Ege Bölgesi patates alanlarında Globodera rostochiensis Wollenweber, (Tylenchida: Heteroderidae) in moleküler yöntemlerle saptanması



Benzer belgeler
Bitlis ili patates üretim alanlarında Kök-ur nematodu (Meloidogyne chitwoodi Golden, O Bannon, Santo et Finley, 1980) nun saptanması 1

ÖDEMİŞ İLÇESİNDE PATATES ÜRETİMİ, KOŞULLAR ve SORUNLAR

06-PHYLIB-EUPHRESCO PROJE SONUÇ TOPLANTISI Ekim Edinburgh, İskoçya

Ayşe Nur Tan 1, Emel Ökten 2.

Samsun ili lahana ekim alanlarındaki kist nematodları (Tylenchida: Heteroderidae) nın yayılışı ve bulaşıklık derecesi 1

Ç.Ü Fen Bilimleri Enstitüsü Yıl:2008 Cilt:17-3

Çanakkale ili lahana ekim alanlarında kist nematodu türlerinin (Heterodera spp.) belirlenmesi 1

Uygulamalı. Moleküler Biyoloji Teknikleri, Temel Mikrobiyoloji, Temel Biyokimya ve Laboratuvar Yönetimi Kursları. Yaz Dönemi Başlıyor!

Orijinal araştırma (Original article)

POLİMERAZ ZİNCİR REAKSİYONU (PZR-PCR) VE RESTRİKSİYON PARÇA UZUNLUĞU POLİMORFİZMİ (RFLP)

Moleküler Nematoloji. Eğitim Süresi: 6 ay (29 Aralık Haziran 2014) Eğitim Yeri: Kaliforniya Üniversitesi, Davis Bitki Bilimleri Bölümü

Araştırma Makalesi (Research Article)

Domuz Ayrığı (Dactylis glomerata L.) Populasyonlarında Genetik Çeşitliliğin Belirlenmesi

Dayanıklılık Geni Cre1 in Akdeniz Tahıl Kist Nematodu, Heterodera latipons Franklin (Tylenchida: Heteroderidae) e Karşı Etkinliğinin Araştırılması

DİYARBAKIR İLİ BUĞDAY, SEBZE VE BAĞ ALANLARINDA ÖNEMLİ BİTKİ PARAZİTİ NEMATOD TÜRLERİNİN BELİRLENMESİ *

Türk Tarım - Gıda Bilim ve Teknoloji Dergisi

Mitokondrial DNA Analiz Paneli

VİRAL TANI KİTLERİ (GFJ-480)

Nematod nedir? İpliksi solucan nematos + eidos Baş ve kuyrukta incelen silindirik şekilli Hayvan, bitki parazitleri, çürükçül vs. En büyügü 8 m Placen

Dayanıklılık Geni Cre1 in Akdeniz Tahıl Kist Nematodu, Heterodera latipons Franklin (Tylenchida: Heteroderidae) e Karşı Etkinliğinin Araştırılması

Agaroz jel elektroforezi

Bazı Ceviz (Juglans regia L.) Çeşitlerinin Çimlenme ve Çöğür (Anaçlık) Gelişme Performanslarının Belirlenmesi

EGE ÜNĠVERSĠTESĠ BĠLĠMSEL ARAġTIRMA PROJE KESĠN RAPORU EGE UNIVERSITY SCIENTIFIC RESEARCH PROJECT REPORT. PROJE NO: 2013 FEN 010 (Yüksek Lisans)

Araştırma Makalesi (Research Article)

ÖZGEÇMİŞ VE ESERLER LİSTESİ

ÖZGEÇMİŞ. Yıl Unvanı Görev Yeri Arş. Gör. Fen Edebiyat Fakültesi Giresun Üniversitesi 2000-

TÜBİTAK BİDEB LİSE ÖĞRETMENLERİ FİZİK, KİMYA, BİYOLOJİ, MATEMATİK- PROJE DANIŞMANLIĞI EĞİTİMİ ÇALIŞTAYI LİSE3 (Çalıştay 2013) BİYOLOJİ GRUP TUHAF

depo zararlılarına karşı gerekli olan uygun savaş yöntemleri hakkında bilgi sahibi olup bunu gelecekteki işlerinde kullanacaklardır.

YURTDIŞI GEÇİCİ GÖREV DÖNÜŞÜ BİLGİLENDİRME TOPLANTISI Sunan: Dr. Suat KAYMAK. Zirai Mücadele Merkez Araştırma Enstitüsü Müdürlüğü.

TÜBİTAK BİDEB LİSE ÖĞRETMENLERİ-FİZİK, KİMYA, BİYOLOJİ, MATEMATİK- PROJE DANIŞMANLIĞI EĞİTİMİ ÇALIŞTAYI (LİSE-3 [ÇALIŞTAY 2013) BİYOLOJİ PROJE RAPORU

Üniversitesi, Ziraat Fakultesi, Bahçe Bitkileri Bolumu Balcalı, Adana. (Sorumlu Yazar)

TÜRKİYE DE BULUNAN BAZI YERLİ SIĞIR IRKLARININ GENETİK YAPILARININ KARAKTERİZASYONU

BÖıDesi koıollarına oydon bazı üzüm teıiflerinde,

ISSN: Yıl /Year: 2017 Cilt(Sayı)/Vol.(Issue): 1(Özel) Sayfa/Page: Araştırma Makalesi Research Article

İzmir İli Seferihisar İlçesinde Yetiştirilen Keçilerden Elde Edilen Sütlerde Biyokimyasal Parametrelerin Türk Standartlarına Uygunluğunun Belirlenmesi

Türk. entomol. bült., 2016, 6(4): ISSN X DOI: E-ISSN

T"RK~YE B~L~MSEL YE TEKNOLOJ~K ARASTIRMA KURUMU

Determination of Meloidogyne incognita (Kofoid & White, 1919) (Nemata:Meloidogynidae) Races in Vegetable Fields in Erbaa and Niksar plains in Tokat

YÖNETMELİK. Gıda, Tarım ve Hayvancılık Bakanlığından: PATATES KİST NEMATODLARI İLE MÜCADELE HAKKINDA YÖNETMELİK

Araştırma Makalesi (Research Article)

Malatya ili kayısı bahçelerinde yeni bir zararlı Eurytoma schreineri Schreiner (Hymenoptera:Eurytomidae)

EGE ÜNİVERSİTESİ BİLİMSEL ARAŞTIRMA PROJE KESİN RAPORU EGE UNIVERSITY SCIENTIFIC RESEARCH PROJECT REPORT

Kistik Fibrozis DNA Analiz Paneli

Keban Baraj Gölü nde Yaşayan Barbus rajanorum mystaceus (Heckel, 1843) ün Geri Hesaplama Yöntemiyle Uzunluklarının Belirlenmesi

Sevilhan MENNAN* Summary

Sebze Islahında Moleküler Markırların Kullanımı

Elazığ İli Karakoçan İlçesinden Elde Edilen Sütlerde Yağ ve Protein Oranlarının AB ve Türk Standartlarına Uygunluklarının Belirlenmesi

YABANCI DİL BİLGİSİ Yabancı Dil / Derecesi KPDS ÜDS TOEFL IELTS

Türkiye buğday faunası için yeni bir tür, Meloidogyne artiellia (Franklin) nın morfolojik ve moleküler yöntemlerle tanımlanması

BRCA 1/2 DNA Analiz Paneli

Yusuf KARSAVURAN 2 Mustafa GÜCÜK 2

Erbey, M., Bazı Dysmachus (Diptera: Asilidae) türlerinin spermateka yapıları.

Halil BOLU İnanç ÖZGEN. Yayın Geliş Tarihi: Yayın Kabul Tarihi:

Ege Üniversitesi Fen Bilimleri Enstitüsü Bahçe Bitkileri Anabilim Dalı / 2010

Patatesin Dünyadaki Açlığın ve Yoksulluğun Azaltılmasındaki Yeri ve Önemi

Polimeraz Zincir Reaksiyonu. Mikrobiyoloji Anabilim Dalı

Mikrobiyolojide Moleküler Tanı Yöntemleri. Dr.Tuncer ÖZEKİNCİ Dicle Üniversitesi Tıp Fakültesi Tıbbi Mikrobiyoloji A.D

POYRAZ TIBBİ CİHAZLAR EDVOTEK

Araştırma Makalesi (Research Article)

KAPİLLER ELEKTROFOREZ DNA SEKANSLAMA

RTA JEL / PZR Saflaştırma Kiti

Araştırma Enstitusu Mudurlugu, Tekirdag (Sorumlu Yazar)

MANTARLARIN EPİDEMİYOLOJİK TİPLENDİRİLMESİ. Dr. Ayşe Kalkancı Gazi Üniversitesi Tıp Fakültesi Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı, Ankara

Manisa da Bağlarda Kamalı Nematod, Xiphinema index in (Dorylaimida: Longidoridae) Populasyon Yoğunluğu

FARKLI SICAKLIKLARIN AVCI BÖCEK SCYMNUS SUBVILLOSUS (GOEZE) (COLEOPTERA: COCCINELLIDAE) UN ERGİN ÖNCESİ DÖNEMLERİNİN ÖLÜM ORANLARINA ETKİLERİ *

Orta Karadeniz Bölgesi Seralarındaki Kök-Ur Nematodlarının Yayılış ve Bulaşıklık Oranı

Bornova Zirai Mücadele Enstitüsü Çalışmalarından. M. Orhan ÖZALP

BAZI MEYVE TÜRLERİNDE DNA İZOLASYON YÖNTEMLERİNİN ETKİNLİĞİNİN KARŞILAŞTIRILMASI

T.C. MEHMET AKİF ERSOY ÜNİVERSİTESİ Fen-Edebiyat Fakültesi

TEKNİK ŞARTNAME. 1) LC FS DNA Master Hy. Pb.,96 react

Bitki Zararlıları Risk Değerlendirme Eğitimi. Dr. Raziye ÇETİNKAYA YILDIZ Biyolojik Mücadele Araştırma istasyonu ADANA

KAHRAMANMARAŞ SEMPOZYUMU 1295

ORNEMENTAL HORTİKÜLTÜR &ÇİÇEK TASARIMI

QIAsymphony DSP Dolaşan DNA Kiti

Bazı aspir genotiplerinin pas hastalığına karşı reaksiyonları hakkında ön çalışma 1

Nilgün Çerikçioğlu Marmara Üniversitesi Tıp Fakültesi Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı

Görev Yeri Unvanı Sınıf. Biyoloji Manisa Merkez Bilim ve Sanat Merkezi

DNA Dizileme (Sekanslama)

FARKLI YETİŞTİRME ORTAMLARININ SERA VE İKLİM ODASI KOŞULLARINDA PATATES (Solanum tuberosum L.) MİNİ YUMRU ÜRETİMİNE ETKİLERİ

ISSN: Yıl /Year: 2017 Cilt(Sayı)/Vol.(Issue): 1(Özel) Sayfa/Page: Araştırma Makalesi Research Article

Aydın İli Çilek Alanlarında Saptanan Noctuidae (Lepidoptera) Familyası Türleri, Yayılışı, Zararı ve Popülasyon Dalgalanmaları Üzerinde Çalışmalar

Flue Cured Tütün Çeşidinde Farklı Potasyum Formlarının Kaliteye Etkisi

LABORATUVAR MATEMATİĞİ

Konya ili ve çevresi Ģekerpancarı ekiliģ alanlarında Heterodera schachtii Schmidt, 1871 (Tylenchida: Heteroderidae) in yayılıģı üzerine araģtırmalar 1

Adıyaman İlinden Eylül Ayında Elde Edilen İnek Sütlerinin Doğu Afrika Kaliteli Çiğ İnek Sütü Standartlarına Uygunluklarinin Belirlenmesi

Bazı sanayi domatesi çeşitlerinin Kök ur nematodları [Meloidogyne incognita (Kofoid & White) Chitwood] na dayanıklılıklarının araştırılması

Türkiye Cumhuriyeti-Ekonomi Bakanlığı,

İvesi Koyunlarında Mitokondriyal 16S rrna Gen Bölgesi Polimorfizmlerinin PCR-RFLP Yöntemiyle İncelenmesi

SALGIN ARAŞTIRMASINDA KULLANILAN TİPLENDİRME YÖNTEMLERİ

I. Projenin Türkçe ve İngilizce Adı ve Özetleri İvesi Koyunlarında mikrosatellite lokuslarında polimorfizmin tespiti Güneydoğu Anadolu Tarımsal Araştı

MEVZUATLAR KANUNLAR. TEBLİĞ, TALİMAT ve KARARLAR YÖNETMELİKLER KANUNLAR. Zirai Mücadele ve Zirai Karantina Kanunu

Patates yumrularındaki Dit Yi enchus di psaci ve D. dest ruct or ( Nematoda : Tylen choidea ) arasındaki biyolojik ve morfolojik farklar

Iğdır İlinin Hayvansal Atık Kaynaklı Biyogaz Potansiyeli. Biogas Potential from Animal Waste of Iğdır Province

SARI ÇAY AKARININ ÇAY BİTKİSİ ÜZERİNDE OLUŞTURDUĞU ZARARLANMALAR. RAPOR

MİKROBİYOLOJİ ve YEDİTEPE ÜNİVERSİTESİ TIP FAKÜLTESİ ARAŞTIRMA ALANI GÜNCEL DURUM

The Possibilities of the Direct Seeding of Watermelon Seed By Pneumatic Precision Planter

EĞİTİM BİLGİLERİ. Çukurova Üniversitesi Fen Bilimleri Enstitüsü Tarım Ekonomisi / Fen Bilimleri Enstitüsü Tarım Ekonomisi / 1999

FEN ve MÜHENDİSLİK BİLİMLERİ DERGİSİ

REVİZYON DURUMU. Revizyon Tarihi Açıklama Revizyon No

Transkript:

Türk. entomol. derg., 2012, 36 (1): 155-160 ISSN 1010-6960 Orijinal araştırma (Original article) Ege Bölgesi patates alanlarında Globodera rostochiensis Wollenweber, (Tylenchida: Heteroderidae) in moleküler yöntemlerle saptanması Molecular diagnosis of Globodera rostochiensis Wollenweber (Tylenchida: Heteroderidae) in the potato growing areas of Aegean Region, Turkey Enbiye ULUTAŞ 1 Adem ÖZARSLANDAN 2 * Galip KAŞKAVALCI 3 İ. Halil ELEKCİOĞLU 4 Summary DNA isolation was done by the 8 different cyst populations collected from the potato growing areas of Aegean Region (Turkey) between 2006-2008. As a result of Multiplex PCR conducted with species-specific primer, composing of band is observed in 435 bp as specific to Globodera rostochiensis Wollenweber (Tylenchida: Heteroderidae). By doing PCR with rdna2 and rdna1.58s primers of the same sample, as a consequence of cropping with Hinf l enzyme, in 233bp and 522bp band were confirmed as specific to G. rostochiensis. In this study, other potato cyst nematodes, Globodera pallida Stone, 1973 was not determined. Globodera rostochiensis was determined previously by using morphometric methods in Turkey. The identification of G. rostochiensis was confirmed by molecular methods with this study. Key words: Potato cyst nematode, Globodera rostochiensis, potato, molecular diagnosis Özet Ege Bölgesi nde patates alanlarından 2006-2008 yıllarında 8 adet kist nematodu populasyonu toplanarak, elde edilen kistlerden DNA izolasyonu yapılmıştır. Türe özgü spesifik primerler ile gerçekleştirilen Multipleks PCR sonucunda Globodera rostochiensis Wollenweber, (Tylenchida: Heteroderidae) e özgü 435 bp de bant oluşumu gözlenmiştir. Aynı örneklerin rdna2 ve rdna1.58s primerleri ile PCR yapılarak Hinf l enzimi kesimi sonucunda G. rostochiensis e özgü 233bp ve 522bp.de bant verdiği tespit edilmiştir. Bu çalışmada patates kist nematodlarından Globodera pallida Stone, 1973 tespit edilmemiştir. Türkiye de daha önce morfometrik yöntemlerle saptanan, G. rostochiensis in varlığı moleküler yöntemlerle de ilk defa belirlenmiştir. Anahtar sözcükler: Patates kist nematodu, Globodera rostochiensis, patates, moleküler teşhis 1 Bornova Zirai Mücadele Araştırma Enstitüsü, 35040 Bornova, İzmir 2 Adana Zirai Mücadele Araştırma Enstitüsü, 01321, Adana 3 Ege Üniversitesi, Ziraat Fakültesi, Bitki Koruma Bölümü, 35100 İzmir 4 Çukurova Üniversitesi, Ziraat Fakültesi, Bitki Koruma Bölümü, 01360 Balcalı, Adana * Sorumlu yazar (Corresponding author) e-mail: ozarslandan2001@yahoo.com Alınış (Received): 14.04.2011 Kabul ediliş (Accepted): 13.07.2011 155

Ege Bölgesi patates alanlarında Globodera rostochiensis Wollenweber (Tylenchida: Heteroderidae) in moleküler yöntemlerle saptanması Giriş Türkiye nin hemen her yerinde yetiştiriciliği yapılan patates giderek halkımızın beslenmesinde önem kazanmaktadır. Türkiye nin önemli tarımsal ürünleri arasında yer alan patatesin farklı bölgelerde yetiştiriciliği yapılabilmektedir. Türkiye genelinde 1.426.841 da alanda 4.397.711 ton patates üretilmektedir. İzmir ilinde 118.735 da alanda 407.247 ton patates üretimi yapılmakta olup bunun 102.000 da alanında 357.000 ton patates üretimiyle Ödemiş ilçesi dikkat çekmektedir (Anonymous, 2009). Patateste zararlı nematodların pek çoğu dünyada karantina listesinde bulunmaktadır. Özellikle Avrupa ülkeleri açısından Globodera rostochiensis Wollenweber, 1923 ve Globodera pallida Stone, 1973 (Tylenchida: Heteroderidae) hakkında genelge yayınlanan ve sıkı bir şekilde takip edilen 5 etmen içerisinde yer almaktadır. Patateste ekonomik önemde zarar yapan Patates kist nematodları (G. rostochiensis ve G. pallida), serin iklim bölgelerinde patates ürününün ana zararlıları konumundadır. İlk defa Güney Amerika'da Ant Dağları nda görülmüş, daha sonra Avrupa, Asya (İsrail ve Hindistan), Kuzey Afrika, Kanarya Adaları, Kuzey ve Orta Batı Amerika'ya yayılmıştır (Winslow & Willis, 1972). Dünyada G. rostochiensis in G. pallida ya göre daha yaygın olduğu görülmektedir. EPPO nun verilerine göre Globodera spp. 65 ülkede tespit edilmiş olup, bunların tümünde G. rostochiensis in mevcut olduğu, bu ülkelerin 41 inde ise G. pallida türünün de bulunduğu bildirilmektedir (EPPO, 2011). Konukçu bitkisi gibi orijini Güney Amerika olan Globodera spp. nin 1850 li yıllardan itibaren Avrupa da mevcut olduğu tahmin edilmekte; 20. yüzyılın başlarında çoğu Avrupa ülkesinde bulunduğu ve sonradan diğer kıtalara yayıldığı bilinmektedir (Franklin, 1951; Jones, 1970). Tohumluk patates yumruları geliştirerek dünyaya ihraç eden Avrupa, ikincil yayılma merkezi durumundadır (Evans & Stone, 1977). Globodera pallida ve G. rostochiensis patatesin ekonomik açıdan en önemli zararlıları arasında kabul edilmekte ve birçok ülkenin karantina listesinde bulunmaktadır (Bates et al., 2002). Patates kist nematodları patates bitkilerinin köklerinde beslenerek bitkinin toprak üstü aksamında zayıf büyüme, bodurlaşma, sararma ve erken kurumalara neden olur. Zararın büyük çoğunluğu yumru ağırlığında meydana gelen azalma nedeniyledir. Patates kist nematodlarının ekonomik zarar eşiğinin 10 yumurta/g toprak olduğu bildirilmektedir (Phillips et al., 1991). Populasyon yoğunluğu 20 yumurta/g toprak olduğunda yaklaşık 2 t/ha ürün kaybı tespit edilmiştir (Brown, 1969). Phillis (1992), Kıbrıs ta G. rostochiensis in 20 yumurta/g toprak populasyon yoğunluğunda patateste 2,2 ton/ha ürün kaybı meydana getirdiğini saptamıştır. İngiltere de Patates kist nematodlarının neden olduğu yıllık kayıp, ülkenin patates üretiminin % 9 u kadardır. Diğer Avrupa ülkelerinde de benzer kayıplar görülmektedir (Evans & Rowe, 1998). Patates kist nematodlarının zararı yıldan yıla, bölgeden bölgeye değişmekle birlikte, zarar gören köklerin topraktan besin maddelerini taşımasının aksaması nedeniyle kurak koşullarda daha fazla görülmektedir. Bulaşma oranının yüksek olduğu ve patates üretiminin de sürekli olduğu Bolivya gibi tropikal ülkelerde % 80 lere varan ürün kayıpları görülmektedir (Franco et al., 1998). Dünyada Patates kist nematodunun patates verimini ortalama %12 oranında bir kayıp oluşturduğu bildirilmiştir (Bates et al.,2002). Patates kist nematodlarının teşhisi son yıllara kadar genellikle morfolojik tanı yöntemleri ile yapılmakta ve bu daher iki türün morfolojik özellikleri ve morfometrik ölçümlerinin birbirine yakın olması nedeniyle bazen sorunlara neden olmaktadır (EPPO, 2004). Powers (2004) moleküler yöntemler kullanarak Patates kist nematodlarını tanımlamıştır. Ayrıca Bulman & Marshall (1997), Fullaondo et al. (1999), Vejl et al. (2002) patates kist nematodlarını PCR-RFLP ve türe özgü primerler ile tek veya multipleks PCR kullanarak tanımlamışlardır. Türkiye de Patates kist nematodları ilk kez Bolu ili Dörtdivan ilçesinde ithal tohumluk üretilen bir tarlada bulunmuş ve söz konusu bölge karantinaya alınmıştır (Enneli & Öztürk, 1996). Ulutaş (2010) Ege Bölgesi nde patates üretim alanlarında, G. rostochiensis in % 17,47 oranında bulaşık olduğunu, İzmir- Ödemiş ilçesinde patates üretim alanlarının % 61,70 inde bulunduğunu saptamıştır. 156

Ulutaş et al., Türk. entomol. derg., 2012, 36 (1) Bu çalışmada Türkiye de patates alanlarında bulaşıklığı tespit edilen kist nematodları PCR-RFLP ve türe özgü primerler kullanılarak tanımlanması amaçlanmıştır. Materyal ve Yöntem Örneklerin toplanması ve laboratuvarda kistlerin elde edilmesi Bu çalışmada 2006-2008 yıllarında İzmir in Ödemiş (Bozdağ) ilçesinde Kist nematodu ile yoğun bulaşık 8 patates tarlasından alınan toprak örneklerinden elde edilen kistler üzerinde çalışılmıştır. (Çizelge 1). Arazi alanının 20-30 farklı yerinden toprak sondası ile toprak örnekleri alınarak paçal yapılıp yaklaşık 2 kg kadar toprak, polietilen torbalar içine etiketlenerek konulmuş ve buz kutusu içinde laboratuvara getirilerek inceleninceye kadar buzdolabında +4ºC de tutulmuştur. Bitki kökleri ve toprak örneklerinde bulunan kistlerin izolasyonunda Fenwick (1940) metodunun modifiye edilmiş biçimi olan Cort cihazı kullanılmıştır. Bu amaçla aletin üzerindeki kaba elek içine her bir örnekten 250 gr kurutulmamış toprak örneği yerleştirilmiş ve üstten hortum yardımıyla orta basınçta (6 l/da) yıkanarak ve eş zamanlı olarak aletin oluğundan akan sular kistlerin elde edilmesi amacıyla 850 ve 250 µm çapındaki elekler üzerine aktarılmıştır. Daha sonra 250 µm çapındaki elek üzerinde toplanan süzülmüş topraktan, bir pisetten püskürtülen su yardımıyla kistler, çizgilerle bölünmüş sayım kağıtlarına alınarak ve 20x büyütmeli binoküler mikroskop altında kök ve gübre parçalarından ayrılarak toplanmıştır. Çizelge 1. 2006 ve 2008 yıllarında İzmir-Ödemiş te Kist nematodu populasyonlarının elde edildiği alanlar Kod numarası Alındığı yer 1 Subatan 2 Gölcük 3 Gölcük 4 Elmabağ 5 Elmabağ 6 Gündalan 7 Büyük Çavdar 8 Bozdağ Moleküler tanılama DNA izolasyonu: Stereo binoküler altında toplanan kistlerden, eppondorf tüplere her bir örnek için 10 kist aktarılmış ve DNA izolasyonu Fermentas DNA izolasyon kiti kullanılarak yapılmıştır. Türe özgü spesifik ve genel primerlerle moleküler tanımlamaların yapılması: Kist nematodu örneklerinin moleküler tanımlamalarında türlere özgü spesifik primerler ve genel primerler kullanılmıştır (Çizelge 2). PCR reaksiyonu 5μl DNA, 10x Buffer 2,5 μl, MgCI 2 2,5 μl, 200 µm dntp 1,5 μl, her primerden 0,4 μm dan 2 μl (ITS5 ve PITSp4 G. pallida spesifik, ITS5 ve PITSr3 G. rostochiensis spesifik, Kist nematodlarına genel primerler rdna2 - rdna1.58s ), 0,2 μl Taq DNA polymerase ve ddh 2 O olacak şekilde toplam 25 mikrolitrede gerçekleştirilmiştir. Çizelge 2. Kist nematodu örneklerinin moleküler tanımlanmasında kullanılan primerler Primer ismi 5_ - 3 sekans Kaynaklar ITS5 5 GGAAGTAAAAGTCGTAACAAGG-3 White et al., 1990 PITSp4 5 ACAACAGCAATCGTCGAG 3 Bulman & Marshall, 1997 PITSr3 5 AGCGCAGACATGCCGCAA 3 Bulman & Marshall, 1997 rdna2 5 TTGATTACGTCCCTGCCCTTT 3 Vrain, 1992 rdna1.58s 5 ACGAGCCGAGTGATCCACCG 3 Szalanski' et ai., 1997 PCR Döngüsü, başlangıçta 94 ºC de 4 da, 94 ºC de 60 sn, 55ºC de 60 sn, 72ºC de 120 sn ve PCR 35 döngü, son olarak 72ºC 10 da olacak şekilde tamamlanmıştır. 157

Ege Bölgesi patates alanlarında Globodera rostochiensis Wollenweber (Tylenchida: Heteroderidae) in moleküler yöntemlerle saptanması rdna2-rdna1.58s primerler kullanılarak elde edilen PCR ürünü Hinf I enzimiyle 37 ºC de 3 saat bekletilerek kesim işlemi yapılmıştır. Bunun için; PCR ürünü (10 µl), 10xBuffer (2 µl), Hinf I Kesim Enzimi (1 µl) ve dsu (8 µl) olacak şekilde örneklerin kesimi gerçekleştirilmiştir. Elektroforez: PCR ürünleri % 1,5 agaroz jel kullanılarak elektroforez edilmiş ve 10 dak. etidyum bromid çözeltisinde bekletildikten sonra UV transilluminatör yardımı ile görüntülenmiş ve fotoğrafları çekilmiştir. Araştırma Sonuçları ve Tartışma İzmir ili Ödemiş (Bozdağ) ilçesi patates tarlalarından alınan toprak örneklerinden toplanan Kist nematodu populasyonları PCR-RFLP ve türe özgü moleküler primerler kullanılarak tanımlanmıştır. Kist nematodu populasyonlarının tanımlanmasında türe özgü spesifik ITS5 (White et al., 1990), PITSp4 ve PITSr3 (Bulman & Marshall, 1997) primerler kullanılması sonucunda G. rostochiensis e özgü 435 bp DNA bantı elde edilmiştir (Şekil 1). Çalışmada patates alanlarından alınan tüm populasyonların G. rostochiensis olduğu tespit edilmiştir. Şekil 1. Globodera rostochiensis Wollenweber in Multipleks PCR ile PITSr3, PITSp4 primerleri ve genel primer ITS5 moleküler teşhisi, Markır (M)=100 bp (Fermentas); örneklerin kodları (1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8). Kist nematodlarına genel primerlerden rdna2 (Vrain, 1992) ve rdna1.58s (Szalanski et ai., 1997) primerler kullanılmış ve PCR ürünü Hinf I enzimi ile kesimi sonucunda G. rostochiensis e özgü 233bp ve 522bp. de DNA bantları elde edilmiştir (Şekil 2). Şekil 2. Globodera rostochiensis Wollenweber, örneklerin kodları(1,2,3,4,5,6,7,8), rdna2 -rdna1.58s primerlerinin PCR ürünlerinin Hinf Iile kesimiyle oluşan bantlar (233 bp, 522 bp). Markır (M)=100bp (Fermentas). Moleküler düzeyde yapılan çok sayıda tanımlama çalışmalarında G. rostochiensis ve G. pallida türlerinin teşhisinde PCR-RFLP ve türe özgü primerler ile tek veya multipleks PCR kullanılmıştır. Fleming et al. (1998), yapmış oldukları çalışmada rdna2 ve rdna1.58s primerlerini kullanarak PCR ürününü 158

Ulutaş et al., Türk. entomol. derg., 2012, 36 (1) Hinf I enzimi ile keserek G. rostochiensis e özgü 233bp ve 522bp de, G. pallida ya ise 152bp, 233bp ve 370bp de bant verdiğini tespit etmiştir. White et al. (1990) ile Bulman & Marshall (1997) G. rostochiensis, G. pallida tanımlanmasında geliştirdikleri spesifik ITS5 PITSp4 ve PITSr3 primerleri değişik araştırıcılar tarafından kullanılmış ve bu çalışmalarda G. rostochiensis e özgü 435 bp DNA bantı elde etmişlerdir (Bulman & Marshall, 1997; Fullaondo et al., 1999; Pylypenko et al., 2005; Skantar et al., 2007). Yapılan bu çalışmalar ile İzmir- Ödemiş (Bozdağ) te Kist nematodu ile yoğun bulaşık 8 patates tarlasından alınan toprak örneklerinden elde edilen kistlerle yaptığımız bu çalışma sonuçları ile paralellik göstermektedir. Dünyada yaygınlık durumuna bakıldığında G. rostochiensis in G. pallida ya göre daha yaygın olduğu görülmektedir. EPPO nun verilerine göre Globodera spp. 65 ülkede tespit edilmiş olup, bunların tümünde G. rostochiensis in mevcut olduğu, bu ülkelerin 41 inde ise G. pallida türünün bulunduğu bildirilmektedir (EPPO, 1994). Ukrayna da yapılan çalışmalarda önceleri sadece G. rostochiensis in mevcut olduğu (Pylypenko, 1998, 1999); daha sonra yapılan çalışmada ise bulunma oranları açısından G. rostochiensis in % 95-98, G. pallida nın % 2-5 olduğunu bildirmişlerdir (Pylypenko et al., 2005). Yukarıda belirtilen çalışmalara bakıldığında dünyada G. rostochiensis in daha yaygın olduğu görülmektedir. Yaptığımız bu çalışmayla Türkiye de ilk defa Kist nematodlarında türe özgü ve genel primerler ile PCR-RFLP ve PCR moleküler yöntemler kullanılarak Patates Kist nematodu G. rostochiensis türü teşhis edilmiştir. Türkiye ye yurt dışından önemli miktarlarda tohumluk patates geldiği bilinmektedir. Son yıllarda ise ülkemizden özellikle yakın komşu ülkelere önemli miktarlarda patates ihraç edilmektedir. Hem ithalatta hem de ihraç ürünlerinde dış karantinaya titizlikle uyulması için güvenilir ve hızlı sonuç veren teşhis yöntemlerinin pratikte bu konuda yetkili olan Karantina Müdürlükleri ile Zirai Mücadele Araştırma Enstitüsü laboratuvarlarında yaygın kullanılması büyük önem arz etmektedir. Morfolojik teşhis yöntemlerinin göreceli olarak uzun zaman alması ve varyasyon nedeniyle birbirine yakın türlerin karıştırılma olasılıklarının yüksek olması nedeniyle moleküler teşhis yöntemlerinin yerleştirilmesinde büyük yarar vardır. Bu bağlamda Patates kist nematodlarının teşhisinde moleküler yöntemlerin verimli bir şekilde araştırma alanının yanı sıra iç ve diş karantina çalışmalarında kullanılabileceği bu çalışma sonucunda ortaya konulmuştur. Türkiye Patates kist nematodu faunasının tam olarak ortaya çıkarılması için ise Türkiye genelinden daha fazla örneklerin toplanıp moleküler yöntemlerle teşhis edilmesi gerekmektedir. Kaynaklar Anonymous, 2009. Türkiye İstatistik Kurumu, Ankara (web sayfası: http://tuikrapor.tuik.gov.tr), (erişim Tarihi: Mart 2011). Bates, J. A., E. J. Taylor, P. T. Gans, & J. E. Thomas, 2002. Determination of relative proportions of Globodera species in mixed populations of potato cyst nematodes using PCR product melting peak analysis. Molecular Plant Pathology, 3: 153 161. Brown, E. B., 1969. Assessment of the damage caused to potatoes by potato cyst eelworm, Heterodera rostochiensis Woll. Annals of Applied Biology, 63 (3): 493-502. Bulman, S. R., & J. W. Marshall, 1997. Differentiation of Australian potato cyst nematode (PCN) populations using the polymerase chain reaction (PCR). New Zealand Journal of Crop and Horticultural Science, 25:123 129. Enneli, S. & G. Öztürk, 1996. Orta Anadolu Bölgesinde patateslerde zarar yapan, önemli bitki paraziti nematodlar, 396-403. Türkiye 3. Entomoloji Kongresi (24-28 Eylül, Ankara) Bildirileri, Ankara Üniversitesi Basımevi, 716s. EPPO, 2004. Diagnostic protocols for regulated pests, Globodera rostochiensis and Globodera pallida. EPPO Bulletin 34:309 314. EPPO, 2011. Data Sheets on Quarantine Pests Globodera rostochiensis and Globodera pallida. (web sayfası: http://www.eppo.org/quarantine/nematodes/globodera_pallida/ HETDSP_ds.pdf), (erişim tarihi: Mart, 2011). 159

Ege Bölgesi patates alanlarında Globodera rostochiensis Wollenweber (Tylenchida: Heteroderidae) in moleküler yöntemlerle saptanması Evans, D. & A. R. Stone, 1977. A review of the distribution and biology of the potato cyst nematodes Globodera rostochiensis and G. pallida. PANS 23(2), 178-189. Evans, K. & J. A. Rowe, 1998. Distribution and Economic Importance, 1 30. In: The Cyst Nematodes (Ed: S.B. Sharma), Kluwer Academic Editors, Dordrecht, The Netherlands. Fenwick, D. W., 1940. Methods for the recovery and counting of cysts of Heterodera schachtii from soil. Journal of Helminthology, 18: 155-172. Fleming, C. C., S. J. Turner, T. O. Powers & A. L. Szalansky, 1998. Diagnostics of cyst nematodes: Use of the polymerase chain reaction to determine species and estimate population levels. Aspects of Applied Biology, 52: 375.382. Franco, J., R. Oros, G. Main & N. Ortuno, 1998. Potato Cyst Nematodes (Globodera species) in South America, 239-269. In: Potato Cyst Nematodes: Biology, Distribution and Control (Eds: R.J. Marks & B.B. Brodie), CAB International, Wallingford, UK. Franklin, M. T., 1951. The Cyst Forming Species of Heterodera. Commonwealth Agricultural Bureaux, Farnham Royal, 147 pp. Fullaondo, A., E. Barrena, M. Viribay, I. Barrena, A. Salazar & E. Ritter, 1999. Identification of potato cyst nematode species Globodera rostochiensis and G. pallida by PCR using specific primer combinations. Nematology 1 (2): 157-163. Jones, F. G. W., 1970. The control of the potato cyst nematode. Journal of the Royal Society of Arts, 118: 179-199. Phillis, I., 1992. Assessment of potato yield loss caused by the potato cyst nematode, Globodera rostochiensis, (web page: http://www.cababstractsplus.org/ abstracts/ Abstract. aspx?acno=19922319811), (Erişim tarihi: Mart 2010). Phillips, M. S., C. A. Hackett & D. L. Trudgill, 1991. The relationship between the initial and final population densities of the potato cyst nematode Globodera pallida for partially resistant potatoes. Journal of Applied Ecology, 28: 109-119. Powers, T. 2004. Nematode molecular diagnostics: from bands to barcodes. Annual Review of Phytopathology, 42:367-383. Pylypenko, L. A. 1998. Distribution of Globodera rostochiensis Wollenweber, 1923 (Tylenchida, Heteroderidae) in Ukraine. Vesnik Zoologii, 32: 139-142. Pylypenko, L. A. 1999. The Interrelations in A System Parasite - Host Plant at the Potato Globoderosis. Ph.D. Thesis, National Agrarian University, Kyiv, Ukraine, 136 pp. Pylypenko, L. A., T. Uehara, M. S. Phillips, D. D. Sigareva & V. C. Blok, 2005. Identification of Globodera rostochiensis and G. pallida in the Ukraine by PCR. European Journal of Plant Pathology, 111: 39 46. Skantar, A. M., Z. A. Handoo, L. K. Carta & D. J. Chitwood, 2007. Morphological and molecular identification of Globodera pallida associated with potato in Idaho. Journal of Nematology, 39 (2): 133-144. Syracuse, A. J., C. S. Johnson, J. D. Eisenback, C. L. Nessler & E. P. Smith, 2004. Intraspecific variability within Globodera tabacum solanacearum using random amplified polymorphic DNA. Journal of Nematology, 36: 433-439. Szalanskj, A. L., D. D. Sui, T. S. Harris & T. O. Powers, 1997. Identification of cyst nematodes of agronomic and regulatory concern with PCR-RFLP of ITS I. Journal of Nematology, 29:255-267. Ulutaş, E, 2010. Ege Bölgesi Patates Üretim Alanlarında Bulunan Önemli Bitki Paraziti Nematodların Belirlenmesi ve Bitki Gelişimine Etkileri. Ege Üniversitesi Fen Bilimleri Enstitüsü, (Basılmamış) Doktora Tezi, Bornova, İzmir, 92+XVIII s. Vejl, P., S. Skupinová, P. Sedlak & J. Domkarova, 2002. Identification of PCN species (Globodera rostochiensis, G. pallida) by using of ITS-1 region s polymorphism. Rostlinna Vyroba, 48: 486-489. Vrain, T. C., D. A. Wakarchuk, A. C. Levesque & R. I. Hamilton, 1992. Intraspecific rdna restriction fragment length polymorphisms in the Xiphinema americanum group. Fundamental and Applied Nematology, 15: 563 573. Winslow, R. D & R. J. Willis, 1972. "Nematode Diseases of Potatoes. II. Potato Cyst Nematode, Heterodera rostochiensis, 18-34. In: Economic Nematology (Ed: J. Webster), Academic Press, New York., 563pp. White, T. J., T. Bruns, S. Lee & J. Taylor, 1990. Amplification and Direct Sequencing of Fungal Ribosomal RNA Genes for Phylogenetics, 315 322. In:. PCR Protocols. A Guide to Methods and Applications (Eds: M. A. Innes, D. H. Gelfard, J. J. Sninsky & T. J. White). Academic Press, San Diego. 160