIUKOVSKY, V., POPOV, K. and GOLAN-GOLDHIRSH, A., Genetic Variability in Turkmen Population of Pistacia vera L. Genetic Resources and Crop Evolution, 50: BARONE, E., MARCO, L. D., MARRA, F. P. and SIDAN, M., Isozymes and Canonical Discriminant Analysis to Identify Pistachio (Pistacia vera L.) Germplasm. HortScience, 31 (1): BARRENECHE, T., BODENES, C., STREIFF, R., PLOMION, C., ROUSSEL, G., KREMER, A., LEXER, C., GLOSSL, J., STEINKELLNER, H., TRONTIN, J., FAVRE, M., FLUCH, S. and BURG, K., A Genetic Linkage Map of Quercus robur L. (pedunculate oak) based on RAPD, SCAR, Microsatellite, Minisatellite, Isozyme, and 5S rdna Markers. Theor. Appl. Genet., 97: BASHA, A. I., PADULOSI, S., CHABANE, K., HADJ-HASSAN, A., DULLO, E., PAGNOTTA, M. A. and PORCEDDU, E., Genetic Diversity of Syrian Pistachio (Pistacia vera L.) Varieties Evaluated by AFLP Markers. Genet. Resour. Crop Evol. 54: BEEDANAGARI, S.R., DOVE, S.K., WOOD, B.W. and CONNER, P.J., A First Linkage Map of Pecan Cultivars Based on RAPD and AFLP Markers. Theor. Appl. Genet. 110:

192 BECKER, J., VOS, P., KUIPER, M., SALAMINI, F. and HEUN, M., Combined Mapping of AFLP and RFLP Markers in Barley. Mol. Gen. Genet. 249: BEDNAREK, P., MASOJOC, P., LEWANDOWASKA, R. and MYSKOW, B., Saturating Rye Genetic Map with Amplified Fragment Length Polymorphism (AFLP) and Random Amplified Polymorphic DNA (RAPD) Markers. J. Appl. Genet. 44: BELAJ A., SATOVIC Z., CIPRIANI G., BALDONI L., TESTOLIN R., RALLO L. and TRUJILLO I., Comparative Study of The Discriming Capacity of RAPD, AFLP and SSR Markers and of Their Effectiveness in Establishing Genetic Relationships in Olive. Theoretical and Applied Genetics, 107(4): BERNATZKY, R. and TANKSLEY, S.D., Restriction Fragments as Molecular Markers for Germplasm Analysis and Utilization. in: Brown A.D.H., Marshall, D.R., Frankel, O.H. Williams J. T (eds). The Use of Plant Genetic Resources. Cambridge University Press, Cambridge, pp , BLISS, F.A., ARULSEKAR, S., FOOLAD, M.R., BECERRA, V., GILLEN, A.M., WARBURTON, M.L., DANDEKAR, A,M,, KOCSISNE, G.M. and MYDIN, K.K., An Expanded Genetic Linkage Map of Prunus based on an Interspecific Cross between Almond and Peach. Genome, 45: BRADSHAW, H.D, and STETTLER, R.F., Molecular Genetics of Growth and Development in Populus 2. Segregation Distortion due to Genetic Load. Theor. Appl. Genet. 89: BRADSHAW, H.D., VILLAR, M., WATSON, B.D., OTTO, K.G., STEWART, S. and STETTLER, R.F., Molecular Genetics of Growth and Development in Populus. III. A Genetic Linkage Map of a Hybrid Popular Composed of RFLP, STS and RAPD Markers. Theor. Appl. Genet., 89: CAI, Q., GUY, C.L. and MOORE, G.A., Extension of the Linkage Map in Citrus using Random Amplified Polymorphic DNA (RAPD) Markers and RFLP Mapping of Cold-Acclimation Responsive Loci. Theor. Appl. Genet. 89:

193 CASASOLI, M., MATTIONI, C., CHERUBINI, M. and VILLANI, F., A Genetic Linkage Map of European Chestnut (Castanea sativa Mill.) Based on RAPD, ISSR and Isozymes Markers. Theor. Appl. Genet. 102: CASTIGLIONI, P., AJMONE-MARSAN, P., VAN WIJK, R. And MOTTO, M., AFLP Markers in a Molecular Linkage Map of Maize: Codominant Scoring and Linkage Group Distribution. Theor. Appl. Genet. 99: CAVALCANTI, J. J. V. and WILKINSON, M. J., The First Genetic Maps of Cashew (Anacardium occidentale L.). Euphytica. 157: CERVERA, M.T., STORME, V., IVENS, B., GUSMAO, J., LIU, B.H., HOSTYN, V., SLYCKEN, J.V., MONTAGU, M.V. and BOERJAN, W., Dense Genetic Linkage maps of Three Populus Species (Populus deltoides, P. nigra and P. trichocarpa) Based on AFLP and Microsatellite Markers. Genetics, 158: CONNER, P., BROWN, S. and WEEDEN, N., Randomly Amplified Polymorphic DNA-based Genetic Linkage Maps of Three Apple Cultivars. J Amer. Soc. Hort. Sci., 122: CRANE, J.C., Hermaphroditism in Pistacia. California Agriculture, 28(2): 3-4. CRANE, J.C. and IWAKIRI, B.T., Morphology and Reproduction of Pistachio. Hort. Rev., 3: CRESPEL, L., CHIROLLET, M., DUREL, C., ZHANG, D., MEYNET, J. and GUDIN, S., Mapping of Qualitative and Quantitative Phenotypic Traits in Rosa using AFLP Markers. Theor. Appl. Genet. 105: CRISTOFANI, M., MACHADO, M.A. and GRATTAPAGLIA, D., Genetic Linkage maps of Citrus sunki Hort. ex. Tan. and Poncirus trifoliata (L.) Raf. and Mapping of Citrus Tristeza Virus Resistance Gene. Euphytica, 109: CROUCH, J. H., CROUCH, H. K., CONSTANDH, H., VAN GYSEL, A., BREYNE, P., VAN MONTAGU, M., JARRET, R. L. and ORTIZ, R., Comparison of PCR-Based Molecular Marker Analyses of Musa Breeding Populations. Molecular Breeding, 5: CROUZILLAT, D., LERCETEAU, E., PETIARD, V., MORERA, J., RODRIGUEZ, H., WALKER, D., PHILLIPS, W., RONNING, C., SCHNELL, R., OSEI, J. 170

194 and FRITZ, P., Theobroma cacao L.: A Genetic Linkage Map and Quantitative Trait Loci Analysis. Theor. Appl. Genet. 93: DALBO, M.A., YE, G.N., WEEDEN, N.F., STEINKELLNER, H., SEFC, K.M. and REISCH, B.I., A Gene Controlling Sex in Grapevines Placed on a Molecular Marker-based Genetic Map. Genome, 43: DEBENER, T. and MATTIESCH, L., Construction of a Genetic Linkage Map for Roses using RAPD and AFLP Markers. Theor. Appl. Genet. 99: DOLIGEZ, A., BOUQUET, A., DANGLOT, Y., LAHOGUE, F., RIAZ, S., MEREDITH, C.P., EDWARDS, K.J. and THIS, P., Genetic Mapping of Grapevine (Vitis vinifera L.) Applied to the Detection of QTLs for Seedlessness and Berry weight. Theor. Appl. Genet. 105: DOLLO, L., HORMAZA, J.I., and POLITO, V.S., RAPD Polymorphisms Among Pistachio (Pistacia vera L.) Cultivars. Fruit Varieties Journal, 49 (3): DOLLO, L., An Isozyme Study of Sicilian Pistachio Species Varieties and Offspring from Artificial Pollination. IX. GREMPA Meeting May, 1993, Bronte, Italy. Renier Publisher, Palermo, pp DONDINI, L., LAIN, O, GEUNA, F., BANFI, R., GAIOTTI, F., TARTARINI, S., BASSI, D. and TESTOLIN, R., Development of A New SSR-Based Linkage Map in Apricot and Analysis of Synteny With Existing Prunus Maps. Tree Genetics and Genomes, 3: DOUCLEFF, M., JIN, Y., GAO, F., RIAZ, S., KRIVANEK, A.F. and WALKER, M. A., A Genetic Linkage Map of Grape, Utilizing Vitis rupestris and Vitis arizonica. Theor. Appl. Genet. 109: DOYLE, J.J. and DOYLE, J.L., A Rapid Isolation Procedure for Small Quantities of Fresh Leaf Tissue. Phytochemical Bulletin, 19: DUGO, M.L., SATOVIC, Z., MILLAN, T., CUBERO, J.I., RUBIALES, D., CABRERA, A. and TORRES, A.M., Genetic Mapping of QTLs Controlling Horticultural Traits in Diploid Roses. Theor. Appl. Genet. 111:

195 ECHT, C., KIDWELL, K., KNAPP, S., OSBORN, T. and MCCOY, T., Linkage Mapping in Diploid Alfalfa (Medicago sativa). Genome, 37: FANG, D.Q., ROOSE, M.L., KRUEGER, R.R. and FEDERICI, C.T., Fingerprinting Trifoliata Orange Germplazm Accessions with Isozymes, RFLPs, and Inter Simple Sequence Repeats. Theo. Appl. Genet. 95: FAOSTAT, FAO web page.( FOOLAD, M.R., ARULSEKAR, S., BECERRA, V. and BLISS, F.A., A Genetic Map of Prunus based on an Interspecific Cross between Peach and Almond. Theor. Appl. Genet. 91: GAO, L., LIU, N., HUANG, B. and HU, X., Phylogenetic Analysis and Genetic Mapping of Chinese Hedychium Using SRAP Markers. Scientia Horticulturae, 117: GEPTS, P., Genetic Diversity of Seed Storage Proteins in Plants. Plant Population Genetics. Breeding and Genetics Resources (A.H.D. Brown, M. T. Clegg, A.L. Kahler, and B.S. Weir, eds.), Sinauer, Sunderland, Massachusetts, p: GHAFFARI, S.M., SHABAZAZ, M. and BEHBOODI, B.Sh., Chromosome Variation in Pistacia Genus. Options Mediterraneennes, Serie A, Numero: 63, GIESE, H., HOLM-JENSEN, A.G., MATHIASSEN, H., KJOER, B., RASMUSSEN, S.K., BAY, H. and JENSEN, J., Distribution of RAPD Markers on a Linkage Map of Barley. Hereditas, 120: GOLAN-GOLDHIRSH, A., BARAZANI, O., WANG, Z.S., KHADKA, D.K., SAUNDERS, J.A., KOSTIUKOVSKY, V. and ROWLAND, L.J., Genetic Relationships Among Mediterranean Pistacia Species Evaluated by RAPD and AFLP Markers. Plant Syst. Evol. 246: GOULAO L., CABRITA L., OLIVERIA C.M. and LEITAO J.M., 2001a. Comparing RAPD and AFLP (TM) Analysis in Discrimination and Estimation of Genetic Similarities among Apple (Malus domestica Borkh.) Cultivars RAPD and AFLP Analysis of Apples. Euphytica, 119(3), GOULAO, L., VALDIVIESSO, T., SANTANA C. and OLIVEIRA, C.M., 2001b. Comparison Between Phenetic Characterisation Using RAPD and ISSR 172

196 Markers And Phenotypic Data Of Cultivated Chestnut (Castanea Sativa Mill.). Genetic Resources and Crop Evolution, 48: GRATTAPAGLIA, D. and SEDEROFF, R., Genetic Linkage Maps of Eucalyptus grandis and Eucalyptus urophylla using A Pseudo-Testcross: Mapping Strategy and RAPD Markers. Genetics, 137: GRANDO, M.S., BELLIN, D., EDWARDS, K.J., POZZI, C., STEFANINI, M., and VELASCO, R., Molecular Linkage Maps of Vitis vinifera L. and Vitis riparia Mchx. Theor. Appl. Genet. 106: GRAHAM, J., SMITH, K., MACKENZIE, K., JORGENSON, L., HACKETT, C., and POWELL, W., The Construction of A Genetic Linkage Map of Red Raspberry (Rubus idaeus subsp. idaeus) Based on AFLPs, Genomic-SSR and EST-SSR Markers. Theor. Appl. Genet. 109: GUERRA, M.S., Cytogenetics of Rutaceae. V. High Chromosomal Variability in Citrus species Revealed by CMA/DAPI Staining. Heredity, 71: GÜLŞEN, O. ve MUTLU, N., Bitki Biliminde Kullanılan Genetik Markırlar ve Kullanım Alanları. Alatarım 4(2): HALEY, S. D., FANADOR, L. K. and KELLY, J.D., Selection for Monogenic Resistance Traits with Coupling and Repulsion Phase RAPD markers. Crop Sci., 34: HANSEN, M., KRAFT, T., CHRISTIANSSON, M., NILSSON, N.O., Evaluation of AFLP in Beta. Theor. Appl. Genet. 98: HARANDI, F. O. and GHAFFARI, M., Chromosome Studies on Pistachio (Pistacia vera L.) from Iran. Cahiers Options Mediterraneennes, Vol. 56: HEMMAT, M., WEEDEN, N.F., MANGANARIS, A.G. and LAWSON, D.M., Molecular Marker Linkage Map for Apple. Journal of Heredity, 85 : HORMAZA, J.I., Molecular Characterization and Similarity Relationships among Apricot (Prunus armeniaca L.) Genotypes Using Simple Sequence Repeats. Theoretical and Applied Genetics, 104:

197 HORMAZA, J.I., DOLLO, L. and POLITO, V.S., 1994a. Identification of a RAPD Marker Linked to Sex Determination in Pistacia vera Using Bulked Segregant Analysis. Theor. Appl. Genet., 89: HORMAZA, J.I., DOLLO, L. and POLITO, V.S., 1994b. Determination of Relatedness and Geographic Movements of Pistacia vera (Pistachio; Anacardiaceae) Germplasm by RAPD Analysis. Economic Botany, 48 (4): HORMAZA, J.I., PINNEY, K., and POLITO, V.S., Genetic Diversity of Pistachio (P.vera, Anacardiaceae) Germplasm Based on Randomly Amplified Polymorphic DNA (RAPD) Markers. Economic Botany, 52 (1): HURDATO, M.A., ROMERO, C., VILANOVA, S., ABBOTT, A.G., LIACER, G. and BADENES, M.L., Genetic Linkage Maps of Two Apricot Cultivars (Prunus armeniaca L. ) and Mapping of PPV (Sharka) Resistance. Theor. Appl. Genet. 105: ILA, H.B., KAFKAS, S. and TOPAKTAŞ, M., Chromosome Numbers of Four Pistacia (Anacardiaceae) Species. Journal of Horticultural Science & Biotechnology, 78(1): JARRELL, D.C., ROOSE, M.L., TRAUGH, S.N. and KUPPER, R.S., A Genetic Map of Citrus based on the Segregation of Isozymes and RFLPs in an Intergeneric Cross. Theor. Appl. Genet. 84: JEUKEN, M., VAN WIJK, R., PELEMAN, J. and LINDHOUT, P., An Integrated Interspecific AFLP Map of Lettuce (Lactuca) based on Two L. sativa x L. saligna F2 Populations. Theor. Appl. Genet. 103: JONES, C. J., EDWARDS, K. J., CASTAGLIONE, S., WINFIELD, M. O., SALA, F., VAN DE WIEL, C., BREDEMEIJER, G., VOSMAN, B., MATTHES, M., DALY, A., BRETTSCHNEIDER, R., BETTINI, P., BUIATTI, M., MAESTRI, E., MALCEVSCHI, A., MARMIROLI, N., AERT, R., VOLCKAERT, G., RUEDA, J., LINACERO, R., VAZQUEZ, A. and KARPA., Reproducibility Testing of RAPD, AFLP and SSR Markers in Plants by a Network of European Laboratories. Molecular Breeding, 3: JOOBEUR, T., VIRUEL, M.A., DE VICENTE, M.C., JAUREGUI, B., BALLESTER, J., DETTORI, M.T., VERDE, I., TRUCO, M.J., MESSEGUER, 174

198 R., BATTLE, I., QUARTA, R., DIRLEWANGER, E. and ARFFLS, P., Construction of A Saturated Linkage Map for Prunus using An Almond - Peach F2 Progeny. Theor. Appl. Genet. 97: KAFKAS, S., KAŞKA, N. and PERL-TREVES, R., Unusual Pistacia atlantica Desf. (Anacardiaceae) Monoecious Sex Types in the Yunt Mountains of the Manisa Province of Turkey. Israel Journal of Plant Sciences 48(4) KAFKAS, S., ÇETİNER, S. and PERL-TREVES, R., Development of Sex- Associated RAPD Markers in Wild Pistacia Species. Journal of Horticultural Science & Biotechnology, 76(2): KAFKAS, S. and PERL-TREVES, R., Morphological and Molecular Phylogeny of Pistacia Species in Turkey. Theor. Appl. Genet. 102(6-7): KAFKAS, S. and PERL-TREVES, R., Interspecific Relationships in Pistacia Based on RAPD Fingerprinting. HortScience, 37(1): KAFKAS, S., KAFKAS, E. and PERL-TREVES, R., Morfological Diversity and a Germplasm Survey of Three Wild Pistacia Species in Turkey. Genetic Resources and Crop Evolution, 49: KAFKAS, S., ACAR I. and GOZEL H., A Project on Developing Monoecious Pistachio (Pistacia vera L.) Populations and Determination of Sex Mechanism in Pistachia. XIII GIEMPA Meeting on Almonds and Pistachios. Options Mediterraneennes, 63: KAFKAS, S., Developing of Monoecious Pistachio (P. vera L.) Populations and the Sex Determination Mechanism in Pistacia by Crossbreeding. III. International Symposium on Pistachios and Almonds. ISHS Acta Horticulturae, 591: KAFKAS, S., 2006a. Phylogenetic analysis of the genus Pistacia by AFLP markers. Plant Systems and Evolution, 262(1 2): KAFKAS, S., 2006b. Phylogeny, Evolution and Biodiversity in the Genus Pistacia (Anacardiaceae). (A.K. SHARMA and A. SHARMA, Editör). Plant Genome, Biodiversity and Evolution. Volume 1, Part C, Phanerogams (Angiosperm- 175

199 Dicotyledons), Science Publishers, Enfield(NH), Jersey, Plymouth, USA, pp KAFKAS, S., 2006c. DNA Markörleri ve Bitki Islahında Kullanımı Kursu, Ocak Kurs notu (Yayınlanmamış). KAFKAS, S., ÖZKAN, H., AK, B.E. AÇAR, I., ATLI, H. S. and KOYUNCU, S., 2006a. Detecting DNA Polymorphism and Genetic Diversity in a Wide Pistachio Germplasm: Comparison of AFLP, ISSR and RAPD Markers. Journal of the American Society for Horticultural Science, 131(4): KAFKAS, S., KASKA, N., WASSIMI, A.N. and PADULOSI, S., 2006b. Molecular Characterisation of Afghan Pistachio Accessions by Amplified Fragment Length Polymorphisms (AFLPs). J. Hort. Sci & Biotech. 81(5): KAFKAS, S., ÖZGEN, M., DOĞAN, Y., ÖZCAN, B., ERCIŞLI, S. and SERÇE, S Molecular Characterization of Mulberry Accessions in Turkey by AFLP Markers. J. Amer. Soc. Hort. Sci. 133(4): KAFKAS, S., DOĞAN, Y., SABIR, A., TURAN, A. and ŞEKER, H. 2009a. Genetic Characterization of Hazelnut (Corylus avellana L.) Cultivars from Turkey Using Molecular Markers. HortScience, 44(6): KAFKAS, S., ERCIŞLI, S., DOĞAN, Y., ERTÜRK, Y., HAZNEDAR, A. and SEKBAN, R., 2009b. Polymorphism and Genetic Relationships Among Tea Genotypes From Turkey Revealed by Amplified Fragment Length Polymorphism Markers. J. Amer. Soc. Hort. Sci. 134(4): KARIMI, H. R., KAFKAS, S., ZAMANI, Z., EBADI, A. and MOGHADAM, M. R.F., Genetic Relationship Among Species and Cultivars of Pistacia using AFLP Markesr. Plant Syst. Evol. 279: KATSIOTIS, A., HAGIDIMITRIOU, M., DROSSOU, A., PONTIKIS, C., and LOUKAS, M., Genetic relationships among species and cultivars of Pistacia Using RAPDs and AFLPs. Euphytica, 132: KEIM, P., SCHUPP, J.M., TRAVIS, S.E., CLAYTON, K. and WEBB, D.M., A High-Density Soybean Genetic Map based upon AFLP Markers. Crop Sci. 37:

200 KENNIS, K., and KEULEMANS, J., Genetics Linkage Maps of Two Apple Cultivars (Malus X domestica Borkh.) Based on AFLP and Microsatellite Markers. Molecular Breeding, 15: KIJAS, J.M.H., THOMAS, M.R., FOWLER, J.C.S. and ROOSE, M.L., Integration of Trinucleotide Microsatellites into a Linkage Map of Citrus. Theor. Appl. Genet. 94: KOSAMBI, D.D., The Estimation of Map Distances from Recombination Values. Ann. Eugen., 12: KUANG, H., RICHARDSON, T., CARSON, S., WILCOX, P. and BONGARTEN, B., Genetic Analysis of Inbreeding Depression in Plus Tree of Pinus radiata D. Don. I. Genetic Map with Distorted Markers. Theor. Appl. Genet. 98: KUBISIAK, T.L., NELSO, C.D. NANCE, W.L. and STINE, M., RAPD Linkage Mapping in A Longleaf pine x Slash pine F1 Family. Theor. Appl. Genet., 90: KUMULAINEN, P., BROWN, G.R., MIKKONEN, M., KARHU, A., GARCIA- GIL, M.R., O MALLEY, D., LEE, B., NEALE, D.B. and SAVOLAINEN, O., Compairing EST-Based Genetic Maps Between Pinus sylvestris and Pinus taeda. Theor. Appl. Genet., 107: KURAMOTO, N., Construction of a High-Density Linkage Map and Detection of Lethal Factors using Molecular Markers in Cryptomeria japonica D. Don. (in Japanese). PhD Thesis, University of Tsukuba, Japan. KY, C.L., BARRE, P., LORIEUX, M., TROUSLOT, P., AKAFFOU, S., LOUARN, J., CHARRIER, A., HAMON, S. and NOIROT, M., Interspecific Genetic Linkage Map, Segregation Distortion and Genetic Conversion in Coffee (Coffea sp.). Theor. Appl. Genet. 11: KWON, Y.S., RYU, T.H., KIM C.H., SONG, I.H. and KIM, K.M., A Comparative Study of The RAPD and SSR Markers in Establishing a Genetic Relationship of The Various Types of Cucurbita. Korean Journal of Genetics, 26 (2): LA ROSA, R., ANGIOLILLO, A., GUERRERO, C., PELLEGRINI, M., RALLO, L., BESNARD, G., BERVILLE, A. and MARTIN, A., A First Linkage 177

201 Map of Olive (Olea europaea L.) Cultivars Using RAPD, AFLP, RFLP and SSR Markers. Theor. Appl. Genet. 106: LAMBERT, P., HAGEN, L.S., ARUS, P. and AUDERGON, J.M., Genetic linkage Maps of Two Apricot Cultivars (Prunus armeniaca L.) Compared with the Almond Texas x Peach Earlygold Reference Map for Prunus. Theor. Appl. Genet. 108: LANTERI, S., ACQUADRO, A., COMINO, C., MAURO, R., MAUROMICALE, G. and PORTIS, E., A First Linkage Map of Globe Artichoke (Cynara cardunculus var. Scolymus L.) Based on AFLP, S-SAP, M-AFLP and Microsatellit Markers. Theor. Appl. Genet. 112: LERCETEAU, E., PLOMION, C. and ANDERSSON, B., AFLP Mapping and Detection of Quantitative Trait Loci (QTLs) for Economically Important Traits in Pinus sylvestris: A Preliminary Study. Molecular Breeding, 6: LESPINASSE, D., RODIER-GOUD, M., GRIVET, L., LECONTE, A., LEGNATE, H. and SEGUIN, M., A Saturated Genetic Linkage Map of Rubber Tree (Hevea spp.) Based on RFLP, AFLP, Microsatellite, and Isozyme Markers. Theor. Appl. Genet. 100: LI, G., and QUIROS, C.F., Sequence-releated Amplified Polymorphism (SRAP) a New Marker System Based on a Simple PCR Reaction: Its Application to Mapping and Gene Tagging in Brassica. Theor. Appl. Genet. 103: LI, G., GAO, M., YANG, B. and QUIROS, C.F., Gene for Gene Alignment between the Brassica and Arabidopsis Genomes by Direct Transcriptome Mapping. Theor. Appl. Genet., 107: LIEBHARD, R., KOLLER, B., GIANFRANCESCHI, L. and GESSLER, C., 2003a. Creating a Saturated Reference Map for the Apple (Malus x domestica Borkh.) Genome. Theor. Appl. Genet. 106: LIEBHARD, R., KELLERHALS, M., PFAMMATTER, W., JERTMINI, M. and GESSLER, C., 2003b. Mapping Quantitative Physiological Traits in Apple (Malus x domestica Borkh.). Plant Mol. Biol. 52:

202 LIN, J.J., KUO, J., MA, J., SAUNDERS, J.A., BEARD, H.S., MACDONALD, M.H., KENWORTHY, W., LDE, G.N. and MATHEWS, B.L., Identification of Molecular Markers in Soybean: Comparing RFLP, RAPD and AFLP DNA Mapping Techniques. Plant Mol. Biol. Rep., 14: LIN, Z., HE, D., ZHANG, X., NIE, Y., GUO, X., FENG, C. and STEWART, J.McD., Linkage Map Construction and Mapping QTL for Cotton Fibre Quality Using SRAP, SSR and RAPD. Plant Breeding, 124: LIN, Z., ZHANG, Y., ZHANG, X., GUO, X., A High-Density Integrative Linkage Map for Gossypium hirsutum. Euphytica, 166: LODHI, M.A., DALY, M.J., YE, G.N., WEEDEN, N.F. and REISCH, B.I., A Molecular Marker based Linkage Map of Vitis. Genome, 38: LOWE, K.M. and WALKER, M.A., Genetic Linkage Map of the Interspecific Grape Rootstock Cross Ramsey (Vitis champinii) X Riparia Glorie (Vitis riparia). Theor. Appl. Genet. 112: LURO, F., LORIEUX, M., LAIGRET, F., BOVÉ, J.M. and OLLITRAULT, P., Genetic Mapping of an Intergeneric Citrus Hybrid using Molecular Markers. Fruits, 49: MALYSHEV, S.V. and KARTEL, N.A., Molecular Markers in Mapping Plant Genomes, Molecular Biology, 31(2): MALIEPAARD, C., JANSEN, J. and VAN OOIJEN, J.W., Linkage Analysis in A Full-Sib Family of An Outbreeding Plant Species: Overview and Consequences for Applications. Genet. Res. Camb.( 70), pp MARQUES, C.M., ARAUJO, J.A., FERREIRA, J.G., WHETTEN, R., O MALLEY, D.M., LIU, B.H. and SEDEROFF, R., AFLP Genetic Maps of Eucalyptus globulus and Eucalyptus tereticornis. Theor. Appl. Genet. 96: MALVOLTI, M.E., FORNARI, B., MACCAGLIA, E. and CANNATA, F., Genetic Linkage Mapping in An Intraspesific Cross of Walnut (Juglans regia L.) Using Molecular Markers. Acta Horticulturae, 544: MARTINEZ GOMEZ, P., ARULSEKAR, S., POTTER, D. and GRADZIEL, T.M., An Extended Interspesific Gene Pool Available to Peach and Almond 179

203 Breeding As Characterized Using Simple Sequence Repeat (SSR) Markers. Euphytica, 131(3): MILBOURNE, D., MEYER, R., BRADSHAW, J. E., BAIRD, E., BONAR, N., PROVAN, J., POWELL, W AND WAUGH, R., Comparison of PCR- Based Marker Systems for The Analysis of Genetic Relationships in Cultivated Potato. Molecular Breeding, 3: MIGNOUNA, H.D., ABANG, M.M. and FAGBEMI, S.A., A Comparative Assays (AFLP, RAPD and SSR) for White Yam (Dioscorea rotundata) Germplasm Characterisation. Annals of Applied Biology, 142(3): MUTLU, N., Bitkilerde Genetik Haritalama. DNA Markörleri ve Bitki Islahında Kullanım Kursu, Kurs notu, 16 s (Yayınlanmamış). MYBURG, A. A., GRIFFIN, A.R., SEDEROFF, R.R. and WHETTEN, R.W., Comparative Genetic Linkage Maps of Eucalyptus grandis, Eucalyptus globulus and Their F1 Hybrid Based on a Double Pseudo-Backcross Mapping Approach. Theor. Appl. Genet. 107: NIKAIDO, A., YOSHIMARU, H., TSUMURA, Y., SUYAMA, Y., MURAI, M. and NAGASAKA, K., Segregation Distortion for AFLP Markers in Cryptomeria japonica D. Don. Genes. Genet. Syst. 74: NIKAIDO, A.M., UJINO, T., IWATA, H., YOSHIMURA,K., YOSHIMURA, H., SUYAMA, Y., MURAI, M., NAGASAKA, K. and TSUMURA, Y., AFLP and CAPS Linkage Maps of Cryptomeria japonica. Theor. Appl. Genet. 100: NILSON, N. O., HALLDEN, C., HANSEN, M., HJERDIN, A. and SALL, T., Comparing the Distribution of RAPD and RFLP Markers in a High Density Linkage Map of Sugar Beet. Genome, 40: NOROOZI, S., BAGHIZADEH, A. and JAVARAN, M.J., The Genetic Diversity of Iranian Pistachio (Pistacia vera L.) Cultivars Revealed by ISSR Markers. Biological Diversity and Conservation (BioDiCon) 2(2): OHBA, K., Detection of Embryonic Lethal Genes in Sugi, Cryptomeria japonica D. Don. (in Japanese). Tran. 90th Meet. Jpn. For Soc., pp

204 OHBA, K., KAWASAKI, H. and FUKUHARA, N., Detection of Embryonic Lethal Genes in Twisted Sugi with Selfing and Back-crossing (in Japanese). Trans. 92nd Meet. Jpn. For Soc. pp OLIVEIRA, R.P., CRISTOFANI, M., VILDOSO C.I.A. and MACHADO, M.A., Diversidade Genética Entre Híbridos de Tangerina Cravo Elaranja Pêra Utilizando Marcadores RAPD. Pesquisa Agropecuária Brasileira, 37: OLIVEIRA, R.P., AGUILAR-VILDOSO, C.I., CRISTOFANI, M. and MACHADO, M. A Skewed RAPD Markers in Linkage Maps of Citrus. The Brazilian Society of Genetics., 27 (3): ÖZBEK, S. and AYFER, M., An Hermaphrodite Pistachio Found in the Vicinity of Antep, Turkey. Proc. Amer. Soc. Hort. Sci., 72: PALOMBI, M.A. and DAMIANO, C., Comparison between RAPD and SSR Molecular Markers in Detecting Genetic Varition in Kiwifruit (Actinidia deliciosa A. Chev). Plant Cell Reports, 20(11): PARFITT, D.E. and BADENES, M.L., Phylogeny of the Genus Pistacia as Determined from analysis of the Chloroplast Genome. Proc. Natl. Acad. Sci., 94: PATZAK, J., Comparison of RAPD, STS, ISSR and AFLP Molecular Methods Used for Assessment of Genetic Diversity in Hop (Humulus lupulus L.). Euphytica, 121(1): PAZOUKI, L., SALEHI SHANJANI, P., HAGIDIMITRIOU, M., PIRSEYEDI, S. M., NAGHAVI, M. R., AVANZATO, D., QUARTA, R., KAFKAS, S., GHAREYAZIE, B., GHAFFARI, M. R., KHAYAM NEKOUI, S. M. and MARDI, M., Genetic Diversity and Relationship Among Pistacia Species and Cultivars. Conserv. Genet. DOI /s PEACE, C., VITHANAGE, V., TURNBULL, C. and CARROLL, B., A Genetic Map of Macadamia based on Randomly Amplified DNA Fingerprinting (RAF) markers. Euphytica, 134: PEJIC, I., AJMONE-MARSAN, P., MORGANTE, M., KOZUMPLICK, V., CASTIGLIONI, P., TARAMINO, G. and MOTTO, M., Comparative 181

205 Analysis of Genetic Similarity among Maize Inbred Lines Detected by RFLPs, RAPDs, SSRs, and AFLPs. Theoretical and Applied Genetics, 97: PENG, J., KOROL, A.B., FAHIMA, T., RODER, M.S., YEFIRM, I.R., RONIN Y.I., LI, Y.C. and NEVO, E., Molecular Genetic Maps in Wild Emer Wheat Triticum dioccoides: Genome-Wide Coverage, Massive Negative Interference, and Putative Quasi-linkage. Genome Res. 10: POWELL, W., MORGANTE, M., ANDRE, C., HANAFEY, M., VOGEL, J., TINGEY, S. and RAFALSKI, A., 1996a. The Comparison of RFLP, RAPD, AFLP and SSR (microsatellite) Markers for Germplasm Analysis. Molecular Breeding, 2: POWELL, W., MACHRAY, G.C., and PROVAN, J., 1996b. Polymorphism Revealed by Simple Sequence Repeats. Trends in Plant Science, 1(7): RAKOCZY-TROJANOWSKA, M. and BOLIBOK, H., Characteristics and A Comparison of Three Classes of Microsatellite-Based Markers and Their Application in Plants. Cellular and Molecular Biology Letters, (9): RANA, M.K. and BHAT, K.V., A Comparison of AFLP and RAPD Markers for Genetic Diversity and Cultivar Identification in Cotton. Journal of Plant Biochemistry and Biotechnology, 13 (1): REITER, R.S., WILLIAMS, J.G.K., FELDMANN, K.A., RAFALSKI, J.A., TINGEY, S.V. and SCOLNIK, P.A., Global and Local Genome Mapping in Arabidopsis thaliana by Using Recombinant Inbred Lines and Random Amplified Polymorphic DNAs. Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 89: REMINGTON, D.L., WHETTEN, R.W., LIU, B.H. and O MALLEY, D.M., Construction of An AFLP Genetic Map With Nearly Complete Genome Coverage in Pinus taeda. Theor. Appl. Genet., 98: RIAZ, S., DANGL, G.S., EDWARDS, K.J. and MEREDITH, C.P., A Microsatellite Based Framework Linkage Map of Vitis vinifera L. Theor. Appl. Genet., 108: RIESEBERG, L.H., Chromosomal and Genetic Barriers to Introgression in Helianthus. Genetics, 141:

206 RUSSELL, J. R., FULLER, J. D., MACAULAY, M., HATZ, B. G., JAHOOR, A., POWELL, W. and WAUGH, R., Direct Comparison of Levels of Genetic Variation among Barley Accessions Detected by RFLPs, AFLPs, SSRs and RAPDs. Theoretical and Applied Genetics, 95: SCHLOTTERER, C. and TAUTZ, D., Slippage Synthesis of Simple Sequence DNA. Nucleic Acid Research, 20: SHANJANI, P.S., MARDI, M., PAZOUKI, L., HAGIDIMITRIOU, M., AVANZATO, D., PIRSEYEDI, S.M., GHAFFARI, M.R. and NEKOUI, S.M.K., Analysis of the Molecular Variation Between and Within Cultivated and Wild Pistacia Species Using AFLPs. Tree Genetics and Genomes, 5: SHEPHERD, M., CROSS, M., DIETERS, M. J. and HENRY, R., Genetic Maps for Pinus elliottii var. elliottii and Pinus caribaea var. hondurensis using AFLP and Microsatellite Markers. Theor. Appl. Genet. 106: SORENSEN, F., Embryonic Genetic Load in Coastal Douglas-fir, Pseudotsuga menzisii var. menziesii. Am. Nat., 130: SPADA, A., CAPORALI, E., MARZIANI, G., PORTALUPPI, P., RESTIVO, F.M., TASSI, F. and FALAVIGNA, A., A Genetic Map of Asparagus officinalis Based on Integrated RFLP, RAPD and AFLP Molecular Markers. Theor. Appl. Genet., 97: STAUB, J.E., KUHNS, J. J., MAY, B. and GRUN, P., Stability of Potato Tuber Isozymes Under Different Storage Regimes. J. Amer. Soc. Hort. Sci., 107: STAUB, J. E. and SEQUEN, F. C., Genetics Markers, Map Construction, and Their Application in Plant Breeding. Hort. Science, 31(5): TANKSLEY, S.D., Molecular Markers in Plant Breeding. Plant Mol. Biol. Rep. 1: 3-8. TANKSLEY, S.D., YOUNG, N.D., PATERSON, A.H. and BONİERBALE, M.W., RFLP Mapping in Plant Breeding, New Tools for an Old Science. Biotechnology, 7: TANKSLEY, S.D., GANAL, M.W., PRINCE, J.P., DE VICENTE, M.C., BONIERBALE, M.W., BROUN, P., FULTON, T.M., GIOVANNONI, J.J., 183

207 GRANDILLO, S., MARTIN, G.B., MESSEGUER, R., MILLER, J.C., MILLER, L., PATERSON, A.H., PINEDA, O., RODER, M.S., WING, R.A., WU, W. and YOUNG, N.D., High Density Molecular Linkage Maps of the Tomato and Potato Genomes. Genetics, 132: TAUTZ, D., Hypervariability of Simple Sequences as General Source for Polymorphic DNA Markers. Nucleic Acid Research, 17: TRAVIS, S.E., RITLAND, K., WHITHAM, T.G. and KEIM, P., A Genetic Linkage Map of Pinyon pine (Pinus edulis) Based on Amplified Fragment Length Polymorphisms. Theor. Appl. Genet., 97: UZUN, M., ATLI, H. S. ve ARPACI, S., Yerli ve Yabancı Bazı Antepfıstığı Çeşitlerinde Melezleme Yoluyla Çeşit Islahı. Gelişme Raporu. Antepfıstığı Araştırma Enstitüsü Müdürlüğü, Gaziantep. VALLEJOS, C.E., SAKIYAMA, N.S. and CHASE, C.D., A Molecular Marker Based Linkage Map of Phaseolus vulgaris L. Genetics, 131: VAN ECK, H.J., VANDERVOORT, J.R., DRAAISTRA, J., VANZANDVOORT, P,, VANENCKEVORT, E., SEGERS, B., PELEMAN, J., JACOBSEN, E., HELDER, J. and BAKKER, J., The Inheritance and Chromosomal Localization of AFLP Markers in a Non-inbred Potato Offspring. Mol. Breed. 1: VAN OOIJEN, J.W., JoinMap 4.0 Program: Software for the Calculation of Genetic Linkage Maps in Experimental Populations. Plant Research International, Wageningen, Netherlands. VENKATESWARLU, M., RAJE URS, S., SURENDRA NATH, B., SHASHIDHAR, H. E., MAHESWARAN, M., VEERAIAH, T. M. and SABITHA, M. G., A First Genetic Linkage Map of Mulberry (Morus spp.) Using RAPD, ISSR and SSR Markers and Pseudo-testcross mapping Strategy. Tree Genetics and Genomes, 3: VERHAEGEN, D. and PLOMION, C., Genetic Mapping in Eucalyptus urophylla and Eucalyptus grandis using RAPD Markers. Genome, 39:

208 VEZVAEI, A., Isozyme Diversity in Some Pistachio Cultivars. First National Workshop on Pistachio Nut Abstract Book. Rafsanjan Pistachio Research Institute-Iran, p. 9. VIENNE, D., Construction of Genetic Linkage Maps. In: Molecular Markers in Plant Genetics and Biotechnology D. Vienne (ed.) Science Publishers Inc. pp VOORRIPS, R.E., MapChart: Software for the Graphical Presentation of Linkage Maps and QTLs. The Journal of Heredity, 93: VOS, P., HOGERS, L., BLEEKER, M., VAN DE LEE, T., HORNES, M., FRIJTERS, A., POT, J., PELEMAN, J., KUIPER, M. and ZABEAU, M., AFLP: A New Technique for DNA Fingerprinting. Nucleic Acids Res., 23: VUYLSTEKE, M., MANK, R., ANTONISE, R., BASTIAANS, E., SENIOR M.L., STUBER, C.W., MELCHINGER, A.E., LUBBERSTEDT, T., XIA, X.C., STAM, P., ZABEAU, M. and KUIPER, M., Two High-Density AFLP Linkage Maps of Zea mays L.: Analysis of Distribution of AFLP Markers. Theor. Appl. Genet. 99: YAKUBOV, B., BARAZANI, O., GOLAN-GOLDHIRSH, A., Combination of SCAR Primers and Touchdown-PCR for Sex Identification in Pistacia vera L. Scientia Horticulturae, 103: YAMAMOTO, T., KIMURA, T., SHODA, M., IMAI, T., SAITO, T., SAWAMURA, Y., KOTOBUKI, K., HAYASHI, T. and MATSUTA, N., Genetic linkage Maps Constructed by Using an Interspecific Cross between Japanese and European Pears. Theor. Appl. Genet., 106: YIN, T.M., HUANG, M.R, WANG, M.X, ZHU, L.H., ZENG, Z.B. and WU, R.L., Preliminary Interspecific Genetic Maps of the Populus Genome Constructed from RAPD Markers. Genome, 44: YIN, T.M., WANG, X.R., ANDERSSON, B. and LERCETEAU-KÖHLER, E., Nearly Complete Genetic Maps of Pinus sylvestris L. (Scots pine) Constructed by AFLP Marker Analysis in A Full-Sib Family. Theor. Appl. Genet., 106:

209 YOUNG, W.P., SCHUPP, J.M. and KEIM, P., DNA Methylation and AFLP Marker Distribution in the Soybean Genome. Theor. Appl. Genet., 99: WEBER, C. A., MOORE, G. A., DENG, Z. N. and GMITTER, F. G., Mapping Freeze Tolerance Quantitative Trait Loci in a Citrus grandis x Poncirus trifoliata F1 Pseudo-testcross Using Molecular Markers. J. Am. Soc. Hortic. Sci., 128: WEEDEN, N.F., HEMMAT, M., LAWSON, D.M., LOGHI, M., MANGANARIS, A.G., REISH, B.I., BROWN, S.K. and YE, G.N., Development and Application of Molecular Marker Linkage Maps in Woody Fruit Crops. Euphytica, 77: WEI, Z., ZHANG, K., YANG, C., LIU, G., LIU, G., LIAN, L. and ZHANG, H., Genetic Linkage Maps of Betula platyphylla Suk. Based on ISSR and AFLP Markers. Plant Mol. Biol. Rep., p.7 WEISSENBACH, J., GYPAY, G., DIB, C., VIGNAL, A., MORISSETTE, J., MILLASSEAU, P., VAYSSEIX, G. and LATHROP, M., A Second- Generation Linkage Map of the Human Genome. Nature, 359: WILLIAMS, J.G.K., KUBELIK, A.R., LIVAK, K.J., RAFALSKI, J.A. and TINGEY, S.V., DNA Polymorphism Amplified by Arbitrary Primers are Useful as Genetic Markers. Nucl. Acids Res., 18 (22): WILLIAMS, J.G.K., HANAFEY, M.K., RAFALSKI, J.A. and TINGEY, S.V., Genetic Analysis Using Random Amplified Polymorphic DNA Markers. Methods in Enzymology, 218: WILLIAMS, C.G., GOODMAN, M.M. and STUBER, C.W., Comparative Recombination Distances among Zea mays L. Inbreds, Wide Crosses and Interspecific Hybrids. Genetics, 141: ZABEAU, M. and VOS, P., Selective Restriction Fragment Amplification: A General Method for DNA Fingerprints. European Patent Application. Publ Al. ZALOĞLU, S., DOĞAN, Y. and KAFKAS, S., Development of Microsatellite Markers in P. vera L. 5th International Symposium on Pistachios and Almonds. Sanlıurfa, Turkey, October 6-10, 2009, Abstract Book,

210 ZAMIR, D. and TADMOR, Y., Unequal Segregation of Nuclear Genes in Plants. Bot. Gaz., 147: ZIETKIEWICZ, E., RAFALSKI, A. and DAMIAN, L., Genome Fingerprinting by Simple Sequence Repeat (SSR)- Anchored Polymerase Chain Reaction Amplification. Genomics, 20(2):

211 ÖZGEÇMİŞ 17 Aralık 1971 tarihinde Kadirli de doğdu. İlk ve Orta öğrenimini Kadirli de, Lise öğrenimini 1991 yılında Tarım Bakanlığına bağlı Van Ziraat Meslek Lisesinde Okul Birincisi olarak tamamladı. Aynı yıl Tarım Bakanlığında Ziraat Teknisyeni olarak göreve başladı yılında başladığı yüksek öğrenimini, Çukurova Üniversitesi Ziraat Fakültesi Bahçe Bitkileri Bölümünden 14 Haziran 1996 tarihinde Bölüm Birincisi olarak mezun oldu. Tarım Bakanlığının değişik kuruluşlarında görev yaptıktan sonra, Ocak 1999 yılında Yalova Atatürk Bahçe Kültürleri Merkez Araştırma Enstitüsüne atandı ve Meyvecilik Bölümünde farklı projelerde araştırmacı olarak görev aldı yılında Uludağ Üniversitesi Fen Bilimleri Enstitüsü Bahçe Bitkileri Anabilim Dalında Yüksek Lisans öğrenimini tamamladı. Farklı zamanlarda yurt dışındaki değişik üniversite ve araştırma kuruluşlarının Bahçe Bitkileri konusundaki programlarına katıldı yılında Çukurova Üniversitesi Fen Bilimleri Enstitüsü Bahçe Bitkileri Anabilim Dalında Moleküler Genetik konusunda doktora öğrenimine başladı yılından beri Ankara da Tarım Bakanlığı Ankara Tohumluk Tescil ve Sertifikasyon Merkezi Müdürlüğünde Ziraat Yüksek Mühendisi olarak görev yapmaktadır. 188