Pınar AKALIN Burcu SAYINLI, Ayten Y. KARATAŞ Merkez: Şube: Tel: Web:

Ebat: px

Şu sayfadan göstermeyi başlat:

Download "Pınar AKALIN Burcu SAYINLI, Ayten Y. KARATAŞ Merkez: Şube: Tel: Web:"

Süleiman Özbey
6 yıl önce
İzleme sayısı:

1 Pınar AKALIN, Ltd. Şti. Burcu SAYINLI, İstanbul Teknik Üniversitesi Kimya Bölümü Polimer Bilim ve Teknolojisi Ayten Y. KARATAŞ, İstanbul Teknik Üniversitesi Moleküler Biyoloji ve Genetik Bölüm Merkez: Sarıyer Cad. 117/B ABC Plaza İstinye, Sarıyer - İSTANBUL Şube: İ.T.Ü. ARI Teknokent ARI8 Maslak İSTANBUL Tel: (212) , 36 Faks: (212) Web:

2 Moleküler uygulamaların başarısı nükleik asit izolasyonunun başarısına bağlıdır. İnhibitör varlığı izolat konsantrasyonunun olduğundan düşük görünmesine ve yanlış negatif sonuca neden olur. İnhibitörden etkilenmeyen, seçici DNA İzolasyonu Hesaplı ve özel bir lab cihazı gerektirmeden tek step hedef NA saptaması (Biyosensör entegrasyonuna uygun) SKY-FOM009v /16

3 Grafik: Jacob A. DOI: /cureus.170 Manyetik nanopartikül: nm Manyetik mikropartikül: µm çapındadır SKY-FOM009v /16

4 MNP-Oligo Fe 2 O 3 -SiO 2 -C=O-O-N-DNA SKY-FOM009v /16

5 CCCCCCGCTAGCTACGTAGCTCGTAG MNP-Oligo kompleksi (COLA) SKY-FOM009v /16

6 COCA: COLA-Adaptor COLA: Carboxy Linked Amino Complex CCCCCCGCTAGCTACGTAGCTCGTAG CATCGAGCATCAAGCTTACGC... MNP-Oligo kompleksi (COLA) Hedef DNA ya Özgü Adaptör Prob (50 baz) (COCA) TTCGAATGCGATCTACTG CATCGAGCATCAAGCTTACGCTAGATGAC AGCTAGCTACGTAGCTCGTAG SKY-FOM009v /16

7 Coca-Cola lı SKY-FOM009v /16

8 1.2MNP-6Cola 2.2MNP-3Cola 3.2MNP-Cola 11 ng/ul 14 ng/ul 17 ng/ul qpcr da saptanamadı SKY-FOM009v /16

9 LAMP (isothermal PCR) Bst1 SKY-FOM009v /16

10 LAMP (isothermal PCR) Bst1 Notomi et al SKY-FOM009v /16

12 LAMP primerleri

13 1.2MNP-6Cola 2.2MNP-3Cola 3.2MNP-Cola 11 ng/ul 14 ng/ul 17 ng/ul LAMP aşaması eklendiğinde >100 kat artış kaydedildi Şekil 2: Salmonella qpcr doğrulaması SKY-FOM009v /16

14 MNP-Oligo kompleksi (COLA) CATCGAGCATCAAGCTTACGCTAGATGAC AGCTAGCTACGTAGCTCGTAG Adaptör Prob (COCA) MNP- COOH SKY-FOM009v /16

15 AGCTAGCTACAAGCTTACGCTAGATGACGGTGAGACC... Hedefe özgü oligonükleotid bağlı MNP MNP-COOH SKY-FOM009v /16

16 1.2MNP-6Cola 2.2MNP-3Cola 3.2MNP-Cola 11 ng/ul 14 ng/ul 17 ng/ul Doğrudan MNP bağlı hedef DNA ile yapılan deneyde 10 kat artış kaydedildi SKY-FOM009v /16

17 0,005 0,000 Su içinde, Suya kar si baseline MNP (only) MNP-Cola MNP-3C-Cola MNP-6C-Cola MNP-6C-amino-ttr4 MNP-30T -0,004 Su içinde, Suya karsi baseline MNP (only) MNP-Cola MNP-3C-Cola MNP-6C-Cola MNP-6C-ttr4 MNP-30T Absorbans (A) -0,005 Absorbans (A) -0,006-0,008-0,010-0, Da lga Sayisi (cm -1 ) Da lga Sayisi (cm -1 ) IR Absorbansları 3428 cm -1 O-H gerilme titreşimi 1680 cm -1 O-H eğilme titreşimi 1481 cm -1 O=C=O gerilme titreşimi cm -1 C-H gerilme titreşimi IR Absorbansları Guanin 1710 cm -1 C-O gerilme titreşimi 1527 cm -1 Molekül düzlem titreşimi Timin 1663 cm -1 C=O gerilme titreşimi Adenin 1610 cm -1 C=N gerilme titreşimi Sitozin 1491 cm -1 Molekül düzlem 1527 cm -1 titreşimi SKY-FOM009v /16

18 Aynı Yüzde Seyreltmedeki Oligo Bağlı MNP lerin Empedans Ölçümleri Z (kohms) Zim/kohm MNP-Cola_%0,18 (v/v) MNP-3C-Cola_%0,18 (v/v) MNP-6C-Cola_%0,18 (v/v) MNP-30T_%0,18 (v/v) PBS 0,024 0,032 0, Zre/kohm 600 MNP-Cola_%0,18 (v/v) MNP-3C-Cola_%0,18 (v/v) MNP-6C-Cola_%0,18 (v/v) 500 MNP-30T_%0,18 (v/v) PBS Z (kohms) Zim/kohm 0,004 0,002 0,000 Zre/kohm 0,8 0,9 1 1,1 1,2 Frequency (Hz) Phase of Z (deg) Yim (ms) ,01 0,012 0, MNP-Cola_%0,18 (v/v) 10 MNP-3C-Cola_%0,18 (v/v) MNP-6C-Cola_%0,18 (v/v) 0 MNP-30T_%0,18 (v/v) PBS -10 1E-3 0,01 0, Frequency (Hz) Phase of Z (deg) Frequency (Hz) MNP-Cola_%0,18 (v/v) MNP-3C-Cola_%0,18 (v/v) MNP-6C-Cola_%0,18 (v/v) MNP-30T_%0,18 (v/v) PBS 0 1E-3 0,01 0, Frequency (Hz) Yre (ms) SKY-FOM009v /16

19 1 µm 0,5 µm 0,3 µm MNP (only) MNP-3C-Cola MNP-6C-Cola T u t k u g e n e t i k t i r. SKY-FOM009v /30

20 1 µm MNP (only) MNP-3C-Cola MNP-6C-Cola MNP-30T MNP-6C-ttr4 T u t k u g e n e t i k t i r. SKY-FOM009v /30

21 MNP (only) MNP-Cola MNP-3C-Cola MNP-30T MNP-6C-Cola

22 SEM Görüntüleri_500nm ölçekte MNP (only) MNP-3C-Cola

23 Biz sentezledik Ticari, hazır alındı ttr4 primeri dt20mer primeri

24 Çalışmada iki tür manyetik nanopartikülün kombine kullanımı ve LAMP aşamasıyla seçici ve hassas saptama yapılabileceği gösterilmiştir. Adaptör oligosuz doğrudan hedefe özgü MNP ile daha yüksek DNA eldesi gözlemlenmiştir. Amino modifiye oligoların MNP ye bağlanması iyileştirilirse daha iyi sonuç alınabilir. SKY-FOM009v /16

25 SentroPure DNA Ekstraksiyon ve Saflaştırma SentroPlex Real-time PCR SentroPrime Oligo Sentezleme PCR ve Dizileme Primerleri

26 Teşekkür ederiz! Proje No: TÜBİTAK-TEYDEB 1511 Öncelikli Alanlar Araştırma Teknoloji Geliştirme ve Yenilik Projeleri Programı ile desteklenmiş tarafından yürütülmüştür. SKY-FOM009v /16

Benzer belgeler

Pınar AKALIN Fatma Neşe KÖK Zeliha GÜLER, Sezai SARAÇ Yıldız ULUDAĞ, Merkez: Şube: Tel: Web:

Pınar AKALIN Fatma Neşe KÖK Zeliha GÜLER, Sezai SARAÇ Yıldız ULUDAĞ, Merkez: Şube: Tel: Web: Pınar AKALIN, Ltd. Şti. Fatma Neşe KÖK, İstanbul Teknik Üniversitesi Moleküler Biyoloji ve Genetik Bölümü Zeliha GÜLER, İstanbul Teknik Üniversitesi Nanobilim ve Nanomühendislik Bölümü Sezai SARAÇ, İstanbul