VERİM DENETİMLERİ VE GENOMİK TANIMLAMA



Benzer belgeler
Hayvan Islahı ve Yetiştirme 2. ders

DR. ONUR YILMAZ. Adnan Menderes Üniversitesi Ziraat Fakültesi Zootekni Bölümü Biyometri & Genetik A.B.D.


Çine Çaparı. Prof.Dr.. Orhan KARACA. Adnan Menderes Üniversitesi, Ziraat Fakültesi, Zootekni Bölümü, AYDIN

DNA Dizileme (Sekanslama)

POLİMERAZ ZİNCİR REAKSİYONU (PZR-PCR) VE RESTRİKSİYON PARÇA UZUNLUĞU POLİMORFİZMİ (RFLP)

SNP TEK NÜKLEOTİD POLİMORFİZMLERİ (SINGLE NUCLEOTIDE POLYMORPHISMS)

Sakız Koyunu. Prof.Dr.. Orhan KARACA. Adnan Menderes Üniversitesi, Ziraat Fakültesi, Zootekni Bölümü, AYDIN

HIZLI VE YÜKSEK ÇÖZÜNÜRLÜKTE BRUCELLA GENOTİPLENDİRİLMESİ İÇİN MOLEKÜLER BİR YÖNTEM GELİŞTİRİLMESİ

HALK ELİNDE KÜÇÜKBAŞ HAYVAN ISLAHI ÜLKESEL PROJESİ. Dr. Bekir ANKARALI Daire Başkanı

I. Projenin Türkçe ve İngilizce Adı ve Özetleri İvesi Koyunlarında mikrosatellite lokuslarında polimorfizmin tespiti Güneydoğu Anadolu Tarımsal Araştı

ULUSAL BİYOÇEŞİTLİLİĞİNİN VE GEN KAYNAKLARININ KORUNMASI HEDEFLERİ DOĞRULTUSUNDA BÜYÜK MEMELİ TÜRLERİNİN ARAŞTIRILMASI, KORUNMASI VE YÖNETİMİ

MOLEKÜLER BİYOLOJİ LABORATUVARI

HALK ELİNDE HAYVAN ISLAHI ÜLKESEL PROJELERİ AYDIN-DENİZLİ-UŞAK (ADU) ALT PROJELERİ ÇALIŞTAY NOTLARI

BRCA 1/2 DNA Analiz Paneli

Besi Hayvanları Pazarlama Politikası ve Canlı Hayvan Borsaları Komitesi. Sonuç Raporu

GENETİK TANI YÖNTEMLERİ. Prof.Dr.Mehmet Alikaşifoğlu

Akın Pala,

HALK ELİNDE HAYVAN ISLAHI ÜLKESEL PROJESİ ( )

Mitokondrial DNA Analiz Paneli

SALGIN ARAŞTIRMASINDA KULLANILAN TİPLENDİRME YÖNTEMLERİ

Damızlık İnek Seçimi. Zir. Müh. Zooteknist. Tarım Danışmanı Fatma EMİR

İneklerde Sütçülük özellikleri. Prof. Dr. Serap GÖNCÜ

Islah Stratejileri ve Türkiye Ulusal Sığır Islah Programı

TEMEL VETERĠNER GENETĠK

KOYUN VE KEÇİLERDE NİTELİKLİ DAMIZLIK SEÇİMİ

AMASYA KÜÇÜKBAŞ HAYVAN YETİŞTİRİCİLİĞİ VE SORUNLARI

HAFTA III Bağlantı, Asosiyasyon, Haritalama

ORMAN AĞACI ISLAHI. Yrd. Doç. Dr. DENİZ GÜNEY ( GÜZ DÖNEMİ)

ZOOTEKNİ (VETERİNER) ANABİLİM DALI DOKTORA PROGRAMI

Süt Tipi Oğlakların Doğum, 30. Gün ve 60. Gün Canlı Ağırlıkları Üzerine Sistematik Çevre Etmenlerinin Etkileri

TC. İSTANBUL ÜNİVERSİTESİ ADLİ TIP ENSTİTÜSÜ İNSERSİYON/DELESYON (INDEL) MARKIRLARI VE TÜRKİYE POPULASYONU ARZU DÜVENCİ

ANKARA KEÇİSİ. Yayılma Alanı : Ankara ili başta olmak üzere, İç Anadolu bölgesi ile Güneydoğu ve Doğu Anadolu bölgesinin bazı illeri

Agaroz jel elektroforezi

Hafta VIII Rekombinant DNA Teknolojileri

Başlama Tarihi 2011 Bitiş Tarihi 2015 Proje Bütçesi - Mehmet Emin VURAL, Veteriner Hekim

Dr. AKIN PALA. Zooteknist? Zootekni-Zooteknist? Zooteknist? Zooteknist? Islah, genotip-çevre

2 Çeşit Populasyon mevcuttur. Gerçek/Doğal Populasyonlar: Örneğin yaşadığınız şehirde ikamet eden insanlar.

Kistik Fibrozis DNA Analiz Paneli

T.H. Morgan ve A.H. Sturtevant 1911

POYRAZ TIBBİ CİHAZLAR EDVOTEK

II. BÖLÜM TABİİ TOHUMLAMA MANDA BOĞALARININ SAĞLIK TESTLERİNDE UYULMASI GEREKEN ŞARTLAR

YERLĐ GEN KAYNAĞI ÇĐNE ÇAPARI KOYUNLARIN

ADIM ADIM YGS- LYS 92. ADIM KALITIM 18 GENETİK MÜHENDİSLİĞİ VE BİYOTEKNOLOJİ ÇALIŞMA ALANLARI

KARKAS GÖRÜNTÜLEME SİSTEMLERİ

HALK ELİNDE KÜÇÜKBAŞ HAYVAN ISLAHI ÜLKESEL PROJESİ ( )

No: 314 Menşe Adı BALIKESİR KUZU ETİ BALIKESİR TİCARET BORSASI

18 Aralık 2013 ÇARŞAMBA. Resmî Gazete. Sayı : TEBLİĞ. Gıda, Tarım ve Hayvancılık Bakanlığından

SİYAH-ALACA TOSUNLARIN DEĞİŞİK DÖNEMLERDEKİ VÜCUT ÖLÇÜLERİ VE VÜCUT ÖLÇÜLERİNDEN CANLI AĞIRLIĞIN TAHMİNİ. Atakan KOÇ,Numan AKMAN

18 Aralık 2013 ÇARŞAMBA. Resmî Gazete. Sayı : TEBLİĞ. Gıda, Tarım ve Hayvancılık Bakanlığından: DONDURULMUŞ SPERMADAN NUMUNE ALMA ESASLARI

GENETİK POLİMORFİZMLER. Prof. Dr. Filiz ÖZBAŞ GERÇEKER

TÜBİTAK BİDEB LİSE ÖĞRETMENLERİ FİZİK, KİMYA, BİYOLOJİ, MATEMATİK- PROJE DANIŞMANLIĞI EĞİTİMİ ÇALIŞTAYI LİSE3 (Çalıştay 2013) BİYOLOJİ GRUP TUHAF

KAPİLLER ELEKTROFOREZ DNA SEKANSLAMA

Kromozom, DNA ve Gen. Allel Segregasyonu. DNA çift sarmalı. Hastalık yapan mutasyonlar protein fonksiyonunu bozar. Hastalık yapan mutasyonlar

AABB X aabb F1 ler daima AaBb

2 Nisan 2015 PERŞEMBE. Resmî Gazete. Sayı : TEBLİĞ. Gıda, Tarım ve Hayvancılık Bakanlığından:

Türkiye de hayvancılık sektörünün önündeki sorunları iki ana başlık altında toplamak mümkündür. Bunlar;

Acil Durum, Yangınla Mücadele ve İlkyardım. Mümkün. Orta. TEHLİKEYE MARUZ KALANLAR KİŞİLER VE BÖLÜMLER: İşyerinde çalışan personel, ziyaretçiler

hendisliği BYM613 Genetik MühendisliM Tanımlar: Gen, genom DNA ve yapısı, Nükleik asitler Genetik şifre DNA replikasyonu

YÖNETMELİK. c) Damızlık: Irkına, tipine ve verimine özgü özellikleri gösteren vasıflı ve damızlık belgeli hayvanları,

2006 ÖSS BİYOLOJİ SORULARI VE CEVAPLARI

Dr. AKIN PALA ÇOK SAYIDA GEN. Basit kalıtım. Kalitatif/Kategorik özellikler. Bazı Kantitatif Özellikler. Kantitatif Özellikler, kantitatif genetik

İSG RİSK DEĞERLENDİRME PROSEDÜRÜ

RTA JEL / PZR Saflaştırma Kiti

MANTARLARIN EPİDEMİYOLOJİK TİPLENDİRİLMESİ. Dr. Ayşe Kalkancı Gazi Üniversitesi Tıp Fakültesi Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı, Ankara

MOLEKÜLER BİYOLOJİDE KULLANILAN YÖNTEMLER I DNA POLİMORFİZMİNİN MOLEKÜLER MARKER LARLA ANALİZİ

Genler ve Çevre fenotipik varyansa ne kadar katkıda bulunuyor?

ISLAH AMAÇLI SÜT ANALİZ PROJESİ

Sebze Islahında Moleküler Markırların Kullanımı

Parkinson Hastalığı ile α-sinüklein Geni Polimorfizmlerinin İlişkisinin Araştırılması

Yeni Nesil Genomik Sistemler. ve Uygulamaları

Mutasyon: DNA dizisinde meydana gelen kalıcı değişiklik. Polimorfizm: iki veya daha fazla farklı fenotipin aynı tür popülasyonunda bulunmasıdır.

DAMIZLIK DİŞİ SIĞIRLARIN BÜYÜTÜLMESİ. Prof.Dr. Selahattin Kumlu. Akdeniz Üniversitesi Ziraat Fakültesi Zootekni Bölümü Antalya. Jump to first page

1. ÜNİTE : HÜCRE BÖLÜNMESİ VE KALITIM

SELEKSİYONA YARDIMCI MARKERLAR (Marker Assisted Selection)

KOYUNCULUK GAP TEYAP İHG

Genom analizi için belirteç olarak kullanılan DNA dizileri

Mendel Dışı kalıtım. Giriş

MOLEKÜLER TANISI DÜZEN GENETİK HASTALIKLAR TANI MERKEZİ. SERPİL ERASLAN, PhD

Doç. Dr. Z. Ceren KARAHAN

attomol apo B-100 quicktype

AYDIN İLİ DAMIZLIK SIĞIR YETİŞTİRİCİLERİ BİRLİĞİ OCAK 2016 KAYE EĞİTİM TOPLANTISI SEDA EMİNE PAYIK TEKNİK İŞLER ŞUBE MÜDÜRÜ

8. Sınıf Fen ve Teknoloji

1. Keçi eti 2. Et Verimi ve Kalitesi için ıslah

Laboratuvar Tekniği. Adnan Menderes Üniversitesi Tarımsal Biyoteknoloji Bölümü TBY 118 Muavviz Ayvaz (Yrd. Doç. Dr.) 5. Hafta (14.03.

12. SINIF KONU ANLATIMI 7 GENETİK MÜHENDİSLİĞİ VE BİYOTEKNOLOJİ ÇALIŞMA ALANLARI

T.C. NAMIK KEMAL ÜNİVERSİTESİ FEN BİLİMLERİ ENSTİTÜSÜ YÜKSEK LİSANS TEZİ

T.C SELÇUK ÜNİVERSİTESİ FEN BİLİMLERİ ENSTİTÜSÜ

TÜRKİYE YERLİ KEÇİ IRKLARINDA MİKROSATELLİT DNA POLİMORFİZM TEKNİĞİNİN KULLANILMASI İLE EBEVEYN TAYİNİ Ezgi GÜZEY SÜRMEN

ANKARA KECİSİNİN TANIMLAYICI ÖZELLİKLERİ. Prof. Dr. Okan ERTUĞRUL Ankara Üniversitesi Veteriner Fakültesi Genetik Anabilim Dalı

J Popul Ther Clin Pharmacol 8:e257-e260;2011

Prof.Dr. Selahattin Kumlu

KORUMA ALTINDAKİ ÇİNE ÇAPARI KOYUNLARDA GENETİK ÇEŞİTLİLİK* Pelin BİNBAŞ1, İbrahim CEMAL2


Seleksiyon Islahı. Toplu seleksiyon Teksel seleksiyon Klon seleksiyonu

Yrd.Doç.Dr. Yosun MATER

DAMIZLIK ANA ARI YETĠġTĠRĠCĠLĠĞĠ UYGULAMA ESASLARI TALĠMATNAMESĠ

Transkript:

VERİM DENETİMLERİ VE GENOMİK TANIMLAMA Prof. Dr. İbrahim CEMAL Adnan Menderes Üniversitesi, Ziraat Fakültesi, Zootekni Bölümü, AYDIN 12 Haziran 2014, Uşak

Damızlık niteliğindeki yüksek verimli, hastalıklara dirençli ve uyum kabiliyeti yüksek hayvanların elde edilmesi seleksiyon çalışmalarına bağlıdır. Seleksiyon çalışmalarının temel dayanağını ise verim denetimlerine dayalı fenotipik tanımlamalar, soy kütüğü (pedigri) bilgileri, form özellikleri ve yetiştirici deneyimleri oluşturmaktadır. Bunun yanında, moleküler genetik alanında yaşanan çarpıcı gelişmeler sonucunda son yıllarda genomik tanımlama ve buna dayalı genomik seleksiyon uygulamaları da devreye girmiştir. Genomik seleksiyona taban oluşturacak genomik tanımlamalar anlamında da fenotipik tanımlamaya yönelik verim denetimlerine olan gereksinim kaçınılmazdır. Islah hedefine yönelik olarak gerçekleştirilecek verim denetimleri belirli zaman aralıkları ile hassas ölçümlerle gerçekleştirilip kaydedilmesi gerekmektedir. Bunun yanında soy kütüğü kayıtlarının varlığı ve doğruluğu da oldukça önemlidir.

Verim denetimleri gerçekleştirilerek performans verilerinin kaydedilmesi ve soy kütüğü bilgilerinin varlığı ile; Ele alınan kantitatif özelliklere yönelik genetik parametre tahminleri yapılabilmekte, Hayvanlara ait damızlık değerler tahmin edilebilmekte, Performans ve pedigri bilgilerinin doğruluğuna bağlı olarak damızlık değer tahminlerinin isabeti ve dolayısıyla seleksiyon başarısı arttırabilmekte, Akrabalık ilişkileri hesaplanarak hem ıslah hem de koruma programlarında akrabalı yetiştirmeyi minimize edecek çiftleşme programları planlanabilmekte, İşletmede üretim ve pazarlama planlaması yapılabildiği gibi işletme karlılığı tespit edilebilmekte ve Besleme ve benzeri sürü yönetimi uygulamaları daha etkin bir şekilde düzenlenebilmektedir.

KOYUN VE KEÇİLERDE VERİM DENETİMLERİ VE TUTULAN KAYITLAR

DÖL VERİM DENETİMİ En önemli verimdir Küçükbaş hayvan yetiş tiriciliğinde döl veri minin yüksek olması iki yönde yarar sağlar: yüksek döl verimli populasyon larda daha etkin bir seleksiyonun yapılması damızlık dışı kalanların satılması ile daha yüksek gelirin elde edilmesidir Yumurtlama Sonuçlarına Göre Döl Verim Ölçütleri Yumurtlama sayısı (Ovulation rate) Yumurtalık etkinliği

AŞIM VE KUZULAMA/OĞLAKLAMA SONUÇLARINA GÖRE DÖL VERIM ÖLÇÜTLERİ

BÜYÜTME SONUÇLARINA GÖRE DÖL VERİM ÖLÇÜTLERI

Et Verim ve Kalitesine Yönelik Denetimler Doğum ağırlığı Çeşitli yaşlara ait canlı ağırlıklar Sütten kesim canlı ağırlığı veya 3. ay 6. ay 1 yaş Ultrason ölçümleri Bel gözü kası derinliği Yağ kalınlığı

1. Plastik küpe hayvanın sağ kulağına 2. Tetavür (Döğme) numara hayvanın sol kulağına İl Kodu İl Kodu İşletme Kodu Hayvan No Ülke Rumuzu Hayvan No EN GEÇ İLK 24 SAATTE KOYUNLARDA NUMARALAMA

Yapılacak numaralamalarda numaralar arka arkaya gelecek şekilde (sıralı) yapılması konusunda yetiştirici bilgilendirilmeli Eğer koyunlar aynı yıl ikinci kez doğururlarsa yine bu koyunlar kayıt formlarına İkinci Doğum ibaresi konarak işlendiği kontrol edilmeli.

Zaman zaman kuzu/oğlaklar kontrol edilip kulak numaraları düşenler tespit edilerek küpesi düşen hayvanlara yeni numara yapılıp yapılmadığı ve bunların kayıtlara düzgün bir şekilde işlendiği kontrol edilmeli Çoklu kimliklendirme engellenmeli (tetavür veya kalıcı çip)

Kuzu/oğlakların ölümü, kaybolması, kesilmesi, satılması vb durumlarda hemen doğum kayıtlarının akıbet kısmına bu durum mutlaka tarih belirtilerek yazılmalıdır. Önemli olan bu konuda yetiştiriciye sık sık hatırlatma yapılmalı.

DAMIZLIK SEÇİMİNDE Damızlıklar ayrılıncaya kadar hayvan satılmaması gerektiği konusunda yetiştirici uyarılmalı Damızlık olarak bırakılacak kuzular çalıştığınız alt projede öngörülen özellikleri taşımalıdır Her teknik eleman projesinin hedefini ve uygulama ayrıntılarını iyi bilmeli Damızlık seçim dönemi projeye özgün olmalı 1. Damızlık değer 2. Form özelliği 3. Pedigri kaydının varlığı 4. Yetiştirici görüşü DİKKATE ALINMALI

Projede belirtildiği gibi sürüdeki doğan hayvanların doğum ağırlıkları ile belirli aralıklarla canlı ağırlık tartımları (3. ve 6. ay) yapılmalıdır. Yapılan canlı ağırlık denetimleri sırasında tartılacak oğlak veya kuzular 12 saat süre ile aç bırakılmış olmalıdır. Yetiştiriciye 1 gün önce mutlaka haber verilmeli

ÇİFTLEŞME DÖNEMİ YETİŞTİRİCİLERİN ELDE AŞIM UYGULAMASI YAPMALARI İÇİN GEREKLİ BİLGİ VE ALTYAPI DESTEĞİ SAĞLANMALIDIR MUTLAKA İLK UYGULAMALAR BERABER YAPILMALIDIR

ELDE AŞIM UYGULAYACAK YETİŞTRİCİLER (En Az 1000 baş koyun) 1-1,5 AY ÖNCE KOÇLARIN SÜRÜDEN AYRILMASINI SAĞLAMAK

Çiftleşme bölmeleri hazırlanmalı. Gerekli malzemeler (bölme, önlük, boya, aşım kayıt formu vs) sağlanmalı Çiftleşmeden önce sürüye ARAMA KOÇU konarak kızgın koyunlar tespit edilmeli Çiftleşme bittikten sonra sürüde 15 gün boyunca koç bulundurulmamalı Çiftleşmeler sabahın erken saatlerinde yapılmalıdır. Yetiştiriciye haber vermeden RUTİN OLARAK uygulamanın SAĞLIKLI YAPILIP YAPILMADIĞI kontrol edilmeli

Çiftleşme döneminde gerek ARA ELİT gerekse TABAN SÜRÜLERİN hiç birinde projeye uygun olmayan koçlar kullanılmamalıdır. Sürüdeki tüm uygun koçlar eşit oranda kullanılmalı, dönem farklı olmamalıdır. Çiftleşme tarihi Çiftleşen koyunun numarası Aşan koçun numarası Çiftleşmenin akıbeti kayıt altına alınmalı. Dönüp tekrar çiftleşenler yazılmalıdır

Çiftleşmede kullanılacak TEKE-KOÇLAR ÖNCEDEN TEMİN EDİLMELİ ve bu koçlara uygun bakım besleme uygulanmalıdır. Bir sürü içerisinde ÇOK NİTELİKLİ KOÇLAR OLSA BİLE ergin bir koçun en fazla 2 aşım mevsiminde çiftleşmesine izin verilmelidir. Bu koç daha sonra başka sürüde de kullanılabilir. Sürüler arası damızlık koç değişimi akrabalığın artmasını önler.

YAŞ TAYİNİ Üst Çene Alt Çene Dentes Molares (Azı) Dentes Premolares (Önazı) Dentes İncisivum (Kesici)

ÖLÇÜM İÇİN GEREKLİ ARAÇLAR Ölçü Bastonu Mezure

CANLI AĞIRLIK DENETİMLERİ Kantar düz bir alana yerleştirilmeli ve dikkatlice sabitlenmeli-periyodik kontrolleri yapılmalı El kantarlarının ayarları periyodik olarak kontrol edilmeli Doğum ağırlıkları doğumu takip eden ilk 24 saat içinde yapılmalı Yapılacak canlı ağırlık denetimleri hayvanlar 12 saat aç bırakıldıktan sonra yapılmalı.

VÜCUT ÖLÇÜLERİ VÜCUT UZUNLUĞU CİDAGO YÜSEKLİĞİ SIRT YÜKSEKLİĞİ SAĞRI YÜKSEKLİĞİ GÖĞÜS DERİNLİĞİ GÖĞÜS ÇEVRESİ GÖĞÜS GENİŞLİĞİ SAĞRI GENİŞLİĞİ

VÜCUT UZUNLUĞU

CİDAGO YÜKSEKLİĞİ

SIRT YÜKSEKLİĞİ

SAĞRI YÜKSEKLİĞİ

GÖĞÜS DERİNLİĞİ

GÖĞÜS ÇEVRESİ

GÖĞÜS GENİŞLİĞİ

SAĞRI GENİŞLİĞİ

BAŞ ÖLÇÜLERİ BAŞ UZUNLUĞU ALIN GENİŞLİĞİ KULAK UZUNLUĞU

BAŞ UZUNLUĞU

ALIN GENİŞLİĞİ

KULAK UZUNLUĞU

SÜT VERİM DENETİMLERİ

SÜT VERİM DENETİMİ Süt verim denetimi yapılacak işletmelerin belirlenmesi Süt verim denetim kayıt dosyasının oluşturulması Doğum kayıtlarından doğum başlangıcı (Laktayon başlangıcı) veri setine kaydedilir. Laktasyon süt verimi Laktasyon süresi GOSV

SÜT KONTROL KAYITLARI

İlk kontrol doğumdan 30 gün sonra başlayacak Kontroller aylık (28 günde bir) olarak yapılır Kuzuları 24 saat analarından ayırıp, bir sabah bir de akşam olmak üzere iki sağım yapıp toplamak Koyunun sütü 50 ml altına düştüğünde laktasyon bitmiş kabul edilir. ICAR ın türler için önerdiği denetim yöntemleri

GENOMİK TANIMLAMA

GENOMİK TANIMLAMA / Yöntemler Genomik tanımlama dendiğinde daha çok DNA bazlı yapılan moleküler genetik analizlere dayalı tanımlamalar anlaşılmaktadır. DNA bazlı polimorfizmi tanımlamaya yönelik markörlerden elde edilen bilgilerden filogenetik analizler, babalık testleri vb yapılabilmektedir. Ancak, ıslah eksenli ele alındığı zaman DNA düzeyinde bireyler arası farkların yani polimorfizmin tek başına ortaya konması çok fazla anlam ifade etmemektedir. Bu bilgiler fenotipe dayalı performans tanımlamaları ile buluşturulunca anlamlı ve kullanılabilir forma dönüşmektedir. Dolayısıyla, bireylerin performans özelliklerinin ayrıntılı olarak tanımlanmasına yani verim kayıtlarına olan ihtiyaç kaçınılmazdır.

Genomik Tanımlama / Moleküler DNA markörleri RAPD (Random Amplified Polymorphic DNA: Şansa Bağlı Çoğaltılmış Polimorfik DNA) AFLP (Amplified Fragment Length Polymorphism: Çoğaltılmış Fagman Uzunluk Polimorfizmi) Mikrosatellit markörler (SSR veya STR olarak ta adlandırılmakta) SNP (Single Nucleotide Poymorhism) SSCP (single-stranded conformation polymorphism) PCR-RFLP (Polymerase Chain Reaction Restricted Fragment Length Polymorphism) Mikroarray SNP çipleri

PCR-RFLP Spesifik primer çifti kullanılarak çoğaltılan hedef DNA bölgesinin bir veya birkaç Restriksiyon Enzimi (kesim enzimi) ile kesime uğratıldıktan sonra, agaroz jel elektroforezine tabi tutulması ve sonra boyanarak jel görüntüleme sisteminde görüntülenmesi ile elde edilen çeşitliliktir. Tek bir SNP genotiplemesi için kullanılan hızlı ve pratik bir yöntemdir. Aday genler (Booroola, Inverdale, Lacaune, Calpastatin, β- Lactoglobulin, Kazein tipleri vb gibi) yönünden taramalar için çok etkin bir şekilde kullanılmaktadır

KOYUNDA Β LACTOGLOBULIN GENININ TAM NÜKLEOTID DIZILIMI (TOPLAM 7379 BÇ) 1 gtgctcagca acacacccag caccagcatt cccgctgctc ctgaggtctg caggcagctc..................... 1501 gagtatctca gggctgccca ggccggggtg ggacagagag cccactgtgg ggctgggggc 1561 cccttcccac ccccagagtg caactcaagg tccctctcca ggtggcgggg acttggcact 1621 ccttggctat ggcggccagc gacatctccc tgctggatgc ccagagtgcc cccctgagag 1681 tgtacgtgga ggagctgaag cccacccccg agggcaacct ggagatcctg ctgcagaaat 1741 ggtgggcgtc tctccccaac atggaacccc cactccccag ggctgtggac cccccggggg..................... 7321 tgcgcaggct tctctctagt ttctctctag tcttctctta tcacagagca gtctctaga (İki allel arası tek fark 1617. sıradaki nükletitte oluşan nokta mutasyonudur)

KOYUNDA BETA LAKTOGLOBULİN GENİ kesim yok RsaI kesim M BB AA AB BB AA AB 120 bp 103 bp 66 bp 37 bp 17 bp

SNP (Tek Nükleotit Polimorfizmi) DNA daki tek nükleotit (baz) değişiklikleri olarak adlandırılır. Genetik koddaki tek bir nükleotit değişimine bağlı olduğundan SNP deki DNA varyasyonunun formu mikrosatellitlere göre daha basittir. Babalık testi çalışmalarında kullanılmaktadır. Mikrosatellitlere oranla daha çok sayıda SNP nin babalık testinde kullanılması gerekiyor (allel sayısı az) - çiplerle kolay 47

MİKROARRAY SİSTEMLERİ Illumina (iscan) Affymetrix (Gene Titan)

MİKROARRAY SNP ÇİP ANALİZİ

TEK BAZ UZAMA İLE SNP GENOTİP TAYİNİ

ULUSLARARASI KOYUN GENOM KONSORSIYUMU ( IGGC: INTERNATIONAL GOAT GENOME CONSORTIUM): Ortağı olduğumuz Konsorsiyum ile Illumina firması işbirliği ile 54241 adet SNP içeren koyun çipi (OvineSNP50 BeadArray) geliştirilmiştir. Değişik coğrafi bölge ve ülkelerden seçilen 85 evcil koyun ırkına ait 2812 örnekte validasyon yapıldı. Ülkemizdeki koyun ırklarının da yer aldığı tüm evcil koyun ırklarında yüksek polimorfizm sergiliyor. Çip üzerinde yer alan 54241 lokustan 45205, 44694 ve 40451 adedinin sırasıyla Karakaş, Norduz ve Sakız yerli ırklarımızda polimorfik olduğu doğrulandı. Validasyon çalışması Ardından, ülkemizden 10 koyun ırkı olmak üzere dünyadaki farklı ırklardan 75 baş koyuna dayalı tüm genom dizi analizine dayalı daha yoğun kapasiteli (700 K) çip geliştirme çalışmaları başlatılmış ve tamamlanma aşamasına gelmiştir. http://www.sheephapmap.org/

ULUSLARARASI KEÇI GENOM KONSORSIYUMU ( IGGC: INTERNATIONAL GOAT GENOME CONSORTIUM): Diğer çiftlik hayvanlarına oranla keçi türünün genomuna ait bilgiler sınırlıdır. INRA (Fransa) merkezli konsorsiyuma Dünya nın değişik ülkelerinden çok sayıda araştırıcı katılmıştır. IGGC nın ilk hedefi yeni nesil dizileme teknolojilerini kullanarak keçi genom dizilimini çıkartmaktır. Ayrıca, küresel ırkları temsil eden genetik polimorfizm veritabanı oluşturularak SNP çip geliştirilmesi hedeflenmiştir. 50K Keçi SNP çipi konsorsiyum üyelerinin kullanımına sunulmuştur. http://www.goatgenome.org/

GENOMİK SELEKSİYON Genomik damızlık değer tahmine dayalı olarak yapılan seleksiyondur. Son on yıl içinde kullanılmaya başlanan mikroarray tabanlı SNP çipleri ile aynı anda on hatta yüz binlerce SNP bakımından genotip tayini yapılma şansı yakalanmıştır. Yüksek yoğunluklu SNP mikroarray çiplerin devreye girmesi ile genomik seleksiyon çalışmaları yaygınlaşmaya başlamıştır. Koyunlar için günümüzde değişik yoğunluklu SNP çipleri (Ovine 50K SNP chips) kullanılarak genotiplemeler yapılmaktadır

SNP GENOTİP VERİLERİNİN KULLANIMI Yüksek yoğunluklu mikroarray çiplerle elde edilen SNP bilgileri kullanılarak: Referans veya deneme populasyonunda tutulan ayrıntılı performans kayıtları ile SNP genotip bilgilerinin genom boyu ilişki analizleri (GWAS: Genom Wide Association Studies) kullanılak ilişkilendirilmesi sonucunda ilgilenilen verimlerle bağlantılı QTL bilgilerine ulaşılabilmektedir. Ayrıca, her bir SNP allel veya genotipi için elde edilen değerler kullanılarak çip genotiplemesi yapılan her hayvanın genomik damızlık değeri tahmin edilebilmekte ve bu damızlık değerler kullanılarak genomik seleksiyon gerçekleştirilebilmektedir.

GENOMİK SELEKSIYONUN AŞAMALARI Farklı çevre ve ırktan yüz hatta binlerce hayvana ait DNA Genotip ve Fenotipleri bilinen Referans Populasyon Her karakter için seçilen en belirleyici SNP ler (30-300 SNP/Karakter) Tahmin Denklemi Genomik Damızlık Değeri W 1 X 1 +W 2 X 2 +W 3 X 3 -------- Sürekli Saflaştırma

GENOMİK DAMIZLIK DEĞER TAHMİNİ 1) Referans veya deneme populasyonunda ayrıntılı performans kaydı tutulur ve yüksek yoğunluklu SNP çip genotiplemesi 2) Genç koç adaylarında DNA testi ile genomik damızlık değer tahmini SNP1 SNP2 SNP3. SNP50,000 Genomic DD Etkiler 0.02 0.08-0.04 0.00-0.01 0.19 +45

GENOMİK DAMIZLIK DEĞER TAHMİNİ BLUP yerine G-BLUP kulanımı: BLUP GBLUP X'X Z'X X'X Z'X X'Z b X'y = -1 Z'Z + αa g Z' y X'Z b X'y = -1 Z'Z + αg g Z' y G = Genomik İlişki Matrisi G matrisi markörlere dayalı olarak hesaplanan bireyler arası ilişkileri kapsamaktadır genomik akrabalık

GENOMİK SELEKSİYON - AVANTAJLAR Genomik damızlık değer tahminini esas alan genomik seleksiyon; Daha erken yaşta damızlık değer tahmini olanağı sağlayarak generasyon aralığını kısaltmaktadır. Damızlık değerin isabetini arttırarak daha duyarlı damızlık seçme şansı tanımaktadır. Diğer önemli bir faydası ise her iki cinsiyet için seleksiyona olanak tanımasıdır. Karkas özellikleri, parazitlere veya hastalıklara direnç, döl verimi, süt verimi, ömür boyu yapağı üretimi vb gibi ölçülmesi zor ve pahalı, hayvanların kesimini gerektiren, cinsiyetle sınırlı, erken yaşta ölçülemeyen veya kalıtım derecesi düşük olan özelliklerde genomik seleksiyon çok daha etkin bir şekilde kullanılabilmektedir.

TEMEL AŞAMALAR / YAPILANLAR Genom boyu ilişki analizi ve genomik damızlık değer tahminin temel aşamalarını aşağıdaki gibi sıralamak mümkündür: Referans/Deneme populasyonunun tespiti Referans/Deneme populasyonunda ayrıntılı performans tanımlaması Referans populasyonda DNA örneklerinin eldesi Her bir bireye yönelik çok yoğunluklu SNP genotiplemesi Genom boyu ilişki analizi ile ilgilenilen verime etkili kantitatif karakter lokusları ile bağlantılı SNP lerin belirlenmesi Herbir SNP genotipinin etkisinin belirlenerek genomik damızlık değer tahmini

GELECEĞE YÖNELİK BEKLENTİLER SNP çiplere dayalı QTL belirleme ve genomik damızlık değer tahmini uygulamaları katlanarak artacak Yeni nesil DNA dizi analizi sistemleri ile tüm genom dizilimlerinin kolaylaşması ve ucuzlaması sonucunda SNP çiplerinin yerini DNA dizileri alacaktır.

ALTYAPI OLANAĞI DNA ekstraksiyonu, PCR-RFLP, Mikrosatellit, DNA dizi analizi, SNP çip genotiplemesi için gerekli olan laboratuvar altyapısı (mikroarray analiz sistemi) üniversitemiz bünyesindeki Tarımsal Biyoteknoloji ve Gıda Güvenliği Uygulama ve Araştırma Merkezinde (TARBİYOMER) kuruldu.

HAYVANLARDAN KAN ALMA VE ALINAN ÖRNEKLERIN SAKLANMASI DNA eldesi veya bazı hastalıkların teşhisi için kan alınmaktadır. Kan alma sırasında kan alınan bölgenin dezenfeksiyonu iyi yapılmalıdır. Kanı alacak personel muhakkak eldiven kullanmalıdır. Kan alındıktan sonra kan alınan bölgenin enfekte olmasını engellemek için bir antiseptik kullanılmalıdır.

HAYVANLARDAN KAN ALMAK IÇIN GEREKLI EKIPMANLAR Holder (iğne tutucu) ve vakumlu kan alma iğnesi vakumlu kan alma tüpü (mor kapaklılar EDTA lı, Yeşil kapaklılar Heparinli)

KOYUN-KEÇİDEN KAN ALIMI Kan alınacak hayvan sabitlendikten sonra boyun kısmında bulunan vena jugularis veya jugular vein den (şah damarı) kan, vakumlu kan topla tüplerine alınır. Jugular vein/vena jugularis (Şah Damarı)

ÇIFTLIK HAYVANLARıNDAN KAN ÖRNEĞI ALMANıN AŞAMALARı

ÇİFTLİK HAYVANLARINDAN KAN ALIMI Kan alma sırasında hayvan sabitlenir. Daha sonra jugular vein bulunarak tespit edilir. Alkolle kan alınacak bölge silinir. Daha sonra damarın içerisine vakumlu iğne ucu ile girilir. İğne damarın içindeyken vakumlu kan toplama tüpü iğne tutucunun (holder) içine yerleştirilerek kan alınır. Kan alım işi bittikten sonra kan alınan bölge yine alkolle dezenfekte edilir ve hayvan serbest bırakılır. Alınan kanlar eğer analizler uzun bir süre sonra yapılacaksa -20, -40 veya -86 0 C de eğer kısa sürede değerlendirilecekse +4 0 C de saklanır.

DNA VE RNA SAFLAŞTIRMA 4 Basamaktan oluşur. Hücrelerin ayrılması Lizis :hücrelerin parçalanması Protein ve diğer kontaminantlardan uzaklaştırılması DNA /RNA saflaştırılması

DNA VEYA RNA EKSTRAKSİYON METOTLARI Manuel ekstraksiyon: Ekstraksiyon öncesi süreçte öncelikle çözeltiler (solüsyonlar) hazırlanır Ardından, bu çözeltiler kullanılarak izlenen çeşitli aşamalar sonunda DNA elde edilir. Süreç uzun ancak elde edilen DNA miktarı oldukça yüksek ve maliyeti azdır.

DNA ELDESINDE KULLANıLAN METOTLAR 25 ul Proteinase K 200 ul Kan 200 ul Lysis Buffer Vortex 1 dk Santrifuj 11000 g 500 ul Wash Buffer 1 dk Santrifuj 11000 g 1 dk Santrifuj 11000 g 1 dk Santrifuj 11000 g 600 ul Wash Buffer 1 dk Santrifuj 11000 g Kit ile ekstraksiyon: Hazır kitler ile birkaç aşamalı işlem sonucunda kısa sürede ekstraksiyon gerçekleştirilir. Manuel yöntemden daha hızlıdır. Buna karşın, daha masraflı olup elde edilen DNA miktarı sınırlıdır.

İzole Edilen DNA örneklerinin saklama süresine göre önerilen sıcaklık dereceleri 4 ay ve üzeri 1-3 yıl arası 7 yıla kadar 7 yıl ve üzeri Tavsiye Edilmez Etanol içinde uzun saklama süresi için önerilen

Teşekkürler