DNA Mikroarrayler: SNP analizleri

Ebat: px

Şu sayfadan göstermeyi başlat:

Download "DNA Mikroarrayler: SNP analizleri"

Bora Akkaya
8 yıl önce
İzleme sayısı:

1 Hafta IX Genombilimde Mikrodizin Uygulamaları ve iyoinformatik Analiz DNA Mikroarrayler: SNP analizleri Doç. Dr. Hilâl Özdağ

2 DNA Mikrodizin Genomik Dizi SNP 5 T / G 3 SNP prob = 25 baz Perfect Match Mismatch Allel A Perfect Match Mismatch Allel

3 DNA Mikrodizin SNP C / A TAGCCATCGGTA N GTA C TCAATGATCAGCT ATCGGTAGCCAT G ATCGGTAGCCAT C CAT G AGTTACTA CAT G AGTTACTA PM Allel MM Allel A A ATCGGTAGCCAT T ATCGGTAGCCAT A CAT G AGTTACTA CAT G AGTTACTA PM Allel MM Allel

4 DNA Mikrodizin PM A MM PM MM A Prob Çift Seti (Kuartet) SNP başına 56 olasılık Oryantasyon başına 28 Dağıtılmış yerleşim Düz zincir 5 3 PM A MM PM MM A 3 5 Ters zincir

5 DNA Mikrodizin PMA PMA PMA PMA PMA PMA PMA MMA MMA MMA MMA MMA MMA MMA PM PM PM PM PM PM PM MM MM MM MM MM MM MM 14 kuartet değerlendirilip en iyi 10 tanesi herbir TNP yi temsil etmek üzere seçilir. Seçilen bu 10 kuartet herbir TNP nin varlığını hem düz hem de ters zincirde inceler. Tek bir TNP yi sorgulamak üzere toplam 40 prob kullanılmaktadır.

6 Tek Primer Amplifikasyonu ile Karmaşıklığın Ortadan Kaldırılması

7 DNA Mikrodizin 250 ng Genomik DNA Xba Xba Xba RE muamelesi Tek primer ile amplifikasyon Adaptörün bağlanması 4 PCR Reaksiyonu Fragmentasyon ve işaretleme Hibridizasyon Ve Tarama

8 DNA Mikrodizin Mikrosatellit 10K # Marker ,000 Çözünürlülük 10 cm (10 M) 1 cm (1 M) * # PCR Reak/örnek 200 (2x multipleks) 4 # PCR Primer/örnek Süre (400 örnek) > 8 hafta 4-6 hafta elirteç başına DNA Deney başına DNA 40 ng 16,000 ng.025 ng 250 ng

multipleks) 4 # PCR Primer/örnek 800 1 Süre (400 örnek) > 8

9 DNA Mikrodizin Farklılıklar 100k 10K Dizin sayısı 2 1 Enzim sayısı 2: Xba1 ve HindIII 1: Xba aşlangıç DNA miktarı 250 ng X2 enzim = 500 ng 250 ng PCR Amplifikasyon oyutu bp bp Fragmente edilecek miktar 40ug 20ug Tarama Yüksek çözünülürlüklü tarama Rutin tarama Fragmentasyon reaktifinin konsantrasyonu 0.06U/uL 0.048U/uL Algoritma ve yazılım DM Algoritma ve GTT MPAM ve GDAS 2.0 Ana uygulama alanı Asosiyasyon çalışmaları ağlantı TNP ler Perlegen ve Kamu Kamu

Yüksek çözünülürlüklü tarama Rutin tarama Fragmentasyon reaktifinin konsantrasyonu 0.06U/uL 0.

10 DNA Mikrodizin

11 DNA Mikrodizin

12 DNA Mikrodizin

13 DNA Mikrodizin <> <>

14 Resequencing Tiling Strategy A ATCGGTAGCCATACATGAGTTACTA T ATCGGTAGCCATTCATGAGTTACTA 12 bases C ATCGGTAGCCATCCATGAGTTACTA ATCGGTAGCCATGCATGAGTTACTA G ATCGGTAGCCATGCATGAGTTACTA TAGCCATCGGTACGTACTCAATGAT TAGCCATCGGTAGGTACTCAATGAT A TAGCCATCGGTACGTACTCAATGAT T TAGCCATCGGTATGTACTCAATGAT C TAGCCATCGGTAAGTACTCAATGAT G CAGCT GTCGA

ATCGGTAGCCATGCATGAGTTACTA G ATCGGTAGCCATGCATGAGTTACTA TAGCCATCGGTACGTACTCAATGAT

15 Resequencing Tiling Strategy TCGGTAGCCATGAATGAGTTACTAC TCGGTAGCCATGCATGAGTTACTAC TCGGTAGCCATGGATGAGTTACTAC TCGGTAGCCATGTATGAGTTACTAC ATCGGTAGCCATGCATGAGTTACTA TAGCCATCGGTACGTACTCAATGAT AGCCATCGGTAGATACTCAATGATG AGCCATCGGTAGCTACTCAATGATG AGCCATCGGTAGGTACTCAATGATG AGCCATCGGTAGTTACTCAATGATG CAGCT GTCGA

TCGGTAGCCATGTATGAGTTACTAC ATCGGTAGCCATGCATGAGTTACTA

16 Resequencing Tiling Strategy CGGTAGCCATGCATGAGTTACTACA CGGTAGCCATGCCTGAGTTACTACA CGGTAGCCATGCGTGAGTTACTACA CGGTAGCCATGCTTGAGTTACTACA ATCGGTAGCCATGCATGAGTTACTA TAGCCATCGGTACGTACTCAATGAT GCCATCGGTACGAACTCAATGATGT GCCATCGGTACGCACTCAATGATGT GCCATCGGTACGGACTCAATGATGT GCCATCGGTACGTACTCAATGATGT CAGCT GTCGA

CGGTAGCCATGCTTGAGTTACTACA ATCGGTAGCCATGCATGAGTTACTA

17 Resequencing Tiling Strategy GGTAGCCATGCAAGAGTTACTACAG GGTAGCCATGCACGAGTTACTACAG GGTAGCCATGCAGGAGTTACTACAG GGTAGCCATGCATGAGTTACTACAG ATCGGTAGCCATGCATGAGTTACTA TAGCCATCGGTACGTACTCAATGAT CAGCT GTCGA CCATCGGTACGTACTCAATGATGTC CCATCGGTACGTCCTCAATGATGTC CCATCGGTACGTGCTCAATGATGTC CCATCGGTACGTTCTCAATGATGTC

GGTAGCCATGCATGAGTTACTACAG ATCGGTAGCCATGCATGAGTTACTA

18 Resequencing Tiling Strategy GTAGCCATGCATAAGTTACTACAGC GTAGCCATGCATCAGTTACTACAGC GTAGCCATGCATGAGTTACTACAGC GTAGCCATGCATTAGTTACTACAGC ATCGGTAGCCATGCATGAGTTACTA TAGCCATCGGTACGTACTCAATGAT CAGCT GTCGA CATCGGTACGTAATCAATGATGTCG CATCGGTACGTACTCAATGATGTCG CATCGGTACGTAGTCAATGATGTCG CATCGGTACGTATTCAATGATGTCG

GTAGCCATGCATTAGTTACTACAGC ATCGGTAGCCATGCATGAGTTACTA

19 Resequencing Tiling Strategy TAGCCATGCATGAGTTACTACAGCT TAGCCATGCATGCGTTACTACAGCT TAGCCATGCATGGGTTACTACAGCT TAGCCATGCATGTGTTACTACAGCT ATCGGTAGCCATGCATGAGTTACTA TAGCCATCGGTACGTACTCAATGAT CAGCT GTCGA ATCGGTACGTACACAATGATGTCGA ATCGGTACGTACCCAATGATGTCGA ATCGGTACGTACGCAATGATGTCGA ATCGGTACGTATTCAATGATGTCGA

TAGCCATGCATGTGTTACTACAGCT ATCGGTAGCCATGCATGAGTTACTA

20 A Düz zincir C G T T C G C A

21 CustomSeq Resequencing Dizinleri AGCGT ACCGT A C G T A C G T Çip başına 30 kb çift zincirli DNA dizilimi okunabiliyor. Toplam 60 kb.

22 CustomSeq Deney Protokolü Kontrol Kalıp/Primerler Genomik DNA Kısa Ölçekli PCR Uzun Ölçekli PCR Miktar tayini-örneklerin Karıştırılması Fragmentasyon reaktifi Fragment Đşaret Hibridizasyon için oligo kontrolleri Hibridizasyon Veri analizi

23 Deney Akışı Đlgilenilen genlerin belirlenmesi Karıştırma ve Fragmentasyonasyon DNA fragmentleri Genomik DNA PCR Ürünleri Đşaretleme Geceboyu hibridizasyon Tarama Yıkama Đstasyonu: Yıkama/oyama Sondan işaretli fragmentler

24 Affymetrix CustomSeq Arrays iological Sample Probe Array 2.5 Days Wash & Stain >chr21: gtggcatgatcttggctcactgcagttcaagcaattctcctgccttagc cccctgagtagctgggattacaggtgcctgctaccaccctcagctaat tttttgtatttttaatagagacggggtttcaccatgttggccaggctggtc tcgaactcctgacctcgtgattcgtctgcctcggccttccaaagtgctg ggagtacaggcatgagccaccgcacccggcctgtatatcttttttaaa aggaaaagaacatatcccagaagtttccaactgagtttccctctgggt caataccagaattgggtgggggtcttcagctcacccctaaactcatca ttgataagcagaatgaatgaccatggctggtttagaca. Scan ~30 Kb

25 DNA Analiz Yazılımı Cihaz Kontrolü.DAT dosyasının oluşturulması GCOS.CEL dosyasının oluşturulması.chp dosyasının oluşturulması.chp veri karşılaştırılması GeneChip DNA Analysis Software 2.0 (GDAS)

Benzer belgeler

GENETĐK OMĐK TEKNOLOJĐLERĐ. Doç. Dr. Hilâl Özdağ D N A

GENETĐK OMĐK TEKNOLOJĐLERĐ. Doç. Dr. Hilâl Özdağ D N A GENETĐK 111-503 OMĐK TEKNOLOJĐLERĐ Doç. Dr. Hilâl Özdağ D N A 1 Mammals Other chordates Other eukaryotes Homo sapiens [NCI 35] browse what's new Vega Gallus gallus [WASHUC1] browse what's new Drosophila