Pınar AKALIN, Ltd. Şti. Burcu SAYINLI, İstanbul Teknik Üniversitesi Kimya Bölümü Polimer Bilim ve Teknolojisi Ayten Y. KARATAŞ, İstanbul Teknik Üniversitesi Moleküler Biyoloji ve Genetik Bölüm Merkez: Sarıyer Cad. 117/B ABC Plaza İstinye, Sarıyer - İSTANBUL Şube: İ.T.Ü. ARI Teknokent ARI8 Maslak İSTANBUL Tel: (212) 286 2135, 36 Faks: (212) 286 2134 Web: www.sentromer.com
Moleküler uygulamaların başarısı nükleik asit izolasyonunun başarısına bağlıdır. İnhibitör varlığı izolat konsantrasyonunun olduğundan düşük görünmesine ve yanlış negatif sonuca neden olur. İnhibitörden etkilenmeyen, seçici DNA İzolasyonu Hesaplı ve özel bir lab cihazı gerektirmeden tek step hedef NA saptaması (Biyosensör entegrasyonuna uygun) SKY-FOM009v001 14.12.2016-2/16
Grafik: Jacob A. DOI: 10.7759/cureus.170 Manyetik nanopartikül: 5-500 nm Manyetik mikropartikül: 0.5-500 µm çapındadır SKY-FOM009v001 14.12.2016-3/16
MNP-Oligo Fe 2 O 3 -SiO 2 -C=O-O-N-DNA SKY-FOM009v001 14.12.2016-4/16
CCCCCCGCTAGCTACGTAGCTCGTAG MNP-Oligo kompleksi (COLA) SKY-FOM009v001 14.12.2016-5/16
COCA: COLA-Adaptor COLA: Carboxy Linked Amino Complex CCCCCCGCTAGCTACGTAGCTCGTAG CATCGAGCATCAAGCTTACGC... MNP-Oligo kompleksi (COLA) Hedef DNA ya Özgü Adaptör Prob (50 baz) (COCA) TTCGAATGCGATCTACTG CATCGAGCATCAAGCTTACGCTAGATGAC AGCTAGCTACGTAGCTCGTAG SKY-FOM009v001 14.12.2016-6/16
Coca-Cola lı SKY-FOM009v001 14.12.2016-7/16
1.2MNP-6Cola 2.2MNP-3Cola 3.2MNP-Cola 11 ng/ul 14 ng/ul 17 ng/ul qpcr da saptanamadı SKY-FOM009v001 14.12.2016-8/16
LAMP (isothermal PCR) Bst1 SKY-FOM009v001 14.12.2016-9/16
LAMP (isothermal PCR) Bst1 Notomi et al. 2000 SKY-FOM009v001 14.12.2016-10/16
LAMP primerleri
1.2MNP-6Cola 2.2MNP-3Cola 3.2MNP-Cola 11 ng/ul 14 ng/ul 17 ng/ul LAMP aşaması eklendiğinde >100 kat artış kaydedildi Şekil 2: Salmonella qpcr doğrulaması SKY-FOM009v001 14.12.2016-13/16
MNP-Oligo kompleksi (COLA) CATCGAGCATCAAGCTTACGCTAGATGAC AGCTAGCTACGTAGCTCGTAG Adaptör Prob (COCA) MNP- COOH SKY-FOM009v001 14.12.2016-14/16
AGCTAGCTACAAGCTTACGCTAGATGACGGTGAGACC... Hedefe özgü oligonükleotid bağlı MNP MNP-COOH SKY-FOM009v001 14.12.2016-15/16
1.2MNP-6Cola 2.2MNP-3Cola 3.2MNP-Cola 11 ng/ul 14 ng/ul 17 ng/ul Doğrudan MNP bağlı hedef DNA ile yapılan deneyde 10 kat artış kaydedildi SKY-FOM009v001 14.12.2016-16/16
0,005 0,000 Su içinde, Suya kar si baseline MNP (only) MNP-Cola MNP-3C-Cola MNP-6C-Cola MNP-6C-amino-ttr4 MNP-30T -0,004 Su içinde, Suya karsi baseline MNP (only) MNP-Cola MNP-3C-Cola MNP-6C-Cola MNP-6C-ttr4 MNP-30T Absorbans (A) -0,005 Absorbans (A) -0,006-0,008-0,010-0,010 4250 4000 3750 3500 3250 3000 2750 2500 1800 1750 1700 1650 1600 1550 1500 1450 1400 1350 1300 Da lga Sayisi (cm -1 ) Da lga Sayisi (cm -1 ) IR Absorbansları 3428 cm -1 O-H gerilme titreşimi 1680 cm -1 O-H eğilme titreşimi 1481 cm -1 O=C=O gerilme titreşimi 2963-2669 cm -1 C-H gerilme titreşimi IR Absorbansları Guanin 1710 cm -1 C-O gerilme titreşimi 1527 cm -1 Molekül düzlem titreşimi Timin 1663 cm -1 C=O gerilme titreşimi Adenin 1610 cm -1 C=N gerilme titreşimi Sitozin 1491 cm -1 Molekül düzlem 1527 cm -1 titreşimi SKY-FOM009v001 14.12.2016-17/16
Aynı Yüzde Seyreltmedeki Oligo Bağlı MNP lerin Empedans Ölçümleri Z (kohms) Zim/kohm 550 500 450 400 350 300 250 200 150 100 50 0 MNP-Cola_%0,18 (v/v) MNP-3C-Cola_%0,18 (v/v) MNP-6C-Cola_%0,18 (v/v) MNP-30T_%0,18 (v/v) PBS 0,024 0,032 0,040-50 -50 0 50 100 150 200 250 300 350 400 450 500 550 Zre/kohm 600 MNP-Cola_%0,18 (v/v) MNP-3C-Cola_%0,18 (v/v) MNP-6C-Cola_%0,18 (v/v) 500 MNP-30T_%0,18 (v/v) PBS 400 300 200 100 Z (kohms) 36 27 18 Zim/kohm 0,004 0,002 0,000 Zre/kohm 0,8 0,9 1 1,1 1,2 Frequency (Hz) Phase of Z (deg) Yim (ms) 90 80 70 60 50 40 30 0,01 0,012 0,014 20 MNP-Cola_%0,18 (v/v) 10 MNP-3C-Cola_%0,18 (v/v) MNP-6C-Cola_%0,18 (v/v) 0 MNP-30T_%0,18 (v/v) PBS -10 1E-3 0,01 0,1 1 10 100 1000 100001000001000000 25 20 15 10 5 Frequency (Hz) Phase of Z (deg) 28 24 20 Frequency (Hz) MNP-Cola_%0,18 (v/v) MNP-3C-Cola_%0,18 (v/v) MNP-6C-Cola_%0,18 (v/v) MNP-30T_%0,18 (v/v) PBS 0 1E-3 0,01 0,1 1 10 100 1000 100001000001000000 Frequency (Hz) 0 0 10 20 30 40 50 60 Yre (ms) SKY-FOM009v001 14.12.2016-18/16
1 µm 0,5 µm 0,3 µm MNP (only) MNP-3C-Cola MNP-6C-Cola T u t k u g e n e t i k t i r. SKY-FOM009v001 14.12.2016-19/30
1 µm MNP (only) MNP-3C-Cola MNP-6C-Cola MNP-30T MNP-6C-ttr4 T u t k u g e n e t i k t i r. SKY-FOM009v001 14.12.2016-20/30
MNP (only) MNP-Cola MNP-3C-Cola MNP-30T MNP-6C-Cola
SEM Görüntüleri_500nm ölçekte MNP (only) MNP-3C-Cola
Biz sentezledik Ticari, hazır alındı ttr4 primeri dt20mer primeri
Çalışmada iki tür manyetik nanopartikülün kombine kullanımı ve LAMP aşamasıyla seçici ve hassas saptama yapılabileceği gösterilmiştir. Adaptör oligosuz doğrudan hedefe özgü MNP ile daha yüksek DNA eldesi gözlemlenmiştir. Amino modifiye oligoların MNP ye bağlanması iyileştirilirse daha iyi sonuç alınabilir. SKY-FOM009v001 14.12.2016-24/16
SentroPure DNA Ekstraksiyon ve Saflaştırma SentroPlex Real-time PCR SentroPrime Oligo Sentezleme PCR ve Dizileme Primerleri
Teşekkür ederiz! Proje No: 1130145. TÜBİTAK-TEYDEB 1511 Öncelikli Alanlar Araştırma Teknoloji Geliştirme ve Yenilik Projeleri Programı ile desteklenmiş tarafından yürütülmüştür. SKY-FOM009v001 14.12.2016-26/16