Hücrede Genetik Bilgi Akışı 1) Genomun korunması DNA nın tam olarak kopyalanması ve hücre bölünmesiyle yeni kuşak hücrelere aktarılması 2) Genetik bilginin çevrimi Hücre içerisinde bilginin DNA dan RNA ya ve oradan proteine çevrilmesi.
Biyolojinin Santral Dogması Transkripsiyon Translasyon DNA RNA Protein Replikasyon
http://www.cbs.dtu.dk/staff/dave/roanoke/genetics980320f.htm
Prokaryotik Hücrede Genetik Bilgi Akışı 1) Genomun korunması 2) Genetik bilginin çevrimi Replikasyon Mitoz Hücre bölünmesi
Ökaryotik Hücrede Genetik Bilgi Akışı 1) Genomun korunması 2) Genetik bilginin çevrimi DNA Replikasyon DNA Transkripsiyon rrna trna mrna Translasyon Protein Mitoz
DNA replikasyonu DNA molekülünün taşıdığı genetik bilgilerin sonraki kuşaklara aktarılması için kendi kopyasını oluşturmasıdır. Bugün kabul gören görüşe göre DNA nın replikasyonu semikonservatifdir. Bir DNA molekülünün iki zincirinden her biri yeni bir DNA zincir sentezi için kalıp görevi görür. Replikasyon sonucunda meydana gelen iki yeni DNA molekülünün her biri yeni ve eski kollar içerir.
DNA replikasyonu, orijin diye adlandırılan bir başlama noktasında başlar ve genellikle iki yöndeki replikasyon çatallarında 5 3 yönünde ilerler. Kalıp olarak görev gören kol 3 5 yönünde okunur
DNA molekülünün replikasyonu beş aşamada gerçekleşir: 1) Atasal çift sarmalın açılması (helikaz ve tek-iplik DNA-bağımlı proteinler). 2) Bir RNA primerinin sentezi (primaz). 3) DNA zincirinin 5 3 yönünde büyümesi (DNA polimeraz III) 4) Primerin çıkarılması ve sentez (DNA polimeraz I) 5) Yeni sentez edilen DNA zincirinin birleşmesi (ligaz). 1 2 5 3 4 http://faculty.irsc.edu/faculty/tfischer/bio%201%20files/bio%201%20resources.htm
REPLİKASYON: DNA topoizomerazlar zincirde çentik açarak sarmal yapıyı gevşetirler ve yeniden kapatırlar. Helikaz replike olacak DNA çift heliksinin kıvrımlarını açar. Özel proteinler tek iplikli DNA ya bağlanır ve tekrar çift zincir oluşturmasını engellerler. Bir defa DNA kıvrımı açıldıktan sonra primaz denen özel bir RNA polimeraz, replikasyonunun başlangıcını temsil eden özel bir bölgeye tamamlayıcı olan ve primer RNA veya öncü RNA denen kısa bir RNA zincirini sentez eder DNA sarmalı çatallanma noktasında açıldıktan ve primaz aşamaları tamamlandıktan sonra DNA polimerazlar III ün etkisiyle uygun deoksinükleozid trifosfatlardan (dntp) deoksinükleozid monofosfatların (dnmp) girişiyle DNA polimerizasyonu başlar (okazaki parçaları) ve devam eder. Okazaki parçaları sentez edildikten sonra DNA polimeraz I in 5 3 ekzonükleaz aktivitesi vasıtasıyla RNA primeri çıkarılır; DNA ligaz, kalan çentikleri kapatır.
DNA replikasyonunda DNA polimerazların etkisi, kalıp kolun karşısında büyüyen DNA koluna uygun deoksinükleozid trifosfatlardan (dntp) deoksinükleozid monofosfatların (dnmp) girişini sağlamaktır
DNA Molekülünün Organizasyonu
Bir replikondur. E. coli de dairesel şekilli genomik DNA molekülünün replikasyonu ve hücre bölünmesi 4,639,221 bazçifti ve yaklaşık 1.4 mm olan genom 42 dkreplike olur. (1) Kısmen replike olmuş dairesel kromozom (mavi) iki yavru DNA nın orijinlerinden plazma zarına tutunurlar. (2) Replikasyonu tamamlanan yeni kromozomların orijinleri birbirinden bağımsız olan bölgeleriyle zara tutunurlar. Yeni zar ve hücre duvarı oluştukça birbirlerinden uzaklaşırlar. (3) Zar ve hücre duvarının oluşması devam eder ve hücreyi bölen septum bölgesi oluşur. ( (4) Sitoplazma bir kromozomu plazma zarına tutunmuş olan iki yavru hücreye bölünür. http://www.ncbi.nlm.nih.gov/bookshe lf/br.fcgi?book=mcb&part=a3163
Ökaryotlarda Doğrusal DNA Molekülünün Replikasyonu İnsan genomu (haploit) 3 10 9 bazçifti ve 1 m uzunluktadır ve 8 saatte replike olur. Yaklaşık 10,000 100,000 replikon içerir. http://www.mun.ca/biology/desmid/brian/biol2060/biol2060-19/cb19.html
GENETİK BİLGİNİN ÇEVRİMİ (İFADESİ) http://www.cbs.dtu.dk/staff/dave/roanoke/genetics980320f.htm
Genetik Bilginin Çevrimi Gen ifadesi ya da gen ekspresyonu DNA da saklanan genetik bilgilerin bir RNA molekülü (mrna, trna, rrna) sentezi suretiyle kopyalanması veya yazılmasına transkripsiyon adı verilir Transkripsiyonla RNA ya kopyalanan, bir protein molekülüne ait genetik bilgilerin okunması veya bir protein molekülü haline çevrilmesine translasyon adı verilir Transkripsiyon ve translasyon olaylarının toplamı, gen ifadesi (gen ekspresyonu) olarak tanımlanır
Transkripsiyon Transkripsiyon, DNA da saklanan genetik bilgilerin bir RNA molekülü (mrna, trna, rrna) şeklinde kopyalanması veya yazılması olayıdır
Prokaryotlarda mrna nın yarı ömrü kısa olduğundan transkripsiyon ve translasyon birlikte yürür Ribozom, saniyede 15 kodon (45 nükleotid) tarar. E.coli ribozomu, 37 o C de, 20 saniyede 300 amino asitli bir protein sentezleyebilir. E.coli de yaklaşık 5000 mrna vardır ve E. coli de saniyede 1000 protein sentezlenebilmektedir
RNA Sentezi RNA sentezi için RNA polimeraza, başlama ve sonlanma sinyallerine gereksinim vardır
Bir RNA molekülü, DNA nın kalıp kolunun dizilişini tamamlayıcı ribonükleotidlerden (ATP, GTP, CTP ve UTP) pirofosfatlar ayrılması suretiyle polimerizasyonu sonucunda, 5 3 yönünde sentezlenir
Çift kollu DNA molekülünde bir kol, bazı genler için kalıp kol olarak bazı genler için ise kalıp olmayan kol olarak görev görebilir. Bir DNA molekülü üzerinde çeşitli kalıp kollar bulunur.
GEN İFADESİNİN KONTROLÜ İfade edilen gen aktif gendir. Bir hücrenin genomunda bulunan genlerin tümü aktifmidir? Bir gen bölgesinden transkripsiyon yapılmasına ne zaman ve nasıl karar verilir?
E. coli de lac Operonu ve Kontrol Mekanizması Katobolik yolda gerekli proteinlerin üretilmesi.
E. coli de trp Operonu ve Kontrol Mekanizması Anabolik yolda gerekli proteinlerin üretilmesi.
Ökaryotlarda Gen İfadesi
Gen ifadesinde ki basamakların herhangi birinde yer alan kontrol, *farklı hücre tiplerinde veya *gelişim evrelerinde ya da *dış koşullara karşı oluşan cevapta proteinlerin farklı bir şekilde üretimiyle sonuçlanabilir. Gen düzenlenmesi gen ifadesinin iki temel seviyesinde olur: **Transkripsiyon seviyesinde **Post-transkripsiyon seviyesinde
Transkripsiyon seviyesinde gen aktivitesinin kontrolü **Çok hücreli canlılarda, genetik kontrol mekanizmaları ile bir genetik program doğrultusunda embriyolojik gelişim olur. **Ayrıca çevresel değişikliklere karşı gen kontrol mekanizmaları uyarılabilir. Birlikte çok hücreli bir organizmayı oluşturan çok sayıda ki farklı hücre tiplerinin meydana gelişi, gelişim periyotları sırasında, **doğru genlerin **doğru hücrelerde **doğru zamanda aktivasyonuna bağlıdır.
Transkripsiyonel kontrolün iki temel elementi vardır: 1. Kontrol elementleri. Protein-bağlanan genlerin düzenleyici DNA zincirleridir. *Promotorlar ve *yükselticiler (enhansırlar) 2. Özgül proteinler. Genin kontrol elementlerine bağlanır ve transkripsiyonun nerede başlayacağını ya da baskılanacağını belirler. *Genel transkripsiyon faktörler *Regülatör proteinler: aktivatör ve represörler
Kontrol Proteinleri ve Transkripsiyon
Transkripsiyon faktör bazı genleri aktive derken bazılarını engeller
Transkripsiyon-faktör etkileşimi gen-kontrol çeşitliliğini artırır İnsan genomundan yaklaşık 2000 TF kodlanmaktadır ve bu TF ler çok daha fazla sayıdaki kombinasyonlarda DNA ya bağlanır ve binlerce genin aktivitesini düzenler.
Prokaryot ve Ökaryotlarda Gen Organizasyonu, Transkripsiyon ve Translasyonun Karşılaştırılması