KALITIMIN MOLEKÜLER TEMELİ



Benzer belgeler
Kalıtımın moleküler temeli

Chapter 10 Lecture. Genetik Kavramlar Concepts of Genetics Tenth Edition. 1. DNA Yapısı. Çeviri: Aslı Sade Memişoğlu

Genetik Bilgi: DNA Yapısı, Fonksiyonu ve Replikasyonu. Dr. Mahmut Çerkez Ergören

KALITIMIN MOLEKÜLER TEMELİ

Genetik materyal: DNA replikasyonu

Hücre içinde bilginin akışı

ÖKARYOTLARDA GENETİK MATERYALİN YAPISI VE ORGANİZASYONU

LYS ANAHTAR SORULAR #4. Nükleik Asitler ve Protein Sentezi

DNA REPLİKASYONU. Dr. Mahmut Cerkez Ergoren

BİYOLOJİ DERS NOTLARI YGS-LGS YÖNETİCİ MOLEKÜLLER

YAZILIYA HAZIRLIK SORULARI. 12. Sınıf 1 GENDEN PROTEİNE

DNA nın REPLİKASYONU ve REKOMBİNASYONU. Prof.Dr. Sacide PEHLİVAN

15- RADYASYONUN NÜKLEİK ASİTLER VE PROTEİNLERE ETKİLERİ

KALITSAL MADDE PROF. DR. SERKAN YILMAZ

11. Hafta: Prof. Dr. Şule PEKYARDIMCI NÜKLEOTİDLER

Bakteri Hücrelerinde Bölünme

Chapter Konu 11 Lecture 11. Konu 11. Concepts of Genetics. Tenth Edition. 2-DNA Eşlenmesi ve Rekombinasyon

ADIM ADIM YGS LYS Adım REPLİKASYON


Sınıf ; Çalışma yaprağı 3

NÜKLEİK ASİTLER ( DNA VE RNA)(Yönetici Moleküller)

12. SINIF KONU ANLATIMI 2 DNA VE RNA

Hücrede Genetik Bilgi Akışı

1. ÜNİTE : HÜCRE BÖLÜNMESİ VE KALITIM

BAKTERİLERİN GENETİK KARAKTERLERİ

DNA REPLİKASYONU VE REKOMBİNASYONU

MOLEKÜLER BİYOLOJİDE KULLANILAN YÖNTEMLER GİRİŞ Ara Sınav 50 Ödev 30 Performans Görevi (Seminer) 20

III-Hayatın Oluşturan Kimyasal Birimler

DNA. İzolasyon Kiti. Mısırdan. Öğretmen Kılavuzu. Öğrenci Kılavuzu

KALITSAL MOLEKÜLÜN BİÇİMİ ve ORGANİZASYONU PROF. DR. SERKAN YILMAZ

HAFTA IV DNA nın kalıtım materyali olduğunun anlaşılması DNA nın Yapısı

- DeoxyriboNucleic Acid DNA. -tekrar eden nükleotid monomerlerinden oluşan polimer ŞEKERLER. Nükleik aside adını taşıdığı şeker verir.

Hücre Neden DNA sını Replike Eder? ÇÜNKİ Mitoz Bölünmenin Gerçekleşmesi İçin S Evresinde DNA nın 2 Katına Çıkması Gerekmektedir

Chapter 10 Lecture. Konu 10 Genetik Kavramlar Concepts of Genetics Tenth Edition. DNA Yapısı ve Analizi

Replikasyon, Transkripsiyon ve Translasyon. Yrd. Doç. Dr. Osman İBİŞ

DNA REPLİKASYONU. Doç.Dr. TUĞBA YILMAZ ÖZDEN

A. DNA NIN KEŞFİ VE ÖNEMİ


DNA ve DNA GÜNÜ Lütfi TUTAR 27 Nisan 2015

DNA ve Özellikleri. Şeker;

Moleküler Biyoloji ( )

Prof. Dr. Turgut Ulutin DNA REPLİKASYONU (DNA EŞLEŞMESİ)

DNA Replikasyonu. Doç. Dr. Hilal Özdağ. A.Ü Biyoteknoloji Enstitüsü Merkez Laboratuvarı Tel: /202 Eposta:

ADIM ADIM YGS-LYS 55. ADIM CANLILARIN SINIFLANDIRILMASI-15 VİRÜSLER

RNA Yapısı ve Katlanması, Hücrede Bulunan RNA Çeşitleri

Akıllı Defter. 9.Sınıf Biyoloji. vitaminler,hormonlar,nükleik asitler. sembole tıklayınca etkinlik açılır. sembole tıklayınca ppt sunumu açılır

GIDA BİYOTEKNOLOJİSİ-2

Nükleik Asitler ve Yaşamın Başlangıcı

DNA Tamiri ve Rekombinasyonu

ayxmaz/biyoloji 2. DNA aşağıdaki sonuçlardan hangisi ile üretilir Kalıp DNA yukarıdaki ana DNAdan yeni DNA molekülleri hangi sonulca üretilir A B C D

Artan bilgi ile birlikte hasta ve ailelerin bilinçlendirilmesi

7. PROKARYOTLARDA GEN İFADESİNİN DÜZENLENMESİ

7. PROKARYOTLARDA GEN İFADESİNİN DÜZENLENMESİ

DNA VE GENETİK KOD KAZANIM KONTROL SINAVI

C H A P T E R. Genler ve Genomlar. Yrd. Doç Dr. Aslı Sade Memişoğlu. PowerPoint Lecture by: Melissa Rowland-Goldsmith Chapman University

TRANSLASYON VE DÜZENLENMESİ

Moleküler biyolojiye giriş. Doç.Dr.Pınar AKSOY SAĞIRLI

Bu nükleotitlerin adlan, ve şekilleri aşağıda verilmiştir. Nükleotit çeşitleri

MOLEKÜLER BİYOLOJİ. Dr. ismail Bezirganoglu

2. Histon olmayan kromozomal proteinler

GENETİK I BİY 301 DERS 6

hendisliği BYM613 Genetik MühendisliM Tanımlar: Gen, genom DNA ve yapısı, Nükleik asitler Genetik şifre DNA replikasyonu

CANLILARDA ÜREME. Üreme canlıların ortak özelliğidir. Her canlının kendine benzer canlı meydana getirebilmesi üreme ile gerçekleşir

Hücrelerde gerçekleşen yapım, yıkım ve dönüşüm olaylarının bütününe metabolizma denir.

ÇOK HÜCRELİ ORGANİZMALARIN GELİŞİMİ

Mustafa EMREM

Nükleik Asitlerin İşlevi

DNA - Gen - Kromozom üçlüsünün yapısal ve fonksiyonel ilişkisi Sabahat KÜPELİKILIÇ (Emekli Biyoloji Öğretmeni) 27 Nisan 2015

ÜNİTE 6 Nükleoproteinler ve Nükleik Asitler

Hücre zarının yapısındaki yağlardan eriyerek hücre zarından geçerler.fazlalıkları karaciğerde depo edilir.

Nükleik asitler. Deoksiribonükleik asit Ribonükleik asit DNA nın YAPISI ve ÖZELLİKLERİ

2. Kanun- Enerji dönüşümü sırasında bir miktar kullanılabilir kullanılamayan enerji ısı olarak kaybolur.

DNA ONARIMI VE MUTASYON. Merve Tuzlakoğlu Öztürk Bakteri genetiği dersi Sunum

DNA dan Kromozomlara

Yrd.Doç.Dr. Yosun MATER

Paleoantropoloji'ye Giriş Ders Yansıları

YGS YE HAZIRLIK DENEMESi #9

NÜKLEİK ASİTLER İsmail Temel

Çekirdek 4 bölümden oluşur Çekirdek zarı: karyolemma Kromatin: Chromatin Çekirdekcik: Nucleolus Çekirdek sıvısı: karyolymph

DNA NEDİR? NASIL KEŞFEDİLDİ

TEOG1 DENEME SINAVI 2 ( DNA, Mitoz,Mayoz Kapsamlı)

KALITIMIN MOLEKÜLER TEMELİ YÖNETİCİ MOLEKÜLLER

ayxmaz/biyoloji Adı: 1.Aşağıda verilen atomların bağ yapma sayılarını (H) ekleyerek gösterin. C N O H

YGS YE HAZIRLIK DENEMESi #6

YGS YE HAZIRLIK DENEMESi #12

DNA ve RNA NIN YAPISI. Yrd.Doç.Dr. Özlem KURT ŞİRİN

Hafta VIII Rekombinant DNA Teknolojileri

PROKARYOT VE ÖKARYOT HÜCRELER

PROTEİN BİYOSENTEZİ ve REGÜLASYONU. Yrd.Doç.Dr. Filiz Bakar Ateş

TEOG1 DENEME SINAVI 1 ( DNA, Mitoz, Mayoz Kapsamlı)

DNA ` nın Yapısı Yrd. Doç.Dr. Seda Örenay Boyacıoğlu

8. KONU: VİRAL KOMPONENTLERİN BİYOLOJİK FONKSİYONU Kodlama: Her virüs kendine özgü proteini oluşturmakla birlikte, proteinde nükleik asidi için

REKOMBİNANT DNA TEKNOLOJİSİ. Araş. Gör. Dr. Öğünç MERAL

Biochemistry Chapter 4: Biomolecules. Hikmet Geçkil, Professor Department of Molecular Biology and Genetics Inonu University

ADIM ADIM YGS-LYS 37. ADIM HÜCRE 14- ÇEKİRDEK

DNA TAMİR MEKANİZMALARI. Prof. Dr. Filiz ÖZBAŞ GERÇEKER

NÜKLEİK ASİTLER ÜN TE 3

Bakteriler Arası Genetik Madde Aktarımı

CANLILARIN ORTAK ÖZELLİKLERİ

İ. Ü İstanbul Tıp Fakültesi Tıbbi Biyoloji Anabilim Dalı Prof. Dr. Filiz Aydın

Transkript:

KALITIMIN MOLEKÜLER TEMELİ

Kalıtsal madde ile ilgili araştırmalar Morgan ve arkadaşları genlerin kromozomlar üzerinde yer aldığını gösterince kromozomların iki kimyasal bileşeni (DNA ve proteinler) kalıtsal madde için aday oldular. 1940ʼ lara kadar kalıtsal madde için en güçlü aday olarak proteinler savunuluyordu. Bu evrede nükleik asitler hakkında çok az şey biliniyordu. 2

Kalıtsal madde ile ilgili araştırmalar Bu görüş mikroorganizmalarla yapılan denemeler sonucunda yavaş yavaş değişmeye başlamıştır. DNAʼ nın kalıtımdaki rolü ilk defa bakteri ve virüsler ile yapılan çalışmalar ile ortaya konulmuştur. Bu bölümde, kalıtsal maddenin tespiti için gerçekleştirilen çalışmalar ayrıntılarıyla irdelenecektir. 3

DNAʼ nın bakterileri değiştirebildiğine ilişkin kanıt Bir hükümet doktoru olan İngiliz Frederick Griffith, memeli hayvanlarda zatürre etkeni olan Streptococcus pneumoniae üzerinde çalışıyordu. Bu bakterinin patojenik (hastalık yapıcı) ve zararsız olmak üzere iki suşu vardır. Griffith, ısıtılarak öldürülmüş patojenik bakterileri zararsız canlı bakterilerle karıştırdığında canlı bakterilerden bazılarının patojenik forma dönüştüğünü saptadı. 4

DNAʼ nın bakterileri değiştirebildiğine ilişkin kanıt 5

DNAʼ nın bakterileri değiştirebildiğine ilişkin kanıt Bu maddenin kimliği bilinmiyor olmasına karşılık ölü patojenik hücrelerdeki kimyasal maddenin açıkça kalıtsal bir değişime yol açtığı görülebilir. Griffith bu olaya transformasyon adını vermiştir. Bu olay günümüzde, dış ortamda bulunan DNAʼ nın hücre içine alınması ile meydana gelen fenotipik ve genotipik değişim olarak tanımlanmaktadır. 6

Avery ve arkadaşlarının çalışmaları Avery, ısıtılarak öldürülmüş patojenik bakterilerden değişik kimyasal maddeler saflaştırmıştır. Daha sonra bu maddelerin her biri ile patojen olmayan canlı bakterileri değişikliğe uğratmaya çalışmıştır. Sonuçta yalnızca DNA ile başarılı olabilmiştir. 7

Avery ve arkadaşlarının çalışmaları 1944ʼ de Avery ve arkadaşları, transformasyona neden olan etkenin DNA olduğunu ilan etmişlerdir. Ancak o dönemde DNA hakkında çok az şey bilinmekte idi. Bu nedenle hiç kimse DNAʼ nın kalıtsal bilgiyi taşıyabileceğini hayal edemiyordu. 8

Viral DNAʼ nın, hücreleri programlayabildiğine ilişkin kanıt DNAʼ nın kalıtsal madde olduğuna ilişkin ek deliller, bakteriyofajlar (bakterileri enfekte eden virüsler) ile yapılan çalışmalardan gelmiştir. Virüs, koruyucu bir protein kılıf tarafından çevrelenmiş bir DNAʼ dan ibarettir. Çoğalması için bir hücreyi enfekte etmesi ve hücrenin metabolik sistemini ele geçirmesi gerekir. 9

T2 fajı Alfred Hershey ve Martha Chase, 1952ʼ de T2 fajının kalıtsal maddesinin DNA olduğunu gösteren denemeleri gerçekleştirmiştir. Bu faj, normal olarak memelilerin bağırsağında yaşayan E. coli bakterisini enfekte eden çok sayıda fajdan birisidir. Fajın enfeksiyonunun ardından E. coli hücresi hızlı bir şekilde T2 üreten bir fabrikaya dönüşür ve hücre patlayarak fajlar salınır. 10

T2 fajı Anlaşılacağı üzere T2 fajı, konukçu hücreyi virüs üretecek şekilde programlamaktadır. Fakat hangi öğe bu olaydan sorumludur? Viral protein mi yoksa viral DNA mı? 11

Hershey ve Chase deneyi Bu araştırmacılar, T2ʼ nin E. coli hücresini enfeksiyonu sırasında içeri girdiği düşünülen maddeyi (DNA ya da protein) göstermek için bir deney tasarladılar. Araştırmacılar denemelerinde, faj DNAʼ sını ve proteinini işaretlemek için farklı radyoaktif izotoplar kullandılar. 12

13

Kalıtsal maddenin DNA olduğuna ilişkin ek kanıt 1940ʼ lı yıllarda DNAʼ nın bir nükleotit polimeri olduğu ve her birinin üç birimden meydana geldiği biliniyordu: Azotlu bir baz Deoksiriboz adlı bir pentoz şeker Fosfat grubu Baz; adenin (A), timin (T), guanin (G) ya da sitozin (C) olabilir. 14

Erwin Chargaff-1947 Chargaff, farklı organizmalardan elde ettiği DNAʼ ların baz bileşimlerini analiz etmiştir. DNA bileşiminin türden türe değiştiğini kaydetmiştir. Herhangi bir türün DNAʼ sındaki azotlu bazların miktarı eşit olmamasına karşılık, sabit bir oranda bulunduklarını ifade etmiştir. Bu kanıt, kalıtsal maddenin DNA olduğu hipotezini daha da güçlendirmiştir. 15

Chargaff kuralı Chargaff, incelediği her bir türün DNAʼ sında adenin sayısının timine, guanin sayısının da sitozine yaklaşık olarak eşit olduğunu tespit emiştir. İnsan DNAʼ sında A= %30.9 ve T= %29.04 oranlarında bulunurken G= %19.9 ve C= %19.8 oranlarında tespit edilmiştir. Daha sonra Chargaff kuralı olarak adlandırılan A=T ve C=G eşitlikleri, ikili sarmalın keşfine kadar açıklanamamıştır. 16

DNAʼ nın yapısı üzerine çalışmalar DNAʼ nın kalıtsal madde olduğundan emin olunduktan sonra, yapısının aydınlatılmasına ilişkin bir yarış başlamıştır. O zamanlar bu konu üzerinde çalışanlar Kaliforniyaʼ dan Linus Pauling ve Londraʼ dan Maurice Wilkins ve Rosalin Franklinʼ dir. Ancak daha az tanınmalarına karşılık bu yarışta ipi göğüsleyenler Amerikalı James Watson ve İngiliz Francis Crick olmuştur. 17

DNAʼ nın yapısı üzerine çalışmalar Francis Crick, Cambridge Üniversitesiʼ nde X ışını kristalografisi tekniği ile protein yapısını çalışmakta idi. Rosalind Franklin ise DNAʼ nın X ışını kristalografisi ile görüntüsünü elde etmiş idi. 18

DNAʼ nın yapısı üzerine çalışmalar Yandaki şekilden de görülebileceği gibi, X ışını kristalografisi ile elde edilen görüntüler moleküllerin tam anlamıyla gerçek şeklini göstermez. Ancak Watson, sarmal yapıdaki moleküllerin oluşturduğu leke desenleri konusunda deneyimli idi. 19

DNAʼ nın yapısı üzerine çalışmalar İlk bakışta bu resmin DNAʼ nın sarmal yapıda olduğunu anlamıştı. Resim aynı zamanda sarmalın genişliği ve azotlu bazların heliks boyunca yerleşimi hakkında da bilgi vermekte idi. 20

DNAʼ nın yapısı üzerine çalışmalar Watson ve Crick telden yaptıkları modelde X ışını ölçümü ve DNAʼ nın kimyasal yapısı verilerini kullanarak ikili sarmal modeli yapmaya başladılar. 21

DNAʼ nın yapısı üzerine çalışmalar İlk önce şeker-fosfat zincirlerini molekülün iç kısmına yerleştirdiler. Ancak bu model tatmin edici olmadı. Daha sonra şeker-fosfat zincirini çift sarmalın dış kısmına, azotlu bazları da iç kısma yerleştirdiler. 22

DNAʼ nın yapısı üzerine çalışmalar 23

DNAʼ nın yapısı üzerine çalışmalar Böylelikle ikili sarmal, spiral bir merdiven şeklinde dönen basamaklara sahip gibi görünmekte idi. Yan iplikler şeker-fosfat iskeletlerine, basamaklar ise azotlu bazlara denk geliyordu. 24

DNAʼ nın yapısı üzerine çalışmalar X ışını verilerine göre sarmal, 3.4 nm uzunlukta bir tam dönüş yapmakta idi. Bazlar birbirlerine 0.34 nm mesafe ile dizildiklerinden her dönüşte 10 adet baz bulunmakta idi. Bu model uygun görünüyordu, çünkü modelde, hidrofobik bazlar iç kısımda yer alarak molekülü çevreleyen sulu ortamdan korunmuş oluyordu. 25

Baz eşleşmelerinin keşfi Watson ilk olarak her bazın kendi eşdeğeri ile eşleştiğini düşündü (A ile A, C ile C v.b.). Ancak bu model, X ışını verilerine uymuyordu. Çünkü X ışını görüntüleri, sarmalın çapının her noktada eşit olduğunu gösteriyordu. Peki kendi kendine baz eşleşmesindeki uyumsuzluk ne idi? 26

Baz eşleşmelerinin keşfi Adenin ve guanin pürin bazlarıdır ve iki adet organik halka içerirler. Timin ve sitozin ise pirimidinlerdir ve bir adet halkaya sahiptirler. Bu yüzden pürinler (A ve G), pirimidinlerin (C ve T) iki katı genişliğindedirler. 27

Baz eşleşmelerinin keşfi İkili sarmalın 2 nm çapa sahip olduğu düşünülürse pürinpürin eşleşmesi çok geniş, pirimidin-pirimidin eşleşmesi ise çok dar olacaktır. Bunun çözümü bir pürin ile bir pirimidinin eşleşmesidir. 28

Baz eşleşmelerinin keşfi Her bir baz, kimyasal yan gruplara sahip olup bu gruplar uygun eş baz ile hidrojen bağları oluşturur. Adenin sadece timin ile iki hidrojen bağı oluştururken, guanin sadece sitozin ile üç hidrojen bağı oluşturur. 29

Baz eşleşmelerinin keşfi Watson-Crick modeli, Chargaff kuralını açıklamıştır (A=T ve C=G). Bu nedenle herhangi bir canlıdaki DNAʼ nın adenin miktarı timine, guanin miktarı da sitozine eşittir. 30

Baz eşleşmelerinin keşfi Nisan-1953ʼ de Watson ve Crick, İngiliz dergisi Natureʼ de bir sayfalık kısa bir makale yayınlayarak bilim dünyasını şaşırttılar. Makale, o tarihten bu yana moleküler biyolojinin sembolü haline gelen DNAʼ nın ikili sarmalını içeriyordu. 31

DNA replikasyonunun keşfi İkili sarmalı açıklamalarının ardından yayınladıkları ikinci makalede Watson ve Crick DNA replikasyonunun nasıl olduğuna ilişkin hipotezlerini açıklamışlardır. Aşağıdaki şekil, Watson ve Crickʼ in DNA eşlenmesine ilişkin temel fikrini göstermektedir. 32

DNA replikasyonunun keşfi Watson ve Crick modeline göre, yeni üretilen her DNA yapısında bir eski zincir ve bir yeni zincir bir arada bulunuyordu. Bu modele, yarı-korunumlu (semi-konservatif) replikasyon modeli adı verilir. Bu modele alternatif olan iki ayrı model daha ileri sürülmüştür (konservatif ve dispersif modeller). 33

DNA replikasyonunun keşfi 34

Meselson-Stahl deneyi Matthew Meselson ve Franklin Stahl, 1950ʼ lerin sonlarına doğru bu üç hipotezi test eden deneyler düzenlediler. Bu deneyler Watson ve Crickʼ in öngördükleri gibi yarıkorunumlu modeli desteklemiştir. 35

Meselson-Stahl deneyi 36

Replikasyonun kusursuz mimarisi E. coli, yaklaşık 5 milyon baz çiftlik tek bir kromozoma sahiptir. Uygun koşullar altında 1 saatten daha kısa süre içinde bu DNAʼ nın tamamını kopyalayabilir. İnsan hücrelerinde bulunan DNA ise yaklaşık 6 milyar baz çiftine karşılık gelmekte ve bakteri hücresindeki DNAʼ nın 1000 katından fazlasını ifade etmektedir. 37

Replikasyonun kusursuz mimarisi Eğer bazları (A, T, C ve G) kitap harfleri büyüklüğünde yazacak olursak tek bir insan hücresindeki 6 milyar baz, yaklaşık 900 kitabı dolduracaktır. Müthiş büyüklüğe sahip bu kalıtsal bilginin replikasyonu sadece birkaç hata ile gerçekleştirilir. 38

Replikasyonun kusursuz mimarisi Bir düzineden fazla sayıda farklı enzim ve diğer proteinler, DNA replikasyonunda iş görmektedir. Bu işlem, prokaryotlarda daha iyi bilinmektedir. Ancak sürecin büyük bir kısmı prokaryot ve ökaryotlarda büyük ölçüde benzerlik göstermektedir. 39

Başlama: Replikasyon orijinleri DNA molekülünün replikasyonu, replikasyon orijinleri denilen özel bölgelerden başlar. Halkasal bakteri kromozomu, özel nükleotit dizilimine sahip bir adet orijine sahiptir. 40

Başlama: Replikasyon orijinleri Replikasyonu başlatacak proteinler bu diziyi tanıyarak iki zinciri ayırır ve replikasyon kabarcığını açarak DNAʼ ya bağlanır. Daha sonra DNAʼ nın replikasyonu tüm molekül kopyalanıncaya kadar her iki yönde ilerler. 41

Başlama: Replikasyon orijinleri Ökaryotik kromozomlar, bakterilerin aksine yüzlerce hatta binlerce replikasyon orijini içerebilir. Bu durumda çok sayıda replikasyon kabarcığı oluşur. Kabarcığın her bir ucunda, yeni DNA zincirlerinin uzadığı Y şeklinde bir bölge olan replikasyon çatalı bulunur. 42

Başlama: Replikasyon orijinleri 43

Yeni DNA zincirinin uzaması Replikasyon çatalında yeni DNAʼ nın uzaması, DNA polimeraz denilen enzimler tarafından yürütülür. Kalıp DNA zinciri boyunca tamamlayıcı bazlar polimeraz enzimi tarafından yeni zincirin ucuna art arda dizilir. Zincirin uzama hızı bakterilerde saniyede 500 nükleotit iken insan hücrelerinde 50 nükleotitʼ tir. 44

Yeni zincir oluşumunu yürüten enerji kaynağı nedir? DNA polimerazın substratı olarak iş gören nükleotitler, aslında üç fosfat grubu taşıyan nükleozit trifosfatʼ lardır. Bu molekül ATPʼ ye çok benzemektedir. Aralarındaki tek fark içerdikleri şekerdir. DNAʼ nın yapıtaşında deoksiriboz, ATPʼ de ise riboz şeker bulunur. 45

Yeni zincir oluşumunu yürüten enerji kaynağı nedir? 46

Yeni zincir oluşumunu yürüten enerji kaynağı nedir? ATPʼ de olduğu gibi DNA sentezinde kullanılan trifosfat monomerleri de sahip oldukları trifosfat kuyruktan dolayı kararlı olmayan negatif yüke sahiptirler. DNAʼ ya her bir monomer eklendiğinde, kuyrukta bulunan iki trifosfat kaybedilir. Bu işlem ekzergonik bir reaksiyon olup zincir uzaması için gerekli enerjiyi sağlar. 47

DNA zincirleri anti-paralel uzanır DNAʼ nın iki zincirinin şeker-fosfat iskeletleri birbirine ters yönde ilerler. Yandaki şekilden de görüleceği gibi, her bir DNA zincirinin bir deoksiriboz şekerinin beş karbonu, birinciden başlayarak 1ʼ -5ʼ şeklinde numaralandırılmıştır. 48

DNA zincirleri anti-paralel uzanır Nükleotitin fosfat grubu deoksiribozun 5ʼ karbonuna bağlıdır. Ayrıca nükleotitin fosfat grubu aynı zamanda bitişik nükleotitin 3ʼ karbonuna bağlıdır. Sonuç olarak bir DNA zinciri farklı polariteye sahiptir. 49

DNA zincirleri anti-paralel uzanır 3ʼ - ucu olarak tanımlanan uçta, en sonda bulunan deoksiribozun 3ʼ karbonuna bir hidroksil grubu bağlanır. 5ʼ - ucu olarak adlandırılan zıt uçta ise şeker-fosfat iskeleti, son nükleotitin 5ʼ karbonuna bağlanan fosfat grubu ile sonlanır. İkili sarmalda iki şeker-fosfat iskelet, esasen birbirine ters yönde (antiparalel) olacak şekilde bir arada bulunur. 50

Anti-paralel yapı replikasyonu nasıl etkiler? DNA polimeraz, uzayan DNA zincirinin sadece 3ʼ - serbest ucuna nükleotit eklerken, 5ʼ - ucuna kesinlikle ekleme yapamaz. Yani, yeni DNA zinciri sadece 5ʼ à 3ʼ yönünde uzayabilir. Bu kriteri göz önünde bulundurarak replikasyon çatalını inceleyelim. 51

Kesintisiz zincir sentezi DNA polimeraz zorunlu olarak 5ʼ à 3ʼ yönünde kalıp DNA üzerinde ilerleyerek tamamlayıcı DNA zincirini sentezler. Bu enzim, replikasyon çatalındaki kalıp zincire sıkı bir şekilde bağlanarak çatal açıldıkça tamamlayıcı zincire devamlı nükleotit ekler. Bu şekilde sentezlenen DNA zincirine kesintisiz zincir (leading strand) adı verilir. 52

Kesintili zincir sentezi DNAʼ nın diğer zincirini (yeni zincir) uzatmak için polimerazın, diğer kalıp zincir boyunca replikasyon çatalından uzaklaşacak yönde çalışması gerekir. Bu yönde sentezlenen DNA zincirine ise kesintili zincir (lagging strand) adı verilir. Bu olay, iğne ile geriye doğru dikiş yapmaya banzer. 53

Kesintili zincir sentezi Replikasyon kabarcığı açıldıkça polimeraz enzimi replikasyon çatalından uzaklaşacak şekilde çalışır ve kısa bir DNA parçası sentezler. Kabarcık büyüdükçe kesintili zincirin diğer bir kısa parçası aynı yöntemle sentezlenir. Devamlı sentezin yapıldığı kesintisiz zincirin tersine kesintili zincir, parça parça sentezlenir. 54

Kesintili zincir sentezi Bu parçalara, bunları keşfeden Japon araştırmacının adı atfen Okazaki fragmentleri adı verilir. Bu parçalar ökaryotlarda 100-200 nükleotit uzunluğundadır. DNA ligaz enzimi ise, bütün bir zincir oluşturmak üzere şeker-fosfat iskeletlerini birbirine bağlar. 55

DNA sentezinin primerlerle başlatılması DNA polimeraz enzimlerinin hiç birisi bir polinükleotit sentezini başlatamaz. Yalnızca kalıp zincir ile baz eşleşmesi yapmış mevcut bir zincirin sonuna nükleotitleri ekler. Replikasyon olayında yeni zincir sentezini başlatan DNA değil, diğer bir nükleik asit olan kısa RNA zinciri, yani primerʼ dir. 56

DNA sentezinin primerlerle başlatılması Primaz adı verilen bir enzim, ökaryotlarda yaklaşık 10 nükleotit uzunluğunda olabilen primeri yapmak üzere RNA nükleotitlerini birbirine bağlar. Daha sonra başka bir DNA polimeraz, primerlerdeki RNA nükleotitlerini çıkararak DNA nükleotitlerini yerleştirir. 57

DNA sentezinin primerlerle başlatılması Kesintisiz zincir sentezinin DNA polimeraz tarafından başlatılabilmesi için yalnızca bir adet primere ihtiyaç duyulur. Kesintili zincirde ise, her bir Okazaki parçası için bir primer gereklidir. Bu primerler, ligaz enzimi Okazaki parçalarını birleştirmeden önce DNAʼ ya dönüştürülür. 58

DNA replikasyonuna yardımcı olan diğer proteinler Şimdiye kadar, DNA sentezinde işlev gören proteinlerin üç çeşidini görmüş olduk (DNA polimeraz, ligaz ve primaz). Replikasyon olayına katılan diğer iki protein ise helikaz ve tek zincire bağlanan proteindir. Helikaz, replikasyon çatalında ikili sarmalı tersine döndürerek eski iki zinciri ayırır. Tek zincire bağlanan protein ise ayrılan DNA zincirleri üzerine yerleşerek bu zincirleri birbirinden ayrı tutar. 59

DNA replikasyonuna katılan temel proteinlerin işlevleri : tekrar 60

DNA replikasyonunun şekilsel özeti 61

Replikasyon hatalarının tamiri Sentezi tamamlanmış DNA molekülündeki hata oranı bir milyar nükleotitte birdir. Ancak replikasyon sırasında meydana gelen başlangıç eşleşme hataları 10.000 baz çiftinde birdir. Replikasyon sırasında DNA polimeraz enzimi, eklenen her nükleotitin doğruluğunu kendi kendine kontrol eder. Yanlış eşleşen nükleotitleri çıkarır ve sentezi tekrarlar. 62

Bazen yanlış eşleşme yapan nükleotitler DNA polimerazın da kontrolünden kaçabilir ya da sentez tamamlandıktan sonra ortaya çıkabilir. Hücreler yanlış eşleşen nükleotitleri tamir etmek için özel enzimler kullanır. Araştırmacılar, bu proteinlerden birindeki kalıtsal bozukluğun, bir tip kolon kanseri ile ilişkili olduğunu tespit etmişlerdir. 63

Reaktif kimyasallar, X ışınları ve UV ışınları bazı mekanizmalarla nükleotitleri değiştirerek kodlanmış kalıtsal bilgiyi olumsuz yönde etkilerler. Diğer yandan DNAʼ daki bazlar, normal hücresel koşullar altında sıklıkla kendiliğinden de değişime uğrarlar. Neyse ki DNAʼ daki bu değişiklikler, mutasyonlar devamlılık kazanmadan, genellikle düzeltilir. 64

DNA tamir mekanizması Tamir mekanizmalarında DNAʼ daki baz eşleşmesinin avantajlı bir işlevi vardır. Hasarlı zincir parçası, nükleaz adı verilen bir enzimle kesilip çıkarılır. Ortaya çıkan boşluk, hasar görmemiş zincir üzerindeki nükleotitler kalıp alınarak doldurulur. 65

DNA tamir mekanizması Bu boşlukların doldurulmasında DNA polimeraz ve ligaz birlikte iş görür. Bu tip DNA onarımına, nükleotit kesip-çıkarma tamiri adı verilir. 66

DNA tamir mekanizması Yandaki şekilde, deri hücrelerinde güneş ışınlarının neden olduğu hasarın tamiri şematize edilmiştir. Burada zincir üzerinde yan yana bulunan timin bazları birbirlerine kovalent bağlanarak timin dimerleri meydana getirirler. Timin dimerleri, DNAʼ da toka oluşumuna yol açar ve replikasyonu engeller. 67

Xseroderma pigmentosum Bu tip bir hasarı tamir etmenin önemi Xseroderma pigmentosum adı verilen hastalıkta açıkça görülür. Bu hastalıkta, nükleotit kesip-çıkarma sisteminde işlen gören bir tamir enziminde kalıtsal bir hasar vardır. Bu bozukluğa sahip kişiler, güneş ışığına karşı oldukça duyarlıdırlar. UV ışınlarının deri hücrelerinde neden olduğu mutasyonlar, bu bireylerde tamir edilemez ve deride kanserleşme meydana gelir. 68

Uç replikasyon sorunu Doğrusal tipte bir DNA molekülü replike olduğu zaman, DNA polimeraz sadece 3ʼ - ucuna nükleotit takabildiğinden yeni sentezlenen her zincirin (açık mavi) 5ʼ - ucunda bir boşluk kalır. Sonuç olarak her replikasyon tamamlandığında DNA molekülü az da olsa kısalmış olur. 69

Uç replikasyon sorunu Eğer bir hücre yeteri kadar bölünseydi elzem genler yok olabilecekti. Eğer bu olay nesiller boyunca devam etseydi, şu an burada olamayacaktık!!! 70

Uç replikasyon sorunu Prokaryotlar halkasal DNAʼ ya sahip oldukları için bu sorundan sakınmayı başarmışlardır. Fakat ökaryotlarda durum nedir? 71

Uç replikasyon sorunu Ökaryotik kromozomal DNA molekülleri, uç bölgelerinde telomer adı verilen özel nükleotit dizilimlerine sahiptir. Telomerler gen içermez, fakat bu bölgedeki DNA, kısa bir nükleotit dizisinin çok sayıda tekrarından oluşur. 72

Uç replikasyon sorunu İnsan telomerlerinde tekrarlayan birim tipik olup altı nükleotitten oluşan TTAGGGʼ dir. Bir telomerde tekrar sayısı yaklaşık 100-1.000 arasında değişebilir. Telomerik DNA, art arda gerçekleşen DNA replikasyonları sırasında ortaya çıkan kayıplardan canlının genlerini korur. 73

Telomeraz Nesiller boyunca ökaryotik canlılar, kısalan telomerlerini tamamlamak için bir yola ihtiyaç duyarlar. Bu olay, telomerleri uzatan özel bir enzim olan telomeraz tarafından gerçekleştirilir. Ancak kalıp DNAʼ nın olmadığı bu bölgelerde telomeraz, DNA sentezini nasıl yapabilir? 74

Telomeraz Telomeraz alışılmışın dışında protein kısmı ile birlikte uzanan kısa bir RNA molekülüne sahiptir. Bu RNA, telomerin 3ʼ - ucunda yeni telomer segmentinin sentezinde kalıp olarak iş görecek bir nükleotit dizisi bulundurur. Yandaki şekilde telomeraz ve DNA polimerazın, telomer uzatılmasında nasıl birlikte çalıştığı görülmektedir. 75

Telomeraz Telomeraz insanlarda olduğu gibi, çok hücreli canlıların pek çok hücresinde bulunmaz. Ayrıca yaşlı bireylerin vücut hücrelerindeki ve defalarca bölünen kültüre alınmış hücrelerdeki DNA, gittikçe kısalma eğilimindedir. Bu nedenle telomerler, bazı dokuların ve hatta genel olarak canlının yaşam süresini kısıtlayan bir faktör olarak değerlendirilebilir. 76

Telomeraz Telomeraz enzimi, gamet üreten hücrelerde her halükarda mevcuttur. Ancak bu enzim aynı zamanda kanser hücrelerinde de görülmektedir. Çok sayıda hücre bölünmesi geçiren kanserli hücrelerde beklendiği gibi çok kısa telomerler bulunmaktadır. Ancak bu hücrelerde meydana gelen kısalma, telomer uzunluğunu stabilize eden telomeraz enzimi mevcut olmasa idi, hücreleri sonunda kendi kendi yıkma durumuna getirecekti. 77