İ.Ü. MÜHENDİSLİK FAKÜLTESİ ÇEVRE MÜHENDİSLİĞİ BÖLÜMÜ Çevre Mikrobiyolojisi Dersi Laboratuvar Uygulama 7 Bir monosakkarit olarak en çok bilinen glikoz; yaşamın temelini teşkil eden önemli bir karbonhidrattır. Daha basit bileşenlere hidrolize edilemeyen şekerler olan Monosakkaritler, major enerji kaynağıdır, nükleotidlerin yapı taşıdır. Hücresel iletişim ve immünitede görevler üstlenmektedir. Enerji kaynağı olarak ve/veya metabolik reaksiyonlarda ara ürün olarak kullanılır, bakteri hücreleri gibi prokaryotik yapılarda mürein ana bağlarının esas yapısıdırlar. Daha gelişmiş organizmalarda da benzer amaçlı kullanımlar yanında, fotosentez için ana/ hedef yapıdır. Solunum içinse elzem üründür. Bir monosakkaridin veya türevinin aktif grubu olan aldehit veya keton grubunun monosakkarid olan veya olmayan başka bir bileşiğin -OH grubu ile oluşturduğu bağ Glikozid bağıdır. Oluşan bileşik de glikozid adını almaktadır. Şekil 1. Glikozid bağı oluşumu (Dr. K.O Akın ders notlarından alıntıdır) Deneyler Deney 1- Sulu Çözeltinin Hazırlanışı Glikoz 3 gr NaOH 5 gr Distile su 150 ml Metilen Blue Solusyonu Deneyin Yapılışı Sulu çözeltide, glikoz, sodyum hidroksit ve metilen mavisi bulunmaktadır. İlk aşamada glikoz enolat oluşmaktadır.
Daha sonra metilen mavisi ile enolat bir redoks reaksiyonu gerçekleştirir. Glikoz alkalik çözeltide, sodyum glukonat formundadır ve glukonik asit olarak oksitlenmektedir. Son aşamada Metilen mavisi, renksiz bir leucomethylene blue olarak indirgenmektedir. Reaksiyon glikozun yanı sıra diğer şekerler (laktoz vb) ile ve aynı zamanda diğer indirgeyici boyalar ile birlikte de denenebilir. Şekil 2. Redüksiyon-oxidasyon şeması (sites.jmu.edu dan alıntıdır) Deney 2- Metilen mavisi indirgenme testi Mikrobiyolojik analizlerde, özellikle koruyucu ürün katılmamış ürünlerde kullanılan metabolizma hızına dayalı hızlı analizler grubunda yer almaktadır. Ancak Metilen mavisi indirgeme vb. metabolizmaya dayalı tüm hızlı testler üzerindeki asıl sakınca, popülasyondaki bakterilerin metabolik aktivite farkıdır. Analizi yapılan üründe metabolik aktivitesi yüksek olan az sayıda bakteri varsa bile, analiz sonucu yüksek sayıda bakteri olarak elde edilebilmektedir. Bir başka önemli detay da, analizi yapılacak materyalin ph değeridir. Yüksek ph da alınacak sonuç farklı olacaktır. Benzer şekilde analizden doğru sonuç alınabilmesi için, ürüne ilave edilmiş ve metilen mavisini indirgeyecek herhangibir bir ürün bulunmamalıdır. Deneyin Yapılışı 10 6 CFU/100 ml bakteri içeren süt örneği Metilen mavisi 10 ml süt örneği üzerine 0.2 µl Metilen mavisi ekleyiniz.
UYGULAMA 7 1. Size verilen süt örneğine ilave ettiğiniz Metilen mavisi ile aldığınız sonucu yazınız. 2. Yaptığınız bu test sonucunda, size verilen süt örneği içerisindeki bakteri sayısı hakkında nasıl yorum yaparsınız. 3. Testin yanıltıcılığı hakkında olası yorumlarınızı belirtiniz.
İ.Ü. MÜHENDİSLİK FAKÜLTESİ ÇEVRE MÜHENDİSLİĞİ BÖLÜMÜ Çevre Mikrobiyolojisi Dersi Laboratuvar Uygulama 8 *Bu uygulamada Dinoflagellat ve Diatomların en yaygın türleri incelenecektir. FLAGELLATA Fam Prorocentridae Genus Exuviella sp. Genus Prorocentrum micans Genus Gymnodinium sp. Fam Noctilucidae Fam Dinophysidae Genus Noctiluca Genus Dinophysis N. scintillans D. acuminata D. fortii Fam Peridiniidae Genus Gonyaulax spinifera Genus Peridinium
Genus Ceratium C. furca C. tripos C. fusus Genus Protoperidinium Protoperidinium sp. P. depressum Tintinopsis campanulla
DİATOM TÜRLERİ Skeletonema costatum (Grev.) Cl. a g, vegetative cells; diameters: a, 5μ; b, 10μ; c, 13μ; d, 3μ; e, 4μ, h j, parts of chains showing auxospore formation. Diameter of auxospores: h, 17μ; i, 18μ; j, 18μ; diameter of ordinary cells: h, i, and j, 6μ. Rhizosolenia bergonii H. Pér. a, b, and c, parts of three cells; diameters: a, 70μ; b, 38μ; c, 25μ. d, apex of cell showing arrangement of sculpturing. e g, cell showing auxospore formation. e, diameter of cell, 23μ; of auxospore, 46μ. f, section to show method of connection of auxospore with mother cell. g, apex of auxospore
Rhizosolenia imbricata Rhizosolenia setigera Rhizosolenia calcar avis Chaetoceros atlanticus form audax (Schütt) Gran; width, 22μ. b and c, C. atlanticus var. skeleton (Schütt) Hust. b, chain in broad girdle view; width, 17μ. c, recently divided cell; width, 26μ. d and e, C. atlanticus var. neapolitana (Schröd.) Hust. d, chain in broad girdle view; width, 9μ. e, chain in broad girdle view; width, 6μ.
Chaetoceros decipiens Chaetoceros constrictus Ditylum brightwellii (West) Grun. a, typical cell with chromatophores; diameter, 63μ. b, cell, 36μ in diameter, with chromatophores. c, cell 55μ in diameter. d, cell 83μ in diameter. e, abnormal cell division; diameter, 61μ. f, cell 33μ in diameter. g, cell division; diameter, 57μ. h, view of cell turned to show actual shape. i, valve mantle showing arrangement of sculpturing. b from. Alaska, others from southern California.
Grammatophora marina (Lyng.) Kütz. a, cell in broad girdle view; length, 43μ. b, cell division; length, 35μ. c, cell 33μ long, broad girdle view. d, valve view of cell illustrated in (c) showing underlying intercalary bands; width, 4.5μ. e, valve view showing sculpturing. f, chain, cells 38μ long. Synedra undulata Bail. a, valve view of entire cell; length, 610μ; widths: center, 13μ; narrowest part, 3μ. b, same cell in girdle view. c e, parts of cell in valve view showing sculpturing. c, end. d, narrowest part midway between end and center. e, widest center part.
Thalassionema nitzschioides Grun. a, chain with four recently divided cells in girdle view and two cells in valve view; length of cells, 42μ. b, sections of cells in girdle view, from chain shown in (d). c, valve view; length, 42μ; width, 3.5μ. d, chain, all cells in girdle view; length of cells, 53μ. Thalassiothrix mediterranea var. pacifica Cupp. a, entire cell; length, 745μ. b, colony of six cells; length of cells, 580μ. c, basal ends of cells shown in (b). d, sections of a cell in valve view. e, head end of cell shown in (d), focus slightly higher to show spines at corners (note mucilage pore). f, head and basal poles of a cell in girdle view.
Navicula distans Nitzschia longissima Nitzschia seriata
UYGULAMA - 8 Mikroskopta gözlemlediğiniz diatom ve dinoflagellat örneklerini çizip, tanımlayınız.