Klinik Kimyanın Bilimsel Yazı Yazma Kılavuzu Kim, Ne, Ne Zaman, Nerede, Nasıl ve Niçin: Başarılı Bir Yöntemler Bölümü Seçimi İçin Tarif İçeriği Thomas M. Annesley* Michigan Üniversitesi Sağlık Sistemi, Ann Arbor, MI. Yazarın iletişim bilgileri: University of Michigan Health System, Room UH2G332, 1500 East Medical Center Drive, Ann Arbor, MI 48109-5054 e-posta: annesley@umich.edu. Daha önceki bir makalemde bir yazı yazarken öyküyü sorulara yanıt verme şeklinde anlatma gereksiniminden bahsetmiştim. Bu kavramı bir yazının Yöntemler bölümünde hangi sorular sorulmalı tarzında genişletsem ilk aklıma gelen soru Bu çalışmayı nasıl gerçekleştirdim? olurdu. O halde nasıl, başarılı bir Yöntemler bölümü için verilen tarifin önemli bir parçasıdır. Aynı şekilde, bilgilendirici bir Yöntemler bölümü için bir ne, bir ne zaman, bir nerede, bir kim ve bir niçin kısmı bulunmalıdır. Doğal olarak her tarifte olduğu gibi nihai tadı oluşturan çalışmanın türü ve derginin yapısına göre hangisinin ne kadar yer alacağıdır, ancak hiç kimse birinin eksikliğini hissetmemelidir. Yöntemler bölümü aynı zamanda Gereç ve Yöntem, Hastalar ve Yöntem, Çalışma Tasarımı veya Deneysel Bölüm olarak ta adlandırılır. Bu bölümün amacı okurların (a) deneylerin neden ve nasıl gerçekleştirildiğini anlamasını, (b) yazının geri kalan bölümünü ve deneylerden bulgular ve sonuç bölümlerine nasıl ulaşıldığını daha iyi algılamasını, (c) başarı beklentisi ile çalışmayı tekrarlayabilmesini ve (d) yöntemlerin ve çalışma tasarımının kuvveti temelinde bulgular ve sonucun doğru olduğundan emin olmasını sağlamaktır. Çalışmanın kim, ne, ne zaman, nerede, nasıl ve niçin sorularının cevaplarını ayrıntılı olarak içermesi bu amaca ulaşılmasına yardımcı olabilir. Tablo 1 de çalışmanın türüne göre değişmek kaydı ile okuyucu açısından cevaplanması önemli olabilecek bazı örnek soruları listeledim. Makalenin geri kalanında kendi Yöntemler bölümü tarifinizi geliştirmeniz için yararlı olabilecek diğer içerikler üzerinde zihin jimnastiği yaptım. Tablo 1. Yöntemler bölümü yazılırken akılda tutulması gereken kim, ne, ne zaman, nerede, nasıl ve niçin soruları. Kim Kayıtları kim tuttu? Verileri kim gözden geçirdi? Numuneleri kim aldı? Katılımcıları çalışmaya kim aldı? Kitleri kim sağladı? İlk tanıyı kim koydu? İstatistiksel analizleri kim yaptı? Protokol etik onay için kim tarafından kontrol edildi? Maliyetleri kim karşıladı? Ne Kullanılan kitler, yöntemler ve araçlar nelerdi? Çalışmanın türü ne idi? Katılımcıları çalışmaya alma ve çalışma dışında bırakma kriterleri nelerdi? İzlenen protokol ne idi? Uygulanan tedaviler nelerdi? Ölçülen sonlanım kriterleri nelerdi? Gerçekleştirilen veri dönüştürme ne
idi? Kullanılan istatiksel yazılım paketi ne idi? İstatiksel anlamlılık için kabul edilen eşik değer ne idi? Uygulanan kontrol çalışmaları nelerdi? Geçerlilik deneyleri olarak neler yapıldı? Ne zaman Numuneler ne zaman alındı? Analizler ne zaman yapıldı? Çalışma ne zaman başlatıldı? Çalışma ne zaman sonlandırıldı? Tanılar ne zaman kondu? Nerede Kayıtlar nerede saklandı? Numune analizleri nerede gerçekleştirildi? Çalışma katılımları nerede sağlandı? Çalışma nerede yürütüldü? Nasıl Numuneler nasıl alındı, işlendi ve saklandı? Testler nasıl tekrarlandı? Veriler nasıl bildirildi? Katılımcılar nasıl seçildi? Hastalar nasıl çalışmaya dahil edildi? Numune miktarı nasıl saptandı? Katılımcılar gruplara nasıl ayrıldı? Yanıt nasıl ölçüldü? Sonlanım noktaları nasıl ölçüldü? Kontrol ve hasta grupları nasıl tanımlandı? Niçin Niçin bir tür (fare, sıçan) seçildi? Belirli bir analitik yöntem niçin seçildi? Niçin belirli bir test gerçekleştirildi? Niçin testler belli bir sırada gerçekleştirildi? Uzunluk ve Ayrıntılar Yöntemler bölümü bir işleme ait kullanma kılavuzu ya da yemek kitabı gibi okunmamalı ise de, uzunluğu (sözcük sayısı) bir araştırma yazısı yazılırken yeterli ve ayrıntılı bilgi sağlandıktan sonra göz önünde bulundurulması gereken ikinci husustur. Yöntemler bölümünün uzunluğu yukarıda sayılan hedefler ulaşıldıktan sonra çalışmada gerçekleştirilen önemli testler hakkında gerekli bilgiyi sağlayacak düzeyde olmalıdır. Tablo 1 deki her bir sorunun önemi ve ayrıntılandırma düzeyi çalışmanın türü ve hedef kitlesine göre değişiklik gösterebilir. Örneğin, insan serumundaki koryonik gonadotropin düzeyini ölçmek için iki analitik yöntemi karşılaştırıyorsanız ve sağlıklı bireyler, hamileler ve böbrek yetmezliği ya da kanseri bulunan hastalardan alınan numuneleri tanımlamanız gerekiyorsa mevcut tıbbi kayıtlar ve birçok klinisyen tarafından daha önce bildirilmiş görüşlere dayanabilirsiniz. Okuyucu açısından tanının nerede (klinikte ya da hastanede) ya da kim tarafından (hastanın doktoru ya da asistan) konduğundan çok testleri karşılaştırmak için hangi protokollerin kullanıldığı, analizlerin nerede gerçekleştirildiği ve hangi araçlardan yararlanıldığı önemlidir. Buna karşılık eğer başlıca sonlanım noktanız bir tanı, histopatolojik yorum ya da tedavi yanıtı ise, tanıyı kimin koyduğu ya da hangi tanı kriterlerinin kullanıldığı, hastanın kanını merkez laboratuvarında kimin çalıştığı ya da kullanılan ticari ürünün arkasında hangi analiz yönteminin bulunduğundan daha önemli hale gelir. İkinci örnekte de testin merkez laboratuvarında belli bir cihazda gerçekleştirildiğini belirtmek isteyebilirsiniz, ancak ayrıntılara gerek yoktur.
Yöntemler bölümünde sık yapılan yanlışlardan biri ihmal (yetersiz ayrıntı) hatalarıdır. Deneysel şartlar ve ayrıntılar yazarlar tarafından bazen fazla bariz şeklinde algılanabilir ve istemeden bahis dışında bırakılabilir. Önemli ayrıntıların atlanmaması için önerilecek yollardan biri ilk taslağı sanki bir kişiyi analizler, tanı kriterleri, ilaç hazırlığı, hatta eğer çalışmada söz konusu ise cerrahi yöntemler konusunda eğitmeye yönelik bir standart uygulama prosedürü şeklinde hazırlamaktır. Hangi ayrıntıların atlanması halinde deneyin başarısız olacağını göz önüne alırsanız, lateks eldiven kullanmak, pipetin markası, kitlerin laboratuvarda nerede saklandığı, hangi dikişlerin kullanıldığı gibi bazı ayrıntıların yalnızca sizin kurumunuza özgü olduğuna ve makalede yer almasına gerek bulunmadığına karar verebilirsiniz. Buna karşılık, bir tampon çözeltisinin ph derecesi, numunenin camda mı, yoksa plastikte mi hazırlanması gerektiği ya da cerrahi sırasında bir antibiyotiğin uygulanması gibi basit, ancak kritik bir bilginin yer almasının gerekliliğini farkedebilirsiniz. Yöntemler bölümünde kolaylıkla başka kaynaklarda bulunabilecek gereksiz bilgiler (ilgisiz ayrıntı) yer almamalıdır. Örneğin, daha önce yayınlanmış bir yöntemi hiçbir değişiklik yapmadan kullandıysanız, yalnızca referans olarak vermek ve prensibinden bahsetmek yeterli olacaktır ( Testosteronu ölçmek için Anderson ın LC-MS/MS yöntemi kullanılmıştır gibi). Ancak teknikte herhangi bir değişiklik yapıldıysa nedenleri ile birlikte ayrıntılı olarak belirtilmelidir. Ya da eğer klinik bir çalışmada sürekli ikincil sonlanım noktalarını Wilcoxon dizi-toplamı testi ile karşılaştırdıysanız, bu testin iki bağımsız gözlem numunesinin aynı dağılımı gösterip göstermediğini değerlendirmek için iki numuneli t testine parametrik olmayan bir alternatif oluşturduğunu söylemenize gerek yoktur. Okuyucular bu istatiksel testle ilgili bilgilere başka kaynaklardan erişebilirler. Tarz ve Biçim Yöntemler bölümü alt başlıklarla küçük birimlere ayrılmadır. Alt başlıkların kullanılması malzemenin okuyucunun zihninde organize olmasına yardımcı olur. Çalışmada kullanılan malzeme tarif edilirken üç biçim uygundur; kitler ve gereçler alt başlığı altında listeleme, belli bir testin anlatımının bir parçası olarak bahsetme, ya da her ikisi birden. Çalışma boyunca veya bir çok noktada kullanılan solventler, kimyasallar ve tampon çözeltiler gibi jenerik kitler Gereçler tarzı bir alt başlık altında listelenebilir. Ancak PCR gibi özel bir tekniğe özgü olan ve yalnızca bu süreçte kullanılan bir kitten PCR deneyinin anlatıldığı paragrafta ayrıntılı olarak bahsedilmeli, böylece okuyucunun özgün kitleri özgün testlerle eşleştirmesine yardımcı olunmalıdır. Çalışmada kullanılan tüm kimyasal maddeler, kitler, hayvanlar ve gereçlerin hangi kaynaktan temin edildiği belirtilmelidir. Hatta bazı dergiler malzemenin adı ilk geçtiğinde sağlayıcının yerleşim yerinin de bildirilmesini talep etmektedir. Yöntemler bölümü geçmişte yapılan testler ve protokoller anlatıldığından geçmiş zaman kipinde yazılmalıdır: Test oda sıcaklığında gerçekleştirildi.. İlaç düzeyi immün testlerle ölçüldü. Testler arasındaki bağıntı Spearman dizi korelasyonu ile değerlendirildi. İki yollu ANOVA gerçekleştirildi. Çalışma katılımcıları kan donörleri servisinden sağlandı. İnsan embriyonik böbrek hücreleri Dulbecco modifiye Eagle ortamında kültüre edildi.
Kan akımı sınırlamasından sonra dokudan C-reaktif protein salgılanması izlendi. Yöntemler bölümünde geçmiş zaman kullanılmasının iki istisnası özet verilerin sunulması ve şekillerle tabloların girişidir: Protokolümüz Şekil 1 de yer almaktadır. İşlem basamakları Şekil 1 de gösterilmektedir. Veriler ortanca ve çeyrekler arası aralık şeklinde ifade edilmektedir. Analiz sonuçları %95 güvenlik aralığında nisbi risk oranları şeklinde ifade edilmektedir. Kaynaklarda Yöntemler bölümünün fiillerinin etken mi, yoksa edilgen mi olması konusu değişiklik göstermektedir. Uygun kullanıldığı takdirde iki şekil de kabul edilebilir, ancak her ikisinin bir arada kullanılması okuyucunun deneylerin sunumunda bazı farklılıklar olduğunu düşünmesini sağlar. Hangi tarzı seçerseniz seçin, Tablo 2 de gösterildiği gibi tekdüzeliği engellemeye çalışmalısınız. Tablo 2 deki ilk iki örnek aynı zamanda kalp atım hızı ve kan basıncını kimin ölçtüğü ve kan numunelerini kimin aldığı gibi olasılıkla gereksiz bilgileri de içermektedir. Çoğunlukla etken ya da edilgen fiiller kullanmanın yarattığı tekdüzeliği önlemenin bir diğer yolu geçiş terimlerine yer vermektir: Bir dakika karıştırdıktan sonra 7 ml metilen klorür eklendi. Demir baskılanmasını değerlendirmek için ekstreler hazırlandı. Hücreler polipropilene yapışmadığından fibroblastlar büyüme gösterdi.. Sinyal kolaylaştırıcı özellikleri nedeniyle sinnamik asit eklendi. Kalsitriol etkili inhibisyonla ilgili geçmiş raporlara dayanarak kalsitriol eklendi. Tablo 2. Tümüyle edilgen, tümüyle etken fiiller ve her ikisinin bileşiminden oluşturulmuş metinler. Tümüyle edilgen fiiller: Çalışma katılımcıları kan donörleri arasından temin edildi. Tüm katılımcılardan daha sonra bireysel sınıflandırmada kullanılacak bir sorgu formunu doldurması istendi. Bir hemşire tarafından her katılımcının kalp atım hızı, kan basıncı ve vücut ısısı ölçülmüş ve bir flebotomist tarafından biyokimyasal tetkikler için 10 ml kan numunesi alındı. Bu bilgiler hastaların özellikleri ile laboratuvar sonuçları arasında karşılaştırma yapılabilecek bir veri tabanı oluşturmak üzere birleştirildi. Tümüyle etken fiiller: Çalışma katılımcılarını kan donörleri arasından temin ettik. Tüm katılımcılardan daha sonra bireysel sınıflandırmada kullanılacak bir sorgu formunu doldurmasını istedik. Bir hemşire her katılımcının kalp atım hızı, kan basıncı ve vücut ısısını ölçtü ve bir flebotomist biyokimyasal tetkikler için 10 ml kan numunesi aldı. Bu bilgileri hastaların özellikleri ile laboratuvar sonuçları arasında karşılaştırma yapılabilecek bir veri tabanı oluşturmak üzere birleştirdik. Edilgen ve etken fiillerin bileşimi ile gereksiz bilgilerin çıkarılması:
Çalışma katılımcılarını kan donörleri arasından temin ettik. Tüm katılımcılardan daha sonra bireysel sınıflandırmada kullanılacak bir sorgu formunu doldurması istendi. Her katılımcının kalp atım hızı, kan basıncı ve vücut ısısını ölçüldü ve biyokimyasal tetkikler için 10 ml kan numunesi alındı. Bu bilgileri hastaların özellikleri ile laboratuvar sonuçları arasında karşılaştırma yapılabilecek bir veri tabanı oluşturmak üzere birleştirdik. Geçiş terimleri, tekdüzeliği önlemek ve yazının akışını iyileştirmeye ek olarak, yeni bir paragrafa başlarken, yeni bir deneyi sunarken veya okuyucuya deneyin niye yapıldığını açıklarken de kullanılabilir. Deneyler Yöntemler bölümünde kronolojik bir sırayla sunulmalıdır. Bunun tek istisnası deneylerin birbirinden bağımsız, sıralı bir düzen takip edilmeden gerçekleştirilmiş olmasıdır. Bu durumda deneyler önem düzeyine göre sıralanarak okuyucunun dikkatinin en önemli olan deneye çekilmesi sağlanır. Özel deneylerin ayrıntılarının da kronolojik olarak sunulması önemlidir. Bir cihazın onarımının şu şekilde tarif edildiğini hatırlıyorum: Şırınga kilidini saat yönünün tersine doğru çevirerek açın ve kapağı çıkarın. Ancak önce kapağın fırlayarak olası bir yaralanmaya yol açmasını önlemek için basıncı azaltmaya yönelik olarak gazı boşaltın. Şaka yapmıyorum! Benzer şekilde, cümle yapısında zaman sırasını takip etmek, hem yazan, hem de okuyan için kolaylık sağlar. Doğru olan başka bir tüpe aktarılan süzüntü 8800 devirde 10 dakika santrifüj edilerek elde edilir yerine 8800 devirde 10 dakika santrifüj edildikten sonra elde edilen süzüntü başka bir tüpe aktarılır ifadesidir. Benzer şekilde, hastadan 3-mm punch biyopsi örneği elde edilmeden önce yazılı bilgilendirilmiş onay alındı ifadesinin yerine hasta yazılı bilgilendirilmiş onay verdikten sonra 3-mm punch biyopsi örneği alındı kullanılmalıdır. Yöntemler bölümünde yalnızca çok fazla miktarda yazının yerini tutacak ve okuyucunun tarif edilen deneyi daha iyi anlamasına belirgin yarar sağlayacaksa tablo ve şekillere yer verilmelidir. Örneğin, Yöntemler bölümünde özetlenmesi gereken çok sayıda test parametresi (gradyan şartları, kitle geçişleri, voltaj ve dedektör ayarları ve programlı araç değişiklikleri) vardır. Bunları tablo içerisinde özetlendiğinde kolaylıkla anlaşılabilecekken yazılı olarak birbiri ardında sıralamak paragrafı numara ve terimlerle boğmak anlamına gelir. Bir diğer durumda şematik bir çizimde kolayca anlatılabilecek bir durumu karmaşık bir iş akışı protokolü şeklinde ifade edebilirsiniz. Gene de Yöntemler bölümünde bir tablo ya da şekilin yer almasını gerektiren durumlar oldukça nadirdir. Bir bilgiyi Yöntemler bölümüne mi, yoksa Bulgular bölümüne mi koymak konusunda karar vermek bazen zor olabilir. Genel kural, çalışmanın başında bilinen ya da planlanan bir durumun Yöntemler, bilinmeyen ya da planlanmayan bir durumunsa Bulgular bölümüne konmasıdır. Ancak bazı çalışmalarda Yöntemler bölümünde tarif edilen başlangıç deneyleri, sonraki deneylerde değişiklik yapılmasına veya ek deneyler gerçekleştirilmesine yol açacak veriler açığa çıkarabilir. Çalışmanın seyrinde ortaya çıkan veriler doğrultusunda gerçekleştirilen sonraki deneylerin, neden olan verilerle birlikte Bulgular bölümünde yer alması daha doğru gibi görünmektedir. Verileri değerlendirdiğimizde cinsiyete bağlı bimodal bir dağılım farkettik. Çalışmanın orijinal tasarımında 13 kadın ve 47 erkek yer aldığından gerçekten cinsiyete bağlı bir dağılım bulunup bulunmadığını doğrulamak üzere kadınlardan elde edilen numune sayısını 45 e yükselttik. Genişletilmiş veri tabanının (45 kadın ve 47 erkek) istatistiksel analizinde bimodal dağılım
[ortanca (çeyrekler arası aralık); kadınlar için 36 (14) mg/l, erkekler için 61 (23) mg/l] doğrulandı. Son olarak, Yöntemler bölümünüz yazının son halinde yer alan bölümlerle tamamen tutarlı olduğundan emin olun. Özet bölümünde bahsetmediğiniz önemli bir yöntem ya da deney var mı? Özet bölümünde bahsettiğiniz bir teknik ya da deney Yöntemler bölümünde atlanmış mı? Bulgular bölümünde Yöntemler bölümünde bahsedilen her teknik ya da deneye karşılık gelen bir veri var mı? Yöntemler ya da Tartışma bölümünde her bir deneyin neden yapıldığı açıklanıyor mu? Bu makalenin başında da ifade edildiği gibi, nihai ürününüzü olumsuz etkileyebilecek yanlış ya da eksik bir içeriğinizin olmasını istemezsiniz. Öğrenme Egzersizi Yöntemler bölümü hakkında aşağıdaki soruları yanıtlayın: 1. Yöntemler bölümünde yanıtlanan sorular hangileridir? 2. Yöntemler bölümü geçmiş zamanda mı, geniş zamanda mı, yoksa gelecek zamanda mı yazılmalıdır? 3. Etken ya da edilgen fiiller kullanıldığında cümle yapısı nasıl değişir? 4. Geçiş terimlerinin yararlı olduğu durumlar hangileridir? 5. Alt bölümler ne şekilde düzenlenmelidir? 6. Yöntemler bölümünde tablo ve şekiller kullanılabilir mi? Son Düşünceler William Shakespeare in Hamlet inin ikinci sahnesinde Polonius şöyle der: Bu çılgınlık bile olsa, yine de bir yöntemi var. Bu söyleyiş, modern çağda birinin çılgınlığının yöntemi şeklinde değişmiştir. Bu söylem, esrarlı bir eylem ya da acayip bir planın arkasında sonuca varmaya yönelik mantıklı bir amaç gizlidir anlamına gelir. Bu strateji Polonius için geçerli olabilir, ancak bilimsel bir yazı yazarken bir işe yaramaz. İyi tarif edilmeyen deneyler, bulgularınızın geçerliliği hakkında şüpheler doğurur. Okuyucular deneylerin neden ve nasıl yapıldığını anlayamazlarsa, bulgular ve varılan sonuçlara güvenmek konusunda tereddüt eder. Bu nedenle Yöntemler bölümünün size karşı değil, sizin için çalışmasını sağlamalısınız. Kaynaklar ve ek okumalar Foote MA. Materials and methods: a recipe for success. Chest 2008;133:291 3. Iles RL. Guidebook to better medical writing. Olatha, KS: Iles Publications; 2003. Katz MJ. From research to manuscript. New York: Springer; 2009. Lang TA. How to write, publish, and present in the health sciences. Philadelphia: ACP Press; 2010. Van Damme H, Michel L, Ceelen W, Malaise J. Twelve steps to writing an effective materials and methods section. Acat Chir Belg 2007;107:102. Zeiger M. Essentials of writing biomedical research papers. New York: McGraw Hill; 2000.
Öğrenme Egzersizinin Yanıtları Kim, ne, ne zaman, nerede, nasıl ve niçin. Şekillerin ve tabloların girişi ile özetlenmiş verilerin sunulması dışında geçmiş zaman. Etken fiil-eylem cümlenin öznesi tarafından gerçekleştirilmektedir (bir şeye yönelik hareket etmektedir). Örnek: Harold çiçekleri gönderdi. Edilgen fiil-eylem cümlenin öznesine yöneliktir (hareket edilmektedir). Örnek: Çiçekler Harold tarafından gönderildi. Yazının akışına yardımcı olur, yeni bir deneyi sunar veya bir deneyin niye yapıldığını açıklar. Kronolojik ya da önem sırasına göre. Eğer fazla miktarda yazının yerine kullanılabiliyorsa ya da okuyucunun tarif edilen deneyi daha iyi anlamasını sağlıyorsa, evet. Bildirimler Yazar Katkıları: Tüm yazarlar bu makalenin bilimsel içeriğine katkıda bulunduklarını ve şu üç gereksinimi yerine getirdiklerini ifade eder: (a) kavram ve tasarıma, verilerin toplanmasına veya analiz edilmesi ve yorumlanmasına anlamlı katkı; (b) makalenin bilimsel içerik açısından hazırlanması ve gözden geçirilmesi; ve (c) yayımlanma için nihai onay. Yazarların Olası Çıkar Çatışması Beyanları: Makalenin gönderilmesi aşamasında tüm yazarlar Olası Çıkar Çatışması Beyan Formu nu doldurmuştur. Olası çıkar çatışmaları: İstihdam veya Yöneticilik: T. M. Annesley, AACC. Danışmanlık: Bildirilmemiştir. Hissedarlık: Bildirilmemiştir. Onursal Ücretler: Bildirilmemiştir. Araştırma Desteği: Bildirilmemiştir. Uzman Tanıklığı: Bildirilmemiştir. Sponsorun Rolü: Maddi destek sağlayan kurumlar çalışmanın tasarımı, katılımcıların seçimi, verilerin gözden geçirilmesi ve yorumlanması veya makalenin hazırlanması veya onaylanması aşamalarında herhangi bir etkide bulunmamıştır.