INFINITI Faktör V Leiden için Sistem Testi

Benzer belgeler
Kullanım Talimatı. In Vitro Diagnostik Kullanım İçin SADECE İHRACAT İÇİN

INFINITI Factor II-V & MTHFR Panel Kullanım Talimatı

INFINITI CFTR-31 Testi Kullanım Talimatı

INFINITI CYP450 2C9-VKORC1

INFINITI CYP450 2D6I Testi Kullanım Talimatı

INFINITI Varfarin Testi (2C9 & VKORC1 Multiplex testi)

INFINITI CYP450 2C19+ Testi

INFINITI UGT1A1 Testi Kullanım Talimatı

attomol apo B-100 quicktype

RTA DNA qpcr Probe Master Mix

INFINITI UroGen QUAD Panel Kullanım Talimatı

INFINITI HPV-QUAD Kullanım Talimatı

Mitokondrial DNA Analiz Paneli

INFINITI FLU A-sH1N1 Testi Kullanım Talimatı

BRCA 1/2 DNA Analiz Paneli

INFINITI HPV Genotipleme Testi Kullanım Talimatı

INFINITI RVP Plus Testi

INFINITI FMF TESTİ Kullanim Talimatı

INFINITI HPV-HR QUAD Kullanım Talimatı

Kistik Fibrozis DNA Analiz Paneli

RTA JEL / PZR Saflaştırma Kiti

attomol lactose intolerance C>T quicktype

α1-antitrypsin quicktype

Protokolü PD S Reaksiyon

Listeria Monocytogenes Real time PCR Tespit Kiti

Avian Flu Screening&Typing H5, H7

attomol HLA-B*27 Sadece in vitro diagnostik kullanım içindir! 1.Giriş 2. Genel Açıklamalar

Protokolü PD S Reaksiyon

QMS LAMOTRIGINE. İmmün testi. Simgelerin Açıklamaları LAMOTRİGİN KALİBRATÖRLERİ

RTA Kandan Genomik DNA İzolasyon Kiti

REAKSİYON PRENSİPLERİ

Performans Özellikleri

QMS TOPIRAMAT. İmmün testi. Simgelerin Açıklamaları TOPIRAMATE KONTROLLERİ

P z o itif Nega g ti a f

QMS LAMOTRIGINE. İmmün testi. Simgelerin Açıklamaları LAMOTRİGİN KONTROLLERİ

INNO-LiPA HLA-DPB Amplifikasyon

NAT Yöntem onayı. Dr. A. Arzu Sayıner Dokuz Eylül Üniversitesi Tıp Fakültesi Tıbbi Mikrobiyoloji AD

VERİFİKASYON (SEROLOJİ, MOLEKÜLER TESTLER)

VERİFİKASYON. Dr. Tijen ÖZACAR. Ege Üniversitesi Tıp Fakültesi Tıbbi Mikrobiyoloji AD - İZMİR

TEKNİK ŞARTNAME. 1) LC FS DNA Master Hy. Pb.,96 react

POLİMERAZ ZİNCİR REAKSİYONU (PZR-PCR) VE RESTRİKSİYON PARÇA UZUNLUĞU POLİMORFİZMİ (RFLP)

INNO-LiPA HLA-DQA1 Multiplex

ı. BCR-ABL Mbcr Kiti(p210) 144 test

Klinik Mikrobiyoloji Laboratuarında Validasyon ve Verifikasyon Kursu 12 Kasım 2011 Cumartesi Salon C (BUNIN SALONU) Kursun Amacı:

TANIMLAR. Dr. Neriman AYDIN. Adnan Menderes Üniversitesi Tıp Fakültesi Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı

BIONEER MARKA ACCUPOWER EBV QUANTATIVE PCR KİTİ PROTOKOLÜ

INNO-LiPA HLA-DRB Dekoder Amplifikasyon.

INNO-LiPA HLA-DRB1 Amp Plus

INNO-LiPA HLA-A Multiplex 100

Light Cycler Real Time PCR Teknolojisi ile Faktör V Geninde Yeni Mutasyon Taranması

Test Circulating Tumor Cell Control Kit

SaMag Extraction kiti Kullanım Klavuzu

Transfüzyon merkezinde süreçlerin işleyişine yönelik yazılı düzenleme bulunmalıdır. Yazılı düzenleme;

KLİNİK BİYOKİMYA UZMANLARI DERNEĞİ EKSTERNAL KALİTE KONTROL PROGRAMI IMMUNOASSAY TALİMATI

1. HP PCR Template Preparation DNA isolation Kit özellikler

Bu Döküman Uludağ Üniversitesi Rektörlüğü'ne aittir. Başkaları tarafından kullanılamaz ve çoğaltılamaz.

I. Analitik duyarlılık ve özgüllük II. Klinik duyarlılık ve özgüllük III. Kesinlik tekrarlanabilirlik IV. Doğruluk V. Doğrusallık (lineerite)

QIAsymphony DSP Dolaşan DNA Kiti

Kan Hizmetleri Genel Müdürlüğü

artus BK Virus QS-RGQ Kit

KAPİLLER ELEKTROFOREZ DNA SEKANSLAMA

Test Circulating Tumor Cell Control Kit

Eylül 2015 artus HSV-1/2 QS-RGQ Kiti: Performans Özellikleri

KULLANIM KILAVUZU. LCD Array Kit. Süt ID 2.0. Customized LCD-Array Kit. Kod: A

ÜRÜN KULLANIM KILAVUZU

ÜRÜN KULLANIM KILAVUZU

PCR Bir reaksiyonun kurulması ve optimize edilmesi

Tissue_LC_200_V7_DSP ve Tissue_HC_200_V7_DSP (QIAsymphony DSP DNA Mini Kiti için kullanıcı açısından doğrulanmıştır)

INNO-LiPA MYCOBACTERIA v2 Amp

MAIA Pesticide MultiTest

Parkinson Hastalığı ile α-sinüklein Geni Polimorfizmlerinin İlişkisinin Araştırılması

QIAsymphony SP Protokol Sayfası

INNO-LiPA HLA-B Multiplex Plus

ÜRÜN KULLANIM KILAVUZU

Test Circulating Tumor Cell Control Kit

Moleküler Testlerde Yöntem Geçerliliğinin Sınanması. Dr. Arzu Sayıner Dokuz Eylül Üniversitesi Tıp Fakültesi Tıbbi Mikrobiyoloji AD

KLİNİK BİYOKİMYA UZMANLARI DERNEĞİ EKSTERNAL KALİTE KONTROL PROGRAMI

KULLANIM TALİMATLARI

RT-PCR. (reverse transckripsiyon-polimeraz zincir reaksiyonu) Dr Gülnur Güler

Nilgün Çerikçioğlu Marmara Üniversitesi Tıp Fakültesi Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı

Genom analizi için belirteç olarak kullanılan DNA dizileri

Klinik Mikrobiyoloji Testlerinde Doğrulama (verifikasyon) ve Geçerli Kılma (validasyon)

Brusellozda laboratuvar tanı yöntemleri

REAKSİYON PRENSİPLERİ

KABUKLULAR FINDIK WHEAT BUĞDAY YUMURTA YER PEANUT FISTIĞI SOYA

MICROPORT TEK KULLANIMLIK PROPHECY ÖZEL YAPIM ALETLERİNİN KULLANIMI

RTA Plazmid DNA İzolasyon Kiti

MOLEKÜLER TANISI DÜZEN GENETİK HASTALIKLAR TANI MERKEZİ. SERPİL ERASLAN, PhD

Genetik Tanı Merkezleri Ruhsat Başvuru Dosyasında Bulunması Gerekli Evraklar

RTA Viral DNA İzolasyon Kiti Kullanma Kılavuzu Yayın Tarihi

Tüberküloz laboratuvarında kalite kontrol

Laboratuvar Gereçleri Listesi QIAsymphony SP

RTA Viral Nükleik Asit İzolasyon Kiti

BELGELER. Dr. A. Arzu Sayıner Dokuz Eylül Üniversitesi Tıp Fakültesi Tıbbi Mikrobiyoloji AD

DistanceMaster One. Laser 650 nm SPEED SHUTTER

QIAsymphony SP Protokol Sayfası

ÜRÜN KULLANIM KILAVUZU

Soru 1: DNA miktarını saptamak için spektrofotometrik yöntemin arkasındaki prensibi açıklayınız:

ÖRNEK TRANSPORTUNDA PREANALITIK FAKTÖRLER: LOKAL, ULUSAL VE ULUSLARARASI DÜZEYDE NASIL SAĞLANMALI?

ÜRÜN KULLANIM KILAVUZU

Transkript:

INFINITI Faktör V Leiden için Sistem Testi Kullanım Talimatı In Vitro Diagnostik Kullanım için SADECE İHRACAT İÇİN Üretim Yeri: AutoGenomics, Inc., 2980 Scott Street, Vista, CA USA 92081 Yetkili AB Temsilcisi:BÜHLMANN Laboratories AG Baselstrasse 55 CH-4124, Schönenbuch, Switzerland 1 of 10

KULLANIM AMACI INFINITI Faktör V Leiden için Sistem Denemesi, insan kanından elde edilmiş DNA daki Factor V Leiden G1691A, nokta mutasyonunu tespit etmek ve genotiplemek için, polimeraz zincir reaksiyonu (PCR) primerleri, hibridizasyon matrixleri, termal cycler, kamera ve yazılımı kapsayan reaktif ve aletlerden oluşan in vitro diagnostik bir metoddur. INFINITI Faktör II-V Leiden için Sistem Denemesi, yetkili hekimin reçetesine dayalı olarak klinik laboratuvarlar tarafından kullanılmak üzere oluşturulan kalitatif bir testtir. INFINITI Faktör V Leiden için Sistem Denemesi trombofili şüphesi taşıyan hastaların değerlendirilmesinde tanıya yardımcı olarak gösterilmektedir. TEMEL BİLGİLER Genetik risk faktörleri venöz tromboza kişisel yatkınlıkla ilişkilidir (1, 2). Kalıtsal tromboz ile ilişkilendirilen en yaygın mutasyon Factor V Leiden G1691A mutasyonudur ve aktive edilmiş protein C ye direnç ile sonuçlanmaktadır. Bu mutasyon genel populasyona oranla göreceli yüksek bir yaygınlık göstermektedir (Beyaz ırk da %5) ve aktive edilmiş protein C vakalarının %85-95 inden sorumlu tutulmaktadır. (2) Factor V Leiden G1691A mutasyonu venöz tromboz için heterozigotlarda 3 den 8 e, homozigotlarda 30 dan 140 a artan olasılık oranlarında risk haline gelmektedir (3). Kalıtsal tromboz ile ilişkilendirilmiş ikinci en yaygın mutasyon, protrombin (Faktör II) genindeki G20210A mutasyonudur. Bu mutasyon yüksek plazma protrombin seviyeleri ile ilişkilendirilmektedir ve genel populasyonun %1-2 sinde görülmektedir (2). Protrombin G20210A mutasyonunun heterozigot taşıyıcıları venöz tromboz için yaklaşık 3-8 kat daha yüksek risk altındadır. Homozigot taşıyıcılar oldukça enderdir ve homozigot mutasyon ile ilişkili risk miktarı hakkındaki bilgiler çok kısıtlıdır. Faktör V Leiden G1691A ve Faktör II (Protrombin) G20210A mutasyonlarının ikisini de bulunduran heterozigotluk durumlarında, mutasyonlardan birini bulunduran heterozigot duruma nazaran trombozun başlangıcı daha erken olmakta ve hastalık daha şiddetli yaşanmaktadır. TEST PRENSİBİ /TESTE BAKIŞ INFINITI Faktör II-V Leiden için Sistem Denemesi, Faktör II (G20210A) ve Faktör V (G1691A) mutasyonlarını eş zamanlı olarak tespit etmek için tasarlanmıştır. Test protokolü 5 temel proses üzerine kuruludur: (a) İnsan kanından DNA izolasyonu (b) Saflaştırılmış DNA ın PCR amplifikasyonu (c) Analite özgü primer uzantı (ASPE) kullanarak Floresans işaretleme (d) Yıkamanın ardından bir microarray için ASPE primerlerinin hibridizasyonu (e) Mikroarray ın taranması (f) Faktör V genotipinin sinyal tespit ve analizi (c) den (f) ye kadar basamaklar INFINITI Analizörü ile otomatik yapılmaktadır. Testin şematik özeti aşağıdadır; 2 of 10

CİHAZ TANIMI INFINITI Faktör V Leiden için Sistem Denemesi, insanda tam perifer kan örneğinden elde edilen DNA dan Faktör V Leiden G1691A mutasyonunun tespit edilmesi ve genotiplenmesinde kullanılan AutoGenomics tescilli, film- temelli microarray teknolojisini proses otomasyonu, reaktif yönetimi ve yazılım teknolojisi ile kombinleyen in vitro diagnostik bir cihazdır. INFINITI Faktör V Leiden için Sistem Denemesi BioFilmChip Microarray, Intellipac Reaktif Modülü, ve Qmatic İşletim Yazılımı içeren INFINITI Analizörden oluşmaktadır. BioFilmChip Microarray DNA analizleri için dizayn edilmiş tescilli çoklu tabaka komponent ile kaplı polyester filmlerden meydana gelmiştir. Tabakalar, test performansını arttırmak için çok amaçlı bir yüzey sağlamak üzere tasarlanmıştır. Microarrayler teste özgü olarak tasarlanmıştır. INFINITI Faktör V Leiden için Sistem Denemesi kullanılmamış Yakalama Probları içeren, herhangi spesifik bir testin uygulanabileceği microarray çipleri kullanmaktadır. Bu sebeple, aynı microarray kullanılarak çoklu testler geliştirilebilir. Intellipac Reaktif Modülü, test reaktiflerinin yerleştirildiği ve bütünleşmiş hafıza çipinin bulunduğu bir iletişim hattıdır. Lot numarası, son kullanma tarihi, miktar kullanımı gibi reaktif bilgileri hafıza çipinde arşivlenmekte ve çalışma raporunda görüntülenmektedir. INFINITI Analizörü klinik çoklu sistemlerinde, klinik bir örnekten gelen çoklu sinyalleri ölçmek ve ayrıştırmak amacıyla kullanılan bir cihazdır. INFINITI Analizörü işaretlenmiş hedef DNA nın BioFilmChip microarraylerde hibritleşmesiyle oluşan florasansı ölçmek üzere tasarlanmıştır. INFINITI Analizör;Faktör V testini otomatikleştirmiş ve örneklerin(pcr ürünü) dağıtımı, reaktif yönetimi, hibridizasyon, tesbit ve sonuç analizi gibi farklı süreçlerin entegrasyonunu sağlamıştır. Test otomatik olarak tamamlanmakta ve noktalar aynı odaklı dahili bir mikroskop tarafından okunmaktadır. Sonuçlar sayısal ve grafiksel olarak analiz edilmekte ve sunulmaktadır. INFINITI Analizörü iki ana bileşenden oluşmaktadır: pipetleme ve optik modül. Cihazın işlemesinden çeşitli türde elektronik bileşenler sorumludur. Bunlar: hepsi USB porta bağlı olmak üzere çoklu basamaklı motorlar, ısıtma ve soğutma cihazları, barkod okuyucu, fotomultiplikatör tüp ve kameradır. Pipetleme Modülü Pipetleme modülü reaktiflerin aspirasyonu ve dağıtımına dair bütün işlemler ve çoğaltılmış DNA örneklerinin microarraylere dağıtılmasından sorumludur. Örnekler işlem gördükten ve microarraylerde hibridize edildikten sonra floresans sinyallerin ölçülmesi için optik modüle transfer edilmektedir. 3 of 10

Optik Modül Optik modül 3 aşamalı, ışık geçirmez bir aksamdan oluşmaktadır: kamera, lazer ve fotoğraf çoğaltıcı tüp (PMT). It is the enclosed casement into which the microarray is transported automatically prior to being processed on the stringency station. Optik iskele çok hassas olan X-Y-Z hareketlerini uygular( her basamakta 2 mikron). 760 nm dalga boyunda lazer diyot kullanan bir kamera floresans boya ile boyanmış her kayıt noktasının1.2x1.2mm lik bir fotoğrafını çeker. Bu fotoğrafların analiz edilmesi ile üç kayıt noktası belirlenir. Üç kayıt noktası temel alınarak bütün biyo-noktaların koordinatları tespit edilebilir. Tarama sırasında, iskele Z ekseni boyunca hareket ederek çipi fokuslar, X ve Y eksenleri boyunca hareket ederek microarray deki özgün noktaların yerini belirler. INFINITI Analizör ün nasıl kullanılacağına dair gerekli bilgiler, kullanıcı el kitabında bulunmaktadır INFINITI Analizatörü CE onaylıdır. INFINITI Analizörü donanımı yerleşik bir bilgisayara kurulu olan ve LCD ekran ile görüntülenen Qmatic işletim yazılımı tarafından kontrol edilmektedir. INFINITI Analizör modülü, multitasking real time yazılımı tarafından kontrol edilmektedir. Qmatic işletim yazılımı INFINITI Analizörün; deneme protokolü, akış düzenlenmesi, robot teknolojisi, optik tespit ve sonuç analizi gibi bütün işlemlerini kontrol edebilen bir program yöneticisine sahiptir. Sonuçlar LCD ekrandan görülebilmektedir. Sonuçlar sayısal ve grafiksel olarak verilmektedir, ayrıca çizelge halinde basılı olarak alınabilir. (printer INFINITI Analizörün bir parçası değildir.) UYARILAR VE ÖNLEMLER Gereksinimler In vitro diagnostik kullanım için. Eğitimli laboratuar personeli tarafından kullanılmalıdır. Bu test, sadece EDTA içinde toplanan tam kan ile çalışılmalıdır. Kan örneklerini dondurma/çözündürmekten kaçının. Örnekler en kısa sürede çalışılmalıdır. Bu prosedür ile Heparin kullanmayın; Heparin PCR ı etkileyebilir. Çapraz kontaminasyon riskini en aza indirmek için, numune hazırlama, PCR reaksiyonunu hazırlamak ve PCR ürün analizi gibi işlemler CLSI gibi onaylanmış talimatlara göre yapılmalıdır(molecular Diagnostic Methods for Genetic Diseases: Approved Guideline). Tüm hasta numuneleri potansiyel tehlikelidir ve insan kaynaklı materyaller çok dikkatli alınmalıdır. Hiçbir test yöntemi HCV, HIV veya diğer bulaşıcı ajanların bulunmadığına dair tam bir güvence vermez. CLSI talimatlarını takip edin (Molecular Diagnostics Methods for Infectious Diseases; Approved Guidelines; MM3- A). Farklı lotlardan reaktifleri karıştırmayın/havuz yapmayın. Son kullanım tarihi geçmiş kit veya reaktifleri kullanmayın. Reaktifleri ve kitleri ürün etiketine yazan koşullara göre saklayın. Laboratuar İşlemleri Laboratuar kullanımı için normal önlemleri izleyin. Ayrı kaplarda veya farklı lotlardaki reaktifleri karıştırmayın. 4 of 10

Güvenli laboratuar prosedürlerini izleyin: ağız ile pipetleme yapmayın; koruyucu giysiler (örneğin, tek kullanımlık eldiven, laboratuar önlüğü gibi) ve koruyucu gözlük takın; laboratuarda çalışma alanlarında yemek yemeyin, içecek ve sigara içmeyin. Numunelere ve reaktiflere dokunduktan sonra ellerinizi iyice yıkayın. Atıkların İşlenmesi Kullanılmayan reaktif, örnek ve atıkları bulunduğu ülke, federal, eyalet ve yerel yönetmeliklere göre imha edin. Malzeme Güvenlik Bilgi Formları (MSDS) AutoGenomics Müşteri Hizmetleri tarafından istek üzerine gönderilebilir. Örnek Hazırlama Kullanılan DNA ekstraksiyon kiti ile birlikte verilen prospektüste güvenlik talimatlarına bakın. PCR ürünü mikroarray üzerine yüklemeden önce saklanamaz. Hemen kullanın. INFINITI Analizörü Cihazı kullanmadan önce INFINTI Analizör Kullanıcı El Kitabı nı okuyun. "Notlar" a özellikle dikkat edin. Kullanıcı El Kitabı nde Güvenlik Uyarıları ve Dikkat Edilmesi Gerekenleri izleyin. Cihazı kurarken Kurulum Gereksinimleri Bölümü ne bakın. Cihaz çalışırken hata ile karşılaşıldığında Hatalar Bölümü ne bakın. Bir sorun ile karşılaşıldığında Yardım Bölümü ne bakın. SAKLAMA/STABILITE BioFilmChip Microarray: 12 ay Oda Sıcaklığında (15 C ila 30 C) Intellipac Reaktifi: 12 ay Buzdolabında (2 C ila 8 C) Not: Açıldıktan 30 gün sonra Intellipac kullanmayın. Amplifikasyon Mix: 8 ay Dondurucuda (-30 C ila -15 C) Not: Ürünlerin son kullanma tarihi ürün üzerindeki etiketlerde bulunmaktadır. NUMUNE TOPLAMA VE STABILITE Periferik kan EDTA lı (Mor kapak) tüpte toplanmalıdır. Örnekler dondurulup çözülmemelidir. Örnekler mümkün olan en kısa sürede çalışılmalıdır. SAĞLANAN MATERYALLER (Her paket 48 test içermektedir.) AutoGenomics Ürün kodu 01-1030-02 Factor II-V Leiden Magazin BioFilmChip Microarray Her pakette 4 magazin, her magazinde 12 test bulunmaktadır. AutoGenomics Ürün kodu Number 01-2030-02 Factor II-V Leiden Intellipac Reaktif Modülü: 5 of 10

Her pakette 2 modül, her modülde 24 test bulunmaktadır. Intellipac modülü içeriği: 1.1 ml ASPE master mix, içeriği; Etiketlenmiş dctp Allele Özgü Primerler PCR Ekstansiyon Tamponu 2.6ml Hibridizasyon Tamponu SSC Sodyum Azid Hibridizasyon Pozitif Kontrol AutoGenomics Ürün Kodu 01-3030-02 Factor II Amp Mix. Her pakette 4 x 250µl vials AMP Mix bulunmaktadır. İçeriği; dntp ler dctp PCR Primer Mix MgCl 2 PCR Reaksiyon Tamponu AutoGenomics Product Number 12-0010-00: Wash buffer GEREKEN VE AUTOGENOMICS TARAFINDAN SAĞLANMAYAN REAKTİFLER DNA Ektraksiyon Kiti - INFINITI Faktör V Leiden için Sistem Denemesi kandan başarıyla saflaştırılmış genomik DNA kullanarak Faktör V Leiden G1691A) mutasyonunu tespit edebilmektedir. Absorbans aralığı: 260-280 nm ve DNA saflığı1,7 2,0 aralığında olmalıdır. Bu şartname ile uyumlıu herhangi bir DNA ekstraksiyon yöntemi kullanılabilir. INFINITI Faktör II-V Leiden için Sistem Denemesi ticari olarak mevcut çeşitli kitlerle test edilmiştir ve kullanıcılar daha fazla bilgi için AutoGenomics ile bağlantı kurulabilir. Distile su (DNAaz ve RNAaz sız) Titanyum Taq DNA Polimeraz ( Önerilen Titanyum Taq DNA Polimeraz ve sağlayıcısını öğrenmek için AutoGenemics Ürün Katalog una bakınız.) EKİPMANLAR Aşağıdaki ekipmanlar gereklidir fakat test ile beraber sağlanmamaktadır: AutoGenomics Ürün Kodu 10-0010-00: INFINITI Analizör - Qmatic işletim yazılımı ile birlikte AutoGenomics Ürün Kodu 11-0020-00: INFINITI Atık treyleri AutoGenomics Ürün Kodu 11-0030-00: INFINITI 24 well plate/lids AutoGenomics Ürün Kodu 11-0050-00: INFINITI Temp Cycle Plate AutoGenomics Ürün Kodu 11-0060-00: INFINITI Atık trey / Stir Bars AutoGenomics Ürün Kodu 11-0080-00: INFINITI Pipet uçları 8-kuyucuk Düz Strip Kap (Genesee Scientific, Catalog No. 22-623) Pipetler Mini santrifüj Pipet uçları Mikrofüj tüp rakları 6 of 10

Termocycler Vortex PCR için 0.2 ml inceliğinde Wall tüpleri 1.5 ml mikro santrifüj tüpleri 24 lük Well Plate (24 WP) AutoGenomics TEST PROSEDÜRÜ DNA Ekstraksiyonu Kullanılan DNA ekstraksiyon kiti ile birlikte verilen talimatları izleyin. Tavsiye Edilen DNA Kontrolleri Pozitif kontrollerin (heterozigot ve / veya homozigot örnekleri) çalışılan her teste dahil edilmesi önerilir. Ayrıca, negatif kontrol ( vahşi tip numune) ve bir no template kontrol (moleküler derecede su) ayrıca her test çalışmasına dahil edilmelidir. Coriell DNA örnekleri (www.coriell.org) pek çok tesbit edilmiş genotip için uygun bir pozitif kontroldür. PCR Reaksiyonu Not: Titanyum Taq DNA polimeraz buz üstünde tutun. Reaktifleri oda sıcaklığında çözüp hemen buz içerisinde muhafaza edin. Amplifikasyon Mix tüpünü 2 5 sn santrifüj edin. Kontaminasyondan kaçınmak amacıyla PCR reaksiyonu aksamı için ayrılmış bir alan kullanın. Pipetleri ve çalışma alanını taze hazırlanmış % 10 luk çamaşır suyu ile dezenfekte edin. Örnekleri ve kontrolleri çalışırken değişik filtre ipuçları ve eldiven kullanılmalıdır. PCR ürünleri microarraylere yüklenmeden önce depolanamaz. Süratle kullanın. 1.PCR Master Mix i hazırlayınız. Amplifikasyon mix Titanyum Taq Polimeraz 17.75 μl 0.25 μl PCR Master mix in toplam hacmi 18.0 μl Not: Gereken reaktif miktarını uygulanan testin sayısına göre hesaplayınız. 2. PCR maste mixi hafifçe vorteksleyiniz, 18 μl PCR master mixi 24lük well plate kuyucuklarına ekleyiniz. 3. 2 μl örnek DNA (25 ng/μl ) ekleyiniz. PCR master mix 18.0 μl Örnek DNA 2.0 μl Amplifikasyon reaksiyonun toplam hacmi 20.0 μl 7 of 10

4. 24 lük well-plate i 8-well flat strip kapakları ile kapatın termocycler a yerleştirin ve aşağıdaki programı kullanarak amplifikasyon reaksiyonunu başlatın; Basamaklar Sıcaklık o C Süre Döngü sayısı 1 95 4 dak N/A 2 95 56 72 15 sn 15 sn 15 sn 40x 3 4 Bekleme 1 Not: Eppendorf Mastercycler EP (aluminyum blok) kullanıldığında ramp rate kurulumu %75 olduğunda total döngü için geçen zaman 1 saat 9 dak. Dır( +5 dak.). Diğer Termal Cycler lar kullanıldığında eş zamanı elde edecek şekilde ramp ayarı yapınız. Örnek Yükleme Lütfen INFINITI Analizör Kullanıcı El Kitabı na bakın (Kısım kodu: EM 34000) 24-well pleyti INFINITI Analizöre yükleyiniz. Test spesifik magazin, Intellipack pipet uçları ve yıkama solusüsyonlarını cihaza yükleyiniz. INFINITI Analizör ün İşleyişi Lütfen INFINITI Analizör Kullanıcı El Kitabı na bakın (Kısım kodu: EM 34000) KALİTE KONTROL Termal cycler ın düzenli aralıklarla AutoGenomics 'özelliklerine göre bakımı yapılmalı ve kalibre edilmelidir. KISITLAMALAR Bu metottan elde edilen sonuçlar sadece genel klinik tanı bağlamında yorumlanmalıdır. AutoGenomics alınan herhangi bir klinik karardan sorumlu değildir. Bu prosedür ile bir mutasyonun tespit edilmesi bir başka mutasyonun olmadığının garantisini vermez. Başka bir mutasyonun varlığı olasıdır ve bu kit tarafından tespit edilmemiştir. 8 of 10

SONUÇLARIN YORUMLANMASI AutoGenomics INFINITI Faktör V Leiden için Sistem Denemesinden elde edilen sonuçlar, Faktör V Leiden G1691A mutasyonu için genotipleri tespit edilerek genotip çağrısı biçiminde sunulmuştur. Mutasyonlar W (Yabani tip), H (Heterozigot) veya M (Mutant) olarak tespit edilir. Genotip "çağrı" ya ek olarak oran ve sinyal (RFU) her analit için verilmiştir. Sonuç bulunamaz ve ekranda sonuç sayfasının sağ alt köşesinde hata mesajı gözlenir ise denemenin tekrar edilmesi gerekmektedir. Örneğin Error #125 Non template control equivalent mesajı bir veya daha fazla örneğin genotiplenemediğini göstermektedir. Bir Error Log dosyası sorunu tanımlamak için oluşturulur. Hatalar hakkında daha fazla bilgi için; INFINITI Analizatör Kullanıcı El Kitabı nın Arıza Teşhisi kısmına başvurunuz. Daha detaylı bilgilendirme ve yardım için lütfen teknik servise başvurunuz. ATIK INFINITI Faktör II-V Leiden için Sistem Denemesi atıkları, laboratuvarlarda meydana gelen yaygın çöplerdendir ve klinik laboratuarın politika/prosedürlerine uygun olarak işlem görmelidirler. PERFORMANS ÖZELLİKLERİ Analitik Spesifite Özgüllük ile ilgili çalışmalar analiz gelişimi sırasında yapılmıştır. PCR primer özgünlüğü bir jel üzerinde amplikon boyutuna göre belirlenmiş ve amplikon sıralaması yapılmışır. ASP primer özgünlüğü bilinen genomik örnekleri kullanılarak test tarafından gönderilen doğru genotipler ile tespit edilmiştir. Prob un yakalama spesifitesi farklı oligoların hibridizasyonu ile tespit edilmiştir ve bilinen noktaya doğru oligo hibridleşmesini göstermektedir. Analitik Duyarlılık INFINITI Factor II-V Leiden için Sistem Denemesi, en düşük 1 ng en yüksek 300 ng DNA yı ölçebilmektedir. BU deneme için en düşük 25 ng DNA önerilmektedir. Yüzde Uyum Üç farklı klinik merkezde yürütülen INFINITI Faktör II-V Leiden için Sistem Denemesi ile FDA doğrulama metodunun kıyas çalışmalarının sonuçları Faktör V ile doğrulama metodu % 100 doğruluk Kıyas çalışmasının sonuçları tablo 1 de özetlenmiştir; Tablo 1 Genotip Test edilmiş sayı İlk çalışmada ki doğru çağrı sayısı İlk çalışmadaki geçersiz çağrı* sayısı İlk çalışmanın uyumu Doğru çalışma sayısı tekrarlanmış çalışmalar dahil. Geçersiz çalışma sayısı tekrarlanmış çalışmalar dahil. Tekrar edilen çalışmalardan sonra uyum Faktör V G1691A WT 113 101 12 89.4% 113 0 100% 9 of 10

MUT 15 15 0 100% 15 n/a 100% HET 47 45 2 95.7% 47 0 100% Overall 175 161 14 92.0% 175 0 100% * Uyumsuz sonuç yok. Geçersiz sonuçlar için "belirsiz" sonuçlarına bakın Duyarlılık / Tekrarlanabilirlik Çipten çipe: Aynı örneği ve aynı INFINITI Analizörü kullanarak, bir lotta 3 BioFilmChip microarray olmak üzere denemede beş kez tekrarlanmıştır. Her her vahşi tip çağrı veren mutasyonun üç tekrarlı sonuçlarında CV değerlerinin %9 12 aralığında olduğu tespit edilmiştir. Her seferinde farklı INFINITI Analizörü kullanılmak üzere iki kez tekrarlanmıştır. Bütün çağrılar %100 doğrudur. Lottan lota: BioFilmChip microarrayin üç lotu her seferinde farklı bir örnekle aynı cihaz kullanılarak 4 kere test edilmiştir. RFU okumadaki dört testten üçünde (p > 0.05) lottan lota farklılıkları İki yönlü ANOVA da tespit etmemiştir ve bir çalışmadaki lottan lota farklılıklar tespit edilmiştir (0.05 > p > 0.01). Genotip çağrıları %100 doğrudur. Günden güne: Bilinen genomik örnekler aynı cihaz kullanılarak her gün 12 defa olmak üzere üç gün denenmiştir RFU sinyal CV birinci gün 1.35-14.87 ikinci gün 0.77-19.72 ve üçüncü gün 0.41-21.2 aralığındadır. Genotip çağrıları %100 doğrudur. Hassasiyet / Tekrarlanabilirlik - Cihaz Bir DNA örneği üç farklı INFINITI Analizör ve tek lot BioFilmçipleri kullanılarak 5 kez çalışılmıştır. Cihaz içi: Tek cihaz tek çip 5 çalışma %CV oranı: %0.9-28.3. Genotip çağrılar %100 tekrarlanabilir. Cihazlar arası: Tek cihaz tek çip 5 çalışma %CV oranı:% 0.5 - % 12. Genotip çağrılar %100 tekrarlanabilir. Üç farklı günde Standart (non-assay) Microarray Çip kullanılarak üç farklı cihaz test edilmiştir. Her cihaz testinde Standart (non-assay) Microarray Çip deki yakalama probları 24 kez okunmuş, ortalaması alınmış, spot için %CV hesaplanmıştır. Test edilen üç cihaz için, %CV oranları listesi; Cihaz Ave %CV %CV Oranı 1 4.03% 1.9-7.5% 2 3.99% 2.7-6.5% 3 3.24% 1.9-5.3% Örnek Taşınması ( Carry-over) 300 ng konsantrasyonundaki vahşi tip örneklerin (FV-WT; FII-WT)ardından 10 ng konsantrasyonundaki pozitif örneklerin (FV-WT; FII-M), 300 ng konsantrasyonundaki heterozigot örneklerin (FV-H; FII-H) ve No Template Kontrol leri nin uygulandığı çalışmalarda örnek taşınması gözlenmemiştir. No Template Kontrol veya su altı kez çalışılmıştır. İnterferans 10 of 10

Çalışmaların sonuçları göstermiştir ki; 8mg/dL bilirubin, 70mg/dL kolestrol ve 1333v/dL heparin düzeylerinde interferans gözlenmemektedir. Çalışmalar oral anti koagülan ile yapılmamıştır, talep edilmemiştir. REFERANSLAR 1. Peterson LC, Hedner U, Wildgoose P. In: High KA, HR Roberts eds. Molecular basis of thrombosis and hemostasis. New York: Marcel Dekker,1995. 2. Grody W, Griffin J, Taylor A, Korf B, Heit, J. (2001) American College of Medical Genetics Consensus Statement on Factor V Leiden Mutation Testing, Genetics in Medicine, 3:2, 139-147. 3. Salomon O. et al; Single and Combined Prothrombotic Factors in Patients With Idiopathic Venous Thromboembolism; Arteriosclerosis, Thrombosis, and Vascular Biology. 1999;19:511-518) 1999 American Heart Association, Inc. 11 of 10