MALDI TOF-MS Performans ve Yenilikler. Dr. Görkem Yaman Düzen Laboratuvarlar Grubu İstanbul

Ebat: px

Şu sayfadan göstermeyi başlat:

Download "MALDI TOF-MS Performans ve Yenilikler. Dr. Görkem Yaman Düzen Laboratuvarlar Grubu İstanbul"

Süleyman Ağa
5 yıl önce
İzleme sayısı:

1 MALDI TOF-MS Performans ve Yenilikler Dr. Görkem Yaman Düzen Laboratuvarlar Grubu İstanbul

2 Sunu Kapsamı: 1. MALDI TOF-MS cihazlarının performansı 2. MALDI TOF-MS ile mikobakteri identifikasyonu 3. Yakında Küf mantarlarının identifikasyonu Kan kültürlerinden direk çalışma 4. Gelecekte Antibiyotik direnci?

3 MALDI TOF-MS Hızlı ve güvenilir sonuçlar Kolay (ama kritik!) hazırlık ve yükleme Tekrarlanabilir Yüksek ayrım gücü Mikrobiyolog onayı sonrası rapor

4 MALDI TOF-MS cihazlarının performansı Yapılan çalışmalarda genel olarak %90 ın üzerinde tür düzeyinde identifikasyon, %98 cins düzeyinde identifikasyon ve <%1 hatalı identifikasyon Fenotipik identifikasyon ile Bruker MS/Vitek MS paralel çalışması *Murray, P.R. What is new in clinical microbiology Microbial identification by MALDI-TOF MS. The Journal of Molecular Diagnostics. 15(5),

5 Bruker MS/Vitek MS paralel çalışması Çoğunlukla yoğun bakım hastalarından izole edilen fenotipik olarak identifiye edilmiş toplam 1148 suş ve 37 standart suş 257 Enterobacteriacea, 292 non-fermentatif, 372 Gram pozitif kok, 117 Candida, 110 diğer Direk transfer metodu, sonuç alınamazsa asetonitril-formik asid ekstraksiyonu Matrix olarak CHCA Merkezlerin yaptığı fenotipik yöntemle MALDI uyumu cins düzeyinde %95, tür düzeyinde %92 olarak bulundu.

6 Bruker MS/Vitek MS paralel çalışması Bruker MS - Vitek MS birbiriyle tür düzeyinde uyum %97 Her ikisi de %96 tür düzeyinde identifikasyon Vitek MS 3 yanlış ID, 12 ID yok (%1). Bruker MS 6 yanlış ID, 9 ID yok (%1).

7 Yanlışlar: Fenotipik Vitek MS Bruker Microflex S.boydii E.coli E.coli Sphingomonas paucimabilis A.baumannii ID yok S.pneumoniae S.pneumoniae S.salivarius C.jeikeum ID yok C.mucifaciens Brevundimonas diminuta ID yok ID yok Leuconostoc mesenteroides ID yok S.pettenkoferi Aeromonas sobria A.hydrophilia/caviae/sobria ID yok ID yok Dermobacter hominis Corynebacterium amycolatum C.albicans C.albicans C.tropicalis P.aeruginosa P.gingivalis P.aeruginosa

Bruker vs VITEK MS Yanlış sonuçlar ya sistemin limitasyonlarına ya da izolatın veritabanında bulunmaması veya yetersiz sayıda veriye bağlı Rutin bakteri ve maya izolatları için her iki sistem de iyi

8 Bruker vs VITEK MS Yanlış sonuçlar ya sistemin limitasyonlarına ya da izolatın veritabanında bulunmaması veya yetersiz sayıda veriye bağlı Rutin bakteri ve maya izolatları için her iki sistem de iyi analitik performans, anlamlı fark bulunamamıştır. Birbirine yakın (S.mitis/oralis) veya bakteri kompleksinde yer alan (A.baumannii complex, E.cloacae complex) izolatlarda Vitek MS garantici, Bruker cesur.

MALDI TOF ile Mikobakteri ID Mikobakteri identifikasyonu zor (fenotipik zahmetli, yetersiz; moleküler zahmetli, pahalı) Direk transfer metodu veya basit ekstraksiyon mikobakteriler için

9 MALDI TOF ile Mikobakteri ID Mikobakteri identifikasyonu zor (fenotipik zahmetli, yetersiz; moleküler zahmetli, pahalı) Direk transfer metodu veya basit ekstraksiyon mikobakteriler için yetersiz Silika boncukların kullanıldığı yeni inaktivasyon ve hazırlama prosedürü optimizasyonu ile kaliteli spektrum Mikobakteriler LJ veya direk MGIT şişesinden Ortalama 90 dakika sonra ID

10 Bruker MS Mikobakteri ID 56 mikobakteri izolatı rutin kullanılan veritabanı ile yeni preparasyon metodu: Tümünde iyi spektra 15 inde (%27) cins düzeyinde güvenilir (skor >1,7) sonuç 11 inde (%19) doğru isimlendirmesine rağmen güvenilir olmayan sonuç (skor<1,7) 26 (%46) suş doğru tanımlanmış Skor > 1,7 olan 15 suşun 13 ü doğru (%87) 1 M.tuberculosis Arthrobacter castelli 1 M.scrofloceum M.fortuitum

11 Bruker MS Mikobakteri ID 56 mikobakteri yeni preparasyon ve yeni mikobakteri veritabanı ile: 13 (%23) tür düzeyinde doğru 20 (%36) cins düzeyinde doğru 12 (%22) doğru isimlendirmesine rağmen güvenilir olmayan sonuç (skor<1,7) 44 (%79) suş doğru tanımlanmış. Skor >2 olan 13 suşun 12 si (%92) doğru 1 M.fortuitum/M.senegalense M.farcinogenes Skor >1,7 olan 33 suşun 31 i (%94) doğru 1 M.fortuitum/M.senegalense M.farcinogenes 1 M.gordonae M.senegalense

12 Bruker MS yeni Mikobakteri Database Doğru tanımlama %46 dan %79 a Tür düzeyinde güvenilir sonuç %0 dan %23 e 1,7 skorun üstündeki değerlerde doğru tanımlama %87 den %94 e

MALDI ile Küf Mantarlarının ID Küf ve multisellüler mantarların identifikasyonu klinik mikrobiyoloji, hijyen ve gıda laboratuarları için zorlu bir

Germinasyon süreci ve spor formasyonu dengeli bir fizyolojik durum sağlamayı zorlaştırdığından MALDI ile identifikasyon bakteri ve mayalara göre

13 MALDI ile Küf Mantarlarının ID Küf ve multisellüler mantarların identifikasyonu klinik mikrobiyoloji, hijyen ve gıda laboratuarları için zorlu bir süreçtir. Germinasyon süreci ve spor formasyonu dengeli bir fizyolojik durum sağlamayı zorlaştırdığından MALDI ile identifikasyon bakteri ve mayalara göre güvenilir değil. Penicillium, Aspergillus, Fusarium vb kendi preparasyon metodları (bead beating) ve kendi veritabanları ile %92-98 identifikasyon Croxatto A, Prod hom G, Greub G. Applications of MALDI-TOF mass spectrometry in clinical diagnostic microbiology. FEMS Microbiol Rev 36(2012),

14 MALDI ile Küf Mantarlarının ID Standardizasyon ve homojen spektrum için rotatorde sıvı SD besiyerinde inkübasyon Bu verilerle yeni filamantöz mantar kütüphanesi (henüz denemedik, yayınlanmış veri yok) >110 tür >40 cins

15 MALDI TOF ile Direkt örnekten ID Kan, idrar, BOS, plevral sıvı, periton sıvısı, sinoviyal sıvı En önemli limitasyon örnekteki mikroorganizma sayısı MALDI TOF ile yeterli spektrum elde etmek için solüsyonda min x 10 6 hücre/ml olması gerekiyor. Kan kültür şişeleri sinyal verdiğinde CFU/ml *Evason DJ, Claydon MA, Gordon DB. Exploring the limits of bacterial identification by intact cell mass spectrometry. J Am Soc Mass Spectrom 2001, 12:49-54.

16 Kan kültürleri ve MALDI TOF-MS Sepsis, endokardit, kan dolaşımı enfeksiyon mortalite-morbidite yüksek Kan kültürleri için hızlı identifikasyon ve antibiyogram hayat kurtarıcı olabilir. MALDI ile pozitif sinyal veren kan kültür şişelerinden direk çalışma Problem: şişelerde nonmikrobiyal hücreler, serum proteinleri, sıvı kültür besinlerinin uzaklaştırılması

17 Kan kültürleri ve MALDI TOF-MS Ön hazırlık (santrifüj, lizis, yıkama) ve ekstraksiyon metoduyla %80 in üzerinde doğru identifikasyon Sinyalden <1 saat sonra identifikasyon Çalışmalarda %62-89 doğru identifikasyon Kapsüllü bakteriler, kömür içeren şişeler, az sayıda üreme identifikasyonu zorlaştıran faktörler Hangi etken olduğunu bilerek daha efektif antibiyogram şansı

18 MALDI ile antibiyotik direnci mümkün mü? Dirençli mikroorganizmaların saptanabilmesi için değişik çalışmalar MSSA-MRSA ayrımı Flukonazole dirençli C.albicans suşlarında farklı proteomik profil değişiklikleri Antibiyotik tedavisine verilen metabolik cevap Ampisilin Beta laktamaz Meropenem - Karbapenemaz

19 MALDI TOF-MS ile direnç saptama ß-laktamazlar için fonksiyonel bir yöntem? ß-laktam halkasının ß-laktamazlar ile yıkımı + 18 Da - 44 Da Bu MALDI-TOF MS ile monitorize edilebilir mi? 19

20 [M hydr.-co2 +H] + [M+H] + [M hydr.+h] + [M+Na] + [M hydr.+na] + [M+2Na] + [M hydr.+2na] + Intens. [a.u.] Intens. [a.u.] Ampisilin E.coli E. Coli / Amp yıkan suş E. Coli /DH5a m/z 20

21 Teşekkürler Bruker Microflex BioTyper 3,0 VITEK MS - Myla

Benzer belgeler

Emine Zuhal Kalaycı Çekin 1, Gülşah Malkoçoğlu 3, Nicolas Fortineau 2, Banu Bayraktar 1, Thierry Naas 2, Elif Aktaş 1

Emine Zuhal Kalaycı Çekin 1, Gülşah Malkoçoğlu 3, Nicolas Fortineau 2, Banu Bayraktar 1, Thierry Naas 2, Elif Aktaş 1 Karbapenem dirençli Pseudomonas aeruginosa izolatlarında karbapenemaz varlığının genotipik ve fenotipik yöntemlerle araştırılması ve MALDI-TOF MS aracılığı ile yüksek riskli klon tayini Emine Zuhal Kalaycı