DNA Dizi Analizi için geliştirilen birbirinden farklı iki yöntem bulunmaktadır. Bu iki yöntem; a-) Manuel (Radyoaktif İşaretleme) Dizi Analizi
|
|
- Onur Tekin
- 8 yıl önce
- İzleme sayısı:
Transkript
1 SEKANS TEKNİKLERİ
2 DNA Dizi Analizi için geliştirilen birbirinden farklı iki yöntem bulunmaktadır. Bu iki yöntem; 1- Maxam ve Gilbert in kimyasal kırılma yöntemi (Maxam et al.,1977). 2- Sanger-Coulson un zincir sonlanma yöntemi. (Sanger et al.,1977). a-) Manuel (Radyoaktif İşaretleme) Dizi Analizi b-) Otomatik (Fluoresan İşaretleme) Dizi Analizi
3
4 Sanger-Coulson Zincir Sonlanma Yöntemi DNA dizi analizinde en sık kullanılan yöntem Fred SANGER ve arkadaşlarının geliştirdiği yöntem olan zincir sonlanma yöntemidir (Sanger et al., 1977). Bu yöntem enzimatik DNA sentezine dayanır ve günümüzün en yaygın kullanılan DNA dizi analizi tekniğidir.
5 Yöntemin temeli DNA polimerazın dntp lerin (deoksiribonükleozit trifosfat) yanısıra deoksiribozun 3 pozisyonunda OH grubu taşımayan ddntp leri de (dideoksiribonükleozit trifosfat) substrat olarak kullanabilmesine dayanır. Sentezlenen DNA ya bir ddntp nin katılması 3 pozisyonunda OH grubu olmadığı için sentezi durdurur.
6 datp ddatp
7 Dizi analizi yapılırken dört ayrı reaksiyon karışımı hazırlanır. Her bir karışım kalıp DNA zinciri, bir primer, dntp lerin dördü ve az miktarda ddntp lerden birini içerir. Özgül zincir sonlanması için her bir reaksiyonda farklı bir ddntp bulunur. Reaksiyonların her birinde çok az miktarda modifiye nükleotit kullanıldığı için yeni zincir sentezi rastgele sonlanarak bir dizi DNA fragmenti meydana gelir (Klug et al., 2000).
8 Reaksiyonlar sonucu elde edilen DNA parçalarına elektroforez uygulanarak jel üzerinde yan yana yürütülür. Uygulanan elektriksel alanın etkisi ile DNA parçacıkları en kısası en önde olmak üzere jel üzerinde bir merdiven görüntüsü oluşturur. İşaretleme yöntemine göre jel üzerinde, tespit edilen parçacıklar reaksiyon karışımına konulan ddntp nin tipine göre okunur (Klug et al., 2000).
9 Sanger-Coulson Zincir Sonlanma Yönteminde Kullanılan Kimyasallar Primerler Sanger-Coulson zincir sonlanma yönteminde istenilen DNA kalıbının çoğaltılması ve dizi analizinin yapılabilmesi için özgül oligonükleotitlere yani primerlere ihtiyaç vardır. Primer çiftleri kullanılacak kalıp DNA nın genomik DNA dan eldesinde, çoğaltılmasında kullanılır. Ayrıca primerler yöntemin son aşaması olan sonlanma reaksiyonunda polimeraz enzimi için uygun 3 ucu sağlar. Her iki reaksiyondaki primer çifti aynı olabileceği gibi farklı primerler de kullanılabilir.
10 Kalıp DNA Sanger-Coulson zincir sonlanma yönteminde hem çift, hem de tek zincirli DNA kullanılabilir. Yöntemin birinci aşamasında polimeraz zincir reaksiyonu tekniği ile elde edilen ve çoğaltılan DNA parçası kalıp DNA olarak adlandırılır. PCR ürünü kalıp DNA, önce reaksiyon artıklarından arındırılmalıdır. Bu çok özen gösterilmesi gereken bir aşamadır. Eğer kalıp DNA yeterince temizlenemezse bir sonraki sonlanma reaksiyonuna aktarılacak olan kimyasallar ile primer artıkları reaksiyonun hassasiyetini bozacaktır (Sambrook et al., 1989).
11 Enzimler Sanger-Coulson zincir sonlanma yönteminde bir çok tip DNA polimeraz enzimi kullanılabilmektedir. Bu enzimlerin ortak özellikleri özgül ve hassas olmalarıdır.
12 E.coli Klenow Fragmenti DNA Polimeraz I İlk geliştirilen yöntemde kullanılan bu enzimin iki büyük dezavantajı vardır. Birincisi enzimin kontrolsüz olarak çoğaltma reaksiyonlarını yarıda kesmesidir. Özellikle uzun okumalarda bu problem iyice belirginleşmektedir. İkincisi enzimin homopolimerik bölgeler ile ikincil yapısı kuvvetli olan bölgelerde istenilen verimde çalışmamasıdır (Sambrook et al., 1989).
13 Reverse Transcriptase Reverse transcriptase enziminin her ne kadar çok yaygın bir kullanım alanı olmasa da özellikle homopolimerik bölgelerde etkin çözüm verir. Enzim özellikle bu tip bölgelerde Klenow fragmentinden daha etkin ve kullanışlıdır (Sambrook et al., 1989).
14 Sequenase Enzimleri Sequenase enzimleri T7 bakteriofajın dan elde edilirler. Enzimin 3-5 ekzonükleaz aktivitesi inhibe edilmiştir. İnhibe edilen bu özelliği sayesinde enzim tek yönlü ve hızlı çalışır. Kalıp DNA nın uzun olduğu deneylerde yüksek özgül aktivitesi ve dayanıklılığı ile tercih edilir (Sambrook et al., 1989).
15 Taq DNA Polimeraz Özellikle tek zincirli DNA dizisinin saptanmasında tercih edilir. Sıcağa dayanıklı olduğu için yaygın kullanılan enzim türüdür. Özellikle 95 0 C da aktif olması nedeni ile homopolimerik bölgelerde bile çok etkindir (Sambrook et al., 1989).
16 Manuel DNA Dizi Analizi Sekans reaksiyonu kullanılarak zincir sonlandırma metodu uygulanır (Sanger et al., 1977). Örnekler %6 lık denatüre edici poliakrilamid jelde ayrıştırılarak, otoradyografi ile görüntülenir. Çalışılan gen amplifiye edildikten sonra enzimatik ön muamele yapılır. Bu amaçla hidrolitik enzimler (alkalin fosfataz ve ekzonükleaz I ) kullanılır. Ekzonükleaz I ortamdaki tek zincirli DNA iplikciklerini, alkalin fosfataz ise dntp leri uzaklaştırarak, dizi reaksiyonu için kullanılacak amplifikasyon ürününün temizlenmesini sağlar. İşlem tamamlandıktan sonra enzimleri inaktive etmek için, örnek karışımı 80 0 C da 15' bekletilir.
17 Primer tutunma reaksiyonu Temizlenmiş amplifikasyon ürünü üzerine primer ilave edilir. Karışım C da inkübe edildikten sonra, önce buzlu su içinde, sonra buzda bekletilir. Örneğin bu şekilde kademeli olarak soğutulması, kalıp katlanmasını ve primerlerin kendi aralarında eşleşmesini önler.
18 İşaretleme reaksiyonu İşaretleme reaksiyonu için dört farklı tüp hazırlanır. Her bir tüp dört çeşit dntp nin yanısıra bir ddntp içerir. Bu aşamada kullanılan DNA polimeraz T7 bakteriofaj DNA polimerazının modifiye formudur. Bu enzim 3 5' ekzonükleaz aktivitesi içermez. Enzimin polimerizasyon hızı çok yüksek olup, DNA zincirine ddntp takabilme özelliğine de sahiptir. Reaksiyon karışımı 5' oda sıcaklığında bekletilir. İşaretleme aşamasında kullanılan işaretleme çözeltisi üç farklı dntp içerir. Dördüncü tip dntp, karışıma ilave edilen radyoaktif işaretli dntp dir.
19 Sonlandırma reaksiyonu Zincir sonlanması 3'OH grubu bulunmayan nükleotit analoglarının (ddntp) zincire takılması ile sağlanır. Dört farklı sonlandırma çözeltisinin her biri 80µl eşit dntp (A; C; G; T) ve 8µl tek bir bazın ddntp sini içerir. Sonlandırma için hazırlanan tüplerin her birine sonlandırma çözeltisi reaksiyon karışımından ilave edilir. Tüplere formamid içeren durdurma çözeltisi eklenerek reaksiyon durdurulur. Bu örnekler jele yüklemeden önce denatüre edilir.
20 Reaksiyon Ürünlerinin Elektroforezi Örneklerin görüntülenmesi için ürünler denatüre edici poliakrilamid jel elektroforezine tabi tutulurlar. Jel hazırlandıktan ve polimerizasyon işlemi tamamlandıktan sonra ortamda kalan üre temizlenir. Elektroforez tamponu olarak 1X TBE kullanılır. Sisteme 70 watt, 1800 volt ve 50mA elektrik akımı verilerek ön elektroforez uygulanır. Bu uygulama tamlandıktan sonra yapılan DNA Dizi Analizi reaksiyonları jele yüklenerek saat yürütme yapılır.
21 Reaksiyon Ürünlerinin Otoradyografisi Elektroforez bitiminde jel, asetik asit metanol karışımında bekletilir, Whatmann 1MM kromatografi kağıdı üzerine alınarak jel kurutucuda kurutulur. Kuruma sonrası X-ışınına duyarlı filmle kaplanır. 1-2 gün boyu oda sıcaklığında karanlık odada tutularak otoradyografisi alınır.
22 Otomatik DNA Dizi Analizi Otomatik dizi analizi için çoğaltılan PCR ürünleri çeşitli yöntemler kullanılarak temizlenir. En sık kullanılan temizleme yöntemi ticari kitlerin kullanıldığı silika temelli yöntemlerdir.
23 İşaretleme Reaksiyonu Otomatik Dizi Analizi ticari olarak üretilen kitler kullanılır. En sık olarak ABI Prism Big DyeTM Terminatör Reaksiyon Kiti kullanılır. Bu PCR kitinin özelliği tüm PCR kimyasalları ile beraber, floresan boyalı ddntp ler ile Taq DNA Polimeraz enzimini de tek bir karışım halinde bulundurmasıdır. Big Dye Ready Reaction Mix olarak adlandırılan bu karışıma sadece primer ve temizlenmiş kalıp DNA eklenir ve PCR başlatılır.
24 BigDye Terminatör DNA Polymerase, dntp s and DyeDeoxyterminator s A C G T A A C AC C ACC G ACCG T ACCGTA ACCGTA T Bağlanma Uzama Ürünler
25 Fluorescent Dyes Used in 4-Color Detection FAM (Blue) JOE (Green) TAMRA (Yellow) ROX (Red)
26 Amplifikasyon Koşulları 1 amplifikasyon tüpü (20 μl) için reaksiyon karışımı Kalıp DNA Big Dye Ready Reaction Mix Primer (3.2pmol / μl) Distile su 8.0 μl 8.0 μl 1.0 μl 3.0 μl
27 PCR Programı 96 0 C C 5 24 döngü; 60 0 C C 10 1 döngü;
28 Örneklerin Hazırlanması Örnek hazırlama sırasında amplifikasyon ürünü izopropanol çöktürmesi ile PCR artıklarından temizlenir. Bu aşama özellikle reaksiyona girmemiş floresan boyalı ddntp lerin uzaklaştırılması açısından da çok önemlidir. İşlem uygun şekilde yapılamazsa kontaminant boyalar lazer tarafından okunacak ve analizin hassasiyetini bozacaktır.
29 Örneğin Cihaza Yüklenmesi ve Elektroforezin Başlatılması Örnekler izopropanol ile temizlenip alkol tamamen uzaklaştırıldıktan sonra işaretleme reaksiyonu ürünleri formamid veya TSR içinde çözülür. Örnekler denatüre edildikten sonra buz içinde şoklanarak cihaza yüklenir ve elektroforez başlatılır. Yürütme işlemi 15 kv gerilim ve 50 o C sıcaklıkta gerçekleştirilir.
30 Fluorescent Emission Spectra for ABI Dyes FAM JOE NED ROX Laser excitation (488, nm) WAVELENGTH (nm) ABI 310 Filter Set F
31 Matrix File Table from an ABI These values are used by the GeneScan Analysis Software to separate the various dye colors from one another. The letters B, G, Y, and R represent the dye colors Blue, Green, Yellow, and Red, respectively.
32 Sonuçların Değerlendirilmesi Elektoroforez işlemi tamamlandıktan sonra bilgisayar ana menüsünden Sequence Analysis programı açılır ve yürütülen örnek burada analiz edilir.
33 Otomatik Dizi Analizi Cihazları 1- Jel Sistemli Cihazlar (ABI Prism 370, 373, 377) 2- Kapiler Sistemli Cihazlar (ABI Prism 310, 3100, 3700)
34 ABI Prism 377 ABI Prism 377
35
36
37
38 Labeled DNA fragments (PCR products) Capillary or Gel Lane Sample Detection Size Separation Ar+ LASER (488 nm) LASER (488 nm) CCD Panel Detection region Color Separation Fluorescence ABI Prism spectrograph
39
40
41 ABI 310 PRISM
42 Kapiller Elektroforez High Voltage Capillary (+) anode (-) cathode
43 STANDARD OPERATION CAPILLARY FILL PRE-ELECTROPHORESIS WATER WASH OF CAPILLARY SAMPLE INJECTION WATER WASH OF CAPILLARY ELECTROPHORESIS DETECTION
44 Electrokinetic Injection Process Capillary Electrode Q = r 2 c s ( ep + eo )Et b s - - DNA - Sample Tube Q is the amount of sample injected r is the radius of the capillary c s is the sample concentration E is the electric field applied t is the injection time s is the sample conductivity b is the buffer conductivity ep is the mobility of the sample molecules eo is the electroosmotic mobility Rose et al (1988) Anal. Chem. 60:
45
46 ABI Prism 310 Genetic Stepper Motor Analyzer capillary Heat Plate Syringe with polymer solution Anode Laser Injection cathode Outlet buffer Pump Block Autosampler tray Inlet buffer
47
48 ABI Prism 310 Genetik Analizör Cihazı na ait elektrot ve kapiler Enjeksiyon Elektrodu Kapiler Örnek Tepsisi
49 ABI Prism 3100
50 Cihazın İç Yapısı
51
52 Long Read BigDye Terminator v 3.0, 80 cm Capillary Array 3100 Genetic Analyzer
53 ABI Prism 3700
54
55
56 Manuel Yöntem Maliyeti düşük Daha fazla işgücü gerekir En fazla 350 bç okunabilir İlk radyoaktif datp zincire eklendikten sonra okuma başlar Daha fazla zaman alır Otomatik Yöntem Maliyeti yüksek Daha az işgücü gerekir 1000 baz çifti okunabilir Primerden hemen sonra okunabilir Daha kısa süre alır
57 Otomatik sekansın teorik kapasitesi 24 kapiller sekans aletinin kapasitesi 2.7 milyon baz/yıl Tüm insan genomu sekansında bir tek cihaz kullanılırsa1000 yıl gerekli Bu nedenle 96 ve 384 kapiller sekans aletleri geliştirilmiştir. Slab jel kapiller sistem= 24 saat/9 yürütme 1-6 milyon baz/1 ay/ 1 sekans aleti Amersham Megabase 1000 ile baz / 1 gün Büyük genomlar için birçok lab. birarada çalışmakta ve günde 18 milyon bazın sekansını yapabilmektedir.
58 İnsan genom projesinde kullanılan sekanslama stratejileri 1- BAC temelli sekanslama 2- tüm genom shutgun stratejisi
59 BAC temelli sekanslama İnsan genomu yaklaşık kb uzunluğunda fragmentlere ayrıldı. Bu fragmentler BAC vektörlere klonlanarak insan genomunun BAC kütüphanesi oluşturuldu. BAC kütüphanesi yaklaşık kadar BAC klonundan oluşmaktaydı. Daha sonra her bir BAC klonu insan genomundaki yerinin belirlenmesi amacıyla haritalandı.
60 Dizi analizi için her bir BAC klonu yaklaşık 2000 bp lik daha kısa fragmentlere parçalandı. Bu subklonların dizi analizi yapılarak bilgisayarlar kullanılarak birleşme noktalarından faydalanılarak her bir BAC klonunun dizisi çıkarıldı. Daha sonra haritalanan BAC klonları birleştirilerek tüm genomun dizisi çıkarıldı.
61 Tüm Genom Shutgun Stratejisi Dr. J. Craig VENTER ve arkadaşları tarafından geliştirilen bu yöntem haritalamaya gereksinim duymadığından zaman ve işgücü açısından tassarruf sağlamaktadır. Bu yöntemde önce genom yaklaşık 2000 ve bp lik küçük fragmentlere ayrılır daha sonra bu fragmentler plazmit vektörlere klonlanarak çoğaltıldıktan sonra dizisi çıkarılır. Bu diziler bir algoritm programı ile birleştirilerek genomun dizisi çıkarılır.
62
63 Bu teknik basit olarak görünse de insan genomu gibi büyük genomlara uygulandığında kısa bir süre içinde milyonlarca fragmentden elde edilen dizilerin kısıtlı bir sürede birleştirilmesi gerekmektedir. Ayrıca yöntem çok sayıda yüksek kapasitede çalışabilecek sekansır ve sekansı çıkarılan dizilerin birleştirilmesi için bilgisayar sistemlerine gereksinim duymaktadır. Venter bu amaçla TIGR yı (The Institute for Genome Research) kurarak milyonlarca fragmenti biraraya getirmek için Algoritm programı geliştirdi.
64 Bu algoritmayı kullanarak Venter ve arkadaşları 1.8 milyon bp den oluşan Haemophilus influenza genomunun dizisini çıkardılar. Venter ve arkadaşları bu yöntemi insan genomuna uygulamaya karar verdiklerinde bir çok araştırıcı bu yöntemin insan gibi milyonlarca repetatif DNA içeren büyük genomlarda başarılı olmayacağını öne sürmekteydi.
65 Ocak 1998 de yüksek kapasiteli 3700 cihazlarının ve shutgun sekans algoritmasının geliştirilmesi ile insan genom projesi hız kazandı. Mayıs 1998 deventer, 300 adet 3700 ve çok sayıda yüksek kapasiteli bilgisayar alarak Celera Genomics şirketini kurdu ve İnsan genomunun dizisinin 3 yıl içinde tamamlanacağını duyurdu. Venter ve arkadaşları 9 ay içinde insan genomunun taslağını çıkarmayı başararak yöntemlerinin başarılı olduğunu kanıtladılar.
66
67 Haziran 2000 de insan genom projesinin tamamlandığı açıklandı. Ancak açıklanan diziler taslak diziler olup düzeltilmesi gerekiyordu. İki grup bir arada çalışarak nisan 2003 yılında diziye son şeklini verdiler
68 Haziran 2000 Nisan 2003 Genomun %90 ını içeriyor Genomun %99 unu içeriyor Hata oranı yaklaşık 1000 Hata oranı yaklaşık bazda 1 bazda gap bulunuyor gap bulunuyor Genomun %28 i bitiş standardına uygun Genomun %99 i bitiş standardına uygun
SEKANS TEKNİKLERİ. Ders Sorumlusu: Doç.Dr. Hatice MERGEN. Hazırlayan: Levent ZORBEK Ankara,2006
SEKANS TEKNİKLERİ GENOMİK-PROTEOMİK Ders Sorumlusu: Doç.Dr. Hatice MERGEN Hazırlayan: Levent ZORBEK Ankara,2006 DNA Dizi Analizi için geliştirilen birbirinden farklı iki yöntem bulunmaktadır. Bu iki yöntem;
DetaylıKAPİLLER ELEKTROFOREZ DNA SEKANSLAMA
İçerik Giriş...2 Deney İçin Gerekli Olan Malzemeler...3 Deneyin Yapılışı... 4-9 Genomik DNA Kalıbının Hazırlanması...4 PCR Amplifikasyonu... 4-5 DNA Miktarının Belirlenmesi...6 Sekans Reaksiyonunun Hazırlanması...7
DetaylıDİZİ ANALİZİ (SEKANS) TEKNİKLERİ
DİZİ AALİZİ (SEKAS) TEKİKLERİ DA dizi analizi, gen yapısı ve genetik kontrol mekanizmaları hakkında bir çok bilgi edinmemizi sağlamıştır. erhangi bir organizmadan çok miktarda saf DA elde edilmesini sağlayan
Detaylıİlk dizi analiz çalışmaları 1960 lı yılların başında 75-80 nükleotitlik trna larla başlanmıştır.
DNA dizi analizleri yada sekanslama DNA birincil yapılarının tayininde ve nükleotid baz diziliminin belirlenmesinde kullanılan yöntemdir. Analiz bir nükleik asit dizisinin diğerine hibridizasyonuna dayanır.
DetaylıPOLİMERAZ ZİNCİR REAKSİYONU (PZR-PCR) VE RESTRİKSİYON PARÇA UZUNLUĞU POLİMORFİZMİ (RFLP)
Deney: M 1 POLİMERAZ ZİNCİR REAKSİYONU (PZR-PCR) VE RESTRİKSİYON PARÇA UZUNLUĞU POLİMORFİZMİ (RFLP) a) PCR yöntemi uygulaması b) RPLF sonuçları değerlendirilmesi I. Araç ve Gereç dntp (deoksi Nükleotid
DetaylıMaya ve maya benzeri mantarların sekans analizi ile identifikasyonu
Maya ve maya benzeri mantarların sekans analizi ile identifikasyonu Dr. Ayşe KALKANCI Gazi Üniversitesi Tıp Fakültesi Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı, Ankara 24-25 Şubat 2011, İzmir Sunum Planı Teorik
DetaylıDNA Dizi Analiz Yöntemleri
DNA Dizi Analiz Yöntemleri DNA dizi analizleri yada sekanslama DNA birincil yapılarının tayininde ve nükleotid baz diziliminin belirlenmesinde kullanılan yöntemdir. Analiz bir nükleik asit dizisinin diğerine
DetaylıNükleik asitler. Deoksiribonükleik asit Ribonükleik asit 18.11.2008. DNA nın YAPISI ve ÖZELLİKLERİ
Nükleik asitler Sıcaklıkla öldürülmüş S suşları Canlı R suşlarını canlı S suşuna dönüştürür a) Farelere virulan S suşu enjekte edildiğinde ölür b) R suşu enjekte edildiğinde yaşar c) Isıyla öldürülmüş
DetaylıREKOMBİNANT DNA TEKNOLOJİSİ. Araş. Gör. Dr. Öğünç MERAL
Araş. Gör. Dr. Öğünç MERAL 1960 lardan bu yana genetik ve moleküler biyolojideki kavrayışımızın hızla artması, biyoteknolojide heyecan verici buluşlar ve uygulamalara yol açtı. DNA yapısı ve fonksiyonlarının
DetaylıHafta VIII Rekombinant DNA Teknolojileri
GENETĐK 111-503 Hafta VIII Rekombinant DNA Teknolojileri Doç.Dr. Hilâl Özdağ Rekombinant DNA Teknolojisi Amaç Spesifik DNA dizilerinin yerlerinin belirlenmesi. DNA nın belirli noktalardan kesilmesi Belirli
DetaylıMoleküler Biyolojide Kullanılan Yöntemler-5
Moleküler Biyolojide Kullanılan Yöntemler-5 Polimeraz zincir reaksiyonu (PCR) (DNA nın in vitro çoğaltılması) 2 Hücrede doğal olarak (in vivo)gerçekleşen replikasyon, in vitro koşullarda da (hücre dışında)
DetaylıAgaroz jel elektroforezi
MOLEKÜLER TEKNİKLER Dr. Naşit İĞCİ Nevşehir Hacı Bektaş Veli Üniversitesi Moleküler Biyoloji ve Genetik Bölümü 4. Sınıf (2017-2018 Bahar) 2. NOT Agaroz jel elektroforezi PAGE daha çok proteinlerin ve küçük
Detaylıİşlevsel Genomik Nedir?
İşlevsel Genomik Nedir? İşlevsel Genomik, yapısal genomik tarafından sağlanan bileşenlerin ve bilginin kullanımı ile gen işlevinin değerlendirilmesinde, deneysel yaklaşımların (genom veya sistem boyunca)
DetaylıMOLEKÜLER DNA DİZİ ANALİZ YÖNTEMLERİ
MOLEKÜLER DNA DİZİ ANALİZ YÖNTEMLERİ DNA dizi analizleri ya da sekanslama; DNA birincil (temel) yapılarının belirlenmesinde kullanılan yöntemlerdir, DNA nın nukleotid dizilerinin saptanması anlamına gelir.
DetaylıRekombinant DNA Teknolojisi-II
BYM613 Genetik MühendisliM hendisliği Rekombinant DNA Teknolojisi-II Hacettepe Üniversitesi Biyomühendislik BölümüB 2012-2013 2013 Güz G z DönemiD Dr. Eda Çelik-AKDUR edacelik@hacettepe.edu.tr İçerik (2
DetaylıRT-PCR. (reverse transckripsiyon-polimeraz zincir reaksiyonu) Dr Gülnur Güler
RT-PCR (reverse transckripsiyon-polimeraz zincir reaksiyonu) Dr Gülnur Güler RT-PCR (reverse transckripsiyon-polimeraz zincir reaksiyonu) mrna ekspresyon seviyelerini belirlemek için sensitiv bir metod
DetaylıREAKSİYON PRENSİPLERİ
REAKSİYON PRENSİPLERİ Reaksiyon Bileşenleri: qpcr Master Mix (PMM) Hedef probe Mix (HPM) Zenginleştirilmiş gıda ürünleri kültüründen izole edilen DNA örneği Polimerase Chain Reaction (PCR): Son yıllarda
DetaylıDNA Dizileme (Sekanslama)
T.C GIDA TARIM VE HAYVANCILIK BAKANLIĞI PENDİK VETERİNER KONTROL ENSTİTÜSÜ DNA Dizileme (Sekanslama) Dr. Eray ATIL Vet. Hekim, Mikrobiyolog Pendik Veteriner Kontrol Enstitüsü Eğitim Bilgileri Eğitim süresi
DetaylıProtokolü PD S001 01. 50 Reaksiyon
Salmonella sp. Real time PCR Tespit Kiti Protokolü PD S001 01 50 Reaksiyon REAKSİYON PRENSİPLERİ Reaksiyon Bileşenleri: qpcr Master Mix (PMM) Hedef probe Mix (HPM) Zenginleştirilmiş gıda ürünleri kültüründen
DetaylıMOLEKÜLER BİYOLOJİ LABORATUVARI
MOLEKÜLER 2014-2015 BİYOLOJİ LABORATUVARI GÜZ DÖNEMİ MOLEKÜLER BİYOLOJİ LABORATUVARI 7.HAFTA DERS NOTLARI GAZİ ÜNİVERSİTESİ FEN FAKÜLTESİ BİYOLOJİ BÖLÜMÜ Sayfa 1 / 6 1. RFLP (RESTRİKSİYON PARÇA UZUNLUK
DetaylıAdnan Menderes Üniversitesi Tarımsal Biyoteknoloji Bölümü TB101 Çiğdem Yamaner (Yrd. Doç. Dr.) 3. Hafta (01.10.2013)
Adnan Menderes Üniversitesi Tarımsal Biyoteknoloji Bölümü TB101 Çiğdem Yamaner (Yrd. Doç. Dr.) 3. Hafta (01.10.2013) ADÜ Tarımsal Biyoteknoloji Bölümü 1 DNA moleküllerinin analizinde çok çeşitli yöntemler
DetaylıDNA Sekanslama ve Filogenetik Analizler. Dr. Eda UĞURTAY
DNA Sekanslama ve Filogenetik Analizler Dr. Eda UĞURTAY DNA baz dizilimlerinin belirlenmesidir. İlk dizi analiz çalışmaları 1960 lı yılların başında 75-80 nükleotitlik trna larla başlanmıştır. Kullanım
DetaylıSoru 1: DNA miktarını saptamak için spektrofotometrik yöntemin arkasındaki prensibi açıklayınız:
Ara Sınav Soruları Soru 1: DNA miktarını saptamak için spektrofotometrik yöntemin arkasındaki prensibi açıklayınız: Cevap1: 260 nm de 1 cm yol uzunluğundaki OD = 50 μ g/ml çift sarmal DNA için, 40 μ g/ml
DetaylıPCR Bir reaksiyonun kurulması ve optimize edilmesi
Hafta V PCR Temelli Genetik Analiz Yaklaşımları PCR Bir reaksiyonun kurulması ve optimize edilmesi Doç. Dr. Hilâl Özdağ F Đ Z Đ K Đ A L T Y A P I Reaksiyonda kullanılanlar: P C R I. Kalıp DNA a) PCR degrade
DetaylıReplikasyon, Transkripsiyon ve Translasyon. Yrd. Doç. Dr. Osman İBİŞ
Replikasyon, Transkripsiyon ve Translasyon Yrd. Doç. Dr. Osman İBİŞ DNA replikasyonu DNA nın replikasyonu, DNA molekülünün, sakladığı genetik bilgilerin sonraki nesillere aktarılması için kendi kopyasını
Detaylıcdna Kitaplık Hazırlanışı
cdna Kitaplık Hazırlanışı Uzm.Bio.Veysel Sabri HANÇER İstanbul Üniversitesi Moleküler Biyoloji ve Genetik Doktora Programı 2602043040 Genetik Bilginin İki Kaynağı Vardır; Genomik DNA mrna Ökaryotlardaki
DetaylıMikrobiyotanın En Etkili Analizi: Yeni Nesil Dizileme Sistemleri. Barış Otlu İnönü Üniversitesi Tıp Fakültesi Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilimdalı
Mikrobiyotanın En Etkili Analizi: Yeni Nesil Dizileme Sistemleri Barış Otlu İnönü Üniversitesi ıp Fakültesi ıbbi Mikrobiyoloji Anabilimdalı Yeni Nesil Dizileme Sistemleri Dünya Sağlık Örgütü yeni nesil
DetaylıNÜKLEİK ASİTLERİN ELEKTROFOREZİ
T.C. FIRAT ÜNİVERSİTESİ FEN BİLİMLERİ ENSTİTÜSÜ BİYOLOJİ BÖLÜMÜ NÜKLEİK ASİTLERİN ELEKTROFOREZİ Yüksek Lisans Semineri Hazırlayan: Venhar ÇELİK Danışman: Yrd.Doç.Dr. Dilek Turgut-BALIK NÜKLEİK ASİTLERİN
DetaylıListeria Monocytogenes Real time PCR Tespit Kiti
Listeria Monocytogenes Real time PCR Tespit Kiti Protokol PD LM00 0 50 Reaksiyon REŞİT GALİP CADDESİ 74-7 06700 ÇANKAYA, ANKARA, TÜRKİYE T +90 32 447 22 79 / 80 F +90 32 447 22 07 W www.bmlabosis.com İnternal
DetaylıDNA REPLİKASYONU. Dr. Mahmut Cerkez Ergoren
DNA REPLİKASYONU Dr. Mahmut Cerkez Ergoren Arthur Kornberg 1959 Nobel Ödülü "the mechanisms in the biological synthesis of DNA DNA Replikasyonu Replikasyon genetik materyalin tamamen kendi benzeri yeni
DetaylıPolimeraz Zincir Reaksiyonu. Mikrobiyoloji Anabilim Dalı
4. Ha&a Polimeraz Zincir Reaksiyonu Mikrobiyoloji Anabilim Dalı Sunu içeriği PCR ın tanımı PCR ın kısa tarihçesi Hücre içi DNA replikasyonu PCR bileşenleri PCR temel prensipler PCR ın kullanım alanları
DetaylıProtokolü PD S Reaksiyon
Salmonella sp. Real time PCR Tespit Kiti Protokolü PD S00 0 50 Reaksiyon REŞİT GALİP CADDESİ 74-7 06700 ÇANKAYA, ANKARA, TÜRKİYE T +90 32 447 22 79 / 80 F +90 32 447 22 07 www.bmlabosis.com İnternal Pozitif
DetaylıHLA Tiplendirmesinde Yeni Nesil Dizileme. Dr. Türker DUMAN
HLA Tiplendirmesinde Yeni Nesil Dizileme Dr. Türker DUMAN MHC MHC bölgesi Kr. 6p21 de lokalize olan 4 mega baz yaklaşık 220 gen Genomunun en yoğun bölgesidir, genomun büyüklük olarak yaklaşık % 0.1 ine
DetaylıVirolojik Teşhis Yöntemleri. Viral Partikül Tespiti 8/10/2018. Virüs izolasyonu/identififikasyonu
Virolojik Teşhis Yöntemleri Dr.Öğr.Üyesi Engin BERBER Viral partikül tespiti Virüs izolasyonu/identififikasyonu Viral antijen tespiti Virüs spesifik antikor tespiti Viral nükleik asit tespiti 1 2 Elektron
DetaylıGENETİK TANI YÖNTEMLERİ. Prof.Dr.Mehmet Alikaşifoğlu
GENETİK TANI YÖNTEMLERİ Prof.Dr.Mehmet Alikaşifoğlu S Genetik Tanı Yöntemleri S Sitogenetik Tanı Yöntemleri S Moleküler Sitogenetik Tanı Yöntemleri S Moleküler Genetik Tanı Yöntemleri Sitogenetik Tanı
DetaylıRTA JEL / PZR Saflaştırma Kiti
RTA JEL / PZR Saflaştırma Kiti Kullanma Kılavuzu Yayın Tarihi - 2011-12 DNA parçalarının agaroz jelden geri kazanımı ve PZR ürünlerinin saflaştırılması için Yalnızca profesyonel kullanım için REF 09009050
DetaylıHücre Neden DNA sını Replike Eder? ÇÜNKİ Mitoz Bölünmenin Gerçekleşmesi İçin S Evresinde DNA nın 2 Katına Çıkması Gerekmektedir
DNA REPLİKASYONU Hücre Neden DNA sını Replike Eder? ÇÜNKİ Mitoz Bölünmenin Gerçekleşmesi İçin S Evresinde DNA nın 2 Katına Çıkması Gerekmektedir Hücre yaşam döngüsü G 1, S, G 2, Mitoz,evreleri ile tamamlar.
DetaylıHücre içinde bilginin akışı
Hücre içinde bilginin akışı 1 DNA Çift Zincir Heliks 2 Hücre Çekirdeği ve Çekirdek Zarının Yapısal Organizasyonu Hatırlıyor musunuz? DNA Kromatin Kromatid Kromozom RNA Protein Çekirdek Çekirdekcik Nükleotid
DetaylıREAKSİYON PRENSİPLERİ
REAKSİYON PRENSİPLERİ Reaksiyon Bileşenleri: qpcr Master Mix (PMM) Hedef probe Mix (HPM) Zenginleştirilmiş gıda ürünleri kültüründen izole edilen DNA örneği Polimerase Chain Reaction (PCR): Son yıllarda
Detaylı07.04.2008. DNA İnceleme Teknikleri GEÇMİŞTEN GÜNÜMÜZE DNA İNCELEME TEKNİKLERİ VE PRENSİPLERİ. DNA Jel Elektroforezin Aşamaları. DNA Jel Elektroforezi
GEÇMİŞTEN GÜNÜMÜZE DNA İNCELEME TEKNİKLERİ VE PRENSİPLERİ Prof.Dr.Behnan ALPER Çukurova Üniversitesi Tıp Fakültesi Adli Tıp Anabilim Dalı Adana DNA İnceleme Teknikleri DNA Jel Elektroforezi RFLP Restriksiyon
DetaylıGIDA BİYOTEKNOLOJİSİ-2
DNA nın replikasyonu GIDA BİYOTEKNOLOJİSİ-2 1 2 DNA Replikasyonu (DNA çoğalması, DNA ikileşmesi, DNA sentezi) Bir hücrenin bölünebilmesi için DNA nın da çoğalması gerekir. DNA replikasyon mekanizmasının
Detaylıattomol apo B-100 quicktype
attomol apo B-100 quicktype İnsan apolipoprotein B-100 (apo B-3500 mutasyonu) gen inde 10708G>A geçiş tespitine yönelik kit Sadece in vitro diagnostik kullanım içindir! 20 tespit sipariş numarası: 1015
DetaylıMİKROBİYOLOJİ ANABİLİM DALI BİYOTEKNOLOJİ DERS NOTLARI
MİKROBİYOLOJİ ANABİLİM DALI BİYOTEKNOLOJİ DERS NOTLARI Biyoteknoloji, genetik materyallerde moleküler düzeyde yapılan manipülasyonlarla yeni ve istenilen fenotipte organizmalar ve faydalı ürünler elde
DetaylıMİKROBİYOLOJİDE BİYOTEKNOLOJİ
MİKROBİYOLOJİDE BİYOTEKNOLOJİ Biyoteknoloji; Genetik materyallerde moleküler düzeyde yapılan manipulasyonlarla yeni ve istenilen fenotipte organizmalar ve faydalı ürünler elde etmektir 1920 li yıllar...
DetaylıTEKNİK ŞARTNAME. 1) LC FS DNA Master Hy. Pb.,96 react
1) LC FS DNA Master Hy. Pb.,96 react TEKNİK ŞARTNAME 1) Kit hot-start PCR reaksiyonları, kantitasyon, SNP ve mutasyon çalışmaları için uygun 2) Kit ; primer, Prob ve template DNA haricind başka malzeme
DetaylıMoleküler Nematoloji. Eğitim Süresi: 6 ay (29 Aralık 2013 29 Haziran 2014) Eğitim Yeri: Kaliforniya Üniversitesi, Davis Bitki Bilimleri Bölümü
Moleküler Nematoloji 27.08.2014 Eğitim Süresi: 6 ay (29 Aralık 2013 29 Haziran 2014) Eğitim Yeri: Kaliforniya Üniversitesi, Davis Bitki Bilimleri Bölümü Dr. Gülden HASPOLAT gulden.haspolat@gthb.gov.tr
DetaylıRTA DNA qpcr Probe Master Mix
RTA DNA qpcr Probe Master Mix Kullanma Kılavuzu Yayın Tarihi -- 2012-01 DNA'nın gerçek zamanlı tayini ve miktar ölçümü için Yalnızca profesyonel kullanım için REF 09030025 25 test 09030100 100 test 09030500
DetaylıGıdalarda Tağşişin Belirlenmesinde Kullanılan Moleküler Yöntemler
ADANA BİLİM ve TEKNOLOJİ ÜNİVERSİTESİ Gıdalarda Tağşişin Belirlenmesinde Kullanılan Moleküler Yöntemler Ar. Gör. Sevgin DIBLAN Yrd. Doç. Dr. Pınar KADİROĞLU 1 İçerik Tağşiş nedir ve etkileri Gıda tağşişinin
Detaylıattomol lactose intolerance C>T quicktype
attomol lactose intolerance -13910C>T quicktype İnsan laktase-genine karşı -13910C>T geçiş tespitine yönelik mutasyon testi Sadece in vitro diagnostik kullanım içindir! 20 tespit sipariş numarası: 1045
DetaylıMOLEKÜLER BİYOLOJİDE KULLANILAN YÖNTEMLER II. ( WESTERN BLOTTING (WESTERN EMDİRİMİ) ve İMMÜNODETEKSİYON
MOLEKÜLER BİYOLOJİDE KULLANILAN YÖNTEMLER II ( WESTERN BLOTTING (WESTERN EMDİRİMİ) ve İMMÜNODETEKSİYON Western blotting: Akrilamit jeldeki protein bantlarının daha kararlı ve sabit bir ortama (örneğin,
DetaylıPolimeraz Zincir Reaksiyonu (PCR: Polymerase Chain Reaction) Ayten AŞKIN KILINÇ Veteriner Hekim
Polimeraz Zincir Reaksiyonu (PCR: Polymerase Chain Reaction) Ayten AŞKIN KILINÇ Veteriner Hekim PCR nedir? DNA Polimeraz enzimi kullanılarak DNA nın spesifik bir parçasının in vitro (bir tüp içerisinde)
DetaylıKAPİLER ELEKTROFOREZ. Uzm. Ecz. Emirhan NEMUTLU
KAPİLER ELEKTROFOREZ Uzm. Ecz. Emirhan NEMUTLU Elektroforez, iletken bir çözelti içindeki yüklü/yüksüz parçacıkların veya moleküllerin bir elektriksel alan varlığında göç etmesidir. Kapiler Elektroforezin
Detaylı1. Ekstraksiyon Tamponu: %2 (w/v) CTAB (Cetyltrimethyl-ammonium bromide) 1.4 M NaCl, % 0.2 (v/v) β-merkaptoetanol, 20 mm EDTA. 100 mm Tris-HCl (ph 8)
KONU-7. MOLEKÜLER BĠYOLOJĠDE TEMEL TEKNĠKLER BĠTKĠDEN GENOMĠK DNA ĠZOLASYONU Kullanılan Tamponlar: 1. Ekstraksiyon Tamponu: %2 (w/v) CTAB (Cetyltrimethyl-ammonium bromide) 1.4 M NaCl, % 0.2 (v/v) β-merkaptoetanol,
DetaylıGENOM PROJELERĐ. Doç. Dr. Hilâl Özdağ
GENOM PROJELERĐ Doç. Dr. Hilâl Özdağ Genom Projeleri Dizileme Klon kütüphaneleri Stratejiler Genom Dizilemesi Tekrar eden DNA dizileri Biraraya getirme (Assembly) PHRAP, PHRED,CONSED Bitiş Boşlukların
DetaylıAmaç. Bu pratiğin amacı öğrencilerin polimeraz zincir reaksiyonu ve kullanım alanları hakkında bilgi sahibi olmalarını sağlamak
BİYOFİZİK 2015 1 Amaç Bu pratiğin amacı öğrencilerin polimeraz zincir reaksiyonu ve kullanım alanları hakkında bilgi sahibi olmalarını sağlamak 2 Hedefler Bu pratiğin sonunda öğrenciler, polimeraz zincir
DetaylıEpigenetik modifikasyonlarla çalışma yöntemleri.
Epigenetik modifikasyonlarla çalışma yöntemleri www.plantcell.org/cgi/doi/10.1105/tpc.110.tt0110b Epigenetik modifikasyonlarla çalışma yöntemleri DNA metilasyonu bisülfit dizileme TTCGCCGACTAA TTCGCCGAuTAA
DetaylıWESTERN BLOT. Yrd. Doç. Dr. Eda Becer. Yakın Doğu Üniversitesi Eczacılık Fakültesi Biyokimya Anabilim Dalı
WESTERN BLOT Yrd. Doç. Dr. Eda Becer Yakın Doğu Üniversitesi Eczacılık Fakültesi Biyokimya Anabilim Dalı Northern Blot (RNA) James Alwine George Stark Western Blot (Protein) Eastern Blot (??) George Stark
DetaylıRekombinant DNA Teknolojisi-I
BYM613 Genetik MühendisliM hendisliği Rekombinant DNA Teknolojisi-I Hacettepe Üniversitesi Biyomühendislik BölümüB 2012-2013 2013 Güz G z DönemiD Dr. Eda Çelik-AKDUR edacelik@hacettepe.edu.tr İçerik (2
DetaylıGıda Örneklerinde Genetiği Değiştirilmiş Organizma Analizleri. Bölüm 9. MON810 Mısır, Bt-176 Mısır ve Roundup Ready Soya nın PCR ile Nitel Saptanması
Gıda Örneklerinde Genetiği Değiştirilmiş Organizma Analizleri Bölüm 9 MON810 Mısır, Bt-176 Mısır ve Roundup Ready Soya nın PCR ile Nitel Saptanması M. Querci, M. Maretti, M. Mazzara WORLD HEALTH ORGANIZATION
DetaylıSSO Yöntemiyle HLA Tiplendirmesi. Gürbüz POLAT
SSO Yöntemiyle HLA Tiplendirmesi Gürbüz POLAT SSO Diziye özgü oligonükleotid problarıyla PCR da çoğaltılmış DNA nın hibridizasyonu ile HLA allellerini saptamak için kullanılan moleküler tipleme yöntemidir.
DetaylıFLORESAN İN SİTU HİBRİDİZASYON
FLORESAN İN SİTU HİBRİDİZASYON Sağlık Teknikeri Hande ÇOLAKOĞLU Ege Üniversitesi Tıp Fakültesi Hastanesi Patoloji AD SIVI ve DOKULARIN FISH UYGULAMASI ÖNCESİ HAZIRLIK İŞLEMLERİ FISH Çalışmalarında Ön Uygulama
DetaylıDNA Mikroarrayler: SNP analizleri
Hafta IX Genombilimde Mikrodizin Uygulamaları ve iyoinformatik Analiz DNA Mikroarrayler: SNP analizleri Doç. Dr. Hilâl Özdağ DNA Mikrodizin Genomik Dizi SNP 5 T / G 3 SNP prob = 25 baz Perfect Match Mismatch
DetaylıMikrobiyolojide Moleküler Tanı Yöntemleri. Dr.Tuncer ÖZEKİNCİ Dicle Üniversitesi Tıp Fakültesi Tıbbi Mikrobiyoloji A.D
Mikrobiyolojide Moleküler Tanı Yöntemleri Dr.Tuncer ÖZEKİNCİ Dicle Üniversitesi Tıp Fakültesi Tıbbi Mikrobiyoloji A.D 1 Enfeksiyonun Özgül Laboratuvar Tanısı Mikroorganizmanın üretilmesi Mikroorganizmaya
DetaylıFarmakogenetikte Kullanılan Temel Yöntemler
Farmakogenetikte Kullanılan Temel Yöntemler Dr. Melih Ö. Babaoğlu Hacettepe Üniversitesi Tıp Fakültesi Farmakoloji A.D. XIII. TFD Eğitim Sempozyumu Van 1 Hastalık derecesi Fizyolojik durum İlaç etkileşmeleri
DetaylıGenom analizi için belirteç olarak kullanılan DNA dizileri
Salgınların Araştırılmasında Hızlı Genotiplendirme Yöntemleri Avantajları-Dezavantajları Doç. Dr. Z. Ceren KARAHAN Ankara Üniversitesi Tıp Fakültesi Tıbbi Mikrobioyoloji Anabilim Dalı Moleküler Genetik
DetaylıElektoforez ENSTRÜMENTAL ANALİZ 10/12/2015. Elektroforez
Elektoforez ENSTRÜMENTAL ANALİZ Elektroforez Elektroforez yüklü moleküllerin bir elektriksel alandaki hareketlerinin izlendiği bir tekniktir. Bir örnekteki maddelerin tümü veya bazıları iyonlaşabiliyorsa
Detaylıα1-antitrypsin quicktype
attomol α1-antitrypsin quicktype İnsan α-1 antitripsin gen inde M-, Z- and S-alellerin tespitine yönelik kit Sadece in vitro diagnostik kullanım içindir! Z-mutasyonun tespiti için 10 sipariş numarası:
DetaylıMİKROBİYOLOJİDE BİYOTEKNOLOJİ. Doç. Dr. Funda BAĞCIGİL
MİKROBİYOLOJİDE BİYOTEKNOLOJİ Doç. Dr. Funda BAĞCIGİL Biyoteknoloji; Genetik materyallerde moleküler düzeyde yapılan manipulasyonlarla yeni ve istenilen fenotipte organizmalar ve faydalı ürünler elde etmektir
DetaylıVİRAL TANI KİTLERİ (GFJ-480)
VİRAL TANI KİTLERİ (GFJ-480) CMV PCR Tanı Kiti Cytomegalovirus un Konvensiyonel PCR yöntemiyle tanınması. HHV-5 olarak da bilinen Sitomegalovirüs, herpes virus ailesinin bir üyesidir. Oldukça sık görülen
DetaylıBAKTERİLERİN GENETİK KARAKTERLERİ
BAKTERİLERİN GENETİK KARAKTERLERİ GENETİK MATERYALLER VE YAPILARI HER HÜCREDE Genetik bilgilerin kodlandığı bir DNA genomu bulunur Bu genetik bilgiler mrna ve ribozomlar aracılığı ile proteinlere dönüştürülür
DetaylıRekombinant DNA teknolojisi ve genomik
C H A P T E R 3 Rekombinant DNA teknolojisi ve genomik Dr. Aslı Sade Memişoğlu PowerPoint Lecture by: Melissa Rowland-Goldsmith Chapman University Başlıklar 3.1 Rekombinant DNA teknolojisi ve klonlamaya
DetaylıGıda Örneklerinde Genetiği Değiştirilmiş Organizma Analizleri
Gıda Örneklerinde Genetiği Değiştirilmiş Organizma Analizleri Çalışma Programı Örneği (Bir Haftalık Kurs) M. Querci WORLD HEALTH ORGANIZATION REGIONAL OFFICE FOR EUROPE ORGANISATION MONDIALE DE LA SANTE
DetaylıDifferential Display. Özgür Çakır
Differential Display Özgür Çakır Differential gen anlatımı Gelişmeye bağlı gen anlatımı değişiklikleri Ortam uyaranları ile gen anlatımı değişimleri Doku veya hücreye özel gen anlatımları Farklı anlatım
Detaylıattomol HLA-B*27 Sadece in vitro diagnostik kullanım içindir! 1.Giriş 2. Genel Açıklamalar
attomol HLA-B*27 HLA-B*27 in tespitine yönelik kit (Doku tiplemesi için kullanmayın!) Sadece in vitro diagnostik kullanım içindir! 40 tespit sipariş numarası: 1030 1.Giriş İnsan lökosit antijenleri(hla)
DetaylıDNA JEL ELEKTROFOREZİ. Mikrobiyoloji Anabilim Dalı
5. Ha&a DNA JEL ELEKTROFOREZİ Mikrobiyoloji Anabilim Dalı Tanımı Electro elektrik enerjisi anlamına gelmektedir. Phoresis ise, Yunanca phoros tan türeyerek içinden taşımak anlamına gelmektedir. Elektroforez
DetaylıÜNİTE 12:GENETİK MÜHENDİSLİĞİ VE BİYOTEKNOLOJİ
ÜNİTE 12:GENETİK MÜHENDİSLİĞİ VE BİYOTEKNOLOJİ Genetik mühendisliği gelişmeden önce insanlar yapay seçilim yoluyla istenen özelliklerin yavru canlılarda görülmesini sağlamışlardır. Örneğin seçici üretim
DetaylıLaboratuvar Tekniği. Adnan Menderes Üniversitesi Tarımsal Biyoteknoloji Bölümü TBY 118 Muavviz Ayvaz (Yrd. Doç. Dr.) 5. Hafta (14.03.
Laboratuvar Tekniği Adnan Menderes Üniversitesi Tarımsal Biyoteknoloji TBY 118 Muavviz Ayvaz (Yrd. Doç. Dr.) 5. Hafta (14.03.2014) 1 5. Haftanın Ders İçeriği DNA ekstraksiyonu DNA ekstraksiyonunun amacı
DetaylıHücrede Genetik Bilgi Akışı
Hücrede Genetik Bilgi Akışı 1) Genomun korunması DNA nın tam olarak kopyalanması ve hücre bölünmesiyle yeni kuşak hücrelere aktarılması 2) Genetik bilginin çevrimi Hücre içerisinde bilginin DNA dan RNA
DetaylıSODYUM DODESİL SÜLFAT POLİAKRİLAMİD JEL ELEKTROFOREZİ İLE PROTEİNLERİN ANALİZİ
T.C. FIRAT ÜNİVERSİTESİ FEN BİLİMLERİ ENSTİTÜSÜ BİYOLOJİ BÖLÜMÜ SODYUM DODESİL SÜLFAT POLİAKRİLAMİD JEL ELEKTROFOREZİ İLE PROTEİNLERİN ANALİZİ Yüksek Lisans Semineri Hazırlayan: Abdullah ASLAN Danışman:
DetaylıChapter 10 Lecture. Genetik Kavramlar Concepts of Genetics Tenth Edition. 1. DNA Yapısı. Çeviri: Aslı Sade Memişoğlu
Chapter 10 Lecture Genetik Kavramlar Concepts of Genetics Tenth Edition 1. DNA Yapısı Çeviri: Aslı Sade Memişoğlu Genetik malzeme nedir? Çoğunlukla genetiğin ikili sarmalın keşfiyle başladığı düşünülür
DetaylıTÜBİTAK BİDEB LİSE ÖĞRETMENLERİ FİZİK, KİMYA, BİYOLOJİ, MATEMATİK- PROJE DANIŞMANLIĞI EĞİTİMİ ÇALIŞTAYI LİSE3 (Çalıştay 2013) BİYOLOJİ GRUP TUHAF
TÜBİTAK BİDEB LİSE ÖĞRETMENLERİ FİZİK, KİMYA, BİYOLOJİ, MATEMATİK- PROJE DANIŞMANLIĞI EĞİTİMİ ÇALIŞTAYI LİSE3 (Çalıştay 2013) BİYOLOJİ GRUP TUHAF PROJE ÖNERİSİ ADI TUHAF MATERYALLERDEN İZOLE EDİLEN DNA
DetaylıPOYRAZ TIBBİ CİHAZLAR EDVOTEK
POYRAZ TIBBİ CİHAZLAR EDVOTEK EDVOTEK VİZYON Edvotek, bir çok disiplini bir araya getirerek karmaşık gibi görünen birçok bilimin temellerini anlatarak «Nasıl bilim adamı yetiştiririz?» sorusuna karşılık
DetaylıIII-Hayatın Oluşturan Kimyasal Birimler
III-Hayatın Oluşturan Kimyasal Birimler MBG 111 BİYOLOJİ I 3.1.Karbon:Biyolojik Moleküllerin İskeleti *Karbon bütün biyolojik moleküllerin omurgasıdır, çünkü dört kovalent bağ yapabilir ve uzun zincirler
DetaylıDNA ARAÇLARI ve BİYOTEKNOLOJİ
DNA ARAÇLARI ve BİYOTEKNOLOJİ Yrd.Doç.Dr.Yosun MATER Yrd.Doç.Dr.Yosun MATER DNA Düzenlenmesi İnsan DNA sı ile yapılan ilk çalışmalar için yani çalışma yöntemi geliştirilmesi için yaklaşık 1 milyon dolar
DetaylıYeni Nesil Dizileme Sistemleri. Barış Otlu İnönü Üniversitesi Tıp Fakültesi Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilimdalı
Yeni Nesil Dizileme Sistemleri Barış Otlu İnönü Üniversitesi ıp Fakültesi ıbbi Mikrobiyoloji nabilimdalı 5. Yeni Nesil Dizileme Kongresi Yeni Nesil Dizileme Pazarı 2018 de tahmin edilen pazar payı4 milyar
DetaylıREKOMBİNANT DNA TEKNİKLERİ I DR. ONUR YILMAZ 2017
REKOMBİNANT DNA TEKNİKLERİ I DR. ONUR YILMAZ 2017 Rekombinasyon: Yenibileşim - yenidenoluşum. Bir molekülün-hücrenin, atasal wild type yada ilkin (orijinal) yapısından farklılık göstermesi durumudur. I
DetaylıBRCA 1/2 DNA Analiz Paneli
FAST-BRCA Sequencing Kit BRCA 1/2 DNA Analiz Paneli Dizi Analizi Amaçlı Kullanım İçin KULLANIM KILAVUZU İÇİNDEKİLER 1 GİRİŞ... 3 2 KİT İÇERİĞİ... 3 3 SAKLAMA... 3 4 GEREKLİ MATERYAL VE CİHAZLAR... 3 5
DetaylıNilgün Çerikçioğlu Marmara Üniversitesi Tıp Fakültesi Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı
Nilgün Çerikçioğlu Marmara Üniversitesi Tıp Fakültesi Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı Kandolaşımı Enfeksiyonları %10 Kandidemi Ölüm hızı : % 50 (YBÜ) Erken tanı (?), tedavinin önemi Etken: Candida allbicans
DetaylıBİO 775 PROTEOMİK ve GENOMİK
1 BİO 775 PROTEOMİK ve GENOMİK SEQUENCE TAGGED SITES (STSs) EXPRESSED SEQUENCE TAG (ESTs) S. Esin SELÇUK 2006 2 SEQUENCE TAGGED SITES (STSs) STS; genomda 200-300 baz uzunluğundaki kısa bir bölgedir ve
Detaylı2. Histon olmayan kromozomal proteinler
12. Hafta: Nükleik Asitler: Nükleik asitlerin yapısal üniteleri, nükleozitler, nükleotidler, inorganik fosfat, nükleotidlerin fonksiyonları, nükleik asitler, polinükleotidler, DNA nın primer ve sekonder
DetaylıUYGULAMA NOTU. HPLC ile Gıda Ürünlerinde Fenolik Bileşen Analizi. Yüksek Performanslı Sıvı Kromatografi HAZIRLAYAN
UYGULAMA NOTU Yüksek Performanslı Sıvı Kromatografi L018 HPLC ile Gıda Ürünlerinde Fenolik Bileşen Analizi HAZIRLAYAN Uzm. Kim. Ozan Halisçelik ve Kim. Ömer H. Turmuş Ant Teknik Cihazlar Ltd. Şti. KONU:
Detaylı15- RADYASYONUN NÜKLEİK ASİTLER VE PROTEİNLERE ETKİLERİ
15- RADYASYONUN NÜKLEİK ASİTLER VE PROTEİNLERE ETKİLERİ İyonlaştırıcı radyasyonların biyomoleküllere örneğin nükleik asitler ve proteinlere olan etkisi hakkında yeterli bilgi yoktur. Ancak, nükleik asitlerden
DetaylıSALGIN ARAŞTIRMASINDA KULLANILAN TİPLENDİRME YÖNTEMLERİ
SALGIN ARAŞTIRMASINDA KULLANILAN TİPLENDİRME YÖNTEMLERİ Prof.Dr. Meltem Yalınay Çırak Gazi Üniversitesi Tıp Fakültesi Mikrobiyoloji ve Klinik Mikrobiyoloji A.D. fenotipik yöntemler genotipik yöntemler
DetaylıMAIA Pesticide MultiTest
MAIA Pesticide MultiTest GIDALARDA PESTİSiT KALINTILARI İÇİN AB MAKSİMUM KALINTI LİMİTLERİ İLE UYUMLU ÇOKLU KALINTI TARAMA TESTİ Microplate Acetylcholinesterase Inhibition Assay (MAIA) katı veya sıvı gıda
DetaylıCanlı Legionella pneumophila Tespiti ve MLST için Gerçek Zamanlı PCR ve HRM Analizi Tabanlı Yöntemlerin Geliştirilmesi
Canlı Legionella pneumophila Tespiti ve MLST için Gerçek Zamanlı PCR ve HRM Analizi Tabanlı Yöntemlerin Geliştirilmesi Selin Nar Ötgün, Meral Turan, Mustafa Kolukırık, Esra Arslan Ganiler, Nuriye Ünal,
DetaylıDNA Replikasyonu. Doç. Dr. Hilal Özdağ. A.Ü Biyoteknoloji Enstitüsü Merkez Laboratuvarı Tel: /202 Eposta:
DNA Replikasyonu Doç. Dr. Hilal Özdağ A.Ü Biyoteknoloji Enstitüsü Merkez Laboratuvarı Tel: 2225826/202 Eposta: hilalozdag@gmail.com 1 Watson ve Crick Gözümüzden kaçmamış olan bir nokta da.. Replikasyon
DetaylıKABUKLULAR FINDIK WHEAT BUĞDAY YUMURTA YER PEANUT FISTIĞI SOYA
ET ÜRÜNLERİNDE TAĞŞİŞ Tağşiş; gıda maddesinin mevzuata veya izin verilen özelliklerine aykırı olarak üretilmesi hali olarak tanımlanmaktadır. Gıda ürünlerinde; tağşiş bir çok şekilde yapılabilmektedir.
Detaylıİnformatik/Enformatik (Informatics): Bilgi ve bilgisayar bilgi sistemleri ile ilgilenir. Bilgi işlenmesi, bilgi sistemlerinin mühendisliği
BİYOİNFORMATİK I DERSİ İÇİN BAZI NOTLAR Dr. Naşit İĞCİ Biyoloji İnformatik/Enformatik (Informatics): Bilgi ve bilgisayar bilgi sistemleri ile ilgilenir. Bilgi işlenmesi, bilgi sistemlerinin mühendisliği
DetaylıFinal Sınavı Soruları
Final Sınavı Soruları Soru1: PCR döngüsünü kısaca anlatılınız. Cevap1: İlk adımda solüsyonun sıcaklığı artırılarak DNA zincirinin denatüre olması sağlanır. Bu sırada Bundan sonra primerlerin tekli DNA
Detaylı