8290190 Kullanım Talimatları IVD Bacterial Test Standard Tipik bir Escherichia coli DH5 alfa peptit ve protein profili ile ilave proteinleri gösteren kütle kalibrasyonu standardı. Matriks ile desteklenmiş lazer desorpsiyon/iyonizasyon uçuş zamanı kütle spektrometrisi (MALDI-TOF-MS) ile kullanım için. CARE ürünleri, dünya çapındaki müşterilerimize yüksek kalitedeki sarf malzemeleri, aksesuarlar ve özgül aparatlar ile destek vermek üzere tasarlanmaktadır. www.bruker.com/care Dil: tr Revizyon H (Temmuz 2017)
1 Kullanım Amacı 2 2 Ürün Açıklaması 2 3 Denetleme, Depolama ve Stabilite 3 3.1 Varışta Denetim 3 3.2 Varışta Depolama 3 3.3 Çözdürme ve Alikuotlama Sonrasında Depolama 3 4 Risk ve Güvenlik Bilgileri 3 5 Yazılım Gereksinimleri 4 6 IVD BTS Numune Hazırlama Prosedürü 4 6.1 IVD BTS Alikuotlarının Hazırlanması 5 6.2 Bir MALDI Hedef Plakası üzerinde IVD BTS Numuneyi Hazırlama 5 7 IVD BTS Kullanılarak MALDI-TOF Kütle Spektrometrisi Kalibrasyonu 6 7.1 Kullanılan Kalibrasyon Noktaları 6 7.2 Kalibrasyon Prosedürleri 6 7.2.1 Manuel Kalibrasyon Prosedürü 6 7.2.2 Otomatik Kalibrasyon Prosedürü 9 8 Üretici 12 1 Kullanım Amacı IVD Bacterial Test Standard, Bruker MALDI- TOF kütle spektrometrelerinin kalibrasyonu ve optimizasyonu için in vitro tanılamaya ve aynı zamanda insan numunelerinden yetiştirilen mikro organizmaların tanımlanmasında performans kontrolüne yönelik bir üründür. 2 Ürün Açıklaması IVD Bacterial Test Standard ( IVD BTS olarak adlandırılır), MALDI- TOF kütle spektrumlarında karakteristik bir peptit ve protein profili gösteren, dikkatle üretilmiş Escherichia coli DH5 alfa ekstraktı içermektedir. Ekstrakt, IVD BTS tarafından kapsanan kütle aralığının üst sınırını genişleten iki ilave proteinle yüklenir. IVD BTS tarafından kapsanan genel kütle aralığı 3,6 ila 17 kda dır. Her tüp yaklaşık en az otuz beş (35) MALDI hedef plakası noktası hazırlamak için yeterli malzemeyi içerir. Bu kit, bir in-vitro tanısal cihazdır. Sipariş Bilgileri Ürün Parça Numarası IVD Bacterial Test Standard, 5 tüp 8290190 Sayfa 2 / 12 IVD Bacterial Test Standard Kullanım Talimatları Revizyon H
3 Denetleme, Depolama ve Stabilite 3.1 Varışta Denetim Varışta IVD BTS paketini kontrol edin. Hasar görmüşse, tüpleri kontrol edin. Tüpler hasar görmüşse, IVD BTS kullanılmamalıdır. Ürünün Malzeme Güvenlik Veri Sayfasında özetlenen yönergeleri izleyerek IVD BTS yi (tüpler ve ambalajı) atın ve değiştirme için Bruker ile irtibat kurun. 3.2 Varışta Depolama -18 C IVD BTS ortam sıcaklığında sevk edilmiştir, ancak varış sonrası derhal -18 C veya altında depolanmalıdır. Kapalı IVD BTS için paket üzerindeki son kullanma tarihi, varıştan sonra -18 C veya altında depolandığında geçerlidir. 3.3 Çözdürme ve Alikuotlama Sonrasında Depolama IVD BTS kullanım öncesi çözülmelidir. IVD BTS çözeltisinin 0,5 ml vidalı kapağı takılmış mikro tüplere alikuotlanmasını ve alikuotların -18 C veya altında depolanmasını önemle tavsiye ederiz. -18 C Donmuş IVD BTS çözeltisi -18 C veya altında 5 aya kadar depolanabilir. 4 Risk ve Güvenlik Bilgileri Bu ürün Düzenleme (EC) No. 1272/2008 e göre sınıflandırılmamıştır ve dolayısıyla Kimyasalların Sınıflandırılması ve Etiketlenmesi Konusunda Küresel Uyumluluk Sistemi ne (GHS) göre sınıflandırılmamıştır. Üretici deneyimlerine göre, şartnamelere uygun olarak kullanıldığında ve işlendiğinde, ürünün zararlı bir etkisi yoktur. Ancak, tüm malzemeler bilinmeyen tehlikeler ihtiva edebilir ve dikkatle ele alınmalıdır. Daha fazla bilgi için, www.bruker.com/msds adresinden indirebileceğiniz Malzeme Güvenlik Veri Sayfasını okuyun. İlave kimyasallar, bu Kullanım Talimatlarında tarif edilen prosedürler için gerekli olabilir. Tedarikçi tarafından sağlanan Malzeme Emniyet Veri Sayfasını dikkatlice okuyun ve kimyasalları veya biyotehlikeli malzemeleri ele alırken genel emniyet düzenlemelerine uyun. Revizyon H IVD Bacterial Test Standard Kullanım Talimatları Sayfa 3 / 12
5 Yazılım Gereksinimleri Belirli yazılım sürümlerinin/kombinasyonlarının IVD BTS yi desteklemesi için ücretsiz bir yazılım yaması gereklidir (bkz. Tablo 1). Kurulum desteği için lütfen yerel Bruker Daltonics Servis Ekibi ile irtibat kurun. Tablo 1 Yazılım yaması gereksinimleri Yazılım sürümü Compass Sürüm 1.4 1.3 1.2 1.1 1.0 Yazılım yaması gerekli mi? flexcontrol Sürümü 3.4 3.3 3.0 2.4 2.2 2.0 1.2 1.1 Hayır Hayır Evet Evet Evet Evet Evet Evet 6 IVD BTS Numune Hazırlama Prosedürü Başlangıç Notları Kötü numune hazırlığı, hassasiyetin derecesini azaltacaktır ve düşük çözünürlük ve zayıf tekrarlanabilirlik üretecektir. MALDI aracılığıyla iyonların üretilmesi, analit için en uygun matriks maddesinin mevcudiyetine bağlıdır. En iyi sonuçlar için, mevcut olan en yüksek saflıkta taze olarak hazırlanmış çözeltileri ve kimyasalları kullanın (örn. CHROMASOLV LC-MS çözeltiler). Gerekli Kimyasallar ve Malzemeler Standart çözücü (Asetonitril %50, Su %47,5 ve Trifluoroasetik asit %2,5) o Sigma-Aldrich 1 firmasından ('Bruker standard solvent'; no. 900666), veya o Honeywell Riedel- de Haen 2 firmasından ('Acetonitrile 50%, Water 47.5% and Trifluoroacetic acid 2.5%'; no. 19182), veya o VWR International 3 firmasından ('SOLUTION OS'; no. PRLS89449.230), Bruker Daltonik GmbH tarafından test edilmiştir ve IVD BTS nin çözdürülmesi için önerilir. İş akışınız için seçilmiş olan tipte MALDI hedef plakası. IVD Matrix HCCA-portioned ( IVD HCCA olarak adlandırılır) (# 8290200) çözelti 4. Gerekli Olan Ancak Temin Edilmeyen Ekipman ve Araçlar Santrifüj, pipetler, pipet uçları Vidalı kapaklar (Sarstedt, no. 65.716.002) kapatılmış vidalı kapaklı mikro tüpler (Sarstedt, no. 72.730.003). 1 http://www.sigmaaldrich.com/catalog/product/sial/900666?lang=de®ion=de 2 https://www.lab-honeywell.com/products/brands/riedeldehaen/# 3 https://de.vwr.com/store/ 4 IVD Matrix HCCA-portioned çözeltisi, ilgili Kullanım Talimatları nda açıklandığı şekilde hazırlanmalıdır Sayfa 4 / 12 IVD Bacterial Test Standard Kullanım Talimatları Revizyon H
6.1 IVD BTS Alikuotlarının Hazırlanması 1. İçinde IVD BTS olan vidalı kapaklı tüpü dondurucudan çıkarın ve en az 5 dakika oda sıcaklığına dengeleyin. 2. IVD BTS pellete 50 (± 1) µl standart çözücü ekleyin ve oda sıcaklığında en az 20 defa yukarı ve aşağı pipetleyerek çözün. Çözeltinin köpüklenmesinden sakının! Not Piyasadan temin edilebilir standart çözücü kullanmaya alternatif olarak, 475 (± 5) μl HPLC saflığında su, 25 (± 1) μl trifluoroasetik asit ve 500 (± 5) μl asetonitrili 1,5 ml Eppendorf tüpü içinde karıştırarak 1 ml standart çözücü elde edebilirsiniz. 3. IVD BTS çözeltisini oda sıcaklığında en az 5 dakika inkübe edin ve ardından en az 20 defa yukarı ve aşağı pipetleyerek karıştırın. 4. Kısa süreli santrifüjleyin (10 (± 5) sn; 13.000-15.000 dev/dk; oda sıcaklığı). 5. IVD BTS çözeltisinin 5,0 (± 0,1) µl alikuotlarını vidalı kapaklı mikro tüplere pipetleyin ve tüpleri sıkıca kapatın. 6. Alikuotları -18 C veya altında depolayın. 6.2 Bir MALDI Hedef Plakası üzerinde IVD BTS Numuneyi Hazırlama Not Not Donmuş IVD BTS çözeltisi oda sıcaklığında en az 5 dakika eritilmelidir ve vidalı kapaklı mikro tüp parmakla hafifçe vurarak karıştırılmalıdır. Kısa süreli santrifüjleyin (10 (± 5) sn; 13.000-15.000 dev/dk; oda sıcaklığı). Vidalı kapaklı mikro tüpler, IVD BTS nokta hazırlandıktan hemen sonra sıkıca kapatılmalı ve -18 C veya altında depolanmalıdır. Her bir 5 µl alikuot, en az dört nokta için yeterli malzemeyi içerir. IVD BTS, işleme öncesinde her bir MALDI hedef plakası üzerinde hazırlanmalıdır. Hazırlanmış MALDI hedef plakaları hazırlandıktan sonra 24 saat içinde ölçülmelidir. Hazırlama sonrasında 24 saatten fazla zaman geçtiyse, numune hazırlanmış MALDI hedef plakası test edilemez ve numune hazırlama prosedürü tekrarlanmalıdır. 1. 1,0 (± 0,1) µl IVD BTS çözeltiyi, en az bir (1) boş MALDI hedef plakası konumu üzerine pipetleyin. 2. IVD BTS noktasının oda sıcaklığında kurumasına izin verin. DİKKAT Numunelere kuruduktan sonra 30 dakika içinde IVD HCCA çözeltisi eklenmezse bu konumlar test edilemez. 3. IVD BTS Noktasının üzerine 1,0 (± 0,1) µl IVD HCCA çözelti kaplayın. 4. Yine oda sıcaklığında kurutun. Homojen bir hazırlık yapılmalıdır. Revizyon H IVD Bacterial Test Standard Kullanım Talimatları Sayfa 5 / 12
7 IVD BTS Kullanılarak MALDI-TOF Kütle Spektrometrisi Kalibrasyonu 7.1 Kullanılan Kalibrasyon Noktaları Tablo 2 ±300 ppm kütle tolerans limiti ile kalibrasyon noktaları Protein Referans kütle (ortalama kütle) ± 300 ppm aralığı RL29 [M+2H] 2+ 3637,8 Da 3636,7 Da ila 3638,8 Da RS32 [M+H] + 5096,8 Da 5095,3 Da ila 5098,3 Da RS34 [M+H] + 5381,4 Da 5379,8 Da ila 5383,0 Da RS33meth [M+H] + 6255,4 Da 6253,5 Da ila 6257,3 Da RL29 [M+H] + 7274,5 Da 7272,3 Da ila 7276,7 Da RS19 [M+H] + 10.300,1 Da 10.297,0 Da ila 10.303,2 Da RNAse A [M+H] + 13.683,2 Da 13.679,1 Da ila 13.687,3 Da Miyoglobin [M+H] + 16.952,3 Da 16.947,2 Da ila 16957,4 Da 7.2 Kalibrasyon Prosedürleri Hem manuel, hem de otomatik kalibrasyon prosedürleri mevcuttur. Manuel prosedür tüm flexcontrol sürümleri ile kullanılabilirken, otomatik prosedür için flexcontrol 3.3 veya üzeri gereklidir. 7.2.1 Manuel Kalibrasyon Prosedürü 1. IVD BTS numunesi ile hazırlanan MALDI hedef plakasını MALDI-TOF kütle spektrometresi içine yerleştirin. 2. flexcontrol ün çalıştığından emin olun. 3. Ölçüm ve kalibrasyon için standart flexcontrol yöntemini MBT_ FC.par (Doğrusal ve Pozitif mod) kullanın. 4. Toplam spektrumu, IVD BTS noktası üzerindeki farklı tarama konumlarından 6 x 40 lazer atımını toplayarak manuel olarak ölçün. İstenen her tarama konumu için, Start düğmesine tıklayın ve ardından Add düğmesine tıklayarak toplam 240 lazer atımını şeklinde gösterildiği gibi kaydedin. Lazer enerji seviyesi optimize edilmelidir. Sayfa 6 / 12 IVD Bacterial Test Standard Kullanım Talimatları Revizyon H
İsteğe Bağlı: Alternatif olarak, bir toplam spektrumu şu şekilde otomatik olarak ölçülebilir: AutoXecute sekmesine tıklayın, Method aşağı açılır listesinden autox yöntemini MBT_AutoX seçin (Şekil 1), Run method on current spot düğmesine tıklayın. Şekil 1 AutoXecute sekmesi, otomatik toplam spektrum ölçümü için MBT_AutoX yöntemi seçimi ile Bu, toplam spektrumunu otomatik olarak ölçer. 5. Mevcut olarak görüntülenen tekli spektrumu gizlemek için Single Buffer araç çubuğu düğmesine tıklayın. Bu, Sum Buffer araç çubuğu düğmesini görüntüler. etkinleştirir ve ölçülen toplam spektrumu 6. Smooth Spectrum araç çubuğu düğmesine tıklayarak toplam spektrumunu düzgünleştirin (Şekil 2). Şekil 2 IVD BTS in düzgünleştirilmiş toplam spektrumu 7. Calibration sekmesine tıklayın ve MBT_Standard kalibrasyon dosyasını Mass Control List aşağı açılır listesinden seçin (Şekil 3). Şekil 3 Mass Control List gösteren Calibration sekmesi 8. Doğru kalibrasyon tepe noktalarını toplamak için Automatic Assign düğmesine tıklayın. Revizyon H IVD Bacterial Test Standard Kullanım Talimatları Sayfa 7 / 12
9. Kalibrasyon tepe noktalarının otomatik atamasının doğru çalışıp çalışmadığını kontrol edin. Kalibrasyon tepe noktası listesi, tüm tepe noktalarının atanmış olduğunu ve herhangi bir tepe noktası için maksimum Err/ppm sapmasının ±300 ppm değerinden çok olmadığını göstermelidir (Şekil 4). Şekil 4 Tüm tepe noktaları atanmışken ve maksimum Err/ppm sapması tüm tepe noktaları için ±300 ppm değerinden azken kalibrasyon tepe noktalarının otomatik atama sonucu Sonuca bağlı olarak, aşağıdaki gibi devam edin: Tüm tepe noktaları atanmışsa ve tüm tepe noktaları için maksimum Err/ppm sapması ±300 ppm değerinden azsa, kalibrasyon tepe noktalarının otomatik ataması başarılıdır. Adım (12) ile devam edin. Tüm tepe noktaları atanmışsa, ancak tepe noktalarından herhangi biri için maksimum Err/ppm sapması ±300 ppm değerinin üzerindeyse, adım (4) ila (9) u tekrarlayın. Tepe noktalarından bazıları atanmışsa ve tüm tepe noktaları için maksimum Err/ppm sapması ±300 ppm değerinden azsa, adım (10) ile devam edin. Tepe noktalarından bazıları atanmışsa, ancak tepe noktalarından herhangi biri için maksimum Err/ppm sapması ±300 ppm değerinin üzerindeyse, adım (4) ila (9) u tekrarlayın. Tepe noktalarından hiçbiri atanmamışsa, adım (11) ile devam edin. 10. Apply düğmesine tıklayın ve otomatik tepe noktası atamasını Automatic Assign düğmesine tıklayarak tekrarlayın. Tüm tepe noktalarının atandığını ve tüm tepe noktaları için maksimum Err/ppm sapmasının ±300 ppm değerinden az olduğunu kontrol edin. Tüm tepe noktaları atanmışsa ve tüm tepe noktaları için maksimum Err/ppm sapması ±300 ppm değerinden azsa, kalibrasyon tepe noktalarının otomatik ataması başarılıdır. Adım (12) ile devam edin. Tüm tepe noktaları atanmamışsa veya tepe noktalarından herhangi biri için maksimum Err/ppm sapması ±300 ppm değerinin üzerindeyse, adım (4) ila (9) u tekrarlayın. Sayfa 8 / 12 IVD Bacterial Test Standard Kullanım Talimatları Revizyon H
11. Spektrumda tepe noktasının sol tarafına tıklayarak 6255,4 Da tepe noktasını manuel olarak seçin. Başarılı bir tepe noktası ataması için, tepe noktasının yanındaki dikey çizgi kırmızıdan yeşile dönmelidir (ilişkili veri kalibrasyon tepe noktası listesinde girilir). Apply düğmesine tıklayın ve otomatik tepe noktası atamasını Automatic Assign düğmesine tıklayarak tekrarlayın. Tüm tepe noktalarının atandığını ve tüm tepe noktaları için maksimum Err/ppm sapmasının ±300 ppm değerinden az olduğunu kontrol edin. Tüm tepe noktaları atanmışsa ve tüm tepe noktaları için maksimum Err/ppm sapması ±300 ppm değerinden azsa, kalibrasyon tepe noktalarının otomatik ataması başarılıdır. Adım (12) ile devam edin. Tüm tepe noktaları atanmamışsa veya tepe noktalarından herhangi biri için maksimum Err/ppm sapması ±300 ppm değerinin üzerindeyse, adım (4) ila (9) u tekrarlayın. 12. Tüm tepe noktaları için maksimum Err/ppm sapması ±300 ppm değerinden azken tüm tepe noktaları otomatik olarak atandıktan sonra, Apply düğmesine tıklayın. 13. Yeni kalibrasyon değerlerini flexcontrol yönteminde (MBT_FC.par) kaydedin. Save method as araç çubuğu düğmesine tıklandığında Save flexcontrol Method As iletişimi açılır. Save düğmesine tıklayın. Doğrulama iletişiminde Yes düğmesine basarak dosya ( MBT_ FC.par ) değişimini doğrulayın (Şekil 5). Şekil 5 Belirtilen yöntem dosyasının değiştirilmesi hakkındaki doğrulama iletişimi 7.2.2 Otomatik Kalibrasyon Prosedürü Not Otomatik kalibrasyon prosedürü için flexcontrol 3.3 veya üzeri gereklidir. 1. IVD BTS numunesi ile hazırlanan MALDI hedef plakasını MALDI- TOF kütle spektrometresine yerleştirin. 2. flexcontrol ün çalıştığından emin olun. 3. Ölçüm ve kalibrasyon için standart flexcontrol yöntemini MBT_ FC.par (Doğrusal ve Pozitif mod) kullanın. Revizyon H IVD Bacterial Test Standard Kullanım Talimatları Sayfa 9 / 12
4. flexcontrol yönteminin kalibrasyon ayarlarını ayarlamak veya kontrol etmek için Tools > Method Calibration Parameters (Şekil 6) seçin. Not Kalibrasyon parametrelerinin ayarlanması sadece ilk (başlangıç) kalibrasyonunda gereklidir. Daha sonraki kalibrasyonlarda, sadece doğru autox yönteminin (MBT_AutoX) seçildiği kontrol edilmelidir. Şekil 6 Tools menüsünden Method Calibration Parameters komutu 5. Şekil 7 de gösterilen oto kalibrasyon parametre ayarlarını girin veya kontrol edin. Ardından OK düğmesine tıklayın. Şekil 7 Edit Auto Calibration Parameters iletişimi Sayfa 10 / 12 IVD Bacterial Test Standard Kullanım Talimatları Revizyon H
6. Calibration sekmesinde ( Şekil 3 ), Peak Assignment Tolerance parametresinin 1000 ppm maksimum değerine ayarlandığını kontrol edin (Şekil 8). Şekil 8 Peak Assignment Tolerance parametresi 7. Kalibrasyon prosedürüne başlamak için, Calibrate düğmesine tıklayın. Bir toplam spektrumu, IVD BTS noktası üzerinde farklı konumlardan 6 x 40 lazer atımının toplanmasıyla elde edilir ve kalibrasyon otomatik olarak tamamlanır. Başarılı bir kalibrasyondan sonra bir kalibrasyon bilgi iletişimi açılır (Şekil 9). Kalibrasyonu tamamlamak için OK düğmesine tıklayın. Şekil 9 Kalibrasyon Bilgi iletişimi 8. Kalibrasyon başarısız olursa, otomatik kalibrasyon prosedürü (4) ila (7) adımlarını tekrarlayın veya bölüm 7.2.1 de açıklanan manuel kalibrasyon prosedürünü takip edin. Revizyon H IVD Bacterial Test Standard Kullanım Talimatları Sayfa 11 / 12
8 Üretici Bruker Daltonik GmbH Fahrenheitstraße 4 28359 Bremen Almanya Destek E-posta: biotyper.support@bruker.com Telefon: +49 (421) 2205-1401 Faks: +49 (421) 2205-106 Satış Bilgileri E-posta: care@bruker.com Telefon: +49 (421) 2205-0 Web: www.bruker.com/care Açıklamalar ve teknik şartnameler, önceki tüm bilgilerin yerine geçer ve bildirim olmaksızın değişime tabidir. Telif Hakkı 2017 Bruker Daltonik GmbH Sayfa 12 / 12 IVD Bacterial Test Standard Kullanım Talimatları Revizyon H