Hastane nfeksiyonlar nda Klinik Mikrobiyoloji Laboratuvar n n Rolü

032 Durmaz 25/12/01 10:25 Page 1 STER L ZASYON DEZENFEKS YON VE HASTANE NFEKS YONLARI Hastane nfeksiyonlar nda Klinik Mikrobiyoloji Laboratuvar n n Rolü Prof. Dr. Bengül Durmaz nönü Üniversitesi T p Fakültesi, Mikrobiyoloji ve Klinik Mikrobiyoloji AD. - Malatya Son on y ldan beri hastane infeksiyonu kontrol komitesi ve klinik mikrobiyoloji laboratuvar n n iflleri gittikçe artan bir flekilde kompleks hale gelmifltir ve iki disiplinin birlikte çal flmas kaç n lmaz olmufltur. Görevlerini yerine getirmede etkin ve yeterli, her biri kendi dal nda uzman, infeksiyon kontrol komitesi üyeleri ve klinik mikrobiyolog birlikte çal flarak hastane infeksiyonlar n n önlenmesine katk da bulunmaktad r. Mikrobiyoloji laboratuvar, hastane infeksiyonu salg nlar n n araflt r lmas, tan mlanmas ve kontrolünde önemli rol oynar. Hastane infeksiyonlar na sebep olan mikroorganizmalar n hastalardan, t bbi gereçlerden ve çevresel kaynaklardan izole edilmesi, tür tan mlamas ve duyarl l k testlerinin yap lmas, sufllar n tiplendirilmesi ve aralar ndaki klonal iliflkiyi belirleme gibi görevleri gerçeklefltirir. Böylece, hem klinisyen hastane infeksiyonunun teflhis ve tedavisini daha etkin olarak yapabilir, hem de infeksiyon kontrol ekibi, bu infeksiyonlar izleyip, önleme ve kontrol görevini yerine getirebilir. Mikrobiyoloji laboratuvar, geleneksel rolüne ilave olarak, sürveyans çal flmalar na aktif olarak kat lmal, hastane infeksiyonlar n n mikrobiyolojik ve moleküler epidemiyolojik araflt rmalar n gerçeklefltirebilmek için plan yaparak, uygulamaya koymal d r. Klinik Mikrobiyolog ve nfeksiyon Kontrol Komitesinin flbirli i Klinik mikrobiyolog, infeksiyon kontrol ekibinin ayr lmaz bir parças d r ve infeksiyon kontrol komitesinin aktif bir üyesi olmal d r. nfeksiyon kontrol komitesinin ka- 1

032 Durmaz 25/12/01 10:25 Page 2 Bengül Durmaz rarlar, mikrobiyolojik test sonuçlar na ba l oldu undan; klinik mikrobiyolog, kültür sonuçlar n n nas l yorumlanaca n ve özgül infeksiyon kontrol problemlerini çözmek için hangi mikrobiyolojik yaklafl mlar n kullan labilece ini komiteye ö retmelidir. Komiteye bu hizmeti verirken, ayn zamanda hastane epidemiyolojisi ve infeksiyon kontrol personelinin karfl laflt problemleride ö renece inden laboratuvar n cevab - n daha iyi organize edebilecektir. Mikrobiyolog, infeksiyon kontrol komitesinin temel mikrobiyoloji prensipleri ve tekniklerini anlayabilmesini sa lamal d r. En s k görülen hastane infeksiyonu etkenini araflt rma ve tan mlamada kullan lan yöntemlerin duyarl l k ve özgüllü ünü, avantaj ve dezavantajlar n ve maliyetini aç klamal - d r. Birçok laboratuvar s n rl para ve personel kayna na sahip oldu undan; mikrobiyolog, epidemiyolojik araflt rmalarda s kl kla kullan lan mikrobiyolojik testlerin kullan m yerlerini ve maliyetini infeksiyon kontrol ekibinin anlamas na yard mc olarak s n rl kaynaklar n etkin bir flekilde kullan lmas n sa lamal d r. nfeksiyon kontrol ekibinin üyeleri, hedeflerine ulaflabilmek için birbirleri ile iletiflim kurmal d rlar. Mikrobiyolojik ve moleküler epidemiyolojik sonuçlar tekrar gözden geçirmek ve problemleri tart flmak için düzenli olarak toplant lar yapmal d rlar. Mikrobiyolog, infeksiyon kontrol komitesince düzenlenmesi gereken epidemiyolojik prensiplerin ve güncel konular n tart fl ld konferanslara kat lmal d r. Hastane nfeksiyonu Etkenlerinin Do ru Olarak Tan mlanmas Birçok vakada rutin kültür ve tan mlama yöntemlerinin sonuçlar, hastane infeksiyonu oldu unun ilk iflaretini verir. Ço u epidemiyolojik araflt rma için, mikrobiyoloji laboratuvar nda uygulanan rutin yöntemler yeterlidir. Ancak baz vakalarda, belli laboratuvar hizmeti ve uzmanl gerekebilir. nfeksiyon kontrol ekibinin hastane infeksiyonlar n saptay p, karar verebilmesi için testlerin çabuk ve do ru yap lmas ve bu testlerin duyarl l ve özgüllü ünün yüksek olmas gereklidir. 2 H zl Tan Testlerinin Kullan lmas Klinik örneklerden mikroorganizmalar direkt olarak tan mlamada, nükleik asit prob hibridizasyonu, nükleik asit amplifikasyonu ve sinyal veren yöntemler kullan lmaktad r. En yayg n kullan lan yöntem polimeraz zincir reaksiyonu (PZR) ile hedef DNA y ço altmad r. Ayr ca ligaz zincir reaksiyonu (LCR) ve transkripsiyon esasl amplifikasyon (TMA) gibi testler de kullan lmaktad r (Tablo 1). Birçok moleküler tan testi, infeksiyon kontrol amac ile kulan lamaz ya da kullan - m k s tl d r. Mycobacterium tuberculosis, HIV ve HCV nin tan s nda kullan lan moleküler yöntemler, infeksiyon kontrolüne yard mc olan h zl ve duyarl yöntem-

032 Durmaz 25/12/01 10:25 Page 3 Hastane nfeksiyonlar nda Klinik Mikrobiyoloji Laboratuvar n n Rolü Tablo 1. Patojenlerin direkt olarak saptanmas için ticari olarak gelifltirilmifl nükleik asit prob ve amplifikasyon sistemleri Teknoloji Organizma Örnek Format Sonuç gösterme sistemi Nükleik asit problar Cytomegalovirus Buffy coat S v faz DNA/RNA hybrid capture Human papillomavirus Servikal S v faz DNA/RNA hybrid capture Hepatitis B virus Serum Kat -faz Branched chain DNA mikroplak S v faz DNA/RNA hybrid capture Hepatit C virus Serum Kat -faz Branched chain DNA mikroplak Chylamidia trachomatis Ürogenital S v faz Acridinyum ester sürüntü Neisseria gonorrhoeae Ürogenital S v faz Acridinyum ester sürüntü Streptococcus pyogenes Bo az S v faz Acridinyum ester sürüntüsü Nükleik asit HCV Serum PZR Microtiter capture amplifikasyonu HIV Serum PZR Microtitier capture Mycobacterium tuberculosis Balgam SDA Agaroz elektroforez TMA Acridinyum ester prob PZR Microtiter capture C. trachomatis Ürogenital PZR Microtiter capture sürüntü LZR Antibody capture N. gonorrhoeae Ürogenital PZR Microtiter capture sürüntü LZR Antibody capture PZR: Polimeraz zincir reaksiyonu, LZR: ligaz zincir reaksiyonu, TMA: Transcription esasl amplification, SDA: Strant displacement amplification lerdir. H zl tan testlerinin kullan m, özellikle i ne batmas veya di er riskli ifl kazalar nda profilaksi gereklili ine karar verebilmesi yönünden ifl sa l hekimine yard mc olabilir. Tan ve Duyarl l k Testlerinde Otomatik Sistemlerin Seçilmesi Yatan hastalarda kolonize olan ve hastalar infekte eden mikroorganizmalar n spektrumu devaml olarak geniflledi inden klinik laboratuvar n hastane infeksiyonu etkenlerini tan mlama yöntemleri de de iflmekte ve daha kompleks hale gelmektedir. zolasyonu ve tan mlamas kolay olan Staphylococcus aureus, Staphylococcus epidermidis, enterokoklar, Candida albicans ve Enterobacteriaceae üyeleri gibi patojenler, nozokomial infeksiyonlar n ço undan sorumludurlar. Ancak daha az rastlanan veya zor üreyen patojenler de hastane infeksiyonlar na sebep olurlar. Örne in: Acinetobacter türleri, Burkholderia cepacia, Stenotrophomonas maltophilia, Aspergillus türleri, Candida n n albicans d fl türleri, Fusarium türleri, Pneumocystis carini, RSV, Rotavirus, CMV gibi viruslar, Cryptosporidium, Cyclospora ve Microsporidium türleri. 3

032 Durmaz 25/12/01 10:25 Page 4 Bengül Durmaz Klinik mikrobiyoloji laboratuvar patojenleri tan mlama ve özelliklerini belirlemede kullan lan yöntemleri s k s k günümüze uyarlamal d r.yar otomatik ve tam otomatik ticari sistemler, geleneksel elle yap lan yöntemlerle yer de ifltirmektedir.otomatik sistemlerin elle yap lan yöntemlere göre avantajlar ; standardize edilmifl, iflyükünü azaltan basitlefltirilmifl yöntemler olmas, fotometrik veya florometrik teknoloji kullan ld ndan daha h zl ve objektif sonuç vermesi, klasik yöntemlerle karfl laflt - r ld nda daha özgül ve duyarl olmalar d r. Bu avantajlar na ra men, otomatik sistemlerin özellikle infeksiyon kontrolü ile iliflkili olarak dezavantajlar da vard r. Bu sistemlerin 3-5 saat gibi k sa inkübasyon süresi kullanmas, antibiyotik duyarl l k testleri için gereken süreyi k saltmakta, ancak indüklenebilen direnç fenotipi, 3-5 saatten daha uzun inkübasyon süresinde görülebildi inden, beta laktam antibiyotiklere heterodirenç gösteren mikroorganizmalar yanl fl s n fland r labilmektedir. Birçok otomatik ticari sistem penisiline dirençli pnömokoklar, glikopeptitlere dirençli enterokoklar ve beta-laktamlara dirençli Enterobacteriaceae üyelerini tan mlayamaz. Ayr ca baz tam otomatize sistemler, Gram-negatif basillerin imipenem ve aztreonama dirençli olma durumunu hatal olarak duyarl verirler. Bu hatal duyarl ya da dirençli sonuçlar, infeksiyon kontrol ekibini yanl fl yönlendirebilir Bu nedenle biçok laboratuvar, otomatize sistemleri disk difüzyon, agar dilüsyon, buyyon dilusyon, E test gibi elle yap lan ilave duyarl l k testleri ile desteklemektedirler. Mikrobiyoloji laboratuvar, klinik ve epidemiyolojik verileri destekleyen daha az otomatik ve iflyükünü azaltan yöntemleri uygulayabilmelidir. Mikrobiyolog daima rutin teste ilave edilen tekni in, infeksiyon kontrol çabalar na bir katk da bulunup bulunmad n gözönüne almal d r. 4 Antimikrobiyal Direnç Sonucu ya Ç kan Patojenlerin Tan mlanmas Son y llarda hastane infeksiyonlar n n en yayg n etkenleri olarak Gram pozitif bakterilerin ve Candida türlerinin, Gram negatif basillerden daha s k görüldü ü bilinmektedir Dirençli patojenlerin etken oldu u hastane infeksiyonlar n n s kl nda alarm derecesinde art fl vard r. Hastane infeksiyonlar na sebep olan, duyarl türler bile genellikle birden daha fazla antimikrobik grubuna dirençli bulunmaktad rlar. nfeksiyon Kontrol Ekibi, Gram negatif patojenlerin antibiyotiklere direnci, stafilokoklarda kinolon ve metisilin direnci, enterokoklarda ço ul antibiyotik direnci, pnömokok ve di er streptokoklarda penisilin direnci, Gram pozitif koklarda vankomisin direnci, Candida ve di er funguslarda poliyen ve azol direnci üzerinde durmal d r (Tablo 2). Mikrobiyoloji laboratuvar n n ilaca direnci izlemedeki rolü, infeksiyon kontrolünün baflar s için çok önemlidir. Dirençli bir mikroorganizma tan mland nda veya yeni ve al fl lm fl n d fl nda bir fenotipik direnç bulundu unda hemen infeksiyon kontrol ekibine haber verilerek uygun izolasyon önlemlerinin al nmas sa lanmal d r.

032 Durmaz 25/12/01 10:25 Page 5 Hastane nfeksiyonlar nda Klinik Mikrobiyoloji Laboratuvar n n Rolü Tablo 2. Hastane infeksiyonu etkenleriyle ortaya ç kan antimikrobial direnç problemleri Mikroorganizma Staphylococci (KNS ve S.aureus) Enterococci Antimikrobiyal direnç tipi Metisilin Kinolonlar β-laktam ilaçlar Aminoglikozitler Glikopeptitler Mekanizma PBP de de ifliklik DNA giraz da de ifliklik PBP de de ifliklik, β-laktamazlar Aminoglikozid modifiye edici enzimler Pentapeptitde D-ala-D-ala ucunun de- iflmesi Gram-pozitifler Staphylococcus haemolyticus Lactobacills türleri Pediococcus türleri Leuconostoc türleri Vankomisin Pentapeptitde D-ala-D-ala ucunun de- iflmesi Gram-negatif basiller Genifl spektrumlu β-laktam ilaçlar, β- laktamaz inhibitör kombinasyonlar Kinolonlar GSBL, Amp C β-laklamazlar, geçirgenli in azalmas DNA-girazda de ifliklik Funguslar Aspergillus spp Candida krusei C.lusitaniae C. glabrata Trichosporon beigelii Poliyenler ve azoller Geçirgenli in azalmas, hedef molekülün de iflmesi veya afl r üretilmesi, aktif pompalama KNS: Koagulaz negatif stafilokoklar, GSBL: Genifllemifl spektrumlu β-laktamazlar, PBB: Penisilin ba layan proteinler Triazol grubu antifungallar n profilaksi ve tedavi amac yla afl r kullan m sonucu, C.albicans n azole dirençli sufllar ve C.crusei ve C.glabrata gibi antifungallere daha dirençli funguslar n sebep oldu u infeksiyonlar n say s artm flt r. Fungal infeksiyon riski çok olan hastalar n bulundu u hastanelerdeki laboratuvarlar n, bu funguslar tan mlama ve salg nlar n önlemek için surveyans programlar n yap land rmalar ve tür seviyesinde tan mlamalar gerekir. Laboratuvar Sonuçlar n n Çabuk Rapor Edilmesi Laboratuvar, sonuçlar n mümkün oldu u kadar çabuk rapor etmelidir. Hastan n tedavisi aç s ndan oldukca önemli oldu undan, infeksiyon kontrol ekibine hemen haber verilmesi ve ön bildirim yap lmas gereken baz özel durumlar vard r. Bunlar: a. Kan ve steril vücut s v lar ndan pozitif kültür sonuçlar b. Aside dirençli bakteriler yönünden pozitif mikroskopi ve kültür sonuçlar 5

032 Durmaz 25/12/01 10:25 Page 6 Bengül Durmaz c. Salmonella ve Shigella gibi enterik patojenlerin üremesi d. Ço ul dirençli veya al fl lmam fl direnç paternine sahip mikroorganizmlerin üremesi. nfeksiyon kontrol ekibi üyeleri, görevlerini yapabilmeleri için; rutin olarak ç kan mikrobiyoloji raporlar n günlük olarak de erlendirmelidirler. Aksi halde laboratuvar n önerilerini kaç rabilirler. Laboratuvar infeksiyon kontrol ekibini hastalar n kolonize veya infekte olup olmad konusunda ayd nlatmal d r. Ayr ca test sonuçlar - n kaydederek hangi mikroorganizman n infeksiyonlara s kl kla sebep oldu unu ve infeksiyon kontrol komitesinin hastane infeksiyonlar n n s kl n ve di er özelliklerini analiz etmesini sa lamal d r. Mikrobiyoloji sonuçlar n n özet halinde periyodik olarak verilmesi, hem klinisyen hem de infeksiyon kontrol komitesi için oldukca faydal d r. Tablo ve grafiklerle hastanenin hangi biriminde hangi patojenlerin s kl kla izole edildi i ve bu organizmalar n antimikrobiyal duyarl l k profilleri gösterilmelidir. 6 Salg n Araflt r lmas nda Mikrobiyoloji Laboratuvar n n Rolü Mikrobiyoloji laboratuvar ayn sufltan kaynaklanan izolatlar, benzer fenotipik karakterleri yoluyla belirleyerek erken uyar görevini yapar. nfeksiyon kontrol ekibi ile iletiflim kurarak gözlemlerini paylafl r. Hastane infeksiyonu salg n veya benzer özelliklerde bir grup mikroorganizma ile karfl lafl nca, infeksiyon kontrol ekibi en k sa zamanda salg n n özelliklerini ve boyutlar n belirlemeli, muhtemel etkenleri tan mlamal ve etkin infeksiyon kontrol ölçümlerini düzenleyip uygulamaya koymal d r (Tablo 3). nfeksiyon kontrol ekibi çabuk ve etkin bir flekilde iletiflim kurarak, tüm etkilenen kiflileri belirlemeli ve kültür için örnekler uygun bir flekilde al nmal d r. nfeksiyon kontrol ekibi taraf ndan önceden bir uygulama plan haz rlanmas salg n araflt rmalar n kolaylaflt r r. Uygulamada birinci ad m, hastanede oluflan salg nlarda en çok görülen mikroorganizma tipini belirlemektir (örne in: cerrahi yo un bak mdaki yara infeksiyonlar nda, Acinetobacter baumanii gibi). Laboratuvar ve infeksiyon kontrol komitesi bir salg nda, personel, zaman, para, materyal ve özgül testler yönünden olanaklar n ne oldu unu belirlemelidir. Infeksiyon kontrol ekibinin uygulama program yan nda ek harcamalar n nas l ödenece i de bu planda bulunmal d r. Ek maliyet ne etkilenen hastalara ödettirilmeli ne de laboratuvar n harcama bütçesine eklenmelidir. Laboratuvar, infeksiyon kontrol komitesi baflkan ile ön görüflme yapmadan herhangi bir epidemiyolojik araflt rma yapmamal d r. Daha ileri analizler için potansiyel olarak iliflkili tüm mikroorganizmalar saklamak, laboratuvar n önemli bir sorumlulu udur. Laboratuvar gereken testleri yapam yorsa, izolatlar bir referans laboratuvara göndermelidir.

032 Durmaz 25/12/01 10:25 Page 7 Hastane nfeksiyonlar nda Klinik Mikrobiyoloji Laboratuvar n n Rolü Tablo 3. Hastane infeksiyonu salg nlar n n epidemiyolojik olarak araflt r lmas nda laboratuvar n rolü Araflt rma basamaklar Laboratuvar n katk s 1. Problemin tan mlanmas Laboratuvar surveyans Vaka tan m letiflim (erken uyar ) lave vakalar n araflt r lmas Mikrobiyolojik do rulama Oranlar n hesaplanmas - dentifikasyon - Duyarl l k testleri Bilginin arflivlenmesi zolatlar n saklanmas 2. Salg n n özelliklerinin belirlenmesi Salg n izolatlar n n özelliklerinin belirlenmesi Kim zolatlar n tiplendirilmesi Ne - Fenotipik yöntemler Nerede - Genotipik yöntemler Ne zaman Sufllar n da l m ve say s n n belirlenmesi 3. Muhtemel sebeplere dikkat çekilmesi Destekleyici çal flmalar n yap land r lmas Bulafl yolu Personel, hastalar ve çevreden kültürler Potansiyel kayna n tan m Bu kültürlerden fenotipik özelliklerine göre izolatlar n seçimi Potansiyel vektörlerin tan m Fenotipik olarak ayn olan seçilmifl izolatlar n salg n suflu ile ayn olup olmad n belirlemek için tiplendirilmesi 4. Salg n n kontrol alt na al nmas Kontrol çal flmalar na destek için laboratuvar yöntemlerinin düzenlenmesi Kontrol ölçümlerini belirleme, Laboratuvar surveyans na devam edilmesi uygulama Kontrol ölçümlerinin yeterlili inin zolatlar n saklanmas belirlenmesi Yeni vakalar için surveyansa devam letiflime devam edilmesi edilmesi Destekleyici Kültürlerin Yap lmas Epidemiyolojik araflt rma s ras nda mikrobiyoloji laboratuvar hastalardan, hastane personelinden veya hastane çevresinden al nan numunelerden ayr ca kültür yapmal - d r. Yüzlerce örne i iflleme almadan önce, özgül araflt rmalar için hangi testlerin gerekli oldu unu belirlemek amac yla mikrobiyolog infeksiyon kontrol ekibi ile iletiflim kurmal epidemiyolojik bilgiyi, deneyimini ve literatürü tekrar gözden geçirmelidir. Seçici, ay rt edici ve zenginlefltirici besiyerleri, özgül hastane infeksiyonu etkenlerini saflaflt rmak için gerekli, ifl yükünü azaltan ve az say da olan bakterileri saptamada faydal olan yöntemlerdir. 7

032 Durmaz 25/12/01 10:25 Page 8 Bengül Durmaz Hastane personelinden, t bbi gereçlerden ve hastane çevresinden kültür yapman n gerekli olup olmad n, etiyolojik ajan n primer kayna ve bulafl yolu belirler. Kaynak oldu unu gösteren epidemiyolojik bilgi olmad durumda; hastalar veya hastane personelinden, antiseptikler, dezenfektanlar, infüzyon mayileri, ticari olarak haz rlanm fl hasta tedavi gereçleri, hava, su ve çevresel yüzeylerden rutin olarak kültür için örnek almak çok pahal d r ve önemli bir klinik ve epidemiyolojik bilgi sa lamaz. Hastane personelinin ellerinden kültür yap lmas, hastane infeksiyonu etkeninin hastadan hastaya ellerle geçti ini do rulamaya yard mc olur. Bu kültürler sadece bir kiflinin epidemik suflu bulaflt rm fl oldu una dair epidemiyolojik kan t oldu unda yap lmal d r. nfeksiyon kontrol komitesi, çevresel örneklerden kültür yapman n ifl yükünü art ran ve standardize edilmemifl oldu unu ve yorumlamas güç sonuçlar verdi ini bilmelidir. Epidemi olmad sürece hastane personeli ve çevresinden kültür için örnek al nmamal d r 8 Epidemiyolojik Tiplendirme Yap lmas Patojenlerin biyolojik ve genetik iliflkisi, hastane infeksiyonlar n n araflt r lmas nda yard mc olur. Epidemiyolojik tiplendirme, ayn suflla klonal olarak iliflkili izolatlar ve ayn mikrobiyal türlerin iliflkisiz izolatlar aras ndaki farkl l klar için kullan l r. Birçok durumda, türlerin tan mlanmas ve antibiyotik duyarl l k testleri izolatlar n epidemiyolojik olarak iliflkili olup olmad n saptayabilir. Epidemiyolojik tiplendirme yöntemleri hem fenotipik hem de genotipik olabilir. Antibiyotiklere duyarl l k profili, biyokimyasal profili, serotipi, bakteriofaja duyarl l k profili, immunoblot analizi gibi fenotipik yöntemler, baz hastane infeksiyonlar n n epidemiyolojisini ve bu infeksiyonlar n nas l kazan ld mekanizmas n anlamaya olanak sa lar. Ancak fenotipik metotlar ifl yükü fazla, uzun zaman alan, ço unlukla de iflken sonuçlar veren yöntemlerdir (Tablo 4). Günümüzde epidemiyolojik tiplendirme için genelde genotipik yöntemler tercih edilmektedir. Bu yöntemler fenotipik metotlardan daha ay rt edicidirler. Ancak baz durumlarda sonuçlar kompleks ve yorumlanmas güç olabilir. Genotiplendirme yöntemleri; hastalar kolonize veya infekte eden izolatlar aras ndaki iliflki, infeksiyon yapan sufllar kontaminantlardan ay rma, yatan hastalarda hastane infeksiyonu bulafl n gösterme, bir infeksiyon için tedavi alan hastalarda relaps ya da reenfeksiyonu ay rt etme, hastane içinde veya hastaneler aras nda antimikrobiyal ilaç direncinin yay l m n izleme çal flmalar nda kullan lmaktad r. zolatlar n bir ya da daha fazla testle ayn veya farkl sonuçlar verip vermedi ini tan mlamak için çeflitli genotiplendirme yöntemleri kullan lmaktad r (Tablo 4).

032 Durmaz 25/12/01 10:25 Page 9 Hastane nfeksiyonlar nda Klinik Mikrobiyoloji Laboratuvar n n Rolü Tablo 4. Hastane infeksiyonu etkenlerinin epidemiyolojik analizi için fenotiplendirme ve genotiplendirme sistemleri Tiplendirme Sistemi Prensip Kullan m alan Tiplendirme Ayr m gücü Verimlilik Stabilite Antibiyogram Antibiyotiklere duyarl l k profili Genifl Biotipleme Fenotipik özellikler profili Serotipleme Yüzeyel antijen farkl l Faj tipleme Özgül fajlarla lizize duyarl l k profili Immunblot Proteinlerin MW. Na göre ayr flt r lmas Plasmid RFLP analizi Plazmid DNA s n n RE enzimlerle kesilme profili Ribotipleme Genomik DNA segmentlerinin rrna probu ile SB profili Genifl Southern-blot (SB) / RFLP analizi Genomik DNA segmentlerinin DNA probu ile SB profili PFGE analizi Genomik DNA n n RE enzimlerle kesilme profili Genifl PZR temelinde RFLP PZR ile ço alt lan gen bölgesinin, RE enzimlerle kesilme profili AP-PZR/ polimorfik DNA analizi Arbitrary baz dizilerine homolog bölgeler aras nda kalan genomik DNA segmentlerinin profili Genifl rep-pzr Tekrarlayan DNA bölgeleri aras nda kalan genomik DNA segmentlerinin profili AFLP analizi Adaptorle etiketli genomik DNA segmentlerinin PZR ile amplifikasyonu Genifl Nükleotit baz dizi analizi gen bölgeleri baz dizisi Universal 9

032 Durmaz 25/12/01 10:25 Page 10 Bengül Durmaz Tablo 5. Moleküler epidemiyoloji uygulamalar Klinik örnekler Tüberküloz salg n MRSA salg n Enterococcus faecium salg n P.aeruginosa ve Acinetobacter türleri de dahil gram negatif basil salg nlar Meningokok salg n Clostridium difficile salg n Rotavirus salg n RSV Hepatit C Hepatit B salg n HIV Yöntem Endonükleazla sindirilmifl M.tb izolatlar ndan DNA n n RFLP analizi S.aureus DNA s n n agaroz jel elektroforezi ile RFLP analizi MRSA a uygulanan yöntemin ayn s Genomik DNA n n RFLP analizi ve/veya ribotipleme Farkl primerlerle PCR ve A, B, veya C tipi meningokoklar h zla ay rt edebilmek için özgül nükleik asit problar n n kullan m RFLP + toksin salg layan genleri tan mlamak için özgül nükleik asit problar D flk da saptanan sufllar RFLP teknikleri ile karfl laflt r labilir PCR nükleik asit problar ile genotipleme, RFLP ve tiplendirme için baz dizi analizi Genotipleme, mutantlar saptamada baz dizi analizi gerekli PCR nükleik asit problar ile genotipleme, RFLP ve tiplendirme için baz dizi analizi Yorum Özellikle ilaca dirençli TB salg nlar n n araflt r lmas nda faydal d r. Sadece faj tiplendirme yeterli olmad nda kullan lmal d r. Vankomisin dirençli sufllar oldu unda faydal d r. Özellikle fenotipik metotlarla sufllar aras nda ayr l k saptanm flsa kullan lmal d r. Temasl lar n hemen afl lanmas n sa lar. Özellikle yenido anlarda salg nlar araflt rmak için kullan l r. Bulafl vakalar n araflt rmak için Sa l k personeli hasta aras nda bulafl araflt rmada faydal d r. Genotip farkl l klar nda co rafik de iflimin araflt r lmas nda kullan l r. En s k kullan lan genotiplendirme yöntemleri Plazmid profili, plazmid ve genom DNA s n n restriksiyon endonükleaz analizi, özgül DNA problar kullanarak Southern hibridizasyon analizi, PZR temeline dayal yöntemler ya da pulsed field gel electrophoresis (PFGE) kullanarak kromozomal DNA profilini ortaya koymakt r. Sporadik veya epidemiyolojik olarak iliflkisiz izolatlar n farkl DNA profiline sahip oldu u görülürken, epidemiyolojik olarak iliflkili izolatlar ayn DNA profilini paylafl rlar. Farkl hastalardan saflaflt r lan farkl izolatlar ayn DNA profilini gösteriyorsa, muhtemelen ayn klondan kaynaklanm flt r ve hastadan hastaya ortak bir kaynak veya mekanizma ile bulaflm flt r. Benzer flekilde, ayn sufl veya subtip bir hastadan tekrar tekrar saflaflt r labilir. Bu mikroorganizma hastay infekte veya kolonize eden organizm olabilir, kontaminant de ildir. Hastane infeksiyonu çal flmalar nda DNA ya 10

032 Durmaz 25/12/01 10:25 Page 11 Hastane nfeksiyonlar nda Klinik Mikrobiyoloji Laboratuvar n n Rolü dayal tiplendirme yöntemlerinden baz lar, belirli mikrorganizmalar için daha faydal ve kolayl kla uygulanabilen yöntemlerdir (Tablo 5). PFGE ve PZR temeline dayal tiplendirme yöntemleri, hastane infeksiyonu etkenlerinin ço unlu u için kullan lan iyi yöntemlerdir. Ancak en iyi ve denenmifl tiplendirme yöntemi olsa bile, epidemiyolojik bilgi ile desteklenmiyorsa birbiri ile z t ve kar fl k sonuçlar verir. Tüm laboratuvar testlerinde oldu u gibi genotiplendirme yöntemlerinin de baz k s tlay c yönleri vard r (Tablo 4,5). Bilgisayar yard ml sistemler, kompleks DNA bandlar n n yorumlanmas na yard mc olabilir. Fakat bu sistemler de kullan c lara henüz tam olarak cevap verememektedir. Klinik mikrobiyoloji laboratuvar etkili bir infeksiyon kontrol program nda esas rolü oynar. Klinik mikrobiyoloji laboratuvar ve infeksiyon kontrol ekibi hastane infeksiyonlar n n kontrolü ve önlenmesi amac yla kendilerine düflen görevleri bir ekip anlay fl yla, iflbirli i içinde yaparlarsa ve hedeflerini, ihtiyaçlar n, problemlerini paylafl rlarsa hem laboratuvar hem de infeksiyon kontrol ekibi baflar l olacakt r. Böylece hastane infeksiyonu riski ve dirençli organizmalarla karfl laflma oran da azalacakt r. Kaynaklar 1. Arbeit RD. Laboratory procedures for epidemiologic analysis of microorganisms. Murray PR, Baron EJ, Pfaller MA, Tenover FC, Yolken RH (editors). Manual of Clinical Microbiology kitab nda,7th ed. Washington: American Society for Microbiology; 1999: 116-37. 2. Pfaller MA, Herwaldt LA. The clinical microbiology laboratory and infection control: emerging pathogens, antimicrobial resistance, and new technology.clin Infect Dis 1997; 25: 858-70. 3. Pfaller MA. Molecular approaches to diagnosing and managing infectious diseases: practicality and costs. Emerg Infect Dis 2001; 7: 312-318. 4. Shanson DC. Applications of molecular biology to clinical microbiology and infectious diseases. Microbiology in Clinical Practice kitab nda, 3rd ed.londra: Batterworth-Heinemann. 1999: 37-51. 5. Struelens MJ. The epidemiology of antimicrobial resistance in hospital acquired infections: problems and possible solutions. Br. Med J. 1998; 317:652-54. 6. Struelens MJ..Hospital nfection control. Cohen J, Opal SM(editors). Infectious Diseases kitab nda, 1st ed..london: Mosby Company.1999:10.1-14. 7. Tang YV, Persing DH. Molecular detection and identification of microorganisms.murray PR, Baron EJ, Pfaller MA, Tenover FC, Yolken RH(editors). Manual of Clinical Microbiology kitab nda,7th ed. Washington: American Society for Microbiology, 1999: 215-44. 11