Figen Zihnioğlu. Ege Üniversitesi, Fen Fakültesi, Biyokimya Bölümü, Bornova/İzmir.

Ebat: px
Şu sayfadan göstermeyi başlat:

Download "Figen Zihnioğlu. Ege Üniversitesi, Fen Fakültesi, Biyokimya Bölümü, Bornova/İzmir. figen.zihnioglu@ege.edu.tr"

Transkript

1 PROTEİN İZOLASYON VE SAFLAŞTIRILMASI Ş Figen Zihnioğlu Ege Üniversitesi, Fen Fakültesi, Biyokimya Bölümü, Bornova/İzmir.

2 Proteinler; Fonksiyon Tüm organizmalarda kompleks k fonksiyonlar ve metabolik reaksiyonların çoğu proteinlerce gerçekleştirilmektedir. Kataliz, Yapı, Hareket, Savunma, Regülasyon, Transport, Depo, Strese Yanıt vb. birçok fonksiyondan sorumludurlar. Protein Fonksiyonu Yapıya bağımlığ

3 Proteinler; Fonksiyon Biyolojik bir kompartımanda bulunan proteinlerin sayısı, fonksiyonların kompleksliği ile orantılıdır. Canlı yaşamını ilgilendiren hemen hemen her konuda proteinlerin önemli olması nedeni ile yapılarının ve biyokimyasal özelliklerinin araştırılması zorunludur.

4 Bir proteinin amino asit kompozisyonu ve dizisinin aydınlatılması öncelikle ilgili proteinin saf olarak eldesini gerektirir. Gerçekçi bir yaklaşım ile % 100 saflık beklemek mümkün değildir.!!! ğ Bir proteinin saflaştırma stratejisinde bir seri ayırma metodu ve adımı yer alır. Her bir protein için saflaştırma prosesi p ç ş p ilgili protein için spesifiktir.

5 Protein Saflaştırılmasının Amacı 1. Endüstriyel Kullanım 2. Araştırma; Yapı Analizi Amaca göre saflık kriteri değişir. Endüstriyel (farmasötik preparatlar hariç) kullanım; Yüksek miktarda, kararlı, iyi karakterize edilmiş, düşük maliyette, saflık oranı yüksek olmayan preparatlar P t i k i i it di i i Protein; yapı, kompozisyon veya amino asit dizisi analizi; mümkün mertebe saf ve homojen preparatlar

6 Protein Saflaştırılması; Planlama Protein saflaştırılmasında göz önünde bulundurulması gereken ana kriterler; 1. Saflık 2. Verim 3. Ekonomi

7 Protein Saflaştırılması;Planlama- Strateji Protein Kaynağı Protein Üretimi Protein Kazanımı (Ekstraksiyon) k Genel Yaklaşım Ön Saflaştırma Konsantrasyon Kaba Fraksiyonlama İleri Düzeyde Ayırma Yüksek Rezolüsyon Kromatografik ve Elektroforetik Teknikler Saflık Kontrolü Karakterizasyon

8 Protein Saflaştırılması Planlama- l Strateji t İstenilen saflıkta, en az adımla ve yüksek verimle protein saflaştırılmasında uygun işlem sırasının ilgili bilgiler doğrultusunda planlanması son derece önemlidir. Saflaştırma amacı Hedef proteinin kaynağı ve lokalizasyonu Hedef proteinin miktarı(ekspresyon seviyesi) Fizikokimyasal ve biyolojik özellikleri

9 Protein Saflaştırılması Planlama- Strateji Planlamada ilk ve önemli yapılması gereken iyi bir literatür taraması ile ilgili proteinin fizikokimyasal ve biyokimyasal özellikleri hakkında detaylı bilgi i toplamaktır. Örneğin tabiatı

10 Saflaştırma stratejisi geliştirmede protein özellikleri

11 Protein Saflaştırılması Planlama- l Strateji t Kaynak seçimi Mikroorganizma Hayvan Bitki Seçim Amaca bağlı

12 Lokalizasyon Hedef protein; organizmanın (hayvan, bitki, M/O) spesifik bir kısımında olabilir. Örneğin; Hayvan M/O Bitki İskelet kası, karaciğer, kalp, Intraselüler, Yaprak, çiçek, kök, kan,,p pankreas, vb. Ekstraselüler gövde,tüber,, tohum vb. Tür ve organ tipi kullanılacak yöntemin belirlenmesinde önemlidir!!!!!!

13 Kaynak seçimi sonrası protein saflaştırılmasına başlamadan önce göz önüne alınması gereken kriterler Sıcaklık İyonik şiddet ve ph Organik çözgenler ve deterjanlar Protein Konsantrasyonu Köpük/film oluşumu Proteolitik enzimler

14 Protein Saflaştırılması; l Planlama- Strateji Protein saflaştırmasında sabit yöntem yoktur. Genel strateji göz önüne alınarak ayrılacak proteinin özelliklerine göre yöntemler araştırıcı tarafından seçilir. (Boyut/Kütle, Çözünürlük, Yük, Hidrofobisite, Afinite vb. )

15 Protein saflaştırma adımlarının seçiminde ve kombinasyonunda pratikçe önemli kriterler Amaç; istenilen saflıkta en hızlı ürün eldesi Her bir teknik rezolüsyon, kapasite, hız ve verim arasında bir denge ve uyumluluk l olmasını gerektirir.

16 Saflaştırma sırasındaki kayıplar Saflaştırma prosedüründe adım sayısı mümkün mertebe azaltılmalıdır!!!

17 Saflaştırmada hedeflenen protein miktarı, saflaştırma seviyesi ve amacı; protokol seçimini etkilemektedir.

18 Protein Saflaştırılmasının aşt as İzlenmesi e es Protein saflaştırılması çok adımlı bir prosestir ve her adımında saflaştırmanın gidişinin izlenmesi gereklidir. Total protein tayini Hedef proteinin tayini Saflık tayini Safsızlıkların uzaklaştırılması için yöntemler

19 Saflaştırma Etkinliği Spesifik Aktivite (Unite/mg protein) Total Enzim Aktivitesi / Total Protein Kat saflaştırma = Fraksiyonun spesifik aktivitesi it i Orijinal spesifik aktivite Saflaştırma verimi Fraksiyondaki ki Total Protein Verim(%) = X 100 Orijinal Preparattaki Total Protein Fraksiyondaki Total Aktivite Verim(%) = X 100 Orijinal Preparattaki Total Aktivite

20 Protein Saflaştırma ş Stratejisi Tüm proteinler e için evrensel e bir saflaştırma stratejisi verilemez!!! Hedef proteinin özelliklerine göre araştırıcının alternatif yöntemler arasından en uygun planlamayı kendisinin yapması gereklidir. Her zaman basit olmalı ve adım sayısı az olmalı!!

21 Intraselüler Proteinlerin Saflaştırılması

22 Ekstraselüler Proteinlerin Saflaşt tırılması

23 Membran Proteinlerinin Saflaştırılması

24 Protein Saflaştırılmasında Kullanılan Ön Ayırma Teknikleri Temel Teknikler 1. Hücre Parçalama/ Homojenizasyon / Ekstraksiyon k 2. Berraklaştırma 3. Ekstraktın Deriştirilmesi İleri Düzeyde Ayırma Teknikleri Kromatografik Teknikler Konvansiyonel Sıvı (LC; düşük basınç) FPLC(Fast Protein Liquid Chromatography; orta basınç) HPLC(High Performance Liquid Chromatography; yüksek basınç) Saflık Kontrolü ve Karakterizasyon Elektroforetik Teknikler PAGE, SDS-PAGE, IEF, 2D-PAGE vb. (Saflık kk kontrolü, Fraksiyonlama, Molekül külkütl kütlesi ve İzoelektrik l nokta tayini, alt birim ve izoenzimlerin belirlenmesi)

25 Ön Ayırma Teknikleri 1. Hücre Parçalama/ Homojenizasyon / Ekstraksiyon Hücre Küçük Moleküller Amino asit, Monosakkarit, Nükleotid, FFA Hücre Homojenizasyonu Makromoleküller Nükleik Protein Polisakkaritler asit Organel Ayrılması Hücre Debrisi Kaba parçalama - Blender Sert materyaller - Öğütücüler - Makaslar /değirmen oluşturmak için önce hücre pastası parçalanmalı

26 Ön Ayırma Teknikleri-1; Homojenizasyon Doku ve Hücre Parçalama teknikleri Fiziksel veya mekanik Blenderlar, öğütücüler homojenizatörler, Aşındırılar ile agitasyon (ball mill, bead mill) Sıvı ve Katı Ekstrusyon (French Press) Ultrasonikasyon Kimyasal (Lizis) Isı ile muammele Dondurma- eritme Desikasyon Osmotik şokk Litik enzimler Alkali ile muammele Deterjanlar ve çözgenler

27

28 Öğütücüler

29 Ball mill

30 Mekanik olmayan yöntemler Isı Osmotik şok Enzimatik Alkali Deterjanlar/organik çözgenler vb..

31 Hücre Parçalama Duyarlılığı Sonik Agitasyon Sıvı Katı Presleme Presleme Hayvan hücreleri Gram, bacilli & cocci Gram + ve bacilli Maya Gram + ve cocci Sporlar Miseller (7; çok iyi, 1; çok dirençli)

32 Protein parçalama/homojenizasyon prosesinin etkinliğinin belirlenmesi; Ekstraktta total protein tayini İlgili protein bir enzim ise aktivite tayini veya proteinin spesifik bir özelliğinin kullanılması ile varlığının kantitatif belirlenmesi Canlı hücre sayımı

33 Ön Ayırma Teknikleri-2; Berraklaştırma İzolasyon sırasında farklı adımlarda partiküllerin uzaklaştılması. En çok kullanılan iki teknik; * Santrifüj Diferansiyal, Yoğunluk Gradient;Subselüler fraksiyonlama * Filtrasyon(mikrofiltrasyon) Partiküllerin boyutu ve yoğunluğu hangi tekniğin kullanılacağını l ğ belirler. l

34 Berraklaştırma;Santrifüj Merkez kaç kuvveti etkisi altındaki partiküllerin bağıl molekül kütlelerine, yoğunluklarına, kompozisyonlarına ve şekillerine i bağımlı ğ davranış göstermesi prensibine dayanmaktadır. Rölatif Santrifüj Kuvveti(RCF) RCF = ω2 r rpm 2 RCF = r g 1000 RCF = Rölatif Santrifüj kovveti ω =Açısal hız g = Gravitasyonel kuvvet r = partikülün rotasyon merkezine uzaklığı ğ rpm = dönüş/dak

35 Nomogram; (RCF, i.e., g-force) RPM

36 Diferansiyal Santrifüj Homojenatın fraksiyonlanarak ayrılması, merkez kaç kuvvetinin kademeli olarak arttırılması Bileşiğin ayrılması, zamana, devir sayısına, partikül büyüklüğüne ve yoğunluğuna bağlıdır.

37 Yoğunluk Gradient Santrifüj Moleküllerin yoğunluk farklarına göre bir tüpte oluşturulan yoğunluk gradienti boyunca ayrılması Bölgesel Hız İzopiknik

38 Ön Ayırma Teknikleri-2; Berraklaştırma Filtrasyon Yarı geçirgen g bir membrana hidrostatik basınç uygulaması ile seçilen membranın gözenek boyutuna bağlı ğ olarak partiküllerin uzaklaştırılması ş Mikrofiltrasyon Nanofiltrasyon Ultrafiltrasyon Membran filtrasyon modülleri; düz tabaka, tübüler, hollow fiber ve karıştırmalı hücre olarak yapılacak işleme göre tercih edilir.

39 Membran Tipleri; Modülleri Tübüler (Spiral) Düz tabaka (flat sheet) Karıştırmalı Hücre Hollow fibre

40 Mikrofiltrasyon Boyuta bağımlı; Membranlar mikroporöz Yarı geçirgen bir membrana hidrostatik tik basınç uygulaması ile mikron boyutlu partiküllerin sıvılardan uzaklaştırılması Mikrofiltrasyonun farklı uygulamaları: Biyoreaktörlerden hücrelerin toplanması Solüsyonlardan virüs uzaklaştırılması Meyva suyu ve meşrubatların berraklaştırılması Hücrelerin fermentasyon ortamından uzaklaştırılması Su saflaştırılması Hava filtrasyonu Sterilizasyon

41 Ön Ayırma Teknikleri-3 Ekstraktın Deriştirilmesi Ultrafiltrasyon Liyofilizasyon (Dondurarak kurutma) Çöktürme Yöntemleri İzoelektrik çöktürme İyonik şiddeti azaltarak çöktürme Salting in İyonik şiddeti arttırarak çöktürme Salting out Organik çözgenler ile çöktürme Organik polimerler ile çöktürme Denaturasyon ile çöktürme y ç Diyaliz (Vakum diyalizi, tuz giderilmesi)

42 Ekstraktın Deriştirilmesi-1 Ultrafiltrasyon Molekül kütle ve şekillere göre ayrılma Etkin kuvvet; santrifüj veya basınç

43 Karıştırmalı Hücre Santrifüj Üniteleri i >0.5 ml >2ml 10-15ml

44 Ultrafiltrasyon Membran Gözenekleri; cut-off NMWC; Nominal Molecular Weight Cut-off NMWC; Membrandan geşmesi mümkün olmayan globuler molekülün minimum molekül kütlesi. Linear --- Globuler!!! Ultrafiltrasyon ile konsantrasyon alternatif metodlara göre avantajlıdır: Santrifügasyon sonrası çöktürmede, faz değişimine bağlı olarak düşük geri kazanım söz konusudur. Liyofilizasyon; uzun proses zamanı gerektirir ve tuz vb Liyofilizasyon; uzun proses zamanı gerektirir ve tuz vb. moleküllerinde aynı anda deriştirilmesi ile sonlanır.

45 Ultrafiltrasyon; Diafiltrasyon Düşük molekül kütleli moleküllerin ortamdan uzaklaştırılması Tampon değişimi

46 Ekstraktın Deriştirilmesi-2 Dondurarak kurutma; Liyofilizasyon Liyofilizasyon; uzun proses zamanı gerektirir ve tuz vb. moleküllerinde aynı anda deriştirilmesi ile sonlanır!!!

47 Ekstraktın Deriştirilmesi-3 Çözünürlük;Çöktürme Yöntemleri Çöktürme yöntemleri herhangi bir analiz öncesi veya uygun saflaştırma adımı sonrası proteinlerin i konsantre edilmesinde ve/veya izolasyonunda kullanılırlar. Çöktürmede kullanılan madde izleyen saflaştırma adımlarında ve ölçüm yöntemlerinde(protein, aktivite vb.) girişim yapabilir. Bu nedenle çözünen preparat; p diyaliz, diafiltrasyon veya jel filtrasyon gibi yöntemler ile uzaklaştırılmalıdır. Ucuz ve kolay Çözünürlüğü ü etkileyen faktörler; Yapı ve boyut Yük Çözgen

48 Çöktürme Yöntemleri ph ı Değiştirerek Çöktürme Izoelektrik Çöktürme pi = ph Protein amfoterik; yüzey; + ve - iyonlar ph > pi ; protein ( - )yüklü ph < pi ; protein ( + ) yüklü ph = pi ; (+) = (-) Moleküller birbirini iter Elektrostatik t tik çekim Çözünürlük izoelektrik noktada en az

49 Çöktürme Yöntemleri İyonik Şiddetini Değiştirerek Çöktürme salting in Çözünme salting out Presipitasyon

50 Çöktürme Yöntemleri İyonik şiddeti düşürerek ü çöktürme; salting in Düşük ş konsantrasyonlarda eklenen tuz, yüklü proteinlerin çözünürlüğünü artırır. Protein üzerindeki yük etkileşimleri ş korunur İyonik şiddetin düşürülmesi ile agregasyon. Seyrelme Örn; serum globulinleri

51 Çöktürme Yöntemleri İyonik şiddeti arttırarak çöktürme; salting out Yüksek konsantrasyonlarda nötral tuz ilavesi ile çözünürlüğün ğ azalması; en sık kullanılan metod Tuzlar proteinleri, denatürasyon, proteoliz veya bakterial kontaminasyona karşı ş korurlar. Salting out ; protein yüzeyindeki hidrofobik bölge tabiatına ve molekül kütlesine bağımlıdır. ğ

52

53 Çöktürme Yöntemleri Organik Çözgenler ile Çöktürme Ortamın dielektrik sabitini düşürürler; çözünürlük Hidrofobik ve elektrostatik etkileşim Genelde kullanılan organik çözgenler; Etanol Aseton Metanol Propan-1-ol Propan-2-ol Dioxan

54 Çöktürme Yöntemleri Organik Çözgenler ile Çöktürme Ortamın dielektrik sabitini düşürürler; çözünürlük Hidrofobik ve elektrostatik etkileşim Genelde kullanılan organik çözgenler; Etanol Propan-1-ol Aseton Propan-2-ol ol Metanol Dioxan

55 Çöktürme Yöntemleri Organik Polimerler ile Çöktürme Bazı organik polimerler, (örn; polietilen glikol:peg) organik çözgenler gibi davranırlar, ancak çok küçük konsantrasyonlarda daha fazla etkindirler. Denaturasyon ile Çöktürme Organik çözgenler Yüksek sıcaklık Aşırı ph değişimi

56 Diyaliz Yarı geçirgen membranlardan konsantrasyon gradienti yönünde molekül büyüklüğüne bağlı difüzyon Proteinlerin; i tuz, iyon ve küçük ük moleküllerden ayrılması

57 Diyaliz Membranları Selüloz asetat, polisülfon, polikarbonat, polietilen, poliolefin, polipropilen, PVDF

58 İleri Ayırma Teknikleri Kromatografik Teknikler Bir karışımda bulunan iki veya daha fazla sayıdaki bileşenin, birbiri ile karışmayan iki faz arasındaki dağılımı Sıvı Kromatografisi (LC) Durağan(Stasyoner) Faz: Katı Haretketli (Mobil) Faz: Sıvı LPLC MPLC HPLC <5 bar 6-50 bar > 50 bar μm 15-60μm 3-5μm Kolon Dedektör

59

60 Kromatografik Teknikler Sıvı Kromatografisi (LC) Moleküler Özellikler esas alınarak yapılan kromatografik sınıflama Moleküler Özellik Kromatografi Yöntemi Polarite Dağılma ğ Yük İyon Değişim (Anyon, Katyon,IEF) Moleküler kütle Jel Filtrasyon Hidrofobisite Hidrofobik Etkileşim(HIC) Spesifik molekül Afinite it bağlama

61 Ayırma Prosesine etki eden parametreler

62 Elüsyon 1. İzokratik Elüsyon 2. Gradient Elüsyon - Adım adım(step-wise) elüsyon - Lineer gradient elüsyon

63 İyon Değişim Kromatografisi Proteinlerin Yüklerine Göre Ayrılması: Protein yükü ortam ph sına göre değişken (ph > pi Anyon- Değişim) (ph < pi Katyon- Değişim) Elüsyon İzokratik Kesikli Gradient ph veya iyonik şiddet

64

65 İyon Değişim Kromatografisi Prosedürü

66

67 İyon Değişim Kromatografisi Avantajları; Büyük hacimlerde ve miktarlarda(1-5 g/100 ml) örnek uygulanabilmesi, Çok farklı koşulların kullanılabilmesi l i İyon değiştiricilerin rejenere edilebilmesi Dezavantajları; Proteinin kolon ph ve iyonik şiddetine benzer olması gerekliliği, Büyük hacimler için diyaliz, tuz uzaklaştırma ve seyrelme sorun olduğundan güvenirliğinin az olmasıdır.

68 a a a a Kromato-odaklama odaklama Chromatofocusing İzoelektrik noktalara dayalı ayırım ph gradienti kolon içinde oluşturulur. Anyon değişim matriksi ve amfolit kullanımı a a Avantajları; a a Mükemmel rezolüsyon a Farklı ph aralıklarının kullanılabilmesi a Dezavantajları; a a a a a Pahalı Kayıplar açısından ph nın bilinmesi zorunluluğu Kapasite yüksek değil

69 Hidrofobik Etkileşim Kromatografisi(HIC) Proteinlerin Yüzey hidrofobisitesine Göre Ayrılması: Kesikli Gradient Tuz Elüsyon ph değişimi Polarite değişimi Deterjan ilavesi

70 Hidrofobik Etkileşim Kromatografisi(HIC) Proteinlerin Yüzey hidrofobisitesine Göre Ayrılması: Avantajları; Büyük örnek hacimleri ile çalışılabilir. Büyük ük protein miktarları ile çalışılabilir. l Matriks dayanıklı Koşullar ayarlanabilir Dengeleme kolay- direkt (NH 4 4) 2 SO 4 sonrası kullanım Dezavantajları; Bağlanma için yüksek tuz konsantrasyonu çökelmelere sebep olabilir.

71 Jel Filtrasyon Kromatografisi Geçirgenlik / Moleküler Elek Kromatografisi Proteinlerin Boyutlarına Göre Ayrılması:

72 Jel Filtrasyon Kromatografisinin Uygulamaları Ekstraktın deriştirilmesi Grup ayırmaları(desalting) Fraksiyonlama(analitik, preparatif) Moleküler kütle tayini Protein bağlanması ve kompleks oluşumu için denge sabitlerinin hesaplanması Agregat oluşumu proteinlerin ve Agregat oluşumu, proteinlerin ve denatürasyonunun analizi

73

74 Jel Filtrasyon Kromatografisi Geçirgenlik / Moleküler Elek Kromatografisi Avantajları; Basit Kolay Uygulanabilir Dezavantajları; Düşük kapasite Seyrelme Örneğin vizkozitesinin düşük olması gerekliliği

75 Afinite Kromatografisi Proteinlerin i diğer bir moleküle spesifik bağlanmaları ile ayrılmaları Seçimli ve Bağlanma geri dönüşümlü Ligantlar; Substratlar veya analogları, İnhibitörler(kompetitif), Metaller, Kofaktörler Antikorlar vb. Enzimler: Antikor: Lektin: Nükleik asit: Hormon, vitamin: Substrat, inhibitor, kofaktor Antijen, virus, hücre Polisakkarit, glikoprotein, hücre reseptörü Komplementer baz dizisi, histon, nukleik asit, polimeraz, bağlanan protein Reseptör, Taşıyıcı protein

76 Afinite Kromatografisinin Prensibi

77 Küçük MW Ligantlar Makromoleküler ligantlar Mono-spesifik Ligantlar Grup-spesifik Ligantlar Steroid, hormon reseptörler Staph.ProteinG - Human IgG Enzim inhibitörleri enzimler Strept.Protein A - Fc Antibody Enzim substratları- enzimler NAD,NADP Dehidrogenazlar Antikorlar(macro) antijenler Nukleotidler- bağlayıcı proteinler Biotin avidin Karbohidratlar - lektinler Polymixin B- endotoxin Lektinler(macro)-glikoproteinler Calmodulin- kinazlar, polimerazlar, dehidrogenazlar Pseudo(Biomimetic) Ligantlar Cibacron Blue F3 G-A; Kinazlar, fosfatazlar, dehidrogenazlar albumin, interferon vb. Procion Red HE- 3B; dehidrogenazlar, karboksi peptidaz, interferon Orange A: laktat dehidrogenaz Green A: CoA proteinleri

78 Küçük molekül kütleli ligantlar için; Spacer arm Hidrofilik Nötral Kararlı Protein bağlamamalı

79 Afinite Kromatografisi

80 Afinite Kromatografisi Prosedürü

81 Matriksler Matriks Agaroz (çapraz bağlı) Poliakrilamid/agaroz Akrilamid/akrilat id/ k Oligoetilenglikol/ metakrilat türevleri Silika (CPG: controlled pore glass) Affi-gel (Bio-Rad) Sepharose (Pharmacia) Acti-gel (Sterogene) Avid-gel (BioProbe) Reacti-gel ( Pierce) Ultragel (IBF) Eupergit (Fluka) Fractogel (Merck) TSK (Tosohaas)

82 Afinite Kromatografi Tipleri 1. Biyospesifik Afinite Kromatografisi 2. İmmüno Afinite Kromatografi 3. Lektin Afinite Kromatografi 4. Boya-Ligand Kromatografi 5. Metal-Şelat Kromatografi(IMAC) 6. Kovalent Kromatografi 7. Protein A Kromatografi

83

84 Afinite Kromatografisi Avantajları; Yüksek Spesifiklik Az saflaştırma adımı Düşük konsantrasyonlardaki hedef protein saflaştırılması Dezavantajları; Pahalı stasyoner faz Ligant seçiminin uygunluğu ve yeterliği Protein ligantların sert elüsyon koşullarında düşük stabiliteli olması

85 Kromatografik Tekniklerin Uygunluğu

86 Biyolojik bir kompartmanda bulunan proteinlerin i sayısı, fonksiyonların kompleksliği ile orantılı Sonuç: Kompleks sistemlerde yüksek ayırım gücüne sahip yöntemlerin kullanılması l ve geliştirilmesi gerekli!!!. Multidimensional i l Teknikler Kompleks protein/peptid karışımlarının multidimensional ayırımları; ortogonal ve birbiri ile uyumlu iki veya daha fazla ayırma yönteminin birlikte ( on-line / off-line ) kullanılmasını kapsar.

87 Multidimensional Teknikler Protein spesifik biyokimyasal ve biyofiziksel parametreler Elektroforez 2D-PAGE (Jel Tabanlı) IEF/SDS-PAGE CE/CE Kromatografi 2D-HPLC 3D-HPLC IEX/RP IEF/SCX/RP Afinite/RP RP/SCX/RP IEF/RP Afinite/SCX/RP SEC/RP CZE/RP, CIEF/RP, SEC/RP/CZE, IMAC/MEKC, GC/GC Kütle Spectrometrisi: on-line Biyoinformatik

88 Sonuç olarak, multidimensional ayırmalar tek yönlü yöntemler ile kıyaslandığında; 1. duyarlılık, 2. benzer grupların birbiri yanında ayırımları ve identifikasyonuna olanak sağlaması, 3. yüksek rezolüsyon, 4. doğru, tekrarlanabilir vehızlı sonuçlar alınabilmesi i 5. otomasyona müsait olması.nedeniyle değerli olup, geliştirilmeye açıktır.

89 Elektroforetik Teknikler Elektroforez; bir elektrik alanın etkisi altında yüklü bir partikülün göç etmesi olarak tanımlanabilir. Amino asitler, peptidler, proteinler, nükleotidler ve nükleik asitler gibi önemli biyolojik moleküller iyonize olan gruplar içerirler ve herhangi bir ph da elektrikçe yüklü katyonlar(+) veya anyonlar(-) olarak bulunurlar. Bir elektrik alan etkisi ile bu yüklü partiküller net yüklerine bağımlı ğ olarak katoda veya anoda doğru ğ göç ederler. Elektriksel alanda göç hızları veya mobiliteleri; alanın şiddetine, moleküllerin net yüküne, büyüklüğüne, şekillerine ve moleküllerin hareket ettikleri ortamın iyonik şiddetine, vizkozitesine ve sıcaklığına bağlıdır.

90

91 Elektroforetik Teknikler Jel Elektroforezi Protein Elektroforezi Proteinler; Amfoterik ( +, - ) Net yük ortamın ph sına bağımlı pi = ph net yük 0 ph> pi negatif yük, anoda göç ph< pi positif yük, katoda göç

92 Elektroforetik Teknikler Jel Elektroforezi PAGE uygulamaları l Saflık kkontrolü Fraksiyonlama Molekül Kütlesi Tayini İzoelektrik l Nokta Tayini i Alt birimlerin Belirlenmesi İzoenzimlerin belirlenmesi vb.

93 Poliakrilamid Jel Elektroforezi (PAGE) Polimerizasyon Akrilamid; monomer N-N-metilen bis akrilamid; çapraz bağlayıcı NNN N t N,N,N,N -tetrametilen t til diamin(temed); i katalizör Amonyum persülfat; inisiyatör-katalizör

94 1. Doğal-PAGE PAGE Tipleri Biyolojik(enzim) aktivite kaybı yok. Mobiliteyi etkileyen faktörler: yük; molekül kütlesi ve şekil * Sürekli Bölge Elektroforezi (CZE) * Multifazik Bölge Elektroforezi (MZE) *N Non-İyonik İ Deterjanlar ile Elektroforez (Az Çözünür proteinler) 2. Denaturing-PAGE Biyolojik(enzim) aktivite kaybı var. *SDS SDS-PAGE(Molekül kütlesi) * Üre İçeren Jeller İzoelektrik Odaklama(IEF) 2D-PAGE

95 Doğal-PAGE; Sürekli Bölge Elektroforezi(CZE) Uniform akrilamit konsantrasyonu Homojen tampon sistemi Ayırım; yük ve moleküler kütle Jel konsantrasyonu ~ protein boyutu Tampon sistemi; bazik(ph ). Protein negatif yüklü; anoda göç Bazik proteinler anodik uçtan uygulanmalı l Avantajları Hızlı ve basit ph nın proteinin stabilitesine göre seçilebilmesi Dezavantajları Düşük ayırma kapasitesi Seyreltik örnekler için uygun değil

96 Doğal-PAGE PAGE; Multifazik Bölge Elektroforezi(MZE) Discontinuous Electrophoresis Disc elektroforezi Heterojen tampon sistemi Ayırım;Yük ve moleküler kütle SDS-PAGE e benzer; sadece SDS yok Avantajları Ayırma kapasitesi iyi Dezavantajı Protein-protein etkileşimleriş Değişik ph koşullarının stabiliteyi etkilemesi

97 2. Denaturing-PAGE; SDS-PAGE SDS (sodium dodecyl sulfate) proteinlerin net yükünü maskeler: proteinlerin hepsi negatif yüklü ve aynı şekilde Ayırım; Moleküler kütle(mr) 1.4 g SDS / g protein Kuvvetli denatüre edici DTT ve merkaptoetanol gibi indirgeyici ajanlar disülfit bağlarının parçalanması için kullanılır. l Na +

98 SDS-PAGE; Laemmli Sistemi i Düzenleyici i jel(stack) - ph ve iyonik şiddetin dengelenmesi -Örneğin konsantre edilmesi Band keskinleştirme etkisi; [Cl - ] > [protein-sds] > [glicinat] Anod/Katod Tamponu: Tris+Glisin+SDS; ph=8.3 Örnek Tamponu: Tris-Cl, ph=6.8) [protein-sds]

99 Dedeksiyon fiksasyon Etanol/asetic asit/su (4/1/5) [1 saat/ gece boyu] boyama Analitik Jeller; Gümüş boyama Mikropreparatif p Jeller; Coomassie Bril. Blue

100 Jel Boyama Tekniklerinin Dedeksiyon Duyarlılıkları Protein Dedeksiyon Duyarlılığı 100 ng CBB R 250 Boyama Tekniği ~ 100 ng Negatif-Zn-imidazol ng Negatif Cu ng CBB G ng Gümüş ng Gümüş + glutaraldehit 1-2 ng SYPRO floresan boyalar pg Radyokimyasal

101 Florosan Boyalar 1. Etidyum Bromür, 2. SYBR Yeşili, 3. Multipleks, 4. SYPRO Red, 5. SYPRO Orange, 6. Nile Red

102 Molekül Kütlesi Tayini (Mr)

103 İzoelektrik Odaklama (IEF) İzoelektrik noktalara göre ayırım. İzoelektrik Nokta Tayini

104 Blotlama (Elektrotransfer) PVDF (Polivinilidendiflorür) membranlara blotlama sonrası: Poinceau S, Amido Black, Coomassie blue R Sulforodamin, İmmuno dedeksiyon, Kolloidal Altın

105 2D- Elektroforez Binlerce proteinin tek adımda ayrılması İki iyi ayırma tekniğinin kombinasyonu; 1.Yön 2.Yön IEF : yüke bağımlı ayırma (ph gradienti) SDS-PAGE : moleküler kütleye bağımlı ayırma Her bir teknik kendi başına 100 bileşiği ayırma kapasitesine sahiptir. Birleştiklerinde ayırma teorik olarak 10 4 polipeptidtir.

106 2D- Elektroforez; Her tip hücre proteinlerinde kullanılabilir. (bitki, M/O, hayvan, hücre, doku kültürleri vb.) Bir adımda protein izolasyonu (dizi analizleri ve seçimli antikor tanımlanması) Kompleks protein karışımlarının ayrılması ve tanımlanması Kompleksliğin derecesinin belirlenmesi(heterojenlik) Genetikçe polimorfik materyallerin belirlenmesi pi ve MW (bağıl) belirlenmesi Kalite kontrol ve protein saflığının analizi Fonksiyonel protein bazında genetik farklanmaların analizleri, Hücre içeriğinin farklanması ve hastalık teşhisi, Post-translasyonel modifikasyonların belirlenmesi, Hücre proliferasyonu, farklanma ve transformasyonun incelenmesi, Subtraktif analizler,

107 2D-PAGE Örnek Hazırlığı İzoelektrik odaklama SDS-PAGE Protein Spot Dedeksiyonu Jellerin değerlendirilmesi

108 Örnek Hazırlığı Örneğin orijinine bağlı olarak farklanır. Sıvı azotta dondurma, öğütme, ğ sonikasyon-homojenizasyon 9 M üre, 1% DTT, 2-4 % w/v CHAPS, 2 % Amfolitler(pH 3-10), 10 mm proteaz inhibitörü Çözünürleştirme Ökaryotik dokulardaki proteinlerin çokluğu ve farklılığı; Ön-fraksiyonlama Optimizasyon

109 1. YÖN Izoelektrik Odaklama (IEF) Sürekli bir ph gradientinde izoelektrik noktalara göre ayırma (tüp jel/ipg)

110 İmmobilize ph Gradient strip kullanımı(ipg) ph gradienti; poliakrilamid matriks fiberlerine kopolimerizasyon ile oluşturulur. immobiline IPG-stripleri farklı ph aralıklarında ticari olarak temin edilebilmektedir. (örn; ph 3-10, 4-7, 3-6, 6-12, 4-5) Strip uzunluğu: (7, 11, 17, 24 cm) PROTEAN IEF HÜCRESİ

111 IEF Sonrası; dengeleme ve -S-S- bağlarının indirgenmesi(jeller) Tris-HCl (50 mm) ph 6.8, Üre 6 mm, Gliserol (30 % v/v), SDS (2 % w/v), DTE (2 %) solüsyonda 12 dak. bekletilir. -SH ların blokajı için; iyodoasetamid içeren benzer karışımda 5 dakika bekletilir. 2. Yöne uygulama hemen yapılmayacak ise -70 o C de petri kaplarında saklanabilir.

112 2D-PAGE: 2. Yön: SDS-PAGE Boyuta bağımlı ğ Ayırma Laemmli Sistemi Düzenleyici jel kullanılmaz Jel Boyutu Küçük Jeller; 6.5 x7.5 cm 100 protein spotu Büyük Jeller; 30 x 40 cm protein spotu

113 2D-PAGE fiksasyon Etanol/asetik asit/su (4/1/5) [1 saat / gece boyu] Boyama Gümüş Coomassie blue Floresan boyalar Radioizotopik İşaretleme vb.

114 Translasyon sonrası modifikasyonlar için kullanılabilecek l k bazı floresan jel boyaları Total protein SYPRO Ruby Gliko ikoprotein Pro-Q Emerald Fosfoprotein Pro-Q Diamond

115 pi ph 3 ph 10 Mr

116 2D-PAGE; Görüntüleme Lazer Scanner Fluorescence imager Phosphorimager 2D-PAGE Jellerin Değerlendirilmesi ğ il i İdentifikasyon ve Karakterizasyon Manual Bilgisayarlar Software Sistemleri (Otomatik Değerlendirme) Biyoinformatik Araçlar

117 2D-PAGE VERİ TABANLARI Image Data Biyolojik bir örnek için birden fazla referans jel haritaları Yazılı İnformasyon Verilen jeller üzerinde her bir spotun Verilen jeller üzerinde her bir spotun MW, IP, proteinin adı, identifikasyon metodu, bibliyografik referansları, diğer veritabanları ile kıyaslamaları

118 2D-PAGE VERİ TABANLARI WORLD-2DPAGE SWISS-2DPAGE YPM htpp://www.ibgc.u-bordeaux2.fr/ypm YEAST 2D-PAGE htpp://www.yeast-2dpage.gmm.gu.se ECO2DBASE htpp://www.pcsf.brcf.med.umich.edu/eco2dbase f / Sub2D htpp://www.pc13mi.biologie.uni-greifswald.de/ Aberdeen 2-D db htpp://www.abdn.ac.uk/~mmb023/2dhome.html Maize 2-D db htpp://moulon.moulon.inra.fr/imgd/ l f/i Fly 2-D db htpp://tyr.cmb.ki.se LSB 2-D db htpp://1scb.com/2dmaps/patterns.htm HSC-2DPAGE htpp://www.harefield.nthames.nhs.uk/nhli/protein/ harefield nhs HEART-2DPAGE htpp://www.chemie.fu-berlin.de/eser/pleiss/dhzb.htlm HP-2DPAGE htpp://www.mdc-berlin-de/~emu/heart/ Danish 2-D db htpp://biobase.dk/cgi-bin/celis Emb.stem cell htpp://www.ed.ac.uk/~nh/2dpage.html A375 UCSF 2-D htpp://rafael.ucsf.edu/2dpagehome.html Colon carcinoma htpp://www.ludwig.edu.au/www/jpsl/jpslhome.html

119 Karakterizasyon

120 Proteomik Proteom teknolojisi, proteom çalışmaları ş Farklı dinamik koşullarda, hücre, doku veya vücut sıvılarındaki proteinlerin kantitatif analiz teknolojisi Tek-tek analiz global analiz Hipoteze dayalı araştırma keşife dayalı araştırma

121 Genomik Transkriptomik Proteomik DNA neyin mümkün olabileceğini, i RNA neyin olası olduğunu, Proteinler gerçekte ne olduğunu ifade eder Sonuç: İntegrasyon

122 Aynı Genom - Farklı Proteom Proteom 1 Biyolojik Değişimler (morfogenez) Proteom n Proteom 1 Proteom 2, 3, 4 Proteom n

123 Proteomik Ekspresyon (Klasik) Proteomik: Protein atlası oluşturulmasını Diferansiyal i protein ekspresyon analizi i Fonksiyonel (Targetted) Proteomik: Hücredeki tüm proteinlerin dinamik ekspresyonlarının belirlenmesi; Post-translasyonel modifikasyonlar Protein-protein, protein-ligand etkileşimleri Dizi yapı fonksiyon ilişkileri

124 Proteom Analizinde Genel Strateji Örnek hazırlığı Protein ve Peptidlerin Ayrılması Ayrılan protein ve peptidlerin i İdentifikasyonu(MS) Biyoinformatik (Veri Değerlendirmesi)

125 Temel Proteomik Analiz Şeması Multidimensional Teknikler Multidimensional Teknikler Protein spesifik biyokimyasal ve biyofiziksel parametreler

126 MS için Örnek Hazırlığığ Jelden spot kesimi ve parçalanması Yıkama (destaining) Parçalama (trypsin) Peptid ekstraksiyonu Temizleme (desalting) Zi Ti Pi tt Ti f ZipTip Pipette Tips for Microaffinity Biomolecule Purification

127 KÜTLE SPEKTROMETRİSİ Protein Analizi (MW, saflık) Protein identifikasyonu (haritalama) Peptid Dizi Analizi Post-translasyonel translasyonel modifikasyonların belirlenmesi Amino asit, karbohidrat ve lipid bileşenleri Karbohidrat dizi analizi Kaynak Analizör Dedektör MALDI-TOF, ESI-TOF, Q-TOF, nanolc-ms/ms, SELDI-TOF vb.

128 Klasik Proteom 2D-elektroforez Jellerin görüntülenmesi Jellerin Dökümantasyonu Jel Analizi ve Spot Seçimi Protein spotlarının çıkarılması pi.mw MS için örnek hazırlığı Protein veri tabanları Verilerin karşılaştırılması MALDI-TOF Benzer veri tabanları Diğer veri tabanları Oluşturulan veri tabanları Tüm Veriler

129 Global Protein Analizi; Fonksiyonel Proteom 2D-Jel Elektroforezi M W ph Subtraktif ktifanaliz Otomatik değerlendirme ile kıyaslama Diferansiyel protein dağılım seviyeleri Farklanmalar İlave spotlar Eksilen spotlar Artan/Azalan Kompozit jeller

130 Yardımcı Teknikler PRO OTEOMIK 2D-PAGE 2D-HPLC MALDI-TOF-MS Two Dimensional Polyacrylamide lamide Gel Electrophoresis Two Dimensional Liquid Chromatography Matrix Assisted Laser Desorption /I onization Time of Flight Mass Spectrometry LC-ESI-MS/MS Liquid Chromatography Electro Spray Ionization - Tandem Mass Spectrometry CIEF/MS 2D-DIGE ICAT FLIM/FRET LCM SELDI-MS Biochips Capillary Isoelectric Focussing Electrophoresis/ Electrospray mass spectrometry Two Dimensional Differential Imaging Gel Electrophoresis Isotope-Coded Affinity Taging Fluorescence Lifetime Imaging Microscopy/ Fluorescence Resonance Energy Transfer Laser Capture Microdissection (Sample preparation of tissue specimens) Surface Enhanced Laser Desorption / Ionization Mass Spectrometry Protein/Peptide/Antibody Arrays Yeast-twotwo hybrid Assays (protein-protein interactions), Edman Degradation(N-terminalterminal sequence), Recognition molecule libraries, Affinity / Immunoaffinity, Removal of high abundance proteins, Computational function prediction, Crystallography, NMR, Transgenic animals, etc.

PROTEİN ANALİZ YÖNTEMLERİ

PROTEİN ANALİZ YÖNTEMLERİ PROTEİN ANALİZ YÖNTEMLERİ Protein analizleri, fen bilimleri araştırmaları ve farmosötik endüstrisinde önemli bir araç olarak karşımıza çıkar. Protein Analizinin Amaçları: Hastalıkların Kesin Tanısının

Detaylı

PROTEİNLERİN SAFLAŞTIRILMASI

PROTEİNLERİN SAFLAŞTIRILMASI PROTEİNLERİN SAFLAŞTIRILMASI Bir hücre ve dokudan istenilen bir proteinin saf halde izole edilmesi oldukça güç bir olaydır. Bu proteinin konsantrasyonu düşük ise binlerce farklı protein arasından ayırmak

Detaylı

SODYUM DODESİL SÜLFAT POLİAKRİLAMİD JEL ELEKTROFOREZİ İLE PROTEİNLERİN ANALİZİ

SODYUM DODESİL SÜLFAT POLİAKRİLAMİD JEL ELEKTROFOREZİ İLE PROTEİNLERİN ANALİZİ T.C. FIRAT ÜNİVERSİTESİ FEN BİLİMLERİ ENSTİTÜSÜ BİYOLOJİ BÖLÜMÜ SODYUM DODESİL SÜLFAT POLİAKRİLAMİD JEL ELEKTROFOREZİ İLE PROTEİNLERİN ANALİZİ Yüksek Lisans Semineri Hazırlayan: Abdullah ASLAN Danışman:

Detaylı

Hücre Üzerine Mikrocerrahi Uygulamaları Hücrenin altbirimlerine ayrılması Moleküllerin analizi. Prof. Dr. Müjgan Cengiz

Hücre Üzerine Mikrocerrahi Uygulamaları Hücrenin altbirimlerine ayrılması Moleküllerin analizi. Prof. Dr. Müjgan Cengiz Hücre Üzerine Mikrocerrahi Uygulamaları Hücrenin altbirimlerine ayrılması Moleküllerin analizi Prof. Dr. Müjgan Cengiz Canlı Hücrelerdeki Moleküllerin İzlenmesi Mikroskopla inceleme hücrede belli düzeyde

Detaylı

Protein Ekstraksiyonu

Protein Ekstraksiyonu Protein Ekstraksiyonu Dr.Gaye Güler Tezel Hacettepe Üniversitesi Tıp Fakültesi Patoloji Anabilim Dalı Proteinler tüm canlı organizmalar için en önemli makromoleküllerden biridir. Bazıları yapısal komponentleri

Detaylı

NÜKLEİK ASİTLERİN ELEKTROFOREZİ

NÜKLEİK ASİTLERİN ELEKTROFOREZİ T.C. FIRAT ÜNİVERSİTESİ FEN BİLİMLERİ ENSTİTÜSÜ BİYOLOJİ BÖLÜMÜ NÜKLEİK ASİTLERİN ELEKTROFOREZİ Yüksek Lisans Semineri Hazırlayan: Venhar ÇELİK Danışman: Yrd.Doç.Dr. Dilek Turgut-BALIK NÜKLEİK ASİTLERİN

Detaylı

Sunum planı. Protein yaşam döngüsü ve moleküler tıp Protein analiz yöntemleri Krotomotografik metotlar

Sunum planı. Protein yaşam döngüsü ve moleküler tıp Protein analiz yöntemleri Krotomotografik metotlar Dr. Suat Erdoğan Sunum planı Protein yaşam döngüsü ve moleküler tıp Protein analiz yöntemleri Krotomotografik metotlar Yüksek basınçlı sıvı kromatografi (High- pressure liquid chromatography, HPLC). Kağıt

Detaylı

Meyve Suyu Üretiminde Ozmotik Destilasyon ve Membran Destilasyon Uygulamaları

Meyve Suyu Üretiminde Ozmotik Destilasyon ve Membran Destilasyon Uygulamaları Meyve Suyu Üretiminde Ozmotik Destilasyon ve Membran Destilasyon Uygulamaları Çok aşamalı vakum evaporasyon düzenekleri flavor kaybı ( pişmiş tat) renk bozulmaları besin öğeleri kaybı DONDURARAK KONSANTRASYON

Detaylı

Protein Analiz ve Saflaştırma Yöntemleri Dr. Ayhan ÜNLÜ

Protein Analiz ve Saflaştırma Yöntemleri Dr. Ayhan ÜNLÜ Protein Analiz ve Saflaştırma Yöntemleri Dr. Ayhan ÜNLÜ PROTEİNİN SAFLAŞTIRILMASI hücre ekstraktından, proteinin izolasyonu İzolasyon öncesi işlemler - Hücre fraksiyonunun seçimi: sitoplazma, mitokondri,

Detaylı

Laboratuvar Tekniği. Adnan Menderes Üniversitesi Tarımsal Biyoteknoloji Bölümü TBY 118 Muavviz Ayvaz (Yrd. Doç. Dr.) 5. Hafta (14.03.

Laboratuvar Tekniği. Adnan Menderes Üniversitesi Tarımsal Biyoteknoloji Bölümü TBY 118 Muavviz Ayvaz (Yrd. Doç. Dr.) 5. Hafta (14.03. Laboratuvar Tekniği Adnan Menderes Üniversitesi Tarımsal Biyoteknoloji TBY 118 Muavviz Ayvaz (Yrd. Doç. Dr.) 5. Hafta (14.03.2014) 1 5. Haftanın Ders İçeriği DNA ekstraksiyonu DNA ekstraksiyonunun amacı

Detaylı

HPLC. Yüksek Performanslı Sıvı Kromatografisi

HPLC. Yüksek Performanslı Sıvı Kromatografisi HPLC Yüksek Performanslı Sıvı Kromatografisi HPLC Nedir? HPLC nin Kısımları: Hareketli Faz Rezervuarı Pompa Sistemi Numune enjeksiyon Sistemi Kolon Dedektör HPLC Çeşitleri HPLC Uygulamaları HPLC Yüksek

Detaylı

KROMATOGRAFİ. Bir parça kağıt şeridin aşağı hizasından 1 cm kadar yukarısına bir damla siyah mürekkep damlatınız.

KROMATOGRAFİ. Bir parça kağıt şeridin aşağı hizasından 1 cm kadar yukarısına bir damla siyah mürekkep damlatınız. KROMATOGRAFİ Kromatografi, bir karışımda bulunan maddelerin, biri sabit diğeri hareketli faz olmak üzere birbirleriyle karışmayan iki fazlı bir sistemde ayrılması ve saflaştırılması yöntemidir. KROMATOGRAFİ

Detaylı

Ayrıştırma ve Saflaştırma

Ayrıştırma ve Saflaştırma Ayrıştırma ve Saflaştırma Ayrıştırma Saflaştırma nin Sınıflandırılması Yöntemin temeli boyut kütle ve yoğunluk kompleks durumu fiziksel durum (faz) değişimi kimyasal durum değişimi fazlar arasında dağılım

Detaylı

AMİNO ASİTLER, PEPTİTLER VE PROTEİNLER II: Peptitler ve Proteinler

AMİNO ASİTLER, PEPTİTLER VE PROTEİNLER II: Peptitler ve Proteinler AMİNO ASİTLER, PEPTİTLER VE PROTEİNLER II: Peptitler ve Proteinler 1 Peptitler amino asitlerden oluşmuş zincirlerdir. İki amino asit molekülü bir amit bağı ile kovalent olarak birbirine bağlandıklarında

Detaylı

Proteomiks Yaklaşımlar Uygulama Alanları ve Hizmetlerimiz. Timuçin AVŞAR Proje Geliştirme Koordinatörü

Proteomiks Yaklaşımlar Uygulama Alanları ve Hizmetlerimiz. Timuçin AVŞAR Proje Geliştirme Koordinatörü Proteomiks Yaklaşımlar Uygulama Alanları ve Hizmetlerimiz Timuçin AVŞAR Proje Geliştirme Koordinatörü Sunum Başlıkları Proteomiks Nedir? Neden Proteomiks? Nasıl çalışılır? Uygulama Alanları Proteomiks

Detaylı

İÇİNDEKİLER ÖN SÖZ... III

İÇİNDEKİLER ÖN SÖZ... III İÇİNDEKİLER ÖN SÖZ... III İÇİNDEKİLER... V 1. LABORATUVARDA KULLANILAN MALZEME VE ALETLER... 1 1.1. Tüpler... 1 1.2. Beher... 1 1.3. Erlenmeyer... 2 1.4. Balonlar... 2 1.5. Mezur... 3 1.6. Pipetler...

Detaylı

PEG-FOSFAT-SU SİTEMLERİNDE PROTEİN DAĞILIMI. Gazi Üniversitesi, Mühendislik-Mimarlık Fakültesi, Kimya Mühendisliği Bölümü, 06570, Maltepe, Ankara

PEG-FOSFAT-SU SİTEMLERİNDE PROTEİN DAĞILIMI. Gazi Üniversitesi, Mühendislik-Mimarlık Fakültesi, Kimya Mühendisliği Bölümü, 06570, Maltepe, Ankara PE-FOSFAT-SU SİTEMLERİNDE PROTEİN DAĞILIMI E.DİLAN ve U.ÜNDÜZ azi Üniversitesi, Mühendislik-Mimarlık Fakültesi, Kimya Mühendisliği Bölümü, 06570, Mepe, Ankara 1.ÖZET Model protein olarak seçilen Bovine

Detaylı

ALETLİ ANALİZ YÖNTEMLERİ

ALETLİ ANALİZ YÖNTEMLERİ ALETLİ ANALİZ YÖNTEMLERİ Yüksek Performanslı Sıvı Kromatografisi (HPLC) Yrd. Doç. Dr. Gökçe MEREY SIVI KROMATOGRAFİSİ Hareketli fazın sıvı olduğu bu kromatografi türünde sabit faz bir dolgu maddesi üzerine

Detaylı

KAPİLER ELEKTROFOREZ. Uzm. Ecz. Emirhan NEMUTLU

KAPİLER ELEKTROFOREZ. Uzm. Ecz. Emirhan NEMUTLU KAPİLER ELEKTROFOREZ Uzm. Ecz. Emirhan NEMUTLU Elektroforez, iletken bir çözelti içindeki yüklü/yüksüz parçacıkların veya moleküllerin bir elektriksel alan varlığında göç etmesidir. Kapiler Elektroforezin

Detaylı

SANTRİFÜJ TEKNİKLERİ VE SANTRİFÜJLER

SANTRİFÜJ TEKNİKLERİ VE SANTRİFÜJLER SANTRİFÜJ TEKNİKLERİ VE SANTRİFÜJLER Doç. Dr. Gülsen YILMAZ 2009 BAŞLIKLAR 1 Tanım ve Prensip 22 Santrifüj teknikleri 33 Santrifüj tipleri 44 Santrifüj kullanım alanları Laboratuvarı ilgilendiren Süreç

Detaylı

İYONİK ÇEVRENİN ENZİM-ULTRAFİLTRASYON MEMBRAN ARAYÜZEY ETKİLEŞİMLERİNE ETKİSİ

İYONİK ÇEVRENİN ENZİM-ULTRAFİLTRASYON MEMBRAN ARAYÜZEY ETKİLEŞİMLERİNE ETKİSİ İYONİK ÇEVRENİN ENZİM-ULTRAFİLTRASYON MEMBRAN ARAYÜZEY ETKİLEŞİMLERİNE ETKİSİ Sema SALGIN *, Serpil TAKAÇ **, H.Tunçer ÖZDAMAR ** * Cumhuriyet Üniversitesi Mühendislik Fakültesi Kimya Mühendisliği Bölümü

Detaylı

Biyolojik Örneklerde İlaç Analizi ECZ 344 Prof.Dr. Dilek AK 28.03.2014 /4. DERS BİYOLOJİK SIVILAR

Biyolojik Örneklerde İlaç Analizi ECZ 344 Prof.Dr. Dilek AK 28.03.2014 /4. DERS BİYOLOJİK SIVILAR 1 Biyolojik Örneklerde İlaç Analizi ECZ 344 Prof.Dr. Dilek AK 28.03.2014 /4. DERS BİYOLOJİK SIVILAR PLAZMA ve SERUM 2 Kan, antikoagülan ilave edilmeden bir tüpe alınır ve pıhtılaşması için bekletilirse

Detaylı

POLİMERAZ ZİNCİR REAKSİYONU (PZR-PCR) VE RESTRİKSİYON PARÇA UZUNLUĞU POLİMORFİZMİ (RFLP)

POLİMERAZ ZİNCİR REAKSİYONU (PZR-PCR) VE RESTRİKSİYON PARÇA UZUNLUĞU POLİMORFİZMİ (RFLP) Deney: M 1 POLİMERAZ ZİNCİR REAKSİYONU (PZR-PCR) VE RESTRİKSİYON PARÇA UZUNLUĞU POLİMORFİZMİ (RFLP) a) PCR yöntemi uygulaması b) RPLF sonuçları değerlendirilmesi I. Araç ve Gereç dntp (deoksi Nükleotid

Detaylı

RTA JEL / PZR Saflaştırma Kiti

RTA JEL / PZR Saflaştırma Kiti RTA JEL / PZR Saflaştırma Kiti Kullanma Kılavuzu Yayın Tarihi - 2011-12 DNA parçalarının agaroz jelden geri kazanımı ve PZR ürünlerinin saflaştırılması için Yalnızca profesyonel kullanım için REF 09009050

Detaylı

RTA Plazmid DNA İzolasyon Kiti

RTA Plazmid DNA İzolasyon Kiti RTA Plazmid DNA İzolasyon Kiti Kullanma Kılavuzu Yayın Tarihi - 2011-12 Bakteri örneklerinden plazmid DNA izolasyonu ve saflaştırılması için Yalnızca profesyonel kullanım için REF 09007050 50 test 09007100

Detaylı

TOPRAK TOPRAK TEKSTÜRÜ (BÜNYESİ)

TOPRAK TOPRAK TEKSTÜRÜ (BÜNYESİ) TOPRAK Toprak esas itibarı ile uzun yılların ürünü olan, kayaların ve organik maddelerin türlü çaptaki ayrışma ürünlerinden meydana gelen, içinde geniş bir canlılar âlemini barındırarak bitkilere durak

Detaylı

Endüstriyel Su Arıtımına Uyarlanmış Çözümler

Endüstriyel Su Arıtımına Uyarlanmış Çözümler Endüstriyel Su Arıtımına Uyarlanmış Çözümler Michael Lyko Tarihçe Geleneği Olan Bir Partner 1 1 Tarihçe Geleneği Olan Bir Partner Wiesbaden da tam otomatik SPIRA-CEL spiral sarım üretim hattının işletmeye

Detaylı

SDS-PAGE Jel Elektroforezi İÇERİK

SDS-PAGE Jel Elektroforezi İÇERİK İÇERİK Tanım...2 SDS-PAGE jel elektroforez metodu...3 SDS-PAGE jel elektroforezi yürütme ortamının hazırlanması...4 Protein örneklerinin yüklenmesi...8 Jelin yürütülmesi...9 Jelin boyanması ve boyanın

Detaylı

III-Hayatın Oluşturan Kimyasal Birimler

III-Hayatın Oluşturan Kimyasal Birimler III-Hayatın Oluşturan Kimyasal Birimler MBG 111 BİYOLOJİ I 3.1.Karbon:Biyolojik Moleküllerin İskeleti *Karbon bütün biyolojik moleküllerin omurgasıdır, çünkü dört kovalent bağ yapabilir ve uzun zincirler

Detaylı

ENDÜSTRİYEL MİKROBİYOLOJİ

ENDÜSTRİYEL MİKROBİYOLOJİ Biyoreaktörler ENDÜSTRİYEL MİKROBİYOLOJİ BİYOPROSESLER Biyoreaktörler proteinlerin, organik asitlerin, aminoasitlerin, antibiyotiklerin, enzimatik veya mikrobiyal biyotransformasyon proseslerinde önemli

Detaylı

BİYOBENZER ÜRÜNLERDE KALİTE KONTROLÜ. Biyofarmasötikler ve Biyobenzerler 7 Mayıs 2012, Ege Palas, İzmir

BİYOBENZER ÜRÜNLERDE KALİTE KONTROLÜ. Biyofarmasötikler ve Biyobenzerler 7 Mayıs 2012, Ege Palas, İzmir BİYOBENZER ÜRÜNLERDE KALİTE KONTROLÜ Biyofarmasötikler ve Biyobenzerler 7 Mayıs 2012, Ege Palas, İzmir Doç. Dr. Ercüment Karasulu Ege Üniversitesi İlaç Geliştirme ve Farmakokinetik Araştırma- Uygulama

Detaylı

KROMOTOGRAFİK YÖNTEMLER

KROMOTOGRAFİK YÖNTEMLER KROMOTOGRAFİK YÖNTEMLER A. METODUN ÖZETİ Kromatografi, bir karışımda bulunan maddelerin, biri sabit diğeri hareketli faz olmak üzere birbirleriyle karışmayan iki fazlı bir sistemde ayrılması ve saflaştırılması

Detaylı

I. YARIYIL TEMEL BİYOKİMYA I (B 601 TEORİK 3, 3 KREDİ)

I. YARIYIL TEMEL BİYOKİMYA I (B 601 TEORİK 3, 3 KREDİ) T.C. İSTANBUL BİLİM ÜNİVERSİTESİ SAĞLIK BİLİMLERİ ENSTİTÜSÜ BİYOKİMYA ANABİLİM DALI YÜKSEK LİSANS PROGRAMI 2014-2015 EĞİTİM-ÖĞRETİM YILI DERS İÇERİKLERİ I. YARIYIL TEMEL BİYOKİMYA I (B 601 TEORİK 3, 3

Detaylı

Proteinler. Fonksiyonlarına göre proteinler. Fonksiyonlarına göre proteinler

Proteinler. Fonksiyonlarına göre proteinler. Fonksiyonlarına göre proteinler Proteinler Canlılarda miktar olarak en çok bulunan biyomoleküllerdir. Amino asit birimlerinden oluşurlar Yapısal ve işlevsel olabilirler Genlerle aktarılan kalıtsal bilginin ortaya çıktığı moleküllerdir.

Detaylı

DÖNEM 1- A, 3. DERS KURULU (2015-2016)

DÖNEM 1- A, 3. DERS KURULU (2015-2016) DÖNEM 1- A, 3. DERS KURULU (2015-2016) DERS SAATİ DERS ADI DERS KONUSU DERSİ VEREN ÖĞRETİM ÜYESİ 4. DK 1. Hafta 07 Aralık Pazartesi Mikrobiyoloji Mikrobiyolojinin tarihçesi ve mikroorganizmalara genel

Detaylı

RTA Bakteriden Genomik DNA İzolasyon Kiti

RTA Bakteriden Genomik DNA İzolasyon Kiti RTA Bakteriden Genomik DNA İzolasyon Kiti Kullanma Kılavuzu Yayın Tarihi - 2011-12 IVD Bakteri örneklerinden genomik nükleik asit izolasyonu ve saflaştırılması için In vitro tanı amaçlı kullanım için Yalnızca

Detaylı

ÇÖZÜNME KONTROLLERİ Çözünme Tayini (Miktar Tayini için kullanılan yöntem ücreti ilave edilir)

ÇÖZÜNME KONTROLLERİ Çözünme Tayini (Miktar Tayini için kullanılan yöntem ücreti ilave edilir) EK5a : ANALİZ PARAMETRELERİ VE ANALİZ SÜRELERİ TİTCK KOD 110,3 110,303 İLAÇ VE KOZMETİK LABORATUVARLARI Yöntem/Metod BİYOLOJİK KONTROLLER Numune Miktarı Analiz Süresi ÇÖZÜNME KONTROLLERİ Çözünme Tayini

Detaylı

BİYODİZEL BİYOETANOL BİYOGAZ

BİYODİZEL BİYOETANOL BİYOGAZ BİYODİZEL BİYOETANOL BİYOGAZ Prof. Dr. Bülent B KESKİNLER BİYODİZEL Biyodizel Üretim Prosesleri Kesikli (500-10000 ton/yıl) Yarı kesikli Sürekli (>30000 ton/yıl) 1. Homojen Kataliz a) Asit katalizör: H

Detaylı

ELEKTROFORESİS. Emre ÖZAN Veteriner Hekim

ELEKTROFORESİS. Emre ÖZAN Veteriner Hekim ELEKTROFORESİS Emre ÖZAN Veteriner Hekim Giriş TANIM : Elektriksel bir alanın tesiri altında kolloidal dispers fazların taşıdıkları elektriksel yükün aksi kutbuna doğru göç etmeleri Bir elektriksel alanda

Detaylı

TEMEL ECZACILIK BİLİMLERİ ANABİLİM DALI Temel Eczacılık Bilimleri Programı

TEMEL ECZACILIK BİLİMLERİ ANABİLİM DALI Temel Eczacılık Bilimleri Programı Programa Kabul Koşulları: TEMEL ECZACILIK BİLİMLERİ ANABİLİM DALI Temel Eczacılık Bilimleri Programı Yüksek Lisans: Eczacılık Fakültesi, Fen Fakültesi Biyoloji Bölümü, Kimya Bölümü, Mühendislik Fakültesi

Detaylı

Nilgün Çerikçioğlu Marmara Üniversitesi Tıp Fakültesi Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı

Nilgün Çerikçioğlu Marmara Üniversitesi Tıp Fakültesi Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı Nilgün Çerikçioğlu Marmara Üniversitesi Tıp Fakültesi Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı Kandolaşımı Enfeksiyonları %10 Kandidemi Ölüm hızı : % 50 (YBÜ) Erken tanı (?), tedavinin önemi Etken: Candida allbicans

Detaylı

Osmaniye Korkut Ata Üniversitesi, Biyoloji Bölümü Araştırma Laboratuarları ve Üniteleri

Osmaniye Korkut Ata Üniversitesi, Biyoloji Bölümü Araştırma Laboratuarları ve Üniteleri Osmaniye Korkut Ata Üniversitesi, Biyoloji Bölümü Araştırma Laboratuarları ve Üniteleri Biyoloji Bölümünde Merkezi Araştırma Laboratuarlarının Kurulumu Osmaniye Korkut Ata Üniversitesi, Biyoloji Bölümü

Detaylı

OMİK(S)LER Genomik(s), Transkriptomik(s), Proteomik(s) Doç. Dr. Murat Kasap KOU Tıp Fak. Tıbbi Biyoloji AD

OMİK(S)LER Genomik(s), Transkriptomik(s), Proteomik(s) Doç. Dr. Murat Kasap KOU Tıp Fak. Tıbbi Biyoloji AD OMİK(S)LER Genomik(s), Transkriptomik(s), Proteomik(s) Doç. Dr. Murat Kasap KOU Tıp Fak. Tıbbi Biyoloji AD Genomiks Temeli DNA nın dizilenmesi ve elde edilen dizilerin biyoinformatiksel metotlar kullanılarak

Detaylı

On-line Oksijen Tüketiminin Ölçülmesiyle Havalandırma Prosesinde Enerji Optimizasyonu

On-line Oksijen Tüketiminin Ölçülmesiyle Havalandırma Prosesinde Enerji Optimizasyonu On-line Oksijen Tüketiminin Ölçülmesiyle Havalandırma Prosesinde Enerji Optimizasyonu Speaker: Ercan Basaran, Uwe Späth LAR Process Analysers AG 1 Genel İçerik 1. Giriş 2. Proses optimizasyonu 3. İki optimizasyon

Detaylı

Mikotoksin nedir? En sık karşılaşılan mikotoksinler; Aspergillus Penicillium Fusarium Alternaria

Mikotoksin nedir? En sık karşılaşılan mikotoksinler; Aspergillus Penicillium Fusarium Alternaria Mikotoksin nedir? Aspergillus Penicillium Fusarium Alternaria belirli nem ve ısı koşullarında oluşturdukları fungal metabolitler En sık karşılaşılan mikotoksinler; o aflatoksinler, o okratoksin, o trikotesen,

Detaylı

5.111 Ders Özeti #12. Konular: I. Oktet kuralından sapmalar

5.111 Ders Özeti #12. Konular: I. Oktet kuralından sapmalar 5.111 Ders Özeti #12 Bugün için okuma: Bölüm 2.9 (3. Baskıda 2.10), Bölüm 2.10 (3. Baskıda 2.11), Bölüm 2.11 (3. Baskıda 2.12), Bölüm 2.3 (3. Baskıda 2.1), Bölüm 2.12 (3. Baskıda 2.13). Ders #13 için okuma:

Detaylı

KROMATOGRAFİ METODU. Kromatografi işlemi FOTOSENTETİK PİGMENTLERİN İNCE TABAKA KROMATOGRAFİSİ İLE AYRIŞTIRILMASI

KROMATOGRAFİ METODU. Kromatografi işlemi FOTOSENTETİK PİGMENTLERİN İNCE TABAKA KROMATOGRAFİSİ İLE AYRIŞTIRILMASI KROMATOGRAFİ METODU FOTOSENTETİK PİGMENTLERİN İNCE TABAKA KROMATOGRAFİSİ İLE AYRIŞTIRILMASI Kromatografi Kromatografi; bir karışımdaki bileşikleri birbirinden ayırmak ve maddeleri saflaştırmak için kullanılan

Detaylı

Amino Asitler, Peptitler, Proteinler. Dr. Fatih Büyükserin

Amino Asitler, Peptitler, Proteinler. Dr. Fatih Büyükserin Amino Asitler, Peptitler, Proteinler Dr. Fatih Büyükserin PEPTİD İki AA molekülü, peptit bağı denilen bir amit bağıyla kovalent bağlanarak dipeptit oluşturur Karboksillerden hidroksil, aminodan hidrojen

Detaylı

ayxmaz/biyoloji Adı: 1.Aşağıda verilen atomların bağ yapma sayılarını (H) ekleyerek gösterin. C N O H

ayxmaz/biyoloji Adı: 1.Aşağıda verilen atomların bağ yapma sayılarını (H) ekleyerek gösterin. C N O H Adı: 1.Aşağıda verilen atomların bağ yapma sayılarını (H) ekleyerek gösterin. C N O H 2.Radyoaktif izotoplar biyologları için önemlidir? Aşağıda radyoakif maddelerin kullanıldığı alanlar sıralanmıştır.bunlarla

Detaylı

Enzimler ENZİMLER ENZİMLER ENZİMLER İSİMLENDİRME ENZİMLER

Enzimler ENZİMLER ENZİMLER ENZİMLER İSİMLENDİRME ENZİMLER Enzimler Yrd.Doç.Dr. Ahmet GENÇ Sağlık Hizmetleri Meslek Yüksekokulu q Vücuttaki tüm reaksiyonlar, tüm işlem sonunda kendileri değişmeden reaksiyonların hızını artıran protein katalizörler olan enzimler

Detaylı

ARAŞTIRMA ENSTİTÜSÜ/İSTASYONLARI MÜDÜRLÜKLERİ DÖNER SERMAYE İŞLETMELERİ 2014 YILI BİRİM FİYAT LİSTESİ. 1 ph 14,00. 2 Elektriksel İletkenlik 14,00

ARAŞTIRMA ENSTİTÜSÜ/İSTASYONLARI MÜDÜRLÜKLERİ DÖNER SERMAYE İŞLETMELERİ 2014 YILI BİRİM FİYAT LİSTESİ. 1 ph 14,00. 2 Elektriksel İletkenlik 14,00 ARAŞTIRMA ENSTİTÜSÜ/İSTASYONLARI MÜDÜRLÜKLERİ DÖNER SERMAYE İŞLETMELERİ 2014 YILI BİRİM FİYAT LİSTESİ Sıra No: SULAMA SUYU ANALİZLERİ: 2014 FİYATI 1 ph 14,00 2 Elektriksel İletkenlik 14,00 3 Sodyum (Na)

Detaylı

Nitrik Oksit Sentaz ve Nitrik Oksit Ölçüm Yöntemleri

Nitrik Oksit Sentaz ve Nitrik Oksit Ölçüm Yöntemleri Nitrik Oksit Sentaz ve Nitrik Oksit Ölçüm Yöntemleri Nitrik Oksit Sentaz ve Nitrik Oksit Ölçüm Yöntemlerine Giriş Doç. Dr. Bahar Tunçtan ME.Ü. Eczacılık Fakültesi Farmakoloji Ab.D. ME.Ü. Tıp Fakültesi

Detaylı

Western Blot (veya immünblot), protein ekspresyonunu doğrulamak için standart laboratuvar

Western Blot (veya immünblot), protein ekspresyonunu doğrulamak için standart laboratuvar İçerik Giriş...2 Western Blot Yöntemi...2 Protein Örneklerinin Hazırlanması...2 Dikey Jel Sistemi Kullanımı...3 Kuru Transfer Sistem Kullanımı...4 Bloklama...6 Protein Tespiti...6 Kemilüminesans Tanımlama

Detaylı

PROTEĐNLERĐN FONKSĐYONEL YAPISI VE BĐYOFĐZĐKSEL ÖZELLĐKLERĐ

PROTEĐNLERĐN FONKSĐYONEL YAPISI VE BĐYOFĐZĐKSEL ÖZELLĐKLERĐ 334 ĐÇĐDEKĐLER 1- Amino Asitlerin Genel Yapısı 2- Aminoasitlerin Fiziksel ve Kimyasal Özellikleri 3- Proteinlerin Yapısal Özellikleri 4- Proteinlerin Fiziksel ve Kimyasal Özellikleri 5- Proteinlerin Fonksiyonları

Detaylı

KALİTELİ SÜT NASIL ELDE EDİLİR?

KALİTELİ SÜT NASIL ELDE EDİLİR? KALİTELİ SÜT NASIL ELDE EDİLİR? Prof. Dr. METİN ATAMER Dr. EBRU ŞENEL ANKARA ÜNİVERSİTESİ ZİRAAT FAKÜLTESİ SÜT TEKNOLOJİSİ BÖLÜMÜ Kaliteli süt üretimi için sağlanması gereken koşullar; Sağlıklı inek Özenli

Detaylı

İ Ç İ NDEKİ LER. Çevre Mühendisliği ve Bilimi İçin Kimyanın Temel Kavramları 1. Fiziksel Kimya ile İlgili Temel Kavramlar 52.

İ Ç İ NDEKİ LER. Çevre Mühendisliği ve Bilimi İçin Kimyanın Temel Kavramları 1. Fiziksel Kimya ile İlgili Temel Kavramlar 52. İ Ç İ NDEKİ LER Ön Söz xiii K I S I M 1 Çevre Mühendisliği ve Bilimi İçin Kimyanın Temel Kavramları 1 BÖLÜM 1 Giriş 3 1.1 Su 4 1.2 Atık Sular ve Su Kirliliği Kontrolü 5 1.3 Endüstriyel ve Tehlikeli Atıklar

Detaylı

MAIA Pesticide MultiTest

MAIA Pesticide MultiTest MAIA Pesticide MultiTest GIDALARDA PESTİSiT KALINTILARI İÇİN AB MAKSİMUM KALINTI LİMİTLERİ İLE UYUMLU ÇOKLU KALINTI TARAMA TESTİ Microplate Acetylcholinesterase Inhibition Assay (MAIA) katı veya sıvı gıda

Detaylı

Rahim ağzı kanseri hücreleri doku kültürü mikroskopik görüntüsü.

Rahim ağzı kanseri hücreleri doku kültürü mikroskopik görüntüsü. Doç.Dr.Engin DEVECİ HÜCRE KÜLTÜRÜ Hücre Kültürü Araştırma Laboratuvarı, çeşitli hücrelerin invitro kültürlerini yaparak araştırmacılara kanser, kök hücre, hücre mekaniği çalışmaları gibi konularda hücre

Detaylı

Gıda Analizlerinde Toksik Madde Tayini LC-GC Aplikasyonu Tanım:

Gıda Analizlerinde Toksik Madde Tayini LC-GC Aplikasyonu Tanım: Gıda Analizlerinde Toksik Madde Tayini LC-GC Aplikasyonu Tanım: İşlem görmüş gıda matrislerinde LC-MS/MS ve GC-MS ile Yüksek dozda toksik madde kalıntısı teşhis ve miktarlandırma analizleri için geliştirilmiş

Detaylı

ÇEVRE MÜHENDİSLİĞİ NDE KİMYASAL PROSESLER

ÇEVRE MÜHENDİSLİĞİ NDE KİMYASAL PROSESLER 9 ÇEVRE MÜHENDİSLİĞİ NDE KİMYASAL PROSESLER 1. Koagülasyon- Flokülasyon Prosesleri 2. Elektrokoagülasyon Prosesi 3. Kimyasal Çöktürme Prosesleri 4. Su Yumuşatma Prosesleri 5. Adsorpsiyon Prosesleri 6.

Detaylı

(ZORUNLU) MOLEKÜLER İMMÜNOLOJİ I (TBG 607 TEORİK 3, 3 KREDİ)

(ZORUNLU) MOLEKÜLER İMMÜNOLOJİ I (TBG 607 TEORİK 3, 3 KREDİ) T. C. İSTANBUL BİLİM ÜNİVERSİTESİ SAĞLIK BİLİMLERİ ENSTİTÜSÜ TIBBİ BİYOLOJİ VE GENETİK ANABİLİM DALI YÜKSEK LİSANS PROGRAMI 2015-2016 EĞİTİM-ÖĞRETİM YILI DERS İÇERİKLERİ I. YARIYIL (ZORUNLU) MOLEKÜLER

Detaylı

Elma Suyu Üretiminde Ozmotik Destilasyon ve Membran Destilasyon Uygulamalarının Ürün Kalitesine Etkileri. Pelin ONSEKİZOĞLU H.Ü. Gıda Müh.

Elma Suyu Üretiminde Ozmotik Destilasyon ve Membran Destilasyon Uygulamalarının Ürün Kalitesine Etkileri. Pelin ONSEKİZOĞLU H.Ü. Gıda Müh. Elma Suyu Üretiminde Ozmotik Destilasyon ve Membran Destilasyon Uygulamalarının Ürün Kalitesine Etkileri Pelin ONSEKİZOĞLU H.Ü. Gıda Müh. Bölümü Türkiye de meyve suyuna işlenen meyveler içerisinde %65

Detaylı

Mikrobiyolojide Moleküler Tanı Yöntemleri. Dr.Tuncer ÖZEKİNCİ Dicle Üniversitesi Tıp Fakültesi Tıbbi Mikrobiyoloji A.D

Mikrobiyolojide Moleküler Tanı Yöntemleri. Dr.Tuncer ÖZEKİNCİ Dicle Üniversitesi Tıp Fakültesi Tıbbi Mikrobiyoloji A.D Mikrobiyolojide Moleküler Tanı Yöntemleri Dr.Tuncer ÖZEKİNCİ Dicle Üniversitesi Tıp Fakültesi Tıbbi Mikrobiyoloji A.D 1 Enfeksiyonun Özgül Laboratuvar Tanısı Mikroorganizmanın üretilmesi Mikroorganizmaya

Detaylı

Biyokimya. Biyokimyanın tanımı ve önemi Organizmanın elementer yapısı Canlılık Su Kovalent olmayan bağlar (intermoleküler etkileşimler)

Biyokimya. Biyokimyanın tanımı ve önemi Organizmanın elementer yapısı Canlılık Su Kovalent olmayan bağlar (intermoleküler etkileşimler) Biyokimya Biyokimyanın tanımı ve önemi Organizmanın elementer yapısı Canlılık Su Kovalent olmayan bağlar (intermoleküler etkileşimler) Bölüm 1: Biyokimya ve önemi: 1. Biyokimya tanımı, önemi ve boyutsal

Detaylı

1. BÖLÜM : ANALİTİK KİMYANIN TEMEL KAVRAMLARI

1. BÖLÜM : ANALİTİK KİMYANIN TEMEL KAVRAMLARI ANALİTİK KİMYA DERS NOTLARI Yrd.Doç.Dr.. Hüseyin ÇELİKKAN 1. BÖLÜM : ANALİTİK KİMYANIN TEMEL KAVRAMLARI Analitik kimya, bilimin her alanında faydalanılan, maddenin özellikleri hakkında bilgi veren yöntemlerin

Detaylı

Kromozom, DNA ve Gen. Allel Segregasyonu. DNA çift sarmalı. Hastalık yapan mutasyonlar protein fonksiyonunu bozar. Hastalık yapan mutasyonlar

Kromozom, DNA ve Gen. Allel Segregasyonu. DNA çift sarmalı. Hastalık yapan mutasyonlar protein fonksiyonunu bozar. Hastalık yapan mutasyonlar Temel Genetik Kavramlar DNA izolasyon yöntemleri Kromozom, DNA ve Gen Hücre Nukleus Kromozomlar Gen Prof.Dr.Uğur ÖZBEK Protein DNA çift sarmalı Allel Segregasyonu Şeker Fosfat omurga Bazlar Baz çifti A

Detaylı

DERS ĐÇERĐKLERĐ GÜZ YARIYILI: GMB 501 Uzmanlık Alan Dersi (4 0 0)

DERS ĐÇERĐKLERĐ GÜZ YARIYILI: GMB 501 Uzmanlık Alan Dersi (4 0 0) DERS ĐÇERĐKLERĐ GÜZ YARIYILI: GMB 501 Uzmanlık Alan Dersi (4 0 0) Gıda Mühendisliği Anabilim Dalında Enstitümüz tarafından yüksek lisans tez programları kabul edilen yüksek lisans öğrencileri için danışman

Detaylı

SABUN SENTEZİ (Yağların Hidrolizi veya Sabunlaştırılması)

SABUN SENTEZİ (Yağların Hidrolizi veya Sabunlaştırılması) SABUN SENTEZİ (Yağların Hidrolizi veya Sabunlaştırılması) Gerek hayvansal yağlar gerekse bitkisel (nebati) yağlar, yağ asitlerinin gliserin (gliserol) ile oluşturdukları oldukça kompleks esterlerdir. Bu

Detaylı

GIDA BİYOTEKNOLOJİSİ UYGULAMA DERSİ NO:5 Enzim Analizleri

GIDA BİYOTEKNOLOJİSİ UYGULAMA DERSİ NO:5 Enzim Analizleri 1. Enzimler GIDA BİYOTEKNOLOJİSİ UYGULAMA DERSİ NO:5 Enzim Analizleri Enzimler, hücreler ve organizmalardaki reaksiyonları katalizleyen ve kontrol eden protein yapısındaki bileşiklerdir. Reaksiyon hızını

Detaylı

ANTİGLOBULİN TESTLER. Dr. Güçhan ALANOĞLU

ANTİGLOBULİN TESTLER. Dr. Güçhan ALANOĞLU ANTİGLOBULİN TESTLER Dr. Güçhan ALANOĞLU Tanımlar İnsan nsan globulinlerine karşı oluşan antikorlara Anti-Human Globulinler (AHG, AHG, antikorlara karşı gelişen en anti-antikor) antikor) Bu u antikorların

Detaylı

Laboratuvar Tekniği. Adnan Menderes Üniversitesi Tarımsal Biyoteknoloji Bölümü TBY 118 Muavviz Ayvaz (Yrd. Doç. Dr.) 6. Hafta (20.03.

Laboratuvar Tekniği. Adnan Menderes Üniversitesi Tarımsal Biyoteknoloji Bölümü TBY 118 Muavviz Ayvaz (Yrd. Doç. Dr.) 6. Hafta (20.03. Laboratuvar Tekniği Adnan Menderes Üniversitesi Tarımsal Biyoteknoloji TBY 118 Muavviz Ayvaz (Yrd. Doç. Dr.) 6. Hafta (20.03.2014) 1 6. Haftanın Ders İçeriği DNA izolasyonu DNA hakkında 2 DNA İzolasyonu

Detaylı

BELİRLENMESİ. Suna TİMUR. Ege Üniversitesi, Fen Fakültesi, Biyokimya Bölümü, Bornova/İzmir. suna.timur@ege.edu.tr

BELİRLENMESİ. Suna TİMUR. Ege Üniversitesi, Fen Fakültesi, Biyokimya Bölümü, Bornova/İzmir. suna.timur@ege.edu.tr PROTEİNLERİN İ İ ALTBİRİM SAYI VE STÖKİOMETRİSİNİN BELİRLENMESİ Suna TİMUR Ege Üniversitesi, Fen Fakültesi, Biyokimya Bölümü, Bornova/İzmir. suna.timur@ege.edu.tr Proteinler Amino asitlerin kopolimerleri

Detaylı

AVRASYA ÜNİVERSİTESİ

AVRASYA ÜNİVERSİTESİ Ders Tanıtım Formu Dersin Adı Öğretim Dili Moleküler Biyoloji Lab. Türkçe Dersin Verildiği Düzey Ön Lisans () Lisans (X) Yüksek Lisans( ) Doktora( ) Eğitim Öğretim Sistemi Örgün Öğretim (X) Uzaktan Öğretim(

Detaylı

PCR Bir reaksiyonun kurulması ve optimize edilmesi

PCR Bir reaksiyonun kurulması ve optimize edilmesi Hafta V PCR Temelli Genetik Analiz Yaklaşımları PCR Bir reaksiyonun kurulması ve optimize edilmesi Doç. Dr. Hilâl Özdağ F Đ Z Đ K Đ A L T Y A P I Reaksiyonda kullanılanlar: P C R I. Kalıp DNA a) PCR degrade

Detaylı

Temel Kimya Eğitim İçeriği

Temel Kimya Eğitim İçeriği Temel Kimya Eğitim İçeriği Konu Alanı KA 1 Malzeme Bilgisi KA 2 Kimyasal Karışımların Ayrılması KA 3 Kimyasal Yapıların Araştırılması ve Özellikleri KA 4 Fotomoketrik ve Kromatografik Analizler KA 5 Preparatif

Detaylı

A- LABORATUAR MALZEMELERİ

A- LABORATUAR MALZEMELERİ 1- Cam Aktarma ve Ölçüm Kapları: DENEY 1 A- LABORATUAR MALZEMELERİ 2- Porselen Malzemeler 3- Metal Malzemeler B- KARIŞIMLAR - BİLEŞİKLER Nitel Gözlemler, Faz Ayırımları, Isısal Bozunma AMAÇ: Karışım ve

Detaylı

DİCLE ÜNİVERSİTESİ TIP FAKÜLTESİ DÖNEM I HÜCRE BİLİMLERİ 2 KOMİTESİ. İmmunohistokimya teknikleri ve Kullanım Alanları. Doç.Dr.

DİCLE ÜNİVERSİTESİ TIP FAKÜLTESİ DÖNEM I HÜCRE BİLİMLERİ 2 KOMİTESİ. İmmunohistokimya teknikleri ve Kullanım Alanları. Doç.Dr. DİCLE ÜNİVERSİTESİ TIP FAKÜLTESİ DÖNEM I HÜCRE BİLİMLERİ 2 KOMİTESİ İmmunohistokimya teknikleri ve Kullanım Alanları Doç.Dr. Engin DEVECİ İmmunohistokimya Hücre ve doku içinde bulunan bazı enzimlerin ya

Detaylı

TÜRKİYE İLAÇ VE TIBBİ CİHAZ KURUMU KOZMETİK ÜRÜNLER VEYA HAMMADDELERİ İLE YAPILAN PERKÜTAN ABSORPSİYON/PENETRASYON TESTLERİNE İLİŞKİN KILAVUZ

TÜRKİYE İLAÇ VE TIBBİ CİHAZ KURUMU KOZMETİK ÜRÜNLER VEYA HAMMADDELERİ İLE YAPILAN PERKÜTAN ABSORPSİYON/PENETRASYON TESTLERİNE İLİŞKİN KILAVUZ TÜRKİYE İLAÇ VE TIBBİ CİHAZ KURUMU KOZMETİK ÜRÜNLER VEYA HAMMADDELERİ İLE YAPILAN PERKÜTAN ABSORPSİYON/PENETRASYON TESTLERİNE İLİŞKİN KILAVUZ Amaç MADDE 1- Bu kılavuz, kozmetik ürünler veya hammaddeleri

Detaylı

KİMYA BAKLAGİLLERİN AYÇİÇEK YAĞINA ETKİSİNİN SIVI DETERJANLA KIYASLANMASI GRUP PAK

KİMYA BAKLAGİLLERİN AYÇİÇEK YAĞINA ETKİSİNİN SIVI DETERJANLA KIYASLANMASI GRUP PAK YİBO Öğretmenleri (Fen ve Teknoloji-Fizik, Kimya, Biyoloji- ve Matematik) Proje Danışmanlığı Eğitimi Çalıştayı (2010-2) KİMYA BAKLAGİLLERİN AYÇİÇEK YAĞINA ETKİSİNİN SIVI DETERJANLA KIYASLANMASI GRUP PAK

Detaylı

Dr. M. Emin KAFKAS İnönü Üniversitesi Antrenörlük Eğitimi Bölümü 2015/Malatya

Dr. M. Emin KAFKAS İnönü Üniversitesi Antrenörlük Eğitimi Bölümü 2015/Malatya Dr. M. Emin KAFKAS İnönü Üniversitesi Antrenörlük Eğitimi Bölümü 2015/Malatya Outline (İzlence) 1. Hafta Biyokimya Nedir? Organizmadaki Organik Bileşiklerin Yapısı. 2. Hafta Enerji Sistemleri 3. Hafta

Detaylı

İnfeksiyon tanısında yeni yaklaşımlar Biyosensörler. Barış OTLU İnönü Üniversitesi Tıp Fakültesi, Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı, Malatya.

İnfeksiyon tanısında yeni yaklaşımlar Biyosensörler. Barış OTLU İnönü Üniversitesi Tıp Fakültesi, Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı, Malatya. İnfeksiyon tanısında yeni yaklaşımlar Biyosensörler Barış OTLU İnönü Üniversitesi Tıp Fakültesi, Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı, Malatya. Bakterilerin tanımlanması Bakterilerin tanımlanması Bakterilerin

Detaylı

BARTIN ÜNİVERSİTESİ MÜHENDİSLİK FAKÜLTESİ METALURJİ VE MALZEME MÜHENDİSLİĞİ MALZEME LABORATUARI II DERSİ AKIMLI VE AKIMSIZ KAPLAMALAR DENEY FÖYÜ

BARTIN ÜNİVERSİTESİ MÜHENDİSLİK FAKÜLTESİ METALURJİ VE MALZEME MÜHENDİSLİĞİ MALZEME LABORATUARI II DERSİ AKIMLI VE AKIMSIZ KAPLAMALAR DENEY FÖYÜ BARTIN ÜNİVERSİTESİ MÜHENDİSLİK FAKÜLTESİ METALURJİ VE MALZEME MÜHENDİSLİĞİ MALZEME LABORATUARI II DERSİ AKIMLI VE AKIMSIZ KAPLAMALAR DENEY FÖYÜ Gelişen teknoloji ile beraber birçok endüstri alanında kullanılabilecek

Detaylı

Bitki büyümesi, yayılışı ve verim Yeryüzünde su Hücrenin önemli bileşeni (%70-80) Kuraklığa dayanıklı bitkilerde % 20, tohumlarda % 5 Su-oksijen

Bitki büyümesi, yayılışı ve verim Yeryüzünde su Hücrenin önemli bileşeni (%70-80) Kuraklığa dayanıklı bitkilerde % 20, tohumlarda % 5 Su-oksijen BÖLÜM 2 SU VE HÜCRE SU Bitki büyümesi, yayılışı ve verim Yeryüzünde su Hücrenin önemli bileşeni (%70-80) Kuraklığa dayanıklı bitkilerde % 20, tohumlarda % 5 Su-oksijen Metabolizma-kimyasal reaksiyonlar

Detaylı

Hücrelerde gerçekleşen yapım, yıkım ve dönüşüm olaylarının bütününe metabolizma denir.

Hücrelerde gerçekleşen yapım, yıkım ve dönüşüm olaylarının bütününe metabolizma denir. METABOLİZMA ve ENZİMLER METABOLİZMA Hücrelerde gerçekleşen yapım, yıkım ve dönüşüm olaylarının bütününe metabolizma denir. A. ÖZÜMLEME (ANABOLİZMA) Metabolizmanın yapım reaksiyonlarıdır. Bu tür olaylara

Detaylı

HÜCRE ZAR SİSTEMLERİ. Yüzey (plazma) zarı: Tüm hücrelerde var. İç zar: Ökaryotik hücrelerde var.

HÜCRE ZAR SİSTEMLERİ. Yüzey (plazma) zarı: Tüm hücrelerde var. İç zar: Ökaryotik hücrelerde var. HÜCRE ZAR SİSTEMLERİ Yüzey (plazma) zarı: Tüm hücrelerde var. İç zar: Ökaryotik hücrelerde var. HÜCRE ZARININ GÖREVLERİ Hücre içini çevresinden ayırır Hücrenin iç bölümlerini belirler Proteinlere bağlı

Detaylı

KÖMÜRÜN GAZLAŞTIRILMASI YOLUYLA ELDE EDİLEN SENTEZ GAZINDAN METANOL ÜRETİMİ

KÖMÜRÜN GAZLAŞTIRILMASI YOLUYLA ELDE EDİLEN SENTEZ GAZINDAN METANOL ÜRETİMİ Ek 2 ULUSAL ÖĞRENCİ TASARIM YARIŞMASI PROBLEM TANIMI KÖMÜRÜN GAZLAŞTIRILMASI YOLUYLA ELDE EDİLEN SENTEZ GAZINDAN METANOL ÜRETİMİ 1. Giriş Türk kömür rezervlerinden metanol üretimi Kömürden metanol üretimi,

Detaylı

RNA DNA. Nükleosit Baz + Şeker Riboz (RNA) Deoksiriboz (DNA) Ribonükleozitler : Adenozin, Pürinler: Pirimidinler: AveGdışında

RNA DNA. Nükleosit Baz + Şeker Riboz (RNA) Deoksiriboz (DNA) Ribonükleozitler : Adenozin, Pürinler: Pirimidinler: AveGdışında Bazlar : Nükleik Asitlerin karakteristik Özellikleri DNA RNA Yasin EREN Recep LiMAN Muhsin KONUK Nükleik Asitlerin Yapısı Pürinler: Pirimidinler: AveGdışında TU T,U ve Sdışında d bazı theobromin, kafein,

Detaylı

Hücre Membranı Prof.Dr.SELMA YILMAZER Prof.Dr.TURGUT ULUTİN

Hücre Membranı Prof.Dr.SELMA YILMAZER Prof.Dr.TURGUT ULUTİN Hücre Membranı Prof.Dr.SELMA YILMAZER Prof.Dr.TURGUT ULUTİN İstanbul Üniversitesi Cerrahpaşa Tıp Fakültesi Tıbbi Biyoloji Anabilim Dalı HÜCRE MEMBRANI PLAZMA MEMBRANI PLAZMALEMMA 75-80 Aº Elektron Mikroskobu

Detaylı

DNA ve RNA İzolasyonu. Dr Gülnur Güler

DNA ve RNA İzolasyonu. Dr Gülnur Güler DNA ve RNA İzolasyonu Dr Gülnur Güler DNA genetik bilgi deposu özellikle inaktif DNA nükleusda çok sıkı paketli çevresel, kimyasal ve fiziksel zararlı etkenlere dayanıklı Bu nedenlerle taze, dondurulmuş,

Detaylı

HÜCRE ZARINDA TAŞINIM

HÜCRE ZARINDA TAŞINIM HÜCRE ZARINDA TAŞINIM Yrd. Doç. Dr. Aslı AYKAÇ YDÜ TIP FAKÜLTESİ BİYOFİZİK AD Küçük moleküllerin zardan geçişi Lipid çift tabaka Polar moleküller için geçirgen olmayan bir bariyerdir Hücre içindeki suda

Detaylı

KAPİLLER ELEKTROFOREZ DNA SEKANSLAMA

KAPİLLER ELEKTROFOREZ DNA SEKANSLAMA İçerik Giriş...2 Deney İçin Gerekli Olan Malzemeler...3 Deneyin Yapılışı... 4-9 Genomik DNA Kalıbının Hazırlanması...4 PCR Amplifikasyonu... 4-5 DNA Miktarının Belirlenmesi...6 Sekans Reaksiyonunun Hazırlanması...7

Detaylı

İ. Ü İstanbul Tıp Fakültesi Tıbbi Biyoloji Anabilim Dalı Prof. Dr. Filiz Aydın

İ. Ü İstanbul Tıp Fakültesi Tıbbi Biyoloji Anabilim Dalı Prof. Dr. Filiz Aydın İ. Ü İstanbul Tıp Fakültesi Tıbbi Biyoloji Anabilim Dalı Prof. Dr. Filiz Aydın Hücre iletişimi Tüm canlılar bulundukları çevreden sinyal alırlar ve yanıt verirler Bakteriler glukoz ve amino asit gibi besinlerin

Detaylı

KOMPOZİTLER Sakarya Üniversitesi İnşaat Mühendisliği

KOMPOZİTLER Sakarya Üniversitesi İnşaat Mühendisliği Başlık KOMPOZİTLER Sakarya Üniversitesi İnşaat Mühendisliği Tanım İki veya daha fazla malzemenin, iyi özelliklerini bir araya toplamak ya da ortaya yeni bir özellik çıkarmak için, mikro veya makro seviyede

Detaylı

SAGE ve PROTEOMİK. Ayşen Günel-Özcan Kırıkkale Üniversitesi Tıp Fakültesi Tıbbi Biyoloji ve Genetik Anabilim Dalı

SAGE ve PROTEOMİK. Ayşen Günel-Özcan Kırıkkale Üniversitesi Tıp Fakültesi Tıbbi Biyoloji ve Genetik Anabilim Dalı SAGE ve PROTEOMİK Ayşen Günel-Özcan Kırıkkale Üniversitesi Tıp Fakültesi Tıbbi Biyoloji ve Genetik Anabilim Dalı 1 Takifugu rubripes (400 Mb) Homo sapiens (3000 Mb) 2 Replikasyon DNA Transkripsiyon Metilasyon

Detaylı

AVRASYA ÜNİVERSİTESİ

AVRASYA ÜNİVERSİTESİ Ders Tanıtım Formu Dersin Adı Öğretim Dili Moleküler Biyolojide Kullanılan Teknikler Türkçe Dersin Verildiği Düzey Ön Lisans () Lisans (X) Yüksek Lisans( ) Doktora( ) Eğitim Öğretim Sistemi Örgün Öğretim

Detaylı

Elektroforez, Western Blot, Southern Blot, Northern Blot

Elektroforez, Western Blot, Southern Blot, Northern Blot Elektroforez, Western Blot, Southern Blot, Northern Blot Dr. Gaye Güler Tezel Hacettepe Üniversitesi Tıp Fakültesi Patoloji Anabilim Dalı Elektroforez DNA, RNA ve protein moleküllerini büyüklük, şekil

Detaylı

ENZİMLERİN GENEL ÖZELLİKLERİ - II. Doç Dr. Nurzen SEZGİN

ENZİMLERİN GENEL ÖZELLİKLERİ - II. Doç Dr. Nurzen SEZGİN ENZİMLERİN GENEL ÖZELLİKLERİ - II Doç Dr. Nurzen SEZGİN bstrate Enzyme substrate Enzyme substrate Enzyme substrate Enzyme substrate Enzyme substrate Enzyme substrate Enzyme substrate Enzyme substrate

Detaylı

PROTEİN SAFLAŞTIRMA 1 Kromatografik Teknikler

PROTEİN SAFLAŞTIRMA 1 Kromatografik Teknikler PROTEİN SAFLAŞTIRMA 1 Kromatografik Teknikler (Uygulama Örnekli) Doç. Dr. Münir TUNCER ÖNSÖZ Başta biyoloji bölümleri olmak üzere, temel tıp bilimleri, biyokimya bölümleri, çevre ve gıda mühendisliği

Detaylı

YMN62 SICAKLIĞA DUYARLI YENİ POLİMERLER İLE ÇAPRAZ BAĞLI HİDROJEL MATRİKS SENTEZİ VE KARAKTERİZASYONU

YMN62 SICAKLIĞA DUYARLI YENİ POLİMERLER İLE ÇAPRAZ BAĞLI HİDROJEL MATRİKS SENTEZİ VE KARAKTERİZASYONU YMN62 SICAKLIĞA DUYARLI YENİ POLİMERLER İLE ÇAPRAZ BAĞLI HİDROJEL MATRİKS SENTEZİ VE KARAKTERİZASYONU M. Şölener 1, E. Uğuzdoğan 2, Ş.T. Çamlı 3, S. Patır 4, M. Nurbaş 1, O. S. Kabasakal 1, E. B. Denkbaş

Detaylı

ALBÜMİN DUYARLI MEMBRAN TASARIMI

ALBÜMİN DUYARLI MEMBRAN TASARIMI 0 ALBÜMİN DUYARLI MEMBRAN TASARIMI Deniz YİĞİTER Cemal Uğur DURSUN ÖZEL EGE LİSESİ 2010 0 1 İÇERİK LİSTESİ PROJENİN AMACI 2 GİRİŞ 3 MATERYEL VE YÖNTEM.... 6 Materyel 6 Kullanılan Cihazlar... 6 p(hema)

Detaylı