GENOM PROJELERĐ Doç. Dr. Hilâl Özdağ
Genom Projeleri Dizileme Klon kütüphaneleri Stratejiler Genom Dizilemesi Tekrar eden DNA dizileri Biraraya getirme (Assembly) PHRAP, PHRED,CONSED Bitiş Boşlukların kapatılması
(Ureta-Vidal et al., Nature Review Genetics 2003)
DĐZĐLEME Đlgilenilen DNA nın altklonlanması Değişik insert boyutları Herbir klon Büyür, DNAsaflaştırılır Dizileme reaksiyonu yapılır Dizileme fragmentleri kapiller elektroforezle ayrıştırılıp lazer eksitasyonu ile tanımlanır. Reaksiyon başına 500-1000 bç okuma yapılabilir (bugünkü teknoloji ile)
Vektörler insert Çoklu klonlama bölgesi
Vektörler Plazmid (2kb) Kozmid (40kb) BAC (>= 100kb) YAC (1Mb)
Kavramlar Fiziksel harita Örtüşmeyen klonlar ((non)-overlapping clones) Genetik harita Moleküler belirteçler (marker)
Fiziksel harita
Genetik harita
Shotgun yaklaşımı Sanger et al., 1977 bacteriophage λ genomuna uygulandı (1980) 1980 lerde:- plazmid, kloroplast, virusler, kozmidler 1990 larda:- mitokondri/bac/bakteri Küçük prokaryotik genomlarda başarılı
Shotgun yaklaşımı Rasgele fragmentlerin dizilenmelerinin ardından yapboz misali biraraya getirilmeleri Bir genomdan örtüşen/kesişen birçok fragmentler toplamak gerekir. Bir genom10x kez 500 bç lik parçalar halinde okunduğunda 10 6 bç de 1 boşluk olur.
Shotgun yaklaşımı L boyundaki bir DNA fragmenti: Bu fragmentin bir diğer kopyasını daha bulabilmemiz için genomun 4 L bç olması gerekir. Rasgele diziler Đki okumanın 30 bç kesişmesi Beklenen 4 30 >>>> 1.2X10 18 bç. 3 milyarlık bir genomda bu kesişmeyi bulmak pek de kolay değil.
Shotgun yaklaşımı DNA tekrar yapıları içerir LINE segmental duplikasyon (Samonte and Eichler 2002)
Hiyerarşik Yaklaşım Klon-Klon Genom 1.5Mb fragment lere ayrılır Fragmentler BAC ve YAC lara klonlanır Insertler > 100kb ve tekrar bölgelerinden daha büyüktür. Bu şekilde klonlar örtüşen/kesişen fragmentlerin tanımlanması ile bir kontig haline getirilip dizilenir.
Hiyerarşik Yaklaşım Klon-Klon Klon kontiglerin biraraya getirilmesi Klon parmakizi yaklaşımı Klonlanmış DNA fragmentinin yapısına dair bilgi. Parmakizindeki örtüşmeler tanımlanabilir. Restriksiyon paternleri; Tekrar eden DNA parmakizleri; Tekrar eden DNA PCR; STS haritalama
Flow sorting: özgül kromozomlar
Watson ve Crick, Mayıs 1953
D N A 1865 Gregor Mendel kalıtım kurallarının temellerini attı. 1953 James Watson ve Francis Crick 1962 yılında Nobel ile ödüllendirilen çalışmalarında DNA nın çift sarmal moleküler yapısını açıkladılar. 1975-1977 Maxam-Gilbert ve Fred Sanger DNA dizileme tekniğini geliştirerek Nobeli kazandılar.
D N A 1990 Đnsan Genom Projesi başlatıldı. ABD, Đngiltere, Japonya, Almanya, Fransa. 1996 Maya (S. cerevisiae) genom projesi tamamlandı. 1998 Başkanlığını Craig Venter ın yaptığı Celera genom projesine başladı.
D N A 1998 Bir yuvarlak solucanın, C. elegans, genom projesi nihayetlendi. Gelişim biyolojisinde devrim açan bu organizma ilgili çalışmaları başlatan bilim adamları 2002 yılı Nobel Tıp ödülünü aldılar. 2003 Đnsan genomunun dizilenmesi planlandığı üzere bitirildi. 2003 Fugu cinsi Japon balıklarının genom projesi sona erdi. (Đngiltere, ABD, Singapur)
Mammals Other chordates Other eukaryotes Homo sapiens [NCBI 35] browse what's new Vega Gallus gallus [WASHUC1] browse what's new Drosophila melanogaster [BGDP 4] browse what's new Pan troglodytes [CHIMP1] browse what's new Xenopus tropicalis [JGI 3] browse what's new Anopheles gambiae [MOZ 2] browse what's new Macaca mulatta [Mmul 0.1] browse pre! site Danio rerio [WTSI Zv5] browse what's new Vega Apis mellifera [Amel 2.0] browse what's new Mus musculus [NCBI m34] browse what's new Vega Takifugu rubripes [Fugu 2.0] browse what's new Caenorhabditis elegans [WS140] browse what's new Rattus norvegicus [RGSC 3.4] browse what's new Canis familiaris [CanFam1.0] browse what's new Vega Bos taurus [Btau 1.0] browse what's new pre! [Btau 2.0] Monodelphis domestica [MonDom2] browse pre! site Tetraodon nigroviridis [TETRAODON 7] browse what's new Ciona intestinalis [JGI 1.95] browse what's new Saccharomyces cerevisiae [SGcurrent browse what's new Ensembl