Salgının Laboratuvar Boyutu. Yrd. Doç. Dr. Zeynep ŞENSES GATA Mikrobiyoloji ve Klinik Mikrobiyoloji Anabilim Dalı

Benzer belgeler
Prof.Dr. Meltem Yalınay Çırak Gazi Üniversitesi Tıp Fakültesi Mikrobiyoloji ve Klinik Mikrobiyoloji A.D. SALGINLARIN İZLENMESİ VE MOLEKÜLER

SALGIN ARAŞTIRMASINDA KULLANILAN TİPLENDİRME YÖNTEMLERİ

Gelişen teknoloji Tanı ve tedavide kullanım Uygulanan teknikler çok gelişmiş bile olsalar kendine özgü komplikasyon riskleri taşımaktadırlar

Gereç ve yöntem. Şişli Hamidiye Etfal EAH- 700-yataklı. Yenidoğan yoğun bakım ünitesi -29 yataklı Bir izolasyon odası Üç farklı bölüm

İSTANBUL MEDENİYET ÜNİVERSİTESİ TIP FAKÜLTESİ TIBBİ MİKROBİYOLOJİ ANABİLİM DALI MEZUNİYET SONRASI (UZMANLIK) EĞİTİMİ DERS MÜFREDATI

ULUSAL ENTERİK PATOJENLER LABORATUVAR SÜRVEYANS AĞI (UEPLA) XXXVII. TÜRK MİKROBİYOLOJİ KONGRESİ KASIM 2016 ANTALYA

Komplike deri ve yumuşak doku enfeksiyonu etkeni çoklu dirençli patojenlerin bakteriyofaj duyarlılıklarının araştırılması

VERİFİKASYON. Dr. Tijen ÖZACAR. Ege Üniversitesi Tıp Fakültesi Tıbbi Mikrobiyoloji AD - İZMİR

Enfeksiyon odaklarından izole edilen Gram negatif ve Gram pozitif bakterilerde antimikrobiyal duyarlılık sonuçları

Mikrobiyolojide Moleküler Tanı Yöntemleri. Dr.Tuncer ÖZEKİNCİ Dicle Üniversitesi Tıp Fakültesi Tıbbi Mikrobiyoloji A.D

ETKEN BELİRLEMEDE KLASİK YÖNTEMLER, MOLEKÜLER YÖNTEMLER. Doç. Dr. Gönül ŞENGÖZ 9 Mayıs 2014

TÜBERKÜLOZ LABORATUVARI TEST REHBERİ

OXA-48 in Saptanmasına Yönelik İzotermal Rekombinaz Polimeraz Amplifikasyon Yöntemine Dayalı Bir Hızlı Moleküler Test Formatının Geliştirilmesi

Kan Kültürlerini Nasıl Değerlendirelim? Rehber Eşliğinde. Dr. Banu Sancak

KISITLI ANTİBİYOTİK BİLDİRİMİ

VİRUS HASTALIKLARINDA TANI YÖNTEMLERİ

Uluslararası Pencereden Enfeksiyon Kontrolü

Dirençli Bakteri Yayılımının Önlenmesinde Laboratuvarın Rolü

TIBBİ MİKROBİYOLOJİ ANABİLİM DALI MEZUNİYET SONRASI (UZMANLIK) EĞİTİMİ DERS MÜFREDATI

ANTİBİYOTİK DUYARLILIĞI VE DİRENÇLERİN YORUMLANMASINDA UZMAN SİSTEMLERİN ROLÜ

Mikobakteriyoloji Laboratuvarı Sorular - Sorunlar

HIZLI VE YÜKSEK ÇÖZÜNÜRLÜKTE BRUCELLA GENOTİPLENDİRİLMESİ İÇİN MOLEKÜLER BİR YÖNTEM GELİŞTİRİLMESİ

Karbapeneme Dirençli Acinetobacter baumannii Suşlarının PFGE Yöntemiyle Genotiplendirilmesi

7.EKMUD Kongresi,Antalya-Türkiye GÜNAYDIN

MANTARLARIN EPİDEMİYOLOJİK TİPLENDİRİLMESİ. Dr. Ayşe Kalkancı Gazi Üniversitesi Tıp Fakültesi Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı, Ankara

MİKROBİYOLOJİ LABORATUVARINDA UYULMASI GEREKEN KURALLAR

KALİTE SİZSİNİZ. Uzm. Dr. Özgür APPAK Prof. Dr. A. Aydan ÖZKÜTÜK Prof. Dr. Nuran ESEN Dokuz Eylül Üniversitesi Tıp Fakültesi Tıbbi Mikrobiyoloji A.

Klinik Örneklerden İzole Edilen E.coli Suşlarının Kümülatif Antibiyotik Duyarlılıklarının Belirlenmesi

Hastane Ortamında Klinik Mikrobiyoloji «KÜLTÜRÜ»

STANDARDİZASYON KURUMLARI VE TÜRKİYE

Nilgün Çerikçioğlu Marmara Üniversitesi Tıp Fakültesi Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı

Enzimlerinin Saptanmasında

Direnç hızla artıyor!!!!

BAKTERİLERDE EKSTRAKROMOZAL GENETİK ELEMENTLER

Zamanında verilen doğru sonuç hayat kurtarır. İNÖNÜ ÜNİVERSİTESİ TIP FAKÜLTESİ Tıbbi Mikrobiyoloji AD

Tarama Testleri: Gram Negatifler. Doç. Dr. Mesut YILMAZ Enfeksiyon Hastalıkları & Klinik Mikrobiyoloji AD İstanbul Medipol Üniversitesi

VERİFİKASYON (SEROLOJİ, MOLEKÜLER TESTLER)

Emrah Salman, Zeynep Ceren Karahan Ankara Üniversitesi Tıp Fakültesi. Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı

HPV Moleküler Tanısında Güncel Durum. DNA bazlı Testler KORAY ERGÜNAY 1.ULUSAL KLİNİK MİKROBİYOLOJİ KONGRESİ

TIBBİ MİKROBİYOLOJİ ANABİLİM DALI MEZUNİYET SONRASI (UZMANLIK) EĞİTİMİ DERS MÜFREDATI

Çoklu İlaç Dirençli A. baumanni İzolatlarının OXA tipi Karbapenemaz Genlerinin Tespiti ve PFGE ile Moleküler Epidemiyolojik Analizi

HASTANE ENFEKSİYONLARI VE SÜRVEYANS

Acinetobacter Salgını Kontrolü Uzm. Hem. H. Ebru DÖNMEZ

1.5 Kalite Kontrol Bölüm Fiziksel Kalite Kriterleri Bölüm Mikrobiyolojik Kalite Kriterleri Mikrobiyal Kontaminasyon

Çocuk ve Yetişkin Üriner Escherichia coli İzolatlarında Plazmidik Kinolon Direnç Genlerinin Araştırılması

TRANSFÜZYON MERKEZİ HASTALARDA KULLANILAN MİKROBİYOLOJİK TARAMA TESTLERİ TALİMATI

TIBBĠ BĠLĠMLERE GĠRĠġ DĠLĠMĠ MĠKROBĠYOLOJĠ ANABĠLĠM DALI

IV. KLİMUD Kongresi, Kasım 2017, Antalya

KOLONİZASYON. DR. EMİNE ALP Erciyes Üniversitesi Tıp Fakültesi İnfeksiyon Hastalıkları ve Klinik Mikrobiyoloji A.D.

Ulusal Akılcı Antibiyotik Kullanımı ve Antimikrobiyal Direnç Stratejik Eylem Planı

Dilara YILDIRAN. Candida İzolatlarının Tür Düzeyinde. ve MALDI-TOF MS Sistemlerinin Karşılaştırılması. Mikr. Uzm.

Klinik Mikrobiyoloji Testlerinde Doğrulama (verifikasyon) ve Geçerli Kılma (validasyon)

AÇIKÖĞRETİM FAKÜLTESİ ÖĞRETİM YILI UZAKTAN EĞİTİM ÖNLİSANS PROGRAMLARI DERS PLANI GIDA KALİTE KONTROLÜ VE ANALİZİ ÖNLİSANS PROGRAMI

MİKROBİYOLOJİ LABORATUARI ÇORUM G.H.H. MÜD. YRD. ŞEREF EFE KALİTE YÖNETİM DİREKTÖRÜ

Olgularla Klinik Bakteriyoloji: Antibiyotik Duyarlılık Testleri Yorumları. Dilara Öğünç Gülçin Bayramoğlu Onur Karatuna

İyi Bir Laboratuvar Yönetimi Neden Gereklidir?

HASTANE ENFEKSİYONLARI KAÇINILMAZDIR. SADECE BİR KISMI ÖNLENEBİLİR.

ANTİFUNGAL DİRENÇ ve ANTİFUNGAL DUYARLILIK TESTLERİ

Mikobakterilerin İdentifikasyonu M. tuberculosis ve tüberküloz dışı mikobakteri infeksiyonlarında i artış nedeni ile; bakterilerin adlandırılması gere

Cerrahpaşa Tıp Fakültesi Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı. Cerrahpaşa Tıp Fakültesi Enfeksiyon Hastalıkları Anabilim Dalı

Laboratuvar bilgi sistemini mikrobiyolojide ne kadar uygulayabiliyoruz? Dr. Alper AKÇALI Çanakkale Onsekiz Mart Üniversitesi, Tıp Fakültesi

Tüberküloz laboratuvarında kalite kontrol

AÇIKÖĞRETİM FAKÜLTESİ ÖĞRETİM YILI UZAKTAN EĞİTİM ÖNLİSANS PROGRAMLARI DERS PLANI GIDA KALİTE KONTROLÜ VE ANALİZİ ÖNLİSANS PROGRAMI

MOLEKÜLER BİYOLOJİ LABORATUVARI

Yöntem ve Test Seçimine Yaklaşım. Dr. Alpay Özbek Mikrobiyoloji ve Klinik Mikrobiyoloji AD. Dokuz Eylül Üni. Tıp Fak. İZMİR

Klinik Mikrobiyoloji Laboratuarında Validasyon ve Verifikasyon Kursu 12 Kasım 2011 Cumartesi Salon C (BUNIN SALONU) Kursun Amacı:

SAĞLIK ÇALIŞANLARININ ENFEKSİYON RİSKLERİ

Yılları Arasında Ülkemizde Kan Kültürü ve Antibiyotik Duyarlılık Sonuçlarının Değerlendirmesi

BRCA 1/2 DNA Analiz Paneli

REVİZYON DURUMU. Revizyon Tarihi Açıklama Revizyon No

Doç. Dr. Aynur EREN TOPKAYA Maltepe Üniversitesi Tıp Fakültesi

Antimikrobiyal Duyarlılık Testleri (AMD) Hangi Durumlarda Yapılmalı? Genel kavramlar

Mitokondrial DNA Analiz Paneli

TIBBİ MİKROBİYOLOJİ ANABİLİM DALI Tıbbi Mikrobiyoloji Programı

ANTİFUNGAL DİRENÇ MEKANİZMALARI ve DUYARLILIK TESTLERİ. Nilgün ÇERİKÇİOĞLU 2014 MARMARA ÜNİVERSİTESİ TIP FAKÜLTESİ TIBBİ MİKROBİYOLOJİ AD

Genom analizi için belirteç olarak kullanılan DNA dizileri

KISITLI ANTİBİYOTİK DUYARLILIK TESTİ PROSEDÜRÜ

CLOSTRIDIUM DIFFICILE ENFEKSİYONUNDA GLUTAMAT DEHİDROGENAZ VE TOKSİN A/B TESTLERİNİN TANI DEĞERİ VE MALİYET ETKİNLİĞİ

Nozokomiyal Metisiline Dirençli Staphylococcus Aureus Đzolatlarının Tiplendirilmesinde Hangi Yöntemi Kullanalım?

Hafta VIII Rekombinant DNA Teknolojileri

MİKROBİYOLOJİK TARAMA TEST ÇALIŞILMA ESASLARI VE BAĞIŞÇI POZİTİFLİĞİNE YAKLAŞIM

REKOMBİNANT DNA TEKNOLOJİSİ. Araş. Gör. Dr. Öğünç MERAL

POYRAZ TIBBİ CİHAZLAR EDVOTEK

Tüberkülozun Mikrobiyolojik Tanısı. Süheyla SÜRÜCÜOĞLU

TANIMLAR. Dr. Neriman AYDIN. Adnan Menderes Üniversitesi Tıp Fakültesi Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı

Streptococcus pyogenes'in Etken Olduğu Cerrahi Alan İnfeksiyonu Salgını

Kistik Fibrozis DNA Analiz Paneli

Antibiyotik Direncini Önlemek! (Hastane Bakış Açısı) Dr Gökhan AYGÜN İÜC- CTF Tıbbi Mikrobiyoloji AD

Akreditasyon Sertifikası Eki (Sayfa 1/11) Akreditasyon Kapsamı

GIDA LABORATUVARLARI Yılı Eğitim Programı

TÜBİTAK BİDEB LİSE ÖĞRETMENLERİ FİZİK, KİMYA, BİYOLOJİ, MATEMATİK- PROJE DANIŞMANLIĞI EĞİTİMİ ÇALIŞTAYI LİSE3 (Çalıştay 2013) BİYOLOJİ GRUP TUHAF

Genişlemiş Spektrumlu Beta-Laktamaz Üreten Gram Negatif Kan İzolatları: Karbapenemlere Duyarlılık ve Fenotipik/Genotipik Direnç Mekanizmaları

ANTİBİYOTİK DUYARLILIK TEST SİSTEMLERİNİN VERİFİKASYONU

MİKROBİYOLOJİDE BİYOTEKNOLOJİ

HASTANE VE TOPLUM KAYNAKLI STAPHYLOCOCCUS AUREUS İZOLATLARINDA ÇEŞİTLİ VİRÜLANS FAKTÖRLERİNİN REAL-TİME PZR YÖNTEMİ İLE ARAŞTIRILMASI

TÜBERKÜLOZ DIŞI MİKOBAKTERİ ENFEKSİYONLARI. Tanı ve Sorunlar. Süheyla SÜRÜCÜOĞLU. Celal Bayar Üniversitesi Tıp Fakültesi Tıbbi Mikrobiyoloji AD Manisa

MİKROBİYOLOJİDE BİYOTEKNOLOJİ. Doç. Dr. Funda BAĞCIGİL

Niçin PCR? Dr. Abdullah Tuli

DİRENÇLİ BAKTERİ ENFEKSİYONLARINA KARŞI KULLANILAN ANTİBİYOTİKLER

TIBBİ MİKROBİYOLOJİ Dr. Teoman Z. APAN /1 Dr. Latife İŞERİ /2 KOD DERS ADI ÖÜ T P KREDİ AKTS

Transkript:

Salgının Laboratuvar Boyutu Yrd. Doç. Dr. Zeynep ŞENSES GATA Mikrobiyoloji ve Klinik Mikrobiyoloji Anabilim Dalı

Salgın? Bir enfeksiyonun,...beklenenden daha fazla görülmesi Nadir görülen bir enfeksiyonun olgu sayısının artması Beklenen Olgu Sayısı Nasıl belirlenebilir? Sürveyans Verileri 2

Mikrobiyoloji Laboratuvarı Sürveyanstaki Rolü Epidemiler Endemik hastalıklar Enfeksiyon belirlemek ve doğrulamak sürveyans eliminasyon ve eradikasyon Antimikrobiyal direnç sürveyans Spesifik etkenler sürveyans Yeni enfeksiyon etkenleri saptamak 3

Salgın şüphesiü h i Sağlık ğ sisteminin önemli ve öncelikli konulardan birisidir Salgın ile etkin mücadele için etkenin tanınması gerekir Mikrobiyoloji Laboratuvarı sorumlu Salgın araştırma ekibinin vazgeçilmez üyesidir Salgın etken(ler)inin doğru tanımlanmasını sağlamalıdır Salgın etken(ler)inin i antimikrobiyal ik duyarlılıklarını l belirlemelidir l lidi Salgın ile ilgili laboratuvar verilerini zamanında bildirmelidir İzolatları ve verileri arşivlemeli İzolatlar l arasındaki ilişkiyi i belirlemeli l (tiplendirme) 4

Benzer klinik tablo gösteren olguların ihbarı Epidemiyolojik saha araştırması İl Sağlık Md., Temel Sağ. Hiz, Gn. Md., Refik Sayd. Hıfzıssıhha Mrk. Bşk.lığı Laboratuvarların uyarılması*** Pozitif sonuçların alınması, Verilerin Toplanması Olası olgu tanımı Salgına hazırlık İdari kurumlar, görevli bütün birimlerin işbirliği Laboratuvar kapasitesi, kaynakların gözden geçirilmesi Personel desteği sağlanması Salgının araştırılması Kesin Olgu tanımı (laboratuvar bulguları) *** Organizmaların tiplendirilmesi, il i Türlerin tanımlanması Biyotiplendirme Direnç durumları 5

Olguların saptanması *** Salgının doğrulanması Dosya ve verilerin incelenmesi, Epidemiyolojik özelliklerin tanımlanması Moleküler çalışmalar *** Hipotez oluşturma Hipotezin test edilmesi Laboratuvar bulguları desteklemeli *** Verilerin analizi Sonuçların paylaşılması Sonuçların yorumlanması İlişki var mı? *** Kontrol önlemlerinin alınması *** Kontrol önlemleri uygun / yeterli mi? Spesifik etken, kaynak / rezervuara yönelik Kontrol önlemleri salgını durdurdu mu? Bulaşma yolu ortadan kaldırılmalı Sonuçların n rapor edilmesi İlgili meslek gruplarının bilgilendirilmesi Toplantılar ile açık olarak gelişmeler anlatılmalı 6

Mikrobiyoloji Laboratuvarının Primer Görevleri A. Enfeksiyon etkenlerinin doğru tanımlanması 1. Örneğin kalitesi, 2. Tanımlama için yeterli ve uygun tekniklerin kullanılması a) Selektif kültür yöntemlerinin kullanılması b) Özel mikrobiyolojik tekniklerin kullanılması B. Mikroorganizmaların tür düzeyinde tanımlanması C. Antimikrobiyal duyarlılık testlerinin yapılması D. Sonuçların zamanında ve uygun raporlanması, verilerin saklanması F. Kalite kontrol çalışmaları yapılması 7

Örneğin kalitesi Etken Araştırma laboratuvar işlemleri örneğin kalitesi izolasyon & doğru tanımlama yeterince, doğru ğ yerden, uygun teknikle örnekleme uygunsuz örnekleme zaman k kaybı ekonomik kayıplar hatalı sonuç 8

Mikrobiyoloji Uzmanı Güncel kılavuzlar ışığında; Uygun örnek alınması ve gönderilmesini sağlamalı Laboratuvara gelen örneğin ğ kalitesini denetlemeli Örnek kabul kriterleri koymalı ve tavizsiz uyulmasını sağlamalı Ugunsuz örneği reddederek d uygun alınmasını sağlamalı l yeterli/kaliteli/uygun örnek alımı konusunda eğitim vermeli 9

Laboratuvar klinisyenden; en anlamlı testi talep etmesini en doğru örnek türünü seçmesini örneği en uygun şekilde almasını örneği enuygunşartlarda ulaştırmasını bekler Klinisyen; Yüksek riskli (F.tularensis) çoklu ilaca dirençli (M.tuberculosis) benzeri etken şüphesinde mutlaka laboratuvarı uyarmalı (inkübasyon süresi duyarlılık test panelindeki farklılık öncelikle uygulanması gereken test belirlenir) 10

! Örneğin Kalitesini i i Arttırmak Antibiyoterapiden t id önce alınmalı l Kontaminasyonu engellenmeli (flora ve çevre) Yeterli hacim / miktarda olmalı (yalancı negatif sonuçlar ) Direkt test / kültüre edilen vücut sıvıları (BOS, plevra sıvısı) sıklıkla yetersiz Enfeksiyon odağından alınmalı pnömoni tanısında balgam yerine tükürük, gönderilmez sinüzit tanısında nazal sekresyon Alınacağı vücut bölgesi ve enfeksiyon evresi bilinmeli enterik ateşte 1. hafta kan, 2. hafta idrar, 3. hafta dışkı alınması anlamlı Gerekirse örnekleme mikrobiyolog tarafından yapılmalı 11

Örneğin Alınması &Taşınması? Boğaz, ğ deri, mukoz membran > > > > Eküvyon ile sürüntü ü İdrar, balgam, dışkı > > > > Steril, sızıntı yapmayan burgu kapaklı kap Vücut sıvıları, apse vb. > > > > Steril enjektör/ponksiyon iğnesi Anaerop kültür örnekleri > > > > Anaerop taşıma besiyerleri Serolojik tanı için kan > > > > Temiz tüplere (hemolizsiz 5-10 ml) Örnek alındığı bölgedeki olası patojene uygun taşıma by.ne aktarılmalı Örnek en kısa zamanda laboratuvara ulaştırılmalı (+4 C de saklanmalı) Geç aktarım, inkübasyon süresinin kısaltır/uzun zaman alan testlerin ertelenmesine neden olur 12

Eğitim zorunluluktur?! Örnek alımı nasıl yapılmalı? Kjfytfrııoğpıuyğpo uyre*yrere0*646 13

Örneklerle İlgili Laboratuvara Verilecek Önemli Bilgiler Detaylı -doğru olarak hasta ve gönderen kişi / klinik bilgileri Örnek çeşidi ve ayrıntılı bilgileri Örneğe uygulanmış testler ve sonuçları Örnekleme yönteminin uygulanmasındaki hata sonucunda; İdrar kültüründe ü 3f farklı mo üremesi Kan kültüründe deri florasının üremesi Balgamın Gram boyalı yaymasında, x100 büyütmede >10 epitel hücresi, <25 lökosit kontaminasyon 14

Doğru Tanımlama Yeterli ve Uygun Teknikler Kullanılmalıdır Etken çeşitliliği tanı selektif kültür ve teknikler E.coli 0157:H7 sorbitollü Mac Conkey besiyeri VRE vankomisinli Brain-Heart infüzyon agar Hızlı tanımlama / duyarlılığı belirleme özel teknikler 199... Tbc olguları yeni izolasyon - duyarlılık test tekniklerine geçilmiştir 15

Tür Düzeyinde Tanımlama Aynı cins mikroorganizmalar, epidemiyolojik farklılık gösterebildiklerinden tür düzeyinde d tanımlanmaları l büyükük önem taşır Etken mikroorganizma; tür düzeyinde hızlı & güvenilir standartlarda otomatik / yarıotomatik cihaz - kit ile tanımlanabilir 16

Antimikrobiyal Duyarlılıkların Belirlenmesi ve Bildirilmesi Salgında etkenin tanımı kadar duyarlılık paneli de önemli Salgının n kontrolü olü için antimikrobiyal al test sonuçları bilinmeli Uluslararası standartlarda (CLSI) test antibiyotikleri seçilmeli Güncel direnç durumuna göre paneldeki antibiyotikler düzenlenmeli Antimikrobiyal duyarlılık test sonuçları kısıtlı bildirilmeli Rapordaki ilk grup antibiyotiklere direnç varsa ikinci grup bildirilmeli 17

Sonuçların Zamanında Uygun Şekilde Bildirilmesi Kültür / duyarlılık sonuçları sürveyansa önemli bir veri kaynağıdır Veriler günlük olarak toparlanıp p düzenlenmeli Laboratuvar, test sonuçları ilgili birimlere hemen bildirmeli Patojen şüphesinde kesin sonuç beklenmeden ön bildirim yapılmalı Veriler düzeltilebilir ve analiz edilebilir olmalı Salgın ekibi - mikrobiyolog arası süreklibilgialışverişi olmalı Hasta / çevre örnekleri referans laboratuvarlarda refere edilmeli Yerel-ulusal-uluslar arası iyi bir haberleşme ağı kurulmuş olmalı 18

Laboratuvar Zinciri Örnek alımı Bölge Hastane Lab. Hızlı - basit testler Ön işlem + transport Merkez Hastane Lab. Ulusal Referans Lab. Uluslararası Referans Lab. Örnek alımı Ön işlem+transport Sonuç raporu Araştırma çalışmaları Spesifik test yöntemleri Uluslararası referans lab. gönderim Sonuç raporu Araştırma çalışmaları l Eğitim İleri testler Sonuç raporu Araştırma çalışmaları Eğitim 19

Ulusal Referans Laboratuvarı REFİK SAYDAM HIFZISSIHHA MERKEZ BAŞKANLIĞI Salgın Hastalıklar Araştırma Müdürlüğü Mikrobiyoloji ve Klinik Mikrobiyoloji Epidemiyoloji Ünitesi (2000) 1 Mik. ve Kl. Mik. Uzmanı 2 Halk Sağlığı Uzmanı 1 Bilgisayar operatörü Görevleri Laboratuvar hizmetlerinin planlanması Merkez ve il düzeyinde laboratuvar kapasitelerinin geliştirilmesi Uluslararası referans laboratuvarlarla iletişimin sağlanması Laboratuvar rehberlerinin hazırlanması Bilimsel l araştırmalara destek sağlanması TEMEL SAĞ. HİZ. GN. MD. düzenlediği saha çalışmalarına katkı sağlanması 20

İzolatların ve Verilerin Saklanması Salgın ekibinin alacağı kararlar doğrultusunda izolatlar saklanmalı Laboratuvarlar; mo saklayabilecek uygun koşullara sahip olmalı gerektiğinde izolatları canlandırabilmeli salgın etkeni izolatların bilgilerini arşivlemeli salgın hakkındaki bütün verileri tekrar ulaşılabilir şekilde saklamalı 21

Kalite Kontrol Mikrobiyoloji laboratuvarının doğru & güvenilir sonuç vermesi için uluslar arası kabul görmüş standartlarda çalışıyor sonuçlarının güvenilirliği ğ test ediliyor iç ve dış kalite kontrol çalışmaları yapılıyor olmalı 22

Mikrobiyoloji Uzmanının Salgın Ekibindeki Görevi Salgın Ekibinin Diğer Üyelerini, laboratuvar çalışma ve uygulamaları (örnek alma, kültür yöntemleri, duyarlılık testleri, serolojik ve moleküler testler vb.) konusunda bilgilendirmeli, Temel epidemiyolojik kavramlar konusunda bilgi alışverişinde bulunmalı, Bütün sürveyans incelemelerinde; benzer enfeksiyonlu hasta laboratuvarda herhangi h /nadir görülen bir mikroorganizma i sayısında artış görülmesi halinde Klinisyenlerin ve ilgili bütün birim ve kuruluşların dikkatini çekerek ŞÜPHELİ patojenin KAYNAĞINI & GEÇİŞ YOLUNU araştırmak üzere HIZLA HAREKETE GEÇMELİDİR 23

Mikroorganizma(lar)ın Epidemiyolojik Özelliklerinin Araştırılması (Tiplendirme) Salgın etkenimo.nın köken benzerliği /kaynağı araştırılmalıdır Epidemik, endemik, sporadik izolatların ayrımında gereklidir Temel olarak iki grupta incelenir Fenotipik (geleneksel) Tiplendirme Genotipik (moleküler) Tiplendirme İzolat ilişkilerinin araştırılacağı tiplendirme yönteminin seçimi çok önemli Laboratuvar ve personelin yeterlilik derecesi de göz önüne alınarak HIZLI, GÜVENİLİR, PRATİK, UCUZ bir yöntem seçilmelidir Yapılan çalışmalarda henüz altın standart bir yöntem tanımlanmamıştır 24

Fenotipik (Geleneksel / Konvansiyonel) Tiplendirme Yöntemleri Mo.ların; metabolik aktivitelerini ortaya koyan biyotipik profilleri antibiyotik duyarlılıkları Dezavantajı; duyarlı oldukları faj tipleri protein içerikleri gibi özelliklerine dayalı fenotipik yöntemler vardır mo. fenotipleri değişebilir (tahmin edilemez / çevre koşulları etken) Sero / faj tiplendirmede d özgül reaktifler gerekir Çok işlem gerektirir, salgın araştırmalarında yavaş kalır Tek nükleotiddeki nokta mutasyonu; fenotipten sorumlu gen fonksiyonunu / regülasyonunu bozabilir fenotipi farklı,,genotipi ayırt edilemez / aynı izolatlar görülebilir 25

Biyotiplendirme Biyokimyasal özellikler Koloni morfolojisi Çevre koşullarına ş tolerans (bazı by, ekstrem ph ve ısıda üreme vb.) gibi özgül metabolik aktivite paterni ortaya konur Klasik Sınıflandırma (taksonomi) & Rutin Tür İdentifikasyonu Güvenilir, otomatize / modüler paneller (ticari) Bazı mo.ların ayrımında biyokimyasal özellikler yetersiz kalır 26

Antimikrobiyal Duyarlılık Testleri Yeni / alışılmadık l atb. direnç paterni salgının ilk göstergesi olabilir Birçok bakteri izolatına rutin olarak; konvansiyonel / otomatize antibiyogram uygulanır Bu testler kalite kontrolü zor, uygulaması kolay, göreceli daha ucuzdur Direnç fenotip değişkenliği antibiyotiplendirmenin i epidem. değerini ğ i sınırlar Farklı izolatlar aynı, bir izolat (plazmid / transpozon) çoklu direnç gösterebilir Kalitatif Atb. (duyarlı/dirençli) ile sınıflama ilişkisiz izolatlar ayırt edilemez Kantitatif sonuçlar (zon çapı) ile sınıflama Atb.ın tiplendirme gücünü arttırır Antibiyotipleme tek başına kullanılamaz l Endemik / epidemik bir klonun tanımında yararlı bir tarama yöntemidir 27

Faj Tiplendirme Bakteriyofajlar, bakteri hücresini i enfekte edip eriten virüslerdir Epidemiyolojik çalışmalarda ş bakteriler; değişik bakteriyofajlara duyarlılık/dirençliliklerine göre tiplendirilir Yöntemin dezavantajları; stok fajlar, kontrol suşlarının ancak referans lab. bulunur tekrarlanabilirliği zayıf ayrım gücü ü zayıf 28

Genotipik (Moleküler) Tiplendirme Yöntemleri Fenotipik y. dezavantajları nedeniyle kullanıma girmiş Epidemiyolojik ilişkisiz izolatların genetik farklılıklarını gösterir Kromozomal / ekstrakromozomal k genetik element faklılığını l ğ temel alır DNA restriksiyon endonükleaz ile kesilir / nükleik asit amplifikasyonu (çoğaltma) Bakteri, fungus, virus ve protozoonların tiplendirilmesinde kullanılabilir Uygulama kolaylığı, çoğu fenotipik yöntemden daha yaygın kullanımını sağlamış 29

DNA ya Bağlı Yöntemler Plazmid profil analizi (PPA) Restriksiyon endonükleaz analizi (REA) Southern hibridizasyon analizi (SHA) Pulsed field gel elektroforez (PFGE) DNA hibridizasyonu rrna (Ribotyping) Polimeraz zincir reaksiyonu (PCR) Arbitrarily primed PCR (AP PCR) En iyi sonuç, DNA ya bağlı yöntemlerle alınır Aynı suşların aynı, farklı olanların farklı DNA profili gösterilebilir Yapılması basit ve hızlı, Yüksek tekrarlanabilirlik oranına sahip, Zamana bağlı olarak sabit kalabilen, Çok çeşitli patojenlerin identifikasyonunu sağlayabilen, Çok sayıda polimorfizmi tanıma yeteneğine sahip olan, İzolatlar arasındaki farkı tespit edebilen 30

DNA ya Bağlı Testlerin Avantajları Kolonizasyon / enfeksiyon farkını çok iyi ortaya koyabilir Enfeksiyöz / kontaminasyon suşlarını birbirinden i ayırabilir Çapraz enfeksiyonu ortaya koyabilir Tedavi alan hastalarda enfeksiyon relapsını ortaya çıkarabilir DNA ya Bağlı Testlerin Dezavantajları Jel elektroforez şartları, DNA ekstraksiyon sorunları sonuçları değişken yapar Kompleks DNA paternlerinin analizlerinde sorunlarla karşılaşılabilir Referans suşlara oranla standardizasyon eksikliği söz konusudur Bu tür sınırlamalar yorumlarda zorluklara yol açabilmektedir 31

Tüm Hücre Protein Elektroforezi Değişik ik yöntemlerle l serbestleştirilmiş ti il i bakteri proteinleri i poliakrilamid jel elektroforezi (PAGE) ile ayrıştırılır Çok sayıda band oluşmasına rağmen ilişkisiz izolatların patern farkı azdır (ayrım gücü zayıf) Elektroforez koşullarındaki ufak değişikliklerden etkilenir 32

İmmunoblot t Yöntemi (Immunoblotting) Elektroforez sonrası bakteriyel proteinlerin nitrosellüloz membrana aktarımı Membranın spesifik Ab.lar içeren tavşan /i insan serumuyla karşılaştırılması l Membrandaki proteine bağlanmış spesifik Ab.lar enzimle işaretli anti-ig ler ile saptanır Elektroforez koşullarından daha az etkilenir, band sayısı daha az, yorumu kolay C.difficile, S.aureus, A.fumigatus suşlarının tanımında başarılı Yaygın kullanılmaz. Çünkü; Teknik olarak a yoğun çaba gerektirir e Ekstraksiyon yöntemi ve spesifik Ab kaynağının etkileri tanımlanmamıştır Üreme koşullarından (translasyon, ısı, besiyeri bileşimi, ph) etkilenebilir Band paternleri kompleks, küçük farklılıkları belirlemek / yorumlamak zor DNA ya bağlı ğ yöntemler daha üstün ayrım sağlar, ğ daha fazla standardizedir Poliakrilamid Jel Elektroforezi (PAGE) Protein profillerinin ortaya çıkarılması esasına dayanır S.aureus,S.epidermidis,C.difficile,C.albicans,A.fumigatus vb suşlar için kullanılabilir Bant patern görünümleri suşları ortaya koymada yetersiz kaldığı için önerilmez 33

Multilokus Enzim Elektroforezi (MEE) Epidemiyolojik tiplendirmelerde başarı ile uygulanmaktadır İzolatların ayrımında yüksek performans, epidemiyolojik ilişkilileri doğru sınıflayabilir Her mo. genetik kontrollü hücresel enzimlerinin (izoenzim) elektroforetik olarak ortaya konması esastır. Enzimlerin elektromorf denilen elektroforetik hareketlilik değişiklikleri, enzimleri kodlayan kromozomal genlerdeki allelik değişikliklerden kaynaklanır ve yöntem bu farklılığın analizine dayanır Böylece farklı elektromorfların oluşturduğu elektroforetik tipler ortaya çıkar L.pneumophila, S.marcescens, Candida türlerinin tanımlanmasında mükemmel Uygulaması kolay, ayıraçları bulunabilir, enzim profilleri stabildir Paterni göreceli olarak kolay elde edilse de okunması / yorumlanması / kıyaslanması zor 34

Zimotiplendirme (Zymotyping) MEE nin varyasyonudur Bakteriyel elastaz enziminin elektroforetik özelliklerinin farklılığına dayanır Enzimlerin elektroforezdeki hareketliliklerinde oluşan farklılıklara bakılarak izolatların ayrımı yapılır Bütün izolatlar tiplendirilebilir, il paternler stabil ve tekrarlanabilirdir Ayrım gücü; kapsüler tiplendirmeden ede iyi faj tiplendirme / pulsed field gel electrophoresis (PFGE) den kötü Aynı zimotip içinde birkaç genotip olabileceği saptanmıştır Sonuçlarıyla l antibiyotik tik duyarlılık l paternleri arasında uyum yoktur Ayrım gücü mo.ların tiplendirilmesi için yetersizdir Prosedürü tarama testi olarak kullanılamayacak kadar uzundur 35

Moleküler Yöntemler; Spesifik suşların tanımlanabilmesi salgının önlenmesi / kontrolünde önemli gelişmedir Dezavantajları olmasına rağmen fenotipik yöntemlere göre daha ileri ve hızlıdırlar Sınırlı sayıda rutin laboratuvarda kullanılabilir olmaları sorundur Diğer yöntemlerin ise araştırma laboratuvarlarında kullanılması önerilmektedir 36

Bulaşıcı Hastalıklarla Mücadele Genelgesi (17.02.2006 / 23) Hastalık çıkmadan önce İl Merkez İzleme ve Denetim Ekibi Salgında erken uyarı sistemi kurulmalı Muhtemel salgınlar için hareket planları hazırlanmalı Mevcut kaynak (personel, malzeme, araç) kayıtların tutulmalı Salgın konusunda personelin eğitimi sağlanmalı Salgın durumunda koordinasyon sağlanmalı Hastalık çıktıktan sonra veya salgın sırasında Salgın tanımlanmalı ve özellikleri belirlenmeli Risk altındaki nüfus belirlenmeli Hastalık kaynağı, bulaşma yolu belirlenmeli Koruma ve kontrol önlemleri belirlenmeli Halka ve personele sağlık eğitimi verilmeli Rapor hazırlanmalı 37

Mikrobiyoloji Laboratuvarı Salgında Kilit Rol Oynar Salgın / enfeksiyon sayısı arttığında ğ etken hızla tanımlanmalı Laboratuvar-Salgın Ekibi koordinesi ile personel, malzeme ihtiyacı karşılanmalı Olası salgın maliyeti, önceden belirlenerek, harcamaların laboratuvar / salgınla ilgili bölümdeki diğer hastalara yüklenmesi önlenmeli Salgında kaynak ve geçiş yolu dikkate alınarak hasta, hasta ile teması olanlar ve gerekiyorsa çevreden çok sayıda örnek alınmalı Örnekler, şüpheli patojeni izole, diğerlerini inhibe eden selektif besiyerine ekilmeli Koloni yapısına göre izolasyon sağlayan ayırt edici besiyerine de kültüre edilmeli Farklı hastalarda aynı patojen belirlenmesi kaynağın aynı olduğunu gösterir Köken belirlemek için, uygun koşullarda saklanan izolatlara çalışma planlanmalı 38

Sonuç olarak; Mikrobiyoloji laboratuvarı salgın kontrolünde çok önemli role sahip Artan patojen çeşitliliği, hızla yeni teknolojilere yönelme laboratuvar ile salgın araştırma ekibinin mutlak sıkı işbirliğini gerektirir İzolasyon, identifikasyon, tiplendirmenin yeni yöntemlerle yapılması salgın kontrolü çabalarının etkinliğini ğ sağlayacaktırğ Mikrobiyoloji laboratuvarı hızlı tanı & duyarlılık testleri yapabilmeli Epidemiyolojik i tiplendirme veriler ışığında ğ d değerlendirilmesi ğ di il i gereken yardımcı araçlardır 39

Salgının önlenmesi ve kontrolünde; Epidemiyolog Enfeksiyon Hastalıkları Uzmanı Mikrobiyoloji Uzmanı arasında işbirlikçi bir ekip çalışmasına ihtiyaç vardır Ayrıca; Ulusal Referans Laboratuvarı Diğer laboratuvarlar (bölge, üniversite, özel...) Ulusal kurumların işbirliği ve bilgi paylaşımı Ulusal /uluslararası Kurumların işbirliği ve bilgi paylaşımı Epidemiyolojik analiz çalışmaları ve bildirimi yapılmalı Salgın ekibinin başarısında laboratuvar her aşamada aktif rol oynamalı İşbirliği ile laboratuvar düzenli, yararlı olacak ve böylece enfeksiyon kontrol ve önleme aktivitelerinin sistematik olarak yürütülmesi sağlanarak sorunlar daha kolay aşılacaktır 40

41