C.B.Ü. TIP FAKÜLTESi TıBBi GENETiK ANABiLiM DAlı Moleküler Genetik Testler ve Cihaz Kullanımı Teknik Şartnamesi. No TestAdı Miktar (Test)

Transkript

1 C.B.Ü. TIP FAKÜLTESi TıBBi GENETiK ANABiLiM DAlı Moleküler Genetik Testler ve Cihaz Kullanımı Teknik Şartnamesi No TestAdı Miktar (Test) 1 Ailesel Akdeniz Ateşi Hastalığı (FMF) Analizi 200 Test 2 Alfa-Talasemi Mutasyon Taraması 40 Test 3 Beta-Talasemi Mutasyon Taraması 40 Test 4 Kistik Fibrosis Mutasyon Taraması 20 Test 5 Seker intolerans Mutasyon Analizi 20 Test 6 Herediter Hemokromotosis Mutasyon Analizi 20 Test 7 Konjenital Adrenal Hiperplazi(CAH) Mutasyon Analizi 20 Test 8 Tamoxifen Direnç Analizi 20 Test 9 Faktör ii (PTH) Mutasyon Analizi -2-G'o ~Test 10 MTHFR C677T Mutasyon Analizi ~Test 11 MTHFR A 1298C Mutasyon Analizi 200 ~Test 12 Faktör V Leiden Mutasyon Analizi.l.oo ~est 13 Faktör V H1299R Mutasyon Analizi,lıO ~Test 14 Pai 1 Mutasyon Analizi ctoo ~Test 15 MEFV Geni ileri Analiz Testi 'T rpo AeQ-Test 16 Bilinmeyen Mutasyon Saptama Kiti Run

2 1. Ailesel Akdeniz Ateşi Hastalığı (FMF) Analizi: E1480, P369S,F479L,M6801 (GIC), M6801 (G/A), 1692del, M694V, M694L, K695R, V726A, A744S, R761 H toplam 12 farklı mutasyon bölgesini multipleks PCR işlemleriyle tek bir test ile tespit edebilmelidir. 2. Alfa-Talasemi Mutasyon Taraması: Test kiti HBA 1 ve HBA2 genleri - a 3.7 single gene deletion, - a 4.2 single gene deletion, - a 20.5 double gene deletion, MED double gene deletion, SEA double gene deletion, THAl double gene deletion, FIL double gene deletion, a1 cd 14 [G>A], a1 cd 59 [G>A] Hb Adana, a a a anti-3.7 gene triplication, a2 init. cd [ATG>ACG], a2 cd 19 [- G], a2 IVS1 5 bp deletion, a2 cd 59 [G>A], a2 cd 125 [T>C] Hb Ouong Sze, a2 cd 142 [T>C] Hb Constant Spring, a2 cd 142 [T>A] Hb Icaria, a2 cd 142 [A>T] Hb Pakse, a2 cd 142 [A>C] Hb Koya Dora, a2 polya-1 [AATAAA>AATAAG] Saudi type, a2 polya-1 [AATAAA>AATGAA] Turkish type mutasyonlarını ve normal gen bölgelerini aynı anda en fazla 2 test ile tespit 3. Beta-Talasemi Mutasyon Taraması: En sık görülen - 87 (C>G), - 30 (T>A), codon 5 (-CT), hemoglobin C, hemoglobin S, codon 6 (-A), codon 8 (-AA), codon 8/9 (+G), codon 22 (7bp del), codon 30 (G>C), IVS 1.1 (G>A), IVS 1.2 (T>A), IVS 1.5 (G>C), IVS 1.6 (T>C),IVS (G>A), IVS (T>G), IVS 1-25 (25bp del), codon 36/37 (-T), codon 39 (C>T), codon 44 (-C), IVS 2.1 (G>A), IVS (C>G) mutasyonlarının hepsi birden tek bir işlem ile analiz 4. Kistik Fibrosis Mutasyon Analizi: Test kiti CFTR geninde bulunan F508del (-CTT). 1677de1TA, G>A, G542X, 2043de1G, 2183AA>G, 2184de1A, 2184insA, G>A, D1152H, R1158X, R1162X, W1282X, N1303K, G85E, E92X, E92K, M152V, 621+1G>T, R334W, R347H, R347P, E831X, W1098X (TGA), IVS8 5T/7T/9T mutasyon, delesyon, insersiyon ve SNP'ler aynı anda en fazla 2 test ile tespit 5. Seker intolerans Mutasyon Analizi: Test kiti LCT geninde bulunan 2 mutasyon T>C, A>G ile Aldolaz B geninde bulunan 4 mutasyon de14e4, A149P, A174D, N334K ve normal gen bölgeleri aynı anda tek bir işlemde tek bir test ile tespit 6. Herediter Hemokromotosis Mutasyon Analizi: Test kiti HFE genine ait 12 mutasyon V53M, V59M, H63D, H63H, S65C, 0127H, P160de1C, E1680, E168X, W169, C282Y, 0283P, TFR2 genine ait 4 mutasyon E60X, M172K, Y250X, AVA del ile FPN1 genine ait 2 mutasyon N144H, V162del ve normal gen bölgelerinin aynı anda tek bir işlemde tek bir test ile tespit 7. Konjenital Adrenal Hiperplazi(CAH) Mutasyon Analizi: Test kiti CYP21A2 genine ait, P30L, 12 splice (12 G), Del 8 bp E3 (G110deI8nt), 1172N, Cluster E6 (1236N, V237E, M239K), V281 L, L307 frameshift (F306+ T), 0318X, R356W, P453S, R483P bölgelerinde bulunan mutasyon, delesyon ve SNP'ler aynı anda tekbir işlem de tek bir test ile tespit edilebilmelidir

3 8. Tamoxifen Direnç Analizi: Test kiti CYP2D6 geninde bulunan 1795 delt, 1934 G>A, 2637 dela bölgelerinde bulunan mutasyonlar aynı anda tekbir işlemde tek bir test ile tespit edilebilmeli ve böylece 10 farklı subtip saptanabilmelidir. 9. Faktör ii (PTH) Mutasyon Analizi: Kit, G20210A pozisyonundaki mutasyonu 10. MTHFR C677T Mutasyon Analizi: Kit, C677T pozisyonundaki mutasyonu 11. MTHFR A1298C Mutasyon Analizi: Kit, A1298C pozisyonundaki mutasyonu 12. Faktör V Leiden Mutasyon Analizi: Kit, G1691A pozisyonundaki mutasyonu 13. Faktör V H1299R Mutasyon Analizi: Kit, H1299R pozisyonundaki mutasyonu saptayabilmelidir 14. Pai 1 Mutasyon Analizi: PAI-1 genindeki 4G/5G mutasyonu ve normal gen bölgesi aynı anda tek bir test ile tespit 15. Dizi analizi MEFV Geni: Kit dizi analizi istenen 16. kromozomun kısa kolunda lokalize olan MEFV geninin Ekzon 2, 10, 3, 5 analizi ile hastalıkla ilişkili mutasyonların taramasını yapabilen nitelikte ve DNA dizi analizi tabanlı hazır kit olmalıdır. Kit insan hatasını engellemek için kullanıma hazır miks formatında olmalı, bu miks işaretli primerleri, dntp'leri, bufferı ve hot start taq polimerazı içermelidir. Tüm testler hazır kit formatında orijinal ambalajlı olmalı, primer dizaynı şeklinde verilmemeli UBB kaydına sahip olmalıdır. 16. Bilinmeyen Mutasyon Saptama Kiti: Çalışılacak kit, analizi yapılan genin 5 utr, tüm protein kodlayan ekzonları, ekzon-intron bağlanma noktaırından en az 50 bç nükleotid dizisi, 3 utr bölgesi bazen de intronun tümünü yapmak için nükleotid dizisini yapacak şekilde tüm sarf ve kimyasıları içerecektir. Verilecek mix ile de novo sequencing, resequencing, long-read sequencing gibi işlemler, her türlü örnekten çalışılabilmelidir. Master mix tüm gerekli PCR kimyasallarına sahip hazır mix olmalıdır. Floresan işaretleyici mix bileşiminde datp, dgtp, dctp, dttp olmak üzere dört çeşit normal nükleotid, diziyi rastgele sonlandırmak için farklı renkte floresan kimyasallarla işaretlenmiş ddatp, ddgtp, ddctp, ddttp bulunmalıdır. Boya sonlandırıcı ddntp moleküllerinin her biri floresan malzeme ile işaretlenmiş olmalıdır. Yukarıda tanımı yapılan miks ile beraber dizi analizi yapılacak cihazda kullanılacak tüm sarf malzemeler, amniyon sıvısından, dokudan ve kandan DNA izolasyon kiti, PCR miksleri, ve bölümün seçeceği genlere ait hot spot bölgelerinin taranmasına yönelik olarak tüm primerler optimize edilerek temin edilmelidir. Gerekirse bölümün talebi üzerine, istenilen parametreler bölümün belirttiği laboratuvarda çalıştırılabilmelidir.

4 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7 ve 8 nolu kalemler için; 20. Mataryalden elde edilen genomik DNA, yukarıda her bir test için belirtilmiş taranması istenen tüm mutasyonların biyotinlenmiş primerlerini içeren mix, enzim ve seyreltici buffer ile birlikte amplifiye edebilmelidir, primerler dışarıdan eklenmeyip, miksin içinde yer almalıdır. Amplifikasyon ürününün ayrıca purifiye edilmesi ve PCR aşamasının tekrarlanmasına gerek duyulmamalıdır. 21. Mutasyonlar ve wild type bantları aynı nitroselluloz memran ile kaplanmış strip üzerinde tespit edilebilmeli ve analiz yapılabilmelidir. Teklif veren firmalar, hibridizasyon için, yıkama ve hibridizasyon basamaklarını tam otomatik olarak aynı anda yapabilen en az 35 test kapasiteli bir cihaz ve thermal cyler cihazı kurmalıdır. 22. Teklif veren firmalar, teklif ettikleri kitlerin çalışması için gerekli 1 adet jel görüntüleme sistemi, 1 adet kuru ısı bloğu, 1 adet buzdolabı, DNA izolasyon kitleri, Taq polimeraz enzimi, 1 adet laminar air flow, 1 adet vorteks, 1adet santrifuj, 1 adet mikrodalga fırın, 2 adet pipet seti, kitlerin çalışması için gerekli miktarda pipetlerle uyumlu filtreli pipet uçları, 1,5 ml mikrosantrifuj tüpleri, 0.2 ml PCR tüpleri, yazıcı ve kartuşu vs. tamamını ücretsiz olarak karşılamaııdır. 23. Teklif verecek firmalar teklif ettikleri kitler için üretici firma yetki belgesine sahip olmalı ve bu durum ihale dosyasında belgelendirilmelidir. 24. Teklif edilen cihaz ve kitler TiTUBB kayıt edilmiş ve Sağlık Bakanlığı tarafından onaylıdır ibaresi taşımalıdır. Bu durum istekli tarafından belgelendirilmelidir. 9,10,11,12,13 ve 14 nolu kalemler için; 25. Kit DNA eldesinden sonra Real Time PCR, yöntemine göre çalışmalıdır. PCR amplifikasyonunu test etmek üzere, değişik dalga boyuna sahip floresan boya ile işaretli internal kontrol bulunmalıdır. Test gerektiğinde diğer mutasyon testleri ile aynı anda aynı PCR şartlarında çalışabilmelidir. Kit normal (wild type) ve mutant gen bölgelerini ayni anda tespit edebilmelidir. 26. Kitler kullanıma hazır, ve orjinal ambalajında olmalı ve üzerinde testin adı, firma adı, lot numarası, son kullanma tarihi yazılı olmalıdır. Sonuçlar heterozigot, homozigot ve sağlıklı olarak değerlendirilmelidir. 27. Teklif edilen kitler ve cihaz, " T.C. ilaç ve Tıbbi Cihaz Ulusal Bilgi Bankası" na kayıt edilmiş ce Sağlık Bakanlığı tarafından onaylıdır ibaresi taşımalıdır. Bu durum, istekli tarafından belgelendirilmelidir. 28. Real Time testleri için aşağıdaki özellikleri taşıyan cihaz kurulmalıdır. 29. Cihaz, Real Time-PCR sistem olup, ölçüm yapma ve kantitatif nükleik asit belirleme, polimeraz zincir reaksiyonu (PCR) yöntemi ile DNA amplifikasyonu yapabilme özelliklerine sahip olmalıdır. 30. Cihaz, kantitatif tayin, kalitatif tayin, SNPs tayin ve melting curve analizi yapabi e 'di

5 31. Cihazda, FAM, SYBER Green I, HEX, VIC, TED, JOE, CY3, NEO, ROX, TAMRA, TEX, RED, CY5 v.b. floresan ışımaları ölçülebilmelidir. 32. Cihaz, her örnek tüpünde aynı anda 3 farklı boya ile (multicolor floresan) ölçüm yapılabilmelidir. 33. Cihaz, nm dalga boylarında ölçüm yapabilmelidir. 34. Cihazın numune kapasitesi 48 well mikroplak 12x8 strip 96xO.2 ml olmalı ve herhangi bir özel tüpe ihtiyaç duyulmamalıdır. 35. Cihazda kullanılan numune hacmi 20-1 OO~Iolmalıdır. 36. Cihazın yazılımı çalışılan örneklerin numune miktarına göre ısı ayarını kendi otomatik olarak yapabilmelidir. (tüp ya da blok). 37. Uzun ömürlü mavi LED ışık kaynağına sahip olup, bu özellik sayesinde ön ısıtmaya ve bakıma ihtiyaç duyulmamalıdır. 38. Cihaz ısıtmalı kapağa (hot-lid) sahip olmalıdır ve hot-lid 105 C arasında ayarlanabilmelidir. 39. Cihaz CE ve IS09001 belgelerine sahip olmalıdır. 15 ve 16 nolu kalemler için; 40. Belirtilen test kapiler elektroforez yöntemi ile çalışmalı ve en az bir kanallı kapiler teknolojiye sahip cihaz kurulmalıdır. Bölümün çalışma yoğunluğuna bağlı olarak istenildiğinde yüklenici firma 4 kanallı kapiler teknolojiye sahip cihaz ile değiştirmeyi taahhüt etmelidir. 41. Sistem ile birlikte, gereken veri analiz yazılımı programları verilmeli ve belirtilen analizler yapılabilmelidir; fragman analizi (STR, AFLP, SNP adlandırma, MLPA), sekans analizi. 42. Sistemle yukarıda adı geçen testlerin çalışılmasını sağlayacak kadar, polimer, di-deoxy kiti, kapiler, reaktifler, kimyasallar ve plastik malzemeler ile yazıcı ve kartuş gibi gerekli ek ekipmanların tamamını ücretsiz olarak verilmelidir. 43. Sistem, analiz işlemlerini lazer kullanarak yapmalıdır. Sistem, yazılım programı Windows XP ile uyumlu olmalıdır. Sekans ve fragman analizi için gerekli tüm donanımlar sistemle beraber verilmelidir. 44. Sistem firma tarafından, kurumun belirttiği laboratuvara kurulmalı, çalıştırılmalı ve gereken bütün kalibrasyon ve kurulum malzemeleri verilmeli ve bu durum için ücret talep edilmemelidir. 45. Cihazla ilgili teknik dokümanlar; broşür, kullanım klavuzu, referans listesi sistemle birlikte verilmelidir. 46. Sistem, beş boyayı saptamaya uygun özellikte olmalıdır. Sistem, bir defada 48 kuyucuklu 1 adet pleyt veya 96 adet 0.2ml tüp veya strip yüklenmesine olanak tarurnalıdtr. 47. Sistem, imalat ve montaj hatalarına karşı garanti altında olmalıdır. Arıza, kullanılacak yedek parça dahil ücretsiz olarak giderilecektir. ihaleye katılan firma tarafından "Garanti ve Teknik Servis Taahhüdü" ihale komisyonuna verilmelidir. 48. Kitleri sağlayacak firma, kitin sağlandığı firmada eğitim görmüş uzman tarafından, laboratuar personeline eğitim vermeli ve taahhüt etmelidir. 49. Tüm alımlar hastanemizde bulunan Tıbbi Genetik AD Genetik Hastalıklar Tanı Merkezi için yapılacaktır. Bu nedenle tüm sistemler bütün halinde değerlendirilecektir. Teklif veren firmalar tüm testlere toplu teklif vereceklerdir. 50.Yeni açıklanacak Bütçe Uygulama Talimatında yukarıda ilgili testlerin ödemesinde değişiklik (ödenmemesi durumunda) olduğunda hastane yönetimi firma ile sözleşmeyi karşılıklı olarak fesh edebilir. Bu durumda firma hiçbir hak iddia edemeyecektir. Bununla ilgili taahhütname ihale dosyasına konmalıdır.