FAST-BRCA Sequencing Kit BRCA 1/2 DNA Analiz Paneli Dizi Analizi Amaçlı Kullanım İçin KULLANIM KILAVUZU
İÇİNDEKİLER 1 GİRİŞ... 3 2 KİT İÇERİĞİ... 3 3 SAKLAMA... 3 4 GEREKLİ MATERYAL VE CİHAZLAR... 3 5 ÖNEMLİ NOTLAR VE GÜVENLİKLE İLGİLİ UYARILAR... 4 6 YÖNTEM... 5 6.1 REAKSİYON MİX HAZIRLANMASI... 5 6.2 PCR AŞAMASI... 6 7 KULLANIM KISITLAMALARI... 6 8 OLUMSUZ ETKILI MADDELER... 6 SEMBOLLER... 7
1 GİRİŞ BRCA1 ve BRCA2 tümör baskılayıcı proteinleri üreten genlerdir. Bu proteinler DNA hasarlarının onarımına yardımcı olurlar ve aynı zamanda hücrenin genetik materyalinin istikrarının sağlanmasında rol oynarlar. BRCA1 ve BRCA2 genlerindeki belirli kalıtsal mutasyonlar kadınlarda meme ve yumurtalık kanserlerinin ve çeşitli başka kanser türlerinin riskini arttırabilir. BRCA1 ve BRCA2 gen mutasyonları kalıtsal göğüs kanserlerinin yaklaşık yüzde 20-25'inde ve tüm meme kanserlerinin ise yaklaşık yüzde 5-10'unda görülmektedir. FAST-BRCA Sequencing Kit, kan veya dokudan izole edilen DNA moleküllerinden BRCA 1 ve BRCA 2 genleri üzerinde meydana gelen mutasyonları araştırmak için oluşturulmuş Yeni Nesil Dizileme (Next-Generation Sequencing - NGS) sistemleri ile son derece uyumlu olarak çalışan bir kittir. 2 KİT İÇERİĞİ FAST-BRCA Sequencing Kit PCR Paneli (50 Reaksiyon) FAST-BRCA PCR Mix 1.9 ml FAST-BRCA Primer Mix I 125 µl FAST-BRCA Primer Mix II 125 µl FAST-BRCA Primer Mix III 125 µl FAST-CFTR Primer Mix IV 125 µl FAST-CFTR Primer Mix V 125 µl FAST-CFTR Primer Mix VI 125 µl 3 SAKLAMA Tüm bileşenler -20 C de saklanmalıdır. Bileşenler PCR hazırlanırken oda sıcaklığında 10-15 dakikadan fazla bırakılmamalıdır. Bileşenler uygun koşullarda saklanmaları halinde, etiketlerin üzerindeki son kullanma tarihlerine dek stabilitelerini korurlar. 4 GEREKLİ MATERYAL VE CİHAZLAR Agarose jel görüntüleme sistemi
DNA izolasyon Kiti ABI Dizileme Cihazı ve aksesuarları Sequencing Buffer Spektrofotometre 0.2 ml ince çeperli PCR tüpleri ya da stripler Derin dondurucu (-20 C) Vortex karıştırıcı PCR Cihazı 2 ml. Mikrosantrifüj tüpleri için rotoru bulunan tezgah üstü santrifüj Ayarlanabilir mikropipetler Steril, filtreli mikropipet uçları Steril 1.5 veya 2 ml. mikrosantrifüj tüpleri Atılabilir eldiven 5 ÖNEMLİ NOTLAR VE GÜVENLİKLE İLGİLİ UYARILAR Dikkat!: Ürün soğuk zincir altında teslim edilmelidir. Teslim alırken ambalajın soğuk zincir kurallarına uygun olup olmadığını kontrol ediniz ve size bu şekilde ulaştırılmayan ürünleri kullanmayınız. Ürünü teslim alırken kutu etiketlerinin üzerindeki son kullanma tarihlerini kontrol ediniz. Son kullanma tarihi geçmiş ürün veya bileşenleri kullanmayınız. Ürünün kullanımı esnasında aşağıda belirtilen noktalara dikkat edilmelidir: Steril, filtreli mikropipet uçları ve steril mikrosantrifüj tüpleri kullanılmalıdır. Çalışmaya başlanmadan önce tüm bileşenler oda sıcaklığına getirilmelidir. Kullanılmadan önce içeriklerinin homojen hale gelmesini sağlamak için, tüm bileşenler çözdürüldükten sonra karıştırılmalı ve kısaca santrifüjlenmelidir. Kit bileşenleri reaksiyon hazırlanana dek buz ya da soğutucu blok üzerinde tutulmalı, ve kullanımın ardından hemen -20ºC ye kaldırılmalıdır. PCR ve nükleik asit izolasyonu farklı kompartmanlarda/yerlerde/bölümlerde yapılmalıdır. Örnekler, kit bileşenleriyle temas etmemeleri için ayrı bir yerde muhafaza edilmelidir. Herhangi bir risk durumu oluşturmaması içinaşağıda belirtilen güvenlik talimatlarına uyulmalıdır:
Klinik örneklerle çalışılırken çok dikkatli olunmalıdır: Örneklerle fiziksel temastan kaçınılmalıdır; laboratuvar önlüğü ve eldiven giyilmeli, çalışma alanında yeme ve içmeye izin verilmemeli, görevli olmayan kimselerin çalışma alanına girişi engellenmelidir. Nükleik asit izolasyonu aşamasında oluşan atıklar, tıbbi atığa atılmalı ve güvenli bir biçimde uzaklaştırılmalıdır. Daha detaylı bilgi için www.multigen.com.tr adresindeki güvenlik bilgi formuna bakabilirsiniz. 6 YÖNTEM 6.1 REAKSİYON MİX HAZIRLANMASI Aşağıdaki tabloda verilen hacimlerde PCR bileşenleri her 35 µl PCR reaksiyonunda 5µl DNA örneği olacak şekilde hesaplanmıştır. Pipetleme hatalarına karşı hazırlanan PCR mix bir ya da iki reaksiyon fazladan hazırlanabilir. Bütün bileşenler kullanılmadan önce vortekslenmelidir. Tablo 6.1 Reaksiyon Mix İçeriği Bileşen Miktar FAST-BRCA PCR Mix 25 µl FAST-BRCA Primer Mix 5 µl DNA Örneği 5 µl Reaksiyon Mix Toplamı 35 µl
6.2 PCR AŞAMASI Tablo 6.2 PCR Termal Profili. Sıcaklık Süre 98 C 10 dk Başlangıç denatürasyonu 95 C 45 sn 60 C 45 sn 32 döngü 68 C 120 sn 72 C 10 sn 4 C Ramp: 1,3 C/sn 7 KULLANIM KISITLAMALARI Tüm bileşenler vücut dışında tanı amaçlı olarak kullanılabilir. Bu ürün, bu kullanım kılavuzu uyarınca kullanılmalıdır. Bu ürün özel olarak vücut dışında tanı amaçlı prosedürleri uygulama konusunda eğitim almış personel tarafından kullanılmalıdır. 8 OLUMSUZ ETKILI MADDELER Heparin ya da EDTA gibi antikoagülanlar içeren tüplere toplanmış örnekler, Hemolitik örnekler, Heparinize olmuş hasta örnekleri, Yüksek düzeyde safra tuzları, bilirubin ya da kan yağları içeren hastaların örnekleri kullanılmamalıdır.
9 SEMBOLLER SEMBOL AÇIKLAMA Son Kullanma Tarihi Lot Numarası Katalog Numarası Sıcaklık Sınırlaması Üretici Üretim Yılı Vücut Dışında Kullanılan Tıbbi Tanı Cihazı Avrupaya Uygunluk Test Sayısı
MULTİGEN Sağlık Hizmetleri Ltd. Şti. ideege Teknoloji Geliştirme Bölgesi TGB-2 Alanı, Mercan Konteyner Park, No:172/70 D (Ofis No: 7) Erzene Mahallesi, Ankara Caddesi, Ege Üniversitesi Kampüsü, 35100, Bornova / İZMİR Tel: +90 232 373 73 38 Web: www.multigen.com.tr