CMV-DSRED VE peyfp-mem EKSPRESYON VEKTÖRLERİNİN LİPOFEKTAMİN YÖNTEMİYLE HCT-8 HÜCRELERİNE TRANSİENT TRANSFORMASYONU *

Benzer belgeler
REKOMBİNANT DNA TEKNOLOJİSİ. Araş. Gör. Dr. Öğünç MERAL

Hücre Transfeksiyonu

FEN ve MÜHENDİSLİK BİLİMLERİ DERGİSİ

ÇUKUROVA ÜN VERS TES DOKTORA TEZ. Zeynep KOLÖREN CRYPTOSPOR D UM PARVUM DA TRANS ENT TRANSFORMASYON

Farklı Restrüksiyon Enzimleriyle Kesilen Cryptosporidium parvum Genomik DNA sının Green Fluorescent Protein Reporter (GFP) Vektörüne Transformasyonu

BAKTERİLERDE GENETİK MADDE AKTARILMASI

Genetik Yöntemlerle Bakterilere Gen Transferleri. (Cüneyt Akdeniz)

Mustafa EMREM

HEPATİT B VİRUSU KOR ANTİJENİ GEN BÖLGESİNİN MAYADA EKSPRESYONU*

Adenovirüs serotip 5 ve adenovirüs serotip 36 nın Colo-320 hücre hattında adipojenik etkilerinin gösterilmesi

KLONLAMA VEKTÖRLERİ DR. ONUR YILMAZ ADÜ ZİRAAT FAKÜLTESİ ZOOTEKNİ BÖLÜMÜ BİYOMETRİ & GENETİK ABD

Uygulamalı. Moleküler Biyoloji Teknikleri, Temel Mikrobiyoloji, Temel Biyokimya ve Laboratuvar Yönetimi Kursları. Yaz Dönemi Başlıyor!

BİTKİLERE GEN TRANSFERİNDE KULLANILAN VEKTÖRLER

AMAÇ. o Sefoperazon-sulbaktam (SCP), o Ampisilin-sulbaktam (SAM), o Polimiksin-B (PB) o Rifampin (RİF)

Riskli Ünitelerde Yatan Hastalarda Karbapenemaz Üreten Enterobacteriaceae taranması

POYRAZ TIBBİ CİHAZLAR EDVOTEK

Rekombinant DNA Teknolojisi-II

Agaroz jel elektroforezi

Biyofilmler; mikroorganizmaların, biyotik veya abiyotik yüzeylere adhezyonu sonrasında oluşturdukları glikokaliks olarak da adlandırılan

Doğrudan gen aktarım teknikleri

MOLEKÜLER BİYOLOJİ LABORATUVARI

Enzimlerinin Saptanmasında

Laboratuvarda Tularemi Örnekleriyle Çalışma Rehberi

VEKTÖRLER Halime Nebioğlu

TÜBERKÜLOZ TEDAVİSİ İÇİN YENİ İLAÇ HEDEFLERİ

Rekombinant DNA Teknolojisi-I

Transgenik Hayvan Üretimi. Hayvancılıkta biyoteknoloji dersi

REKOMBİNANT DNA TEKNİKLERİ IV DR. ONUR YILMAZ 2017

MEME KANSERİ KÖK HÜCRELERİNİN GEN EKSPRESYON PROFİLİ

POLİKATYONİK NANOPARTİKÜLLER KULLANILARAK PRİMER DÜZ KAS HÜCRELERİNİN TRANSFEKSİYONU

Hücre çeperi (Hücre duvarı)

Biyoteknoloji ve Genetik I Hafta 12. Prokaryotlarda Gen İfadesinin Düzenlenmesi

Gen Klonlanması. & DNA kütüphanelerinin oluşturulması. Mikrobiyoloji Anabilim Dalı

GEN TRANSFER YÖNTEMLERİ

Human Papillomavirüs DNA Pozitif ve E6/E7 mrna Negatif, Anormal Sitolojili Servikal Örneklerin Genotiplendirilmesi

Akreditasyon Sertifikası Eki (Sayfa 1/5) Akreditasyon Kapsamı

GEN KLONLAMASI. copyright cmassengale

HIV-1 virüsü için yeni, geniş etkili Bi-spesifik nötralizan antikor oluşturulması ve karakterizasyonu. Dr. Asım Ülçay XVIII. KLİMİK Kongresi-Antalya

Tissue_LC_200_V7_DSP ve Tissue_HC_200_V7_DSP (QIAsymphony DSP DNA Mini Kiti için kullanıcı açısından doğrulanmıştır)

RNAi Teknolojisinin Deneysel Aşamaları ve Tedavideki Geleceği

Protokolü PD S Reaksiyon

REAKSİYON PRENSİPLERİ

Polimeraz Zincir Reaksiyonu (PCR: Polymerase Chain Reaction) Ayten AŞKIN KILINÇ Veteriner Hekim

HACETTEPE ÜNİVERSİTESİ MÜHENDİSLİK FAKÜLTESİ PUREZONE CİHAZI TEST RAPORU

Biyofilm ile ilişkili enfeksiyonlara yaklaşım TANI. Prof Dr Ayşe Kalkancı Gazi Üniversitesi Tıp Fakültesi Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı

T.C. SAĞLIK BAKANLIĞI Verem Savaşı Daire Başkanlığı

Prof.Dr. Müzeyyen MAMAL TORUN. İ.Ü.Cerrahpaşa Tıp Fakültesi Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı

M. Kerem ÇALGIN 1, Fikret ŞAHİN 1, Melike ATASEVER 2, Deniz KÖKSAL 2, Djursun KARASARTOVA 1, Mehmet KIYAN 1. AÜTF Tıbbi Mikrobiyoloji ABD 2

BAKTERİLERDE EKSTRAKROMOZAL GENETİK ELEMENTLER

Hafta VIII Rekombinant DNA Teknolojileri

Adana Bilim ve Teknolji Üniversitesi. Biyomühendislik. Bölüm Tanıtım Katalogu. Yasamın İçinde...

TEKNİK ŞARTNAME. 1) LC FS DNA Master Hy. Pb.,96 react

AÇIKÖĞRETİM FAKÜLTESİ ÖĞRETİM YILI UZAKTAN EĞİTİM ÖNLİSANS PROGRAMLARI DERS PLANI GIDA KALİTE KONTROLÜ VE ANALİZİ ÖNLİSANS PROGRAMI

İzolasyon ve İdentifikasyon

DEZENKON HNS (AgNPS) Antibakteriyel Yer ve Yüzey Dezenfektanı Sitotoksisite Testi Sonuç Raporu

CANDİDA İLE UYARILMIŞ VAJİNAL VE BUKKAL EPİTEL HÜCRELERİNİN SİTOKİN ÜRETİMİ

Application of an Alternative Recombinant System for Chondroitin Sulfate Synthesis

Amasya Üniversitesi Merkezi Araştırma Uygulama Laboratuvarı Uygulama ve Araştırma Merkezi 2017 Yılı Analiz Fiyat Listesi

Bakteriler Arası Genetik Madde Aktarımı

Canlı Legionella pneumophila Tespiti ve MLST için Gerçek Zamanlı PCR ve HRM Analizi Tabanlı Yöntemlerin Geliştirilmesi

REVİZYON DURUMU. Revizyon Tarihi Açıklama Revizyon No

Niçin PCR? Dr. Abdullah Tuli

Doç. Dr. Fatih ÇALIŞKAN Sakarya Üniversitesi, Teknoloji Fak. Metalurji ve Malzeme Mühendisliği EABD

ÇOKLU TÜP FERMANTASYON YÖNTEMİ İLE TOPLAM KOLİFORM TAYİNİ. Koliform Bakteri Grubunun Tanımı

GRAM POZİTİF BAKTERİ ANTİBİYOGRAMLARI

Hücre içinde bilginin akışı

MAYIS 2012 S0501&S0502

Numuneden 10 gr tartılır, 90 ml BPW üzerine eklenerek stomacher de (stomacher yoksa elde) homojen hale getirilir. Bu, 1/10 luk ilk dilusyondur.

MOLEKÜLER BİYOLOJİ LABORATUVARI güz dönemi 2. HAFTA GAZİ ÜNİVERSİTESİ FEN FAKÜLTESİ BİYOLOJİ BÖLÜMÜ

GİRİŞ. Kan dolaşımı enfeksiyonları (KDE) önemli morbidite ve mortalite sebebi. ABD de yılda KDE, mortalite % 35-60

Agrobacterium rhizogenes aracılığı ile bitkilere gen aktarımı

Karbapenemlere dirençli Bacteroides fragilis grubu bakterilerin varlığını araştırmak için rektal sürüntü örnekleriyle tarama

AÇIKÖĞRETİM FAKÜLTESİ ÖĞRETİM YILI UZAKTAN EĞİTİM ÖNLİSANS PROGRAMLARI DERS PLANI GIDA KALİTE KONTROLÜ VE ANALİZİ ÖNLİSANS PROGRAMI

1.5 Kalite Kontrol Bölüm Fiziksel Kalite Kriterleri Bölüm Mikrobiyolojik Kalite Kriterleri Mikrobiyal Kontaminasyon

VİRAL TANI KİTLERİ (GFJ-480)

REAKSİYON PRENSİPLERİ

ARAŞTIRMA (Research Report)

OXA-48 in Saptanmasına Yönelik İzotermal Rekombinaz Polimeraz Amplifikasyon Yöntemine Dayalı Bir Hızlı Moleküler Test Formatının Geliştirilmesi

EYLÜL 2010 S0461&S0462

PODOSİT HÜCRE MODELİNDE PROTEİNÜRİDE, SLİT DİYAFRAM PROTEİNLERİ GENLERİNİN EKSPRESYONU VE FARMAKOLOJİK MODÜLASYONU

DÖNEM 1- A, 3. DERS KURULU ( )

TEMEL ARAŞTIRMA TEKNİKLERİ II

EYLÜL 2011 S0485&S0486

Rahim ağzı kanseri hücreleri doku kültürü mikroskopik görüntüsü.

DEZENKON HNS (AgNPS) Antibakteriyel Yer ve Yüzey Dezenfektanı nın H1N1 Domuz Gribi Virüsüne karşı Virusidal Test Sonuç Raporu

Genom analizi için belirteç olarak kullanılan DNA dizileri

REKOMBİNANT E.coli KÜLTÜRLERİ İLE ENZİM ÜRETİMİNİN KİNETİK ÖZELLİKLERİNİN İNCELENMESİ. Dilek KAZAN, Amable HOKTAÇSU ve Agnes ÇAMURDAN

SAĞ VE SOL KOLON YERLEŞİMLİ TÜMÖRLER: AYNI ORGANDA FARKLI PATOLOJİK BULGULAR VE MİKROSATELLİT İNSTABİLİTE DURUMU

Amaç. Bu pratiğin amacı öğrencilerin polimeraz zincir reaksiyonu ve kullanım alanları hakkında bilgi sahibi olmalarını sağlamak

Biyolistik - Gen Silahı. İlker Gönülalp Yıldız Teknik Üniversitesi Biyoloji Bölümü

TÜBİTAK BİDEB LİSE ÖĞRETMENLERİ FİZİK, KİMYA, BİYOLOJİ, MATEMATİK- PROJE DANIŞMANLIĞI EĞİTİMİ ÇALIŞTAYI LİSE3 (Çalıştay 2013) BİYOLOJİ GRUP TUHAF

Çok ilaca dirençli Mycobacterium tuberculosis izolatlarının hızlı tespitinde nitrat redüktaz testinin değerlendirilmesi: Çok merkezli bir çalışma

Listeria monocytogenes in Asit Dirençli Türlerinin Benzalkonyum Klorür Direnci ve Biyofilm Oluşumu. Emel ÜNAL TURHAN, Karin Metselaar, Tjakko Abee

ANTİMİKROBİYAL AKTİVİTEYE SAHİP TERMOFİLİK BAKTERİLERİN 16S rrna ANALİZİ İLE TANILANMASI

Kathleen Danna ve Daniel Nathans tarafından 1971 de yayınlanan bir makale, rekombinant DNA çağının başlangıcını işaret etmiştir. Makale, bir bakteri

MİKROBİYOLOJİ LABORATUVARI CİHAZ KATALOĞU

PROKARYOTLARDA GEN EKSPRESYONU. ve REGÜLASYONU. (Genlerin Gen Ürünlerine Dönüşümünü Kontrol Eden Süreçler)

Servikal Erozyon Bulgusu Olan Kadınlarda HPV nin Araştırılması ve Genotiplerinin Belirlenmesi

POLİMERAZ ZİNCİR REAKSİYONU (PZR-PCR) VE RESTRİKSİYON PARÇA UZUNLUĞU POLİMORFİZMİ (RFLP)

Su Mikrobiyolojisi 02

Transkript:

CMV-DSRED VE peyfp-mem EKSPRESYON VEKTÖRLERİNİN LİPOFEKTAMİN YÖNTEMİYLE HCT-8 HÜCRELERİNE TRANSİENT TRANSFORMASYONU * pcmv-dsred Ve peyfp-mem Ekspresyon Vektörlerinin Lipofektamin Yöntemiyle Hct-8 Hücrelerine Transient Transformasyonu Zeynep KOLÖREN Biyoloji Ana Bilim Dalı Sadık DİNÇER Biyoloji Ana Bilim Dalı ÖZET Bu çalışmada pcmv-dsred ve peyfp-mem ekspresyon vektörlerinin lipofektamin yöntemiyle HCT-8 hücre kültürlerine transient transformasyonu gerçekleştirilmiştir. CMV promotor bölgesine sahip ve Ds red ekspresyon reporter geni bulunduran pcmv-dsred vektör ile yine CMV promotor bölgesine sahip ve EYFP ekspresyon genleri bulunduran peyfp-mem vektör konsantrasyonunu arttırmak için önce LB sıvı ortamında çoğaltılmış daha sonra izolasyonu yapılarak Real time PCR yöntemiyle doğrulanmıştır. HCT-8 hücre kültürü 2 günde bir yeni kültür ortamı ilave edilerek % 80-90 oranında konfluent olana kadar büyütülmüştür. Konfluent HCT-8 hücre kültürlerine lipofektamin 2000 kiti (1:2 oranında DNA/ lipofektamin) aracılığıyle transfekte edilen her iki plasmidin ekspresyonu invert mikroskop altında incelenmiştir. Transfeksiyon sonucunda pcmv-dsred vektör kırmızı floresan gösterirken, peyfp-mem vektör yeşil floresan göstermiştir. Sonuç olarak Lipofektamin yönteminin bu vektörlerin HCT-8 hücre kültürlerine transient transformasyonunda oldukça kolay ve etkili bir şekilde uygulandığı gözlenerek optimizasyonu yapılmıştır. Anahtar Kelimeler: Cryptosporidium, Hücre Kültürü, Elektroporasyon, Lipofektamin, Real time PCR ABSTRACT In this study transient transformation system were establihed for pcmv- DsRed and peyfp-mem ExpressVectors. Both vectors were propagated in LB broth and izolated. Then izolated vectors were checked by Real time PCR method. HCT-8 (Human illeocecal adenocarcinoma cells) were plated on tissue culture glass slides and grown to 80-90% confluence by renewing fresh culture media. * Doktora Tezi-Ph.D. Thesis 52

Transfected pcmv-dsred and peyfp-mem Vectors into HCT-8 cell line by using lipofectamine 2000 methods observed under fluorescent microscopy. While pcmv-dsred vector showed red fluorescent, peyfp-mem ExpressVectors showed green fluorescent. As a result the lipofectamine 2000 method is simple, highly reproducible, and effective for transient transformation of HCT-8 cell line. Key Words: Cryptosporidium, Cell culture, Electroporation, Lipofectamine, Real time PCR Giriş Lipofektamin yöntemi son 10 yıldır değişik tipte hücre kültürlerine genleri aktarmak için kullanılan biyokimyasal metodlardan biridir. Özellikle süspansiyon hücre kültürlerinde, tutunan hücre kültürlerinden (adherent) daha verimli sonuçlar elde edilmiştir (Sambrook ve ark, 1989). Bu metod ile katyonik lipid, hücre kültürleri üzerinde suni membran vezikülleri oluşturup DNA nın bu veziküllere tutunmasını sağlamaktadır. (Felgner ve Holm, 1989). Lipofektamin yöntemiyle göğüs kanseri tümör hücre kültürüne (Bacp 37) Interleukin 18 genleri başarılı bir şekilde transfekte edilmiş ve G418 seçici antibiyotiği kullanılarak transformantlar seçilmiştir. Interleukin 18 genlerinin biyolojik ekspresyonu RT PCR ve ELİSA yöntemiyle gerçekleştirilmiştir (Han ve ark, 2003). Epitelyum hücrelerinin lipid yöntemiyle transient transformasyonu, toksisite ve etkin olmamasından olayı sınırlı olarak kullanılmaktaydı. Ancak yapılan bir çalışma neticesinde Polarize edilmiş epitelyum hücre monolayırlarının transient transformasyonunda Lipofektamin plus ve 2000 yöntemleriyle lipidlerin etkili bir şekilde transfekte edildiği ve yok denecek kadar az veya hiç toksisitenin oluşmadığı ortaya konulmuştur. Bu yöntemlerle GFP (Green flloresan protein) ve LUC (lusiferaz reporter) genleri transfekte edilmiştir (Tucker ve ark, 2003). Bu çalışmada pcmv-dsred ve peyfp-mem ekspresyon vektörlerinin lipofektamin 2000 kiti kullanılarak insan incebağırsak kanser hücrlerine (HCT-8) transient transformayonunu gerçekleştirmek amaçlanmıştır. Materyal ve Metot Materyal Kullanılan Plazmidler pcmv-dsred Ekspres Vektör: Bu plazmid BD Biosciences Clontech firmasından (Kat no:6995-1 PT3682-5) satın alınmıştır. Neomisin ve kanamisin antibiyotiğine karşı dirençlidir (http://orders.clontech.com/clontech/techinfo/vectors/catlc.shtml#egfp). peyfp-mem Vektör: Bu plazmid BD Biosciences Clontech firmasından (Kat no:6917-1 PT3682-5) satın alınmıştır. Neomisin ve kanamisin antibiyotiğine karşı dirençlidir 53

(http://orders.clontech.com/clontech/techinfo/vectors/catlc.shtml#egfp). Kullanılan Cihazlar İnvert floresan Mikroskop: Olympus CK2 ULWCD 0.30 invert mikroskop kullanılarak infekteli HCT-8 (Human Ileocecal adenocarcinoma cell) hücreleri incelenmiştir. Kullanılan Besi yerleri, hücre kültürleri ve kültür ortamları LB-agar ve LB-sıvı ortamı: (LB agar Invitrogen; Kat no: 22700-025), (LB Broth (Invitrogen; Kat no: 12795-027) (http://www.invitrogen.com). Transformantların çoğaltılmasında kullanılan besiyerleridir. HCT-8 (Human adenocarcinoma, ileocecal) hücreleri: (CCL-244 ATCC Kat no: 2056312). Bu hücreler ATCC firmasından satın alınmıştır. Elde edilen transformantların çoğaltılması amacıyla kullanılan hücre kültürleridir. RPMI-1640 kültür ortamı: RPMI-1640 [(25 mm Hepes içeren, sodyum bi karbonat ve L-glutamin bulunduran) (Sigma; R5886)] (Gibco, Kat no: 11875-093). HCT-8 hücrelerinin çoğaltılması için kullanılan besin ortamıdır. DH5α Tm Escherichia coli kompetent hücreleri: (Kat No:18265-017; Invitrogen firmasından satın alınan bu bakteriler plazmidlerin transformasyonu işleminde kullanılacaktır (http://www.invitrogen.com) Kullanılan Primerler pcmv-dsred Ekspres Vektör Primerleri F- CCCAGT TCCAGTACGG R- CCCAGCCCATAGTCTT peyfp-mem Vektör primerleri F:AACA GCCACAACGT CT R: CCT GCT GGA GTT CGT Metot Plazmidlerin Lipofektamin Yöntemi İçin Hazırlanması Plazmidleri çoğaltmak için Escherichia coli bakterilerine transformasyonu sağlanmıştır. Bu plazmidlerin DH5αTm E. coli kompetent bakterilerine transformasyonu için Subcloning Efficiency TM DH5α TM kompetent Hücre (Kat no: 18265-017, invitrogen chemically Competent Cells) kiti kullanılmıştır. pcmv- DsRed-Ekspres (PT3682-5 Kat no 6995-1) vektör çoğaltılırken seçici antibiyotik olarak kanamisin 50 μg/ml, peyfp-mem Vektör için 100 μg/ml lik ampisilin kullanılmıştır. Çoğaltılan plazmidler Eppendorf Perfectprep Plasmid İzolasyon Kiti (Kat No: 955150007) kullanılarak izole edilmiştir. İzole edilen plasmidler Real time PCR da Çizelge 1 ve 2 de gösterilen programlar kullanılarak doğrulanmıştır. 54

Çizelge 1. pcmv-dsred ekspres vektör ile Real-time PCR koşullarının optimizasyonunda kullanılan program Analysis Mode Cycles Segment Target Temperature Hold Time Acquisition Mode Pre-Incubation None 1 95 o C 10 min none Amplification Quantification 45..Denaturation Annealing Extension Melting Curves 1 Denaturation Annealing Melting 95 o C 2 s none 68 o C (Primere bağlı) 2 s none 72 o C =amplicon/[bp]/25s 9 s single Melting Curve 1s none 95 o C 65 o C 15 s none 95 o C 0 s continuous Slope= 0.1 o C/sec Cooling None 1 40 o C 30s none Çizelge 2. peyfp-mem vektör ile Real-time PCR koşullarının optimizasyonuna ait program Analysis Mode Cycles Segment Target Temperature Hold Time Acquisition Mode Pre-Incubation None 1 95 o C 10 min none Amplification Quantification 35 Denaturation Annealing Extension Melting Curves 1 Denaturation Annealing 95 o C 1 s none 66 o C (Primere bağlı) 2 s none 72 o C =amplicon/[bp]/25s 10 s single Melting Curve 95 o C 0 s none 65 o C 15 s none 95 o C 0 s continuous Slope= 0.1 o C/sec Melting Cooling None 1 40 o C 30s none 55

% 60-90 konfluent HCT-8 hücre kültürünün hazırlanması (CCL- 244, ATCC) HCT-8 hücre kültürü RPMI-1640 [(25mM Hepes + sodyum bi karbonat içerip L-glutamin bulundurmayan) (Sigma; R5886)] ortamı kullanılarak çoğaltılır. RPMI-1640 besi ortamını zenginleştirmek için % 10 At serumu (Gibco; Kat no: 26050-088), % 1 Penisilin/Streptomisin (Sigma; Kat No: P0781), 1 mm Sodyum prüvat (Sigma; Kat no: S8636), % 1 L-glutamin (Sigma; Kat no: G7513) ilave edilmiştir. Lipofektamin 2000 ile plazmidlerin transfeksiyonu Önce plazmidler RPMI-1640 besi ortamında aşağıdaki gibi sulandırılmışlardır. 0.4 μl stok YFP(1 μg/ μl ) /49.6 μl RPMI-1640 ortamı (serum ve antibiyotik içermeyen) 1.4 μl stok RFP (300 ng/ μl) /48.6 μl RPMI-1640 ortamı (serum ve antibiyotik içermeyen) Lipofektamin 2000 solüsyonu 96 kuyucuklu plakın her bir kuyucuğu için 0.5 μl lipofektamin 2000/25 μl at serumu ve antibiyotik içermeyen RPMI-1640 ortamı olacak şekilde hazırlanmıştır. Deneydeki 8 kuyucuk için 0.5 μl x 8= 4 μl lipofektamin 2000/ 25x8=200 μl at seumu ve antibiyotik içermeyen RPMI-1640 ortamı kullanılmıştır. 25 μl sulandırılmış plasmid DNA sı + 25 μl lipofektamin 2000 karışımı 20 dakika oda sıcaklığında bekletilmiştir. 50 μl lik bu kompleks % 90-95 konfluent olan 96 kuyucuklu plaklara aktarılmıştır. 4-6 saat sonra plaklardaki ortam, taze besi ortamıyle (at serumu ve antibiyotik içeren besi ortamı) değiştirilmiştir. 37 o C de % 5 CO 2 içeren inkübatörde 18-48 saat bekletilmiştir. 24 saatlik inkübasyondan sonra plak invert floresan mikroskop altında incelenmiştir. Her iki vektör ekspresyonu floresan mikroskop altında gözlenmiştir. Araştırma Bulguları Bu çalışmada kullanılan plazmidler E.coli bakterilerine transfome edilip çoğaltıldıktan sonra izole edilen plazmidlerin peyfp-mem vektör olup olmadığı RFP primerleri kullanılarak yapılan Real-time PCR sonucunda doğrulanmıştır. Elde edilen Real time PCR melting curve analizi sonucu Şekil 1 de görüldüğü gibidir. 56

Şekil 1. YFP primerleriyle yapılan Real-time PCR da melting curve analizi (Örnek sırası: 1: H 2 0 (negatif kontrol); 2: YFP plasmid DNA 0.5 ng (pozitif kontrol); 3: YFP plasmid DNA 2 ng (bilinmeyen örnek); 4: YFP plazmid DNA 3 ng (bilinmeyen örnek)) peyfp-mem Vektör baz dizisinden sentezlenen primerler kullanılarak yapılan Real time PCR sonucunda her iki bilinmeyen plazmid DNA örneği, pozitif kontrol ile aynı Tm i vermesiyle doğrulanmıştır. pcmv- DsRed-Ekspress Plazmidinin Real time PCR ile Doğrulanmasına Ait Bulgular İzole edilen plazmidlerin RED vektör olup olmadığı RFP primerleri kullanılarak yapılan Real time PCR sonucunda doğrulanmıştır. Elde edilen Real time PCR melting curve analizi sonucu Şekil 2 de gösterildiği gibidir. 57

Şekil 2. pcmv- DsRed-Express vektör kolonilerinin melting curve analizi (Örnek sırası: 1: Negatif kontrol (sadece su); 2: Red plazmid vektör (pozitif kontrol); 3; MDBK DNA (hücre kültürü DNAsınegatif kontrol); 4: Negatif kontrol (sadece su- MgCl 0.8 için); 5: Red plazmid vektör (pozitif kontrol MgCl 0.8 için); 6: MDBK DNA (hücre kültürü DNA sı- negatif kontrol MgCl 0.8 için) pcmv- DsRed-Express Vektör baz dizisinden sentezlenen primerler kullanılarak yapılan Real time PCR sonucunda her iki bilinmeyen plazmid DNA örneğinin, pozitif kontrol ile aynı melting Tm i vermesiyle doğrulanmıştır. Transfeksiyon İşleminden Sonra Plazmid Ekspresyonlarının Fluoresans Mikroskop Altında İncelenmesi Plazmidler ve hücre kültürleri hazırlanıp lipofektamin ile transfeksiyon işleminden bir gün sonra chamber permanox slayt fluoresans mikroskop altında incelenip her bir plazmid ekspresyonunun fotoğrafları çekilmiştir (Şekil 3). 58

YFP RFP Negatif Kontrol Şekil 3. pcmv- DsRed-Ekspres vektör ve peyfp-mem vektör ekspresyonlarının inverted mikroskop altındaki görüntüleri (Birinci örnek sırası: YFP: HCT-8 hücrelerindeki YFP ekspresyonu; RFP: HCT-8 hücrelerindeki RFP ekspresyonu; Negatif Kontrol: sadece HCT-8 hücreleri) Lipofektamin ile transfeksiyon neticesinde floresan mikroskop altında YFP vektör yeşil fluoresan, RFP vektör ise kırmızı fluresan oluşturmuştur. Tartışma ve Sonuçlar Bakteri transformasyonu, alıcı hücrelerin bulundukları ortamdaki DNA moleküllerini hücre içine alabilme yetenekleri olarak tanımlanmıştır. Bu mekanizma doğada Streptococcus spp., Bacillus spp., Salmonella spp., Rhizobium spp., Pneumococcus spp. gibi bakteri gruplarında doğada kendiliğinden oluşmaktadır. Fakat oluşum frekansı oldukça düşüktür (Temizkan ve ark., 1999). Bakteriler arasında plazmidlerin transferi; transdüksiyon, konjugasyon ve transformasyon ile mümkündür (Mach ve Grimes, 1982; Mazodier ve Davies, 1991). Bir çok bakteri türü farklı oranlarda transformasyon için doğal olarak kompetent (yetenekli veya hazır) olabilir ancak E. coli gibi kompetentliğe inatçı türler, fiziksel ve kimyasal metodlarla kompetent hale getirilebilirler (Wang ve Taylor, 1990). Bu çalışmada pcmv-dsred-ekspres ve peyfp-mem Vektörleri DH5α Tm Escherichia coli kompetent hücrelerine başarılı bir şekilde transforme edilmiştir. Bu bakteriler önce kimyasal yolla (DH5α Tm Escherichia coli kompetent hücreleri; Kat No:18265-017; Invitrogen) kompetent hale getirilmiştir. Transformantların seçilmesi için uygun antibiyotik içeren LB agar besi yerleri ve rekombinatların sayısını arttımak için de (dolayısıyle içindeki plazmid sayısıda 59

artmış olacağından) sıvı LB besi ortamı kullanılmıştır. Çoğaltılan plasmidlerin izolasyonu Eppendorf Perfectprep Plasmid İzolasyon Kiti (Kat No: 955150007) ile sağlanmıştır. İzole edilen plazmidler Real time PCR cihazında her bir plasmid baz dizisinden elde edilen primerler kullanılarak yapılan melting curve analizi ile doğrulandıktan sonra bu plazmidler HCT-8 hücrelerine lipofektamin yöntemi ile transfekte edilmiştir. Weechrangsan ve ark. (2007), insan kanser hücre kültürlerinde katyonik vektörlerin (polyetilamin, PEI25K, lipofektamin), elektroporasyon yöntemi ve bu yöntemlerin her ikisinin birlikte uygulanmasının transfeksiyon üzerine olan etkilerini araştırmışlardır. Katyonik vektörler ve elektroporasyon yöntemleri ayrı ayrı uygulandığında trasfeksiyon etkinliğine sahipken, birlikte uygulandıklarında transfeksiyon üzerinde etkinliklerinin olmadığı bulunmuştur. Anji ve ark. (2003), primer kortikal nöronlarda lipid temelli transfeksiyon metoduna etanolün etkisini araştırmışlardır. Plazmid DNA sının nöron kültürlerine aktarılmasında çeşitli transfeksiyon yöntemleri kullanılmıştır. Viral infeksiyonu içeren metodla transfeksiyon gerçekleştirilirken, kalsiyum-fosfat presipitasyon yöntemi ve elektroporasyon yönteminin bu kültürler için etkili olmadığı tespit edilmiştir. Deneyler sırasında 50 mm etanol içeren ve içermeyen hücre kültürlerine lipofektamin yöntemi uygulanmıştır. Nöronlardaki ekspresyonu göstermek için üç memeli ekspresyon vektörüsırasıyla renilla lusiferaz, ateşböceği lusiferazı, ve beta galaktosidaz reporter genlerini taşıyan ekspresyon vektörleri kullanılmıştır. Sonuç olarak ateşböceği lusiferaz reporter geninin ekspresyonu etanol bulunan nöron kültürlerinde, etanol bulundurmayan nöron kültürlerinden yaklaşık 2.5 kat daha fazla ekspresyon gözlenmiştir. Yine etanol bulunduran nöron kültürlerinde beta galaktosidaz ekspresyonunun fazla olduğu tespit edilmiştir. Bu çalışma fetal kortikal nöronlarda etanol muamelesinin reporter genlerin ekspresyonunu arttıran yönde etkili olduğunu ortaya koymuştur Nikcevic ve ark. (2003), lipofektamin (life teknologies) ve effekten (Qiagen) transfeksiyon yöntemiyle lacz reporter genlerini taşıyan pch110 ökaryotik deney vektörlerini NT2/D1 ve Hela hücre kültürlerine transfekte etmişlerdir. Effekten yöntemiyle transfeksiyon etkinliği için protokolün önerdiği plazmid DNA sından 1.5-3 kez daha yüksek oranda DNA kullanılmış ve herhangi bir sitotoksisite sorunu ile karşılaşılmamıştır. Lipofektamin yöntemiyle ise her iki hücre kültüründe protokolün belirttiği optimal transfeksiyon etkinliği elde edilmiştir. Bu çalışmada lipofektamin 2000 yönteminin HCT-8 hücre kültürleri kullanılarak optimizasyonunda 1:2 DNA /lipofektamine 2000 şeklinde protokolün önerdiği miktarlar uygulanmıştır. Hücre kültürünün % 80-90 konfluent olduğu ve YFP (1 μg/ μl ), RFP (300 ng/ μl) plasmidlerinin uygun konsantrasyonda kullanıldığı koşullarda lipofektamin yönteminin transient transformasyonda etkili ve kolay bir yöntem olduğu gözlenmiştir. Decastro ve ark. (2006), katyonik lipid temelli transfeksiyon yöntemlerini büyümekte olan vertebra embriyolarında gen ekspresyonlarını göstermek için kullanmışlardır. Bu amaçla lipofektamin, lipofektamin 2000, lipofektamin (mpeg- 60

SS-DOPE) gibi katyonik lipid transfeksiyon yöntemleri optimize edilmiş hücre kültürlerinde denenmiştir. İn vitro gen ekspresyonlarında lipofektamin 2000 (1:4 DNA/ lipofektamin 2000) ile % 7.5 oranında lipofektamin (mpeg-ss-dope) yöntemlerinin daha yüksek oranda ekspresyona neden oldukları belirlenmiştir. Her iki yöntemde etkili olmasına rağmen lipofektamin (mpeg-ss-dope) yönteminin lipofektamin 2000 yöntemine göre daha sınırlı hücre kültürlerinde etkili olduğu ortaya konulmuştur. Bu çalışmayla katyonik lipid temelli transfeksiyon yöntemlerinin elektroporasyon yöntemine alternatif kullanılabileceği tespit edilmiştir. Bu çalışmada Lipofektamin 2000 yöntemiyle YFP, RFP vektörler HCT-8 hücrelerine başarılı bir şekilde transfekte edilmiştir. YFP ve RFP vektörlerininin ekspresyonları invert mikroskop altında incelenip fotoğrafları çekilmiştir. RFP vektör DsRed-ekspres bölgesini (Discosoma spp. varyantı Red fluresan protein) kodladığı için invert floresan mikroskop altında kırmızı renkte floresan oluştururken; YFP vektör ise GFP (green floresan protein) nin bir varyantı olan yeşil floresan proteinlerini kodladığından yeşil renkte gözlenmiştir. Aynı zamanda bu yöntemle RFP vektörlerinin ekspresyonunun YFP vektör ekspresyonundan daha belirgin olduğu invert floresan mikroskop altında çekilen fotoğraflarda gözlenmiştir. Lipofektamine 2000 yönteminin uygulanabilirliği anlamında bu çalışma bir optimizasyon çalışmasıdır. Kaynaklar ANJII, A., SHAIK, S.A., KUMARI M., 2003. Effect of ethanol on lipid-mediated transfection of primary cortical neurons. Ann N Y Acad. Sci, 993:95-102. DECASTRO, M., SAIJOH, Y., SCHOENWOLF, G.C., 2006. Optimized cationic lipid-based gene delivery reagents for use in developing vertebrate embryos. Dev Dyn,235(8):2210-2219. FELGNER, P.L., HOLM, M., 1989. Cationic Liposome-mediated Transfection. Focus. Life Technologies, 11: 21-25. HAN MING-YONG, ZHENG SHU, YU JIN-MING, PENG JIA-PING, GUO QI-SEN, WANG JIA-LIN, 2004. Study on interleukin-18 gene transfer into human breast cancer cells to prevent tumorigenicity. 1Cancer Institute, Second Affiliated Hospital, School of Medicine, Zhejiang University, Hangzhou 310009, China, 2Shandong Tumor Hospital, Jinan 250117, China, SCI 2004 5(4):472-476 MACH, P.A., GRIMES, D.J., 1982. R-plasmid Transfer in A Wastewater Treatment Plant. Appl.Env. Microbiol, 1395-1403. MAZODIER, P., DAVIES, J., 1991. Gene Transfer Between Distantl Releated Bacteria, Annu. Rev. Genet., 25: 147-171. NIKCEVIC, G., KOVACEVIC-GRUJICIC, N., STEVANOVIC, M., 2003. Improved transfection efficiency of cultured human cells. Cell Biol İnt. 27(9): 735-737. SAMBROOK, J., FRITSCH, E.F., MANIATIS, T., 1989. Molecular Cloning. A Laboratory Manual, Second Edition.(2004), 162-189. 61

TEMİZKAN, G., YILMAZER, S., ÖZTÜRK, M., ARI Ş., ERTAN, H., OLGUN, A., SARIKAYA, T.A., ARDA, N., 1999. Moleküler Biyolojide Kullanılan Yöntemler. 51:57 TUCKER, T.A., VARGA, K., BEBOK, Z., ZSEMBERY, A., MCCARTY, N.A., COLLAWN, J.F., SCHWIEBERT, E.M., SCHWIEBERT, L.M., 2003. Transient transfection of polarized epithelial monolayers with CFTR and reporter genes using efficacious lipids. Department of Physiology and Biophysics, University of Alabama at Birmingham, 35294, USA. Am J Physiol Cell Physiol. 284(3):C791-804. WANG, Y., TAYLOR, D.E., 1990, Natural Transformation in Campylobacter Species, J. Bacteriol, 172: 949-955. WEECHARANGSAN, W., OPANASOPİT, P., LEE, R. J., 2007. In vitro gene transfer using cationic vectors, electroporation and their combination. Anticancer res, 27(1A): 309-313. 62