AİLESEL AKDENİZ ATEŞİ (AAA-FMF) MOLEKÜLER YAKLAŞIMLAR DÜZEN GENETİK HASTALIKLAR TANI MERKEZİ SERPİL ERASLAN, PhD
AİLESEL AKDENİZ ATEŞİ Otozomal resesif kalıtım Akdeniz ve Ortadoğu kökenli populasyonlarda sık görülür Türk, Arap, İsrail ve Ermeniler Yüksek risk populasyonlarında Hastalık sıklığı - 1-3:1000 Taşıyıcı sıklığı - 1:5-1:7 1:7 Ataklar, hastaların %90 ında 20 yaşından önce başlar. Erkek çocuklarda görülme sıklığı kız çocuklara oranla daha fazladır (13:10)
FENOTİP (KLİNİK BULGULAR) Tekrarlayan ateş Enflamasyon Periton Sinoviyum Plevra Karın ağrısı Artrit Vaskülit ve amiloidoz en önemli komplikasyon
KLİNİK TANI Atakların sıklığı, süresi ve şiddeti Etnik köken Aile hikayesi Biyokimyasal test sonuçları Ataklar sırasında yapılan testlerde Sedimantasyon, CRP, fibrinojen,, lökosit Kolşisin tedavisine yanıt Genetik testler Bilinen mutasyonların taranması DNA dizi analizi
MEDITERRANEAN FEVER (MEFV) GENİ Kromozom Bölgesi : 16p13.3 Gen Adı : MEFV Ekson sayısı : 10 Transkript (mrna) : 3.7 Kb Translasyon ürünü :Pirin (marenostrin( marenostrin) Protein uzunluğu :781aa
MEFV VERİBANKASI Toplam mutasyon sayısı :32 Mutasyon sıcak bölgeler :Ekson2 ve ekson10 (~ %85) Mutasyonların eksonlara göre dağılımı Ekson1, 2 9 Ekson3 2 Ekson5 3 Ekson10 18 REF :http://life2.tau.ac.il/genedis/tables/fmf/fmf.html http://www.hgmd.cf.ac.uk/ac/ns/1/125263.html
TÜRK TOPLUMUNDA MEFV GENİ MUTASYON FREKANSLARI M694V M694I V726A E148Q A761H M680I L695A MUTASYONLAR Bilinmeyen FREKANS 33.8 1.1 7.1 12.8 2.8 9.3 0.5 32.8 REF: http://www.medicine.ankara.edu.tr/internal_medical/pediatrics/mol-gen
GENOTİP-FENOTİP KORELASYONU Mutasyonların gen bölgesi üzerinde bulundukları yer, mutasyon türü ve protein üzerindeki yansımaları hastalık fenotipini belirler M694V Amiloidoz riskini arttırır (etnik gruplar arası değişken) E148Q, V726A amiloidoz oluşumunda daha az etken A138G polimorfizmi,, herhangi bir mutasyon ile birlikte bulunduğunda amiloidoz riskini arttırır Diğer gen etkileşimleri?
PİRİN VE İLGİLİ DİĞER PROTEİNLER
GENOTİP-FENOTİP KORELASYONU FMF Lİ HASTALARIN TEDAVİSİNDE İZLENECEK YOLUN VE İLAÇ DÜZEYLERİNİN BELİRLENMESİ AÇISINDAN BÜYÜK ÖNEM TAŞIR
NEDEN MOLEKÜLER TANI? Klinik tanıyı doğrulamak Ailede hasta bireylerin erken dönemde belirlenmesi Merkezimizde FMF e yönelik sadece postnatal uygulamalar yapılmaktadır
NUMUNE TÜRÜ K 3 EDTA lı tam kan (5cc) Sitratlı, heparinli tüpe alınan EDTA lı tüpe alındığı halde pıhtılaşan Hemolizli Antikoagulan ilaçları kullanan hastalardan alınan numunelerde DNA izolasyonu sırasında sorun oluşabilir Kanların serin ortamda, dondurulmadan gönderilmesi gerekir Prenatal materyalleri kabul edilmemektedir*
MUTASYON ANALİZ SİSTEMLERİMİZ Polimeraz zincir reaksiyonu (PZR; PCR) a dayalı teknikler Restriksiyon enzim analizi (%65) M694V, V726A, M680I, E148Q MEFV geni ekson 2-10 dizi analizi (%90) Ekson 2 mutasyonları : 5 (G138A, E167D, T267I, E148Q, E230K) Ekson 10 mutasyonları : 18 S675N, Y688X, K695R, G678E, 691delAAT, V704I, M680L, 692delATA, V726A, M680I(G>C) C), 693delTGA, A744S, M680I(G>A) A), M694V, R761H, T681I, M694I Polimorfizmler : 2 A138G, C165A
KONVANSİYONEL TEKNİKLER M 1 2 3 ÖRNEK Ekson 2 E148Q mutasyon analizi M : DNA boy markörü 1. Normal/Normal (Hasta1) 2. Mutant/Normal (Hasta2) 3. Mutant/Normal (kontrol)
OTOANALİZÖR SİSTEMLERİ DNA DİZİ ANALİZİ SİTOZİN > ADENİN DÖNÜŞÜMÜ MUTASYONUN HETEROZİGOT FORMU
RAPORLAMA Mutasyon analizi raporlarında, incelenen mutasyonların Görülüp görülmediği (dizi analizine yönlendirme) Görülmüş ise genotip içeriği (heterozigot( heterozigot, homozigot, kompound heterozigot) ) belirtilir DNA dizi analizi raporlarında incelenen bölgede gözlemlenen baz değişikliğinin Nükleotid pozisyonu Nükleotid düzeyinde değişikliğin ne olduğu Amino asid pozisyonu Amino asid düzeyinde değişikliğin ne olduğu Mutasyon veya polimorfizm ayırımı Daha önce belirlenmiş, veribankasına bildirilmiş veya ilk defa belirlenmiş olup olmadığı İlk defa belirlenmiş ise fenotip-genotip korelasyonu açısından anlamının ne olabileceği!! belirtilir
ÖRNEKLER MUTASYON ANALİZ RAPOR SONUCU DNA ANALİZ SONUÇLARI : Yapılan DNA analizi sonucunda probandın M694V ve M680I mutasyonlarını heterozigot olarak taşıdığı ve genotipinin M694V/M680I olduğu belirlendi.
DİZİ ANALİZİ RAPORU TARANAN BÖLGE ÜZERİNDE DAHA ÖNCE TANIMLANMIŞ MUTASYONLAR*: (TABLO HALİNDE VERİLİR) DNA DİZİ ANALİZİ İLE İNCELENEN BÖLGELERİN NÜKLEOTİD POZİSYONLARI: EKSON 2 : nt405-nt1038 arası EKSON 10 : nt2001-nt 2524 arası DNA ANALİZ SONUÇLARI: Yapılan DNA dizi analizi çalışmaları sonucunda, probandın yukarıda adı geçen mutasyonlardan herhangi bir tanesini taşımadığı belirlendi. Belirlenen değişiklikler Normal dizi Varyasyon Ekson numarası Nükleotid pozisyonu Kodon numarası Kodlanan Amino asid Nükleotid değişkliği Kodlanan amino asid 2 414 138 (GGA) Glisin 138 (GGG) Glisin 2 495 165 (GCC) Alanin 165 (GCA) Alanin YORUM : 138A>G ve 165C>A varyasyonları, herhangi bir amino asid değişikliğine neden olmadıkları için polimorfizm olarak değerlendirilebilirler. Probandın bu iki polimorfizmi homozigot olarak taşıdığı belirlendi. NOT : 1. DNA data bankasına bildirilmiş olan mutasyonlardan yaklaşık %85'i ekson2 ve 10 bölgesinde bulunmaktadır. 2. 138-G genotipine sahip olan FMF hastalarındaki amiloidoz gelişme riskinin, 138-A genotipine sahip olan hastalara oranla 3 kat fazla olduğuna yönelik çalışmalar bulunmaktadır**. (**Ref)
ÇALIŞMA SONUÇLARIMIZ Ocak 2003- Eylül2005 TOPLAM AİLE SAYISI : 811 TOPLAM ANALİZ SAYISI : 928 Bir ailede birden fazla kişide inceleme MUTASYON FREKANSIMIZ (M694V, V726A, M680I, E148Q*) Tüm bireylerde belirlenen mutasyon frekansı ~%48 Klinik bilgileri tam olan bireylerde belirlenen frekans ~%63
HASTA KABUL VE ANALİZLERE DESTEK OLMASI AÇISINDAN ÖNEMLİ NOKTALAR Bilgilendirilmiş hasta onay formunun doldurulması* Hasta/aile bilgilerinin tam olması Aile ve doktorların iletişim adreslerinin tam olması FMF hastalarının klinik bulgularının, DNA analiz sonuçları ile birlikte değerlendirilmesi Genotip-fenotip korelasyonu Tedaviye yaklaşımlar Doğru istatistik Genetik danışma açısından önemlidir
KATILIMCISI OLDUĞUMUZ KALİTE KONTROL PROGRAMLARI Ulusal Moleküler Genetik Laboratuvarları Kalite Kontrol Ağı (UMGEKA) (FMF, CF, Trombofili) FMF örneklerinde konvansiyonel yöntemler ile yapılan DNA analiz değerlendirme sonuçlarını bekliyoruz European Molecular Diagnostic Laboratories Quality Control Network (EMQN) DNA dizi analizi kalite kontrol programı için örnekleri bekliyoruz.
BÜTÇE UYGULAMA TALİMATI Hastalık ismi ile değil yapılan teknik çalışma ismi ile listelenmiştir Her genetik test değişik birkaç teknik uygulama ile yapılır Her genetik çalışma için kendi içindeki parametreler listeden bulunmalıdır Uygulamaların hepsi listede yer almayabilir Listede yer alan testler, pratikte yapılan uygulamalar ile birebir örtüşmeyebilir
DÜZEN GENETİK HASTALIKLAR TANI MERKEZİ Uzman Dr. Belgin Eroğlu Kesim, MD Biyolog Dr. Bilgen Dölek, PhD Biyolog Sevim Güz Eroğlu, BSc Biyolog Günay Karataş, BSc Yüksek Biyolog Gülfer Gültekin, MSc Biyolog Aslı Dağdeviren DÜZEN LABORATUVARLAR GRUBU BÜTÜN İL VE İLLERE BAĞLI ŞUBELERDEKİ ÇALIŞMA ARKADAŞLARIMIZ
DÜZEN LABORATUVARLAR GRUBU KATILIMINIZ İÇİN TEŞEKKÜRLER