Konu İndeksi/Subject Index Mikrobiyol Bul 2014; 48(4): 715-720 MİKROBİYOLOJİ İ İ İ BÜLTENİ İ CİLT İ 48, 2014 KONU İNDEKSİİ Ocak 2014, Sayı: 1 Türkiye de invazif streptokok enfeksiyonlarının epidemiyolojisi, klinik ve mikrobiyolojik özellikleri, 2010-2011... 1 Türkiye nin Orta Karadeniz Bölgesinde metisiline dirençli Staphylococcus aureus kökenlerinin enfeksiyözite-rezistotip-genotip kümelenmesi... 14 Solunumsal yoğun bakım ünitesinde florokinolon kullanımının hastane kökenli MRSA enfeksiyonu gelişimine ve prognoza etkisi... 28 Staphylococcus aureus metisilin direncinin hızlı saptanmasında nitrat redüktaz testi: Bir sınır değer duyarlılık test yöntemi... 40 Klinik örneklerden izole edilen Acinetobacter baumannii i ve Pseudomonas aeruginosaa suşlarının sınıf 1 ve 2 integron taşıyıcılığı ve yeni bir gen kaseti birlikteliği: blaoxa-11-cmla7l... 48 İnvazif enfeksiyonlara neden olan GSBL pozitif Enterobacteriaceae e izolatlarında karbapenem direnci... 59 Çok ilaca dirençli Acinetobacter baumannii i izolatlarında virülans faktörlerinin araştırılması... 70 Escherichia coli ve Klebsiella spp. izolatlarında plazmid kaynaklı AmpC beta-laktamaz üretiminin araştırılması... 82 İlaç, kozmetik ve gıda ürünlerinde kullanılan bazı koruyucuların antimikrobiyal ve antibiyofilm etkisinin araştırılması... 94 Suriye iç savaşı sonrası Nizip te kutanöz leyşmanyazis olguları... 106 Entamoeba histolytica nın tanısında direkt mikroskopi, kültür, ELISA ve moleküler yöntemlerin karşılaştırılması... 114 Daptomisinin VRE ve MRSA suşlarına in vitro etkinliği... 123 Tularemi lenfadeniti şüphesi ile alınan lenf aspiratı örneklerinde Mycobacterium tuberculosis varlığının araştırılması... 129 Francisella tularensis in moleküler tanısında yeni geliştirilen kullanıma hazır ticari PCR kitinin etkinliğinin değerlendirilmesi... 135 Hemodiyaliz hastalarında hepatit B ve hepatit C virus enfeksiyonlarının serolojik ve moleküler yöntemlerle araştırılması... 143 Nefrolitiazisli asemptomatik bir olgunun idrar kültüründen izole edilen mukoid Salmonella a spp. suşunun tür düzeyinde tanımlanmasında PCR yönteminin değeri... 151 Türkiye de saptanan kompleks rekombinant HIV-1 CRF06_cpx alttipinin moleküler karakterizasyonu... 160 Anti-HIV pozitif bir hastada saptanan akut Toskana virus enfeksiyonu... 168 Plasmodium falciparum ve Salmonella a Typhi koenfeksiyonu: Bir olgu sunumu... 174 Hantavirus enfeksiyonlarında prognostik faktörler r... 179 Ülkemizden NDM-1 salgılayan ilk izolatların bildirimi ve modifiye Hodge test kullanımı... 188 Nisan 2014, Sayı: 2 Salmonella enterica serotip Paratyphi B klinik izolatlarının moleküler epidemiyolojisi, antimikrobiyal direnci ve genişlemiş spektrumlu beta-laktamazlarının karakterizasyonu... 191 Klinik örneklerden izole edilen trimetoprim-sülfametoksazole dirençli Stenotrophomonas maltophilia suşlarında integron, sul1-2 ve dfr genlerinin araştırılması... 201 Trakya Bölgesi nde farelerde kültür, seroloji ve moleküler yöntemlerle Francisella tularensis varlığının aranması... 213 Orta prevalanslı bölgede akciğer ve akciğer dışı tüberküloz tanısında Xpert MTB/RIF testinin değerlendirilmesi... 223 Beş yaş altı çocuklarda gastroenterite neden olan yedi farklı RNA virusunun araştırılması... 233 Bronşiyolit tanısı alan 0-2 yaş grubu çocuklarda insan bokavirusu ve diğer solunum viruslarının sıklığının araştırılması... 242 715
Konu İndeksi 2012-2013 kızamık salgını sürecinde Ankara da saptanan 44 çocuk olgunun değerlendirilmesi ve iki olgudan elde edilen virusların moleküler analizi... 259 Kronik hepatit B ve C hastalarında IL-1 beta, IL-1 reseptör antagonisti ve IL-8 gen polimorfizmlerinin araştırılması... 271 Gebelerde toksoplazmoz seroprevalansının değerlendirilmesi ve bir tanı algoritmasının oluşturulması... 283 Çevresel örneklerde Cryptococcus neoformans taramaları için patlıcan ( Solanum melongena) agarın yeni bir besiyeri olarak değerlendirilmesi... 292 Laboratuvar güvenliğinde 5S yönteminin uygulaması ve çalışan memnuniyeti üzerine etkisi... 300 Karbapeneme dirençli Acinetobacter baumannii izolatlarına karşı sulbaktam ile imipenem, meropenem ve sefoperazon kombinasyonlarının in vitro sinerjistik aktivitesi... 311 Hastane enfeksiyonu etkeni olan Acinetobacter baumannii i izolatları arasındaki klonal ilişkinin Rep-PCR ile araştırılması... 316 Flukonazole dirençli Candida albicans izolatlarında atım pompa ekspresyonlarının araştırılması... 325 Diyarbakır Eğitim ve Araştırma Hastanesinde dokuz yıllık kutanöz leyşmanyazis olgularının değerlendirilmesi... 335 Ülkemizde Tıbbi Mikrobiyoloji, Klinik Mikrobiyoloji ve Enfeksiyon Hastalıkları dallarında yapılan tıpta uzmanlık ve doktora tezlerinin uluslararası dergilerde yayına dönüşüm oranları... 341 Streptococcus pneumoniae serotip 35F ye bağlı pnömokokal menenjitli bir çocuk olgu... 346 Probiyotik tedavisinden sonra yaşlı bir hastada gelişen Saccharomyces cerevisiae e fungemisi... 351 Diyabetik bir hastada Sarcophaga a spp. larvalarının neden olduğu kutanöz miyazis... 356 Scedosporium apiospermum a bağlı fungal keratit: Ülkemizden ilk olgu-yorum... 362 Temmuz 2014, Sayı: 3 Klinik örneklerden izole edilen Acinetobacter baumannii i suşlarında beta-laktamaz kaynaklı direncin moleküler karakterizasyonu... 365 Stafilokokların pozitif kan kültür şişelerinden MALDI-TOF MS sistemi ile direkt olarak tanımlanması... 377 BACTEC MGIT pozitif kültürlerden Mycobacterium türlerinin Oligo-FISH ve PNA-FISH yöntemleriyle tanımlanması... 385 Helicobacter pylori CagA antikorlarının saptanması için rekombinant bir CagA proteininin üretilmesi... 402 Tularemi Türkiye nin kuzeyinden güneyine doğru yayılıyor: Kahramanmaraş da küçük bir salgın... 413 Ege Bölgesi nde izole edilen HIV-1 izolatlarının alttip dağılımının pol gen bölgesi filogenetik analizi ve otomatize araçlar kullanılarak belirlenmesi... 420 Akdeniz Üniversitesi Hastanesinde kronik hepatit C enfeksiyonu olan hastalarda hepatit C virus genotipleri: Beş yıllık sonuçların değerlendirilmesi... 429 Klinik örneklerden izole edilen Candida a türlerinin tanımlanmasında Phoenix Yeast ID Panel ile API ID 32C ticari sistemlerinin karşılaştırılması... 438 Trichophyton mentagrophytes ve Trichophyton rubrum kökenlerinin FT-IR spektroskopi ile ayrımında Tween-80 etkisi... 449 Alveoler ekinokokkozun serolojik tanısında EgHF, Em2 ve EmII/3-10 antijenleri ile hazırlanan ELISA yöntemlerinin tanısal etkinliğinin değerlendirilmesi... 461 Klinik stafilokok izolatlarında makrolid-linkozamid-streptogramin B (MLSB) direnç fenotipleri ve telitromisin etkinliğinin araştırılması... 469 Aydın ili kan donörlerinde Bartonella henselae e ve Bartonella quintana seroprevalansı... 477 Antalya Eğitim ve Araştırma Hastanesinde kronik hepatit C hastalarının genotip dağılımının araştırılması... 484 Klinik Aspergillus s spp. izolatlarında virülans faktörü olarak asit proteinaz ve fosfolipaz aktivitelerinin araştırılması... 491 Bardet-Biedl sendromlu kronik böbrek yetmezliği olan bir hastada Elizabethkingia meningosepticum bakteriyemisi... 495 İmmün kompetan bir hastada vorikonazol ile tedavi edilen Cladophilaphora bantiana a beyin apsesi... 501 Nadir görülen bir beyin apsesi etkeni: Nörotoksokariazis... 507 716
Konu İndeksi Wohlfahrtia magnifica dan kaynaklanan gingival miyaz olgusu... 512 Karadeniz Bölgesi hepatit C virus genotip belirlenmesine katkı: Yüksek hasta kapasiteli tek merkez verileri, Zonguldak... 518 Ekim 2014, Sayı: 4 Hacettepe Üniversitesi Erişkin ve Onkoloji Hastanelerinde yatan hastalarda saptanan metisiline dirençli Staphylococcus aureus bakteriyemilerinde risk faktörleri (2004-2011), antibiyotik kullanımı ve izolatların antimikrobiyal duyarlılıkları: Yuvalandırılmış olgu-kontrol çalışması... 523 Vankomisine dirençli enterokokların sürveyansında GeneXpert vana/vanb PCR sistemi ile kültür yönteminin karşılaştırılması... 538 CLSI ve EUCAST önerilerine göre genişlemiş spektrumlu beta-laktamaz üreten Escherichia coli idrar izolatlarında fosfomisin duyarlılığı... 545 Karbapenemlere dirençli Acinetobacter baumanniii suşlarında OXA tipi beta-laktamazların araştırılması ve PFGE ile genotiplendirilmesi... 556 Kan kültürlerinden izole edilen tek klonlu Acinetobacter baumannii suşlarının karakterizasyonu ve antibiyotik direnç profillerinin incelenmesi... 566 Postmortem tüberküloz tanısında parafine gömülü dokularda iki farklı gerçek zamanlı PCR sisteminin karşılaştırılması... 577 Antiretroviral tedavi almayan olgularda HIV-1 primer ilaç direnci mutasyonlarının araştırılması... 585 Kronik hepatit C enfeksiyonu olan hastalarda paraoksonaz-1 gen polimorfizmi ile tedaviye yanıt arasındaki ilişkinin araştırılması... 596 Mersin ili kan donörlerinde flavivirus seroepidemiyolojisi... 606 Dumlupınar Üniversitesi Evliya Çelebi Eğitim ve Araştırma Hastanesinde hepatit B serolojik testlerinin uygunsuz kullanımı, Kütahya... 618 Trichosporon spp. suşlarında bazı virülans faktörlerinin araştırılması... 628 Atovakuon ve astragalus kombinasyonunun akut toksoplazmozlu fare modeli tedavisi ve IL-2, IL-12, IFN-γ düzeyleri üzerindeki etkileri... 639 Solunum virusları ve influenza A virus alt tiplerinin multipleks PCR yöntemi ile aynı anda saptanması... 652 Giresun da su örneklerinde Toxoplasma gondii nin i polimeraz zincir reaksiyonu ve ilmiğe dayalı izotermal amplifikasyon yöntemleriyle araştırılması... 661 Nötropenik ateşin ender bir nedeni: Bruselloz... 669 Böbrek nakli alıcısında Batı Nil virusuna bağlı meningoensefaliti... 674 Türkiye de ilk kez saptanan hepatit B virus genotip E enfeksiyonu... 683 Genital insan papillomavirus enfeksiyonlarının moleküler tanısında karşılaşılan sorunlar ve yeni gelişmeler... 689 Servikal lenfadenitlerin etiyolojisinde tüberküloz ve tularemi ayırıcı tanısı... 707 Ülkemizdeki NDM-1 olgu ve salgınları... 709 717
Subject Index BULLETIN OF MICROBIOLOGY VOLUME 48, 2014 SUBJECT INDEX January 2014, Issue 1 Epidemiology, clinical and microbiological characteristics of invasive streptococcal infections in Turkey, 2010-2011... 1 Infectivity-resistotype-genotype clustering of methicillin-resistant Staphylococcus aureus strains in the Central Blacksea Region of Turkey... 14 The effect of fluoroquinolone use in the respiratory intensive care unit on the development of hospital-acquired MRSA infection and its prognosis... 28 Nitrate reductase assay for the rapid detection of Staphylococcus aureus methicillin resistance: a breakpoint susceptibility testing method... 40 Carriage of class 1 and 2 integrons in Acinetobacter baumannii i and Pseudomonas aeruginosa isolated from clinical specimens and a novel gene cassette array: blaoxa-11-cmla7l... 48 Carbapenem resistance in ESBL positive Enterobacteriaceae e isolates causing invasive infections... 59 Investigation of the virulence factors of multidrug-resistant Acinetobacter baumannii i isolates... 70 Detection of plasmid-mediated AmpC beta-lactamase production in Escherichia coli and Klebsiella spp. isolates... 82 Investigation of antimicrobial and antibiofilm effects of some preservatives used in drugs, cosmetics and food products... 94 Cutaneous leishmaniasis cases in Nizip, Turkey after the Syrian civil war... 106 Comparison of direct microscopy, culture, ELISA and molecular methods for diagnosis of Entamoeba histolytica... 114 In vitro activity of daptomycin against VRE and MRSA strains... 123 Investigation of the presence of Mycobacterium tuberculosis s in the lymph node aspirates of the suspected tularemia lymphadenitis cases... 129 Evaluation of a newly-developed ready-to-use commercial PCR kit for the molecular diagnosis of Francisella tularensis s... 135 Investigation of hepatitis B and hepatitis C virus infections by serological and molecular methods in hemodialysis patients... 143 The value of PCR method in the species-level identification of a mucoid Salmonella a spp. strain isolated from the urine culture of a case with asymptomatic nephrolithiasis... 151 Molecular characterization of complex recombinant HIV-1 CRF06_cpx subtype detected in Turkey... 160 Acute Toscana virus infection in an anti-hiv positive patient... 168 Plasmodium falciparum and Salmonella a Typhi co-infection: a case report... 174 Prognostic factors in hantavirus infections... 179 Notice of first NDM-1 expressing isolates in Turkey and the use of modified Hodge test... 188 April 2014, Issue 2 Molecular epidemiology, antimicrobial resistance and characterization of extended-spectrum beta-lactamases of Salmonella enterica serotype Paratyphi B clinical isolates... 191 Investigation of integrons, sul1-2 and dfr genes in trimethoprim-sulfametoxazole-resistant Stenotrophomonas maltophilia a strains isolated from clinical samples... 201 Investigation of the presence of Francisella tularensis s by culture, serology and molecular methods in mice of Thrace Region, Turkey... 213 Evaluation of the Xpert MTB/RIF assay for the diagnosis of pulmonary and extrapulmonary tuberculosis in an intermediate-prevalence setting... 223 Investigation of seven different RNA viruses associated with gastroenteritis in children under five years old... 233 Determination of the frequency of human bocavirus and other respiratory viruses among 0-2 years age group children diagnosed as acute bronchiolitis... 242 Evaluation of 44 pediatric measles cases detected in Ankara, Turkey during 2012-2013 epidemic and molecular characterization of the viruses obtained from two cases... 259 Investigation of IL-1 beta, IL-1 receptor antagonist and IL-8 gene polymorphisms in patients with chronic hepatitis B and C... 271 718
Subject Index Evaluation of the toxoplasmosis seroprevalence in pregnant women and creating a diagnostic algorithm... 283 Evaluation of a new medium, eggplant (Solanum melongena) agar as a screening medium for Cryptococcus neoformans in environmental samples... 292 Implementation of 5S methodology in laboratory safety and its effect on employee satisfaction... 300 In vitro synergistic activity of sulbactam in combination with imipenem, meropenem and cefoperazone against carbapenem-resistant Acinetobacter baumannii i isolates... 11 Investigation of the clonal relationship between nosocomial Acinetobacter baumannii i isolates by Rep-PCR... 316 Investigation of the expression levels of efflux pumps in fluconazole-resistant Candida albicans isolates... 325 A nine-year evaluation of cutaneous leishmaniasis patients in Diyarbakir Training and Research Hospital, Turkey... 335 Publication rates of Turkish medical specialty and doctorate theses on Medical Microbiology, Clinical Microbiology and Infectious Diseases disciplines in international journals... 341 A pediatric case of pneumococcal meningitis due to Streptococcus pneumoniae e serotype 35F... 346 Saccharomyces cerevisiae e fungemia in an elderly patient following probiotic treatment... 351 Cutanous myiasis caused by Sarcophaga a spp. larvae in a diabetic patient... 356 Fungal keratitis caused by Scedosporium apiospermum: First report from Turkey-Comment... 362 July 2014, Issue 3 Molecular characterization of beta-lactamase-associated resistance in Acinetobacter baumannii strains isolated from clinical samples... 365 Identification of staphylococci directly from positive blood culture bottles by MALDI-TOF MS system... 377 Identification of Mycobacterium species from BACTEC MGIT positive cultures with Oligo-FISH and PNA-FISH methods... 385 Production of a recombinant CagA protein for the detection of Helicobacter pylori CagA antibodies... 402 Tularemia is spreading from north to south side of Turkey: a small outbreak in Kahramanmaras, Turkey... 413 HIV-1 subtype distribution determined by phylogenetic analysis of pol gene sequences and automated subtyping tools among HIV-1 isolates from the Aegian Region of Turkey... 420 Distribution of hepatitis C virus genotypes among patients with chronic hepatitis C infection in Akdeniz University Hospital, Antalya, Turkey: a five-year evaluation... 429 Comparison of Phoenix Yeast ID Panel and API ID 32C commercial systems for the identification of Candida a species isolated from clinical samples... 438 The effect of Tween-80 on the differentiation of Trichophyton mentagrophytes and Trichophyton rubrum strains with FT-IR spectroscopy... 449 Evaluation of the diagnostic value of the ELISA tests developed by using EgHF, Em2 and EmII/3-10 antigens in the serological diagnosis of alveolar echinococcosis... 461 Macrolide-lincosamide-streptogramin B (MLSB) resistance phenotypes in clinical staphylococcus isolates and investigation of telithromycin activity... 469 Seroprevalence of Bartonella henselae e and Bartonella quintana a in blood donors in Aydin province, Turkey... 477 Investigation of hepatitis C virus genotype distribution in patients with chronic hepatitis C infections in Antalya Training and Research Hospital, Turkey... 484 Investigation of acid proteinase and phospholipase activity as virulence factors in clinical Aspergillus s spp. isolates... 491 Elizabethkingia meningosepticum bacteremia in a patient with Bardet-Biedl syndrome and chronic renal failure... 495 Cladophilaphora bantiana a brain abscess treated with voriconazole in an immunocompetent patient... 501 A rarely seen cause of brain abscess: neurotoxocariasis... 507 719
Subject Index A case of gingival myiasis caused by Wohlfahrtia magnifica a... 512 Contribution to determination of hepatitis C virus genotypes in Black Sea region: data from single high volume center in Zonguldak, Turkey... 518 October 2014, Issue 4 Risk factors and antibiotic use in methicillin-resistant Staphylococcus aureus bacteremia in hospitalized patients at Hacettepe University Adult and Oncology Hospitals (2004-2011) and antimicrobial susceptibilities of the isolates: a nested case-control study... 523 Comparison of GeneXpert vana/vanb PCR system and culture methods in the surveillance of vancomycin-resistant enterococci... 538 Fosfomycin susceptibility of urinary Escherichia coli isolates producing extended-spectrum beta-lactamase according to CLSI and EUCAST recommendations... 545 Investigation of OXA type beta-lactamases and PFGE patterns in Acinetobacter baumannii strains resistant to carbapenems... 556 Characterization and determination of antibiotic resistance profiles of a single clone Acinetobacter baumannii i strains isolated from blood cultures... 566 Comparison of two different real-time PCR systems in postmortem diagnosis of tuberculosis in paraffin-embedded tissues... 577 Investigation of HIV-1 primary drug resistance mutations in antiretroviral therapy-naive cases... 585 Investigation of the association between paraoxonase-1 gene polymorphisms and response to therapy in chronic hepatitis C patients... 596 Flavivirus seroepidemiology in blood donors in Mersin province, Turkey... 606 Inappropriate use of serological tests for hepatitis B virus in Evliya Celebi Education and Research Hospital of Dumlupinar University, Kutahya... 618 Investigation of some virulence factors in Trichosporon spp. strains... 628 Effects of atovaquone and astragalus combination on the treatment and IL-2, IL-12, IFN-γ levels on mouse models of acute toxoplasmosis... 639 Simultaneous detection of respiratory viruses and influenza A virus subtypes using multiplex PCR... 652 Investigation on Toxoplasma gondii i by polymerase chain reaction and loop-mediated isothermal amplification in water samples from Giresun, Turkey... 661 An unusual cause of febrile neutropenia: brucellosis... 669 Meningoencephalitis caused by West Nile virus in a renal transplant recipient... 674 Hepatitis B virus genotype E infection in Turkey: the detection of the first case... 683 Current problems and recent advances in the molecular diagnosis of genital human papillomavirus infections... 689 Tuberculosis and tularemia as part of the differential diagnosis in cervical lymphadenitis... 707 NDM-1 cases and outbreaks in Turkey... 709 720