KAHRAMANMARAŞ SÜTÇÜ İMAM ÜNİVERSİTESİ FEN BİLİMLERİ ENSTİTÜSÜ BİYOLOJİ ANABİLİM DALI

Ebat: px
Şu sayfadan göstermeyi başlat:

Download "KAHRAMANMARAŞ SÜTÇÜ İMAM ÜNİVERSİTESİ FEN BİLİMLERİ ENSTİTÜSÜ BİYOLOJİ ANABİLİM DALI"

Transkript

1 KAHRAMANMARAŞ SÜTÇÜ İMAM ÜNİVERSİTESİ FEN BİLİMLERİ ENSTİTÜSÜ BİYOLOJİ ANABİLİM DALI TÜRK ÇELTİK ÇEŞİTLERİNİN (ORYZA SATIVA L.) TOHUM DEPO PROTEİNLERİ VE RANDOM AMPLIFIED POLYMORPHIC DNA (RAPD) BELİRLEYİCİLERİ İLE GENETİK ANALİZİ YÜKSEK LİSANS TEZİ KAHRAMANMARAŞ Ocak-2009

2 T.C KAHRAMANMARAŞ SÜTÇÜ İMAM ÜNİVERSİTESİ FEN BİLİMLERİ ENSTİTÜSÜ BİYOLOJİ ANABİLİM DALI TÜRK ÇELTİK ÇEŞİTLERİNİN (ORYZA SATIVA L.) TOHUM DEPO PROTEİNLERİ VE RANDOM AMPLIFIED POLYMORPHIC DNA (RAPD) BELİRLEYİCİLERİ İLE GENETİK ANALİZİ SULTAN BAY YÜKSEK LİSANS TEZİ KAHRAMANMARAŞ Ocak-2009

3

4 İÇİNDEKİLER İÇİNDEKİLER SAYFA İÇİNDEKİLER...I ÖZET...III ABSTRACT...V ÖNSÖZ...VII ÇİZELGELER DİZİNİ...VIII ŞEKİLLER DİZİNİ...IX SİMGELER ve KISALTMALAR DİZİNİ...X 1. GİRİŞ Çeltik Oryza Taksonomisi Oryza Genom Özellikleri Bitki Depo Proteinleri Genetik Belirleyiciler (Genetik Markörler) Morfolojik Belirleyiciler Protein Belirleyicileri DNA Belirleyicileri Polymerase Chain Reaction (PCR) Random Amplified Polymorphic DNA (RAPD) ÖNCEKİ ÇALIŞMALAR MATERYAL ve METOT Materyal Bitki Materyali Depo Proteinleri Ekstraksiyon Çözeltisi X Alt Tampon Çözeltisi X Üst Tampon Çözeltisi Acrylamide Stok Çözeltisi (39:1) SDS-PAGE Yürütme Tampon Çözeltisi XSDS-PAGE Örnek Çözeltisi Staining (Boyama) Çözeltisi Destaining (Yıkama) Çözeltisi CTAB Ekstraksiyon Çözeltisi Choroform:Isoamylalcohol Çözeltisi TE Çözeltisi TAE Tampon Çözeltisi Agaroz Jeli Yükleme Çözeltisi Metot Tohum Depo Proteinlerinin Ekstraksiyonu SDS-PAGE Jellerinin Hazırlanması Staining (Boyama) Destaining (Yıkama) Genomik DNA İzolasyonu Agaroz Jellerinin Hazırlanması DNA Miktar Tayini Polymerase Chain Reaction (PCR) Amplifikasyonları PCR Ürünlerinin Elektroforez ile Ayrımı...16 I

5 İÇİNDEKİLER RAPD Bant Profillerinin Değerlendirilmesi ve İstatistiksel Analizler BULGULAR ve TARTIŞMA Tohum Depo Proteinleri RAPD Belirleyicileri Ön PCR Amplifikasyonları PCR Amplifikasyonları Genetik Benzerlik ve Uzaklıkların Belirlenmesi SONUÇ ve ÖNERİLER...36 KAYNAKLAR...37 ÖZGEÇMİŞ...43 II

6 ÖZET T.C KAHRAMANMARAŞ SÜTÇÜ İMAM ÜNİVERSİTESİ FEN BİLİMLERİ ENSTİTÜSÜ BİYOLOJİ ANABİLİM DALI YÜKSEK LİSANS TEZİ ÖZET TÜRK ÇELTİK ÇEŞİTLERİNİN (ORYZA SATIVA L.) TOHUM DEPO PROTEİNLERİ VE RANDOM AMPLIFIED POLYMORPHIC DNA (RAPD) BELİRLEYİCİLERİ İLE GENETİK ANALİZİ SULTAN BAY Danışman : Yrd. Doç. Dr. E. Banu BÜYÜKÜNAL BAL Yıl: 2009 Sayfa: 43 Jüri: Yrd. Doç. Dr. E. Banu BÜYÜKÜNAL BAL : Doç. Dr. Canan CAN : Yrd. Doç.Dr. Ahmet KAYRALDIZ Bu çalışmada Türk çeltik çeşitleri (Oryza sativa L.) arasındaki genetik polimorfizm tohum depo proteinlerine ve Random Amplified Polymorphic DNA (RAPD) belirleyicilerine bağlı olarak incelenmiştir. Çalışmada 32 adet çeltik çeşidi kullanılmıştır. Bunlardan 21 tanesi Türkiye orijinli melez çeşitler olup, 11 tanesi ise yurtdışı orijinli çeşitlerden oluşmuştur. 20 çeşitten elde edilen tohum depo proteinleri Sodium Dodecyl Sulphate Polyacrylamide Gel Electrophoresis (SDS-PAGE) ile incelenmiştir. Sonuçlar, SDS- PAGE profilleri tüm çeşitler için genelde benzer olmakla beraber bazı çeşitler için (Kargı, Demir ve Rodina) elde edilen bantlar daha yoğun olmuştur. Ayrıca Kargı ve Demir çeşitleri için 28 kda büyüklüğünde ekstra bir bant gözlenmiştir. Tüm çeşitler üzerinde 20 adet RAPD primeri test edilerek, çeşitler arasında polimorfik ve tekrarlı PCR uygulamalarında uyumlu bant veren 7 adet primer (OPAJ 01, OPAA 13, OPAL 08, OPO 01, OPB 05, OPG 04 ve OPK 01) belirlenmiştir. Belirlenen primerler ile boyları 250 ile 2500 baz çifti (bç) arasında değişen toplam 42 bant elde edilmiştir. Bu bantların 29 tanesi (%69) polimorfik iken 13 tanesi (%31) non-polimorfik karakterdedir. Bantların skorlanması sonucu elde edilen matrisler, genetik benzerlik (Simple Matching, Jaccard ve Dice katsayılarına bağlı) ve genetik uzaklık (Nei-72) değerlerinin elde edilmesinde kullanılmıştır. Benzerlik ve uzaklık değerlerinin Unweighted Pair-Group Method Arithmetic Average (UPGMA) metodu III

7 ÖZET ile gruplandırılması sonucunda, birkaç çeşidin birbirinden farklı şekilde yerleşimi dışında temelde benzer dendogramlar (genetik ağaçlar) oluştuğu gözlenmiştir. Bu verilere göre iki ana grup gözlenmiştir. Sürek-95, Serhat-92 ve Rocca çeşitleri bir ana grupta yer alırken, diğer çeşitlerin tümü bir başka ana grupta yer almıştır. Anahtar Kelimeler: Çeltik (Oryza sativa L.), Tohum depo proteinleri, SDS-PAGE, RAPD, PCR, Belirleyici, UPGMA IV

8 ABSTRACT KAHRAMANMARAS SUTCU IMAM UNIVERSITY INSTITUTE OF NATURAL AND APPLIED SCIENCES DEPARTMENT OF BIOLOGY M.S. THESIS ABSTRACT GENETIC ANALYSIS OF TURKISH RICE VARIETIES (ORYZA SATIVA L.) BASED ON SEED STORAGE PROTEINS AND RANDOM AMPLIFIED POLYMORPHIC DNA (RAPD) MARKERS Supervisor: Assist. Prof. Dr. E. Banu BÜYÜKÜNAL BAL Year: 2009 Pages: 43 Jury : Assist. Prof. Dr. E. Banu BÜYÜKÜNAL BAL : Assoc. Prof. Dr. Canan CAN : Assist. Doç.Dr. Ahmet KAYRALDIZ In this study, genetic polymorphism among Turkish rice varieties (Oryza sativa L.) based on seed storage proteins and Random Amplified Polymorphic DNA (RAPD) markers were assessed. Thirty-two varieties, 21 of them from Turkish origin and 11 of them from different countries were used. Seed storage proteins obtained from twenty varieties were analyzed by Sodium Dodecyl Sulphate Polyacrylamide Gel Electrophoresis (SDS-PAGE). SDS-PAGE profiles were revealed that all of the studied cultivars have the similar pattern, but intensity of the bands was higher for some cultivars such as Kargı, Demir, and Rodina. In addition, a presence of an extra band with the size of 28 kda was observed for Kargı and Demir varieties. Twenty RAPD primers were tested on the all varieties and 7 primers (OPAJ 01, OPAA 13, OPAL 08, OPO 01, OPB 05, OPG 04 and OPK 01) producing polymorphic and reproducible bands in repeated PCR applications were detected. Those selected primers produced 42 bands within the size range of 250 to 2500 base pairs (bp). Of those 42 bands, 29 of them were polymorphic (69%), while 13 of them were non-polymorphic (31%). The matrices were obtained by scoring of all bands and those were used to estimate genetic similarities (based on Simple Matching, Jaccard ve Dice coefficients) and genetic distances (based on Nei-72) values. Unweighted Pair-Group Method Arithmetic Average (UPGMA) based grouping of V

9 ABSTRACT genetic similarity and dissimilarity values were used to construct dendograms and all dendograms were similar to each other, except for the displacement of few cultivars. Based on this data, two main groups were observed. Sürek-95, Serhat-92, and Rocca were placed in one main group, while the others were grouped in another main group. Key Words: Rice (Oryza sativa L.), Seed storage proteins, SDS-PAGE, RAPD, PCR, Marker, UPGMA VI

10 ÖNSÖZ ÖNSÖZ Bu çalışmada Türkiye de yetiştirilen çeltik çeşitleri, tohum depo proteinleri ve RAPD belirleyicileri kullanarak genetik yönden analiz edilmiştir. Bu çalışmalar sırasında her zaman yanımda ve bana destek olan, ve tez çalışmalarım sırasında yardımlarını esirgemeyen, bilgi ve donanımı ile beni yetiştiren danışman hocam Yrd. Doç. Dr. E.Banu BÜYÜKÜNAL BAL a teşekkür ederim. Ayrıca beni bu günlere getiren, eğitimim sırasında maddi manevi hiçbir desteği esirgemeyen annem, babam ve kardeşlerime sonsuz teşekkürlerimi sunarım. Ocak 2009 KAHRAMANMARAŞ VII

11 ÇİZELGELER DİZİNİ ÇİZELGELER DİZİNİ SAYFA Çizelge 1.1. Oryza türlerinin genom tiplerine göre gruplandırılması...2 Çizelge 3.1. Çalışmada kullanılan Oryza sativa çeşitleri ve ebeveynleri...12 Çizelge 3.2. Çalışmada kullanılan RAPD primerlerinin baz dizilimi, T m değerleri ve GC içerikleri...16 Çizelge 4.1. Çeltik örneklerinde polimorfik bant veren RAPD primerleri ve oluşan bantların özellikleri...28 Çizelge 4.2. Genotipler arasındaki Jaccard katsayı benzerlikleri...31 VIII

12 ŞEKİLLER DİZİNİ ŞEKİLLER DİZİNİ SAYFA Şekil 1.1. Çeltik tohumunun anatomik yapısı...4 Şekil 1.2. Genetik belirleyici çeşitleri...5 Şekil 1.3. PCR yöntemindeki aşamaların şematik olarak gösterimi...7 Şekil 1.4. RAPD tekniğinin şematik gösterimi...8 Şekil 4.1. SDS-PAGE sonrası oluşan tohum depo proteinlerine ait bant profilleri...19 Şekil 4.2. OPAJ 01 RAPD primeri ile elde edilen bant profili...21 Şekil 4.3. OPAA 13 RAPD primeri ile elde edilen bant profili...22 Şekil 4.4. OPAL 08 RAPD primeri ile elde edilen bant profili...23 Şekil 4.5. OPO 01 RAPD primeri ile elde edilen bant profili...24 Şekil 4.6. OPB 05 RAPD primeri ile elde edilen bant profili...25 Şekil 4.7. OPG 04 RAPD primeri ile elde edilen bant profili...26 Şekil 4.8. OPK 01 RAPD primeri ile elde edilen bant profili...27 Şekil 4.9. SM katsayıları kullanılarak elde edilen UPGMA dendogramı...32 Şekil Dice benzerlik katsayıları kullanılarak elde edilen UPGMA dendogramı...33 Şekil Jaccard benzerlik katsayıları kullanılarak elde edilen UPGMA dendogramı...34 Şekil Nei 72 uzaklıklarına bağlı olarak elde edilen UPGMA dendogramı...35 IX

13 SİMGELER ve KISALTMALAR SİMGELER VE KISALTMALAR CTAP: Hexadecyltrimethylammonium bromide EDTA: Ethylenediaminetetraacetic Acid Disodium Salt Dihydrate RAPD: Random Amplified Polymorphic DNA AFLP: Amplified Fragment Length Polymorphism RFLP: Restriction Fragment Length Polymorphism PCR: Polymerase Chain Reaction SSR: Simple Sequence Repeat SDS-PAGE: Sodium Dodecyl Sulfate Polyacrylamide Gel Electrophoresis IEF: Isoelectric Focusing kda: Kilodalton bç: Baz Çifti mm: Milimolar UPGMA: Unweighted Pair-Group Method, Arithmetic Average NTSYS: Numerical Taxonomy and Multivariete Analysis System µl: Mikrolitre rpm: Dakikadaki Devir Sayısı dntp : Deoksiribonükleotidtrifosfat DNA: Deoksiribo Nükleik Asit TEMED: N,N,N,N,-tetramethlyathylenediamine APS: Ammonium persulfate Magnesium Chloride (MgCl 2 ): Magnezyum Klorür TE: Trizma base ve EDTA çözeltisi X

14 GİRİŞ 1. GİRİŞ 1.1. Çeltik Tahıllar dünyadaki besin mahsullerinin %80 ini temsil etmektedir. Bunlar arasında, çeltik (Oryza sativa L.) dünya nüfusunun yaklaşık yarıdan fazlasının besin kaynağı olarak yararlandığı en önemli ürünlerden biridir (Khush, 1997). Tüm dünya popülasyonu için (özellikle hayvansal proteinin pahalı olduğu gelişen ülkelerde) önemli bir kalori (%60) ve protein kaynağını meydana getirmektedir. Asya daki besin diyetlerinin proteinlerine %28 ila %54 arasında katkıda bulunmaktadır (Duff, 1991). Bu özellikleri ile potansiyel bir genetik kaynak olmalarının yanı sıra fazla miktarda ekonomik ve tarımsal öneme sahiptir. Dünya çeltik üretiminde ilk sıraları Çin, Hindistan, Bangladeş, Endonezya ve Tayland almaktadır. Çeltik üretiminin yapıldığı diğer ülkeler arasında, ABD, Vietnam, Brezilya ve Filipinler bulunmaktadır yılında dünyada çeltik üretimi tondur. Aynı yıl dünyada üretilen mısır ton iken buğday tondur (Anonim, 2001). Türkiye de 1999 yılında tahıl üretimine ayrılmış alan 9.4 milyon hektardır. Bu alanın 65 bin hektarında çeltik ekimi yapılmaktadır. Türkiye de üretilen çeltik yılda yaklaşık 165 bin tondur. Ülkemizdeki başlıca çeltik üretim alanlarını Marmara, Karadeniz ve Ege bölgeleri oluşturmaktadır. En çok çeltik üretimi yapılan iller ise başta Edirne olmak üzere, sırasıyla Çorum, Samsun, Sinop, İzmir, Manisa, Balıkesir ve Kastamonu dur. Ülkemizde bazı yıllarda üretilen ürün, gereksinimi karşılamadığından çeltik ithal edilmektedir. Çeltik tarımı ilk olarak M.Ö yıllarında Hindistan da başlamış, daha sonra Batı ya doğru yayılmıştır. Avrupa ya gelişi ortaçağa rastlamaktadır. Türkiye de ise 500 yıl önce başladığı düşünülmektedir (Kün, 1985). Oryza türleri dünyada geniş bir dağılım göstermekte ve çok çeşitli habitatlarda (bataklık, savan, ormanlık alan, sürekli yeşil ormanlar, tatlı su lagünleri, durgun sular, derin sular sığ sular ve yavaş hareket eden sular gibi) bulunabilmektedirler. Çeltik türleri bu ortamlara değişken uzunlukta boy geliştirerek ve yüksek düzeyde nem ve güneş ışığına (güneşten gölgeye değişebilen) tolerans göstererek adapte olmaktadır (Vaughan, 1994). Tropik, astropik ve ılıman bölgelerde yaygın olarak tarımı yapılan çeltik, su içinde yetiştirilen tek tahıl bitkisidir. Diğer tahıl bitkileri su içinde uzun süre yaşayamayıp canlılığını yitirdiği halde, çeltik suda erimiş oksijeni kullanarak gelişir. İklim isteği açısından Sıcak İklim Tahılları grubundan bir bitkidir. Dünya toplam tahıl ekilişinde %53, üretiminde ise %59 pay alan sıcak iklim tahılları ülkemizde toplam tahıl ekilişinde %4.1, üretiminde ise %9.8 gibi düşük bir seviyededir (Gençtan ve ark., 1995). Hasadın ardından elde edilen çeltik, kavuzları çıkartılarak parlatılır ve beyaz renkli pirinç tanelerine dönüştürülür. Tanelerin görünümünü düzeltmek amacıyla yapılan parlatma işlemi, aslında ürünün besleyici değerinin büyük ölçüde yitirilmesine neden olur. Çünkü bu işlem sırasında tanelerin yüzeyini çevreleyen protein, yağ, tiyamin (B1 1

15 GİRİŞ vitamini), niyasin (nikotinik asit), riboflavin (B2 vitamini), demir ve kalsiyum bakımından zengin dip katman kaybolmakta ve geriye yalnızca nişastaca zengin bir ürün kalmaktadır Oryza Taksonomisi Oryza cinsi 9 farklı genoma sahip yaklaşık 22 türden oluşmakta ve Poaceae familyası ile Oryzoideae alt familyasına dahil bulunmaktadır (Vaughan, 1994; Aggarwal ve ark., 1997) (Çizelge 1.1.). Bu türler arasında iki tür O. sativa and O. glaberrima kültüre edilen, geri kalan 20 tür ise yabani türlerdir. Sistematik olarak Oryza türleri O. sativa, O. officinalis, O. ridleyi ve O. meyeriana olmak üzere 4 tür kompleksinde yer almaktadır (Vaughan, 1994). Çizelge 1.1. Oryza türlerinin genom tiplerine göre gruplandırılması (Vaughan, 1994; Aggarwall ve ark., 1997). Tür İsmi Genom Kaynağı Coğrafi Orijini Oryza sativa AA A.B.D. (Pioneer Valley Seed) O. barthii AA Sierra Leone (USDA), Yeni Gine (USDA) O. rufipogon AA Tayvan (USDA), Myanmar (USDA) O. glaberrima AA Nijerya (USDA), Gana (USDA) O. nivara AA Hindistan (USDA) O. meridionalis AA Avustralya (IRRI) O. officinalis CC Filipinler (USDA) O. rhizomatis CC Sri Lanka (IRRI) O. eichingeri CC Sri Lanka (IRRI) O. latifolia CCDD Guatemala (IRRI) O. alta CCDD Bilinmiyor (IRRI) O. grandiglumis CCDD Brezilya (IRRI) O. punctata BBCC, BB Bilinmiyor O. minuta BB Filipinler (IRRI) O. australiensis EE Avustralya (IRRI) O. brachyantha FF Kamerun (IRRI) O. meyeriana GG Filipinler (IRRI) O. granulata GG Laos (IRRI) O. ridleyi HHJJ Tayland (IRRI) O. longiglumis HHJJ Endonezya (IRRI) O. schlechteri Bilinmiyor Bilinmiyor Oryza Genom Özellikleri Diploit ve allotetraploit Oryza türlerinin somatik hücre sayısı sırasıyla 2n=24 ve 2n=48 olup, temel kromozom sayısı x=12 dir (Vaughan, 1994). Oryza cinsinde Çizelge 1 de gösterilen 9 genom (AA, BB, CC, BBCC, CCDD, EE, FF, GG, HHJJ) tanımlanmıştır (Vaughan, 1994; Aggarwal ve ark., 1997). Genom ayrımı hibrit bitkilerde kromozom eşleşmesi esas alınarak yapılmaktadır (Morinaga, 1943; Morinaga ve Kuriyama, 1959). Kültür edilen türlerden O. sativa AA genomuna sahiptir Bitki Depo Proteinleri Depo proteinleri bitkilerde genellikle tohum, tüber ve köklerde birikmektedir, ancak angiospermlerde depo proteinleri denilince tohum depo proteinleri anlaşılmaktadır. Bitki depo proteinleri tahıl tohumlarının %50 sini meydana getirmektedir. Tohum içinde protein 2

16 GİRİŞ kitlesi (protein body) halinde bulunmakta ve tohum çimlenmesi esnasında gerek duyulan iki element olan nitrojen ve sülfürü sağlamaktadırlar (Higgins, 1984; Zhou ve ark., 1993). Bitki depo proteinleri kimyasal yapı itibarı ile birbirinden çok küçük farklılıklar gösteren birkaç gruptan meydana gelmektedir. Çeltik depo proteinleri çözünebilirlik özelliklerine göre dört sınıfa ayrılmaktadır (Osborn, 1924). Bunlar, suda çözünen albüminler, tuzda çözünen globülinler, alkolde çözünen prolaminler ve seyreltik asit veya bazda çözünen glutelinlerdir. Önceleri Osborn un önerdiği çözünebilirlik sınıflaması yerine sonraları Sodium Dodecyl Sulphate Polyacrylamide Gel Electrophoresis (SDS- PAGE) gibi standart metodlara dayalı protein ayrım yöntemleri kullanılmaya başlamıştır (Laemmli, 1970). SDS-PAGE ile proteinler moleküler ağırlıklarına göre ayrılmaktadır. Diğer bir elektroforez yöntemi olan ve proteinleri izoelektrik noktalarına göre ayırmayı hedefleyen Isoelectric Focusing (IEF) elektroforezinde çeltik glutelin asidik alt ünitelerinin en az 12, bazik alt ünitelerinin ise en az 9 bant oluşturduğu bildirilmiştir (Wen ve Luthe, 1985). Son olarak gelişen Two-Dimensional (2-D) jel elektroforezi ise SDS-PAGE ve IEF tekniklerinin proteinleri farklı özelliklerine göre ayrım gücünü kullanarak çok daha hassas bir ayrım sağlayabilmektedir. Çeltik tohumunda PB-I ve PB-II olarak isimlendirilen iki farklı protein kitlesi depo vakuolu bulunmaktadır. Glutelin ve globulin PB-II de depolanırken, prolaminler endoplazmik retikulumdan köken alan PB-I de depolanmaktadır (Becthel ve Juliano, 1980). Çeltik glutelinleri 11 S globulin olarak bilinen aynı atasal genden köken almaktadır. Çeltik glutelinleri, 57 kda moleküler ağırlığında öncül bir proteinden sentezlenerek, golgi veya endoplazmik retikulum aracılığıyla PB-II içine taşınmakta ya da direkt olarak endoplazmik retikulumda işlenerek 37 kda moleküler ağırlığındaki asidik ve 20 kda moleküler ağırlığında bazik olgun (mature) alt üniteleri meydana getirmektedir (Yamagata ve ark., 1982; Furuta ve ark., 1986; Krishnan ve Okita, 1986). Tipik bir çeltik tohumunda dıştan içe doğru tohum gömleği, kavuz ve alevron tabakaları bulunmaktadır. Alevron tabakası ile çevrili durumda bulunan nişastalı endosperm kısmı alt alevron tabakası ve iç endospem kısımlarından oluşmaktadır. Alt endosperm tabakası daha detaylı olarak Transmission Electron Mikroskobunda (TEM) incelendiğinde büyük küresel protein kitlesi (PB-II), küçük küresel protein kitlesi (PB-I), kristal protein kitlesi ve nişasta granülleri içermektedir. Tohum embriyosu ise endosperm içinde yer almaktadır.(şekil 1.1.). Son yıllarda tohum depo proteinleri moleküler biyoloji çalışmalarında oldukça dikkat çekmektedir. Bunun sebebi ise proteinlerin ifadesi ve birikimleri aşamasının bitkilerde doku ve büyüme evresi yönünden özgün olmasıdır (Goldberg ve ark., 1989). Diğer tahıllarda temel depo proteinlerini oluşturan prolaminler yerine çeltikde baskın halde bulunan glutelinler ağırlık bazında toplam depo proteinlerinin % ini oluşturmaktadır (Ogawa ve ark.,1987). Çeltiğin düşük prolamin içermesi onu tahıllar arasında en yüksek kaliteli hale getirmektedir (Coffman ve Juliano, 1987). Bununla birlikte, diğer tahıllar %60 a varan prolamin içerikleri ile düşük besinsel değere sahip olarak düşünülmektedir (Bhatia ve Rabson, 1987). 3

17 GİRİŞ Alevron tabakası Nişastalı endosperm İç endosperm Tohum gömleği Nişastalı endosperm Kavuz Embriyo Alt alevron tabakasının Transmission Elektron Mikroskop (TEM) görünümü Alt alevron tabakası Büyük küresel protein kitlesi (PB-II) Küçük küresel protein kitlesi (PB-I) Steril lemna Nişasta granülü Kristal protein kitlesi Şekil 1.1. Çeltik tohumunun anatomik yapısı (Coffman ve Juliano, 1987). Çeltik 10 kda prolamin polipeptidi kükürt içeren sistein ve metiyonin amino asitleri bakımından zengin olmakla birlikte, yüksek düzeyde prolin ve treonin amino asitleri içermektedir (Hibino ve ark., 1989). Tohum depo proteinleri, çeşitli bitki türlerine ait çeşitlerin tohumlarındaki protein varyasyonunun incelenmesinde kullanılmaktadır. Bu bilgi tohumların saflığı hakkında bilgiler sunmakla birlikte ıslah çalışmalarında kullanılacak çeşitlerin seçimi için yarar sağlamaktadır. Çeltikte depo proteinleri varyasyonlarının araştırılması konusunda çok sayıda çalışma bulunmaktadır (Furukawa ve ark., 2003; Jahan ve ark., 2005). Önemli bir protein kaynağı olması nedeniyle çeltikdeki depo proteinlerinin kalitesinin ve besinsel değerinin arttırılması çok önem taşımaktadır Genetik Belirleyiciler (Genetik Markörler) Genom analizlerinde kullanılan genetik belirleyiciler; morfolojik, protein esaslı ve DNA esaslı olmak üzere başlıca üç tiptedir. Bu üç tipe dahil olan farklı tipteki diğer alt grup belirleyiciler ve bunların tarihsel olarak kullanılmaya başlandıkları zaman Şekil 1.2. de gösterilmektedir. Bir tür içindeki genotipler arasında var olan çeşitlilik (varyasyon) genom analizleri için temel oluşturmaktadır. Genetik bir belirleyici olabilmek için belirleyici lokusunun bir test populasyonunun bireyleri arasında deneysel olarak tespit edilebilir çeşitlilik göstermesi gerekmektedir. Çeşitlilik, basit olarak kalıtılabilir bir fenotipten, tek bir nükleotit değişiminin tespitine kadar uzanabilen farklı biyolojik düzeylerde incelenebilir. Çeşitlilik tanımlandığında ve test populasyonunu oluşturan bütün genotipler bilindiğinde, lokuslar arasındaki rekombinasyon olaylarının sıklığı belirleyiciler arasındaki bağlantıyı belirlemede kullanılmaktadır. 4

18 GİRİŞ Zaman Anonim Belirleyiciler Genom Biliminim Hedefleri İşlevi Bilinmeyen Tüm DNA Dizilimleri AFLP Mikrosatelitler DNA Dizilimi Bilinen veya Tanımlanan Belirleyiciler Tam Protein Arşivleri İşlevi Bilinen Tüm DNA Dizilimleri cdna Dizilimleri ve cdna Belirleyicileri (ETS) SCAR RAPD Dizilim Spesifik PCR (STS) Klonlanmış Genomik Parçalar (RFLP, Minisatelitler) RFLP probu olarak klonlanmış genler İzozimler Sitoloji Morfoloji Şekil 1.2. Genetik belirleyici çeşitleri (Ben Hui Liu, 1998) Morfolojik Belirleyiciler İlk haritalama çalışmaları, şekil, renk, büyüklük ve uzunluk gibi basit Mendel kalıtımı gösteren özellikler üzerinde yoğunlaşmıştır. Morfolojik özellikler, genetik özellikleri kontrol eden genlerin bire bir cevabına sahiptir. Bu gibi durumlarda, morfolojik karakterler ya da fenotipler belirli bir gen için güvenilir belirleyiciler olarak kullanılabilir ve kromozomlar üzerinde genetik belirleyiciler olarak yarar sağlamaktadır. Pek çok canlıda (insan, fare, mısır, domates vs) morfolojik belirleyiciler çalışılmış ve haritalanmıştır. Morfolojik belirleyicilerin bir kısmı tek bir gendeki değişimleri temsil eden nokta mutasyonlarından kaynaklanmaktadır. Diğer kısmı ise bu şekilde basit bir genetik temele sahip olmayabilir. Morfolojik belirleyicilerin gözlemi kolaydır, ancak tek bir ya da birkaç populasyonda kalıtım özelliği gösteren fazla sayıda morfolojik belirleyicinin bulunma durumu zor olabilmektedir (Ben Hui Liu, 1998) Protein Belirleyicileri Proteinler gen ürünleridir. Genlerin farklı alelleri, farklı amino asit kompozisyonuna, büyüklüğüne ve modifikasyonuna sahip proteinleri oluşturabilmektedir. Proteinlerin yük veya büyüklüklerindeki farklılıklar jel elektroforezi ile rahatça saptanabilmektedir. İzozimler uzun zamandan beri yaygın şekilde kullanılan protein belirleyici çeşidini meydana getirmektedir. İzozimler; aynı enzim aktivitesine sahip elektroforetik hızı farklılık gösteren alternatif enzim formları olarak tanımlanmakta ve farklı izozimler elektroforez kullanılarak tespit edilebilmektedir. Bu belirleyiciler, enzim aktivitesinden yararlanarak jeller üzerinde enzim bantlarının gözlemlenmesi prensibi ile 5

19 GİRİŞ çalışmaktadır. İzozimler, sayılarının az olması ve bitkinin gelişim aşamasına bağımlı olmaları nedeni ile sınırlı kullanıma sahiptir. Bununla birlikte izozimler çeltik, mısır, buğday ve diğer birçok bitki ve hayvan türünde yoğun şekilde kullanılmaktadır (Madhavilatha ve ark., 2005; Sanchez ve ark., 2006). Diğer bir protein belirleyici, herhangi bir biyolojik görev ile ilgili olmayan toplam proteinlerin yük ve büyüklüklerine göre jel elektroforezi sisteminde ayrılmasıdır. Bu tür belirleyici bilgilerinin genetik yorumu güç olabilmektedir. Ancak gelecekte bir organizmaya ait daha fazla DNA bilgisinin elde edilmesi ile bu tür bilgilerin protein yapı ve fonksiyon ilişkilerinin aydınlatılmasında kullanılması mümkün olabilecektir DNA Belirleyicileri Genom dizilim kompozisyonunu temsil eden ve bu şekilde farklı bireylerde bulunan genetik farklılığın tespit edilmesine izin verebilen DNA belirleyicileri oldukça önem taşımaktadır. Küçük bir DNA parçasında bir türe ait bireyler arasında dizilim polimorfizmine dayanan kalıtılabilir farklılıkların tespitinde iki yaklaşım (hibridizasyon ve PCR) kullanılmaktadır. Son yıllarda çok çeşitli DNA belirleyicileri geliştirilmiştir. İlk olarak geliştirilen belirleyici sistemi olan Restriction Fragment Length Polymorphism (RFLP) hibridizasyona dayanmaktadır (Bolstein ve ark., 1980). Hibridizasyona dayalı bu belirleyicilerden sonra Polymerase Chain Reaction (PCR) teknolojisinin keşfi ile birlikte çok sayıda diğer belirleyici sistemler ortaya çıkmıştır. Bunlardan en önemlileri Random Amplified Polymorphic DNA (RAPD), Simple Sequence Repeat (SSR), Amplified Fragment Length Polymorphism (AFLP) gibi belirleyicilerdir (Welsh ve Mcclelland, 1990; Williams ve ark., 1990; Akkaya ve ark., 1992; Vos ve ark., 1995) Polymerase Chain Reaction (PCR) 1983 yılında keşfedilen PCR, hedef bir DNA parçasının laboratuar koşullarında amplifikasyonuna (çoğaltılmasına) izin vermektedir. PCR esnasında amplifiye edilmek istenen DNA bölgesinin yanlarında bulunan DNA dizilimlerine komplementer (tamamlayıcı) primer olarak isimlendirilen kısa oligonükleotidler kullanılmaktadır. Hedef DNA ve iki primere ek olarak reaksiyon için gerekli diğer bileşenlerin (Taq DNA polimeraz, deoksinükleotidler, tampon çözelti, MgCl 2 ) ilavesi sonrasında herbiri 3 aşamadan oluşan (denatürasyon, bağlanma ve polimerizasyon) döngülerin tekrarı ile reaksiyon tamamlanmaktadır (Şekil 1.3.). Denatürasyon aşamasında 94 o C de çift zincirli DNA molekülleri birbirinden ayrılmaktadır. Bağlanma aşamasında primerlerde bulunan nükleotid içeriğine bağlı olarak sahip olacakları erime sıcaklığı (T m ) civarında bir sıcaklıkta, primerler hedef DNA yakınlarına bağlanacaktır. Polimerizasyon aşamasında ise 72 o C de çalışan bir Taq DNA polimeraz aktivitesi ile hedef bölgenin kopyası zincir karşısına primerin bağlanma bölgesinden itibaren 5' yönden 3' yöne doğru sentezlenecektir (Şekil 1.3.). 6

20 GİRİŞ Şekil 1.3. PCR yöntemindeki aşamaların şematik olarak gösterimi. a.denatürasyon, b. Bağlanma, c. Polimerizasyon. Taq DNA polimeraz büyük P harfi ile temsil edilmektedir. PCR, genetik materyaller üzerindeki çalışmalarda, nükleik asit karekterizasyonunda, moleküler klonlamada, dizi analizlerinde, rekombinant DNA teknolojisinde ve klinik uygulamalarda kullanılmaktadır (Kumar, 1989) Random Amplified Polymorphic DNA (RAPD) Random Amplified Polymorphic DNA (RAPD) tekniğinin anahatları gösterilmiştir. (Şekil1.4.) Bu teknikte genellikle 10 baz çifti (bç) uzunluğunda rastgele baz dizilime sahip tek bir primer PCR amplifikasyonlarında kullanılmaktadır. Primerlerin DNA ya bağlandığı DNA bölgesinde var olan bir mutasyon sonucu PCR amplifikasyon ürünlerinin jel elektroforezinde ayrılması sonrasında oluşacak bant görünümünde farklılık olacaktır. RAPD belirleyicileri günümüzde çok yaygın olarak kullanılan bir belirleyici tekniğini oluşturmaktadır. Özellikle ucuz oluşu ve uygulanması için DNA dizilim bilgisine gereksinim duyulmayışı gibi avantajları nedeniyle, genetik çeşitlilik ve genom haritalama çalışmalarında sıklıkla kullanılmaktadır. Radyoaktif olarak yapılmaması ve basit olması nedeniyle bu teknik çoğu organizmada genetik çeşitliliğin tespit edilmesi için kullanılmıştır (Yu ve Nguyen, 1994). Bunun yanı sıra, moleküler parmak izi analizinde (Baird ve ark., 1992; MacGowan ve ark., 1993; Stiles ve ark., 1993; Yu ve Nguyen, 1994), evrimsel analizlerde, genetik haritalamada (Uphoff ve Wricke, 1992; Kiss ve ark., 1993) ve populasyon çeşitliliği analizlerinde (Chapco ve ark., 1992; Kambhampati ve ark., 1992; Dawson ve ark., 1993) kullanılmaktadır. Populasyonlar içinde ve arasında var olabilen çeşitliliği araştırmada RAPD lerden yaralanılması uygundur, ancak bu belirleyicilerde bulunan dominant kalıtım özelliği genlerin alel sıklığının araştırılmasına dayalı populasyonların yapısının incelendiği araştırmalarda olumsuzluk sunmaktadır. Buna ilaveten, RAPD profillerinin rastgele primerler kullanılarak oluşturulması esnasında PCR yönteminin kendi hassaslığından kaynaklanan farklılıklar oluşabilmekte ve bu durum farklı araştırıcılar tarafından oluşturulan RAPD bilgisinin uygunluğunu zorlaştırmaktadır. 7

21 GİRİŞ RAPD belirleyici tekniği Şekil 1.4. de şematize edilmektedir. RAPD tekniğinde genellikle 10 bç uzunluğunda rastgele nükleotid dizilimine sahip tek bir primer kullanılmaktadır. RAPD tekniği uygulanacak örnek üzerinde primer bağlanma bölgesinde meydana gelebilecek bir mutasyon primerin o bölgeye bağlanmamasına sebep olacaktır. Bunun sonucunda PCR sonrası farklı bant profilleri meydana gelecektir. Çeltik çeşitlerinde genetik çeşitliliğin RAPD belirleyicileri kullanılarak araştırılması konusunda yapılan çeşitli çalışmalar bulunmaktadır (Buu ve Lang, 1999; Saker ve ark., 2005). Ancak bu konuda yapılan Türkiye de yetiştirilen çeltik çeşitlerine ait bir çalışma bulunmamaktadır. Bu çalışmada Türkiye de yetiştirilen çeltik çeşitlerinde tohum depo proteinlerine ve RAPD belirleyicilerine dayalı polimorfizmin araştırılması amaçlanmıştır. Çalışma sonuçlarının tescilli çeşitlerimizin korunması ve ıslah çalışmalarında kullanılması konularında yarar sağlayacağı düşünülmektedir. Primer Primer baglanma bölgeleri yanindaki kisimlar amplifiye olacak bant 3 bant 1 bant 5 bant 2 Genotip A bant 1 bant 3 bant 4 Genotip B DNA daki bir delesyon bant 5 olarak amplifikasyon yerine bant 4 olusturacak bant 5 bant 4 bant 3 bant 2 bant 1 Genotip A dan J ye 10 birey Için olusan RAPD profili Şekil 1.4. RAPD tekniğinin şematik gösterimi (Ben Hui Liu, 1998) 8

22 ÖNCEKİ ÇALIŞMALAR 2. ÖNCEKİ ÇALIŞMALAR Tohum depo proteinlerine bağlı olarak oluşan elektroforez profili her tür için genotipe bağlı olduğundan taksonomik ve evrimsel problemler içinde yarar sağlayabilmektedir (Ladizindsky ve Hymowitz, 1979). Bununla birlikte, tohum depo proteinleri tür içi ve türler arasındaki genetik çeşitliliğin analizinde, genetik kaynakların korunması ve ıslah çalışmalarında genetik belirleyici olarak kullanılmaktadır. Morfolojik yaklaşımlar ile karşılaştırıldığında gelişme mevsimlerinden bağımsız olması, bitkilerin yetiştirilmesine gerek olmaması, materyalin her an elde edilebilir olması, hızlı analiz edilmesi, kolay saklanması ve ihtiyaç duyulan örnek miktarının az olması gibi avantajlara sahiptir. Tohum depo proteinlerinin analizinde biyokimyasal yöntemlerden biri olan Sodium Dodecyl Sulphate Polyacrylamide Gel Electrophoresis sıklıkla kullanılmaktadır. SDS- PAGE sonucu oluşan tohum depo proteinleri profili buğday, arpa, triticale, biber, fasulye, hurma ve salatalık çeşitlerinin tanımlanmasında kullanılmıştır (Hussain ve ark., 1986; Stegemann ve ark., 1987; Igreas ve ark., 1999; Vladova ve ark., 2000; Cherdouh ve ark., 2005; Stoilova ve ark. 2006) Tsugita ve ark. (1994), 9 farklı organ ve 1 organelden (yapraki kloroplastı, kök, gövde, germ, karanlıkta çimlendirilmiş tohum, tohum, kavuz, chaff ve kallus) elde edilen çeltik proteinlerini 2-D elektroforezi ile incelemişlerdir. Sun ve ark. (1996), çeltik embriyolarından hazırladıkları globulinleri amino-uç amino asit dizilimi ile karakterize etmişlerdir. Montalvan ve ark. (1998) SDS-PAGE yöntemini kullanarak 58 Brezilya ve 2 Japon upland Oryza sativa L. (çeltik) çeşidinde tohum proteinlerini incelemiş ve elektroforez profillerinin densitometrik olarak taranması sonucu 16 protein fraksiyonuna ait göreceli konsantrasyonlar ele alınarak çeşitler birbirinden ayrılmıştır. Mehfooza ve ark. (2000), tohum depo proteinlerini ve izozimleri kullanarak önemli çeltik çeşitlerini tanımlamışlardır. Qu ve ark. (2001), çeltik depo proteinleri glutaminleri SDS-PAGE de %15-25 gradient jeller kullanarak 3 asidik (alpha-) ve 3 bazik (beta-) alt ünite bileşeni gözlemlemişlerdir. Aynı çalışmada amfolit oranının ayarlanması suretiyle IEF elektroforezi sisteminin geliştirilmesi ile daha fazla bandın ayırt edilebileceği görülmüştür. Furukawa ve ark. (2003) böbrek hastalarının beslenmesinde kullanılan az miktarda glutelin ve fazla miktarda prolamin içeren LGC1 isimli çeşidin bu özelliğinin SDS-PAGE sisteminde gözlenlenebileceğini göstermişlerdir. Jahan ve ark. (2005) Bangladeşin altı farklı bölgesinden toplanmış 7 ekotipi temsil eden 576 çeşidin tohum glutelinlerini SDS-PAGE, IEF ve 2D: SDS-PAGE/IEF yöntemleri ile analiz etmişlerdir. 9

POLİMERAZ ZİNCİR REAKSİYONU (PZR-PCR) VE RESTRİKSİYON PARÇA UZUNLUĞU POLİMORFİZMİ (RFLP)

POLİMERAZ ZİNCİR REAKSİYONU (PZR-PCR) VE RESTRİKSİYON PARÇA UZUNLUĞU POLİMORFİZMİ (RFLP) Deney: M 1 POLİMERAZ ZİNCİR REAKSİYONU (PZR-PCR) VE RESTRİKSİYON PARÇA UZUNLUĞU POLİMORFİZMİ (RFLP) a) PCR yöntemi uygulaması b) RPLF sonuçları değerlendirilmesi I. Araç ve Gereç dntp (deoksi Nükleotid

Detaylı

1. Ekstraksiyon Tamponu: %2 (w/v) CTAB (Cetyltrimethyl-ammonium bromide) 1.4 M NaCl, % 0.2 (v/v) β-merkaptoetanol, 20 mm EDTA. 100 mm Tris-HCl (ph 8)

1. Ekstraksiyon Tamponu: %2 (w/v) CTAB (Cetyltrimethyl-ammonium bromide) 1.4 M NaCl, % 0.2 (v/v) β-merkaptoetanol, 20 mm EDTA. 100 mm Tris-HCl (ph 8) KONU-7. MOLEKÜLER BĠYOLOJĠDE TEMEL TEKNĠKLER BĠTKĠDEN GENOMĠK DNA ĠZOLASYONU Kullanılan Tamponlar: 1. Ekstraksiyon Tamponu: %2 (w/v) CTAB (Cetyltrimethyl-ammonium bromide) 1.4 M NaCl, % 0.2 (v/v) β-merkaptoetanol,

Detaylı

KAPİLLER ELEKTROFOREZ DNA SEKANSLAMA

KAPİLLER ELEKTROFOREZ DNA SEKANSLAMA İçerik Giriş...2 Deney İçin Gerekli Olan Malzemeler...3 Deneyin Yapılışı... 4-9 Genomik DNA Kalıbının Hazırlanması...4 PCR Amplifikasyonu... 4-5 DNA Miktarının Belirlenmesi...6 Sekans Reaksiyonunun Hazırlanması...7

Detaylı

(ZORUNLU) MOLEKÜLER İMMÜNOLOJİ I (TBG 607 TEORİK 3, 3 KREDİ)

(ZORUNLU) MOLEKÜLER İMMÜNOLOJİ I (TBG 607 TEORİK 3, 3 KREDİ) T. C. İSTANBUL BİLİM ÜNİVERSİTESİ SAĞLIK BİLİMLERİ ENSTİTÜSÜ TIBBİ BİYOLOJİ VE GENETİK ANABİLİM DALI YÜKSEK LİSANS PROGRAMI 2015-2016 EĞİTİM-ÖĞRETİM YILI DERS İÇERİKLERİ I. YARIYIL (ZORUNLU) MOLEKÜLER

Detaylı

Parkinson Hastalığı ile α-sinüklein Geni Polimorfizmlerinin İlişkisinin Araştırılması

Parkinson Hastalığı ile α-sinüklein Geni Polimorfizmlerinin İlişkisinin Araştırılması İ.Ü. CERRAHPAŞA TIP FAKÜLTESİ SAĞLIK BİLİMLERİ ENSTİTÜSÜ TIBBİ BİYOLOJİ ANABİLİM DALI Parkinson Hastalığı ile α-sinüklein Geni Polimorfizmlerinin İlişkisinin Araştırılması Araş.Gör. Yener KURMAN İSTANBUL

Detaylı

Hafta VIII Rekombinant DNA Teknolojileri

Hafta VIII Rekombinant DNA Teknolojileri GENETĐK 111-503 Hafta VIII Rekombinant DNA Teknolojileri Doç.Dr. Hilâl Özdağ Rekombinant DNA Teknolojisi Amaç Spesifik DNA dizilerinin yerlerinin belirlenmesi. DNA nın belirli noktalardan kesilmesi Belirli

Detaylı

Ege Sahil Kuşağına Uygun Kavuzsuz Yulaf Çeşidinin Geliştirilmesi Beslenme Yaklaşımı

Ege Sahil Kuşağına Uygun Kavuzsuz Yulaf Çeşidinin Geliştirilmesi Beslenme Yaklaşımı Ege Sahil Kuşağına Uygun Kavuzsuz Yulaf Çeşidinin Geliştirilmesi Beslenme Yaklaşımı 07.10.2016 Özge YILDIZ Gıda Yük. Müh. Aydın İMAMOĞLU, Seda PELİT Ege Tarımsal Araştırma Enstitüsü Müdürlüğü İzmir Proje:

Detaylı

RTA JEL / PZR Saflaştırma Kiti

RTA JEL / PZR Saflaştırma Kiti RTA JEL / PZR Saflaştırma Kiti Kullanma Kılavuzu Yayın Tarihi - 2011-12 DNA parçalarının agaroz jelden geri kazanımı ve PZR ürünlerinin saflaştırılması için Yalnızca profesyonel kullanım için REF 09009050

Detaylı

Laboratuvar Tekniği. Adnan Menderes Üniversitesi Tarımsal Biyoteknoloji Bölümü TBY 118 Muavviz Ayvaz (Yrd. Doç. Dr.) 5. Hafta (14.03.

Laboratuvar Tekniği. Adnan Menderes Üniversitesi Tarımsal Biyoteknoloji Bölümü TBY 118 Muavviz Ayvaz (Yrd. Doç. Dr.) 5. Hafta (14.03. Laboratuvar Tekniği Adnan Menderes Üniversitesi Tarımsal Biyoteknoloji TBY 118 Muavviz Ayvaz (Yrd. Doç. Dr.) 5. Hafta (14.03.2014) 1 5. Haftanın Ders İçeriği DNA ekstraksiyonu DNA ekstraksiyonunun amacı

Detaylı

NÜKLEİK ASİTLERİN ELEKTROFOREZİ

NÜKLEİK ASİTLERİN ELEKTROFOREZİ T.C. FIRAT ÜNİVERSİTESİ FEN BİLİMLERİ ENSTİTÜSÜ BİYOLOJİ BÖLÜMÜ NÜKLEİK ASİTLERİN ELEKTROFOREZİ Yüksek Lisans Semineri Hazırlayan: Venhar ÇELİK Danışman: Yrd.Doç.Dr. Dilek Turgut-BALIK NÜKLEİK ASİTLERİN

Detaylı

YÜKSEKÖĞRETİM KURULU YARDIMCI DOÇENT 01.12.2014. : Sinop Üniversitesi Fen Edebiyat Fakültesi Biyoloji Bölümü Sinop

YÜKSEKÖĞRETİM KURULU YARDIMCI DOÇENT 01.12.2014. : Sinop Üniversitesi Fen Edebiyat Fakültesi Biyoloji Bölümü Sinop HÜLYA SİPAHİ ÖZGEÇMİŞ YÜKSEKÖĞRETİM KURULU YARDIMCI DOÇENT 01.12.2014 Adres : Sinop Üniversitesi Fen Edebiyat Fakültesi Biyoloji Bölümü Sinop Telefon : 3682715516-4206 E-posta Doğum Tarihi : Faks : Kadro

Detaylı

诲诲矏 矏 ɪ ɪ ɪ ÖZET 矉 矉 Yüksek Lisans Tezi TÜRKİYE DE YETİŞTİRİLEN ÇELTİK (Oryza sativa L.) ÇEŞİTLERİNDE GENETİK FARKLILIĞIN ORYZİN ELEKTROFOREGRAMI YÖNT

诲诲矏 矏 ɪ ɪ ɪ ÖZET 矉 矉 Yüksek Lisans Tezi TÜRKİYE DE YETİŞTİRİLEN ÇELTİK (Oryza sativa L.) ÇEŞİTLERİNDE GENETİK FARKLILIĞIN ORYZİN ELEKTROFOREGRAMI YÖNT A KARA Ü İVERSİTESİ FE BİLİMLERİ E STİTÜSÜ YÜKSEK LİSA S TEZİ TÜRKİYE DE YETİŞTİRİLE ÇELTİK (Oryza sativa L.) ÇEŞİTLERİ DE GE ETİK FARKLILIĞI ORYZİ ELEKTROFOREGRAMI YÖ TEMİ İLE BELİRLE MESİ Seyran SA TARLA

Detaylı

Hücre Biyoloji Laboratuarı Güz dönemi Alıştırma Soruları (Dr.Selcen Çelik)

Hücre Biyoloji Laboratuarı Güz dönemi Alıştırma Soruları (Dr.Selcen Çelik) Hücre Biyoloji Laboratuarı 2014-2015 Güz dönemi Alıştırma Soruları (Dr.Selcen Çelik Konular: ph ve tamponlar, hücre kültür tekniği, mikrometrik ölçüm ph ve Tamponlar 1. ph sı 8.2 olan 500 ml. 20mM Tris/HCl

Detaylı

ÇELTİK DOSYASI TÜRKİYE ÇELTİK EKİLİŞ ÜRETİM TÜKETİM VERİM

ÇELTİK DOSYASI TÜRKİYE ÇELTİK EKİLİŞ ÜRETİM TÜKETİM VERİM ÇELTİK DOSYASI Bileşiminde az miktarda protein bulundurmasına karşın beslenme için gerekli amino asitlerce zengin olması nedeniyle çeltik, insan beslenmesinde buğdaydan sonra en çok kullanılan tahıl ürünüdür.

Detaylı

Kromozom, DNA ve Gen. Allel Segregasyonu. DNA çift sarmalı. Hastalık yapan mutasyonlar protein fonksiyonunu bozar. Hastalık yapan mutasyonlar

Kromozom, DNA ve Gen. Allel Segregasyonu. DNA çift sarmalı. Hastalık yapan mutasyonlar protein fonksiyonunu bozar. Hastalık yapan mutasyonlar Temel Genetik Kavramlar DNA izolasyon yöntemleri Kromozom, DNA ve Gen Hücre Nukleus Kromozomlar Gen Prof.Dr.Uğur ÖZBEK Protein DNA çift sarmalı Allel Segregasyonu Şeker Fosfat omurga Bazlar Baz çifti A

Detaylı

Mikrobiyolojide Moleküler Tanı Yöntemleri. Dr.Tuncer ÖZEKİNCİ Dicle Üniversitesi Tıp Fakültesi Tıbbi Mikrobiyoloji A.D

Mikrobiyolojide Moleküler Tanı Yöntemleri. Dr.Tuncer ÖZEKİNCİ Dicle Üniversitesi Tıp Fakültesi Tıbbi Mikrobiyoloji A.D Mikrobiyolojide Moleküler Tanı Yöntemleri Dr.Tuncer ÖZEKİNCİ Dicle Üniversitesi Tıp Fakültesi Tıbbi Mikrobiyoloji A.D 1 Enfeksiyonun Özgül Laboratuvar Tanısı Mikroorganizmanın üretilmesi Mikroorganizmaya

Detaylı

Osmaniye Korkut Ata Üniversitesi, Biyoloji Bölümü Araştırma Laboratuarları ve Üniteleri

Osmaniye Korkut Ata Üniversitesi, Biyoloji Bölümü Araştırma Laboratuarları ve Üniteleri Osmaniye Korkut Ata Üniversitesi, Biyoloji Bölümü Araştırma Laboratuarları ve Üniteleri Biyoloji Bölümünde Merkezi Araştırma Laboratuarlarının Kurulumu Osmaniye Korkut Ata Üniversitesi, Biyoloji Bölümü

Detaylı

Soru 1: DNA miktarını saptamak için spektrofotometrik yöntemin arkasındaki prensibi açıklayınız:

Soru 1: DNA miktarını saptamak için spektrofotometrik yöntemin arkasındaki prensibi açıklayınız: Ara Sınav Soruları Soru 1: DNA miktarını saptamak için spektrofotometrik yöntemin arkasındaki prensibi açıklayınız: Cevap1: 260 nm de 1 cm yol uzunluğundaki OD = 50 μ g/ml çift sarmal DNA için, 40 μ g/ml

Detaylı

WESTERN BLOT. Yrd. Doç. Dr. Eda Becer. Yakın Doğu Üniversitesi Eczacılık Fakültesi Biyokimya Anabilim Dalı

WESTERN BLOT. Yrd. Doç. Dr. Eda Becer. Yakın Doğu Üniversitesi Eczacılık Fakültesi Biyokimya Anabilim Dalı WESTERN BLOT Yrd. Doç. Dr. Eda Becer Yakın Doğu Üniversitesi Eczacılık Fakültesi Biyokimya Anabilim Dalı Northern Blot (RNA) James Alwine George Stark Western Blot (Protein) Eastern Blot (??) George Stark

Detaylı

Bazı Ekmeklik Buğday (Triticum aestivum L.) Çeşit ve Hatlarının Genetik Uzaklıklarının Belirlenmesi

Bazı Ekmeklik Buğday (Triticum aestivum L.) Çeşit ve Hatlarının Genetik Uzaklıklarının Belirlenmesi Bazı Ekmeklik Buğday (Triticum aestivum L.) Çeşit ve Hatlarının Genetik Uzaklıklarının Belirlenmesi O. Bilgin K. Z. Korkut Trakya Üniversitesi, Tekirdağ Ziraat Fakültesi, Tarla Bitkileri Bölümü Tekirdağ

Detaylı

Mardin İlinde Üretilen Mısır Nişastasının Spesifikasyon Değerlerine Uygunluğunun Belirlenmesi - doi: 10.17932/ IAU.

Mardin İlinde Üretilen Mısır Nişastasının Spesifikasyon Değerlerine Uygunluğunun Belirlenmesi - doi: 10.17932/ IAU. Mardin İlinde Üretilen Mısır Nişastasının Spesifikasyon Değerlerine Uygunluğunun Belirlenmesi - doi: 10.17932/ IAU. IAUD.m.13091352.2015.7/25.13-17 Nurten BOZDEMİR 1 Murat ÇİMEN 1* Seyhan AKÇAN 1 Özet

Detaylı

BRCA 1/2 DNA Analiz Paneli

BRCA 1/2 DNA Analiz Paneli FAST-BRCA Sequencing Kit BRCA 1/2 DNA Analiz Paneli Dizi Analizi Amaçlı Kullanım İçin KULLANIM KILAVUZU İÇİNDEKİLER 1 GİRİŞ... 3 2 KİT İÇERİĞİ... 3 3 SAKLAMA... 3 4 GEREKLİ MATERYAL VE CİHAZLAR... 3 5

Detaylı

HLA Tiplendirmesi PCR-SSP. Türker Duman PhD

HLA Tiplendirmesi PCR-SSP. Türker Duman PhD HLA Tiplendirmesi PCR-SSP Türker Duman PhD Büyük Doku Uygunluk Kompleksi (Major Histocompatibility Complex - MHC) İlk olarak farklı fare suşlarında deri naklinin reddiyle tanımlanan genetik bölgedir Alloreaktiviteden

Detaylı

Mitokondrial DNA Analiz Paneli

Mitokondrial DNA Analiz Paneli FAST-mtDNA Sequencing Kit Mitokondrial DNA Analiz Paneli Dizi Analizi Amaçlı Kullanım İçin KULLANIM KILAVUZU İÇİNDEKİLER 1 GİRİŞ... 3 2 KİT İÇERİĞİ... 3 3 SAKLAMA... 3 4 GEREKLİ MATERYAL VE CİHAZLAR...

Detaylı

AVRASYA ÜNİVERSİTESİ

AVRASYA ÜNİVERSİTESİ Ders Tanıtım Formu Dersin Adı Öğretim Dili Moleküler Biyoloji Lab. Türkçe Dersin Verildiği Düzey Ön Lisans () Lisans (X) Yüksek Lisans( ) Doktora( ) Eğitim Öğretim Sistemi Örgün Öğretim (X) Uzaktan Öğretim(

Detaylı

SALGIN ARAŞTIRMASINDA KULLANILAN TİPLENDİRME YÖNTEMLERİ

SALGIN ARAŞTIRMASINDA KULLANILAN TİPLENDİRME YÖNTEMLERİ SALGIN ARAŞTIRMASINDA KULLANILAN TİPLENDİRME YÖNTEMLERİ Prof.Dr. Meltem Yalınay Çırak Gazi Üniversitesi Tıp Fakültesi Mikrobiyoloji ve Klinik Mikrobiyoloji A.D. fenotipik yöntemler genotipik yöntemler

Detaylı

SODYUM DODESİL SÜLFAT POLİAKRİLAMİD JEL ELEKTROFOREZİ İLE PROTEİNLERİN ANALİZİ

SODYUM DODESİL SÜLFAT POLİAKRİLAMİD JEL ELEKTROFOREZİ İLE PROTEİNLERİN ANALİZİ T.C. FIRAT ÜNİVERSİTESİ FEN BİLİMLERİ ENSTİTÜSÜ BİYOLOJİ BÖLÜMÜ SODYUM DODESİL SÜLFAT POLİAKRİLAMİD JEL ELEKTROFOREZİ İLE PROTEİNLERİN ANALİZİ Yüksek Lisans Semineri Hazırlayan: Abdullah ASLAN Danışman:

Detaylı

PROTEİN ANALİZ YÖNTEMLERİ

PROTEİN ANALİZ YÖNTEMLERİ PROTEİN ANALİZ YÖNTEMLERİ Protein analizleri, fen bilimleri araştırmaları ve farmosötik endüstrisinde önemli bir araç olarak karşımıza çıkar. Protein Analizinin Amaçları: Hastalıkların Kesin Tanısının

Detaylı

GENETİK LABORATUVARI

GENETİK LABORATUVARI GENETİK LABORATUVARI Laboratuvar sorumluları: Prof. Dr. Mehmet TOPAKTAŞ Prof. Dr. Hasan Basri İLA Temel Araştırma Alanımız: Genetik, Sitogenetik, Genotoksikoloji Genetik laboratuvarında günlük hayatta

Detaylı

BAZI MEYVE TÜRLERİNDE DNA İZOLASYON YÖNTEMLERİNİN ETKİNLİĞİNİN KARŞILAŞTIRILMASI

BAZI MEYVE TÜRLERİNDE DNA İZOLASYON YÖNTEMLERİNİN ETKİNLİĞİNİN KARŞILAŞTIRILMASI Batı Akdeniz Tarımsal Araştırma Enstitüsü Derim Dergisi, 2008, 25(1):59-69 ISSN 1300-3496 BAZI MEYVE TÜRLERİNDE DNA İZOLASYON YÖNTEMLERİNİN ETKİNLİĞİNİN KARŞILAŞTIRILMASI Özhan ŞİMŞEK 1 Fırat Ege KARAAT

Detaylı

SNP TEK NÜKLEOTİD POLİMORFİZMLERİ (SINGLE NUCLEOTIDE POLYMORPHISMS)

SNP TEK NÜKLEOTİD POLİMORFİZMLERİ (SINGLE NUCLEOTIDE POLYMORPHISMS) SNP TEK NÜKLEOTİD POLİMORFİZMLERİ (SINGLE NUCLEOTIDE POLYMORPHISMS) Herhangi iki bireyin DNA dizisi %99.9 aynıdır. %0.1 = ~3x10 6 nükleotid farklılığı sağlar. Genetik materyalde varyasyon : Polimorfizm

Detaylı

2007 ÖSS BİYOLOJİ SORULARI VE CEVAPLARI

2007 ÖSS BİYOLOJİ SORULARI VE CEVAPLARI 2007 ÖSS BİYOLOJİ SORULARI VE CEVAPLARI 1. BÖLÜM 1. Aşağıdaki tabloda bazı canlı türlerinin kromozom sayıları verilmiştir. Bu tablodaki bilgilere göre, I. İki canlı türünün kromozom sayılarına bakılarak

Detaylı

Polimeraz Zincir Reaksiyonu. Mikrobiyoloji Anabilim Dalı

Polimeraz Zincir Reaksiyonu. Mikrobiyoloji Anabilim Dalı 4. Ha&a Polimeraz Zincir Reaksiyonu Mikrobiyoloji Anabilim Dalı Sunu içeriği PCR ın tanımı PCR ın kısa tarihçesi Hücre içi DNA replikasyonu PCR bileşenleri PCR temel prensipler PCR ın kullanım alanları

Detaylı

Protein Ekstraksiyonu

Protein Ekstraksiyonu Protein Ekstraksiyonu Dr.Gaye Güler Tezel Hacettepe Üniversitesi Tıp Fakültesi Patoloji Anabilim Dalı Proteinler tüm canlı organizmalar için en önemli makromoleküllerden biridir. Bazıları yapısal komponentleri

Detaylı

Yüzüncü Yıl Üniversitesi Fen Bilimleri Enstitüsü Dergisi/ Journal of The Institute of Natural & Applied Sciences 17 (1):6-12, 2012

Yüzüncü Yıl Üniversitesi Fen Bilimleri Enstitüsü Dergisi/ Journal of The Institute of Natural & Applied Sciences 17 (1):6-12, 2012 Yüzüncü Yıl Üniversitesi Fen Bilimleri Enstitüsü Dergisi/ Journal of The Institute of Natural & Applied Sciences 17 (1):6-12, 2012 Araştırma Makalesi/Research Article BaCl 2 -Ba(H 2 PO 2 ) 2 -H 2 O Üçlü

Detaylı

MOLEKÜLER TANISI DÜZEN GENETİK HASTALIKLAR TANI MERKEZİ. SERPİL ERASLAN, PhD

MOLEKÜLER TANISI DÜZEN GENETİK HASTALIKLAR TANI MERKEZİ. SERPİL ERASLAN, PhD β-talaseminin MOLEKÜLER TANISI DÜZEN GENETİK HASTALIKLAR TANI MERKEZİ SERPİL ERASLAN, PhD BETA TALASEMİ HEMOGLOBİNOPATİLER Otozomal resesif (globin gen ailesi) Özellikle Çukurova, Akdeniz kıyı şeridi,

Detaylı

Amasya Üniversitesi Merkezi Araştırma Uygulama Laboratuvarı Uygulama ve Araştırma Merkezi 2017 Yılı Analiz Fiyat Listesi

Amasya Üniversitesi Merkezi Araştırma Uygulama Laboratuvarı Uygulama ve Araştırma Merkezi 2017 Yılı Analiz Fiyat Listesi Amasya Üniversitesi Merkezi Araştırma Uygulama Laboratuvarı Uygulama ve Araştırma Merkezi 2017 Yılı Analiz Fiyat Listesi GAZ KROMATOGRAFİSİ ANALİZLERİ (GC/FID) GC Kalitatif 50 TL 75 TL 100 TL GC Kantitatif

Detaylı

Elektoforez ENSTRÜMENTAL ANALİZ 10/12/2015. Elektroforez

Elektoforez ENSTRÜMENTAL ANALİZ 10/12/2015. Elektroforez Elektoforez ENSTRÜMENTAL ANALİZ Elektroforez Elektroforez yüklü moleküllerin bir elektriksel alandaki hareketlerinin izlendiği bir tekniktir. Bir örnekteki maddelerin tümü veya bazıları iyonlaşabiliyorsa

Detaylı

YGS YE HAZIRLIK DENEMESi #2

YGS YE HAZIRLIK DENEMESi #2 YGS YE HAZIRLIK DENEMESi #2 1) Aşağıdaki grafikte, ph derecesi ile X, Y ve Z enzimlerin tepkime hızı arasındaki ilişki gösterilmiştir. 2) Aşağıdaki şemada kloroplast ile mitokondri arasındaki madde alış

Detaylı

HAFTA III Bağlantı, Asosiyasyon, Haritalama

HAFTA III Bağlantı, Asosiyasyon, Haritalama Biyoteknoloji ve Genetik I HAFTA III Bağlantı, Asosiyasyon, Haritalama Prof. Dr. Hilâl Özdağ T.H. Morgan ve A.H. Sturtevant 1911 Morgan ın soruları: 1. Gen ayrılmasının kaynağı nedir? Janssens ve ark:

Detaylı

I. YARIYIL TEMEL BİYOKİMYA I (B 601 TEORİK 3, 3 KREDİ)

I. YARIYIL TEMEL BİYOKİMYA I (B 601 TEORİK 3, 3 KREDİ) T.C. İSTANBUL BİLİM ÜNİVERSİTESİ SAĞLIK BİLİMLERİ ENSTİTÜSÜ BİYOKİMYA ANABİLİM DALI YÜKSEK LİSANS PROGRAMI 2014-2015 EĞİTİM-ÖĞRETİM YILI DERS İÇERİKLERİ I. YARIYIL TEMEL BİYOKİMYA I (B 601 TEORİK 3, 3

Detaylı

RTA Bakteriden Genomik DNA İzolasyon Kiti

RTA Bakteriden Genomik DNA İzolasyon Kiti RTA Bakteriden Genomik DNA İzolasyon Kiti Kullanma Kılavuzu Yayın Tarihi - 2011-12 IVD Bakteri örneklerinden genomik nükleik asit izolasyonu ve saflaştırılması için In vitro tanı amaçlı kullanım için Yalnızca

Detaylı

Western Blot (veya immünblot), protein ekspresyonunu doğrulamak için standart laboratuvar

Western Blot (veya immünblot), protein ekspresyonunu doğrulamak için standart laboratuvar İçerik Giriş...2 Western Blot Yöntemi...2 Protein Örneklerinin Hazırlanması...2 Dikey Jel Sistemi Kullanımı...3 Kuru Transfer Sistem Kullanımı...4 Bloklama...6 Protein Tespiti...6 Kemilüminesans Tanımlama

Detaylı

PROTEİNLER. -Proteinlerin Yapısında Bulunan Elementler. -Aminoasitler. --Kimyasal Yapılarına Göre Amino Asitlerin Sınıflandırılması

PROTEİNLER. -Proteinlerin Yapısında Bulunan Elementler. -Aminoasitler. --Kimyasal Yapılarına Göre Amino Asitlerin Sınıflandırılması PROTEİNLER -Proteinlerin Yapısında Bulunan Elementler -Aminoasitler --Kimyasal Yapılarına Göre Amino Asitlerin Sınıflandırılması - Esansiyel olan veya olmayan amino asitler -Proteinlerin Kimyasal Özellikleri

Detaylı

KİMYASAL DENGE. AMAÇ Bu deneyin amacı öğrencilerin reaksiyon denge sabitini,k, deneysel olarak bulmalarıdır.

KİMYASAL DENGE. AMAÇ Bu deneyin amacı öğrencilerin reaksiyon denge sabitini,k, deneysel olarak bulmalarıdır. KİMYASAL DENGE AMAÇ Bu deneyin amacı öğrencilerin reaksiyon denge sabitini,k, deneysel olarak bulmalarıdır. TEORİ Bir kimyasal tepkimenin yönü bazı reaksiyonlar için tek bazıları için ise çift yönlüdür.

Detaylı

Gıda Örneklerinde Genetiği Değiştirilmiş Organizma Analizleri. Bölüm 9. MON810 Mısır, Bt-176 Mısır ve Roundup Ready Soya nın PCR ile Nitel Saptanması

Gıda Örneklerinde Genetiği Değiştirilmiş Organizma Analizleri. Bölüm 9. MON810 Mısır, Bt-176 Mısır ve Roundup Ready Soya nın PCR ile Nitel Saptanması Gıda Örneklerinde Genetiği Değiştirilmiş Organizma Analizleri Bölüm 9 MON810 Mısır, Bt-176 Mısır ve Roundup Ready Soya nın PCR ile Nitel Saptanması M. Querci, M. Maretti, M. Mazzara WORLD HEALTH ORGANIZATION

Detaylı

KİMYA-IV. Yrd. Doç. Dr. Yakup Güneş

KİMYA-IV. Yrd. Doç. Dr. Yakup Güneş KİMYA-IV Yrd. Doç. Dr. Yakup Güneş Organik Kimyaya Giriş Kimyasal bileşikler, eski zamanlarda, elde edildikleri kaynaklara bağlı olarak Anorganik ve Organik olmak üzere, iki sınıf altında toplanmışlardır.

Detaylı

DNA Đzolasyonu. Alkaline-SDS Plasmit Minipreleri. Miniprep ler bakteri kültüründen plasmit DNA sı izole etmenizi sağlar.

DNA Đzolasyonu. Alkaline-SDS Plasmit Minipreleri. Miniprep ler bakteri kültüründen plasmit DNA sı izole etmenizi sağlar. DNA Đzolasyonu Saflaştırılmak istenen DNA ya genomik DNA dır ya da genomik olmayan mtdna, chldna, plasmit DNAsıdır.DNA izolasyon kitleri, genomik ve genomik olmayan DNA izole etmemizi sağlayan standartlaştırılmış

Detaylı

TARIMSAL BİYOTEKNOLOJİYE GİRİŞ

TARIMSAL BİYOTEKNOLOJİYE GİRİŞ TARIMSAL BİYOTEKNOLOJİYE GİRİŞ Bitki Doku Kültürü Adnan Menderes Üniversitesi Tarımsal Biyoteknoloji Bölümü TB101 Çiğdem Yamaner (Yrd. Doç. Dr.) 4. Hafta (08.10.2013) ADÜ Tarımsal Biyoteknoloji Bölümü

Detaylı

hendisliği BYM613 Genetik MühendisliM Tanımlar: Gen, genom DNA ve yapısı, Nükleik asitler Genetik şifre DNA replikasyonu

hendisliği BYM613 Genetik MühendisliM Tanımlar: Gen, genom DNA ve yapısı, Nükleik asitler Genetik şifre DNA replikasyonu BYM613 Genetik MühendisliM hendisliği Hacettepe Üniversitesi Biyomühendislik BölümüB 2012-2013 2013 Güz G z DönemiD Salı 9.00-11.45, D9 Dr. Eda Çelik-AKDUR edacelik@hacettepe.edu.tr İçerik Tanımlar: Gen,

Detaylı

GIDA MÜHENDİSLİĞİ BÖLÜMÜ DOKTORA DERS KATALOĞU

GIDA MÜHENDİSLİĞİ BÖLÜMÜ DOKTORA DERS KATALOĞU DOKTORA DERS KATALOĞU ERCİYES ÜNİVERSİTESİ GDM 638 Lipid Kimyası Zorunlu DERS SAATİ: 3 Bahar Yrd. Doç. Dr. Hasan YALÇIN KREDİSİ :3 Tel:(352) 4374901 (32731), E-mail: hyalcin@erciyes.edu.tr, Web sayfası

Detaylı

Protokolü PD S001 01. 50 Reaksiyon

Protokolü PD S001 01. 50 Reaksiyon Salmonella sp. Real time PCR Tespit Kiti Protokolü PD S001 01 50 Reaksiyon REAKSİYON PRENSİPLERİ Reaksiyon Bileşenleri: qpcr Master Mix (PMM) Hedef probe Mix (HPM) Zenginleştirilmiş gıda ürünleri kültüründen

Detaylı

Kistik Fibrozis DNA Analiz Paneli

Kistik Fibrozis DNA Analiz Paneli FAST-CFTR Sequencing Kit Kistik Fibrozis DNA Analiz Paneli Dizi Analizi Amaçlı Kullanım İçin KULLANIM KILAVUZU İÇİNDEKİLER 1 GİRİŞ... 3 2 KİT İÇERİĞİ... 3 3 SAKLAMA... 3 4 GEREKLİ MATERYAL VE CİHAZLAR...

Detaylı

KARADENİZ BÖLGESİNDEN SEÇİLEN BAZI KIRMIZI AHUDUDU (Rubus ideaus L.) TİPLERİNİN GENETİK FARKLILIĞININ RAPD TEKNİĞİ İLE BELİRLENMESİ

KARADENİZ BÖLGESİNDEN SEÇİLEN BAZI KIRMIZI AHUDUDU (Rubus ideaus L.) TİPLERİNİN GENETİK FARKLILIĞININ RAPD TEKNİĞİ İLE BELİRLENMESİ AKDENİZ ÜNİVERSİTESİ ZİRAAT FAKÜLTESİ DERGİSİ, 2008, 21(2), 185 191 KARADENİZ BÖLGESİNDEN SEÇİLEN BAZI KIRMIZI AHUDUDU (Rubus ideaus L.) TİPLERİNİN GENETİK FARKLILIĞININ RAPD TEKNİĞİ İLE BELİRLENMESİ İlknur

Detaylı

Niçin PCR? Dr. Abdullah Tuli

Niçin PCR? Dr. Abdullah Tuli Niçin PCR? Dr. Abdullah Tuli 1980 lerin Başı Bir yöntem düşünün Tepkimeyi gerçekleştirmek kolay mıdır? Bu yöntem çok mu karmaşıktır, yoksa basit mi? Yöntemde kullanılan örnek, saf mı ya da son derece karmaşık

Detaylı

PCR Bir reaksiyonun kurulması ve optimize edilmesi

PCR Bir reaksiyonun kurulması ve optimize edilmesi Hafta V PCR Temelli Genetik Analiz Yaklaşımları PCR Bir reaksiyonun kurulması ve optimize edilmesi Doç. Dr. Hilâl Özdağ F Đ Z Đ K Đ A L T Y A P I Reaksiyonda kullanılanlar: P C R I. Kalıp DNA a) PCR degrade

Detaylı

YGS YE HAZIRLIK DENEMESi #7

YGS YE HAZIRLIK DENEMESi #7 YGS YE HAZIRLIK DENEMESi #7 1) 48 saat karanlıkta bekletilen bir saksı bitkisinden bu sürenin sonunda bir yaprak kopartılmış (1. yaprak) ve bitki aydınlık ortamda 12 saat bekletilmiştir. Bu sürenin sonunda

Detaylı

DÖNEM 1- A, 3. DERS KURULU (2015-2016)

DÖNEM 1- A, 3. DERS KURULU (2015-2016) DÖNEM 1- A, 3. DERS KURULU (2015-2016) DERS SAATİ DERS ADI DERS KONUSU DERSİ VEREN ÖĞRETİM ÜYESİ 4. DK 1. Hafta 07 Aralık Pazartesi Mikrobiyoloji Mikrobiyolojinin tarihçesi ve mikroorganizmalara genel

Detaylı

Biochemistry Chapter 4: Biomolecules. Hikmet Geçkil, Professor Department of Molecular Biology and Genetics Inonu University

Biochemistry Chapter 4: Biomolecules. Hikmet Geçkil, Professor Department of Molecular Biology and Genetics Inonu University Biochemistry Chapter 4: Biomolecules, Professor Department of Molecular Biology and Genetics Inonu University Biochemistry/Hikmet Geckil Chapter 4: Biomolecules 2 BİYOMOLEKÜLLER Bilim adamları hücreyi

Detaylı

Gıda Analizlerinde Toksik Madde Tayini LC-GC Aplikasyonu Tanım:

Gıda Analizlerinde Toksik Madde Tayini LC-GC Aplikasyonu Tanım: Gıda Analizlerinde Toksik Madde Tayini LC-GC Aplikasyonu Tanım: İşlem görmüş gıda matrislerinde LC-MS/MS ve GC-MS ile Yüksek dozda toksik madde kalıntısı teşhis ve miktarlandırma analizleri için geliştirilmiş

Detaylı

Doç. Dr. Z. Ceren KARAHAN

Doç. Dr. Z. Ceren KARAHAN Viral Salgınların Araştırılması Sekans Temelli Genotiplendirme Yöntemleri Doç. Dr. Z. Ceren KARAHAN Genotipleme Genomun genetik karakterizasyonu Bir bireyi/suşu, diğerlerinden ayıran mutasyonları (nt dizisi

Detaylı

PROTEİNLERİN SAFLAŞTIRILMASI

PROTEİNLERİN SAFLAŞTIRILMASI PROTEİNLERİN SAFLAŞTIRILMASI Bir hücre ve dokudan istenilen bir proteinin saf halde izole edilmesi oldukça güç bir olaydır. Bu proteinin konsantrasyonu düşük ise binlerce farklı protein arasından ayırmak

Detaylı

KRONİK BÖBREK HASTALIĞI (YETMEZLİĞİ) OLAN TÜRK HASTALARINDA TÜMÖR NEKROZ FAKTÖR ALFA ve İNTERLÖKİN-6 PROMOTER POLİMORFİZMLERİNİN ETKİSİ

KRONİK BÖBREK HASTALIĞI (YETMEZLİĞİ) OLAN TÜRK HASTALARINDA TÜMÖR NEKROZ FAKTÖR ALFA ve İNTERLÖKİN-6 PROMOTER POLİMORFİZMLERİNİN ETKİSİ KRONİK BÖBREK HASTALIĞI (YETMEZLİĞİ) OLAN TÜRK HASTALARINDA TÜMÖR NEKROZ FAKTÖR ALFA ve İNTERLÖKİN-6 PROMOTER POLİMORFİZMLERİNİN ETKİSİ Hazırlayan: Meral YILMAZ Cumhuriyet Üniversitesi KRONİK BÖBREK HASTALIĞI

Detaylı

ALFAGEN LABORATUVAR MALZEMELERİ İÇ VE DIŞ TİCARET LTD. ŞTİ. KİMYASAL MALZEMELERDE STOKLARLA SINIRLI YENİ YIL KAMPANYASI

ALFAGEN LABORATUVAR MALZEMELERİ İÇ VE DIŞ TİCARET LTD. ŞTİ. KİMYASAL MALZEMELERDE STOKLARLA SINIRLI YENİ YIL KAMPANYASI ALFAGEN LABORATUVAR MALZEMELERİ İÇ VE DIŞ TİCARET LTD. ŞTİ. KİMYASAL MALZEMELERDE STOKLARLA SINIRLI YENİ YIL KAMPANYASI AGAROSE Son 7 adet Biotechnology Grade, 100g, (AGA001.100): 60,00$ + Biotechnology

Detaylı

2003 ÖSS BİYOLOJİ SORULARI VE CEVAPLARI

2003 ÖSS BİYOLOJİ SORULARI VE CEVAPLARI 2003 ÖSS BİYOLOJİ SORULARI VE CEVAPLARI 1. Bir hücrede oksijenli solunum, protein sentezi, fotosentez olaylarının tümünün gerçekleşebilmesi için, bu hücrede; I. ribozom, II. kloroplast, III. mitokondri,

Detaylı

YAZILI SINAV SORU ÖRNEKLERİ BİYOLOJİ

YAZILI SINAV SORU ÖRNEKLERİ BİYOLOJİ YAZILI SINAV SORU ÖRNEKLERİ BİYOLOJİ SORU 1: A türüne ait bir bitki (Yaprakları koparılmış) B türüne ait bir bitki (Yapraklı) cam fanus cam fanus su su Ortam sıcaklığı 10 C Ortam sıcaklığı 25 C Bir araştırmacı,

Detaylı

HYDROTERMAL YÖNTEMİYLE NİKEL FERRİT NANOPARTİKÜLLERİN SENTEZİ VE KARAKTERİZASYONU

HYDROTERMAL YÖNTEMİYLE NİKEL FERRİT NANOPARTİKÜLLERİN SENTEZİ VE KARAKTERİZASYONU ÖZET HYDROTERMAL YÖNTEMİYLE NİKEL FERRİT NANOPARTİKÜLLERİN SENTEZİ VE KARAKTERİZASYONU Zeynep KARCIOĞLU KARAKAŞ a,*, Recep BONCUKÇUOĞLU a, İbrahim H. KARAKAŞ b a Atatürk Üniversitesi, Mühendislik Fakültesi,

Detaylı

1. ÜNİTE : HÜCRE BÖLÜNMESİ VE KALITIM

1. ÜNİTE : HÜCRE BÖLÜNMESİ VE KALITIM 1. ÜNİTE : HÜCRE BÖLÜNMESİ VE KALITIM 1 DNA (Deosiribo Nükleik Asit) Kalıtım maddesi hücre çekirdeğinde bulunur. Kalıtım maddesi iğ ipliği (Yumak) şeklinde bir görünümdedir. İğ ipliğindeki kalıtım maddesi

Detaylı

REAKSİYON PRENSİPLERİ

REAKSİYON PRENSİPLERİ REAKSİYON PRENSİPLERİ Reaksiyon Bileşenleri: qpcr Master Mix (PMM) Hedef probe Mix (HPM) Zenginleştirilmiş gıda ürünleri kültüründen izole edilen DNA örneği Polimerase Chain Reaction (PCR): Son yıllarda

Detaylı

RTA Kandan Genomik DNA İzolasyon Kiti

RTA Kandan Genomik DNA İzolasyon Kiti RTA Kandan Genomik DNA İzolasyon Kiti Kullanma Kılavuzu Yayın Tarihi - 2011-05 IVD İnsan kan örneklerinden in vitro tanı amaçlı genomik nükleik asit izolasyon ve saflaştırması için In vitro tanı amaçlı

Detaylı

Sebze Islahında Moleküler Markırların Kullanımı

Sebze Islahında Moleküler Markırların Kullanımı Sebze Islahında Moleküler Markırların Kullanımı Esra CEBECİ Ziraat Yüksek Mühendisi 28.12.2012-28.06.2013 Atatürk Bahçe Kültürleri Merkez Araştırma Enstitüsü YALOVA Sunu Planı Çalışmanın tanıtımı, Yapılan

Detaylı

Dünya Mısır Pazarı ve Türkiye

Dünya Mısır Pazarı ve Türkiye Dünya Mısır Pazarı ve Türkiye Günümüzde çok amaçlı bir kullanım alanına sahip olan Mısır, Amerika Kıtası keşfedilene kadar dünya tarafından bilinmemekteydi. Amerika Kıtasının 15. yüzyıl sonlarında keşfedilmesiyle

Detaylı

1. ÜNİTE: YAŞAM BİLİMİ BİYOLOJİ...10

1. ÜNİTE: YAŞAM BİLİMİ BİYOLOJİ...10 İçindekiler 1. ÜNİTE: YAŞAM BİLİMİ BİYOLOJİ...10 1. BÖLÜM: BİLİMSEL BİLGİNİN DOĞASI ve BİYOLOJİ... 12 A. BİLİMSEL ÇALIŞMA YÖNTEMİ... 12 1. Bilim İnsanı ve Bilim... 12 B. BİLİMSEL YÖNTEMİN AŞAMALARI...

Detaylı

TOHUMCULUK ÜRETİM. Türkiye Cumhuriyeti-Ekonomi Bakanlığı,

TOHUMCULUK ÜRETİM. Türkiye Cumhuriyeti-Ekonomi Bakanlığı, TOHUMCULUK ÜRETİM Tohumluklar tarımsal üretimin temel girdilerinin başında gelmekte olup, kaliteli tohum kullanımı, verimi ve üretimi artırmasının yanı sıra daha dayanıklı, daha az maliyetli ve rekabet

Detaylı

MİKROBİYOLOJİDE BİYOTEKNOLOJİ. Doç. Dr. Funda BAĞCIGİL

MİKROBİYOLOJİDE BİYOTEKNOLOJİ. Doç. Dr. Funda BAĞCIGİL MİKROBİYOLOJİDE BİYOTEKNOLOJİ Doç. Dr. Funda BAĞCIGİL Biyoteknoloji; Genetik materyallerde moleküler düzeyde yapılan manipulasyonlarla yeni ve istenilen fenotipte organizmalar ve faydalı ürünler elde etmektir

Detaylı

Yrd.Doç.Dr. Yosun MATER

Yrd.Doç.Dr. Yosun MATER * Yrd.Doç.Dr.Yosun MATER Yrd.Doç.Dr. Yosun MATER *Bitki nüklear, mitokondriyal ve kloroplast DNA'ları *Burada yer alan bugünkü bilgilerimizin çoğu, moleküler evrim mekanizması ve oranları kullanılarak

Detaylı

PİYASADA BULUNAN BAZI BİTKİSEL ÇAYLARDA KAFEİN TAYİNİ

PİYASADA BULUNAN BAZI BİTKİSEL ÇAYLARDA KAFEİN TAYİNİ TÜBİTAK-BİDEB KİMYA BİLİM DANIŞMANLIĞI ÇALIŞTAYI 29.08.2007-09.09.2007 PİYASADA BULUNAN BAZI BİTKİSEL ÇAYLARDA KAFEİN TAYİNİ Füsun DÖNMEZ Gülyay YILMAZER Proje Danışmanı Prof. Dr. Mustafa SOYLAK İÇİNDEKİLER

Detaylı

FEN ve TEKNOLOJİ / KALITIM KALITIM İLE İLGİLİ KAVRAMLAR

FEN ve TEKNOLOJİ / KALITIM KALITIM İLE İLGİLİ KAVRAMLAR KALITIM İLE İLGİLİ KAVRAMLAR 1 Kalıtım : Bir canlının sahip olduğu özelliklerin nesilden nesile aktarılması olayına kalıtım denir. Genetik: Canlı soyları arasındaki benzerlik ve farklılıkların ortaya çıkmasını

Detaylı

2006 ÖSS BİYOLOJİ SORULARI VE CEVAPLARI

2006 ÖSS BİYOLOJİ SORULARI VE CEVAPLARI 2006 ÖSS BİYOLOJİ SORULARI VE CEVAPLARI 1. BÖLÜM 1. I. Adaptasyon II. Mutasyon III. Kalıtsal varyasyon Bir populasyondaki bireyler, yukarıdakilerden hangilerini "doğal seçilim ile kazanır? D) I veii E)

Detaylı

PİYASADA SATILAN KUMAŞ BOYASININ SU PİRESİ ÜZERİNE TOKSİK ETKİSİNİN İNCELENMESİ

PİYASADA SATILAN KUMAŞ BOYASININ SU PİRESİ ÜZERİNE TOKSİK ETKİSİNİN İNCELENMESİ PİYASADA SATILAN KUMAŞ BOYASININ SU PİRESİ ÜZERİNE TOKSİK ETKİSİNİN İNCELENMESİ GRUP İNDİGO GAMZE ÖZEN İHSANİYE YURTTAŞ Danışman: YRD. DOÇ.DR. FATİH DUMAN ÖZET: Bu çalışmada piyasada satılan kumaş boyalarının

Detaylı

FRANSA DA ORTAÖĞRETİM İKİNCİ SINIF DERS KİTAPLARINDA EVRİM

FRANSA DA ORTAÖĞRETİM İKİNCİ SINIF DERS KİTAPLARINDA EVRİM FRANSA DA ORTAÖĞRETİM İKİNCİ SINIF DERS KİTAPLARINDA EVRİM Burcu GÜNGÖR, Sami ÖZGÜR Balıkesir Üniversitesi Necatibey Eğitim OFMA Biyoloji Eğitimi A.B.D Özet Ders kitapları, hem öğretmenlerin hem öğrencilerin

Detaylı

Prof. Dr. Nuray Mücellâ Müftüoğlu ÇOMÜ, Ziraat Fakültesi, Toprak Bölümü Çanakkale. Çay İşletmeleri Genel Müdürlüğü Rize

Prof. Dr. Nuray Mücellâ Müftüoğlu ÇOMÜ, Ziraat Fakültesi, Toprak Bölümü Çanakkale. Çay İşletmeleri Genel Müdürlüğü Rize Prof. Dr. Nuray Mücellâ Müftüoğlu ÇOMÜ, Ziraat Fakültesi, Toprak Bölümü Çanakkale Ekrem Yüce Dr. Turgay Turna Çay İşletmeleri Genel Müdürlüğü Rize Ali Kabaoğlu Safiye Pınar Özer Gökhan Tanyel ÇAYKUR Atatürk

Detaylı

ayxmaz/biyoloji Enzimler

ayxmaz/biyoloji Enzimler Enzimler 1. Bir enzim substrat ile karıştırılır. 1 dakika süren karıştırılmada,10 de saniyelik aralıklarla oluşan ürün miktarı belirlenir. Bu denemeden elde edilen veriler aşağıda gösterilmiştir: Zaman

Detaylı

RTA Plazmid DNA İzolasyon Kiti

RTA Plazmid DNA İzolasyon Kiti RTA Plazmid DNA İzolasyon Kiti Kullanma Kılavuzu Yayın Tarihi - 2011-12 Bakteri örneklerinden plazmid DNA izolasyonu ve saflaştırılması için Yalnızca profesyonel kullanım için REF 09007050 50 test 09007100

Detaylı

Protokolü PD S Reaksiyon

Protokolü PD S Reaksiyon Salmonella sp. Real time PCR Tespit Kiti Protokolü PD S00 0 50 Reaksiyon REŞİT GALİP CADDESİ 74-7 06700 ÇANKAYA, ANKARA, TÜRKİYE T +90 32 447 22 79 / 80 F +90 32 447 22 07 www.bmlabosis.com İnternal Pozitif

Detaylı

Final Sınavı Soruları

Final Sınavı Soruları Final Sınavı Soruları Soru1: PCR döngüsünü kısaca anlatılınız. Cevap1: İlk adımda solüsyonun sıcaklığı artırılarak DNA zincirinin denatüre olması sağlanır. Bu sırada Bundan sonra primerlerin tekli DNA

Detaylı

Mutasyon: DNA dizisinde meydana gelen kalıcı değişiklik. Polimorfizm: iki veya daha fazla farklı fenotipin aynı tür popülasyonunda bulunmasıdır.

Mutasyon: DNA dizisinde meydana gelen kalıcı değişiklik. Polimorfizm: iki veya daha fazla farklı fenotipin aynı tür popülasyonunda bulunmasıdır. Allel: Bir genin seçenekli biçimi Wild Tip: Normal allel. Bireylerin çoğunda bulunan Mutasyon: DNA dizisinde meydana gelen kalıcı değişiklik Polimorfizm: iki veya daha fazla farklı fenotipin aynı tür popülasyonunda

Detaylı

DNA Dizileme (Sekanslama)

DNA Dizileme (Sekanslama) T.C GIDA TARIM VE HAYVANCILIK BAKANLIĞI PENDİK VETERİNER KONTROL ENSTİTÜSÜ DNA Dizileme (Sekanslama) Dr. Eray ATIL Vet. Hekim, Mikrobiyolog Pendik Veteriner Kontrol Enstitüsü Eğitim Bilgileri Eğitim süresi

Detaylı

YGS YE HAZIRLIK DENEMESi #12

YGS YE HAZIRLIK DENEMESi #12 YGS YE HAZIRLIK DENEMESi #12 1) İnsanda döllenme sırasında, I. Spermdeki çekirdek, sentrozomun yumurtaya geçmesi II. Spermdeki akrozomun patlayarak zona pellusidayı eritmesi III. Yumurtadaki salgı maddelerinin

Detaylı

Türkiye Cumhuriyeti-Ekonomi Bakanlığı,

Türkiye Cumhuriyeti-Ekonomi Bakanlığı, Türkiye Cumhuriyeti-Ekonomi Bakanlığı, 2013 0 HUBUBAT ÜRÜNLERİN TANIMI Hububat grubu ürünler dünyada stratejik önemi en yüksek olan ürünler olup ilk çağlardan beri insanlar tarafından kültürü yapılarak

Detaylı

3.5. TARIM MAKİNALARI BÖLÜMÜ

3.5. TARIM MAKİNALARI BÖLÜMÜ 3.5. TARIM MAKİNALARI BÖLÜMÜ 3.5.1. TARIM MAKİNALARI ANABİLİM DALI Yürütücü Kuruluş (lar) : Çeşitli Tarımsal Ürünlerin Vakumla Kurutulmasında Kurutma Parametrelerinin Belirlenmesi İşbirliği Yapan Kuruluş

Detaylı

Türkiye Cumhuriyeti-Ekonomi Bakanlığı,

Türkiye Cumhuriyeti-Ekonomi Bakanlığı, Türkiye Cumhuriyeti-Ekonomi Bakanlığı, 2014 0 HUBUBAT ÜRÜNLERİN TANIMI Hububat grubu ürünler dünyada stratejik önemi en yüksek olan ürünler olup ilk çağlardan beri insanlar tarafından kültürü yapılarak

Detaylı

RT-PCR. (reverse transckripsiyon-polimeraz zincir reaksiyonu) Dr Gülnur Güler

RT-PCR. (reverse transckripsiyon-polimeraz zincir reaksiyonu) Dr Gülnur Güler RT-PCR (reverse transckripsiyon-polimeraz zincir reaksiyonu) Dr Gülnur Güler RT-PCR (reverse transckripsiyon-polimeraz zincir reaksiyonu) mrna ekspresyon seviyelerini belirlemek için sensitiv bir metod

Detaylı

ÇANAKKALE ONSEKİZ MART ÜNİVERSİTESİ TIP FAKÜLTESİ Eğitim Yılı

ÇANAKKALE ONSEKİZ MART ÜNİVERSİTESİ TIP FAKÜLTESİ Eğitim Yılı Dönem I. 2. Ders Kurulu II. HÜCRE BİLİMLERİ-I Eğitim Programı Eğitim Başkoordinatörü: Dönem Koordinatörü: Koordinatör Yardımcısı: Doç. Dr. Erkan Melih ŞAHİN Prof. Dr. Alirıza ERDOĞAN Yrd. Doç. Ders Kurulu

Detaylı

I. YARIYIL MOLEKÜLER HÜCRE BİYOLOJİSİ I (TBG 601 TEORİK 3, 3 KREDİ)

I. YARIYIL MOLEKÜLER HÜCRE BİYOLOJİSİ I (TBG 601 TEORİK 3, 3 KREDİ) T. C. İSTANBUL BİLİM ÜNİVERSİTESİ SAĞLIK BİLİMLERİ ENSTİTÜSÜ TIBBİ BİYOLOJİ VE GENETİK ANABİLİM DALI YÜKSEK LİSANS PROGRAMI 2014-2015 EĞİTİM-ÖĞRETİM YILI DERS İÇERİKLERİ I. YARIYIL MOLEKÜLER HÜCRE BİYOLOJİSİ

Detaylı

MİKROBİYOLOJİDE BİYOTEKNOLOJİ

MİKROBİYOLOJİDE BİYOTEKNOLOJİ MİKROBİYOLOJİDE BİYOTEKNOLOJİ Biyoteknoloji; Genetik materyallerde moleküler düzeyde yapılan manipulasyonlarla yeni ve istenilen fenotipte organizmalar ve faydalı ürünler elde etmektir 1920 li yıllar...

Detaylı

SADE ve SAGE ve Gen Ekspresyonunun Seri Analizi. Prof.Dr. Nermin GÖZÜKIRMIZI

SADE ve SAGE ve Gen Ekspresyonunun Seri Analizi. Prof.Dr. Nermin GÖZÜKIRMIZI SADE ve SAGE ve Gen Ekspresyonunun Seri Analizi Prof.Dr. Nermin GÖZÜKIRMIZI Gen Anlatımının Belirlenmesi DNA mikroçalışmaları Makroçalışmaları EST (Expressed sequence tag) Gen anlatımının seri analizi

Detaylı

ÇUKUROVA ÜNİVERSİTESİ FEN BİLİMLERİ ENSTİTÜSÜ

ÇUKUROVA ÜNİVERSİTESİ FEN BİLİMLERİ ENSTİTÜSÜ ÇUKUROVA ÜNİVERSİTESİ FEN BİLİMLERİ ENSTİTÜSÜ YÜKSEK LİSANS TEZİ Meryem Aylin AKYÜZ ANTEPFISTIĞINDA SİİRT X BAĞYOLU F1 POPULASYONU KULLANILARAK SSR MARKÖRLERI İLE GENETİK HARİTALAMA BİYOTEKNOLOJİ ANABİLİM

Detaylı

TC. İSTANBUL ÜNİVERSİTESİ ADLİ TIP ENSTİTÜSÜ İNSERSİYON/DELESYON (INDEL) MARKIRLARI VE TÜRKİYE POPULASYONU ARZU DÜVENCİ

TC. İSTANBUL ÜNİVERSİTESİ ADLİ TIP ENSTİTÜSÜ İNSERSİYON/DELESYON (INDEL) MARKIRLARI VE TÜRKİYE POPULASYONU ARZU DÜVENCİ TC. İSTANBUL ÜNİVERSİTESİ ADLİ TIP ENSTİTÜSÜ İNSERSİYON/DELESYON (INDEL) MARKIRLARI VE TÜRKİYE POPULASYONU ARZU DÜVENCİ 1 GİRİŞ Adli olayların aydınlatılmasında biyolojik örneklerin kimliklendirilmesi

Detaylı

Ekmeklik Buğdayda Başak

Ekmeklik Buğdayda Başak Ekmeklik Buğdayda Başak Ekmeklik Buğdayda Başak Ekmeklik Buğdayda Başak Ekmeklik Buğdayda Başak SARIPAS SARIPAS SARIPAS Çavdar ve Bezelye Ekili Tarla Buğday tarlası Yulafta Salkım Serin İklim

Detaylı