THE DISTRIBUTION OF HEPATITIS C VIRUS GENOTYPE IN THE KONYA REGION, TURKEY



Benzer belgeler
Hepatit C Virusu (HCV) RNA Pozitif Olgularda Genotip Dağılımı

NEVŞEHİR İLİNDE HEPATİT C VİRÜS GENOTİP DAĞILIMI İLE SERUM ALANİN AMİNOTRANSFERAZ VE KANTİTATİF SERUM HCV RNA DÜZEYLERİ İLİŞKİSİ*

KRONİK HEPATİT C Lİ HASTALARDA HEPATİT C VİRUSU (HCV) GENOTİPLERİ İLE ALANİN AMİNOTRANSFERAZ VE HCV-RNA DÜZEYLERİ ARASINDAKİ İLİŞKİNİN ARAŞTIRILMASI

DNA Đzolasyonu. Alkaline-SDS Plasmit Minipreleri. Miniprep ler bakteri kültüründen plasmit DNA sı izole etmenizi sağlar.

REAKSİYON PRENSİPLERİ

Kronik Hepatit C Enfeksiyonlu Hastalarda Hepatit C Virüs Genotiplerinin Dağılımı

HEPATİT C SIK SORULAN SORULAR

Kayseri Bölgesinde Hepatit C Virüs Enfeksiyonunun Genotip Dağılımı

İÇİNDEKİLER. 1 Projenin Amacı Giriş Yöntem Sonuçlar ve Tartışma Kaynakça... 7

ELAZIĞ İLİNDE HEPATİT C VİRÜS GENOTİP DAĞILIMI VE GENOTİPİN HCV RNA VE SERUM ALANİN AMİNOTRANSFERAZ DÜZEYLERİ İLE İLİŞKİSİ

Hepatit C genotiplendirme sonuçları yönünden Türkiye ve Gürcistan hastalarının karşılaştırılması

Hepatit C. olgu sunumu. Uz. Dr. Hüseyin ÜÇKARDEŞ Bilecik Devlet Hastanesi

IL28B genotip tayini kronik hepatit B hastalarında oral antiviral tedavi cevabını öngörmede kullanılabilir mi?

Prof. Dr. Selma GÖKAHMETOĞLU Erciyes Üniversitesi Tıp Fakültesi Mikrobiyoloji ABD, Kayseri

Doç. Dr. Z. Ceren KARAHAN

Ayşe YÜCE Dokuz Eylül Üniversitesi Tıp Fakültesi İnfeksiyon Hastalıkları ve Klinik Mikrobiyoloji AD.

KORELASYON VE REGRESYON ANALİZİ

LABORATUVARIN DÖNER SERMAYE EK ÖDEME SİSTEMİNE ETKİSİ. Prof. Dr. Mehmet Tarakçıoğlu Gaziantep Üniversitesi

DEĞERLENDİRME NOTU: Mehmet Buğra AHLATCI Mevlana Kalkınma Ajansı, Araştırma Etüt ve Planlama Birimi Uzmanı, Sosyolog

Yrd. Doç. Dr. Koray Ergünay MD PhD Hacettepe Üniversitesi Tıp Fakültesi Tıbbi Mikrobiyoloji AD. Viroloji Ünitesi

Hepatit B Virüs Testleri: Hepatit serolojisi, Hepatit markırları

ELAZIĞ İLİ 7-14 YAŞ ARASI ÇOCUKLARDA HEPATİT VİRÜSLERİ SEROPOZİTİFLİKLERİ

1 OCAK 31 ARALIK 2009 ARASI ODAMIZ FUAR TEŞVİKLERİNİN ANALİZİ

1.3. NİTEL ARAŞTIRMA YÖNTEMLERİ GİRİŞ NİTEL ARAŞTIRMALARDA GEÇERLİK VE GÜVENİRLİK SORUNLARI... 2

YAYGIN ANKSİYETE BOZUKLUĞU OLAN HASTALARDA NÖROTİSİZM VE OLUMSUZ OTOMATİK DÜŞÜNCELER UZM. DR. GÜLNİHAL GÖKÇE ŞİMŞEK

Antalya Eğitim ve Araştırma Hastanesinde Kronik Hepatit C Hastalarının Genotip Dağılımının Araştırılması

Mikrobiyolojide Moleküler Tanı Yöntemleri. Dr.Tuncer ÖZEKİNCİ Dicle Üniversitesi Tıp Fakültesi Tıbbi Mikrobiyoloji A.D

Dr. Funda Şimşek SB Okmeydanı EAH Enfeksiyon Hastalıkları ve Klinik Mikrobiyoloji

ÇALIŞAN SAĞLIĞI BİRİMİ İŞLEYİŞİ Hastanesi

Moleküler Patoloji Doktora Programı 2013 Bahar Dönemi Ders Programı:

Sağlık Bakanlığından Muaf Hekimin Ünvanı - Adı Soyadı. Bildiriyi Sunacak Kişi Ünvanı - Adı Soyadı. Bildiriyi Sunacak Kişi Kurumu

Güneydoğu Anadolu Bölgesi nde Hepatit C Virüsü Genotipleri

Akut Hepatit C Tedavisi. Dr. Dilara İnan Akdeniz ÜTF, İnfeksiyon Hastalıkları ve Kl. Mikr AD, Antalya

Türkiye Ekonomi Politikaları Araştırma Vakfı Değerlendirme Notu Sayfa1

SÜREÇ YÖNETİMİ VE SÜREÇ İYİLEŞTİRME H.Ömer Gülseren > ogulseren@gmail.com

SİRKÜLER. 1.5-Adi ortaklığın malları, ortaklığın iştirak halinde mülkiyet konusu varlıklarıdır.

Tablo 45 - Turizm İşletme Belgeli Tesislerde Konaklama ve Belediye Sayıları

6-8 Mayıs 2016 / 6-8 May 2016

ÇEVRE ve ORMAN BAKANLIĞI ĞİŞİKLİĞİ

Üniversitelerde Yabancı Dil Öğretimi

2- Bilim ve Danışma Kurulu Onayına Sunulacak Eserlere Đlişkin Yayın

HCV enfeksiyonlarında NS3 inhibitörleri direnci ve IL28B polimorfizminin önemi. Doç.Dr.Murat SAYAN

ZİRVE ÜNİVERSİTESİ EĞİTİM FAKÜLTESİ EĞİTİM BİLİMLERİ BÖLÜMÜ PSİKOLOJİK DANIŞMANLIK VE REHBERLİK ABD

Yrd.Doç.Dr. Özgür Günal Enfeksiyon Hastalıkları ve Klinik Mikrobiyoloji AD

Araştırma Notu 15/177

Mardin Piyasasında Tüketime Sunulan Bulgurların Bazı Fiziksel Özelliklerinin Türk Standartlarına Uygunluklarının İstatistikî Kontrolü

2008 YILI SOSYAL GÜVENLİK KURUMU SAĞLIK UYGULAMA TEBLİĞİNDE DEĞİŞİKLİK YAPILMASINA DAİR TEBLİĞ YAYIMLANDI

YÜKSEK HIZLI DEMİRYOLU YOLCULUKLARININ ÖZELLİKLERİ

Resim 1: Kongre katılımı (erken kayıt + 4 günlük kongre oteli konaklaması) için gereken miktarın yıllar içerisindeki seyri.

Ders Adı Kodu Yarıyılı T+U Saati Ulusal Kredisi AKTS HAYVAN BESLEME VE YEM BİLGİSİ TEKNOLOJİSİ

STYROPOR ĐÇEREN ÇĐMENTO VE ALÇI BAĞLAYICILI MALZEMELERĐN ISIL VE MEKANĐK ÖZELLĐKLERĐ*

LENFOMA NEDİR? Lenfoma lenf dokusunun kötü huylu tümörüne verilen genel bir isimdir.

HAZİNE MÜSTEŞARLIĞI MALİ SEKTÖRLE İLİŞKİLER VE KAMBİYO GENEL MÜDÜRLÜĞÜ YURTDIŞI DOĞRUDAN YATIRIM RAPORU 2013

Gıda Örneklerinde Genetiği Değiştirilmiş Organizma Analizleri

GALATA YATIRIM A.Ş. Halka Arz Fiyat Tespit Raporu DEĞERLENDİRME RAPORU SAN-EL MÜHENDİSLİK ELEKTRİK TAAHHÜT SANAYİ VE TİCARET A.Ş.

ÖZET. Anahtar Kelimeler: HCV-HBV koinfeksiyonu, viral interferans Nobel Med 2010; 6(3): Bulgular: De erlendirmeye al nan olgulardan 13'ü

KAPLAMA TEKNİKLERİ DERS NOTLARI

Agarose ve Akrilamid Jellerde Nükleik asitlerin Gözlenmesi

Doğu Karadeniz Bölgesi Hepatit C Hastalarında Hepatit C Virusu Genotiplerinin Belirlenmesi*

KAVRAMLAR. Büyüme ve Gelişme. Büyüme. Büyüme ile Gelişme birbirlerinden farklı kavramlardır.

KRONİK HEPATİT C ENFEKSİYONU OLAN HASTALARDA HEPATİT C VİRÜS (HCV) GENOTİPLERİNİN DAĞILIMI

HEPATİT C TEDAVİSİNDE YENİLİKLER. Dr.Yunus Gürbüz

Ek 1. Fen Maddelerini Anlama Testi (FEMAT) Sevgili öğrenciler,

AVRASYA ÜNİVERSİTESİ

Transplantasyon Sonrası Viral Hepatit C Yönetimi. Dr. Dilara İnan UVHS, Malatya

DERMATOZLU KÖPEKLERDE MALASSEZİA ETKENLERİNİN PREVALANSI

HAYALi ihracatln BOYUTLARI

HCV Proteaz İnhibitörlerinde Türkiye Direnç Profili

EY Eğitim Takvimi. Eylül - Aralık 2014

HBV ve HCV Moleküler Tanı. Dr. Cafer Eroğlu Ondokuz Mayıs Üniversitesi Tıp Fakültesi

Hepatit C Bilgilendirme Toplantısı. Doç.Dr. Özgür Günal

ÇEVRE KORUMA TEMEL ALAN KODU: 85

KRON K HEPAT T C'L HASTALARDA NTERFERON TEDAV S NE D RENC N ERKEN B R GÖSTERGES OLARAK V RAL YÜKTEK DÜfiME: B R TÜRK YE DENEY M

KRONİK VİRAL HEPATİT C Lİ HASTALARDA IL28B NİN İNTERFERON TEDAVİSİNE YANITLA İLİŞKİSİ. Dr. Gülay ÇEKİÇ MOR

AB Mevzuatının Uygulanmasına Yönelik Teknik Desteğin Müzakere Edilmesi

TKY de Karar Almaya Katılımın ve Örgütsel Bağlılığın Kişisel Performansa Etkisi

BİYOEŞDEĞERLİK ÇALIŞMALARINDA KLİNİK PROBLEMLERİN BİR KAÇ ÖZEL OLGUYLA KISA DEĞERLENDİRİLMESİ Prof.Dr.Aydin Erenmemişoğlu

This information on (4) Breast cancer and genetics is in Turkish Göğüs kanseri ve genetiği (İngilizce'si Breast cancer and genetics)

BÖLÜM 3 : SONUÇ VE DEĞERLENDİRME BÖLÜM

ÖLÇÜ TRANSFORMATÖRLERİNİN KALİBRASYONU VE DİKKAT EDİLMESİ GEREKEN HUSUSLAR

BÜRO YÖNETİMİ VE SEKRETERLİK ALANI HIZLI KLAVYE KULLANIMI (F KLAVYE) MODÜLER PROGRAMI (YETERLİĞE DAYALI)

Tarifname. MADDE BAĞIMLILIĞININ TEDAVĠSĠNE YÖNELĠK OLUġTURULMUġ BĠR FORMÜLASYON

Kronik HCV İnfeksiyonlarında Güncel Tedavi Yaklaşımları Dr. Kaya Süer

İSTANBUL TİCARET ÜNİVERSİTESİ BİLGİSAYAR MÜHENDİSLİĞİ BÖLÜMÜ BİLGİSAYAR SİSTEMLERİ LABORATUARI YÜZEY DOLDURMA TEKNİKLERİ

IV. KLİMUD Kongresi, Kasım 2017, Antalya

GİYİM ÜRETİM TEKNOLOJİSİ ÇOCUK DIŞ GİYSİLERİ DİKİMİ (CEKET- MONT- MANTO) MODÜLER PROGRAMI (YETERLİĞE DAYALI)

DERS SOSYOLOJİ KONU SOSYOLOJİNİN ARAŞTIRMA YÖNTEM VE TEKNİKLERİ

2.000 SOSYOLOG İLE YAPILAN ANKET SONUÇLARINA DAİR DEĞERLENDİRMEMİZ. Anayasa nın 49. Maddesi :

VİTAMİN D VE İMMÜN SİSTEM VİTAMİN D

Rekabet Kurumu Başkanlığından, REKABET KURULU KARARI

Karadeniz Teknik Üniversitesi Orman Fakültesi. Orman Endüstri Mühendisliği Bölümü PROJE HAZIRLAMA ESASLARI

Ara rma, Dokuz Eylül Üniversitesi Strateji Geli tirme Daire Ba kanl na ba

KİŞİSEL GELİŞİM VE EĞİTİM İŞ GÜVENLİĞİ VE İŞÇİ SAĞLIĞI MODÜLER PROGRAMI (YETERLİĞE DAYALI)

İLK$100$GÜN$ Alan(11:(Bologna(Sürecine(Uyum(Çalışmaları(

2008 YILI MERKEZİ YÖNETİM BÜTÇESİ ÖN DEĞERLENDİRME NOTU

Kronik Hepatit B li Hastanın Güncel Tedavisi

Genetik Tanı ve Hücre Tedavi Hizmetlerinde İnovasyon

MÜHENDİSLİK FAKÜLTESİ AKADEMİK DEĞERLENDİRME VE TEŞVİK ESASLARI

Başbakanlık (Hazine Müsteşarlığı) tan:

ANKARA EMEKLİLİK A.Ş GELİR AMAÇLI ULUSLARARASI BORÇLANMA ARAÇLARI EMEKLİLİK YATIRIM FONU ÜÇÜNCÜ 3 AYLIK RAPOR

Transkript:

İnfeksiyon Dergisi (Turkish Journal of Infection) 2007; 21 (4): 175-181 KONYA BÖLGESİNDE HEPATİT C VİRUSU GENOTİP DAĞILIMI THE DISTRIBUTION OF HEPATITIS C VIRUS GENOTYPE IN THE KONYA REGION, TURKEY Onur URAL 1 Uğur ARSLAN 2 Duygu FINDIK 2 Selçuk Üniversitesi Meram Tıp Fakültesi, Konya 1 Klinik Bakteriyoloji ve İnfeksiyon Hastalıkları Anabilim Dalı 2 Mikrobiyoloji ve Klinik Mikrobiyoloji Anabilim Dalı Anahtar Sözcükler: Hepatit C virusu (HCV), anti-hcv, kronik hepatit, genotip Keywords: Hepatitis C virus (HCV), anti-hcv, chronic hepatitis, genotype Geliş: 22 Ocak 2007 Kabul: 10 Eylül 2007 ÖZET Viral hepatitler gerek dünyada gerekse Türkiye de en önemli karaciğer hastalıklarından biridir. Hepatit C Virüsü (HCV) nün genotip tayini antiviral tedavinin seçiminde ve klinik sürecin takibinde önemlidir. Bu virüsün en az altı major tipi arasından, kötü prognozla ilişkili tip1b Türkiye de en yüksek prevelansa sahiptir. Çalışmada, Konya bölgesindeki anti-hcv pozitif olan ve HCV-RNA (Hepatit C Virus RNA) sı pozitif bulunan 80 olgudaki genotip dağılımının saptanması amaçlanmıştır. Çalışma, Meram Tıp Fakültesi Merkez Mikrobiyoloji Laboratuvarı Moleküler Mikrobiyoloji Bölümü nde yapıldı. Kan örnekleri Mart 2003-Mart 2004 döneminde toplanmıştı. Anti-HCV ve HCV-RNA pozitif olan 80 kan örneğinde HCV genotip tayini ABI PRISM 310 Genetic Analyzer (Perkin Elmer, ABD) aygıtı kullanılarak yapıldı. Genotiplemesi yapılan tüm HCV RNA ların tamamı (%100) genotip 1b olarak bulundu. SUMMARY Viral hepatitis is one of the most important liver diseases in Turkey and in the world. Identifying hepatitis C virus (HCV) genotypes has become increasingly important in determining the clinical course and managing antiviral therapy. Among the at least six major identified genotypes of HCV, genotype 1b, the one associated with a poorer prognosis, is the most prevalent in Turkey. The aim of the present study was to investigate the genotypes of HCV in anti-hcv and HCV-RNA positive patients in the Konya Region of Turkey. The study was performed in the Molecular Microbiology Unit of Microbiology Laboratory, Meram Medical School, Konya. The blood samples had been collected in the March 2003-March 2004 period. The HCV genotypes of 80 blood samples positive for anti-hcv and HCV-RNA were determined by ABI PRISM 310 Genetic Analyzer (Perkin Elmer, USA). All of the HCV RNAs genotyped was of genotype 1b (100%). GİRİŞ Hepatit C virüsü (HCV) bütün dünyada hepatit, siroz ve karaciğer kanserinin en önemli etkenidir (1). Bu virüs, Flaviviridae ailesi içinde yer alan, zarflı tek iplikli bir RNA virüsüdür. Dünya genelinde yaklaşık 170-300 milyon insanın HCV ile infekte olduğu tahmin edilmektedir. Akut hepatit infeksiyonlarının %20 sinde, kronik hepatitlerin ise %70 inde etken HCV dir (1-3). Akut hepatit C infeksiyonlarının %70-90 oranında kronikleşmesi ve çoğunlukla asemptomatik seyir göstermesi en önemli problemdir (1, 4). Kronikleşmede virüsün hızlı replikasyon göstermesi ve bu replikasyon sırasında ortaya çıkan RNA transkripsi- 175

Ural ve ark. yonundaki hatalar önemli rol oynar (2, 4). Hepatit C virüsünün günlük üretim hızı 10 10-10 12 viriondur ve virüsün yarı ömrü iki-üç saattir (1, 3, 5). Virüs diğer RNA virüsleri gibi çok kolay genomik değişikliğe uğrar. En yüksek mutasyon oranı HCV genomunun E2 bölgesinin aminoterminal ucundaki hypervariable region 1 (HVR1) de gözlenmiştir (5). Replikasyon sırasında oluşan hatalar sonucu, kronik hepatit C li hastalarda HCV nin farklı genetik sekansları (quasispecies) ile heterojen bir topluluk oluşur (1). Hepatit C virüsünün farklı genetik sekansları ve mutant HCV ler etkenin konağın immun sisteminden kaçışına izin verdiğine inanılmaktadır (5). Kronik hepatit C gelişen olgularda interferon ve ribavirin kombinasyonu kullanılmaktadır (3). Bu olgularda tedaviye yanıt ve hastalığın ilerlemesi ile HCV genotipi arasında doğrudan bir ilişki vardır (1, 5). Nükleik asit dizi analizine göre, HCV nin en az 6 major genotipi ve 100 den fazla subtipi olduğu saptanmıştır. Farklı genotipler arasında yaklaşık %35 varyasyon bulunur (6, 7). Bunlardan bazıları 1a, 1b, 2a, 2b, 3a tüm dünyada yaygın şekilde görülürken, diğerleri (genotip 4, 5, 6) sadece bazı bölgelerde görülür (5). Türkiye de HCV infeksiyonlu olgularda değişik grupların yapmış olduğu çalışmalar sonucu en sık genotip 1b bulunmuştur (8-16). Genotip 1b tüm genotipler arasında tedaviye en fazla direnç gösteren ve tedaviye yanıt açısından en kötü olan grubu temsil etmektedir (5). Genotiplerle ilgili yapılan birçok çalışma sonuçlarına göre belli genotiplerin hastalığın klinik gidişi ve tedavisi ile ilgili farklılıklar içerdiği söylenmektedir (5, 17, 18). Bu çalışma, Konya bölgesindeki HCV genotip profilini belirleyerek, tedaviye dirençli genotip-lerde, yeni tedavi şemalarının düzenlenmesi ve bölgedeki HCV infeksiyonlarının moleküler epidemiyolojisini belirlemek amacıyla yapılmıştır. GEREÇ VE YÖNTEM Serum örneklerinin toplanması: Çalışma, Mart 2003- Mart 2004 dönemleri arasında anti-hcv pozitif kişilerden alınan serum örneklerinden yapıldı. Anti-HCV pozitif kişilerden steril koşullarda alınan venöz kandan serum ayrıldı ve çalışma gününe kadar -65 C de saklandı. HCV RNA nın (Hepatit C virus RNA sı) eldesi ve Real- Time PCR da gösterilmesi: Anti-HCV pozitif serum örneklerinde HCV RNA yı elde etmek için RNA ekstraksiyon kiti (Invisorb, Instant Spin DNA/RNA Virus Mini Kit, Almanya) kullanıldı. Örnek serumlarından elde edilen HCV RNA nın viral yük tayini Taq Man (Roboscreen-Almanya) prosedürüne göre Real-Time PCR tekniği kullanılarak araştırıldı. Hazırlanan PCR karışımında viral yük tayini için Real-Time cihazı ABI PRISM 7700 Sequence Detector cihazı kullanıldı. Çalışmada 60 C de 60 dakikalık tek bir döngüden sonra 95 C de 10 dakika, 95 C de 15 saniye ve 60 C de 1 dakika olmak üzere 45 kez döngü yapıldı. Örnek serumlarından elde edilen HCV RNA dan cdna eldesi: Serumda HCV RNA pozitif 80 serum örneğinden revers transkriptaz (RT) yolu ile cdna elde etmek için Taq Man Reverse Transcription Reagents (Roche, ABD) kiti kullanıldı. Her bir örnek için HCV RNA pozitif serum örneklerinden elde edilen RNA ürünlerinden 15 µl alınarak (TaqMan RT buffer 5 µl, 25 mm MgCl 2, 2 mm dntp, Random Hexomer 2.5 µl, RNAaz İnhibitörü 3 µl, multiscribe 1.25 µl ve distile su) toplam volüm 50 µl olacak şekilde cdna karışımı hazırlandı. Karışım daha sonra Gene Amp 9700 PCR (Applied Biosystems, ABD) cihazı ile 25 C de 10 dakika, 48 C de 60 dakika ve 95 C de 5 dakika bekletilerek cdna elde edildi. cdna nın PCR yöntemi ile çoğaltılması: Çalışmada hedef bölge olarak 5 non-coding region bölgesinden genotiplendirme yapıldı. Bunun için kendi tasarımımız olan primerler ve PCR protokolü uygulandı. HCV RNA lardan elde edilen cdna lar daha sonra PCR yöntemi ile çoğaltıldı. Her bir örnek için 4µl dntp (2 mm) Mix, 25 mm MgCl 2, 5 µl 10X PCR buffer, 25 pmol P11 primer (5 - AGGTCTCGTAGACCGTGCACCATGAGCAC-3 ), 25 pmol P13 primer (5 -CTGTGAGGAACTACTGTCTT-3 ), 5 U/ml Taq polimeraz ve elde edilen cdna dan 5µl eklenerek PCR karışımı distile su ile 50 µl ye tamamlandı. Karışım daha sonra PCR cihazında 94 C de 5 dakika bekletildikten sonra bir siklusu 94 C de 1 dakika, 55 C de 1 dakika ve 72 C de 2 dakika olmak üzere toplam 35 siklus yapılıp 72 C de 7 dakika inkübasyon yapıldı. Daha sonra elde edilen PCR ürününden 5 µl alınarak aynı protokol bir kez daha uygulanıp çoğaltma işlemi bir kez daha tekrarlandı. Çoğaltılan cdna nın jel elektroforezde gözlenmesi: PCR sonrası çoğaltılan cdna nın varlığının gösterilmesi amacı ile jel elektroforez yapıldı. Her bir PCR ürünü cdna dan 5 µl alınıp 2 µl Loading Dye ile karıştırıldı. Daha sonra %2 lik jelde kuyucuklara yüklendi. PCR ürünleri jelde 100 V da 15 dakika yürütüldü. Süre sonunda DNA bantı görülen örnekler purifikasyon aşamasına alındı. 176 İnfeksiyon Dergisi (Turkish Journal of Infection)

Konya da HCV genotip dağılımı cdna nın Cycle Sekans öncesi purifikasyonu ve Cycle Sekans aşaması: Çoğaltılan cdna cycle sekans öncesi purifikasyona tabii tutuldu. Purifikasyon için Invisorb Spin PCRapid Kiti (Invitek, Almanya) kullanıldı. Purifikasyon ürünlerinin cycle sekans için BigDye Terminatör v3.1 Cycle Sequencing Kiti (Applied Biosystems, ABD) kullanıldı. Her bir örnek için 8 µl Ready Reaksiyon miks, 1 pmol P13 forward primer ve purifikasyon örneğinden 4 µl eklenerek toplam volüm 20 µl olacak şekilde steril distile su ile tamamlandı. Karışıma daha sonra PCR cihazı ile 96 C de 10 saniye, 50 C de 5 saniye ve 60 C de 4 dakika olmak üzere toplam 25 siklus yapıldı. Cycle Sekans sonrası pürifikasyon ve sekans aşaması: Cycle Sekans sonrası PCR ürününü temizlemek için yeniden pürifikasyon işlemine alındı. Bu aşamada sodyum asetat (NaAc) kullanıldı. PCR ürünü üzerine 2 µl (ph: 4.6) NaAc ve 50 µl %95 lik etilalkol (ETOH) den eklendi. Buz üzerinde 15 dakika inkübasyona bırakıldı. Süre sonunda 13.000 rpm de 20 dak. santrifüj edildi. Üst sıvı çekildi ve üzerine 250 µl %70 lik ETOH eklenip karıştırıldı. Karışım 13.000 rpm de 5 dak. santrifüj edildi. Santrifüj sonrası üst sıvı tamamen atılarak tüp oda ısısında kurumaya bırakıldı. İyice kuruyan örnekler üzerine 20 µl formamit eklenerek vortekslendi. Örnekler dizi analizi için 95 C de 5 dakika denatüre edilip hemen buza alındı. Buzda 1-2 dak. bekletilen örnekler ABI PRISM 310 Genetic Analyzer (Perkin Elmer, ABD) cihazında kapiller elektroforez yapılarak 36 dakika yürütüldü. Süre sonunda oluşan DNA dizini Molecular Evolution Genetics Analysis 2.1 (MEGA 2.1) bilgisayar programı kullanılarak DNA dizilerinin genotip tayini yapıldı ve filogenetik ağaç oluşturuldu. Tiplendirmede referans olarak #AF021904-type1a, #AF055302-type1a, #Z84240-type1b, #AF021902-type1b, #AF056630-type2a, #D31605-type2a, #AF057148-type2b, #D10077-type2b, #AJ006318-type3a, #L28058-type4, #AY766519-5a ve #L29585-type5 genotip dizileri kullanıldı. Sonuçlar http://hcv.lanl.gov/content/hcv-db/basic_blast/basic_ blast.html adresinden HCV-BLAST programı ile doğrulandı. BULGULAR Anti-HCV ve HCV-RNA sı pozitif olan 80 olgunun, DNA dizini MEGA 2.1 bilgisayar programı kullanılarak değerlendirildi ve filogenetik ağaç oluşturuldu (Şekil 1 ve 2). Değerlendirme sonucu olguların tamamı (%100 ) genotip 1b bulundu. Cilt 21, Sayı 4, Ekim 2007 177

Ural ve ark. 39 40 38 37 36 33 32 31 30 29 28 27 26 24 23 22 21 19 18 17 16 15 14 13 12 11 10 9 8 5 3 2 1 AF021902-type1b AF021904-type1a Z84240-type1b 4 6 7 20 25 34 35 AF055302-type1a L28058-type4 AY766519-5a L29585-type5 AF057148-type2b AJ006318-type3a AF056630-type2a D31605-type2a D10077-type2b 0,01 Şekil 1. Anti-HCV ve HCV-RNA sı pozitif olan 1-40 olgunun filogenetik ağaçtaki görünümleri 178 İnfeksiyon Dergisi (Turkish Journal of Infection)

Konya da HCV genotip dağılımı 78 79 77 76 75 74 73 72 71 70 69 68 67 66 65 64 63 62 61 60 59 58 57 56 55 54 53 51 50 49 48 47 46 45 44 43 42 41 AF021902-type1b AF021904-type1a Z84240-type1b 52 80 AY766519-5a L29585-type5 AF055302-type1a AF057148-type2b AJ006318-type3a L28058-type4 AF056630-type2a D31605-type2a D10077-type2b 0,01 Şekil 2. Anti-HCV ve HCV-RNA sı pozitif olan 41-80 olgunun filogenetik ağaçtaki görünümleri Cilt 21, Sayı 4, Ekim 2007 179

Ural ve ark. TARTIŞMA Hepatit C virüsü ile infekte hastalarda kronik infeksiyon gelişmesinde rol oynayan konak ve viral faktörler vardır. Bunlar hastanın yaşı, hastalığın süresi, alkol kullanımı, karaciğerin histolojik özelliği, diğer hepatit virusleri ile koinfeksiyon, virusun bulaşma yolu, viral yük ve HCV nin genotipik değişkenliğidir (1, 2, 4, 5). Hepatit C virüsünün hücresel ve sıvısal immun yanıta yönelik, protein kodlayan gen bölgesindeki mutasyonlar immun sistemden kaçmasında önemli rol oynar (5). Buna karşın HCV genotiplerinin klinik önemi halen tartışmalıdır (1, 5). Diğer taraftan, HCV genotipinin, interferon tedavisine yanıtı etkileyen bağımsız bir faktör olduğu kabul edilmektedir (5). Bu nedenle, kronik HCV li olgularda genotipin araştırılması, tedaviye yanıtı ve tedavi süresini belirlemede önemlidir (3, 4). Hepatit C virüsü genotiplerinin dünya coğrafyasındaki dağılımı araştırılmıştır. Kuzey Amerika, Güney Amerika ve Avrupa da genotip 1a,1b, 2a ve 2b; Japonya, Kore, Tayvan ve Çin in bazı bölgelerinde 1b, 2a ve 2b; Tayland, Singapur ve Güney Doğu Asya da tip 3; Kuzey Afrika ve Orta Doğuda tip 4; Güney Afrika da tip5 daha sıktır (2, 5, 6). Türkiye de hepatit C li olgularda genotip dağılımı ile ilgili çalışmalardan Abacıoğlu ve ark. (8) nın 1995 yılında yaptığı çalışmada; 89 olguda HCV genotipleri araştırılmış olguların %75.3 ünde tip 1b, %19.1 inde tip 1a, %3.4 tip 2 ve % 2.2 sinde de tip 4 saptanmıştır. Sönmez ve ark. (14) 1996 yılında revers transkriptaz polimeraz zincir reaksiyonu (RT-PCR) ile 80 olguda HCV genotip dağılımını incelemişler, olguların %69.5 inde tip 1b, %5.1 inde tip 1a bulmuşlar ve %25 inde de tip saptayamamışlardır. Tuncer ve ark. (19) 1996 da Chiron RIBA 2 assay ile 58 olguda yaptıkları araştırmada; %72 tip 1b, %21 tip 1a, %5 tip 2 ve %2 tip 4 bulmuştur. Akpınar ve ark. (9) 1998 de RT-PCR ile 86 olguda HCV genotip dağılımını %81.5 tip 1b, %14.8 tip 1a, %3.7 tip 4 bulurken, Kendal ve ark. (13) 1999 da Nested PCR ile 28 olgunun tamamında %100 tip1b, Türkoğlu ve ark. (20) ise aynı yıl yine Nested PCR ile 239 olguda HCV genotiplerini %70 tip 1b, %5.8 tip 1a, %3.7 tip 2a, %4 tip 3a, %2.5 tip 4 bulmuş, %9 olguda genotip saptaması yapamamışlardır. Revers transkriptoz-pcr tekniği kullanılarak yapılan diğer çalışmalarda, Yarkın ve ark. (15) 2000 yılında 72 olguda yaptıkları araştırmada %82.2 tip 1b, %14.5 tip 1a, %3.3 tip 2a bulurken; Erensoy ve ark. (12) 2002 yılında 45 olguda %66.7 tip 1b ve %33.3 tip 1a; Yıldız ve ark. (16) 2002 yılında 79 olguda %91 tip 1b, %6.1 tip 1a,%1.5 tip 2a, %1.5 tip 4c; Bozdayı ve ark. (11) 2003 yılında 36 olguda %77.8 tip 1b, %22.2 tip 1a; Aslan ve ark. (10) 2004 yılında 39 olguda %89.8 tip 1b, %10.2 tip 1a genotip dağılımı bulmuşlardır. Türkiye de yapılan çalışmalarda HCV genotipleri içinde genotip 1b %66.7-100 arasında olup birinci sıklıkla görülmektedir. İkinci sıklıkla gösterilen genotip ise %5.8-33.3 oranındaki genotip 1a dır. Daha az sıklıkla genotip 2a, 3a, 4, 4c bildirilmiştir (8-16). Görüldüğü gibi, Türkiye de genotip 1 HCV li olguların %81-96.7 sinde saptanmıştır. Bu çalışmada 80 olgunun tamamında (%100) genotip 1b bulunmuştur. Çalışmada, bölgede en sık gözlenen HCV- RNA genotipi, Türkiye de en sık görülen tip olan 1b dir. Türkiye de yaygın olarak görülen HCV tip 1b virüslerinin Türkiye de yakın bir geçmişte (olasılıkla 1920-1930 yılları arasında) girmiş olabileceği ve steril olmayan iğneler kullanılarak yapılan injeksiyonların bu virüsün yayılımına katkıda bulunabileceği bir hipotez olarak öne sürülmüştür. Bu hipotezin devamı olarak, tek kullanımlık enjektörlerin kullanılması ve verici kanlarının HCV yönünden taranmaya başlanması ile birlikte tip 1 infeksiyonunun sıklığı giderek azalmaya başlayacağı ve tip 1 dışı HCV infeksiyonlarında (örneğin tip 3) bir artış olabileceği ileri sürülmüştür (8). Kronik HCV li olgularda, genotip tedaviye yanıtı etkileyen en önemli parametredir. Hepatit C virüsü genotip 1 li olgularda başarı oranı diğer genotiplere göre gerek IFN monoterapisinde gerekse IFN-Alfa + ribavirin tedavisinde daha düşüktür, bu olgularda 12 ay süre ile tedavi önerilmektedir (3). Genotip 2 ve 3 IFN tedavisine daha duyarlıdır (5). Kronik hepatit C tedavisinde kullanılan Pegilated interferon (PEG-INF) + Ribavirin kombinasyonu genotip 1 dışı olgularda, genotip 1 e göre daha başarılıdır (21). Türkiye de kronik HCV li olguların büyük çoğunluğunun %66.7-100 genotip 1b olması tedaviye yanıtın düşük olacağını, tedavi süresinin 12 aydan kısa olmaması ve ribavirin dozunun da 1000-1200 mg/gün den az olmaması gerektiğini göstermektedir. Konya bölgesinde HCV genotiplerinin tamamının genotip 1b çıkması, kronik HCV olgularında bölge için genotip saptanmasının fiyat-etkinlik bakımından uygun olmadığı söylenebilir. Çalışmadaki olgu sayısının az olması ve ülke genelini temsil etmemesi nedeniyle kesin sonuca varmak mümkün değildir. Türkiye de yapılan çalışmalarda HCV genotipleri içinde genotip 1b %66.7-100 arasında olup, kronik HCV infeksiyonunda genotip bakılmasının fiyat etkin olduğu görülür. Bununla beraber, Türkiye de tüm bölgeleri yansıtacak, geniş katılımlı, standart bir yöntemle yapılacak, çok merkezli çalışmalarla daha doğru sonuçlara ulaşılabileceği düşünülmektedir. 180 İnfeksiyon Dergisi (Turkish Journal of Infection)

Konya da HCV genotip dağılımı KAYNAKLAR 1. Koff RS. Hepatitis C. In: Gorbach SL, Bartlett JG, Blacklow NR, eds. Infectious Diseases. 3rd ed. Philadelphia: Lippincott Williams, 2004: 779-84. 2. Akız H. Kronik C hepatitinde tedavi. Çakaloğlu Y, Ökten A, ed. Kronik Viral Hepatitlerde Tedavi Yaklaşımları. Ankara: Bilimsel Tıp Yayınevi, 1998: 57-62. 3. Sünbül M, Leblebicioğlu H. Kronik hepatit C tedavisinde PEG-interferonların kullanımı. Flora 2003; 8: 3-16. 4. Sherlock S, Dooley J. Diseases of the Liver and Biliary System. 11th ed. London: Blackwell Publishing Ltd, 2002: 305-19. 5. Thomas DL, Lemon SM. Hepatitis C. In: Mandell GL, Bennett JE, Dolin R, eds. Principles and Practice of Infectious Diseases. 5th ed. Philadelphia: Churchill Livingstone, 2000: 1736-60. 6. Davis GL. Hepatitis C genotypes and quasispecies. Am J Med 1999; 107: 21-6. 7. Forns X, Bukh J. The molecular biology of hepatitis C virus, genotypes and quasispecies. Clinics in Liver Diseases 1999; 3: 693-716. 8. Abacıoğlu YH, Davidson F, Tuncer S, et al. The distrubition of hepatitis C virus genotype in Turkish patients. J Viral Hepat 1995; 2: 297-301. 9. Akpınar A, Abacıoğlu YH, Tankurt E, Şimşek İ, Yuluğ N, Ersöz G. Non-A Non-B hepatitine bağlı kronik karaciğer hastalığı olan Türk hastalardaki hepatit C virus prevelansı ve genotipleri. The Turkish Journal of Gastroenterology 1998; 9: 208-12. 10. Aslan N, Bozdayı M, Çetinkaya H, et al. The mutation in ISDR of NS5A gene are not associated with response to interferon treatment in Turkish patients with chronic hepatitis C virus genotype 1b infection. The Turkish Journal of Gastroenterology 2004; 15: 21-6. 11. Bozdayı G, Verdi H, Rota S ve ark. Hemodiyaliz hastalarında hepatit C virus infeksiyon varlığının araştırılması ve HCV genotip dağılımının belirlenmesi. Mikrobiyol Bült 2002; 36: 291-4. 12. Erensoy S, Göksel S, Akarca US, Özkahya M, Canatan D. Hepatit C virusun polimeraz zincir reaksiyonu ürünlerinin doğrudan dizi analizi ile genotiplendirilmesi. Flora 2002; 7: 104-11. 13. Kendal Y, Halil D, Hikmet A. HCV genotypes in HCV related chronic hepatitis in Southeast Anatolia. The Turkish Journal of Gastroenterology 1999; 10: 249-52. 14. Sönmez E, Taşyaran MA, Kızılkaya N, Korkut H, Tombul Z, Akçam Z. Hepatit C virus ile infekte 59 hastada HCV genotiplerinin dağılımı: Çok merkezli bir çalışma. Flora 1996; 2: 92-5. 15. Yarkın F, Hafta A. Kronik hepatit C infeksiyonu olan hastalarda hepatit C virus genotiplerinin dağılımı. Viral Hepatit Dergisi 2000; 3: 164-7. 16. Yıldız E, Öztan A, Sur F, et al. Molecular characterization of a full genome Turkish hepatitis C virus 1b isolate (HCV-TR1): A predominant viral form in Turkey. Virus Gene 2002; 25: 169-77. 17. Kobayashi Y, Watanabe S, Konishi M, et al. Quantitation and typing of serum hepatitis C treated with interferon-beta. Hepatology 1994; 18: 1319-25. 18. McOmish F, Yap PL, Dow BC, et al. Geographical distribution of hepatitis C virus genotypes in blood donors: An international collaborative study. J Clin Microbiol 1994; 32: 884-92. 19. Tuncer S, Özkuyumcu C, Arıkan S. PCR ve hepatit C virus genotipi ile serolojik reaktivite arasındaki ilişkinin değerlendirilmesi. Viral Hepatit Derg 1996; 1: 10-8. 20. Türkoğlu S, Bozacı M, Çakaloğlu Y. İkinci kuşak core genotiplemesi ile hepatit C virus genotiplerinin araştırılması. 3. Ulusal Hepatoloji Kongresi (27-29 Mayıs 1999, İstanbul) Kongre Kitabı nda. İstanbul, 1999: 41. 21. McHutchison JG. Hepatitis C advances in antiviral therapy: What is accepted treatment now? J Gastroenterol Hepatol 2002; 17: 431-41. İLETİŞİM Prof. Dr. Onur URAL Selçuk Üniversitesi Meram Tıp Fakültesi Klinik Bakteriyoloji ve İnfeksiyon Hastalıkları Anabilim Dalı 42080 KONYA e-posta: onururalmail@yahoo.com Cilt 21, Sayı 4, Ekim 2007 181

182