GENETİK HASTALIKLAR TANI MERKEZİ BİLGİLENDİRME KİTAPÇIĞI / TEST REHBERİ

Transkript

1 GENETİK HASTALIKLAR TANI MERKEZİ BİLGİLENDİRME KİTAPÇIĞI / TEST REHBERİ

2

3 GENETİK HASTALIKLAR TANI MERKEZİ BİLGİLENDİRME KİTAPÇIĞI / TEST REHBERİ

4

5 BİLGİLENDİRME KİTAPÇIĞI / TEST REHBERİ ÖNSÖZ Günümüzde genetik teknolojilerde yaşanan hızlı gelişmeler pek çok hastalıkta kesin tanı olanağı sunmaktadır. Hastalıkların genetik temelinin yaşanan bu teknolojik gelişmelere de bağlı olarak zaman içinde daha anlaşılır hale gelmesi, genetik bilimini tanı ve tedavi süreçlerinin vazgeçilmez bir unsuru haline getirmiştir. Ankara Numune Eğitim Araştırma Hastanesi olarak biz de, güncel teknolojik donanım ışığında hastalarımıza en iyi sağlık hizmetini sunma gayretiyle sadece hastanemize tedavi olmak için gelen değil ülkemizdeki tüm hastanelerde tedavi olan hastalarımız için Genetik Hastalıklar Tanı Merkezimizi hizmete açtık. Ülkemizdeki tüm hastaların ihtiyacına cevap verebilmek için kapsamlı bir test listesiyle hizmete başlayan Genetik Laboratuvar, Genetik Polikliniği ve Nadir Hastalıklar Polikliniğinden oluşan merkezimiz, Tıbbi Genetik ile ilgili sağlıklı ve doğru bilgiye ulaşabilmek için genetik danışmanlık verilmesinin yanı sıra genetiğin hemen her alanında, gelişen yeni teknoloji ve yöntemler eşliğinde uluslararası kalite standartlarına ve etik kurallara uygun, güvenilir, kaliteli, verimli klinik ve laboratuvar hizmeti sunmayı amaçlamaktadır. Genetik biliminin sağlık alanındaki uygulamaları her gecen gün artarak devam etmektedir. Özellikle hastalıklardan sorumlu biyolojik yolakların ve belirteçlerin keşfi ve farmakogenetik alanındaki gelişmeler ile başta kanser hastalarında olmak üzere kişiye özgü tıp dediğimiz bireysel tedaviler kullanıma girmiştir. Kişide hastalığa özel genetik değişiklik saptanarak hedefe yönelik ilaç başlanabilmektedir. Tıbbi Genetik, hematolojik ve onkolojik malignitelerin tanı ve tedavisinde yer almakla birlikte; ilaçlara yanıtta metabolize edici enzimlerdeki genetik değişikliklerin rolünün anlaşılması ile kalp hastalıklarından diabete pek çok hastalığın tedavisinde kullanılan ilaç tipinin ve dozunun belirlenmesinde de önemli rol oynamaktadır. Ayrıca; genetik klinik ve laboratuar hizmetleri kapsamında prenatal genetik tanı ile riskli gebeliklerin değerlendirilmesi, kromozomal bozuklukların ve çoklu konjenital anomalili bireylerin teşhisi, endokrin, metabolik hastalıklar gibi pek çok hastalığın moleküler tanı ve tedavisi gibi hizmetler mümkün olmakta ve preimplantasyon genetik tanı kullanılarak gebelik öncesinde kromozom bozukluları ve tek gen hastalıklarının tanısı ve önlenebilmesi amaçlanmaktadır. Bu hastalıkların erken tanısı ve önlenebilmesi ile genetik hastalığı olan bireylere hayat boyu yapılacak sağlık harcamalarının önüne geçilmiş olunacaktır. Genetik Hastalıklar Tanı Merkezimizde de; Tıbbi Genetiğin şimdiki uygulamaları olan her alanda genetik hastalıkların tanısı ve tedavisinin takibi yapılmaktadır. Amacımız, bilim ve teknolojinin gelişmesine entegre olarak gen ayıklama ile sağlıklı nesillerin temini, hatta gen tedavisi süreçlerinin rutin olarak uygulanabileceği bir merkez olarak Türkiye deki tüm hastalara, teknoloji ve tıp alanındaki gelişmeler ışığında sağlık hizmeti sunmaya devam etmektir. Prof. Dr. Nurullah ZENGİN Hastane Yöneticisi 3

6 GENETİK HASTALIKLAR TANI MERKEZİ İÇİNDEKİLER ENDOKRİN/METABOLİZMAHEMATOLOJİHEMATOLOJİ/ONKOLOJİİLAÇ DİRENCİNADİR HASTALIKLAR ONKOLOJİREPRODÜKTİF GENETİKRUTİN GENETİKTROMBOFİLİ/KARDİYOVASKÜLERTEST LİSTESİ numunegenetik@anh.gov.tr

7 BİLGİLENDİRME KİTAPÇIĞI / TEST REHBERİ Genetik Hastalıklar Tanı Merkezi Hakkında Genetik Hastalıklar Tanı Merkezi bünyesinde; genetik hastalık şüphesi/tanısı ile başvuran bireylere klinik değerlendirme, gerektiğinde laboratuvar testlerinin yapılması ve sonuçların yorumlanarak genetik danışma eşliğinde hastaya verilmesi işlemleri entegre olarak kullanılıp genetik tanı ve takip hizmetleri hastalara bir bütün olarak sunulmaktadır. Ankara Numune Eğitim ve Araştırma Hastanesi bünyesinde Siteler Semt Polikliniği nde kurulan merkezimize, Kamu Hastaneler Kurumu 1. Bölge Genel Sekreterliği ne bağlı tüm sağlık kurumlarına otomasyon entegrasyonu yapılarak, bu kurumlardan gönderilen hasta numuneleri de kabul edilmektedir. Merkezimizde, sadece hastanemize ve bağlı kurumlara değil, Ankara ili genelinde hatta ihtiyaç halinde ülkemizin tüm bölgelerinden yönlendirilecek olan hastalara da hizmet vermek hedeflenmektedir. Tıbbi Genetik Polikliniğinde, her türlü nadir hastalık şüphesi olan hasta değerlendirilerek klinik tanı hizmeti verilmektedir. Kendisinde veya ailesinde genetik bir hastalık bulunan her yaş gurubundan hasta merkezimize başvurabilmekte, muayene olup klinik tanı alabilmekte, hastalığının genetik tanısı için gerekli testler planlanabilmektedir. Hastalar sonuçları ile genetik danışmanlık almak için de başvurabilmektedirler. Laboratuvarımızda sık çalışılan testlerle ilgili açıklamalar test katalogunda mevcut olup, listede bulunan diğer testlerle ilgili gönderim koşulları hakkında ayrıntılı bilgi, merkezimizle irtibata geçilerek öğrenilebilmektedir. Uzm. Dr. Büşranur ÇAVDARLI Genetik Hastalıklar Tanı Merkezi Sorumlusu 5

8 GENETİK HASTALIKLAR TANI MERKEZİ Genetik Hastalıklar Tanı Merkezimiz hastanemizin Siteler Polikliği nde yaklaşık 250 m 2 alanda kurulmuş olup; GLP standartlarına (İyi Laboratuvar Uygulamaları) uygun olarak antibakteriyel zemin, duvar döşemesi, hepa-filtreli havalandırma sistemleriyle tasarlanmıştır. 6 numunegenetik@anh.gov.tr

9 BİLGİLENDİRME KİTAPÇIĞI / TEST REHBERİ Laboratuvarımızda otomatik DNA izolasyon cihazı, DNA dizi analizi ve kantitatif Real Time sistemleri ile geniş bir test panelinde hizmet verilebilmektedir. 7

10 GENETİK HASTALIKLAR TANI MERKEZİ 8

11 BİLGİLENDİRME KİTAPÇIĞI / TEST REHBERİ Laboratuarımıza bağlı sağlık tesislerimizden iletilen ve polikliniğimize ayaktan başvuran hastalarımızdan alınan numuneler çalışılacak testin tipine ve önceliğine göre muhtemel raporlama sürelerine bağlı kalınarak çalışmaya alınmaktadır. 9

12 GENETİK HASTALIKLAR TANI MERKEZİ ENDOKRİN / METABOLİZMA Açıklama Sinonim Raporlama Süresi Numune Çeşidi / Kabı / Miktarı Taşıma Sıcaklığı / Süresi 01 CAH (CYP21A2) DİZİ TESTİ Konjenital adrenal hiperplazi (KAH) adrenal korteksteki kortikosteroid sentezinin oluşmasını engelleyen, bu nedenle de adrenal bezlerde hiperplaziye yol açan bir grup kalıtsal enzim eksikliğidir. Kortizol biosentez yolu ile ilgili 5 enzimden birinde (kolesterol yan zincir yıkım enzimi, 3-beta-hidroksisteroid dehidrogenaz, 17-hidroksilaz, 21-hidroksilaz ve 11-hidroksilaz) oluşan bir defekt KAH oluşumdan sorumludur. KAH Otozomal resesif kalıtılır. En sık görülen enzim defekti 21-Hidroksilaz defektidir. Klasik ve Klasik olmayan form olarak iki gruba ayrılır. Klasik form ise kendi içinde tuz kaybettiren form ve virilazan form olarak ikiye ayrılır. Konjenital Adrenal Hiperplazi, KAH, 21- OH, 21- Hidroksilaz, CYP21A2 geni 1 ay 02 MEN1 DİZİ TESTİ Multipl endokrin neoplazi (MEN) sendromlarına yol açan tümörler nöroendokrin APUD hücrelerinden kaynaklanır. Hepsi otozomal dominant geçiş gösterir. MEN sendrom dışı meduller tiroid kanseri (MTC) yanında 3 adet MEN sendromu bulunmaktadır. MEN 1 oldukça nadir bir hastalıktır. Prevalansı bin kişi başına 0.02 ve 0.2 arasındadır. MEN-1 paratiroid bezlerin hiperplazisi ya da adenomupankreas adacık ve hipofiz bezini tutma ile karakterizedir. MEN 1 de tanımlanan diğer tümörler, vipoma, glukagonoma, somatostatioma ve PPoma dır. MEN-1 geni 11. kromozomun uzun kolundadır ve muhtemelen bir tümör supressor gendir. Multipl Endokrin Neoplazi Tip I 1 ay 03 MODY GENİ DİZİ TESTİ MODY (Maturity Onset Diabetes Of Young) Tip I ve Tip II diyabetten farklı olarak nadir görülen bir diyabet formudur. Düşük prevalansa sahip otozomal dominant bir hastalıktır ve genetik heterojeniteye sahiptir. Etnik grup,beslenme,kilo vs. faktörlerden bağımsız olarak 25 yaş öncesinde ortaya çıkmaktadır. Şu ana kadar tanımlanmış tiplerinden sırasıyla, MODY tip2: GCK(glucokinase), MODYtip3: HNF1A(hepatocyte nuclear factor-1alpha), MODYtip1: HNF4A (nuclear factor-4- alpha), MODY Tip5: HNF1B (hepatoksit nükleer faktör 1Beta) çalışılması önerilir. Maturity- Onset Diabetes of the Young, Gençlikte Ortaya Çıkan Erişkin Tip Diyabet (GCK, HNF1A, HNF1B, HNF4A) herbiri 2 ay 10 numunegenetik@anh.gov.tr

13 BİLGİLENDİRME KİTAPÇIĞI / TEST REHBERİ ENDOKRİN / METABOLİZMA Açıklama Sinonim Raporlama Süresi Numune Çeşidi / Kabı / Miktarı Taşıma Sıcaklığı / Süresi ÇÖLYAK HASTALIĞI Genetik açıdan çölyak hastalığı, hem çevresel (gluten) hem de genetik faktörlerin (MHC genleri) etkili olduğu multifaktöriyel bir hastalıktır. Çölyak Hastalığının 6p21 Celiac Disease, üzerinde lokalize olan HLA-DQ2 ve HLADQ8 olarak bilinen HLA klas II genleri ile CD, HLA DR, 04 ilişkisi bilinmektedir. Çölyak Hastalarının yaklaşık %95 inde HLA-DQ2 eksprese olur DQ Tiplendirmesi, 1 ay Çölyak Hastalığı Yatkınlık Analizi iken geri kalanı ise HLA-DQ8 pozitif gruptur. Ancak Kafkas ırkında HLA-DQ2 alleli %30 sıklıkla taşınmaktadır. Dolayısıyla HLA-DQ2 veya HLA-DQ8 hastalık oluşumu için gerekli ancak yeterli değildir ve tahmini risk oranı %36-53 olarak verilebilir. Laboratuvarımızda HLA-DQ2A1 0501/0505 HLA-DQ2B1 0201/0202, HLA-DQ8A HLA-DQ8B r allelleri çalışılmaktadır. 11

14 GENETİK HASTALIKLAR TANI MERKEZİ HEMATOLOJİ Açıklama Sinonim Raporlama Süresi Numune Çeşidi / Kabı / Miktarı Taşıma Sıcaklığı / Süresi 05 ABL1 DİZİ TESTİ (İMATİNİB DİRENCİ) 9q34 bölgesinde bulunan ABL1 geninin 5 kısmına yakın bir bölgeden kırılması ile 3 tarafında kalan parçanın, 22q11 BCR geninin 3 kısmına yakın bir bölgeden kırılan bu bölgeyle füzyonu sonrasında BCRABL1 füzyonu ortaya çıkar. Translokasyon sonrasında ortaya çıkan yeni kimerik gen, artmış tirozin kinaz aktivitesine sahip bir ABL1 proteininin (p210 füzyon proteini) üretilmesine neden olur. T315I mutasyonu, imatinib direnci, glivec direnci 10 gün Kan/ Kemik iliğimor Kapaklı 06 ALFA TALASEMİ MUTASYON TARAMASI Alfa-talassemi, normal olarak var olan a-globin genlerinin biri veya tümündeki (dört adet) değişimlere bağlı olarak a-globin zincir sentezinin azalması ile karakterizedir. Akdeniz anemisi 15 gün 07 AML TARAMA TESTİ Akut Miyeloblastik Lösemi, Akut Miyelojenik Lösemi, Akut Granülositik Lösemi, Akut Nonlenfositik Lösemi olarak da adlandırılan Akut Miyeloid Lösemi (AML) kemik iliğinin bir çeşit kanseridir. Kemik iliğindeki öncü hücrelerin somatik hasarı neticesinde ortaya çıkar. Beyaz kan hücrelerimizinden olan granülositlerin ve monositlerin blast adı verilen öncü hücrelerinin olgunlaşma süreçleri bozulur. Laboratuvarımızda AML Tarama Testi kapsamında t(8;21), t(9;22), t(10;11), inv(16), t(6;9), t(6;11), t(9;11), partial tandem duplikasyon (PTD), t(3;5), t(15;17) parametrelerinin pozitiflğine bakılmaktadır. Akut Myeloblastik Lösemi Tarama Paneli 10 gün Kan/ Kemik iliği/mor Kapaklı 08 BETA TALASEMİ (BETA GLOBİN GENİ-HBB DİZİ Beta talasemi kalıtsal olarak geçen, önlenebilir bir kan hastalığıdır. Türkiye nin de içinde olduğu Akdeniz ülkelerinde önemli bir halk sağlığı sorunudur. Taşıyıcıların saptanması, genetik danışma ve doğum öncesi tanı konabilmesiyle engellenebilir bir hastalık olmasına rağmen, dünyada her yıl en az talasemi hastası doğmakta ve tedavi görmektedir. Türkiye de yaklaşık talasemi taşıyıcısı ve kadar talasemi hastası vardır. HBB Dizi Analizi, Akdeniz anemisi 15 gün 12 numunegenetik@anh.gov.tr

15 BİLGİLENDİRME KİTAPÇIĞI / TEST REHBERİ HEMATOLOJİ Açıklama Sinonim Raporlama Süresi Numune Çeşidi / Kabı / Miktarı Taşıma Sıcaklığı / Süresi 09 FLT3 MUTASYON ITD TESTİ FLT3 (fms-related tyrosine kinase 3) geni, akut miyeloid lösemide (AML) en sık mutasyona uğrayan ve hastalığın patogenezi ile ilişkilendirilen gendir. AML hastalarının blast hücrelerinin %17-34 ün de FLT3 geninin sitoplazmik domaininde yer alan juxtamembran (JM) bölgesinde internal tandem dublikasyonlar (ITD) gözlenir. ITD, Asp835Tyr 10 gün Kan/ Kemik iliği/ Mor Kapaklı 10 İNVERSİYON(16)(P13;Q22) (CBFB-MYH11) (RT-PCR) Inv(16)(p13q22) veya varyant t(16;16)(p13;q22) kromozomal anomalileri AML hastalarında sıklıkla (yaklaşık %16) sında gözlenen kromozomal değişimlerdir. Anormal kemik iliği eozinofilleri (FAB alt tip M4Eo) ve miyelo-monositik diferansiasyon gösteren vakalar ile ilişkilidir. Moleküler düzeyde 16q22 yerleşimli core binding factor β (CBFβ) geni yer değişim sonrasında 16p13 yerleşimli myosin heavy chain (MYH11) geniyle rekombine olarak CBFβ-MYH11 füzyon geni ortaya çıkar. inversiyon (16)(p13;q22), inv (16)(p13;q22), CBFB yeniden düzenlenmeleri 10 gün Kan/ Kemik iliği/ Mor Kapaklı 11 JAK2 EKZON 12 MUTASYONLARI Janus Kinaz 2 (JAK2), büyüme faktörü reseptör sinyaline aracılık eden sitoplazmik bir tirozin kinaz olup hematopoetik büyüme faktörlerinin kan hücreleri üzerindeki etkisini düzenler. JAK2 geni 9. kromozomun kısa kolu (9p24.1) üzerinde yer alır. Myeloproliferatif hastalıklarda gözlenen en önemli mutasyon ise V617F dir. JAK2 V617F mutasyonu ve MPL mutasyonları saptanmayan hastalarda ekzon 12 analizi yapılması önerilmektedir. JAK2 exon12 10 gün Kan/Kemik iliği/ Mor Kapaklı 12 JAK2 V617F MUTASYON TESTİ Janus Kinaz 2 (JAK2), büyüme faktörü reseptör sinyaline aracılık eden sitoplazmik bir tirozin kinaz olup hematopoetik büyüme faktörlerinin kan hücreleri üzerindeki etkisini düzenler. JAK2 geni 9. kromozomun kısa kolu (9p24.1) üzerinde yer alır ve 25 ekzondan oluşur. Kronik myeloproliferatif hastalıklarda gözlenen en önemli mutasyon ise V617F dir. Janus Kinaz, V617F 10 gün Kan/Kemik iliği/ Mor Kapaklı 13

16 GENETİK HASTALIKLAR TANI MERKEZİ HEMATOLOJİ Açıklama Sinonim Raporlama Süresi Numune Çeşidi / Kabı / Miktarı Taşıma Sıcaklığı / Süresi 13 KİMERİZM TESTİ (Aynı Cinsiyetten Transplantasyon Sonrası) Lösemi vb. hastalıklarda uygun verici bulunması durumunda allojenik kemik iliği nakli yapılarak kür sağlanabilmektedir. Nakil sonrasında transplantasyonun başarısının takibi kimerizm testi ile yapılmaktadır. Günümüzde FISH veya PCR tabanlı testler uygulanabilmektedir. Alıcı ve vericinin cinsiyetlerinin aynı olması durumunda FISH tekniği ile kimerizm tayini yapılması mümkün değildir. Bu tür olgularda; PCR tabanlı testlerle spesifik loküsler incelenerek kimerizm oranları belirlenebilir gün 14 MPL W515L ve W515K MUTASYON TESTİ W515L/K mutasyon varlığı, JAK-2 V617F negatif olan veya Ph kromozomuna sahip olmayan kronik myeloproliferatif hastalarda klonalitenin saptanmasında yardımcı olabilmektedir. CAMT, Trombopoietin Receptor Geni (TPOR), Konjenital Amegakaryositik Trombositopeni 10 gün Tüp 2 Ml 15 NPM1 MUTASYON TESTİ Sitogenetik olarak normal olan AML hastalarının yaklaşık %60 ında NPM1 geni 12. ekzonunda mutasyonlar saptanmaktadır. Yapılan çalışmalarda 40 a yakın mutasyon tanımlanmış olup bunlar sıklıkla 4 baz insersiyonu şeklindedir. En sık gözlenen mutasyon ise TCTG duplikasyonudur (%70-80). Bu mutasyonlar; tedaviye yanıt, minimal rezidüel hastalık takibi ve hastalık tekrarının erken saptanması konularında bilgi verici olan iyi bir prognostik marker kabul edilmektedir. NPM1 geni; 5. kromozomun uzun kolunda (5q35.1) lokalize olup 12 ekzondan meydana gelir. NUCLEOPHOSMIN/ NUCLEOPLASMIN FAMILY, MEMBER 1; NPM1 10 gün 14 numunegenetik@anh.gov.tr

17 BİLGİLENDİRME KİTAPÇIĞI / TEST REHBERİ HEMATOLOJİ Açıklama Sinonim Raporlama Süresi Numune Çeşidi / Kabı / Miktarı Taşıma Sıcaklığı / Süresi 16 T315I MUTASYON TESTİ ABL1 geninin 6. ekzonunda T315I mutasyonu varlığında Imatinib (Gleevec) tedavisine direnç gözlenmektedir. Hastalarda sık gözlenen diğer mutasyonlar ise sırasıyla, Y253F/H, ED255D/K/R/V, M351T, G250A/E and F359C/L/V dir. İmatinib direnci, glivec direnci, ABL geni P loop mutasyonları 10 gün Kan/Kemik İliği/ Mor Kpaklı Tüp/2Ml 17 t(1;19) (q23;p13) Translokasyonu (RT-PCR) Genel olarak t(1;19)(q23;p13.3) translokasyonu pre-b akut lenfoblastik lösemi (ALL) ilişkilidir ve kötü prognoza sahiptir. t(1;19)(q23;p13), E2A/PBX1 füzyonu 10 gün Kan/ Kemik iliği/ Mor Kapaklı 18 t(14;18) (q32;q21) Translokasyonu (RT-PCR) KLL hastalarında saptanan IGH bölgesi yeniden düzenlenmeleri içerisinde en sık gözlenen ikinci değişikliktir. Ayrıca, sitogenetik olarak IGH/BCL2 den ayırt edilmesi zor olan ve folliküler lenfomada gözlenen IGH/MALT1 translokasyonun ayırıcı tanısında da faydalıdır. API2/MALT1 Yeniden Düzenlenmeleri - Füzyonu 15 gün Kan/ Kemik iliği/mor Kapaklı 19 t(4;11) (q21; q23 Translokasyonu (RT-PCR) 11q23 akut lösemilerde sıklıkla yeniden düzenlenmelere uğrayan kromozomal bir bölgedir.yeniden düzenlenmeler sıklıkla dengeli translokasyonlar şeklinde olsada, dengesiz translokasyonlar, inversiyonlar, insersiyonlar ve rastgele duplikasyonlarda gözlenmektedir. Bu bölgede yer alan ve bir transkripsiyonel düzenleyici protein kodlayan MLL geni ve farklı partner genler ile birleşerek sıklıkla birçok yeniden düzenlenmenin içerisinde yer alır. En sık gözlenen yeniden düzenlenmelerden birisi t(4;11)(q21;q23) dir. MLL geni ve AF4 geni bir araya gelerek kimerik MLL-AF4 onkogeni oluştururlar. t(4;11)(q21;q23) translokasyonu akut lenfoblastik lösemi hastalarının %10 un da, yenidoğan lösemilerininde %80 inden fazlasında gözlenir. t(4;11)(q21; q23), MLL/AF4 füzyonu 10 gün Kan/ Kemik iliği/ Mor Kapaklı 15

18 GENETİK HASTALIKLAR TANI MERKEZİ HEMATOLOJİ Açıklama Sinonim Raporlama Süresi Numune Çeşidi / Kabı / Miktarı Taşıma Sıcaklığı / Süresi 20 t(8;21)(q22; q22) Translokasyonu AML1-ETO (RT-PCR) t(8,21)(q22;q22) akut miyeloid lösemi de (AML) en sık gözlenen kromozomal anomalidir. AML M2 olarak sınıflandırılmış pediatrik lösemilerin yaklaşık %40 ında, erişkin AML vakalarının ise yaklaşık %10 unda bulunmaktadır. 21 numaralı kromozomda bulunan AML1 geni (exon 5), 8 numaralı kromozomda bulunan ETO geni (exon 2) ile birleşerek AML1-ETO füzyon genini oluşturur. t(8;21)(q22;q22), ETO/AML1 füzyonu 10 gün Kan/ Kemik iliği/ Mor Kapaklı 21 t(9;22) (q34;q11.2) Translokasyonu BCR-ABL Mbcr p210 (RT-PCR) t(9;22)(q34;q11.2) translokasyonu bir diğer adıyla BCR-ABL füzyon geni başta KML olmak üzere ALL ve AML de de gözlenir. Oluşan Philadelphia kromozomu varlığı tirozin kinaz inhibitörleri kullanımı için endikasyon oluşturmaktadır. Bu üç hastalıkta görülen translokasyonlar birbirinden farklıdır. Farklı kırılma noktaları ile ortaya çıkan kimerik BCR-ABL füzyon genleri temel olarak P190 (minor bcr), P210 ve P230 (majör bcr) olmak üzrere üç temel formdadır. P190 tipi erişkin ALL hastalarının %60 ında, pediatrik ALL vakalarının da %80 inde görülmektedir. t(9;22) (q34;q11.2), t(9;22), BCR/ABL füzyonu, Ph kromozomu, Philadelphia kromozomu, majör BCR 10 gün Kan/Kemik iliği Mor Kapaklı 22 t(9;22) (q34;q11.2) Translokasyonu BCR-ABL mbcr p190 (RT-PCR) t(9;22)(q34;q11.2) translokasyonu bir diğer adıyla BCR-ABL füzyon geni başta KML olmak üzere ALL ve AML de de gözlenir. Oluşan Philadelphia kromozomu varlığı tirozin kinaz inhibitörleri kullanımı için endikasyon oluşturmaktadır. Bu üç hastalıkta görülen translokasyonlar birbirinden farklıdır. Farklı kırılma noktaları ile ortaya çıkan kimerik BCR-ABL füzyon genleri temel olarak P190 (minor bcr), P210 ve P230 (majör bcr) olmak üzrere üç temel formdadır. P210 tipi KML tanı ve tedavisinde önemlidir. t(9;22) (q34;q11.2), t(9;22), BCR/ABL füzyonu, Ph kromozomu, Philadelphia kromozomu, minör BCR 10 gün Kan/ Kemik iliği/ Mor Kapaklı 16 numunegenetik@anh.gov.tr

19 BİLGİLENDİRME KİTAPÇIĞI / TEST REHBERİ HEMATOLOJİ Açıklama Sinonim Raporlama Süresi Numune Çeşidi / Kabı / Miktarı Taşıma Sıcaklığı / Süresi 23 t(11;14) (q13;q32) Translokasyonu (RT-PCR) IGH/CCND1 füzyonu mantle hücreli lenfoma, B hücreli lenfoma, B promiyositik lösemide çalışılır. t(11;14) (q13;q32), CCND1/IGH füzyonu 15 gün Kan/Kemik İliği/ Mor Kpaklı Tüp/2Ml 24 t(12;21) (p12;q22) Translokasyonu TEL-AML1 (RT-PCR) AML1 füzyonu [t(12;21)(p13;q22)]; 21 numaralı kromozom üzerinde bulunan AML1 (RUNX1) ile 12. kromozom üzerinde yer alan TEL (ETV6) gen bölgeleri arasındaki füzyona bağlı olarak meydana gelir. Standart kromozom analizleri ile saptanması çok zor olan bu füzyon ancak FISH analizi ile saptanabilmektedir. Çocukluk çağı B-ALL olgularınında çok sık (%21) gözlenmektedir. TEL/AML1 füzyonu; geç dönemde görülen relapslardan sorumlu olmasına rağmen iyi klinik seyirle ilişkilidir. t(12;21) (p12;q22), TEL/AML1 10 gün Kan/Kemik İliği/ Mor Kpaklı Tüp/2Ml 25 t(15;17) (q22;q21) Translokasyonu PML-RARA bcr1,bcr2,bcr3 (RT-PCR) PML/RARA translokasyonu; 15 numaralı kromozom üzerinde bulunan PML geni ile 17. kromozom üzerinde yer alan retinoik asit reseptor alfa (RARA) arasındaki yeniden düzenlenmeye bağlı meydana gelir. Akut Promyelositik Lösemi (APL/AML-M3) için tipik olan bu füzyon hastalarının %99 undan fazlasında mevcuttur. t(15;17) (q22;q21), PML RARA füzyonu 10 gün Kan/ Kemik iliği/mor Kapaklı 17

20 GENETİK HASTALIKLAR TANI MERKEZİ HEMATOLOJİ / ONKOLOJİ Açıklama Sinonim Raporlama Süresi Numune Çeşidi / Kabı / Miktarı Taşıma Sıcaklığı / Süresi 26 B HÜCRE KLONALİTE TESTİ Non-Hodgkin Lenfoma ve lösemilerin tanısı tüm hücrelerin ortak bir klonal orijine sahip oldukları esasına dayanmaktadır. Vakaların %98 inden fazlası sırasıyla T ve B hücre kaynaklı TCR ve Ig genlerinde klonal yeniden düzenlenme sergilemektedir. IgH ve IgK genlerini takiben IgL geni de klonalite tanısında kullanılmaktadır. B hücre klonalite testi atipik lenfoproliferatif hastalıklarda yapılabileceği gibi B-hücre lenfoma ve lösemilerde tanıyı kesinleştirmek için kullanılabilir. KLONALİTE TESTİ (IGH, IGK, IGL) 1 ay Kan/Kemik iliği/ Mor Kapaklı / Parafin Doku 27 T HÜCRE KLONALİTE TESTİ (TCRB,TCRG) Aynı T-hücre-reseptörüne (TCR) sahip T hücrelerin klonal genişlemesi T-hücre malignitelerinin ayırıcı özelliği olduğu gibi bu klonal genişleme dominant epitopa güçlü immun yanıt olarak da gelişebilir. T hücre reseptör beta (TCRB) ve T hücre reseptör gama (TCRG) lokusu klonalite testi şüpheli T-hücre malignensine sahip hastalarda veya tedavi sonrası reziduel hastalık değerlendirmesi için uygundur. Mikozis Fungoides ve benzeri Thücreli lenfoma ayırıcı tanısı için önerilir. TCRB KLONALİTE TESTİ, TCRG KLONALİTE TESTİ 1 ay Kan/Kemik iliği/ Mor Kapaklı / Parafin Doku 18 numunegenetik@anh.gov.tr

21 BİLGİLENDİRME KİTAPÇIĞI / TEST REHBERİ İLAÇ DİRENCİ Açıklama Sinonim Raporlama Süresi Numune Çeşidi / Kabı / Miktarı Taşıma Sıcaklığı / Süresi 28 CYP2C9 + VKORC1 MUTASYON (COUMADİN) Kumadin (Warfarin) doz paneli; birlikte incelendiği analizde hastaların ilaç kullanımı sonrasında karşılaşabilecekleri toksite, tedaviye yanıt vermeme gibi sorunların önceden bilinmesi mümkün olabilmektedir. İlaca yanıtın önceden bilinmesi de tedavi protokollerinin belirlenmesine yardımcı olmaktadır. Warfarin ilaç direnci, Kumadin ilaç direnci 10 gün 29 CYP2C19 MUTASYON (CLOPİDOGREL) Clopidogrel (Plavix), antitrombositer ilaçlar arasında yer alır ve kan pıhtılaşmasına neden olan trombosit kümeleşmesini (trombüs) engelleyerek etki gösterir. Clopidogrel kullanan olgularda CYP2C19 için zayıf metabolize edici allel saptanması durumunda clopidogrel kullanımı sonrasında inme, enfarktüs (kalp krizi) ve ölüm gibi ciddi yan etkilerin görülme riski normal metabolize edici allel taşıyan kişilere göre yaklaşık 3,5 kat yüksek bulunmuştur. Plavix etkinliği, Clophidogrel etkinliği 10 gün 30 CYP2D6 MUTASYON (İLAÇ VE METABOLİT MEKANİZMASI) CYP2D6 (sitokrom P450 2D6); seçici serotonin gerialım inhibitörleri (SSRI), trisiklik antidepresanlar (TCA), beta blokerler, opiyatlar, nöroleptikler, anti-aritmikler ve bazı zehirli bitki maddeleri dahil bütün reçeteli ilaçların dörtte birine etki eder. Fluoksetin Metabolizması 10 gün 19

22 GENETİK HASTALIKLAR TANI MERKEZİ NADİR HASTALIKLAR Açıklama Sinonim Raporlama Süresi Numune Çeşidi / Kabı / Miktarı Taşıma Sıcaklığı / Süresi 31 CONNEXIN DİZİ TESTİ GJB2 Geninde c.35delg mutasyonuna sahip bireylerde aile içi ve aileler arası işitme kaybı görülmektedir. İşitme kaybı 1000 yenidoğanda 1-2 insidans ile toplumlarda en sık karşılaşılan duyu bozukluğudur. İşitme kaybının derecesi çok hafiften çok ileri dereceye değişebildiği gibi tek taraflı veya çift taraflı olarak da değişkenlik gösterebilir. Oluşum nedenine göre ise işitme kayıpları genetik ve çevresel nedenli olarak sınıflandırılmaktadır. Bugün 70 den fazla gendeki mutasyonların işitme kaybı ile sonuçlandığı bilinmektedir. Konjenital sağırlık, GJB2 mutasyonları, CX26 mutasyonları 1 ay 32 FRAGIL X FRAGMAN TESTİ Frajil X Sendromu, zeka geriliğinin ve öğrenme güçlüklerinin en sık kalıtsal sebebidir. Frajil X sendromundan X kromozomu üzerindeki FMR1 genindeki CGG tekrar artışı sorumludur. Hastalığı bulunan kişilerin dörtte birine, epilepsi(sara) de eşlik eder. FMR1 geni, CGG tekrar artışı, FRAX sendromu 1 ay Tüp / 5 Ml 33 MT DNA TÜM GEN DİZİ TESTİ mtdna testinde HVR-1, HVR-2 bölgesi veya her ikisi ya dizilenir ya da bunların belli varyantları için test edilir. Bir mtdna testinde ayrıca kişileri belli anasal haplotiplere yerleştirmeye yarayan SNP lere de bakılabilir, hatta tüm mtdna nın dizilenmesi de mümkündür. Mitokondrial DNA 1 ay 34 RETT SENDROMU DİZİ TESTİ Rett sendromu X kromozumunda yer alan MECP2 (metil-cpg bağlayıcı protein 2) geninde meydana gelen mutasyonlar nedeni ile olur. Hemen hemen her zaman kız çocuklarda görülür, bozukluk olan erkek fetüsler nadiren doğar. Doğduktan sonra altı ile on sekiz aylığa kadar gelişim genellikle normaldir, dil ve motor beceri gelişmesi geriler, amaçlı el kullanımı kaybolur ve bazen mikroensefaliye kadar giden baş büyüme hızında azalma görülür. MECP2 geni 1 ay 20 numunegenetik@anh.gov.tr

23 BİLGİLENDİRME KİTAPÇIĞI / TEST REHBERİ ONKOLOJİ Açıklama Sinonim Raporlama Süresi Numune Çeşidi / Kabı / Miktarı Taşıma Sıcaklığı / Süresi 35 ALK MUTASYON TESTİ ALK (2p23) geni yeniden düzenlenmeleri, sistemik T-hücre kökenli non-hodgkin lenfoma tipi olan anaplastik large-cell lenfomada (ALCL) gözlenir. Hastaların %75 inde ALK ve NPM gen bölgeleri arasında oluşan t(2;5)(p23;q35) saptanır ve kötü prognoz ile ilişkilidir. KHDAK nde anormal hücre proliferasyonu ile bağdaştırılmıştır. ALK mutasyonu varlığında metastatik KHDAK hastalarında ALK TKİ tedavisine cevap %50-61 dir. Küçük Hücreli Dışı Akciğer Kanseri, NSCLC 1 ay Parafin doku/ Plevral sıvı 36 BRAF GENİ V600E MUTASYONU BRAF geni, mitogen-aktivated protein kinaz sinyal yolunda (MAPKs) rol alan serin/treonin kinaz aktivitesine sahip bir proteini kodlar. Etkisini KRAS üzerinden gerçekleştirerek hücre bölünmesini kontrol eder. Kolorektal kanserlerde (CRC) %15, papiller tiroid kanserinde ise %45 oranında somatik BRAF gen mutasyonları saptanmıştır. Karsinogeneziste en sık V600E mutasyonu gözlenir. V600E mutasyonu 1 ay Parafin doku/ Plevral sıvı 37 CKIT DİZİ TESTİ Gastrointestinal tümörler (GIST); mezankimal kökenli olup genellikle mide, ince bağırsak, kolon ve abdominal kavitenin içerisinde yer alan diğer bölgelerde ortaya çıkar. Sıklıkla c-kit reseptör tirozin kinazın aşırı ekspresyonu ile karakterizedirler. Hastaların yaklaşık %80 inde tümör hücrelerinin büyümesinde rolü bulunan c-kit geninde somatik mutasyonlar gözlenmektedir. 1 ay / Parafin doku 38 EGFR DİZİ TESTİ EGFR geni 7. kromozomun kısa kolu (7p12) üzerinde yer alır ve 28 ekzondan oluşur. Somatik mutasyonlar sıklıkla EGFR geni tirozin kinaz domaini (ekzon 18-24) içerisinde yer alan 18, 19, 20 ve 21. ekzonlarda saptanmakta olup en sık ekzon 19 (%46-50), 21 (%40-42), 20 (%6-7), 18 (%4-6) ve nadiren de ekzon 22 de gözlenmektedir. Epidermal growth faktör reseptörü mutasyonları, Erlotinib duyarlılığı 1 ay Parafin doku/ Plevral sıvı 21

24 GENETİK HASTALIKLAR TANI MERKEZİ ONKOLOJİ Açıklama Sinonim Raporlama Süresi Numune Çeşidi / Kabı / Miktarı Taşıma Sıcaklığı / Süresi 39 FGFR2 DİZİ TESTİ Değişime uğramış FGFR2 endometre benzeri endometriyal kanseri olan kadınların %15 e yakın bir bölümünün kanser hücrelerinde görülmektedir. Bu türtümörler tüm endometriyal kanserlerin yüzde 80 inde görülür. Kalıtsal dwarfizmin en sık nedenlerinden olan Akondroplazi ve Hipokondroplazi FGFR3 genindeki mutasyonlardan kaynaklanır. Hastalık, kemik büyümesindeki geriliğe bağlı orantısız alt ve üst ekstremite kısalığının eşlik ettiği boy kısalığı ile karakterizedir. 1 ay Parafin doku 40 FGFR3 DİZİ TESTİ Değişime uğramış FGFR2 endometre benzeri endometriyal kanseri olan kadınların %15 e yakın bir bölümünün kanser hücrelerinde görülmektedir. Bu türtümörler tüm endometriyal kanserlerin yüzde 80 inde görülür. Kalıtsal dwarfizmin en sık nedenlerinden olan Akondroplazi ve Hipokondroplazi FGFR3 genindeki mutasyonlardan kaynaklanır. Hastalık, kemik büyümesindeki geriliğe bağlı orantısız alt ve üst ekstremite kısalığının eşlik ettiği boy kısalığı ile karakterizedir. 1 ay Parafin doku 41 GİST DİZİ TESTİ Gastrointestinal Tümörler (GIST) KIT ve PDGFRA geni mutasyonları ile karakterizedir. KIT ve PDGFRA mutasyonları hedefli tedavisinde (özelikle imatinib mesilat) yol gösterici olmaktadır. GIST KIT mutasyonları dört ekzonda konuşlanıştır. En sık ratlanan mutasyonlar ekzon 11 de gözlenmektedir. Geri kalan mutasyonlar çoğunlukla gastrik GIST lerde rastlanmaktadır. Ekzon 9 mutasyonları (%5-10) arasında kodon 502 ve kodon 503 duplikasyonları gastrik GIST lere göre intestinal GIST lerde daha sık görülmektedir ve daha düşük imatinib hassasiyetine sahiptirler. Laboratuvarımızda GIST Dizi Analizi Testi adı altında KIT Geni Ekzon 9 ve PDGFRA Ekzon 18 kodon 503 kodon 842 mutasyonları çalışılmaktadır. Gastrointestinal Tümörler, GIST, KIT ekzon9, PDGFRA ekzon18 1 ay Parafin doku 22 numunegenetik@anh.gov.tr

25 BİLGİLENDİRME KİTAPÇIĞI / TEST REHBERİ ONKOLOJİ Açıklama Sinonim Raporlama Süresi Numune Çeşidi / Kabı / Miktarı Taşıma Sıcaklığı / Süresi 42 KRAS MUTASYONLARI KRAS geni, Kolorektal kanserlerde (CLC) %30-40, non-small cell akciğer kanserlerinde (NSCLC) %10-30, pankreas kanserlerinde %90 ve baş ve boyun tümörlerinde ise %5 oranında Anti-EGFR tedavilerine karşı rezistans (direnç) gelişimine neden olan somatik KRAS ve NRAS mutasyonları gözlenmektedir. Kodon 12,13,61 mutasyonları 1 ay Parafin doku 43 PDGFRA GENİ DİZİ TESTİ CKIT mutasyonlarının saptanmadığı bazı olgularda ise PDGFRA gen bölgesinde mutasyonlar gözlenmektedir (tüm GIS tümörlerin %5-7 sinde). Bu mutasyonların gen içerisinde bulundukları lokalizasyonlar hastaların imatinib (Gleevec) tedavisine yanıt verip vermeyeceğini önceden belirlememizi sağlamaktadır. Platelet derive growth faktör reseptörü alfa mutasyonları, GİST, İmatinib duyarlılığı, D842V mutasyonu 1 ay Kan/Kemik iliği/ Mor Kapaklı /Parafin doku 44 PDGFRB GENİ DİZİ TESTİ KMML hastalarının %20-40 ında kromozom anomalisi vardır. KMML de translokasyon PDGFR-β ve TEL genlerini içerir. PDGFR-β ve TEL gen mutasyonu olan hastalarda imatinib (Gleevec ) ile tedaviye cevap alınıp alınmayacağı belirlenir. Platelet derive growth faktör reseptörü alfa mutasyonları, GİST, İmatinib duyarlılığı 1 ay Kan/Kemik iliği/ Mor Kapaklı /Parafin doku 45 RAS MUTASYON TESTİ KRAS geni, Kolorektal kanserlerde (CLC) %30-40, non-small cell akciğer kanserlerinde (NSCLC) %10-30, pankreas kanserlerinde %90 ve baş ve boyun tümörlerinde ise %5 oranında Anti-EGFR tedavilerine karşı rezistans (direnç) gelişimine neden olan somatik KRAS ve NRAS mutasyonları gözlenmektedir. RAS Mutasyon Analizi Testi kapsamında KRAS geni kodon 58, 59, 61, 117, 118, 146, 147 ve NRAS geni kodon 12, 13, 58, 59, 61, 117, 118, 146, 147 çalışılmaktadır. RAS yolu mutasyonları, KRAS, NRAS 1 ay Parafin Doku 23

26 GENETİK HASTALIKLAR TANI MERKEZİ ONKOLOJİ Açıklama Sinonim Raporlama Süresi Numune Çeşidi / Kabı / Miktarı Taşıma Sıcaklığı / Süresi 46 RET MUTASYON TESTİ Multipl endokrin neoplazi tip 2 (MEN2); MEN2A, FMTC (familyal medullar tiroid karsinoma) ve MEN2B olmak üzere üç farklı klinik tabloya neden olabilir. Bunların tümünde medullar tiroid kanseri görülme riski yüksektir. Ayrıca, MEN2A ve MEN2B de feokromositoma gelişme riski artmıştır. MEN 2A olgularında ise paratiroid adenomu ve hiperplazisi riski yükselir. MEN2 sendromuna neden olduğu bilinen tek genetik bölge RET genidir. Moleküler genetik testler ile MEN2A ve MEN2B olgularının %98 inde mutasyonlar tanımlanırken bu oran FMTC olgularında %95 dir. Laboratuvarımızda Ret geni tüm gen DNA dizi analizi olarak çalışılmaktadır. Multple Endokrin Neoplazi 2A, Meduller Tiroid Kanseri, Ret onkogeni 1 ay 47 TP53 GENİ DİZİ TESTİ TP53 geni, kanser predispozisyonu ile ilişkili otozomal dominant 2 form ile karakterizedir. Bunlar; klasik Li-Fraumeni Sendromu (LFS) ve Li-Fraumeni-like (LFL) Sendromu olup, yumuşak doku sarkoması, osteosarkom, premenapoz dönemde meme kanseri, beyin tümörü, adrenokortikal karsinoma ile kendisini gösterir. P53, ailesel kanser sendromu 1 ay Parafin doku/kan/ Kemik iliği/ Mor Kapaklı 48 WİLMS TÜMÖRÜ (WT1 GENİ) DİZİ TESTİ Wilms tümörlerinin %10-15 i kalıtsaldır. Denys-Drash ların %92 sinde exon 8 ve 9 da missens mutasyonlar olur. Frasier Sendromları nda 9. intronda nokta mutasyonu görülür. WAGR sendromlarında PAX6 ve WT1 genlerini içeren delesyon olur. İzole wilms tümörü olan vakaların %5 inde germ line mutasyon olur. Tümör dokusunda ise %10-20 WT1 mutasyonu görülür. Denys-Drash sendromu, Frasier sendromu, Meacham sendromu, Mesothelioma, somatik, Nefrotik sendrom 2 ay 49 BRCA1-2 DİZİ TESTİ Sık gözlenen meme kanseri, kadınlarda kanser nedeniyle meydana gelen ölümlerin en önemli nedenidir. Ailesel meme kanseri saptanan olguların %50 sinde hastalık BRCA gen mutasyonlarından kaynaklanır. 30 yaşın altında meme kanseri gözlenen kadınların yaklaşık %33 ü bu mutasyonlardan birisi için taşıyıcıdır. Ailesel Meme Kanseri, Meme Kanseri Yatkınlık Testi 2 ay 24 numunegenetik@anh.gov.tr

27 BİLGİLENDİRME KİTAPÇIĞI / TEST REHBERİ REPRODÜKTİF GENETİK Açıklama Sinonim Raporlama Süresi Numune Çeşidi / Kabı / Miktarı Taşıma Sıcaklığı / Süresi 50 AZF GEN Sadece erkeklerde bulunan Y kromozomu üzerinde sperm yapımından sorumlu olduğu bilinen ve AZF bölgesi bulunmaktadır. AZFa, AZFb ve AZFc olmak üzere 3 parçaya ayrılan AZF bölgesinde meydana gelen delesyonlar sperm sayısında azalmaya veya sperm üretiminin tamamen durmasına neden olmaktadır. Y kromozom mikrodelesyon analizi 15 gün 51 ERKEN TRİZOMİ TENI TESTİ (QF PCR) Kantitatif fluoresan polimeraz zincir reaksiyon. Canlı yenidoğanlarda 21, 18, 13, X ve Y kromozomlarını içeren anöploidiler bütün kromozom anormalliklerinin % 95 ini kapsamaktadır. Bu anormalliklerin prenatal teşhisi, genellikle amniyon mayii, koriyon villus veya fetal kan hücrelerinin kültüre edilmesiyle yapılan konvansiyonel sitogenetik analizlere dayanmaktadır. Sitogenetik yöntem ile doğum öncesi tanı süresi 2-3 haftayı bulmaktadır. Tanıyı desteklemek amacı ve konvansiyonel sitogenetik raporlama sürecinde hastayı rahatlatmak adına QF-PCR yöntemi ile ön bilgi raporu verilmektedir. QF PCR 4 gün Steril tüp ya da enjektör/3 Ml 52 Y KROMOZOM MİKRODELESYON TESTİ Sadece erkeklerde bulunan Y kromozomu üzerinde sperm yapımından sorumlu olduğu bilinen ve AZF bölgesi bulunmaktadır. AZFa, AZFb ve AZFc olmak üzere 3 parçaya ayrılan AZF bölgesinde meydana gelen delesyonlar sperm sayısında azalmaya veya sperm üretiminin tamamen durmasına neden olmaktadır. Azf gen analizi, Y mikrodelesyon 15 gün 25

28 GENETİK HASTALIKLAR TANI MERKEZİ RUTİN GENETİK Açıklama Sinonim Raporlama Süresi Numune Çeşidi / Kabı / Miktarı Taşıma Sıcaklığı / Süresi 53 BEHÇET HASTALIĞI (HLA B5) HLA çalışmaları göstermiştir ki HLA-B5 ve özellikle bu doku tipinin haplotipi olan HLA-B51 taşıyanlarda Behçet Hastalığına yakalanma riski bu doku tiplerini taşımayanlara göre daha yüksektir. Ancak, HLA-B51 in hastalığa yatkınlık oluşturmaktan çok hastalığın seyri üzerine etkili olduğu bildirilmektedir. 15 gün 54 CFTR TÜM GEN DİZİ TESTİ Kistik fibrozis hastalarında epitel hücrelerde siklik AMP hücre dışına salınamamaktadır. Bu durum neticesinde terin fazla tuz içermesi, kronik akciğer hastalıkları, pankreas yetmezliği baş gösterir. Otozomal resesif kalıtılan bir tek gen hastalığıdır. Laboratuvarımızda CFTR genine ait tüm gen DNA dizi analizi yapılmaktadır. Kistik Fibrozis, DF508 mutasyonları 2 ay 55 HLA B27 HLA-B27 testi başlıca şüpheli ankilozan spondilit (AS), Reiter sendromu (reaktif artirit), veya bazı anterior uveit tanısını doğrulamak ya da emin olmak amacıyla istenir. Ankilozan spondilit hastalarının yaklaşık %90 ında HLA-B27 pozitiftir. HLA-B27 testi bir hastalığın tanısını koymada ya da ortadan kaldırmada kullanılabilen kesinlik sağlayan bir test değildir. Ancak, HLA-B27 varlığı ankilozan spondilite yatkınlığı arttırır. AS ve Reiter sendromu gibi belirli otoimmun hastalıkların tanısını desteklemek ya da ortadan kaldırmak amacıyla bulgular, belirtiler ve laboratuvar testleri birlikte değerlendirilmelidir. Ankilozan Spondilit Yatkınlığı 15 gün 26 numunegenetik@anh.gov.tr

29 BİLGİLENDİRME KİTAPÇIĞI / TEST REHBERİ RUTİN GENETİK Açıklama Sinonim Raporlama Süresi Numune Çeşidi / Kabı / Miktarı Taşıma Sıcaklığı / Süresi 56 İnterlökin 28B MUTASYON TESTİ İnterlökin 28B geni hepatit C virüsünün de dahil olduğu pekçok virüse immün yanıtta rol almaktadır. İnterlökin(IL) 28B genotip testi tedavi bitiminde 24 hafta sonrasına kadar devamlı virolojik yanıt ile ilişkilidir. Üç çeşit IL28B geni subtipinden (CC, CT ve TT); CC genotipine sahip bireyler CT veya TT genptipine sahip olanlara göre HCV enfeksiyonuna karşı daha güçlü immün yanıta sahiptirler. Mevcut immün yanıt CCgenotipine sahip bireyler HCV virüsü atılımını tedavi almadan atlatmalarını sağlamaktadır. Bu duruma spontan viral atılım adı verilmektedir. IL28B 15 gün 57 MEFV DİZİ TESTİ Ailevi Akdeniz Ateşi (Familyal Mediterranean Fever). Tekrarlayan ateş, karın ağrısı (peritonit), göğüs ağrısı (plörit), eklemde ağrı, şişlik (artrit) atakları ve nadiren kalp zarı tulumu (perikardit ), menenjit (beyin zarı tutulumu) atakları ile seyreden, genetik geçişli (otozomal resesif) bir hastalıktır. Hastalığa neden olan mutasyonlar sıklıkla genin 2. ve 10. ekzonlarında bulunur. Tanı koymada mutasyon sıklığına göre sırası ile ekzon 2, ekzon10 (1 BASAMAK); sonrasında ekzon 3, ekzon5 DNA dizi analizi (2.BASAMAK) çalışılması; hastalıkla ilişkili değişim tespit edilmediği taktirde tüm gen DNA dizi analizi (3.BASAMAK) çalışması önerilmektedir. Laboratuvarımızda 1. ve 2. BASAMAK MEFV DNA dizi analizi çalışılmadan 3.BASAMAK çalışmasına geçilmemektedir. Ailevi Akdeniz Ateşi, Familyal Akdeniz Atesi, FMF 20 gün 27

30 GENETİK HASTALIKLAR TANI MERKEZİ TROMBOFİLİ/KARDİYOVASKÜLER Açıklama Sinonim Raporlama Süresi Numune Çeşidi / Kabı / Miktarı Taşıma Sıcaklığı / Süresi 58 FAKTÖR II (G20210A) (PROTHROMBİN) Faktör II (Protrombin) pıhtılaşma mekanizmasında önemli rol oynar. Faktör II geni 11.kromozom üzerinde lokalizedir. Genin translasyona uğramayan bölgesindeki kodlayan dizide pozisyondaki G nükleotidinin yerine A nükleotidinin geçmesi (c.g20210a) sonucu plazmada protrombin düzeyi yükselir ve tromboz riski artar. Prothrombin, G20210A 15 gün 59 FAKTÖR V LEİDEN (G1691A) Faktör V (Leiden) geni 1.kromozom (1q24.2) üzerinde lokalizedir. Faktor V Leiden mutasyonu, bu gende kodlayan dizinin pozisyonundaki G nükleotidinin yerine A nükleotidinin geçmesi (c.g1691a) sonucunda; trombofili, aktive protein C ye (APC) karsı gelişen zayıf antikoagülan cevap ve venöz tromboembolizm riskinde artış görülür. G1691A, Leiden mutasyonu, FVL 15 gün 60 MTHFR (A1298G) Methylenetetrahydrofolate reductase (MTHFR) geni 1 numarali kromozomun 1p36 bölgesine lokalize olmuştur. MTHFR enzimi geninde iki yaygın mutasyon mevcuttur. c.c677t, Alanin (Ala-222) proteininin Valin e, c.a1298c, Glutamin (Glu-429) proteininin Alanin e dönüşümü ile sonuçlanır. c.c677t mutasyonu ılılmlı hiperhomosisteinemi ve kardiyovasküler hastalıklar için risk faktörüdür. Yine bu mutasyon için heterozigot taşıyıcı veya homozigot mutant bireylerin gebeliklerinde fetuslar hiperhomosisteinemi nedeniyle nöral tüp defektleri açısından risk altındadırlar. Metilen Tetrahidrofolat Redüktaz, A1298C 15 gün 28 numunegenetik@anh.gov.tr

31 BİLGİLENDİRME KİTAPÇIĞI / TEST REHBERİ TROMBOFİLİ/KARDİYOVASKÜLER Açıklama Sinonim Raporlama Süresi Numune Çeşidi / Kabı / Miktarı Taşıma Sıcaklığı / Süresi 61 MTHFR (C677T) Methylenetetrahydrofolate reductase (MTHFR) geni 1 numarali kromozomun 1p36 bölgesine lokalize olmuştur. MTHFR enzimi geninde iki yaygın mutasyon mevcuttur. c.c677t, Alanin (Ala-222) proteininin Valin e, c.a1298c, Glutamin (Glu-429) proteininin Alanin e dönüşümü ile sonuçlanır. c.c677t mutasyonu ılılmlı hiperhomosisteinemi ve kardiyovasküler hastalıklar için risk faktörüdür. Yine bu mutasyon için heterozigot taşıyıcı veya homozigot mutant bireylerin gebeliklerinde fetuslar hiperhomosisteinemi nedeniyle nöral tüp defektleri açısından risk altındadırlar. Metilen Tetrahidrofolat Redüktaz, C677T 15 gün 62 PAI-1 TESTİ Plazminojen Aktivatör Inhibitör-I fibrinolitik aktivitede rol oynayan güçlü bir inhibitördür. Toplumda sıklıkla tek nükleotid polimorfizmi 4G/5G gözlenir. 4G/4G polimorfizmi varliğında artmış myokardiyal enfaktüs riski mevcuttur. Plazminojen Aktivatör İnhibitör I Polimorfizmi 15 gün 63 TROMBOFİLİ 6 LI PANEL ( FAKTÖR V LEİDEN (G1691A), FAKTÖR II, FAKTÖR XIII, MTHFR 677, MTHFR 1298, PAI-I) TESTİ Trombofili, kanda pıhtılaşma eğiliminin arttığı, dolayısı ile venöz tromboemboli (VTE) riskinin yüksek olduğu durumları tanımlamak için kullanılan bir terimdir. Trombofiliye yol açan birçok kalıtsal ve edinsel etken tanımlanmıştır G1691A, Prothrombin, G20210A, Metilen Tetrahidrofolat Redüktaz, C677T, A1298C 15 gün 29

32 GENETİK HASTALIKLAR TANI MERKEZİ 01 1p36 del FISH 14 5q35 del FISH -NSD1 (SOTOS S.) q21 CKS1B/1q32-36 CDKN2C 2p12 IGK 3 BETA HİDROKSİSTEROİD DEHİDROGENAZ EKSİK.- HSD3B2 TÜM GEN DİZİ KAN/ KAN/ q35 del FISH -NSD1 (SOTOS S.) (PRENATAL) 5q35.1 TLX3 6q22 FISH -ROS1 KAN/ PARAFİN BLOK 05 3q26 FISH 18 6q23 del FISH -MYB 06 4q YENİDEN DÜZENLENMESİ (FIP1LI/PDGFRA) KAN/ 19 7q11.23 del FISH (WİLLİAMS S.) ALFA REDÜKTAZ EKSİK.-SRD5A2 TÜM GEN DİZİ 5p15.2 del FISH (CRİ DU CHAT S.) 5p15.2 del FISH (CRİ DU CHAT S.) (PRENATAL) 5q del FISH 5q31 DELESYONU 5q32 PDGFRB 5q33-q34 (CSF1R) DELESYONU KAN/ KAN/ KAN/ q11.23 del FISH (WİLLİAMS S.) (PRENATAL) 7q22/ 7q35 (MDS) DELESYONU 7q31 DELESYONU 7q34 TCRB 8q12.2 del FISH (CHARGE S.) 9p21 (CDKN2A) DELESYONU 9p21 del FISH -p16/cep9 9q34 del FISH KAN/ KAN/ KAN/ KAN/ 30 numunegenetik@anh.gov.tr

33 BİLGİLENDİRME KİTAPÇIĞI / TEST REHBERİ 28 10q24 TLX1 FISH KAN/ 41 17p13.1 DELESYONU KAN/ BETA HİDROKSİLAZ EKSİK.-CYP11B1 TÜM GEN DİZİ 42 17p13.3 del FISH (MİLLER DİEKER, MDLS S. ) q13 FISH -CCDN 11q22.3 del FISH -ATM 11q23 MLL MUTASYONLARI 13q14 del FISH -RB1 13q14.3 (D13S319) DELESYONU 13q34 DELESYONU PARAFİN BLOK KAN/ KAN/ KAN/ KAN/ KAN/ p13.3 del FISH (MİLLER DİEKER, MDLS S. ) (PRENATAL) 17q11-q12 FISH (HER 2/NEU) 17q21 (RARA) YENİDEN DÜZENLENMELERİ 20p12 del FISH (ALAGILLE S.) 20p12 del FISH (ALAGILLE S.) (PRENATAL) PARAFİN BLOK KAN/ 36 14q32 DELESYONU KAN/ 48 20q12 del FISH 37 14q11.2 TCR YENİDEN DÜZENLENMESİ KAN/ 49 20q13.2 (LSI ZNF217) DELESYONU 38 16p13.3 del FISH (RUBİNSTEİN TAYBİ S.) HİDROKSİLAZ EKSİK.-CYP21A2 DEL&DUP 39 17p11.2 del FISH -RAI1 (SMİTH MAGENİS S. ) HİDROKSİLAZ EKSİK.-CYP21A2 TÜM GEN DİZİ (PRENATAL) 40 17p11.2 del FISH -RAI1 (SMİTH MAGENİS S.) (PRENATAL) HİDROKSİLAZ EKSİK.-CYP21A2 HEDEF MUTASYON (PRENATAL) 31

34 GENETİK HASTALIKLAR TANI MERKEZİ q11 IGL 22q11.2 FISH -BCR ABL1 DİZİ TESTİ (İMATİNİB DİRENCİ) ACANTHOSİS NİGRİCANS İLE CROUZON S.-FGFR3 SEÇİLMİŞ EKZON DİZİ (7,10,13,15,19) KAN/ PARAFİN BLOK KAN/ KEMİK İLİĞİ (EDTA) AİLESEL HİPERTRİGLİSERİDEMİ-APOA5 TÜM GEN DİZİ AKONDROPLAZİ-FGFR3 SEÇİLMİŞ EKZON DİZİ (7,10,13,15,19) (PRENATAL) AKROMEZOMELİK DİSPLAZİ MAROTEAUX TİPİ-NPR2 TÜM GEN DİZİ ALAGILLE S.-JAG1 TÜM GEN DİZİ ACE I/D GENOTİP AARSKOG (FGD1 GENİ) MUTASYON ACTN3 R577X MUTASYON ALBRIGHT S.-GNAS TÜM GEN DİZİ ALEXANDER H.-GFAP (DT1P1A4) TÜM GEN DİZİ AGT M235T HEDEF MUTASYON AĞIR KONJENİTAL NÖTROPENİ-ELA2 TÜM GEN DİZİ ALFA1 ANTİTRİPSİN EKSİK. GENOTİP Pi (m, s, z) ALFA-TALASEMİ MUTASYON TARAMASI AİLESEL ATİPİK MİKOBAKTERİYOZ-STAT1 TÜM GEN DİZİ AİLESEL ERİTROSİTOZİS-EPOR TÜM GEN DİZİ ALK MUTASYON TESTİ ALKAPTONURİ-HGD (HGO) TÜM GEN DİZİ PARAFİN BLOK 64 AİLESEL HİPERKOLESTEROLEMİ PANELİ 32

35 BİLGİLENDİRME KİTAPÇIĞI / TEST REHBERİ ALL PANELİ (11q22.3 DELESYONU, t(9;22)(q34;q11.2), t(12;21)(p13;q22), t(4;11)(q21;q23), 11q23 DELESYONU/ YENİDEN DÜZENLENMELERİ [t(4;11),t(9 ;11),t(11;19)],+4,+10,+ 8, - 7, 14q32 DELESYONU/YENİDEN DÜZENLENMELERİ [t(1;14),t(5;14), t(8;14),t(10;14)], del13q14.3, t(1;19)(q23;p13.3)) ALPORT S. X İLİŞKİLİ-COL4A5 TÜM GEN DİZİ ALZHEİMER HASTALIĞI APP EKZON 16 / 17, ALZHEİMER TİP 1 ALZHEİMER HASTALIĞI APP GENETİK, ALZHEİMER TİP 1 ALZHEİMER HASTALIĞI PSEN1 GENETİK, ALZHEİMER TİP 3 ALZHEİMER HASTALIĞI PSEN2 GENETİK, ALZHEİMER TİP 4 KAN/ AML-CEBPA TÜM GEN DİZİ AML-NPM1 SEÇİLMİŞ EKZON DİZİ AML-NPM1 TÜM GEN DİZİ AML TARAMA TESTİ ANDROJEN RESEP. TÜM GEN DİZİ (ANDROJEN İNSENSİVİTESİ S.) ANGELMAN S. (15q11-q13 del) FISH ANGELMAN S.-UBE3A METİLASYON ANGELMAN S.-UBE3A UNİPARENTAL DİZOMİ ANTİTROMBİN 3 EKSİK.-SERPINC1 TÜM GEN DİZİ APC TÜM GEN DİZİ /KEMİK İLİĞİ (EDTA) 81 AMİLOİDOZ-TTR HEDEF MUTASYON (V30M&V122I) 94 APERT S.-FGFR2 TÜM GEN DİZİ 82 AMİLOİDOZ-TTR TÜM GEN DİZİ 95 APO B R3500Q MUTASYON 83 AML-CEBPA HEDEF MUTASYON 96 APO E GENOTİP (E2, E3, E4) 33

36 GENETİK HASTALIKLAR TANI MERKEZİ APOA1 G75A POLİMORFİZMİ APOC3 C3175G POLİMORFİZMİ ARX TÜM GEN DİZİ ATAKSİ TELENJİEKTAZİ H.-ATM TÜM GEN DİZİ BECKWİTH WİEDEMANN S.-H19 METİLASYON BEHÇET HASTALIĞI (HLA B5) BERARDINELLI SEIP KONJENİTAL LIPODİSTROFİ TİP 2-BSCL2 TÜM GEN DİZİ ATP6V1B1 (ATP6B1) TÜM GEN DİZİ (DİSTAL RENAL TÜBÜLER ASİDOZ PROGRESİF SİNİRSEL SAĞIRLIK İLE SEYREDEN TİP) Azf GEN BARDET BİEDL S. TARAMA P. (BBS1, BBS2, BBS10) BARDET BİEDL S.-BBS1 TÜM GEN DİZİ BERNARD SOULIER SENDROMU TİP A (GP1BA DİZİ ) BERNARD SOULIER SENDROMU TİP B (GP1BB DİZİ ) BERNARD SOULIER SENDROMU TİP C (GP9 DİZİ ) BETA TALASEMİ (BETA GLOBİN GENİ-HBB) DİZİ BMP4 GENİ DNA DİZİ 105 BARDET BİEDL S.-BBS10 TÜM GEN DİZİ 116 BİLİNEN MUTASYON TARAMA DİZİ 106 BARDET BİEDL S.-BBS2 TÜM GEN DİZİ 117 BİYOTİNİDAZ DEFEKTİ (BTD GENİ) TÜM GEN DİZİ 107 BARTTER S. TİP 3-CLCNKB TÜM GEN DİZİ 118 BLACKFAN DİAMOND ANEMİSİ-RPS19 TÜM GEN DİZİ 34 numunegenetik@anh.gov.tr

37 BİLGİLENDİRME KİTAPÇIĞI / TEST REHBERİ 119 BRAF SEÇİLMİŞ EKZON DİZİ (6, 11-16) (KARDİYOFASYOKUTANÖZ S.) 132 CADASİL-NOTCH3 SEÇİLMİŞ EKZON DİZİ (3-6) 120 BRAF TÜM GEN DİZİ (KARDİYOFASYOKUTANÖZ S.) 133 CADASİL S.-NOTCH3 TÜM GEN DİZİ 121 BRCA 1 17q.21.1 DİZİ TESTİ 134 CAH (CYP21A2) DİZİ TESTİ 122 BRCA 1 17q.21.2 DİZİ TESTİ 135 CALR SEÇİLMİŞ EKZON DİZİ (9) BRCA1 DEL&DUP BRCA 2 13q.12 DİZİ TESTİ 136 CANAVAN S.-ASPA HEDEF MUTASYON (Y231X, E285A, A305E) 125 BRCA 2 13q.13 DİZİ TESTİ 137 CANAVAN S.-ASPA TÜM GEN DİZİ 126 BRCA2 DEL&DUP 138 CBFB FISH [t(16,16), inv(16)] BCL2 (18q21) YENİDEN DÜZENLENMELERİ BCL6 (3q27) YENİDEN DÜZENLENMELERİ B HÜCRE KLONALİTE TESTİ (TCRB,TCRG) BRAF GENİ V600E MUTASYONU BRUGADO SENDROMU TİP1 SCN5A TÜM GEN DİZİ KAN/ KAN/ KAN/KEMİK İLİĞİ (EDTA) PARAFİN BLOK CDKL5 GENETİK A.-CDKL5 TÜM GEN DİZİ CEP X,Y SRY FISH CEP12 FISH CEP8 FISH CETP G279A POLİMORFİZMİ 35

38 GENETİK HASTALIKLAR TANI MERKEZİ 144 CFTR TÜM GEN DİZİ TESTİ 157 COMT Val158Met POLİMORFİZMİ 145 CGH ARRAY 158 CONNEXIN DİZİ TESTİ CGH ARRAY (PRENATAL) CHARCOT MARİE TOOTH 1A (PMP22) CHNI HEDEF MUTASYON CORNELİA DE LANGE S. TİP 1- NIPBL TÜM GEN DİZİ CRİGLER NAJJAR S. TİP 1&2-UGT1A1 TÜM GEN DİZİ 149 CKİT DİZİ TESTİ /PARAFİN DOKU 161 CRİSPONİ S.-CRLF1 TÜM GEN DİZİ 150 CMT TİP 1A-PMP22 DEL&DUP 162 CTSC TÜM GEN DİZİ CMT X İLİŞKİLİ-GJB1 (CX32) TÜM GEN DİZİ COCKAYNE S. TİP B-ERCC6 TÜM GEN DİZİ CYP17A1 T(-34)C POLİMORFİZMİ CYP1A1 T3801C POLİMORFİZMİ CYP1A2 GENOTİP 153 COFFİN LOWRY SENDROMU (RSK2 GENİ) 166 CYP1B1 Asn453Ser POLİMORFİZMİ COHEN S.-VPS13B (COH1) HEDEF MUTASYON (c.3348_3349delct) COHEN S.-VPS13B (COH1) TÜM GEN DİZİ COL1A1 Sp1 G>T POLİMORFİZMİ CYP1B1 Leu432Val POLİMORFİZMİ CYP2C19 MUTASYON (CLOPIDOGREL) CYP2C9 GENOTİP (TİP 1, 2, 3) 36 numunegenetik@anh.gov.tr

39 BİLGİLENDİRME KİTAPÇIĞI / TEST REHBERİ CYP2C9 + VKORC1 MUTASYON (KUMADİN) CYP2D6 MUTASYON (İLAÇ VE METABOLİT MEKANİZMASI) CYP3A4 GENOTİP (TİP 1b) CYP3A5 GENOTİP (TİP 3, 6) Dİ GEORGE. S. FISH 2 (PRENATAL) Dİ GEORGE/VCF S. FISH Dİ GEORGE/VCF S. FISH (PRENATAL) DİSTONİ TİP 1-TOR1A HEDEF MUTASYON (904_906 del GAG) CYP3A7 GENOTİP (TİP 1c) ÇÖLYAK HASTALIĞI DEB TESTİ-FANCONİ ANEMİSİ DİSTONİ TİP 1-TOR1A TÜM GEN DİZİ DİSTROFİK EPİDERMOLİZİS BULLOSA- COL7A1 TÜM GEN DİZİ 177 del 13q14.3 FISH 190 DIT3 YENİDEN DÜZENLENMELERİ 178 DEL 13Q34 FISH 191 DMD/BMD-DMD DEL (18 EKZON) del 17p13.1 (p53) FISH del 20q FISH DMD/BMD-DMD DEL (18 EKZON) (PRENATAL) DMD/BMD-DMD DEL (79 EKZON) 181 del 5q31 FISH 194 DMD/BMD-DMD TAŞIYICILIK del 7q31 FISH Dİ GEORGE. S. FISH DOPAMİN BETA HİDROKSİLAZ EKSİKLİĞİ- DBH TÜM GEN DİZİ 37

40 GENETİK HASTALIKLAR TANI MERKEZİ 196 DRAVET S.-SCN1A TÜM GEN DİZİ 208 enos T(-786)C POLİMORFİZMİ 197 DYT-1 MUTASYON /PARAFİN DOKU 209 EWSR1 YENİDEN DÜZENLENMELERİ KAN/ EHLERS DANLOS S. TİP 6-PLOD1 TÜM GEN DİZİ ERKEN TRİZOMİ TANI TESTİ (QF-PCR) EGFR DİZİ TESTİ EKTODERMAL DİSPLAZİ/SKİN FRAJİLİTY S.- PKP1 TÜM GEN DİZİ EKTODERMAL DİSPLAZİ, HİPOHİDROTİK (EDAR GENİ DİZİ ) ELAC2 Ala541Thr POLİMORFİZMİ ELLİS VAN CREVELD S.-EVC TÜM GEN DİZİ ELLİS VAN CREVELD S.-EVC2 TÜM GEN DİZİ EML4/ALK FISH (KÜÇÜK HÜCRELİ DIŞI AKCİĞER C) enos G894T POLİMORFİZMİ PARAFİN BLOK PARAFİN BLOK FABRY H.-GLA TÜM GEN DİZİ FAKTÖR II (G20210A)(PROTHROMBİN) FAKTÖR V LEİDEN (G1691A) FAKTÖR 7 EKS.-F7 TÜM GEN DİZİ FAKTÖR V CAMBRİDGE HEDEF MUTASYON FAKTÖR XIII V34L HEDEF MUTASYON FANCONİ-BİCKEL SENDROMU (SLC2A2 GENİ) FEİNGOLD S.-MYCN SEÇİLMİŞ EKZON DİZİ ( 2-3&3 UTR BÖLGESİ) FENİLKETONURİ (PKU)-PAH TÜM GEN DİZİ FENİLKETONÜRİ (PKU)-PAH HEDEF MUTASYON (6 MUT) 38 numunegenetik@anh.gov.tr