Figen Zihnioğlu. Ege Üniversitesi, Fen Fakültesi, Biyokimya Bölümü, Bornova/İzmir.
|
|
- Ayşe Derviş
- 8 yıl önce
- İzleme sayısı:
Transkript
1 PROTEİN İZOLASYON VE SAFLAŞTIRILMASI Ş Figen Zihnioğlu Ege Üniversitesi, Fen Fakültesi, Biyokimya Bölümü, Bornova/İzmir.
2 Proteinler; Fonksiyon Tüm organizmalarda kompleks k fonksiyonlar ve metabolik reaksiyonların çoğu proteinlerce gerçekleştirilmektedir. Kataliz, Yapı, Hareket, Savunma, Regülasyon, Transport, Depo, Strese Yanıt vb. birçok fonksiyondan sorumludurlar. Protein Fonksiyonu Yapıya bağımlığ
3 Proteinler; Fonksiyon Biyolojik bir kompartımanda bulunan proteinlerin sayısı, fonksiyonların kompleksliği ile orantılıdır. Canlı yaşamını ilgilendiren hemen hemen her konuda proteinlerin önemli olması nedeni ile yapılarının ve biyokimyasal özelliklerinin araştırılması zorunludur.
4 Bir proteinin amino asit kompozisyonu ve dizisinin aydınlatılması öncelikle ilgili proteinin saf olarak eldesini gerektirir. Gerçekçi bir yaklaşım ile % 100 saflık beklemek mümkün değildir.!!! ğ Bir proteinin saflaştırma stratejisinde bir seri ayırma metodu ve adımı yer alır. Her bir protein için saflaştırma prosesi p ç ş p ilgili protein için spesifiktir.
5 Protein Saflaştırılmasının Amacı 1. Endüstriyel Kullanım 2. Araştırma; Yapı Analizi Amaca göre saflık kriteri değişir. Endüstriyel (farmasötik preparatlar hariç) kullanım; Yüksek miktarda, kararlı, iyi karakterize edilmiş, düşük maliyette, saflık oranı yüksek olmayan preparatlar P t i k i i it di i i Protein; yapı, kompozisyon veya amino asit dizisi analizi; mümkün mertebe saf ve homojen preparatlar
6 Protein Saflaştırılması; Planlama Protein saflaştırılmasında göz önünde bulundurulması gereken ana kriterler; 1. Saflık 2. Verim 3. Ekonomi
7 Protein Saflaştırılması;Planlama- Strateji Protein Kaynağı Protein Üretimi Protein Kazanımı (Ekstraksiyon) k Genel Yaklaşım Ön Saflaştırma Konsantrasyon Kaba Fraksiyonlama İleri Düzeyde Ayırma Yüksek Rezolüsyon Kromatografik ve Elektroforetik Teknikler Saflık Kontrolü Karakterizasyon
8 Protein Saflaştırılması Planlama- l Strateji t İstenilen saflıkta, en az adımla ve yüksek verimle protein saflaştırılmasında uygun işlem sırasının ilgili bilgiler doğrultusunda planlanması son derece önemlidir. Saflaştırma amacı Hedef proteinin kaynağı ve lokalizasyonu Hedef proteinin miktarı(ekspresyon seviyesi) Fizikokimyasal ve biyolojik özellikleri
9 Protein Saflaştırılması Planlama- Strateji Planlamada ilk ve önemli yapılması gereken iyi bir literatür taraması ile ilgili proteinin fizikokimyasal ve biyokimyasal özellikleri hakkında detaylı bilgi i toplamaktır. Örneğin tabiatı
10 Saflaştırma stratejisi geliştirmede protein özellikleri
11 Protein Saflaştırılması Planlama- l Strateji t Kaynak seçimi Mikroorganizma Hayvan Bitki Seçim Amaca bağlı
12 Lokalizasyon Hedef protein; organizmanın (hayvan, bitki, M/O) spesifik bir kısımında olabilir. Örneğin; Hayvan M/O Bitki İskelet kası, karaciğer, kalp, Intraselüler, Yaprak, çiçek, kök, kan,,p pankreas, vb. Ekstraselüler gövde,tüber,, tohum vb. Tür ve organ tipi kullanılacak yöntemin belirlenmesinde önemlidir!!!!!!
13 Kaynak seçimi sonrası protein saflaştırılmasına başlamadan önce göz önüne alınması gereken kriterler Sıcaklık İyonik şiddet ve ph Organik çözgenler ve deterjanlar Protein Konsantrasyonu Köpük/film oluşumu Proteolitik enzimler
14 Protein Saflaştırılması; l Planlama- Strateji Protein saflaştırmasında sabit yöntem yoktur. Genel strateji göz önüne alınarak ayrılacak proteinin özelliklerine göre yöntemler araştırıcı tarafından seçilir. (Boyut/Kütle, Çözünürlük, Yük, Hidrofobisite, Afinite vb. )
15 Protein saflaştırma adımlarının seçiminde ve kombinasyonunda pratikçe önemli kriterler Amaç; istenilen saflıkta en hızlı ürün eldesi Her bir teknik rezolüsyon, kapasite, hız ve verim arasında bir denge ve uyumluluk l olmasını gerektirir.
16 Saflaştırma sırasındaki kayıplar Saflaştırma prosedüründe adım sayısı mümkün mertebe azaltılmalıdır!!!
17 Saflaştırmada hedeflenen protein miktarı, saflaştırma seviyesi ve amacı; protokol seçimini etkilemektedir.
18 Protein Saflaştırılmasının aşt as İzlenmesi e es Protein saflaştırılması çok adımlı bir prosestir ve her adımında saflaştırmanın gidişinin izlenmesi gereklidir. Total protein tayini Hedef proteinin tayini Saflık tayini Safsızlıkların uzaklaştırılması için yöntemler
19 Saflaştırma Etkinliği Spesifik Aktivite (Unite/mg protein) Total Enzim Aktivitesi / Total Protein Kat saflaştırma = Fraksiyonun spesifik aktivitesi it i Orijinal spesifik aktivite Saflaştırma verimi Fraksiyondaki ki Total Protein Verim(%) = X 100 Orijinal Preparattaki Total Protein Fraksiyondaki Total Aktivite Verim(%) = X 100 Orijinal Preparattaki Total Aktivite
20 Protein Saflaştırma ş Stratejisi Tüm proteinler e için evrensel e bir saflaştırma stratejisi verilemez!!! Hedef proteinin özelliklerine göre araştırıcının alternatif yöntemler arasından en uygun planlamayı kendisinin yapması gereklidir. Her zaman basit olmalı ve adım sayısı az olmalı!!
21 Intraselüler Proteinlerin Saflaştırılması
22 Ekstraselüler Proteinlerin Saflaşt tırılması
23 Membran Proteinlerinin Saflaştırılması
24 Protein Saflaştırılmasında Kullanılan Ön Ayırma Teknikleri Temel Teknikler 1. Hücre Parçalama/ Homojenizasyon / Ekstraksiyon k 2. Berraklaştırma 3. Ekstraktın Deriştirilmesi İleri Düzeyde Ayırma Teknikleri Kromatografik Teknikler Konvansiyonel Sıvı (LC; düşük basınç) FPLC(Fast Protein Liquid Chromatography; orta basınç) HPLC(High Performance Liquid Chromatography; yüksek basınç) Saflık Kontrolü ve Karakterizasyon Elektroforetik Teknikler PAGE, SDS-PAGE, IEF, 2D-PAGE vb. (Saflık kk kontrolü, Fraksiyonlama, Molekül külkütl kütlesi ve İzoelektrik l nokta tayini, alt birim ve izoenzimlerin belirlenmesi)
25 Ön Ayırma Teknikleri 1. Hücre Parçalama/ Homojenizasyon / Ekstraksiyon Hücre Küçük Moleküller Amino asit, Monosakkarit, Nükleotid, FFA Hücre Homojenizasyonu Makromoleküller Nükleik Protein Polisakkaritler asit Organel Ayrılması Hücre Debrisi Kaba parçalama - Blender Sert materyaller - Öğütücüler - Makaslar /değirmen oluşturmak için önce hücre pastası parçalanmalı
26 Ön Ayırma Teknikleri-1; Homojenizasyon Doku ve Hücre Parçalama teknikleri Fiziksel veya mekanik Blenderlar, öğütücüler homojenizatörler, Aşındırılar ile agitasyon (ball mill, bead mill) Sıvı ve Katı Ekstrusyon (French Press) Ultrasonikasyon Kimyasal (Lizis) Isı ile muammele Dondurma- eritme Desikasyon Osmotik şokk Litik enzimler Alkali ile muammele Deterjanlar ve çözgenler
27
28 Öğütücüler
29 Ball mill
30 Mekanik olmayan yöntemler Isı Osmotik şok Enzimatik Alkali Deterjanlar/organik çözgenler vb..
31 Hücre Parçalama Duyarlılığı Sonik Agitasyon Sıvı Katı Presleme Presleme Hayvan hücreleri Gram, bacilli & cocci Gram + ve bacilli Maya Gram + ve cocci Sporlar Miseller (7; çok iyi, 1; çok dirençli)
32 Protein parçalama/homojenizasyon prosesinin etkinliğinin belirlenmesi; Ekstraktta total protein tayini İlgili protein bir enzim ise aktivite tayini veya proteinin spesifik bir özelliğinin kullanılması ile varlığının kantitatif belirlenmesi Canlı hücre sayımı
33 Ön Ayırma Teknikleri-2; Berraklaştırma İzolasyon sırasında farklı adımlarda partiküllerin uzaklaştılması. En çok kullanılan iki teknik; * Santrifüj Diferansiyal, Yoğunluk Gradient;Subselüler fraksiyonlama * Filtrasyon(mikrofiltrasyon) Partiküllerin boyutu ve yoğunluğu hangi tekniğin kullanılacağını l ğ belirler. l
34 Berraklaştırma;Santrifüj Merkez kaç kuvveti etkisi altındaki partiküllerin bağıl molekül kütlelerine, yoğunluklarına, kompozisyonlarına ve şekillerine i bağımlı ğ davranış göstermesi prensibine dayanmaktadır. Rölatif Santrifüj Kuvveti(RCF) RCF = ω2 r rpm 2 RCF = r g 1000 RCF = Rölatif Santrifüj kovveti ω =Açısal hız g = Gravitasyonel kuvvet r = partikülün rotasyon merkezine uzaklığı ğ rpm = dönüş/dak
35 Nomogram; (RCF, i.e., g-force) RPM
36 Diferansiyal Santrifüj Homojenatın fraksiyonlanarak ayrılması, merkez kaç kuvvetinin kademeli olarak arttırılması Bileşiğin ayrılması, zamana, devir sayısına, partikül büyüklüğüne ve yoğunluğuna bağlıdır.
37 Yoğunluk Gradient Santrifüj Moleküllerin yoğunluk farklarına göre bir tüpte oluşturulan yoğunluk gradienti boyunca ayrılması Bölgesel Hız İzopiknik
38 Ön Ayırma Teknikleri-2; Berraklaştırma Filtrasyon Yarı geçirgen g bir membrana hidrostatik basınç uygulaması ile seçilen membranın gözenek boyutuna bağlı ğ olarak partiküllerin uzaklaştırılması ş Mikrofiltrasyon Nanofiltrasyon Ultrafiltrasyon Membran filtrasyon modülleri; düz tabaka, tübüler, hollow fiber ve karıştırmalı hücre olarak yapılacak işleme göre tercih edilir.
39 Membran Tipleri; Modülleri Tübüler (Spiral) Düz tabaka (flat sheet) Karıştırmalı Hücre Hollow fibre
40 Mikrofiltrasyon Boyuta bağımlı; Membranlar mikroporöz Yarı geçirgen bir membrana hidrostatik tik basınç uygulaması ile mikron boyutlu partiküllerin sıvılardan uzaklaştırılması Mikrofiltrasyonun farklı uygulamaları: Biyoreaktörlerden hücrelerin toplanması Solüsyonlardan virüs uzaklaştırılması Meyva suyu ve meşrubatların berraklaştırılması Hücrelerin fermentasyon ortamından uzaklaştırılması Su saflaştırılması Hava filtrasyonu Sterilizasyon
41 Ön Ayırma Teknikleri-3 Ekstraktın Deriştirilmesi Ultrafiltrasyon Liyofilizasyon (Dondurarak kurutma) Çöktürme Yöntemleri İzoelektrik çöktürme İyonik şiddeti azaltarak çöktürme Salting in İyonik şiddeti arttırarak çöktürme Salting out Organik çözgenler ile çöktürme Organik polimerler ile çöktürme Denaturasyon ile çöktürme y ç Diyaliz (Vakum diyalizi, tuz giderilmesi)
42 Ekstraktın Deriştirilmesi-1 Ultrafiltrasyon Molekül kütle ve şekillere göre ayrılma Etkin kuvvet; santrifüj veya basınç
43 Karıştırmalı Hücre Santrifüj Üniteleri i >0.5 ml >2ml 10-15ml
44 Ultrafiltrasyon Membran Gözenekleri; cut-off NMWC; Nominal Molecular Weight Cut-off NMWC; Membrandan geşmesi mümkün olmayan globuler molekülün minimum molekül kütlesi. Linear --- Globuler!!! Ultrafiltrasyon ile konsantrasyon alternatif metodlara göre avantajlıdır: Santrifügasyon sonrası çöktürmede, faz değişimine bağlı olarak düşük geri kazanım söz konusudur. Liyofilizasyon; uzun proses zamanı gerektirir ve tuz vb Liyofilizasyon; uzun proses zamanı gerektirir ve tuz vb. moleküllerinde aynı anda deriştirilmesi ile sonlanır.
45 Ultrafiltrasyon; Diafiltrasyon Düşük molekül kütleli moleküllerin ortamdan uzaklaştırılması Tampon değişimi
46 Ekstraktın Deriştirilmesi-2 Dondurarak kurutma; Liyofilizasyon Liyofilizasyon; uzun proses zamanı gerektirir ve tuz vb. moleküllerinde aynı anda deriştirilmesi ile sonlanır!!!
47 Ekstraktın Deriştirilmesi-3 Çözünürlük;Çöktürme Yöntemleri Çöktürme yöntemleri herhangi bir analiz öncesi veya uygun saflaştırma adımı sonrası proteinlerin i konsantre edilmesinde ve/veya izolasyonunda kullanılırlar. Çöktürmede kullanılan madde izleyen saflaştırma adımlarında ve ölçüm yöntemlerinde(protein, aktivite vb.) girişim yapabilir. Bu nedenle çözünen preparat; p diyaliz, diafiltrasyon veya jel filtrasyon gibi yöntemler ile uzaklaştırılmalıdır. Ucuz ve kolay Çözünürlüğü ü etkileyen faktörler; Yapı ve boyut Yük Çözgen
48 Çöktürme Yöntemleri ph ı Değiştirerek Çöktürme Izoelektrik Çöktürme pi = ph Protein amfoterik; yüzey; + ve - iyonlar ph > pi ; protein ( - )yüklü ph < pi ; protein ( + ) yüklü ph = pi ; (+) = (-) Moleküller birbirini iter Elektrostatik t tik çekim Çözünürlük izoelektrik noktada en az
49 Çöktürme Yöntemleri İyonik Şiddetini Değiştirerek Çöktürme salting in Çözünme salting out Presipitasyon
50 Çöktürme Yöntemleri İyonik şiddeti düşürerek ü çöktürme; salting in Düşük ş konsantrasyonlarda eklenen tuz, yüklü proteinlerin çözünürlüğünü artırır. Protein üzerindeki yük etkileşimleri ş korunur İyonik şiddetin düşürülmesi ile agregasyon. Seyrelme Örn; serum globulinleri
51 Çöktürme Yöntemleri İyonik şiddeti arttırarak çöktürme; salting out Yüksek konsantrasyonlarda nötral tuz ilavesi ile çözünürlüğün ğ azalması; en sık kullanılan metod Tuzlar proteinleri, denatürasyon, proteoliz veya bakterial kontaminasyona karşı ş korurlar. Salting out ; protein yüzeyindeki hidrofobik bölge tabiatına ve molekül kütlesine bağımlıdır. ğ
52
53 Çöktürme Yöntemleri Organik Çözgenler ile Çöktürme Ortamın dielektrik sabitini düşürürler; çözünürlük Hidrofobik ve elektrostatik etkileşim Genelde kullanılan organik çözgenler; Etanol Aseton Metanol Propan-1-ol Propan-2-ol Dioxan
54 Çöktürme Yöntemleri Organik Çözgenler ile Çöktürme Ortamın dielektrik sabitini düşürürler; çözünürlük Hidrofobik ve elektrostatik etkileşim Genelde kullanılan organik çözgenler; Etanol Propan-1-ol Aseton Propan-2-ol ol Metanol Dioxan
55 Çöktürme Yöntemleri Organik Polimerler ile Çöktürme Bazı organik polimerler, (örn; polietilen glikol:peg) organik çözgenler gibi davranırlar, ancak çok küçük konsantrasyonlarda daha fazla etkindirler. Denaturasyon ile Çöktürme Organik çözgenler Yüksek sıcaklık Aşırı ph değişimi
56 Diyaliz Yarı geçirgen membranlardan konsantrasyon gradienti yönünde molekül büyüklüğüne bağlı difüzyon Proteinlerin; i tuz, iyon ve küçük ük moleküllerden ayrılması
57 Diyaliz Membranları Selüloz asetat, polisülfon, polikarbonat, polietilen, poliolefin, polipropilen, PVDF
58 İleri Ayırma Teknikleri Kromatografik Teknikler Bir karışımda bulunan iki veya daha fazla sayıdaki bileşenin, birbiri ile karışmayan iki faz arasındaki dağılımı Sıvı Kromatografisi (LC) Durağan(Stasyoner) Faz: Katı Haretketli (Mobil) Faz: Sıvı LPLC MPLC HPLC <5 bar 6-50 bar > 50 bar μm 15-60μm 3-5μm Kolon Dedektör
59
60 Kromatografik Teknikler Sıvı Kromatografisi (LC) Moleküler Özellikler esas alınarak yapılan kromatografik sınıflama Moleküler Özellik Kromatografi Yöntemi Polarite Dağılma ğ Yük İyon Değişim (Anyon, Katyon,IEF) Moleküler kütle Jel Filtrasyon Hidrofobisite Hidrofobik Etkileşim(HIC) Spesifik molekül Afinite it bağlama
61 Ayırma Prosesine etki eden parametreler
62 Elüsyon 1. İzokratik Elüsyon 2. Gradient Elüsyon - Adım adım(step-wise) elüsyon - Lineer gradient elüsyon
63 İyon Değişim Kromatografisi Proteinlerin Yüklerine Göre Ayrılması: Protein yükü ortam ph sına göre değişken (ph > pi Anyon- Değişim) (ph < pi Katyon- Değişim) Elüsyon İzokratik Kesikli Gradient ph veya iyonik şiddet
64
65 İyon Değişim Kromatografisi Prosedürü
66
67 İyon Değişim Kromatografisi Avantajları; Büyük hacimlerde ve miktarlarda(1-5 g/100 ml) örnek uygulanabilmesi, Çok farklı koşulların kullanılabilmesi l i İyon değiştiricilerin rejenere edilebilmesi Dezavantajları; Proteinin kolon ph ve iyonik şiddetine benzer olması gerekliliği, Büyük hacimler için diyaliz, tuz uzaklaştırma ve seyrelme sorun olduğundan güvenirliğinin az olmasıdır.
68 a a a a Kromato-odaklama odaklama Chromatofocusing İzoelektrik noktalara dayalı ayırım ph gradienti kolon içinde oluşturulur. Anyon değişim matriksi ve amfolit kullanımı a a Avantajları; a a Mükemmel rezolüsyon a Farklı ph aralıklarının kullanılabilmesi a Dezavantajları; a a a a a Pahalı Kayıplar açısından ph nın bilinmesi zorunluluğu Kapasite yüksek değil
69 Hidrofobik Etkileşim Kromatografisi(HIC) Proteinlerin Yüzey hidrofobisitesine Göre Ayrılması: Kesikli Gradient Tuz Elüsyon ph değişimi Polarite değişimi Deterjan ilavesi
70 Hidrofobik Etkileşim Kromatografisi(HIC) Proteinlerin Yüzey hidrofobisitesine Göre Ayrılması: Avantajları; Büyük örnek hacimleri ile çalışılabilir. Büyük ük protein miktarları ile çalışılabilir. l Matriks dayanıklı Koşullar ayarlanabilir Dengeleme kolay- direkt (NH 4 4) 2 SO 4 sonrası kullanım Dezavantajları; Bağlanma için yüksek tuz konsantrasyonu çökelmelere sebep olabilir.
71 Jel Filtrasyon Kromatografisi Geçirgenlik / Moleküler Elek Kromatografisi Proteinlerin Boyutlarına Göre Ayrılması:
72 Jel Filtrasyon Kromatografisinin Uygulamaları Ekstraktın deriştirilmesi Grup ayırmaları(desalting) Fraksiyonlama(analitik, preparatif) Moleküler kütle tayini Protein bağlanması ve kompleks oluşumu için denge sabitlerinin hesaplanması Agregat oluşumu proteinlerin ve Agregat oluşumu, proteinlerin ve denatürasyonunun analizi
73
74 Jel Filtrasyon Kromatografisi Geçirgenlik / Moleküler Elek Kromatografisi Avantajları; Basit Kolay Uygulanabilir Dezavantajları; Düşük kapasite Seyrelme Örneğin vizkozitesinin düşük olması gerekliliği
75 Afinite Kromatografisi Proteinlerin i diğer bir moleküle spesifik bağlanmaları ile ayrılmaları Seçimli ve Bağlanma geri dönüşümlü Ligantlar; Substratlar veya analogları, İnhibitörler(kompetitif), Metaller, Kofaktörler Antikorlar vb. Enzimler: Antikor: Lektin: Nükleik asit: Hormon, vitamin: Substrat, inhibitor, kofaktor Antijen, virus, hücre Polisakkarit, glikoprotein, hücre reseptörü Komplementer baz dizisi, histon, nukleik asit, polimeraz, bağlanan protein Reseptör, Taşıyıcı protein
76 Afinite Kromatografisinin Prensibi
77 Küçük MW Ligantlar Makromoleküler ligantlar Mono-spesifik Ligantlar Grup-spesifik Ligantlar Steroid, hormon reseptörler Staph.ProteinG - Human IgG Enzim inhibitörleri enzimler Strept.Protein A - Fc Antibody Enzim substratları- enzimler NAD,NADP Dehidrogenazlar Antikorlar(macro) antijenler Nukleotidler- bağlayıcı proteinler Biotin avidin Karbohidratlar - lektinler Polymixin B- endotoxin Lektinler(macro)-glikoproteinler Calmodulin- kinazlar, polimerazlar, dehidrogenazlar Pseudo(Biomimetic) Ligantlar Cibacron Blue F3 G-A; Kinazlar, fosfatazlar, dehidrogenazlar albumin, interferon vb. Procion Red HE- 3B; dehidrogenazlar, karboksi peptidaz, interferon Orange A: laktat dehidrogenaz Green A: CoA proteinleri
78 Küçük molekül kütleli ligantlar için; Spacer arm Hidrofilik Nötral Kararlı Protein bağlamamalı
79 Afinite Kromatografisi
80 Afinite Kromatografisi Prosedürü
81 Matriksler Matriks Agaroz (çapraz bağlı) Poliakrilamid/agaroz Akrilamid/akrilat id/ k Oligoetilenglikol/ metakrilat türevleri Silika (CPG: controlled pore glass) Affi-gel (Bio-Rad) Sepharose (Pharmacia) Acti-gel (Sterogene) Avid-gel (BioProbe) Reacti-gel ( Pierce) Ultragel (IBF) Eupergit (Fluka) Fractogel (Merck) TSK (Tosohaas)
82 Afinite Kromatografi Tipleri 1. Biyospesifik Afinite Kromatografisi 2. İmmüno Afinite Kromatografi 3. Lektin Afinite Kromatografi 4. Boya-Ligand Kromatografi 5. Metal-Şelat Kromatografi(IMAC) 6. Kovalent Kromatografi 7. Protein A Kromatografi
83
84 Afinite Kromatografisi Avantajları; Yüksek Spesifiklik Az saflaştırma adımı Düşük konsantrasyonlardaki hedef protein saflaştırılması Dezavantajları; Pahalı stasyoner faz Ligant seçiminin uygunluğu ve yeterliği Protein ligantların sert elüsyon koşullarında düşük stabiliteli olması
85 Kromatografik Tekniklerin Uygunluğu
86 Biyolojik bir kompartmanda bulunan proteinlerin i sayısı, fonksiyonların kompleksliği ile orantılı Sonuç: Kompleks sistemlerde yüksek ayırım gücüne sahip yöntemlerin kullanılması l ve geliştirilmesi gerekli!!!. Multidimensional i l Teknikler Kompleks protein/peptid karışımlarının multidimensional ayırımları; ortogonal ve birbiri ile uyumlu iki veya daha fazla ayırma yönteminin birlikte ( on-line / off-line ) kullanılmasını kapsar.
87 Multidimensional Teknikler Protein spesifik biyokimyasal ve biyofiziksel parametreler Elektroforez 2D-PAGE (Jel Tabanlı) IEF/SDS-PAGE CE/CE Kromatografi 2D-HPLC 3D-HPLC IEX/RP IEF/SCX/RP Afinite/RP RP/SCX/RP IEF/RP Afinite/SCX/RP SEC/RP CZE/RP, CIEF/RP, SEC/RP/CZE, IMAC/MEKC, GC/GC Kütle Spectrometrisi: on-line Biyoinformatik
88 Sonuç olarak, multidimensional ayırmalar tek yönlü yöntemler ile kıyaslandığında; 1. duyarlılık, 2. benzer grupların birbiri yanında ayırımları ve identifikasyonuna olanak sağlaması, 3. yüksek rezolüsyon, 4. doğru, tekrarlanabilir vehızlı sonuçlar alınabilmesi i 5. otomasyona müsait olması.nedeniyle değerli olup, geliştirilmeye açıktır.
89 Elektroforetik Teknikler Elektroforez; bir elektrik alanın etkisi altında yüklü bir partikülün göç etmesi olarak tanımlanabilir. Amino asitler, peptidler, proteinler, nükleotidler ve nükleik asitler gibi önemli biyolojik moleküller iyonize olan gruplar içerirler ve herhangi bir ph da elektrikçe yüklü katyonlar(+) veya anyonlar(-) olarak bulunurlar. Bir elektrik alan etkisi ile bu yüklü partiküller net yüklerine bağımlı ğ olarak katoda veya anoda doğru ğ göç ederler. Elektriksel alanda göç hızları veya mobiliteleri; alanın şiddetine, moleküllerin net yüküne, büyüklüğüne, şekillerine ve moleküllerin hareket ettikleri ortamın iyonik şiddetine, vizkozitesine ve sıcaklığına bağlıdır.
90
91 Elektroforetik Teknikler Jel Elektroforezi Protein Elektroforezi Proteinler; Amfoterik ( +, - ) Net yük ortamın ph sına bağımlı pi = ph net yük 0 ph> pi negatif yük, anoda göç ph< pi positif yük, katoda göç
92 Elektroforetik Teknikler Jel Elektroforezi PAGE uygulamaları l Saflık kkontrolü Fraksiyonlama Molekül Kütlesi Tayini İzoelektrik l Nokta Tayini i Alt birimlerin Belirlenmesi İzoenzimlerin belirlenmesi vb.
93 Poliakrilamid Jel Elektroforezi (PAGE) Polimerizasyon Akrilamid; monomer N-N-metilen bis akrilamid; çapraz bağlayıcı NNN N t N,N,N,N -tetrametilen t til diamin(temed); i katalizör Amonyum persülfat; inisiyatör-katalizör
94 1. Doğal-PAGE PAGE Tipleri Biyolojik(enzim) aktivite kaybı yok. Mobiliteyi etkileyen faktörler: yük; molekül kütlesi ve şekil * Sürekli Bölge Elektroforezi (CZE) * Multifazik Bölge Elektroforezi (MZE) *N Non-İyonik İ Deterjanlar ile Elektroforez (Az Çözünür proteinler) 2. Denaturing-PAGE Biyolojik(enzim) aktivite kaybı var. *SDS SDS-PAGE(Molekül kütlesi) * Üre İçeren Jeller İzoelektrik Odaklama(IEF) 2D-PAGE
95 Doğal-PAGE; Sürekli Bölge Elektroforezi(CZE) Uniform akrilamit konsantrasyonu Homojen tampon sistemi Ayırım; yük ve moleküler kütle Jel konsantrasyonu ~ protein boyutu Tampon sistemi; bazik(ph ). Protein negatif yüklü; anoda göç Bazik proteinler anodik uçtan uygulanmalı l Avantajları Hızlı ve basit ph nın proteinin stabilitesine göre seçilebilmesi Dezavantajları Düşük ayırma kapasitesi Seyreltik örnekler için uygun değil
96 Doğal-PAGE PAGE; Multifazik Bölge Elektroforezi(MZE) Discontinuous Electrophoresis Disc elektroforezi Heterojen tampon sistemi Ayırım;Yük ve moleküler kütle SDS-PAGE e benzer; sadece SDS yok Avantajları Ayırma kapasitesi iyi Dezavantajı Protein-protein etkileşimleriş Değişik ph koşullarının stabiliteyi etkilemesi
97 2. Denaturing-PAGE; SDS-PAGE SDS (sodium dodecyl sulfate) proteinlerin net yükünü maskeler: proteinlerin hepsi negatif yüklü ve aynı şekilde Ayırım; Moleküler kütle(mr) 1.4 g SDS / g protein Kuvvetli denatüre edici DTT ve merkaptoetanol gibi indirgeyici ajanlar disülfit bağlarının parçalanması için kullanılır. l Na +
98 SDS-PAGE; Laemmli Sistemi i Düzenleyici i jel(stack) - ph ve iyonik şiddetin dengelenmesi -Örneğin konsantre edilmesi Band keskinleştirme etkisi; [Cl - ] > [protein-sds] > [glicinat] Anod/Katod Tamponu: Tris+Glisin+SDS; ph=8.3 Örnek Tamponu: Tris-Cl, ph=6.8) [protein-sds]
99 Dedeksiyon fiksasyon Etanol/asetic asit/su (4/1/5) [1 saat/ gece boyu] boyama Analitik Jeller; Gümüş boyama Mikropreparatif p Jeller; Coomassie Bril. Blue
100 Jel Boyama Tekniklerinin Dedeksiyon Duyarlılıkları Protein Dedeksiyon Duyarlılığı 100 ng CBB R 250 Boyama Tekniği ~ 100 ng Negatif-Zn-imidazol ng Negatif Cu ng CBB G ng Gümüş ng Gümüş + glutaraldehit 1-2 ng SYPRO floresan boyalar pg Radyokimyasal
101 Florosan Boyalar 1. Etidyum Bromür, 2. SYBR Yeşili, 3. Multipleks, 4. SYPRO Red, 5. SYPRO Orange, 6. Nile Red
102 Molekül Kütlesi Tayini (Mr)
103 İzoelektrik Odaklama (IEF) İzoelektrik noktalara göre ayırım. İzoelektrik Nokta Tayini
104 Blotlama (Elektrotransfer) PVDF (Polivinilidendiflorür) membranlara blotlama sonrası: Poinceau S, Amido Black, Coomassie blue R Sulforodamin, İmmuno dedeksiyon, Kolloidal Altın
105 2D- Elektroforez Binlerce proteinin tek adımda ayrılması İki iyi ayırma tekniğinin kombinasyonu; 1.Yön 2.Yön IEF : yüke bağımlı ayırma (ph gradienti) SDS-PAGE : moleküler kütleye bağımlı ayırma Her bir teknik kendi başına 100 bileşiği ayırma kapasitesine sahiptir. Birleştiklerinde ayırma teorik olarak 10 4 polipeptidtir.
106 2D- Elektroforez; Her tip hücre proteinlerinde kullanılabilir. (bitki, M/O, hayvan, hücre, doku kültürleri vb.) Bir adımda protein izolasyonu (dizi analizleri ve seçimli antikor tanımlanması) Kompleks protein karışımlarının ayrılması ve tanımlanması Kompleksliğin derecesinin belirlenmesi(heterojenlik) Genetikçe polimorfik materyallerin belirlenmesi pi ve MW (bağıl) belirlenmesi Kalite kontrol ve protein saflığının analizi Fonksiyonel protein bazında genetik farklanmaların analizleri, Hücre içeriğinin farklanması ve hastalık teşhisi, Post-translasyonel modifikasyonların belirlenmesi, Hücre proliferasyonu, farklanma ve transformasyonun incelenmesi, Subtraktif analizler,
107 2D-PAGE Örnek Hazırlığı İzoelektrik odaklama SDS-PAGE Protein Spot Dedeksiyonu Jellerin değerlendirilmesi
108 Örnek Hazırlığı Örneğin orijinine bağlı olarak farklanır. Sıvı azotta dondurma, öğütme, ğ sonikasyon-homojenizasyon 9 M üre, 1% DTT, 2-4 % w/v CHAPS, 2 % Amfolitler(pH 3-10), 10 mm proteaz inhibitörü Çözünürleştirme Ökaryotik dokulardaki proteinlerin çokluğu ve farklılığı; Ön-fraksiyonlama Optimizasyon
109 1. YÖN Izoelektrik Odaklama (IEF) Sürekli bir ph gradientinde izoelektrik noktalara göre ayırma (tüp jel/ipg)
110 İmmobilize ph Gradient strip kullanımı(ipg) ph gradienti; poliakrilamid matriks fiberlerine kopolimerizasyon ile oluşturulur. immobiline IPG-stripleri farklı ph aralıklarında ticari olarak temin edilebilmektedir. (örn; ph 3-10, 4-7, 3-6, 6-12, 4-5) Strip uzunluğu: (7, 11, 17, 24 cm) PROTEAN IEF HÜCRESİ
111 IEF Sonrası; dengeleme ve -S-S- bağlarının indirgenmesi(jeller) Tris-HCl (50 mm) ph 6.8, Üre 6 mm, Gliserol (30 % v/v), SDS (2 % w/v), DTE (2 %) solüsyonda 12 dak. bekletilir. -SH ların blokajı için; iyodoasetamid içeren benzer karışımda 5 dakika bekletilir. 2. Yöne uygulama hemen yapılmayacak ise -70 o C de petri kaplarında saklanabilir.
112 2D-PAGE: 2. Yön: SDS-PAGE Boyuta bağımlı ğ Ayırma Laemmli Sistemi Düzenleyici jel kullanılmaz Jel Boyutu Küçük Jeller; 6.5 x7.5 cm 100 protein spotu Büyük Jeller; 30 x 40 cm protein spotu
113 2D-PAGE fiksasyon Etanol/asetik asit/su (4/1/5) [1 saat / gece boyu] Boyama Gümüş Coomassie blue Floresan boyalar Radioizotopik İşaretleme vb.
114 Translasyon sonrası modifikasyonlar için kullanılabilecek l k bazı floresan jel boyaları Total protein SYPRO Ruby Gliko ikoprotein Pro-Q Emerald Fosfoprotein Pro-Q Diamond
115 pi ph 3 ph 10 Mr
116 2D-PAGE; Görüntüleme Lazer Scanner Fluorescence imager Phosphorimager 2D-PAGE Jellerin Değerlendirilmesi ğ il i İdentifikasyon ve Karakterizasyon Manual Bilgisayarlar Software Sistemleri (Otomatik Değerlendirme) Biyoinformatik Araçlar
117 2D-PAGE VERİ TABANLARI Image Data Biyolojik bir örnek için birden fazla referans jel haritaları Yazılı İnformasyon Verilen jeller üzerinde her bir spotun Verilen jeller üzerinde her bir spotun MW, IP, proteinin adı, identifikasyon metodu, bibliyografik referansları, diğer veritabanları ile kıyaslamaları
118 2D-PAGE VERİ TABANLARI WORLD-2DPAGE SWISS-2DPAGE YPM htpp:// YEAST 2D-PAGE htpp:// ECO2DBASE htpp:// f / Sub2D htpp:// Aberdeen 2-D db htpp:// Maize 2-D db htpp://moulon.moulon.inra.fr/imgd/ l f/i Fly 2-D db htpp://tyr.cmb.ki.se LSB 2-D db htpp://1scb.com/2dmaps/patterns.htm HSC-2DPAGE htpp:// harefield nhs HEART-2DPAGE htpp:// HP-2DPAGE htpp:// Danish 2-D db htpp://biobase.dk/cgi-bin/celis Emb.stem cell htpp:// A375 UCSF 2-D htpp://rafael.ucsf.edu/2dpagehome.html Colon carcinoma htpp://
119 Karakterizasyon
120 Proteomik Proteom teknolojisi, proteom çalışmaları ş Farklı dinamik koşullarda, hücre, doku veya vücut sıvılarındaki proteinlerin kantitatif analiz teknolojisi Tek-tek analiz global analiz Hipoteze dayalı araştırma keşife dayalı araştırma
121 Genomik Transkriptomik Proteomik DNA neyin mümkün olabileceğini, i RNA neyin olası olduğunu, Proteinler gerçekte ne olduğunu ifade eder Sonuç: İntegrasyon
122 Aynı Genom - Farklı Proteom Proteom 1 Biyolojik Değişimler (morfogenez) Proteom n Proteom 1 Proteom 2, 3, 4 Proteom n
123 Proteomik Ekspresyon (Klasik) Proteomik: Protein atlası oluşturulmasını Diferansiyal i protein ekspresyon analizi i Fonksiyonel (Targetted) Proteomik: Hücredeki tüm proteinlerin dinamik ekspresyonlarının belirlenmesi; Post-translasyonel modifikasyonlar Protein-protein, protein-ligand etkileşimleri Dizi yapı fonksiyon ilişkileri
124 Proteom Analizinde Genel Strateji Örnek hazırlığı Protein ve Peptidlerin Ayrılması Ayrılan protein ve peptidlerin i İdentifikasyonu(MS) Biyoinformatik (Veri Değerlendirmesi)
125 Temel Proteomik Analiz Şeması Multidimensional Teknikler Multidimensional Teknikler Protein spesifik biyokimyasal ve biyofiziksel parametreler
126 MS için Örnek Hazırlığığ Jelden spot kesimi ve parçalanması Yıkama (destaining) Parçalama (trypsin) Peptid ekstraksiyonu Temizleme (desalting) Zi Ti Pi tt Ti f ZipTip Pipette Tips for Microaffinity Biomolecule Purification
127 KÜTLE SPEKTROMETRİSİ Protein Analizi (MW, saflık) Protein identifikasyonu (haritalama) Peptid Dizi Analizi Post-translasyonel translasyonel modifikasyonların belirlenmesi Amino asit, karbohidrat ve lipid bileşenleri Karbohidrat dizi analizi Kaynak Analizör Dedektör MALDI-TOF, ESI-TOF, Q-TOF, nanolc-ms/ms, SELDI-TOF vb.
128 Klasik Proteom 2D-elektroforez Jellerin görüntülenmesi Jellerin Dökümantasyonu Jel Analizi ve Spot Seçimi Protein spotlarının çıkarılması pi.mw MS için örnek hazırlığı Protein veri tabanları Verilerin karşılaştırılması MALDI-TOF Benzer veri tabanları Diğer veri tabanları Oluşturulan veri tabanları Tüm Veriler
129 Global Protein Analizi; Fonksiyonel Proteom 2D-Jel Elektroforezi M W ph Subtraktif ktifanaliz Otomatik değerlendirme ile kıyaslama Diferansiyel protein dağılım seviyeleri Farklanmalar İlave spotlar Eksilen spotlar Artan/Azalan Kompozit jeller
130 Yardımcı Teknikler PRO OTEOMIK 2D-PAGE 2D-HPLC MALDI-TOF-MS Two Dimensional Polyacrylamide lamide Gel Electrophoresis Two Dimensional Liquid Chromatography Matrix Assisted Laser Desorption /I onization Time of Flight Mass Spectrometry LC-ESI-MS/MS Liquid Chromatography Electro Spray Ionization - Tandem Mass Spectrometry CIEF/MS 2D-DIGE ICAT FLIM/FRET LCM SELDI-MS Biochips Capillary Isoelectric Focussing Electrophoresis/ Electrospray mass spectrometry Two Dimensional Differential Imaging Gel Electrophoresis Isotope-Coded Affinity Taging Fluorescence Lifetime Imaging Microscopy/ Fluorescence Resonance Energy Transfer Laser Capture Microdissection (Sample preparation of tissue specimens) Surface Enhanced Laser Desorption / Ionization Mass Spectrometry Protein/Peptide/Antibody Arrays Yeast-twotwo hybrid Assays (protein-protein interactions), Edman Degradation(N-terminalterminal sequence), Recognition molecule libraries, Affinity / Immunoaffinity, Removal of high abundance proteins, Computational function prediction, Crystallography, NMR, Transgenic animals, etc.
PROTEİN ANALİZ YÖNTEMLERİ
PROTEİN ANALİZ YÖNTEMLERİ Protein analizleri, fen bilimleri araştırmaları ve farmosötik endüstrisinde önemli bir araç olarak karşımıza çıkar. Protein Analizinin Amaçları: Hastalıkların Kesin Tanısının
DetaylıPROTEİNLERİN SAFLAŞTIRILMASI
PROTEİNLERİN SAFLAŞTIRILMASI Bir hücre ve dokudan istenilen bir proteinin saf halde izole edilmesi oldukça güç bir olaydır. Bu proteinin konsantrasyonu düşük ise binlerce farklı protein arasından ayırmak
DetaylıSODYUM DODESİL SÜLFAT POLİAKRİLAMİD JEL ELEKTROFOREZİ İLE PROTEİNLERİN ANALİZİ
T.C. FIRAT ÜNİVERSİTESİ FEN BİLİMLERİ ENSTİTÜSÜ BİYOLOJİ BÖLÜMÜ SODYUM DODESİL SÜLFAT POLİAKRİLAMİD JEL ELEKTROFOREZİ İLE PROTEİNLERİN ANALİZİ Yüksek Lisans Semineri Hazırlayan: Abdullah ASLAN Danışman:
DetaylıFermentasyonun Teknik Prensipleri, Biyoteknolojide Temel Yöntemler
KİM 458 Biyoteknolojinin Temelleri Fermentasyonun Teknik Prensipleri, Biyoteknolojide Temel Yöntemler Prof. Dr. Y. Murat ELÇİN Fermentasyonun Teknik Prensipleri Sterilizasyon Biyoteknolojik bir üretim
DetaylıHücre Üzerine Mikrocerrahi Uygulamaları Hücrenin altbirimlerine ayrılması Moleküllerin analizi. Prof. Dr. Müjgan Cengiz
Hücre Üzerine Mikrocerrahi Uygulamaları Hücrenin altbirimlerine ayrılması Moleküllerin analizi Prof. Dr. Müjgan Cengiz Canlı Hücrelerdeki Moleküllerin İzlenmesi Mikroskopla inceleme hücrede belli düzeyde
DetaylıProtein Ekstraksiyonu
Protein Ekstraksiyonu Dr.Gaye Güler Tezel Hacettepe Üniversitesi Tıp Fakültesi Patoloji Anabilim Dalı Proteinler tüm canlı organizmalar için en önemli makromoleküllerden biridir. Bazıları yapısal komponentleri
DetaylıElektoforez ENSTRÜMENTAL ANALİZ 10/12/2015. Elektroforez
Elektoforez ENSTRÜMENTAL ANALİZ Elektroforez Elektroforez yüklü moleküllerin bir elektriksel alandaki hareketlerinin izlendiği bir tekniktir. Bir örnekteki maddelerin tümü veya bazıları iyonlaşabiliyorsa
DetaylıNÜKLEİK ASİTLERİN ELEKTROFOREZİ
T.C. FIRAT ÜNİVERSİTESİ FEN BİLİMLERİ ENSTİTÜSÜ BİYOLOJİ BÖLÜMÜ NÜKLEİK ASİTLERİN ELEKTROFOREZİ Yüksek Lisans Semineri Hazırlayan: Venhar ÇELİK Danışman: Yrd.Doç.Dr. Dilek Turgut-BALIK NÜKLEİK ASİTLERİN
DetaylıBİYOTEKNOLOJİDE KULLANILAN YÖNTEMLER. Araş. Gör. Dr. Öğünç MERAL
BİYOTEKNOLOJİDE KULLANILAN YÖNTEMLER Araş. Gör. Dr. Öğünç MERAL BİYOTEKNOLOJİDE KULLANILAN YÖNTEMLER Canlılık olayları hücreler içerisindeki biyolojik moleküllerin yapı ve işlevlerine bağlı olarak ortaya
DetaylıBİYOTEKNOLOJİDE KULLANILAN YÖNTEMLER. Araş. Gör. Dr. Öğünç MERAL
BİYOTEKNOLOJİDE KULLANILAN YÖNTEMLER Araş. Gör. Dr. Öğünç MERAL Kromatografi, katı veya sıvı bir durağan fazın yüzeyine veya içine uygulanmış bir karışımdaki moleküllerin, sıvı veya gaz halindeki bir hareketli
DetaylıSunum planı. Protein yaşam döngüsü ve moleküler tıp Protein analiz yöntemleri Krotomotografik metotlar
Dr. Suat Erdoğan Sunum planı Protein yaşam döngüsü ve moleküler tıp Protein analiz yöntemleri Krotomotografik metotlar Yüksek basınçlı sıvı kromatografi (High- pressure liquid chromatography, HPLC). Kağıt
DetaylıMeyve Suyu Üretiminde Ozmotik Destilasyon ve Membran Destilasyon Uygulamaları
Meyve Suyu Üretiminde Ozmotik Destilasyon ve Membran Destilasyon Uygulamaları Çok aşamalı vakum evaporasyon düzenekleri flavor kaybı ( pişmiş tat) renk bozulmaları besin öğeleri kaybı DONDURARAK KONSANTRASYON
DetaylıLaboratuvar Tekniği. Adnan Menderes Üniversitesi Tarımsal Biyoteknoloji Bölümü TBY 118 Muavviz Ayvaz (Yrd. Doç. Dr.) 5. Hafta (14.03.
Laboratuvar Tekniği Adnan Menderes Üniversitesi Tarımsal Biyoteknoloji TBY 118 Muavviz Ayvaz (Yrd. Doç. Dr.) 5. Hafta (14.03.2014) 1 5. Haftanın Ders İçeriği DNA ekstraksiyonu DNA ekstraksiyonunun amacı
DetaylıHPLC. Yüksek Performanslı Sıvı Kromatografisi
HPLC Yüksek Performanslı Sıvı Kromatografisi HPLC Nedir? HPLC nin Kısımları: Hareketli Faz Rezervuarı Pompa Sistemi Numune enjeksiyon Sistemi Kolon Dedektör HPLC Çeşitleri HPLC Uygulamaları HPLC Yüksek
DetaylıMOLEKÜLER BİYOLOJİDE KULLANILAN YÖNTEMLER II PROTEİNLERİN SAFLAŞTIRILMASI
MOLEKÜLER BİYOLOJİDE KULLANILAN YÖNTEMLER II PROTEİNLERİN SAFLAŞTIRILMASI Protein Saflaştırma Bir proteinin amino asit kompozisyonu ve dizisinin aydınlatılması öncelikle ilgili proteinin saf olarak eldesini
DetaylıProtein Analiz ve Saflaştırma Yöntemleri Dr. Ayhan ÜNLÜ
Protein Analiz ve Saflaştırma Yöntemleri Dr. Ayhan ÜNLÜ PROTEİNİN SAFLAŞTIRILMASI hücre ekstraktından, proteinin izolasyonu İzolasyon öncesi işlemler - Hücre fraksiyonunun seçimi: sitoplazma, mitokondri,
DetaylıBiochemistry Chapter 4: Biomolecules. Hikmet Geçkil, Professor Department of Molecular Biology and Genetics Inonu University
Biochemistry Chapter 4: Biomolecules, Professor Department of Molecular Biology and Genetics Inonu University Biochemistry/Hikmet Geckil Chapter 4: Biomolecules 2 BİYOMOLEKÜLLER Bilim adamları hücreyi
DetaylıWESTERN BLOT. Yrd. Doç. Dr. Eda Becer. Yakın Doğu Üniversitesi Eczacılık Fakültesi Biyokimya Anabilim Dalı
WESTERN BLOT Yrd. Doç. Dr. Eda Becer Yakın Doğu Üniversitesi Eczacılık Fakültesi Biyokimya Anabilim Dalı Northern Blot (RNA) James Alwine George Stark Western Blot (Protein) Eastern Blot (??) George Stark
DetaylıKROMATOGRAFİ. Bir parça kağıt şeridin aşağı hizasından 1 cm kadar yukarısına bir damla siyah mürekkep damlatınız.
KROMATOGRAFİ Kromatografi, bir karışımda bulunan maddelerin, biri sabit diğeri hareketli faz olmak üzere birbirleriyle karışmayan iki fazlı bir sistemde ayrılması ve saflaştırılması yöntemidir. KROMATOGRAFİ
DetaylıProteomiks Yaklaşımlar Uygulama Alanları ve Hizmetlerimiz. Timuçin AVŞAR Proje Geliştirme Koordinatörü
Proteomiks Yaklaşımlar Uygulama Alanları ve Hizmetlerimiz Timuçin AVŞAR Proje Geliştirme Koordinatörü Sunum Başlıkları Proteomiks Nedir? Neden Proteomiks? Nasıl çalışılır? Uygulama Alanları Proteomiks
DetaylıAyrıştırma ve Saflaştırma
Ayrıştırma ve Saflaştırma Ayrıştırma Saflaştırma nin Sınıflandırılması Yöntemin temeli boyut kütle ve yoğunluk kompleks durumu fiziksel durum (faz) değişimi kimyasal durum değişimi fazlar arasında dağılım
DetaylıBitki Kökenli Rekombinant Proteinlerin Geri Kazanımı ve Saflaştırılması
Bitki Kökenli Rekombinant Proteinlerin Geri Kazanımı ve Saflaştırılması Araş. Gör. Alp Ayan T.C. İstanbul Kültür Üniversitesi, 2011 1 Günümüzde üretilen bitkisel kökenli rekombinant proteinler; İnsan terapötikleri
DetaylıSıvılardan ekstraksiyon:
Sıvılardan ekstraksiyon: Sıvı haldeki bir karışımdan bir maddenin, bu maddenin içinde bulunduğu çözücü ile karışmayan ve bu maddeyi çözen bir başka çözücü ile çalkalanarak ilgili maddenin ikinci çözücüye
DetaylıAMİNO ASİTLER, PEPTİTLER VE PROTEİNLER II: Peptitler ve Proteinler
AMİNO ASİTLER, PEPTİTLER VE PROTEİNLER II: Peptitler ve Proteinler 1 Peptitler amino asitlerden oluşmuş zincirlerdir. İki amino asit molekülü bir amit bağı ile kovalent olarak birbirine bağlandıklarında
DetaylıKAPİLER ELEKTROFOREZ. Uzm. Ecz. Emirhan NEMUTLU
KAPİLER ELEKTROFOREZ Uzm. Ecz. Emirhan NEMUTLU Elektroforez, iletken bir çözelti içindeki yüklü/yüksüz parçacıkların veya moleküllerin bir elektriksel alan varlığında göç etmesidir. Kapiler Elektroforezin
DetaylıİÇİNDEKİLER ÖN SÖZ... III
İÇİNDEKİLER ÖN SÖZ... III İÇİNDEKİLER... V 1. LABORATUVARDA KULLANILAN MALZEME VE ALETLER... 1 1.1. Tüpler... 1 1.2. Beher... 1 1.3. Erlenmeyer... 2 1.4. Balonlar... 2 1.5. Mezur... 3 1.6. Pipetler...
DetaylıYasemin Budama Kılınç1, Rabia Çakır Koç1, Sevim Meşe2, Selim Badur2,3
Yasemin Budama Kılınç1, Rabia Çakır Koç1, Sevim Meşe2, Selim Badur2,3 1 Yıldız Teknik Üniversitesi, Biyomühendislik Bölümü, 34220, İstanbul 2 İstanbul Üniversitesi, İst. Tıp Fak., Mikrobiyoloji ABD, Viroloji
DetaylıAgaroz jel elektroforezi
MOLEKÜLER TEKNİKLER Dr. Naşit İĞCİ Nevşehir Hacı Bektaş Veli Üniversitesi Moleküler Biyoloji ve Genetik Bölümü 4. Sınıf (2017-2018 Bahar) 2. NOT Agaroz jel elektroforezi PAGE daha çok proteinlerin ve küçük
DetaylıMEMM4043 metallerin yeniden kazanımı
metallerin yeniden kazanımı Endüstriyel Atık Sulardan Metal Geri Kazanım Yöntemleri 2016-2017 güz yy. Prof. Dr. Gökhan Orhan MF212 Atıksularda Ağır Metal Konsantrasyonu Mekanik Temizleme Kimyasal Temizleme
DetaylıTOPRAK TOPRAK TEKSTÜRÜ (BÜNYESİ)
TOPRAK Toprak esas itibarı ile uzun yılların ürünü olan, kayaların ve organik maddelerin türlü çaptaki ayrışma ürünlerinden meydana gelen, içinde geniş bir canlılar âlemini barındırarak bitkilere durak
DetaylıBiyolojik Örneklerde İlaç Analizi ECZ 344 Prof.Dr. Dilek AK 28.03.2014 /4. DERS BİYOLOJİK SIVILAR
1 Biyolojik Örneklerde İlaç Analizi ECZ 344 Prof.Dr. Dilek AK 28.03.2014 /4. DERS BİYOLOJİK SIVILAR PLAZMA ve SERUM 2 Kan, antikoagülan ilave edilmeden bir tüpe alınır ve pıhtılaşması için bekletilirse
DetaylıRTA JEL / PZR Saflaştırma Kiti
RTA JEL / PZR Saflaştırma Kiti Kullanma Kılavuzu Yayın Tarihi - 2011-12 DNA parçalarının agaroz jelden geri kazanımı ve PZR ürünlerinin saflaştırılması için Yalnızca profesyonel kullanım için REF 09009050
DetaylıCanlıların yapısına en fazla oranda katılan organik molekül çeşididir. Deri, saç, tırnak, boynuz gibi oluşumların temel maddesi proteinlerdir.
Canlıların yapısına en fazla oranda katılan organik molekül çeşididir. Deri, saç, tırnak, boynuz gibi oluşumların temel maddesi proteinlerdir. Proteinlerin yapısında; Karbon ( C ) Hidrojen ( H ) Oksijen
DetaylıPROTEİNLERİN SAFLAŞTIRILMASI
PROTEİNLERİN SAFLAŞTIRILMASI YAKLAŞIMLAR Proteinler moleküller uzaklaştırılır: dışındaki karışımdan Proteinler çöktürülür. Örneğin, ham özüte streptomisin sülfat eklenerek DNA çöktürülür. Daha sonra da
DetaylıMOLEKÜLER BİYOLOJİDE KULLANILAN YÖNTEMLER II PROTEİNLERİN İZOLASYONU VE ANALİZİ
MOLEKÜLER BİYOLOJİDE KULLANILAN YÖNTEMLER II PROTEİNLERİN İZOLASYONU VE ANALİZİ more of an art than a science MOLEKÜLER BİYOLOJİDE ANA KURAL ve TEMEL ÇALIŞMA ALANLARI Gen dizisi 8 8 transkriptler 8 8 primer
DetaylıALETLİ ANALİZ YÖNTEMLERİ
ALETLİ ANALİZ YÖNTEMLERİ Yüksek Performanslı Sıvı Kromatografisi (HPLC) Yrd. Doç. Dr. Gökçe MEREY SIVI KROMATOGRAFİSİ Hareketli fazın sıvı olduğu bu kromatografi türünde sabit faz bir dolgu maddesi üzerine
DetaylıYENİ İLAÇ TAŞIYICI SİSTEMLER VE İLAÇLARIN HEDEFLENDİRİLMESİ
YENİ İLAÇ TAŞIYICI SİSTEMLER VE İLAÇLARIN HEDEFLENDİRİLMESİ İlaç Taşıyıcı Sistemler Kolloidal ilaç taşıyıcı sistemler -Veziküler sistemler -Mikro-/Nano-partiküler sistemler Hücresel ilaç taşıyıcı sistemler
DetaylıİYONİK ÇEVRENİN ENZİM-ULTRAFİLTRASYON MEMBRAN ARAYÜZEY ETKİLEŞİMLERİNE ETKİSİ
İYONİK ÇEVRENİN ENZİM-ULTRAFİLTRASYON MEMBRAN ARAYÜZEY ETKİLEŞİMLERİNE ETKİSİ Sema SALGIN *, Serpil TAKAÇ **, H.Tunçer ÖZDAMAR ** * Cumhuriyet Üniversitesi Mühendislik Fakültesi Kimya Mühendisliği Bölümü
DetaylıGÖRÜNTÜLEME VE İÇ YAPI ANALİZ LABORATUVARI. Bilgisayarlı Mikro Tomografi (Micro-CT) *
GÖRÜNTÜLEME VE İÇ YAPI ANALİZ LABORATUVARI Cihaz Adı Analiz Fiyat Bilgisayarlı Mikro Tomografi (Micro-CT) * Taramalı Uç Mikroskobu (SPM) [Atomik Kuvvet Mikroskobu (AFM) + Taramalı Tünelleme Mikroskobu
DetaylıGÖĞÜS HASTALIKLARINDA GENETİK ARAŞTIRMA. Prof. Dr. Nejat Akar Ankara Üniversitesi
GÖĞÜS HASTALIKLARINDA GENETİK ARAŞTIRMA Prof. Dr. Nejat Akar Ankara Üniversitesi DNA RNA Genomik Transkriptomik Gen Dizileri, SNPs RNA Protein Hücre Doku Organ Proteomik Diferansiyel Proteomik Fonksiyonel
DetaylıPEG-FOSFAT-SU SİTEMLERİNDE PROTEİN DAĞILIMI. Gazi Üniversitesi, Mühendislik-Mimarlık Fakültesi, Kimya Mühendisliği Bölümü, 06570, Maltepe, Ankara
PE-FOSFAT-SU SİTEMLERİNDE PROTEİN DAĞILIMI E.DİLAN ve U.ÜNDÜZ azi Üniversitesi, Mühendislik-Mimarlık Fakültesi, Kimya Mühendisliği Bölümü, 06570, Mepe, Ankara 1.ÖZET Model protein olarak seçilen Bovine
DetaylıT. C. İSTANBUL BİLİM ÜNİVERSİTESİ SAĞLIK BİLİMLERİ ENSTİTÜSÜ BİYOKİMYA ANABİLİM DALI YÜKSEK LİSANS PROGRAMI EĞİTİM-ÖĞRETİM YILI MÜFREDATI
I. YARIYILI T. C. İSTANBUL BİLİM ÜNİVERSİTESİ SAĞLIK BİLİMLERİ ENSTİTÜSÜ BİYOKİMYA ANABİLİM DALI YÜKSEK LİSANS PROGRAMI 2016-2017 EĞİTİM-ÖĞRETİM YILI MÜFREDATI B 601 Temel Biyokimya I Zorunlu 3 0 3 4 B
DetaylıEge Üniversitesi Merkezi Araştırma Test ve Analiz Laboratuvarı Uygulama ve Araştırma Merkezi Fiyat Listesi GÖRÜNTÜLEME VE İÇ YAPI ANALİZ LABORATUVARI
GÖRÜNTÜLEME VE İÇ YAPI ANALİZ LABORATUVARI Cihaz Adı Analiz Fiyat Bilgisayarlı Mikro Tomografi (Micro-CT) * Tarama 3 Boyutlu Model Oluşturma 2 ve/veya 3 Boyutlu Analiz 400 TL/Saat 100 TL/Saat 100 TL/Saat
Detaylı1. Hafta: Protein Saflaştırmasının Genel Özellikleri: Protein saflaştırma
1. Hafta: Protein Saflaştırmasının Genel Özellikleri: Protein saflaştırma laboratuvarının genel özellikleri, saflaştırma işlemlerinde kullanılan tamponların özellikleri, hücre içi, hücre dışı ve membran
DetaylıPOLİMERAZ ZİNCİR REAKSİYONU (PZR-PCR) VE RESTRİKSİYON PARÇA UZUNLUĞU POLİMORFİZMİ (RFLP)
Deney: M 1 POLİMERAZ ZİNCİR REAKSİYONU (PZR-PCR) VE RESTRİKSİYON PARÇA UZUNLUĞU POLİMORFİZMİ (RFLP) a) PCR yöntemi uygulaması b) RPLF sonuçları değerlendirilmesi I. Araç ve Gereç dntp (deoksi Nükleotid
DetaylıKromatografi tekniğinin temelinde üç ana unsur yer alır. Sabit faz: Bu faz daima bir "katı" veya bir "katı destek üzerine emdirilmiş bir sıvı
KROMATOGRAFİ Kromatografi, bir karışımda bulunan maddelerin,biri sabit diğeri hareketli faz olmak üzere birbirleriyle karışmayan iki fazlı bir sistemde ayrılması, tanınması ve saflaştırılması yöntemlerinin
DetaylıSANTRİFÜJ TEKNİKLERİ VE SANTRİFÜJLER
SANTRİFÜJ TEKNİKLERİ VE SANTRİFÜJLER Doç. Dr. Gülsen YILMAZ 2009 BAŞLIKLAR 1 Tanım ve Prensip 22 Santrifüj teknikleri 33 Santrifüj tipleri 44 Santrifüj kullanım alanları Laboratuvarı ilgilendiren Süreç
DetaylıGÖRÜNTÜLEME VE İÇ YAPI ANALİZ LABORATUVARI. Bilgisayarlı Mikro Tomografi (Micro-CT) *
GÖRÜNTÜLEME VE İÇ YAPI ANALİZ LABORATUVARI Cihaz Adı Analiz Fiyat Bilgisayarlı Mikro Tomografi (Micro-CT) * Taramalı Uç Mikroskobu (SPM) [Atomik Kuvvet Mikroskobu (AFM) + Taramalı Tünelleme Mikroskobu
DetaylıHPLC/YPSK HIGH PERFORMANCE LIQUID CHROMATOGRAPHY YÜKSEK PERFORMANSLI SIVI KROMATOGRAFİSİ
HPLC/YPSK HIGH PERFORMANCE LIQUID CHROMATOGRAPHY YÜKSEK PERFORMANSLI SIVI KROMATOGRAFİSİ Kromatografi: Kimyasal bir karışımı oluşturan farklı yapıdaki maddelerin birbiriyle karışmayan biri hareketli, diğeri
DetaylıPROTEİNLERİN AYRIŞTIRILMASI (İKİ YÖNLÜ JEL ELEKTROFOREZİ)
7. İKİ BOYUTLU JEL ELEKTROFOREZİ UYGULAMALARI PROTEİNLERİN AYRIŞTIRILMASI (İKİ YÖNLÜ JEL ELEKTROFOREZİ) A.BİLGİ İki yönlü jel elektroforezi, çok sayıda farklı kompleks protein içeren karışımlarının ayrılmasında
DetaylıAmaç Bu pratiğin amacı öğrencilerin elektroforez yöntemi ve kullanım alanları hakkında bilgi sahibi olmalarını sağlamak
Biyofizik 2015 Amaç Bu pratiğin amacı öğrencilerin elektroforez yöntemi ve kullanım alanları hakkında bilgi sahibi olmalarını sağlamak Hedefler Bu pratiğin sonunda öğrenciler, Elektroforez yönteminin önemi,
DetaylıHAYVAN BESLEMEDE ENKAPSÜLASYON TEKNOLOJİSİ VE ÖZELLİKLERİ. Prof.Dr. Seher KÜÇÜKERSAN
HAYVAN BESLEMEDE ENKAPSÜLASYON TEKNOLOJİSİ VE ÖZELLİKLERİ Prof.Dr. Seher KÜÇÜKERSAN Enkapsülasyon katı, sıvı ve gaz malzemelerin kaplanarak kapsüller içinde tutulması ile çok küçük bir maddeyi veya tüm
DetaylıEndüstriyel Su Arıtımına Uyarlanmış Çözümler
Endüstriyel Su Arıtımına Uyarlanmış Çözümler Michael Lyko Tarihçe Geleneği Olan Bir Partner 1 1 Tarihçe Geleneği Olan Bir Partner Wiesbaden da tam otomatik SPIRA-CEL spiral sarım üretim hattının işletmeye
DetaylıLizis tamponu (50mL) : NaC 0,15M, EDTA 5mM, Tris-HCL 50mM, Np40 %1, Proteaz inhibitör kokteyli-1 tablet (Roche 50mL için ETDA free)
4. UYGULAMALI PROTEİN ELDESİ YÖNTEMLERİ A. BİLGİ Organlarda, dokularda ve hücre içerisinde bulunan proteinlerin analiz edilebilmesi için önce hücrenin dışına, bir sıvı içerisinde çıkarılmalıdırlar. Bu
DetaylıYÜKSEK PERFORMANSLI SIVI KROMATOGRAFİSİ (YPSK) HIGH-PERFORMANCE LIQUID CHROMATOGRAPHY (HPLC)
YÜKSEK PERFORMANSLI SIVI KROMATOGRAFİSİ (YPSK) HIGH-PERFORMANCE LIQUID CHROMATOGRAPHY (HPLC) 1 Kromatografi nedir? Kromatografi, karışımlardaki çeşitli maddeleri birbirinden ayırmaya ve böylece kalitatif
DetaylıIII-Hayatın Oluşturan Kimyasal Birimler
III-Hayatın Oluşturan Kimyasal Birimler MBG 111 BİYOLOJİ I 3.1.Karbon:Biyolojik Moleküllerin İskeleti *Karbon bütün biyolojik moleküllerin omurgasıdır, çünkü dört kovalent bağ yapabilir ve uzun zincirler
DetaylıMOLEKÜLER BİYOLOJİ LABORATUVARI
MOLEKÜLER 2014-2015 BİYOLOJİ LABORATUVARI GÜZ DÖNEMİ MOLEKÜLER BİYOLOJİ LABORATUVARI 7.HAFTA DERS NOTLARI GAZİ ÜNİVERSİTESİ FEN FAKÜLTESİ BİYOLOJİ BÖLÜMÜ Sayfa 1 / 6 1. RFLP (RESTRİKSİYON PARÇA UZUNLUK
DetaylıKROMOTOGRAFİK YÖNTEMLER
KROMOTOGRAFİK YÖNTEMLER A. METODUN ÖZETİ Kromatografi, bir karışımda bulunan maddelerin, biri sabit diğeri hareketli faz olmak üzere birbirleriyle karışmayan iki fazlı bir sistemde ayrılması ve saflaştırılması
DetaylıSDS-PAGE Jel Elektroforezi İÇERİK
İÇERİK Tanım...2 SDS-PAGE jel elektroforez metodu...3 SDS-PAGE jel elektroforezi yürütme ortamının hazırlanması...4 Protein örneklerinin yüklenmesi...8 Jelin yürütülmesi...9 Jelin boyanması ve boyanın
DetaylıÖNFORMÜLASYON 4. hafta
ÖNFORMÜLASYON 4. hafta Etken madde ile neden dozaj formu hazırlanır Etken maddenin tekrarlanabilir ürün kalitesi ile büyük çapta üretime geçirilebilen bir formülasyon yani dozaj formu içine yüklenmesiyle
DetaylıAmasya Üniversitesi Merkezi Araştırma Uygulama Laboratuvarı Uygulama ve Araştırma Merkezi 2017 Yılı Analiz Fiyat Listesi
Amasya Üniversitesi Merkezi Araştırma Uygulama Laboratuvarı Uygulama ve Araştırma Merkezi 2017 Yılı Analiz Fiyat Listesi GAZ KROMATOGRAFİSİ ANALİZLERİ (GC/FID) GC Kalitatif 50 TL 75 TL 100 TL GC Kantitatif
DetaylıMOLEKÜLER BİYOLOJİDE KULLANILAN YÖNTEMLER II. ( WESTERN BLOTTING (WESTERN EMDİRİMİ) ve İMMÜNODETEKSİYON
MOLEKÜLER BİYOLOJİDE KULLANILAN YÖNTEMLER II ( WESTERN BLOTTING (WESTERN EMDİRİMİ) ve İMMÜNODETEKSİYON Western blotting: Akrilamit jeldeki protein bantlarının daha kararlı ve sabit bir ortama (örneğin,
DetaylıRTA Plazmid DNA İzolasyon Kiti
RTA Plazmid DNA İzolasyon Kiti Kullanma Kılavuzu Yayın Tarihi - 2011-12 Bakteri örneklerinden plazmid DNA izolasyonu ve saflaştırılması için Yalnızca profesyonel kullanım için REF 09007050 50 test 09007100
DetaylıAMASYA ÜNİVERSİTESİ. GAZ KROMATOGRAFİSİ ANALİZLERİ (GC/FID) GC Kalitatif 50 TL 75 TL 100 TL
GAZ KROMATOGRAFİSİ ANALİZLERİ (GC/FID) GC Kalitatif GC Kantitatif 75 TL 100 TL 125 TL GC Kantitatif İlave Bileşen Başına GAZ KROMATOGRAFİSİ KÜTLE SPEKTROMETRESİ ANALİZLERİ (GC/MS) GC/MS Kalitatif GC/MS
Detaylıİlk kez Rus botanikçi Mikhail Tsvett(1903) tarafından geliştirilen bir yöntemdir. Tsvett bu yöntemi bitki pigmentlerinin renkli bileşenlerini
KROMATOGRAFİ Kromatografi, bir karışımdaki iki ya da daha fazla bileşenin, hareketli (taşıyıcı) bir faz yardımıyla, sabit (durgun) bir faz arasından değişik hızlarda hareket etmeleri esasına dayanır. Kromatografik
DetaylıDÖNEM 1- A, 3. DERS KURULU (2015-2016)
DÖNEM 1- A, 3. DERS KURULU (2015-2016) DERS SAATİ DERS ADI DERS KONUSU DERSİ VEREN ÖĞRETİM ÜYESİ 4. DK 1. Hafta 07 Aralık Pazartesi Mikrobiyoloji Mikrobiyolojinin tarihçesi ve mikroorganizmalara genel
DetaylıI. YARIYIL TEMEL BİYOKİMYA I (B 601 TEORİK 3, 3 KREDİ)
T.C. İSTANBUL BİLİM ÜNİVERSİTESİ SAĞLIK BİLİMLERİ ENSTİTÜSÜ BİYOKİMYA ANABİLİM DALI YÜKSEK LİSANS PROGRAMI 2014-2015 EĞİTİM-ÖĞRETİM YILI DERS İÇERİKLERİ I. YARIYIL TEMEL BİYOKİMYA I (B 601 TEORİK 3, 3
DetaylıDoç. Dr. Fatih ÇALIŞKAN Sakarya Üniversitesi, Teknoloji Fak. Metalurji ve Malzeme Mühendisliği EABD
BİYOUYUMLULUK (BIO-COMPATIBILITY) 10993-1 Bir materyalin biyo-uyumluluğunun test edilmesi için gerekli testlerin tümünü içerir. (Toksisite, Hemoliz, sitotoksisite, sistemik toksisite,...vs.) Hammaddelerin
DetaylıBİYOBENZER ÜRÜNLERDE KALİTE KONTROLÜ. Biyofarmasötikler ve Biyobenzerler 7 Mayıs 2012, Ege Palas, İzmir
BİYOBENZER ÜRÜNLERDE KALİTE KONTROLÜ Biyofarmasötikler ve Biyobenzerler 7 Mayıs 2012, Ege Palas, İzmir Doç. Dr. Ercüment Karasulu Ege Üniversitesi İlaç Geliştirme ve Farmakokinetik Araştırma- Uygulama
DetaylıUYGULAMA NOTU. LCMSMS ile Bebek Devam Formülleri ve Süt Tozunda Melamin Analizi. Sıvı Kromatografi Kütle Spektrometre HAZIRLAYAN
UYGULAMA NOTU Sıvı Kromatografi Kütle Spektrometre M033 LCMSMS ile Bebek Devam Formülleri ve Süt Tozunda Melamin Analizi HAZIRLAYAN Dr. Engin Bayram Ant Teknik Cihazlar Ltd. Şti. KONU: Bebek devam formülü
DetaylıÇÖZÜNME KONTROLLERİ Çözünme Tayini (Miktar Tayini için kullanılan yöntem ücreti ilave edilir)
EK5a : ANALİZ PARAMETRELERİ VE ANALİZ SÜRELERİ TİTCK KOD 110,3 110,303 İLAÇ VE KOZMETİK LABORATUVARLARI Yöntem/Metod BİYOLOJİK KONTROLLER Numune Miktarı Analiz Süresi ÇÖZÜNME KONTROLLERİ Çözünme Tayini
DetaylıERCİYES ÜNİVERSİTESİ Çevre Mühendisliği Bölümü Fiziksel ve Kimyasal Temel İşlemler Laboratuvarı Dersi Güncelleme: Eylül 2016
İYON DEĞİŞİMİ DENEYİN AMACI: Sert bir suyun katyon değiştirici reçine kullanılarak yumuşatılması ve reçinenin iyon değiştirme kapasitesinin incelenmesi TEORİK BİLGİLER İyon değiştirme benzer elektrik yüklü
DetaylıENDÜSTRİYEL MİKROBİYOLOJİ
Biyoreaktörler ENDÜSTRİYEL MİKROBİYOLOJİ BİYOPROSESLER Biyoreaktörler proteinlerin, organik asitlerin, aminoasitlerin, antibiyotiklerin, enzimatik veya mikrobiyal biyotransformasyon proseslerinde önemli
Detaylı15- RADYASYONUN NÜKLEİK ASİTLER VE PROTEİNLERE ETKİLERİ
15- RADYASYONUN NÜKLEİK ASİTLER VE PROTEİNLERE ETKİLERİ İyonlaştırıcı radyasyonların biyomoleküllere örneğin nükleik asitler ve proteinlere olan etkisi hakkında yeterli bilgi yoktur. Ancak, nükleik asitlerden
DetaylıSoru 1: DNA miktarını saptamak için spektrofotometrik yöntemin arkasındaki prensibi açıklayınız:
Ara Sınav Soruları Soru 1: DNA miktarını saptamak için spektrofotometrik yöntemin arkasındaki prensibi açıklayınız: Cevap1: 260 nm de 1 cm yol uzunluğundaki OD = 50 μ g/ml çift sarmal DNA için, 40 μ g/ml
DetaylıOMİK(S)LER Genomik(s), Transkriptomik(s), Proteomik(s) Doç. Dr. Murat Kasap KOU Tıp Fak. Tıbbi Biyoloji AD
OMİK(S)LER Genomik(s), Transkriptomik(s), Proteomik(s) Doç. Dr. Murat Kasap KOU Tıp Fak. Tıbbi Biyoloji AD Genomiks Temeli DNA nın dizilenmesi ve elde edilen dizilerin biyoinformatiksel metotlar kullanılarak
DetaylıRTA Bakteriden Genomik DNA İzolasyon Kiti
RTA Bakteriden Genomik DNA İzolasyon Kiti Kullanma Kılavuzu Yayın Tarihi - 2011-12 IVD Bakteri örneklerinden genomik nükleik asit izolasyonu ve saflaştırılması için In vitro tanı amaçlı kullanım için Yalnızca
DetaylıProf.Dr.Gül ÖZYILMAZ
Prof.Dr.Gül ÖZYILMAZ ENZİMLER; Tüm canlıların yapısında bulunan, Esas olarak proteinden oluşmakla beraber, organik-inorganik maddeleri de bünyesinde barındıran, Biyokimyasal tepkimeleri gerçekleştiren
DetaylıProteinler. Fonksiyonlarına göre proteinler. Fonksiyonlarına göre proteinler
Proteinler Canlılarda miktar olarak en çok bulunan biyomoleküllerdir. Amino asit birimlerinden oluşurlar Yapısal ve işlevsel olabilirler Genlerle aktarılan kalıtsal bilginin ortaya çıktığı moleküllerdir.
DetaylıFERMENTASYON. Bir maddenin bakteriler, mantarlarve diğer mikroorganizmalar aracılığıyla, genellikle ısı vererek ve köpürerek
FERMENTASYON Bir maddenin bakteriler, mantarlarve diğer mikroorganizmalar aracılığıyla, genellikle ısı vererek ve köpürerek kimyasal olarak çürümesi olayıdır Fermantasyon anaerobik şartlarda, glikoliz
DetaylıMikotoksin nedir? En sık karşılaşılan mikotoksinler; Aspergillus Penicillium Fusarium Alternaria
Mikotoksin nedir? Aspergillus Penicillium Fusarium Alternaria belirli nem ve ısı koşullarında oluşturdukları fungal metabolitler En sık karşılaşılan mikotoksinler; o aflatoksinler, o okratoksin, o trikotesen,
DetaylıOsmaniye Korkut Ata Üniversitesi, Biyoloji Bölümü Araştırma Laboratuarları ve Üniteleri
Osmaniye Korkut Ata Üniversitesi, Biyoloji Bölümü Araştırma Laboratuarları ve Üniteleri Biyoloji Bölümünde Merkezi Araştırma Laboratuarlarının Kurulumu Osmaniye Korkut Ata Üniversitesi, Biyoloji Bölümü
DetaylıHücre Biyoloji Laboratuarı Güz dönemi Alıştırma Soruları (Dr.Selcen Çelik)
Hücre Biyoloji Laboratuarı 2014-2015 Güz dönemi Alıştırma Soruları (Dr.Selcen Çelik Konular: ph ve tamponlar, hücre kültür tekniği, mikrometrik ölçüm ph ve Tamponlar 1. ph sı 8.2 olan 500 ml. 20mM Tris/HCl
DetaylıHer madde atomlardan oluşur
2 Yaşamın kimyası Figure 2.1 Helyum Atomu Çekirdek Her madde atomlardan oluşur 2.1 Atom yapısı - madde özelliği Elektron göz ardı edilebilir kütle; eksi yük Çekirdek: Protonlar kütlesi var; artı yük Nötronlar
DetaylıBİYOKİMYAYA GİRİŞ: ATOM, MOLEKÜL, ORGANİK BİLEŞİKLER
BİYOKİMYAYA GİRİŞ: ATOM, MOLEKÜL, ORGANİK BİLEŞİKLER Biyokimyanın tanımı yaşamın temel kimyası ile ilgilenen bilim dalı (Bios, Yunancada yaşam demektir.) canlı sistemin yapısını ve fonksiyonlarını kimyasal
DetaylıDNA JEL ELEKTROFOREZİ. Mikrobiyoloji Anabilim Dalı
5. Ha&a DNA JEL ELEKTROFOREZİ Mikrobiyoloji Anabilim Dalı Tanımı Electro elektrik enerjisi anlamına gelmektedir. Phoresis ise, Yunanca phoros tan türeyerek içinden taşımak anlamına gelmektedir. Elektroforez
DetaylıBİYODİZEL BİYOETANOL BİYOGAZ
BİYODİZEL BİYOETANOL BİYOGAZ Prof. Dr. Bülent B KESKİNLER BİYODİZEL Biyodizel Üretim Prosesleri Kesikli (500-10000 ton/yıl) Yarı kesikli Sürekli (>30000 ton/yıl) 1. Homojen Kataliz a) Asit katalizör: H
DetaylıGENEL KİMYA. Yrd.Doç.Dr. Tuba YETİM
GENEL KİMYA ÇÖZELTİLER Homojen karışımlara çözelti denir. Çözelti bileşiminin ve özelliklerinin çözeltinin her yerinde aynı olması sebebiyle çözelti, «homojen» olarak nitelendirilir. Çözeltinin değişen
DetaylıÖLÇME, DEĞERLENDİRME VE SINAV HİZMETLERİ GENEL MÜDÜRLÜĞÜ
AY EKİM 06-07 EĞİTİM - ÖĞRETİM YILI. SINIF VE MEZUN GRUP KİMYA HAFTA DERS SAATİ. Kimya nedir?. Kimya ne işe yarar?. Kimyanın sembolik dili Element-sembol Bileşik-formül. Güvenliğimiz ve Kimya KONU ADI
DetaylıEĞİTİM-ÖĞRETİM YILI KİMYA ANABİLİM DALI DERS PLANI Güz Yarı yılı HAFTALIK DERSİN ADI
2016-2017 EĞİTİM-ÖĞRETİM YILI KİMYA ANABİLİM DALI DERS PLANI Güz Yarı yılı HAFTALIK DERSİN ADI DERS SAATİ KREDİSİ DERSİN T U L Topl. KODU FKM5101 Koordinasyon Kimyası I AKTS KREDİSİ FKM5102 İleri Anorganik
DetaylıHÜCRE MEMBRANINDAN MADDELERİN TAŞINMASI. Dr. Vedat Evren
HÜCRE MEMBRANINDAN MADDELERİN TAŞINMASI Dr. Vedat Evren Vücuttaki Sıvı Kompartmanları Vücut sıvıları değişik kompartmanlarda dağılmış Vücuttaki Sıvı Kompartmanları Bu kompartmanlarda iyonlar ve diğer çözünmüş
DetaylıTEMEL ECZACILIK BİLİMLERİ ANABİLİM DALI Temel Eczacılık Bilimleri Programı
Programa Kabul Koşulları: TEMEL ECZACILIK BİLİMLERİ ANABİLİM DALI Temel Eczacılık Bilimleri Programı Yüksek Lisans: Eczacılık Fakültesi, Fen Fakültesi Biyoloji Bölümü, Kimya Bölümü, Mühendislik Fakültesi
DetaylıKROMATOGRAFİ METODU. Kromatografi işlemi FOTOSENTETİK PİGMENTLERİN İNCE TABAKA KROMATOGRAFİSİ İLE AYRIŞTIRILMASI
KROMATOGRAFİ METODU FOTOSENTETİK PİGMENTLERİN İNCE TABAKA KROMATOGRAFİSİ İLE AYRIŞTIRILMASI Kromatografi Kromatografi; bir karışımdaki bileşikleri birbirinden ayırmak ve maddeleri saflaştırmak için kullanılan
DetaylıNilgün Çerikçioğlu Marmara Üniversitesi Tıp Fakültesi Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı
Nilgün Çerikçioğlu Marmara Üniversitesi Tıp Fakültesi Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı Kandolaşımı Enfeksiyonları %10 Kandidemi Ölüm hızı : % 50 (YBÜ) Erken tanı (?), tedavinin önemi Etken: Candida allbicans
DetaylıBT 42 TİROSİNAZ ENZİMİNİN EKSTRAKSİYONU, SAFLAŞTIRILMASI VE FENOLLERİN GİDERİMİNDE KULLANIMI
BT 42 TİROSİNAZ ENZİMİNİN EKSTRAKSİYONU, SAFLAŞTIRILMASI VE FENOLLERİN GİDERİMİNDE KULLANIMI D.Öztan 1, U.Gündüz Zafer 2 1 Gazi Üniversitesi, Mühendislik-Mimarlık Fakültesi, Kimya Mühendisliği Bölümü,
DetaylıDilara YILDIRAN. Candida İzolatlarının Tür Düzeyinde. ve MALDI-TOF MS Sistemlerinin Karşılaştırılması. Mikr. Uzm.
Candida İzolatlarının Tür Düzeyinde Tanımlanmasında Altın Standart Yöntem Olan rdna ITS1/2 Dizi Analizi ile VITEK 2 YEAST ID, API ID 32C ve MALDI-TOF MS Sistemlerinin Karşılaştırılması D i l a r a Y ı
DetaylıGIDA MÜHENDİSLİĞİ BÖLÜMÜ DOKTORA DERS KATALOĞU
DOKTORA DERS KATALOĞU ERCİYES ÜNİVERSİTESİ GDM 638 Lipid Kimyası Zorunlu DERS SAATİ: 3 Bahar Yrd. Doç. Dr. Hasan YALÇIN KREDİSİ :3 Tel:(352) 4374901 (32731), E-mail: hyalcin@erciyes.edu.tr, Web sayfası
DetaylıHACETTEPE ÜNİVERSİTESİ İLERİ TEKNOLOJİLER UYGULAMA VE ARAŞTIRMA MERKEZİ (HÜNİTEK) HİZMET BEDELLERİ
İLERİ TEKNOLOJİLER UYGULAMA VE ARAŞTIRMA MERKEZİ (HÜNİTEK) HİZMET BEDELLERİ Başvuru Yapan Kuruma Bağlı Olarak Analiz Bedellerine Uygulanan İndirim Oranları Hacettepe Üniversitesi %60 Devlet Üniversiteleri
DetaylıELEKTROFORESİS. Emre ÖZAN Veteriner Hekim
ELEKTROFORESİS Emre ÖZAN Veteriner Hekim Giriş TANIM : Elektriksel bir alanın tesiri altında kolloidal dispers fazların taşıdıkları elektriksel yükün aksi kutbuna doğru göç etmeleri Bir elektriksel alanda
DetaylıRTA Mayadan Genomik DNA İzolasyon Kiti
RTA Mayadan Genomik DNA İzolasyon Kiti Kullanma Klavuzu Yayın Tarihi - 2011-12 Maya örneklerinden genomik nükleik asit izolasyonu ve saflaştırılması için Yalnızca profesyonel kullanım için REF 09002050
Detaylı