CMV/EBV/HHV6 Quant Real-TM EL KİTABI

Benzer belgeler
HSV/CMV Real-TM. El Kitabı. Herper Simplex Virus (HSV) ve Cytomegalovirus (CMV) ün Eş Zamanlı Tespiti için Multiplex Real Time PCR Kiti

HLA B*5701 Real-TM El Kitabı

CMV Real-TM Quant. El Kitabı. Sitomegalovirüs (CMV) Kalitatif Tespiti için Real Time PCR Testi REF V7-100FRT. In Vitro Kullanım için

CMV Real-TM Quant. El Kitabı

Avian Flu Screening&Typing H5, H7

RTA DNA qpcr Probe Master Mix

Liste Numarası in Vitro Diagnostik Kullanım için. Son Kullanma Tarihi

Сhlamydia trachomatis/ureaplasma/ M.hominis Real-TM El Kitabı

El Kitabı. HHV6 Real-TM Quant. İnsan Herpes Virus 6 Kantitatif Tespiti İçin Real Time PCR kiti REF V10-100FRT REF TV10-100FRT IVD

Toxoplasma gondii Real-TM El Kitabı

EBV Real-TM Quant. El Kitabı. Kalitatif Tespiti için Real Time PCR kiti Epstein Barr Virüs (EBV) REF V9-50FRT REF V9-100FRT REF TV9-50FRT

Parvovirus B19 Real-TM Quant. El Kitabı. Parvovirus B19 Kantitatif Tespiti için Real Time PCR Kiti

Pneumocystis jirovecii (carinii) Real-TM Real Time Kit

Сhlamydia trachomatis/ Neisseria/M.genitalium Real-TM El Kitabı

MERS-SARS CoV Real-TM El Kitabı

BRCA 1/2 DNA Analiz Paneli

Mitokondrial DNA Analiz Paneli

Pneumocystis jirovecii (carinii) Real-TM

SaMag Extraction kiti Kullanım Klavuzu

BCR-ABL M-bcr Real-TM Quant

HSV I/II Typing Real-TM. El Kitabı. Real Time PCR Herpes Viruseleri I ve II nin kalitatif belirleme ve ayırt etme kiti

EL KİTABI. Klamidya trakomatis Real-TM. Klamidya trakomatis Kalitatif tespiti için Gerçek zamanlı Polimeraz Zincir Reaksiyonu (PCR) kiti

HPV 6/11 FEP. in Vitro Diagnostik kullanım REF TV11-100FEP VER Kullanılan Semboller. REF Liste Numarası 2-8 C/ -20 C de saklayın

Rubella Real-TM Qual El Kitabı

RTA JEL / PZR Saflaştırma Kiti

Influenza A H1N1 & H3N2 Real-TM. El Kitabı. Influenza A H1N1 ve H3N2 virusleri tespiti için Real Time Amplifikasyon testi

Kistik Fibrozis DNA Analiz Paneli

Kullanılan Semboller. in Vitro Diagnostik Kullanım için

artus BK Virus QS-RGQ Kit

Kullanılan Semboller. REF Liste Numarası 2-8 C de saklayın in Vitro Diagnostik kullanım Dikkat! IVD. LOT Lot Numarası VER Versiyon.

HPV High Risk Screen Real-TM Quant

El Kitabı. Candida albicans Real-TM. Kalitatif Tespiti için Real Time PCR kiti Candida albicans REF F1-100FRT REF TF1-100FRT

Listeria Monocytogenes Real time PCR Tespit Kiti

REAKSİYON PRENSİPLERİ

Protokolü PD S Reaksiyon

Protokolü PD S Reaksiyon

BIONEER MARKA ACCUPOWER EBV QUANTATIVE PCR KİTİ PROTOKOLÜ

N.gonorrhoeae/C.trachomatis/ M.genitalium/T.vaginalis Real-TM

attomol apo B-100 quicktype

MTB Real-TM EL KİTABI. Mycobacterium tuberculosis complex tespiti için Real Time PCR kiti. Sadece in Vitro Diagnostic Kullanım için

RTA Kandan Genomik DNA İzolasyon Kiti

Legionella pneumophila Real-TM

İn Vitro Diagnostik Kullanım için IVD. Kullanılan Semboller. REF Liste Numarası 2-8 C/ -20 C de saklayın. in Vitro Diagnostik kullanım için IVD

iq icycler (Bio-Rad)* ile kullanılan Real Time Kit HSV I/II Typing Real-TM

in Vitro Diagnostic Kullanım için IVD REF Liste Numarası 2-8 C/ -20 C de saklayın Sadece Araştırma Kullanımı için RUO LOT Lot Numarası VER Versiyon

HPV 6/11 Real-TM. in Vitro Diagnostik Kullanım için IVD. Kullanılan Semboller. in Vitro Diagnostik Kullanım için. Dikkat! Lot Numarası.

Eylül 2015 artus HSV-1/2 QS-RGQ Kiti: Performans Özellikleri

Kullanılan Semboller. Son Kullanma Tarihi

QMS TOPIRAMAT. İmmün testi. Simgelerin Açıklamaları TOPIRAMATE KONTROLLERİ

hrsv FEP EL KİTABI in Vitro Diagnostik kullanım için Kullanılan Semboller Lot Numarası Versiyon Üretici Reaktif İçerir REF TV37-50FEP

ARVI Screen Real-TM. El Kitabı

artus HCV QS-RGQ Kit Performans Özellikleri Ocak 2014 Sample & Assay Technologies Saptama limiti (LOD) Versiyon yönetimi

QMS LAMOTRIGINE. İmmün testi. Simgelerin Açıklamaları LAMOTRİGİN KALİBRATÖRLERİ

IVD. İSİM Neisseria gonorrhoeae Real-TM

HBV Real-TM Quant Dx El Kitabı

attomol HLA-B*27 Sadece in vitro diagnostik kullanım içindir! 1.Giriş 2. Genel Açıklamalar

RTA Plazmid DNA İzolasyon Kiti

QMS LAMOTRIGINE. İmmün testi. Simgelerin Açıklamaları LAMOTRİGİN KONTROLLERİ

IVD. İSİM Ur. parvum/urealyticum Real-TM

attomol lactose intolerance C>T quicktype

Avian A Tarama & H5N1Tipleme FRT

REAKSİYON PRENSİPLERİ

QIAsymphony DSP Dolaşan DNA Kiti

RTA Bakteriden Genomik DNA İzolasyon Kiti

INNO-LiPA HLA-DPB Amplifikasyon

Performans Özellikleri

RTA Mayadan Genomik DNA İzolasyon Kiti

HCV Real-TM Quant Dx El Kitabı

RTA Viral DNA İzolasyon Kiti Kullanma Kılavuzu Yayın Tarihi

α1-antitrypsin quicktype

in Vitro Diagnostik kullanım Kullanılan Semboller REF Liste Numarası 2-8 C/ -20 C de saklayın Sadece Araştırma Kullanımı için RUO Dikkat!

artus JCV RG PCR Kit El Kitabı

Yöntem ve Test Seçimine Yaklaşım. Dr. Alpay Özbek Mikrobiyoloji ve Klinik Mikrobiyoloji AD. Dokuz Eylül Üni. Tıp Fak. İZMİR

18- Teklif veren firma üretici firmadan aldığı yetki belgesini sunmalıdır.

VİRAL TANI KİTLERİ (GFJ-480)

RTA Viral Nükleik Asit İzolasyon Kiti

J Popul Ther Clin Pharmacol 8:e257-e260;2011

ı. BCR-ABL Mbcr Kiti(p210) 144 test

REF Liste Numarası 2-8 C/ -20 C de saklayın. in Vitro Diagnostik kullanım için. Dikkat! LOT Lot Numarası VER Versiyon. Üretici.

RTA Dokudan ve Parafine-Gömülü Dokudan Genomik DNA İzolasyon Kiti

Bu Döküman Uludağ Üniversitesi Rektörlüğü'ne aittir. Başkaları tarafından kullanılamaz ve çoğaltılamaz.

MAIA Pesticide MultiTest

Versiyon 1 Rotor-Gene Q aletleriyle kullanılmak üzere

INNO-LiPA HLA-DQA1 Multiplex

Mikrobiyolojide Moleküler Tanı Yöntemleri. Dr.Tuncer ÖZEKİNCİ Dicle Üniversitesi Tıp Fakültesi Tıbbi Mikrobiyoloji A.D

INNO-LiPA HLA-DRB1 Amp Plus

Kırım Kongo Kanamalı Ateş hastalarında ağırlık ve ölüm riskinin tahmininde plazma cell-free DNA düzeyinin önemi

INNO-LiPA HLA-DRB Dekoder Amplifikasyon.

Test Circulating Tumor Cell Control Kit

Versiyon 1 Rotor-Gene Q aletleriyle kullanılmak üzere

artus Parvo B19 RG PCR Kiti El Kitabı

artus EBV RG PCR Kiti El Kitabı

RT-PCR. (reverse transckripsiyon-polimeraz zincir reaksiyonu) Dr Gülnur Güler

Tissue_LC_200_V7_DSP ve Tissue_HC_200_V7_DSP (QIAsymphony DSP DNA Mini Kiti için kullanıcı açısından doğrulanmıştır)

Steril pyrüili böbrek nakli hastalarında gerçek zamanlı multipleks polimeraz zincir reaksiyon test sonuçları

HIV Real-TM Quant Dx El Kitabı

attomol HSV 1, 2 Screening-DNA-LINA

artus HI Virus-1 RG RT-PCR Kit El Kitabı

attomol VZV-DNA-LINA Sadece in vitro diagnostik kullanım içindir! 1.Giriş

BK VIRÜS R-gene REF REF B

Transkript:

In Vıtro Tanısal Kullanım için Sadece Profesyonel Kullanım için CMV/EBV/HHV6 Quant Real-TM EL KİTABI Sitomegalovirüs (CMV), Epstein Barr Virus (EBV) ve İnsan Herpes 6 Virus (HHV6) ün Tespit ve Farklılaşması için Multipleks Real Time PCR Kiti REF V48-100FRT 100

İSİM CMV/EBV/HHV6 Quant Real - TM KULLANIM AMACI CMV/EBV/HHV6 Quant Real-TM biyolojik materyalde Sitomegalovirüs(CMV), Epstein Barr Virus (EBV) ve İnsan Herpes 6 Virüsün, (HHV6) kantitatif algılama ve farklılaşması için Real- Time Amplifikasyon "testidir. DNA örneklerden ekstrakte edilir, CMV/EBV/HHV6 ve İç Kontrol (IC) için floresan boya prob spesifik ile real time kullanılarak amplifiye edilir. Test PCR analizi aşamasını, materiyal örneklemesini ve saklama koşullarını kontrol eden bir İç kontrol (globin geni) içerir. PCR TESPİTİNİN PRENSİBİ CMV, EBV ve HHV6 nin hibridizasyon- floresans ile PCR ile tespiti, DNA nın klinik örnekten ekstraksiyonunu ve patojen genomunun spesifik bölgelerinin amplifikasyonunu içerir. Klinik materyalden DNA nın ekstraksiyonu sırasında, insan genomik DNA sı (endojen İç Kontrol) amplifiye olur. Endojen iç kontrol (IC Glob) PCR analiz aşamalarını, materyla örneklemesini ve saklama koşullarını kontrol eder. Ardından elde edilen örnekler spesifik primerler ve Polimeraz (TaqF) amplifiye edilir. Real-time PCR da amplifiye ürünler floresans boyalar kullanılarak tespit edilir. Bu boyalar, amplifiye ürüne spesifik olarak bağlanan oligonükleotit problara bağlanır. Floresans şiddetin real-time PCR süresince gerçek zamanlı görüntülenmesi reaksiyon tüplerinin PCR çalışmasının ardından tekrar açılmasına gerek kalmadan biriken ürünleri tespit eder. SAĞLANAN MATERYALLER Reaktifler Açıklama Volume, ml Quantity PCR-mix-1-FRT EBV / CMV / HHV-6 / Glob renksiz berrak sıvı 0.6 2 tüp PCR-mix-2-FRT renksiz berrak sıvı 0.3 2 tüp Polimeraz (TaqF) renksiz berrak sıvı 0.03 2 tüp RNA-tamponu renksiz berrak sıvı 0.6 1 tüp DNA kalibratör КSG1 renksiz berrak sıvı 0.2 1 tüp DNA kalibratör КSG2 renksiz berrak sıvı 0.2 1 tüp Negatif Kontrol (C-)* renksiz berrak sıvı 1.2 2 tüp Pozitif Kontrol DNA EBV / CMV / HHV-6 ve insan DNA** renksiz berrak sıvı 0.1 2 tüp * Ekstraksiyon prosedüründe Ekstraksiyon Negatif Kontrolü olarak kullanılmalıdır. * Ekstraksiyon prosedüründe Ekstraksiyon Pozitif Kontrolü olarak kullanılmalıdır. (PCE).

GEREKLİ AMA VERİLMEYEN MATERYALLER DNA ekstraksiyon kit. Tek kullanımlık tozsuz eldiven ve laboratuvar önlüğü. Pipetler (ayarlanabilir). Aerosol bariyerli steril pipet uçları ( up to 200 µl). Tüp rakları. Vortex karıştırıcı. 2 mllik reaksiyon tüpleri için masaüstü rotorlu santrifüj. PCR kutusu. Real Time PCR termocycler (Rotor-Gene 3000 or Rotor-Gene 6000 (Corbett Research,); Rotor-Gene Q (Qiagen) iq5 and icycler iq (Bio-Rad), Mx3000P (Stratagene). PCR veya PCR-plaka için polipropilen mikrotüp. 2-8 C için buzdolabı. -16 C için derin dondurucu. Kullanılan pipet uçları için atık kutusu. DEPOLAMA TALİMATLARI CMV/EBV/HHV6 Quant Real-TM PCR kitinin bütün bileşenleri (Polimeraz taqf, PCR-mix-1- FRT EBV / CMV / HHV-6 / Glob, PCR-mix-2-FRT hariç) 2-8 C de saklanmalıdır. Kit 2-8 C de sevk edilebilir ama alındığında -20 C de saklanmalıdır. Aksi belirtilmediği sürece, reaktiflerin ilk kullanımdan önce ve sonraki raf ömrü aynıdır. KARARLILIK CMV/EBV/HHV6 Quant Real-TM Test kit etiketinde belirtilen son kullanma tarihine kadar kararlıdır. Ürün, etiketin üzerinde belirtilen kontrol tarihine kadar işlemeye devam edecektir. Işık, ısı ve neme maruz kalmak bazı kit bileşenlerini etkileyebilir. Bu durumdan kaçınılmalıdır. Reaktiflerin sürekli dondurulup-çözülmesinden kaçınılmalıdır. Bu durum reaktiflerin hassasiyetine zarar verebilir. Etiketinin üzerinde bulunan talimatlara uygun saklanmayan reaktiflerin performansı etkilenebilir ve bu durum test sonuçlarını ileri derecede etkileyebilir. UYARI VE ÖNLEMLER In Vitro Tasıl Tıbbi Cihaz Sadece In Vitro Tanısal kullanım 1. Numuneler e reaktifler ile çalışırken tek kullanımlık eldiven ve göz koruması kullanın laboratuvar önlüğü giyin. Sonrasında ellerinizi güzelce yıkayın. 2. Ağızla pipetleme yapmayın. 3. Çalışma alannda yemek yemeyin, sıvı tüketmeyin, sigara içmeyin, makyaj yapmayın veya kontak lenslerinizi çıkarıp-takmayın. 4. Son kullanma tarihinden sonra bir kiti kullanmayın.

5. Tüm örnekler ve kullanılmayan reaktifleri yerel düzenlemelere uygun olarak atın. 6. Biyogüvenlik Seviyesi 2, bulaşıcı maddeler içeren veya içerdiğinden şüphelenilen malzemeler için kullanılmalıdır. 7. % 0,5 'lik sodyum hipoklorit ya da diğer uygun bir dezenfektan kullanılarak bütün numune veya reaktiflerin tüm döküntülerini temizleyin ve dezenfekte edin. 8. Deri, göz ve mukozanın örnek ve reaktiflerle temasından kaçının. Eğer özelti temas ederse, su ile yıkayınız ve hemen bir doktora başvurun. 9. Malzeme Güvenlik Bilgi Formları (MSDS) istek üzerine sağlanır. 10. Bu ürünün kullanımı DNA amplifikasyonunda eğitilmiş personel ile sınırlı olmalıdır. 11. PCR reaksiyonları kontaminasyona karşı hassastır. Iyi laboratuvar uygulamaları uyarınca laboratuvarda kontaminasyon riskini en aza indirmek için PCR sürecindaki uygulamaların fiziksel ayrımı gereklidir. 12. Labarotuvardaki çalışma akışı tek yönlü işlemelidir. Ekstraksiyon alanında başlamalı PCR ve ardından tespit alanına doğru devam etmelidir. Önceki basamakların gerçekleştirildiği alanlara örnek, ekipman ve reaktif taşımayın. Kitin bazı bileşenleri koruyucu olarak Sodyum azid içerir. Reaktifin taşınması sırasında metal tubing kullanmayın. PCR analizi, nakliye ve depolama için biyolojik maddelerin örneklemesi üreticinin el kitabında ayrıntılı olarak tarif edilmiştir. Bu el kitabının işin başlamadan önce okunması tavsiye edilir. KALİTE KONTROL Sacace s ISO 13485-Certified Kalite Yönetim Sistemi uyarınca, her lot tutarlı ürün kalitesini sağlamak için önceden belirlenmiş özellikleri karşı test edilir. ÖRNEKLERİN TOPLANMASI, SAKLANMASI VE TAŞINMASI CMV/EBV/HHV6 Quant Real-TM aşağıdaki materyallerden ekstrakte edilen DNA lar ile kullanılabilir: ACD veya EDTA tüplerinde toplanan tüm periferik ve göbek kordon kanı; buffy coat; Doku mekanik homojenizatör ile homojenize edildi ve steril PBS içinde çözüldü; idrar (sediment); sürüntü: fırçayı nükleazsız 1,5 ml tüpe koyun ve 0,2 ml transfer ortamı ekleyin. Ortamın içerisindeki fırçayı 15-20 saniye şiddetle sallayın. Örnekler 2 8 C de 24 saatten uzun süreli olmamak şartıyla daha uzun süreli saklamak için 20/80 C de dondurun. Klinik örneklerin,etyolojik ajanların taşınması için ulaştırma ülke, federal, eyalet ve yerel yönetmeliklere uygun olmalıdır.

DNA İZOLASYONU Aşağıdaki kitler önerilir: DNA-Sorb-B (Sacace, REF K-1-1/B) DNA/RNA-Prep (Sacace, REF K-2-9) Ekstraksiyonunu üreticinin talimatlarına uygun olarak gerçekleştiriniz. DNA C ile işaretli tüpe 100 µl Negatif Kontrol koyun. PCE ile işaretli tüpe 90 µl Negatif Kontrol ve 10 µl Pozitif Kontrol DNA EBV / CMV / HHV-6 ve insan ekleyin. PROTOKOL (Reaksiyon hacmi 25 µl): 1. Steril tüpte her örnek için 10*N µl PCR-mix-1 CMV/EBV/HHV6/IC, 5,0*N PCR-Buffer-FRT ve 0,5*N TaqF DNA Polimeraz hazırlayın. Vorteksleyin ve 2-3 sn santrifüj edin. 2. Örnek ve kontroller için gerekli sayıda tüp hazırlayın ve herbirine 15 µl Reaksiyon Mix ve 10 µl ekstrakte DNA örneği ekleyin. Pipetajla karıştırın. (Ekstrakte edilmiş DNA içeren tüpleri 2 dakika maksimum hızda (12000-16000 g) santrifüj edin ve süpernatantı dikkatli alın. N.B. pelleti dağıtmayın. Sorbent reaksiyonu inhibe eder!). 3. Nitel analiz için: NCA NCA (Amplifikasyonun Negatif Kontrolü) etiketli tübe - 10 µl RNA-buffer ekleyin. C+ C+ (Amplifikasyonun Pozitif Kontrolü ) etiketli tüpe - 10 µl DNA kalibratör КSG2 ekleyin. 4. Nicel analiz için: NCA Kalibratörler КSG1 ve КSG2 NCA (Amplifikasyonun Negatif Kontrolü) etiketli tüpe - 10 µl RNA-buffer ekleyin. İki tüpe 10 µl КSG1 ekleyin ve diğer iki tüpe 10 µl КSG2 ekleyin. Tüpleri kapatın ve cihaza şu sıra ile yerleştirin: örnekler, Negatif Kontroller, pozitif Kontroller, Standartlar.

Rotor-tip cihazlar için amplifikasyon programı1 Basamaklar Sıcaklık, С Süre Floresans tespit Döngü Hold 95 15 dak 1 Döngü 1 Döngü 2 95 5 s 60 20 s 72 15 s 95 5 s 60 20 s FAM/Green, JOE/Yellow, ROX/Orange 72 15 s plate-tip ve modüler tip cihazlar için amplifikasyon programı2 5 40 Basamaklar Sıcaklık, С Süre Floresans tespit Döngü 1 95 15 dak 1 2 3 95 5 s 60 20 s 72 15 s 95 5 s 60 30 s FAM, JOE/HEX/Cy3, ROX/TexasRed, Cy5 72 15 s 5 40 1 Örneğin Rotor-Gene 6000/Q (Qiagen) 2 Örneğin iq5 (BioRad); Mx3005P (Agilent Technologies), ABI 7500 Real Time PCR (Applied Biosystems), SmartCycler (Cepheid) SONUÇ ANALİZİ β-globin gen DNA (IC), FAM/Green kanalında, EBV DNA, JOE/HEX/Cy3/Yellow kanalında, CMV DNA, ROX/TexasRed/Orange kanalında, vehhv6 DNA, Cy5/Red kanalında tespit edilir. Sonuçların yorumlanması Sonuçlar eşik hattı ile floresan eğrisinin çakışmasına göre (ya da çakışmamasına ) cihazın yazılımı tarafından yorumlanır. 1. EBV DNA örneğinin pozitif kabul edilmesi için: JOE/HEX/Cy3/Yellow kanalındaki sistem sonuçlarında Ct değeri tespit edilmeli ve pozitif sonuçların eşik değerini aşmamalı. 2. CMV DNA örneğinin pozitif kabul edilmesi için: ROX/Orange/TexasRed kanalındaki sistem sonuçlarında Ct değeri tespit edilmeli ve pozitif sonuçların eşik değerini aşmamalı. 3. HHV6 DNA örneğinin pozitif kabul edilmesi için:

Cy5/Red kanalındaki sistem sonuçlarında Ct değeri tespit edilmeli ve pozitif sonuçların eşik değerini aşmamalı. 4. Kalitatif analiz için, örneğin negatif kabul edilmesi için: FAM/Green kanalındaki sistem sonuçlarında Ct değeri ürün bilgi formundaki değeri aşmamalıdır. 5. Kantitatif analiz için, IC Glob DNA miktarı tam kan, beyaz kan hücresi ve iç organ biyopsisi için 2000 kopya/reaksiyondan, tükürük ve oropharyngeal sürüntü için 500 kopya/reaksiyondan fazla olmalı. FAM/Green kanalı sistem tablosunda Beyin omurilik sıvısı için (liquor), Ct değeri, Ürün Veri Kartında belirtilen Ct değerinden yüksek olabilir veya kantitatif analiz halinde beyin omurilik sıvısı örnekleri çok az sayıda hücre içerdiğinden IC Glob DNA miktarı reaksiyon başına 500 kopyadan az olabilir. 6. Kalitatif analiz için, JOE/HEX/Yellow, ROX/Orange, veya Cy5/Red kanalında sonuç sisteminde Ct değeri tespit edilemez veya eşik değerinden yüksek bir değerde olursa ve FAM/Green kanalında sonuç sisteminde tespit edilen Ct değeri Ürün Veri Formunda belirtilen değeri aşarsa analizin sonuçları geçersiz sayılır. 7. Kalitatif analiz için, JOE/HEX/Yellow, ROX/Orange, veya Cy5/Red kanalında sonuç sisteminde Ct değeri tespit edilemez veya eşik değerinden yüksek bir değerde olursa ve IC Glob DNA miktarı reaksiyon başına tam kan, beyaz kan hücresi, iç organ biyopsi materyali için 200 kopyadan az ise veya tükürük ve oropharyngeal sürüntü için 500 kopyadan az ise, analizin sonuçları geçersiz sayılır. Örneklerin PCR analizi tekrarlanmalıdır. 8. Kalitatif analiz için, analizin sonuçları sadece amplifikasyon için hem pozitif hem negatif kontroller ve ekstraksiyon negatif kontrol doğru ise güvenilir sayılır. Kantitatif analiz için, C+ daki sonuçlar bu ürünün bilgi formunda belirtilen aralıkta olmalıdır. Tablo. 1. Kontrol sonuçları Kontrol Kontrol yeri Kanallarda Ct FAM/Green JOE/HEX/ Cy3/Yellow ROX/Orange/ TexasRed Cy5/Red Yorumlama NCE DNA Neg Neg Neg Neg OK ekstraksiyonu, PCR NCA PCR Neg Neg Neg Neg OK C+ PCR POZ POZ POZ POZ OK QS1 QS2 PCR Poz (Bilgi formuna bkz) Poz (Bilgi formuna bkz) Poz (Bilgi formuna bkz) Poz (Bilgi formuna bkz) OK

Kantitatif Sonuçlar Kantitatif analizlerde, toplam DNA İnsan bütün kanı, beyaz kan hücreleri ve biyopsi malzemeden ekstrakte edildi ise, kontrol ve test örneklerinde standart hücre miktarı başına DNA KOPYA (105) bir log konsantrasyonu aşağıdaki formülle hesaplanır: CMV için: log { PCR örneğindecmv DNA kopyaları x 2*105}= log {CMV DNA kopya/105 hücre}. Glob DNA kopyaları PCR örneğinde EBV için: log { PCR örneğindeebv DNA kopyaları x 2*105}= log { EBV DNA kopya/105 hücre}. Glob DNA kopyaları PCR örneğinde HHV6 için: log { PCR örneğindehhv6 DNA kopyaları x 2*105}= log { HHV6 DNA kopya/105 hücre}. Glob DNA kopyaları PCR örneğinde

Sonuçlar manuel olarak veya excel tablosu kullanılarak hesaplanabilir. Bunu yapmak için örneklerin siimlerini ilk sütuna (Sütun A) yerleştirin. Joe(Yellow)/HEX/Cy3 kanalından EBV DNA konsantrasyonlarını kopyalayın ve Excel tablosunun ikinci sütununa yapıştırın ( Sütun B). Fam(Green) kanalından IC Glob konsantrasyonlarını kopyalayın ve üçüncü sütuna yapıştırın ( Sütun C). D sütununa şu formülü girin D=LOG (B/C*200000): log değerleri belirecektir. isim Calc Conc Calc Conc (kopya/reaksiyon (kopya/reaksiy log EBV/105 A B C D 1 8742 125640 4,1 2 253 87787 2,8 3 65765 4 648 16354 3,9 5 76865 QS1 9962 9793 QS1 10011 10143 QS2 98 103 QS2 102 97 Neg PCR CMV (ROX/Orange/TexasRed kanal) ve HHV6 (Cy5/Red kanal) hesaplamasını aynı prosedürü kullanarak log miktarını sütun B ye ilgili sonuçları yerleştirerek bulun. Toplam DNA tükürük, orofaringeal sürüntü ve beyin-omurilik sıvısından (likör) elde edilir ise ml örnek başına düşen (Conc DNA) DNA konsantrasyonu aşağıdaki formül ile hesaplanır: Conc DNA = C DNA х 100 (kopya/ml) C DNA EBV DNA kopya sayısı veya CMV DNA kopya sayısı veya HHV6 DNA kopya sayısı DNA örneği Tablo 2. Nitel Analiz örneği Ct limit IC EBV CMV HHV6 28 35 35 35 No. Açıklama Fam (IC) Joe Rox (EBV) (CMV) Cy5 (HHV6) Sonuç EBV CMV HHV6 İsim Ct Ct Ct Ct 1 344 27,18 28 HHV6 - - + 2 445 26,41 34,12 32,1 CMV, HHV6 - + + 3 451 29,81 Geçersiz??? 4 456 23,3 28,48 27,7 EBV, HHV6 + - + 5 461 29,02 35,08 Geçersiz-?,? low? (low CMV) 6 472 24,83 33,28 EBV + - - 7 477 17,51 24,06 34,95 EBV, HHV6 + - + 8 489 21,32 21,85 27,2 EBV, HHV6 + - + 9 491 23,47 28,15 EBV + - - 10 494 29,88 Geçersiz??? 11 497 16,29 31,06 34,18 EBV, HHV6 + - +

12 501 18,5 32,64 CMV - + - 13 C+ 27,23 30,18 28,47 27,25 OK 14 C+ 26,06 30,45 27,95 26,58 OK 15 C+ 26,37 30,8 28,17 26,73 OK 16 C- (Neg. Control) OK 17 C- (DNA-buffer) OK 18 C- (DNA-buffer) OK KALİTE KONTROL PROSEDÜRÜ Her örneğin ekstraksiyon prosesini kontrol etmek ve olası reaksiyon inhibasyonlarını belirlemek için örnek hazırlığının başında belirlenmiş miktar Internal Kontrol (IC) her örneğe ve kontrole katılır. Örnek hazırlığını, Amplifikasyonu ve tespit basamaklarının doğru şekilde işlendiğinin doğrulanması için ekstraksiyonun Negatif Kontrolü (NCE), Negatif Amplifikasyon Kontrol (NCA), pozitif Amplifikasyon Kontrol (C+) gereklidir. Kontroller beklenen aralığın dışında ise (Kontroller için sonuçlar tablosuna bkz), bu çalışmada kullanılan bütün örnekler ve kontroller örnek hazırlık aşamasından başlanarak tekrarlanmalıdır. SORUN GİDERİLMESİ Analiz sonuçları aşağıdaki durumlarda dikkate alınmaz: 1. JOE/Yellow/HEX, FAM/Green, ROX/Orange and Cy5/Red kanallarında Amplifikasyonun Negatif Kontrolü (NCA) ve Ekstraksiyonun Negatif Kontrolü (C-) için sonuç sisteminde herhangi bir CT değerinin bulunması reaktifler veya örneklerde kontaminasyonu olduğunu gösterir. Bu durumda, PCR analizi patojen ve DNA ekstraksiyon aşamasından başlayarak tespit edildiği tüm numuneler için tekrarlanmalıdır. 2. Kalitatif analiz için, JOE/Yellow/HEX, FAM/Green, ROX/Orange, veya Cy5/Red kanallarında PCR ın Pozitif Kontrol sonuç sisteminde Ct değeri yok ise, patojen DNAsının tespit edilemediği bütün örnekler için amplifikasyonu tekrarlamak gerekmektedir. 3. Eğer örnek için Ct değeri JOE/Yellow/HEX/Cy3, ROX/Orange/TexasRed, Cy5/Red kanalında tespit edilmezse veya Veri Formunda belirtilen sınır Ct değerini aşıyorsa ve FAM/Green kanalında örnek için Ct değeri IC için maximum Ct değerinden yüksekse, analiz DNA ekstraksiyon aşamasından başlanılarak tekrar edilmelidir. Bu hata, klinik materyallere yanlış muameleden ötürü DNA kaybından veya PCR inhibitörü varlığından kaynaklanıyor olabilir. 4. Eğer JOE/Yellow/HEX/Cy3, ROX/Orange/TexasRed or Cy5/Red kanalında örnek için tespit edilen Ct değeri Veri Formunda belirtilen sınır Ct değerinden yüksek ise sonuç belirsiz olarak kabul edilir. Bu örneklerin çift halinde analiz edilmesi gerekir. Eğer tekrarlanabilir Ct değeri elde edilirse, sonuç pozitif sayılır; aksi durumda, sonuç belirsiz sayılmalıdır.

PERFORMANS ÖZELLİKLERİ Hassasiyet CMV/EBV/HHV6 Quant Real-TM PCR kitinin analitik hassasiyeti aşağıdaki tabloda verilmiştir; Klinik materyalin tipi Beyin omurilik sıvısı (likör), tükürük, orofaringeal sürüntü ve lavaj Nükleik asit ekstraksiyonu kit DNA/RNA-Prep Hassasiyet 400 kopya/ml Bütün insan kanı, beyaz kan hücreleri, iç organlar biyopsi DNA/RNA-Prep 5 DNA kopya per 105 hücre Özgünlük CMV/EBV/HHV6 Quant Real-TM PCR kiti Epstein-Barr virus (EBV) DNA, İnsan Herpes Virus type 6 (HHV6) DNA ve insan sitomegalovirüs (CMV) DNA DNA sı tespiti için kullanılır. CMV/EBV/HHV6 Quant Real-TM PCR kiti spesifik aktivitesi, CMV referans suşu AD 169 Epstein- Barr virus için QCMD panel ve amplifikasyon fragmanlarının diziliminden elde edilen sonuçlar ile onaylanır. Diğer virülerin DNA sı (herpes simplex virus types 1 and 2, insan herpes virus type 8, Varicella Zoster Virus, Parvovirus B19 ve diğerleri) ve bakteriyel patojenler (Staphylococcus aureus, Streptococcus pyogene, Streptococcus agalactiae, ve diğerleri), ile ilgili olarak PCR kit içeriğinin aktivite göstermez. Hedef bölge : CMV MIE, EBV LMP, HHV6 pol gen REFERANSLAR PCR detection of cytomegalovirus DNA in serum as a diagnostic test for congenital cytomegalovirus infection. C T Nelson, A S Istas, M K Wilkerson, and G J Demmler. J Clin Microbiol. 1995 December; 33(12): 3317 3318. Detection of Cytomegalovirus DNA in Peripheral Blood of Patients Infected with İnsan Immunodeficiency Virus. D. Shibata, W. John Martin, Maria D. Appleman, Dennis M. Causey, J. M. Leedom, N. Arnheim. J Infect Dis. (1988) 158 (6): 1185-1192. Multiplex PCR for six herpesviruses after hematopoietic stem cell transplantation. Sawada A, Koyama-Sato M, Yasui M, Kondo O, Ishihara T, Takeshita Y, Okamura T, Nishikawa M, Inoue M, Kawa Pediatr Int. 2011 Aug 2. doi: 10.1111/j.1442-200X.2011.03437.

Cytomegalovirus Infections in Non-immunocompromised and Immunocompromised Patients in the Intensive Care Unit. Florescu DF, Kalil AC. Infect Disord Drug Targets. 2011 Jun 16. Comparison of PCR, Antigenemia Assay, and Rapid Blood Culture for Detection and Prevention of Cytomegalovirus Disease after Lung Transplantation. Adriana Weinberg, Tony N. Hodges, Shaobing Li, Guanyung Cai, M. R. Zamora. Journal of Clinical Microbiology, February 2000, p. 768-772, Vol. 38, No. 2 Optimization of Quantitative Detection of Cytomegalovirus DNA in Plasma by Real-Time PCR. Michael Boeckh, MeeiLi Huang, James Ferrenberg, Terry Stevens-Ayers, Laurence Stensland, W. Garrett Nichols, and Lawrence Corey. Journal of Clinical Microbiology, March 2004, p. 1142-1148, Vol. 42, No. 3 Quantification of İnsan Cytomegalovirus DNA by Real-Time PCR. Elyanne Gault,Yanne Michel, Axelle Dehée, Chahrazed Belabani, Jean-Claude Nicolas, Antoine Garbarg-Chenon. J Clin Microbiol. 2001 February; 39(2): 772 775 Definitions of Cytomegalovirus Infection and Disease in Transplant Recipients. Per Ljungman, Paul Griffiths, Carlos Paya, Clin Infect Dis. (2002) 34 (8): 1094-1097

KULLANILAN SEMBOLLER İÇİN ANAHTAR Liste Numarası Dikkat! Lot Numarası <n> test için yeterli içerik In Vitro Tanısal Kullanım için Versiyon Saklama Koşulları NCA Negatif Kontrol Amplifikasyon Üretici C Negatif Kontrol Ekstraksiyon Kullanım Klavuzuna bkz Son Kullanma Tarihi C+ IC Pozitif Kontrol Amplifikasyon İç Kontrol *iq5,bio-rad Laboratories in ticari markasıdır. * Rotor-Gene Technology,Qiagene in ticari markasıdır. * MX3005P,Agilent Technologies in ticari markasıdır. *ABI,Applied Biosystems in ticari markasıdır. * SmartCycler,Cepheid in ticari markasıdır. NOT Sacace Biotechnologies Srl via Scalabrini, 44 22100 Como Italy Tel +390314892927 Fax +390314892926 mail: info@sacace.com web: www.sacace.com