Şubat Rotor-Gene AssayManager UDT Basic Plug-in Kullanım Kılavuzu. Sample & Assay Technologies

Transkript

1 Şubat 2014 Rotor-Gene AssayManager UDT Basic Plug-in Kullanım Kılavuzu Sample & Assay Technologies

2 İçindekiler 1 UDT Basic Plug-in Kullanım Kılavuzu Şubat Güvenlik bilgisi Giriş Sağlanan kullanım kılavuzları Bu kullanım kılavuzu hakkında Genel bilgi Yardım alma UDT spesifik görevleri ve işlemleri Örnekleri onaylama Development ortamı Çevrim içi dokümantasyon hakkında Plotlar için yardım ve bilgi tablosu Sonuçlar tablosu için yardım Temel analiz Test ve örnek analizi Ek 85 UDT Basic Plug-in Kullanım Kılavuzu 02/2014 2

3 1 UDT Basic Plug-in Kullanım Kılavuzu Şubat 2014 Rotor-Gene AssayManager UDT Basic Plug-in Kullanım Kılavuzuna Hoş Geldiniz. 1.1 Güvenlik bilgisi Kullanıcı dostu Rotor-Gene AssayManager özellikle dört adede kadar farklı Rotor-Gene Q cihazıyla kullanılmak üzere geliştirilmiştir. Rotor-Gene AssayManager'ı kullanmadan önce bu kullanım kılavuzunu dikkatlice okumanız ve güvenlik bilgilerine özellikle dikkat etmeniz gereklidir. Döngüleyicinin güvenli kullanımının sağlanması ve cihazın güvenli bir durumda ve koşullarda kalmasını sağlamak için kullanım kılavuzundaki talimatlara ve güvenlik bilgilerine mutlaka uyulmalıdır. Rotor-Gene AssayManager kullanım kılavuzu Rotor-Gene Q cihazı donanımı ve bakımı hakkında ayrıntılı bilgi sağlamaz. Rotor-Gene AssayManager kılavuzu sadece Rotor-Gene cihazlarıyla kombinasyon halinde Rotor-Gene AssayManager yazılımının işlevselliğini tanımlar. Not: Bu kılavuzda kullanılan Rotor-Gene Q ve Rotor-Gene Q cihazı terimleri aksi belirtilmedikçe tüm Rotor-Gene Q ve Rotor-Gene Q MDx cihazları (tüm ülkelerde bulunmaz) için geçerlidir. 1.2 Giriş Rotor-Gene AssayManager'ı seçtiğiniz için teşekkür ederiz. Laboratuvarınızın ayrılmaz bir parçası haline geleceğinden eminiz. Rotor-Gene AssayManager, Rotor-Gene Q cihazlarıyla kombinasyon halinde rutin testler için bir yazılımdır. Rotor-Gene AssayManager örnek bilgisini okuyabilir, deneyleri kurabilir, dört adede kadar farklı Rotor-Gene Q döngüleyiciyi kontrol edebilir, bu cihazlardan veriler alabilir, sonuçları otomatik olarak analiz edebilir ve raporlar oluşturabilir. Rotor-Gene AssayManager birlikte çalışan farklı bileşenlerden oluşur. Temel uygulama tahlil tipine spesifik analiz ve sonuçların görüntülenmesini içeren farklı plug-inlerle tamamlanır. Temel uygulama Rotor-Gene AssayManager ile çalışmak için şarttır. Opsiyonel ek plug-inler yüklenebilir. En az bir plug-in kurulmalıdır. Tüm plug-inler tüm ülkelerde bulunmayabilir. Sürekli olarak genişleyen plug-in serimizi keşfetmek için GeneAssayManager.aspx adresine başvurun Sağlanan kullanım kılavuzları Temel uygulama ve ayrıca tüm kullanılabilir plug-inlerin farklı Rotor-Gene AssayManager bileşenlerinin işlevselliği hakkında spesifik bilgiyle kendi kullanım kılavuzları vardır. Kullanım kılavuzları sadece F1 tuşuna basılarak başlatılabilen bağlama duyarlı yardım sağlar. Ek plug-inler kurarken karşılık gelen kullanım kılavuzları mevcut yardım sistemine otomatik olarak eklenir. Alternatif olarak farklı kullanım kılavuzlarına *.pdf dosyaları olarak erişilebilir, okunabilir ve yazdırılabilir. Rotor-Gene AssayManager Temel Uygulama Kullanım Kılavuzu (Rotor-Gene AssayManager Core Application User Manual) Yazılımın bir tanımını sağlar Temel uygulama ve tüm farklı plug-inler için aynı olan işlevleri tanımlar. Sorun giderme hakkında bilgi sağlar UDT Basic Plug-in Kullanım Kılavuzu 02/2014 3

4 Rotor-Gene AssayManager Plug-In Kullanım Kılavuzları Şunlar hakkında ayrıntı sağlar: tahlil tipine spesifik plug-inlerinin kullanılması işlevsellikleri Bu kullanım kılavuzu hakkında Bu kullanım kılavuzu aşağıdaki bölümlerde Rotor-Gene AssayManager UDT basic plug-in, versiyon 1.0.x (burada x 4 veya üzerindedir) hakkında bilgi sağlar: Giriş (sayfa 3) UDT spesifik görevleri ve işlemleri (sayfa 7) Genel bilgi Politika beyanı Yeni teknikler ve bileşenler ortaya çıktığında ürünlerin geliştirilmesi QIAGEN in politikasıdır. QIAGEN herhangi bir zamanda özellikleri değiştirme hakkını saklı tutar. Yararlı ve uygun dokümantasyonun üretilmesi çabalarında, bu kullanım kılavuzuyla ilgili yorumlarınızdan memnunluk duyarız. Lütfen QIAGEN Teknik Servisi ile irtibat kurun Versiyon yönetimi Bu belge UDT basic plug-in, versiyon 1,0.x (burada x 4 veya üzerindedir) hakkında bilgi sağlayan Rotor-Gene AssayManager UDT Basic Plug-in Kullanım Kılavuzu, versiyon 1.1'dir Yardım alma Rotor-Gene AssayManager ayrıntılı bir yardım sistemiyle gelir. Yardım, *.pdf dosyası ve *.chm dosyası (birleştirilmiş yardım dosyası) olarak sağlanır. Aşağıdaki görüntü örnek olarak oturum ekranına karşılık gelen yardım sayfasını gösterir: UDT Basic Plug-in Kullanım Kılavuzu 02/2014 4

5 Rotor-Gene AssayManager'ın bağlama duyarlı bir yardım sistemi vardır. Diyalog kutularında F1 tuşuna bastıktan sonra bağlama duyarlı bir yardım sayfası gösterilir. UDT Basic Plug-in Kullanım Kılavuzu 02/2014 5

6 Rotor-Gene AssayManager Yardımını Kullanma Araç çubuğu Sekmeler Yardım dosyası iki işlevsel alan içerir: Araç çubuğu Sekmeler Araç çubuğu şu düğmeleri içerir: İsim İkon Tanım Hide (Gizle) veya Show (Göster) Back (Geri) Sol taraftaki navigasyon sekmesini gizler. Navigasyon sekmesini tekrar göstermek için "Show" kısmına tıklayın. Bu düğme "Hide" yerine belirir. Önceki ekrana döner Forward (İleri) Back düğmesi kullanılmadan önce gösterilen ekrana döner. Print (Yazdır) Kullanıcının şu tercihleri vardır: 1) Seçilen konuyu yazdırma. 2) Seçilen başlığı ve tüm alt konuları yazdırma. Bir seçeneği seçin ve OK (Tamam) ile doğrulayıp geri gitmek için Cancel (İptal) seçin. UDT Basic Plug-in Kullanım Kılavuzu 02/2014 6

7 Options (Seçenekler) Şu girdilerin bulunduğu seçenekler menüsünü açar: Navigasyon sekmesi şu seçenekleri içerir: İsim Contents (İçindekiler) Search (Ara) Favorites (Favoriler) Tanım Contents sekmesinde yardım içeriğine konular halinde göz atılabilir. Belirli yardım konuları, arama terimleri girilerek bulunabilir. Ayrı yardım konularına kısayollar eklenebilir ve yönetilebilir. 1.3 UDT spesifik görevleri ve işlemleri UDT basic plug-in için spesifik görevler ve işlemler bu bölümde tanımlanmıştır. Genel tanım için bakınız Rotor-Gene AssayManager Temel Uygulama Kullanım Kılavuzu (Rotor-Gene AssayManager Core Application User Manual) Örnekleri onaylama Approval (Onay) ortamının genel işlevselliği temel uygulama kullanım kılavuzunda tanımlanmıştır. Burada sadece UDT plug-in kısmına tahsis edilmiş işlevsellik tanımlanır Test verilerini gözden geçirme Belirli bir testin verilerini gözden geçirmek için adım adım işlem Onay sürecini başlattıktan sonra bir ekran iki ana bölgeye bölünmüş olarak açılır: Plots and information (Plotlar ve bilgi) ve Results (Sonuçlar). Çok sayıda test seçildiyse tüm seçilen listeler sekme listesinde listelendirilmiş olacaktır. Test tipine bağlı olarak deney bilgisi altı farklı alt sekmede gözden geçirilebilir: Raw data (Ham veriler) Processed data (İşlenmiş veriler) Standard curve (Standart eğri) UDT Basic Plug-in Kullanım Kılavuzu 02/2014 7

8 Experiment (Deney) Assay (Test) Audit trail (Denetim izi) Varsayılan olarak Experiment alt sekmesi onay süreci başlatıldığında açılır. Raw data ve Processed data alt sekmelerini kullanarak amplifikasyon plotlarını gözden geçirmek için adım adım işlem 1. Belirli örneklerin sadece amplifikasyon eğrilerini göstermek için: a. Varsayılan olarak bir testin tüm örnekleri seçilir. Tüm örnekleri seçili durumdan çıkarmak için sonuçlar tablosunun başlığında Column select (Sütun seç) simgesine tıklayın. Sütun seç simgesi Örnek seçici b. Amplifikasyon eğrisinin gösterilmesini istediğiniz örnekler için Sample selector (Örnek seçici) kontrol kutusuna tıklayın. 2. Target (Hedef) aşağı açılır menüden hedefi seçin. 3. Ayrı amplifikasyon eğrilerini gözden geçirin Örnek konsantrasyonunun hesaplanması Ön koşullar Kantitatif testler için, Rotor-Gene AssayManager test profilinde verilen bilgi temelinde elüt ve orijinal örnekteki konsantrasyonu gösterir. Aşağıdakiler geçerliyse, örnek giriş hacmi ve elüsyon hacmini Approval ortamında tanımlamak mümkündür: Test kantitatiftir. Test profilinde bir Test Parametre Seti adı tanımlanır ama örnek transferi ve başlangıç elüsyon hacmi tanımlanmaz. Bakınız Bir Teste Profili Oluşturulması, sayfa 27. Çalışma için çalışma listesi, bağımsız bir QIAsymphony AS çalışmasından QIAsymphony AS sonuç dosyasının içe aktarılmasıyla oluşturulmuştur. Ancak bu ön koşullar geçerliyse, daha sonra Approval ortamında başlangıç elüsyon hacmi ve örnek girişi hakkında bilgileri sağlamak mümkündür. Bu bilgi kullanılarak Rotor-Gene AssayManager elütten konsantrasyonu örnekteki konsantrasyona dönüştürebilir. UDT Basic Plug-in Kullanım Kılavuzu 02/2014 8

9 Örnek girişini ve başlangıç elüsyon hacmini tanımlamak için adım adım işlem 1. Deney için kullanılabilirse, Conc. factor (A) (Kons. faktörü) alanı ve Define.. (B) (Tanımla) düğmesi sonuç tablosundan önce gösterilir. Not: Konsantrasyon faktörü tanımlanıncaya kadar örnek seviyesinde konsantrasyon gösterilmez. Not: Serbest bırakma düğmesi konsantrasyon faktörü tanımlanıncaya kadar devre dışıdır. 2. Define.. kısmına tıklayın. Konsantrasyon faktörünün tanımlanmasını mümkün kılan bir diyalog kutusu açılır. Bir konsantrasyon faktörü tanımlamak için: a. Define sample transfer and initial elution volume (A) (Örnek transferini ve başlangıç elüsyon hacmini tanımla) kontrol kutusunu aktive edin. b. Örnek transfer hacmini (B) girin. c. Başlangıç elüsyon hacmini (C) girin. d. Hesaplanan konsantrasyon faktörü gösterilir (D). e. OK (E) kısmına tıklayın. Bir konsantrasyon faktörünü kullanmamayı tanımlamak için: a. Define sample transfer and initial elution volume (A) kontrol kutusunu devre dışı bırakın. b. OK (E) kısmına tıklayın. Örnek seviyesinde konsantrasyon gösterilmeyecektir. 3. Konsantrasyon faktörü tanımlandıktan sonra, aşağıdakiler olur. UDT Basic Plug-in Kullanım Kılavuzu 02/2014 9

10 Conc. in Sample (B) (Örnekte Kons.) seçilirse, kantitatif bir sonuç gösterilir (A). Konsantrasyon faktörü gösterilir (C). Release/ report data... (D) (Veri serbest bırak/bildir...) düğmesi etkinleştirilir. Not: Test bırakıldıktan sonra, konsantrasyon faktörü değiştirilemez Örnekleri onaylama hakkında genel bilgi Rotor-Gene AssayManager tarafından belirlenen tüm örneklerin sonuçları Approval ekranının Results alanında onaylanmalıdır (kabul edilmeli veya reddedilmeli). Sonuçlar bölgesi Results tablosu iki tablodan oluşur: Standards/controls (Standartlar/kontroller) UDT Basic Plug-in Kullanım Kılavuzu 02/

11 Samples (Örnekler) Harici kontroller için tablo Örnekler için tablo Results tablosunun davranışı Başlangıçta Samples tablosundaki onay düğmeleri devre dışıdır sadece Standards/controls tablosundaki onay kutuları etkinleştirilmiştir. Önce harici kontroller onaylanmalıdır. Tüm harici kontroller onaylandıktan sonra Samples tablosundaki onay düğmeleri etkinleşir. Sonuçlar bölgesi ayrı örnekler hakkında aşağıdaki ayrıntılı bilgilerle Results tablosunu içerir. Position (Pozisyon) Color (Renk) Style (Tarz) Sample ID (Örnek Kimliği) Status (Durum) Type (Tip) Target (Hedef) C T Result (Sonuç) Flags (Bayraklar) Sample comment (Örnek yorumu) Onaylanacak örnek sonuçlarının belirlenmiş sıra ucunda üç ek onay düğmesi vardır. UDT Basic Plug-in Kullanım Kılavuzu 02/

12 Bu düğmeler örnek sonuçlarını interaktif olarak kabul etmek veya reddetmek için kullanılır. Görsel bir yardımcı olarak onay çubuğunun zemin rengi onay durumuna göre değişir. Başlangıçta bitmiş bir deneyin tüm test örneklerinin durumu Undefined (Tanımlanmamış) şeklindedir ve sarı bir zeminle gösterilirler. Bir Accepted (Kabul Edilmiş) örneğin zemin rengi yeşile döner. Bir Rejected (Reddedilmiş) örneğin zemin rengi kırmızıya döner. Arka plan rengi Test örneğinin durumu Undefined Accepted Rejected Örnekleri onaylamak için adım adım işlem 1. Results tablosunda onaylanacak örneğe kaydırın. Onaylanacak örnek sonuçlarının belirlenmiş sıra ucunda üç ek onay düğmesi vardır. Harici kontroller için onay düğmeleri 2. Bir örneğin sonucunu kabul edin veya reddedin. Onay düğmeleri Tıklayın Şuna değişir Bir örnek sonucunu kabul etmek için sıranın ilk düğmesine tıklayın. Bir örnek sonucunu reddetmek için sıranın ikinci düğmesine tıklayın. Opsiyonel: Sample comment sütununa bir not girin. UDT Basic Plug-in Kullanım Kılavuzu 02/

13 3. Adım 1 ve 2'yi tüm örnek sonuçları kabul edilinceye veya reddedilinceye kadar tekrarlayın. Birkaç örnek sonucunu aynı anda onaylamak için belirlenmiş sıraları örnek seçici kullanarak vurgulayın. Komşu sıraları vurgulamak için birinci unsurun sıra seçicisine tıklayın, sol fare düğmesini basılı tutun ve imleci fare tekerini kullanarak vurgulanacak son unsura hareket ettirin. Aradaki tüm sıralar vurgulanır. Komşu olmayan sıralarda çoklu seçimler yapmak için Control tuşunu kullanın. Vurgulanan sıralara sağ tıklama tüm vurgulanmış örnek sonuçlarını aynı anda onaylamak veya reddetmek için kullanılabilecek bağlam menüsünü açar. Not: Örnek sonuçlarını sadece kısmen onaylayıp bir testin diğer örnek sonuçlarını daha sonra onaylamak mümkündür. Düğme çubuğu onay sürecini yönetmek için şu düğmeleri sağlar: Şunun için Tıklayın Tüm değişiklikleri kaydet Assay selection (Test seçimi) ekranına değiştir Tüm değişiklikleri iptal et Önceden kaydedilmiş onay durumuna döner; amplifikasyon plotları ve sonuç tablosu seçenekleri resetlenmez Tüm değişiklikleri kaydet ve bu ekranda kal Tüm değişiklikleri at ve önceki duruma dön Bu ekranı kapat ve Assay selection ekranına geç Onay kavramı düğmeleri UDT plug-in Dış kontrollerin onayı Assay selection ekranında Start Approval (Onay Başlat) tıkladıktan sonra Approval ekranı gösterilir. UDT temel plugin içinde sadece Development (Geliştirme) ortamında Assay & Sample Analysis (Test ve Örnek Analizi) ve Core Analysis (Temel Analiz) içinde tanımlanan kural ve parametreler ham verilere uygulanabilir. Otomatik veri tarama (AUDAS) yöntemi test analizi için kullanılamaz. Yani kantifikasyon standartları, şablon kontrolü yok, pozitif kontroller vs. gibi harici kontrollerin amplifikasyon eğrileri ve ayrıca test örneklerinin amplifikasyon eğrileri Rotor-Gene AssayManager tarafından anormallikler açısından otomatik olarak kontrol edilemez. UDT temel plug-inde tüm harici kontrollerin sonuçlarının test örneklerinin sonuçlarından önce onaylanması gerekir. Böylece onay sürecinin başlangıcında sadece harici kontroller için onay düğmeleri aktive olur. Test örnekleri için onay düğmeleri tüm harici kontroller onaylanır onaylanmaz etkinleşecektir. Not: UDT Modunda onay süreci sırasında amplifikasyon eğrisinin şeklini anormallikler açısından manuel olarak kontrol edin ve anormal amplifikasyon eğrileri olan harici kontrollerin bulunduğu sonucu reddedin. UDT Basic Plug-in Kullanım Kılavuzu 02/

14 Aşağıdaki liste amplifikasyon eğrilerinin kontrol edilmesi gereken sık görülen anomaliler için genel bir bakış sağlar: Amplifikasyon eğrisinde dikenler var mı? Bazal floresansta kuvvetli bir düşme var mı? Bazal floresans anormal dik bir şekilde yükselerek fazla güçlü bir lineer üremeye işaret ediyor mu? Bazal floresans çok dalgalı mı? Amplifikasyon eğrisi satüre mi? Amplifikasyon eğrisinde başka bir anomali var mı? Bu koşullardan biri veya birkaçı karşılanırsa karşılık gelen harici kontrol sonucu reddedilmelidir. Bu nedenle bu harici kontroller test örneklerinin analizinden hariç tutulur. Not: Bir veya birkaç harici kontrolün reddedilmesi Development ortamında Sample and Assay Analysis kısmında tanımlanan kurallara bağlı olarak tüm testin geçersiz olmasıyla sonuçlanabilir. Belirtilen anormalliklerin herhangi biri olmayan amplifikasyon eğrileri için Rotor-Gene AssayManager tarafından sunulan harici kontrol sonucunu kabul etmek veya reddetmek üzere onay düğmeleri kullanılmalıdır. Aşağıdaki tablo farklı senaryolar hakkında bir genel bakış sağlar. Rotor-Gene AssayManager analizi Harici kontrol sonucu geçerlidir ve gösterilir ( Signal detected (Sinyal saptandı), No signal (Sinyal yok) veya hedef konsantrasyon). Harici kontrol sonucu en az bir karşılık gelen bayrakla gösterildiği şekilde geçersizdir. Harici kontrol sonucu geçerlidir ve gösterilir ( Signal detected (Sinyal saptandı), No signal (Sinyal yok) veya hedef konsantrasyon). Harici kontrol sonucu en az bir karşılık gelen bayrakla gösterildiği şekilde geçersizdir. Onaylayan harici kontrol sonucunu kabul eder Evet Evet Hayır (örneğin, test profili geliştirme sırasında tanımlanmış analiz kuralları yeterince katı değildir ve Rotor-Gene AssayManager tarafından geçersiz bir sonuç otomatik olarak saptanmaz) Hayır (örn., genel olarak iyi görünen bir harici kontrol sonucu test profili geliştirme sırasında çok katı olarak ayarlanan bir analiz kuralı nedeniyle geçersiz olarak ayarlanmıştır) Onaylayıcının beklenen davranışı Accepted kısmına tıklayın. Accepted kısmına tıklayın. Rejected kısmına tıklayın. Rejected kısmına tıklayın. UDT Basic Plug-in Kullanım Kılavuzu 02/

15 Not: Rotor-Gene AssayManager tarafından otomatik olarak geçersiz olarak ayarlanmış bir sonuç, bu sonuç reddedilse bile artık geçerli bir sonuca dönüştürülemez. Kantitatif testlerin onayı için standart eğri tüm harici kontroller Accepted veya Rejected durumu ile onaylanıncaya kadar gösterilmez. Tüm harici kontrollerin onaylanmasından sonra standart eğri ve verimlilik gibi tahsis edilmiş parametreleri hesaplanır ve Standard curve alt sekmesinde gösterilir. Standart eğri temelinde test örneklerinde oluşan hedef konsantrasyonları hesaplanır ve örnek sonuçları alanında gösterilir. Not: Geçerli bir kantifikasyon standardı reddedilirse standart eğri reddedilen kantifikasyon standardı olmadan tekrar hesaplanacaktır. Tüm örnekler tekrar hesaplanan standart eğriye göre analiz edilir. Test örneği sonuçları onayı Harici kontrollerin onaylanmasından sonra test örneklerinin sonuçları otomatik olarak Rotor-Gene AssayManager tarafından analiz edilip ayarlanır. Sonuçların onaylayıcı rolüyle oturum açmış kullanıcı tarafından onaylanması ve serbest bırakılması gerekir. Not: UDT Modunda onay süreci sırasında amplifikasyon eğrisinin şeklini anormallikler açısından manuel olarak kontrol edin ve anormal amplifikasyon eğrileri olan harici kontrollerin bulunduğu sonucu reddedin. Aşağıdaki liste amplifikasyon eğrilerinin kontrol edilmesi gereken sık görülen anomaliler için genel bir bakış sağlar: Amplifikasyon eğrisinde dikenler var mı? Bazal floresansta kuvvetli bir düşme var mı? Bazal floresans anormal dik bir şekilde yükselerek fazla güçlü bir lineer üremeye işaret ediyor mu? Bazal floresans çok dalgalı mı? Amplifikasyon eğrisi satüre mi? Amplifikasyon eğrisinde başka bir anomali var mı? Bu koşullardan biri veya birkaçı karşılanırsa karşılık gelen test örneği sonucu reddedilmelidir. Belirtilen anormalliklerin herhangi biri olmayan amplifikasyon eğrileri için Rotor-Gene AssayManager tarafından sunulan örnek sonucunu kabul etmek veya reddetmek üzere onay düğmeleri kullanılmalıdır. Aşağıdaki tablo farklı senaryolar hakkında bir genel bakış sağlar. Rotor-Gene AssayManager analizi Örnek sonucu geçerlidir ve gösterilir ( Signal detected, No signal veya hedef konsantrasyon). Örnek sonucu en az bir karşılık gelen bayrakla gösterildiği şekilde geçersizdir. Onaylayıcı test örneği sonucunu kabul eder Evet Evet Onaylayıcının beklenen davranışı Accepted kısmına tıklayın. Accepted kısmına tıklayın ve örneği tekrar test edin. UDT Basic Plug-in Kullanım Kılavuzu 02/

16 Rotor-Gene AssayManager analizi Örnek sonucu geçerlidir ve gösterilir ( Signal detected, No signal veya hedef konsantrasyon). Örnek sonucu en az bir karşılık gelen bayrakla gösterildiği şekilde geçersizdir. Onaylayıcı test örneği sonucunu kabul eder Hayır (örneğin, test profili geliştirme sırasında tanımlanmış analiz kuralları yeterince katı değildir ve Rotor-Gene AssayManager tarafından geçersiz bir sonuç otomatik olarak saptanmaz) Hayır (örn., genel olarak iyi görünen bir test örneği sonucu test profili geliştirme sırasında çok katı olarak ayarlanan bir analiz kuralı nedeniyle geçersiz olarak ayarlanmıştır) Onaylayıcının beklenen davranışı Rejected kısmına tıklayın ve örneği tekrar test edin. Rejected kısmına tıklayın ve örneği tekrar test edin. Not: Rotor-Gene AssayManager tarafından otomatik olarak geçersiz olarak ayarlanmış bir sonuç, bu sonuç reddedilse bile artık geçerli bir sonuca dönüştürülemez. Sonuçlar tablosu seçenekleri Seçenek Açıklama A B C Bu aşağı açılır menüdeki seçime bağlı olarak saptanan konsantrasyon örnek hazırlama öncesinde elüt veya orijinal örnek materyali için otomatik olarak hesaplanacaktır. Bu işlev sadece test profilinde tanımlanmış bir konsantrasyon faktörü olan kantitatif testler için veya Approval ortamında bir konsantrasyon faktörü tanımlandığında kullanılabilir ( Örnek konsantrasyonunun hesaplanması, sayfa 8). Test profilinde birkaç konsantrasyon ünitesi tanımlanmışsa bu menü varsayılan konsantrasyon birimi ve alternatif konsantrasyon birimleriyle doldurulur. İstenen konsantrasyon birimi aşağı açılır menüden seçilebilir. Varsayılan olarak bu kontrol kutusu bir test IC tipinde bir hedef içeriyorsa aktive olur Results tablosunda IC bilgisini (hedef adı, C T değeri, sonuç ve sonuç bayrağı) saklamak için kontrol kutusunu seçili durumdan çıkarın. UDT Basic Plug-in Kullanım Kılavuzu 02/

17 D Bu kontrol kutusu varsayılan olarak devre dışı bırakılmıştır ve işaretli değildir. Set assay to be valid (Testi geçerli olarak ayarla) kontrol kutusu Configuration (Konfigürasyon) ortamında Settings (Ayarlar) sekmesinde Enable to set assay to valid (UDT Mode) (Testi geçerli olarak ayarlamak için etkinleştir (UDT Modu)) kontrol kutusu işaretlenerek aktive edilebilir. Set assay to be valid onay kutusunun şu işlevselliği vardır: UDT Modunda bir test geçersizse Set assay to be valid onay kutusu işaretlenerek manuel olarak geçerli olacak şekilde ayarlanabilir. Bu işlevsellik kullanılarak Rotor- Gene AssayManager tarafından geçersiz olarak değerlendirilmiş bireysel harici kontroller analizden hariç tutulur. Test örneği sonuçları geçerli olarak ayarlanır. Geçersiz kantifikasyon standartları standart eğri hesaplamasından hariç tutulacaktır. Set assay to be valid onay kutusu test onayı için kullanılırsa sonuç raporunda bunlardan bahsedilecektir. E Test hakkında not girmek için metin alanı. Açıklama 256 karakteri geçmemelidir. İlk örnek serbest bırakıldıktan sonra not artık değiştirilemez Hedef sonuçları Rotor-Gene AssayManager bir hedefin sonucunu normalizasyon seçeneklerine göre tüm ilgili analiz sonuçlarını ve karşılık gelen test profilinde tanımlanmış örnek ve test kurallarını birleştirerek belirler. Hedef sonucu Signal detected, No signal, seçilen birimle kombine edilmiş hesaplanan hedef konsantrasyonu veya INVALID (GEÇERSİZ) olabilir. 1. Eğer C T değeri saptanırsa ve test kantitatif değilse hedef Signal detected sonucunu alır. Karşılık gelen standart eğri hesaplanamazsa, kantitatifse hedefler bile Signal detected sonucunu alabilir. 2. C T değeri saptanmazsa hedef No signal sonucunu alır. 3. C T değeri saptanırsa, test kantitatifse ve test kantifikasyonu başarılıysa test bir konsantrasyon değerini sonuç olarak alır. Konsantrasyon otomatik olarak seçilen konsantrasyon birimi için hesaplanır. 4. Analiz sırasında Rotor-Gene AssayManager tarafından örnek için hedef sonucu INVALID (GEÇERSİZ) olarak ayarlamak üzere tanımlanmış bir veya birkaç örnek bayrağı tahsis edilirse INVALID olarak ayarlanır. Konfigürasyon ayarlarında Enable processing of unclear samples (Açık olmayan örneklerin işlenmesini etkinleştir) kontrol kutusu seçili durumdan çıkarılmışsa yukarı doğru Unclear (Açık değil) bayrağı olan örneklerin (örn. QIAsymphony AS tarafından işaretlenmiş) sonuçları bile INVALID olarak ayarlanır Örnek bayrakları Aşağıdaki örnek bayrakları analiz sırasında Rotor-Gene AssayManager tarafından ayrı hedeflere tahsis edilebilir. Bu UDT basic plug-in kullanılırken oluşabilecek tüm bayrakların tam bir listesidir. Bu artus basic plug-in kullanılırken oluşabilecek tüm bayrakların tam bir listesidir. Rotor-Gene AssayManager içinde bayrakların belirmesi bir test örneği kontrol veya standart için karşılık gelen hedefin geçersiz kılınmasıyla ilişkilidir veya bayrak sonuç için herhangi bir neticesi olmadan sadece bir warning (uyarı) olarak UDT Basic Plug-in Kullanım Kılavuzu 02/

18 gösterilir. Aşağıdaki behavior (davranış) sütunu Rotor-Gene AssayManager'ın belirli bir bayrağa nasıl reaksiyon gösterdiğini liste halinde verir. Variable (Değişken) bayrak tipi için Rotor-Gene AssayManager davranışı spesifik test profilindeki ayarlara bağlıdır. Bayrak Davranış Tanım ABOVE_UPPER_LOQ Değişken Üst kantifikasyon limiti aşılmıştır. Hedef konsantrasyonu fazla yüksektir. Sadece kalitatif bir sonuç sunulur. ASSAY_INVALID Geçersiz En az bir harici kontrol geçersiz olduğundan test geçersiz olarak ayarlanmıştır. BELOW_LOWER_LOQ Değişken Alt kantifikasyon limitine erişilmemiştir. Hedef konsantrasyonu fazla düşüktür. Sadece kalitatif bir sonuç sunulur. CONCENTRATION_ABOVE_ACCEPTED_RANGE Değişken Hedef konsantrasyon tanımlanmış kesme konsantrasyonundan yüksektir. CONCENTRATION_BELOW_ACCEPTED_RANGE Değişken Hedef konsantrasyon tanımlanmış kesme konsantrasyonunun altındadır. CORRESPONDING_CONTROL_INVALID Geçersiz Hedef geçersiz olarak ayarlanmıştır çünkü en az bir harici kontrol geçersizdir. CORRESPONDING_POSITIVE_CONTROL_TARGET_INVALID Geçersiz Hedef geçersiz olarak ayarlanmıştır çünkü karşılık gelen pozitif kontrol geçersizdir. CT_ABOVE_ACCEPTED_RANGE Değişken Saptanan C T değeri tanımlanmış C T değerinin üzerindedir. CT_BELOW_ACCEPTED_RANGE Değişken Saptanan C T değeri tanımlanmış kesme C T değerinin altındadır. FLUORESCENCE_TOO_LOW Değişken Floresans sinyali tanımlanan floresans kesme noktasından düşüktür. FLUORESCENCE_TOO_STRONG Değişken Floresans sinyali tanımlanan floresans kesme noktasından yüksektir. IC_INVALID Geçersiz Aynı tüpte bir dahili kontrol geçersizdir. IC_NO_SIGNAL Geçersiz Aynı tüpte bir dahili kontrol için sinyal saptanmamıştır. UDT Basic Plug-in Kullanım Kılavuzu 02/

19 Bayrak Davranış Tanım INHIBITION_BY_CT Değişken O örnek için dahili kontrol C T değeri ile NTC için dahili kontrol C T değeri arasında tanımlanmış maksimum C T aralığı aşılmıştır. INHIBITION_BY_FLUORESCENCE Değişken NTC dahili kontrol floresansı ile o örnek dahili kontrol floresansı arasında tanımlanmış maksimum floresans farkı son döngü için aşılmıştır. LOW_FLUORESCENCE_CHANGE Uyarı En büyük floresans değişimi olan örnek tüpüne relatif olarak bu örnek için yüzde floresans değişimi tanımlanmış limitten düşüktür. Bu bayrak Rotor-Gene yazılımının NEG (NTC) bayrağına karşılık gelir ve sadece Rotor-Gene yazılımının NTC threshold outlier removal (NTC eşiği dışarıda kalanı çıkarma) işlevi içe aktarılan *.qit dosyasında etkinleştirilmişse belirir. Daha fazla ayrıntı için, Rotor-Gene Q Kullanım Kılavuzu (Rotor-Gene Q User Manual) belgesine başvurun. LOW_REACTION_EFFICIENCY Uyarı Bu örneğin reaksiyon etkinliği tanımlanmış bir limite ulaşmamıştır. Bu bayrak Rotor-Gene yazılımının NEG (R.Eff) bayrağına karşılık gelir ve sadece Rotor-Gene yazılımının Reaction Efficiency Threshold outlier removal (Reaksiyon Eşiği dışarıda kalanı çıkarma) işlevi içe aktarılan *.qit dosyasında etkinleştirilmişse belirir. Daha fazla ayrıntı için, Rotor-Gene Q Kullanım Kılavuzu (Rotor-Gene Q User Manual) belgesine başvurun. MAX_CORRELATION_IN_STANDARD_CURVE_EXCEEDED Değişken R 2 değeri için bir üst sınır veya R değeri için bir üst sınır aşılmıştır. UDT Basic Plug-in Kullanım Kılavuzu 02/

20 Bayrak Davranış Tanım MAX_EFFICIENCY_EXCEEDED Değişken Reaksiyon verimliliği için üst limit aşılmıştır. MULTI_THRESHOLD_CROSSING Geçersiz Amplifikasyon eğrisi eşiği birden fazla kere geçer. Belirsiz olmayan bir C T saptanamamıştır. Bu bayrak Rotor-Gene yazılımının NEG (Multi C T ) bayrağına karşılık gelir. Daha fazla ayrıntı için, Rotor-Gene Q Kullanım Kılavuzu (Rotor- Gene Q User Manual) belgesine başvurun. NO_CT_DETECTED Değişken Bu hedef için C T saptanmamıştır. NORM_FACTOR_ALTERATION Uyarı Normalizasyon işlemi sırasında sapma. Amplifikasyon eğrisi varsayılan normalizasyonla gösterilir; sonuçların doğruluk açısından manuel kontrolü gerekir. OTHER_IC_INVALID Geçersiz Başka bir tüpte bir dahili kontrol geçersizdir. OTHER_IC_NO_SIGNAL Geçersiz Başka bir tüpte bir dahili kontrol için sinyal saptanmamıştır. OTHER_TARGET_INVALID Geçersiz Başka bir tüpte hedef geçersizdir. OUT_OF_COMPUTATION_RANGE Geçersiz Bu örnek için konsantrasyon hesabı teknik sınırı aşmaktadır. TOO_LESS_CORRELATION_IN_STANDARD_CURVE Değişken R 2 değeri için alt sınır veya R değeri için bir alt sınıra ulaşılmamıştır. TOO_LESS_EFFICIENCY Değişken Reaksiyon verimliliği için alt sınıra ulaşılmamıştır. TOO_MANY_QUANTIFICATION_STANDARDS_INVALID Değişken Geçersiz kantifikasyon standartları sayısı gerekli minimum sayıyı aşar. UDT Basic Plug-in Kullanım Kılavuzu 02/

21 Bayrak Davranış Tanım UNCERTAIN Variable Değişken Otomatik veri tarama (AUDAS) sonuçları temel analiz sonuçlarıyla çatışmaktadır. Belirsiz olmayan otomatik veri doğruluğu değerlendirmesi mümkün değildir. UNEXPECTED_CT_DETECTED Değişken Amplifiye olmaması gereken bir hedef için bir C T değeri saptanmıştır. UPSTREAM Değişken Örnek durumu yukarı doğru bir süreçle (örn. QIAsymphony Assay Setup içinden) geçersiz veya açık değil olarak onaylanmıştır. Not: Yukarı doğru süreçlerden unclear bayrakları için Rotor-Gene AssayManager davranışı Test Profilinde değil Configuration ortamında tanımlanır. Yukarı doğru süreçlerden Invalid bayrakları Rotor-Gene Assay Manager'da daima geçersiz bir karşılık gelen örnekle sonuçlanır. Bakınız Temel analiz, sayfa 85. Bakınız Test ve örnek analizi, sayfa Development ortamı UDT basic plug-in Development ortamı kullanıcının kendi test profillerini tasarlamasını mümkün kılar. Karşılık gelen testlerin daha önce standart Rotor-Gene Yazılımı kullanılarak optimize edilmiş olması gerekir. Rotor-Gene Yazılımından Rotor-Gene deney ve kantitasyon analizi şablon dosyaları Rotor-Gene AssayManager'a içe aktarılabilir ve bir test profiline tamamlanabilir Genel iş akışı test profili geliştirme Bir test profili mevcut bir test profilinin modifiye edilmesi veya yeni verinin oluşturulmasıyla oluşturulabilir. Test profili düzenleyicisindeki genel iş akışı sekiz sekmeye tekrar bölünmüş sekiz adım içerir. Test geliştirici Run profile (Çalışma profili) ve Core analysis (Temel analiz) hariç her adıma gerekli bilgileri girer. Burada, gerekli bilgiler *.ret (Rotor-Gene deney şablonu) ve *.qut (kantitasyon analizi şablonu) dosyaları kullanılarak Rotor-Gene Q Yazılımından içe aktarılabilir. Test profili tüm bilgiler girildikten sonra ve hatta bulunmadığında Rotor-Gene AssayManager veri tabanına içe aktarılabilir. UDT Basic Plug-in Kullanım Kılavuzu 02/

22 Yeni test profili Mevcut test profili TEST PROFİLİ DÜZENLEYİCİ *.ret dosyası Rotor-Gene Q uygulaması *.qut dosyası Genel bilgi Uyumluluk Çalışma profili Hedefler Örnekler Temel analiz Versiyon No. Açıklama Materyal No. APS Rotor tipi Reaksiyon hacmi Başka test profilleriyle uyumluluk Optik konfigürasyon Tip Kanal İsim Sipariş Konsantrasyon Kanal Tüp sayısı A Standartlar ve kontrollerde hedefler/ic için kurallar B Standart eğri için kurallar C Test için analiz kuralları D Test için analiz kuralları E Örneklerde hedefler/ic için kurallar Test ve örnek analizi Genel GUI tanımı Development ortamı şu unsurları içerir: UDT Basic Plug-in Kullanım Kılavuzu 02/

23 Başlat düğmeleri Sekmeler Mesaj alanı Düğme çubuğu Çalışma alanı Başlat düğmeleri Sekmeler Messages (Mesajlar) alanı Çalışma alanı Düğme çubuğu Başlat düğmeleri Başlat düğmeleri test profili geliştirme konusunda çalışmaya başlamak için kullanılır. Bir kullanıcı Development ortamına geçtiğinde sadece iki başlatma düğmesi etkinleştirilir: UDT Basic Plug-in Kullanım Kılavuzu 02/

24 Bir test profili yeni bir test profilinin oluşturulması ( New assay profile... düğmesi) veya mevcut bir test profilinin açılıp modifiye edilmesiyle ( Open assay profile... düğmesi) özelleştirilebilir. Sekmeler Bir test profilini oluşturmak/modifiye etmenin tüm süreci sekiz farklı sekmeye bölünmüştür: General Information (Genel Bilgi) Compatibility (Uyumluluk) Run Profile Targets (Hedefler) Samples (Örnekler) AUDAS Temel Analiz Test ve Örnek Analizi Çalışma alanı Çalışma alanının içeriği ve düzeni aktif sekmeye bağlıdır. UDT Basic Plug-in Kullanım Kılavuzu 02/

25 Messages (Mesajlar) alanı Mesajlar alanı mevcut adımla ilişkili tüm uyarılar, hatalar ve bilgiyi içerir. Düğme çubuğu Ekranın altındaki düğme çubuğu test adı, kısa isim ve profil versiyonu General Information alt sekmesinde tanımlanır tanımlanmaz kullanılabilir. Düğme çubuğu test profilini kaydetmek ve hazır olduktan sonra test profilini test etmek için iki düğme içerir. Tanım A Test profilini kaydedin. Eğer bu düğmeye test profili geliştirme bitmeden ve tüm zorunlu veriler girilmeden tıklanırsa şu mesaj gösterilir: Eksik verilerin test profilinin tamamlanabilmesinden önce sarı işaretli sekmelere girilmesi gerekir. Tüm zorunlu veriler girilirse Save assay profile as... (Test profilini farklı kaydet) düğmesine tıklanması şu iletişim kutusunu açar: UDT Basic Plug-in Kullanım Kılavuzu 02/

26 Kullanıcı Assay profile is final (Test profili son durumda) kontrol kutusunu etkin hale getirmelidir. Daha sonra kullanım için Configuration ortamına sadece bu seçenek etkinleştirilmiş test profilleri içe aktarılabilir. B Geliştirilmiş test profilini test edin ve daha önce bitmiş bir PCR deneyinin sanal analizini yapın. Bu düğmenin açılması Rotor-Gene Yazılımı ve hatta Rotor-Gene AssayManager ile yapılmış bir deneyden bir *.rex dosyasının yüklenmesi olasılığıyla bir ekran açar. Daha ileri ayrıntılar ve adım adım işlem için bakınız Bir test profilinin test edilmesi, sayfa Development ortamını kullanma Development ortamı sıfırdan başlayarak veya mevcut bir test profilini modifiye ederek yeni bir test profili oluşturmak için kullanılır. Her iki alternatifin iş akışı aynıdır ancak mevcut bir test profilini modifiye etmenin farklı bir başlangıç noktası vardır: mevcut bir test profili açılmalıdır. Oluşturulan veya modifiye edilmiş test profili son basamakta test edilebilir. Development ortamına tahsis edilmiş işlemler: Bir Test Profili Oluşturma, sayfa 27 Bir test profilini modifiye etme, sayfa 71 UDT Basic Plug-in Kullanım Kılavuzu 02/

27 Bir test profilini test etme, sayfa 72 İlk iki işlemi yapmak için Rotor-Gene uygulamasından ek dosyalar gereklidir. Bu işlemler iki ayrı konuda tanımlanmıştır: Rotor-Gene yazılımında *.qut dosyaları oluşturma, sayfa 74 Bir *.ret dosyası oluşturma, sayfa 76 Bir test profili oluşturma Bir test profili oluşturmak için adımlar Development ortamında yer alır. Development ortamının davranışı Yeni bir test profili oluşturulduğunda, ilk beş sekme aktive edilir ve sarı renklidir. Save assay profiles as... ve Start testing assay profile (Test profilini test etmeye başla) düğmeleri düğme çubuğunda başlangıçta devre dışıdır. Bu düğmeler eğer General Information sekmesinin zorunlu alanlarında geçerli değerler girilirse etkinleştirilir. Bu durum bir test profilini kaydedip daha sonra üzerinde çalışmaya devam etmeyi mümkün kılar. Targets ve Samples sekmesinde yeni hedefler ve örnekler oluşturmak için düğmeler başlangıçta devre dışıdır ve Run Profile sekmesinde bir *.ret dosyası yüklenirse etkinleştirilir. Bir hedef tanımlandıktan sonra AUDAS ve Core Analysis sekmeleri etkinleştirilir. Samples sekmesinde bir örnek tanımlandığında Assay & Sample Analysis sekmesi etkinleştirilir. Create new assay profile (Yeni test profili oluştur) düğmesine tıklanmış *.ret dosyası yüklendi Hedef tanımlanmış Test adı Kısa ad Girilen versiyon no. *.qut dosyası yüklendi Örnek tanımı Genel bilgi sekmesi: Test adı Short name (Kısa ad) Girilen versiyon no. Düğme çubuğundaki düğmeler etkinleştirilmiş UDT Basic Plug-in Kullanım Kılavuzu 02/

28 Bir test profili oluşturmak için adım adım işlem Ön koşullar: Run profile ve Core Analysis adımlarında en az bir *.qut dosyası ve bir *.ret dosyası gereklidir. Bu dosyaların Rotor-Gene yazılımıyla oluşturulması gerekir. Ayrıntılar burada bulunabilir: Rotor-Gene yazılımında*.qut dosyaları oluşturma, sayfa 74 Bir *.ret dosyası oluşturma, sayfa Development ortamına geçmek için Development simgesine tıklayın. 2. Development ortamı açılır. Bu başlangıç durumunda sadece Open assay profile... ve New assay profile... şeklinde iki düğme etkinleştirilmiştir. Tüm diğer unsurlar devre dışıdır. 3. New assay profile... kısmına tıklayın. UDT Basic Plug-in Kullanım Kılavuzu 02/

29 4. Select plug-in diyaloğu açılır. 5. Plug-in and version aşağı açılır listesinden UDT basic girdisini seçin. 6. OK kısmına tıklayın. 7. Diyalog kapanır. İlk beş sekme etkindir. Sekmeler zorunlu girdilerin eksik olduğunu belirtmek için yeşil renklidir. General Information sekmesi aktiftir; Assay name, Short name ve Profile version alanları da sarı renklidir. Messages alanı karşılık gelen mesajları gösterir. 8. Assay name alanına 40 karaktere kadar bir test profili adı girin. 9. Short name alanına 6 karaktere kadar bir kısa ad girin. UDT Basic Plug-in Kullanım Kılavuzu 02/

30 10. Test profili versiyonunu girin. 11. General Information sekmesinde opsiyonel adımlar: Bir açıklama girin Comment (Yorum) alanına bu test profiline spesifik bir not girin. Bir kit materyal numarasını tanımlayın Kullanıcı test profiliyle kombinasyon halinde kullanılması gereken test kitleri için kit materyal numaralarını tanımlayabilir. Çalışma listesi kurulumu sırasında girilen veya QIAsymphony AS sonuç dosyasından aktarılan materyal dosyası burada girilen materyal numarasıyla eşleşmelidir. Aksi halde çalışma başlatılamaz. a) New material number kısmına tıklayın. Yeni bir materyal numarası sırası yerleştirilir ve sarı renklidir. b) Bir materyal sayısı girin. Yeni materyal numarası Kit material number (Kit materyali numarası) tablosunda gösterilir. Ek materyal numaraları için adım a b'yi tekrarlayın. Not: Bir materyal numarasını gidermek için simgesine tıklayın. Bir test profilini kantitatif olarak tanımlayın Testi kantitatif olarak tanımlamak için Assay is quantitative (Test kantitatiftir) kontrol kutusunu aktive edin. Bu durumda en az bir kantitatif hedef eklenmelidir. Not: Eğer test, kantifikasyon standardı içermiyorsa kontrol kutusu işaretli olmamalıdır. Örnek transferi ve başlangıç hacmini tanımlayın Orijinal örnek materyali için otomatik hedef konsantrasyonu hesaplamayı etkinleştirmek için Define sample transfer UDT Basic Plug-in Kullanım Kılavuzu 02/

31 and initial elution volume (Örnek transferi ve başlangıç elüsyon hacmini tanımla) kontrol kutusunu aktive edin. a. Define sample transfer and initial volume (Örnek transferi ve başlangıç hacmi tanımla) kontrol kutusunu etkinleştirin. Sample transfer volume (Örnek transferi hacmi) ve Initial elution volume (Başlangıç elüsyon hacmi) alanları etkinleştirilmiştir ve sarı renklidir. b. Sample transfer volume alanına nükleik asit saflaştırma sürecine aktarılacak örnek hacmini girin. c. Initial elution volume alanına başlangıçta elüsyon için kullanılan hacmi girin. Oluşan konsantrasyon faktörü Rotor-GeneAssay Manager tarafından Calculated concentration factor (Hesaplanan konsantrasyon faktörü) alanında otomatik olarak hesaplanacaktır. Bu bilgi girilmezse Rotor-Gene AssayManager tarafından sadece elütteki hedef konsantrasyon hesaplanabilir. Bir test parametre seti (APS) tanımlayın QIAsymphony nükleik asit saflaştırma ve test kurulumu için kullanılırken örnek ve işlem bilgisi Rotor-Gene AssayManager'a aktarılabilir. QIAsymphony bilgisini doğru test profiliyle birleştirmek için atanmış test parametre seti adını girmek üzere New APS kısmına tıklayın. Test profilindeki APS adının QIAsymphony AS sonuç dosyasındaki APS adıyla tam olarak eşleşmesi gerekir; aksi halde sonuç dosyasının Rotor-Gene AssayManager içine aktarılması mümkün olmaz. UDT Basic Plug-in Kullanım Kılavuzu 02/

32 a. New APS kısmına tıklayın. Yeni bir APS sırası yerleştirilir ve sarı renklidir. b. Bir APS adı girin. Yeni APS adı QIAsymphony içe aktarma parametreleri tablosunda gösterilir. c. Test parametresi seti orijinal olarak QIAGEN'dense QIAGEN original kontrol kutusunu etkinleştirin. Aksi halde devre dışı bırakın. Ek APS adları için adım a c'yi tekrarlayın. Not: APS adını çıkarmak gidermek için simgesine tıklayın. 12. Test profilinin uyumluluk parametrelerini ayarlamak için Compatibility sekmesine geçin. Bu diyaloğun özellikleri test uyumluluğunu sadece test doğrulamanızda test ettiğiniz rotorlar, hacimler veya alet tiplerine sınırlamanızı mümkün kılar. UDT Basic Plug-in Kullanım Kılavuzu 02/

33 Rotor tipi uyumluluğunu tanımlayın Test profilinin uyumlu olacağı rotor tiplerinin kontrol kutularını aktive edin. Çoklu aktivasyon mümkündür. Reaksiyon hacmini tanımlayın a. New volume kısmına tıklayın. Yeni bir reaksiyon hacmi sırası yerleştirilir ve sarı renklidir. b. Bir reaksiyon hacmi girin. Bir ondalık ayırıcısının girilmesi gerektiğinde bilgisayar sisteminizin dil konfigürasyonu ondalık ayırıcısının virgül mü nokta mı olması gerektiğini tanımlar. Örneğin bir Alman sisteminde ondalıklar için virgül (25,5 µl) kullanılmalıdır. Bir Amerikan sisteminde ondalıklar için nokta (25.5 µl) kullanılmalıdır. Yeni reaksiyon hacmi Reaction vol. tablosunda gösterilir. Ek reaksiyon hacimleri eklemek için adım a. ve b.'yi tekrarlayın. Diğer test profillerine döngüleme uyumluluk koşullarını tanımlayın Cycling compatibility to other assay profiles (Diğer test profillerine döngüleme uyumluluğu) alanında üç seçenek UDT Basic Plug-in Kullanım Kılavuzu 02/

34 mevcuttur: Restricted by cycling profile (default) (Döngüleme profiliyle sınırlı (varsayılan)) Exclusive use only (Sadece münhasır kullanım) Restricted by cycling group (Döngüleme grubuyla sınırlı) Aynı sıcaklık döngüleme koşullarını paylaşan test profilleri aynı rotorda paralel olarak uygulanabilir. Test profili tıpatıp aynı döngüleme koşulları geçerli olsa bile diğer test profilleriyle kombine edilemez. Test profili aynı döngüleme grubunu paylaşan diğer test profilleriyle uygulanabilir. Bu seçeneği kullanırken bir döngüleme grubu adı girilmelidir. Bu isim uyumlu olması gereken diğer test profillerinin döngüleme grubu adıyla eşleşmelidir. Aynı döngüleme grubunu paylaşan test profillerinin aynı sıcaklık döngüleme koşullarını paylaşmaları gerekir. Optik konfigürasyon uyumluluk parametrelerini tanımlayın Test profilinin Rotor-Gene Q aletlerinde herhangi bir optik konfigürasyonla uygulanıp uygulanamayacağını belirleyin veya optik konfigürasyonu uygun optik konfigürasyon seçeneğini seçerek sınırlayın. Unrestricted (Sınırsız) test profilinin teknik olarak uyumlu her Rotor-Gene Q cihazına uygulanabileceği anlamına gelir. Restricted (Sınırlı) test profilinin sadece aşağıdaki adımda tanımlanan optik konfigürasyonların olduğu bir Rotor-Gene Q cihazına uygulanabileceği anlamına gelir. Test profilinin sınırlanacağı optik konfigürasyonun kontrol kutusunu aktive edin. Çoklu optik konfigürasyon seçmek mümkündür. UDT Basic Plug-in Kullanım Kılavuzu 02/

35 Rotor-Gene Q aletinin optik konfigürasyonunun ayrıntıları için kurulumunun ayrıntıları için Rotor-Gene Q Kullanıcı El Kitabına (Rotor-Gene Q User Manual) bakınız. Not: Test profilleri asla test profilinin gerektirdiğinden daha az alma kanalı olan Rotor-Gene Q aletlerine uygulanamaz. Bu Rotor-Gene AssayManager tarafından önlenir. Optical configuration (Optik konfigürasyon) alanı test profili geliştirici tarafından ek uyumluluk kuralları ayarlamak üzere kullanılır, örneğin test profili teknik olarak bir 2plexor 2plex HRM aletiyle uyumlu olsa da sadece 5plex HRM aletleri için geçerli olmalıdır. 13. Bir *.ret dosyası yüklemek için Run Profile sekmesine geçin. 14. Load *.ret file (*.ret dosyası yükle) kısmına tıklayın. Dosya seçme diyaloğu açılır. 15. *.ret dosyasını içeren dizine göz atın, bunu seçin ve OK tıklayın. 16. *.ret dosyası yüklenir ve çalışma profili parametreleri gösterilir: UDT Basic Plug-in Kullanım Kılavuzu 02/

36 Çalışma profili üç kısma bölünür: Automatic gain control (Otomatik Kazanç Kontrolü) Channels (Kanallar) Temperature profiles and acquisitions (Sıcaklık profilleri ve almaları) Not: Çalışma ayarları Rotor-Gene AssayManager kullanılarak değiştirilemez. 17. Otomatik kazanç optimizasyonunu sadece Rotor-Gene yazılımında çalışma ayarlama sırasında tanımlanmış bir rotor pozisyonunda değil tüm ayrılmış rotor pozisyonlarında uygulamak için ekranın altındaki Use auto-gain over all tubes of the assay (Testin tüm tüplerinde otomatik kazanç kullan) kontrol kutusunu aktive edin. Eğer Use auto-gain over all tubes of the assay işaretlenirse, testin tüm tüplerinde ölçülen medyan floresans kazanç ayarını optimize etmek için kullanılır. Bu seçenek o test profilinde tanımlanan adımlar ve tüm farklı alma kanallarına uygulanır. 18. Hedefleri tanımlamak için Target (Hedef) sekmesine geçin. UDT Basic Plug-in Kullanım Kılavuzu 02/

37 19. Test profili için hedefleri tanımlamak üzere New target... (Yeni hedef...) kısmına tıklayın. Aşağıdaki diyalog kutusu açılır: UDT Basic Plug-in Kullanım Kılavuzu 02/

38 20. Type aşağı açılır listesinden bir hedef tipi seçin. Not: General information sekmesinde test profili kantitatif olacak veya olmayacak şekilde ayarlanmıştır. Bu nedenle mevcut hedef tipleri Targets adımında farklılık gösterecektir: Test profili kantitatif ise: IC, Qualitative (Kalitatif) ve Quantitative (Kantitatif) seçilebilir. Test profili kantitatif değilse: IC ve Qualitative seçilebilir. 21. Target name alanına 50 karaktere kadar bir hedef adı girin. 22. Kantitatif hedefler için varsayılan konsantrasyon birimini Default unit aşağı açılır listesinden seçin. Not: Bu aşağı açılır liste sadece Quantitative tipinden hedefler için aktive edilir. UDT Basic Plug-in Kullanım Kılavuzu 02/

39 23. Acquisition (Alma) aşağı açılır listesinde PCR döngülemenin önceki sekmede yüklenmiş *.ret dosyasında tanımlanan tüm alım adımları liste halinde verilir. Farklı alma adımları PCR döngüleme sırasında almanın yapıldığı döngüleme adımı (örn. Döngüleme 1 Adım 2) ve alma kanalıyla (örn., Green, Yellow, vs.) tanımlanabilir. Aşağı açılır listeden belirli hedef için alma adımını seçin. Not: Mevcut çekim seçenekleri Run Profile sekmesine yüklenmiş *.ret dosyasına bağlıdır. 24. Hedef için varsayılan birim dışında ek konsantrasyon birimleri tahsis etmek için New unit (Yeni birim) kısmına tıklayın. Bir aşağı açılır liste belirir. Not: Bu aşağı açılır liste sadece Quantitative tipinden hedefler için kullanılabilir. 25. Ek bir birim seçin ve hedef konsantrasyonu varsayılan birimden seçilen ek birime dönüştürmek için bir faktör girin. Not: Çoklu ek birimler New unit kısmına birkaç kez tıklanarak tanımlanabilir. Örnek: Varsayılan birim: IU/ml Diğer birim: kopya/ml 1 IU/ml seçilen hedefin saptanması için 0,45 kopya/ml değerine karşılık gelir. Dönüştürme faktörü olarak 0,45 girin. UDT Basic Plug-in Kullanım Kılavuzu 02/

40 26. Tüm diğer hedefler için adım 19 25'i tekrarlayın. 27. Samples sekmesine geçin. Burada rotor üzerindeki kontroller ve farklı örneklerin düzenlenmesi kontrol edilebilir. UDT Basic Plug-in Kullanım Kılavuzu 02/

41 28. Yeni örnek profili oluşturmak için New sample kısmına tıklayın. Aşağıdaki diyalog kutusu açılır: UDT Basic Plug-in Kullanım Kılavuzu 02/

42 29. Aşağı açılır listeden bir örnek veya kontrol tipi seçin. Şu maddeler kullanılabilir: Not: Quantification Standard kontrol tipi sadece kantitatif testlerle kullanılabilir. 30. Sample name alanına 40 karaktere kadar bir örnek adı girin. 31. Renk veya çizgi tarzı düğmesine tıklayın ve örneğin amplifikasyon eğrisi için bir renk veya çizgi tarzı seçin: 32. Rotor pozisyonu sayısını tanımlayın. Spesifik örnek # tubes (tüp sayısı) alanına girilen rotor pozisyonu kadar farklı hedef için konumlandırılacak ve analiz edilecektir. Örnekler: a. Eğer hedef x'de bir rotor pozisyonunda ve hedef y ve z için iki diğer rotor pozisyonunda bir spesifik örnek analiz edilecekse 3 değeri girin. UDT Basic Plug-in Kullanım Kılavuzu 02/

43 b. Eğer örnek aynı rotor pozisyonunda (multipleks PCR) çok sayıda hedef için analiz edilecekse 1 değeri girin. c. Ayrıca örneğin bir tüpte üç hedef ve başka bir tüpte iki hedef olan multipleks bir PCR da konfigüre edilebilir. Bu durumda Tube position kısmına 2 rakamını girin. 33. Örneğe bir veya birkaç hedef tahsis etmek için New target kısmına tıklayın. Kullanılabilir aşağı açılır menü maddeleri önceki sekme Targets içinde tanımlanan hedefleri temsil eder. 34. Aşağı açılır listeden spesifik bir hedef seçin ve o örnek veya kontrol tipinde hedefin analiz edileceği tüp pozisyonunu girin. Girilen değer 1 ile o örnek veya kontrol tipi için belirtilen tüp sayısı arasında olmalıdır. Örnekler (adım 32'deki örneklerin devamı): a. # tüp sayısına 3 değeri girilirse, hedef x için tüp pozisyonu 1, hedef y için 2 ve hedef 1 için 3 olacaktır. b. Multipleks PCR için farklı tüm hedefler tüp pozisyonu 1'e tahsis edilmelidir. c. İlk 3 hedefi tüp pozisyonu 1 ve diğer 2 hedefi tüp pozisyonu 2'ye tahsis edin. Quantification Standard tipinde örnekler için önceki sekme Targets içinde tanımlanan en az bir kantitatif hedefin tahsis edilmesi gerekir. Aşağı açılır listeden kantitatif bir hedef seçilirse, verilen konsantrasyon hücresi otomatik olarak aktive edilir. UDT Basic Plug-in Kullanım Kılavuzu 02/

44 Bu kantifikasyon standardının konsantrasyonu tüp pozisyonu tanımlandıktan sonra girilebilir. Geçerliyse, bir kantifikasyon standardına birkaç kantitatif hedef de tahsis edilebilir. Bu durumda amplifikasyon sırasında çapraz etkileşim veya rekabeti önlemek için farklı kantitatif hedefler ayrı tüplerde kurulmalıdır. Quantification Standard tipinde olmayan tüm örnek ve kontrol tipleri için Given conc. hücresi devre dışı bırakılır. Çoklu hedefler New target kısmına birkaç kez tıklanarak tahsis edilebilir. Gerek kalmayan hedefler Close (Kapat) kısmına tıklanarak çıkarılabilir. Farklı örnek ve kontrol tiplerinin birbirine göre konumu belirli bir sıra seçilip bu sırayı listede yukarı veya aşağı hareket ettirmek için sıra seçme düğmeleri kullanılarak uyarlanabilir. UDT Basic Plug-in Kullanım Kılavuzu 02/

45 35. AUDAS sekmesine geçin. Not: AUDAS Automatic Data Scan (Otomatik Veri Tarama) anlamına gelir. Bu seçenek UDT basic plug-in için geçerli değildir. AUDAS alt sekmesi böylece inaktiftir ve UDT basic plug-in ile bir test profili oluşturulması için atlanması gerekir. 36. Core Analysis sekmesine geçin. Temel analiz amplifikasyon eğrilerinin normalizasyonu ve hedeflerin kantifikasyonu için algoritmalar tanımlar. Core Analysis sekmesinde parametre değerlerinin çoğu bir Rotor-Gene kantifikasyon şablonu dosyasından içe aktarılmalıdır. Bu *.qut dosyası standart Rotor-Gene yazılımında bir test analizinden sonra oluşturulabilir. *.qut dosyaları oluşturma işlemi Rotor-Gene yazılımında *.qut dosyaları oluşturma, sayfa 74 kısmında UDT Basic Plug-in Kullanım Kılavuzu 02/

46 tanımlanmıştır. Not: Her çekim kanalı için ayrı bir *.qut dosyasının oluşturulması gerekir. 37. Target tablosundan bir hedef seçin. 38. Load.qut file kısmına tıklayın. Dosya seçme diyaloğu gösterilir. 39. *.qut dosyasını içeren dizine göz atın, bunu seçin ve OK tıklayın. Parametreler ve değerler dosyadan yüklenir ve ekranın sağında gösterilir. 40. Her tek hedef için adım 37 39'u tekrarlayın. 41. Crop cycles (Kırpma döngüleri) parametrelerini ayarlayın. *.qut dosyasının başarılı bir şekilde içe aktarılmasından sonra Crop cycles kontrol kutusu aktif hale gelir. Rotor-Gene AssayManager içinde Crop cycles işlevinin standart Rotor-Gene yazılımı içinde Crop cycles işleviyle aynı örnek analizi etkisi vardır. Eğer bu işlev o test için Rotor-Gene yazılımında örnek analizi için kullanıldıysa Rotor- Gene AssayManager içinde kullanılmalıdır. Crop cycles işlevi için değerler *.qut dosyası yoluyla içe aktarılmaz ve bu nedenle ek düzenleme gerekir. UDT Basic Plug-in Kullanım Kılavuzu 02/

47 Gerekirse, analiz için döngülemenin başından ve sonundan çıkarılması gereken döngü sayısını tanımlamak için kontrol kutusunu işaretleyin. Bu şlem belirli kimyasal maddeler kullanıldığında oluşabilecek şekilde başlangıç veya son döngülerde düz bir başlangıç çizgisinden daha büyük sapmalar görülürse faydalıdır. Crop cycles kontrol kutusunu işaretledikten sonra Remove data before cycle (Döngüden önce verileri kaldır) ve Remove data after cycle (Döngüden sonra verileri kaldır) giriş kutuları aktive olur. Bu kutulara ilgili döngü değerlerini girin. Not: Remove data after cycle için değer Remove data before cycle için değerden yüksek olmalıdır. Veri analizi için en az yedi döngü kalmalıdır. 42. Assay & Sample Analysis sekmesine geçin. Assay & Sample Analysis sekmesinde örnek kontrol ve test sonuçlarının değerlendirilmesi için farklı kurallar tanımlanabilir. Farklı kurallar altı farklı kısma bölünmüştür: A: Rules specific for targets and IC in standards and controls (A: Standartlar ve kontrollerde IC ve hedeflere spesifik kurallar) B: Rules for standard curve (B: Standart eğri için kurallar) C: Analysis rules for standards and controls (C: Test örnekleri için analiz kuralları) D: Analysis rules for the assay (D: Test için analiz kuralları) E: Rules specific for targets and IC in test samples (E: Test örneklerinde IC ve hedeflere spesifik kurallar) F: Analysis rules for test samples (F: Test için analiz kuralları) A: Rules specific for targets and IC in standards and controls Bu bölümde standartlar ve kontrollerde IC ve hedeflere spesifik kurallar tanımlanabilir. UDT Basic Plug-in Kullanım Kılavuzu 02/

48 Yeni bir kural oluşturmak için New rule kısmına tıklayın. UDT Basic Plug-in Kullanım Kılavuzu 02/

49 Hedef için birkaç kural paralel olarak tanımlanabilir. Kurallar şöyle tanımlanabilir: 1. Standard or control aşağı açılır listesinden spesifik bir harici kontrol seçilmesi. 2. Target or IC aşağı açılır listesinden spesifik bir hedef seçilmesi. 3. Rule aşağı açılır listesinden uygulanacak bir kural seçin. Şu kurallar kullanılabilir: Kural adı Kural işlevi Kurallar geçersizse bayrak Fluor. > Fluor. Fluor. < Fluor. C T > C T C T < C T Conc. >* Konsantrasyon girilecek parametre değerine üstünde olmalıdır. Normalize floresans girilecek parametre değerine eşit veya üstünde olmalıdır. Normalize floresans girilecek parametre değerine altında olmalıdır. Normalize floresans girilecek parametre değerine eşit veya altında olmalıdır. C T değeri girilecek parametre değerine üstünde olmalıdır. C T değeri girilecek parametre değerinin eşit veya üstünde olmalıdır. C T değeri girilecek parametre değerinin altında olmalıdır. C T değeri girilecek parametre değerinin altında olmalıdır. Konsantrasyon girilecek parametre değerine üstünde olmalıdır. FLUORESCENCE_TOO_LOW FLUORESCENCE_TOO_LOW FLUORESCENCE_TOO_STRONG FLUORESCENCE_TOO_STRONG CT_BELOW_ACCEPTED_RANGE CT_BELOW_ACCEPTED_RANGE CT_ABOVE_ACCEPTED_RANGE CT_ABOVE_ACCEPTED_RANGE CONCENTRATION_BELOW_ACCEPTED_RANGE UDT Basic Plug-in Kullanım Kılavuzu 02/

50 Kural adı Kural işlevi Kurallar geçersizse bayrak Conc. * Conc. <* Conc. * Has no C T (C T yok) Konsantrasyon girilecek parametre değerine eşit veya üstünde olmalıdır. Konsantrasyon girilecek parametre değerine altında olmalıdır. Konsantrasyon girilecek parametre değerine eşit veya altında olmalıdır. Amplifikasyon eğrisinin C T değeri olmayabilir. CONCENTRATION_BELOW_ACCEPTED_RANGE CONCENTRATION_ABOVE_ACCEPTED_RANGE CONCENTRATION_ABOVE_ACCEPTED_RANGE UNEXPECTED_CT_DETECTED Has a C T (C T Amplifikasyon eğrisinin mutlaka C T değeri olmalıdır. NO_CT_DETECTED var) * Bu kurallar sadece kantitatif hedefler için kullanılabilir. Bunlar sadece geçerli bir standart eğri hesaplanmışsa uygulanacaktır. 4. Seçilen kural için geçerliyse, Parameters giriş kutusunda bir parametre değeri girin. Farklı parametreler için giriş formatı şöyledir: Parametre Fluorescence (Floresans) CT value (C T değeri) Concentration (Konsantrasyon) Parametre değeri formatı Normalize floresans için 0 ile 100 arasında bir değer girin. 1 ile 100 arasında bir C T değeri girin. Değer çalışmanın döngü sayısından yüksek olamaz. Bir konsantrasyon değeri girin. Bu değerin varsayılan konsantrasyon biriminde olması gerekir ve elütteki hedef konsantrasyonla ilişkilidir. Varsayılan konsantrasyon birimi Targets sekmesinde gösterilir. 5. Flag if rule fails (Kural başarısız olursa bayrak) sütunu hedefe tahsis edilen ve kural başarısız olursa gösterilen bayrağı gösterir. Örnek: 6. Konfigüre edilen kural başarısızsa standartların kantitatif hedef sonucu geçersiz olarak ayarlanacaksa Inv. (Geçersiz) sütunundaki kontrol kutusunu işaretleyin. Kontrol kutusu işaretliyse, bayrak sadece bir "uyarı" olarak gösterilecek ve eğer bu hedef için geçersiz bir sonuca neden olan başka bir kural veya koşul yoksa hedef geçerli olacaktır. UDT Basic Plug-in Kullanım Kılavuzu 02/

51 B: Rules for standard curve Bu bölümde kantitatif bir testin standart eğrisine spesifik kurallar tanımlanabilir. Test kantitatif değilse o kısımda kural tanımlanamaz. Yeni bir kural oluşturmak için New rule kısmına tıklayın. Birkaç kural paralel olarak tanımlanabilir. Kurallar şöyle tanımlanabilir: 1. Kuralın tanımlanacağı hedefi seçin. Aşağı açılır listede sadece kantitatif hedefler bulunabilir. UDT Basic Plug-in Kullanım Kılavuzu 02/

52 2. Rule (Kural) aşağı açılır listesinden uygulanacak bir kural seçin. Şu kurallar kullanılabilir: Kural adı Kural işlevi Kurallar geçersizse bayrak R > R R < R R 2 > R 2 R 2 < R 2 Eff. > Eff. Eff. < Standart eğrinin R değeri girilecek parametre değere eşit veya üstünde olmalıdır. Standart eğrinin R değeri girilecek parametre değere eşit veya üstünde olmalıdır. Standart eğrinin R değeri girilecek parametre değerin üstünde olmalıdır. Standart eğrinin R değeri girilecek parametre değere eşit veya altında olmalıdır. Standart eğrinin R 2 değeri girilecek parametre değere eşit veya üstünde olmalıdır. Standart eğrinin R 2 değeri girilecek parametre değere eşit veya üstünde olmalıdır. Standart eğrinin R 2 değeri girilecek parametre değerin üstünde olmalıdır. Standart eğrinin R 2 değeri girilecek parametre değere eşit veya altında olmalıdır. Reaksiyon etkinliği girilecek parametre değerine eşit veya üstünde olmalıdır. Reaksiyon etkinliği girilecek parametre değerine eşit veya üstünde olmalıdır. Reaksiyon etkinliği girilecek parametre değerinin altında olmalıdır. TOO_LESS_CORRELATION_IN_STANDARD_CURVE TOO_LESS_CORRELATION_IN_STANDARD_CURVE MAX_CORRELATION_IN_STANDARD_CURVE_EXCEEDED MAX_CORRELATION_IN_STANDARD_CURVE_EXCEEDED TOO_LESS_CORRELATION_IN_STANDARD_CURVE TOO_LESS_CORRELATION_IN_STANDARD_CURVE MAX_CORRELATION_IN_STANDARD_CURVE_EXCEEDED MAX_CORRELATION_IN_STANDARD_CURVE_EXCEEDED TOO_LESS_EFFICIENCY TOO_LESS_EFFICIENCY MAX_EFFICIENCY_EXCEEDED UDT Basic Plug-in Kullanım Kılavuzu 02/

53 Kural adı Kural işlevi Kurallar geçersizse bayrak Eff. # valid QS Reaksiyon etkinliği girilecek parametre değerine eşit veya altında olmalıdır. Geçerli kantifikasyon standartları sayısı girilecek parametre değerine eşit veya üstünde olmalıdır. MAX_EFFICIENCY_EXCEEDED TOO_MANY_QUANTIFICATION_STANDARDS_INVALID 3. Parameters giriş kutusunda bir parametre değeri girin. Farklı parametreler için giriş formatı şöyledir: Parametre R value (R değeri) Parametre değeri formatı 0 ile 1 arasında bir değer girin. R 2 value (R 2 değeri) 0 ile 1 arasında bir değer girin. Reaction efficiency (Reaksiyon etkinliği) Number of valid quantification standards (Geçerli doğrulama standardı sayısı) 0 ile 2 arasında bir değer girin (%0-200 anlamına gelir). 0 ile 100 arasında bir değer girin. Sayılar seçilen hedef için kullanılabilir kantitasyon standartları sayısına eşit veya altında olmalıdır. Lütfen uygun kantifikasyon için farklı konsantrasyonlara sahip en az iki geçersiz kantitasyon standardı gerektiğine dikkat edin. 4. Flag if rule fails (Kural başarısız olursa bayrak) sütunu hedefe tahsis edilen ve kural başarısız olursa gösterilen bayrağı gösterir. 5. Konfigüre edilen kural başarısızsa standartların kantitatif hedef sonucu geçersiz olarak ayarlanacaksa Inv. sütunundaki kontrol kutusunu işaretleyin. Kontrol kutusu işaretliyse, bayrak sadece bir warning (uyarı) olarak gösterilecek ve eğer bu hedef için geçersiz bir sonuca neden olan başka bir kural veya koşul yoksa hedef geçerli olacaktır. UDT Basic Plug-in Kullanım Kılavuzu 02/

54 C: Analysis rules for standards and controls Bu bölümde standartlar ve kontroller için spesifik analiz kuralları tanımlanabilir. Bölüm C geçersiz bayraklı ayrı hedeflerin tüm standart veya kontrolün geçerliliği üzerine etkisini tanımlar. Bu bağlamda ayrı hedefler tüm spesifik hedefler ve dahili kontroller (IC) anlamına gelir. Lütfen ister yukarıya doğru süreçle, temel analizle veya tanımlanan kurallarla, örneğin test ve örnek analizinde Bölüm A ve B içinde ayarlanmış olsun tüm geçersiz bayrak tiplerinin dikkate alındığına dikkat edin. Ayrıca Bölüm C sinyal bulunmayan bir IC'nin tüm standart veya kontrolün geçerliliği üzerine etkisini tanımlar. Bu bir örneğin doğru amplifikasyonunu izlemek için gerçek zamanlı PCR'da IC'nin özel rolünü dikkate alır. IC sinyali tek başına bu bağlamda kesin sonuç veremez ve aynı tüpte karşılık gelen hedeflerin sinyaliyle karşılaştırılmalıdır. Örneğin, IC için eksik bir sinyal sadece eksik bir amplifikasyona işaret eder ve bu durumda aynı tüpteki tüm diğer hedefler amplifikasyon göstermez. Bu bölümde tanımlanan kurallardan biri bir standart veya kontrolün spesifik bir hedefi veya IC için geçerliyse tüm standart veya kontrol analizde geçersiz olarak ayarlanır. Bu durum o standart veya kontrolün tüm hedeflerine karşılık gelen geçersiz bayraklar verilmesi anlamına gelir. Standard or control sütununda Samples alt sekmesinde tanımlandığı şekilde her standart veya kontrol liste halinde verilmiştir. Her standart veya kontrol için Rule aşağı açılır listesinden spesifik bir kural seçin. Bu kurallar katılığa göre sıralanmıştır: yani aşağı açılır listedeki ilk kural en katı olandır ve tabloda aşağıda olanlara göre daha fazla geçersiz kılmayla sonuçlanır. En düşük kural olan never invalidate (asla geçersiz hale getirme) diğer hedeflerin geçerlilik durumunda bir değişiklik olmamasıyla sonuçlanır. Kurallar aşağıdaki tabloda ayrıntılı olarak açıklanmıştır. Aşağıdaki kurallar uygulanır: UDT Basic Plug-in Kullanım Kılavuzu 02/

55 Kural sayısı Kural adı Kural işlevi Notlar 1 Invalidate if at least one target is invalid or if one IC has no signal and no other target in the same tube has a signal. (Bir hedef geçersizse veya bir IC'de sinyal yoksa ve aynı tüpte başka bir hedefte bir sinyal yoksa en az bir hedefi geçersiz hale getirin.) 2 Invalidate if one IC is invalid or if one IC has no signal and no other target in the same tube has a signal. (Bir IC geçersizse veya bir IC'de sinyal yoksa ve aynı tüpte başka bir hedefte bir sinyal yoksa geçersiz hale getirin.) Seçilen standart veya kontrolün tüm hedefleri şu durumda geçersiz olarak ayarlanır: En az bir dosya geçersizdir. veya Herhangi bir dahili kontrolde sinyal yoktur ve aynı tüpteki başka bir hiçbir hedefin bir sinyali yoktur. Seçilen standart veya kontrolün tüm hedefleri şu durumda geçersiz olarak ayarlanır: Herhangi bir dahili kontrol geçersizdir. veya Herhangi bir dahili kontrolde sinyal yoktur ve aynı tüpteki başka bir hiçbir hedefin bir sinyali yoktur. Bu, bu bölümde seçilebilecek en katı davranıştır. Standart veya kontrolün herhangi bir hedefinin geçersiz bir bayrağı varsa, (yukarı akım süreci, temel analiz veya Bölüm A veya B içinde tanımlanan kurallar tarafından belirlenmiş) tüm standart veya kontrol geçersiz olarak ayarlanır. Aynı durum eğer dahili kontrolde sinyal yoksa (C T yok) ve IC ile aynı tüpte başka hiçbir hedefte bir sinyal yoksa ve böylece PCR çalışmasının örnekte doğru amplifikasyon yapmadığına işaret ediyorsa görülür. Not: Bu çok katı kuralı herhangi bir rutin test için uygulamak önerilir. Aşağıdaki daha az katı kurallar eğer test profiliniz halen geliştiriliyorsa ve PCR amplifikasyonunuzda başka bir hedefle ilgili problem olsa bile hedef sonucunuzu görmek istiyorsanız uygulanabilir. Bu kural her durumda geçersiz IC saptar ve karşılık gelen standart veya kontrolü geçersiz hale getirir. IC için de bir eksik amplifikasyon saptanır ve standart veya kontrol geçersiz hale getirir. Kural 1 ile karşılaştırıldığında geçersiz spesifik hedeflerin standart veya kontrolün geçerliliği üzerine bir etkisi yoktur. Not: Dikkatli kullanın. Bu kural için herhangi bir IC dışı hedefin geçerlilik durumu diğer hedefler için ilgili değildir. Daha yüksek multipleks testler için bu durum bu standart ve kontrol örneği için geçersiz pozitif ve negatif kontrol hedeflerin diğer hedeflere otomatik olarak geçersiz bırakmaması sonucunu doğurabilir. UDT Basic Plug-in Kullanım Kılavuzu 02/

56 Kural sayısı Kural adı Kural işlevi Notlar 3 Invalidate if one IC is invalid or has no signal and no other target in the same tube has a signal. (Bir IC'de sinyal yoksa ve aynı tüpte başka bir hedefte bir sinyal yoksa geçersiz hale getirin.) 4 Invalidate if one IC has no signal and no other target in the same tube has a signal. (Bir IC'de sinyal yoksa ve aynı tüpte başka bir hedefte bir sinyal yoksa geçersiz hale getirin.) Seçilen standart veya kontrolün tüm hedefleri şu durumda geçersiz olarak ayarlanır: Herhangi bir dahili kontrol geçersizdir ve aynı tüpteki başka bir hiçbir hedefin bir sinyali yoktur. veya Herhangi bir dahili kontrolde sinyal yoktur ve aynı tüpteki başka bir hiçbir hedefin bir sinyali yoktur. Seçilen standart veya kontrolün tüm hedefleri şu durumda geçersiz olarak ayarlanır: Herhangi bir dahili kontrolde sinyal yoktur ve aynı tüpteki başka bir hiçbir hedefin bir sinyali yoktur. Bu kural geçersiz bir IC'yi veya IC yoluyla eksik amplifikasyonu saptar ve bu durumda bu standart veya kontrol için tüm diğer hedefleri geçersiz hale getirir. Ancak herhangi bir non-ic hedef için aynı anda amplifikasyon saptanırsa geçersiz kılmama durumu oluşmaz. Not: Dikkatli kullanın. Bu kural için herhangi bir IC dışı hedefin geçerlilik durumu diğer hedefler için ilgili değildir. Daha yüksek multipleks testler için bu durum bu standart ve kontrol örneği için geçersiz pozitif ve negatif kontrol hedeflerin diğer hedeflere otomatik olarak geçersiz bırakmaması sonucunu doğurabilir. Bu kural sadece IC için eksik bir sinyal yoluyla eksik amplifikasyonu saptar ve bu durumda bu standart veya kontrol için tüm diğer hedefleri geçersiz hale getirir. Not: Dikkatli kullanın. IC'nin başka herhangi bir nedenle geçersiz hale getirilmesi bu standart veya kontrolde diğer hedeflerde karşılık gelen geçersizlikle sonuçlanmaz. Ayrıca bu kural için herhangi bir IC dışı hedefin geçerlilik durumu diğer hedefler için ilgili değildir. Daha yüksek multipleks testler için bu durum bu standart ve kontrol örneği için geçersiz pozitif ve negatif kontrol hedeflerin diğer hedeflere otomatik olarak geçersiz bırakmaması sonucunu doğurabilir. UDT Basic Plug-in Kullanım Kılavuzu 02/

57 Kural sayısı Kural adı Kural işlevi Notlar 5 Never invalidate (Asla geçersiz hale getirme) Seçilen standart veya kontrol analizin o kısmı tarafından asla geçersiz olarak ayarlanmaz. Bu ayarda hedefler arasında birbirlerine bağımlı olma durumu yoktur. Ancak önceki basamaklardan bayrakları olan tüm ayrı hedefler bayraklarını ve herhangi bir invalid durumunu korurlar. Not: Dikkatli kullanın: Herhangi bir hedef için herhangi bir geçersizlik bu standart veya kontrol için başka herhangi bir hedefin geçersizliğiyle sonuçlanmaz. Kural 1 için örnekler: Örnek 1a Bir dupleks testin pozitif kontrol örneği. Pozitif kontrol aynı tüp içinde bir hedef (PC_1) ve bir dahili kontrolden (IC) oluşur. Hedef PC_1 için Bölüm A içinde tanımlanmış sadece bir kural vardır: C T, PC_1 < 30 (geçersiz kabul et, kurallar karşılanmazsa) Kural 1 uyarınca PC_1 o zaman sadece şu durumda geçerlidir 1. C T, PC_1 < 30 ve bu hedef için başka geçersiz bayrağı yok ve IC geçerli ve sinyali var. 2. C T, PC_1 < 30 ve bu hedef için başka geçersiz bayrak yok ve IC geçerli ama sinyali yok. İkinci durum örneğin IC sinyalini baskılayan yüksek bir PC_1 konsantrasyonuyla oluşabilir. Lütfen ikinci durumunda geçersiz kılınması gerektiğine dikkat edin; IC için Bölüm A içinde IC has a signal gibi ek bir geçerli olmama kuralı tanımlanabilir. Örnek 1b Aynı dupleks test için NTC. Hedef NTC için Bölüm A içinde tanımlanmış sadece bir kural vardır: NTC sinyali yok (geçersiz kabul et, kurallar karşılanmazsa) Kural 1 uyarınca, NTC o zaman sadece NTC has no signal (NTC sinyali yok) ise ve bu hedef için başka bir geçersiz bayrak yoksa ve IC geçerli ve bir sinyali varsa geçerlidir. Lütfen IC has no signal ve NTC has no signal durumunda bu kuralı NTC'yi doğru şekilde geçersiz hale getirdiğine dikkat edin, çünkü IC doğru bir amplifikasyon saptamamıştır. Örnek 1c Bir 3 katlı test (tümü aynı tüpte iki spesifik hedef ve bir IC) geçersiz bir IC veya geçersiz bir spesifik hedefli bir kontrol içerir (ister yukarı akış süreci, kor analiz veya Bölüm A veya B içinde tanımlanmış kurallara göre geçersiz olarak ayarlanmış olsun). Kural 1 uyarınca, kontrol geçersiz olarak ayarlanır (tüm hedeflere [spesifik olanlar ve IC] geçersiz bayrağı konur). UDT Basic Plug-in Kullanım Kılavuzu 02/

58 Örnek 1d Bir 3 katlı test (tümü aynı tüpte iki spesifik hedef ve bir IC) herhangi bir hedefte sinyal olmadan bir kontrol içerir ama geçersiz bayrağı yoktur. Kural 1 uyarınca, kontrol geçersiz olarak ayarlanır (tüm hedeflere [spesifik olanlar ve IC] geçersiz bayrağı konur) çünkü PCR sürecinin örneği doğru şekilde amplifiye etmediği açıktır. Örnek 1e Örneğin 4 tüpe bölündüğü bir test her tüpte spesifik bir hedef ve karşılık gelen bir IC (toplam 8 hedef) içerir. Spesifik bir hedef veya bir IC'de geçersiz bayrağı vardır (ister yukarı akım süreci, temel analiz veya Bölüm A veya B içinde tanımlanan kurallar tarafından geçersiz olarak ayarlanmış olsun). Kural 1 uyarınca, kontrol geçersiz olarak ayarlanır (tüm hedeflere [spesifik olanlar ve IC] geçersiz bayrağı konur). Örnek 1f Örneğin 4 tüpe bölündüğü bir test her tüpte spesifik bir hedef ve karşılık gelen bir IC (toplam 8 hedef) içerir. Bir tüpte her iki hedef yani spesifik hedef ve karşılık gelen IC sinyali yoktur ama geçersiz bayrağı da yoktur. Kural 1 uyarınca, kontrol geçersiz olarak ayarlanır (tüm hedeflere [spesifik olanlar ve IC] geçersiz bayrağı konur) çünkü PCR sürecinin en az bir tüpte örneği doğru şekilde amplifiye etmediği açıktır. Kural 2 için örnekler: Örnek 2a Bir 3 katlı test (tümü aynı tüpte iki spesifik hedef ve bir IC) geçersiz bir IC veya geçersiz bir spesifik hedefli bir kontrol içerir (ister yukarı akış süreci, kor analiz veya Bölüm A veya B içinde tanımlanmış kurallara göre geçersiz olarak ayarlanmış olsun). Kural 2 uyarınca, kontrol geçerli olarak tutulur. Sadece geçersiz spesifik hedef geçersiz kalır (geçersiz bayrağı tutulur). Örnek 2b Bir 3 katlı test (tümü aynı tüpte iki spesifik hedef ve bir IC) geçersiz bir IC veya geçersiz bir spesifik hedefli bir kontrol içerir (ister yukarı akış süreci, kor analiz veya Bölüm A veya B içinde tanımlanmış kurallara göre geçersiz olarak ayarlanmış olsun). Kural 2 uyarınca, kontrol geçersiz olarak ayarlanır (tüm hedeflere [spesifik olanlar ve IC] geçersiz bayrağı konur). Örnek 2c Bir 3 katlı test (tümü aynı tüpte iki spesifik hedef ve bir IC) herhangi bir hedefte sinyal olmadan bir kontrol içerir ama geçersiz bayrağı yoktur. Kural 2 uyarınca, kontrol geçersiz olarak ayarlanır (tüm hedeflere [spesifik olanlar ve IC] geçersiz bayrağı konur) çünkü PCR sürecinin örneği doğru şekilde amplifiye etmediği açıktır. Örnek 2d Örneğin 4 tüpe bölündüğü bir test her tüpte spesifik bir hedef ve karşılık gelen bir IC (toplam 8 hedef) içerir. Spesifik bir hedefte geçersiz bayrağı vardır (ister yukarı akım süreci, temel analiz veya Bölüm A veya B içinde tanımlanan kurallar tarafından geçersiz olarak ayarlanmış olsun). UDT Basic Plug-in Kullanım Kılavuzu 02/

59 Kural 2 uyarınca, kontrol geçerli olarak tutulur. Sadece geçersiz spesifik hedef geçersiz kalır (geçersiz bayrağı tutulur). Örnek 2e Örneğin 4 tüpe bölündüğü bir test her tüpte spesifik bir hedef ve karşılık gelen bir IC (toplam 8 hedef) içerir. Bir IC'nin geçersiz bir bayrağı vardır (ister yukarı akım süreci, temel analiz veya Bölüm A veya B içinde tanımlanan kurallar tarafından geçersiz olarak ayarlanmış olsun). Kural 2 uyarınca, kontrol geçersiz olarak ayarlanır (tüm hedeflere [spesifik olanlar ve IC] geçersiz bayrağı konur). Örnek 2f Örneğin 4 tüpe bölündüğü bir test her tüpte spesifik bir hedef ve karşılık gelen bir IC (toplam 8 hedef) içerir. Bir tüpte her iki hedef yani spesifik hedef ve karşılık gelen IC sinyali yoktur ama geçersiz bayrağı da yoktur. Kural 2 uyarınca, kontrol geçersiz olarak ayarlanır (tüm hedeflere [spesifik olanlar ve IC] geçersiz bayrağı konur) çünkü PCR sürecinin en az bir tüpte örneği doğru şekilde amplifiye etmediği açıktır. Kural 3 için örnekler: Örnek 3a Bir 3 katlı test (tümü aynı tüpte iki spesifik hedef ve bir IC) geçersiz bir IC veya geçersiz bir spesifik hedefli bir kontrol içerir (ister yukarı akış süreci, kor analiz veya Bölüm A veya B içinde tanımlanmış kurallara göre geçersiz olarak ayarlanmış olsun). Kural 3 uyarınca, kontrol geçerli olarak tutulur. Sadece geçersiz spesifik hedef geçersiz kalır (geçersiz bayrağı tutulur). Örnek 3b Bir 3 katlı test (tümü aynı tüpte iki spesifik hedef ve bir IC) bir sinyal ve geçersiz bir IC'ye sahip spesifik bir hedefle bir kontrol içerir (ister yukarı akış süreci, kor analiz veya Bölüm A veya B içinde tanımlanmış kurallara göre geçersiz olarak ayarlanmış olsun). Kural 3 uyarınca, kontrol geçerli olarak tutulur. Sadece geçersiz IC hedefi geçersiz kalır (geçersiz bayrağı tutulur). Örnek 3c Bir 3 katlı test (tümü aynı tüpte iki spesifik hedef ve bir IC) belirli hedeflerde sinyal olmadan bir kontrol ve bir geçersiz IC içerir (ister yukarı akış süreci, kor analiz veya Bölüm A veya B içinde tanımlanmış kurallara göre geçersiz olarak ayarlanmış olsun). Kural 3 uyarınca, kontrol geçersiz olarak ayarlanır (tüm hedeflere [spesifik olanlar ve IC] geçersiz bayrağı konur). Örnek 3d Bir 3 katlı test (tümü aynı tüpte iki spesifik hedef ve bir IC) herhangi bir hedefte sinyal olmadan bir kontrol içerir ama geçersiz bayrağı yoktur. Kural 3 uyarınca, kontrol geçersiz olarak ayarlanır (tüm hedeflere [spesifik olanlar ve IC] geçersiz bayrağı konur) çünkü PCR sürecinin örneği doğru şekilde amplifiye etmediği açıktır. UDT Basic Plug-in Kullanım Kılavuzu 02/

60 Örnek 3e Örneğin 4 tüpe bölündüğü bir test her tüpte spesifik bir hedef ve karşılık gelen bir IC (toplam 8 hedef) içerir. Spesifik bir hedefte geçersiz bayrağı vardır (ister yukarı akım süreci, temel analiz veya Bölüm A veya B içinde tanımlanan kurallar tarafından geçersiz olarak ayarlanmış olsun). Kural 3 uyarınca, kontrol geçerli olarak tutulur. Sadece geçersiz spesifik hedef geçersiz kalır (geçersiz bayrağı tutulur). Örnek 3f Örneğin 4 tüpe bölündüğü bir test her tüpte spesifik bir hedef ve karşılık gelen bir IC (toplam 8 hedef) içerir. Spesifik bir hedefte bir sinyal vardır ama karşılık gelen IC'de geçersiz bayrağı vardır (ister yukarı akım süreci, temel analiz veya Bölüm A veya B içinde tanımlanan kurallar tarafından geçersiz olarak ayarlanmış olsun). Kural 3 uyarınca, kontrol geçerli olarak tutulur. Sadece geçersiz IC hedefi geçersiz kalır (geçersiz bayrağı tutulur). Örnek 3g Örneğin 4 tüpe bölündüğü bir test her tüpte spesifik bir hedef ve karşılık gelen bir IC (toplam 8 hedef) içerir. Spesifik bir hedefte sinyal yoktur ve IC'de geçersiz bayrağı vardır (ister yukarı akım süreci, temel analiz veya Bölüm A veya B içinde tanımlanan kurallar tarafından geçersiz olarak ayarlanmış olsun). Kural 3 uyarınca, kontrol geçersiz olarak ayarlanır (tüm hedeflere [spesifik olanlar ve IC] geçersiz bayrağı konur). Örnek 3h Örneğin 4 tüpe bölündüğü bir test her tüpte spesifik bir hedef ve karşılık gelen bir IC (toplam 8 hedef) içerir. Bir tüpte her iki hedef yani spesifik hedef ve karşılık gelen IC sinyali yoktur ama geçersiz bayrağı da yoktur. Kural 3 uyarınca, kontrol geçersiz olarak ayarlanır (tüm hedeflere [spesifik olanlar ve IC] geçersiz bayrağı konur) çünkü PCR sürecinin en az bir tüpte örneği doğru şekilde amplifiye etmediği açıktır. Kural 4 için örnekler: Örnek 4a Bir 3 katlı test (tümü aynı tüpte iki spesifik hedef ve bir IC) geçersiz bir IC veya geçersiz bir spesifik hedefli bir kontrol içerir (ister yukarı akış süreci, kor analiz veya Bölüm A veya B içinde tanımlanmış kurallara göre geçersiz olarak ayarlanmış olsun). Kural 4 uyarınca, kontrol geçerli olarak tutulur. Sadece geçersiz hedef geçersiz kalır (geçersiz bayrağı tutulur). Örnek 4b Bir 3 katlı test (tümü aynı tüpte iki spesifik hedef ve bir IC) herhangi bir hedefte sinyal olmadan bir kontrol içerir ama geçersiz bayrağı yoktur. Kural 4 uyarınca, kontrol geçersiz olarak ayarlanır (tüm hedeflere [spesifik olanlar ve IC] geçersiz bayrağı konur) çünkü PCR sürecinin en az bir tüpte örneği doğru şekilde amplifiye etmediği açıktır. Örnek 4c Örneğin 4 tüpe bölündüğü bir test her tüpte spesifik bir hedef ve karşılık gelen bir IC (toplam 8 hedef) içerir. Spesifik bir hedef veya bir IC'de geçersiz bayrağı vardır (ister yukarı akım süreci, temel analiz veya Bölüm A veya B içinde tanımlanan kurallar tarafından geçersiz olarak ayarlanmış olsun). UDT Basic Plug-in Kullanım Kılavuzu 02/

61 Kural 4 uyarınca, kontrol geçerli olarak tutulur. Sadece geçersiz hedef geçersiz kalır (geçersiz bayrağı tutulur). Örnek 4d Örneğin 4 tüpe bölündüğü bir test her tüpte spesifik bir hedef ve karşılık gelen bir IC (toplam 8 hedef) içerir. Bir tüpte her iki hedef yani spesifik hedef ve karşılık gelen IC sinyali yoktur ama geçersiz bayrağı da yoktur. Kural 4 uyarınca, kontrol geçersiz olarak ayarlanır (tüm hedeflere [spesifik olanlar ve IC] geçersiz bayrağı konur) çünkü PCR sürecinin en az bir tüpte örneği doğru şekilde amplifiye etmediği açıktır. Kural 5 için örnekler: Örnek 5a Bir 3 katlı test (tümü aynı tüpte iki spesifik hedef ve bir IC) geçersiz bir IC veya geçersiz bir spesifik hedefli bir kontrol içerir (ister yukarı akış süreci, kor analiz veya Bölüm A veya B içinde tanımlanmış kurallara göre geçersiz olarak ayarlanmış olsun). Kural 5 uyarınca, kontrol geçerli olarak tutulur. Geçersiz hedef geçersiz kalır (geçersiz bayrağı tutulur). Örnek 5b Bir 3 katlı test (tümü aynı tüpte iki spesifik hedef ve bir IC) herhangi bir hedefte sinyal olmadan bir kontrol içerir ama geçersiz bayrağı yoktur. Kural 5 uyarınca, kontrol geçerli olarak tutulur. Örnek 5c Örneğin 4 tüpe bölündüğü bir test her tüpte spesifik bir hedef ve karşılık gelen bir IC (toplam 8 hedef) içerir. Spesifik bir hedef veya bir IC'de geçersiz bayrağı vardır (ister yukarı akım süreci, temel analiz veya Bölüm A veya B içinde tanımlanan kurallar tarafından geçersiz olarak ayarlanmış olsun). Kural 5 uyarınca, kontrol geçerli olarak tutulur. Sadece geçersiz hedef geçersiz kalır (geçersiz bayrağı tutulur). Örnek 5d Örneğin 4 tüpe bölündüğü bir test her tüpte spesifik bir hedef ve karşılık gelen bir IC (toplam 8 hedef) içerir. Bir tüpte her iki hedef yani spesifik hedef ve karşılık gelen IC sinyali yoktur ama geçersiz bayrağı da yoktur. Kural 5 uyarınca, kontrol geçerli olarak tutulur. D: Analysis rules for the assay Bu bölümde, tüm teste spesifik analiz kuralları tanımlanabilir. Bu kurallar Bölüm C içinde tanımlanan kurallar nedeniyle standartlar ve kontroller için herhangi bir invalid sonucun sonuçlarını tanımlar. UDT Basic Plug-in Kullanım Kılavuzu 02/

62 Karşılık gelen analiz kuralını teste uygulamak için dört radyo düğmesinden birini seçin. Şu kurallar kullanılabilir: Kural adı Invalidate every test sample if at least one external control is invalid. (Her test örneğini en az bir harici kontrol geçersizse geçersiz hale getir.) Kural işlevi En az bir harici kontrol geçersiz olduğunda testin geçersiz olduğu her test örneği için tüm hedeflere bir bayrak ayarlanır. Eğer kural test analizi sırasında geçersiz bir harici kontrol nedeniyle uygulanırsa, test Approval ortamında Set assay to be valid kontrol kutusunun işaretlenmesiyle manuel olarak geçerli olmaya ayarlanabilir. Bu işlevsellik önce Configuration ortamında etkinleştirilmelidir. Daha fazla bilgi UDT plug-in içinde Concept of approval (Onay kavramı) düğmeleri altında bulunabilir. Invalidate a certain target in every test sample if a corresponding external control containing that target is invalid. (O hedefi içeren karşılık gelen harici kontrol geçersizse belirli bir hedefi her test örneğinde geçersiz hale getirin.) Invalidate only targets with no signal in the test samples if any positive control (normal positive controls, positive extraction controls, or quantification standards) containing that target is invalid. (Test örneğinde sinyali olmayan hedefleri sadece o hedefi içeren herhangi bir pozitif kontrol (normal pozitif kontroller, pozitif ekstraksiyon kontrolleri veya kantifikasyon standartları) sinyal vermiyorsa geçersiz hale getirin.) Never invalidate samples. (Örnekleri asla geçersiz hale getirmeyin.) Bazı test örneği hedefleri aynı hedefi içeren herhangi bir standart veya kontrol geçersiz olarak ayarlanmışsa geçersiz olarak ayarlanır. Bazı test örneklerinin hedefleri hedef sonucu "No signal" şeklindeyse ve aynı hedefle ilgili herhangi bir pozitif kontrol geçersiz olarak ayarlanmışsa geçersiz olarak ayarlanır. Örnekler analizin bu kısmı tarafından asla geçersiz olarak ayarlanmaz. Not: Aşağı açılır menüdeki kurallar katılık açısından azalan sırayla sıralanmıştır. E: Rules specific for targets and IC in the test samples Bu bölümde, test örneklerinde dahili kontrol ve hedeflere spesifik analiz kuralları tanımlanabilir. Hedef için birkaç kural paralel olarak tanımlanabilir. UDT Basic Plug-in Kullanım Kılavuzu 02/

63 Yeni bir kural oluşturmak için New rule kısmına tıklayın. 3. Target or IC aşağı açılır listesinden spesifik bir hedef seçin. 4. Rule (Kural) aşağı açılır listesinden uygulanacak bir kural seçin. Şu kurallar kullanılabilir: Kural adı Kural işlevi Kurallar geçersizse bayrak Fluor. > Konsantrasyon girilecek parametre değerine üstünde olmalıdır. FLUORESCENCE_TOO_LOW UDT Basic Plug-in Kullanım Kılavuzu 02/

64 Kural adı Kural işlevi Kurallar geçersizse bayrak Fluor. Fluor. < Fluor. Normalize floresans girilecek parametre değerine eşit veya üstünde olmalıdır. Normalize floresans girilecek parametre değerine altında olmalıdır. Normalize floresans girilecek parametre değerine eşit veya altında olmalıdır. FLUORESCENCE_TOO_LOW FLUORESCENCE_TOO_ STRONG FLUORESCENCE_TOO_ STRONG C T > C T değeri girilecek parametre değerine üstünde olmalıdır. CT_BELOW_ACCEPTED_RANGE C T C T değeri girilecek parametre değerinin eşit veya üstünde olmalıdır. CT_BELOW_ACCEPTED_RANGE C T < C T değeri girilecek parametre değerinin altında olmalıdır. CT_ABOVE_ACCEPTED_RANGE C T C T değeri girilecek parametre değerinin altında olmalıdır. CT_ABOVE_ACCEPTED_RANGE Conc. >* Konsantrasyon girilecek parametre değerine üstünde olmalıdır. CONCENTRATION_BELOW_ ACCEPTED_RANGE Conc. * Konsantrasyon girilecek parametre değerine eşit veya üstünde olmalıdır. CONCENTRATION_BELOW_ ACCEPTED_RANGE Conc. <* Konsantrasyon girilecek parametre değerine altında olmalıdır. CONCENTRATION_ABOVE_ ACCEPTED_RANGE Conc. * Konsantrasyon girilecek parametre değerine eşit veya altında olmalıdır. CONCENTRATION_ABOVE_ ACCEPTED_RANGE Has no C T Amplifikasyon eğrisinin C T değeri olmayabilir. UNEXPECTED_CT_DETECTED Has a C T Amplifikasyon eğrisinin mutlaka C T değeri olmalıdır. NO_CT_DETECTED UDT Basic Plug-in Kullanım Kılavuzu 02/

65 Kural adı Kural işlevi Kurallar geçersizse bayrak Inhibition by C T (C T ile inhibisyon) C T ile inhibisyon testi için bu kuralın bir test örneğinin her ayrı hedefine uygulanması gerekir. Kuralın bir dahili kontrole veya başka bir hedefe uygulanmasına bağlı olarak farklı bir anlamı olduğuna dikkat edin. İnhibisyon testi sadece bir örneğin tüm hedeflerinin aynı tüpte analiz edildiği multipleks PCR için faydalıdır. Eğer bu kural IC olmayan bir hedefe uygulanırsa: İnhibisyon kuralının uygulanacağı minimum C T değerini girin. Bu hedefin C T değeri girilen değerden büyükse veya hiç sinyal yoksa inhibisyon kontrolü uygulanacaktır. Girilen C T değeri aşılmazsa veya başka bir test hedefinin bir sinyali varsa inhibisyon kontrolü uygulanmayacaktır. IC'ye uygulanırsa: Test örneğinin dahili kontrolünün C T değeri ile NTC'lerin dahili kontrolünün ortalama C T değeri arasındaki farkın girilecek değerden düşük olması gerekir. x = (test örneği IC için C T ) (tüm NTC IC'leri için C T ) x girilecek değerin altında olmalıdır. INHIBITION_BY_CT UDT Basic Plug-in Kullanım Kılavuzu 02/

66 Kural adı Kural işlevi Kurallar geçersizse bayrak Inhibition by fluorescence (Floresans ile inhibisyon) Floresans ile inhibisyon testi için bu kuralın bir test örneğinin her ayrı hedefine uygulanması gerekir. Kuralın bir dahili kontrole veya başka bir hedefe uygulanmasına bağlı olarak farklı bir anlamı olduğuna dikkat edin. İnhibisyon testi sadece bir örneğin tüm hedeflerinin aynı tüpte analiz edildiği multipleks PCR için faydalıdır. Eğer bu kural IC olmayan bir hedefe uygulanırsa: İnhibisyon kuralının uygulanacağı minimum C T değerini girin. Bu hedefin C T değeri girilen değerden büyükse veya hiç sinyal yoksa inhibisyon kontrolü uygulanacaktır. Girilen C T değeri aşılmazsa veya başka bir test hedefinin bir sinyali varsa inhibisyon kontrolü uygulanmayacaktır. IC'ye uygulanırsa: NTC'lerin dahili kontrolünün ortalama normalize floresans değeri ile test örneğinin dahili kontrolünün normalize floresans değeri arasındaki fark girilecek parametre değerine bağlı olarak belirli bir aralık dahilinde olmalıdır. Normalize floresans değerleri PCR'ın son döngüsünde alınır. x = (FlIC NTC FlIC Test) / (FlIC NTC) FlIC NTC: Tüm NTC IC'ler için ortalama normalize floresans FlIC Test: Test örneği IC normalize floresansı x girilecek parametre değerine altında olmalıdır. Aşağıdaki örnekte test hedefi GPER içinde C T değeri 30 üzerinde olan tüm test örnekleri için floresansla inhibisyon kontrolü uygulanır. Hesaplanan faktör x 0,7'nin üzerindeyse test örneği bir INHIBITION_BY_FLUORESCENCE bayrağı alacaktır. INHIBITION_BY_FLUORESCENCE UDT Basic Plug-in Kullanım Kılavuzu 02/

67 Kural adı Kural işlevi Kurallar geçersizse bayrak > Upper LOQ*(> Üst LOQ) < Lower LOQ*(< Alt LOQ) Bu kural sadece seçilen hedef için bir sinyal saptanmışsa uygulanır. LOQ "kantifikasyon limiti" anlamına gelir. Hedefin konsantrasyonu girilecek parametre değerine altında olmalıdır. Eğer hedef konsantrasyon girilecek parametre değerinden büyükse gösterilen hedef sonucu geçersiz kılma kontrol kutusunun durumuna bağlıdır: 1) Geçersiz kılma kontrol kutusu aktifse sonuç INVALID (GEÇERSİZ) olacaktır. 2) Geçersiz kılma kontrol kutusu devre dışıysa sadece kalitatif bir sonuç sunulacaktır ( Sinyal saptandı ). Bu kural sadece seçilen hedef için bir sinyal saptanmışsa uygulanır. LOQ "kantifikasyon limiti" anlamına gelir. Hedefin konsantrasyonu girilecek parametre değerine üstünde olmalıdır. Eğer hedef konsantrasyon girilecek parametre değerinden küçükse gösterilen hedef sonucu geçersiz kılma kontrol kutusunun durumuna bağlıdır: Geçersiz kılma kontrol kutusu aktive edilmişse, sonuç INVALID şeklinde olacaktır. ABOVE_UPPER_LOQ BELOW_LOWER_LOQ Geçersiz kılma kontrol kutusu aktif durumdan çıkarılmışsa, sadece kalitatif bir sonuç sunulacaktır ( Signal detected ). * Bu kurallar sadece kantitatif hedefler için kullanılabilir. Bunlar sadece geçerli bir standart eğri hesaplanmışsa uygulanacaktır. 5. Seçilen kural için geçerliyse, Parameters giriş kutusunda bir parametre değeri girin. Farklı parametreler için giriş formatı şöyledir: Parametre Fluorescence C T value Concentration Inhibition by C T Parametre değeri formatı Normalize floresans için 0 ile 100 arasında bir değer girin. 1 ile 100 arasında bir C T değeri girin. Değer çalışmanın döngü sayısından yüksek olamaz. Bir konsantrasyon değeri girin. Bu değerin varsayılan konsantrasyon biriminde olması gerekir ve elütteki hedef konsantrasyonla ilişkilidir. IC olmayan bir hedef için: 1 ile test profilinde tanımlanmış döngü arasında bir C T değeri girin. IC için: IC Testi ve ICNTC arasında aşılamayacak maksimum Delta C T için bir değer girin. UDT Basic Plug-in Kullanım Kılavuzu 02/

68 Parametre Inhibition by fluorescence Parametre değeri formatı IC olmayan bir hedef için: 1 ile test profilinde tanımlanmış döngü arasında bir C T değeri girin. IC için: x için 0 ile 1 arasında olması gereken bir değer girin. x = (FlIC NTC FlIC Test) / (FlIC NTC) FlIC NTC: Tüm NTC IC'ler için ortalama normalize floresans FlIC Test: Test örneği IC normalize floresansı > Upper LOQ Maksimum konsantrasyonu hedefin lineer aralığı dahilinde girin. Bu değerin varsayılan konsantrasyon biriminde olması gerekir ve elütteki hedef konsantrasyonla ilişkilidir. < Lower LOQ Minimum konsantrasyonu hedefin lineer aralığı dahilinde girin. Bu değerin varsayılan konsantrasyon biriminde olması gerekir ve elütteki hedef konsantrasyonla ilişkilidir. 6. Flag if rule fails kutusunda kural başarısız olursa uygulanacak bayrak otomatik olarak gösterilir. 7. Konfigüre edilen kural başarısızsa standartların kantitatif hedef sonucu geçersiz olarak ayarlanacaksa Inv. sütunundaki kontrol kutusunu işaretleyin. Kontrol kutusu işaretli değilse, bayrak sadece geçerli sonuca bir uyarı olarak eklenecektir. F: Analysis rules for test samples Bu bölümde, test örneklerinde spesifik analiz kuralları tanımlanabilir. Bölüm F işlevi, yukarıdaki Bölüm C'ye karşılık gelir ama ayrı hedefler için analiz sonucunun tüm test örneğinin geçerliliği üzerine etkisini tanımlar. Bu bağlamda ayrı hedefler tüm spesifik hedeflere ve dahili kontrollere (IC) karşılık gelir. Lütfen ister yukarıya doğru süreçle, temel analizle veya tanımlanan kurallarla, örneğin test ve örnek analizinde Bölüm A ve B içinde ayarlanmış olsun tüm geçersiz bayrak tiplerinin dikkate alındığına dikkat edin. Ayrıca Bölüm C sinyal bulunmayan bir IC'nin test örneğinin geçerliliği üzerine etkisini tanımlar. Bu bir örneğin doğru amplifikasyonunu izlemek için gerçek zamanlı PCR'da IC'nin özel rolünü dikkate alır. IC sinyali tek başına bu bağlamda kesin sonuç veremez ve aynı tüpte karşılık gelen hedeflerin sinyaliyle karşılaştırılmalıdır. Örneğin, IC için eksik bir sinyal sadece eksik bir amplifikasyona işaret eder ve bu durumda aynı tüpteki tüm diğer hedefler amplifikasyon göstermez. Bu bölümde tanımlanan kurallardan biri bir test örneğinin spesifik bir hedefi veya IC için geçerliyse tüm test örneği analizde UDT Basic Plug-in Kullanım Kılavuzu 02/

69 geçersiz olarak ayarlanır. Bu durum o test örneğinin tüm hedeflerine karşılık gelen geçersiz bayraklar verilmesi anlamına gelir. Aşağı açılır listeden bir analiz kuralı seçin. Aşağıdaki kurallar uygulanır: Kural adı Kural işlevi Açıklama Invalidate if at least one target is invalid or if one IC has no signal and no other target in the same tube has a signal. (Bir hedef geçersizse veya bir IC'de sinyal yoksa ve aynı tüpte başka bir hedefte bir sinyal yoksa en az bir hedefi geçersiz hale getirin.) Invalidate if one IC is invalid or if one IC has no signal and no other target in the same tube has a signal. (Bir IC geçersizse veya bir IC'de sinyal yoksa ve aynı tüpte başka bir hedefte bir sinyal yoksa geçersiz hale getirin.) Test örneklerinin tüm hedefleri şu durumda geçersiz olarak ayarlanır: En az bir dosya geçersizdir. veya Herhangi bir dahili kontrolde sinyal yoktur ve aynı tüpteki başka bir hiçbir hedefin bir sinyali yoktur. Test örneklerinin tüm hedefleri şu durumda geçersiz olarak ayarlanır: Herhangi bir dahili kontrol geçersizdir. veya Herhangi bir dahili kontrolde sinyal yoktur ve aynı tüpteki başka bir hiçbir hedefin bir sinyali yoktur. Bu, bu bölümde seçilebilecek en katı davranıştır. Bir test örneğinin herhangi bir hedefinin geçersiz bir bayrağı varsa, (yukarı akım süreci, temel analiz veya Bölüm A veya B içinde tanımlanan kurallar tarafından belirlenmiş) tüm test örneği geçersiz olarak ayarlanır. Aynı durum eğer dahili kontrolde sinyal yoksa (C T yok) ve IC ile aynı tüpte başka hiçbir hedefte bir sinyal yoksa ve böylece PCR çalışmasının örnekte doğru amplifikasyon yapmadığına işaret ediyorsa görülür. Not: Bu çok katı kuralı herhangi bir rutin test için uygulamak önerilir. Aşağıdaki daha az katı kurallar eğer test profiliniz halen geliştiriliyorsa ve PCR amplifikasyonunuzda başka bir hedefle ilgili problem olsa bile hedef sonucunuzu görmek istiyorsanız uygulanabilir. Bu kural her durumda geçersiz IC saptar ve karşılık gelen test örneğini geçersiz hale getirir. IC için de bir eksik amplifikasyon saptanır ve test örneğini geçersiz hale getirir. Kural 1 ile karşılaştırıldığında geçersiz spesifik hedeflerin test örneğinin geçerliliği üzerine bir etkisi yoktur. Not: Dikkatli kullanın. Bu kural için herhangi bir IC dışı hedefin geçerlilik durumu diğer hedefler için ilgili değildir. Daha yüksek multipleks testler için bu durum bu test örneği için geçersiz ayrı hedeflerin diğer hedeflere otomatik olarak geçersiz bırakmaması sonucunu doğurabilir. UDT Basic Plug-in Kullanım Kılavuzu 02/

70 Kural adı Kural işlevi Açıklama Invalidate if one IC is invalid or has no signal and no other target in the same tube has a signal. (Bir IC'de sinyal yoksa ve aynı tüpte başka bir hedefte bir sinyal yoksa geçersiz hale getirin.) Invalidate if one IC has no signal and no other target in the same tube has a signal. (Bir IC'de sinyal yoksa ve aynı tüpte başka bir hedefte bir sinyal yoksa geçersiz hale getirin.) Never invalidate (Asla geçersiz hale getirme) Test örneğinin tüm hedefleri şu durumda geçersiz olarak ayarlanır: Herhangi bir dahili kontrol geçersizdir ve aynı tüpteki başka bir hiçbir hedefin bir sinyali yoktur. veya Herhangi bir dahili kontrolde sinyal yoktur ve aynı tüpteki başka bir hiçbir hedefin bir sinyali yoktur. Test örneğinin tüm hedefleri şu durumda geçersiz olarak ayarlanır: Herhangi bir dahili kontrolde sinyal yoktur ve aynı tüpteki başka bir hiçbir hedefin bir sinyali yoktur. Seçilen standart veya kontrol asla geçersiz olarak ayarlanmayacaktır Bu kural geçersiz bir IC'yi veya IC yoluyla eksik amplifikasyonu saptar ve bu durumda bu test örneği için tüm diğer hedefleri geçersiz hale getirir. Ancak herhangi bir non-ic hedef için aynı anda amplifikasyon saptanırsa geçersiz kılmama durumu oluşmaz. Not: Dikkatli kullanın. Bu kural için herhangi bir IC dışı hedefin geçerlilik durumu diğer hedefler için ilgili değildir. Daha yüksek multipleks testler için bu durum bu test örneği için geçersiz ayrı hedeflerin diğer hedeflere otomatik olarak geçersiz bırakmaması sonucunu doğurabilir. Bu kural sadece IC için eksik bir sinyal yoluyla eksik amplifikasyonu saptar ve bu durumda bu test örneği için tüm diğer hedefleri geçersiz hale getirir. Not: Dikkatli kullanın. IC'nin başka herhangi bir nedenle geçersiz hale getirilmesi bu test örneği için diğer hedeflerde karşılık gelen geçersizlikle sonuçlanmaz. Ayrıca bu kural için herhangi bir IC dışı hedefin geçerlilik durumu diğer hedefler için ilgili değildir. Daha yüksek multipleks testler için bu durum bu test örneği için geçersiz ayrı hedeflerin diğer hedeflere otomatik olarak geçersiz bırakmaması sonucunu doğurabilir. Bu ayarda hedefler arasında birbirlerine bağımlı olma durumu yoktur. Ancak önceki basamaklardan bayrakları olan tüm ayrı hedefler bayraklarını ve herhangi bir invalid durumunu korurlar. Not: Dikkatli kullanın: Herhangi bir hedef için herhangi bir geçersizlik bu teste örneği için başka herhangi bir hedefin geçersizliğiyle sonuçlanmaz. Not: Aşağı açılır listedeki kurallar katılık açısından azalan sırayla sıralanmıştır. Farklı kuralların nasıl uygulanabileceğinin örnekleri için lütfen yukarıda Bölüm C'ye bakınız. 1. Tüm test ve örnek analizi kuralları ayarlandıktan sonra Save assay profile as... kısmına tıklayın. UDT Basic Plug-in Kullanım Kılavuzu 02/

71 2. Aşağıdaki diyalog gösterilir: 3. Assay profile is final kontrol kutusunu etkinleştirerek test profilinin son durumda olduğunu doğrulayın (bu kontrol kutusu işaretlenmezse test profili Rotor-Gene AssayManager içinde çalışma listesi kurulumu için içe aktarılamaz). 4. OK kısmına tıklayın. 5. Save assay profile as... diyaloğu gösterilir. 6. Hedef dizine geçin ve OK kısmına tıklayın. Not: Yeni test profilinin bir çalışma listesi oluşturmak üzere kullanılabilmesinden önce Rotor-Gene AssayManager veri tabanına içe aktarılması gerekir. Configuration ortamında Assay Profiles sekmesine gidin ve Import... kısmına tıklayıp içe aktarılacak test profilini seçin. Yeni test profilini Rotor-Gene AssayManager tabanına içe aktarmak için Open kısmına tıklayın. İlgili konular: Bir test profilini test etme, sayfa 72 Bir test profilini değiştirme Bir test profilini sıfırdan oluşturmanın alternatifi mevcut olanı içe aktarmak ve buna göre değiştirmektir. Mevcut bir test profilini modifiye etmek için iş akışı Bir Test Profilinin Oluşturulması, sayfa 27 içinde tanımlananla aynıdır. Tek fark New assay profile... tıklanması yerine Open assay profile... kullanılmasıdır. Bir test modifiye etmek için adım adım işlem 1. Development ortamına geçmek için Development simgesine tıklayın. UDT Basic Plug-in Kullanım Kılavuzu 02/

72 2. Development ortamı açılır. Bu başlangıç durumunda sadece Open assay profile... ve New assay profile... şeklinde iki başlatma düğmesi Start (Başlangıç) etkinleştirilmiştir. Tüm diğer unsurlar devre dışıdır. 3. Open assay profile... kısmına tıklayın. Select assay profile to load diyaloğu açılır. 4. Kullanılacak test profilini içeren dizine göz atın ve OK tıklayın. 5. Bir test profili oluşturma, sayfa 27 içinde tanımlanan adım 7 ile devam edin. İlgili konular: Bir test profilini test etme, sayfa 72 Bir test profilinin test edilmesi Halen geliştirme sürecindeki bir test profili daha önce bitmiş PCR deneyinin bir sanal analizi yapılarak test edilebilir. Mevcut test profili gerçek deney verileri kullanılarak test edilebilir. Bu işlemin sonucu Önceden bitirilmiş bir deney mevcut geliştirilmiş test profili ile çalışılsaydı sonuçlar ne olurdu? sorusunun cevabıdır. Rotor-Gene yazılımı veya Rotor-Gen AssayManager ile yapılmış bir deneyden bir *.rex dosyası (ham deney verileri ve örnek verileri içeren) yüklenebilir. *.rex dosyasının verileri mevcut geliştirilmiş test profiliyle ve özellikle Core Analysis ve UDT Basic Plug-in Kullanım Kılavuzu 02/

73 Assay & Sample Analysis alt sekmelerinde tanımlanmış kurallar ve parametrelerle analiz edilir. Ham veriler ve kantitatif testler için standart eğrisi test profilinin oluşturduğu sonuçlara göre kontrol edilebilir ve karşılaştırılabilir. Test ekranı Test profillerini test etmek için ekranın üç kısmı vardır: Üstte bir interaktif düğme çubuğu Plotlar ve bilgi alanı Sonuçlar alanı Ekranın üstündeki Load.rex file... düğmesi kullanılarak bir *.rex dosyası yüklenir. Apply (Uygula) kısmına tıklamak yüklenen *.rex dosyası ve mevcut geliştirilmiş test profilini kullanarak analiz sürecini başlatır. Back to editor kısmına tıklamak Development ortamına geçer. Not: Test profili test ortamı Approval ortamına çok benzer olacak şekilde tasarlanmıştır. İşlevsellikler hakkında daha fazla bilgi için Rotor-Gene AssayManager Temel Uygulama Kullanım Kılavuzu (Rotor-Gene AssayManager Core Application User Manual) içinde Approval ortamının tanımına bakınız. UDT Basic Plug-in Kullanım Kılavuzu 02/

74 Bir test profilini test etmek için adım adım işlem 1. Development ortamında düğme çubuğunda Start testing assay profile kısmına tıklayın. Test profillerini test etmek için ekran açılır. 2. Düğme çubuğunda Load *.rex file kısmına tıklayın. Select *.rex file to load diyaloğu açılır. 3. *.rex dosyasını içeren dizine geçin, bunu seçin ve OK tıklayın. Not: *.rex dosyasının çalışma profili test profilinin çalışma profiliyle tam olarak eşleşmelidir. Rotor üzerinde harici kontroller ve test örneklerinin pozisyonları bile aynı olmalıdır. Eğer iki dosya arasında çalışma ayarları veya örnek tipi tanımları farklıysa karşılık gelen bir hata mesajı gösterilecektir. Not: Yüklenmeleri için boş rotor pozisyonlarının *.rex dosyasında None örnek tipi olması gerekir. Sadece test örnek pozisyonlarının örnek tipi Unknown olabilir. Not: Test ortamı sadece bir sayfada tanımlanmış örneklerle *.rex dosyalarını destekler; birkaç sayfada tanımlanmış örneklerle *.rex dosyaları yüklenemez. 4. Analiz işlemini mevcut geliştirilmiş test profilini kullanarak başlatmak için düğme çubuğunda Apply kısmına tıklayın. *.rex dosyasından ham deney verileri test profili kullanılarak analiz edilir. Sonuçlar Plots and information alanı ve Results tablosunda sunulur. Not: Test profilinde değişiklikler yapılırsa, test ortamındaki sonuçlar dönüldüğünde otomatik olarak güncellenmeyecektir. Sonuçları güncellemek için Apply düğmesine tıklanmalıdır. bir *.qut dosyaları oluşturma Temel analiz amplifikasyon eğrilerinin normalizasyonu ve hedeflerin kantifikasyonu için algoritmalar tanımlar. Core Analysis sekmesinde parametre değerlerinin çoğu bir Rotor-Gene kantifikasyon şablonu dosyasından içe aktarılmalıdır. Bu *.qut dosyası standart Rotor-Gene yazılımında bir test analizinden sonra oluşturulabilir. Rotor-Gene yazılımında *.qut dosyaları oluşturma Analiz Bir PCR çalışmasının ham verilerini açtıktan ve Analysis kısmına tıkladıktan sonra Analysis penceresi belirir. Bir *.qut dosyasının kaydedilmesi Analysis penceresinde Quantitation sekmesini seçin. İlgilenilen kanalı açmak için kanal adına çift tıklayın veya kanalı seçin ve Show kısmına tıklayın. UDT Basic Plug-in Kullanım Kılavuzu 02/

75 Üç pencere belirir: ana ekran, standart eğri ve sonuçlar. Analiz seçeneklerini gerektiği şekilde uyarlayın (örn., eşiği ayarlayın, dinamik tüp normalizasyonunu aktive edin, eğim düzeltmeyi uygulayın, vs.). Not: Rotor-Gene yazılımında farklı analiz seçenekleri hakkında ayrıntılar için Rotor-Gene Q Kullanım Kılavuzu (Rotor-Gene Q User Manual) belgesine başvurun. Ekranın sağında Imported Settings (İçe Aktarılan Ayarlar) kısmını kısmına tıklayarak genişletin. UDT Basic Plug-in Kullanım Kılavuzu 02/

76 Seçilen analiz seçeneklerini bir Rotor-Gene Quantitation Analysis Template dışarı aktarmak için Export... kısmına tıklayın. Bir dosya adı girin, hedef dizine geçin ve Save kısmına tıklayarak kaydedin. Rotor-Gene Kantitasyon Şablonu dosya uzantısı *.qut şeklindedir. Not: Her çekim kanalı için ayrı bir *.qut dosyasının oluşturulması gerekir. bir *.ret dosyası oluşturma Run Profile sekmesi test profili için alma kanalları ve döngüleme koşullarını tanımlamak üzere Rotor-Gene deney şablonu dosyasının (*.ret dosyası) yüklenmesini mümkün kılar. Bu parametreler Rotor-Gene AssayManager içinde doğrudan konfigüre edilemez veya modifiye edilemez. Konfigürasyon sadece standart Rotor-Gene yazılımı ile yapılabilir. Ayrıntılar için bakınız Rotor-Gene Q Kullanım Kılavuzu (Rotor-Gene Q User Manual). UDT Basic Plug-in Kullanım Kılavuzu 02/

77 Rotor-Gene yazılımında şablonların kaydedilmesi Advanced (Gelişmiş) sihirbazını kullanarak test gerekliliklerine göre Rotor-Gene yazılımı içinde bir çalışma kurun. New Run Wizard window 4 kısmında çalışma ayarları özetlenmiştir ve Save Template kullanılarak bir şablon halinde kaydedilebilir. Alternatif olarak bitmiş bir çalışmayı açın ve dosya menüsünden Save As Template... işlevini seçin. Şablonları kaydetmekle ilgili ayrıntılar için, Rotor-Gene Q Kullanım Kılavuzu (Rotor-Gene Q User Manual) belgesine başvurun. Rotor-Gene AssayManager'a şablonları yükleme Bir Rotor-Gene deney şablon dosyasını (*.ret dosyası) Rotor-Gene AssayManager'a yüklemek için Load *.ret file... kısmına tıklayın. Kaynak dizininin seçilebildiği bir diyalog kutusu açılır. İstenen *.ret dosyasını seçin ve Open kısmına tıklayın. UDT Basic Plug-in Kullanım Kılavuzu 02/

78 Şablon dosyasının başarılı bir şekilde yüklenmesinden sonra ayrıntılı çalışma ayarları kontrol edilebilir. Farklı çalışma ayarları listede + veya düğmeleri kullanılarak genişletilebilir veya küçültülebilir. UDT Basic Plug-in Kullanım Kılavuzu 02/

79 Not: Çalışma ayarları Rotor-Gene AssayManager kullanılarak değiştirilemez. Ekranın altında Use auto-gain over all tubes of the assay etiketli bir kontrol kutusu vardır. Otomatik kazanç optimizasyonunu sadece Rotor-Gene yazılımında çalışma ayarlama sırasında tanımlanmış bir rotor pozisyonunda değil tüm ayrılmış rotor pozisyonlarında uygulamak için kontrol kutusunu aktive edin. Eğer Use auto-gain over all tubes of the assay işaretlenirse, veri alma sırasında o testin tüm rezerve rotor pozisyonlarında belirlenen medyan kazanç uygulanır. Bu seçenek o test profilinde tanımlanan adımlar ve tüm farklı alma kanallarına uygulanır UDT testleri için rapor profilleri Bir UDT testi için verileri bildirmek üzere kullanılan bir rapor profilinde uygun bir pdf raporu elde etmek üzere çeşitli seçenekler belirli bir şekilde ayarlanmalıdır. Rapor profilleri Configuration ortamında Report Profiles (Rapor Profilleri) sekmesinde oluşturulabilir ve yönetilebilir. Aşağıdaki konfigürasyon örnek kimliği başına tek rotor pozisyonuyla standart UDT testleri için kullanılan rapor profilleri için faydalıdır: 1. Content selection (İçerik seçimi) bölgesinde External Controls - Overview (Harici Kontroller - Genel Bakış) kısmına gidin ve Show target result only (Sadece hedef sonucu göster) radyo düğmesini seçin. UDT Basic Plug-in Kullanım Kılavuzu 02/

80 2. Content selection bölgesinde External Controls - Details (Harici Kontroller - Ayrıntılar) kısmına gidin ve Sample result (Örnek sonucu) kontrol kutusunu seçili durumdan çıkarın. UDT Basic Plug-in Kullanım Kılavuzu 02/

81 3. Content selection bölgesinde Test Results - Overview (Test Sonuçları - Genel Bakış) kısmına gidin ve Show target result only radyo düğmesini seçin. UDT Basic Plug-in Kullanım Kılavuzu 02/

82 4. Content selection bölgesinde Test Results - Details (Test Sonucu - Ayrıntılar) kısmına gidin ve Sample result kontrol kutusunu seçili durumdan çıkarın. UDT Basic Plug-in Kullanım Kılavuzu 02/

83 Bu konfigürasyonlara ek olarak rapor profilleri rapor için bireysel gerekliliklere göre uyarlanabilir. Sadece UDT testleri için bir örnek birkaç rotor pozisyonuna bölündüğünde yukarıda bahsedilen rapor profilindeki Sample result seçeneği şarttır. 1.4 Çevrim içi dokümantasyon hakkında Rotor-Gene AssayManager işlevselliğini arttırmak için plug-in'ler kullanır. Temel uygulama kılavuzu ile plug-in kullanım kılavuzları arasında açık bir ayrımlaştırma yapmak ve belgeleri kısa ve odaklanmış tutmak için genel konular temel uygulama kullanım kılavuzunda açıklanmıştır. Size en iyi bilgiyi sağlamak özellikle aşağıdaki maddeler açısından halen içinde bulunduğunuz ortama bağlıdır. Plotlar için yardım ve bilgi tablosu sayfa 84 Sonuçlar tablosu için yardım sayfa 84 Test ve örnek analizi sayfa 85 UDT Basic Plug-in Kullanım Kılavuzu 02/