D RENÇL BAKTER SUfiLARI ARASINDAK KLONAL L fik N N BEL RLENMES

Transkript

1 ANKEM Derg 2007;21(Ek 2): D RENÇL BAKTER SUfiLARI ARASINDAK KLONAL L fik N N BEL RLENMES R za DURMAZ nönü Üniversitesi T p Fakültesi, Mikrobiyoloji ve Klinik Mikrobiyoloji Anabilim Dal, MALATYA rdurmaz@inonu.edu.tr ÖZET Dirençli bakteriler nozokomiyal ve toplum kaynakl infeksiyonlardan gittikçe artan oranlarda izole edilmektedir. Oluflturulan infeksiyonun tipi, rezervuar, kayna ve bulafl yollar n n bilinmesi, dirençli klonlar n yay lmas n kontrol etmek için gereklidir. DNA parmak izi olarak adland r lan moleküler tipleme yöntemleriyle kökenler aras ndaki klonal iliflki ortaya konularak, infeksiyonlar n epidemiyolojisi hakk nda oldukça yararl bilgiler elde edilmektedir. Ayr ca, moleküler tipleme yöntemleri dirençli klonlar n tarihsel geliflimi, direncin spektrumu, epidemik klonlar n ülkeler aras yayg nl ve tekrarlayan infeksiyonlar n özellikleri hakk nda da bilgi vermektedir. Klonal iliflkinin bilinmesiyle daha etkili kontrol önlemleri gelifltirilmekte, uygulanan kontrol yöntemlerin etkinli i denetlenebilmekte ve infeksiyonlar n görülme s kl nda önemli derecede azalma kaydedilmektedir. Anahtar sözcükler: dirençli bakteri, klonal iliflki, MLST, moleküler tipleme, PFGE SUMMARY Investigation of Clonal Relationship among Resistant Bacterial Strains Resistant bacterial pathogens have been isolated in both nosocomial and community infection with increasing incidences. Information regarding to type of the infection, reservoirs, source and transmission ways are necessary to control the spread of resistant clones. Molecular typing methods called DNA fingerprinting determine clonal relationship among the strains and provide very useful data for epidemiology of the infections. Moreover, molecular typing methods can provide data regarding to historical evolution of the resistant strains, resistance spectrum, international dissemination of the epidemic clones and characteristics of the repeated infections. By the determination of clonal relatedness, more effective control measurements can be developed, effectivity of the control measurements can be checked and the rates of infections have been decreased significantly. Keywords: clonal relationship, MLST, molecular typing, PFGE, resistant bacteria Ayn türden izolatlar aras ndaki klonal iliflkiyi ortaya koymak amac yla yap lan moleküler tipleme yöntemlerinde; tür içinde de iflken, ancak sufllarda stabil olan, belirli bir genetik gösterge kullan larak, izolatlar n DNA parmak izleri (DNA fingerprinting) belirlenmektedir. Böylece, epidemiyolojik bilgiler eflli inde, ayn tür içindeki izolatlar n klonal bak mdan birbirleriyle olan iliflkileri de erlendirilmekte, izolatlar n ayn veya farkl kaynaktan geldiklerine karar verilmektedir. DNA parmak izi ayn olan sufllar n, klonal yönden iliflkili olduklar ve bu izolatlar n ortak bir kaynaktan köken ald klar kabul edilmektedir (9). Dirençli sufllar aras ndaki klonal iliflkinin belirlenmesiyle epidemik izolatlar, sporadik veya endemik olanlardan ayr lmakta; salg nla iliflkili sufllar belirlenmekte; salg n n kapsam, kaynak ve rezervuar hakk nda bilgi edinilebilmekte; halk sa l kontrolünde kullanmak üzere ulusal ve uluslararas salg nlara ait veri bankalar oluflturulabilmekte; herhangi bir yer ve zaman içindeki infeksiyonun özellikleri (lokal infeksiyonun reaktivasyonu veya yeni bir infeksiyonun kümeleflmesi gibi) tan mlanabilmektedir (17,26). Bu bilgiler, hastanelerde ve toplumda dirençli klonlar n yay lma derecesini anlamak ve kontrol alt na almada yararl olmakta, bunun sonucu olarak infeksiyon kontrol stratejilerinin etkinli i art r labilmektedir (15,16,22,23). 178

2 Moleküler tipleme yöntemleri Dirençli ve ço unlukla nozokomiyal patojen olan bakterilerin tiplendirilmesinde en iyi yöntemler, kromozomal DNA polimorfizmine dayal olanlard r. Ribotipleme, PFGE (pulsedfield gel electrophoresis), PZR-RFLP (polimeraz zincir reaksiyon-restriction fragment length polymorphism), rep-pzr (repetitive extragenic palindromic element-pzr), RAPD (random amplified polymorphic DNA), ARDRA (amplified ribozomal DNA restriction analysis), AFLP (amplified fragment length polymorphism) ve MLST (multilocus sequence typing) yayg n olarak kullan lan kromozomal DNA bazl tipleme yöntemleridir (1,16). Çok say da moleküler tipleme yöntemi bulunmas na ra men, bugün itibariyle, tekrarlanabilirlik, ay rt edicilik, kolayca uygulanabilirlik, ekonomik ve karfl laflt r labilir sonuçlar verme bak m ndan mükemmel olan bir yöntem henüz bulunmamaktad r. Hangi yöntem kullan l rsa kullan ls n, klasik epidemiyolojik veriler olmadan yap lan moleküler tipleme bofla harcanm fl zaman ve masraftan baflka bir fley de ildir. Bu yaz da birçok bakterinin tiplendirmesinde standart yöntem olan PFGE ve son zamanlarda, baflta Gram pozitif koklar olmak üzere birçok bakterinin tiplemesinde giderek daha fazla kullan lmaya bafllanan MLST yöntemleriyle dirençli bakteriler üzerinde yap lm fl çal flmalara a rl k verilecektir. Makro-restriksiyon endonüklez enzimleriyle oluflturulmufl kromozomal DNA parçalar - n n, PFGE ile ayr flt r lmas ndan elde edilen DNA parmak izi, birçok bakterinin (>38 patojen bakteri) klonal iliflkisini analiz etmede yayg n olarak kullan lan referans yöntemdir (1). Bu yöntemle lokal salg nlar n de erlendirilmesi yan nda, metisiline dirençli Staphylococcus aureus (MRSA), vankomisine dirençli Enterococcus (VRE) türleri, genifllemifl spektrumlu beta-laktamaz (GSBL) üreten Enterobacteriaceae üyeleri ve ço ul ilaca dirençli Salmonella enterica serovar Typhimurum (set DT104) kökenlerinin ülkeler aras yayg nl k derecesi de araflt r labilmektedir (1,25). MLST, çok say da bakteriyel patojenin moleküler analizinde yayg n olarak kullan l r hale gelmifltir. Bu yöntemle virülan veya antibiyotiklere dirençli klonlar n tiplendirilmesi yan nda, klonlar n evrimsel geliflimi de izlenebilmektedir (10). MLST prensip olarak, multilokus enzim elektroforez (MLEE) sistemine benzemektedir. Farkl olarak, bunda, temel metabolik fonksiyonu kodlayan housekeeping genlerdeki de ifliklik do rudan DNA dizi analizi ile gösterilmektedir. Yedi housekeeping genin yaklafl k 500 baz çiftlik internal fragmentlerinin dizi analizi ç kar lmakta, her bir lokus için, her farkl dizilim farkl bir alel numaras ile gösterilmekte ve böylece sufla ait bir alelik profil tan mlanmaktad r (12). Her bir alelik profil, dizi tipi (sequence type=st) olarak ifade edilmektedir. Örne- in (MLST lokusundaki aleller) alelik profile sahip olan Streptococcus pneumoniae izolatlar, antibiyotiklere dirençli, yayg n klon olan ST81 e aittir. Belirlenen alelik profiller, MLST veri bankas ndaki ( bilinen alellerle karfl laflt r larak, saptanan alel profilinin di er ülkelerdeki yayg nl k derecesi hakk nda bilgi edinmek mümkün olabilmektedir. MLST deki 7 lokusun her birinde çok say - da alel bulunmaktad r ve bunlar n say s MLEE dekinden daha fazlad r. Böylece MLST de kullan lan yedi lokusla, MLEE dekine benzer oranda ay r m gücü elde edilebilmektedir. MLST sonuçlar n n elektronik ortama aktar labilmesi, kolayca saklanabilmesi ve tiplendirilen herhangi bir suflun sonucunu daha önceden var olanlarla k yaslama olana n n bulunmas, bu yöntemin MLEE e üstünlükleridir. MLST, S.pneumoniae, S.aureus, Enterococcus türleri ve Neisseria meningitidis gibi birçok patojenik bakterinin virülan ve/veya dirençli klonlar n n tan mlanmas nda kullan lan ana yöntem haline gelmifltir (1). Moleküler tiplemenin dirençli bakteriler üzerinde kullan ld alanlar nfeksiyon etkenleri aras ndaki klonal iliflkinin ortaya konulmas na en fazla gereksinim duyulan alanlardan birisi, dirençli bakterilerin moleküler epidemiyolojisidir. Moleküler tipleme yöntemleriyle MRSA, VRE, penisiline dirençli S.pneumoniae=PRSP, GSBL üreten Enterobacteriaceae, glikopeptidlere dirençli S.aureus, karbapenem ve/veya florokinolonlara dirençli 179

3 Pseudomonas aeruginosa gibi bakterilerin herhangi bir hastane, toplum, bölge, ülke ve hatta dünya genelindeki yay lma derecelerinin de erlendirilmesi mümkün olabilmektedir. Dirençli bakterilerce oluflturulan hastane infeksiyonlar n n izlenmesi: Dirençli bakterilerce oluflturulan hastane infeksiyonlar n n büyük bir k sm yo un bak m birimlerindeki immün sistemi bozulmufl olan hastalarda gözlenmektedir. Uygulanmakta olan invaziv ifllemler, sa l k personellerinin elleri ve nadiren do rudan temas dirençli bakterilerin yay lmas na sebep olmaktad r. Moleküler tiplemeyle dirençli bakterilere ba l infeksiyonlar n özellikleri belirlenerek, kimin nerede, ne zaman, ne ile ve nas l etkilendi i, muhtemel bulafl yollar, potansiyel kaynak ve vektörlerin tan m yap labilmektedir. Böylece daha etkin korunma ve kontrol önlemleri al nabilmektedir. Moleküler tiplemeye dayal olarak uygulanan hastane infeksiyon kontrol yöntemleriyle, infeksiyon oranlar n n önemli derecede azalt ld ve moleküler yöntemlerin infeksiyon kontrol programlar na eklenmesinin maliyet etkin oldu u vurgulanm flt r (1,17,20). Bir üniversite hastanesinin pediatri ve ortopedi kliniklerinde salg nlara sebep olan ve karbapenem ve kolistin d fl ndaki antibiyotiklere de iflik derecelerde direnç gösteren Acinetobacter baumannii izolatlar n n, PFGE ve AP-PCR yöntemleriyle tiplendirilmesinde; epidemiyolojik verilere uygun olarak salg n izolatlar kendi içinde klonal yönden iliflkili bulunmufltur. Fakat farkl klinik ve de iflik zamanlarda ayni klinik içinde gözlenen salg n sufllar n n iliflkisiz olduklar saptanm flt r. Moleküler tipleme yöntemleriyle do rulanm fl olan salg nlar n kontrolü için mevcut hastane infeksiyon yöntemleri revize edilmifl, daha s k antisepsi ve dezenfeksiyon yöntemleri uygulanarak yeni salg nlar n önüne geçilebilmifltir (2). Yine bir üniversite hastanesinin yo un bak m ünitesinde gözlenen karbapenem ve tobramisin d fl nda test edilen ilaçlara % 90 n n üzerinde direnç gösteren A.baumannii infeksiyonlar n n klonal iliflkisi ve kayna a yönelik moleküler tipleme çal flmalar nda; klinik örnekler ve tarama kültürlerinden tek tip PFGE profili saptanm fl ve infeksiyona neden olabilecek kaynaklar belirlenebilmifltir (11). talya da bir üniversite hastanesinin yenido an yo un bak m ünitesinde GSBL üreten Klebsiella pneumoniae infeksiyonlar n n moleküler epidemiyolojisini irdeleme amac yla PFGE ile izolatlar aras ndaki klonal iliflki araflt r lm flt r. Sa l k personellerinin elleri, lavabolar, hasta odalar gibi yerlerden tarama kültürleri yap larak muhtemel kaynaklar tan mlanm flt r. Moleküler tipleme sonuçlar yard m yla daha etkin el y kama, önlük giyme, temizlik ve dezenfeksiyon kurallar uygulanarak yeni infeksiyonlar n önüne geçilebilmifltir. Araflt r c lar, hastanelerinde yüksek oranda saptad klar GSBL pozitif K.pneumoniae nedeni olarak; dirençli klonlar n selektif yay lmas ve ayr ca blashv-12 geninin farkl klonlar aras nda horizontal yay lmas n göstermifllerdir (3). Yenido an yo un bak m ünitesinde gözlenen MRSA a ba l kan dolafl m infeksiyonunun kayna na yönelik yap lan araflt rmada; kayna- n, seviste çal flan ve MRSA un etken oldu u kronik orta kulak iltihab olan bir sa l k personeli oldu u ve çal flan n servisten uzaklaflt r lmas sonucunda servisteki MRSA lar n önüne geçilebildi i vurgulanm flt r (4). Tayvan da bir üniversite hastanesindeki MRSA infeksiyonlar - n n kayna ve kontrol önlemlerinin etkinli ini denetlemek amac yla sa l k personeli ve hastalardan üretilen MRSA sufllar n n PFGE ile tiplemesi yap lm fl, iki bask n genotip saptanm fl, tafl y c lar n topikal mupirosin ile tedavi edilmesiyle, nozokomiyal MRSA infeksiyonlar nda yar dan daha fazla azalma kaydedilmifltir (23). Bir kulak burun bo az servisinde 10 gün içinde ortaya ç kan ve 7 kifliyi etkileyen PRSP salg n, PFGE yöntemiyle do rulanm fl ve uygulanan etkili kontrol önlemleriyle salg n kontrol alt na al nabilmifltir (19). PFGE yöntemi kullan - larak AIDS hastalar n n bulundu u klinikte salg na yol açan, ço ul ilaca dirençli PRSP klonunun üç y l süreyle kalabildi i gösterilebilmifltir (7). Dirençli bakteri klonlar n n ülke içi veya ülkeler aras da l mlar n n de erlendirilmesi: Avrupa n n farkl ülkelerinden toplanan epidemik MRSA sufllar n n, MLST ve PFGE tipleme yöntemleriyle, birçok Avrupa ülkesinde ortak 180

4 klonlar n oldu u görülmüfltür (25). MLST yöntemiyle uluslar aras yay l m gösteren nozokomiyal MRSA klonlar n bulunduran befl klonal kompleks (CC) tan mlanm flt r. Bunlardan ST5 ve ST8, en yayg n olan iki tiptir (10). ST36, ngiltere de saptanan epidemik klon olan EMRSAklon 16 y iflaret etmektedir. Farkl ülkelerde bildirilmifl olan toplum kaynakl MRSA lar n MLST tipleri de de ifliklik göstermektedir. Amerika da ST8; Kanada ve Bat Avustralya da ST1; Brezilya, Çin-Hong Kong, Yeni Zelanda, Uruguay, sveç, Sigapur ve Letonya Cumhuriyeti nde ST30; Danimarka, Fransa, Almanya, Yunanistan, Hollanda, ngiltere ve sviçre de ST80 yayg n MLST tipleridir (24). Ancak, MLST tiplerinin toplum içindeki da l m nda zaman içinde de ifliklikler olabilece i bilinmelidir. Zaman içinde birçok antibiyoti e direnç gösteren MRSA klonlar (örne in; ST247) daha nadir görülürken, daha dar direnç profiline sahip, yeni saptanan MRSA tipleri (ST45 ve ST22 gibi) s kça saptanmaya bafllam flt r (25). Avustralya, Hollanda ve ngiltere de hastane salg nlar na yol açan vankomisine dirençli Enterococcus faecium (VREF) sufllar n n AFLP yöntemiyle yap lan tiplemesinde, epidemik izolatlar n ortak bir alttip profili oluflturduklar gösterilmifltir (5). talya da üç y l içinde 19 hastanede kan kültürlerinden üretilen 39 VRE izolat, PFGE ve MLST yöntemleriyle analiz edilmifl; E.faecium olarak tan mlanan 31 izolat n 28 i benzer PFGE profili göstermifltir. MLST analizi ile hastane salg nlar ndan sorumlu olan tipin ST78 oldu u tan mlanm flt r. Ayn araflt r c lar, talya daki kan dolafl m infeksiyonlar ndan izole edilmifl olan VRE lerin uluslararas yay l m gösteren ve hastane adaptasyonu olan bir ço ul dirençli VREF klonu oldu unu kaydetmifllerdir (18). E.faecium izolatlar n n MLST analizi sonucunda saptanm fl olan CC17 (ST17) tipinin birçok ülkedeki hastane kaynakl infeksiyonlardan sorumlu olan ve genellikle kinolon ve ampisilin dirençli köken oldu u vurgulanm flt r (6,14). PFGE yöntemi kullan larak SPM-1 metallo-beta-laktamaz üreten karbapenemlere dirençli bir P.aeruginosa klonunun, Brezilya da birçok hastanede gözlenen epidemik klon oldu- u do rulanm flt r (8). Dirençli bakteri klonlar n n evrimsel geliflimlerinin de erlendirilmesi: MLST ve staphylococcal cassette chromosome mec (SCCmec) tiplendirme yöntemleri kullan larak, MRSA klonunun tarihsel geliflimi ayd nlat labilmektedir lar n bafllar ndaki MRSA klonlar n n MLST analizi, bu izolatlar n ço unun ST250- MRSA-I oldu unu göstermifltir. Yine bu izolat ile, 1950 lerde Danimarka da epidemik olan MSSA suflunun ayn MLST profili gösterdikleri ortaya konulmufl ve ilk MRSA sufllar n n, SCCmec-I (SCC, meca genini tafl yan bir mobil DNA elementi) kazanan MSSA sufllar ndan köken ald klar önerilmifltir. MSSA sufllar ço unlukla ST30 (CC30), MRSA sufllar ise ST36 ve ST38 MLST profillerinde bulunmaktad r. MRSA sufllar n içeren ST36 n n, SSCmec-II kazanm fl olan ST30 MSSA suflundan geliflti i kabul edilmektedir. ST38, ST36 nin tek lokuslu varyant (single locus variant=slv) olup, ortak bir SCCmec elementi bulundurmaktad r (10). MLST tiplerinin BURST (based upon related sequence types) analizleri de, epidemik MRSA klonlar - n n, genifl yay l m gösteren MSSA atasal kökenden geliflmifl olabilece ini desteklemektedir (25). Benzer flekilde, herhangi bir ülkedeki VRE izolatlar n n MLST profillerinin uluslararas veri bankas yla karfl laflt r lmas ile VRE lar n evrimi hakk nda varsay mlar yap labilmektedir (21). Dirençli klonlardaki antibiyotiklere direnç spetrumunun belirlenmesi: SCCmec tipleme yöntemiyle, S.aureus izolatlar ndaki direncin spektrumu hakk nda bilgi edinilebilmektedir. Bugüne kadar saptanm fl olan befl SCCmec tip (tip I-V) inden tip I, IV ve V, meca geni d fl nda herhangi bir direnç determinant bulundurmazken; tip II ve III di er birçok antibiyoti e de direnç oluflumundan sorumlu direnç elemanlar (makrolit direncinden sorumlu olan Tn554 gibi) bulundurabilmektedir (24). Direncin yay lma flekli ile ilgili hipotezlerin de erlendirilmesi: Dirençli bakteriler aras ndaki klonal iliflkinin ortaya konulmas yla, direncin yay lma flekli ile ilgili hipotezlerin do rulamas yap labilmektedir. Temel olarak bakterilerdeki antibiyotik direnci iki yolla yay lmaktad r: a) dirençli soylar n klonal yay lmas yla, 181

5 b) direnç geninin horizontal aktar lmas yla (25). Herhangi bir hastane veya toplumdaki dirençli sufllar n oran yüksek, buna karfl n dirençli sufllar aras ndaki klonal iliflki düflük ise, direnç nedeni olarak sufllar n klonal yay lmas de il, direnç geninin horizontal aktar lmas düflünülmelidir. Hastalardaki gastrointestinal enterokok tafl y c l k oran, antibiyotiklere direnç ve kökenler aras ndaki klonal iliflkinin araflt r ld bir üniversite hastanesinde; yüksek seviyede aminoglikozit (% 40) ve ampisilin (% 56) direnç oranlar oldukça fazla oranlarda bulunmufl olmas na karfl n, dirençli kökenler aras ndaki klonal benzerlik, duyarl olanlardan anlaml derecede yüksek bulunmam flt r. Bu bulgular, hastanede saptanm fl olan yüksek direnç oranlar n n klonal yay lmaya ba l olmad fleklinde yorumlanm flt r (13). Ancak, klonal olarak ayn olan sufllar n antibiyotik direnç profillerinin her zaman ayn olmas da beklenmemelidir. Direnç genlerinin veya mutasyonlar n n farkl zamanlarda kazan lm fl olmas olas d r (25). Kontrol önlemlerinin etkinli inin de erlendirilmesi: Direncin klonal ya da horizontal yay lma ile oldu unun belirlenmesi, kontrol önlemlerinin etkinli ini de erlendirme bak m ndan önemlidir. Etkin kontrol önlemlerinin uyguland sa l k kurulufllar veya toplumlarda, dirençli bakterilerin yay lmas s n rland r lmakta, bunun sonucu olarak dirençli kökenler aras ndaki klonal heterojenlik artmaktad r. Tersi durumda, kontrol önlemleri yetersiz oldu unda, ço unlukla tiplendirilen sufllar aras nda bir veya birkaç bask n klonun varl dikkat çekmektedir. Buradan hareketle, dirençli kökenler aras ndaki klonal iliflkinin saptanmas, dirençli kökenlerin yay lmas n engellemek için olabilecek en etkili kontrol önlemlerinin al nmas ve al nan önlemlerin etkinliklerinin denetlenmesi bak m ndan katk da bulunmaktad r. Dirençli bakterilerce oluflturulan, tekrarlayan ve birden çok anatomik bölgeyi tutan infeksiyonlar n irdelenmesi: Dirençli bakteriler aras ndaki klonal iliflkinin ortaya konulmas yla; dirençli bakteriler taraf ndan oluflturulan tekrarlanan infeksiyonlar n ve ayn ya da farkl zamanlarda oluflan ve de iflik yerleflim yerlerini tutan infeksiyonlar n irdelemesi yap labilmektedir. Rölaps-yeniden infeksiyon ayr m yap labilmektedir. Rölapsa ba l olarak geliflen infeksiyonlarda, hastan n primer infeksiyondaki izolat ile tekrarlayan infeksiyon dönemindeki izolat ayn klonal özellik göstermektedir. Ayn türden bakterinin yeniden al nmas na ba l tekrarlanan infeksiyonlarda ise primer infeksiyondaki sufl ile ikinci infeksiyondaki sufl farkl genotipik profil oluflturmaktad r. Ayn anatomik bölgeyi ilgilendiren tekrarlayan infeksiyonlarda kökenler aras ndaki klonal iliflki, farkl anatomik bölgelerde görülen tekrarlanan infeksiyonlarda saptanandan daha yüksek oranda bulunmaktad r (27). Klonal iliflkinin araflt r lmas yla; bir konakta infeksiyon oluflturan ayn türden, fakat farkl klonlardan iki ya da daha fazla dirençli suflun ayr m yap labilmekte, ayn kona- n farkl anatomik bölgelerinden üretilen bakterilerin ayn olup olmad gösterilebilmektedir. Sonuç olarak; bakteriler aras ndaki klonal iliflkiyi ortaya ç karmay hedefleyen moleküler tipleme yöntemleri, özellikle, tedavideki zorluklar nedeniyle kontrol edilmesinde özel çabalar gerektiren dirençli bakterilere ba l infeksiyonlar n kontrolünde, önemli yararlar sa lamaktad rlar. Moleküler tipleme yöntemini uygulayan hastaneler, dirençli bakterilere ba l infeksiyonlar önemli oranlarda azaltm fllard r. Bakteriler aras ndaki klonal iliflkiyi ortaya koymak amac yla gelifltirilmifl birçok yöntem vard r. PFGE ve özellikle Gram pozitif bakteriler için MLST yayg n olarak kullan lan moleküler metotlard r. Ancak, hangi tipleme yöntemi kullan l rsa kullan ls n, tipleme sonuçlar n n arzu edilen amaca hizmet edebilmesi için mutlaka klasik epidemiyolojik bulgular eflli inde de erlendirilmesi gerekmektedir. KAYNAKLAR 1. Andrei A, Zervos MJ: The application of molecular techniques to the study of hospital infection, Arch Pathol Lab Med 2006;130(5): Ayan M, Durmaz R, Aktas E, Durmaz B: Bacteriological, clinical and epidemiological characteristics of nosocomial Acinetobacter baumannii infections in a teaching hospital, J Hosp Infect 2003;54(1): Bagattini M, Crivaro V, Di Popolo A et al: Molecular 182

6 epidemiology of extended-spectrum beta-lactamaseproducing Klebsiella pneumoniae in a neonatal intensive care unit, J Antimicrob Chemother 2006;57(5): Bertin ML, Vinski J, Schmitt S et al: Outbreak of methicillin-resistant Staphylococcus aureus colonization and infection in a neonatal intensive care unit epidemiologically linked to a healthcare worker with chronic otitis, Infect Control Hosp Epidemiol 2006;27(6): Bruinsma N, Willems RJ, van den Bogaard AE et al: Different levels of genetic homogeneity in vancomycin-resistant and -susceptible Enterococcus faecium isolates from different human and animal sources analyzed by amplified-fragment length polymorphism, Antimicrob Agents Chemother 2002;46(9): Camargo IL, Gilmore MS, Darini AL: Multilocus sequence typing and analysis of putative virulence factors in vancomycin-resistant and vancomycin-sensitive Enterococcus faecium isolates from Brazil, Clin Microbiol Infect 2006;12(11): Carter RJ, Sorenson G, Heffernan R et al: Failure to control an outbreak of multidrug-resistant Streptococcus pneumoniae in a long-term-care facility: emergence and ongoing transmission of a fluoroquinolone-resistant strain, Infect Control Hosp Epidemiol 2005;26(3): Carvalho AP, Albano RM, de Oliveira DN, Cidade DA, Teixeira LM, Marques Ede A: Characterization of an epidemic carbapenem-resistant Pseudomonas aeruginosa producing SPM-1 metallo-beta-lactamase in a hospital located in Rio de Janeiro, Brazil, Microb Drug Resist 2006;12(2): Durmaz R: Moleküler epidemiyolojinin prensipleri, Durmaz R (ed): Uygulamal Moleküler Mikrobiyoloji, 2. bas m kitab nda s , Nobel T p Kitabevleri, stanbul (2001). 10. Feil EJ, Enright MC: Analyses of clonality and the evolution of bacterial pathogens, Curr Opin Microbiol 2004;7(3): Guducuoglu H, Durmaz R, Yaman G, Cizmeci Z, Berktas M, Durmaz B: Spread of a single clone Acinetobacter baumannii strain in an intensive care unit of a teaching hospital in Turkey, New Microbiol 2005;28(4): Hanage WP, Feil EJ, Brueggemann AB, Spratt BG: Multilocus sequence typing: Strain characterization, population biology, and patterns of evolutionary descent, Persing DH, Tenover FC, Versalovic J, Tang Y-W, Unger ER, Relman DA, White TJ (eds): Molecular Microbiology. Diagnostic Principles and Practice kitab nda s , ASM Press, Washington, DC (2004). 13. Kuzucu C, Cizmeci Z, Durmaz R, Durmaz B, Ozerol IH: The prevalence of fecal colonization of enterococci, the resistance of the isolates to ampicillin, vancomycin, and high-level aminoglycosides, and the clonal relationship among isolates, Microb Drug Resist 2005;11(2): Leavis HL, Bonten MJ, Willems RJ: Identification of high-risk enterococcal clonal complexes: global dispersion and antibiotic resistance, Curr Opin Microbiol 2006;9(5): Pfaller MA: Molecular approaches to diagnosis and managing infectious diseases: practicality and costs, Emerg Infect Dis 2001;7(2): Pfaller MA: Molecular epidemiology in the care of patients, Arch Pathol Lab Med 1999;123(11): Singh A, Goering RV, Simjee S, Foley SL, Zervos MJ: Application of molecular techniques to the study of hospital infection, Clin Microbiol Rev 2006;19(3): Stampone L, Del Grosso M, Boccia D, Pantosti A: Clonal spread of a vancomycin-resistant Enterococcus faecium strain among bloodstream-infecting isolates in Italy, J Clin Microbiol 2005;43(4): Subramanian D, Sandoe JA, Keer V, Wilcox MH: Rapid spread of penicillin-resistant Streptococcus pneumoniae among high-risk hospital inpatients and the role of molecular typing in outbreak confirmation, J Hosp Infect 2003;54(2): Tansel O, Kuloglu F, Mutlu B et al: Methicillin-resistant Staphylococcus aureus outbreak in a new University hospital due to a strain transferred with an infected patient from another city six months previously, New Microbiol 2003;26(2): Titze-de-Almeida R, Van Belkum A, Felipe MS, Zanella RC, Top J, Willems RJ: Multilocus sequence typing of hospital-associated Enterococcus faecium from Brazil reveals their unique evolutionary history, Microb Drug Resist 2006;12(2): Tompkins LC: Molecular epidemiology in infectious diseases, Gorbach SL, Bartlett JG, Blacklow NR (eds): Infectious Diseases, 2nd ed. kitab nda s.28-35, W.B. Saunders Company, Philadelphia (1998). 23. Wang JT, Lin SF, Chiu HL et al: Molecular epidemiology and control of nosocomial methicillin-resistant Staphylococcus aureus infection in a teaching hospital, J Formos Med Assoc 2004;103(1): Wijaya L, Hsu L-Y, Kurup A: Community-associated methicillin-resistant Staphylococcus aureus: overview and local situation, Ann Acad Med Singapore 2006;35(7): Witte W: International dissemination of antibiotic resistant strains of bacterial pathogens, Infect Genet Evol 2004;4(3): Wu F, Della-Latta P: Molecular typing strategies, Semin Perinatol 2002;26(5): Yetkin G, Otlu B, Cicek A, Kuzucu C, Durmaz R: Clinical, microbiologic, and epidemiologic characteristics of Pseudomonas aeruginosa infections in a University Hospital, Malatya, Turkey, Am J Infect Control 2006;34(4):