Laboratuvar Tekniği Adnan Menderes Üniversitesi Tarımsal Biyoteknoloji TBY 118 Muavviz Ayvaz (Yrd. Doç. Dr.) 6. Hafta (20.03.2014) 1
6. Haftanın Ders İçeriği DNA izolasyonu DNA hakkında 2
DNA İzolasyonu Organizmaların hücre yapılarında bulunan hücre zarı, çeperi gibi yapıların bazı kimyasal maddeler ve enzimler yoluyla yıkılarak DNA nın elde edilmesine DNA izolasyonu denir. 3
DNA yiyeceklerimizin içindemi? DNA yaşayan tüm canlı organizmaların hücrelerinde bulunur (alyuvar hücreleri hariç). DNA nın hücrelerden ekstraksiyonu işlemi birçok biyoteknoloji laboratuvarının ilk basamağını oluşturur. Bilim insanları hücreden DNA yı istedikleri sağlam yapılı şekilde elde edebilmeleri için hücrenin geri kalan kısımlarını uzaklaştırabilmelidirler. 4
6. Haftanın Ders İçeriği DNA hakkında Her bir hücre yaklaşık 2-3 metre DNA içerir. Ortalama bir öğünde yaklaşık 55.000.000 (55 10 6 ) hücre tüketiriz. Buda yaklaşık 150.000 km lik DNA uzunluğuna denk gelir. 5
DNA hakkında Her bir kromozom yaklaşık 5 cm lik DNA uzunluğa sahiptir. Her bir insan yaklaşık 10-15 trilyon (15 10 12 ) hücre içerir. 6
DNA hakkında Her bir kromozom yaklaşık 5 cm lik DNA uzunluğa sahiptir. Her bir insan yaklaşık 10-15 trilyon (15 10 12 ) hücre içerir. Her bir insanın toplam DNA uzunluğu yaklaşık (2 10 13 km kadardır) Eğer bir insanın günde sekiz saat, dakikada 60 kelime yazdığı düşünüldüğünde, insan genomundaki harflerin yazımı 50 Yıl sürede ancak bitebilir. 7
DNA hakkında İnsanın toplam DNA uzunluğu 20.000.000.000.000 metredir. Bu uzunluk Dünyadan Güneşe 70 kez gidip gelme mesafesi yada Güneşten Neptün e 5 kez gidip gelme mesafesi kadardır. 8
DNA İzolasyonu Gerekli Malzemeler DNA sı izole edilecek olan hücresel materyal (Çilek, Muz vb.) Şampuan yada Bulaşık Deterjanı Sofra Tuzu Alkol Gerekli Ekipman (Filtre kağıdı, kaşık, poşet, tüp, kürdan..) 9
DNA izolasyonu Basamakları Materyalin Ezilmesi Çilekleri poşetin içine koyunuz ve elinizle ezmeye başlayınız. 10
DNA izolasyonu Basamakları Membran Lipitlerinin Uzaklaştırılması Hücre membranları fosfolipid yapılıdırlar. Fosfolipit suda çözünmez. Evde bulaşıklarınızdan yada elinizden yağları nasıl uzaklaştırırsınız? Sabun yada deterjan? 11
DNA izolasyonu Basamakları Sabun un Görevi Sabun, yağ ve su tabakası arasından, köpük yapısı ile misel oluşturarak yağları uzaklaştırır. Elimizi yıkadığımız zaman sabun yolu ile yağları uzaklaştırmış oluruz. Fosfolipid membranları uzaklaştırmak için bulaşık deterjanı en iyi çözümdür. 12
DNA izolasyonu Basamakları Sabun un Görevi Deterjanlar membranları amphipatic (hem hidrofobik hemde hidrofilik bölgeler) yapıları (hem hücre membranlarının hemde deterjanların) gereği bozabilirler. Deterjan molekülleri membran tabakasını ayırabilirler. 13
DNA izolasyonu Basamakları Sofra Tuzu DNA nın fosfat larının su ile hidrojen bağlarının bozunması için tuzların ilavesi. Ayrıca sabunlu çözelti proteinlerin uzaklaştırılmasına da yarar. (Araştırma Laboratuvarında Protein uzaklaştırma için Fenol/Kloroform yada enzimler) 14
Proteinleri Uzaklaştırmanın Farklı Bir Yolu DNA histon olarak adlandırılan proteinlerle sıkıca sarılmış/paketlenmiş yapıda bulunur. DNA nın ortaya çıkabilmesi için proteinlerin uzaklaştırılması gereklidir. Enzimler de proteinleri uzaklaştırabilirler. 15
DNA izolasyonu Basamakları Süzme Hücrenin içeriği (organeller, proteinler vb.) DNA dan ayrıştırılmalıdır. Büyük hücre parçaları katı kısmın sıvı kısımdan süzülmesi ile uzaklaştırılabilir. 16
DNA izolasyonu Basamakları Süzme DNA yı görebilmek için kalan sıvı kısım içinden ekstrakte edilmelidir. DNA suda çözülebilir. Ancak alkolde çözülmez. Alkol ilave etmemiz DNA nın sıvı süzüntüden ayrılmasını sağlayacaktır. DNA beyaz çökelti halinde alkol eklendiği zaman belirecektir. 17
DNA izolasyonu Basamakları DNA yapışkandır ve diğer yüzeylere tutunabilir. Cam bir çubuk yoluyla hafif bir döndürme hareketi ile DNA yı çubuk yüzeyine tutturabilirsiniz. 18
Never Stop Thinking! 19