Klinik Tanıda Yeni Nesil Sıralama: Erken Uygulamaya Koyanların Deneyimleri

Ebat: px
Şu sayfadan göstermeyi başlat:

Download "Klinik Tanıda Yeni Nesil Sıralama: Erken Uygulamaya Koyanların Deneyimleri"

Transkript

1 Klinik Tanıda Yeni Nesil Sıralama: Erken Uygulamaya Koyanların Deneyimleri Moderatörler: Elaine Lyon 1,2* ve Franklin R. Cockerill lll 3,4,5 Uzmanlar: Sherri J. Bale 6, Carol Beadling 7, Lynn Bry 8, Jill Hagenkord 9, Shashikant Kulkarni 10, Richard Press 11 ve Glenn E. Palomaki 12 1 Patoloji Doçenti, Utah Üniversitesi Tıp Fakültesi, Salt Lake City, UT; 2 Tıbbi Direktör, Moleküler Genetik, ARUP Laboratuvarları, Salt Lake City, UT; 3 Profesör ve Başkan, Tıbbi Laboratuvar ve Patoloji Bölümü ve 4 Başkan ve CEO, Mayo Tıbbi Laboratuvarları, Mayo Kliniği, Rochester, MN; 5 Mevcut bağlılığı, Quest Diagnostics (01/10/2014); 6 İdari Direktör, GeneDx, Gaithersburg, MD; 7 Direktör Yardımcısı, Patoloji Geçişi Araştırma Laboratuvarı, Knight Tanısal Laboratuvarları, Oregon Sağlık ve Bilim Üniversitesi, Portland, OR; 8 Yönetici, Klinik ve Geçiş Metagenomik Merkezi, Brigham ve Kadın Hastanesi ve Patoloji Doçenti, Harvard Tıp Fakültesi, Boston, MA; 9 Tıbbi Sorumlu, 23andMe, Inc. ve 10 Doçent, Patoloji ve İmmünoloji, Pediyatri ve Genetik, Sitogenomik ve Moleküler Patoloji Yöneticisi, Washington Üniversitesi Tıp Fakültesi, St. Louis, MO; 11 Patoloji Bölümü ve Knight Kanser Enstitüsü, Oregon Sağlık ve Bilim Üniversitesi, Portland, OR; 12 Patoloji ve Tıbbi Laboratuvar Bölümü, Kadın ve Bebek Hastanesi, Brown Üniversitesi Alpert Tıp Fakültesi, Providence, RI. * Bu yazarın iletişim bilgileri: ARUP Laboratories, 500 Chipeta Way, Salt Lake City, UT Faks ; e-posta lyone@aruplab.com Standart dışı kısaltmalar: NGS, yeni nesil sıralama; MPS, yoğun paralel sıralama; NHGRI, Ulusal İnsan Genomu Araştırma Enstitüsü; NIBSC, Ulusal Biyolojik Standartlar ve Kontrol Enstitüsü; FFPE, formalinle sabitlenmiş, parafine yatırılmış; WES, tam ekzom sıralaması; CNV, kopya sayısı değişkeni; CAP, Amerikan Patologlar Birliği; SNV, tek nükleotid değişkeni; HMP, İnsan Mikrobiyom projesi; LIS, laboratuvar bilgi sistemi; ACMG, Amerikan Tıbbi Genetik ve Genomik Birliği; GUS, önemi bilinmeyen gen; VUS, önemi bilinmeyen değişken; IF, tesadüfi bulgu; HGMD, İnsan Gen Mutasyonu Veri Tabanı; ccf, dolaşımda hücre yok; NIPD, girişimsel olmayan doğum öncesi tanı; NIPT, NIP testi; NIPS, NIP tarama. Yoğun paralel sıralama (MPS) olarak ta adlandırılan yeni nesil sıralama (NGS), hızla klinik laboratuvar testleri ile bütünleştirilmektedir. Mevcut uygulama alanları arasında kalıtsak hastalıklardaki germ sırası değişkenlikleri, kanserlerdeki somatik değişkenler, dolaşımdaki hücresiz DNA alt popülasyonları ve enfeksiyonlar veya normal ya da farklılaşmış insan florasındaki tek viral ya da metamikrobiyal genomlar sayılabilir. Her uygulama özgündür ve kendine özgü avantaj ve dezavantajlara sahiptir. NGS süreçlerinin karmaşıklığı (numunelerin hazırlanması, test edilmesi ve çok fazla miktarda verinin

2 incelenmesi) geçerliliğin doğrulanması, kalite kontrol ve verilerin yorumlanması ile ilgili laboratuvarların karşı karşıya kaldığı pek çok sorun oluşturmaktadır. Bu soru-cevap bölümünde farklı alanlardan (kalıtsal hastalıklar, kanser, enfeksiyöz hastalıklar ve gebelik tetkikleri) uzmanlar bu teknolojileri klinik kullanıma alma deneyimleri ile ilgili yanıtlar vermektedir. Yanıtları kişisel görüşlerini ve kendi uzmanlık alanlarına özgü deneyimlerini yansıtmaktadır. Uzmanlar ve ilgi alanları şu şekildedir: Sherri Bale ve Jill Hagenkord (kalıtsal hastalıklar); Richard Press, Carol Beadling ve Shashikant Kulkarni (onkoloji); Lynn Bry (enfeksiyöz hastalıklar); ve Glenn Palomaki (anne plazmasından girişimsel olmayan şekilde doğum öncesi genetik inceleme). Paylaştıkları deneyimler ve düşünceler karşılaşılan sorunların çeşitliliğini göstermekte ve nasıl çözüldüklerine dair örneekler sunmaktadır. Geçerlilik: Analitik geçerlilik klinik bir testin doğruluk ve tekrarlanabilirliğini, yani duyarlılık düzeyini ölçer. Genomik sıralama açısından duyarlılık, eğer varsa, genetik varyantları saptama yeteneğini, özgünlük ise normal (vahşi tip) sıralamayı doğru olarak belirleme derecesini ifade eder. 1: MPS kullanılan bir testin geçerliliğini belirlemenin en zor yönü hangisidir? Laboratuvarlar bu gereksinimleri nasıl karşılamıştır? Sherri Bale: MPS kullanılan bir testin geçerliliğini belirlerken karşılaşılan en önemli sorun üç bileşenin (sıralama platformu, genlerin özgün test/paneli ve biyoinformatik boru hattı) aynı anda optimizasyonunu gerektiren ve kendini tekrarlayan bir süreç olmasıdır. Sistemin herhangi bir parçası farklılaştırıldığında (örneğin, hedef zenginleştirme aşamasında başlangıçtaki DNA miktarını değiştirmek, yüzlerce bileşenden oluşan bir havuza tek bir öncül eklemek/değiştirmek veya informatik boru hattındaki bir parametreyi ayarlamak) bütün tetkikin geçerliliğinin baştan belirlenmesi gerekir. Bu testlerin tamamlanması günler, hatta haftalar sürdüğünden ve hatırı sayılır maliyetler söz konusu olduğundan bir NextGen panelinin geçerliliğinin araştırılması çok zaman alan, pahalı bir süreçtir. Jill Hagenkord: Geçerlilik araştırmasının en zor taraflarından biri değişkenlerin duyarlık ve özgünlüğünü saptamak için yeteri kadar geniş ( bp) indeller içeren örnekler bulmaktır. Ben Coriell Enstitüsü nde saklanan Ulusal İnsan Genomu Araştırma Enstitüsü (NHGRI) İnsan Genetik Araştırmaları için Numune Deposu İnsan Varyasyonları Alt Grubu kaynaklı, özellikleri iyi bilinen genomlardan elde edilen DNA örneklerini (Katalog ID NA19240, NA12878) kullanıyorum. Bu genomlar genomun kodlayan ve kodlamayan bölgelerinde yer alan binlerce yayınlanmış varyantı içerir. Mendel yasalarına göre hesaplama yapmaya olanak sağlayan akrabaların genomları da bulunmaktadır. Aynı zamanda

3 Ulusal Biyolojik Standartlar ve Kontrol Enstitüsü nden (NIBSC) numuneler de kullanıyorum. Bu genomlardaki geçerliliği saptanmış varyantlar NGS ile en kolay saptananlardır. Böylece geçerlilik araştırmasını bilinen genetik bozuklukların bulunduğu örneklerde yürütüyoruz. Richard Press ve Carol Beadling: Kanserle ilişkili mutasyonların NGS çalışmaları ile sınırlı olan bizim laboratuvarımızda geçerlilik araştırmalarında karşılaştığımız en büyük zorluk gerçeğin, yani bilinen geniş bir aralıktaki sıralama değişkenliklerini içeren veri ve/veya numune grubunun altın standardının ne olduğunu bulmaktır. Başarılı analizlerin ileriye doğru tekrarlanması sonucu belirlenen doğru sıralamanın optimizasyonu için parametre ayarlamaları yapılır, ancak hangi tekrarın optimum duyarlık ve özgünlüğü sağladığının belirlenmesi için hedef sıralamadaki her bir temelin bilinmesi gereklidir. Sonuçta laboratuvar topluluğu gerçeği farklı laboratuvarlarda ve farklı yöntemlerle elde edilen sonuçların bir fikir birliği şeklinde ifade etmektedir. Örneğin, NGS için sıralama numunenin türü (formalinle sabitlenmiş, parafine yatırılmışa [FFPE] karşılık doğal), istenen hedef (her tümör türü için farklıdır), saklamaya yönelik hazırlık yöntemi (PCR temelliye karşılık hibrid yakalama) ve sıralama platformuna bağlı olarak değişebilir. Dolayısıyla gerçek tanımı üzerinde bir fikir birliği sağlamak ciddi derecede zordur. Arşivimizde bilinen mutasyonları bulunan çok sayıda kanserli numune yer aldığından, farklı tümör türlerinde sık görülen varyantların (ve yalnızca bu varyantların) NGS temelli saptanması sürecinin duyarlılığını ve tekrarlanabilirliğini belirleme imkanına sahibiz. Ayrıca, başka bir platformda (Sanger sıralaması) NGS ile belirlenen yeni varyantların özgünlüğünü de değerlendirebiliyoruz. Ancak daha önce incelenen mutasyonların sayısı sınırlı olduğundan, başka pozisyonlardaki yalancı negatif bulguları ekarte etmek için kullanışlı bir yöntem yoktur. Benzer şekilde, panellerimizi daha fazla sayıda gen içerecek şekilde genişlettiğimizde teorik olarak daha önce hedeflenmeyen pozisyonlarda yalancı negatif bulgularla karşılaşma olasılığımız vardır. İdeal olmasa da bir diğer çözüm önerisi birbirinden kesin sınırlarla ayrılan mutasyon sınıflarının duyarlık, özgünlük ve tekrarlanabilirliğinin saptanması olabilir. Biz de bu sınıfların her birindeki tüm mutasyonları saptamada sıralama kimyası ve analiz hattının eşit derecede etkili olacağı varsayımıyla tüm tek nükleotid değişiklikleri, tüm eklenmeler ve tüm silinmeler için geçerlilik verilerini bir araya getirdik. Shashikant Kulkarni: MPS ile derin sıralama düşük düzeydeki (<%5 alel sıklığı) varyantları belirleyebilir. Sanger sıralaması gibi altın standart dikey yöntemlerle bu tür düşük seviyedeki varyantlar belirlenemez. Geçerlilik için pozitif kontrol numunelerinin bulunmaması en önemli sorunu oluşturmaktadır. Numune değişimi için pek çok laboratuvarla iletişim kurduk ve farklı genler için pozitif kontroller bulmakta çok güçlük çektik. Laboratuvarımızda 2011 yılında MPS hizmeti sunmaya başladığımızda altın standart verilerden oluşan referanslar henüz Referans Materyali Programı) ve NIST geçerlilik incelemelerinde

4 kullanılabilecek referans genom verileri oluşturdu. Yakın geçmişte de farklı numune yapılarında (FFPE bloklar, hücre süspansiyonları) hücre dizilerinden hazırlanan ve niteliği iyi bilinen ticari ürünler piyasaya verilmeye başlamıştır. Saptama sınırlarının geçerliliğini belirlemek için bu ürünler farklı karışımlar halinde bulunmaktadır. Lynn Bry: Viral genotipleme tetkiklerinin dışındaki patojen genom sıralaması ya da metagenomik çalışmalarında Gıda ve İlaç Dairesi (FDA) onaylı platformlar, kitler ye da cihazlar kullanılmamaktadır. Ayrıca CLIA düzeyindeki tetkikleri destekleyecek içeriğe ya da referans genomlara sahip değiliz. Kalite parametreleri/mükemmellik testleri: Klinik laboratuvarlar gerçekleştirdikleri tetkiklerin performans özelliklerini izlerler. Genomik sıralama tetkiklerinde kalite güvencesi için farklı ya da ek parametreler gerekebilir. 2: Laboratuvarınızda her hasta ve her tetkik için hangi kalite parametrelerini kullanıyorsunuz? Mükemmellik ya da diğer değerlendirmeler için gereksinimleri nasıl karşılıyorsunuz? Sherri Bale: Biz NextGen panellerimizde sıralama kalitesi, kapsam derinliği ve Sanger doldurması için gerekli amplikon sayısını izliyoruz. Tam ekzom sıralama (WES) testlerinde kapsam derinliği (ortalama kapsam ile beraber 1X ve 10X düzeyindeki ekzom yüzdesi) heterozigot/homozigot oranları ve kopya sayısı varyant (CNV) saptamasını takip ediyoruz. Panellerin mükemmellik testleri (veya alternatif tetkikler) QA (kalite güvence)/qc bölümlerince geçmişte yapılan testlerden çok sayıda gen ve varyantları seçmek ve bunların mükemmellik incelemesi yapılmak üzere gönderildiğini bilmeyen laboratuvarlara göndermek suretiyle yürütülmektedir. WES için Amerikan Patoloji Birliği (CAP) aracılığı ile rastgele olarak seçilen beş WES laboratuvarından yararlanıyoruz ve tek nükleotid varyasyonu (SNV) saptanmasının uyumluluğunu değerlendiriyoruz. Jill Hagenkord: Hasta kalite parametreleri açısından DNA parmak izleri, cinsiyet kontrolü, beklenen genom davranışı (heterozigot/homozigot oranı ya da geçiş/dönüşüm oranı gibi), kontaminasyon ve GC yönlendirmesini kullanıyoruz. Varyant kalite skorları açısından ise alelik okuma yüzdeleri ve kapsamını kullanıyoruz. Yürütme parametreleri için ise yakalama ve sıralama ölçümlerinden yararlanıyoruz. DNA parmak izleri ve cinsiyet kontrolü numunenin işlem sırasında değiştirilmediğini doğrulayabilir. Toplam kontaminasyon oranı tüm homozigot varyant çağrılarının yerleşimlerindeki referans okumaların değerlendirilmesi ile hesaplanır. Referans alellerde rastgele hatadan beklenen düzeyin altında bir aşırılık uyumsuz çağrılara yol açan ikinci bir genomun varlığını gösterir. Bu yöntemle küçük miktarlardaki (<%5) kontaminasyon oranları doğru olarak tahmin edilebilir, ancak aynı durum büyük miktarlardaki kontaminasyonlar için geçerli değildir. Heterozigot/homozigot oranının artması da kontaminasyon düzeyinin yüksek olduğunu gösterir. İnsan genomu etnik farklılıklara göre değişiklik gösterebilen beklenen düzeyde varyantlar içerir. Afrika kökenlilerdeki varyant çeşitliliği beyazlardan fazladır. SNV/indel sayıları, heterozigot/homozigot oranları ve yenileşme hızları farklıdır. Çağrı doğruluğunu ölçmek için kullanılabilecek sabit ve özgün bir değer insan genomlarında yalnızca küçük bir aralıkta oynama gösteren geçiş SNV/dönüşün SNV oranıdır. Bu oranda hatırı sayılır bir sapma olması sistemik bir çağrı taraflılığını gösterir. SNP sayısının çok düşük olması duyarlılığın yetersiz olduğu anlamına gelir.

5 GC taraflılığının izlenmesi numune hazırlanmasının kalitesi ve kapsamın doğruluğu hakkında bilgi sağlayabilir. Kapsam iki doğrultuda ölçülebilir: genişlik, yani bir genomun hangi sıklıkta çağrıldığı ve derinlik, yani her yerleşimde kaç tane örtüşen okumanın çağrıyı oluşturduğu. Genişlik ölçümünde seçilmiş üslerin yüzdesi kullanılabilir. Derinlik ölçümünde ise okuma derinliğinin >20 olduğu hedeflenmiş bölgeler yüzdesi ve haritalanmış üslerin toplam sayısından yaralanılabilir. Richard Press ve Carol Beadling: Önceleri FFPE ya da taze DNA örnekleri florometre ile ölçülürdü. A260/280 spektrofotometrik ölçümlerde DNA konsantrasyonları 10 kat ya da daha fazla yüksek bulunabilir. Biz sıralamadan önceki geçici formları ölçmek için PCR temelli teknikler kullanıyoruz. Sıralama sonrası amplikon başına ortalama sıralama okuma derinliği, hedef okuma yüzdesi, ortalama okuma uzunluğu ve her numune için okuma kalitesini izliyoruz. İstatistiksel hesaplara göre %5 düzeyinde bir alel varyantını saptamak için 450 AQ20 okuması yeterlidir. Amplikon başına yaklaşık 1500 okuma (taze lösemi numunelerinde daha da fazla) yapılır ki bu amplikonların %95 inden fazlasında >500 okuma yapıldığı anlamına gelir. Amplikon kitaplıklarında tipik olarak %95 ten fazla hedef okuma söz konusudur. Ek olarak her numunenin sıralı amplikon boyut dağılımı aşırılıklar açısından manüel olarak incelenir. Ayrıca mükemmellik değerlendirmesi için numune değişimi yapılır. Aynı ya da başka platformlarda Coriell Hap-Map gibi referans numuneler körlemesine olarak test edilir. Shashikant Kulkarni: Her hastaya kalite ölçütleri uygulanır ve referans aralıklarla (toplam okuma, genomun haritalanma yüzdesi, hedef okuma haritalanma yüzdesi, toplam hedef okuma sayısı, eşsiz olan hedef okuma yüzdesi, ortalama haritalama kalitesi, 50X, 400X ve 100X kapsama derinliklerinde eşsiz olan pozisyonların yüzdesi ve ortalama eşsiz kapsam) karşılaştırılır. Lynn Bry: Enfeksiyon ajanları açısından sıralama kalitesi ve kapsam için Phred skorları gibi standart parametrelere bakıyoruz ve teknik ya da biyoinformatik süreçlerin performansını değerlendirmek üzere bilinen kontrolleri ekliyoruz. Aynı zamanda analizlerde kullanılan oluşturulmuş içeriği de değerlendiriyoruz. Mikrobiyal idantifikasyonun bir parçası olarak referans sekansları kullanarak filogenetik bir ağaç oluşturuyor ve bilinmeyen organizmadan gelen sekansları yerleştiriyoruz. Böylece potansiyel direnç genlerini ve bilinen direnç genlerinin farklılaştırıcılarını saptıyoruz. HIV ve HCV (hepatit C virüsü) gibi referans içerik 10 yıldan uzun süredir klinik kullanımda olmakla birlikte başka virüsler, bakteriler ve ökaryot patojenler için içeriğin derinliği ve niteliği çok değişken olabilir. Sanger esaslı viral genotipleme dışında ABD de enfeksiyöz hastalıklarda NGS uygulaması için mükemmellik test programları bulunmamaktadır. Çoğu olguda genom sıralaması bilinen referans organizmalar alınır veya 16S rrna gen filotiplemesi ya da metagenomik analizler için tanımlanmış topluluklar oluşturulur. İnsan Mikrobiyom Projesi (HMP) bazı test materyalleri geliştirmiştir ve NIST iyi oluşturulmuş bakteri zincirlerinde iyi iş görmektedir. İnformatik: İnformatik oluşturulan verilerden iyi yararlanmak için gereklidir ve laboratuvarlar ya da dışarıdan yazılım şirketleri tarafından informatik iletim hatları geliştirlmiştir. 3: İnformatik iletim hatları için nelerin gereklilik oluşturduğunu düşünüyorsunuz ve bu konudaki yaklaşımınız nedir? Bu iletim hatlarının kalitesini nasıl değerlendiriyorsunuz? Sherri Bale: Biz bu iletim hatlarını çoğunlukla kendi bünyemizde oluşturuyoruz, ancak açık kaynaklar ya da lisanslı yazılımlardan da yararlanıyoruz. İletim hatlarımızı mükemmellik testi örnekleri

6 kullanarak analiz ediyoruz ve yeni yazılımların β versiyonları çıktıkça verilerimizi denetliyoruz. Tamamen geçerli olduğunu göstermeden (ilk soruya bakınız) hiçbir iletim hattımızı güncellemiyor ya da yeni bir yazılım geliştirmiyoruz. Richard Press ve Carol Beadling: İnformatik bilgi hatlarının kalitesini değerlendirirken bir taraftan bilinen varyantların saptanması için duyarlık/özgünlüğü karşılaştırırken, bir taraftan da bu hattın hızına ve mevcut laboratuvar akışına uyarlanma kolaylığına bakıyoruz. Herhangi bir tetkik yönteminin yeni bir sürümü söz konusu olduğunda klinik uygulamaya girmeden önce geçerliliği (a) sekansın oluşturduğu veri bilgileri arşivinin yeniden incelenmesi ve (b) genotipleri bilinen numunelerin sıralamasının tekrar yapılması yoluyla denetlenir. Bu geçerlilik çalışmalarında karşılaşılan önemli bir sorun yeni varyantların yeni iletim hatları tarafından ortaya çıkarılıp çıkarılmadığının, önceki yöntemlerle belirlenip belirlenemediğinin ve gerçek pozitif sonuç olup olmadığının bilinememesidir. Yeni varyant varsayımları laboratuvarda yapılabiliyorsa Sanger sıralaması gibi yöntemlerle doğrulanabilir. Özellikle silinme-eklenme varyantları söz konusu olduğunda, yeni versiyonlarla genellikle eskilere göre daha uzun bir mutasyon listesi saptanmaktadır. Shashikant Kulkarni: MPS sıralamayı referans genomla karşılaştırıp varyantların saptayan karmaşık bir bilgisayar sürecidir. Yer değiştirmelerin, küçük ya da büyük eklenme ve silinmelerin ve kopya sayısı değişkenlerinin (CNV) saptanması için farklı yazılımlardan yararlanılır. Dahası, bu yazılımlar bir varyantın somatik mi, yoksa germ sırası ile mi ilgili olduğunu ayırt edecek şekilde optimize edilir. Bu analiz sürecinde herhangi bir aşamadaki herhangi bir değişiklik geçerliliğin yeniden belirlenmesini zorunlu kılar. Tabii ki bu zorunluluk değişikliğin boyutu ile bağlantılıdır; yeni bir varyantı belirleyecek değişikliğin geçerliliğinin baştan başlanarak belirlenmesi gerekirken, küçük bir yazılım değişikliği için yalnızca doğrulama yeterlidir. Geçerlilik uygun şekilde belirlendikten sonra iletim hattının sürümü yenilenir ve rutin üretime geçilir. Lynn Bry: İnformatik pek çok anlam taşıyabilir enfeksiyon ajanları için klinik genomik testi kapsamında Patoloji İnformatiği genomik testinin mevcut laboratuvar tetkikleri ile ne şekilde bütünleştirildiği ile bağlantılıdır. Laboratuvar bilgi sistemi (LIS) bu karmaşık moleküler testlerin nerede analizlere dahil edileceği, bildirilebilir bir sonuca ulaşacağı, moleküler ya da genomik bulguların diğer fenotipik bilgilerle bütünleştirileceği ve faturalandırma ile ilgili bilgilere sahip olmalıdır. Bu bilgilerin bir bölümü LIS içerisinde yer alabilirse de, hiçbir tedarikçi tüm biyoinformatik, donanım, yazılım ve veri deposunu erişime açmaz. Biyoinformatik iletim hatlarının kalitesinin değerlendirilmesi klinik veya araştırma amacıyla kullanılması ile ilişkilidir. Tüm yöntem ve algoritmaların zayıf ve kuvvetli tarafları tam olarak anlaşılmalıdır. CAP NGS kontrol listesinin biyoinformatik bölümleri enfeksiyon hastalıkları için testler de dahil olmak üzere iletim hatları geliştirilmesi ve yönetimi için iyi bir başlangıç noktası oluşturur. Bu listelerde iletim hattı belgelenmesi, geçerliliğin değerlendirilmesi, kalite kontrol programı geliştirilmesi gibi genel gereksinimler ve her bir numune/olgu ile yapılan tüm incelemelerin izlenebilirliği gibi bilgiler yer alır. Farklı numune türleri ile ilgili sorunlar: 4: Tümör dokusu (biyopsi şekli, korumaya alınmış ya da taze, vs.) veya enfeksiyöz hastalıklar gibi farklı numune türleri için karşılaşılan başlıca sorunlar nelerdir?

7 Richard Press ve Carol Beadling: FFPE kanser dokuları için başlıca sorun DNA parçalanmasına bağlı kalitenin değişkenlik göstermesi, kemik iliği numuneleri için ise deaminasyondur. Biz yetersizlik sınırı olarak hedef çevresinde en az 100 okuma olmasını kabul ediyoruz. Ayrıca deaminasyon lehine veri bulunan (C>A/G>A varyantları) numuneleri yetersiz olarak işaretliyoruz. Shashikant Kulkarni: FFPE bloğundan tümör dokusunu tam olarak işaretleyerek çevre dokudan diseksiyonunu sağlamak için kılavuz bir slayttan yararlanılabilir. Böylece tümör DNA içeriği zenginleştirilerek heterojeniteden kaynaklanan sorunların üstesinden gelinebilir. Lynn Bry: Enfeksiyon hastalıkları için test numuneleri saf bir mikrobiyal izolattan elde edilen bir nükleik asitten, konakçı hücrelere göre mikrop yükü düşük olan sıvı ve dokulara ya da dışkı gibi ortamda bulunan bakterilerin patojenlerden kat kat fazla olduğu steril olmayan numunelere kadar geniş bir aralıkta değişir. Ayrıca yöntem seçiminde GC içerik yüzdesi aralığı, genom uzunluğu, hareketli genetik elemanlar ve tekrarlana bölgeler de göz önüne alınmalıdır. Özellikle FFPE materyali söz konusu olduğunda malzemenin testten önce doğru şekilde saklanması da önemlidir. Numune alındığı andan itibaren çevresel kontaminasyon riski yüksektir. Geniş metagenomik yaklaşımlarda, hatta 16s rrna gibi korunmuş hedeflerin amplifikasyonunda çevresel faktörlerin bulaşma olasılığı hesaba katılmalıdır. Varyant/gen öneminin yorumlanması ve bildirilmesi: Klinik laboratuvarlar tipik olarak varyantları sınıflamak için beş kademeli (patojen, olasılıkla patojen, bilinmeyen, olasılıkla benign, benign) bir sistem kullanırlar. Ancak bu sistem yalnızca hastalıklarla ilgili olduğu bilinen genler için geçerlidir. İncelenen pek çok somatik varyantın hastalığın ilerlemesi ya da tedavi yanıtı için önemli olduğu gösterilmiş olmakla birlikte genomik sıralama uygulamaları yeni varyantları ortaya çıkaracaktır. 5: Patojen bir varyant bulunduğunda hastalık fenotipi ile ilişkisi olup olmadığını nasıl anlıyorsunuz? Laboratuvarınız somatik varyantlara yol açan mutasyonları saptıyor olsaydı daha önce tanımlanmamış somatik varyantları nasıl yorumlardınız? Sherri Bale: Kalıtsal hastalıklarda önemli olduğu bilinen genlerin patojenitesini değerlendirirken Amerikan Tıbbi Genetik ve Genomik Birliği nin (ACMG) kılavuzlarından yararlanıyoruz. Hastalık gelişimi ile Mendel kanunları düzeyinde olmayan ilişkisi bulunduğu bilinen genler için bu kılavuzları biraz modifiye etmiş bulunuyoruz ve bu durumdaki varyantları riskli aleller olarak bildiriyoruz. Jill Hagenkord: Beş kademeli sistem varyant sınıflandırması ile paralellik gösterir: hastalığa neden olan, hastalığa neden olması olası olan, önemi bilinmeyen (GUS), olasılıkla hastalığa neden olmayan. Varyant sınıflandırması gibi gen sınıflandırmasında da bir parça maharet gerekir. GUS kapsamında patojen veya olası patojen bir varyant bulunamaz, ancak önemi bilinmeyen bir varyant (VUS) bulunabilir. Pazardan tersine yönde bir talep olsa da gen panellerini belirlerken önemi bilinmeyen genleri içermemesine dikkat ediyoruz. Ancak panel talebinde bulunan hekimlerin hastalarına belirsizlik açıklaması yaparken pek zorlanmadığını da gözlüyoruz. Krichard Press ve Carol Beadling: Somatik mutasyon testleri yapıyoruz ve varyantları yorumlarken genel veri tabanları (COSMIC, My Cancer Genome, Leiden Open Variation Database, dbsnp, 1000 genomes), yayınlanmış literatür (PubMed) ve mutasyon sıralamalarının öngörücülerinden (SIFT, PolyPhen2) yararlanıyoruz. Aynı zamanda kendi varyant ve tümör arşivimize de başvuruyoruz. NGS ile saptanan bir varyanta ait alel sıklığı morfoloji ya da akım sitometrisi ile saptanan tümör yüküne göre

8 çok daha fazla bilgi vermektedir. Örneğin, alel yükü %50 olan yeni bir varyant saptadığımızda eğer morfolojik tümör yükü yalnızca %20 ise bu varyantı bir germ dizisi olarak adlandırma eğiliminde oluruz ve olasılıkla tümörle ilişkili olmadığı sonucuna varırız. Ek olarak lösemi olgularında seri NGS çalışmaları ile tedavi öncesi ve sonrası varyant alel sıklıklarını karşılaştırarak patojenite hakkında bir ipucu elde ederiz. Daha önce bilinmeyen şeklinde sınıflandırılmış bir varyantın alel sıklığının %50 düzeyinde kalmaya devam ettiği bir tedavi sonrası lösemi olgusunu özellikle diğer yöntemlerle lösemi yükünün azaldığı gösterilmişse tümör ile bağlantılı olmayan bir germ dizisi olarak sınıflandırmak daha doğrudur. Yorumlamaya yardımcı olan kaynaklara rağmen, hala sıklıkla daha önceden tanımlanmamış varyantlar buluyoruz ve bunları tümörle ilişkisi belirsiz şeklinde rapor ediyoruz. Shashikant Kulkarni: Halen somatik varyant sınıflandırmasına yönelik bir kılavuz bulunmamaktadır. Tümöre özgü olarak mevcut ACMG kılavuzlarını modifiye ederek kullanıyoruz. Lynn Bry: Klinik olarak patojen belirleme, tedavi duyarlılığı ya da direncinin önceden belirlenmesi ve toksin üretimi üzerine odaklanmış durumdayız. Araştırma alanında ise mikroorganizma topluluklarının yapısı, hastalıklarda konakçıda ortaya çıkan değişiklikler, gen içeriğindeki değişiklikler ve metabolitlerle bağlantısını değerlendirecek sıralama yöntemleri kullanılmaktadır. Araştırmaların amacı mikroorganizmaların hastalık oluşturma mekanizmalarının belirlenmesidir. Buradan elde edilecek bilgiler bu tür yöntemlerin klinik kullanıma girip giremeyeceğini de belirleyecektir. Ancak henüz çok başlangıçta olduğumuzdan klinik bildirimin naıl yapılacağını henüz bilmiyoruz. Tesadüfi bulgular: ACMG test edilme nedeni ile ilişkisi olsun olmasın tesadüfen saptanan etkili olabilecek patojenik varyantların bir listesini sunmaktadır. 6: Laboratuvarınızın tesadüfen bir varyant saptandığında izlediği yol nedir? Bu tür varyantları özellikle arıyor musunuz? Bu tesadüfi bulguların (IF) bildirimini nasıl yapıyorsunuz? ACMG önerileri doğrultusunda mı hareket ediyorsunuz? Sherri Bale: WES sürecini tamamladığımız, bilinen ve beklenen patojen varyantları belirlediğimiz hastalarda, hasta aksi bir talepte bulunmadığı sürece, ACMG önerileri ve gen listesi doğrultusunda hareket ediyoruz. WES analizinin bir parçası olarak aile bireyleri de tarandıysa ve bu tarama sırasında indeks olgu ile bir aile bireyinde IF saptandıysa, bunu da bildiriyoruz. Ancak indeks olguda bulunmayan bir IF için tüm aile bireylerinde tarama yapmıyoruz. Jill Hagenkord: Hekimle hasta hangi ve ne miktarda koruyucu bilgi istedikleri konusunda ortak karar vermelidir. Tümü ya da hiçbiri yerine neleri öğrenmek istediklerini seçebilmelidirler. Koruyucu genlerdeki patolojik varyantları araştırmakta kullanılan genel yaklaşım ClinVar ya da İnsan Gen Mutasyonu Veri Tabanı (HGMD) gibi referanslardan yararlanmaktır. Eğer gerçekten patojen olduğu bildirilmişse, sınıflandırmaya uygun olup olmadığı ve laboratuvarın kendi patojen kriterlerini karşılayıp karşılamadığına yönelik dikkatli bir değerlendirme yapılmalıdır. Bu amaçla kullanılabilecek yazılımlar mevcuttur. ACMG önerilerinin dışında kalan faktör V Leiden, HFE (hemokromatozis) ve otozomal resesif bozukluklarda sık görülen varyantlar (CFTR [kistik fibrozis transmembran iletim düzenleyici (ATP bağlayıcı kaset alt aile C, üye 7)] gen içindeki ACOG varyantları) gibi durumlarda bir varyant listesi üzerinden koruma taraması gerçekleştirilebilir.

9 Glenn Palomaki: Bu soru anne plazmasının hücre bulundurmayan (ccf) bölümünde DNA testi uygulayan laboratuvarlarla pek ilgili olmamakla birlikte, doğum öncesi taramalarda tesadüfi bulgularla karşılaşılması gittikçe daha sık görülen bir durumdur. Biyoinformatik iletim hatlarında küçük farklılıklar oluşturarak daha önceki tarama teknolojileri ile rastlanmayan bulgular saptanabilir. ABD de bulunan dört laboratuvar cinsiyet genlerindeki anöploidiyi rutin tarama testlerine eklemiştir. Ancak bu konuda yayınlanan klinik geçerlilik çalışması azdır ve olası yarar ve zararlar ile ilgili tartışmalar devam etmektedir. En yeni tarama hedefi 22p11 (DiGeorge) sendromu gibi daha geniş mikrodelesyonlardır, ancak testin performansına ilişkin özellikle genel popülasyonda yapılmış tarafsız yayın yoktur. Bu sendromla ilgili bilgilerimizin büyük bölümü doğumsal kalp hastalığı gibi anormal bulguları bulunan hasta ya da hasta gruplarından gelmektedir. Bozukluğun doğal seyrinin iyi bilindiği Down sendromu gibi testlerin aksine, 22p11 sendromunun toplumdaki prevalansı ile ilgili bir yayın bulunmamaktadır. Bu nedenle, bu genotipe sahip bireylerin bilinmeyen bir bölümünün önemsiz bir fenotipe sahip olması mümkündür. Bütün genom/ekzoma yönelik inceleme yapan laboratuvarlar hangi bulguları bildirip, hangilerini bildirmeyeceği üzerinde kafa yormalıdır. Richard Press ve Carol Beadling: Tesadüfi bulguların bildirimine yönelik ACMG önerilerinde tümör örnekleri yer almamakla birlikte, panellerimizdeki genlerin çoğu bildirilmesi zorunlu olanlar listesindedir. Kanser numunelerinde saptanan bazı mutasyonlar germ hattında bulunabilir, bunların az sayıdaki bazı varyantları da onkolojik açıdan patojen olabilir. Saptadığımız varyantların germ hattı özellikleri ile ilgili (veri tabanı, alel sıklığı, tedavi sonrası direnç) bazı dolaylı bilgiler veriyor olsak ta, doğrudan yaklaşım olan her hastanın tümör dışı örneği ile eşleştirerek genotipleme yapılması bizim laboratuvarımızda rutin bir uygulama değildir. Nadiren germ hattı olan bir patojen mutasyon saptadığımızda, raporu yazan patoloğun tercihine göre genetik danışmanlık veya germ hattı analizini bir öneri olarak sunuyoruz. Bu konuda ACMG önerilerinden farklı bir noktadayız; bir laboratuvarın tesadüfen saptadığı genetik anormalliklerin hepsini, hele de hastayı gönderen hekim tarafından özellikle kanser bağlantısı açısından değerlendirme istenmiş ve saptanan germ hattı mutasyonu kanser ile ilişkili değilse, bildirmek zorunda olmadığını düşünüyoruz. Shashikant Kulkarni: Nadiren bir hastada ya da aile bireylerinden birinde etkilenmemiş bir germ hattı numunesini incelerken kanser potansiyeli gözlemleyebiliyoruz. Klinik geçerlilik/kullanım: Klinik laboratuvarlar geçerli olduğu gösterilmiş testleri (yani, hastalıkla ilişkili olan gen) sunmakla yükümlüdür. Ancak hizmeti satın alanlar kullanılabilirliği bilinenlerle ilgilidirler. 7: Klinik laboratuvarlar genomik sıralama testlerinin geçerli olduğundan nasıl emin olmaktadır? Klinik laboratuvarlar bir testin klinik kullanımı konusunda başkalarına nasıl yardımcı olabilir? Geri ödeme konusunda iyileşmeler sağlanmasına yönelik önerileriniz neler? Sherri Bale: Klinik laboratuvarlar hizmeti satın alanlara sundukları hizmetlerin klinik kullanımı ile ilgili veriler sunmaya hazırlıklı olmalıdır. Bunlar arasında farklı hasta/veri grupları kullanılarak yapılmış ve ciddi dergilerde yayınlanmış makaleler yer almalıdır. Hizmeti satın alanlar bu testlerin geliştirme,

10 geçerliliğini belirleme, uygulama, yorumlama ve bildirim maliyetleri hakkında bilgi sahibi olmalıdır. Eğer mümkünse, hizmet talep edenin ödemesini karşılayan kurumdan bir yetkili laboratuvara davet edilerek bu testlerin nasıl yapıldığını görmesi sağlanabilir. Jill Hagenkord: Klinik kullanılabilirlik taraflara farklı anlamlar ifade eder. Ödeyenler testin tedavilerini değiştirip değiştirmeyeceği ile ilgilenirler. Ancak kalıtsal hastalıklarda kullanılabilirlik olgudan olguya değişiklik gösterir. Farklı nedenlerle belli zamanlarda belli genleri inceleriz; bu nedenle özgün bir genin klinik kullanılabilirliği ile ilgili her duruma uyan bir cevap yoktur. Genetik bozuklukların çoğu için bir tedavi söz konusu değildir. Gene de doğru tanıya ulaşmanın, hastalığın seyrinin ne olacağını bilmenin, risk altındaki aile bireylerinin de incelenmesinin sağlanmasının, gelecek gebeliklerdeki riskin belirlenmesinin ve olası önleyici önlemlerin ortaya konmasının bir değeri vardır. Hizmeti satın alanlar bu bilgilerin klinik kullanım kriterlerini karşıladığı konusunda aynı fikirde olmayabilir; ancak hem hastalar, hem de yakınları hakkında önemli veriler sağlanacağı açıktır. Moleküler CPT (mevcut işlem terminolojisi) kodları artık özgün ve şeffaftır ve hastalar kendi klinik kullanılabilirlik kriterlerine uymadığı için kalıtsal hastalık testleri için ödeme yapmayı gittikçe daha yüksek oranda reddetmektedir. Geri ödeme konusunda sorunlarla karşılaşılması bilgi erişiminde tüketici tarafından tetiklenen yeni bir eğilime ortam oluşturabilir. Bu durum taksi endüstrisinde Uber ya da Lyft in yaptıkları ile benzerlik gösterir. Kişisel genetik bilgileri Uber-izasyonu bireylerin daha iyi, daha hızlı ve daha ucuz bir şekilde bazı verilere ulaşmasını sağlar. Sıralama testlerinin maliyetlerinin düşmesi ile beraber zamanla hastaların kendi genetik bilgilerine erişimi ve sağlık hizmeti sunanlarla paylaşması mümkün olabilecektir. Böylece klinik kullanılabilirlik konusunda hastalarla sağlık hizmeti ödeme kaynakları arasında bulunan gerginlik azaltılabilir. Richard Press ve Carol Beadling: Tümör temelli mutasyon profilinin çıkarılmasının gerek doğrudan tedavi için bilgi vererek, gerekse tanısal ya da prognostik kategorileri belirleyerek klinik yarar sağladığı hususunda yeteri kadar yayın ve fikir birliği vardır. Bu mutasyonların (ve bu mutasyonları hedefleyen tedavilerin) sayısı hızla arttığından, mutasyon profilinin hastaya yarar sağlayıp sağlamadığı konusunda bir şüphe yoktur; kesinlikle vardır. Karar verilmesi gereken hangi yöntemler kullanılarak ne kadar genin değerlendirmeye alınacağı konusudur. NGS aynı zamanda çok sayıda genin yalnızca az sayıda genin değerlendirilmesiyle karşılaştırılabilir maliyetlerle incelenmesine olanak sağlamakta, böylece daha düşük maliyetle daha fazla bilgi elde edilmesini mümkün kılmaktadır. NGS yardımıyla daha fazla sayıda genin incelenmesi hem tek testle saptanamayacak, nadir görülen ve klinikle bağlantılı varyantların belirlenmesini, hem de tedaviyi yönlendirebilecek ya da hastanın moleküler hedef çalışmalarına alınmasına yol açacak ilaç direnç ya da duyarlılıklarının anlaşılmasını sağlayacaktır. Çerçeveyi tedaviyi etkileyebilecek nadir varyantların da saptanmasını sağlayacak kadar geniş tutmak önemlidir. Bu varyantlar bir arada toplam olguların hatırı sayılır bir bölümünü oluşturur. Çok sayıda tek gen testi uygulamaktansa, belli bir tümör için NGS aracılığı ile geniş bir aralıkta tarama yapmak ve iletim hatları filtrelerinden yararlanarak yalnızca klinik açıdan bağlantılı olan genleri belirlemek, hem tıbbi, hem de mali açıdan daha akılcıdır. Tümör mutasyon profilinin böyle geniş kapsamlı bir tarama ile belirlenmesi, hangi doku tipinden köken alırsa alsın tüm tümörler için tümöre özgü analiz iletim hattı ile aynı NGS ıslak kimya yönteminin kullanılmasına olanak sağlar. Belli bir tümör türü için özgün bir mutasyon görülme sıklığının düşük olduğu göz önüne alınırsa, ödeme kararı verilmeden önce binlerce gen/kanser senaryosunun her biri için anlamlı klinik veri

11 sağlanıp sağlanamayacağını, dolayısıyla maliyete değip değmeyeceğini bilmek mümkün değildir. Ödeme kararı vereceklerin belli bir tümör türü ile ilişkisi bulunması şart olmadan kanserle gen mutasyonları arasındaki bağıntı hakkındaki verilerin çeşitliliğine katkıda bulunulmasına izin vermeleri gereklidir. Shashikant Kulkarni: Testin klinik geçerliliği ve kullanımının iyi anlaşıldığından emin olmak için ödeme yapanların doğru bir şekilde bilgilendirilmesi önemlidir. Bu hedefe yönelik olarak profesyonel topluluklar tarafından oluşturulmuş kılavuzlardan ve özellikle de NGS incelemesinin maliyet etkinliği ve hastalarda sağladığı sonuçlar üzerine odaklanan güvenilir dergilerde yer almış yayınlardan yararlanılabilir. Lynn Bry: Testi yapmak ve sonuçlara göre hangi tıbbi eylemlerin yerine getirileceğini belirlemek için bariz bir klinik nedenimizin olması gereklidir. Enfeksiyöz hastalıklara yönelik testlere en bilinen örnek olarak Sanger sıralaması ile viral geçiş genotiplemesi verilebilir. Klinik endikasyon belirgindir. Dahası NGS yöntemi direnç belirleme duyarlılığını ve verimliliği arttırır ve en azından muhtemelen maliyetleri düşürür. Patojenleri saptama konusunda NGS kararı vermeden önce mevcut yöntemler gözden geçirilmelidir. Eğer aynı bilgi daha hızlı sonuç veren ve daha ucuz olan başka bir mikrobiyolojik ya da moleküler yöntemden sağlanabiliyorsa, ödeme yapan bir genom incelemesinin ağır maliyetini karşılamak istemeyebilir. Patojen genom ya da çoklu hedef sıralaması Mycobacteria gibi yavaş üreme gösteren ya da çok sayıda farklı patojenin bulunduğu numuneler için kullanılmalıdır. Patojen genom sıralamasının yararlarını enfeksiyon kontrol çabaları sürecinde gördük, ancak bu tür testler geri ödemeden yararlanmamaktadır. Gene de bu yöntemin sürveyans belirlenmesi ve enfeksiyon kontrol amacıyla kullanılması yararlarının ortaya konması açısından önderlik sağlayacaktır. Klinisyenlerin ve hastaların yeni teknolojiyi kabullenmesi 8: Bu testler hakkında klinisyenler ve hastalardan ne gibi geri bildirimler alıyorsunuz? Sizce yöntem çok abartılıyor mu, yoksa genom sıralaması beklentileri karşılıyor, hatta aşıyor mu? Sherri Bale: Pazarlama hedef kitlemiz literatürde haklı bir üne sahip genetikçiler. Onların da NextGen hedeflenmiş gen panelleri ya da WES aracılığı ile elde edilen bilgilerden dolayı hayal kırıklığına uğradığını düşünmüyorum. Jill Hagenkord: Genetik alanı dışındaki uzmanlar genomla ilgili gerçekte olduğundan daha fazla bilgiye sahip olduğumuzu düşünüyor olabilir. Beklenti sınırlarını oluşturmak klinik ve laboratuvarlarda çalışan genetikçilerin sorumluluğundadır. Hastalığa özgü gen panelleri ya da ekzomları talep eden hekimler tekrarlanan testlere göre daha çabuk yanıt alacaklarının, ancak aldıkları yanıtın başlangıçtaki ayırıcı tanıda düşündüklerinden çok da farklı olmayacağının bilincindedir. Fazladan VUS ve GUS konusunda bilgi sahibi olacaklardır. Belirsizlik genetik testlere özgü bir sorun değildir. Glenn Palomaki: İlk önceleri ccf DNA testinin girişimsel olmayan doğum öncesi tanı (NIPD) testi olduğu düşünülmüştür. Bu isim daha sonra NIPT (test) ve NIPS (tarama) şeklinde evrilmiştir ve daha fazla karmaşaya neden olmuştur. Çünkü mevcut serum/ultrason tarama yöntemleri de NIPT/NIPS tanımlarını karşılamaktadır. Daha sonra profesyonel kuruluşlar bu yöntemin yalnızca yüksek riskli olduğu belirlenen kadınlarda kullanılmasını önermiştir. Ancak bu yöntem mevcut tarama teknikleri ile

12 değil, girişimsel işlemler veya karyotipleme ile karşılaştırılmıştır. Sahada uygulama yapan hekimler yüksek riskli gebelerde önlenen girişimsel işlemlerin sayısından çok yalancı pozitif sonuçlardan etkilenmiştir. Yöntem eğer genel popülasyonda uygulanabilse, belki de gerçek değerini bulup daha fazla kabullenilecektir. Ancak kuşkusuz yüksek maliyet genel popülasyonda kullanımının önündeki en önemli engeldir. Richard Press ve Carol Beadling: Bu teknoloji biraz abartılıyor olabilir, ancak biz olumlu geri bildirimler alıyoruz. Tümör mutasyon profili çalışmalarımızın bir sonucu olarak pek çok kanser hastası başka türlü erişemeyeceği etkin tedaviler kullanmakta ya da yeni hedeflenmiş tedavi çalışmalarına katılabilmektedir. Bu mutasyonların çoğunun tek gen çalışmalarında rutin olarak araştırılmayan genlerde saptandığının da altını çizmek gerekir. Bu yöntemin bir diğer yararı özellikle miyeloid lösemi hastalarında geleneksel ya da hedeflenmiş tedaviye verilen moleküler yanıtın seri NGS incelemeleri ile belirlenebiliyor olmasıdır. NGS tarafından sağlanan derinlik nedeniyle en düşük düzeydeki hastalık bile büyük bir duyarlılıkla saptanmakta, böylece tedavi seçenekleri hakkında daha kolay karar verilebilmektedir. Shashikant Kulkarni: Klinisyenler, özellikle de medikal onkologlar, tedaviye yanıt vermeyen hastalarda yararlanabilecekleri bir umuda sahip olacakları beklentisi içindedir. Şu an için hastalar ve klinisyenler açısından bu beklenti çok gerçekçi görünmemektedir. Biz laboratuvarcıların en önemli yükümlülüğü bu beklentiyi gerçekçi hale getirmektir. Teknolojik platformları, veri analiz yöntemlerini, belirlenmiş yararlarını ve olası kullanım alanlarını ayrıntılı olarak tarif etmek durumundayız. Son olarak, sıralamanın değerini ve maliyetleri azaltıcı etkisini gösteren verileri bir araya getirmeliyiz. Lynn Bry: On yıldan daha uzun süre önce HIV genotiplemesinin yapılması yüksek aktivitede antiretroviral tedavi (HAART) uygulama gücümüzü büyük ölçüde arttırdı. Sanger temelli yöntemlerle gerçekleştirilmiş olmasına rağmen bu durum hastaların genomik yaklaşımdan nasıl yararlandığını gösteren en iyi örnektir. Enfeksiyon kontrol konusunda patojen genomlarla ilgili yapılan çok merkezli bir araştırmada bulguların ne kadar şaşkınlık yarattığını hatırlıyorum. Böylece mikrobiyal direncin nedenleri hakkında öğrendiklerimizin sürveyans aktivileri ile ilgili ne kadar fazla bilgi sağlayabileceği üzerine düşünmeye başladık. NGS çağında elimizde tanı için kullanabileceğimiz müthiş bir güç bulunduğu kesindir. Alan geliştikçe kullanıma yönelik diyalog devam ettirilmelidir. Yazar Katkıları: Tüm yazarlar bu makalenin bilimsel içeriğine katkıda bulunduklarını ve şu üç gereksinimi yerine getirdiklerini ifade eder: (a) kavram ve tasarıma, verilerin toplanmasına veya analiz edilmesi ve yorumlanmasına anlamlı katkı; (b) makalenin bilimsel içerik açısından hazırlanması ve gözden geçirilmesi; ve (c) yayımlanma için nihai onay. Yazarların Olası Çıkar Çatışması Beyanları: Makalenin gönderilmesi aşamasında tüm yazarlar Olası Çıkar Çatışması Beyan Formu nu doldurmuştur. Olası çıkar çatışmaları:

13 İstihdam veya Yöneticilik: E. Lyon, Utah Üniversitesi ve Moleküler Patoloji Derneği; F. Cockeril, Mayo Tıbbi laboratuvarları, Quest Diagnostics (1 Ekim 2014) ve misafir editör, Clinical Chemistry, AACC; J. Hagenkord, 23andMe. Danışmanlık: E. Lyon, Complete Genomics and Health Advantages; F. Cockeril, Roche Diagnostics; S. Kulkarni, Swift Biosciences ve Bina Technologies. Hissedarlık: S. Bale, BioReferance Laboratories; J. Hagenkord, Invitae ve 23andMe. Onursal Ücretler: s. Kulkarni, Novartis, affimetrix ve Agilent; R. Press, Life Technologies. Araştırma Desteği: E. Lyon, Ulusal İnsan Genomu Araştırma Enstitüsü kurumsal fonu; L. Bry, NIH; G. Palomaki, Natera, Inc. kurumsal fonu. Uzman Tanıklığı: Bildirilmemiştir. Patentler: Bildirilmemiştir. Diğer Ücretler: F. Cockeril, Roche Diagnostics telif ücretleri.

Tıbbın Geleceğine dair.. Genetik Testler ve Kişiselleşmiş Tıp Anlayışı. B. Aysin Sermen

Tıbbın Geleceğine dair.. Genetik Testler ve Kişiselleşmiş Tıp Anlayışı. B. Aysin Sermen Tıbbın Geleceğine dair.. Genetik Testler ve Kişiselleşmiş Tıp Anlayışı B. Aysin Sermen Daha güçlü.. Daha atletik.. Daha genç.. Daha huzurlu.. Daha mutlu.. Daha akıllı.. Daha sağlıklı.. Daha akıllı ve sağlıklı

Detaylı

Yeni Nesil Genomik Sistemler. ve Uygulamaları

Yeni Nesil Genomik Sistemler. ve Uygulamaları Yeni Nesil Genomik Sistemler ve Uygulamaları Sunum Başlıkları Mikroarray Sistemleri (iscan) Ekspresyon Array SNP Array Metilasyon Array Yeni Nesil Dizileme Teknolojileri Ekspresyon Array Tüm Genom Gen

Detaylı

TRANSFÜZYON MERKEZİ HASTALARDA KULLANILAN MİKROBİYOLOJİK TARAMA TESTLERİ TALİMATI

TRANSFÜZYON MERKEZİ HASTALARDA KULLANILAN MİKROBİYOLOJİK TARAMA TESTLERİ TALİMATI 1.AMAÇ.Hastalara ait kan örneklerinde yapılması gereken mikrobiyolojik testleri, bu testlerin çalışma yöntemlerini ve kalite kontrol gereklerini belirlemektir.. 2.KAPSAM : Bu talimat transfüzyon merkezinde

Detaylı

Anti-HIV Pozitif Bulunan Hastada Kesin Tanı Algoritması. Doç. Dr. Kenan Midilli İ.Ü. Cerrahpaşa Tıp Fakültesi Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı

Anti-HIV Pozitif Bulunan Hastada Kesin Tanı Algoritması. Doç. Dr. Kenan Midilli İ.Ü. Cerrahpaşa Tıp Fakültesi Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı Anti-HIV Pozitif Bulunan Hastada Kesin Tanı Algoritması Doç. Dr. Kenan Midilli İ.Ü. Cerrahpaşa Tıp Fakültesi Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı Testler farklı amaçlarla uygulanabilir: - Tanı, tarama, doğrulama,

Detaylı

VERİFİKASYON (SEROLOJİ, MOLEKÜLER TESTLER)

VERİFİKASYON (SEROLOJİ, MOLEKÜLER TESTLER) VERİFİKASYON (SEROLOJİ, MOLEKÜLER TESTLER) Dr. Tijen ÖZACAR Ege Üniversitesi Tıp Fakültesi Tıbbi Mikrobiyoloji AD - İZMİR TANIM Ticari veya laboratuvarda geliştirilmiş bir testin, laboratuvardaki performansının

Detaylı

Gen Arama Yordamı ve Nörolojik Hastalıklarla İlgili Gen Keşfi Çalışmalarına Türkiye den Örnekler

Gen Arama Yordamı ve Nörolojik Hastalıklarla İlgili Gen Keşfi Çalışmalarına Türkiye den Örnekler Gen Arama Yordamı ve Nörolojik Hastalıklarla İlgili Gen Keşfi Çalışmalarına Türkiye den Örnekler Doç. Dr. Sibel Aylin Uğur İstanbul Üniversitesi Deneysel Tıp Araştırma Enstitüsü-Genetik 13. Ulusal Sinirbilim

Detaylı

Non-İnvaziv Prenatal Tarama (NİPT) Uluslararası kalite güvenceniz

Non-İnvaziv Prenatal Tarama (NİPT) Uluslararası kalite güvenceniz Non-İnvaziv Prenatal Tarama (NİPT) Uluslararası kalite güvenceniz NIPT Testi Nedir? Non-İnvaziv Prenatal Tarama (NIPT) trizomi taraması için geliştirilmiş daha güvenilir ve daha hassas ileri düzey bir

Detaylı

En Etkili Kemoterapi İlacı Seçimine Yardımcı Olan Moleküler Genetik Test

En Etkili Kemoterapi İlacı Seçimine Yardımcı Olan Moleküler Genetik Test En Etkili Kemoterapi İlacı Seçimine Yardımcı Olan Moleküler Genetik Test Yeni Nesil DNA Dizileme (NGS), İmmünHistoKimya (IHC) ile Hastanızın Kanser Tipinin ve Kemoterapi İlacının Belirlenmesi Kanser Tanı

Detaylı

VERİFİKASYON. Dr. Tijen ÖZACAR. Ege Üniversitesi Tıp Fakültesi Tıbbi Mikrobiyoloji AD - İZMİR

VERİFİKASYON. Dr. Tijen ÖZACAR. Ege Üniversitesi Tıp Fakültesi Tıbbi Mikrobiyoloji AD - İZMİR VERİFİKASYON Dr. Tijen ÖZACAR Ege Üniversitesi Tıp Fakültesi Tıbbi Mikrobiyoloji AD - İZMİR TANIM Ticari veya laboratuvarda geliştirilmiş bir testin, laboratuvardaki performansının ölçülerek dökümante

Detaylı

NIRLINE. NIRLINE ile Yeni Bir Yaklaşım: Fingerprinting

NIRLINE. NIRLINE ile Yeni Bir Yaklaşım: Fingerprinting ile Yeni Bir Yaklaşım: Fingerprinting KONU: Fingerprinting Analizi ile Premikslerinizi Kontrol Altına Alır İLGİ: ile Yeni Bir Yaklaşım: FINGERPRINTING TERCÜME VE DERLEME ANAHTAR KELİMELER Uzmanı Sevcan

Detaylı

MEME KANSERİNDE GÖRÜNTÜLEME YÖNTEMLERİ

MEME KANSERİNDE GÖRÜNTÜLEME YÖNTEMLERİ MEME KANSERİNDE GÖRÜNTÜLEME YÖNTEMLERİ Dr. Filiz Yenicesu Düzen Laboratuvarı Görüntüleme Birimi Meme Kanserinde Tanı Yöntemleri 1. Fizik muayene 2. Serolojik Testler 3. Görüntüleme 4. Biyopsi Patolojik

Detaylı

Herediter Meme Over Kanseri Sendromunda. Prof.Dr.Mehmet Ali Ergün Gazi Üniversitesi Tı p Fakültesi T ı bbi Genetik Anabilim Dalı

Herediter Meme Over Kanseri Sendromunda. Prof.Dr.Mehmet Ali Ergün Gazi Üniversitesi Tı p Fakültesi T ı bbi Genetik Anabilim Dalı Herediter Meme Over Kanseri Sendromunda Prof.Dr.Mehmet Ali Ergün Gazi Üniversitesi Tı p Fakültesi T ı bbi Genetik Anabilim Dalı Herediter Meme Over Kanseri (HBOC) %5-10 arası kalıtsaldır Erken başlama

Detaylı

Niçin PCR? Dr. Abdullah Tuli

Niçin PCR? Dr. Abdullah Tuli Niçin PCR? Dr. Abdullah Tuli 1980 lerin Başı Bir yöntem düşünün Tepkimeyi gerçekleştirmek kolay mıdır? Bu yöntem çok mu karmaşıktır, yoksa basit mi? Yöntemde kullanılan örnek, saf mı ya da son derece karmaşık

Detaylı

MEME KANSERİ TARAMASI

MEME KANSERİ TARAMASI MEME KANSERİ TARAMASI Meme Kanseri Taramanızı Yaptırdınız Mı? MEME KANSERİ TARAMASI NE DEMEKTİR? Kadınlarda görülen kanserlerin %33 ü ve kansere bağlı ölümlerin de %20 si meme kanserine bağlıdır. Meme

Detaylı

Bilgi Güvenliği Risk Değerlendirme Yaklaşımları www.sisbel.biz

Bilgi Güvenliği Risk Değerlendirme Yaklaşımları www.sisbel.biz ISO/IEC 20000-1 BİLGİ TEKNOLOJİSİ - HİZMET YÖNETİMİ BAŞ DENETÇİ EĞİTİMİ Bilgi Güvenliği Risk Değerlendirme Yaklaşımları E1-yüksek seviye bilgi güvenliği risk değerlendirmesi Yüksek seviye değerlendirme,

Detaylı

SNP TEK NÜKLEOTİD POLİMORFİZMLERİ (SINGLE NUCLEOTIDE POLYMORPHISMS)

SNP TEK NÜKLEOTİD POLİMORFİZMLERİ (SINGLE NUCLEOTIDE POLYMORPHISMS) SNP TEK NÜKLEOTİD POLİMORFİZMLERİ (SINGLE NUCLEOTIDE POLYMORPHISMS) Herhangi iki bireyin DNA dizisi %99.9 aynıdır. %0.1 = ~3x10 6 nükleotid farklılığı sağlar. Genetik materyalde varyasyon : Polimorfizm

Detaylı

I. Analitik duyarlılık ve özgüllük II. Klinik duyarlılık ve özgüllük III. Kesinlik tekrarlanabilirlik IV. Doğruluk V. Doğrusallık (lineerite)

I. Analitik duyarlılık ve özgüllük II. Klinik duyarlılık ve özgüllük III. Kesinlik tekrarlanabilirlik IV. Doğruluk V. Doğrusallık (lineerite) SORU 1 IVD/CE belgesi olan kantitatif HBV DNA PCR testi satın alma aşamasında yöntem doğrulama (verifikasyon) yapmak istiyorsunuz. Hangi parametreleri mutlaka kontrol etmek isterseniz? I. Analitik duyarlılık

Detaylı

Girişimsel olmayan prenatal tanı testi. Prof.Dr.Mehmet Ali Ergün Gazi Üniversitesi Tıp Fakültesi Tıbbi Genetik Anabilim Dalı Öğretim Üyesi

Girişimsel olmayan prenatal tanı testi. Prof.Dr.Mehmet Ali Ergün Gazi Üniversitesi Tıp Fakültesi Tıbbi Genetik Anabilim Dalı Öğretim Üyesi Girişimsel olmayan prenatal tanı testi Prof.Dr.Mehmet Ali Ergün Gazi Üniversitesi Tıp Fakültesi Tıbbi Genetik Anabilim Dalı Öğretim Üyesi Prenatal tanı gebelik döneminde fetüste var olan veya ortaya çıkabilecek

Detaylı

IV. KLİMUD Kongresi, Kasım 2017, Antalya

IV. KLİMUD Kongresi, Kasım 2017, Antalya IV. KLİMUD Kongresi, 08-12 Kasım 2017, Antalya 1 HCV Tanısında Cut off/ Sinyal (S/CO)/TV) Değerlerinin Tanısal Geçerliliklerinin Değerlendirilmesi TÜLİN DEMİR¹, DİLARA YILDIRAN¹, SELÇUK KILIǹ, SELÇUK

Detaylı

TANIMLAR. Dr. Neriman AYDIN. Adnan Menderes Üniversitesi Tıp Fakültesi Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı

TANIMLAR. Dr. Neriman AYDIN. Adnan Menderes Üniversitesi Tıp Fakültesi Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı TANIMLAR Dr. Neriman AYDIN Adnan Menderes Üniversitesi Tıp Fakültesi Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı In-vitro tanı Sürekli doğru sonuç Amaca uygun Zamanında Uygun maliyet In-vitro tanı elemanları Kitler

Detaylı

P z o itif Nega g ti a f

P z o itif Nega g ti a f Platelia Aspergillus Ag, serum örneklerinde aspergillus galaktomannan antijenini saptayan bir enzyme immun assay testidir. Test invaziv aspergillozis tanısında kullanılmaktadır. Kit prospektüsünde kalibratör

Detaylı

MİKROBİYOLOJİK TARAMA TEST ÇALIŞILMA ESASLARI VE BAĞIŞÇI POZİTİFLİĞİNE YAKLAŞIM

MİKROBİYOLOJİK TARAMA TEST ÇALIŞILMA ESASLARI VE BAĞIŞÇI POZİTİFLİĞİNE YAKLAŞIM TRF.PR.05 11.04.2012 01.02.2016 01 1/5 1.AMAÇ.Hastalara ait kan örneklerinde yapılması gereken mikrobiyolojik testleri, bu testlerin çalışma yöntemlerini ve kalite kontrol gereklerini belirlemektir.. 2.KAPSAM

Detaylı

KANITA DAYALI LABORATUVAR TIBBI İLE İLİŞKİLİ HESAPLAMALAR. Doç.Dr. Mustafa ALTINIŞIK ADÜTF Biyokimya AD 2005

KANITA DAYALI LABORATUVAR TIBBI İLE İLİŞKİLİ HESAPLAMALAR. Doç.Dr. Mustafa ALTINIŞIK ADÜTF Biyokimya AD 2005 KANITA DAYALI LABORATUVAR TIBBI İLE İLİŞKİLİ HESAPLAMALAR Doç.Dr. Mustafa ALTINIŞIK ADÜTF Biyokimya AD 2005 1 Kanıta dayalı tıp Kanıta dayalı tıp, hekimlerin günlük kararlarını, mevcut en iyi kanıtın ışığında,

Detaylı

Performans Özellikleri

Performans Özellikleri Performans Özellikleri QIAamp DSP DNA FFPE Tissue Kiti, Sürüm 1 60404 Sürüm yönetimi Bu belge, QIAamp DSP DNA FFPE Tissue Kiti Performans Özellikleri, Sürüm 1, R3 belgesidir. Testi gerçekleştirmeden önce

Detaylı

Yöntem ve Test Seçimine Yaklaşım. Dr. Alpay Özbek Mikrobiyoloji ve Klinik Mikrobiyoloji AD. Dokuz Eylül Üni. Tıp Fak. İZMİR

Yöntem ve Test Seçimine Yaklaşım. Dr. Alpay Özbek Mikrobiyoloji ve Klinik Mikrobiyoloji AD. Dokuz Eylül Üni. Tıp Fak. İZMİR Yöntem ve Test Seçimine Yaklaşım Dr. Alpay Özbek Mikrobiyoloji ve Klinik Mikrobiyoloji AD. Dokuz Eylül Üni. Tıp Fak. İZMİR Literatür Tanı Rehberleri Kongre İyileştirme Ğereksinimi Uzman Klinisyen İsteği

Detaylı

Parkinson Hastalığı ile α-sinüklein Geni Polimorfizmlerinin İlişkisinin Araştırılması

Parkinson Hastalığı ile α-sinüklein Geni Polimorfizmlerinin İlişkisinin Araştırılması İ.Ü. CERRAHPAŞA TIP FAKÜLTESİ SAĞLIK BİLİMLERİ ENSTİTÜSÜ TIBBİ BİYOLOJİ ANABİLİM DALI Parkinson Hastalığı ile α-sinüklein Geni Polimorfizmlerinin İlişkisinin Araştırılması Araş.Gör. Yener KURMAN İSTANBUL

Detaylı

MOLEKÜLER TANISI DÜZEN GENETİK HASTALIKLAR TANI MERKEZİ. SERPİL ERASLAN, PhD

MOLEKÜLER TANISI DÜZEN GENETİK HASTALIKLAR TANI MERKEZİ. SERPİL ERASLAN, PhD β-talaseminin MOLEKÜLER TANISI DÜZEN GENETİK HASTALIKLAR TANI MERKEZİ SERPİL ERASLAN, PhD BETA TALASEMİ HEMOGLOBİNOPATİLER Otozomal resesif (globin gen ailesi) Özellikle Çukurova, Akdeniz kıyı şeridi,

Detaylı

TÜRKİYE İLAÇ VE TIBBİ CİHAZ KURUMU KOZMETİK ÜRÜNLERİN STABİLİTESİNE VE AÇILDIKTAN SONRA KULLANIM SÜRESİNE İLİŞKİN KILAVUZ SÜRÜM 1.

TÜRKİYE İLAÇ VE TIBBİ CİHAZ KURUMU KOZMETİK ÜRÜNLERİN STABİLİTESİNE VE AÇILDIKTAN SONRA KULLANIM SÜRESİNE İLİŞKİN KILAVUZ SÜRÜM 1. TÜRKİYE İLAÇ VE TIBBİ CİHAZ KURUMU KOZMETİK ÜRÜNLERİN STABİLİTESİNE VE AÇILDIKTAN SONRA KULLANIM SÜRESİNE İLİŞKİN KILAVUZ SÜRÜM 1.0 Amaç MADDE 1- (1) Kozmetik ürünlerin üreticileri tarafından raf ömürleri

Detaylı

Klinik Mikrobiyoloji Testlerinde Doğrulama (verifikasyon) ve Geçerli Kılma (validasyon)

Klinik Mikrobiyoloji Testlerinde Doğrulama (verifikasyon) ve Geçerli Kılma (validasyon) Klinik Mikrobiyoloji Testlerinde Doğrulama (verifikasyon) ve Geçerli Kılma (validasyon) Kaynaklar Mikrobiyolojik prosedürleri doğrulama / geçerli kılmaya ilişkin aşağıdaki uluslararası kaynaklar önerilir

Detaylı

HEMŞİRELİK DOKTORA PROGRAMI

HEMŞİRELİK DOKTORA PROGRAMI HEMŞİRELİK DOKTORA PROGRAMI DOKTORA PROGRAMINA GİRİŞ KOŞULLARI Hemşirelik, Ebelik, Sağlık Memurluğu Programlarında Lisans eğitimi alarak Hemşirelik veya herhangi bir programda yüksek lisans yapmış olmak.

Detaylı

Mutasyon: DNA dizisinde meydana gelen kalıcı değişiklik. Polimorfizm: iki veya daha fazla farklı fenotipin aynı tür popülasyonunda bulunmasıdır.

Mutasyon: DNA dizisinde meydana gelen kalıcı değişiklik. Polimorfizm: iki veya daha fazla farklı fenotipin aynı tür popülasyonunda bulunmasıdır. Allel: Bir genin seçenekli biçimi Wild Tip: Normal allel. Bireylerin çoğunda bulunan Mutasyon: DNA dizisinde meydana gelen kalıcı değişiklik Polimorfizm: iki veya daha fazla farklı fenotipin aynı tür popülasyonunda

Detaylı

Kistik Fibrozis DNA Analiz Paneli

Kistik Fibrozis DNA Analiz Paneli FAST-CFTR Sequencing Kit Kistik Fibrozis DNA Analiz Paneli Dizi Analizi Amaçlı Kullanım İçin KULLANIM KILAVUZU İÇİNDEKİLER 1 GİRİŞ... 3 2 KİT İÇERİĞİ... 3 3 SAKLAMA... 3 4 GEREKLİ MATERYAL VE CİHAZLAR...

Detaylı

BİYOİSTATİSTİK Sağlık Alanına Özel İstatistiksel Yöntemler Dr. Öğr. Üyesi Aslı SUNER KARAKÜLAH

BİYOİSTATİSTİK Sağlık Alanına Özel İstatistiksel Yöntemler Dr. Öğr. Üyesi Aslı SUNER KARAKÜLAH BİYOİSTATİSTİK Sağlık Alanına Özel İstatistiksel Yöntemler Dr. Öğr. Üyesi Aslı SUNER KARAKÜLAH Ege Üniversitesi, Tıp Fakültesi, Biyoistatistik ve Tıbbi Bilişim AD. Web: www.biyoistatistik.med.ege.edu.tr

Detaylı

Anksiyete Bozukluklarında Genom Boyu Asosiyasyon Çalışmaları

Anksiyete Bozukluklarında Genom Boyu Asosiyasyon Çalışmaları Anksiyete Bozukluklarında Genom Boyu Asosiyasyon Çalışmaları Yrd. Doç. Dr. Neşe Direk Dokuz Eylül Üniversitesi Psikiyatri Anabilim Dalı Genetik Epidemiyoloji ve Psikiyatri Genome-Wide vs. Aday Gen Asosiyasyon

Detaylı

Gebelerde Toxoplasma gondii Seropozitifliğinin Değerlendirilmesinde İstenen Testlerin Önerilen Tanı Algoritmasına Uygunluğunun Değerlendirilmesi

Gebelerde Toxoplasma gondii Seropozitifliğinin Değerlendirilmesinde İstenen Testlerin Önerilen Tanı Algoritmasına Uygunluğunun Değerlendirilmesi Gebelerde Toxoplasma gondii Seropozitifliğinin Değerlendirilmesinde İstenen Testlerin Önerilen Tanı Algoritmasına Uygunluğunun Değerlendirilmesi Dr.Hilal GÜREL Ankara Numune Eğitim ve Araştırma Hastanesi

Detaylı

Klinik Mikrobiyoloji Laboratuarında Validasyon ve Verifikasyon Kursu 12 Kasım 2011 Cumartesi Salon C (BUNIN SALONU) Kursun Amacı:

Klinik Mikrobiyoloji Laboratuarında Validasyon ve Verifikasyon Kursu 12 Kasım 2011 Cumartesi Salon C (BUNIN SALONU) Kursun Amacı: Klinik Mikrobiyoloji Laboratuarında Validasyon ve Verifikasyon Kursu 12 Kasım 2011 Cumartesi Salon C (BUNIN SALONU) Kursun Amacı: Katılımcılara; klinik mikrobiyoloji laboratuarlarında doğru, geçerli ve

Detaylı

PREİMPLANTASYON GENETİK TANIDA KULLANILAN YÖNTEMLER ve ÖNEMİ

PREİMPLANTASYON GENETİK TANIDA KULLANILAN YÖNTEMLER ve ÖNEMİ PREİMPLANTASYON GENETİK TANIDA KULLANILAN YÖNTEMLER ve ÖNEMİ Yrd. Doç. Dr. Hakan GÜRKAN Trakya Üniversitesi Tıp Fakültesi Tıbbi Genetik Anabilim Dalı PGT NEDİR? Gebelik öncesi genetik tanı (PGT) adı verilen

Detaylı

Doç. Dr. Z. Ceren KARAHAN

Doç. Dr. Z. Ceren KARAHAN Viral Salgınların Araştırılması Sekans Temelli Genotiplendirme Yöntemleri Doç. Dr. Z. Ceren KARAHAN Genotipleme Genomun genetik karakterizasyonu Bir bireyi/suşu, diğerlerinden ayıran mutasyonları (nt dizisi

Detaylı

REVİZYON DURUMU. Revizyon Tarihi Açıklama Revizyon No

REVİZYON DURUMU. Revizyon Tarihi Açıklama Revizyon No REVİZYON DURUMU Revizyon Tarihi Açıklama Revizyon No Hazırlayan: Onaylayan: Onaylayan: Prof. Dr. Nedime Serakıncı, Adem Aköl Sinan Özyavaş Yrd. Doç. Dr. Umut Fahrioğlu Kalite Konseyi Başkanı Kalite Koordinatörü

Detaylı

Prof.Dr. Meltem Yalınay Çırak Gazi Üniversitesi Tıp Fakültesi Mikrobiyoloji ve Klinik Mikrobiyoloji A.D. SALGINLARIN İZLENMESİ VE MOLEKÜLER

Prof.Dr. Meltem Yalınay Çırak Gazi Üniversitesi Tıp Fakültesi Mikrobiyoloji ve Klinik Mikrobiyoloji A.D. SALGINLARIN İZLENMESİ VE MOLEKÜLER SALGIN ARAŞTIRMASINDA MOLEKÜLER MİKROBİYOLOJİ LABORATUVARININ ROLÜ Prof.Dr. Meltem Yalınay Çırak Gazi Üniversitesi Tıp Fakültesi Mikrobiyoloji ve Klinik Mikrobiyoloji A.D. SALGINLARIN İZLENMESİ VE MOLEKÜLER

Detaylı

GİRİŞİMSEL İŞLEMLER HAKKINDA DERNEK GÖRÜŞLERİMİZ & SAĞLIK BAKANLIĞI NA VE SOSYAL GÜVENLİK KURUMUNA YAZDIĞIMIZ YAZILAR

GİRİŞİMSEL İŞLEMLER HAKKINDA DERNEK GÖRÜŞLERİMİZ & SAĞLIK BAKANLIĞI NA VE SOSYAL GÜVENLİK KURUMUNA YAZDIĞIMIZ YAZILAR GİRİŞİMSEL İŞLEMLER HAKKINDA DERNEK GÖRÜŞLERİMİZ & SAĞLIK BAKANLIĞI NA VE SOSYAL GÜVENLİK KURUMUNA YAZDIĞIMIZ YAZILAR T.C.Sağlık Bakanlığı Kamu Hastaneleri Birliği Başkanlığı na ve Sosyal Güvenlik Kurumu

Detaylı

Hepatit C Virüsü: Tanıda Serolojik ve Moleküler Yöntemlerin Yeri. Üner Kayabaş İnönü Üniversitesi Tıp Fakültesi Malatya

Hepatit C Virüsü: Tanıda Serolojik ve Moleküler Yöntemlerin Yeri. Üner Kayabaş İnönü Üniversitesi Tıp Fakültesi Malatya Hepatit C Virüsü: Tanıda Serolojik ve Moleküler Yöntemlerin Yeri Üner Kayabaş İnönü Üniversitesi Tıp Fakültesi Malatya Dünyada 130-170 milyon kişi hepatit C virüsü (HCV) ile infekte Her yıl 3-4 milyon

Detaylı

İnsan Mikrobiyom Projesi. Prof. Dr. Tanıl Kocagöz

İnsan Mikrobiyom Projesi. Prof. Dr. Tanıl Kocagöz İnsan Mikrobiyom Projesi Prof. Dr. Tanıl Kocagöz Human Microbiome Project İnsan Mikrobiyom Projesi (İMP) 2007 yılında NIH tarafından başlatıldı 300 gönüllünün 5 vücut bölgesinden değişik zamanlarda, toplam

Detaylı

TLERDE SEROLOJİK/MOLEK HANGİ İNCELEME?) SAPTANMASI

TLERDE SEROLOJİK/MOLEK HANGİ İNCELEME?) SAPTANMASI * VİRAL V HEPATİTLERDE TLERDE SEROLOJİK/MOLEK K/MOLEKÜLER LER TESTLER (NE ZAMANHANG HANGİ İNCELEME?) *VİRAL HEPATİTLERDE TLERDE İLAÇ DİRENCİNİN SAPTANMASI *DİAL ALİZ Z HASTALARININ HEPATİT T AÇISINDAN

Detaylı

Mitokondrial DNA Analiz Paneli

Mitokondrial DNA Analiz Paneli FAST-mtDNA Sequencing Kit Mitokondrial DNA Analiz Paneli Dizi Analizi Amaçlı Kullanım İçin KULLANIM KILAVUZU İÇİNDEKİLER 1 GİRİŞ... 3 2 KİT İÇERİĞİ... 3 3 SAKLAMA... 3 4 GEREKLİ MATERYAL VE CİHAZLAR...

Detaylı

Hayati Sorulara Net YANITLAR

Hayati Sorulara Net YANITLAR Hayati Sorulara Net YANITLAR Fetal Tıp ve Prenatal Tanı Kongresi Harmony Prenatal Test her yaş ve her risk grubundaki hamilelerde Trizomi 21, 18, ve 13 riskini çok yüksek doğrulukla görüntüler * *Hem 35

Detaylı

HPV Moleküler Tanısında Güncel Durum. DNA bazlı Testler KORAY ERGÜNAY 1.ULUSAL KLİNİK MİKROBİYOLOJİ KONGRESİ

HPV Moleküler Tanısında Güncel Durum. DNA bazlı Testler KORAY ERGÜNAY 1.ULUSAL KLİNİK MİKROBİYOLOJİ KONGRESİ 1.ULUSAL KLİNİK MİKROBİYOLOJİ KONGRESİ HPV Moleküler Tanısında Güncel Durum DNA bazlı Testler KORAY ERGÜNAY Hacettepe Üniversitesi Tıp Fakültesi Tıbbi Mikrobiyoloji AD Viroloji Ünitesi HPV tanısı... Sitolojik/Patolojik

Detaylı

Temel ve Uygulamalı Araştırmalar için Araştırma Süreci

Temel ve Uygulamalı Araştırmalar için Araştırma Süreci BÖLÜM 8 ÖRNEKLEME Temel ve Uygulamalı Araştırmalar için Araştırma Süreci 1.Gözlem Genel araştırma alanı 3.Sorunun Belirlenmesi Sorun taslağının hazırlanması 4.Kuramsal Çatı Değişkenlerin açıkça saptanması

Detaylı

T.C. SAĞLIK BAKANLIĞI Sağlık Bilgi Sistemleri Genel Müdürlüğü DAĞITIM YERLERİNE

T.C. SAĞLIK BAKANLIĞI Sağlık Bilgi Sistemleri Genel Müdürlüğü DAĞITIM YERLERİNE T.C. SAĞLIK BAKANLIĞI Sağlık Bilgi Sistemleri Genel Müdürlüğü Sayı : 31678769/700 Konu : Patoloji Veri Seti DAĞITIM YERLERİNE İlgi: Türkiye Halk Sağlığı Kurumu Başkanlığının 11.11.2014 tarihli ve 2014.5679.84410

Detaylı

GENETİK HASTALIKLARDA TOPLUM TARAMALARI

GENETİK HASTALIKLARDA TOPLUM TARAMALARI GENETİK HASTALIKLARDA TOPLUM TARAMALARI Bir genetik hastalığa neden olan veya bir genetik hastalığa yatkınlığa neden olan belirli genleri taşıyan kişilerin tespit edilmesi için yapılan toplum temelli çalışmalardır.

Detaylı

GENETİK TANI YÖNTEMLERİ. Prof.Dr.Mehmet Alikaşifoğlu

GENETİK TANI YÖNTEMLERİ. Prof.Dr.Mehmet Alikaşifoğlu GENETİK TANI YÖNTEMLERİ Prof.Dr.Mehmet Alikaşifoğlu S Genetik Tanı Yöntemleri S Sitogenetik Tanı Yöntemleri S Moleküler Sitogenetik Tanı Yöntemleri S Moleküler Genetik Tanı Yöntemleri Sitogenetik Tanı

Detaylı

BRCA 1/2 DNA Analiz Paneli

BRCA 1/2 DNA Analiz Paneli FAST-BRCA Sequencing Kit BRCA 1/2 DNA Analiz Paneli Dizi Analizi Amaçlı Kullanım İçin KULLANIM KILAVUZU İÇİNDEKİLER 1 GİRİŞ... 3 2 KİT İÇERİĞİ... 3 3 SAKLAMA... 3 4 GEREKLİ MATERYAL VE CİHAZLAR... 3 5

Detaylı

Kanıta Dayalı Tıp ve Kan Bankacılığı

Kanıta Dayalı Tıp ve Kan Bankacılığı Kanıta Dayalı Tıp ve Kan Bankacılığı Dr. Ayşen Timurağaoğlu Akdeniz Üniversitesi Tıp Fakültesi, Hematoloji Bilim Dalı Kanıta dayalı tıp veya kanıta dayalı uygulama bilimsel metodlara dayanarak elde edilmiş

Detaylı

MĐKRODĐZĐN DENEYLERĐNĐN TASARIMI: Dikkat Edilmesi Gereken Noktalar

MĐKRODĐZĐN DENEYLERĐNĐN TASARIMI: Dikkat Edilmesi Gereken Noktalar Hafta VIII Genombilimde Mikrodizin Uygulamaları ve Biyoinformatik Analiz MĐKRODĐZĐN DENEYLERĐNĐN TASARIMI: Dikkat Edilmesi Gereken Noktalar Doç. Dr. Hilâl Özdağ Niçin Mikrodizin Deneyi? Genomik ölçekte

Detaylı

Avrupa Hastaneleri için

Avrupa Hastaneleri için Avrupa Hastaneleri için Kalite İyileştirme Sistemleri (Koordinatörü) için anket (PTD1) Bu anket, hastanenin kalite iyileştirme faaliyetlerinin koordinasyonundan sorumlu Kalite Yöneticisine yöneliktir.

Detaylı

GIDA LABORATUVARLARI. 2015 Yılı Eğitim Programı

GIDA LABORATUVARLARI. 2015 Yılı Eğitim Programı GIDA LABORATUVARLARI 2015 Yılı Eğitim Programı Gıda Laboratuvarları Eğitim Hizmetleri Intertek, sağladığı eğitim hizmetleri ile teknik farkındalık yaratmakta ve sektörde faaliyet gösteren şirketlere uzman

Detaylı

ATLET (SPORCU) BİYOLOJİK PASAPORTU (ABP)

ATLET (SPORCU) BİYOLOJİK PASAPORTU (ABP) ATLET (SPORCU) BİYOLOJİK PASAPORTU (ABP) Sporcu Biyolojik Pasaportu nun temel prensibi, yasaklı madde ve metotların etkilerinin, seçilen parametrelerde (değişkenlerde) zaman içinde oluşturduğu değişikliklerin

Detaylı

Moleküler Testlerde Yöntem Geçerliliğinin Sınanması. Dr. Arzu Sayıner Dokuz Eylül Üniversitesi Tıp Fakültesi Tıbbi Mikrobiyoloji AD

Moleküler Testlerde Yöntem Geçerliliğinin Sınanması. Dr. Arzu Sayıner Dokuz Eylül Üniversitesi Tıp Fakültesi Tıbbi Mikrobiyoloji AD Moleküler Testlerde Yöntem Geçerliliğinin Sınanması Dr. Arzu Sayıner Dokuz Eylül Üniversitesi Tıp Fakültesi Tıbbi Mikrobiyoloji AD 8. Ulusal Moleküler ve Tanısal Mikrobiyoloji Kongresi 2014 Laboratuvarda

Detaylı

Tüm Genom Analizi ve Klinik Mikrobiyoloji. Dr. Burak Aksu M.Ü. Tıp Fakültesi T.Mikrobiyoloji AD.

Tüm Genom Analizi ve Klinik Mikrobiyoloji. Dr. Burak Aksu M.Ü. Tıp Fakültesi T.Mikrobiyoloji AD. Tüm Genom Analizi ve Klinik Mikrobiyoloji Dr. Burak Aksu M.Ü. Tıp Fakültesi T.Mikrobiyoloji AD. Tüm Genom Analizi ve Klinik Mikrobiyoloji DNA dizileme yöntemleri Tüm genom analizi Mikrobiyolojide kullanım

Detaylı

SAĞLIK GIDA VE SU SEKTÖRÜNDE ÇALIŞANLAR İÇİN HİJYEN EĞİTİMİ MODÜLER PROGRAMI (YETERLİĞE DAYALI)

SAĞLIK GIDA VE SU SEKTÖRÜNDE ÇALIŞANLAR İÇİN HİJYEN EĞİTİMİ MODÜLER PROGRAMI (YETERLİĞE DAYALI) T.C. MİLLÎ EĞİTİM BAKANLIĞI Hayat Boyu Öğrenme Genel Müdürlüğü SAĞLIK GIDA VE SU SEKTÖRÜNDE ÇALIŞANLAR İÇİN HİJYEN EĞİTİMİ MODÜLER PROGRAMI (YETERLİĞE DAYALI) 2015 ANKARA ÖN SÖZ Günümüzde mesleklerin değişim

Detaylı

Mikobakteriyolojide yeni nesil dizileme ile analiz

Mikobakteriyolojide yeni nesil dizileme ile analiz Mikobakteriyolojide yeni nesil dizileme ile analiz Prof. Dr. Cengiz ÇAVUŞOĞLU Ege Üniversitesi Tıp Fakültesi Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı, İzmir Mikobakteriyolojide kullanım alanları Moleküller epidemiyoloji

Detaylı

KLİNİK TIBBİ LABORATUVARLAR

KLİNİK TIBBİ LABORATUVARLAR KLİNİK TIBBİ LABORATUVARLAR BİYOKİMYA LABORATUVARI Laboratuvarın çoğunlukla en büyük kısmını oluşturan biyokimya bölümü, vücut sıvılarının kimyasal bileşiminin belirlendiği bölümdür. Testlerin çoğunluğu,

Detaylı

HEMOGLOBİNOPATİ KONTROL PROGRAMI

HEMOGLOBİNOPATİ KONTROL PROGRAMI TALASEMİ VE HEMOGLOBİNOPATİLER T.C. Sağlık Bakanlığı AÇSAP Genel Müdürlüğü HEMOGLOBİNOPATİ KONTROL PROGRAMI Toplumların geleceği o toplumu oluşturan bireylerin nitelikleri ile doğrudan ilişkilidir. Toplumu

Detaylı

EVREN, ÖRNEK, TEMSİLİYET. Prof. Mustafa Necmi İlhan

EVREN, ÖRNEK, TEMSİLİYET. Prof. Mustafa Necmi İlhan EVREN, ÖRNEK, TEMSİLİYET Prof. Mustafa Necmi İlhan MD, PhD, PhD, MBA Gazi Üniversitesi Tıp Fakültesi Halk Sağlığı AbD mnilhan@gazi.edu.tr 1 Neden Araştırma Yaparız? Bilimsel gerçeğe ulaşmak Bilinenlerin

Detaylı

KANITA DAYALI UYGULAMA SÜRECİ

KANITA DAYALI UYGULAMA SÜRECİ KANITA DAYALI UYGULAMA SÜRECİ Kanıta Dayalı Uygulama Basamakları Sorunu saptama ve soru oluşturma Sistematik araştırma yapma Kanıtları eleştirel olarak değerlendirme Uygulamada yapılacak değişikliklere

Detaylı

DÜZEN LABORATUVARLAR GRUBU GASTROENTEROLOJİ ÇALIŞTAYI 14 EKİM 2017/ ANKARA

DÜZEN LABORATUVARLAR GRUBU GASTROENTEROLOJİ ÇALIŞTAYI 14 EKİM 2017/ ANKARA DÜZEN LABORATUVARLAR GRUBU GASTROENTEROLOJİ ÇALIŞTAYI KAPSAMLI PROGRAM 09.00-09.10 Dr. Yahya Laleli Açılış konuşması AMAÇ KAPSAM ÇALIŞTAYDAN ALINMASI BEKLENENLER Katılımcılara, gastrointestinal (GE) sistem

Detaylı

Özgün Problem Çözme Becerileri

Özgün Problem Çözme Becerileri Özgün Problem Çözme Becerileri Research Agenda for General Practice / Family Medicine and Primary Health Care in Europe; Specific Problem Solving Skills ANKARA ÜNİVERSİTESİ TIP FAKÜLTESİ AİLE HEKİMLİĞİ

Detaylı

MOLEKÜLER BİYOLOJİ LABORATUVARLARININ STANDARDİZASYONU. Prof. Dr. Hüseyin BALOĞLU

MOLEKÜLER BİYOLOJİ LABORATUVARLARININ STANDARDİZASYONU. Prof. Dr. Hüseyin BALOĞLU MOLEKÜLER BİYOLOJİ LABORATUVARLARININ STANDARDİZASYONU Prof. Dr. Hüseyin BALOĞLU İYİ HABER Akciğer kanserinde yeni ilaç.. Meme kanserinin seyri artık biliniyor Tiroid kanserinde kesin tanı metodu.....

Detaylı

SERVİKS KANSERİ TARAMA KALİTE KONTROL SÜREÇLERİ. Dr. Serdar Altınay Istanbul B.Eğitim Araştırma Hastanesi

SERVİKS KANSERİ TARAMA KALİTE KONTROL SÜREÇLERİ. Dr. Serdar Altınay Istanbul B.Eğitim Araştırma Hastanesi SERVİKS KANSERİ TARAMA KALİTE KONTROL SÜREÇLERİ Dr. Serdar Altınay Istanbul B.Eğitim Araştırma Hastanesi Organized Program (IARC) Features Screenin guidelines Initiatives to increase screening participation

Detaylı

Bilimsel Araştırma Yöntemleri. Doç. Dr. Recep KARA

Bilimsel Araştırma Yöntemleri. Doç. Dr. Recep KARA Bilimsel Araştırma Yöntemleri Doç. Dr. Recep KARA 3. Ders 1.Literatür Taraması - Literatür taraması nedir ve nasıl yapılır? - Literatür taramasında kütüphaneler 2. Süreli Yayın nedir? Süreli Yayınların

Detaylı

T.C. SAĞLIK BAKANLIĞI Türkiye Halk Sağlığı Kurumu Başkanlığı DAĞITIM YERLERİNE

T.C. SAĞLIK BAKANLIĞI Türkiye Halk Sağlığı Kurumu Başkanlığı DAĞITIM YERLERİNE T.C. SAĞLIK BAKANLIĞI Türkiye Halk Sağlığı Kurumu Başkanlığı Sayı : 23776858/157.05 Konu : Patoloji Veri Seti DAĞITIM YERLERİNE İlgi: 14.11.2014 tarihli ve 67523305-700/2014.5181.5446 sayılı yazı Kanser

Detaylı

HIV TANISINDA YENİLİKLER

HIV TANISINDA YENİLİKLER HIV/AIDS KURSU HIV TANISINDA YENİLİKLER Dr. Mert Ahmet KUŞKUCU İ.Ü. Cerrahpaşa Tıp Fakültesi Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı Dünya Sağlık Örgütü Verileri (2016) YILLARA GÖRE HIV (+) SAPTANAN VAKA SAYISI

Detaylı

Hemşireliğin Kayıtlara Yansıyan Yüzü

Hemşireliğin Kayıtlara Yansıyan Yüzü Hemşireliğin Kayıtlara Yansıyan Yüzü Yaşam başlangıcından ölümüne kadar, sağlık ve hastalık durumunu anlama, uygun girişimleri planlayarak sorunu çözme sorumluluğuna sahip olan hemşirelik; insanı ele alan

Detaylı

TİTCK/ DESTEK VE LABORATUVAR HİZMETLERİ BAŞKAN YARDIMCILIĞI/ ANALİZ VE KONTROL LABORATUVAR DAİRESİ BAŞKANLIĞI KALİTE KONTROL PROSEDÜRÜ PR17/KYB

TİTCK/ DESTEK VE LABORATUVAR HİZMETLERİ BAŞKAN YARDIMCILIĞI/ ANALİZ VE KONTROL LABORATUVAR DAİRESİ BAŞKANLIĞI KALİTE KONTROL PROSEDÜRÜ PR17/KYB TİTCK/ DESTEK VE LABORATUVAR HİZMETLERİ BAŞKAN YARDIMCILIĞI/ ANALİZ VE KONTROL LABORATUVAR DAİRESİ BAŞKANLIĞI PR17/KYB Sayfa No: 1/6 1. AMAÇ ve KAPSAM Bu prosedürün amacı, Daire Başkanlığında deney hizmetleri

Detaylı

Cerrahpaşa Tıp Fakültesi Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı. Cerrahpaşa Tıp Fakültesi Enfeksiyon Hastalıkları Anabilim Dalı

Cerrahpaşa Tıp Fakültesi Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı. Cerrahpaşa Tıp Fakültesi Enfeksiyon Hastalıkları Anabilim Dalı Hematoloji ve Kemik İliği Transplantasyon Hastalarında Rektal Kolonizasyon ve Bakteriyemi İlişkisinin Araştırılması Asiye Karakullukçu 1, Mehtap Biçer 2, Gökhan Aygün 1 Şeniz Öngören 3, Cem Ar 3, Elvin

Detaylı

Hastane Ortamında Klinik Mikrobiyoloji «KÜLTÜRÜ»

Hastane Ortamında Klinik Mikrobiyoloji «KÜLTÜRÜ» Antimikrobial Farkındalık Simpozyumu Hastane Ortamında Klinik Mikrobiyoloji «KÜLTÜRÜ» Dr Gökhan AYGÜN Cerrahpaşa Tıp Fakültesi Tıbbi Mikrobiyoloji AD Kültür Tarihsel, toplumsal gelişme süreci içinde yaratılan

Detaylı

Von Hippel-Lindau(VHL) Sendromu, VHL genindeki heterozigot mutasyonların sebep olduğu, otozomal dominant kalıtımlı bir ailesel kanser sendromudur. 3p2

Von Hippel-Lindau(VHL) Sendromu, VHL genindeki heterozigot mutasyonların sebep olduğu, otozomal dominant kalıtımlı bir ailesel kanser sendromudur. 3p2 Von Hippel-Lindau Sendromu Ailesindeki Asemptomatik 3 Çocuğun Genetik Test Sonuçlarının Değerlendirilmesi Kenan Delil, Bilgen Bilge Geçkinli, Hasan Şimşek, Ayberk Türkyılmaz, Esra Arslan Ateş, Mehmet Ali

Detaylı

ANALİTİK YÖNTEMLERİN DEĞERLENDİRİLMESİ. Doç.Dr. Mustafa ALTINIŞIK ADÜTF Biyokimya AD 2004

ANALİTİK YÖNTEMLERİN DEĞERLENDİRİLMESİ. Doç.Dr. Mustafa ALTINIŞIK ADÜTF Biyokimya AD 2004 ANALİTİK YÖNTEMLERİN DEĞERLENDİRİLMESİ Doç.Dr. Mustafa ALTINIŞIK ADÜTF Biyokimya AD 2004 1 Laboratuvarlarda yararlanılan analiz yöntemleri performans kalitelerine göre üç sınıfta toplanabilir: -Kesin yöntemler

Detaylı

NAT Yöntem onayı. Dr. A. Arzu Sayıner Dokuz Eylül Üniversitesi Tıp Fakültesi Tıbbi Mikrobiyoloji AD

NAT Yöntem onayı. Dr. A. Arzu Sayıner Dokuz Eylül Üniversitesi Tıp Fakültesi Tıbbi Mikrobiyoloji AD NAT Yöntem onayı Dr. A. Arzu Sayıner Dokuz Eylül Üniversitesi Tıp Fakültesi Tıbbi Mikrobiyoloji AD Yöntem onayı (minimum) Doğruluk Ticari test (Verifikasyon) Tekrarlanabilirlik (intra-,inter-assay) Doğrusallık

Detaylı

SAĞ VE SOL KOLON YERLEŞİMLİ TÜMÖRLER: AYNI ORGANDA FARKLI PATOLOJİK BULGULAR VE MİKROSATELLİT İNSTABİLİTE DURUMU

SAĞ VE SOL KOLON YERLEŞİMLİ TÜMÖRLER: AYNI ORGANDA FARKLI PATOLOJİK BULGULAR VE MİKROSATELLİT İNSTABİLİTE DURUMU SAĞ VE SOL KOLON YERLEŞİMLİ TÜMÖRLER: AYNI ORGANDA FARKLI PATOLOJİK BULGULAR VE MİKROSATELLİT İNSTABİLİTE DURUMU Ezgi Işıl Turhan 1, Nesrin Uğraş 1, Ömer Yerci 1, Seçil Ak 2, Berrin Tunca 2, Ersin Öztürk

Detaylı

TEDAVİ PLANLARI CLINICAL CRITICAL PATHWAYS

TEDAVİ PLANLARI CLINICAL CRITICAL PATHWAYS SAĞLIK İŞLETMELERİ YÖNETİMİ TEDAVİ PLANLARI CLINICAL CRITICAL PATHWAYS B Doç. Dr. Mahmut AKBOLAT *Tedavi planları,esas olarak mühendislik alanında geliştirilen ve kullanılan bir yöntemdir. * Sağlık hizmetlerinde

Detaylı

Bu amaçları yerine getirebilmek için genetik danışmanın belli basamaklardan geçmesi gerekir. Bu aşamalar şunlardır:

Bu amaçları yerine getirebilmek için genetik danışmanın belli basamaklardan geçmesi gerekir. Bu aşamalar şunlardır: Genetik danışma, genetik düzensizliklerin temelini ve kalıtımını inceleyerek hasta ve/veya riskli bireylerin hastalığı anlayabilmesine yardımcı olmak ve bu hastalıklar açısından evliliklerinde ve aile

Detaylı

Amniyosentezden önce bir şansınız daha var!

Amniyosentezden önce bir şansınız daha var! Hassasiyeti YÜKSEK ve GÜVENİLİR Bir Tarama Testi Fetal trizomilerin taranması ve Y kromozomunun değerlendirilmesinde kullanılan son derece gelişmiş bir kan testi Amniyosentezden önce bir şansınız daha

Detaylı

Patolojik tanı hakkında ne biliyoruz? Patologlar; hastalığınızın tanısını koyan, tedavinizin kararına katkı sağlayan patoloji doktorları ne yapıyor?

Patolojik tanı hakkında ne biliyoruz? Patologlar; hastalığınızın tanısını koyan, tedavinizin kararına katkı sağlayan patoloji doktorları ne yapıyor? Patolojik tanı hakkında ne biliyoruz? Patologlar; hastalığınızın tanısını koyan, tedavinizin kararına katkı sağlayan patoloji doktorları ne yapıyor? Patolojik tanı konana kadar geçen aşamalar: 1. Doku

Detaylı

DÜZEN LABORATUVARLAR GRUBU MOLEKÜLER TANI MERKEZİ İSTANBUL

DÜZEN LABORATUVARLAR GRUBU MOLEKÜLER TANI MERKEZİ İSTANBUL DÜZEN LABORATUVARLAR GRUBU MOLEKÜLER TANI MERKEZİ İSTANBUL PRENATAL VE POSTNATAL MOLEKÜLER TANI TESTLERİ Dr.Belgin Eroğlu Kesim *1800 lerde Mendel ile başlayan serüven, *1900 lerde kalıtım biriminin gen

Detaylı

IV. KLİMUD Kongresi, Kasım 2017, Antalya

IV. KLİMUD Kongresi, Kasım 2017, Antalya IV. KLİMUD Kongresi, 08-12 Kasım 2017, Antalya 1 4. Kuşak HIV ELISA Sinyal/cut-off Değerleri ile Hatalı Pozitiflik İlişkisinin Değerlendirilmesi Tülin Demir 1, Süleyman Yalçın 1, Selçuk Kılıç2 1 Sağlık

Detaylı

AVRASYA ÜNİVERSİTESİ

AVRASYA ÜNİVERSİTESİ Ders Tanıtım Formu Dersin Adı Öğretim Dili Biyoinformatik Türkçe Dersin Verildiği Düzey Ön Lisans () Lisans (X) Yüksek Lisans( ) Doktora( ) Eğitim Öğretim Sistemi Örgün Öğretim (X) Uzaktan Öğretim( ) Diğer

Detaylı

KURUL KARARLARI. Maliye Bakanlığı İç Denetim Koordinasyon Kurulundan: İÇ DENETİM KALİTE GÜVENCE VE GELİŞTİRME PROGRAMI 1

KURUL KARARLARI. Maliye Bakanlığı İç Denetim Koordinasyon Kurulundan: İÇ DENETİM KALİTE GÜVENCE VE GELİŞTİRME PROGRAMI 1 KURUL KARARLARI Maliye Bakanlığı İç Denetim Koordinasyon Kurulundan: İÇ DENETİM KALİTE GÜVENCE VE GELİŞTİRME PROGRAMI 1 Kamu idarelerinde yürütülmekte olan iç denetim faaliyetlerinin kalitesinin arttırılması

Detaylı

SERVİKAL ÖRNEKLERDE HPV DNA ve SİTOLOJİK İNCELEME SONUÇLARININ DEĞERLENDİRİLMESİ

SERVİKAL ÖRNEKLERDE HPV DNA ve SİTOLOJİK İNCELEME SONUÇLARININ DEĞERLENDİRİLMESİ SERVİKAL ÖRNEKLERDE HPV DNA ve SİTOLOJİK İNCELEME SONUÇLARININ DEĞERLENDİRİLMESİ Begüm Nalça Erdin 1, Alev Çetin Duran 1, Ayça Arzu Sayıner 1, Meral Koyuncuoğlu 2 1 Dokuz Eylül Üniversitesi Tıp Fakültesi,

Detaylı

HIV ENFEKSİYONUNUN İMMÜNOLOJİ LABORATUARINDA TAKİBİ

HIV ENFEKSİYONUNUN İMMÜNOLOJİ LABORATUARINDA TAKİBİ HIV ENFEKSİYONUNUN İMMÜNOLOJİ LABORATUARINDA TAKİBİ Doç. Dr. Gülderen Yanıkkaya Demirel Yeditepe Üniversitesi Tıp Fakültesi İmmunoloji Anabilim Dalı Bşk Yeditepe Universitesi Hastanesi, Doku Tipleme Laboratuvarı

Detaylı

Doç.Dr.Yeşim Gürol Yeditepe Üniversitesi Hastanesi Tıbbi Mikrobiyoloji

Doç.Dr.Yeşim Gürol Yeditepe Üniversitesi Hastanesi Tıbbi Mikrobiyoloji Doç.Dr.Yeşim Gürol Yeditepe Üniversitesi Hastanesi Tıbbi Mikrobiyoloji Klinik Mikrobiyoloji Laboratuvarlarında kalite uygulamaları son yıllarda başta ISO 15189 kriterlerinin laboratuvarlarımıza girmesiyle

Detaylı

MEDİKAL CİHAZLAR İÇİN KLİNİK VERİ DEĞERLENDİRME

MEDİKAL CİHAZLAR İÇİN KLİNİK VERİ DEĞERLENDİRME MEDİKAL CİHAZLAR İÇİN KLİNİK VERİ DEĞERLENDİRME 04.05.2016 AdviQual KLİNİK VERİ DEĞELENDİRMESİNİ NEDEN YAPIYORUZ? Cihazın Temel Gerekliliklere uygunluğunu göstermenin bir metodu Klinik Veri Değerlendirme

Detaylı

Kan Hizmetleri Genel Müdürlüğü

Kan Hizmetleri Genel Müdürlüğü Kan Hizmetleri Genel Müdürlüğü Sunum Tarihi: 05 Kasım Nepton, Serkan www.kanver.org www.kizilay.org.tr GÜVENLİ KAN BAĞIŞÇISINA ULAŞIMDA NAT TARAMA TESTİ UYGULAMALARI Uzm. Dr.

Detaylı

İstanbul Tıp Fakültesi Tıbbi Biyoloji AD Prof. Dr. Filiz Aydın

İstanbul Tıp Fakültesi Tıbbi Biyoloji AD Prof. Dr. Filiz Aydın İstanbul Tıp Fakültesi Tıbbi Biyoloji AD Prof. Dr. Filiz Aydın Dominant / resesif tanımları Otozomal ve gonozomal kalıtım nedir? İnkomplet dominant/ kodominant ne ifade eder? Pedigri nedir, Neden yapılır?

Detaylı

İmplantasyon Öncesi Genetik Tanının Etik Yönü. Moderatör: Ann M. Gronowski 1,2*

İmplantasyon Öncesi Genetik Tanının Etik Yönü. Moderatör: Ann M. Gronowski 1,2* İmplantasyon Öncesi Genetik Tanının Etik Yönü Moderatör: Ann M. Gronowski 1,2* Uzmanlar: Richard T. Scott, Jr. 3,4, Arthur L. Caplan 5 ve Lawrence J. Nelson 6 1 Profesör, Patoloji ve İmmünoloji, ve 2 Profesör,

Detaylı

7.EKMUD Kongresi,Antalya-Türkiye GÜNAYDIN

7.EKMUD Kongresi,Antalya-Türkiye GÜNAYDIN 7.EKMUD Kongresi,Antalya-Türkiye GÜNAYDIN SENDROMİK YAKLAŞIM NEDİR? DR.GÜLAY KORUKLUO LU HALK SA LI I GENEL MÜDÜRLÜ Ü ULUSAL VİROLOJİ REFERANS LABORATUVARI 7.EKMUD Kongresi,Antalya-Türkiye Sendrom; belirli

Detaylı

ACİL SAHA GÜVENLİK BİLDİRİMİ

ACİL SAHA GÜVENLİK BİLDİRİMİ 13.01.2015 Ürün: Eylem Türü: sini Geri Çağırma Ürün Kodları: 1400, 1401XX Seri Numarası Aralığı: CON000001'den CON005472 Sayın HeartWare Klinik Tedavi Uzmanı, 2013 senesinde, elektrostatik boşaltma (ESD)

Detaylı

Sağlıklı ve Uzun Yaşamak için

Sağlıklı ve Uzun Yaşamak için Sağlıklı ve Uzun Yaşamak için Merhaba İnsan Genom Projesi Tüm çağların en özel günü ifadesi ile 26 Haziran 2000 tarihinde ABD Başkanı Bill Clinton tarafından dünyaya ilan edildi. Aradan geçen 18 yıl içinde

Detaylı

ÇAĞRI ESASLI TEMATİK PROGRAM PROJE BAŞVURU FORMU

ÇAĞRI ESASLI TEMATİK PROGRAM PROJE BAŞVURU FORMU HİZMET MERKEZİ MÜDÜRLÜĞÜ NE Çağrı Esaslı Tematik Programından yararlanmak üzere hazırlamış olduğumuz projenin e herhangi bir yükümlülük getirmeyeceği ve tarafımıza herhangi bir talep hakkı doğurmayacağını,

Detaylı

WES [Whole Exome Sequencing]: Tüm Ekson Dizileme hakkında bilgilendirme yazısı ve izin formu

WES [Whole Exome Sequencing]: Tüm Ekson Dizileme hakkında bilgilendirme yazısı ve izin formu WES [Whole Exome Sequencing]: Tüm Ekson Dizileme hakkında bilgilendirme yazısı ve izin formu Sayın Ebeveyn, Çocuğunuzun hekimi, size genetik malzeme (DNA) üzerinde yeni bir teknik kullanarak geniş kapsamlı

Detaylı